MATÉRIEL GÉNÉTIQUE 1

I. MATÉRIEL GÉNÉTIQUE

L’ADN est le support de l’information génétique, c’est en quelque sorte le cerveau de

la cellule. Il est le constituant majeur du noyau d’où son nom « acide nucléique », acide pour
acide phosphorique qu’il contient. Les cellules contiennent aussi un deuxième acide
nucléique, l’ARN.

1. Nature Chimique du matériel génétique

L’ADN (acide désoxyribonucléique) appartient à la famille chimique des acides nucléiques
(comme l’ARN). Il est le support de l’information génétique, et formé de l’assemblage
linéaire de Nucléotides également nommés acides nucléiques. Chaque nucléotide est formé :
▪d’une base azotée (adénine, thymine, guanine, cytosine).
▪d’un sucre (le désoxyribose de forme cyclisée à cinq carbones).
▪d’un groupement phosphate (H3PO4).

Les bases Cytosine et thymine sont des bases pyrimidiques (ou pyrimidines) formées par
un hétérocycle à six atomes dont deux d’azote. Les bases adénine et guanine sont des bases
puriques (ou purines) et sont dérivées d’un acide urique.

On adopte la notation 1, 2, 3, 4, 5, 6 pour les atomes de la base azotée et la notation 1′, 2′, 3′,
4′, 5′ pour les atomes du sucre.

Signalons que dans l’ARN (acide ribonucléotidique), l’uracile remplace la thymine et le

ribose, le 2- désoxyribose [Fig. 1].

Conventionnellement, on utilise la première lettre de chacune des bases A, T, G, C pour

désigner les nucléotides composant l’ADN.

L’enchaînement linéaire des éléments de construction que sont les nucléotides constitue la
structure primaire de l’ADN.
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Fig. 1. L’ADN et l’ARN sont formés de bases azotées et de sucre

La formation d’un nucléotide ou acide nucléique se décompose en deux temps.

■ Un nucléoside se forme par la combinaison entre une base et un sucre par
élimination d’une molécule d’eau entre la fonction alcool (OH) du sucre et un groupement
NH de l’hétérocycle de la base. La liaison formée est appelée N- glycosidique.
■ Un nucléotide résulte de la combinaison d’un nucléoside et d’un acide
phosphorique [Fig. 2].

La position 1’ sur le sucre est celle de la liaison N- glycosidique avec la base, puis les chiffres
sont assignés dans le sens des aiguilles d’une montre. L’addition de l’acide phosphorique sur
le sucre peut se faire en position 5’ ou 3’ avec les fonctions alcool (OH) présentes à ces
positions. Cette liaison qui résulte de l’action d’un acide sur un alcool est une estérification.

Cependant, les nucléotides peuvent exister sous une forme qui contient deux ou trois
groupements phosphates en position 5’. On obtient respectivement un nucléoside diphosphate
(dNDP) et un nucléoside triphosphate (dNTP) ; ces derniers sont les précurseurs de la
synthèse des acides nucléiques.

La fonction alcool, portée en 3’ de l’un des deux nucléotides, est estérifiée par une fonction
acide phosphorique du second, portée en 5’ formant une chaîne de nucléotides du type 5’-3’-
5’-3’… appelée polynucléotide. Lors de cette réaction, les deux groupements phosphates
terminaux du triphosphate sont libérés sous la forme d’une molécule pyrophosphate [Fig. 3].
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Fig .2. Formation d’un nucléotide

Fig .3. Réaction d’estérification entre deux nucléotides libérant un pyrophosphate

2. Structure des acides nucléiques (ADN/ARN)

In vivo, l’ADN se présente sous la forme d’un double brin, on parle de molécule d’ADN
bicaténaire. Les brins sont maintenus par des liaisons hydrogènes entre les bases azotées. Les
bases ne se complémentent pas au hasard. Une Cytosine fait toujours face à une Guanine, et
ces bases sont liées par 3 liaisons hydrogène. Une Adénine fait toujours face à une Thymine,
et ces bases sont liées par deux liaisons hydrogène. Les deux chaînes sont orientées dans des
sens opposés (brins complémentaires antiparallèles) [Fig. 4B].
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Le brin d’ADN est orienté en direction 5’ - 3’ car cette orientation respecte celle des sucres et
traduit le sens de synthèse de l’ADN. Les bases sont situées à l’intérieur de la double hélice
et le squelette-sucre phosphate est situé à l’extérieur.

L’ADN porte des charges négatives sur les groupements phosphates, qui sont neutralisées in
vivo par la fixation d’ions métalliques, comme Na+, et l’association de protéines chargées
positivement.

