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Qu'est-ce que la médecine génomique?

https://workofstephanieroth.weebly.com/what-is-genomic-
medicine.html
Stéphanie Clare Roth , MS, AHIP

ABSTRAIT
La médecine génomique modifie rapidement l'avenir de la médecine. Les bibliothécaires médicaux
doivent comprendre ce domaine de recherche et se tenir au courant de ses dernières
avancées. Même s'ils ne sont pas directement impliqués dans la médecine génomique, les
bibliothécaires peuvent jouer un rôle essentiel en aidant les consommateurs et les praticiens de soins
de santé qui peuvent également avoir besoin d'élargir leurs connaissances dans ce domaine. Cet
article fournit une introduction de base à la médecine génomique, donne un bref aperçu de ses
progrès récents et décrit brièvement certaines des implications éthiques, juridiques et sociales de ce
domaine émergent de la recherche et de la pratique.

CONTEXTE
La médecine génomique progresse très rapidement, si rapidement que certains fournisseurs de
soins de santé ne comprennent pas les implications éthiques, juridiques et sociales qui peuvent
affecter leur façon de pratiquer la médecine et de partager des informations avec leurs patients
à l'avenir. Les bibliothécaires peuvent jouer un rôle essentiel pour combler ce fossé des
connaissances.
La méconnaissance de la médecine génomique peut créer des barrières de communication
entre les scientifiques et les non-scientifiques, car le grand public et même les professionnels
de la santé peuvent ne pas comprendre suffisamment la médecine génomique. Les praticiens
des soins de santé devront être formés pour reconnaître comment le génome peut influer sur la
santé d'une personne et pour comprendre l'ampleur des décisions éthiques et les implications
de ces décisions auxquelles ils doivent être prêts à faire face à l'avenir. Comme dans tout
domaine de la médecine en évolution rapide, il est nécessaire de mener davantage de
recherches fondées sur des preuves en médecine génomique, où les preuves cliniques sont
actuellement à la traîne de la science [ 1]. Avec l'essor rapide de la médecine de précision et
des tests génétiques traditionnels, de nombreux prestataires de soins de santé pourraient ne
pas être prêts à se plonger dans l'interprétation des tests génétiques ou la communication des
résultats des tests et à fournir une aide à la prise de décision pour leurs patients. Cela a conduit
à la croissance du conseil génétique, un domaine médical dans lequel les professionnels ayant
des antécédents en génétique sont capables de peser les besoins de leurs patients et l'impact
des résultats génétiques sur les membres de la famille des patients afin de promouvoir une
«prise de décision autonome» [ 2 ].
Les bibliothécaires, qu'ils soient publics ou médicaux, peuvent être appelés à comprendre la
médecine génomique afin de fournir des ressources pertinentes aux prestataires de soins de
santé et peuvent jouer un rôle important dans l'éducation des consommateurs. Certains
bibliothécaires médicaux possèdent une expertise en médecine génomique ou en
bioinformatique et offrent des ateliers, des instructions, des services ou des guides de
bibliothèque liés à la médecine génomique. Cependant, avant que les bibliothécaires non
experts puissent fournir des services liés à la médecine génomique, ils doivent être prêts à
élargir leur compréhension de base de ses concepts et à prendre conscience de ses
implications éthiques, juridiques et sociales.
Comme la médecine génomique s'est étendue au-delà de la clinique et est désormais entre les
mains du consommateur, la nécessité pour les bibliothécaires d'acquérir des connaissances
dans ce domaine s'est étendue au-delà des hôpitaux et même des bibliothèques médicales. Les
bibliothécaires publics dispensent désormais une éducation aux consommateurs et une
sensibilisation à la médecine de précision et créent des opportunités pour engager des
scientifiques citoyens avec le soutien du Réseau national des bibliothèques de médecine
(NNLM) [ 3]. Avec la pléthore d'actualités, de médias sociaux et de marketing autour de la
médecine génomique, les bibliothécaires sont plus que jamais nécessaires pour continuer à
jouer leur rôle en fournissant des sources faisant autorité, des recherches rigoureuses, une
formation en bioinformatique, une assistance avec les données ou la visualisation des données
et des informations sur la santé des consommateurs. Avec de nombreux exemples de
bibliothécaires ouvrant la voie dans le domaine de la médecine génomique [ 4 - 7 ], on peut
s'attendre à ce que les bibliothécaires accroissent leur engagement auprès des communautés
locales et leur offre de ressources pour les citoyens scientifiques.
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QU'EST-CE QUE LA MÉDECINE GÉNOMIQUE?


