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https://doi.org/10.1038/s42003­020­01595­9  OUVERT

AAV1  est  le  vecteur  viral  optimal  pour  les  expériences  
d'optogénétique  chez  les  pigeons  (Columba  livia)
Noemi  Tour  1 ,  John  Michael  Tuff1 , Sevim  Isparta  1,2,  Olivia  Andrea  Masseck  3,  Stefan  Herlitze4,
Onur  Güntürkün1  &  Roland  Pusch1
1234567890() :, ;

Bien  que  l'optogénétique  ait  révolutionné  les  neurosciences  des  rongeurs,  elle  est  encore  rarement  utilisée  dans  
d'autres  organismes  modèles  car  l'efficacité  du  transfert  de  gènes  viraux  diffère  entre  les  espèces  et  les  études  
complètes  de  transduction  virale  sont  rares.  Cependant,  pour  la  recherche  comparative,  les  oiseaux  offrent  des  
organismes  modèles  précieux  car  ils  ont  d'excellentes  capacités  visuelles  et  cognitives.  Par  conséquent,  l'étude  
suivante  établit  l'optogénétique  chez  les  pigeons  sur  des  bases  histologiques,  physiologiques  et
niveaux  comportementaux.  Nous  montrons  que  AAV1  est  le  vecteur  viral  le  plus  efficace  dans  divers  cerveau

régions  et  conduit  à  une  expression  étendue  de  ChR2  antérograde  et  rétrograde  lorsqu'il  est  combiné  avec  le  
promoteur  CAG.  En  outre,  la  stimulation  optique  transitoire  des  cellules  exprimant  ChR2  dans  l'entopallium  
diminue  la  sensibilité  au  contraste  des  pigeons  lors  d'une  tâche  de  discrimination  en  niveaux  de  gris.  Cette  
découverte  démontre  une  preuve  causale  de  l'implication  de  l'entopallium  dans  la  perception  du  contraste  ainsi  
qu'une  preuve  de  principe  pour  l'optogénétique  chez  les  pigeons  et  fournit  les  bases  de  diverses  autres  
méthodes  qui  reposent  sur  le  transfert  de  gènes  viraux  chez  les  oiseaux.

1Département  de  biopsychologie,  Institut  des  neurosciences  cognitives,  Faculté  de  psychologie,  Ruhr  University  Bochum,  Universitätsstraße  150,  44801  
Bochum,  Allemagne.  2Département  de  génétique,  Faculté  de  médecine  vétérinaire,  Université  d'Ankara,  Şht.  Ömer  Halisdemir  Blv,  06110  Ankara,  Turquie.
3 Université  de  Brême,  Biologie  synthétique,  Leobener  Straße  5,  28359  Brême,  Allemagne.  4Département  de  zoologie  générale  et  de  neurobiologie,  Ruhr  University  

Bochum,  Universitätsstraße  150,  44801  Bochum,  Allemagne.  e­mail :  noemi.rook@rub.de

BIOLOGIE  DES  COMMUNICATIONS  |  (2021)  4:100  |  https://doi.org/10.1038/s42003­020­01595­9  |  www.nature.com/commsbio 1
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ARTICLE BIOLOGIE  DES  COMMUNICATIONS  |  https://doi.org/10.1038/s42003­020­01595­9

de  forme,  de  motif,  de  couleur,  de  mouvement  et  de  luminance17,18,21.  Nous  
la  recherche  scientifique  car  différentes  espèces  aviaires  offrent  des   avons  utilisé  une  tâche  de  discrimination  visuelle  en  niveaux  de  gris  et  avons  
Les  oiseaux   sont  des  
opportunités   orrganismes  
de   echerche  um odèles  
niques.   Aplors  
récieux  
que  ples  
our  neu  comparative
corbeaux  ont  d'excellentes   constaté  que  la  stimulation  optogénétique  au  sein  de  cette  structure  entraînait  une  
capacités  cognitives  comparables  à  celles  des  primates1–3,  les  diamants  mandarins   altération  de  la  perception  du  contraste  indiquée  par  une  diminution  de  la  précision  
et  autres  oiseaux  chanteurs  sont  largement  étudiés  comme  modèles  de  langage4–7. de  la  discrimination.  Avec  cette  étude,  nous  fournissons  une  preuve  de  principe  
De  plus,  les  pigeons  ont  des  capacités  visuelles  exceptionnelles8,  des   pour  l'optogénétique  chez  les  pigeons  ainsi  que  des  informations  supplémentaires  
compétences  de  navigation9,10  et  représentent  des  modèles  animaux  classiques   sur  la  fonction  de  l'entopallium.
pour  la  recherche  sur  l'apprentissage  et  la  mémoire11.  Les  oiseaux  sont  capables  
de  ces  comportements  bien  que  leur  cerveau  soit  organisé  radicalement  différent  
de  celui  des  mammifères12.  Alors  que  le  néocortex  des  mammifères  est  organisé   Résultats  
en  six  couches,  le  pallium  des  oiseaux  est  structuré  de  façon  nucléaire12. Analyse  comparative  de  transduction  des  sérotypes  de  vecteurs  
Il  existe  cependant  des  preuves  cumulatives  suggérant  que,  bien  que  les  cerveaux   viraux  adéno­associés  1,  5  et  9  dans  le  prosencéphale  aviaire.  Dans  
des  oiseaux  et  des  mammifères  diffèrent  au  niveau  macroscopique,  les  circuits   un  premier  temps,  nous  avons  voulu  déterminer  le  vecteur  viral  adéno­
locaux  au  sein  de  leurs  systèmes  sensoriels  sont  hautement  comparables,  indiquant   associé  (AAV)  le  plus  efficace  pour  des  expériences  d'optogénétique  
des  principes  conservés  dans  l'organisation  des  systèmes  sensoriels13.  La   dans  le  système  visuel  des  pigeons.  Pour  l'étude  de  transfection  
découverte  de  ces  propriétés  invariantes  peut  aider  à  établir  des  relations  circuit­ virale,  nous  avons  comparé  l'effi  cacité  d'un  AAV  de  sérotype  2  
fonction  qui  mettent  en  évidence  les  principes  généraux  du  cerveau.  Ainsi,  la   pseudotypé  avec  le  sérotype  1  (ici  appelé  AAV1),  pseudotypé  avec  
recherche  comparative  est  indispensable  pour  comprendre  comment  les  fonctions   le  sérotype  5  (ici  appelé  AAV5)  et  pseudotypé  avec  AAV9  (ici  appelé  
cérébrales  émergent  de  la  structure14. AAV9) .  Tous  les  sérotypes  ont  été  combinés  avec  le  promoteur  du  
Malheureusement,  la  plupart  de  ce  que  nous  savons  sur  la  fonction  du  pallium   gène  de  la  synapsine  1  humaine  (hSyn)  ou  le  promoteur  de  la  bêta­
aviaire,  en  particulier  pour  le  système  sensoriel,  provient  de  méthodes  purement   actine  de  poulet  (CAG)  et  ont  été  injectés  dans  l'entopallium  du  
corrélatives15,16  ou  d'études  de  lésions  qui  manquent  de  précision  spatiale  et   cerveau  du  pigeon  (Fig.  1a,  b).  Chaque  construction  a  été  injectée  
temporelle17–21.  Cependant,  pour  étudier  la  fonction  des  réseaux  neuronaux,  des   dans  au  moins  cinq  hémisphères  distincts  de  trois  pigeons  (pour  plus  
méthodes  capables  de  contrôler  précisément  l'activité  neuronale  sont  indispensables.   d'informations,  voir  le  tableau  1).  Après  6  semaines  de  transfection,  
Cet  objectif  ambitieux  a  d'abord  été  atteint  avec  l'optogénétique,  permettant  aux   les  pigeons  ont  été  sacrifiés  et  des  colorations  immunohistochimiques  
chercheurs  d'activer  ou  de  réduire  au  silence  des  réseaux  spécifiques  avec  une   contre  ChR2  ont  été  réalisées  dans  toutes  les  tranches  de  cerveau  
résolution  temporelle  et  spatiale  élevée  grâce  à  l'intégration  de  canaux  ioniques   contenant  l'entopallium.  La  contre­coloration  a  été  effectuée  pour  
sensibles  à  la  lumière  artificielle  dans  la  membrane  cellulaire22,23.  L'optogénétique   permettre  une  comparaison  égale  entre  les  sérotypes,  car  les  
a  révolutionné  la  recherche  sur  les  rongeurs24  et  a  été  établie  chez  d'autres   sérotypes  avec  le  promoteur  hSyn  ont  été  marqués  avec  eYFP,  
espèces  telles  que  les  primates25,  les  diamants  mandarins7  et  les  furets26  au   tandis  que  les  sérotypes  avec  le  promoteur  CAG  ont  été  marqués  
cours  des  dernières  années.  Cependant,  la  mise  en  œuvre  fonctionnelle  de   avec  mCherry.  De  plus,  la  quantité  d'expression  du  transgène  peut  
l'optogénétique  chez  d'autres  espèces  a  été  difficile27. être  sous­estimée  lors  de  l'analyse  de  la  fluorescence  native,  car  le  
signal  augmente  avec  les  contre­colorations  (voir  la  Fig.  1  
Alors  que  plusieurs  études  ont  pu  montrer  les  effets  de  la  microstimulation   supplémentaire  et  la  section  Méthode  pour  plus  de  détails).  L'efficacité  
électrique  lors  de  la  prise  de  décision  ou  de  la  perception  chez  les  primates28–30,   des  six  constructions  a  été  évaluée  sur  la  base  du  nombre  de  somates  
les  études  utilisant  la  stimulation  optogénétique  ont  parfois  échoué  à  trouver  des   exprimant  ChR2  (Fig.  1a)  et  de  la  zone  transfectée  de  somates,  de  
effets  comportementaux,  malgré  des  changements  physiologiques  rapportés25,31– dendrites  et  d'axones  exprimant  ChR2  par  rapport  à  la  taille  de  l'entopallium  (Fig. 
33.  Une  explication  qui  a  été  fournie  pour  l'absence  d'effets  comportementaux  est   Nous  avons  constaté  que  la  construction  avait  un  effet  significatif  sur  le  nombre  
une  efficacité  virale  insuffisante  entraînant  de  faibles  quantités  d'expression  de   de  cellules  exprimant  ChR2  (ANOVA  unidirectionnelle  avec  correction  de  Welch  F  
protéines25,27.  Comme  l'un  des  éléments  clés  de  l'optogénétique  est  l'expression   (4,  9,  511)  =  14,  949,  p  <0,  001,  Fig.  1c).  Bien  qu'il  n'y  ait  pas  eu  de  différence  
de  canaux  ioniques  sensibles  à  la  lumière  qui  sont  généralement  transférés  dans   dans  le  nombre  de  cellules  exprimant  ChR2  entre  les  injections  d'AAV1­hSyn­
le  cerveau  via  des  vecteurs  viraux,  l'efficacité  de  ces  constructions  doit  être   ChR2  et  d'AAV1­CAG­ChR2  (comparaisons  par  paires  corrigées  de  Bonfer  roni,  p  
soigneusement  étudiée  avant  l'application  de  l'optogénétique  in  vivo.  L'efficacité  du   =  1,00,  Fig.  1c,  e,  h),  les  deux  constructions  étaient  significativement  plus  efficace  
vecteur  viral  peut  varier  considérablement  entre  les  zones  cérébrales  et  les   que  tous  les  autres  sérotypes,  y  compris  AAV5­hSyn­ChR2  (p  ≤  0,001,  Fig.  1c,  f),  
espèces,  ce  qui  souligne  la  nécessité  d'études  de  transfection  virale  dans  divers   AAV5­CAG  ChR2  (AAV1­hSyn­ChR2 :  p  =  0,003,  AAV1­CAG­ChR2 :  p  =  0,025,  
organismes  modèles34–39.  Surtout  chez  les  oiseaux,  la  transfection  virale  s'est   Fig.  .1c,  i)  et  AAV9­CAG­ChR2  (p  ≤  0,001,  Fig.  1c ,  j,  pour  les  valeurs  moyennes  
avérée  difficile40,  peut­être  en  raison  des  propriétés  du  système  immunitaire41,42 .   et  SEM  voir  tableau  1).  De  plus,  la  construction  a  eu  un  effet  significatif  sur  le  
Bien  que  l'optogénétique  ait  déjà  été  utilisée  dans  certaines  zones  du  système  de   pourcentage  de  zone  d'expression  de  ChR2  dans  l'entopallium  (ANOVA  
chant  du  pinson  zèbre7,43,44,  l'efficacité  de  différentes  constructions  virales  n'a   unidirectionnelle  avec  correction  de  Welch,  F  (4,  8,  515)  =  12,  791,  p  =  0,  001,  Fig.  
pas  été  comparée  dans  ces  zones  cérébrales  et  dans  d'autres  zones  du  cerveau   1d).  Il  n'y  avait  pas  de  différence  significative  dans  le  pourcentage  de  la  zone  
telles  que  le  système  visuel.  Dans  cette  étude,  nous  avons  comparé  l'efficacité  de   transduite  entre  les  injections  d'AAV1­hSyn­ChR2  et  d'AAV1­CAG­ChR2  
six  constructions  virales  dans  leur  capacité  à  transduire  des  neurones  dans  le   (comparaisons  par  paires  corrigées  de  Bonfer  roni,  p  =  0,  402,  Fig.  1d,  e,  h).
cerveau  antérieur  du  pigeon  et  avons  constaté  que  l'AAV1  est  la  construction  virale  
optimale  pour  les  expériences  optogénétiques  chez  les  oiseaux.  Comme  il  a  été  
compliqué  d'induire  des  effets  comportementaux  avec  l'optogénétique  chez  les   Cependant,  AAV1­CAG­ChR2  a  entraîné  une  zone  significativement  
primates  en  raison  d'une  expression  protéique  insuffisante,  nous  avons  en  outre   plus  grande  exprimant  ChR2  que  tous  les  autres  sérotypes,  y  compris  
confirmé  que  la  stimulation  de  la  channelrhodopsine  (ChR2)  entraîne  des  effets   AAV5­  hSyn­ChR2  (p  <  0,001,  Fig.  1d,  f),  AAV5­CAG­ChR2  (p  =  0,001,  
physiologiques  et  comportementaux  chez  les  pigeons.  Dans  notre  étude,  nous   Fig.  1d ,  i)  et  AAV9­CAG­ChR2  (p  =  0,001,  Fig.  1d,  j,  pour  les  valeurs  
nous  sommes  concentrés  sur  le  système  visuel,  car  les  oiseaux  sont  des  animaux   moyennes  et  SEM  voir  tableau  1).  De  plus,  la  zone  d'expression  de  
très  visuels  et  des  études  récentes  ont  indiqué  que  les  propriétés  caractéristiques   ChR2  était  significativement  plus  grande  pour  AAV1­hSyn  par  rapport  
des  systèmes  sensoriels,  telles  qu'une  organisation  colonnaire  et  laminaire,  sont   à  AAV5­hSyn  (p  =  0,  039,  Fig.  1d  –  f).  De  plus,  les  efficacités  de  
conservées  entre  les  oiseaux  et  les  mammifères13.  Nous  avons  ciblé  l'entopallium,   transduction  des  sérotypes  suivaient  un  schéma  similaire  lorsque  la  
qui  est  la  zone  visuelle  primaire  la  plus  importante  du  télencéphale  du  pigeon  et   zone  d'expression  de  ChR2  était  comparée  à  la  taille  de  l'entopallium  
qui  a  été  associée  à  la  discrimination uniquement  dans  les  tranches  avec  transduction  (voir  Fig.  2  
supplémentaire).  Le  profil  d'expression  après  les  injections  d'AAV9  
différait  de  tous  les  autres  sérotypes,  comme  pour  AAV9­hSyn­ChR2,  seuls  deux  C

2 BIOLOGIE  DES  COMMUNICATIONS  |  (2021)  4:100  |  https://doi.org/10.1038/s42003­020­01595­9  |  www.nature.com/commsbio
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BIOLOGIE  DES  COMMUNICATIONS  |  https://doi.org/10.1038/s42003­020­01595­9 ARTICLE

AAV1 AAV1
AAV5
un Nombre  de  somates  ChR2+
AAV5
AAV9
b Surface  transfectée  en  % AAV9

E E

MS  t MS  t
somata LS  t généraliste
Densité LS  t généraliste

c ré
*** 35
***  ** *
25  000
*** * *** ***  ** **
30
hSyn hSyn
20  000 CAG CAG
25

somates  
Nombre  
ChR2+
de  
15  000 20
entopalliale  
transduite  
Surface  
%

15
10  000

dix

5  000
5

30  µm

AAV1 AAV5 AAV9 AAV1 AAV5 AAV9

ef  g AAV1­hSyn AAV5­hSyn   AAV9­hSyn

500  µm
ChR2 ChR2 ChR2

h AAV1­CAG je AAV5­CAG j AAV9­CAG

ChR2 ChR2 ChR2

Fig.  1  Analyse  de  transduction  comparative  d'AAV1,  AAV5  et  AAV9  en  combinaison  avec  les  promoteurs  hSyn  et  CAG.  a  Illustration  schématique  de  la
zone  d'injection  et  type  d'analyse.  Pour  la  première  analyse,  tous  les  somates  ont  été  comptés  qui  affichaient  l'expression  de  ChR2.  b  Représentation  schématique  de  la  zone  d'injection
et  le  type  d'analyse.  Pour  la  deuxième  analyse,  la  surface  de  ChR2  exprimant  les  somates,  les  dendrites  et  les  axones  a  été  mesurée  et  comparée  à  la  surface  totale  de
l'entopallium.  c  Comparaison  quantitative  de  toutes  les  constructions  testées  dans  leur  capacité  à  conduire  l'expression  du  transgène  dans  les  somates  de  l'entopallium.  AAV1­hSyn  ChR2,  ainsi  
que  AAV1­CAG­ChR2,  étaient  significativement  plus  efficaces  que  toutes  les  autres  constructions  testées.  d  Pourcentage  de  ChR2  exprimant  l'aire  entopalliale  pour
toutes  les  constructions  testées.  AAV1­CAG  était  significativement  plus  efficace  que  toutes  les  autres  constructions  testées.  Tous  les  AAV  avec  le  promoteur  hSyn  sont  représentés  en  gris  et  tous
Les  AAV  avec  le  promoteur  CAG  sont  représentés  en  bleu.  e–j  Images  qualitatives  de  l'expression  de  ChR2  suite  à  des  injections  de  e  AAV1­hSyn­ChR2  (n  =  5),  f  AAV5­
hSyn­ChR2  (n  =  5),  g  AAV9­hSyn­ChR2  (n  =  5),  h  AAV1­CAG­ChR2  (n  =  6),  i  AAV5­CAG­ChR2  (n  =  5)  et  j  AAV9­CAG  ­ChR2  (n  =  5).  Toutes  les  barres  d'échelle
représentent  500  µm.  Les  barres  d'erreur  représentent  l'erreur  standard  de  la  moyenne  (SEM)  et  les  points  représentent  les  données  brutes,  ***p  <  0,001,  **p  <  0,01,  *p  <  0,05.
Abréviations :  vecteur  viral  adéno­associé  AAV,  promoteur  du  gène  de  la  synapsine  1  humaine  hSyn,  promoteur  de  la  bêta­actine  de  poulet  CAG.