L’ADN a la forme d’une hélice régulière faisant un tour complet tous les 34 A° (3,4 n m),
et dont le diamètre est voisin de 20 A°. La distance entre deux nucléotides adjacents étant de
3,4 A° (0,34 n m), il y a 10 nucléotides par tour d’hélice. D’après la densité de l’ADN,
l’hélice est constituée de deux chaînes polynucléotidiques. Une base purique doit toujours
faire face à une base pyrimidine pour rendre compte du diamètre constant de l’hélice.

Le pourcentage de G dans l’ADN est toujours le même que celui de C, et le pourcentage de A

est toujours le même que celui de T.

L’ADN peut exister sous forme de plusieurs structures qui différent par le nombre de
nucléotides par tour d’hélice et par la distance entre deux nucléotides adjacents. Dans la
cellule, l’ADN est sous la forme B et présente un grand et un petit sillon [Fig. 4A]. Le grand
sillon constitue un point de contact principal avec les protéines Ex : protéines de régulation.

Fig .4. La double hélice d’ADN

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3. L’ARN simple brin peut présenter une structure secondaire

Dans les acides nucléiques simple brin, des séquences complémentaires peuvent s’apparier à
l’intérieur de la même molécule ce qui conduit à la formation des différentes structures en
épingles à cheveux constituées de duplex dans les zones appariées et de boucles dans les
zones non appariées. Ces appariements sont responsables de la structure secondaire des ARN
mais jouent également un rôle dans les mécanismes de régulation de la transcription.

4. Réplication ou duplication de l’ADN : chez les Procaryotes et les Eucaryotes

Ce processus permet à l’ADN de se reproduire .L’ADN est copié par une enzyme spécifique,
l’ADN polymérase. Avant chaque division cellulaire (mitose ou méiose), la réplication
permet à l’ADN d’être en double exemplaire. Chaque cellule fille reçoit une copie de l’ADN.

4.1. La réplication de l’ADN est semi-conservative

L’ADN servant de matrice (moule) à la réplication est dit ADN parental, l’ADN copié par
l’ADN polymérase en brin complémentaire est dit ADN néoformé. Durant la réplication,
chaque brin de la double hélice parentale est copié en un brin complémentaire [Fig. 5].

Fig. 5. Formation des brins néoformés

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4.2. La synthèse de l’ADN a lieu au niveau d’une fourche de réplication

La réplication fait intervenir des enzymes et des protéines différentes chez les Procaryotes et
les Eucaryotes. Chez les Eucaryotes., dans les nucléosomes, les protéines liées à l’ADN
doivent être dissociées de celui-ci pour que la réplication ait lieu.

La synthèse de l’ADN a lieu au niveau d’une fourche de réplication. Elle débute à partir
d’une origine de réplication unique chez la plupart des bactéries, bactériophages et virus alors
qu’il existe de multiples origines de réplication par chromosome chez les Eucaryotes.

La réplication est bidirectionnelle, le long de la molécule d’ADN dans les deux sens opposés
formants ainsi deux fourches de réplication.

La réplication comporte 3 étapes [Fig. 5].

L’initiation de la réplication a lieu au point nommé origine de réplication. Cette initiation

implique la reconnaissance de l’origine par un complexe de protéines initiatrices contenant
différentes enzymes qui :
■ Se lie à l’ADN.
■ Rompe les liaisons hydrogènes entre les bases.
■ Provoque l’ouverture progressive et un déroulement local de l’ADN qui progresse
de façon bidirectionnelle formant les deux fourches de réplication qui s’éloignent de l’origine
dans les deux directions ouvrant dans leur progression l’ADN comme une « fermeture
Eclair » et se déplacent à la vitesse de 1000 paires de nucléotides / sec chez les bactéries et
100 paires de nucléotides / sec chez les humains.

L’hélicase intervient dans la séparation des deux brins de la double hélice. Les
topoisomérases interviennent également chez les Procaryotes. Des protéines se lient au
simple-brin d’ADN et préviennent la reformation de la double hélice. Ces protéines sont
nommées SSB (pour « single strand binding ») chez les Procaryotes.

L’élongation ou synthèse de l’ADN implique un autre complexe de protéines nommé

réplisome. Elle progresse dans le sens 5’ 3’ produisant un brin complémentaire et
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anti-parallèle au simple brin matrice. Les deux brins d’ADN sont enroulés dans les deux sens
opposés.

On distingue :
■ Un brin direct ou précoce qui est le brin synthétisé complémentaire du brin
parental orienté 3’ 5’. Le sens d’ouverture du brin, c’est-à-dire de la progression de la
fourche de réplication, est le même que celui de sa copie, ce qui permet sa synthèse de façon
continue dans le sens 5’ 3’ jusqu’au point de terminaison.
■ Un brin retardé ou brin tardif qui est le brin complémentaire du brin parental
orienté 5’ 3’. Le sens de progression de la fourche de réplication est opposé à celui de sa
copie. Ce brin ne pourra être synthétisé que de façon discontinue, sous la forme d’une série
de fragments dits fragments d’Okasaki.

