RAPPELS ET BIOÉNERGÉTIQUE :

I) Organisation des voies métaboliques

Elles ont pour rôle de transformer les produits de la digestion, par exemple les mammifères
vont absorber glucides, lipides et protéines qui vont être transformés en glucose, acides gras,
glycérols et acides aminés. Certains ruminants peuvent assimiler la cellulose et l’utiliser car le
système de leur panse est particulier : la panse est un véritable fermenteur contenant des
bactéries qui fabriquent des enzymes cellulase, ces cellulases vont découper la cellulose en
unités D-Glucose. À l’inverse, les humains n’ont pas ce type de bactéries et ne peuvent
assimiler la cellulose, on parle de fibres alimentaires. Les termites ont également des bactéries
dans leur système digestif qui sécrètent des enzymes attaquant le bois.
Tous les produits de la digestion vont aboutir à l’acétyl CoA, cette molécule est un
carrefour métabolique.

1.1. Transformation des produits de la digestion

1.1.1. Métabolisme des glucides

Il est à 90% centré sur celui du glucose, qui en transformé soit en pyruvate, soit en lactate,
c’est un substrat exceptionnel que l’on peut utiliser en aérobie ou en anaérobie. Dans des
conditions aérobies, le glucose devient du pyruvate, puis de l’acétyl CoA, et sera dégradé en
énergie. Dans les conditions anaérobies, il devient du lactate. Le glucose peut aussi se
transformer en glycogène et constituer des réserves d’énergie. Il peut aussi rejoindre la voie
des pentoses phosphates qui produit un pouvoir réducteur sous forme de NADPH essentiel à
toutes les biosynthèses, et qui peut transformer le glucose en D-Ribose amenant à la synthèse
des acides nucléiques. On peut même repartir vers certains acides aminés avec le glucose.

1.1.2. Métabolisme des acides aminés

Ils sont essentiels pour la synthèse des protéines, on trouve deux catégories : les acides
aminés essentiels que l’on doit trouver dans l’alimentation et les acides aminés pouvant être
fabriqués à partir de précurseur. Les acides aminés sont les précurseurs des bases purines et
pyrimidines intervenant également dans la composition des acides nucléiques. Les acides
aminés sont également à la base de la biosynthèse de nombreuses hormones comme
l’adrénaline ou la tyroxine.

1.1.3. Métabolisme des lipides

Il s’agit essentiellement du métabolisme des acides gras. Ces acides gras proviennent des
lipides alimentaires (Triacylglycérols TAG) et d’acétyl CoA (besoin de NADPH). Si on
mange trop de lipides, on va obtenir beaucoup d’acides gras qui vont se stocker en acétyl
CoA, ce qui va saturer le cycle de Krebs. Cet excès d’acétyl CoA va refabriquer des acides
gras, qui vont se retrouver sous forme de tissus adipeux, et va rejoindre la voie des corps
cétoniques et donne de l’acétone. L’acétyl CoA en excès est également un précurseur du
cholestérol.
 1.2. Niveau d’organisation des voies métaboliques

1.2.1. Tissus et organes

Après la digestion, les acides aminés et le glucose vont prendre la veine porte hépatique
pour être dirigés vers le foie. Le foie exerce une fonction essentielle : le contrôle de la
concentration sanguine de la plupart des métabolites circulant dans notre organisme, par
exemple le maintien d’une concentration suffisante en glucose, vitale pour certain tissus où il
est un carburant indispensable (cerveau). D’autre part ce foie va synthétiser grâce aux acides
aminés la plupart des protéines plasmatiques (l’albumine) et désaminer les acides aminés pour
produire de l’urée, cette urée va être déversée dans le sang, véhiculée vers les reins et
expulsée.
Le muscle est également tributaire du glucose, c’est son carburant. Dans le muscle, le
glucose va pouvoir être stocké sous forme de glycogène musculaire qui pourra être utiliser
ultérieurement. Ce muscle synthétise ses protéines musculaires grâce aux acides aminés
véhiculés par le sang. Ce réservoir va libérer des acides aminés en cas de besoin.

1.2.2. Niveau sub-cellulaire (organites et compartiments)

Au niveau sub-cellulaire, la mitochondrie agit au niveau du carrefour de tous les

métabolismes et abrite les enzymes du cycle de Krebs, de la chaîne respiratoire, du complexe
ATP synthase, de la β-oxydation et de la formation de corps cétoniques.
Dans le cytosol se déroulent la biosynthèse des acides gras, la glycolyse et le cycle des
pentoses phosphates. Les molécules ont des masses, charges et solubilités différentes, et
doivent être transportées d’un compartiment à un autre et donc traverser des membranes : le
système des navettes moléculaires va intervenir pour le transport.

