INTRODUCTION - GEBERALITES

La biochimie est la discipline scientifique qui étudie les réactions chimiques ayant
lieu au sein des cellules (Wikipedia).
La biochimie structurale étudie la composition atomique précise des molécules
biologiques (lipides, protéines, glucides, acides nucléiques, etc.), la façon dont ses atomes
s’assemblent et la structure tridimensionnelle qui en résulte.
La biochimie clinique ou chimie pathologique ou chimie clinique est le domaine de
la Biologie médicale qui est en général concerné par l'analyse des molécules contenues
dans les fluides corporels (sang, liquide céphalo-rachidien, urines, etc.) et l'interprétation
des résultats de ces analyses par un Biologiste médical dans le but de caractériser l'origine
physiopathologique d'une maladie. La biochimie clinique se cantonne à la recherche ou
au dosage des molécules pouvant être impliquées dans une pathologie.
Les organismes vivants sont composés de matériaux semblables, bien qu'ils puissent
différer dans leur forme et dans leur fonction. Il s'agit d'éléments chimiques qui réagissent
entre eux pour donner naissance aux structures physiques caractéristiques de la matière
vivante.
Les macromolécules organiques sont les polypeptides, polysaccharides,
polynucléotides, lipides ou les glycopeptides, les lipopolysaccharides, les
phospholipides,...
Il est nécessaire d’étudier le vivant en partant des structures les plus simples afin de
voir comment ils se combinent pour former des structures plus complexes.

ÉLÉMENTS CHIMIQUES ET ATOMES

Hiérarchie des niveaux d'organisation de la matière vivante

Élément : substance impossible à décomposer en d'autres substances plus simples au
cours de réactions chimiques. = matériel de base.
Les éléments chimiques jouent un rôle très important dans l'organisme car ils entrent
dans la composition de nombreuses molécules indispensables à la vie.

Importance biologique des atomes.

Prenons l'exemple du carbone, de l'hydrogène, de l'oxygène, de l'azote, du calcium, du
phosphore, du sodium, pour citer que ceux-là.

Élément Symbole fonctions biologiques particulières

Carbone C sucres, lipides, protéines

Hydrogène H eau, molécules organiques

eau, molécules organiques et inorganiques, respiration
Oxygène O
cellulaire
composant des acides aminés, des protéines et des acides
Azote N
nucléiques
 composant des dents et de l'os, permet la contraction
Calcium Ca
musculaire
composant des dents, de l'os et de molécules énergétiques
Phosphore P
(ATP)
Sodium Na cation extracellulaire, équilibre en eau, conduction nerveuse

Souffre S protéines

Les éléments naturels du corps humain sont représentés en proportion variables.

CHNO constituent 96% de la matière vivante Au niveau des macromolécules c’est le C
qui est le plus important.

MOLÉCULES ET COMPOSES MOLÉCULAIRES

Définitions:

Les atomes se lient entre eux pour former des molécules.

- Ces atomes peuvent être identiques...
O + O -->O2
- Ou être différents : dans ce cas ils forment des composés.
O + C + O -->CO2 (le gaz carbonique)

Liaisons chimiques:

Les atomes ayant leur couche externe saturée à 8 électrons ne réagissent pas avec un autre
atome, alors que ceux dont la couche externe a moins de 8 électrons peuvent réagir avec
les autres atomes (NB: tenir compte du cas particulier de l'hydrogène).
D'où la règle de l'octet: Les atomes ayant plus d'une couche ont tendance à réagir avec
d'autres atomes pour combler leur couche externe à 8 électrons. Ce qui leur permet
d'atteindre un état stable.
Remarque : l'atome d'hydrogène a une seule couche électronique (n=1) qui porte un
électron. Parfois cet atome peut perdre cet électron et il ne lui restera qu'un proton. Il
devient un proton (H+) car l'atome d'hydrogène n'a pas de neutron.
La stabilité d'un atome est atteinte quand les couches > 1 sont saturées à 8 électrons.
Il est important de savoir que c'est le nombre d'électrons sur la couche la plus externe qui
détermine les propriétés chimiques des éléments. Ce qui a permis de les classer.
Notez que la première couche d'électron se comble à 2 électron. c'est le nombre
d'électrons libres dans la couche externe qui détermine la valence d'un atome.