L’ADN polymérase ne peut cependant catalyser la croissance de la chaîne d’ADN que dans
une seule direction ; elle ne peut ajouter de nouvelles sous-unités qu’à l’extrémité 3’ de la
chaîne nécessaire à l’ADN polymérase pour initier l’élongation, il en résulte qu’une chaîne
nouvelle d’ADN ne peut être synthétisée que dans la direction 5’ 3’. Une amorce d’ARN
d’une dizaine de bases, appariée au brin matrice, peut servir d’amorce. Celle-ci est réalisée
par une ARN polymérase appelée primase. Lors de l’élongation, l’ADN polymérase ajoute à
l’extrémité 3’OH libre de cette amorce, des nucléotides triphosphates (dGTP, dATP, dTTP,
dCTP) sous forme monophosphate en libérant un pyrophosphate.

En ce qui concerne la réplication discontinue, le brin d’ADN dans l’extrémité 5’ doit être
synthétisé de manière discontinue pour chaque fragment, une amorce d’ARN est synthétisée
par une manœuvre de « piqûre en points arrière », les amorces sont ensuite « cousus » pour
former un nouveau brin continu. Les amorces ARN sont remplacées, par des enzymes, en une
séquence d’ADN. Des ligases assurent les ligations entre les différents fragments d’Okasaki
adjacents.

Rq : Les fourches de réplication de toutes les cellules, procaryotes et eucaryotes, possèdent

une chaîne précoce et une autre tardive.
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La terminaison de la réplication nécessite également des mécanismes enzymatiques, mais

ces mécanismes sont encore mal connus.

Fig. 6. Réplication de l’ADN

4.3. Les différentes fonctions des ADN polymérases

Chez les Procaryotes (E-Coli) trois ADN polymérases ont été décrites :
■ L’ADN polymérase I, qui est impliquée dans la réparation de l’ADN et
secondairement dans la réplication,
■ L’ADN polymérase II, qui participe aussi aux mécanismes de réparation de l’ADN,
■ L’ADN polymérase III, une enzyme possédant plusieurs sous-unités, qui assure
l’élongation lors de la réplication de l’ADN.

Chez les Eucaryotes, il existe plusieurs polymérases. Cinq sont décrites chez les
Mammifères :
■ La polymérase α, qui représente la fonction d’une primase en synthétisant une
amorce d’ARN,
■ La polymérase β et ε , qui sont impliquées dans les mécanismes de réparation,
■ La polymérase δ, qui est responsable de l’élongation au niveau de l’ADN nucléaire,
■ La polymérase γ, qui est responsable de l’élongation au niveau de l’ADN
mitochondrial.
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Rq : La réparation de l’ADN est un mécanisme de correction des rares erreurs de copie

faites par la machinerie de réplication et réparation des lésions accidentelles de l’ADN qui
surviennent en permanence.

4.4. Il n’y a qu’un seul réplicon chez les Procaryotes et plusieurs chez les Eucaryotes
Le terme réplicon désigne une unité de réplication qui contient une origine. L’ADN bactérien
est circulaire par contre celui des Eucaryotes est linéaire, donc le processus de réplication
n’est pas le même .

Chez les Procaryotes, le mécanisme de réplication est le plus simple car il ne concerne
qu’une seule unité de réplication.
Le génome bactérien est un réplicon circulaire unique d’environ 4,94 Mb, les fragments
d’Okasaki ont une longueur d’environ 1 à 2 kb.
La réplication concernant l’ADN circulaire met en jeu une origine de réplication unique à
partir de laquelle progressent deux fourches de réplication dans des directions apposées « elle
est bidirectionnelle » jusqu’à se rencontrer à un point de l’anneau situé en face de l’origine,
où se termine la réplication [Fig. 7].
■ La Topoisomérase I intervient en produisant une coupure transitoire au niveau de
l’un des deux brins d’ADN à une petite distance en amont de la fourche, ce qui permet le
relâchement de la molécule. A l’issue de la réplication, les deux moléculaire filles circulaires
sont entrelacées.
■ La Topoisomérase II provoque une coupure transitoire sur les deux brins d’ADN
de l’une des deux molécules filles, libérant ainsi les molécules l’une de l’autre.

Fig. 7. Réplication du génome bactérien

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Chez les Eucaryotes, la répliacation se produit durant la phase de synthèse qui précède la
division cellulaire. Du fait de leur longueur, les chromosomes sont répliqués à partir de
plusieurs origines. Voire 100 000 chez les Mammifères, d’une longueur variant de 40 à 300
kb. Les origines multiples de réplication permettent à chaque chromosome d’être répliqué en
15-30 minutes. Ainsi, la réplication complète de tous les chromosomes d’une cellule est
estimée à 5-10 heures.

