Soutenance de thèse pour l’obtention du grade de

Docteur de l’Institut National Polytechnique de Grenoble

Méthodes de recalage scanner/échographie.

Application à la navigation chirurgicale
des ponctions rénales percutanées 

Antoine LEROY
Le 10 novembre 2004

Devant un jury composé de :

M. Augustin Lux , Président

M. David Hawkes , Rapporteur
M. Serge Miguet , Rapporteur
Mme Jocelyne Troccaz , Directeur de thèse
M. Yohan Payan , Co-encadrant
M. Emmanuel Chartier-Kastler , Examinateur

Thèse préparée au sein du laboratoire TIMC-GMCAO 1

sous la direction de J. Troccaz et Y. Payan
Introduction
• Gestes Médico-Chirurgicaux Assistés par Ordinateur :
pour le chirurgien et le patient

• Un domaine en éveil :
la chirurgie des tissus mous assistée par ordinateur

• La Ponction Rénale Percutanée

comme premier terrain d’exploration

• Coopérations :
• PRAXIM
• Centre Hospitalier Pitié Salpêtrière
• Laboratoire d’Anatomie de Grenoble
2
Sommaire

 Partie 1
Introduction à la Ponction Rénale
Percutanée
 Partie 2
Navigation de la Ponction Rénale
Percutanée
 Partie 3
Recalage iconique scanner/échographie

3
Partie 1

 Introduction à la PRP
 Anatomie du rein
 NéphroLithotomie PerCutanée (NLPC)
 Imagerie: scanner et échographie
 Apport des GMCAO
 Travaux similaires

4
1 - Anatomie du rein

Localisation et orientation :
• Rétropéritonéal
• Espace lombaire

Accès postérieur :
• Rapports musculaires
• Rapports osseux

Organe à mobilité prédictible

• Mouvement crânio-caudal
5
avec la respiration : 4cm [Schwartz’94]
1 - Anatomie du rein

Structure interne : Accès pour la ponction :

• Parenchyme, capsule • Par papille rénale
• Calices, pyramides • Eviter les artères

12cm

6
5mm
1 - NéphroLithotomie PerCutanée (NLPC)

Extraction des calculs

Matériel d’imagerie :
• Fluoroscope
• Néphroscope
• Echographe

7
1 - NéphroLithotomie PerCutanée (NLPC)
• Une aiguille de ponction : 200 x 1.1mm

• Décubitus ventral et respirateur

• Guidage échographique
Contrôle fluoroscopique

• Limites de l’imagerie
per-opératoire 2D 8
1 – Imagerie : scanner et échographie

Protocole de routine pour scanner rénal :

• Acquisitions précoce et tardive
• Protocole « coupes fines » sur multibarrette
• Dose radiologique faible

9
1 – Imagerie : scanner et échographie

Coupe échographique antérieure du rein droit :

• Rein, foie, muscles, graisse…
• Capsules échogènes, ombre du côlon

Basse qualité des images échographiques :

• Bruit speckle  « neige »
• Vitesse variable  distorsions

10
1 - Apport des GMCAO

Proposer au chirurgien une trajectoire optimale,

et lui donner les moyens de la suivre,
par une fusion des données scanner et échographiques.

Méthodologie GMCAO
• Planification pré-opératoire sur le scanner
• Recalage per-opératoire via l’échographie
• Guidage du geste sous localisation optique

PRE-OP Planification Recalage Guidage PER-OP

11
1 - Apport des GMCAO

Obstacles cliniques et scientifiques

• Taille réduite de la cible
• Structures nobles internes ou externes
• Mobilité/Déformation de l’organe
• Souplesse de l’aiguille de ponction
• Traitement informatique de l’échographie
• Respect des protocoles cliniques

Choix et hypothèses de travail

• Fenêtre échographique antérieure
• Recalage basé sur la surface du rein
• Rein supposé indéformable
• Reproductibilité de la position du rein en apnée
12
1 - Qualité du repositionnement du rein

Replacement normal du rein au cours d'une

inspiration

20
18
16 Moyenne
Mesure (mm ou deg)

14
12 GG'
4mm sans assistance
10
8
PP'
alpha
respiratoire
6
4
2
0
[Schwartz’94]
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 3mm sous IRM
13
Sujet
et respirateur
 Baltimore - PAKY
[Stoianovici’97]
1 - Travaux similaires
Osaka - Breast cancer surgery
[Sato’98]

Londres - Liver RF surgery Grenoble - CASPER

[Blackall’02] [Chavanon’03]

14
Partie 2

 Navigation de la PRP
 Planificationpré-opératoire
 Acquisition échographique
 Recalage scanner/échographie
 Guidage du geste de ponction

15
2 - Planification pré-opératoire
• Coupes scanner haute qualité. Choix (Source,Cible)
voxel=0.6x0.6x1.25 mm3
• Segmentation scanner :
surface, cavités, os, peau
• Fusion scanner précoce/tardif
par distance de chanfrein Analyze®

