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26 – 31 Mai 2014
ISBA Campus du Champ de foire - Centre du Riz pour l’Afrique - Campus Numérique AUF
Cotonou, Bénin.
Remerciements
• Le Professeur Michel Dron de l’Université Paris-Sud Orsay, qui nous a aidés à initier les
premières opérations d’enseignement des Biotechnologies en présentiel au Liban puis au
Burkina Faso, un pari risqué, mais qui a abouti a la formation d’une équipe soudée et
enthousiaste !
• Le Docteur Serge Hamon, Directeur de l’UMR DIADE à l’IRD Montpellier, qui a favorisé
l’émergence de SudBiotech dans le réseau Biotechnologies de l’Agence Universitaire de la
Francophonie,
• Le Professeur Ambaliou Sanni, qui a porté SudBiotech sur les fonts baptismaux en 2008 et
n’a jamais ménagé ses efforts pour pérenniser notre présence au Bénin,
• Les représentants de l’IRD au Bénin, Gilles Bezançon et avant lui Bruno Bordage, qui ont
toujours su faciliter nos séjours,
• Philippe Menozzi, Correspondant du Cirad au Bénin, pour son appui constant et son aide
logistique sans faille,
• Enfin et surtout, nos étudiants et apprenants, une population renouvelée chaque année
mais qui partage depuis 2008 les mêmes valeurs d’enthousiasme, de motivation et de
curiosité scientifique. Merci encore pour vos questions pertinentes, vos interrogations
sincères et votre engagement.
L’Equipe Pédagogique SudBiotech 2014
LBBM/FAST/UAC, Bénin
Prof SANNI Ambaliou: ambaliou.sanni@gmail.com
Dr AYI FANOU Lucie: afaluc@yahoo.fr
Dr ATINDEHOU Mènovè Cynthia: ichcynthia@yahoo.fr
Dr LAGNINKA Latifou: latifkabe@yahoo.fr
Dr CHABI Nicodème: nicodeme.chabi@gmail.com;
Dr ADEOTI Kifouli: zoulade@yahoo.fr
Des débats très animés ont suivi les conférences, auxquels ont participé Académiciens et
Enseignants-Chercheurs de l’Université Abomey-Calavi. Les résumés des deux conférences son
présentés ci-après :
Les biotechnologies végétales au service de l’agriculture : les opportunités africaines
Aimé NATO
Université Paris-Sud, Orsay, France.
Avec plus de 5% de croissance économique par an, l’Afrique ne peut laisser indifférents les décideurs économiques, même
si les défis sont considérables. En 2050, les Africains vont constituer un des plus grands marchés de la planète avec des
classes moyennes pouvant représenter jusqu’à 500 millions de personnes. Comme la majorité de la population des pays
Africains habite en zones rurales et dépend directement de l’Agriculture pour sa survie, ce secteur reste le principal vecteur de
développement des économies africaines.
Aujourd’hui, la Planète ne peut plus s’offrir une nouvelle révolution verte, basée sur l’utilisation massive d’engrais et de
pesticides. L’augmentation escomptée de la productivité et de la sécurité alimentaires doivent désormais se dérouler dans un
contexte de développement rural durable, capable d’éradiquer la pauvreté et de porter les classes moyennes émergentes sans
incidences négatives sur les hommes et leur environnement.
Les progrès récents et les outils de la Biologie Moléculaire, les promesses de la transgénèse végétale ouvrent des
perspectives nouvelles aux Biologistes, aux Généticiens et aux Agronomes concernés par le développement de l’Afrique et, en
premier lieu, aux scientifiques du Continent eux-mêmes. Ces approches innovantes permettent des gains considérable en
productivité en approfondissant nos connaissances sur la diversité génétique des espèces cultivées, en facilitant l’innovation
dans la création variétale et en assurant un transfert rapide du progrès génétique vers les utilisateurs finaux.
A quelques exceptions près, la plupart des pays d’Afrique ont encore un accès limité à ces technologies, très demandeuses
en investissements, en infrastructures et en compétences scientifiques. Ces dernières années, certains pays d’Afrique de
l’Ouest, dans le but de moderniser leur Agriculture, se sont engagés en faveur de l’introduction d’organismes génétiquement
modifiés ou OGM. « Ces OGM peuvent apporter beaucoup, mais à des conditions précises. Un des risques, c’est que l’on force
les décideurs africains à accepter des produits qui n’ont pas été développés pour leurs pays et qui peuvent présenter des
risques pour l’Ecologie fragile de ces pays », (Alain Weil, Cirad).
