CONSERVATOIRE NATIONAL DES ARTS & METIERS PARIS MEMOIRE prsent en vue dobtenir le DIPLOME DINGENIEUR CNAM en MECANIQUE

option AERODYNAMIQUE par CASTELNEAU Julien

DEFINITION DU VOLUME DES FOSSES NASALES EN VUE DE LA SIMULATION NUMERIQUE

Les travaux relatifs au prsent mmoire ont t effectus au sein du laboratoire de la chaire darodynamique du Conservatoire National des Arts et Mtiers St Cyr lEcole sous la direction du Professeur Francis CHOMETON 1

Avant tout je voudrais remercier mes collgues de la chaire darodynamique du CNAM, M. F. Chometon, Professeur des Universits M. J. Laurent, Matre de Confrence, ainsi que M. E. Aissaoui, technicien de recherche et de formation.

Dautre part, je tiens remercier nos partenaires du Nouvel Hpital Paris Sud et tout particulirement le Docteur D. Ebbo, chirurgien ORL, ainsi que M. XX, oprateur radio. Sans oublier le docteur S. Liwarek, la fois chirurgien ORL et thsard au sein de la chaire.

Mes remerciements vont galement nos partenaires de lINRIA, membres du projet REO, savoir MM. C. Grandmont, charg de recherche INRIA, M. L. Baffico, Maitre de Confrence au laboratoire de Mathmatiques N.Oresme, universit de Caen, et M. J.F. Gerbeau, Directeur de recherche INRIA.

Tous ces partenariats mauront beaucoup appris aussi bien sur le plan humain quintellectuel.

TABLE DES MATIERES

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Chapitre 1 : Les Fosses Nasales Prsentation & Moyens dtudes 1. Les fosses nasales : Anatomie & Physiologie __________________________________10 1.1 Les Cornets __________________________________________________________11 1.2 Les sinus _____________________________________________________________12 2. Examens cliniques _______________________________________________________13 2.1 Explorations rhinologiques fonctionnelles ___________________________________13 a. b. c.
Rhinomtrie Acoustique ______________________________________________13 Rhinomanomtrie Active Antrieure (RAA) _______________________________17 Matriel & mthode _________________________________________________19

2.2 Imagerie mdicale _____________________________________________________20 a. b. c. d.

Tomographie : Dfinition & Principe : ___________________________________21 Tomodensitomtrie : Dfinition ________________________________________21 Principe de fonctionnement ___________________________________________24 Format des scanners _________________________________________________29

Chapitre 2 : Etude Bibliographique 1. Etude Bibliographique ____________________________________________________32 2. Moyens dtudes _________________________________________________________36

2.1 Strolithographie : Principe __________________________________________________36

2.2 La PIV (Particle Image Velocimetry) ___________________________________________38

3. Elasticit des parois des fosses nasales _______________________________________39 4.Ecoulement en conduite : Approche globale ___________________________________41
4.1 Dfinition du domaine :_________________________________________________42

4.2 Mise en vidence de la perte de charge : Cas gnral __________________________45 4.3 Cas particulier : lexpiration ____________________________________________46 4.4 Cas particulier : linspiration ________________________________________________48

Chapitre 3 : Cration du Volume Nasal De lexamen clinique au maillage surfacique 1. Introduction ____________________________________________________________52 2. Acquisition des scanners tomodensitomtriques ________________________________54
2.1 Examens cliniques _____________________________________________________54

a. b.

La tomodensitomtrie _______________________________________________55 Les examens fonctionnels _____________________________________________56

2.2 Rcupration des donnes tomodensitomtriques ______________________________57 a. b.

La fonction dicominfo _______________________________________________57 Les fonctions dicomread et imshow ____________________________________________58

3. Seuillage des scanners ____________________________________________________61

3.1 Principe : __________________________________________________________________61 3.2 Problme : _________________________________________________________________61

4. Modification des images seuilles : __________________________________________64

4.1 Principe : __________________________________________________________________66 4.2 Traitement particulier : la narine : _____________________________________________67

5. Extraction des contours : __________________________________________________69

5.1 Principe : __________________________________________________________________70

5.2 La fonction bwtraceboundary : ________________________________________________70

6. Lissage 2D des contours :__________________________________________________72

6.1 Interpolation: Principe _______________________________________________________75

7. Rpartition des points caractristiques________________________________________77

7.1 Problmatique : _____________________________________________________________77 7.2 Principe : __________________________________________________________________78
a.

Dlimitation des narines ______________________________________________78 Caractrisation des lments des fosses nasales __________________________________80

b.

8. Traitement du volume brut _______________________________________________86

8.1 Lissage des coupes par filtrage spatial : _________________________________________86
a.

Principe gnral : ___________________________________________________86 Cas particulier : Application aux fosses nasales __________________________________87

b.

8.2 Interpolation : cration de coupes intermdiaires _________________________________92

a.

Mthode : ____________________________________________________________________92

9. Le Maillage Surfacique ___________________________________________________95

9.1 Triangulation de Delaunay : Principe ___________________________________________95
a.

Dfinition : ________________________________________________________95 Dfinition mathmatique : _____________________________________________________96

b.

9.2 Triangulation de Delaunay : Matlab ____________________________________________98

a.

Application au cas trait : ______________________________________________________98

Chapitre 4 : Collaboration avec lINRIA la simulation numrique 1. Adaptation du maillage aux logiciels INRIA__________________________________104
1.1 Le format .mesh ___________________________________________________________104

2. La mthode des lments finis _____________________________________________108

2.1 Principe __________________________________________________________________109

Conclusion ______________________________________________________________110 Bibliographie_____________________________________________________________113 Annexes _________________________________________________________________119 Annexe 1 : Scanner General Electrics modle GE lightspeed pro 16 ______________120 Annexe 2 : Architecture du logiciel RQle ____________________________________124

Introduction

Introduction

Le corps humain, de par sa composition (70% deau) et sa gomtrie particulire, est le sige dun grand nombre dcoulements complexes aussi bien liquides que gazeux. Bien videmment, lcoulement du sang dans les veines et les artres constitue une part importante de ces coulements, nanmoins un autre fluide y joue un rle majeur ; lair. En effet, les voies respiratoires infrieures (organes pulmonaires,) et suprieures (fosses nasales, cavit buccale,) abritent des phnomnes mcaniques complexes dinteractions entre lair et son milieu quil soit liquide (mucus,) ou solide (cartilages, os,). Ce rapport ne traite que des coulements ariens au sein des fosses nasales. Celles-ci jouent bien sur un rle primordial dans la respiration. Elles sont linterface entre le monde extrieur et les organes et permettent lair dtre conduit de lun lautre. Elles participent aussi au conditionnement de lair inspir, par la rgulation de sa temprature et du taux dhumidit. Dautre part elles ont une fonction sensorielle essentielle puisque cest lorgane sige de lolfaction. Les cavits nasales ont donc plusieurs fonctions essentielles et distinctes. A lorigine de ce travail, un partenariat sest form entre les services dORL et de Radiologie de lhpital St Michel (Paris) et le laboratoire dArodynamique du Conservatoire National des Arts et Mtiers (Paris) au sein dun programme de recherche concernant ltude de larodynamique des fosses nasales humaines, Ebbo et al, [3], 2003. Le principe de ltude tait deffectuer une simulation numrique de lcoulement dans les fosses nasales avant et aprs une septoplastie associe une turbinectomie infrieure. Or, il savre que les rsultats obtenus par simulation nont pas toujours t comparables avec les rsultats cliniques du fait, entre autre, de la mauvaise qualit du maillage dans certaines zones. Cest pourquoi, on se propose, au travers de cette tude, doptimiser et de contrler toutes les tapes de reconstruction du volume nasal. 7

Tout dabord, quelques rappels anatomiques et physiologiques des fosses nasales humaines permettront de mieux comprendre les enjeux de ce projet. Ensuite, on sintressera aux diffrentes techniques de mesures utilises en milieu hospitalier. Dans un second temps, une prsentation dun certain nombre dtudes rcentes permettra de nous situer et douvrir des pistes de rflexion pour la suite du projet. La troisime partie, la plus importante, traitera des tapes ncessaires lobtention dun volume raliste au travers dun cas concret, de lacquisition des donnes cliniques la cration dun maillage surfacique raliste laide dun logiciel, nomm RQle, dvelopp au sein du laboratoire darodynamique du CNAM. Suite lobtention de ce maillage, une simulation numrique des coulements ariens au sein des fosses nasales sera effectue. Ces calculs seront effectus laide dun code lments finis, LIFEV, dvelopp lINRIA dans le cadre du projet REO. Une comparaison des

examens cliniques et des rsultats numriques pourra alors tre effectue.

Chapitre 1 Les Fosses Nasales

Prsentation & Moyens dtudes
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1. Les fosses nasales : Anatomie & Physiologie

Les fosses nasales sont deux cavits situes au dessus de la cavit buccale, au dessous de la base du crne et en dedans des cavits orbitaires. Les fosses nasales sont limites :

par l'os nasal (os propre du nez) et l'ethmode en haut par le maxillaire, l'ethmode et le cornet nasal infrieur latralement le palais (os maxillaire et palatin) spare les fosses nasales de la cavit buccale les fosses nasales sont spares mdialement par une cloison verticale, le septum nasal constitu par le vomer et l'ethmode.

Elles sont prolonges en avant par le nez, et en arrire par le pharynx. La cavit nasale possde galement un revtement muqueux qui prsente des milliers de petits cils dont la fonction est de filtrer la poussire de l'air. Ces cils transportent de manire continue le mucus et la poussire vers l'arrire de la cavit nasale et vers le pharynx pour qu'ils y soient dglutis

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.1 Les Cornets Rouvire, [27], 1970, dcrit les cornets comme une lamelle osseuse recourbe, allonge davant en arrire, fixe la paroi externe des fosses nasales par un de ses bords et libre dans la cavit des fosses Fig. nasales tout le reste de son tendue. 1.1 : dans Schma Fosses Nasales plan sagittal Chaque fosse nasale possde trois types de cornet ; linfrieur, le moyen et le suprieur. La paire de cornets infrieurs est attache directement au maxillaire suprieur, tandis que les deux paires situes plus haut (cornets moyens et suprieurs) sont des protrusions de l'ethmode. Le rle des cornets est de dvier le flux arien. Une partie de lair est ainsi dirige vers le carrefour aro-digestif (CAD) et par extension vers les voies respiratoires infrieures (poumons), une autre partie est, elle, dirige vers la zone olfactive.

Fig. 1.2 : Schma Fosses Nasales plan sagittal (2)

.2 Les sinus Un sinus est une poche ou une cavit dans un organe ou un tissu. Habituellement, les "sinus" dsignent les sinus paranasaux qui sont des cavits ariennes dans les os crniens, prs des fosses nasales et relies elles. Les sinus paranasaux sont relis aux fosses nasales par des petits orifices appels ostia. Les sinus paranasaux sont huit espaces (4 paires) remplis d'air contenues dans les os crniens. On les divise en sous-groupes nomms selon l'os les contenant :

les sinus maxillaires, situs sous chacun des deux orbites dans les os maxillaires les sinus frontaux au-dessus des yeux et du nez, dans l'os frontal, formant la partie dure du front

les sinus ethmodes entre les cavits nasales et les orbites au sein des os thmodes les sinus sphnodaux au centre de la base crnienne dans l'os sphnode

Les sinus paranasaux remplissent probablement plusieurs fonctions :

Diminution relative du poids de la partie antrieure du crne, en particulier des os de la face ; leur forme est importante du point de vue de l'attache des muscles de la face

Amlioration du rchauffement et de l'humidification de l'air inhal avant qu'il n'atteigne les poumons

Augmentation de la rsonance de la voix Amortissement des ventuels coups reus la face

Lors de linspiration, lair parcourt successivement, pour pntrer dans les poumons, les fosses nasales, parfois la cavit buccale, puis le pharynx, le larynx, la trache et les bronches. Les fosses nasales joue plusieurs rles fondamentaux. Leur rle majeur concerne la respiration. Elles sont lorigine des voies respiratoires. Bien que la respiration puisse se faire par lintermdiaire de la cavit buccale, elle aura lieu de

prfrence par le nez. La respiration buccale naura lieu quen cas dobstruction nasale majeur ou dun besoin accru de ventilation. Cependant, les fosses nasales jouent aussi un rle au niveau de lodorat. En effet, le nez est le sige dune zone appele tage olfactif. Cette zone est situe dans la partie suprieure des 12

fosses, au dessus du cornet suprieur. Elle occupe une surface denviron 2 cm2. Le reste des fosses nasales constitue ltage respiratoire. Lolfaction a lieu par la stimulation de rcepteurs sensoriels situs dans la partie suprieure des fosses nasales. Ces rcepteurs sont stimuls par des molcules aromatiques prsentes dans le courant arien n de la respiration. Enfin, les fosses nasales jouent un rle thermique. Lair inspir est rchauff, humidifi et purifi. Ces oprations sont indispensables, elles permettent de protger les alvoles pulmonaires. Leur rle, ici, est celui dun filtre afin que lair, en arrivant au niveau des poumons soit sain. Ainsi, la respiration, lodorat et la purification de lair sont 3 rles cl joues par les cavits nasales.

2. Examens cliniques
Une des principales difficults lies aux coulements biologiques rsident dans le caractre purement subjectif de la notion de maladie. Dun patient lautre, un symptme peut tre ressenti comme une forte gne ou, au contraire, comme habituel et par la mme ne relevant plus de la maladie. Dans ces conditions, il devient dlicat de faire un diagnostic. Il est alors ncessaire de trouver des critres permettant dobjectiver les symptmes. Cest pourquoi un certain nombre dexamens ont t mis au point. La liste qui suit est loin dtre exhaustive. En effet, on ne prsente ici que les techniques les plus frquemment cites dans la littrature biomdicales.

