Microbiote

1- Définition :
C’est l’ensemble de micro organismes qui se trouvent au niveau des muqueuses (surtout de
l’appareil digestif).

Nombre : environ 100 000 Milliards de cellules.

Environ 2 kg de bactéries.

2- Composition :
- Firmicutes (60-75%) : - principalement les genres Eubacterium, Clostridium, Ruminococcus,
Butyrivibrio et Faecalibacterium ;

- Bacteroides : surtout Bacteroides, Prevotella et Porphyromonas ;

- Actinobacteria (Bifidobacteria) ;
- Proteobacteria : E. coli ;
Selon le film, 3 Entérotypes selon le mode de vie et l’alimentation :

- bactéroidès : alimentation riche en graine (blé,orge…) ;

- Prévotella : alimentation riche en fibres , fruits et légumes ;

- Ruminococcus : alimentation diversifiée.

3- Rôle :
* Fonctionnalités métaboliques du microbiote intestinal :
La dégradation des sucres complexes indigestibles présents dans nos aliments par le microbiote
intestinal s’effectue au niveau du côlon par l’intermédiaire d’une grande variété d’enzymes appelées
carbohydrate-active enzymes ou CAZymes.

La classification des CAZymes en familles : - glycoside-hydrolases (GH)

 - les polysaccharide-lyases (PL), deux classes de CAZymes
qui catalysent la coupure des polysaccharides.

Les CAZymes : enzymes sont produites quasi-exclusivement par les bactéries intestinales :

En effet, le génome humain ne code que pour 8 à 17 GH qui présentent des capacités
digestives limitées pour les sucres complexes (seuls sont digérés le lactose, le saccharose et
l’amidon).

En revanche, l’exploration de seulement 177 génomes bactériens de référence a permis

d’identifier environ 10000 enzymes impliquées dans la digestion des sucres. Le nombre de GH et PL
qu’un microbiote de 1 000 espèces peut produire est estimé à environ 56 000 enzymes.

Ceci sert en premier lieu aux bactéries à assurer leur source de carbone en dégradant les substrats
alimentaires non digérés :

* Fonction immunitaire :

Le microbiote intestinal fait partie intégrante des facteurs de défense immunitaire non
spécifique et apporte son soutien à l'immunité innée au niveau digestif.

En plus, il est important et nécessaire pour la maturation et le développement du système

immunitaire adaptatif :

- Impact sur le GALT :

Chez des souris axéniques (nés sans microbiotes) , les plaques de Peyer sont ainsi plus petites et les
cellules lymphoïdes isolées sont moins nombreuses que chez des souris possédant une flore digestive
normale. Cependant, les mécanismes qui commandent le développement du GALT ne sont pas
encore totalement connus à ce jour.

- Effets sur les lymphocytes T :

Les LT CD4+ et CD8+ sont moins nombreux.

Transplantation fécale, entraîne une augmentation de ces lymphocytes et active leur différenciation.
Les souris axéniques présentent également une balance Th1/Th2 inappropriée, orientée
massivement vers une réponse Th2, c’est-à-dire production d’IgA. L’équilibre peut être rétabli grâce à
l’implantation digestive d’une bactérie commensale du microbiote intestinal murin : Bacteroides
fragilis.
 - Effets sur les lymphocytes B et la production d’IgA sécrétoires :

La quantité de LB au sein des follicules lymphoïdes de souris « germ-free » est réduite, plasmocytes
est faible et la production d’IgA sécrétoires est moindre.

Chez le nouveau-né, la production d’IgA sécrétoire est également faible. Elle augmente
rapidement après le premier mois de vie, du fait de l’exposition croissante à des microorganismes
environnementaux. Il a également été démontré que les nourrissons des pays en développement
présentaient une concentration d’IgA circulants plus importante que les nourrissons des pays
industrialisés, en raison de leur exposition massive aux bactéries de l’environnement dès la
naissance. En conclusion, le développement du microbiote intestinal est aussi nécessaire à
l’instauration de la réponse immunitaire humorale.

Probitiques :
Les probiotiques (littéralement pro bio signifie en faveur de la vie) sont des bactéries, des
virus ou des levures qui ont des effets bénéfiques sur notre santé.

On en trouve dans les produits fermentés (yaourt et lait fermentés) mais aussi dans les
glaces, les barres céréalières, la charcuterie, le pain au levain…

Pour obtenir l’autorisation de s’appeler yaourt, ce dernier doit renfermer deux souches (ou
familles) différentes de probiotiques : le lactobacillus bulgaricus et le streptococcus thermophilus,
qui ont tous deux fait la preuve de leur efficacité sur les problèmes digestifs.

* Action préventive des probiotiques :

- Le rôle des probiotiques est de « nourrir » notre flore intestinale pour l’aider à fonctionner
correctement.

- Avec 70% des cellules immunitaires situées autour de l’intestin, la flore joue un rôle
déterminant dans notre immunité.

- Elle conditionne également la bonne assimilation des aliments, participe à la fabrication des
vitamines B et K, facilite la digestion des protéines et du lait et dégrade une partie du cholestérol.

- Malheureusement, la fatigue, le stress, une alimentation déséquilibrée ou la prise de

certains médicaments (comme les antibiotiques) perturbent son fonctionnement, entraînant
troubles digestifs, migraines, douleurs ostéoarticulaires, mycoses, diarrhées, acné…

- Prendre des probiotiques permet à la flore intestinale de se reconstituer toute seule,

d’éliminer les mauvais germes (fig.) et de se remettre au travail. « Les probiotiques agissent sur
notre santé lors de leur passage dans l’intestin. Leurs effets positifs ont été démontrés », indique le
professeur Desremeaux, chercheur à l’INSERM.

Contrairement aux antibiotiques qui tuent le « vivant » sans distinguer les mauvais germes des
bonnes bactéries, les probiotiques, eux, stimulent nos défenses naturelles.
 Effets bénéfiques des probiotiques

Prébiotiques :

Sont la nourriture des probiotiques. Ils sont des fibres végétales que nous ne
digérons pas, mais qui servent de nourriture aux bactéries qui sont dans notre intestin.
Elles les aident ainsi à se reproduire.

* types des prébiotiques :

 Les fructo-oligosaccharides (FOS) ou fructosanes

 Les galacto-oligosaccharides (GOS)

 L’inuline est l’un des types de (FOS) les plus fréquemment utilisés. Il est
naturellement présent dans les aliments suivants :

Légumes Grains Les racines

 Artichauts  Orge  Racine de
 Asperges  Seigle chicorée
 Bananes  Grains  Racine de
 Ail entiers pissenlit
 Poireaux  Racine
 Oignons d’aunée.
 Tomates

Les galacto-oligosaccharides (GOS) sont naturellement présents dans les

aliments suivants : 

 Produits laitiers fermentés comme le yogourt, le babeurre et le kéfir (Le kéfir est une
boisson issue de la fermentation du lait ou de jus de fruits sucrés)
 Lait maternel.