1- STRUCTURE DES VIRUS

 Définition:
- Entités nucléoprotéiques possédant un seul type d’acide nucléique (ARN ou ADN).
- Ils sont infectieux et pathogènes.
- Ils sont reproduits par la cellule à partir de leur matériel génétique et sont incapables de croître et de se
diviser.
- Totalement différents des bactéries ou des parasites.
- Plus de 5000 sont actuellement identifiés.
- Infectent : Invertébrés (insectes), plantes, algues, champignons, protozoaires, bactéries (bactériophage).
HISTOIRE
 Rage: l’Iliade, lois Mésopotamie
 Poliomyélite (Egypte)
 11ième siècle:Chine/Inde:”variolation”
 1796:Jenner(cowpox):”vacca”=cow(latin)
 1885:vaccin rage (Pasteur)
 1892:VMT (Ivanovsky):agent filtré
 Virus: en latin = poison
 1901:1er virus humain:FJ (Cuba)
 Découverte poliovirus 1909
 1935:vaccin fièvre jaune
 Dès 1935, le microscope électronique
STRUCTURE DES VIRUS
 VIRION
- Génome: ARN ou ADN
- Capside: protéique (enferme le génome), “capsa” = boîte
- Enveloppe ou péplos (certains)
- Matrice (tégument) à la face interne:rôle stabilisateur, matrice entre capside et enveloppe
 CAPSIDE:
- protège le génome, rôle attachement cellule hôte (virus nus), relativement résistante et stable.
- Tubulaire à symétrie hélicoïdale / grippe.
- Icosaédrique à symétrie cubique. Polyèdre à 12 sommets, 30 arêtes et 20 faces.
- Symétrie complexe: Poxviridae
 Génome viral:
- ARN
 majorité monocaténaire.
 Polarité positive ou négative.
 Segments.
 Fragile.
 Taille limitée.
- ADN:
 majorité bicatenaire.
 Taille élevée. Ex. HSV = 80 gènes.
- 1700 nucléotides (hépatite D) → plus qu’un million pdb (Mimivirus)
- CMV(235Kpb) et Poxviridae (375Kpb) = gros génomes donc moins de dépendance vis-à-vis cellule hôte
 Enveloppe: chez certains.
- Dérive par bourgeonnement de la cellule hôte (membranes cellulaires) sauf Poxvirus
- Bicouche glucido-lipidique, glycoprotéines virales (ancrées face externe en spicules, rôle attachement hôte,
très antigéniques), parfois cellulaires
- Fragile: talon d’Achille. Dans le milieu extérieur (T°, dessication, acidité, produits chimiques). Exceptions:
poxvirus et VHB.
 Classement :
- Critères majeurs
- Critères mineurs
- Alors classement en arborescence
 - Ordre (-virales), famille (-viridae), parfois sous-familles (-virinae), genres (-virus), espèces, sous-espèces,
sérotypes
- Ex:Mononegavirales/Paramyxoviridae/Paramyxovirinae/ Pneumovirus/ VRS
Multiplication Cellule
 Ne se multiplie pas seul
- Génome,
- matière première,
- source d’énergie,
- accélérateur biologique
 => Donc, une cellule
 Elle va fabriquer de nouveaux virus selon un procédé de biosynthèse : la réplication
 C’est donc une information génétique parasite