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Explorations rhinologiques fonctionnelles

Coffinet, (2004), [28], dans cet article dcrivent la plupart des mthodes dexploration des fosses nasales, dont la Rhinomtrie acoustique, la Rhinomanomtrie Active Antrieure (RAA) et la Tomodensitomtrie.

a. Rhinomtrie Acoustique Cette mthode mesure de faon fiable et non invasive les dimensions des cinq premiers centimtres des fosses nasales, avant et aprs vasoconstricteurs.

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Le principe consiste tudier la rflexion dune onde acoustique mise lentre de chaque fosse nasale, c'est--dire analyser la diffrence dimpdance acoustique entre les deux ondes, incidente et rflchie. On en dduit ensuite une loi des sections et une mesure des volumes de la cavit en fonction de la distance la source.
mesures narine droite sans vasoconstricteur mesures narine droite avec vasoconstricteur mesures narine gauche avec et sans vasoconstricteur

Fig. 1.3 : Rhinomtrie acoustique

Cette figure reprsente les rsultats dune Rhinomtrie acoustique effectue en cabinet mdical en Avril 2007. La notice technique de lappareil peut tre consulte en annexe. Les courbes rouges correspondent aux rsultats obtenus pour la narine droite, les bleues pour la narine gauche. La droite verticale (rouge) reprsente la cloison nasale. La zone sous la droite horizontale bleue reprsente la loi de section dans ladaptateur nasal fix au bout du tube donde, cf. fig. 1.4. Les diffrents lments des fosses nasales sont indiqus sur la figure 1.3. Le point A se situe au niveau de la valve nasale, cest le dbut du cornet infrieur, 14

environ 2 cm en aval de lentre des narines. Ces courbes sont exploitables jusqu environ 5 cm (point B). A partir de la, les lois de sections obtenues sont survalues, du fait de la prsence des sinus et de petits conduits reliant les fosses au sinus. Lostium, par exemple, est une conduite trs fine reliant la cavit nasale au sinus maxillaire. Les ondes acoustiques pntrent dans le sinus par cette voie, do une erreur au niveau des lois de sections calcules dans ces zones. Sur la partie gauche de la figure, la courbe bleu fonc reprsente une loi daire thorique pour la narine droite. De mme, la courbe bleu claire ct droit correspond une loi de section thorique pour la narine gauche. Il nest malheureusement pas possible davoir accs aux donnes ayant permis la cration de ces deux courbes thoriques.

mode opratoire

adaptateurs nasaux diffrencis pour les narines droite et gauche Fig.1.4 : Rhinomtrie Acoustique (2)

Ds la mise en route de lappareil, une courbe saffiche sur la fentre. On place alors ladaptateur nasal contre la narine du patient, cf. fig. 1.4. La loi de section affiche nest pas fige, elle fluctue suivant linclinaison du tube donde contre la narine du patient. Le praticien oriente la sonde de manire ce que la courbe exprimentale soit superpose la courbe thorique sur sa partie basse, sous la frontire horizontale bleue. Cette zone correspond ladaptateur nasal. A partir du moment o les courbes exprimentales et thoriques se superposent au niveau de ladaptateur, on en dduit que lorientation de la sonde est satisfaisante. Cependant, ce critre ne suffit pas. Cest pourquoi, la mesure est effectue au moins cinq fois daffile dans chaque narine afin de sassurer de la rptabilit de lexamen.

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Ltude de la vasoractivit, c'est--dire ltude de la sensibilit plus ou moins forte aux vasoconstricteurs, est un paramtre important de cet examen. Les vasoconstricteurs ont un effet sur les vaisseaux sanguins, en les rduisant, ce qui joue sur la pression sanguine. La modification de cette pression joue sur la gomtrie des cornets. Lutilisation dun vasoconstricteur a pour effet de dgonfler les cornets et ainsi dagrandir le conduit nasal. Sur la figure 1.3, les rsultats pour la narine droite (courbes rouges ct gauche de la figure) sont modifis aprs lapplication dun vasoconstricteur. Le dgonflement des cornets entrainent une augmentation globale du volume nasal. Cependant, la partie antrieure des fosses, c'est--dire avant la valve nasale (jusqu une distance denviron 2 cm), nest pratiquement pas modifie. Cela est normal, les cornets ne sont pas encore apparus,

lapplication du vasoconstricteur na pas eu deffet sur cette zone de la cavit. Par contre, pour la narine gauche (courbes bleues ct droit de la figure) lapplication dun vasoconstricteur na aucun effet sur les rsultats de lexamen rhinologique. Pour comprendre ce phnomne, le praticien doit comparer ces rsultats avec dautres rsultats dexamens tels quun scanner ou une endoscopie. Dans le cas prsent ici, le Docteur Liwarek a effectu une endoscopie juste avant lexamen rhinologique. Lobservation des fosses nasales couples aux donnes de Rhinomtrie acoustique lui ont permis de conclure que le patient souffre dune dviation de la cloison nasale entrainant une obstruction de la narine gauche. Lapplication du vasoconstricteur permet de conclure quune opration de turbinectomie totale ou partielle du cornet infrieur gauche ne modifiera sans doute pas limpression de gne du patient puisque le volume nasal nest pas modifi par la diminution de taille des cornets. De plus, les sections au niveau de la valve nasale sont trs faibles pour la narine gauche. En consquence, il y a des pertes dinformation sur la partie postrieure des fosses nasales. Cela explique en partie les grosses diffrences constates entre la courbe thorique et les courbes exprimentales. Cet examen, lui seul ne donne que des informations sur la gomtrie relle des fosses nasales. Cependant, associ dautres examens, il peut donner des informations prcieuses pour llaboration dun bilan dobstruction. Cet outil est adapt au besoin des mdecins. Il leur fournit des informations importantes pour laide llaboration dun diagnostic, condition de les corrler avec les rsultats dautres examens cliniques. Lintrt pour les mdecins est de voir si un changement de section 16

correspond lapparition normale dune gomtrie (naissance dun cornet par exemple) ou une pathologie. Et dans ce cas, de savoir si le recours de la chirurgie est indispensable. Or, dans le cadre de ce projet de recherche, lobjectif est dutiliser cet examen pour sassurer de la ralit des reconstructions obtenues, en comparant les lois de sections obtenues numriquement avec les rsultats rhinologiques. Mais cela nest pas ais. En effet, lobstruction constate sur la narine gauche, par exemple, ne permet pas dexploiter les rsultats exprimentaux sauf peut tre pour la partie antrieure des fosses nasales, c'est-dire les deux premiers centimtres. En outre, ce nest pas la finalit prvu pour ces appareils. En consquence, les constructeurs ne ressentent pas la ncessit de fournir des informations sur la manire dont les surfaces sont calcules et surtout dans quel plan.

Fodil en 2005, [19], puis Papon en 2006, [22], utilisent cet examen associe la mesure dchelon de pression tout au long du conduit nasal pour calculer une grandeur nomme compliance. Cette grandeur permet davoir une ide de la dformation des parois des fosses nasales selon le dbit impos en entre du domaine.

b. Rhinomanomtrie Active Antrieure (RAA) Deux types dexamens rhinomanomtrique existent ; la Rhinomanomtrie postrieure et la Rhinomanomtrie active antrieure (RAA). Ces examens permettent de calculer la rsistance nasale lcoulement de lair. En thorie, la mise en uvre dune Rhinomanomtrie postrieure semble plus fiable. Cependant, en pratique, seuls les appareils de RAA sont disponibles aisment. Leur fiabilit rside dans un entretien soigneux et surtout un re-calibrage rgulier, voir journalier de la machine. La RAA est beaucoup plus rpandue. Dans la littrature scientifique (mdicale, mcanique ou biomcanique), lassimilation de la Rhinomanomtrie Active Antrieure comme unique technique rhinomanomtrique est gnralise. Cest pourquoi, on a fait le choix de ne prsenter que cette dernire.

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Fig.1.5 : appareil de Rhinomanomtrie Active Antrieure

Le principe est de calculer simultanment les dbits Qv et les variations de pression p entre la narine et le carrefour aro-digestif dans chaque fosse nasale On peut alors tracer une courbe p en fonction de Qv, appele courbe rhinomanomtrique (cf. fig.1.6).

Do la rsistance nasale R :

P : variation de pression darrt (Pa) Qv : dbit volumique (m 3.s-1)

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Fig.1.6 : rsultat dune RAA (2002)

c. Matriel & mthode La RAA permet de calculer la rsistance lcoulement de lair de faon uninasale en plaant un cathter de pression successivement lentre de chaque fosse. Dans la fosse qui ventile, le cathter est dans le masque plac sur la face. Il enregistre une pression p1 ; cest la pression darrt lentre des narines (la vitesse y est quasi-nulle, donc la pression statique p1 est bien une pression darrt). Lautre fosse nasale est bouche par un embout mousse dans lequel est plac un autre capteur de pression. Il enregistre une pression p2. La vitesse est nulle dans cette narine. Par consquent, on peut considrer p2 comme quivalente la pression au niveau du carrefour aro-digestif. On note cette pression p2. Cest aussi une pression darrt. 19

La diffrence p=(p2-p1) est bien reprsentative dune perte de pression darrt le long du conduit nasal. Les capteurs sont relis un pneumotachographe. La figure 1.5 reprsente la variation du dbit et de la pression en fonction du temps. Plus la permabilit des fosses nasales est grande, plus l'amplitude de la courbe de pression est faible. A l'inverse, une diminution de la permabilit produit une augmentation de pression et par consquent une amplitude de la courbe de pression plus grande.. Il est spar en 4 parties :

Haut Gauche expiration gauche Bas Gauche expiration droite

Haut Droit inspiration droite Bas Droit inspiration gauche

La Rhinomanomtrie est un outil permettant un diagnostic positif en affirmant l'obstruction nasale, objectivant ainsi un symptme subjectif. Mais elle n'autorise pas de quantification fiable de lobstruction nasale, des rsistances modrment leves pouvant entraner une gne fonctionnelle majeure, et inversement. Dans larticle de Coffinet, [28], cit plus haut, une discussion a lieu sur lefficacit effective de ces examens. Pour lauteur, lintrt clinique de la Rhinomanomtrie et de la Rhinomtrie acoustique nest pas dmontr. Cependant, cet article est paru dans une revue mdicale. Son propos sadresse uniquement au personnel hospitalier. Pour lingnieur, ces explorations permettent davoir des donnes objectives comparer lexprimentation. Ces examens paraissent donc indispensables, dun point de vue mcanique, la comprhension des coulements ariens dans les voies respiratoires suprieures.

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Imagerie mdicale

L'imagerie mdicale est le procd par lequel un mdecin peut examiner l'intrieur du corps d'un patient sans l'oprer. L'imagerie mdicale peut tre utilise d'une part des fins cliniques la recherche d'un diagnostic ou pour le traitement d'un grand nombre de pathologies mais galement pour la recherche dans le but d'tudier la physiologie des tres vivants. L'image obtenue peut tre traite informatiquement pour obtenir par exemple : 20

une reconstruction tridimensionnelle (ou quadridimensionnelle pour un organe mobile) ; une imagerie dite paramtrique en recalant plusieurs donnes au sein d'un mme document (contour du cur et mobilit des parois par exemple). Le scanner ou tomodensitomtrie est un examen essentiel en pathologie ORL. Il permet une distinction des diffrents tissus en fonction de leur densit.

Fig.1.7:Scanner

a. Tomographie : Dfinition & Principe : La tomographie (racine grecque tom, coupe, et ainsi reprsentation en coupes) est une technique qui consiste reconstruire le volume d'un objet (le corps humain dans le cas de l'imagerie mdicale, une structure gologique dans le cas de la gophysique) partir d'une srie de mesures dportes l'extrieur de l'objet. Ces mesures peuvent tre effectues la surface mme ou une certaine distance. Le rsultat est une reconstruction de certaines proprits de l'intrieur de l'objet, selon le type d'information que fournissent les capteurs (capture d'une particule, pression acoustique, perte de pression darrt, attnuation d'un faisceau lumineux, diffrence de vitesse ou de polarisation d'ondes sismique...). L'IRM (Imagerie par rsonance Magntique), par exemple, peut fournir des donnes 21

anatomiques qui, bien que similaires ce que l'on obtiendrait en dcoupant l'objet en fines lamelles et en photographiant ces lamelles, sont en fait une cartographie due la relaxation (retour l'tat d'quilibre) diffrentielle des spins de l'atome d'hydrogne dans l'eau constituant principale des tissus organiques. La tomographie est applique dans les domaines de la mdecine, des gosciences, de la thermique, de larodynamique automobile....

b. Tomodensitomtrie : Dfinition La tomodensitomtrie X (TDM) ou scanographie, appele Computerized Tomography (CT) par les Anglo-Saxons, est une mthode de diagnostic radiologique tomographique, permettant d'obtenir des coupes transversales, reconstruites partir de la mesure du coefficient d'attnuation du faisceau de rayons X dans le volume tudi. Cette technique dimagerie mdicale est aussi appele tomographie axiale calcule, scanner, ou CTscan. Elle a t invente officiellement par Godfrey Newbold Hounsfield : le patient est soumis au balayage d'un faisceau de rayons X. L'metteur tourne autour du patient en mme temps que les rcepteurs chargs de mesurer l'intensit des rayons X aprs leur passage dans le corps. Les donnes obtenues sont traites par ordinateur, ce qui permet de recomposer des vues en coupe des organes ou des vues en trois dimensions. On peut faire ressortir certains tissus, en particulier les vaisseaux sanguins, en injectant un produit dit de contraste (souvent un complexe de l'iode), c'est--dire absorbant bien les rayons X et rendant trs visibles les structures vasculaires (qui apparaissent hyperdenses).