Liaisons covalentes :

Il y a liaison covalente quand deux atomes partagent certain(s) de leurs électrons. Ils
mettent en commun leurs électrons pour compléter leurs couches externes respectives à 8,
et acquérir une stabilité. Les électrons libres de la couche externe d'un atome établissent
une liaison covalente avec ceux des électrons libres d'un autre atome.
Le carbone est l’élément le plus favorable pour former des polymères complexes.
• C-C-C chaine souple à l’origine de la structure tridimensionnelle
• CO2 soluble dans l’eau

L’eau est le solvant biologique pour de nombreuses molécules. Sa tension de surface

est élevée, son point d’ébullition aussi (100°C). Cette propriété de solvant est due à sa
capacité de former des liaisons d’hydrogène.
Le chimiste américain L. PAULING a calculé l'électronégativité des différents
atomes. Dans le tableau périodique des éléments, la variation de l'électronégativité des
atomes augmentent de gauche à droite dans les périodes et de bas en haut dans les
familles. L'atome le plus électronégatif est donc l'atome de F (4.0) et les atomes les
moins électronégatifs sont les atomes césium et francium (0.7).
L’électronégativité est la tendance qu'a un atome à attirer les électrons des liaisons.
Son intérêt est que la valeur de l'électronégativité permet de savoir si :
• les électrons de liaison dans une molécule appartiennent autant à un atome qu'à
l'autre qui lui est lié : dans ce cas, la liaison est dite liaison covalente parfaite (ex
CO2);
• les électrons dans une molécule appartiennent plus à un atome qu'à l'autre qui lui
est lié : dans ce cas, la liaison est dite liaison covalente polarisée et on a un dipôle
(Ex : H2O, NH3).
Interaction dipôle-dipôle « Liaison hydrogène »

Un cas particulier d’interaction dipôle-dipôle, est celui de la « liaison hydrogène ». Elle

se manifeste uniquement entre une molécule qui comporte un atome d’hydrogène lié à un
atome X très électronégatif (N, O ou F) et un autre atome, Y, possédant un doublet libre
- ... :Y.
(F, O ou N) : X H

Cette liaison d’hydrogène est une liaison faible.

La liaison ionique
Lorsque deux atomes liés ont des électronégativités très différentes, la liaison covalente
est totalement dissymétrique. L’un des atomes transfère quasiment son (ses) électron (s) à
l’autre et chacun des atomes devient un ion. L’attraction électrostatique qui en résulte
n’est plus orientée et, tout comme pour les métaux, les ions formés se rassemblent en
structures géométriques correspondant à l’empilement maximum.

Interaction ion-dipôle : solvatation

L’interaction entre un ion et une molécule de solvant polaire est forte et de longue portée.
Elle est liée à la taille de l’ion (cation < anion) et à sa charge, ainsi qu’au moment
dipolaire du solvant. Elle explique la solubilité des composés ioniques dans l’eau, et leur
insolubilité dans les solvants apolaires. L’interaction entre l’eau et les cations peut aller
jusqu’à la formation de complexes liés.
Chaque ion solvaté (Na+ et Cl- du sel en solution aqueuse) s’entoure statiquement
d’ions de charge opposée solvatés. A distance égale, l’attraction entre deux ions est 80
fois plus faible dans l’eau que dans le vide. Les ions n’ont plus tendance à s’y regrouper.
Interaction hydrophobe
L’huile et l’eau constitue un système immiscible, l’eau ayant une tension de surface
élevée. L’ajout d’une substance tensioactive (émulsifiant) rend l’huile plus soluble dans
l’eau : c’est l’émulsification.

Force de répulsion de Van Der Waal

Les atomes sont entourés de nuages d’électrons. S’ils sont forcés à se rapprocher leurs
nuages d’électrons se chevauchent générant des forces de répulsion.