BIOLOGIE  DES  COMMUNICATIONS  |  (2021)  4:100  |  https://doi.org/10.1038/s42003­020­01595­9  |  www.nature.com/commsbio 3
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des  cellules  ont  été  trouvées  dans  l'un  des  cinq  cas  (Fig.  1g),  tandis  que  AAV9­
Tableau  1  Analyse  comparative  de  transduction  de  AAV1,  AAV5,
CAG  ChR2  a  conduit  à  une  expression  fiable  de  ChR2  dans  les  cinq  cas  mais  aussi  à
et  AAV9  en  combinaison  avec  le  hSyn  et  le  promoteur  CAG.
neurotoxicité  (Fig.  1j,  sera  discuté  en  détail  plus  tard).
Alors  que  AAV1­CAG­ChR2  et  AAV1­hSyn­ChR2  n'ont  pas
Sérotype Nombre  de  ChR2 Entopallial  transduit
exprimant  des  cellules superficie  en  % diffèrent  dans  leur  efficacité  à  piloter  l'expression  de  ChR2  dans  le
AAV1­CAG 12405  ±  2230  SEM,  n  =  6   15,89  ±  3,17  ETM,  n  =  6 entopallium,  ils  différaient  par  d'autres  propriétés  telles  que  l'antérograde
AAV1­hSyn 15028  ±  3170  SEM,  n  =  5   9,73  ±  2,62  ETM,  n  =  5 et  expression  rétrograde  de  ChR2  dans  les  structures  cibles  et  d'entrée
AAV5­CAG 3782  ±  690  SEM,  n  =  5   2,79  ±  0,81  ETM,  n  =  5 de  l'entopallium.  Nous  avons  constaté  que  les  injections  d'AAV1­CAG­ChR2
AAV5­hSyn 406  ±  125  SEM,  n  =  5   0,18  ±  0,05  SEM,  n  =  5
AAV9­CAG 574  ±  83  SEM,  n  =  5 1,67  ±  0,38  ETM,  n  =  5 dans  l'entopallium  (Fig.  2a)  a  entraîné  une  importante  ChR2
expression  dans  les  fibres  se  projetant  sur  des  structures  cibles  telles  que  le
Pour  tous  les  sérotypes,  le  nombre  moyen  de  cellules  exprimant  ChR2  et  le  nombre  moyen  de  cellules  exprimant  ChR2 mésopallium  ventrolatéral  (MVL,  Fig.  2b,  d)  et  nidopallium
la  surface  entopalliale  en  %  a  été  évaluée  pour  au  moins  cinq  injections  dans  des  hémisphères  séparés  d'au  moins
moins  trois  pigeons. intermédiaire  (NI,  Fig.  2b,  d).  Contrairement  à  cela,  seulement  peu  de  ChR2

AAV1
AAV1­CAG AAV1­hSyn
un b MVL c MVL

MVL

NI
E

MS  t
généraliste
LS  t

NI NI

ré antérograde
E
E
MVL

NI
E

MS  t
généraliste
LS  t

200  µm
ChR2 ChR2

ef  g antérograde

MVL
E
NI
LSt LSt
E
E
MS  t LSt généraliste

généraliste

généraliste

ChR2 ChR2
rétrograde
h je TrO j TrO
SC

nRT nRT
Dernier

UN
nRT

TrO ChR2 ChR2


Fig.  2  Expression  antérograde  et  rétrograde  de  ChR2  dans  les  structures  cibles  et  d'entrée  de  l'entopallium.  a  Illustration  schématique  de  la  zone  d'injection  dans
entopallium.  b  Expression  antérograde  de  ChR2  dans  les  fibres  se  projetant  vers  le  NI/MVL  suite  à  des  injections  d'AAV1­CAG­ChR2.  c  Peu  d'expression  antérograde  de  ChR2
suite  aux  injections  d'AAV1­hSyn­ChR2.  d  Illustration  schématique  du  marquage  antérograde  dans  les  fibres  se  projetant  vers  le  NI/MVL.  e  Illustration  schématique  de
marquage  antérograde  dans  les  fibres  se  projetant  vers  le  striatum.  f  Expression  antérograde  de  ChR2  dans  les  fibres  se  projetant  vers  le  striatum  suite  à  des  injections  d'AAV1­
CAG  ChR2.  g  Peu  d'expression  antérograde  de  ChR2  dans  le  striatum  suite  à  des  injections  d'AAV1­hSyn­ChR2.  h  Illustration  schématique  de  l'expression  de  ChR2  dans  le  noyau
rotundus,  qui  est  la  principale  région  d'entrée  de  l'entopallium.  i  Expression  rétrograde  étendue  de  ChR2  dans  le  noyau  rotundus  suite  à  des  injections  d'AAV1­CAG  ChR2  dans  
l'entopallium.  j  Expression  rétrograde  rare  de  ChR2  dans  le  noyau  rotundus  suite  à  des  injections  d'AAV1­hSyn­ChR2.  Toutes  les  barres  d'échelle  représentent  200
µm.  Notez  que  les  images  f,  g,  i,  j  ont  été  tournées  de  90°  vers  la  gauche.  Abréviations :  Arco  arcopallium,  E  entopallium,  GP  globus  pallidus,  LSt  lateral  striatum,  MSt
striatum  médial,  MVL  mésopallium  ventrolatéral,  NI  nidopallium  intermedium,  nRT  noyau  rotundus,  TrO  tractus  opticus.

4 BIOLOGIE  DES  COMMUNICATIONS  |  (2021)  4:100  |  https://doi.org/10.1038/s42003­020­01595­9  |  www.nature.com/commsbio
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l'expression  a  pu  être  détectée  dans  NI  et  MVL  après  des  injections  d'AAV1­ pallidus  (Fig.  3d,  f),  l'hyperpallium  apical  (Fig.  3g,  h)  et  le  striatum  médial  
hSyn­ChR2  (Fig.  2c,  Tableau  supplémentaire  1,  Fig.  3  et  4  supplémentaires).   (Fig.  3g,  i).
Un  schéma  d'expression  similaire  a  pu  être  observé  dans  le  striatum  (Fig.   Étant  donné  que  le  promoteur  CAG  peut  conduire  l'expression  du  
2e),  qui  est  une  autre  structure  cible  de  l'entopallium.  Nous  avons  trouvé  une   transgène  dans  tous  les  types  de  cellules,  la  mesure  dans  laquelle  les  
expression  étendue  de  ChR2  dans  les  fibres  faisant  saillie  vers  le  striatum   cellules  exprimant  ChR2  étaient  également  co­localisées  avec  un  marqueur  
après  des  injections  d'AAV1­CAG  ChR2  dans  l'entopallium  (Fig.  2f),  qui  était   neuronal  a  été  étudiée.  Par  conséquent,  nous  avons  effectué  des  colorations  
plus  faible  pour  les  injections  d'AAV1­hSyn­ChR2  (Fig.  2g,  Tableau   immunohistochimiques  combinées  contre  ChR2  et  NeuN  pour  visualiser  les  
supplémentaire  1,  Fig.  5  et  6).  La  principale  région  d'entrée  de  l'entopallium   neurones  (Fig.  4a  –  d).  Nous  avons  constaté  que  AAV1­CAG­ChR2  entraînait  
est  le  noyau  rotundus  diencéphalique  (Fig.  2h).  Les  injections  d'AAV1­hSyn­ une  expression  significativement  plus  importante  du  transgène  dans  les  
ChR2  et  d'AAV1­CAG­ChR2  dans  l'entopallium  ont  entraîné  l'expression  de   neurones  que  dans  les  cellules  gliales  (neurones :  92,19 %  ±  1,99  SEM,  n  =  
ChR2  dans  les  neurones  du  noyau  rotundus  après  6  semaines  de  temps   5 ;  cellules  gliales :  7,81 %  ±  1,99  SEM,  n  =  5 ;  Z  =  ­2,023 ,  p  =  0,043,  Fig.  
d'expression  (tableau  supplémentaire  1,  figures  supplémentaires  7  et  8).   4a–d).  Cette  quantification  n'a  pas  pu  être  effectuée  pour  les  injections  
Cependant,  l'expression  rétrograde  de  ChR2  était  plus  étendue  après  les   d'AAV9­CAG­ChR2,  car  ce  sérotype  a  entraîné  une  forte  réduction  de  
injections  d'AAV1­CAG­ChR2  (Fig.  2i)  qu'après  les  injections  d'AAV1­hSyn­ l'expression  de  NeuN  dans  la  zone  d'expression  de  ChR2  (AAV1­CAG :  
ChR2  (Fig.  2j),  en  particulier  après  des  temps  d'expression  plus  longs  de  6   1871  cellules  NeuN+  par  mm2  ±  41  SEM,  n  =  6 ;  AAV9­  CAG :  1102  cellules  
mois  (Fig.  2i,  j,  Supplémentaire  Tableau  1,  figures  supplémentaires  7  et  8). NeuN+  par  mm2  ±  77  SEM,  n  =  4 ;  Z  =  ­2,558,  p  =  0,01,  Fig.  4e–h),  suggérant  
une  neurotoxicité  de  ce  sérotype.  Pour  étudier  plus  avant  la  neurotoxicité  
possible  de  ce  sérotype,  nous  avons  effectué  des  colorations  combinées  
L'efficacité  d'AAV1­CAG­ChR2  a  en  outre  été  étudiée  avec  des  injections   contre  ChR2  et  la  protéine  acide  fibrillaire  gliale  (GFAP)  pour  AAV9­CAG­
uniques  de  5  µl  chacune  dans  d'autres  régions  du  pallium  aviaire  afin   ChR2  et  AAV1­CAG­ChR2,  car  GFAP  est  un  marqueur  de  l'activation  des  
d'évaluer  son  utilité  à  l'échelle  du  cerveau  pour  des  expériences   astrocytes  après  un  stress  ou  une  blessure  à  le  cerveau45,46.  Nous  avons  
d'optogénétique  chez  les  oiseaux.  AAV1­CAG­ChR2  était  capable  de  piloter   constaté  que  les  injections  d'AAV1­CAG­ChR2  entraînaient  une  expression  
l'expression  de  ChR2  dans  l'hippocampe  (Fig.  3a,  b),  le  nidopallium   étendue  de  ChR2  dans  la  zone  d'injection,  tandis  que  l'expression  de  GFAP  
caudolaterale  (Fig.  3a,  c),  l'entopallium  (Fig.  3d,  e),  le  globus était  faible  et  se  produisait  principalement  autour  des  vaisseaux  sanguins  (expression  de  C

un b c
APH
NCL
SC APH
SC

L2 NCL

UN
UN

200  µm
ChR2 ChR2

ré e F

HA MSt généraliste LSt

E
E
LFB
MS  t
généraliste
LS  t

ChR2 ChR2

g h je

HA HA

E MSt

MSt

ChR2 ChR2

Fig.  3  AAV1­CAG  est  efficace  pour  piloter  l'expression  du  transgène  dans  diverses  régions  du  cerveau  antérieur  du  pigeon.  a  Illustration  schématique  de  l'hippocampe  (HC)  
et  du  nidopallium  caudolaterale  (NCL).  b  Expression  de  ChR2  dans  HC.  c  Expression  de  ChR2  dans  NCL.  d  Illustration  schématique  de  l'entopallium  (E)  et  du  globus  
pallidus  (GP).  e  Expression  de  ChR2  dans  E.  f  Expression  de  ChR2  dans  GP.  g  Illustration  schématique  de  l'hyperpallium  apical  (HA)  et  du  striatum  médial  (MSt).  h  
Expression  de  ChR2  dans  HA.  i  Expression  de  ChR2  dans  MSt.  Toutes  les  barres  d'échelle  représentent  200  µm.  Abréviations :  APH  area  parahippocampalis,  E  
entopallium,  GP  globus  pallidus,  HA  hyperpallium  apical,  HC  hippocampus,  LFB  lateral  prosencéphale  bundle,  LSt  lateral  striatum,  MSt  medial  striatum.

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un 100
* b AAV1­CAG c AAV1­CAG ré AAV1­CAG
AAV1­CAG
80
Neurones
Glie
60
Cellules  
ChR2+  
en  
%

40

20
50  µm
ChR2 NeuN Recouvrir
2
e 2200 AAV9­CAG AAV9­CAG h AAV9­CAG
** AAV1­CAG
F g
AAV9­CAG
1800

1400

Neurones  
par  
mm
1000

600

200 50  µm
ChR2 NeuN Recouvrir
12 AAV1­CAG ChR2 j AAV1­CAG  i k AAV1­CAG je
AAV1­CAG
je

GFAP
dix

8
Densité  
en  
%

2
200  µm
ChR2 GFAP Recouvrir

m 12 AAV9­CAG ChR2 n AAV9­CAG o AAV9­CAG AAV9­CAG


p
GFAP
dix

8
Densité  
en  
%

2
200  µm
ChR2 GFAP Recouvrir

Fig.  4  Tropisme  cellulaire  de  AAV1­CAG  et  AAV9­CAG.  a–d  AAV1­CAG­ChR2  conduit  à  l'expression  de  ChR2  dans  beaucoup  plus  de  neurones  (barre  rose)  que  glial
cellules  (barre  verte,  n  =  5  injections).  b  Expression  de  ChR2  après  injections  d'AAV1­CAG.  c  Expression  de  NeuN  dans  le  site  d'injection  correspondant.  d  Superposition  de
Expression  de  ChR2  et  NeuN.  e–h  AAV9­CAG  (barre  verte,  n  =  4  injections)  conduit  à  une  réduction  significative  de  NeuN  au  site  d'injection  par  rapport  à  AAV1­
CAG  (barre  rose,  n  =  5  injections).  f  Expression  de  ChR2  suite  à  des  injections  d'AAV9­CAG.  g  NeuN  dans  le  site  d'injection  correspondant.  h  Superposition  de  ChR2  et
Expression  de  NeuN  indiquant  que  les  injections  d'AAV9­CAG  entraînent  une  expression  réduite  de  NeuN  au  site  d'injection.  i–l  AAV1­CAG  conduit  à  un  ChR2  étendu
expression  (barre  rose),  mais  seulement  à  une  faible  expression  de  GFAP  (barre  verte,  n  =  3  injections).  j  Expression  de  ChR2  suite  à  des  injections  d'AAV1­CAG­ChR2.  k  GFAP
l'expression  se  produit  principalement  autour  des  vaisseaux  sanguins.  l  Superposition  de  l'expression  ChR2  et  GFAP.  m  Les  injections  d'AAV9­CAG  entraînent  une  faible  expression  de  ChR2  (barre  rose),
mais  augmentation  de  l'expression  de  GFAP  (barre  verte,  n  =  3  injections)  au  site  d'injection.  n  Expression  de  ChR2  suite  à  des  injections  d'AAV9­CAG­ChR2.  o  GFAP
expression  dans  le  site  d'injection  correspondant.  p  Superposition  d'expression  ChR2  et  GFAP.  Toutes  les  barres  d'échelle  sont  spécifiées  dans  les  images  microscopiques.
Les  barres  d'erreur  représentent  l'erreur  standard  de  la  moyenne  (SEM),  les  points  représentent  les  données  brutes.  **p  <  0,01,  *p  <  0,05.

n  =  3 ;  Expression  GFAP :  1,5  %  ±  0,5  SEM,  n  =  3 ;  Figure  4i–l, deux  pigeons  dans  quatre  hémisphères.  L'objectif  de  ces  activités  spécifiques
Fig.  9  supplémentaire).  Contrairement  à  cela,  les  injections  d'AAV9­ expériences  consistaient  à  présélectionner  des  cellules  sensibles  à  la  lumière  et
CAG  a  conduit  à  une  faible  expression  de  ChR2,  tandis  que  l'expression  de  GFAP  a  été évaluer  leurs  caractéristiques.  Par  conséquent,  une  lumière  constamment  répétée
fort  et  s'est  produit  sur  tout  le  site  d'injection  (ChR2 une  impulsion  d'une  durée  de  1  s  a  été  présentée  pour  évoquer  des  pics  au  cours  de  la
expression :  1,5  %  ±  0,6  SEM,  n  =  3 ;  Expression  GFAP :  3,7 %  ±  0,9 progression  de  l'électrode.  Lorsqu'une  cellule  réactive  était
SEM,  n  =  3 ;  Fig.  4m–p,  Fig.  9  supplémentaire).  Cela  soutient  la rencontrés,  nous  avons  utilisé  une  séquence  d'impulsions  de  lumière  bleue  (465  nm)  de
idée  de  neurotoxicité  pour  AAV9­CAG­ChR2. différentes  durées  (1,  10,  100,  200  et  500  ms ;  voir  le  tableau  supplémentaire  2)  pour  
la  stimulation  optique  et  répéter  cette  séquence
(balayage,  Fig.  5a(i))  trois  fois.  Au  total,  les  réponses  neuronales  de
Physiologie  des  cellules  exprimant  ChR2  lors  de  la  stimulation  optique neuf  cellules  ont  été  enregistrées  pendant  la  stimulation  optique  (Fig.  5,  Fig.  10  à  17  
étudié  avec  l'électrophysiologie  in  vivo  et  immédiate supplémentaires).  Dans  toutes  les  cellules  présélectionnées  qui  ont  été  enregistrées,  
expression  génique  précoce.  La  physiologie  de  ChR2  a  été  évaluée  dans un  nombre  important  de  potentiels  d'action  ont  pu  être  évoqués  par
deux  expériences.  Dans  la  première  expérience,  des  pigeons  ont  été  anesthésiés,  et   stimulation  optique  et  toutes  les  cellules  ont  montré  une  réponse  significative
des  enregistrements  unitaires  extracellulaires  et  une  stimulation  optique  ont  été   lorsque  la  durée  de  la  stimulation  était  d'au  moins  10  ms  (unilatéral
effectués  simultanément  dans  l'entopallium  de Test  de  somme  des  rangs  de  Wilcoxon,  toutes  les  valeurs  p  <  0,05,  pour  plus  de  détails,  voir