La possibilit thorique de crer de tels appareils tait connue depuis le thorme de Radon, mais ce n'est que vers les annes 1970 que les premiers essais commencrent devenir possibles. La tomodensitomtrie a connu un essor considrable, justifi par son intrt diagnostique et l'amlioration continue de ses performances techniques. Elle reprsente l'une des applications les plus russies et les plus fcondes de l'application de l'informatique la mdecine et l'imagerie mdicale. On peut aujourd'hui obtenir en quelques secondes, grce aux scanners multidtecteurs acquisition spirale, une exploration trs prcise d'un large volume du corps humain 22

Cet examen est indispensable avant toute chirurgie sinusienne. Lanalyse millimtrique de tous les lments permet des images de trs bonne qualit. C'est l'heure actuelle, l'examen de choix dans l'exploration du massif facial en pathologie inflammatoire ou traumatique. Elle est complte par l'imagerie par rsonance magntique dans le bilan des lsions tumorales ou pseudo-tumorales naso-sinusiennes. Quelques dfinitions gnrales par rapport aux plans du corps humain utiliss en tomodensitomtrie et en IRM :

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(i)

Le plan transverse (ou axial ) est un plan horizontal perpendiculaire au corps humain debout, qui le divise en une partie suprieure et une partie infrieure. C'est le plan de base de reconstruction en scanner ou IRM.

(ii) Le plan sagittal est un plan vertical, qui va d'avant en arrire et divise le corps en partie droite et partie gauche. Lorsque la division survient au milieu, on parle de plan mdian. (iii) Le plan frontal (ou coronal) est un plan vertical qui va d'un ct l'autre du corps et le divise en partie antrieure et partie postrieure.
Fig. 1.8 : dfinition des diffrents plans de coupe

c. Principe de fonctionnement 24

Fig. 1.9 : principe de la tomodensitomtrie

La tomographie axiale assiste par ordinateur (C.T.), ou scanographie, est base sur la dtection d'un faisceau de rayons X tournant autour du patient. Cependant, l'oppos de la radiologie classique o le faisceau transmis est dtect et visualis l'aide d'un film ou d'un amplificateur de luminance, il est dtect lectroniquement puis numris. L'image est ensuite reconstruite l'aide d'un calculateur et visualise. L'acquisition de plusieurs coupes adjacentes conduit l'information tridimensionnelle. L'acquisition d'un grand nombre de projections (monodimensionnelles) d'une coupe axiale transverse (bidimensionnelle) permet la reconstruction mathmatique de l'objet examin. L'acquisition de ces projections s'effectue en dplaant, par rotation, un tube rayons X associ un ensemble de dtection, le patient tant plac entre le tube et les dtecteurs.

25

Principe dacquisition des donnes sur unSchma de la coupe reconstruite scanner. Fig. 1.10 : principe de la tomodensitomtrie (2)

Un faisceau de rayons X, lors de la traverse de l'organisme, est attnu par absorption et par diffusion (effets photo-lectrique et Compton). Cette attnuation dpend de la masse volumique du milieu, de sa composition atomique et de l'nergie du faisceau de rayons X. L'attnuation d'un faisceau monochromatique par un objet de densit uniforme rpond la loi:

I = I0 exp (-x) avec

I0 I x

: Intensit initiale du faisceau de rayons X : Intensit du faisceau aprs traverse dune paisseur x de matire : coefficient dabsorption linaire du matriau travers (cm-1) : paisseur de matriau travers.

Limage de la coupe dun objet irradi par un faisceau fin de rayons X est reconstitu partir dun grand nombre de mesures du coefficient dattnuation, effectues selon diverses incidences. Ce processus constitue la mesure lmentaire en scanographie. Il ncessite un ensemble compos d'un tube rayons X, d'un dtecteur de rfrence pour la mesure de I0 et d'un dtecteur de mesure pour I. Le dplacement linaire de cet ensemble de mesure de part et paisseur x d'autre de l'objet examin permet d'obtenir une srie de mesures lmentaires. L'ensemble de ces mesures pour une direction donne, constitue une projection. Ce processus est rpt plusieurs fois tout autour de l'objet (sur 180 ou 360) de faon disposer des projections 26
Fig. 1.12 : calcul du coefficient dattnuation moyen aprs traverse dune

ncessaires la dtermination du coefficient d'attnuation linique de chaque lment volumique de l'objet. Le processus de reconstruction bas sur des mesures chantillonnes (m mesures lmentaires par projection et p projections par acquisition soit (m x p) mesures par acquisition) va conduire une matrice image dont le contenu de chaque pixel reprsente le coefficient d'attnuation d'un volume lmentaire (voxel) dont la section est gale au pixel (0,5 2 mm de ct) et la profondeur est gale la largeur du faisceau de rayons X traversant le patient (paisseur de coupe de 1 10 mm).
Fig. 1.13 : un voxel

La mthode de reconstruction utilise est celle de la rtroprojection filtre. Ainsi le processus de reconstruction est constitu des 4 tapes suivantes: mesure, prtraitement (conversion logarithmique ln(I0/I)), filtrage et rtroprojection. Une fois le processus de rtroprojection termin, l'image est disponible en mmoire, prte tre visualise avec un contenu des pixels normalis selon une chelle de nombres standardise.

Fig. 1.14 : principe de mesure avec un appareil multi-detecteurs

27

Fig. 1.15 : Principe de calcul mathmatique effectu par lordinateur

Le paramtre

physique la base du contraste dans l'image est le coefficient linique d'attnuation . Le contenu NS de chaque pixel de l'image est reli aux valeurs de par la relation :

Cette relation conduit une chelle standardise (chelle d'HOUNSFIELD) utilise sur tous les scanners. Elle repose sur deux valeurs particulires : -1000 pour l'air et 0 pour l'eau. En pratique elle s'tend au del de +1000 pour l'os dense. En fait, une dynamique de 12 bits (216 niveaux), dcale de 1024 vers le bas, est disponible. Cette chelle aussi tendue est ncessaire car les scanners actuels permettent de sparer des tissus dont les diffrent de 0,3%. Pour observer en dtail une image sur l'cran vido on ne peut pas visualiser toute la dynamique (216 niveaux) contenue dans l'image l'aide de l'chelle de gris gnralement disponible (16 niveaux). On est donc conduit slectionner une largeur de fentre dans laquelle vont s'taler les niveaux de gris et choisir un niveau moyen correspondant au milieu de la fentre. Ces paramtres sont respectivement adapts au contraste recherch et aux tissus examins. Compars aux premiers scanners, des progrs dans l'imagerie par scanner ont t accomplis grce la technique du scanner hlicodal et plus rcemment par les scanners volumiques multicoupe ou multibarrettes. La dfinition plus grande, la rapidit de prise des clichs permettant de s'affranchir de la respiration et des mouvements, la plus faible irradiation du patient en font des outils trs importants pour le diagnostic. Par rapport aux techniques initiales de scanner, les nouveaux scanners ont bnfici de deux apports essentiels : 1. le scanner hlicodal : le tube rayons X est solidaire d'un systme constitu d'une range (encore appele barrette) de dtecteurs disposs en arc de cercle. L'ensemble 28

tourne de faon continue pendant que la table sur laquelle se trouve le patient s'avance progressivement. 2. la technique multibarrette (cf. le schma ci-dessous) : (encore appels scanners volumiques), un certain nombre de barrettes de dtecteurs (ici 16) reoivent les rayons X disperss selon une forme pyramidale. Par des procds algorithmiques complexes, on peut reconstituer un certain nombre de coupes et donc en un seul passage aboutir un nombre d'images trs important. Grce aux reconstructions dans les autres plans (sagittaux et frontaux), on peut obtenir une tude anatomique. On peut s'affranchir des problmes respiratoires et par ailleurs avoir une dfinition prcise des vaisseaux.

Fig. 1.16 : Principe du scanner multibarrettes

Cest ce type de scanners 16 barrettes (General Electrics modle GE lightspeed pro 16, cf. annexe 1) qui a t utilis dans le cadre de ce mmoire. La notice technique de cet appareil peut tre consulte en annexe. Les rsultats du scanner sont directement rcuprables sur format informatique.

d. Format des scanners Les machines utilises dans la majorit des hpitaux permettent de rcuprer les scanners sous deux formats : Une image en format jpeg, et un fichier contenant un certain nombre dinformations (renseignement sur le patient, droulement de lexamen, ) au format DICOM.

Format DICOM

29

DICOM (Digital Imaging and communications in Medicine) est le nom dune norme utilise pour enregistrer les images mdicales sur support numrique. Cest un standard de communication et darchivage en imagerie mdicale. Cest la National Electrical Manufacturers Association (NEMA) associe lAmerican College of Radiology (ACR) qui lont cre en 1985 pour faciliter les communications et transferts dimages entre les machines de diffrents constructeurs qui auparavant proposaient des formats dimage difficilement lisibles sur dautres machines que les leurs. Dou des problmes de maintenance (incompatibilits, cot, perte dinformation) dans les tablissements de sant. On peut utiliser le terme DICOM pour parler du format de fichier des images mdicales, mais aussi pour parler dun protocole de communication en rseau. En effet, auparavant, les images radiologiques taient imprimes sur des planches argentiques. Or, ce procd revient trs cher. Lide premire de ces fichiers DICOM tait de dfinir une plateforme numrique commune aux images radiologiques. Au fur et mesure de lvolution des techniques de radiologies (scanner, IRM) et de leurs modalits, de nouvelles dfinitions sont rajouts au standard DICOM. Il existe donc plusieurs versions de la norme DICOM. En ralit, la principale particularit de ce format de fichier est dtre cod de sorte pouvoir contenir des informations textuelles concernant le patient (tat civil, ge, poids,), lexamen (rgion explore, plan axial, frontal ou sagittal), la technique utilise (scanner, IRM,), et aussi des donnes brutes. On pourra ensuite retravailler ces donnes sans perte dinformations. Contrairement la majorit des formats dimage classique, ce format permet, pour chaque image, de spcifier toutes les caractristique dun patient ou de lexamen ralis. De plus, une image classique, format BMP ou JPEG, est fige. Chaque pixel correspond une couleur (0 256), et cela ne peut pas tre modifi. Les images DICOM, fournies par lhpital St Michel, sont codes sur 16 bits. Selon le problme et laffichage souhaite, il faudra choisir un fentrage adapt afin de visualiser les zones intressantes (un organe par exemple). En fait, toutes les donnes sont contenus dans un fichier au format DICOM. Cest la mthode et les options de visualisation qui permettront de paramtrer limage. Le fichier dorigine nen sera pas modifi.

30

DICOM est donc un standard dimage trs flexible, incontournable et ncessaire, mais de nouveaux standards commencent se faire connatre (ex : le PNG).

31

Chapitre 2 Etude Bibliographique

1. Etude Bibliographique
Les explorations fonctionnelles servent obtenir des informations objectives comparer avec les rsultats numriques ou exprimentaux. Par exemple, Grtzenmacher , [7], 2003, tudient linfluence dun geste chirurgical, pour un certain nombre de modle, sur les rsultats obtenus par Rhinomtrie acoustique et RAA. Ils cherchent comprendre dans quelles proportions une modification de la gomtrie suite une opration peut influer sur la rsistance nasale. 32

En outre, dans le domaine de la recherche biomdicale, lexprimentation in vivo est trs difficile, voire quasi-impossible. Gnralement, la visualisation dcoulements biologiques passe dabord par la cration dun modle (maquette, CAO, maillage). Une fois le modle cr, deux approches sont possibles : exprimentale ou numrique. Par consquent, la majorit des quipes de recherches sont confrontes des problmes de modlisation. Nanmoins, lvolution rcente des quipements radiologiques rend de plus en plus aise la modlisation de gomtrie raliste. On se propose de prsenter, sous forme de tableau, une slection des tudes rcentes les plus reprsentatives des recherches actuelles. Cette liste nest pas exhaustive.

33

Les tudes suivis de * ont t menes par lquipe de lINSERM UMR651 du CHU H.Mondor dirige par le Prof. D. Isabey.

Equipe

D o m a i n e dapplication

Acquisition
Scanner Philips

Modlisation

Mthode de mesure
Fluent 5.5.14 Modle

Simulation Lindeman n et al [ 2 9 ] , 2004 numrique de la Temprature de lair dans les Fosses Nasales durant linspiration

Multislice CTMx8000

CAO : Surfdriver v. 2 quations k-

Volontaire sain. 3.5.6 Maillage non a p p l i q u u n 4 0 C Ts c a n ss t r u c t u r c o u l e m e n t c o r o n a l e s ttrahdrique de i n c o m p r e s s i b l e , espaces de 3mm 4 0 1 0 0 0 c e l l u l e s visqueux faible NarinesNasoph (Gambit 1.2) arynx + Reynolds Parois rigides Floworks2001 : code

ajout dun tube S i m u l a t i o nC T s c a n s

Weinhold n u m r i q u e d e c o r o n a l e s CAO & Maillage : Volume Fini. Modle et al [4], l c o u l e m e n t espaces de 1mm Solidwork2001 2004 arien dans un nez N a r i n e s humain Exprimentation : Ecoulement arien durant un cycle respiratoire Nasopharynx CTscans axiales s p a r e s d e CAO : VWorks 4.0 1,25mm Narines Nasopharynx Maquettage par prototypage rapide Pas dautres dtails deux quations k- standard Parois rigides Mesures par PIV. Le fluide utilis est un mlange deau et de glycrine

Chung et al [26], 2006

34

Volontaire sain. C A O : I D E A S Kelly et al [9], 2000 Exprimentation 2 6 C T s c a n s Master Series : coronales de la Prototypage rapide, silicone transparente. Echelle x2. Mesures par PIV

Ecoulement dans narine droite les Fosses Nasales N a r i n e

Kim et al [ 2 5 ] , 2006

Exprimentation : Ecoulement dans les Fosses Nasales Thorique : Mise

Nasopharynx Volontaire sain. C T s c a n s espaces d1mm Narine Nasopharynx A p p r o c h e mcanique de p r o b l m e s b i o l o g i q u e s (introduction de nb sans dimension type Womersley) A p p r o c h e mcanique de Cration dun modle mcanique n lments p r o b l m e s b i o l o g i q u e s Dformation du modle en fonction du dbit arien travers la notion de compliance. Prototypage rapide, silicone transparente.