1.3. Régulation des voies métaboliques

1.3.1. État stationnaire

Les réactions ne fonctionnent jamais à l’équilibre parfait, en effet de par sa nature, au cours
du métabolisme, des molécules vont être fabriquées alors que d’autres vont être détruites, ce
qui implique des flux constants à travers les systèmes. La vitesse de destruction doit être
ajustée à la vitesse de synthèse ou d’ingestion. La concentration en molécule ne reflète pas
une inertie mais un état stationnaire dynamique.

1.3.2. Réactions régulatrices

On sait que seules une ou deux réactions sont contrôlées, en effet, le plus souvent les autres
réactions sont facilement réversibles. Très souvent, les réactions qui démarrent une séquence
sont irréversibles et fixent le débit des étapes suivantes. Parfois cette séquence est en fin de
cycle, on les appelle étapes limitantes.

1.3.3. Régulations allostériques et hormonales

Parfois, ces étapes limitantes irréversibles possèdent un ΔG0’ très négatif. Dans des
conditions physiologiques normales, ces étapes subissent des variations de vitesse
inexplicables par des considérations de cinétique enzymatique. Ces régulations allostériques
sont pilotées par un signal hormonal.
 1.3.3.1. Modifications covalentes

Certaines enzymes peuvent être phosphorylées et devenir actives. Ce système est piloté
grâce à une autre enzyme, très souvent mise en route par une hormone. Il y a également un
système de déphosphorylation.

1.3.3.2. Allostérie

Les enzymes concernées peuvent subir des variations de structure : leur configuration va
être changée par différents facteurs, ce qui modifier l’affinité du substrat pour l’enzyme. Par
exemple, une enzyme sous une forme tendue va prendre, sous l’influence d’une hormone, une
conformation relâchée qui va permettre la fixation du substrat, on appelle ce système
transition allostérique. Les enzymes répondant aux transitions allostériques sont dites
régulées, c’est le cas de la PFK1 (phosphofructokinase) au niveau de la glycolyse.

1.3.3.3. Concentration des enzymes

La concentration des enzymes va dépendre des vitesses qui régulent la transcription au

niveau des gènes codants et la traduction. Ces systèmes sont soumis à des régulations comme
des messages hormonaux. Des variations significatives en concentrations d’enzymes ne
peuvent apparaître qu’après un certain temps de latence, c’est donc un système à long terme.

1.3.4. Enzymes bifonctionnelles

Sur une même protéine, on peut avoir un côté action (phosphorylation) et un côté action
antagoniste (déphosphorylation). On les appelle aussi enzymes tandems. Ces enzymes
catalysent des cycles de substrats, les régulations sont donc très rapides et ces cycles pilotent
des amplifications métaboliques, les vitesses peuvent être augmentées 50 fois.

II) Bioénergétique

2.1. Rappels

Ce sont nos aliments qui constituent les carburants à partir desquels l’organisme aura sa
réserve d’énergie nécessaire. Ces systèmes sont conformes avec les lois de la
thermodynamique.
A + B ←→ C + D
ΔG’ = ΔG0’ = RT ln K’eq
ΔG’ : variation d’enthalpie libre, conditions physiologiques
ΔG0’ : idem, mais dans les conditions standard.

On définit des réactions exergoniques (ΔG’ inférieur à 0) et endergoniques (ΔG’ supérieur

à 0) qui se couplent. Lors du couplage, il y a intervention d’un intermédiaire commun,
généralement phosphorylé.
Des réactions exergoniques vont par exemple phosphoryler un composer et lui fournir de
l’énergie, ce composé va intervenir dans des réactions endergoniques pour faire fonctionner la
biosynthèse, les contractions, le système nerveux, le transport actif.
 2.2. Composés phosphorylés : l’ATP

L’ATP est un métabolite essentiel, présent dans toutes les cellules, on définit pour chaque
cellule sa charge énergétique, elle est définie par :
Charge énergétique =
[ ATP ] + 1/2[ ADP ]
[ ATP ] + [ ADP ] + [ AMP ]
C’est la fraction molaire du pool adénylate qui est représenté par l’ATP ou tout autre
molécule riche en énergie.
Dans une cellule, la charge énergétique varie de 0 à 1 (tout sous forme d’ATP). Dans la
réalité, la charge est d’environ !0,9 pour une cellule normale. En effet, on sait que les voies
cataboliques (glycolyse, etc…) qui ont tendance à fabriquer de l’ATP sont inhibées par des
charges énergétiques élevées, et que les voies anaboliques (qui utilisent de l’ATP) sont
stimulées quand les charges énergétiques seront élevées.

liaison ester-phosphorique

liaison anhydride phosphorique

ou pyrophosphate

phosphate
terminal
γ β α

Des H+ complètent les O- des phosphates.

ATP + H2O → ADP + Pi (phosphate inorganique)

 Les charges négatives portées par les oxygènes se repoussent et la molécule est prête à
éclater. L’eau va rompre la liaison pyrophosphate entre β et γ, liaison la plus riche en
énergie. On a donc un ΔG0’ = − 30, 5 kJ/mol.
 Il y a également un phénomène de solvatation, les produit d’hydrolyse de l’ATP sont
mieux solvatés donc plus stables que l’ATP lui-même, ce qui explique également la
valeur élevée du ΔG0’.