La médecine génomique est une spécialité médicale interdisciplinaire impliquant l'utilisation
d'informations génomiques qui s'est rapidement développée depuis l'achèvement du Projet du
génome humain (HGP) il y a plus d'une décennie. Les définitions des concepts de base de la
médecine génomique sont fournies dans le tableau 1 .
Tableau 1
Concepts de base en médecine génomique

Terme La description

Biomarqueur Aussi appelé marqueur biologique, un biomarqueur classique est toute caractéristique qui
peut être utilisée pour évaluer un état pathologique particulier ou une fonction
physiologique. Un biomarqueur génomique est «une caractéristique d'ADN ou d'ARN qui est
un indicateur des processus biologiques normaux, des processus pathogènes et / ou de la
réponse à une intervention thérapeutique ou autre» [ 8 ]. Un biomarqueur génomique reflète
l'expression, la fonction ou la régulation d'un gène.

Codon Les nucléotides ou bases d'ADN ou d'ARN sont lus en groupes de trois (par exemple, ATG,
AUG), qui sont appelés codons. Les codons de démarrage et d'arrêt indiquent le début ou la
Terme La description

fin d'une séquence protéique.

ADN L'acide désoxyribonucléique (ADN) est le porteur de l'information génétique. L'ADN se


compose de quatre nucléotides ou bases (A, T, G et C). L'ADN peut se reproduire ou se
reproduire.

Exome Environ 1% du génome n'est formé que d'exons.

Exon La séquence d'ADN codant pour les protéines (la partie du génome qui est exprimée).

Gène Un gène est une séquence d'ADN spécifiée qui sert d'unité de base de l'hérédité [ 9 ]. «Gène»
vient du mot grec genea , qui signifie génération.

L'expression Lorsqu'un gène est activé et que son ARN ou produit protéique est produit, le gène est dit être
du gène exprimé. L'état d'activation / désactivation des cellules est appelé profil d'expression génique,
chaque type de cellule ayant un profil unique [ 10 ].

Génome Le génome comprend tout l'ADN d'un organisme, y compris les exons et les introns.

Germline Les cellules germinales sont des spermatozoïdes, des ovules ou des embryons. Les
modifications de la lignée germinale sont permanentes. Les traits ou mutations de la lignée
germinale sont héréditaires et générationnels.

Intron La séquence d'ADN non protéique codante (la partie du génome qui n'est pas exprimée).
Terme La description

MicroRNA Le microARN (miARN) est un type de matériel génétique qui régule l'expression des
gènes. Les miARN sont des biomarqueurs prometteurs et peuvent indiquer le développement
de nouvelles approches thérapeutiques.

ARN Ribonucleic acid (RNA) is a single-stranded copy of the DNA sequence that plays a
messenger role to help cells carry out instructions for making a protein. RNA consists of four
nucleotides or bases (A, U, G, and C). The DNA T is replaced by the RNA U when copied.

SNP A single-nucleotide polymorphism (SNP, pronounced “snip”) is a DNA sequence variation


that occurs when a single nucleotide (A, T, C, or G) in a gene sequence is altered. SNPs are
the most abundant variant in the human genome and are the most common source of genetic
variation, with more than 10 million SNPs present in the human genome. They can also serve
as biomarkers.

Somatic Les cellules somatiques comprennent les cellules souches, les cellules sanguines et d'autres
types de cellules. Les modifications des cellules somatiques ne sont pas permanentes, ce qui
signifie qu'elles ne peuvent pas être transmises par génération. Les mutations des cellules
somatiques comprennent les altérations acquises qui peuvent résulter d'une exposition
chimique ou radiologique. Des changements peuvent également se produire lorsque les
cellules sont copiées pendant les processus de croissance ou de réparation.