Aujourd’hui, l’un des défis principaux à relever par notre communauté scientifique est celui de la formation de cadres
scientifiques, rompus à ces nouvelles technologies et à leur utilisation aux fins de développement agricole durable.
Ces cadres africains doivent maitriser les biotechnologies, en connaitre parfaitement les risques réels et les enjeux
économiques, environnementaux et sociaux et les conditions de leur acceptabilité publique, afin d’intervenir utilement sur les
politiques publiques.
Les bailleurs et les ONG internationaux s’accordent pour donner à la culture du palmier à huile un rôle incontournable dans
l’éradication de la pauvreté dans les pays tropicaux. En moins d’un siècle, cette culture est passée du statut de vivrière mineure
en Afrique à l’une des productions agricoles majeures à l’échelle mondiale. Quand il est correctement planifié par les
gouvernements locaux ou régionaux, le développement du palmier à huile se traduit par un fort développement économique et
une importante réduction de la pauvreté rurale. Mal gérée, l’extension des plantations risque de se traduire par la disparition de
forêts à grande valeur de conservation, avec des impacts négatifs sur les communautés rurales. L’ensemble des acteurs
(gouvernements, entreprises, centres de recherche agronomiques nationaux, communautés locales, ONG nationales et
internationales) doivent élaborer une stratégie préventive. Cette concertation doit prendre appui sur les standards de
certification élaborés par l’IFC et la RSPO (Roundtable on Sustainable Palm Oil), constituant une base de travail reconnue
internationalement.
Après des débuts prometteurs au siècle dernier, la filière huile de palme béninoise semble actuellement confrontée à des
contraintes spécifiques. Un secteur industriel assez peu développé et un secteur artisanal très peu mécanisé la rendent
atypique parmi les autres pays producteurs du golfe de Guinée. La compréhension des dynamiques internes de la filière au
Bénin est un pré requis indispensable à sa relance.
Toute stratégie d’expansion durable de la filière huile de palme devra désormais intégrer : i) l’intensification écologique des
plantations existantes, avec la diffusion de matériel végétal sélectionné, une fertilisation raisonnée et le recyclage des effluents,
ii) les petits planteurs au développement des complexes agroindustriels, soit par la mise en place de contrats de production, soit
par des mesures de soutien à l’agriculture familiale (fourniture de plants sélectionnés et de fertilisants, microcrédit, encadrement
technique, formation, etc.), iii) la conservation de la biodiversité et du domaine forestier permanent, en privilégiant le
développement de zones déjà déforestées ou dégradées, iv) l’application contrôlée des principes et des critères RSPO qui
doivent être interprétés en fonction des contraintes locales et intégrés dans les politiques et réglementations nationales, v) le
respect des droits des communautés locales, en recueillant leur consentement libre, informé et préalable, et une large
communication de tout développement de nouvelles plantations et vi) l’examen du droit foncier, du cadastre quand il existe et le
respect de la réglementation relative à l’acquisition des terres.
Présentation
Le lundi 26 Mai 2014 a débuté, à l’Institut des Sciences Biomédicales Appliquées (ISBA) de
Cotonou, la 5ème édition de l’Atelier Sous-régional sur la Biologie Moléculaire, les Biotechnologies
Végétales et la Bioinformatique.
L’objectif de cet Atelier est de permettre à chaque participant de renforcer ses connaissances en
biologie moléculaire et biotechnologies végétales : il s’agit avant tout de démystifier les
biotechnologies, d’appréhender leurs fondamentaux afin de s’approprier les techniques et les
concepts.
Répartition des participants par niveau de compétence Répartition des participants par sexe
Il importe de noter la présence de deux participants originaires de l’Université de Lomé, Togo (un
Doctorant et un Enseignant-Chercheur) signe de l’ouverture de la Formation SudBiotech aux
communautés scientifiques de la sous-région.
Les 21 apprenants présents se sont répartis en 4 groupes de travail homogènes, chaque groupe
désignant un Rapporteur.