Mesures par PIV

Isabey et al* [21], 2005

en vidence de g r a n d e u r s caractrisant les coulements biologiques

Modlisation des Fodil et al* [19] [ 2 3 ] , 2005 Voies Ariennes Suprieures (VAS) avec prise en compte des

interactions Fluide/Structure

dformable

35

A p p r o c h e mcanique de Modlisation de lcoulement inspiratoire dans les Fosses Nasales Cration dun modle mcanique n lments p r o b l m e s biologiques Dformation du modle en fonction du dbit arien travers la notion de compliance. Approche clinique Etude de la Papon et al* [22], 2006 distensibilit des parois des Fosses Nasales chez des sujets atteints dinflammations Comparaison des 20 sujets : 10 sains et 10 s o u f f r a n t dinflammations nasales surfaces et des compliances pour 10 patients sains et pour 10 souffrant dune pathologie avant et aprs application de vasodilatateur CAO & maillage : AMIRA Ecoulement arien Exprimentation : dans les Fosses moulage du nez Croce et N a s a l e s . dun cadavre al* [24], Comparaison des Simulation : 196 2006 r s u l t a t s CTscans axiales numriques et e s p a c e s d e exprimentaux 0,5mm Exprimentation :

Louis et al* [20], 2005

dformable.

Maillage surfacique U t i l i s a t i o n d u n t r i a n g u l a i r e d e pneumotachographe 100004 lments , Simulation : Fluent p u i s v o l u m i q u e Ecoulement laminaire ttrahdrique non i n c o m p r e s s i b l e structur de 825239 stationnaire c e l l u l e s . A p r s Comparaison des adaptation, maillage rsultats au travers final de 1353795 de courbes =f(Re) cellules

36

CAO et maillage C N A M , Modlisation et 3 2 C T s c a n s Nouvelc a l c u l d e coronales surfacique : RQle Maillage volumique : GHS3D Maillage surfacique triangulaire 100000 lments + ajout dun tube

LifeV

Code

lment fini. E c o u l e m e n t l a m i n a i r e incompressible stationnaire Parois rigides CL lies aux voies ariennes infrieures

HpitallcoulementN a r i n e

Paris Sud, arien durant un Carrefour Aro INRIA cycle respiratoire Digestif (CAD)

37

Deux tendances cohabitent. La voie exprimentale et la voie numrique. Dans les deux cas, la premire tape consiste modliser le volume de manire raliste. La procdure est identique pour lensemble des tudes : Rcupration des rsultats dexamens tomodensitomtriques et utilisation dun logiciel de CAO adapt pour la reconstruction. La plupart de ces logiciels sont compatibles avec les formats dexamens tomodensitomtriques standards type DICOM (cf. chap. 1). Cependant, leur fonctionnement ne permet pas toujours un contrle par lutilisateur tout au long du processus. De plus les licences sont souvent trs coteuses. Cest pourquoi, nous avons dvelopp laide de Matlab au sein du laboratoire un outil (logiciel RQle) permettant la reconstruction et le maillage dune gomtrie partir des donnes tomodensitomtriques, cf. Chouzenoux [2], 2006. Les tapes ncessaires depuis lacquisition des donnes cliniques jusqu lobtention dun maillage seront dtailles au cours des chapitres suivants. Dans le cas ou la modlisation est destine lexprimentation, alors il est possible dutiliser la dfinition gomtrique obtenue pour la crer une maquette. La technique la plus frquemment utilise actuellement est le prototypage rapide ou strolithographie.

2. Moyens dtudes
.1 Strolithographie : Principe Tous les systmes sont bass sur le mme principe, la photo polymrisation c'est-dire la fabrication couche par couche. Le moule est construit sur une plate-forme horizontale, plonge dans un liquide plastique monomre. La solidification se produit par photo polymrisation rsultant d'un impact de lumire sur la surface suprieure du liquide. La photo polymrisation du monomre est dclenche par un simple rayon ultra violet ou une lumire dans les frquences visibles. L'absorption de la lumire par le liquide limite l'paisseur de polymrisation quelques diximes de millimtre. Ceci correspond peu prs l'paisseur des strates. Une fois qu'une couche de monomre est solidifie, la pice s'enfonce dans la cuve de la valeur de l'paisseur de la strate suivante et une nouvelle section est solidifie. Il y a autant de cycle que de nombre de couches ncessaires pour obtenir l'intgralit du volume de l'objet. A la fin, la pice est sche au four pour accrotre au maximum la rsistance du matriau. 38

Fig. 2.1 : schma principe de la streolithographie

La cration du modle seffectue suivant plusieurs tapes

Le processus dbute avec un modle informatique de l'objet fabriquer. Ce modle est obtenu grce un logiciel de CAO ou par acquisition numrique d'un objet existant.

Le modle une fois dessin doit tre export dans un format standard, le format STL (pour STereoLithography). Ce format a t l'origine conu pour communiquer avec les appareils de strolithographie mais est aujourd'hui utilis dans d'autres domaines. Il s'agit d'un standard industriel de facto. Ce format dcrit les modles sous formes de surfaces triangulaires contigus.

Le fichier STL est transmis l'appareil de strolithographie qui intgre un module de commande de type automate programmable ou, plus souvent, de type PC

Le modle (en 3D) est dcoup en tranches (2D) d'paisseur fixe. Cette paisseur est choisie par l'oprateur et dtermine la rsolution pour la restitution. Ce paramtre dtermine donc la prcision de l'objet qui va tre produit.

L'objet est produit.

Les Polymres utilisables aujourd'hui sont en nombre limit mais ce domaine progresse trs rapidement. La dimension maximale des pices est de 500mm pour linstant. Les pices doivent tre de formes dpouilles. La qualit des pices finales est moyenne et avec une 39

tolrance de +/-0.005mm. Plusieurs mthodes sont bases sur le principe de la strolithographie : la photopolymrisation, le laminage et le frittage laser par exemple. Une fois le modle ralis, plusieurs mthodes dtudes des coulements peuvent tre envisages. Ces dernires annes de plus en plus dquipes se sont intresses aux mthodes optiques, et en particulier la PIV.

.2 La PIV (Particle Image Velocimetry) Parmi les tudes cites dans le tableau ci-dessus, trois ont choisi la PIV. Kelly et al, [9], en 2000, puis Chung et al, [26], ainsi que Kim et al, [25], en 2006, ont utiliss cette mthode pour ltude des coulements dans les fosses nasales. Dans ces trois cas, la modlisation a t effectue par prototypage rapide partir de scanners obtenus par tomodensitomtrie. Jusqu prsent lutilisation de cette technique tait limite aux gomtries simples. Son essor rcent permet denvisager ltude dcoulements complexes, ce qui explique le choix des quipes de recherche actuelles La vlocimtrie par image de particules (PIV) est une mthode optique non intrusive qui permet dobtenir une mesure instantane de la vitesse dans un plan ou un volume. Elle permet lobtention de champs de vitesse dcoulements pralablement ensemencs en particules traantes. Fondamentalement, cette technique consiste produire une nappe lumineuse clairant une tranche de lcoulement. Lexploitation de la prise de vue des particules claires par la nappe laser, deux instants successifs, permet lanalyse des dplacements des particules dans le plan. La connaissance du facteur de grandissement des images et de lintervalle de temps entre les deux prises de vue permet la dduction des vecteurs vitesse. Kelly et al, [9] 2000, utilisent la PIV pour dterminer les champs de vitesses instantanes en 2D partir dun modle de cavit nasale soumis un coulement dbit dair constant (125ml.s-1). Les champs de vitesse obtenus montrent un coulement laminaire et des rgions de fortes vitesses se situant au niveau de la valve nasale et du plancher de la fosse. A contrario, dans la rgion olfactive (partie suprieure de la cavit) les vitesses sont faibles. Les parois de la cavit sont rigides, la dformation des tissus selon le dbit nest pas prise en compte. Sur le mme principe, Kim et al, [25] 2006, utilisent la PIV pour la comprhension des coulements ariens au sein des fosses nasales humaines. Il dtermine les champs de vitesse 40

3D et prsente les rsultats sous forme de vitesses moyennes et de vitesses instantanes (valeur RMS).

Les gomtries prsentes dans ces articles sont des modles parois rigides. Or, on observe un phnomne de couplage fort entre lcoulement de lair et les parois des cavits nasales. En effet, les courbes rhinomanomtriques montrent une limitation de dbit linspiration du un rapprochement des parois. Cest pour rpondre ce problme que lquipe INSERM de Crteil dans les articles de Fodil [19] [23], 2005, de Louis [20], 2005 et de Papon [22], 2006, entre autres, propose un modle mcanique prenant en compte la dformation des parois suivant le dbit inspiratoire. Pour cela ils introduisent une grandeur ; la compliance. Cette notion sera explique dans le paragraphe suivant.

3. Elasticit des parois des fosses nasales

Les phnomnes de limitation de dbit dans les cavits nasales ont t dcrits il y a dj plusieurs dcennies. Pour le clinicien, la respiration est associe une modification de la section du conduit au niveau de la valve nasale entranant une modification de la rsistance. La compliance des parois est dfinie comme le rapport entre la variation daire en un point donn A(x) (m2) et une variation de pression P(x) (Pa) dans cette section.

Pour quantifier cette grandeur, Louis et al, [20], ont recours la rhinomtrie acoustique. Cette mthode, rapide et non invasive, cf. chap.1 2.a, est rpte pour diffrentes valeurs de pression applique la fosse (de 0 10 cm H2O). Suivant la pression applique, le volume nasal calcul par Rhinomtrie sera modifi. Le calcul de la compliance associe est obtenu directement en effectuant le rapport des variations daire observes par les variations de pression imposes.

41

Il est noter que ces pressions sont uniformes partout dans les cavits, alors que dans la ralit, elles voluent constamment au cours de la respiration. Actuellement, un projet dtude exprimentale des champs de pression statiques dans les fosses nasales pendant les phases dinspiration et dexpiration est mis en place au sein du laboratoire darodynamique. Jusque la, les informations sur les pressions dans les fosses nasales se limitait des variations de pression darrt entre les narines et le carrefour aro-digestif. Seule la simulation rend possible la visualisation de champs de pression statique pendant la respiration mais aucune donne exprimentale ne peut confirmer ou non ces rsultats. La mise en uvre dexpriences va permettre dobtenir des donnes objectives sur les phnomnes prsents pendant le processus respiratoire. Pour un groupe de sujets sains, lanalyse des rsultats de mesure montre un accroissement de la compliance au fur et mesure que lon pntre dans la cavit nasale. De plus elle est proportionnelle au taux de tissus vasoerectiles dans le nez. Ces tissus servent accommoder lair inspir (humidificateur, mise temprature) avant quil narrive au niveau des voies ariennes infrieures (traches, poumons,). Pour cela, ils sont susceptibles de se gonfler ou de se dgonfler par accumulation ou limination de sang. Dans cette tude la compliance dans la rgion de la valve, pour des sujets sains, a toujours t trouve infrieure celle de la rgion du cornet infrieur ou celle de la rgion du mat moyen. Ces rsultats sont en contradiction avec ce que pensait les physiologistes. En effet, jusque l, la valve nasale tait considre comme le sige, presque exclusif, de lobstruction nasale. Le modle prsent par lquipe INSERM UMR651, [20], est compos de 14 segments individualiss pouvant se mouvoir sur laxe des hauteurs du conduit. Chaque portion a sa section propre ainsi que sa compliance. La compliance et laire initiale de chaque segment ont t calcules par rhinomtrie acoustique. Le nombre et la longueur de chaque lment correspondent la rsolution de lexamen rhinologique. Les conditions aux limites ont t dfinies comme une variation de pression entre les deux extrmits du modle. A linspiration, la pression atmosphrique est impose aux narines et une pression infrieure au niveau de la surface de sortie. A partir de cette variation de pression, la pression, le dbit et la section de chaque lment sont calculs en conditions quasi-statiques laide des lois de conservation du dbit, de la 42

formule gnralise de Bernoulli et de la loi de dformation des parois donne par la compliance.

p reprsente la pression statique, uq la vitesse dbitante, z la cte de lcoulement et H la charge de lcoulement en m de colonne de liquide de poids volumique

A0n et Cn sont respectivement laire initiale (calcule Patm) et la compliance de llment n. Les calculs sont effectus numriquement de manire itrative en conditions statiques.

Fig. 2.2 : reprsentation schmatique dun modle 14 lments compliants

La formule utilise pour calculer la perte de charge P entre lentre et la sortie du modle pourrait tre dfinie diffremment. Pour cela, nous essaierons de proposer une mthode de calcul gnral des pertes de charge dans un conduit, puis nous ladapterons au cas des fosses nasales en modifiant les conditions aux limites selon que lon soit en phase dinspiration ou dexpiration.

