Master 2

Internship proposal
nd
2 semester of Master2
Year 2023-2024

Team: Biophotonics of the molecular and cellular interactions

Unit: Laboratory of Bioimaging and Pathologies (LBP) – UMR 7021
Adress: Faculty of Pharmacy, 74 route du Rhin, Illkirch-Graffenstaden
Team’s website: https://lbp.unistra.fr/equipes-de-recherche/biophotonique-des-interactions-
moleculaires-et-cellulaires
Attached doctoral school: ED 414

Internship title: Synthesis of fluorescent cyclic dinucleotide for cellular imaging

Abstract: When faced with a pathogen, organisms defend themselves via two components of the
immune system: innate and adaptive immunity. Numerous studies have been carried out to better
understand the mechanisms of the innate immune response. It have led to the identification of
cyclic GMP-AMP synthase (cGAS), which enables the production of a cyclic dinucleotide (CDN)
and controls the activation of the immune response via the activation of the adaptor protein STING
(stimulator of interferon genes).1 Recently, two cGAS-like receptors (cGLRs) have been identified
in Drosophila melanogaster.2 In order to better understand the role of cGLRs and CDNs in the
control of infection and inflammation, tools for monitoring the distribution of CDNs in cells are
mandatory.
The aim of the internship, based on the previous results of our team specialized in the synthesis
of isomorphic fluorescent nucleosides,3 is to synthesize an isomorphic fluorescent CDN for cell
imaging in Drosophila.

Keywords : multi-step organic synthesis, fluorescente probes

Required skills for the candidate : the candidate must show strong motivation for teamwork, a strong
interest for the chemistry/biology interface and good knowledge of organic synthesis. Some knowledge in
fluorescence will be appreciated but is not mandatory.

Contact : Dr A. Bourderioux (bourderioux@unistra.fr) (CV et letter of motivation)

1
Sun, L., Wu, J., Du, F., Chen, X. & Chen, Z. J. Cyclic GMP-AMP Synthase Is a Cytosolic DNA Sensor That Activates the Type I Interferon
Pathway. Science 339, 786–791 (2013).
2
a) Slavik, K. M. et al. cGAS-like receptors sense RNA and control 3′2′-cGAMP signalling in Drosophila. Nature 597, 109–113 (2021). b)
Holleufer, A. et al. Two cGAS-like receptors induce antiviral immunity in Drosophila. Nature 597, 114–118 (2021).
3
a) Sholokh, M. et al. Tautomers of a Fluorescent G Surrogate and Their Distinct Photophysics Provide Additional Information Channels.
Angew. Chem. Int. Ed. 55, 7974–7978 (2016). 13) Martinez-Fernandez, L. et al. Excited-State Dynamics of Thienoguanosine, an Isomorphic
Highly Fluorescent Analogue of Guanosine. Chem. Eur. J. 25, 7375–7386 (2019). 14) Kuchlyan, J. et al. What Makes Thienoguanosine an
Outstanding Fluorescent DNA Probe? J. Am. Chem. Soc. 142, 16999–17014 (2020). 15) Dziuba, D. et al. Fundamental photophysics of
isomorphic and expanded fluorescent nucleoside analogues. Chem. Soc. Rev. 50, 7062–7107 (2021). 16) Grytsyk, N. et al. Thienoguanosine, a
unique non-perturbing reporter for investigating rotational dynamics of DNA duplexes and theircomplexes with proteins. International Journal
of Biological Macromolecules 213, 210–225 (2022).
 Master 2

Proposition de sujet de stage

2ème semestre du M2
Année universitaire 2023-2024

Équipe : Biophotonique des Interactions Moléculaires et Cellulaires

Unité : Laboratoire de Bioimagerie et Pathologies (LBP) – UMR 7021
Adresse : Faculté de Pharmacie, 74 route du Rhin, Illkirch-Graffenstaden
Site internet de l’équipe d’accueil : https://lbp.unistra.fr/equipes-de-recherche/biophotonique-
des-interactions-moleculaires-et-cellulaires
École doctorale de rattachement de l’équipe d’accueil : ED 414

Titre du stage : Synthèse d’un dinucléotide cyclique fluorescent pour l’imagerie cellulaire

Résumé : Face à un agent pathogène, les organismes se défendent via deux composantes du
système immunitaire : l’immunité innée et l’immunité adaptative. De nombreuses études ont été
menées pour mieux comprendre les mécanismes de la réponse immunitaire innée et ont conduit
à l’identification de la synthase de GMP-AMP cyclique (cGAS), qui permet la production d’un
dinucléotide cyclique (CDN) et contrôle l’activation de la réponse immunitaire via l’activation de la
protéine adaptatrice STING (stimulateur des gènes de l’interféron).1 Récemment, deux récepteurs
cGAS-like (cGLRs) ont été identifiés chez Drosophila melanogaster.2 Afin de mieux appréhender
le rôle des cGLRs et des CDNs dans le contrôle des infections et de l’inflammation, il apparaît
essentiel de disposer d’outils permettant de suivre la distribution des CDNs dans les cellules.
L’objectif du stage, en s’appuyant sur les résultats antérieurs de notre équipe spécialisée dans la
synthèse de nucléosides fluorescents isomorphes,3 est de synthétiser un CDN fluorescent
isomorphe pour l’imagerie cellulaire chez la drosophile.

Mots-clés : synthèse organique multi-étapes, sondes fluorescentes

Qualités – compétences recherchées pour le candidat : Le (la) candidat(e) doit avoir une forte
motivation pour le travail en équipe, un goût pour l’interface chimie/biologie et de bonnes connaissances
en synthèse organique. Des connaissances en fluorescence seront appréciées mais ne sont pas
indispensables.

Contact : Dr A. Bourderioux (bourderioux@unistra.fr) (CV et lettre de motivation)

1
Sun, L., Wu, J., Du, F., Chen, X. & Chen, Z. J. Cyclic GMP-AMP Synthase Is a Cytosolic DNA Sensor That Activates the Type I Interferon
Pathway. Science 339, 786–791 (2013).
2
a) Slavik, K. M. et al. cGAS-like receptors sense RNA and control 3′2′-cGAMP signalling in Drosophila. Nature 597, 109–113 (2021). b)
Holleufer, A. et al. Two cGAS-like receptors induce antiviral immunity in Drosophila. Nature 597, 114–118 (2021).
3
a) Sholokh, M. et al. Tautomers of a Fluorescent G Surrogate and Their Distinct Photophysics Provide Additional Information Channels.
Angew. Chem. Int. Ed. 55, 7974–7978 (2016). 13) Martinez-Fernandez, L. et al. Excited-State Dynamics of Thienoguanosine, an Isomorphic
Highly Fluorescent Analogue of Guanosine. Chem. Eur. J. 25, 7375–7386 (2019). 14) Kuchlyan, J. et al. What Makes Thienoguanosine an
Outstanding Fluorescent DNA Probe? J. Am. Chem. Soc. 142, 16999–17014 (2020). 15) Dziuba, D. et al. Fundamental photophysics of
isomorphic and expanded fluorescent nucleoside analogues. Chem. Soc. Rev. 50, 7062–7107 (2021). 16) Grytsyk, N. et al. Thienoguanosine, a
unique non-perturbing reporter for investigating rotational dynamics of DNA duplexes and theircomplexes with proteins. International Journal
of Biological Macromolecules 213, 210–225 (2022).