Ionisation de l’eau

L’eau pure contient un faible concentration d’ions hydronium H3O+ et une concentration
équivalente d’ions hydroxydes OH-.
Les acides sont des donneurs de protons (Ex H3O+) et les bases sont des accepteurs de
protons (Ex OH-)

L’eau se dissocie en ions H2O  H+ OH-

En solution l’ion H+ est solvaté : H2O + H+  H3O+
La constante d’équilibre est :
[H3O+] [OH-]
Keq = -------------------------------
[H2O]2

[H3O+] [OH-]= (55.4)2Keq=Kw= 10-14 à 25°C

Dans l ’eau pure on a [H3O+] = [OH-] = 10-7 M
Si [H3O+] > [OH-] la solution est acide
Si [H3O+] < [OH-] la solution est basique
On définit le pH = -log [H3O+]
une solution acide a un pH<7
une solution basique a un pH>7
La variation d'une unité pH correspond à une variation facteur 10 de la concentration en
ion H+.

Un acide fort se dissocie totalement dans l’eau

HCl ------> H+ + Cl-
Un acide faible se dissocie partiellement dans l’eau, il s’établit alors un équilibre entre les
différentes formes en solution
 AH <-------> H+ + A-
AH est l’acide et A- la base conjuguée

Pour un acide HA, la relation entre le pKa, les concentrations des formes protonées et
déprotonées et le pH est de la forme:

pH = pKA + Log10 [A-] / [AH]

Si pH= pKa, [AH] = [A-]

Si pH<pKa, la forme AH prédomine
Si pH>pKa, la forme A- prédomine

Constante de dissociation et pKa des acides faibles en solution acqueuse à 25°C :

Les composants organiques

- Alcool : R-OH
- Aldéhyde : R-CO-H
- Cétone : R-CO-R1
- Acide carboxylique : R-CO-OH
Dans la plupart des conditions biologiques l’acide carboxylique existe sous forme
d’anion carboxylate : R-CO-O-
- Thiol (sulfhydrile) : R-SH
 - Amine primaire : R-NH2, secondaire : R-NH-R1, tertiaire : R-N=R1R2
Dans la plupart des conditions biologiques les amines existent sous forme d’ions
ammonium R-NH3+, R-N=H2+R1, R-NH+=R1R2

Les groupements fonctionnels

Les liaisons des composées biochimiques :

Définitions

Hydrophile : un composé est dit hydrophile (littéralement : qui a de l’affinité pour l’eau)
quand il est attiré, et tend à être dissous par l’eau et les solvants polaires. Un composé
hydrophile est typiquement polaire. Cela lui permet de créer des liaisons hydrogène avec
l’eau ou un solvant polaire .
Hydrophobe : un composé est dit hydrophobe quand il est repoussé par l’eau, il est donc
insoluble dans l’eau. Il n’a pas la capacité de créer des liaisons hydrogène avec les
molécules d’eau. Il est aussi souvent apolaire, ou de faible polarité. À quelques
exceptions, les molécules hydrophobes sont lipophiles .
Lipophile : se réfère à la capacité d’un composé chimique à se dissoudre dans les
graisses, les huiles, les lipides et les solvants non polaires.
Corps gras : un corps gras est une substance composée de molécules ayant des propriétés
hydrophobes.
Amphiphile : une espèce chimique (que ce soit une molécule ou un ion) est dite
amphiphile ou bien amphipathique lorsqu’elle possède à la fois un groupe hydrophile et
un groupe hydrophobe. Les savons sont basés sur cette propriété. La partie lipophile fixe
les molécules organiques que l’eau seule ne peut retirer, tandis que la partie hydrophile
est emportée par l’eau.
Hydrocarbure : un hydrocarbure est un composé organique contenant exclusivement des
atomes de carbone (C) et d’hydrogène (H).
Composé aromatique : un composé aromatique est un composé chimique qui contient un
système cyclique respectant la règle d’aromaticité de Hückel (voir cours de chimie
organique). Le benzène est le plus simple hydrocarbure aromatique possible.
Composé aliphatique : un composé aliphatique est un composé carboné acyclique ou
cyclique, saturé ou insaturé, à l’exclusion des composés aromatiques.

SEMIOLOGIE BIOCHIMIQUE DU METABOLISME PHOSPHO-CALCIQUE

ET MAGNESIEN

LE CALCIUM

I-les différents rôles du calcium

C’est l’électrolyte le plus abondant de l’organisme

Un adulte de 70 kgs a 1100 g de calcium dont 95-98% dans les os et les dents, 1% dans
les tissus mous et 0,1% dans le secteur extra cellulaire (1/4 plasma et ¾ LEC).