16
2 - Acquisition échographique

Dispositif d’acquisition pour l’échographie 2.5D

Localisateur

17
2 - Acquisition échographique

Principes de l’échographie 2.5D :

• Calibrage
• Localisation
• Reconstruction
• Erreur  1mm

18
2 - Recalage scanner/échographie
• Recalage rigide 6D
T(p)  Tx  Ty  Tz  Rx  Ry  Rz
• Minimisation de l’énergie

 
Mp
~ .2
E(p)  d T(p)  qi 
i 1

• Par Levenberg-Marquardt
H(pk)  k  I  k  g(pk)

• Pré-recalage (« Initial Attitude », IA)

par mise en correspondance
de repères anatomiques [Arun’87] 19
2 - Recalage scanner/échographie

Evaluation du recalage 3D/3D : robustesse

Comparaison à la position optimale :

- m Distance moyenne des modèles 3D
- G Distance des centroïdes
- a Ecart angulaire des grands axes

m G a
IA 9.4 mm ± 2.1 7.1 mm 9.2°
3s
Match 1.5 mm ± 0.8 1.7 mm 4.2°

20
Précision globale donnée par les tests de ponction.
2 - Guidage du geste de ponction

Calibrage de l’aiguille Interface 2D/3D

Journal

21
2 - Guidage du geste de ponction
• Test sur fantôme abdominal :
6 aiguilles

• Test sur rein isolé :

4 aiguilles

Pre-op Post-op
calibrage / segmentation / recalage / guidage

4.7mm  courbure de l’aiguille

3.0mm  réaction du rein

22
2 - Conclusion
• Protocoles d’acquisition établis
• Sources d’erreur détectées et quantifiées
• Ponctions réussies sur fantôme et pièce anatomique
• Problèmes liés à la localisation optique
• Visibilité
• Courbure de l’aiguille
 Localisation magnétique
• Segmentations inenvisageables en routine clinique
• Long et fastidieux
• Mauvaise reproductibilité inter/intra opérateur
 Chercher une méthode de fusion
scanner/échographie minimisant ou
supprimant l’interaction avec l’utilisateur 23
Partie 3

 Recalage iconique CT/US

 Présentation du recalage iconique
 Prétraitements des images
 Choix d’une mesure de similarité
 Choix d’une méthode de minimisation
 Expériences et résultats

24
3 - Présentation du recalage iconique

Fusion de deux ensembles de voxels

par l’optimisation de la similarité des niveaux de gris.

Etat de l’art
• Premiers travaux
Woods93, Viola95, Wells96, Studholme96, Maes97
• Comparaison des mesures de similarité
Studholme97, Roche98, Nikou98, Sarrut99,
Jenkinson01, Masumoto02
• Comparaison des algorithmes d’optimisation
Maes99, Jenkinson01
• Recalages échographiques
Roche00, Blackall02, Shekhar02, Brooks03, Penney04
25
3 - Présentation du recalage iconique

Une publication de référence : [Penney’04]

Registration of freehand 3D ultrasound and magnetic resonance liver images,
Penney et al., Medical Image Analysis 8 (2004) 81-91

• Recalage iconique échographie 2.5D / IRM du foie

• Hypothèse de rigidité
• Prise en compte du cycle respiratoire
• Prétraitement des images d’après leur contenu
• Optimisation itérative non-dérivative,
adaptations de l’algorithme
• Pré-recalage par correspondance anatomique
• Comparaison des résultats à un recalage 3D/3D
impraticable en routine clinique
 Vers le recalage iconique non-rigide pour l’ablation
de tumeurs par radiofréquence. 26
3 - Présentation du recalage iconique
• Deux volumes V1 (base) et V2 (match)
• Choix d’une Attitude Initiale : IA
• Choix d’une mesure de similarité : µ(V1,V2)
• Choix d’une région d’intérêt : ROI
• Choix d’une méthode d’optimisation pour T

T
Algorithme final :
T = IA ; T = 0
Faire
T = T + T
Evaluer E = µ(V1,V2) dans ROI
Mettre à jour T
Tant que
E n’est pas minimale 27
3 - Prétraitements des images

Initialement, nous avons :

28
3 - Prétraitements des images

Scanner :
• Débruitage par filtre médian
• Rehaussement des contours par filtre de Sobel

29
3 - Prétraitements des images
Echographie : Suppression du bruit speckle

• Médian et Crimmins
égalisent peu à peu
les niveaux de gris

• Le filtre Sticks
conserve les 30
frontières échogènes
3 - Prétraitements des images

Echographie : Suppression des ombres acoustiques

• Le profil (lissé) d’une ombre est très bien corrélé
avec une exponentielle décroissante
= 0.98 = 0.18

31
3 - Prétraitements des images

Finalement, nous comparons :

32
3 - Choix d’une mesure de similarité
• Les mesures statistiques :
Information Mutuelle Normalisée (NMI)

NMI(A, B) 
 a
pa log(pa)  b
pb log(pb)

 ab
pab log(pab)
• Les mesures fonctionnelles :
Rapport de Corrélation (CR)
CR(B A)  1  1
N ² N²
i
i i