4. Ecoulement en conduite : Approche globale

On adopte une approche globale base sur les quations du mouvement crites sous forme intgrale Eulrienne. Soit : 43

(i)

Bilan de masse (1)

(ii)

Bilan dynamique (2)

(iii)

Bilan thermodynamique (3)

Lcoulement est suppos:

incompressible =cste stationnaire les Forces de pesanteur sont ngliges

Forces en prsence:

Forces de contact dues aux effets de: - pression p - viscosit

Forces de volume : -pesanteur nglige

do une simplification du bilan dynamique, qui scrit (4)

correspond aux termes convectifs

correspond aux termes de pression 44

correspond aux termes visqueux

4.1 Dfinition du domaine : Lobjectif est de trouver une formule permettant le calcul des pertes de charge dans les fosses nasales. Les cavits nasales, entre la valve nasale et la choane, peuvent tre considrs comme une conduite horizontale, sans conditions sur les dimensions des sections dentre et de sortie, cf. figure 2.3.

S1

S2

Sp

Figure 2.3

Soit !!le volume dlimite par la surface extrieure , divise en 3 surfaces S1, S2 et Sp correspondant respectivement aux deux surfaces dchanges et la paroi. normale extrieure la surface S1, est la

est la normale extrieure la surface S2,

est la normale extrieure en tout point la surface Sp. Lcoulement est visqueux, ainsi la vitesse la paroi est nulle. On note , soit et

45

. Ladimensionnement de certaines grandeurs caractrisant lcoulement permet de mettre en vidence linfluence de certains termes. Pour cela, on dfinit des grandeurs de rfrence :

prf pression de rfrence ; Vrf vitesse de rfrence (valable pour les trois composantes u, v, w) ;

contrainte de rfrence ; Lrf longueur de rfrence (valable pour toutes les longueurs du problme) ;

Les grandeurs avec

sont les grandeurs sans dimension.

En appliquant ces relations au bilan dynamique, il vient :

(5)

Deux termes sans dimension apparaissent (i) Le nombre dEuler E =

Un certain nombre de coefficients arodynamiques sont issus du nombre dEuler. En coulement interne, travers une conduite, on dfinit un coefficient de pertes de charge K tel que

pi reprsente la variation de pression darrt entre deux sections de la conduite et uq2 la vitesse dbitante.

46

Les fosses nasales tant assimiles une conduite horizontale, cest ce coefficient qui nous intressera tout au long de cette tude. (ii) Un coefficient li aux frottements C =

A partir de ce terme, on peut dfinir des coefficients sans dimension reprsentatifs des pertes par frottements, tels que coefficient de frottement local Cf .

Linfluence de ces termes dans lquation adimensionn renseigne sur la nature des pertes (frottements ou pressions) et leur importance. En effet, cest linfluence de ces termes qui pilote les courbes rhinomanomtriques (courbes dbit/pression) utilise par les mdecins pour mesurer le taux dobstruction dun patient

4.2 Mise en vidence de la perte de charge : Cas gnral Considrons la forme intgrale de lquation de quantit de mouvement (4) applique au volume ! dlimit par la surface dcrit sur la figure 2.3.

Notation :

Les indices 1, 2 et p se rapportent respectivement aux deux zones dchanges (entre/ sortie) et la paroi.

Les contraintes visqueuses se limitent aux contraintes dues aux frottements la paroi notes .

Lquation (4), projete sur , applique chaque surface S1, S2, Sp scrit

(5)

47

En introduisant les pressions darrt p + .V2 = pi , ou pi est une pression darrt en tout point de lcoulement et avec V2 = u2 + v2 + w2

La relation (p + .u2) scrit p + .u2 = [p + ..V2] + .u2 .[u2 + v2 + w2] = pi + ..u2 . [v2 + w2]

Lquation gnrale dcrivant les coulements dans une conduite horizontale scrit alors (6)

Granouillet, [1], en 2003 a effectu plusieurs simulations dcoulements dans les fosses nasales pour diffrents dbits en phase dinspiration et dexpiration. La connaissance de certaines grandeurs caractristiques issues du calcul permet de simplifier lquation (6), et ainsi de mettre en vidence les pertes de charge dans ce type de conduite.

4.3 Cas particulier : lexpiration A lexpiration, lentre du domaine correspond la surface S2, tandis que la sortie correspond la surface S1 (cf. fig. 2.3). Les rsultats de simulation issus de Granouillet, [1], indiquent qu lexpiration pour un dbit de 200 cm3.s-1, c'est--dire pour une respiration dite normale, la pression darrt pi2 sur la surface dentre S2 peut tre considre comme constante. Son intgration sur S2, dans lquation (6), est possible et

S2 : entre S1 :sortie

Carrefour Aro-digestif

48

Sur S2, la pression darrt relative pi2 varie entre 16 Pa et 18,8 Pa. Elle peut tre considre comme constante et gale 17,5 Pa. La perte de charge moyenne sur le domaine en phase dexpiration est dfinie telle que : (7)

La perte de charge lexpiration scrit, en introduisant la pression pi2 dans lintgrale sur S1 (8)

Soit, en introduisant la relation (7) :

(9)

est le dficit de vitesse longitudinal, ce terme quantifie la perte

de quantit de mouvement dans laxe de lcoulement.

49

est le dficit de vitesse tourbillonnaire, ce terme

quantifie la mise en rotation du fluide lie, par exemple, des modifications de gomtrie de la conduite.

est la perte par frottement sur les parois rapporte

, ce terme quantifie la

perte de quantit de mouvement li au caractre visqueux du fluide considr, en loccurrence lair dans le problme qui nous intresse. est homogne une pression rapporte une surface. Ce terme quantifie

peut tre leffet de la compliance dans le calcul des pertes de charge global au sein des cavits nasales, c'est--dire leffet des dformations du domaine lies des variations de pressions.

Cette dcomposition en plusieurs intgrales permet, selon le problme pos, de sintresser plus particulirement lune devant les autres. Pour quantifier la perte de charge globale dans la conduite, il suffira dtudier sparment chaque composante.

4.4 Cas particulier : linspiration Comme dans le cas de lexpiration, lobjectif est de simplifier lquation (6) laide de rsultats issus des simulations effectues par Granouillet, [1] en 2003 et den dduire une formule mettant en vidence les pertes de charges dans une conduite horizontale.

S1 : entre

S2 : sortie

50

Sur la figure 2.5, il apparat que le champ de pression darrt au niveau de la section de sortie, S2 en phase dinspiration, peut tre considr comme constant. En effet, les valeurs varient entre 200 et 210 Pa environ. Ainsi la pression darrt sur la section S2 est constante et gale 205 Pa. Son intgration sur S2, dans lquation (6), est possible et

La perte de charge moyenne sur le domaine en phase dinspiration est dfinie telle que : (10)

La perte de charge lexpiration scrit, en introduisant la pression pi2 dans lintgrale sur S1

(11)

Soit, en introduisant la relation (10) :

(12)

51

Ainsi, la connaissance de certaines grandeurs physiques (profils de vitesses en entre et en sortie de domaine, section dentre et de sortie,) permet de quantifier de manire exacte la perte de charge dans les fosses nasales lexpiration et linspiration.

Croce et al, [22], compare des rsultats exprimentaux et ceux issus dune simulation. Le modle utilis est issu dun cadavre donn par le laboratoire danatomie de la facult de mdecine Jacques Lisfranc (St Etienne, France). Un tube est rajout la sorite du modle, lextrmit du nasopharinx. La reconstruction numrique utile la simulation a t faite partir de 196 CTscans axiales espaces de 0,5mm. Lexamen tomodensitomtrique est fait sur la maquette utile lexprimentation. Par consquent, les deux modles tudis sont identiques. Pour les mesures exprimentales, linspiration, lcoulement est gnr laide dune turbine connecte lextrmit du nasopharinx. A lexpiration, la turbine est remplace par une source dair comprim. Ltude est faite linspiration et lexpiration pour chaque narine sparment puis pour un coulement traversant les deux cavits simultanment. Les mesures sont reportes sur une courbe =f(Re) ; ou reprsente un coefficient de perte de charge et Re le nombre de reynolds. Lcoulement est tudi laide dun pneumotachographe coupl des capteurs de pression diffrentielle (Validyne DP45, Northridge, CA).

Le coefficient de perte de charge est dfini tel que:

Et le nombre de Reynolds : 52

 est la masse volumique du fluide considr et

est la vitesse moyenne calcule dans le

tube situ la sortie du modle. Dtube est le diamtre de ce tube (Dtube=2,48 cm). est la viscosit cinmatique. Lors de la simulation, les calculs sont faits pour de lair. Les mmes grandeurs que pour lexprimentation sont calcules. Une comparaison des variations de pression darrt mesur pour de lair linspiration lorsque le fluide traverse les deux narines est effectue. La perte de charge en fonction du dbit est trace dans les deux cas, exprimentaux et numrique, sous forme adimensionnelle, telle que =f(Re). Les rsultats semblent se corrler assez bien. Il serait intressant, lors de notre tude, de tracer les courbes =f(Re) obtenues la fois partir des examens rhinologiques et de la simulation numrique. Cependant les pertes de charge peuvent tre dtermin en utilisant les formules nonces dans le consacr aux coulements en conduite. De plus, une autre vitesse dbitante pourrait tre choisie.

53

Chapitre 3 Cration du Volume Nasal

De lexamen clinique au maillage surfacique

1. Introduction
54

Le laboratoire darodynamique du CNAM a dvelopp laide du logiciel Matlab un outil, nomm RQle, capable de reconstruire un volume partir de donnes tomodensitomtriques dans le plan coronal, cf. chap. 1 2.b. Au cours de lanne 2006, une procdure de reconstruction partielle du volume a t mise au point au laboratoire. Ce travail a t effectu par Chouzenoux, [2], dans le cadre dun stage effectu au Nouvel Hpital Paris Sud et au CNAM. Seule la partie postrieure des cavits nasales avait t traite, de la valve nasale au carrefour aro-digestif (CAD), cf. fig. 3.1.

Fig. 3.1 : reconstruction partielle de la valve nasale au CAD

La partie antrieure des fosses nasales, de la narine la valve nasale, est traite diffremment par rapport au reste du volume. Dans la suite de ce chapitre, les tapes de reconstruction sont dtailles, depuis la procdure dacquisition des donnes cliniques jusqu lobtention dun maillage surfacique dcrivant le volume nasal dans son ensemble, c'est--dire des narines jusquau carrefour aro-digestif, cf. fig. 3.2.
Fig. 3.2 : reconstruction complte de la narine au CAD

Pour la partie antrieure, la difficult rside dans la dtermination de la surface dchange (narine) avec lextrieur. En effet, les scanners traits par RQle sont orients suivant le plan 55

coronal, or la narine est situe dans un plan diffrent. Le plan de la narine dpend du cas trait et de lorientation du patient au moment des examens cliniques.

Plan de la narine

Plan axial Plan coronal

Fig. 3.3 : dfinition du plan de la narine

Ainsi la narine est dfinit sur plusieurs scanners successifs. Le maillage surfacique que lon souhaite obtenir doit tre ferm, cela implique que les surfaces dchanges (entre/sortie) doivent tre mailles comme le reste du volume, mais les nuds dlimitant ces surfaces sont rfrencs diffremment afin que les conditions aux limites puissent tre dfinies correctement au moment du calcul. Schmatiquement, les tapes de cration du maillage surfacique sont les suivantes : 1. Acquisition des scanners tomodensitomtriques 2. Seuillage des scanners 3. Modification des images 4. Extraction des contours 5. Lissage des contours 6. Rpartition de points caractristiques 7. Obtention dun maillage surfacique

Les tapes 3 et 6 doivent tre traites diffremment selon que lon se trouve dans la zone antrieure (entre la narine et la valve nasale) ou dans la zone postrieure ( partir de la valve nasale). Pour les autres tapes, le traitement est le mme dans les parties antrieure et postrieure des fosses nasales. Dans ce chapitre, chaque tape sera dtaille pour le domaine entier. Lorsque cela savrera ncessaire, la partie antrieure sera traite sparment du reste de la cavit.

56

2. Acquisition des scanners tomodensitomtriques

.1 Examens cliniques Afin de minimiser les imperfections sur le volume final, il est indispensable de respecter une procdure dacquisition des donnes utilises lors de la reconstruction. Tout dabord, tous les examens doivent avoir lieu le mme jour et le patient doit tre dans les mmes conditions pour chacun deux. La connaissance du cycle nasal, par exemple, peut tre un indicateur permettant de dcider quand effectuer les examens. Les trois examens effectus sont une tomodensitomtrie, une rhinomanomtrie active antrieure (RAA) et une rhinomtrie acoustique. Le premier sert directement la reconstruction, les deux autres seront utiliss afin de pouvoir comparer les rsultats des calculs avec des donnes objectives. La tomodensitomtrie est effectue en position couche sur le dos. Par consquent, les examens rhinologiques doivent tre fait dans la mme position et dans un dlai le plus court possible. Ceci afin dviter que les cavits nasales soit modifi du fait du cycle nasal par exemple, Granouillet [1].

a. La tomodensitomtrie Lappareil utilis au Nouvel Hpital Paris Sud est un scanner 16 barrettes dernire gnration (cf. chap. 1). La tomodensitomtrie est effectue dans le sens axial. Les scanners obtenus sont appels les coupes natives. De ces rsultats, la machine est capable de reconstruire les scanners dans les autres directions, avec lespacement et le nombre de scanners souhaits. RQle permet, pour le moment, de travailler uniquement sur les coupes coronales. A terme, il serait prfrable de travailler directement sur les coupes axiales. Pour le projet dcrit dans ce mmoire, le service de radiologie de lhpital nous a fourni les 200 coupes natives ainsi que 40 coupes coronales et 40 coupes sagittales. Ayant travaill uniquement dans la direction coronale, nous ne nous intresserons pas aux autres scanners.

57

Scanners manquants

Rteau

Fig. 3.4 : gauche : dcoupage standard (20 scanners). droite : 40 scanners moins espacs , contenant la totalit des cavits.