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un(je) St nd rd b
1  balayage 2  balayage 3  balayages
200  
mA

ns
essais
20  

ns
100  
µV

ns
10  s

un(ii) 1  milliseconde  10  millisecondes 100  millisecondes 200  millisecondes 500  millisecondes

200  
mA

pointes
20  

100  
µV

5  s 20  ms

un(iii) stimulation  optique  [465  nm] c
rd
3  balayage
(40  ­  60)
ns ns
nd
2  balayage
(20  ­  40)
ns essais
20  

ns
St
1  
balayage
(1  ­  20) ns ns

pointes
20   pointes
20  

20  ms 50  ms

ré e
ns ns

ns ns
essais
5  
essais
10  

ns ns

pointes
20   pointes
20  

100  ms 200  ms

Fig.  5  Réponses  unicellulaires  à  la  stimulation  optique  (Cellule  4).  a(i)  Protocole  de  stimulation  (tracé  supérieur)  et  les  réponses  cellulaires  évoquées  qui  en  résultent  (tracé  inférieur
trace).  Le  protocole  de  stimulation  consistait  en  des  impulsions  lumineuses  répétées  de  différentes  durées  (1,  10,  100,  200  et  500  ms)  et  était  répété  trois  fois
(balayage  1–3,  indiqué  par  le  fond  gris/blanc).  Le  taux  de  déclenchement  de  base  de  chaque  neurone  a  été  évalué  avant/après  le  protocole  de  stimulation  lumineuse.
a(ii)  Un  seul  balayage  (c'est­à­dire  balayage  2)  du  protocole  de  stimulation  optique.  La  stimulation  optique  de  10  ms  est  mise  en  évidence  et  analysée  plus  en  détail  dans  (a(iii)).  Trame
tracé  (partie  supérieure)  et  histogramme  de  temps  péri­stimulus  (PSTH ;  partie  inférieure)  de  la  réponse  cellulaire.  Le  tracé  raster  caractérise  la  réponse  cellulaire  alignée  avec
le  début  de  la  stimulation  optique  (465  nm  à  300  mA ;  zone  ombrée  en  bleu).  Chaque  ligne  représente  une  stimulation  optique.  Chaque  point  dans  cette  ligne
représente  un  potentiel  d'action  évoqué.  Pour  chaque  répétition  de  la  stimulation,  une  nouvelle  ligne  est  ajoutée  au  tracé.  Le  fond  gris/blanc  du  tracé  raster
indique  les  blocs  de  répétition  (balayage  1–3).  Pour  évaluer  la  variabilité  des  réponses  évoquées,  les  balayages  ont  été  statistiquement  comparés.  Dans  le  cas  de  ce
cellule,  aucune  différence  statistique  n'a  été  trouvée  (indiquée  par  l'abréviation  ns  à  côté  des  tracés  matriciels).  Le  PSTH  représente  la  somme  des  réponses  dans  un
certaine  fenêtre  temporelle  (bin).  Dans  le  cas  de  la  présentation  du  stimulus  de  10  ms,  la  largeur  du  bac  est  de  2  ms.  b  Tracé  raster  (trace  supérieure)  et  PSTH  (trace  inférieure)  pour  le  1  ms
durée  du  stimulus  (largeur  de  case :  2  ms).  c  Tracé  raster  (trace  supérieure)  et  PSTH  (trace  inférieure)  pour  la  durée  de  stimulation  de  100  ms  (largeur  de  bac :  4  ms).  d  Trame
parcelle  (trace  supérieure)  et  PSTH  (trace  inférieure)  pour  la  durée  du  stimulus  de  200  ms  (largeur  de  bac :  10  ms).  e  Tracé  raster  (tracé  supérieur)  et  PSTH  (tracé  inférieur)  pour
Durée  du  stimulus  de  500 ms  (largeur  du  bac :  10 ms).

Tableau  supplémentaire  3).  Pour  évaluer  la  variabilité  de  l'évocation Les  cellules  enregistrées  différaient  dans  leurs  propriétés  de  réponse  globales
réponses  neuronales,  nous  avons  comparé  les  pics  évoqués  lors  de  ces (Fig.  10  à  18  supplémentaires).  Nous  avons  trouvé  des  cellules  qui  ont  répondu
balayages  à  l'aide  d'une  analyse  de  variance  non  paramétrique pendant  toute  la  période  de  stimulation  optique  avec  une  constante
(Test  de  Kruskal­Wallis).  Si  nous  trouvions  des  différences  significatives  entre quantité  de  pointes,  bien  que  présentant  un  pic  d'activation  prononcé
les  balayages,  un  test  de  comparaison  multiple  corrigé  de  Bonferroni  a  été au  début  de  la  stimulation  lumineuse  (Fig.  5,  Fig.  15  supplémentaires
menée.  Dans  seulement  deux  des  neuf  cellules,  des  différences  significatives et  17,  Fig.  18  supplémentaire,  cellules  4,  7  et  9).  De  plus,  nous
entre  les  balayages  dans  certaines  conditions  ont  été  détectés  (voir  le  tableau   trouvé  des  cellules  qui  affaiblissaient  leurs  réponses  au  cours  de
supplémentaire  3).  Les  différences  ont  été  trouvées  dans  les  essais  de  stimulation stimulation  prolongée  (Figs.  10–12  supplémentaires,  Fig.  18  supplémentaires,  
de  plus  longue  durée  (>100  ms).  Pour  les  durées  de  stimulation  ci­dessous cellules  1–3).  Un  autre  modèle  de  réponse  qui  a  été  trouvé
100  ms,  aucune  différence  significative  n'a  pu  être  détectée  (la  signification  est   a  montré  un  pic  net  uniquement  au  début  du  stimulus
indiquée  dans  le  tableau  supplémentaire  3  et  dans  les  tracés  raster  à  cellule   (Fig.  13,  14  et  16  supplémentaires,  Fig.  18  cellules  supplémentaires
unique).  Dans  l'ensemble,  les  réponses  évoquées  étaient  robustes. 5,  6  et  8).  Après  les  expériences  électrophysiologiques

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un b 1000 c
2

millimètre

800
620  nm 465  nm **
600

400
Cellules  
Fos+  
0,25
par  

200

50  µm
Recouvrir
Ento Wulst

ré e F
orange bleu

200  µm 200  µm 50  µm


ChR2 ChR2 ChR2

g orange h bleu je

200  µm 200  µm 50  µm


C­Fos C­Fos C­Fos

Fig.  6  Expression  génique  précoce  immédiate  après  stimulation  des  cellules  exprimant  ChR2  avec  de  la  lumière  bleue  (465  nm).  un  dessin  schématique  illustrant  la  procédure  
expérimentale.  Chez  trois  animaux,  deux  sites  d'un  hémisphère  ont  été  stimulés  avec  de  la  lumière  orange  (620  nm),  tandis  que  deux  sites  de  l'autre  hémisphère  ont  été  stimulés  
avec  de  la  lumière  bleue  (465  nm).  b  Quantification  de  l'expression  de  c­Fos  suite  à  une  stimulation  par  la  lumière  orange  et  bleue  dans  l'entopallium  stimulé  et  une  zone  de  
contrôle  non  stimulée  dans  le  wulst  visuel.  Une  expression  significativement  plus  importante  de  c­Fos  a  été  observée  dans  l'hémisphère  stimulé  par  la  lumière  bleue  (n  =  6  sites,  
bleu)  par  rapport  à  l'hémisphère  stimulé  par  l'orange  (n  =  5  sites,  orange).  Cependant,  dans  le  wulst  visuel  non  stimulé,  l'activation  de  c­Fos  était  comparable.  c  Superposition  de  
l'expression  de  ChR2  avec  l'expression  de  c­Fos  (fluorescence)  indiquant  que  la  stimulation  par  la  lumière  bleue  a  entraîné  une  activité  cellulaire  dans  les  cellules  exprimant  ChR2.  
d  Expression  de  ChR2  dans  l'hémisphère  stimulé  par  l'orange.  e,  f  Expression  de  ChR2  dans  l'hémisphère  stimulé  par  la  lumière  bleue.  g  Peu  d'expression  de  c­Fos  s'est  produite  
dans  l'hémisphère  stimulé  par  l'orange.  h,  i  Une  expression  extensive  de  c­Fos  s'est  produite  dans  l'hémisphère  stimulé  par  la  lumière  bleue.  Les  barres  d'échelle  sont  spécifiées  
dans  les  images.  Les  barres  d'erreur  représentent  l'erreur  standard  de  la  moyenne  (SEM),  les  points  représentent  les  données  brutes.  **p  <  0,01.

Une  fois  terminé,  une  histologie  a  été  réalisée  pour  vérifier  l'expression  de   ont  été  effectuées.  L'activation  cellulaire  a  été  évaluée  sur  deux  sites  de  
ChR2  dans  l'entopallium  (Fig.  19  supplémentaire). stimulation  dans  chaque  hémisphère  de  trois  pigeons  dans  l'entopallium  
Nous  avons  décidé  d'utiliser  un  protocole  de  stimulation  optique  pulsée  de   stimulé  et  dans  une  zone  de  contrôle  dans  le  wulst  visuel  non  stimulé  pour  
40 Hz  dans  nos  expériences  comportementales,  car  certaines  cellules   s'assurer  que  les  deux  hémisphères  présentent  des  niveaux  comparables  
présentaient  exclusivement  un  pic  d'apparition  brutal  et  des  impulsions  d'une   d'expression  de  c­Fos  en  général.  La  stimulation  par  la  lumière  bleue  a  entraîné  
durée  de  10 ms  évoquaient  de  manière  fiable  des  pics  dans  toutes  les  cellules   une  expression  accrue  de  c­Fos  sous  la  canule  dans  l'entopallium  (Fig.  6b,  c,  
enregistrées  (durée  d'impulsion :  15 ms ;  intervalle  entre  les  impulsions :  10   f,  i)  par  rapport  à  la  stimulation  par  la  lumière  orange  (stimulation  par  la  lumière  
ms).  La  validité  physiologique  du  protocole  appliqué  a  ensuite  été  vérifiée  dans   bleue :  515  cellules  ±  59  SEM,  n  =  6 ;  stimulation  par  la  lumière  orange :  12  
une  expérience  supplémentaire.  Ici,  nous  avons  étudié  la  fonctionnalité  de   cellules  ±  3  SEM,  n  =  5 ;  Z  =  2,739,  p  =  0,004,  Fig.  6b,  g,  h),  bien  que  les  deux  
ChR2  avec  une  expression  génique  immédiate  et  précoce  chez  des  pigeons  éveillés   (Fig.  6). aient  montré  une  expression  ChR2  fiable  (Fig.  6d  –  f).  Dans  la  
hémisphères  
Après  une  phase  de  privation  sensorielle  d'une  heure,  les  pigeons  ont  été   zone  de  contrôle  du  wulst  visuel,  il  n'y  avait  pas  de  différence  entre  la  
stimulés  pendant  une  période  de  30  min  avec  des  intervalles  alternés  de  5  min   stimulation  par  la  lumière  orange  et  bleue,  indiquant  que  les  intensités  de  
de  stimulation  à  40  Hz  et  de  5  min  sans  stimulation  avec  une  lumière  orange   coloration  étaient  similaires  entre  les  deux  hémisphères  (stimulation  par  la  
dans  un  hémisphère  et  une  lumière  bleue  dans  l'autre  hémisphère  (Fig.  6a) .   lumière  bleue :  464  cellules  ±  107  SEM,  n  =  6 ;  stimulation  par  la  lumière  
Après  cela,  les  pigeons  ont  été  privés  de  sens  pendant  60  minutes   orange :  585  cellules  ±  133  SEM,  n  =  5,  Z  =  −0,548,  p  =  0,662,  Fig.  6b).
supplémentaires  pour  permettre  une  expression  adéquate  de  c­Fos,  puis  
perfusés  par  voie  transcardiaque  avec  du  PFA.
La  privation  sensorielle  avant  et  après  l'expérience  a  été  réalisée  pour  réduire  
l'expression  de  c­Fos  non  liée  à  la  stimulation. L'activation  transitoire  des  cellules  exprimant  ChR2  dans  l'ento  pallium  réduit  
Par  la  suite,  des  colorations  contre  le  gène  précoce  immédiat  c­Fos la  sensibilité  au  contraste  indiquée  par  une  altération

8 BIOLOGIE  DES  COMMUNICATIONS  |  (2021)  4:100  |  https://doi.org/10.1038/s42003­020­01595­9  |  www.nature.com/commsbio
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465  nm 465  nm
un b
100
ChR2  +  Pas  de  stimulation

ChR2  +  stimulation  40Hz
tdTomate  +  No  Stim
90 tdTomate  +  40Hz  Stim
Stimulus  Classe  1  (SC1)

80
performances  
correctes
de  
%  

70
Stimuli  Classe  5  (SC5) *

60 **
Initialisation

50

Initialisation Présentation  de  la  stimulation Décision

Stimulation  dans  50  %  des  essais SC  1  SC  2 SC  3 SC  4 SC  5

Aucune  stimulation  dans  50 %  des  essais Classe  de  stimuli  (SC)
c ré
100 100 Aucune  stimulation
Aucune  stimulation
tdTomate  +  Stimulation  40  Hz
Stimulation  ChR2  +  40  Hz
***
90 90
**

80
* 80
performances  
correctes
de  
%   performances  
correctes
de  
%  

70 70

60 60

50 50

SC  1 CS  2 SC  3 SC  4 SC  5 SC  1 CS  2 SC  3 SC  4 SC  5

Classe  de  stimuli  (SC) Classe  de  stimuli  (SC)
e F
2500 2500 Aucune  stimulation
Aucune  stimulation
Stimulation  ChR2  +  40Hz tdTomate  +  Stimulation  40  Hz

2000 2000

réaction  
Temps  
en  
de  
ms réaction  
Temps  
en  
de  
ms

1500 1500

1000 1000

500 500

SC  1 CS  2 SC  3 SC  4 SC  5 SC  1 CS  2 SC  3 SC  4 SC  5

Classe  de  stimuli  (SC) Classe  de  stimuli  (SC)

performance  dans  une  tâche  de  discrimination  visuelle  en  niveaux  de  gris.  Pour  tous A  chaque  essai  d'une  session,  les  pigeons  étaient  confrontés  à  deux
expériences  comportementales,  AAV1­CAG  a  été  utilisé  pour  délivrer  l'ion images  en  niveaux  de  gris  dont  la  luminance  variait.  Le  niveau  de  gris
canaliser  ChR2  ou  la  protéine  fluorescente  tdTomato  dans  les  neurones les  paires  d'images  pourraient  appartenir  à  cinq  classes  de  stimulus  différentes  (SC),
de  l'entopallium.  Pour  étudier  l'effet  comportemental  de  la  stimulation  optogénétique,   en  fonction  de  leur  différence  de  luminance.  SC1  consistait  en
un  groupe  expérimental  exprimant  ChR2  et images  en  niveaux  de  gris  avec  la  différence  de  luminance  la  plus  faible  (moyenne
un  groupe  témoin  exprimant  tdTomato  a  été  stimulé  bilatéralement différence  de  luminance  5,81  cd/m2,  Fig.  20  supplémentaire).  Ainsi,
dans  l'entopallium  pendant  toute  la  phase  de  présentation  du  stimulus ces  stimuli  étaient  similaires  les  uns  aux  autres  et  donc  difficiles  à
ou  jusqu'à  ce  que  le  pigeon  réponde.  La  stimulation  a  eu  lieu  dans  50  %  des discriminer.  En  revanche,  les  paires  d'images  en  niveaux  de  gris  du
les  essais  d'une  tâche  de  discrimination  visuelle  à  choix  forcé.  La SC5  a  montré  la  différence  de  luminance  la  plus  élevée  (luminance  moyenne
les  50 %  restants  des  essais  étaient  dépourvus  de  stimulation  optique différence  30,39  cd/m2,  Fig.  20  supplémentaire).  Par  conséquent,
(Fig.  7a). ces  stimuli  étaient  plus  faciles  à  discriminer  (voir  plus  de  détails  dans  le

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Fig.  7  L'activation  transitoire  à  40  Hz  des  cellules  exprimant  ChR2  dans  l'entopalium  aviaire  réduit  la  sensibilité  au  contraste.  a  Illustration  schématique  de  la
Procédure  expérimentale.  Les  pigeons  ont  été  conditionnés  pour  discriminer  les  niveaux  de  gris  des  différentes  classes  de  stimulus  (SC).  SC1  se  composait  d'images  en  niveaux  de  gris  qui
étaient  difficiles  à  discriminer  et  SC5  consistait  en  des  images  en  niveaux  de  gris  faciles  à  discriminer.  Les  pigeons  ont  été  stimulés  bilatéralement  dans  la  moitié  des  essais
dans  une  session  donnée  et  la  stimulation  a  eu  lieu  pendant  toute  la  phase  de  présentation  du  stimulus  ou  jusqu'à  ce  que  l'animal  réponde.  b  Discrimination  visuelle
performances  du  groupe  témoin  (n  =  6)  et  du  groupe  expérimental  (n  =  6)  affichées  dans  un  graphique.  Les  données  du  groupe  expérimental  peuvent  être  vues  plus  en  détail  dans  le  panneau  (c)
et  les  données  du  groupe  de  contrôle  peuvent  être  vues  plus  en  détail  dans  le  panneau  (d).  Le  groupe  témoin  et  expérimental  avaient  des  performances  comparables  et  une  baisse  significative  de
la  performance  n'a  pu  être  observée  que  pour  la  stimulation  optogénétique  dans  le  groupe  expérimental  en  SC3  et  SC5.  c  Performance  de  discrimination  visuelle  du
groupe  expérimental  exprimant  ChR2  dans  l'entopallium.  La  stimulation  optogénétique  a  réduit  la  sensibilité  au  contraste  comme  indiqué  par  une  réduction  significative  de
précision  de  discrimination  pour  les  stimuli  dans  SC3,  SC4  et  SC5,  mais  performances  de  discrimination  intactes  dans  SC2  et  SC1.  d  Performance  de  discrimination  visuelle
du  groupe  témoin  exprimant  tdTomato  dans  l'entopallium.  La  stimulation  optogénétique  n'a  eu  aucun  effet  sur  la  sensibilité  au  contraste  en  tant  que  performance  de  discrimination
était  comparable  entre  les  essais  stimulés  et  non  stimulés  dans  toutes  les  classes  de  stimulus.  e,  f  Temps  de  réaction  pour  les  essais  stimulés  et  non  stimulés  du
groupe  expérimental  (n  =  6)  et  groupe  témoin  (n  =  6).  Il  n'y  avait  pas  de  différence  dans  les  temps  de  réaction  entre  les  différentes  classes  de  stimuli  ou  entre  stimuli  et
essais  non  stimulés  pour  les  deux  groupes.  c–f  Les  performances  moyennes  de  toutes  les  sessions  sont  tracées  pour  tous  les  pigeons  dans  les  couleurs  individuelles.  Stimulé  et  non  stimulé
performances  au  sein  de  chaque  pigeon  ont  été  connectés  avec  des  lignes.  Les  barres  d'erreur  représentent  l'erreur  standard  de  la  moyenne  (SEM),  ***p  <  0,001,  **p  <  0,01,  *p  <
0,05.