Ouvrir dans une fenêtre séparée


Le génome est l'ensemble complet d'informations dans l'ADN d'un organisme [ 11 ]. Une
molécule d'ADN se compose de deux longues chaînes ou brins. Chaque chaîne d'ADN
contient un code génétique écrit en utilisant seulement quatre lettres, qui représentent des
sous-unités ou bases nucléotidiques: adénine (A), guanine (G), thymine (T) et cytosine
(C). Leur ordre détermine les instructions contenues dans un brin d'ADN [ 12 ]. Chaque
chaîne d'ADN est torsadée pour former une double hélice [ 11]. La découverte en 1953 que
deux molécules appariées pour former la double hélice ont valu à James Watson, Francis
Crick et Maurice Wilkins un prix Nobel. Cette découverte a été rendue possible par une image
d'ADN produite par Rosalind Franklin, qui, bien que non officiellement honorée du prix
Nobel, reste une figure importante dans l'histoire de la médecine génomique [ 13 ]. Pour
exécuter les instructions de fabrication des protéines, qui sont essentielles au fonctionnement
de chaque cellule du corps, une séquence de la molécule d'ADN, ou gène, est copiée dans
plusieurs molécules d'acide ribonucléique (ARN) simple brin. Une nouvelle séquence d'ARN
est formée dans laquelle la molécule d'ADN T est remplacée par la molécule d'ARN uracile
(U) [ 14 ].
On estime que les humains ont entre 20 000 et 25 000 gènes [ 15 ], qui sont les plus petites
unités d'hérédité. Les humains ont deux copies de chaque gène, héritant d'une de chaque
parent. Le génome humain contient à la fois des gènes codant pour des protéines et des gènes
ne codant pas pour des protéines. Chez l'homme, les gènes peuvent ne comprendre que
quelques centaines ou plus de 2 millions de bases d'ADN [ 15 ]. Fait intéressant, les humains
ont juste quelques gènes de plus que les vers et moins de gènes que le riz ou le blé. Ainsi, le
génome reflète non seulement le nombre de gènes, mais aussi la complexité des réseaux de
gènes [ 16]. Pour citer Mukherjee, «le génome humain est farouchement inventif, il est
dynamique, certaines parties sont étonnamment belles, il est incrusté d'histoire, il est
impénétrable, vulnérable, résilient, adaptable, répétitif et unique. Il est sur le point
d'évoluer. Il est jonché de débris de son passé. Il est destiné à survivre. Il nous ressemble
»[ 16 ].
Achevé en 2003, le HGP était un projet de treize ans coordonné par le Département américain
de l'énergie et les National Institutes of Health pour séquencer le génome humain complet à
partir de volontaires qui ont fourni des échantillons d'ADN. Sachant que la vie privée était une
préoccupation, on ne sait pas intentionnellement qui s'est porté volontaire. Toutes les
étiquettes ont été retirées avant le choix des échantillons et les volontaires ont donné leur
consentement éclairé avant de participer au projet. Bien que ce projet soit terminé, l'analyse
de ses données se poursuit. Le HGP et les données connexes sont disponibles via les bases de
données du National Center for Biotechnology Information (NCBI) [ 17 ], et le NNLM
propose un cours aux bibliothécaires qui souhaitent apprendre à les rechercher [ 18 ].
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AVANCÉES EN MÉDECINE GÉNOMIQUE


Plusieurs avancées ou réalisations notables en médecine génomique sont décrites ci-
dessous. Cependant, une étude plus approfondie de ces sujets au-delà de celle fournie dans ces
brefs résumés est justifiée.

Médecine de précision
L'objectif final de la médecine de précision est qu'au lieu d'une approche «taille unique» par
type de maladie, la médecine soit informée par une compréhension génétique de la
maladie. La médecine de précision implique non seulement d'étudier le génome, mais elle
tient également compte de facteurs tels que l'endroit où vit une personne, ce qu'elle fait et les
antécédents de santé de sa famille [ 19 ]. L'objectif est de développer des approches de
prévention ou de traitement ciblées pour aider des individus spécifiques à rester en bonne
santé ou à s'améliorer au lieu de s'appuyer sur des approches qui sont les mêmes pour tout le
monde. En 2018, la plus grande étude de recherche en médecine de précision aux États-Unis,
All of Us, a été lancée dans le but de recruter un million de participants [ 20 ].