I.1. au niveau osseux

- Rôle plastique: assure le maintien de l’architecture du squelette. C’est seulement à

travers la couche périphérique de l’os que le calcium est échangeable au milieux
extracellulaire.
- Rôle de réserve au niveau des fibres collagènes

I.2. au niveau cellulaire

- une fraction est liée à des protéines (dans les mitochondries)

- une fraction ionisée (dans le cytoplasme). C’est la forme
physiologiquement active +++ sur :
* la coagulation sanguine
* agrégation plaquettaire
* transmission de l’influx nerveux
* déclenchement de la contraction musculaire
* médiateurs dans de nombreuses sécrétions hormonales (insuline, ACTH)
* activations de divers systèmes enzymatiques

II- les différentes formes circulantes du calcium

La distribution du Cal entre plasma et hématies se fait de façon hétérogène. La teneur

plasmatique est 4x plus élevée que la teneur globulaire ( pour le Mg c’est l’inverse)

Calcium plasmatique totale = 95 – 105 mg/l soit 2,4 à 2,6 mmol/l incluant deux formes :
- Calcium lié aux protéines ( albumine) 45% jouant un rôle de réserve uniquement.
- Calcium ultra filtrable (ionisé Ca++ 50% et Ca complexé à des acides 5%)
RQ :
- seule la fraction ionisée du Cal intervient dans la régulation de l’activité du PTH
(parathormone)
- les fractions du Ca++ peut varier avec le pH sanguin car l’alcalose déplace le Ca+
+ liée aux protéines
- le Ca++ après avoir traversé la glomérule rénale est réabsorbé dans sa presque
totalité. Toute pathologie entrainant une fuite urinaire des protéines se traduira
par une diminution du calcium total mais la calcémie ionisée est normale.

III- métabolisme calcique et sa régulation

L’absorption intestinale est duodénale et jéjunale. Elle est favorisée par un pH acide (en
faveur de la solubilisation des sels de Ca) et des vitamines D2 et D3.
La régulation est présentée dans le tableau suivant :

Hormone Régulation
PTH (parathormone) Hormone hyper calcifiante : la baisse de la
calcémie augmente la sécrétion de PTH
ayant pour effet :
- stimulation de l’ostéolyse
- augmentation de la réabsorption
distale du Ca.

Calcitonine Hypocalcémiante : en freinant l’ostéolyse

 et en inhibant la réabsorption tubulaire.

Oestrogène Favorise la fixation osseuse du calcium

Hormones corticosurrénaliennes Diminue l’absorption intestinale et freine
la formation osseuse.

L’élimination du calcium est urinaire. Seule le Ca ultra filtrable traverse la glomérule et

99% sont réabsorbés au niveau des tubules rénaux.
Ca++ urinaire = 3,75 à 7,5 mmol/24h
La calciurie a peu de valeur pratique dans les différents diagnostics sauf pour les lithiases
et les tubulopathies rénales.

IV- détermination biochimique du calcium sérique total

IV-1- Prélèvements :
- sujet au repos
- matin à jêun
- sur tube sec ou sur héparinate de lithium (tube vert)
- éviter l’occlusion veineuse du bras et l’hémolyse

IV-2- Méthodes de dosage

CHIMIQUES
Les méthodes chimiques utilisent des réactifs possédant dans leur structure des
groupements aminodiacétiques

CH2-COOH
N
CH2-COOH

CH2-COOH
N
CH2-COOH

En milieu alcalin :

CH2-COOH CH2-COO-
N N
CH2-COOH Ca CH2-COO
Ca
CH2-COOH ½ OH CH2-COO
N N
CH2-COOH CH2-COO-
 Pour la méthode colorimétrique, le complexe formé peut être coloré au bleu de
méthylène thymol (+++ pour le dosage du calcium urinaire), à l’orthocrésolphtaléine, à
l’arsenazo.

Pour la détermination de la calciurie Il existe des variations nycthémérales et d’un

jour à l’autre dans l’élimination du calcium, les conduites à tenir sont :
- recueillir les urines de 24h et effectuer plusieurs dosages sur des jours différents
- prélever des urines sur HCl pour solubiliser les sédiments éventuels
- purification de l’urine sur résine atomique pour éviter les sources d’erreur.