Tableau  2  Effets  de  la  stimulation  optogénétique  sur  la  discrimination  visuelle  en  niveaux  de  gris.

SC1 SC2 SC3 SC4 SC5

Tous  les   57,86  ±  0,77 63,15  ±  0,73 69,57  ±  0,81 73,88  ±  1,45 79,97  ±  1,22


groupes  Exp.  groupe
Stimulation  40  Hz  Pas   57,97  ±  1,19   61,32  ±  1,38   65,50  ±  1,19   69,66  ±  2,05   73,50  ±  2,46
de  stimulation  p  Valeur   56,03  ±  1,49 63,35  ±  1,66 69,69  ±  1,13   76,08  ±  2,66   82,23  ±  1,69
Groupe  contrôle 0,205 0,334 0,028* 0,006** <0,001***

Stimulation  40  Hz  Pas   58,23  ±  1,57   64,04  ±  1,71   71,19  ±  1,20   76,06  ±  2,61   81,57  ±  1,35


de  stimulation  Valeur   59,20  ±  0,84   63,88  ±  0,84   71,91  ±  1,96   73,72  ±  1,41   82,55  ±  1,37
p 0,513 0,937 0,665 0,228 0,270

Performance  moyenne  en  %  et  SEM  pour  les  cinq  classes  de  stimulus  pour  les  groupes  expérimentaux  et  témoins.  Les  deux  groupes  étaient  composés  de  six  animaux  chacun  qui  ont  été  testés  à  plusieurs  reprises  au  cours  de  cinq  sessions.  ***p  <  0,001,
**p  <  0,01,  *p  <  0,05.

partie  méthode).  Les  pigeons  étaient  conditionnés  à  picorer Cependant,  la  stimulation  optique  des  animaux  dans  l'expérimentation
image  plus  sombre  de  la  comparaison  donnée  et  testée  en  sessions groupe  exprimant  une  sensibilité  réduite  au  contraste  ChR2  indiquée  par
composé  de  600  essais  jusqu'à  cinq  séances  répondant  aux  critères  comportementaux précision  de  la  discrimination  significativement  altérée  (pas  de  stimulation :  69,48 %
critères  ont  été  réunis.  Toutes  les  sessions  auxquelles  les  pigeons  ont  participé ±  1,23  SEM,  stimulation :  65,59 %  ±  1,39  SEM,  p  =  0,002 ;  Bonferroni
dans  au  moins  50  %  des  essais  et  leurs  performances  ont  atteint  75  %  dans comparaisons  par  paires  corrigées).
un  SC  ont  été  analysés.  Une  ANOVA  à  mesures  répétées  avec La  stimulation  optique  a  altéré  différemment  le  comportement
facteurs  intra­sujet  stimulation  40  Hz  (essais  stimulés  et  non  stimulés),  session   performance  dans  les  différents  CS  (interaction  entre  les  facteurs
(sessions  comportementales  1–5)  et  SC  1–5 2=
Stimulation  40  Hz,  SC  et  groupe  F(4,40)  =  5,184,  p  =  0,002,  ηp
et  le  groupe  de  facteurs  inter­sujets  (groupe  expérimental  et 0,341,  Fig.  7b–d,  Fig.  21  supplémentaire).  Dans  l'expérimentation
groupe  témoin)  a  été  calculée. groupe,  la  stimulation  à  40  Hz  a  altéré  la  précision  de  la  discrimination  dans
Pour  la  discrimination  en  niveaux  de  gris,  les  animaux  appartenant  à  la SC5  (p  <  0,001,  Fig.  7c),  SC4  (p  =  0,006,  Fig.  7c)  et  SC3  (p  =
expérimental  (n  =  6)  et  le  groupe  témoin  (n  =  6)  ont  montré  une 0,028,  figure  7c).  Cependant,  la  stimulation  n'a  eu  aucun  effet  sur  la
performances  comportementales  globales  similaires  (pas  d'effet  principal  du précision  de  discrimination  dans  SC2  (p  =  0,334,  Fig.  7c)  et  SC1
2= (Fig.  7c,  p  =  0,205,  Bonferroni  a  corrigé  les  comparaisons  par  paires ;
groupe  de  facteurs  inter­sujets  F(1,10)  =  2,475,  p  =  0,147,  ηp
0,198).  En  outre,  la  performance  de  choix  des  cinq  comportements voir  le  tableau  2  pour  les  valeurs  moyennes  et  SEM).  L'effet  de  stimulation  était
sessions  de  chaque  groupe  était  comparable  et  non  confondue  avec robuste  et  s'est  produit  dans  au  moins  un  SC  à  chaque  session  de  test
effets  d'apprentissage  (pas  d'effet  principal  de  la  session  F(4,40)  =  0,802,  p  = (Fig.  21  supplémentaire).  Contrairement  au  groupe  expérimental,
2 =  0,074),  ou  des  effets  à  long  terme  de  la  stimulation  (pas il  n'y  avait  aucun  effet  de  la  stimulation  optique  dans  aucun  SC  dans  le
0,531 ,  ηp
interaction  entre  la  stimulation  et  la  séance  F(4,40)  =  0,626,  p  = groupe  témoin  (toutes  les  valeurs  p>  0,227 ;  Fig.  7d,  Fig.  21  supplémentaire,
2 voir  le  tableau  2  pour  les  valeurs  moyennes  et  SEM).  De  plus,  Bonferroni
0,647 ,  ηp =  0,059).  Cependant,  la  performance  de  discrimination  pour
les  cinq  SC  différents  différaient  significativement  pour  tous  les  groupes  testés des  comparaisons  par  paires  corrigées  ont  révélé  que  la  performance  de
2 =  0,948)  et le  groupe  expérimental  et  le  groupe  témoin  différaient  significativement  pour
(effet  principal  de  SC  F(4,40)  =  181,015,  p  <  0,001,  ηp
augmenté  progressivement  de  SC1  à  SC5  (tous  Bonferroni  corrigés essais  stimulés  dans  SC3  (p  =  0,007,  Fig.  7b)  et  SC5  (p  =  0,017,
comparaisons  p  <  0,007,  pour  les  valeurs  moyennes  et  SEM  voir  tableau  2). figure  7b).  Pour  SC4,  il  y  avait  une  tendance  vers  la  signification  (p  =  0,082,
Fait  important,  la  stimulation  optique  a  entraîné  des  effets  différents  pour figure  7b).
chaque  groupe  testé  (interaction  du  groupe  de  facteurs  inter­sujets Dans  l'étape  suivante,  nous  avons  déterminé  si  la  baisse  de
et  le  facteur  de  stimulation  intra­sujet  à  40  Hz,  F(1,10)  =  8,703, la  performance  dans  le  groupe  expérimental  était  associée  à  une
p  =  0,015,  ηp
2 =  0,465).  Nous  n'avons  trouvé  aucun  impact  des  stimuli  optiques augmentation  des  temps  de  réaction  qui  pourraient  avoir  reflété  l'attention
tion  sur  les  performances  comportementales  des  animaux déficits.  Par  conséquent,  nous  avons  mesuré  les  temps  de  réaction  dans  tous  les  SC  et
groupe  témoin  exprimant  la  protéine  fluorescente  tdTomato  (pas calculé  une  ANOVA  à  mesures  répétées  avec  les  mêmes  facteurs  que
stimulation :  70,25  %  ±  1,23  SEM,  stimulation :  70,22  %  ±  1,37  SEM,  p  =  0,970 ; décrit  ci­dessus.
Bonferroni  a  corrigé  les  comparaisons  par  paires)  indiquant  que  le  bleu Nous  avons  constaté  qu'il  n'y  avait  pas  d'effet  principal  de  la  séance  (F(3,30)
la  lumière  elle­même  n'a  eu  aucun  impact  sur  les  performances  de  discrimination  visuelle. 2 =  0,069),  stimulation  40  Hz  (F(1,10)  =
=  0,738,  p  =  0,538,  ηp

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2 réponses  chez  les  rongeurs  ainsi  que  chez  les  primates45,46.  Ces  études  ont  conclu  
2,292,  p  =  0,161,  ηp  =  0,186)  et  SC  (F(4,40)  =  1,439,  p  =  0,239,  =  0,126)  sur  les  
2   temps   d e  
r éaction.  
D e  
plus,  il  n'y  avait  pas que  l'AAV9  est  capable  de  transduire  les  cellules  présentatrices  d'antigène  (APC)  et  
ηp  interaction  entre  la  stimulation  à  40  Hz  et  SC  (F(4,40)  =  0,702,  p  =  0,066,  Fig.  7e,   peut  déclencher  une  réponse  immunitaire  à  médiation  cellulaire  en  fonction  de  
2 Fig.  22  supplémentaire)  indiquant  =  0,595,  ηp  que  les  temps  de  
réaction  étaient  cf,  
omparables  entre  les  essais  stimulés  et  non  stimulés  comme  ainsi   l'immunogénicité  ainsi  que  du  niveau  d'expression  du  transgène45.  Notre  découverte  
qu'entre  tous  les  SC  des  groupes  expérimental  et  témoin  (Fig.  7e,  f).  De  plus,  les   selon  laquelle  la  réponse  inflammatoire  ne  se  produisait  que  lorsque  l'AAV9  était  
groupes  ne  différaient  pas  significativement  dans  leurs  temps  de  réaction  globaux   utilisé  en  combinaison  avec  le  promoteur  CAG,  mais  pas  lorsqu'il  était  utilisé  avec  le  
(pas  d'effet  principal  du  groupe  F(1,10)  =  2,067,  p  =  0,181,  ηp  =  0,171,  pas   promoteur  hSyn,  étaye  cette  idée.  C'est  le  cas  car  le  promoteur  CAG  entraîne  une  
d'interaction  de  stimulation,  SC  et  groupe  F(4,40)  =  2,139,  p  =  0,094,  ηp  Fig.  22   forte  expression  du  transgène  dans  divers  types  de  cellules,  alors  que  le  promoteur  
2 hSyn  s'est  avéré  être  spécifique  aux  neurones25,34,49­51,  ce  qui  rend  peu  probable  
supplémentaire).  Un  protocole  d'impulsion  différent  été  
avec  
testé  
une   ssur  
timulation  
cinq  pigeons  
à  20  eHt  
z  
aa    
2 0,176,
également  pu  altérer  les  performances  comportementales  pour  les  stimuli  d=   ans  SC5   que  l'expression  du  transgène  se  produise  dans  l'APC.
(voir  Fig.  23  supplémentaire).  À  la  fin  des  tests  expérimentaux,  tant  pour  le  groupe  
expérimental  que  pour  le  groupe  témoin,  les  coordonnées  des  pointes  de  la  canule   Ainsi,  il  est  toujours  possible  que  l'AAV9  combiné  à  d'autres  promoteurs  fournisse  
ont  été  évaluées  et  celles­ci  étaient  principalement  situées  dans  l'entopallium  médial   un  outil  optogénétique  utile.  En  effet,  plusieurs  études  menées  sur  des  pinsons  
à  antérieur  (voir  Fig.  24  supplémentaire). zèbres  utilisent  scAAV9  en  combinaison  avec  la  neurexine  ou  le  promoteur  CMV  
dans  des  zones  du  système  de  chant  des  pinsons  zèbres7,44.  Cependant,  nos  
résultats  ne  peuvent  pas  être  facilement  comparés  à  ces  études,  car  elles  utilisaient  
des  AAV  auto­complémentaires  (scAAV)  construits  sur  mesure,  qui  différaient  non  
seulement  par  les  promoteurs  intégrés,  mais  également  par  d'autres  aspects,  car  les  
scAAV  ne  nécessitent  pas  de  synthèse  de  second  brin  mais  sont  immédiatement  
Discussion   prêts  pour  la  réplication  et  la  transcription.
Dans  la  présente  étude,  nous  avons  étudié  l'efficacité  de  trois  AAV  (AAV1,  AAV5  et  
AAV9)  en  combinaison  avec  deux  systèmes  de  promoteurs  différents  (hSyn  et  CAG)   Pour  nos  besoins,  AAV1­CAG  était  la  construction  la  plus  efficace  et  a  donc  été  
dans  leur  capacité  à  piloter  l'expression  de  ChR2  dans  les  neurones  de  l'entopallium,   testée  dans  d'autres  zones  du  cerveau  du  pigeon  pour  étudier  son  utilité  à  l'échelle  
la  première  entrée  visuelle.  structure  du  cerveau  antérieur  des  oiseaux.  Cette   du  cerveau  pour  des  expériences  optogénétiques.
comparaison  a  été  effectuée  pour  déterminer  la  construction  virale  optimale  pour  les   Nous  avons  constaté  que  l'AAV1­CAG  était  efficace  pour  piloter  l'expression  du  
expériences  optogénétiques  dans  le  système  visuel  des  oiseaux.  Nous  avons   transgène  dans  les  cellules  du  wulst  visuel,  de  l'entopallium,  du  globus  pallidus,  de  
constaté  que  l'AAV1  était  le  vecteur  viral  le  plus  efficace  quel  que  soit  le  système  de   l'hippocampe,  du  striatum  et  du  nidopallium  caudolaterale.  Il  est  important  de  noter  
promoteur,  car  ce  vecteur  a  transduit  le  plus  grand  nombre  de  cellules  et  a  montré  la   que  l'expression  de  ChR2  après  des  injections  d'AAV1  combinées  au  promoteur  CAG  
densité  de  transfection  la  plus  élevée  par  rapport  aux  autres  constructions  d'AAV.   non  spécifique  s'est  produite  principalement  dans  les  neurones  indiquant  que  l'AAV1  
Lorsque  l'AAV1  était  utilisé  en  association a  un  tropisme  naturel  pour  ce  type  de  cellule.  Le  fait  que  l'AAV1  transfecte  
principalement  les  neurones  a  déjà  été  rapporté  dans  d'autres  études38  soutenant  
avec  le  promoteur  CAG,  nous  avons  observé  un  marquage  antérograde  et  rétrograde   l'idée  que  ce  sérotype  est  un  outil  utile  pour  les  expériences  d'optogénétique.
étendu  qui  était  plus  faible  lorsque  AAV1  était  combiné  avec  le  promoteur  hSyn.  Étant  
donné  que  plusieurs  études  ont  rapporté  des  difficultés  à  produire  des  effets   Chez  les  oiseaux,  AAV1  n'a  pas  été  utilisé  dans  le  système  visuel  jusqu'à  présent.
comportementaux  avec  la  stimulation  optogénétique  chez  les  primates,  nous  avons   Cependant,  AAV1  a  récemment  été  utilisé  chez  des  diamants  mandarins  dans  le  
en  outre  voulu  confirmer  que  la  stimulation  de  ChR2  pouvait  produire  des  effets   système  du  chant  pour  étudier  comment  la  stimulation  optogénétique  des  terminaisons  
physiologiques  ainsi  que  comportementaux  chez  les  pigeons.  L'effet  physiologique   axonales  de  la  zone  tegmentale  ventrale  (VTA)  peut  guider  les  changements  appris  
de  ChR2  a  été  vérifié  avec  une  stimulation  optique  combinée  et  des  enregistrements   dans  le  chant43.  Cette  étude  a  rapporté  un  marquage  antérograde  dans  la  zone  X  
électrophysiologiques  ainsi  qu'avec  une  expression  génique  immédiate­précoce.   suite  à  des  injections  d'AAV1­CAG  dans  le  VTA43.  Ceci  est  conforme  à  notre  
L'effet  comportemental  a  été  étudié  dans  une  tâche  de  discrimination  visuelle  en   découverte  selon  laquelle  les  injections  d'AAV1­CAG  entraînent  une  expression  
niveaux  de  gris.  Nous  avons  pu  montrer  que  le  contraste  sensi antérograde  étendue  de  ChR2  dans  des  structures  cibles  bien  décrites  de  l'entopallium  
telles  que  le  NI,  le  MVL  et  le  striatum52.  De  plus,  notre  étude  a  observé  une  
la  tivité  a  diminué  lorsque  l'activité  neurale  a  été  temporairement  augmentée  dans   expression  rétrograde  étendue  de  ChR2  dans  les  structures  d'entrée  de  l'entopallium  
l'entopallium.  Cette  découverte  fournit  une  preuve  causale  de  l'implication  de   telles  que  le  noyau  rotundus53.  La  projection  du  noyau  rotundus  diencéphalique  dans  
l'entopallium  dans  la  perception  des  contrastes  ainsi  qu'une  preuve  de  principe  pour   l'entopalium  télencéphalique  est  bien  connue  et  idéale  pour  tester  les  propriétés  
l'optogénétique  chez  les  pigeons. rétrogrades  d'un  vecteur  viral  car  ces  deux  structures  sont  situées  dans  des  parties  
La  découverte  selon  laquelle  AAV1  était  la  construction  la  plus  efficace  pour  la   différentes  du  cerveau54.  Ainsi,  il  est  impossible  que  les  cellules  marquées  
transduction  des  cellules  dans  l'entopallium  des  pigeons  est  conforme  à  plusieurs   rétrogradement  qui  ont  été  observées  dans  le  noyau  rotundus  soient  le  résultat  d'une  
études  montrant  que  cette  construction  est  également  très  efficace  chez  les   fuite  d'injection  de  l'entopallium.  La  découverte  que  l'AAV1  en  combinaison  avec  le  
primates36,  les  chats39,  les  souris38  et  les  rats34,37.  Néanmoins,  chez  les   promoteur  CAG  conduit  à  l'expression  rétrograde  de  ChR2  est  conforme  aux  études  
primates25,36  et  les  rongeurs34,  l'  AAV5  semble  être  encore  plus  efficace,  ce  qui   de  transduction  réalisées  chez  la  souris  et  le  rat  qui  ont  rapporté  des  propriétés  
indique  des  différences  de  transfection  virale  entre  les  espèces,  car  l'AAV5  n'a   similaires  pour  ce  vecteur  viral55,56.  Les  propriétés  rétrogrades  de  l'AAV1  chez  les  
transduit  que  peu  de  cellules  chez  les  pigeons  et  s'est  avéré  totalement  inefficace   oiseaux  n'ont,  à  notre  connaissance,  jusqu'à  présent  pas  été  rapportées.  Cependant,  
chez  les  chats39.  Alors  que  l'AAV9  est  largement  utilisé  chez  les  rongeurs,  notamment   dans  le  système  de  chant  des  diamants  mandarins,  l'AAV9  a  été  utilisé  pour  transduire  
en  raison  de  sa  capacité  à  traverser  la  barrière  hémato­encéphalique47­49,  et  a   les  cellules  de  manière  rétrograde44.  Nos  résultats  indiquent  que  l'AAV1  en  
également  été  utilisé  chez  les  pinsons  zébrés7,44,  notre  étude  indique  que  l'AAV9   combinaison  avec  le  promoteur  CAG  fournit  une  alternative  utile  pour  ceux  qui  
combiné  au  promoteur  hSyn  était  totalement  inefficace  pour  conduire  le  transgène   dépendent  des  produits  disponibles  dans  le  commerce.  L'identification  des  propriétés  
expression  dans  les  cellules  de  l'entopallium  chez  les  pigeons.  En  revanche,  AAV9   antérogrades  et  rétrogrades  des  AAV  chez  les  oiseaux  est  cruciale  car  c'est  un  moyen  
combiné  au  promoteur  CAG  a  conduit  à  une  expression  modérée  du  transgène  dans   d'acquérir  une  spécificité,  qui  peut  être  utilisée  pour  des  analyses  de  circuit  détaillées.
l'entopallium,  mais  également  à  une  réduction  sévère  de  NeuN  et  à  l'activation  des  
cellules  astrocytaires  indiquant  une  neurotoxicité  de  ce  sérotype.  L'interprétation  
selon  laquelle  la  perte  de  cellules  s'est  produite  à  la  suite  d'une  réponse  inflammatoire  
est  corroborée  par  d'autres  études  de  transfection  montrant  que  l'AAV9  codant  pour  
des  protéines  non­soi  peut  entraîner  une  réponse  immunitaire  à  médiation  cellulaire.
Nous  avons  constaté  que  la  stimulation  optique  par  la  lumière  bleue  à  20  Hz  et  à  
40  Hz  des  neurones  exprimant  ChR2  dans  l'entopallium