 Cycle productif/lytique ou non

 Entrée cellule → rôle génome + machinerie cellulaire
 Selon virus: une cellule peut → quelques virions jusqu’à 100 000 et ceci en quelques heures à quelques jours
 Le virus détourne à son profit la machinerie cellulaire. Le génome viral se substitue en totalité ou en partie au
génome cellulaire
Etapes précoces:
 Attachement: interaction spécifique, affine, notion de tropisme, sites (GP virales) sur capside ou enveloppe, rôle de
récepteurs (500 à 500 000), rôle concentration en virions et en cellules, interactions électrostatiques initiales
 Plusieurs virus → même récepteur et un même virus → plusieurs types récepteurs
 Pénétration: rôle ++ cellule (apport énergie, pH et T°).
- Endocytose et formation pore membranaire pour virus nus et certains enveloppés (fusion avec la
vésicule),
- fusion membrane – membrane virus enveloppés, puis lyse.
- Un virus peut passer de cellule à cellule (nanotubules)
 Décapsidation: dans le cytoplasme pour la majorité (diamètre pores nucléaires). C’est la destruction du
virus sauf son génome.
Transcription
 ADN:
- noyau,
- polymérase cellule
 ARN pol. si ADN double
 ADN pol. si ADN mono (pour 2eme brin puis ARN pol.)
- modifications transcrits,
- vers cytoplasme et ribosomes
 ARN:
- ds cytop.
- Monoc.+ = directement sauf Rétrovirus,
- mono.- = ARN pol. virale.
- Bicat. = le brin – est → + par pol. virale
 Transcription: ARNm viraux. Seuls les virus ADN → enzymes cellulaires
Multiplication proprement dite:
 Traduction (structurales et non)
 Réplication:
- virus ARN :
 ARN polymérase ARN dépendante : non dans une cellule normale. Alors faut une réplicase viro-
induite.
- Virus ADN:
 polymerase cellulaire ou virale (herpes, adéno et poxvirus)
 Virus ADN dans le noyau sauf Poxviridae
 Virus à ARN dans cytoplasme sauf Rétroviridae et Orthomyxoviridae
 Polymérase à ARN = 1000X plus d’erreurs sans correction → variabilité élevée génome ARN
- Mutations ponctuelles: transitions et transversions, insertions/délétions, réassortiment, recombinaison.
Assemblage et libération des virions:
- Virus nus: procapside → nucléocapside dans noyau ou cytoplasme → libération par éclatement
- enveloppés: acquisition de l’enveloppe. Bourgeonnement membranes cellulaires. Donc faut plus
d’étapes que pour un virus nu.
MULTIPLICATION ORGANISME
Progression de l’infection:
 Voie respiratoire:
- contacts rapprochés (aérosols) → Arbre respiratoire → soit infection localisée (rhinovirus, grippe,
VRS) avec nécrose épithélium respiratoire soit infection systémique (ROR)
 Voie digestive:
- Eau ou aliments contaminés → Cellule intestinale (virus nus ++, pH et sels biliaires) : soit infection
locale ou GE (Rotavirus) soit à distance (Entérovirus/poliomyélite, VHA)
- Bouche → infection locale (HSV) ou systémique (autres herpes virus)
 Voie cutanéo-muqueuse
- Transcutanée (localisée = HPV, à distance par piqure ou morsure)
- Sexuelle : localisée (HSV, Papillomavirus) ou généralisée (VIH via C. Langerhans qui migrent, VHB…)
- Conjonctivale: locale (Adénovirus) ou générale (Rougeole)
 Mère - enfant
Périodes d’incubation:
 contage → premiers signes cliniques
 Multiplication site d’entrée: courte
 Multiplication à distance: très souvent une virémie → cible = incubation longue (hépatites ++)
Modes d’évolution:
 Aigue résolutive symptomatique ou pas, fatale (rage) ou pas
 Persistante = chronique, réplicative (VIH: 1milliard-10milliards virus/j) ou non = latente (herpes virus, qui →
réactivée)
 Nuance: guérison/génome VHB foie
 Persistance → cancer(EBV,HCV,…)
 Virus sans maladie: orphelin (VHG)
Modulation expression clinique
 Virulence: VIH 1, grippe espagnole: recombinaisons? Multigénique?, hépatite fulminante à EBV
 Voie d’entrée
 Hôte: ID, HLA
Epidémiologie
 Epidémies: maladies dont le nombre de cas cliniques est > au seuil habituel observé dans un temps et une région
donnés
 Pandémies: épidémies à l’échelle de plusieurs continents
 Endémies: maladies dont le nombre de cas cliniques est constant dans une région donnée
 Cas sporadiques: infections cliniques isolées sans lien épidémiologique entre elles
Cas clinique récent
 Jeune homme 15 ans
 Douleurs testiculaires + hyperthermie J1
 J2: volume testiculaire ↑ - Amylase ↑ et hyperthemie
 J3: pareil. Echographie: pas de torsion
 Hémocultures + ECBU puis mis sous ATB
 Diagnostic ?