Les Rapporteurs de Groupe auront la charge de rendre compte quotidiennement à l’ensemble du
groupe des avancées de la journée écoulée et de réunir l’essentiel des informations partagées
dans le présent Rapport de Formation, qui est revu par les Formateurs.
Pour cette cinquième édition, l’Atelier SudBiotech a bénéficié d’infrastructures de très grande
qualité : de nouveaux Laboratoires gracieusement mis à disposition par l’équipe du Dr Lagninka
et une confortable salle de conférence attenante.
La couverture médiatique de l’Atelier a été relayée auprès des media de la presse écrite : Le Soleil
du Bénin, Fraternité, L’Informateur, L’Evénement Précis (voir Annexe 7).
JOUR 1
Totipotence, plasticité morphogénétique et plasticité métabolique
L’Atelier a débuté par la présentation des formateurs, les Dr Aimé NATO, Francois SABOT et Alain
RIVAL, puis par celle des étudiants. Chaque apprenant a précisé sa formation initiale et ses
attentes par rapport à la semaine d’Atelier proposée.
Le parcours pédagogique a été présenté, qui conduira les participants des fondamentaux de la
biologie végétale jusqu’au génie génétique et à ses applications en agriculture.
Quels sont alors les apports de la C.I.V. dans la compréhension des concepts fondamentaux de la
construction d’une plante ?
Pour répondre à cette question, il faut maitriser l’aspect théorique et pratique de la culture in
vitro et l’effet des hormones et des signaux environnementaux sur la réponse des plantes.
La technique a été présentée par le Dr Aimé Nato. Elle consiste à cultiver dans une boite de Pétri
ou dans un tube à essai, divers explants (cellule, tige, feuille, racine, …) en milieu contrôlé et en
conditions aseptiques.
Les tubes et boites de Pétri contenant les cultures in vitro de Tabac (Nicotiana tabaccum) ont été
préparées à l’Université de Paris-Sud Orsay par le Dr Aimé Nato, sur quatre milieux de culture (T,
A, B, C) en utilisant trois types d’explants (disque de feuille, fragment de tige, racine) cultivés à la
lumière ou à l’obscurité.
Au total, 120 boites de culture ont ainsi été préparées en amont de l’Atelier à l’Université Paris-Sud
par Aimé Nato, permettant ainsi aux participants de travailler dans des conditions expérimentales
optimales sur du matériel végétal de qualité.
Le financement PEERS a permis d’équiper la salle de Travaux Pratiques avec le matériel suivant : 4
jeux complets de micropipettes, microcentrifugeuse, spectrophotomètre, thermocycleur PCR et
congélateur -20°C dédié au Projet.
Les nouveaux locaux à l’UAC - ISBA Cultures d’explants foliaires de Tabac [lumière/obscurité]
Flexibilité morphogénétique en réponse aux signaux hormonaux Lignées de Tabac sauvage (WT) et Albina
et lumineux
• A la lumière
Milieux
Organes
T A B C
Disque de Organe intact Présence de colonies Présence de boutures Présence de plantes
feuilles de cellules sans de plantes (feuilles et entières avec racines
différenciation tiges) de couleurs vertes
Conclusion Sans hormone, pas L’hormone du milieu A L’hormone du milieu Le milieu favorise la
de développement favorise la prolifération favorise la formation des racines
de la plante sans différenciation des différenciation mais
cellules inhibe la rhizogenèse
• A l’obscurité
Milieux
Organes
T A B C
Disque de Aucune observation Présence de colonies de Présence de boutures Présence de plantes
feuilles cellules sans de plantes (feuilles et entières avec racines
différenciation tiges)
Conclusion Sans hormone, pas L’hormone du milieu A L’hormone du milieu Le milieu favorise la
de développement favorise la prolifération favorise la formation des racines
de la plante sans différenciation des différenciation mais
cellules inhibe la rhizogenèse
Une mutagenèse chimique a permis d’obtenir un mutant albinos de tabac Albina. Cette plante,
dépourvue de chloroplastes fonctionnels, ne réalise pas de photosynthèse. Une telle plante ne
pourrait survivre en milieu naturel. In vitro, en présence de sucres dans le milieu de culture, elle
développe d’autres mécanismes de carboxylation nécessaires à son métabolisme : on parle de
flexibilité métabolique.