BIOLOGIE  DES  COMMUNICATIONS  |  (2021)  4:100  |  https://doi.org/10.1038/s42003­020­01595­9  |  www.nature.com/commsbio 11
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ARTICLE BIOLOGIE  DES  COMMUNICATIONS  |  https://doi.org/10.1038/s42003­020­01595­9

a  entraîné  une  discrimination  visuelle  en  niveaux  de  gris  altérée,  tandis  que   La  découverte  que  cette  zone  régit  la  perception  de  la  luminosité  fur  
les  mêmes  manipulations  chez  les  oiseaux  témoins  exprimant  tdTomato   thermore  suggère  une  similitude  fonctionnelle  de  l'entopallium  avec  le  V165  
n'ont  entraîné  aucun  effet  comportemental.  Cela  indique  que  la  stimulation   des  mammifères .
par  la  lumière  bleue  elle­même  n'a  eu  aucun  effet  sur  la  précision  de  la   Avec  notre  découverte,  nous  avons  en  outre  fourni,  à  notre  connaissance,  
discrimination  visuelle  et  que  le  déficit  de  discrimination  dans  le  groupe   la  première  preuve  de  principe  de  la  fonctionnalité  de  l'optogénétique  chez  
expérimental  peut  être  attribué  à  la  modification  de  la  physiologie  des   les  pigeons.  Puisque  la  mise  en  œuvre  fonctionnelle  de  l'optogénétique  
cellules  dans  l'entopallium.  De  plus,  ces  résultats  suggèrent  que  l'entopallium   chez  d'autres  espèces,  en  particulier  au  niveau  comportemental,  a  été  
est  impliqué  dans  la  perception  du  contraste/la  discrimination  visuelle  de  la   difficile24,27,  la  mise  en  place  de  cette  méthode  dans  une  nouvelle  espèce  
luminance,  ce  qui  est  bien  en  accord  avec  les  études  de  lésions  qui  ont  été   est  intéressante  en  soi.  Alors  que  les  tentatives  de  conduite  du  comportement  
réalisées  dans  l'entopallium  et  d'autres  zones  de  la  voie  collothalamique   chez  les  primates  avec  stimulation  optique  du  cortex  moteur  ont  échoué25,  
aviaire17,19,20,57 .  Par  exemple,  il  a  été  démontré  que  les  lésions  de   la  production  de  mouvements  oculaires  saccadés  avec  stimulation  de  V1  a  
l'entopallium  réduisent  la  capacité  à  classer  les  stimuli  en  clairs  et  sombres19   réussi66.  Sur  cette  base,  il  a  été  suggéré  que,  en  particulier  pour  la  
ou  à  faire  la  distinction  entre  des  images  de  motifs  et  de  luminance   stimulation  optogénétique  non  spécifique  des  types  de  cellules  inhibitrices  
variables20.  Cependant,  dans  la  plupart  des  cas,  les  lésions  n'étaient  pas   et  excitatrices,  les  manipulations  dans  les  zones  sensorielles  sont  plus  
confinées  à  l'entopallium,  ce  qui  compliquait  l'attribution  des  déficits   efficaces  dans  le  comportement  de  conduite  que  les  manipulations  dans  les  
perceptuels  et  comportementaux  observés  à  la  fonctionnalité  de  l'entopallium   structures  motrices66.  C'est  le  cas  car  la  stimulation  non  spécifique  n'est  
seul. pas  en  mesure  de  produire  des  plans  d'action  précis  qui  sont  nécessaires  
En  utilisant  l'optogénétique,  une  affirmation  plus  forte  du  rôle  de  l'ento   pour  piloter  le  comportement  moteur58,  tandis  que  la  stimulation  non  
pallium  dans  la  perception  des  contrastes  peut  maintenant  être  faite,  car   spécifique  des  zones  visuelles  peut  produire  des  perceptions  artificielles  qui  
nous  avons  sélectivement  augmenté  les  taux  de  décharge  des  cellules   attirent  l'attention,  modifiant  ainsi  le  comportement66.  L'idée  de  percepts  
entopalliales.  Cette  procédure  s'est  avérée  être  une  approche  appropriée   artificiels  et  de  leurs  effets  attentionnels  pourrait  également  s'appliquer  à  
pour  perturber  les  comportements  qui  reposent  sur  un  codage  de  population   notre  découverte  selon  laquelle  la  stimulation  de  la  zone  visuelle  primaire  
hétérogène  et  variant  dans  le  temps7,58,59.  Le  traitement  visuel  dépend   dans  le  cerveau  du  pigeon  altère  la  perception  du  contraste  dans  une  tâche  
de  ces  mécanismes  de  codage  adaptatif,  car  les  neurones  du  système   de  discrimination  en  niveaux  de  gris.  Cependant,  comme  les  temps  de  
sensoriel  varient  dynamiquement  leurs  réponses  en  fonction  de  l'entrée60.   réaction  dans  cette  tâche  ne  différaient  pas  entre  les  essais  stimulés  et  non  
Dans  les  tâches  de  discrimination  visuelle,  où  un  stimulus  doit  être   stimulés,  il  est  peu  probable  que  nos  résultats  soient  simplement  le  résultat  
sélectionné  par  rapport  à  l'autre,  les  cellules  des  zones  visuelles  supérieures   d'une  attention  évitée,  mais  plutôt  d'un  codage  de  contraste  déficient  dans  l'entopallium.
codent  pour  cette  discrimination  en  augmentant  et  en  diminuant   Cependant,  le  fait  que  la  stimulation  non  spécifique  ne  soit  pas  en  
sélectivement  leurs  taux  de  déclenchement  pour  les  stimuli  sélectionnés  et  non  mesure  
sélectionnés,   respectivement.
de  produire   des  plans  d'action  précis  qui  sont  nécessaires  pour  
La  différence  de  taux  de  déclenchement  de  ces  cellules  représente   piloter  le  comportement  moteur58  indique  également  l'importance  des  
l'information  discriminative,  qui  est  plus  importante  pour  les  discriminations   approches  spécifiques  au  type  de  cellule  ou  à  la  projection  lors  de  l'étude  
simples  que  compliquées61.  Étant  donné  que  la  manipulation  optogénétique   de  comportements  qui  reposent  sur  des  mécanismes  étroitement  régulés.  
au  sein  de  l'entopallium  n'était  pas  spécifique  au  type  de  cellule,  l'information   Afin  d'étudier  la  fonction  de  l'organisation  colonnaire  et  laminaire  du  cerveau  
discriminative  de  ces  cellules  a  probablement  été  perturbée  en  augmentant   des  oiseaux  qui  a  été  proposée  par  plusieurs  études13,67,68,  des  approches  
les  taux  de  déclenchement  de  toutes  les  cellules,  réduisant  ainsi  leurs   spécifiques  à  la  projection  sont  nécessaires.  Avec  l'optogénétique  spécifique  
contrastes.  Ce  contraste  réduit  dans  les  représentations  neuronales  pourrait   à  la  projection,  le  rôle  de  circuits  visuels  spécifiques  entre  les  couches  peut  
avoir  conduit  à  une  altération  de  la  précision  de  la  discrimination.  Ainsi,  pour   être  étudié  pour  établir  des  relations  circuit­fonction  qui  mettent  en  lumière  
l'optogénétique  non  spécifique  de  type  cellulaire  lors  de  la  discrimination   les  principes  généraux  de  l'organisation  cérébrale.  Avec  notre  découverte  
visuelle,  les  outils  optogénétiques  excitateurs  pourraient  offrir  des  avantages   que  l'AAV1  en  combinaison  avec  le  promoteur  CAG  est  capable  de  conduire  
par  rapport  aux  outils  optogénétiques  inhibiteurs,  car  l'excitation  crée  un   l'expression  de  ChR2  de  manière  antérograde  et  rétrograde,  nous  avons  
nouveau  signal  qui  peut  perturber  la  dynamique  de  la  population  plus   fourni  un  outil  utile  pour  les  études  futures  qui  peuvent  utiliser  ce  sérotype  
intensément  que  l'inhibition,  ce  qui  pourrait  entraîner  des  effets  de   pour  déterminer  si  le  principe  conservé  d'une  organisation  colonnaire  et  
plancher62.  Bien  que  les  outils  optogénétiques  excitateurs  offrent  les   laminaire  chez  les  oiseaux  les  zones  sensorielles  se  traduisent  également  
avantages  mentionnés  ci­dessus  et  puissent  produire  des  effets  comparables   par  des  fonctions  similaires.  Avec  l'étude  de  comparaison  virale,  nous  avons  
aux  lésions  temporales63,  il  convient  de  noter  que  ces  outils  peuvent  avoir   en  outre  fourni  les  bases  de  diverses  autres  méthodes  reposant  sur  le  
des  effets  d'entraînement  sur  les  zones  de  circuit  connectées  de  l'entopallium   transfert  de  gènes  viraux,  telles  que  DREADDS24,  les  ablations  
telles  que  la  NFL,  le  NI  et  le  MVL64.  Ainsi,  pour  étayer  davantage  le  rôle  de   génétiques69,  l'imagerie  calcique69  ou  les  études  d'inactivation/désactivation  
la  perception  du  contraste  par  rapport  à  l'entopallium,  des  expériences   génétique  locale5,  qui  peuvent  désormais  être  appliquée  dans  le  cerveau  
similaires  utilisant  des  outils  inhibiteurs  ou  la  pharmacologie  pourraient  être   du  pigeon  et  peut  grandement  améliorer  la  recherche  comparative.  Dans  
réalisées.  De  plus,  de  futures  études  optogénétiques  pourraient  étudier   l'ensemble,  nous  avons  créé  les  bases  d'une  compréhension  mécaniste  du  
l'effet  de  la  stimulation  optogénétique  sur  d'autres  fonctions  entopalliales   pallium  aviaire  et  démontré  les  principes  conservés  des  systèmes  visuels  
telles  que  le  mouvement,  le  motif  et  la  discrimination  des  couleurs.  Dans   aviaires  et  mammifères  encourageant  l'utilisation  d'organismes  modèles  
ces  tâches,  la  ségrégation  fonctionnelle  a  été  décrite  comme  des  lésions   aviaires  pour  la  recherche  comparative  et  sur  la  vision  à  l'avenir.
dans  l'entopallium  antérieur  affectant  le  motif,  la  couleur  et  la  discrimination  
des  formes,  tandis  que  les  lésions  de  l'entopallium  postérieur  altèrent  le  
traitement  du  mouvement18,21.  Sur  la  base  de  ces  résultats  et  des  modèles   Méthodes  
de  projection  topographique  comparables  dans  les  voies  tectofuges  des   Sujets  expérimentaux.  Pour  cette  étude,  N  =  35  pigeons  voyageurs  adultes  (Columba  
oiseaux  et  des  mammifères,  il  a  été  proposé  que  l'entopallium  postérieur   livia)  de  sexe  indéterminé  ont  été  obtenus  auprès  d'éleveurs  locaux.  Les  pigeons  
avaient  entre  1  et  4  ans.  Ils  ont  été  mis  en  cage  individuellement  et  soumis  à  un  cycle  
sensible  au  mouvement  est  comparable  à  la  zone  MT,  tandis  que  
lumière­obscurité  de  12  h.  Pendant  la  période  d'entraînement  et  de  test,  les  oiseaux  ont  
l'entopallium  antérieur  sensible  à  la  couleur/forme/motif  est  comparable  à   été  maintenus  à  environ  85  %  de  leur  poids  d'alimentation  libre.  Toutes  les  expériences  
V2,  V3 ,  et  IT  chez  mam  mals21.  Comme  les  neurones  sensibles  à  la   ont  été  réalisées  conformément  aux  principes  concernant  les  soins  et  l'utilisation  des  
luminosité  du  noyau  rotundus  se  projettent  principalement  vers  l'entopallium   animaux  adoptés  par  la  loi  allemande  sur  le  bien­être  animal  pour  la  prévention  de  la  
cruauté  envers  les  animaux,  comme  suggéré  par  la  directive  du  Conseil  des  
antérieur,  le  traitement  de  la  luminosité  a  également  été  lié  à  cette  
Communautés  européennes  du  24  novembre  1986  (86/609/CEE)  et  ont  été  approuvés  
subdivision21.  Bien  que  ne  montrant  pas  de  ségrégation  fonctionnelle,  notre   par  le  comité  d'éthique  animale  du  Landesamt  für  Natur,  Umwelt  und  Verbraucherschutz  
étude  confirme  que  l'entopallium  antérieur  est  impliqué  dans  la  perception   NRW,  Allemagne.  Tous  les  efforts  ont  été  faits  pour  minimiser  le  nombre  d'animaux  
de  la  luminosité  car  notre  manipulation  neuronale  s'est  principalement  concentrée   utilisés  
sur  ect  
minimiser  
ette  région.leurs  souffrances.