5. Organisation en chromosomes
L’ADN dans les cellules est sous une forme condensée due à la présence de protéines [Fig. 8].

Chez les bactéries (E-Coli), l’ADN est organisé en un seul chromosome circulaire, le
matériel génétique est sous la forme d’un nucléoïde comprenant de l’ADN (80%) et des
protéines (20%). L’ADN chromosomique est un ADN double brin qui s’attache à un repli
membranaire ou mésosome, il fait 2 mm de diamètre et 1,3 mm de longueur et est présent
dans une cellule de 2 μm de long sur 0,5 à 1 μm de diamètre.

Chez les Eucaryotes, l’ADN est organisé en 46 chromosomes. Le noyau d’une cellule
humaine est d’environ 5-8 μm de diamètre, et il contient environ 2m d’ADN. Chaque
chromosome comporte une seule molécule d’ADN double brin linéaire associé à des protéines
sous la forme de chromatine (du grec chroma « coloré »), à cause de ses propriétés de
coloration. Les principales protéines associées à l’ADN sont des protéines basiques
caractérisées par leur richesse en Lysine et en Arginine, les histones. On en distingue cinq
types : H1, H2a, H2b, H3 et H4.

Lorsque l’on isole la chromatine des noyaux, elle se présente comme un colier de perles ou
nucléofilament dont le fil serait l’ADN reliant des structures nommées nucléosomes, ce
dernier comporte un noyau nucléosomique composé d’un octamére d’histones (2H2a +
2H2b + 2H3 + 2H4) et un segment d’ADN de 200 pb . Les noyaux nucléosomiques sont
reliés par 2 segments d’ADN nommés liens nucléosomiques.

Le nucléosome représente le premier degré de condensation. Le deuxième degré de

condensation consiste en l’enroulement d’une succession de nucléosomes en un segment
hélocoïdal pour former une fibre solénoïde, faisant intervenir des protéines histones H1 qui
agit au niveau des liens internucléosomiques. Chaque tour de spire de la fibre est constituée
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de 6 nucléosomes. Le degré final de condensation est dû au reploiement de la fibre solénoïde

en « super boules ».

6. Les différentes formes de la chromatine chez les Eucaryotes

En dehors des divisions cellulaires l’ADN est sous la forme de chromatine interphasique. A
l’aide de colorants, on peut révéler sur les chromosomes, des zones de coloration plus ou
moins intense reflétant le degré de condensation de la chromatine [Fig. 9 ]. On distingue :
■ La chromatine condensée ou hétérochromatine, zones fortement colorées
correspondant à la chromatine sous forme de « super boules ».
■ La chromatine diffuse ou euchromatine, zones moins colorées qui correspondent
à la chromatine sous forme de fibre solénoïde.
Notons que l’on distingue deux types d’hétérochromatine.
■ L’hétérochromatine constitutive : se trouve dans des régions spécifiques
notamment au niveau des centromères et des télomères jouant un rôle structural.
■ L’hétérochromatine facultative : caractérise des chromosomes entiers dont les
gènes sont inactifs alors qu’ils peuvent être exprimés dans d’autres cellules. C’est le cas du
chromosome X chez les mammifères femelles où, dans une cellule, l’un des exemplaires est
inactif.

7. Morphologie d’un chromosome métaphasique

Les chromosomes s’individualisent lors des divisions cellulaires et sont observés à l’état
métaphasique dans des cellules somatiques en mitose ou dans les gamètes en méiose [Fig.
10]. A ce stade, le chromosome métaphasique apparaît morphologiquement sous la forme de
deux Chromatides, reliées par un centromére qui apparaît comme un étranglement, c’est la
région sur laquelle s’attache les microtubules du fuseau de division au niveau d’une zone
appelée Kinétochore, c’est la derniere région à se scinder en deux au moment de l’anaphase.
Le télomére est constitué de séquences d’ADN répétées, il a un rôle fondamental de
stabilisation et de protection des extrémités chromosomiques.
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Double hélice d’ADN

ADN et histones formant

le nucléosome
Noyau de huit molécules d’histone 2 nm

Histone H1
ADN

11nm

« Perle » de nucléosome sur un « fil » d’ADN

Les nucléosomes se regroupent

dans une torsade qui s’enroule
dans une autre torsade plus
grande, et ainsi de suite, pour
30 nm produire des fibres de chromatine
condensées et superenroulées

300 nm

Les boucles à leur tour se replient

pour former un chromosome

700 nm

1400 nm

Chromosomes en métaphase

Fig. 8 : Compaction de l’ADN dans un chromosome mitotique

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Fig. 9. Les différents types de chromatine

Fig. 10 : Aspect morphologique d’un chromosome métaphasique