Les cultures in vitro apportent des modèles d’étude de grande qualité pour comprendre la
flexibilité morphogénétique métabolique caractéristiques des plantes supérieures.
En outre, les applications des cultures in vitro sont multiples, elles ont été développées dans
plusieurs domaines afin d’exploiter leur plasticité métabolique. Citons par exemple le domaine
biomédical et biopharmaceutique (insuline, antibiotiques, médicaments, ….), le domaine agricole
(production à l’échelle industrielle de plantes « élites » par clonage : Gerbera, orchidées, palmier à
huile, bananier,….).
Pour extraire toutes les protéines solubles des tissus, nous avons pesé à la balance de précision
une petite quantité de masse fraiche (0,5 à 1,5 g) de chacun des différents matériels d’étude.
A partir de plusieurs espèces végétales (tabac, blé, maïs), différents organes (feuilles,
germinations, cultures in vitro, racines) ont été échantillonnés ainsi que divers tissus
(chlorophyllien, albinos, étiolé) qui ont été prélevés et lyophilisés ou frais.
Nous avons broyé à 4°C les échantillons dans un mortier, en présence d’une solution tampon (Tris-
HCl ph=8, MgCl2 10mM, PMSF 0,5 mM et DTT 5 mM). La solution obtenue est alors transvasée
dans des tubes Eppendorf. Durant ces étapes, le matériel (mortier, Eppendorf) est placé dans de
la glace pour éviter la dégradation des protéines. Les tubes sont alors centrifugés à 12,000
tours /min durant 10 minutes à 4°C. Le surnageant est récupéré et placé dans la glace.
Dosage colorimétrique des protéines Extraction des protéines solubles totales par broyage à 4°C
Dosage colorimétrique
Le dosage colorimétrique est effectué à partir d’un aliquote prélevé dans une solution de 1000 µL
contenant 780 ou 790 µL d’eau, 20 ou 10 µL du surnageant (Extrait Enzymatique Brut ou EEB) et
200 µL d’un réactif spécifique des protéines (Bradford).
Cette solution est homogénéisée, puis placée dans le colorimètre en vue de lire la DO. A partir de
cette DO, nous avons réalisé une courbe d’étalonnage Bio-Rad (DO inférieure à 1, c'est-à-dire dans
la partie linéaire de la courbe d’étalonnage) pour déterminer la quantité de protéine contenue
dans 10 µL d’EEB. En fonction de la quantité de protéines contenue dans 10 µL d’EEB extrait de
chaque matériel végétal testé, nous avons déterminé les volumes à prélever pour réaliser le dépôt
avant électrophorèse.
Ce dosage nous a permis de connaitre la quantité de protéines solubles totales présente dans 10
µL de solution. Connaissant le volume total de notre solution de départ et la masse de matière
végétale prélevée, nous avons quantifié la teneur en protéine en µg/g de matière fraiche.
Les différents matériels utilisés, les résultats obtenus et les différentes interprétations sont
résumés dans le tableau suivant :
T 750
A 950
B 1500
Fv L 7610
Fv Obs 2290
Falbina L 5460
La comparaison entre traitements T, A et B indique une forte teneur en protéines solubles chez le
témoin, et la présence d’une plus grande quantité de protéines solubles lors de la différenciation
et une plus faible lors de la prolifération.
La teneur en protéines solubles totales varie avec le stade de développement de la plante.
La comparaison entre Feuilles vertes à la lumière et feuilles albinos à la lumière indique que la
plante albinos possède globalement 50% de protéines en moins que son homologue
chlorophyllienne. Dans la mesure où la lignée de tabac albinos ne possède pas de RubisCO par
mutation, nous pouvons poser comme hypothèse que le défaut de RubisCO suffit à expliquer la
chute mesurée de la teneur en protéines solubles totales. Cette hypothèse devra être vérifiée par
détection immunochimique de la RubisCO (test d’Ouchterlony).
Le maïs étiolé contient moins de protéines solubles que le maïs chlorophyllien, mais à un niveau
remarquablement élevé (34 000 et 50000 µg par g de matière fraiche). Il en va de même pour les
germinations étiolées ou chlorophylliennes du blé tendre, dont la teneur en protéines solubles
totales est néanmoins plus basse (11000 et 17500 µg par g de matière fraiche).