12 BIOLOGIE  DES  COMMUNICATIONS  |  (2021)  4:100  |  https://doi.org/10.1038/s42003­020­01595­9  |  www.nature.com/commsbio
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BIOLOGIE  DES  COMMUNICATIONS  |  https://doi.org/10.1038/s42003­020­01595­9 ARTICLE

Injections  de  vecteurs  viraux/implantations  de  canules.  L'anesthésie  a  été  initiée  avec  un  mélange  7:3  de   complexe  (Vector  Laboratories­Vectastain  Elite  ABC  kit ;  1:100  dans  du  PBST).  Après  un  rinçage  
kétamine  (Ketavet  100  mg/ml,  Zoetis  GmbH,  Berlin  Allemagne)  et  de  xylazine  (20  mg/ml  Rompun,  Bayer   supplémentaire  (3  ×  10  min),  les  tranches  ont  été  incubées  dans  une  solution  DAB.  La  solution  comprenait  
Vital  GmbH,  Leverkusen  Allemagne). 5  ml  d'eau  distillée,  100  ul  de  solution  mère  de  DAB,  84  ul  d'une  solution  de  nickel  et  84  ul  de  solution  
Les  pigeons  ont  reçu  des  injections  intramusculaires  de  0,075  ml  pour  chaque  100  g  de  poids  corporel. mère  tampon  (Vector  Laboratories,  DAB  Substrate  Kit  SK­4100).  Toutes  les  tranches  ont  été  incubées  
Cela  se  traduit  par  52,5  mg  de  kétamine  par  kg  de  poids  corporel  et  4,5  mg  de  xylazine  par  kg  de  poids   dans  des  plaques  à  12  puits,  chaque  puits  contenant  1  ml  de  cette  solution  de  travail.  Après  avoir  ajouté  6  
corporel.  Ensuite,  l'anesthésie  a  été  maintenue  avec  un  flux  constant  d'isoflurane  (Forane  100 %,  Abbott   ul  de  H2O2  dans  chaque  puits,  la  réaction  a  commencé  et  a  été  arrêtée  après  2  min  en  transférant  les  
GmbH  &  Co.  KG,  Wiesbaden,  Allemagne).  Avant  l'intervention  chirurgicale,  les  plumes  sur  le  dessus  de  la   tranches  dans  des  plaques  à  12  puits  contenant  du  PBS.  Par  la  suite,  les  tranches  ont  été  rincées  (2  ×  5  
tête  couvrant  la  zone  cible  ont  été  coupées.  Dès  que  les  pigeons  n'ont  plus  montré  de  réflexes  douloureux,   min  dans  du  PBS)  puis  montées  sur  des  lames  recouvertes  de  gélatine.  Enfin,  les  tranches  ont  été  
ils  ont  été  placés  dans  un  appareil  de  stéréotaxie.  Au  début,  la  peau  recouvrant  la  tête  était  incisée  pour   déshydratées  dans  l'alcool  et  recouvertes  de  depex  (Fluka,  Munich,  Allemagne)70.
exposer  l'os  crânien.  Ensuite,  des  craniotomies  ont  été  réalisées  pour  découvrir  le  tissu  cérébral.  Des  
craniotomies  ont  été  réalisées  à  différents  endroits  selon  la  structure  cible  (entopallium :  A  +  9,5,  L  ±  5,5,   Pour  les  colorations  fluorescentes,  les  tranches  ont  d'abord  été  rincées  (3  ×  10  min  dans  du  PBS)  
DV  −4,5 ;  hippocampe :  A  +  6,0,  L  ±  1,0,  DV  −1 ;  wulst :  A  +  11,  L  ±  1,0,  DV  ­1,5 ;  globus  pallidus :  A  +  9,0,   puis  incubées  dans  du  NHS  à  10%  (Vector  Laboratories­Vectastain  Elite  ABC  kit)  pour  bloquer  les  sites  
L  ±  4,5,  DV  ­6 ;  NCL :  A  +  5,5,  L  ±  7,0,  DV  ­2,5 ;  striatum  médian :  A  +  11,0,  L  ±  1,5,  DV  ­6,054). de  liaison  non  spécifiques.  Après  blocage  et  rinçage  (3  ×  10  min),  les  tranches  pour  les  colorations  ChR2  
simples  ont  été  incubées  avec  un  anticorps  monoclonal  de  souris  anti­ChR2  (1:  1000  dans  PBST,  
PROGEN  Biotechnik  GmbH,  Heidelberg,  Allemagne).
Après  le  retrait  de  la  dure­mère,  des  injections  ont  été  faites  aux  endroits  spécifiques. Pour  les  colorations  combinées  ChR2  et  NeuN,  les  tranches  ont  été  incubées  dans  un  mélange  d'un  
Pour  l'étude  de  transfection  virale  5  µl  de  chaque  vecteur  viral  (AAV1.hSyn.hChR2(H134R)­eYFP,   anticorps  monoclonal  de  souris  anti­ChR2  (1:1000  dans  PBST,  PROGEN  Biotechnik  GmbH,  Heidelberg,  
AAV1.CAG.hChR2(H134R)­mCherry.WPRE.SV40,  AAV5.hSyn.  hChR2(H134R)­eYFP,   Allemagne)  et  d'un  anticorps  polyclonal  de  lapin  anti­NeuN  (1:500  dans  PBST,  EMD  Millipore,  Darmstadt,  
AAV5 .CAG.hChR2(H134R)­mCherry.WPRE.SV40,  AAV9.hSyn.hChR2(H134R)­eYFP,   Allemagne).  Pour  les  colorations  combinées  ChR2  et  c  Fos,  les  tranches  ont  été  incubées  dans  un  mélange  
AAV9.CAG.hChR2(H134R)­mCherry.WPRE.SV40  (tous  les  vecteurs  ont  été  obtenus  auprès  d'Addgene,   d'un  anticorps  monoclonal  de  souris  anti­ChR2  (1:1000  dans  PBST,  PROGEN  Biotechnik  GmbH,  
Watertown,  USA ,  tous  les  titres  étaient  ≥1  ×  1013  vg/ml))  ont  été  injectés  sous  pression  dans  au  moins   Heidelberg,  Allemagne)  et  d'un  anti­c­Fos  polyclonal  de  lapin  (1:  500  en  PBST,  Santa  Cruz  Biotechnology,  
cinq  hémisphères  séparés  de  trois  pigeons.  Par  conséquent,  5  µl  ont  été  pipetés  sur  du  parafilm  et  aspirés   Texas,  États­Unis).  Pour  les  colorations  ChR2  et  GFAP  combinées,  les  tranches  ont  été  incubées  dans  un  
dans  une  pipette  en  verre  avec  une  pointe  de  25  µm.  Le  volume  total  a  été  réparti  sur  une  plage  de  500   mélange  d'un  anticorps  monoclonal  de  souris  anti­ChR2  (1:1000  dans  PBST,  PROGEN  Biotechnik  GmbH,  
µm  dorsal/ventral.  Pour  les  expériences  comportementales  et  électrophysiologiques,  10  µl  d'AAV1. Heidelberg,  Allemagne)  et  d'un  anti­GFAP  monoclonal  de  rat  (1:500  dans  PBST ,  Invitrogen,  Darmstadt,  
Allemagne).  Tous  les  anticorps  primaires  ont  été  incubés  pendant  une  nuit  à  4°C.  Le  lendemain,  après  
CAG.hChR2(H134R)­mCherry.WPRE.SV40  (Addgene,  Watertown,  USA,  tous  titres  ≥  1  ×  1013  vg/ rinçage  (3  ×  10  min),  les  tranches  pour  les  colorations  ChR2  simples  ont  été  incubées  avec  un  anticorps  
ml)  a  été  injecté  bilatéralement  dans  l'entopallium  (5  µl  à  A  +  9,5,  L  ±  5,5,  DV  −4,5  et  5  µl  à  A  +  10,5,  L  ±   de  chèvre  anti­souris  AlexaFluor594  (1:  500  dans  PBST,  Invitrogen,  Darmstadt,  Allemagne).  Les  tranches  
6,0,  DV  ­4,5).  Les  pigeons  témoins  ont  reçu  des  injections  d'AAV1­CAG­tdTomato  (Addgene,  Watertown,   pour  les  colorations  combinées  ChR2/NeuN  et  ChR2/c­Fos  ont  été  incubées  dans  un  mélange  d'un  
USA)  à  la  place. anticorps  de  chèvre  anti­souris  AlexaFluor594  (1:500  dans  PBST,  Invitrogen,  Darmstadt,  Allemagne)  et  
Les  pigeons  utilisés  dans  les  expériences  comportementales  ont  en  outre  été  implantés  bilatéralement   d'un  anticorps  de  chèvre  anti­lapin  AlexaFluor488  (1  :200  dans  PBST,  Invitrogen,  Darmstadt,  Allemagne).  
avec  une  double  canule  à  fibre  optique  (DFC_200/245­0.53_12mm_GS0.7_FLT,  Doric  Lenses  Inc,   Les  tranches  pour  les  colorations  ChR2  et  GFAP  combinées  ont  été  incubées  dans  un  mélange  d'un  
Québec,  Canada).  Ainsi,  des  vis  en  acier  inoxydable  (Small  Parts,  Logansport,  USA)  ont  été  fixées  au   anticorps  de  chèvre  anti­souris  AlexaFluor594  (1:500  dans  PBST,  Invitrogen,  Darmstadt,  Allemagne)  et  
crâne  pour  servir  d'ancrages  au  ciment  dentaire.  Après  cela,  les  canules  ont  été  insérées  verticalement   d'un  anticorps  de  chèvre  anti­rat  AlexaFluor488  (1:200  dans  PBST,  Invitrogen,  Darmstadt,  Allemagne).  
dans  l'entopallium  (A  +  9,5,  L  ±  5,5,  DV  ­4,5).  Enfin,  la  canule  a  été  attachée  à  la  tête  avec  du  ciment   Tous  les  anticorps  secondaires  ont  été  incubés  pendant  1  h  à  température  ambiante.  Après  un  rinçage  
dentaire.  Une  fois  l'opération  terminée,  les  pigeons  ont  reçu  des  analgésiques  pendant  trois  jours   supplémentaire  (3  ×  10  min),  les  tranches  ont  été  montées  sur  des  lames  de  verre  (Superfrost®  Plus,  
consécutifs  (0,5  ml  10  mg/ml  de  Rimaldyl,  Pfizer  GmbH,  Münster,  Allemagne).  La  période  de  récupération   Thermo  Scientific)  dans  du  PBS,  et  incorporées  avec  du  DAPI  Fluoromount­G®  (SouthernBiotech,  
a  duré  14  jours,  au  cours  desquels  les  pigeons  ont  eu  accès  à  de  la  nourriture  et  de  l'eau  à  volonté. Birmingham,  USA),  avec  une  exposition  minimale  à  la  lumière  pour  préserver  autant  de  fluorescence  que  
possible.  La  spécificité  des  anticorps  primaires  a  été  soit  évaluée  avec  des  transferts  Western,  sur  la  base  
Après  la  période  de  récupération,  les  pigeons  ont  continué  à  s'entraîner  pour  s'habituer  aux  patch  chords. de  la  littérature  publiée  précédemment,  soit  étudiée  avec  des  colorations  immunohistochimiques  dans  des  
échantillons  de  contrôle  négatifs.  Toutes  les  colorations  ont  été  réalisées  deux  fois  avec  des  séries  
cérébrales  séparées  pour  confirmer  qualitativement  la  reproductibilité  des  colorations.

Perfusion.  Les  animaux  de  l'étude  de  transfection  virale  ont  été  perfusés  6  semaines  après  les  injections  
pour  s'assurer  que  l'expression  de  ChR2  était  déjà  stable  (voir  Fig.  25  supplémentaire),  tandis  que  les  
pigeons  du  paradigme  comportemental  ont  été  perfusés  une  fois  tous  les  tests  expérimentaux  terminés.  
Nous  avons  constaté  que  l'expression  de  ChR2  était  stable  jusqu'à  12  mois  (voir  Fig.  26  supplémentaire).  
Après  avoir  profondément  anesthésié  les  pigeons  avec  de  l'équithésine  (0,45  ml  par  100  g  de  poids  
Analyse  microscopique.  Pour  l'analyse  quantitative  de  l'expression  de  ChR2,  toutes  les  tranches  contenant  
corporel),  la  perfusion  transcardiaque  a  été  initiée  avec  du  chlorure  de  sodium  (NaCl)  à  0,9  %  et  suivie  
des  cellules  exprimant  ChR2  ont  été  imagées  bilatéralement  avec  un  grossissement  de  200  ×  à  l'aide  d'un  
d'une  solution  froide  (4  °C)  de  paraformaldéhyde  (PFA)  à  4  %  dans  0,12  Tampon  phosphate  M  (PB;  pH  
ZEISS  AXIO  Imager.M1  avec  une  caméra  (AxioCam  MRm  ZEISS  60N  C  2/3  ”0,63  ×).  Toutes  les  sections  
7,4).  Une  fois  que  le  sang  a  été  échangé  avec  succès  avec  du  PFA,  le  cerveau  a  été  retiré  du  crâne  et  
contenant  l'entopallium  entre  A  +  8,0  et  A  +  11,25  d'une  série  de  cerveaux  (toutes  les  dix  tranches)  ont  
stocké  dans  une  solution  postfixée  (4 %  de  PFA  avec  30 %  de  saccharose)  à  4 °C  pendant  les  2 heures  
été  analysées.  Pour  la  quantification  des  somata,  chaque  soma  exprimant  ChR2  dans  l'entopallium  entier  
suivantes.  Après  cela,  tous  les  cerveaux  ont  été  stockés  dans  une  solution  de  saccharose  à  30  %  dans  
a  été  mis  en  évidence  dans  ZEN  2.3  lite  et  ensuite  automatiquement  compté  par  le  programme.  Pour  tous  
une  solution  saline  tamponnée  au  phosphate  (PBS ;  pH  7,4)  pendant  au  moins  24  h  pour  éliminer  l'eau  
les  vecteurs  viraux,  cette  analyse  a  été  effectuée  dans  un  dixième  des  sections  de  cerveau  et  le  nombre  
pour  la  cryoprotection.
de  tous  les  soma  exprimant  ChR2  a  été  additionné  pour  une  analyse  statistique  plus  approfondie.
Avant  le  tranchage,  les  cerveaux  ont  été  inclus  dans  15  %  de  gélatine/30  %  de  saccharose  et  stockés  
dans  du  postfix  pendant  24  h.  Enfin,  les  cerveaux  ont  été  coupés  dans  un  plan  coronal  de  40  µm  
d'épaisseur  à  l'aide  d'un  microtome  à  congélation  (Leica,  Wetzlar,  Allemagne).
De  plus,  la  densité  de  la  zone  tachée  a  été  déterminée  avec  ZEN  2.3  pro
Assistant  outil  d'analyse  d'image.  Pour  cela,  l'entopallium  entier  a  été  sélectionné  comme  cadre  
Immunohistochimie.  Toutes  les  colorations  ont  été  réalisées  avec  des  sections  flottantes  et  chaque   d'analyse  et  les  paramètres  de  segmentation  ont  été  ajustés  (lissage :  aucun,  netteté :  aucun,  surface  
dixième  tranche  a  été  utilisée  pour  l'immunohistochimie.  La  contre­coloration  a  été  effectuée  pour  permettre   minimale  1  pixel,  seuil :  seuil  d'Otsu,  séparé :  aucun).
une  comparaison  égale  entre  les  sérotypes,  car  les  sérotypes  avec  le  promoteur  hSyn  ont  été  marqués   Suite  à  cela,  la  taille  de  toutes  les  particules  colorées  dans  le  cadre  d'analyse  a  été  automatiquement  
avec  eYFP,  tandis  que  les  sérotypes  avec  le  promoteur  CAG  ont  été  marqués  avec  mCherry.  De  plus,  la   mesurée  en  µm2.  Dans  les  mêmes  coupes,  la  taille  de  l'entopallium  a  été  mesurée  en  µm2  en  délimitant  
quantité  d'expression  du  transgène  peut  être  sous­estimée  lors  de  l'analyse  de  la  fluorescence  native,  car   les  bordures.  La  même  analyse  a  été  effectuée  sur  des  images  avec  un  grossissement  de  100  ×  pour  
le  signal  augmente  avec  les  contre­colorations  (voir  Fig.  1  supplémentaire). déterminer  la  densité  d'expression  de  ChR2  et  de  GFAP  dans  le  site  d'injection  pour  tous  les  cas  utilisés  
dans  l'expérience  de  tropisme.  Pour  la  quantification  des  signaux  NeuN  dans  l'analyse  de  la  perte  de  
Pour  la  réaction  de  la  3,3  diaminobenzidine  (DAB),  les  tranches  ont  d'abord  été  rincées  (3  ×  10   neurones,  les  seuils  supérieur  et  inférieur  ont  également  été  ajustés  avec  la  méthode  d'Otsu.  Cependant,  
min  dans  du  PBS)  puis  incubées  dans  du  peroxyde  d'hydrogène  à  0,3%  (H2O2)  dans  de  l'eau  distillée   les  paramètres  de  segmentation  ont  été  ajustés  et  définis  sur  (lisser :  aucun,  aiguiser :  délimiter,  seuil :  0,  
pendant  30  min  pour  bloquer  les  peroxydases  endogènes.  Après  cela,  les  tranches  ont  été  rincées  (3  ×  10   taille :  6,  surface  minimale :  96  pixels,  séparé :  morphologie,  nombre :  20).
min)  puis  transférées  dans  du  sérum  de  cheval  normal  à  10  %  (NHS ;  kit  Vector  Laboratories­Vectastain  
Elite  ABC)  dans  du  PBS  avec  0,3  %  de  Triton­X­100  (PBST)  pendant  30  min  pour  bloquer  sites  de  liaison   De  même,  le  signal  c­Fos  a  été  quantifié  dans  l'entopallium  et  le  wulst,  la  seule  différence  étant  que  la  
non  spécifiques.  Pour  l'analyse  comparative  de  la  transduction  virale  et  pour  l'évaluation  du  transport   surface  minimale  a  été  ajustée  à  24  pixels.  Pour  la  quantification  du  transport  antérograde  et  rétrograde,  
antérograde  et  rétrograde,  les  tranches  ont  été  incubées  avec  un  anticorps  monoclonal  de  souris  anti­ la  zone  cible  a  été  délimitée  et  les  valeurs  d'intensité  ont  été  déterminées.  Pour  le  transport  antérograde,  
ChR2  (1:  1000  dans  PBST,  PROGEN  Biotechnik  GmbH,  Heidelberg,  Allemagne)  à  4  °  C  pendant  la  nuit.   les  cas  ont  été  classés  en  +  peu,  ++  modérés  et  +++  étendus  (+  le  signal  était  <6 %  plus  sombre  que  le  
Pour  l'expérience  de  gène  précoce  immédiate,  les  tranches  ont  été  incubées  avec  un  anticorps  polyclonal   fond,  les  signaux  ++  étaient  de  6  à  12 %  plus  sombres  que  le  fond,  le  signal  +++  était  >  12  %  plus  sombre  
de  lapin  anti­c­Fos  (1:  500  dans  PBST,  Santa  Cruz  Biotechnology,  Texas,  États­Unis)  à  4  °  C  pendant  la   que  le  fond).  Pour  le  transport  rétrograde,  les  cas  ont  été  classés  en  +  peu,  ++  modérés  et  +++  étendus  (+  
nuit.  Le  lendemain,  toutes  les  tranches  ont  été  rincées  dans  du  PBS  (3  ×  10  min)  puis  incubées  à   le  signal  était  <2 %  plus  sombre  que  le  fond,  les  signaux  ++  étaient  de  2  à  4 %  plus  sombres  que  le  fond,  
température  ambiante  avec  l'anticorps  secondaire  biotinylé  correspondant  (anticorps  anti­souris  1:500   le  signal  +++  était  >  4  %  plus  sombre  que  le  fond).  Toutes  les  quantifications  ont  été  effectuées  en  aveugle,  
dans  du  PBST,  anticorps  anti­lapin  1:200  dans  du  PBST;  Vector  Laboratoires­Kit  Vectastain  Elite  ABC)   l'expérimentateur  n'étant  pas  au  courant  du  sérotype  étudié.
pendant  1  h.  Par  la  suite,  les  tranches  ont  été  rincées  (3  ×  10  min  dans  du  PBS)  puis  transférées  dans  un  
avidine­biotine­peroxydase