PHYSIQUE

Photométrie d’émission : le Calcium a un potentiel d’excitation très élevé il faut

utiliser une flamme très chaude.

V- Variations pathologiques

V-1- Hypercalcémie

Destruction osseuse excessive Absorption intestinale excessive

Ostéolyse Ive Ostéolyse IIre Intoxication à la vit Affections

D granulomateuses

hyperparathyroïdie Tumorales Fréquent hyperproduction de

adénome PTHdien myélomes multiples (dosage de 1, 25OH 1, 25OH D3
hypercorticisme D3) sarcoïdose
corticithérapie tuberculose
prolongée
fracture
polio
maladie de Paget

V-2- Hypocalcémie

La gravité réside dans la chute du Ca ionisé entrainant des crises de tétanie.

Hypoparathyroïdie ostéomalacie affections rénales

-Absce de S° de PTH
-S° de PTH inactive
-Absce de complexe entre
Récepteur et adénylcyclase
-Trble en aval de la
Production d’AMPc
-rachitisme chez l’enfant : -IRC desctruction du
carence d’apport parenchyme
-défaut’d’absorption de vit -Glomérulopathie
D : maladie coeliaque,
gastrectomisé
-trbl du met de la vit D

LE PHOSPHORE

I-Distribution et rôles

Le phosphore est présent dans l’os sous forme phosphotricalcique (80%), dans les
cellules sous forme d’ester dans les lipides et les acides nucléiques (29%) et dans le LEC
(2%) dont le sang.
Dans le sang on dose le Pi (P inorganique) : c’est la phosphorémie. Elle se présente à
80% sous forme de P bimétallique Na2H3PO4 et à 20% sous forme s/f monométallique
NaH2PO4.
La concentration en H2PO4 et Ca ionisé ne doit pas dépasser la constante de
solubilité sinon le sel correspondant précipite. Alors Ca et Pi varient en sens inverse pour
maintenir cet équilibre
C’est un bon système tampon jouant un rôle important dans l’équilibre acido-
basique. Il complète la colonne anionique à côté du Cl- et HCO3-.

II- Régulations

L’absorption intestinale se fait au niveau du jéjunum et du grêle. Le lait, fromage et

poissons sont riches en phosphore.
Les besoins quotidiens sont de 1 à 1,5 g (surtout les femmes enceintes et les enfants)
Le PTH diminue la phosphorémie et le métabolite de la vit D3 (1, 25 di-OH D3)
l’augmente.
L’élimination est rénale par filtration au niveau des glomérules. 90-95% sont
réabsorbées au niveau du TCP. C’est une réabsorption active saturable et constitue la
principale homéostasie du P.
Le PTH inhibe la réabsorption tubulaire et favorise l’élimination d’où
hyperphosphaturie

III- Dosage

III-1- Prélèvement

-Sanguin: sérum ou plasma hépariné

Eviter l’hémolyse car P est en concentration importante dans les GR. Le sérum et le
plasma doivent être séparés des érythrocytes dans l’espace de 2 heures sinon du
phosphore inorganique peut être mis en liberté par la scission des esters phosphoriques.
La détermination doit être effectuée dans un délai de 4 heures après la prise de sang.
À jeun car il y a hypophosphorémie après le repas ou effort musculaire
-Urine: de 24h :
-recueil en milieu acide pour éviter la précipitation du phosphore
-dilution au 1/10

III-2- Méthodes de dosage

1-Formation d’un complexe phosphomolybdique

principe:

P (en milieu acide) + molybdate d’aluminium -----> complexe phosphomolybdique

(Evaluation à 340nm)

Ou: réduction du complexe en bleu de molybdène puis coloration par Hydroxylamine ou

Hydroxyquinone ou Sulfate ferreux ---> coloration stable lecture 600-700 nm à t°
ambiante
Ou condensation du complexe avec du vert malachite lecture λ = 550-600nm

2- Formation du complexe vanadomolybdique

P (en milieu acide) + vanadomolybdique ---> complexe phosphovanadomolybdique

Coloré en jaune. Lecture λ= 360nm

3- Méthode enzymatique:

purine nucleoside phosphorylase

Pi + inosine ---------------------------------------------> Hypoxanthine + Ribose 1P

Xanthine oxydase
Hypoxanthine + O2 -----------------------------------> Xanthine + H2O2

H2O2 + aminoantipyrine + 2.4 dichlorophenolsulfate -----> Quinone imine + H2O

Lecture à 500nm.