Notons que ces quatre matériels proviennent d’extraits lyophilisés, indiquant que la teneur en eau
des divers extraits frais est très forte (90-95%). Lorsque l’on s’intéresse aux racines, de maïs et de
blé tendre, les teneurs en protéines solubles totales sont basses.
Mise en évidence d’une activité PEPC carboxylase par détection de l’activité enzymatique sur gel
Afin de travailler sur des quantités de PST comparables, nous avons déposé des volumes précis de
nos extraits EEB sur des gels de polyacrylamide.
Après migration (à 4°C, sous 100 volts, durant 2,5 heures) les gels ont été démoulés, placés dans
une boite de Petri, puis incubés 15 à 20 minutes dans une solution tampon (0,1 M Tris pH=8)
contenant les substrats de la PEPC (PEP, Bicarbonate) en concentrations optimales. Le colorant
Fast Violet Blue (10 mg) colore en rouge vif le produit de la réaction enzymatique détecté sur le
gel.
Tous les organes étudiés ont révélé la présence d’une activité PEPC mesurable, indiquant ainsi
que la technique d’immunodetection par anticorps secondaire utilisée est très efficace.
L’activité PEPC apparait plus intense chez les germinations vertes que chez celles étiolées de
maïs, par contre elle est plus intense chez les germinations étiolées que chez celles
chlorophylliennes dans le cas du blé tendre.
Révélation l’activité PEP Carboxylase sur gel de polyacrylamide après électrophorèse native : 30 µg de protéines solubles totales sont
déposées dans chaque puits.
Les précipités se présentent sous la forme d’un arc blanchâtre visible à l’œil nu. La méthode
d’Ouchterlony peut être utilisée notamment pour détecter la présence d’anticorps spécifiques
dans un sérum, pour mettre en évidence un antigène donné dans un liquide biologique, pour
déterminer la zone d'équivalence ou pour évaluer le degré d'identité (nul, total ou partiel) entre
différentes protéines antigéniques.
En effet, des antigènes possédant une identité partielle avec celui contre lequel ont été produits
les anticorps sont susceptibles de donner une réaction croisée conduisant à des arcs de
précipitation d’aspect particulier. On peut ainsi identifier des relations de parenté entre les
organismes dont proviennent les antigènes et celui ayant fourni les anticorps.
Un gel d'agarose est coulé, sur des lames porte-objet de microscopie, et des puits équidistants
sont creusés dans le gel.
Un sérum dirigé contre un antigène déterminé est placé dans le puits central et les solutions
d'antigènes à tester sont placées dans les puits périphériques. Après quelques heures de
diffusion, les arcs de précipitation sont examinés à l’œil nu mais ils peuvent aussi être colorés
pour améliorer leur visibilité.
FL
BV FO
ACR
BE
ME
MV
Révélation et interprétation des test de Double ImmunoDiffusion d’Ouchterlony à l’aide Anticorps polyclonaux Anti-RubisCo de Tabac
Probablement du fait de dépôts de quantités trop faibles de protéines solubles (la PEPC ne
représente en fait qu’environ 0,1% des protéines solubles totales) l’anticorps anti-PEPC n’a pas
permis de déceler clairement la PEPC dans les échantillons analysés.
En ce qui concerne la RubisCO (Ribulose bisphosphate carboxylase), en premier lieu le sérum pré-
immun (témoin négatif) ne montre, comme attendu, aucune réponse avec les échantillons testés.
Il est donc possible d’utiliser l’anticorps polyclonal anti-RubisCO. Un point important est l’absence
de réponse des racines de blé ou de maïs. Dans la mesure où l’anticorps anti-RubisCO détecte par
ailleurs la présence de cette protéine chez les deux espèces, il est probable que cette protéine
soit absente des racines.
Les tests d’Ouchterlony réalisés par l’ensemble des groupes de travail indiquent par ailleurs que:
• le Tabac chlorophyllien accumule beaucoup plus de RubisCO que le tabac albinos.
L’absence totale de RubisCO dans cet extrait permettrait donc d’expliquer la chute en PST
notée précédemment
• la synthèse de RubisCO dans la germination de blé ne dépend pas de la lumière
• les arcs d’immunoprécipitation ne sont pas totalement jointifs lorsque l’on compare les
protéines RubisCO extraites du même organe chez le tabac et le blé, le tabac et le maïs.
