TMER (Median)

TM

E.
C.
B.
A.
E

1000
1500
2000
2500

0
500
TM R-

#7
#6
#5
#4
#3
#2
#1
ER 73 Gene 73-AF647
TM T + -

Cluster ID:
TM ER ME 73
ER lo R- - (Viral mRNA) Gene 73-AF647
7
hi w 7 3+ (Viral mRNA)
gh 3

****
73 low
hi
gh

Mock
Gene 73 (Median)
TM
E

0
1000
2000
3000
4000
TMERs-AF488
TM R-

(Virus ncRNAs)
Mock
ER 73
TM T + -

TMERs-AF488
(Virus ncRNAs)
TM ER ME 73
ER lo R- -
7
hi w 7 3+
gh 3

****
γHV68 Infected
73 low

D.
hi
gh

RCA (Median)
TM

WT γHV68
E

0
50
100
150
200
250
TM R-
0.22
7.58

ER 73

TMERs
TM T + -
TMERs:

TM ER ME 73
R
ER lo - -
7
hi w 7 3+
gh 3

****
73 low
hi

***
gh
TMER-TKO

Actin mRNA (Median)

TM
E
0.86
7.80

0
1000
2000
3000
4000
5000
TM R-
E 7
mRNA:
Gene 73

TM T R+ 3-
TM ER ME 73
ER lo R- -
7
hi w 7 3+
gh 3

****
Gene 73 mRNA RCA Protein
73 low
hi
gh

% FSC (relative to
TMER- 73- events)
0.33
5.74
RCA

TM
E
protein:

0
25
50
75
100
TM R-

Actin mRNA
ER 73
TM T + -
TM ER ME 73
R
ER lo - -
w 7
hi 7 3+
gh 3

****
73 low
hi
gh

(FSC)
Cell size
0.00
8.43

% SSC (relative to
Actin

TMER- 73- events)

mRNA:

TM
E

0
25
50
75
100
125
150
TM R-
ER 73
TM T + -
TM ER ME 73
R
ER lo - - (SSC)
w 7
hi 7 3+
Granularity

gh 3

****
73 low
hi
gh

Figure 6
Oko et al