Lors de la rcupration des scanners, la premire image du dossier concernant les coupes coronales reprsente une coupe native sur laquelle apparat une chelle (rteau) prcisant le nombre de scanners fournis dans cette direction, leur espacement ainsi que le domaine englob. Au dpart, sans instructions de notre part, les radiologues nous fournissent 20 scanners espacs de 4,1 mm (fig.1 scanner gauche). On voit que les cavits nasales ne sont pas entirement reprsentes laide de ces 20 images. Cest pourquoi, il est impratif de dfinir un protocole avec lquipe mdicale afin que les coupes fournies dcrivent totalement le domaine. Le technicien radiologue peut modifier la taille, lespacement et la direction du rteau sa guise. Le rsultat de cette demande apparat sur limage de droite. Cependant, lchelle est un peu dcale par rapport au sens coronal. Lors des prochains projet, ce point ne devra pas tre nglig, puisquil induit une lgre erreur daxe au moment de la reconstruction. Les scanners utiliss sont espaces de 2,5mm et sont au nombre de 40. Seulement 32 scanners seront effectivement utiliss pour la modlisation. Plus les scanners sont proches, plus on est sr de la qualit de la reconstruction. Dans les rsultats qui suivent il semble que la distance choisie, soit 2,5 mm dcart, est suffisante. Pour autant rien nempche de diminuer cette distance et de travailler avec plus de scanners. Le logiciel RQle permet de crer des coupes intermdiaires fidle la gomtrie relle. Dans le 58

cadre de ce projet, on a choisi de recrer un certain nombre de coupes intermdiaires. Cette opration est totalement automatique et trs rapide. Cependant, si lon choisit de travailler avec des scanners moins espacs, il ne sera alors pas ncessaire de crer des coupes intermdiaires, par contre le temps pralable de traitement des scanners dorigine sen trouvera dautant plus allong.

b. Les examens fonctionnels Pour augmenter les chances que le volume nasal ne soit pas sujet des modifications entre chaque examen (gonflement/dgonflement des cornets du au cycle nasal par exemple), il est prfrable que tous les examens soient faits au mme moment et dans les mmes conditions. Les examens fonctionnels doivent donc avoir lieu juste avant ou juste aprs lexamen radiologique. Lexamen tomodensitomtrique est effectu en position couche, en consquence les examens rhinologiques doivent tre fait en position couche. Les rsultats de rhinomanomtrie active antrieure (RAA) serviront la comparaison avec les rsultats issus de la simulation. En effet, il est ais aprs calcul de rcuprer des donnes concernant lvolution du dbit et des pressions lintrieur du domaine. Les pertes de charge seront dtermines en utilisant les formules mises en vidence dans le chapitre prcdant traitant des pertes de charge en conduite appliqu aux conditions aux limites imposes par la respiration. Les rsultats de rhinomtrie acoustique, eux, seront utiliss pour valider le processus de reconstruction du volume par comparaison des dimensions des surfaces obtenues laide de lexamen fonctionnel avec celles obtenues laide de Matlab sur le volume reconstruit. Une fois ces examens effectus, la prochaine tape consiste rcuprer les scanners et reconstruire le volume nasal laide du logiciel RQle.

.2

Rcupration des donnes tomodensitomtriques

La Toolbox de traitement dimages de Matlab (Image Processing) permet de travailler avec des fichiers au format DICOM. a. La fonction dicominfo

59

Elle permet daccder de nombreuses informations textuelles concernant lexamen scanner :

>> info=dicominfo('IM1')

On y retrouve des informations sur limage, sur la marque, le modle du scanner utilis, sur le patient La variable info est de type struct (structure de donnes). Cest un tableau. Il est possible daccder toutes les donnes de la variable info. Si lon veut connatre le nom du fichier il suffit de taper dans Matlab la commande : >> info.Filename On obtient le rsultat : ans = IM1 Linformation voulue peut aussi tre une variable de type struct. Le nom du patient, par exemple, renvoie avec la commande dicominfo un rsultat du type PatientName: [1x1 struct] C'est--dire une variable de type struct de dimension [1x1] Et la commande : info.PatientName ans = FamilyName: 'CASTELNEAU' GivenName: 'JULIEN'

b. Les fonctions dicomread et imshow dicomread permet de lire limage contenue dans le fichier DICOM sous forme dune matrice. Ici, cest une matrice 512x512. Cette information est contenue dans la variable info. imshow permet de visualiser limage. Nos fichiers DICOM sont cods sur 16 bits (cf. info. BitDepth sous Matlab). C'est--dire que la palette de couleur est code sur 16 bits. Le scanner est une image en N&B. 60

En fait, il y a 2^16, soit 65536 niveaux de gris. 0 correspond au Noir et 65536 au Blanc. Chaque image nutilise pas la plage entire. Les commandes suivantes renvoient : >> scan1=dicomread('IM1'); >> min(min(scan1)) ans = -2000 >> max(max(scan1)) ans = 4797

>> scan100=dicomread('IM100'); >> min(min(scan100)) ans = -2000 >> max(max(scan100)) ans = 2932 scan1 est cod sur 6797 niveaux de gris et scan100 sur 4932. La commande imshow(Scan1) sans paramtre affiche limage avec la palette complte, soit 65536 niveaux.

61

fig. 3.5 imshow(Scan1)

La commande imshow(Scan1,[ ]) renvoie le mme rsultat que la commande imshow(Scan1,[-2000 4797]), c'est--dire que le scanner est affiche avec sa palette par dfaut soit 6797 niveaux de gris.

Fig. 3.6 imshow(Scan1,[ ]) imshow(Scan1,[-2000 4797])

62

Il peut tre intressant de modifier le nombre de niveaux. Pour cela, il suffit de spcifier les valeurs hautes et basses dans la commande imshow. Toutes les valeurs infrieures la valeur basse seront affiches en Noir, celles suprieures la valeur haute en Blanc. On choisit dafficher les scanners sur une palette de 4096 niveaux soit 12 bits. La commande scrit alors imshow(Scan1,[0 4095]).

fig. 3.7 imshow(Scan1,[0 4095])

Tous les scanners sont affichs avec cette palette. En effet, le contraste plus prononc permet un seuillage plus ais de limage. Ce choix est arbitraire. Pour les prochaines tudes, il pourrait tre prfrable de choisir une palette diffrente, limportant tant de garder une palette identique pour chaque reconstruction. Le choix de la palette se fera alors en visualisant lensemble des scanners pour diffrentes rsolutions. De mme, il faudra vrifier chaque fois la rsolution de limage et sur combien de bits celle-ci est code. Ltape suivante est fondamentale pour la qualit et la ralit du volume reconstitu. Dans un premier temps, on va effectuer un seuillage des scanners afin dobtenir des images en N&B. Puis un outil de modification va nous permettre damliorer limage obtenu afin de faciliter ltape dextraction des contours.

3. Seuillage des scanners

Cest la premire opration effectuer sur les scanners dorigine. Cela consiste dfinir une valeur seuil S. Tous les pixels de limage ayant une valeur infrieure S prendront la valeur 0 (cest dire Noir) et ceux suprieure S prendront la valeur 1 (cest dire Blanc). 63

La nouvelle image cre est une matrice 512x512 ou chaque cellule peut prendre la valeur 0 ou 1. Elle est sauve dans un rpertoire nomm coro-seuil (cf. annexe 2) sous le nom scanmod1XX.mat (ou XX reprsente le numro du scanner). Le fait dafficher les scanners sous forme binaire permet de faciliter le travail dextraction des contours. Les zones Noires correspondent aux parties ariennes, tandis que les Blanches reprsentent la matire (os, cartilages,).

3.1 Principe : On dfinit S tel quil puisse varier entre 0 et 100. Le seuil est dfinit de la manire suivante Seuil = 4095*(S/100) Selon la valeur de S, Seuil varie, et limage binaire sen retrouve modifie. Plus S est grand, plus il y a de zones blanches et plus les zones ariennes augmentent. Ainsi, par cette opration, on agrandit le conduit nasal, et inversement lorsque S diminue.

3.2 Problme : A la question O se situe la frontire entre lair et la matire ?, il est impossible de rpondre de manire exacte, du fait mme de la nature de la paroi nasale (prsence de poils, de mucus, porosit du conduit,) et de lincertitude lie lexamen tomodensitomtrique (position du patient). Ce problme fait dailleurs lobjet dun certain nombre de projets de recherche actuels.

64

Fig. 3.8 : Scanner dorigine IM10 : coupe coronale

Sur limage ci-dessus, la frontire dlimitant la zone arienne semble vidente. Pourtant cette frontire inclut elle le mucus ? Si oui, est ce raliste de lintgrer dans la gomtrie si on nen tient pas compte lorsque lon devra dfinir les conditions la paroi pour le calcul ?

De cette interrogation dcoule directement deux autres problmes.

1. Autour de quelle valeur doit fluctuer S pour que la zone arienne dfinie soit la plus proche de la gomtrie relle ?

2. Une fois cette valeur trouve, quelle variation de la valeur Seuil est acceptable pour conserver une gomtrie raliste tout au long des fosses ? En effet, chaque fois que le seuil est modifi, la paroi sen trouve automatiquement dcale. Or le conduit nasal est continu. La section du conduit ne peut pas varier alatoirement dune coupe lautre. La gomtrie ainsi conue deviendrait compltement irraliste.

65

Seuil dfinit pour S=40

Seuil dfinit pour S=20

Fig. 3.9 :Coupe coronale IM10

Aprs avoir fait varier la valeur S sur toute sa plage pour chaque scanner et pour diffrents patients, il est apparu que cest pour S=20 que les images obtenues aprs seuillage sont les plus fidles aux scanners originaux. Il a alors t dcid dautomatiser cette opration en forant S 20. Dautant plus que le choix de cette stratgie permet de rpondre au second problme soulev ci-dessus.

Remarque :

Loption de seuillage manuel nest actuellement plus prsente dans le logiciel RQle. Lutilisateur na pas le choix, il doit seuiller les scanners de manire automatique et il ne peut aucun moment modifier le paramtre S, ici S=20. Il pourrait tre utile de rajouter tout de mme une option de gestion du seuil. En effet, cette procdure automatique est adapte au problme pos ici. Or, lobjectif de ce logiciel est de pouvoir tre implant facilement dans nimporte quelle structure. Il doit donc offrir la possibilit aux utilisateurs de grer un maximum de variables afin de sadapter au mieux diffrents cas de figures. Dans ce cas, il faudra sintresser au problme de la variation du seuil dune image lautre et la ralit dune gomtrie obtenue ainsi. 66

 Le problme de la frontire relle nest pas rgl. On ne sait toujours pas si le mucus, les cils, sont lintrieur ou non de la zone slectionne. A lheure actuelle, personne nest capable de rpondre cette interrogation. En consquence, le choix, pour le moment, est de ne pas tenir compte de cette incertitude. Paralllement ce travail, une tude est en cours au sein du laboratoire darodynamique du CNAM afin de connatre linfluence du mucus sur lcoulement. Soit quil nen a pas et on peut le ngliger dans les simulations numriques. Sinon, il faudra quantifier son effet et en dduire une loi de paroi adapte. Dans ce cas il sera indispensable de connatre lpaisseur de ce mucus afin de sassurer quil fait ou non partie des contours utiles la reconstruction des fosses nasales.

Le seuillage automatique S=20 a lavantage dtre trs rapide (quelques secondes). Cependant certaines incohrences peuvent apparatre sur les images seuilles, en particulier pour les pathologies lourdes, du fait, par exemple, de la finesse des contours obstrus. Certaines modifications doivent alors tre apportes limage binaire. Un outil a donc t labor pour rpondre ce problme.

N.B : Le seuillage est la premire opration effectuer sur les scanners fournit par les mdecins. Il faut ensuite slectionner les images que lon veut traiter. Cest aprs seulement que lon aura accs aux boutons permettant de modifier et dextraire les contours.

4. Modification des images seuilles :

Dans lexemple de la figure 3.9, sur limage ou le seuil est fix S=20, le contour de gauche ne pose pas de problme. Par contre le contour de droite est spar en deux. Or, une des contraintes imposes par le logiciel RQle est lobligation dextraire des contours connexes.

67

Cette discontinuit peut sexpliquer de plusieurs faons 1. Obstruction trs importante chez le patient 2. Mauvaise position du patient lors de lexamen 3. Du fait du cycle nasal, la narine du patient peut sembler obstrue alors quil ne sent pas de gne en temps normal.

Mme en cas dobstruction trs importante, les fosses nasales restent tout de mme un conduit unique. Les endroits ou les parois sont collabes laissent passer lair mme en trs petite quantit. Il ne faut pas oublier que la paroi est poreuse et mobile.

Dautres problmes peuvent apparatre sur les coupes aprs seuillage. Par exemple : 1. Continuit entre le conduit nasal et les sinus (par lintermdiaire de lostium pour le sinus maxillaire par exemple). La circulation dair dans ce type de conduit tant ngligeable, on a fait le choix de ne pas en tenir compte. 2. Il est possible que la cloison nasale semble inexistante. Or, un passage reliant les deux fosses ne peut exister ( part bien sur au niveau du carrefour arodigestif). 3. Les coupes correspondant la narine sont ouvertes latmosphre. Il est ncessaire de les fermer avant dextraire les contours. Ce problme est dtaill au 5.2

68

Passage entre le conduit nasal et le sinus

Cloison nasale irraliste

Fig. 3.10 : Zoom dIM25 seuille

Un outil de modification manuel a t mis au point au laboratoire darodynamique du CNAM et intgr au logiciel RQle.

4.1 Principe : Cette option permet de transformer une zone noire en zone blanche et inversement, en forant certains pixels la couleur choisie.