• Mesure de la dispersion
des couples de niveaux de gris 33
3 - Choix d’une mesure de similarité
• Le CR est plus rapide à calculer
• Il présente un minimum global non-ambigu
• Il a un profil plus lisse :
Il présente moins de minima locaux
Il est plus adapté aux approches multi-résolution
Il convient mieux à l’optimisation de Powell-Brent

CR NMI

34
3 - Choix d’une méthode de minimisation

• Pas d’expression pour CR/Xi

• Méthode non-dérivative de Powell-Brent

Powell 6D
itération n°k :
pour chaque degré de liberté
recherche d’un minimum en 1D
poursuite à partir de ce point

Brent 1D
Dans un intervalle [a;b]
Jusqu’à trouver un minimum
ajuster une parabole sur la courbe
35
3 - Choix d’une méthode de minimisation

• Repère aligné sur l’axe de symétrie du rein

Ordre des ddl : {Tx,Ty,Rz,Tz,Rx,Ry}[Maes’99]
• Restriction de l’intervalle I
de recherche à chaque itération :
Ik+1 = Ik / G , où G=1.618
• Normalisation de la descente à chaque itération
• Limitation des recherches à I0
• Pré-recherche systématique en 1D avant la recherche
parabolique de Brent.

36
3 - Expériences et résultats
• Matériel et méthodes

• 1 ensemble de données
• 5 images écho choisies parmi 100

• Série n°1 : IA fixe, on change les 5 images.

• Série n°2 : 5 mêmes images, on change l’IA.

• Comparaison au recalage 3D/3D :

- m Distance moyenne des modèles 3D
- G Distance des centroïdes
- a Ecart angulaire des grands axes
37
3 - Expériences et résultats
m G a
IA n°1 12.3 mm ± 2.6 9.6 mm 9.0°
1min30s
Match n°1 5.6 mm ± 2.1 2.7 mm 4.1°

38
3 - Expériences et résultats [Penney’04]
m = 2.3 à 5.5mm sur 5 volontaires

39
3 - Conclusion
• Recalage iconique CT/US mis au point :
choix de prétraitements,
choix d’une fonction d’énergie,
choix et adaptation d’un algorithme d’optimisation
• Fixés manuellement :
IA, choix des coupes, ROI, espace de recherche
• Essais réussis
sur 1 jeu de données ; dans certaines conditions
 Pas de conclusions définitives
• Limites cliniques :
fenêtre antérieure ; patient échogène
• A explorer :
collaboration segmentation/recalage
40
Conclusion
• Une étude de faisabilité
pour un système GMCAO d’aide à la PRP.
• Protocole en 3 étapes
• Validation sur cibles statiques.

• Points clefs :
recalage automatique, mobilité et déformation
• Etudes engagées :
recalage iconique, localisation magnétique
• Etudes futures :
recalage iconique,
localisation magnétique,
modélisation et suivi des mouvements,
échographie 3D,
application à d’autres problématiques cliniques. 41


* FIN42
43
Force sur l’aiguille dans le foie à 3mm/s : 1N
[Simone02,Kataoka02,Abolhassani04]

Ecart provoqué par la courbure de l’aiguille dans les

tissus : quelques petits millimètres

Ecart provoqué par la courbure de l’aiguille hors

tissus : autour de 10mm

44
 Pre-op Post-op
calibrage / segmentation / recalage / guidage

4.7mm  courbure de l’aiguille

3.0mm  réaction du rein

• Positions de la cible : Résultats

Fantôme Rein
Pi - Scanner pré-opératoire
Pf - Scanner post-opératoire Pf  Pv 2.1mm
Pv - Journal Pi  Pv 4.3mm 2 à 3mm
Pi  Pf 4.7mm

45
Les transformations en jeu
 Soient
Pe(u,v,1) un pixel dans une image Ii
Ps(U,V,W,1) son voxel correspondant dans le CT
C la transformation de calibrage
Li la transformation de localisation de Ii
S la transformation d’échelle du CT
Tk est la k-ième transformation de recalage calculée
 Eh bien
Ps = S · Tk-1 · Li · C · Pe
 Or T0 = IA, donc on optimisera k tel que
Tk = IA · k
|| k || << || IA ||
46
Définir une attitude initiale
 Arun : 3 points US // 3 points CT

 Evaluation : ???
RMS Arun - Pie rre Ecarts translation et inclinaison - Pierre

25 40 0,6

35
0,5
20
30
0,4
15 25
Emean TRANS
20 0,3
Emax INCLIN
10
15
0,2
10
5
0,1
5

0 0 0
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22

47
Corrélation échographique
 Théorie

 Profil

48
49
Résultats recalage iconique

 IA n°1 : 12.3mm2.6 ; 9.6mm ; 9.0°

 En gros : 1mm à 6mm d’erreur en cas de succès.
Ici 2 échecs indiscutables : n°13 et n°17.
50