BIOLOGIE  DES  COMMUNICATIONS  |  (2021)  4:100  |  https://doi.org/10.1038/s42003­020­01595­9  |  www.nature.com/commsbio 13
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ARTICLE BIOLOGIE  DES  COMMUNICATIONS  |  https://doi.org/10.1038/s42003­020­01595­9

Électrophysiologie.  Pour  les  enregistrements  extracellulaires,  des  électrodes  isolées  en  fil  de   stimulés  avec  de  la  lumière  bleue  (465  nm,  Plexon)  dans  un  ordre  randomisé  pendant  la  phase  
tungstène  avec  une  impédance  d'environ  4  MΩ  ont  été  utilisées  (produit  n  °  26­05­3;  FHC,  Bowdoin   de  présentation  du  stimulus  dans  la  moitié  des  essais  (Fig.  7a).  Ainsi,  la  stimulation  a  été  arrêtée  à  
ham,  ME,  USA).  À  l'extrémité  de  chaque  électrode  d'enregistrement,  une  fibre  optique  pour  la   la  fin  de  la  présentation  du  stimulus  (soit  après  8  s,  soit  lorsque  les  pigeons  ont  répondu  aux  images  
stimulation  lumineuse  (Doric  Lenses  Inc,  Québec,  Canada)  a  été  collée.  Les  électrodes  ont  été   en  niveaux  de  gris).  De  plus,  dans  chaque  session,  un  nombre  égal  de  stimuli  appartenant  à  chaque  
montées  sur  un  micromanipulateur  (Narishige,  MO­8,  Tokyo,  Japon)  et  avancées  dans  le  tissu   SC  a  été  affiché  dans  un  ordre  aléatoire.
cérébral.  Au  cours  de  l'avancement  de  l'électrode,  une  impulsion  lumineuse  constamment  répétée   Les  pigeons  ont  été  assignés  au  groupe  expérimental  (exprimant  ChR2)  et  au  groupe  témoin  
d'une  durée  de  1  s  a  été  présentée  pour  évoquer  des  pointes.  Lorsqu'une  cellule  réactive  était   (exprimant  tdTomato)  dans  un  ordre  aléatoire.  Les  performances  comportementales  des  pigeons  
rencontrée,  un  protocole  de  stimulation  fixe  était  appliqué.  Le  protocole  consistait  en  des  impulsions   expérimentaux  et  témoins  ont  été  enregistrées  dans  MATLAB  et  n'ont  donc  pas  fait  l'objet  
lumineuses  répétées  de  durée  variable  (1,  10,  100,  200  et  500  ms)  et  a  été  répété  trois  fois   d'observations.  De  plus,  l'expérimentateur  qui  a  formé  et  testé  les  pigeons  n'était  pas  au  courant  de  
(balayages,  Fig.  5a  (i)  et  tableau  supplémentaire  2).  L'activité  neuronale  résultante  a  été  amplifiée   l'attribution  du  groupe.
(10  000  ×)  et  filtrée  passe­bande  (300  Hz  à  3  kHz)  à  l'aide  d'un  amplificateur  différentiel  pour  les  
potentiels  extracellulaires  (DAM  80,  World  Precision  Instruments,  Sarasota,  FL,  USA).  De  plus,  un  
filtre  coupe­bande  actif  a  été  utilisé  pour  éliminer  le  bruit  de  ligne  (HumBug,  Quest  Scientific,  North  
Manipulations  optogénétiques.  Des  protocoles  de  stimulation  lumineuse  20  Hz  (durée  d'impulsion :  
Vancouver,  Canada).  Les  réponses  unicellulaires  ont  été  numérisées  à  une  fréquence  de  83  kHz  à  
15  ms ;  intervalle  inter­impulsions :  35  ms)  et  40  Hz  (durée  d'impulsion :  15  ms ;  intervalle  inter­
l'aide  d'un  convertisseur  analogique­numérique  (Cambridge  Electronic  Design,  Micro  1401  mkII).
impulsions :  10  ms)  ont  été  réalisés  avec  le  logiciel  Radiant  (Plexon,  TX ,  ETATS­UNIS).  Pour  les  

Les  pointes  ont  été  triées  hors  ligne  et  analysées  à  l'aide  du  logiciel  Spike  2  (Cambridge  Electronic   expériences  comportementales,  l'entopallium  a  été  éclairé  par  de  la  lumière  bleue  (LED  bleue,  465  
nm,  Plexon).  Pour  l'expérience  c­Fos,  l'entopallium  a  été  éclairé  avec  une  lumière  bleue  (LED  bleue,  
Design,  V.8)  et  Matlab  (The  Mathworks,  Natick,  MA,  USA).  Pour  la  stimulation  optique,  nous  avons  
utilisé  des  modules  LED  (modules  Plexon  Compact,  465  nm,  Plexon,  TX,  USA)  pilotés  par  une  unité   465  nm,  Plexon)  dans  un  hémisphère  et  une  lumière  orange  (LED  orange,  620  nm,  Plexon)  dans  

de  contrôle  (PlexBright  4  Channel  Optogenetic  Controller,  Plexon,  TX,  USA)  à  l'aide  du  logiciel   l'autre  hémisphère  pendant  une  période  de  30  min  avec  alternance  intervalles  de  5  min  stimulation  

Radiant  (Plexon,  TX,  USA) .  L'évolution  temporelle  de  la  stimulation  lumineuse  a  été  numérisée  de   40  Hz  et  5  min  sans  stimulation.  La  LED  était  montée  sur  un  joint  tournant  placé  à  un  emplacement  

manière  synchrone  à  une  fréquence  de  41  kHz  pour  l'analyse  précise  des  réponses  cellulaires   fixe  au­dessus  de  la  chambre  de  comportement.  Des  cordes  de  patch  optiques  légères  
(BFP(2)_200/220/LMWJ  0.53_1.5m_LC­GS0.7,  Doric  Lenses  Inc.,  Québec,  Canada)  ont  été  utilisées  
évoquées  (Cambridge  Electronic  Design,  Micro  1401  mkII).  Pour  comparer  le  nombre  de  pointes  
pour  connecter  les  canules  à  double  fibre  optique  à  la  source  lumineuse.  La  puissance  lumineuse  a  
évoquées  par  la  stimulation  optique  avec  l'activité  de  base  de  chaque  cellule,  un  test  unilatéral  de  
somme  des  rangs  de  Wilcoxon  a  été  effectué  dans  toutes  les  conditions  testées.  Pour  évaluer  la   été  contrôlée  avec  le  contrôleur  PlexBright4  canaux  (Plexon,  TX,  USA).  Avant  que  les  canules  ne  
soient  utilisées  pour  des  expériences  comportementales  ou  électrophysiologiques,  le  flux  lumineux  à  
variabilité  des  réponses  neuronales  évoquées,  nous  avons  comparé  les  pics  évoqués  lors  de  
balayages  uniques  à  l'aide  d'une  analyse  de  variance  non  paramétrique  (test  de  Kruskal­Wallis).  Si   l'extrémité  de  la  canule  a  été  vérifié  à  l'aide  d'un  wattmètre.  Avant  chaque  expérience,  le  rendement  

nous  trouvions  des  différences  significatives  entre  les  balayages,  des  tests  de  comparaisons  multiples   lumineux  de  la  corde  de  patch  a  également  été  vérifié  (plage  de  canule  d'intensité  lumineuse :  3,5  à  
corrigés  de  Bonferroni  étaient  effectués. 4,5  mW,  plage  d'intensité  lumineuse  à  la  corde  de  patch :  4,5  à  6  mW,  Thorlabs,  Newton,  États­Unis).

Boîtes  Skinner.  Tous  les  entraînements  et  tests  ont  été  effectués  dans  deux  chambres  opérantes  
(32  cm  (l)  ×  34  cm  (d)  ×  32  cm  (h)).  Les  chambres  opérantes  étaient  équipées  de  caméras  à  des  fins  
Statistiques  et  reproductibilité.  Pour  l'étude  de  transfection  virale,  la  taille  de  l'échantillon  a  été  
de  surveillance,  de  deux  lumières  blanches  de  chaque  côté  du  plafond  et  d'un  écran  tactile  sur  le  
déterminée  sur  la  base  d'études  de  transfection  virale  précédemment  publiées  qui  ont  été  publiées  
panneau  avant.  De  plus,  une  mangeoire  a  été  positionnée  sur  le  panneau  avant  directement  sous  
chez  d'autres  espèces  telles  que  les  rats34,  les  souris38,  les  primates36  et  les  chats39.  Pour  tous  
l'écran  tactile  où  les  oiseaux  ont  reçu  des  grains  mélangés  comme  récompense  alimentaire  pour  les  
les  vecteurs  viraux,  un  minimum  de  cinq  injections  a  été  effectué  dans  des  hémisphères  séparés  
réponses  correctes.  Une  lumière  au­dessus  du
la  mangeoire  indiquait  quand  la  nourriture  était  disponible  et  servait  de  second  renforçateur.  Tout d'au  moins  trois  pigeons.  La  quantité  totale  de  cellules  exprimant  ChR2  a  été  déterminée  pour  
chaque  injection  dans  une  série  de  cerveaux  (un  dixième  de  toutes  les  sections  de  cerveau)  puis  
les  paradigmes  comportementaux  pour  cette  expérience  ont  été  programmés  dans  MATLAB  à  l'aide  
multipliée  par  dix  pour  estimer  la  quantité  réelle  de  cellules  exprimant  ChR2.  Pour  l'analyse  de  la  
de  la  Biopsychology  Toolbox71.
zone  transduite,  la  zone  totale  d'expression  de  ChR2  dans  l'ento  pallium  a  été  déterminée  dans  la  
même  série  cérébrale.  De  plus,  la  taille  de  l'entopallium  a  été  mesurée  dans  toutes  les  sections  d'une  
Stimuli.  L'ensemble  de  stimulus  qui  a  été  utilisé  dans  cette  étude  consistait  en  un  stimulus   série.  La  surface  transduite  a  ensuite  été  mise  en  relation  avec  la  taille  de  l'entopallium  entier  et  avec  
d'initialisation  orange  et  des  paires  de  niveaux  de  gris  avec  des  différences  de  luminance  variables   la  taille  de  l'entopallium  dans  les  coupes  avec  expression  de  ChR2.  Tous  les  sérotypes  ont  été  inclus  
qui  ont  été  divisées  en  cinq  SC  différents  (différence  de  luminance  moyenne  SC1  5,81  cd/m2 ;   dans  cette  analyse  à  l'exception  de  AAV9­hSyn­ChR2,  car  ce  sérotype  n'a  pas  entraîné  d'expression  
différence  de  luminance  moyenne  SC2  12,56  cd/m2 ;  SC3  moyenne  différence  de  luminance  17,96   fiable  de  ChR2.  Nous  avons  utilisé  le  test  de  Shapiro­Wilk  pour  tester  la  distribution  normale  des  
cd/m2 ;  différence  de  luminance  moyenne  SC4  23,91  cd/m2 ;  différence  de  luminance  moyenne  SC5   données  et  le  test  de  Levene  pour  tester  l'homogénéité  de  la  variance.  Une  ANOVA  à  une  voie  avec  
30,39  cd/m2,  voir  Fig.  20  supplémentaire).  Une  paire  de  stimulus  d'un  SC  était  toujours  affichée  au   correction  de  Welch  a  été  calculée  pour  étudier  l'effet  du  sérotype  sur  le  nombre  de  cellules  exprimant  
centre  de  l'écran  tactile  de  l'ordinateur.  L'image  avec  la  luminance  la  plus  faible  de  la  paire  de  niveaux   ChR2  et  sur  la  zone  d'expression  ChR2.
de  gris  a  été  attribuée  à  la  position  gauche  ou  droite  du  moniteur  dans  un  ordre  aléatoire.  Un  exemple  
de  paire  de  stimuli  SC1  et  un  exemple  de  paire  de  stimuli  SC5  sont  représentés  sur  la  figure  7a.   Les  tests  post  hoc  ont  été  corrigés  par  Bonferroni.  Pour  les  expériences  de  superposition  NeuN,  
Tous  les  stimuli  mesuraient  3,5  cm  ×  3,5  cm  et  les  paires  de  niveaux  de  gris  étaient  affichées  à  5  cm   ChR2  exprimant  soma  co­localisé  avec  NeuN,  ainsi  que  les  cellules  ChR2  sans  co­localisation,  ont  
à  gauche  et  à  droite  du  centre  du été  comptés  en  une  série  par  injection.  Le  pourcentage  de  cellules  avec  et  sans  co­localisation  a  été  
filtrer. déterminé  et  comparé  avec  un  test  de  rang  signé  de  Wilcoxon.  Pour  l'expérience  de  perte  de  
neurones,  le  signal  NeuN  a  été  quantifié  au  site  d'injection  des  injections  AAV9­CAG  et  AAV1­CAG  
d'une  série  cérébrale  par  injection.  Le  nombre  moyen  de  neurones  des  deux  sérotypes  a  été  comparé  
Tâche  de  discrimination  visuelle  en  niveaux  de  gris.  La  première  phase  de  formation  était  une   avec  un  test  U  de  Mann­Whitney.  Pour  l'expérience  c­Fos,  les  signaux  c­Fos  ont  été  quantifiés  à  
procédure  de  mise  en  forme  automatique,  où  les  oiseaux  ont  appris  à  picorer  les  stimuli  de  tous  les   deux  sites  dans  deux  zones  cérébrales  dans  les  hémisphères  stimulés  par  la  lumière  bleue  et  orange  
SC  ainsi  que  le  stimulus  d'initialisation  orange.  Après  que  les  pigeons  aient  appris  à  picorer  tous  les   chez  trois  animaux.  Un  site  stimulé  dans  un  hémisphère  stimulé  orange  n'a  pas  pu  être  reconstruit,  
sti  muli,  ils  ont  été  entraînés  à  une  tâche  de  discrimination  visuelle  en  niveaux  de  gris.  Au  cours  de   ce  qui  a  conduit  à  n  =  6  pour  la  stimulation  par  la  lumière  bleue  et  n  =  5  pour  la  stimulation  par  la  
cette  phase,  des  paires  de  stimulus  avec  une  différence  de  luminance  élevée  (SC5)  ont  été   lumière  orange.  Les  signaux  moyens  de  c­Fos  pour  les  hémisphères  stimulés  bleu  et  orange  dans  
présentées  et  le  pigeon  a  dû  apprendre  à  picorer  le  stimulus  avec  la  luminance  la  plus  faible.  Une   l'entopallium  et  dans  le  wulst  ont  été  comparés  à  un  test  Mann­Whitney  U.
fois  que  la  performance  de  discrimination  a  atteint  75%,  les  pigeons  ont  été  entraînés  dans  le  
paradigme  final  qui  contenait  les  stimuli  des  cinq  SC.  Une  fois  que  les  pigeons  ont  montré  une  
performance  stable  (au  moins  50%  d'initialisations  et  75%  de  performance  de  discrimination  correcte   Pour  l'analyse  comportementale,  six  pigeons  témoins  et  six  pigeons  expérimentaux
dans  un  SC),  ils  ont  subi  une  intervention  chirurgicale.  Après  14  jours  et  une  récupération  complète,   ont  été  testés  en  cinq  séances.  La  taille  de  l'échantillon  a  été  déterminée  sur  des  études  de  
les  pigeons  ont  été  entraînés  à  nouveau  dans  le  paradigme  final  pour  s'habituer  aux  accords  de   lésions  d'entopallium  publiées  précédemment  qui  ont  étudié  la  discrimination  visuelle  chez  les  
patch.  Les  tests  comportementaux  ont  commencé  lorsque  6  semaines  se  sont  écoulées  depuis  la   oiseaux17–21.  Pour  l'analyse  des  données  comportementales,  cinq  sessions  qui  correspondaient  
chirurgie  et  que  les  performances  comportementales  sont  revenues  aux  critères.  Les  6  semaines   au  critère  d'au  moins  50 %  de  participation  à  l'essai  et  75 %  de  réponses  correctes  dans  au  moins  
entre  la  chirurgie  et  les  tests  comportementaux  ont  permis  une  expression  stable  du  transgène. un  SC  ont  été  prises  en  compte.  Les  temps  de  réaction  moyens  et  les  performances  moyennes  dans  
Chaque  session  de  test  contenait  600  essais  au  total.  Un  essai  individuel  a  commencé  par   les  essais  stimulés  et  non  stimulés  pour  tous  les  SC  ont  été  extraits  à  l'aide  de  MATLAB.  Nous  avons  
l'illumination  d'un  stimulus  d'initialisation  orange  au  centre  du  panneau  avant  ainsi  qu'une  tonalité   utilisé  le  test  de  Shapiro­Wilk  pour  tester  la  distribution  normale  des  données  et  le  test  de  Levene  
indiquant  le  début  de  l'essai  (Fig.  7a).  Après  avoir  picoré  le  stimulus  orange,  une  paire  en  niveaux  de   pour  tester  l'homogénéité  de  la  variance.  Une  ANOVA  à  mesures  répétées  avec  la  session  de  
gris  de  l'un  des  cinq  SC  a  été  affichée  sur  l'écran  tactile  pendant  8  s  ou  jusqu'à  ce  qu'une  réponse   facteurs  intra­sujets,  la  stimulation  et  le  SC  et  le  groupe  de  facteurs  inter­sujets  a  été  calculée  pour  
de  picorage  soit  détectée  (Fig.  7a).  Les  pigeons  ont  été  conditionnés  à  picorer  la  plus  sombre  des   étudier  les  effets  sur  les  temps  de  réaction  (en  quatre  sessions)  et  les  performances  (en  cinq  
deux  images  en  niveaux  de  gris.  Lorsqu'ils  répondaient  correctement,  les  pigeons  recevaient  une   sessions).  La  reproductibilité  des  résultats  comportementaux  a  été  vérifiée  en  comparant  les  
récompense  alimentaire  pendant  2  s.  En  cas  de  réponse  incorrecte,  les  pigeons  étaient  punis  en   performances  de  toutes  les  sessions  testées.  Les  tests  post  hoc  ont  été  corrigés  par  Bonferroni.  
éteignant  les  lumières  de  la  maison  pendant  2  s.  À  la  fin  de  chaque  essai,  un  intervalle  inter­essais   Alpha  a  été  fixé  à  0,05  pour  toutes  les  analyses.  Toutes  les  analyses  statistiques  ont  été  réalisées  
de  2  s  a  été  utilisé  avant  le  début  de  l'essai  suivant  avec  la  présentation  du  stimulus  d'initialisation   avec  le  logiciel  IBM  SPSS  Statistics  (v.  20).
orange  et  une  tonalité.  Les  pigeons  étaient