1re tape : Lutilisateur dfinit une zone modifier laide de la souris. Sur la figure 3.10, lextraction du contour ne peut pas tre effectue tant que certaines modifications nont pas t opres. Sur le contour de gauche, le conduit nasal est interrompu dans sa partie haute proche de la cloison. Cela nest pas raliste. Il faut reconstruire manuellement la zone manquante. Inversement, sur le contour de droite, le conduit nasal et le sinus sont relis. Il faut les sparer puisque un choix a t fait de reconstruire les fosses nasales seules en excluant les sinus. Lutilisateur slectionne plusieurs points dcrivant le contour. Ceux-ci seront ensuite relis, en rouge, par une courbe de Bzier, cf. figure 3.12. Le choix dune courbe type Bzier rpond au besoin de crer des formes raliste.

69

Un outil de type polygone naurait pas pu rpondre cette exigence, alors que les splines permettent dobtenir des courbes plus adaptes des gomtries complexes.

2me tape : Lutilisateur force la valeur des pixels (0 ou 1) dans la zone slectionne en cliquant dans une zone ou les pixels ont la couleur souhaite. Ce travail est long et fastidieux. Il demande, avant tout, une bonne connaissance anatomique des fosses nasales. De plus, afin dassurer la continuit du domaine 3D, les modifications apportes doivent tre effectues en prenant en compte la forme des contours situs avant et aprs la coupe traite. Une fois toutes les modifications apportes, un contrle de toutes les images est impratif.

Fig. 3.11 : Interface RQle : outil de modification et de slection des contours

70

Slection de la zone modifier

Rsultat de la modification

Fig. 3.12 : modification dun contour

4.2 Traitement particulier : la narine : Les scanners qui dcrivent les zones dchanges, en particulier les narines doivent subir une modification particulire avant dextraire le contour. En effet, ces contours ne sont pas connexes, puisque ces scanners se trouvent en contact avec latmosphre, comme indiqu sur la figure 3.13. Le maillage surfacique devra tre ferm toutes ses extrmits. En consquence, il faut boucher les narines

Loutil de modification est utilis pour fermer les contours et les rendre connexes. Le numro
Conduit contact avec des scanners concerns doit tre nots par lutilisateur, ce sera utilenasal au en moment de la Fermeture de la narine en vue reconstruction de lextraction. pour rfrencer Le conduit nasal nest plus en contact avec latmosphre latmosphre

les surfaces dchanges du maillage surfacique.

Atmosphre

Narine : zone dchange entre lextrieur et le conduit nasal

Fig. 3.13 : scanner n6 traitement spcial pour les narines

71

Scanner n3

Scanner n4

Scanner n5

Scanner n6

Scanner n7

Scanner n8

Scanner n9

Scanner n10

Fig. 3.14 : images seuilles narine avant modification et fermeture

Scanner n3

Scanner n4

Scanner n5

Scanner n6

Scanner n7

Scanner n8

Scanner n9

Scanner n10

Fig. 3.15 : images seuilles narine aprs modification et fermeture

72

Attention, cette tape est trs longue et ne peut pas tre automatise. La bonne ralisation de cette opration joue un rle prpondrant sur la qualit et la ralit du maillage surfacique. Une fois que toutes les images binaires ont t vrifies et modifies, si besoin, lutilisateur peut passer ltape suivante, savoir lextraction des contours dlimitant les cavits nasales.

5. Extraction des contours :

On cherche extraire des images binaires les contours des fosses nasales. A ce moment du travail, nous disposons dimages binaires o les contours des fosses sont aisment localisables et indpendants du reste de limage (suppression des artefacts et reconstruction de coupes non connexes laide de loutil de modifications). Il ne reste plus qu les extraire de limage N&B. Lextraction se fait en deux tapes. Tout dabord lutilisateur clique au centre du contour souhait. Cest le point de dpart de lalgorithme dextraction. Le reste du processus est automatique.

5.1 Principe : Limage traite est une image binaire. Les pixels ne peuvent donc prendre que les valeurs 0/1. Lutilisateur slectionne avec la souris un point A au centre du contour extraire (fig. 3.16). La valeur du pixel est obligatoirement 0, soit la couleur noire, puisque il se trouve dans une zone arienne. Les coordonnes (y,z) de ce point sont enregistres. Lalgorithme utilis est le suivant: Dplacement automatique vers la droite partir du point slectionn, c'est--dire incrmentation automatique de la coordonne y du point slectionn. Pour chaque incrmentation, la valeur du pixel correspondant est note. Tant que le pixel vaut 0, lincrmentation continue. Ds que la valeur du pixel point passe 1, ce qui correspond la couleur blanche, alors le contour est atteint. Lincrmentation en y sarrte et les coordonnes (y,z) du nouveau point B sont enregistres (fig. 3.16).

73

Point A : Lutilisateur clique au centre du contour extraire

Point B : dbut de la dtection du contour

Clic au centre du contour souhait

Le contour saffiche en rouge

Fig. 3.16 : dtection du contour

5.2 La fonction bwtraceboundary : La Toolbox de Matlab, nomme Image Processing, met notre disposition la fonction bwtraceboundary

Pour fonctionner, cette fonction a besoin en entre de: Limage traiter (limage binaire) ; Le point de dpart o effectuer la dtection obtenu par incrmentation (le point B); La direction initiale ou doit se faire la dtection (on choisit N pour nord).

Ensuite lalgorithme consiste, partir du point B, cf. fig. 3.16, sonder les pixels connects et ayant la mme valeur (ici 1). Le contour est trac de manire itrative par balayage des pixels. Cette fonction retourne une matrice (Nx2), ou N correspond au nombre de pixels dfinissant le contour. Les 2 colonnes correspondent aux coordonnes y et z de chaque point appartenant au contour.

Rappel : 74

Les scanners correspondant aux coupes coronales sont dfinis, x constant, dans le plan (y,z) et chaque scanner est distant du suivant dune valeur dx. Une fois cette tape effectue, il reste encore plusieurs traitements raliser avant de pouvoir reconstruire le volume. Les contours obtenus ont une structure en escalier dpendante de la rsolution initiale des images (ici, 512x512). Les contours sont, en fait, une suite de pixels relis par des segments. De plus, chaque coupe nest pas dfinie par le mme nombre de pixels sur son contour, et le point de dpart des contours nest pas le mme. Ces deux conditions sont pourtant indispensable pour que le maillage surfacique ainsi cr soit de bonne qualit. Nous dtaillerons ces problmatiques un peu plus loin dans ce chapitre. Avant de sauvegarder les contours ainsi dfinis, on ralise un lissage. Cette tape est entirement automatise. Elle est transparente pour lutilisateur.

6.

Lissage 2D des contours :

75

Fig. 3.17 : IM10 : Superposition du contour avant lissage (rouge) et aprs lissage (bleu)

Un algorithme de lissage disponible sur le site dchange de fichiers des utilisateurs de Matlab est utilis. La fonction utilise sappelle ncs2dapprox(y, z, MaxAllowedSqDist). Cette fonction lisse la courbe dorigine laide de loutil spline ; largument MaxAllowedSqDist impose la condition suivante : le carr de la distance entre un point de la courbe dorigine et un point de la courbe issue de la spline ne doit pas dpasser la valeur de cet argument. Dans notre cas, MaxAllowedSqDist est impos 4. La fonction spline est une fonction dinterpolation intgre la Toolbox Matlab, Image processing.

76

contour brut

contour liss

zoom contour brut

zoom contour liss

Fig. 3.18 : IM10 avant et aprs lissage

Lalgorithme de lissage scrit (cf. fonction interne RQle validcontcoro.m) :

ei= length(y); initialbreaks=[1;ei]; MaxAllowedDist=4; MaxAllowedSqDist=MaxAllowedDist^2; [by,bz,nalbreaks,MasSqDist]=ncs2dapprox(y,z,MaxAllowedSqDist); t = nalbreaks'; pp1= spline(t,[by,bz]'); [breaks,coefs,l,order,d] = unmkpp(pp1); range = linspace(1,nalbreaks(end),nalbreaks(end));

77

yizi = ppval(pp1,range); y=yizi(1,:)'; z=yizi(2,:)';

Le contour avant lissage est dcrit par les vecteurs x, y et z de dimension (1xn). (n correspond aux nombres de pixels prsents sur le contour trait. Il peut varier dun contour un autre). On impose MaxAllowedDist 4, do la valeur de MaxAllowedSqDist est 16. La commande
[by,bz,nalbreaks,MasSqDist]=ncs2dapprox(y,z,MaxAllowedSqDist);

retourne 3 vecteurs by, bz et finalbreaks de dimension (16x1). MasSqDist est un scalaire. by (respectivement bz) contient 16 points de y (resp. z) galement rpartis. finalbreaks reprsente les indices des points de y (resp. z) utiliss pour crer by (resp. bz). MasSqDist reprsente le nombre de points moyen entre chacun des 16 points extraits de y et z. t est le transpos de finalbreaks. La commande
pp1= spline(t,[by,bz]');

applique une interpolation par spline cubique aux vecteurs by et bz. La fonction unmkpp permet dextraire les informations caractrisant le polynme pp1. breaks reprsente lindice des points utiliss pour linterpolation ; c'est--dire t. coefs les coefficients qui dcrivent le polynme. l le nombre de points, order lordre du polynme et d la dimension. range est un vecteur de dimension (1xn) contenant tous les entiers entre 1 & n. Enfin la commande
yizi = ppval(pp1,range);

dfinit les points du polynme dcrivant la spline pp1. On impose que ce polynme soit dcrit par n points. Les vecteurs y et z sont remplacs par leurs nouvelles coordonnes calcules laide de ppval. Les coordonnes (x,y,z) de chacun des contours sont sauvegards suivant lalgorithme:
Pour i allant de 1 n ysauv(i,:)=y(i,:) zsauv(i,:)=z(i,:) xsauv(i,:)=(XX-1).dx FinPour

XX est le numro du scanner trait et dx la distance entre deux scanners 78

Pour chaque scanner trait, ces coordonnes sont sauves dans le rpertoire chomtypocoro, sous forme de trois vecteurs colonnes ; xcoro1XX.mat, ycoro1XX.mat et zcoro1XX.mat. Ces fichiers aux extensions .mat pointent sur les vecteurs xsauv, ysauv, zsauv de dimension n

cd(/nezA/chomtypocoro) XX=XX+100 nomfich = ['xcoro',num2str(XX)]; save (nomfich, 'xsauv') nomfich = ['ycoro',num2str(XX)]; save (nomfich, 'ysauv') nomfich = ['zcoro',num2str(XX)]; save (nomfich, 'zsauv')

6.1 Interpolation: Principe Une interpolation est une opration mathmatique par laquelle on calcule la position dun point dans une courbe dont on ne dispose pas dquation. En pratique, une distribution de points discrte est rpartie dans un espace. Lensemble de ces points dfinit un contour. Lobjectif est de relier ces points afin dobtenir le contour voulu. Pour cela, on utilise un polynme pour estimer localement (entre deux points) lquation reprsentant la courbe dterminant la valeur entre les points de mesures. Diffrents types dinterpolation polynomiales existent. Une mthode sera choisie plutt quune autre selon le niveau dapproximation tolre. La mthode la plus simple mais la moins exacte est linterpolation linaire. Cela consiste considrer que lquation de la courbe entre chaque point est une droite. Soit deux points conscutifs sur le contour p1(x1,y1) et p2(x2,y2). Lquation de la droite est donne directement par le calcul de la pente:

Cette mthode lavantage dtre trs simple mettre en uvre, cependant pour dcrire des formes relles, telles que des fosses nasales, linterpolation linaire nest pas assez exacte. Le contour obtenu ne parat pas raliste.

79

Dfinition mathmatique : Diffrentes mthodes dinterpolations existent telles que linterpolation cubique ou linterpolation par spline cubique.

mthode cubique

Linterpolation de f sur [a; b] est un polynme g tel que g(a) = f(a) g(b) = f(b) g(a) = f(a) g(b) = f(b)

Dans ce cas, les conditions de continuit sur la fonction et sur la drive premire sont imposes.

mthode par spline cubique

Une condition de continuit sur sa drive seconde est applique, soit : Linterpolation de f sur [a ; b] par la mthode des splines cubiques est la fonction g dfinie par : g(a) = f(a) g(b) = f(b) g(a) = f(a) g(a) = f(a)

g(b) = f(b) g(b) = f(b)

80

Pour effectuer lopration de lissage sur les contours extraits, la mthode dinterpolation par spline cubique est prfre.

7. Rpartition des points caractristiques

Cette opration est une tape trs importante. Sa mise en uvre conditionne la bonne qualit du maillage surfacique obtenu en fin de processus. Elle passe par la rpartition de certains points caractristiques de la gomtrie afin dobtenir une structure matricielle idale pour la cration dun maillage structur.

7.1 Problmatique : Suite lopration dextraction, un contour est reprsent par un nuage de points en 3 dimensions. Chacun deux est dfini exactement par les 3 vecteurs xsauv, ysauv et zsauv de dimension n (cf. prcdent). Or, tous les contours sont diffrents. Consquence :

Un nombre de pixels diffrents est utile pour les dcrire. La taille des vecteurs qui les

reprsentent sont diffrents pour chaque contour

Bien quils soient numrots dans le mme sens (consquence de lutilisation de la

direction N dans la fonction bwtraceboundary), rien nimpose que la numrotation dbute au mme niveau sur chaque contour.