On peut donc en déduire que des différences de structure existent chez ces différentes
protéines, qui partagent toutefois la même fonction.
JOUR 3
Visite de la Plateforme de Génétique et Génomique du riz en Afrique.
Centre AfricaRice.
Le Mercredi 28 Mai s’est tenue la quatrième journée de l’Atelier, délocalisée sur la Plateforme de
Génétique et Génomique du riz du Centre International AfricaRice, situé a Cotonou.
L’objectif global de cette journée est une initiation aux techniques permettant d’extraire l’ADN
puis d’en analyser la diversité par marqueurs moléculaires en utilisant la Polymerase Chain
Reaction. L’ensemble des protocoles utilisés au cours de cette journée est donné en Annexe 4 .
Dirigée par le Dr Marie-Noelle Ndjiondjop, cette plateforme a pour vocation de valoriser les
ressources génétiques de riz originaires et cultivées en Afrique. Elle utilise les outils
biotechnologiques, notamment moléculaires, afin de déterminer la diversité des ressources
génétiques collectées par le Centre du Riz pour l’Afrique où elles sont conservées et préservées.
Cette diversité est ensuite utilisée dans des programmes d’identification et de cartographie de
nouveaux gènes de résistance liés aux problèmes (agronomiques, biotiques et abiotiques) de la
riziculture en Afrique avant d’être intégrée dans des programmes de Sélection Assistée par
Marqueurs.
Les marqueurs moléculaires servent à améliorer certaines variétés de riz populaires du Mali,
Burkina Faso, Nigeria et Cote d’Ivoire pour leur résistance au virus de la panachure jaune. Ces
variétés améliorées sont à ce jour en cours d’évaluation chez les paysans des pays concernés en
vue de leur vulgarisation.
La plateforme héberge également divers chercheurs, notamment du Cirad, dont l’approche est
d’utiliser l’outil moléculaire pour suivre la migration des insectes.
L’un des objectifs majeurs de la Plateforme est de se consacrer à une formation d’avant-garde
d’étudiants, techniciens et chercheurs des centres de recherche agronomique des pays membres
ainsi que leurs universitaires.
L’extraction de l’ADN génomique de riz (deux lignées, hybrides F1 et F2) a été réalisée selon un
protocole rapide ou un protocole lent, proposés par l’équipe AfricaRice.
Figure 7: Analyse par PCR d’hybrides entre deux espèces cultivées de riz. MT = Marqueurs de Taille;
P1: Parent 1 : Oryza sativa; P2: Parent 2 : Oryza glaberrima ; HF1 = Hybrides F1.
Dans un premier temps, les principaux marqueurs moléculaires sont décrits (principalement RFLP
et ISSR), en insistant sur leurs avantages/inconvénients respectifs ; leurs conditions de mise en
œuvre sont comparées. Les principaux résultats issus du récent travail de Thèse sont présentés,
illustrant l’utilisation de marqueurs moléculaires de type AFLP dans l’étude de 4 espèces de
légumes feuilles au Bénin. La distribution géographique des 4 espèces sur le territoire béninois
aéré établie. La diversité génétique au sein de chaque espèce s’est révélée faible. L’étude a
permis de mettre en évidence des flux de gènes entre accessions cultivées et sauvages chez
Sesamum radiatum.
JOUR 4
Plasticité métabolique : Importance de la levée de la dormance.
Expérimentation
Effet de l’imbibition
o Pesée de 12 grains secs…imbibition (molécule d’eau) pendant 15h. Les molécules
d’eau pénètrent dans les grains.
o Pesée des grains imbibés.
Nous calculerons la quantité d’eau absorbée par les trente grains, puis la quantité d’eau dans un
seul de ces grains.