CRISPR
Des répétitions palindromiques courtes en grappe régulièrement espacées (CRISPR) ont été
découvertes à l'origine par les ingénieurs du yogourt Philippe Horvath et Rodolphe Barrangou
de Danisco (DuPont) dans leur étude des séquences du génome bactérien qui protègent contre
les virus envahissants [ 21 ]. En 2012, les biologistes de l'ARN Jennifer Doudna et
Emmanuelle Charpentier ont utilisé leurs connaissances de CRISPR pour reprogrammer
l'ADN à l'aide d'une enzyme appelée CRISPR-associated protein 9 (Cas9), qui est décrite
comme des «ciseaux moléculaires» programmables qui peuvent réécrire le code génétique
[ 22 ].
Une analogie couramment utilisée consiste à considérer CRISPR Cas9 comme un éditeur de
texte pour le code génétique, avec la possibilité de couper ou de remplacer définitivement
l'ADN. Avec la capacité de couper et de remplacer le «mauvais» ADN par le «bon» ADN,
CRISPR Cas9 offre une promesse considérable pour guérir plusieurs cancers, tumeurs solides,
mélanome, leucémie, VIH, β-thalassémie, drépanocytose et autres maladies . Actuellement,
les applications cliniques de l'édition du gène CRISPR de cellules somatiques (c'est-à-dire non
reproductives) sont autorisées chez l'homme, qui ne transmettent pas les changements
héréditaires aux générations futures, et CRISPR Cas9 est important pour la découverte de
médicaments. Cependant, il est actuellement contraire à l'éthique et interdit aux États-Unis et
dans la plupart des autres pays de modifier génétiquement l'ADN d'embryons humains utilisés
pour l'implantation, car les modifications des cellules germinales sont permanentes et leurs
implications sont actuellement inconnues. Une autre crainte est que CRISPR Cas9 puisse
ouvrir la porte à des applications douteuses de «bébé design» visant à améliorer l'apparence
physique ou à effectuer d'autres améliorations.

Omics
En plus de la génomique et de l'étude des gènes, «l'omique» est un terme général utilisé pour
décrire les nombreux domaines d'étude liés à la génomique qui se concentrent sur d'autres
processus biologiques d'un organisme vivant. Ceux-ci peuvent inclure, mais sans s'y limiter,
la pharmacogénomique (c.-à-d. Le rôle du génome dans la réponse aux médicaments),
l'épigénomique (par exemple, la méthylation et les modifications des histones du génome), la
protéomique (c.-à-d. L'ensemble complet des protéines dans les cellules), la transcriptomique
(c.-à-d. l'ensemble complet de transcrits d'ARN dans les cellules), la métabolomique (c.-à-d.
l'étude collective de petites molécules) et la métabonomie (c.-à-d. l'étude des processus
métaboliques) [ 23 ].

Test génétique
Deux classes de tests génétiques sont désormais disponibles: clinique ou directe au
consommateur (DTC). Un test génétique clinique est généralement effectué dans un
environnement clinique avec accès à des professionnels de la santé qualifiés, tels que des
conseillers en génétique, pour aider les patients à interpréter les résultats, ce qui peut être très
facilement mal interprété. Par exemple, les résultats d'un test génétique peuvent parfois
donner un faux sentiment d'assurance ou déclencher une fausse alarme, mais une conversation
avec un conseiller génétique peut aider à mettre les résultats du test en contexte ou à expliquer
leurs implications.
En revanche, les tests génétiques DTC sont effectués à la maison après avoir commandé un
kit de test simple en ligne. Des exemples de kits de test génétique DTC sont 23andMe,
AncestryDNA, National Geographic Geno 2.0, My Heritage DNA, Habit, Pheramor et
DNAFit. Cependant, la validité de certains tests génétiques DTC est discutable [ 24 ], et leurs
résultats ne sont généralement pas interprétés par un professionnel de la santé qualifié; ainsi,
leur objectif peut être plus récréatif que médical. La confidentialité et la sécurité des données
génétiques ne sont pas complètement garanties avec un test génétique DTC, mais les
consommateurs peuvent prendre le contrôle de leur vie privée en connaissant et en lisant la
politique de confidentialité et en refusant leur consentement afin que leurs informations ne
soient pas partagées avec un tiers.