IV- Physiopathologie

Valeurs usuelles :
Sang : 0,95 à 1,25 mmol/l
Nné: 1,7 à 2,5mmol/l
 10 ans 1,2 à 1,9 mmol/l
diminue après le repas et l’activité physique
Urine: 13-32 mmol/24h
À associer avec la créatinine, PAL, OHproline, Glucosurie

HYPERPHOSPHOREMIE >1,6mmol/l HYPOPHOSPHOREMIE < 0,8mmol/l

1°) IRC 1°) Chez les personnes agées

hypocalcémie
hyperparathyroidie secondaire
2°) hypoparathyroidie
hypocalcémie
Hyperphosphorémie
Hypocalciurie
Hyperphosphaturie
Clearance de P diminuée
3°) Défaut de S°de PTH après ablation PAL augmenté
de la thyroide
4°) Ostéolyse avec processus cancéreux hypophosphorémie- hypophosphaturie
2°) Hyperparathyroidie primitive
adénome bénin ou malin
femme de 30-35 ans
hypercalcémie > 2,5mmol/l
hypercalciurie
hypophosphorémie
hyperphosphaturie
OHprolinurie augmente
3°) Ostéomalacie et rachitisme
carence en vit D
hypocalcémie- hypocalciurie
rachitisme = vitaminorésistant
4°) tubulopathie syndrome de Fanconi
hyperphosphaturie + hypophosphorémie
5°) Défaut d’acidification des urines
Sd de Vowe
6°) hypophosphorémie sévère < 0,5mmol/l
Sd de dénutrition: alimentation parentérale
Chez les alcooliques

LE MAGNESIUM

Le magnésium, sous forme d'hydrate, d'oxyde hydraté, de carbonate, de chlorure

et d'autres sels encore, est très utilisé en médecine et en pharmacie. L'ion magnésium
Mg++ joue un rôle très important dans l'équilibre ionique du corps humain et doit donc
être présent dans l'alimentation tout comme le calcium. Au niveau des équilibres
hydriques du corps, l'ion Mg++ est à l'ion Ca++ ce que l'ion K+ est au Na+.
De nombreux troubles peuvent être consécutifs à un manque de magnésium :
dépression et angoisse, diabètes, spasmes musculaires, crampes, troubles
cardiovasculaires, pression artérielle élevée et ostéoporose. Il participe activement à la
transmission des influx nerveux entre les neurones. L'apport recommandé quotidien est
estimé à 300 mg de magnésium par jour (le double pour les sportifs ou les femmes
enceintes) ou encore 6 mg/kg de poids corporel.
I- Rôles biologiques

Le magnésium au niveau du corps humain sert à :

- la formation des os et des dents, avec le calcium et le phosphore
- favorise la fixation du calcium sur l'os
- action sur la croissance
- la transmission de l'influx nerveux
- la contraction musculaire, rythme cardiaque
- contribue aux mécanismes de défense immunitaire
- lutte contre le stress, effet sédatif (relaxant musculaire)
- à forte concentration, lutte contre la constipation par action osmotique et
stimulation motrice locale
- lutte contre la lithiase oxalo-calcique
- anti-allergique
- anti-inflammatoire
- anti-agrégant plaquettaire (rôle protecteur contre les thromboses)
- radioprotecteur
- régulateur thermique
- catalyse de nombreuses réactions métaboliques (catalyse enzymatique, synthèses
glycogénique et protéique, transfert du phosphate, ...

II- dosage

II.1. Prélèvement :
Sérum ou plasma hépariné ( héparinate de lithium) (tube vert).
Le Mg est stable 10 jours à 2 à 8°C dans le plasma hépariné.

II.2. Principe

Le magnésium dans l'échantillon réagit avec le bleu xylidyl en milieu alcalin pour
former un complexe coloré. L'intensité de la couleur étant proportionnelle à la quantité de
magnésium dans l'échantillon. La lecture se fait par spectrocolorimétrie en référence à un
étalon.