14 BIOLOGIE  DES  COMMUNICATIONS  |  (2021)  4:100  |  https://doi.org/10.1038/s42003­020­01595­9  |  www.nature.com/commsbio
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BIOLOGIE  DES  COMMUNICATIONS  |  https://doi.org/10.1038/s42003­020­01595­9 ARTICLE

Résumé  du  rapport.  De  plus  amples  informations  sur  la  conception  de  la  recherche  sont  disponibles  dans  le  résumé  des   24.  Galvan,  A.,  Caiola,  MJ  &  Albaugh,  DL  Progrès  dans  les  méthodes  optogénétiques  et  
rapports  de  recherche  sur  la  nature  lié  à  cet  article. chimiogénétiques  pour  étudier  les  circuits  cérébraux  chez  les  primates  non  humains.  J
Neural  Transm.  125,  547­563  (2018).
25.  Diester,  I.  et  al.  Une  boîte  à  outils  optogénétique  conçue  pour  les  primates.  Nat.  Neurosci.  14,  387–
Disponibilité  des  données  Les  
397  (2011).
données  qui  appuient  les  conclusions  de  cette  étude  sont  incluses  dans  l'article  et  ses  informations  supplémentaires  
26.  Zhou,  ZC,  Yu,  C.,  Sellers,  KK  &  Fröhlich,  F.  Le  cortex  frontal  dorso­latéral  du  furet  encode  la  difficulté  
ou  disponibles  auprès  de  l'auteur  correspondant  sur  demande.
de  perception  lors  de  la  discrimination  visuelle.  Sci.  Rep.  6,  23568  (2016).
Les  données  sources  des  principales  figures  du  texte  sont  disponibles  dans  les  données  supplémentaires  1.

27.  Ohayon,  S.,  Grimaldi,  P.,  Schweers,  N.  &  Tsao,  DY  Modulation  de  la  saccade  par  stimulation  optique  
Disponibilité  des  codes  Tous  les   et  électrique  dans  le  champ  oculaire  frontal  du  macaque.  J.  Neurosci.  33,  16684–16697  (2013).
codes  ont  été  écrits  dans  Matlab  à  l'aide  de  Biopsychology  Toolbox  (disponible  sur  http://
biopsytoolbox.sourceforge.net/ ).  Les  codes  personnalisés  seront  disponibles  sur  demande. 28.  Clark,  KL,  Armstrong,  KM  &  Moore,  T.  Sonder  les  circuits  neuronaux  et  fonctionner  avec  la  
Veuillez  contacter  l'auteur  correspondant. microstimulation  électrique.  Proc.  Biol.  Sci.  278,  1121­1130  (2011).

29.  Hanks,  TD,  Ditterich,  J.  &  Shadlen,  MN  La  microstimulation  de  la  LIP  de  la  zone  macaque  affecte  la  
Reçu :  20  avril  2020 ;  Accepté :  13  novembre  2020 ; prise  de  décision  dans  une  tâche  de  discrimination  de  mouvement.  Nat.  Neurosci.  9,  682–689  
(2006).
30.  Salzman,  CD,  Murasugi,  CM,  Britten,  KH  &  Newsome,  WT
Microstimulation  dans  la  zone  visuelle  MT :  effets  sur  les  performances  de  discrimination  de  
direction.  J.  Neurosci.  12,  2331­2355  (1992).
31.  Han,  X.  et  al.  Contrôle  optique  à  l'échelle  de  la  milliseconde  de  la  dynamique  neuronale  dans  le  
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2.  Emery,  NJ  &  Clayton,  NS  La  mentalité  des  corbeaux :  évolution  convergente  de  l'intelligence  chez  les   Neurosci.  5,  18  (2011).
corvidés  et  les  singes.  Sciences  306,  1903­1907  (2004). 33.  Ruiz,  O.  et  al.  Optogénétique  à  travers  des  fenêtres  sur  le  cerveau  chez  le  primate  non  humain.  J.  
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Des  circuits  moteurs  sont  nécessaires  pour  coder  un  modèle  sensoriel  pour  l'apprentissage  imitatif. Là.  18,  588­593  (2010).
Nat.  Neurosci.  15,  1454–1459  (2012). 37.  Reimsnider,  S.,  Manfredsson,  FP,  Muzyczka,  N.  &  Mandel,  RJ  Évolution  temporelle  de  l'expression  
8.  Shimizu,  T.,  Patton,  TB  &  Mari,  SA  Comportement  visuel  aviaire  et  organisation  du  télencéphale.   du  transgène  après  la  transduction  pseudotypée  intrastriée  de  rAAV2/1,  rAAV2/2,  rAAV2/5  et  
Comportement  cérébral.  Évol.  75,  204­217  (2010). rAAV2/8  chez  le  rat.  Mol.  Là.  15,  1504­1511  (2007).
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16.  Xiao,  Q.  &  Frost,  BJ  Les  réponses  imminentes  des  neurones  télencéphaliques  chez  le  pigeon   45.  Ciesielska,  A.  et  al.  Infusion  cérébrale  de  non­soi  codant  pour  le  vecteur  AAV9
sont  modulées  par  le  flux  optique.  Cerveau  Res.  1305,  40–46  (2009). les  protéines  peuvent  déclencher  des  réponses  immunitaires  à  médiation  cellulaire.  Mol.  Là.  21,  158–
17.  Bessette,  BB  &  Hodos,  W.  Déficits  de  discrimination  d'intensité,  de  couleur  et  de  motif  après   166  (2013).
des  lésions  des  régions  du  noyau  et  de  la  ceinture  de  l'ectostriatum.  Vis. 46.  Samaranch,  L.  et  al.  L'expression  médiée  par  l'AAV9  d'une  protéine  non­soi  dans  le  système  
Neurosci.  2,  27–34  (1989). nerveux  central  des  primates  non  humains  déclenche  une  neuroinflammation  généralisée  
18.  Cook,  RG,  Patton,  TB  &  Shimizu,  T.  Ségrégation  fonctionnelle  de  l'entopallium  chez  les   entraînée  par  la  transduction  des  cellules  présentatrices  d'antigène.  Mol.  Là.  22,  329­337  (2014).
pigeons.  Philosophie  130,  59–86  (2013).
19.  Hodos,  W.,  Weiss,  SR  &  Bessette,  BB  Seuils  de  différence  d'intensité  après  des  lésions  d'ectostriatum   47.  Manfredsson,  FP,  Rising,  AC  &  Mandel,  RJ  AAV9 :  un  sang  potentiel
chez  des  pigeons.  Comportement  Cerveau  Res.  30,  43–53  (1988). briseur  de  barrière  cérébrale.  Mol.  Là.  17,  403–405  (2009).
20.  Hodos,  W.  &  Karten,  HJ  Intensité  visuelle  et  déficits  de  discrimination  des  motifs  après  des  lésions   48.  Duque,  S.  et  al.  Administration  intraveineuse  d'AAV9  auto­complémentaire
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21.  Nguyen,  AP  et  al.  Une  dissociation  du  mouvement  et  de  la  vision  spatiale  dans  le  télencéphale  
aviaire :  implications  pour  l'évolution  des  « flux  visuels ».  J 49.  Foust,  KD  et  al.  L'AAV9  intravasculaire  cible  préférentiellement  les  neurones  néonataux  et  les  
Neurosci.  24,  4962–4970  (2004). astrocytes  adultes.  Nat.  Biotechnol.  27,  59–65  (2009).
22.  Aravanis,  AM  et  al.  Une  interface  neurale  optique :  contrôle  in  vivo  du  cortex  moteur  des  rongeurs   50.  Klein,  RL  et  al.  Dose  et  effets  promoteurs  du  vecteur  viral  adéno­associé  pour  l'expression  de  la  
avec  une  technologie  fibre  optique  et  optogénétique  intégrée.  J.  Neural  Eng.  4,  S143–S156  (2007). protéine  fluorescente  verte  dans  le  cerveau  du  rat.  Exp.  Neurol.  176,  66–74  (2002).

23.  Li,  X.  et  al.  Activation  et  inhibition  rapides  et  non  invasives  de  l'activité  neuronale  et  du  réseau  par  la   51.  Klein,  RL  et  al.  Transduction  spécifique  des  neurones  dans  la  voie  septohippocampique  ou  nigro­
rhodopsine  des  vertébrés  et  la  channelrhodopsine  des  algues  vertes.  Proc.  Natl  Acad.  Sci.  États­ striée  du  rat  par  des  vecteurs  de  virus  adéno­associés  recombinants.  Exp.
Unis  102,  17816–17821  (2005). Neurol.  150,  183–194  (1998).

BIOLOGIE  DES  COMMUNICATIONS  |  (2021)  4:100  |  https://doi.org/10.1038/s42003­020­01595­9  |  www.nature.com/commsbio 15
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ARTICLE BIOLOGIE  DES  COMMUNICATIONS  |  https://doi.org/10.1038/s42003­020­01595­9

52.  Krützfeldt,  NOE  &  Wild,  JM  Définition  et  connexions  des Remerciements  Financé  par  la  
entopallium  chez  le  diamant  mandarin  (Taeniopygia  guttata) :  entopallium  chez  le  diamant   Deutsche  Forschungsgemeinschaft  (DFG,  Fondation  allemande  pour  la  recherche)  —  numéro  de  projet  
mandarin.  J.  Comp.  Neurol.  468,  452–465  (2004). 316803389  —  SFB  1280,  projets  A01  (OG  et  RP)  et  A07  (SH),  ainsi  que  numéro  de  projet  122679504  
53.  Karten,  HJ  &  Hodos,  W.  Projections  télencéphaliques  du  noyau  rotundus  chez  le  pigeon   —  SFB  874,  projet  B12  (OM).  Nous  tenons  en  outre  à  remercier  Sara  Letzner  et  Sebastian  Obst  pour  
(Columba  livia).  J.  Comp.  Neurol.  140,  35–51  (1970). leur  aide  dans  les  études  pilotes  sur  la  transfection  virale.
54.  Karten,  HJ  &  Hodos,  W.  Un  atlas  stéréotaxique  du  cerveau  du  pigeon  (Columba  livia).  
(Citeser,  1966).
55.  Hollis,  ER  II,  Kadoya,  K.,  Hirsch,  M.,  Samulski,  RJ  &  Tuszynski,  MH Contributions  des  auteurs  NR  et  RP  
Transduction  neuronale  rétrograde  efficace  utilisant  AAV1  auto­complémentaire.  
ont  conçu  et  analysé  les  expériences.  NR  a  effectué  des  injections  virales,  des  implantations  de  canules  
Mol.  Là.  16,  296–301  (2008).
et  des  perfusions.  NR,  JMT  et  SI  ont  réalisé  l'histologie  et  l'analyse  microscopique.  NR  et  RP  ont  effectué  
56.  Château,  MJ,  Gershenson,  ZT,  Giles,  AR,  Holzbaur,  ELF  &  Wolfe,  JH
les  enregistrements  électrophysiologiques.  NR,  JMT  et  SI  ont  effectué  une  formation  et  des  tests  
Les  sérotypes  de  virus  adéno­associés  1,  8  et  9  partagent  des  mécanismes  conservés  
comportementaux.  NR  et  JMT  ont  programmé  le  paradigme  comportemental  et  les  codes  d'analyse.  OM  
pour  le  transport  axonal  antérograde  et  rétrograde.  Hum.  Gène  Ther.  25,  705–720  (2014).
et  SH  ont  fourni  des  conseils  et  un  soutien  technique  initial  ainsi  que  du  matériel.  OG  et  RP  ont  acquis  
57.  Hodos,  W.  Déficits  de  discrimination  des  couleurs  après  lésions  du  noyau  rotundus  chez  les  
le  financement.  NR  a  rédigé  le  brouillon  original  de  l'article.  RP  a  édité  le  papier.  Tous  les  auteurs  ont  
pigeons.  Comportement  cérébral.  Évol.  2,  185–200  (1969).
examiné  l'article.
58.  Churchland,  MM  &  Shenoy,  KV  Retard  de  mouvement  causé  par  la  perturbation  de  l'activité  
préparatoire  corticale.  J.  Neurophysiol.  97,  348­359  (2007).
59.  Rodgers,  CC  &  DeWeese,  MR  Corrélats  neuronaux  du  changement  de  tâche  dans Financement  
cortex  préfrontal  et  cortex  auditif  primaire  dans  une  nouvelle  tâche  de  sélection  de   Open  Access  activé  et  organisé  par  Projekt  DEAL.
stimulus  pour  les  rongeurs.  Neurone  82,  1157­1170  (2014).
60.  Gutnisky,  DA  &  Dragoi,  V.  Codage  adaptatif  des  informations  visuelles  dans  les  neurones
Intérêts  concurrents  Les  auteurs  
populations.  Nature  452,  220­224  (2008).
ne  déclarent  aucun  intérêt  concurrent.
61.  Smith,  PL  &  Ratcliff,  R.  Psychologie  et  neurobiologie  des  décisions  simples.
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62.  Licata,  AM  et  al.  Le  cortex  pariétal  postérieur  guide  les  décisions  visuelles  chez  le  rat.  J Informations  supplémentaires  Des  
Neurosci.  37,  4954–4966  (2017). informations  supplémentaires  sont  disponibles  pour  ce  document  à  l'  adresse  https://doi.org/10.1038/
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Libre  accès  Cet  article  est  sous  licence  Creative  Commons  Attribution  4.0  International,  qui  
Projections  intralencéphaliques  de  la  crête  ventriculaire  dorsale  visuelle  aviaire :  
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Neurol.  https://doi.org/10.1002/cne.24757  (2019).
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68.  Wang,  Y.,  Brzozowska­Prechtl,  A.  &  Karten,  HJ  Laminaire  et  colonnaire
apportées.  Les  images  ou  tout  autre  matériel  tiers  dans  cet  article  sont  inclus  dans  la  licence  Creative  Commons  
cortex  auditif  dans  le  cerveau  aviaire.  Proc.  Natl  Acad.  Sci.  États­Unis  107,  12676–12681  
de  l'article,  sauf  indication  contraire  dans  une  ligne  de  crédit  au  matériel.  Si  le  matériel  n'est  pas  inclus  dans  la  
(2010).
licence  Creative  Commons  de  l'article  et  que  votre  utilisation  prévue  n'est  pas  autorisée  par  la  réglementation  
69.  Roberts,  TF  et  al.  Identification  d'une  voie  motrice­auditive  importante
pour  l'apprentissage  vocal.  Nat.  Neurosci.  20,  978–986  (2017). légale  ou  dépasse  l'utilisation  autorisée,  vous  devrez  obtenir  l'autorisation  directement  du  détenteur  des  droits  

70.  Rook,  N.,  Letzner,  S.,  Packheiser,  J.,  Güntürkün,  O.  &  Beste,  C.  Empreintes  génétiques   d'auteur.  Pour  voir  une  copie  de  cette  licence,  visitez  http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/ .

précoces  immédiates  du  comportement  à  plusieurs  composants.  Sci.  Rep.  10,  384  
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©  Le(s)  auteur(s)  2021
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16 BIOLOGIE  DES  COMMUNICATIONS  |  (2021)  4:100  |  https://doi.org/10.1038/s42003­020­01595­9  |  www.nature.com/commsbio

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