ADP + H2O → AMP + Pi

 On a ΔG0’ = − 30, 5 kJ/mol.

AMP + H2O → Adénosine + Pi

 On a ΔG0’ = − 14 kJ/mol.

Il arrive que : ATP + H2O → AMP + PPi avec ΔG0’ = − 30, 5 kJ/mol et PPi → 2 Pi (même
ΔG0’), ce qui donne une molécule très énergétique.
Une liaison riche en énergie est une liaison dont la rupture donne un ΔG0’ inférieur ou égal
à − 30, 5 kJ/mol. Dès qu’une molécule d’ATP intervient dans une réaction, on a toujours du
magnésium pour la stabiliser.
 On peut aussi avoir un cycle de l’ATP :

2 ADP ←→ ATP + AMP catalysé par adényl kinase (myokinase)

Pi
PPi
Pi
ATP
ATP
AMP
ADP

ADP

On va assister à un déplacement nucléophile aliqué.

O- O-
-
R—O
R’— R’—O—P—O—R —R

O- + + R’—O-

Exemple : biosynthèse de la glutamine, catalysée par la glutamine synthase.

 2.2.1. Cas des phosphagènes

Ce sont des molécules de réserves très énergétiques, l’une d’entre elles est très
intéressante : la phosphocréatine, avec un ΔG0’ = − 41 kJ/mol.

On a une réserve et on refabrique de l’ATP. Ce système peut fonctionner dans une voie
anaérobie alactique. C’est une séquence qui produit une quantité d’énergie importante de
manière très brève.

2.2.2. Durée de vie de l’ATP

Un individu au repos en consomme (et régénère) 3 moles par heure. Dans le cas d’un
exercice physique intense, la quantité peut quintupler. Le système nerveux régénère très
rapidement son stock d’ATP, dans le cerveau la majorité de l’ATP provient du système de
phosphorylation oxydative, c’est pourquoi le cerveau est sensible à la privation d’oxygène. Ce
besoin explique la mort brutale au cyanure car le cyanure bloque totalement le complexe IV
de la chaîne respiratoire.

2.2.3. Problème du phosphore

Dans nos cellules, le phosphore apparaît sous forme inorganique (Pi ou PPi). Ce phosphore
s’oppose au phosphate organique que l’on trouve dans les nucléotides, acides nucléiques,
etc… Dans les cellules, il y a d’importants va-et-vient entre les phosphores organiques et les
phosphores inorganiques véhiculés par l’ATP.
Dans l’environnement, les cellules de tous les êtres vivants puisent leur phosphore lorsqu’il
est sous l’état de Pi. Seulement ce qui est phosphore s’accumule dans les cours d’eaux, ce qui
cause une prolifération excessive de microorganismes qui appauvrissent l’eau en oxygène, ce
qui a pour conséquence une mortalité chez les poissons et la prolifération d’algues (mangées
normalement par les poissons).
 2.3. Les oxydations biologiques

Plusieurs oxydations biologiques s’effectuent sans présence d’oxygène (déshydrogénation).

La majorité des espèces supérieures a besoin d’oxygène pour vivre.

2.3.1. Déshydrogénases

Ce sont des enzymes qui fonctionnent dans des processus d’oxydoréduction et qui
fonctionnent toujours avec un coenzyme comme le NAD.

AH + NAD+ → A + NADH + H+ (catalysé par DH)

Transport stéréospécifique des H+ :

Ethanol → Acétaldéhyde + NADH + H+ catalysé par ADH (alcool déshydrogénase)

Dans l’autre sens, catalysée par NAD+.

L’ADH est une enzyme stéréospécifique.

2.3.2. Oxygène et ses sous-produits

L’oxygène peut être un poison : des individus exposés à des concentrations trop élevées en
oxygène peuvent présenter des troubles sévères. L’oxygène moléculaire O2 peut capter un
électron et devenir un radical superoxyde O2-, puis avec 2 H+ on obtient un radical peroxyde
H2O2. Malgré la brièveté de leur existence, ces molécules toxiques peuvent endommager des
cellules et prélevant des électrons au niveau des molécules qui les entourent, comme les
acides gras polyinsaturés (au niveau des membranes).
Les radicaux libres peuvent aussi attaquer les chromosomes. Pour se protéger, on a la
vitamine E, les caroténoïdes, le glutathion.
En ce qui concerne le radical peroxyde, c’est le système SOD (super oxyde dismutase) qui
intervient.
O2- + O2- + 2 H+ → O2 + H2O2 (SOD)
H2O2 + H2O2 → O2 + 2 H2O (catalase)

Les polynucléaires neutrophiles piègent les bactéries, des enzymes spécialisées qui
fabriquent des peroxydes pour tuer les bactéries.