Thérapie génique
La thérapie génique est un type de traitement dans lequel du matériel génétique étranger sain
est inséré dans les cellules d'une personne pour guérir une affection ou une maladie rare
[ 25 ]. Au lieu de ne traiter que les symptômes, la thérapie génique vise à corriger la cause
génétique sous-jacente de la maladie et, par conséquent, à servir de remède unique. La
thérapie génique peut être appliquée à l'immunothérapie du cancer grâce à l'utilisation d'une
thérapie par les cellules T des récepteurs chimériques des antigènes (CAR) avec ses propres
cellules immunitaires pour trouver et détruire les cellules cancéreuses. CRISPR Cas9 a permis
aux cellules T CAR de nouvelle génération d'améliorer le potentiel thérapeutique des
traitements par cellules CAR-T [ 26 ].
En 2017, la Food and Drug Administration (FDA) a approuvé la première thérapie génique
basée sur les cellules CAR T aux États-Unis. Connue sous le nom de Kymriah
(tisagenlecleucel), il s'agit d'une immunothérapie génétiquement modifiée à base de cellules T
pour le traitement de patients enfants ou jeunes adultes atteints d'une forme rare de leucémie
lymphoblastique aiguë [ 27 ]. La deuxième thérapie génique basée sur les cellules CAR-T
approuvée par la FDA, également en 2017, est Yescarta (axicabtagene ciloleucel), qui est
destinée aux patients adultes atteints de certains types de lymphomes non hodgkiniens
[ 28 ]. Bien que les thérapies géniques deviennent disponibles, elles ne sont pas encore
abordables pour le grand public. Kymriah est au prix de 475 000 $, et Luxturna, qui est utilisé
pour traiter une forme rare de perte de vision, a un prix catalogue de 850 000 $.
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IMPLICATIONS ÉTHIQUES, JURIDIQUES ET SOCIALES

Concernant l'édition de gènes


La modification génétique d'embryons humains n'est actuellement pas autorisée par les États-
Unis dans la recherche financée par les fonds publics [ 29 ] et est complètement interdite dans
de nombreux pays. En Chine et au Royaume-Uni, les chercheurs peuvent mener des
expériences CRISPR d'embryons humains in vitro pendant quelques jours après la
fécondation [ 30 ], mais leur implantation dans l'utérus n'est pas autorisée. Ces trois pays co-
organisent un Sommet international sur l'édition des gènes humains pour que des experts
discutent des questions éthiques pertinentes. Le deuxième sommet s'est tenu en novembre
2018 à Hong Kong [ 31]. Lors de ce sommet, au choc et à l'indignation de la communauté
scientifique, le scientifique chinois He Jiankui a annoncé qu'il avait livré avec succès les
premiers bébés CRISPR modifiés par des gènes, qui étaient des jumeaux. Aujourd'hui plus
que jamais, la peur des «bébés créateurs» est dans un avenir tangible [ 32 ]. Certaines
préoccupations concernant l'édition de gènes comprennent:
 création de «bébés design» avec des améliorations non médicales (par exemple, taille,
couleur des yeux ou des cheveux, intelligence, capacité athlétique)
 fausse distinction entre des traits «normaux» et ceux considérés comme un handicap
ou un trouble
 modifications permanentes et héréditaires de la lignée germinale qui ne peuvent pas
être inversées
 incertitude quant à savoir si CRISPR est sûr ou efficace chez l'homme
 conséquences inconnues de la suppression ou de la modification d'une séquence
d'ADN