Les jeunes germinations de blé cultivées à la lumière sont vertes alors que celles maintenues à
l’obscurité sont jaunes. Cela montre qu’il y a une différence de pigmentation (pigments verts ou
pigments jaunes)
o Observation des grains mis à germer : l’imbibition a enclenché un début de
germination qui a provoqué la sortie de la racine (au bout de deux jours)
Donc la germination est un processus continu.
o L’observation de la constitution d’un caryopse de blé imbibé d’eau. Le schéma
suivant résume toutes ces observations :
1 : poils (stigmates). 2 : téguments (écorce). Le caryopse est un fruit car l'écorce est le résultat de la fusion des téguments de la graine et de
la paroi de l'ovaire. 3 : albumen. 4 : cotylédon unique. 5 : épicotyle (capuchon recouvrant la gemmule). 6 : première feuille. 7 : scutellum. 8 :
gemmule. 9 : tigelle. 10 : radicule. 11 : coiffe. 12 : coléorhize (capuchon recouvrant la radicule).
La germination débute par la sortie de la radicule suivie très rapidement de l'émergence du
coléoptile. Celui-ci grandit essentiellement par élongation cellulaire. Il protège les premières
feuilles et l'apex caulinaire. Il s'allonge davantage chez les plantes cultivées à l'obscurité. Par
contre, les premières feuilles ont une croissance sensiblement égale à la lumière et à l'obscurité.
La différence porte essentiellement sur la couleur (synthèse de chlorophylle et photosynthèse).
Germinations de grains de blé de 4, 6, 7 et 8 jours cultivés à 20°C sur de la vermiculite à l'obscurité (à gauche) ou à la lumière (à droite).
Le coléoptile de blé, de taille plus grande que le coléoptile d'avoine, permet de réaliser plusieurs
types d'expériences : croissance auxinique, phototropisme, etc. Les grains doivent être cultivés à
l'obscurité. En effet, le coléoptile étiolé manifeste une croissance par élongation plus grande que
celle du coléoptile cultivé à la lumière.
Mais
M1 2,40 3,60 1,2
M2 2,26 3,40 1,14
M3 2,33 3,38 1, 05
M4 2,36 3,33 0,94
M5 2, 40 3,60 1, 20
Les relations entre génotype (l’information génétique transmissible contenue dans l’ADN) et
phénotype (l’ensemble des caractères exprimés par un individu) sont complexes ; elles
constituent une boite noire pour les sélectionneurs et les physiologistes moléculaires.
L’usine cellulaire génère les constituants de la matière organique (protides, glucides, lipides) mais
aussi ses propres réseaux de régulation qui gouvernent l’expression des gènes.
Le concept un gène => une protéine => une fonction a depuis longtemps fait la place a la notion
de réseaux de gènes modulés par des voies de signalisation complexes.
L’approche épigénétique ouvre, pour l’ensemble des êtres vivants incluant les Plantes
Supérieures, de nouvelles voies de compréhension de ces systèmes intégrés.
Elle permet d’approcher la régulation de l’expression des génomes et la plasticité phénotypique,
non seulement à la fois a l’échelle de la réponse immédiate aux stress environnementaux mais
aussi à l’échelle de l’évolution des génomes et de leur structure.
JOUR 5
Visite du Campus Numérique de l’Agence Universitaire de la Francophonie
Initiation à la Bioinformatique
1. Une première phase avec une présentation générale, accompagnée d'une application
directe en utilisant le logiciel pour dessiner et valider des amorces PCR sur une séquence
donnée. Cette séance préparait utilement les étudiants au module suivant d’initiation
pratique à la PCR réalisée le lendemain à Africa Rice.
JOUR 6
Des outils pour démarrer sa carrière scientifique et sa mobilité
Questionnaire d’évaluation
Un questionnaire destiné à l’évaluation par les apprenants de l’impact de l’Atelier est distribué.
Son exploitation servira utilement à l’amélioration des prochaines sessions de l’Atelier, au Bénin
comme dans d’autres pays du Sud.
Les retours d’évaluation de la part des apprenants 2014 se sont avérés extrêmement positifs, en
termes de contenu du parcours pédagogique et de disponibilité des enseignants.
Il faudra sans doute alléger le programme si les financements ne permettent pas de programmer
les prochaines sessions sur 10 jours complets.
Le Vème Atelier SudBiotech s’est conclu par la remise des diplômes et le verre de l’Amitié entre
Etudiants et Enseignants.
Perspectives
Depuis 2008, cinq éditions de l’Atelier SudBiotech se sont succédé au Bénin. Elles ont bénéficié à
des groupes d’étudiants et d’apprenants très variés et chaque édition s’est enrichie des
expériences précédentes.