Concernant la thérapie génique


La thérapie génique a été controversée et la recherche s'est arrêtée aux États-Unis en 1999
après que Jesse Gelsinger, dix-huit ans, soit décédé des complications de la thérapie génique
[ 33 ]. Cependant, avec les progrès technologiques, la thérapie génique fait un retour en
force. En 2018, la FDA a approuvé la première thérapie génique aux États-Unis et a annoncé
qu'il y aurait moins de surveillance pour les thérapies géniques [ 34 ]. Certaines
préoccupations concernant la thérapie génique comprennent:
 fausse confiance nouvelle dans son innocuité ou son efficacité
 coût financier élevé, ce qui le rend moins accessible à ceux qui ont besoin d'un
traitement
 existence de scientifiques amateurs qui s'injectent eux-mêmes des agents de thérapie
génique (c.-à-d. des «généticiens de garage») sans professionnel de la santé

Concernant les tests génétiques directs au consommateur


Les tests génétiques DTC gagnent en popularité car ils n'ont pas besoin d'être commandés par
un médecin ou approuvés par une assurance; la trousse de test est envoyée directement à votre
domicile; et les résultats peuvent être examinés en privé. Bien qu'ils soient rapides et
pratiques, une alerte aux consommateurs de la Federal Trade Commission indique que
certains tests génétiques DTC manquent de validité scientifique, et les consommateurs sont
priés d'être sceptiques quant aux allégations [ 24 ]. Les tactiques de marketing et les politiques
de confidentialité de certains tests génétiques DTC sont également préoccupantes. Les
consommateurs doivent être conscients des aspects suivants des tests génétiques DTC:
 confidentialité des données ou violations
 principalement à des fins de divertissement plutôt qu'à des fins médicales (par
exemple, Pheramor pour la compatibilité des rencontres)
 incompréhension publique du consentement éclairé ou des politiques de confidentialité
 résultats de tests difficiles à interpréter sans conseiller génétique ou professionnel de la
santé qualifié
 manque de prise de conscience des consommateurs quant aux limites des tests
génétiques DTC (absence d'un professionnel de la santé pour interpréter les résultats,
difficulté à déterminer le risque de maladie ou surestimation de la signification
génétique)
 difficulté des consommateurs à s'approprier en priorité leurs données génétiques après
leur partage avec les entreprises
 double augmentation des bénéfices de l'entreprise à chaque vente (c.-à-d., profitant à
la fois de la vente du test et de la vente des données des résultats du test à des
partenaires de recherche tels que les sociétés pharmaceutiques), à moins que les
consommateurs ne se retirent: «En achetant sur 23andMe, vous n'êtes pas un
consommateur ou utilisateur, vous êtes en fait le produit »[ 35 ]
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CONCLUSION
En se familiarisant avec la médecine génomique, les bibliothécaires seront en mesure de
mieux répondre aux besoins de leurs utilisateurs en cette période de progrès et de
développement médicaux rapides. Les bibliothécaires peuvent également servir de partenaires
communautaires, créer des programmes pertinents et mieux comprendre les implications de ce
nouveau domaine interdisciplinaire de recherche. Certains bibliothécaires ouvrent déjà la voie
à suivre, comme l'utilisation d'un chatbot d'intelligence artificielle (IA) connu sous le nom de
Plutchik pour inciter les jeunes apprenants à rechercher dans la suite de bases de données du
NCBI [ 4 ] et à administrer une enquête pour identifier les sujets de formation en
bioinformatique présentant un intérêt pour la santé. chercheurs en sciences [ 5]. En outre, un
bibliothécaire a publié un document informant les bibliothécaires d'hôpitaux de ce qu'ils
doivent savoir pour soutenir les chercheurs alors que la médecine passe d'une médecine
universelle à la médecine de précision, y compris des exemples de demandes de recherche
pertinentes avec des résultats [ 6 ]. Les bibliothécaires médicaux intègrent également
l'apprentissage expérientiel dans la visualisation des données dans leur formation médicale
pour préparer les étudiants à la prise de décision basée sur les données et pour leur fournir les
compétences dont ils ont besoin pour analyser les ensembles de données volumineuses, un
aspect important de la médecine génomique ou de précision [ 7 ] . Ce ne sont là que quelques-
unes des nombreuses façons dont les bibliothécaires élargissent déjà leur rôle en médecine
génomique.