L’édition 2014 n’échappe pas à la règle… nos erreurs et nos avancées seront profitables à l’Edition
2015 à venir sur financement PEERS –AIRD.
SudBiotech - Vème Atelier sur la Biologie Moléculaire, les Biotechnologies Végétales et la Bioinformatique
Programme d’enseignement
Mardi 27 Mai 2014 08.30 – 09:30 • Debriefing 15:00 – 16:30 TP1: Calculs et Interprétation
TP1: Mise en commun des résultats et Conclusions
09:30 – 13:00 TP2: Recherche de marqueurs Biochimiques des TD1: BioInformatique : Principes et applications
processus de Prolifération et de Différenciation 17:00 – 19 :00 La Polymerase Chain Reaction (PCR) :
Principe et applications en Biologie Moléculaire
Mercredi 28 Mai 2014 08.30 – 10:00 AFRICA RICE : Centre du Riz pour l’Afrique 15:00 – 16:30 AFRICA RICE : Centre du Riz pour l’Afrique
10:30 – 13:00 TP3 : Initiation à la PCR et ses applications 17:00 – 18:30 TP3 : Initiation à la PCR et ses applications
Jeudi 29 Mai 2014 Débriefing TP1 15:00 – 16 :30 COURS 3 : Application des marqueurs moléculaires aux études de biodiversité
08 :30 – 11:00 Débriefing TP2 génétique
Débriefing TP3
11:30 – 13:00 COURS 4 : Génétique et Epigénétique 17 :00 – 19 :00 COURS 5: Les composés naturels végétaux à propriétés antiparasitaires et
antimicrobiennes
Vendredi 30 Mai 2014 09:00 – 11:00 CAMPUS NUMERIQUE AUF 15:00 – 16 :30 CAMPUS NUMERIQUE AUF
TP4 : Bio Informatique TP4 : Bio Informatique
11:30 – 13:00 17 :00 – 19 :00
• Questionnaire de satisfaction
Samedi 31 Mai 2014 08 :30 – 11:00 Débriefing TP4 15:00 – 16:30 • Bilan et perspectives
RESPONSABLES
Activité N°1 : Récolte des jeunes feuilles, extraction d’ADN génomique du riz
et quantification
Des jeunes feuilles de riz sont récoltées dans des tubes Eppendorf, puis conservées dans de la
glace. L’ADN de feuille de riz est extrait suivant le protocole ci-dessous.
Matériel :
Thermocycleur, Tubes 0.5 ml, Micropipette, cônes, portoir, tube ou plaque à PCR, bac à
glace, réactifs de PCR
Réactifs: ADN, DNTPs, Taq ADN polymérase, Primer Forward et Reverse, Tampon10 X,
H2O stérile
Protocole :
1. Déposer 3µl d'ADN dans chacun des puits de la plaque PCR (en fonction du nombre
d’échantillons) ;
2. Réaliser un mélange de tous les composants nécessaires pour la réaction dans un tube
Eppendorf puis, ajouter l'enzyme polymérase en dernière position ;
3. Répartir 22µl du mélange réactionnel dans chacun des puits de la plaque PCR contenant
l'ADN;
Protocole :
1. Peser 3g d’agarose en poudre dans un bécher puis ajouter 100ml de tampon TBE 0.5X
2. Faire bouillir le mélange dans un four micro-onde (environ 2 min)
3. Laisser légèrement refroidir (environ 10 min)
4. Ajouter 3µ l de GelRed et couler le gel dans une cuve contenant des peignes disposés
selon le nombre d’échantillon à analyser
5. Laisser polymériser le gel (environ 20 min)
6. Enlever délicatement les peignes puis déposer le gel dans la cuve à électrophorèse
connectée à un générateur
7. Ajouter 10µ l de bleu de migration dans le produit d’amplification
8. Réaliser le dépôt du mélange dans les puits du gel d’agarose préalablement préparé
9. Déposer le marqueur de taille (Poids Moléculaire)
10. Brancher le générateur à la cuve puis lancer la migration à 180V pendant 1h30 (durée
variable selon la taille des amplicons
11. Visualiser le gel aux rayons UV grâce à l’Alpha Imager
12. Enregistrer l’image du gel, imprimer la photo du gel et la coller dans le cahier de
manipulation
13. Interpréter les résultats.
Annexe 5
Annexe 6
Annexe 7