Pourtant, afin dtre assur dobtenir un maillage surfacique de bonne qualit, il est essentiel que tous les contours aient le mme nombre de points et que leur point de dpart soit au mme niveau sur chacun deux. Pour rgler ce problme, le choix est fait de dfinir le nuage de point sous forme matricielle. 81

A ce stade, chaque contour est dfinit exactement par 3 vecteurs de mme dimension. Soit pour deux coupes successives, on aura : xcoro1XX.mat : coordonnes suivant x du scanner IMXX de dimension n. ycoro1XX.mat : coordonnes suivant y du scanner IMXX de dimension n. zcoro1XX.mat : coordonnes suivant z du scanner IMXX de dimension n. et xcoro1YY.mat : coordonnes suivant x du scanner IMYY de dimension m ycoro1YY.mat : coordonnes suivant y du scanner IMYY de dimension m. zcoro1YY.mat : coordonnes suivant z du scanner IMYY de dimension m. Aucun lien ne peut tre fait entre les dimensions m et n. La solution adopte est dimposer le mme nombre de points sur chaque contour. Les matrices dfinissant chaque contour doivent toutes avoir la mme dimension.

7.2 Principe : Des points caractristiques de la gomtrie doivent tre dfinis. Combien de points caractristiques sont utiles pour reprsenter un contour ? Ou placer ces points ? Deux critres sont retenus pour dfinir les points caractristiques : Dlimitation des narines Caractrisation des lments des fosses nasales (cornets, cloison)

a. Dlimitation des narines Un certain nombre de scanners coronaux (partie antrieure des fosses) correspondent aux narines, cf. 4.2. Sur lexemple ci-dessous, le scanner IM9 correspond une zone dchange avec lextrieur. Le contour est ferm laide de loutil de modification. Lors de la reconstruction 3D, les surfaces dchange (entre/sortie) devront tre rfrences. En effet, au moment de simuler les coulements, il faudra imposer au solveur des conditions aux limites. Pour cela, on doit connatre les diffrentes surfaces mises en jeu (entre/sortie/ paroi).

82

Narine : ouverture latmosphre Fermeture : outil de modification

Image binaire brut obtenue aprs seuillage du scanner dorigine.

Utilisation de loutil de modification. Lextraction peut tre faite

Fig. 3.19 : modification avant extraction du contour (rappel)

La surface dchange situe au niveau du carrefour arodigestif est dfinit dans le mme plan que les coupes coronales. Cette surface sera donc dfinie directement comme le dernier contour trait. Les parois correspondent aux contours extraits. Leur rfrencement est donc lui aussi direct. En revanche, les narines sont dans un plan diffrent de celui des coupes coronales. Une narine est dfinit sur plusieurs coupes coronales successives (leur nombre dpend de lespacement entre les scanners fournis par lhpital), cf. figures 3.14 & 3.15. Les contours tant referms (outil de modification), en plus des numros des coupes, il est impratif de reprer la frontire des narines sur chacun des contours concerns. Pour cela, le choix est fait de dfinir deux points caractristiques aux frontires des narines. Dans un souci de simplification, ces points correspondent au premier et au dernier point caractristique sur chaque contour. Pour le reste des fosses nasales, les premiers et derniers points caractristiques sont dfinis de faon rester cohrent avec la contrainte nonce cidessus.

83

Points caractristiques

8 1

Fig. 3.20 : rpartition des points 1 & 8 Dlimitation des narines

b. Caractrisation des lments des fosses nasales Lobjectif est de dcrire les lments caractristiques des cavits nasales laide dun minimum de points.

Cornet suprieur

Cornet moyen

Cornet infrieur

Scanner IM11 de droite est plus complexe que celui Scanner IM30 Limage IM11 Sur la figure 3.20, le scanner de gauche.

correspond la partie antrieure des fosses Fig. nasales, 3.20 c'est--dire entre la narine et la valve

84

nasale. Par contre limage IM30 correspond une zone plus profonde des fosses nasales, lempreinte des 3 cornets est visible.

8 points caractristiques sont fixs sur IM30. Ils sont dfinis de la manire suivante :

Points n 1 et 8 : placs de manire rester cohrent avec les frontires des narines

dfinies pour les contours correspondant aux scanners IM4 IM9.

Point n2: dfinit le milieu de la cloison nasale Point n3 : dfinit le point haut du contour Points n4, 5 et 6 : dfinissent la forme du cornet moyen Points n7 et 8 : dfinissent la forme du cornet infrieur

Deux exemples de rpartitions concernant deux zones des cavits sont prsents sur les figures ci-dessous. Le premier exemple, IM30, (fig. 3.21.a) prsente la rpartition pour une coupe situe dans la partie postrieure des fosses, lgrement en amont du carrefour arodigestif. Le second, IM6, (fig. 3.21.b) prsente la rpartition pour une coupe situe dans la partie antrieure, au niveau de la narine. Cette opration revient diviser une surface de forme complexe en 8 panneaux rguliers.

85

Scanner original

Scanner aprs seuillage et modification

Rpartition des 8 points particuliers

Fig. 3.21.a : scanner IM30 zone postrieure des cavits nasales proximit du CAD

Pour le scanner IM30 (fig. 3.21.a), les points 1 & 8 sont placs afin de rester cohrent avec lorifice des narines dcrits sur le scanner IM6 (fig. 3.21.b). De la mme manire pour le scanner IM6 (fig. 3.21.b) les points compris entre 2 & 7 sont placs afin de rester cohrent avec la rpartition choisie pour IM30 (fig. 3.21.a)

86

Scanner original

Scanner aprs seuillage et modification

Rpartition des 8 points particuliers

Fig. 3.21.b : scanner IM6 zone antrieure des cavits nasales au niveau des narines

Remarques : 1. le point n8 est utilis deux fois. Au niveau de la narine le cornet infrieur nest pas apparu. Il se trouve que la naissance du cornet infrieur et la frontire extrieure des narines est gomtriquement comparable. La reconstruction reste donc de bonne qualit bien que le point 8 est une double fonctionnalit.

2. 8 points suffisent dcrire totalement les contours. La rpartition propose ici nest pas unique. Dans le cadre du travail prcdent (cf. Chouzenoux [2]) ils ont t choisis diffremment. Cependant la dfinition des points 1 & 8 ne peut pas tre modifie, et une certaine logique lie la gomtrie doit tre garde pour la dfinition des autres points. La rpartition dpend essentiellement de la gomtrie traite et de lutilisateur.

87

Le reste des points est rparti autour de ces points caractristiques. Grce ce procd, tous les contours sont dfinis de manire identique. Le premier point de chaque contour correspond au premier point des coupes adjacentes, et ainsi de suite pour tous les points. Lors de la reconstruction, cela permet davoir une gomtrie rgulire. Sans cette tape, la gomtrie apparat twiste. En effet, la commande utilise dans Matlab, relie pour chaque colonne, tous les points de mme indice. La distribution des n points entre chaque point caractristique est faite de cette manire :

Entre les points 1 & 2 : 20 points Entre les points 2 & 3 : 30 points Entre les points 3 & 4 : 35 points Entre les points 4 & 5 : 15 points Entre les points 5 & 6 : 15 points Entre les points 6 & 7 : 35 points Entre les points 7 & 8 : 20 points Entre les points 8 & 1 : 30 points

Ce qui donne un total de 200 points pour dcrire chaque contour. La reconstruction prsente dans ce travail est faite avec cette rpartition. Si des irrgularits persistent, une rpartition diffrente peut alors tre envisage. A ce stade, lensemble de la surface reconstruire est dcrite sous forme matricielle :

i : indice du point sur le contour ; j : numro du contour

88

La visualisation du volume est alors possible laide de loutil surface(x,y,z) disponible dans Matlab ; soit :

Fig. 3.22 : visualisation de la surface reconstruite sous forme matricielle

En fait, le volume est reprsent par 3 matrices (nxm), n nombre de points par contour et m nombre de contours utiles la reconstruction. Chaque matrice correspond aux coordonnes des points dans les 3 directions x, y, z. Soit, dans la commande surface(x,y,z), x, y et z sont justement ces 3 matrices (nxm). Le rsultat prsent sur la figure 3.22 correspond la reconstruction partir de 27 coupes conscutives dcrites chacune par 200 points. Cette structure matricielle est suffisante pour avoir une ide de la gomtrie des fosses nasales. Le volume ainsi cr dcrit globalement assez bien la forme des cavits nasales. Le point positif de cette reconstruction est quelle dcoule directement des scanners dorigine. Ils ont, en effet, subit trs peu de modifications. Par consquent, cette gomtrie est raliste, lexception de lincertitude de seuillage li au traitement des parois (prsence ou non du mucus, des cils). Pour sen assurer, une solution serait de comparer les donnes issues de la rhinomtrie acoustique avec celles obtenues laide de Matlab. Cependant, les fosses nasales sont continues, or cette gomtrie est crnele, ce qui ne semble pas vraiment raliste. Le fait davoir construit un volume partir dune matrice, va

89

permettre dobtenir un volume continu, plus en phase avec la ralit. Pour cela, il faut oprer des lissages et des interpolations, par traitement direct de la matrice dorigine.

8. Traitement du volume brut

Deux traitements vont tre appliqus au volume brut obtenu :

opration de lissage des 200 points de chaque coupe : mise en place dun filtre. opration dinterpolation : cration de coupes intermdiaires partir des contours

dorigine.

Remarque : La question de la ralit des coupes obtenues par interpolation peut se poser. En effet, ces coupes sont cres entirement et ne repose en aucune faon sur des rsultats dexamen. Cependant, les fosses nasales peuvent tre considres comme continues. Par consquent, entre deux coupes spares de quelques millimtres (cest le cas des scanners rcuprs suite la tomodensitomtrie), il est trs peu probable que la gomtrie change brutalement. En ce cas, le choix deffectuer une interpolation sur les contours semble cohrent.

8.1 Lissage des coupes par filtrage spatial :

a. Principe gnral : Le principe du filtrage spatial dune image est lapplication dune opration au niveau du pixel lmentaire en tenant compte des pixels au voisinage. En fait, filtrer une image cest lui appliquer une transformation mathmatique qui modifie la valeur de tout ou partie des pixels. Si la fonction prend en compte les valeurs au voisinage du point transform, on parle alors de fonction de convolution. Un filtre est dfini par : Une fentre carre de dimension impaire (3 ou 5) qui est dplace sur limage Une matrice de coefficients de mme dimension Une transformation combinant les valeurs prsentes dans la fentre et les coefficients de la matrice.

90

Lapplication du filtre limage consiste dplacer la fentre et remplacer la valeur de chaque pixel par le rsultat de lopration portant sur ses voisins. Une nouvelle image est ainsi gnre.

Les filtres linaires : Il remplace chaque pixel par une valeur gale une somme pondre de ses voisins.

Cette opration est donc une convolution. Les noyaux de convolution sont des matrices dont la taille dpend du voisinage ; matrices 3x3, 5x5, 7x7 (ce sont toujours des matrices carres de dimensions impaires). Deux types de filtres sont le plus largement utiliss. Les filtres Passe-haut, c'est--dire application dune opration drive sur limage (gradient, laplacien) et les filtres Passe-bas, qui sont en fait la ralisation dun lissage ou dune moyenne.

Les filtres non linaires : Le principe est identique. Seulement, lopration sur chaque pixel est, cette fois, une

loi non linaire de ses voisins. De la mme manire il existe des filtres passe-haut et passebas. Ce type de filtre nest pas utilis dans le cadre de ce travail. Par consquent, nous ne dvelopperons pas plus cet aspect.

b. Cas particulier : Application aux fosses nasales Le choix est fait dappliquer au volume un filtrage linaire passe-bas. En fait, cela revient moyenner la valeur de chaque pixel de la matrice par rapport aux 8 pixels voisins. On utilise 3 matrices xn, yn, zn, de dimension (200xp), pour visualiser le volume (cf. fonction volumcoro.m et testcoro.m) ou p reprsente le nombre de coupes slectionn pour la reconstruction. La matrice xn reprsente les coordonnes suivant laxe x, soit lcart entre les scanners. Cest pourquoi aucun traitement nest effectu sur cette matrice. Par contre, les matrices yn et zn, de mme dimension que xn, vont subir un lissage par filtrage linaire. Le rsultat de cette opration est prsent sur les images ci-dessous : 91

Avant filtrage linaire

Aprs filtrage linaire Figure 3.23 : visualisation du volume avant et aprs application dun filtre linaire

La fentre choisie est de dimension 3. Les coefficients de la matrice (3x3) sont identiques et gaux 1/8. Soit yn(i,j) (resp.zn(i,j)) la valeur dorigine du pixel de coordonnes i,j. On obtient la nouvelle valeur yn(i,j) (resp. zn(i,j)) par la transformation suivante :

Un problme persiste la frontire du domaine. Aucune modification nest opre sur la premire et la dernire coupe, ce qui revient conserver la premire et la dernire colonne des matrices yn et zn. 92

Pour la premire et la dernire ligne de ces matrices, c'est--dire le premier et le dernier point de chaque contour, le mme filtre est appliqu avec les conditions ; si [(i-1)<1, alors (i-1)=200] et [si (i+1)>200, alors (i+1)=1].

Pour programmer ce filtre sous Matlab, il suffit de quelques lignes : ynt et znt sont les nouvelles matrices reprsentant le domaine liss.

for i=1:200 ynt(i,1)=yn(i,1); ynt(i,p)=yn(i,p); znt(i,1)=zn(i,1); znt(i,p)=zn(i,p); end for j=2:(p-1) ynt(1,,j)=(1/8)*(yn(200,,j-1)+yn(200, j)+yn(200, j+1)+yn(1,j-1)+ yn(1, j+1)+yn(2, j-1)+yn(2, j)+yn(2, j+1) znt(1,j)=(1/8)*(zn(200,,j-1)+zn(200, j)+zn(200, j+1)+zn(1,j-1)+ zn(1, j+1)+zn(2, j-1)+zn(2, j)+zn(2, j+1) Traitement des premiers et derniers points de chaque contour On recopie les coordonnes de la premire et de la dernire coupe

ynt(200, j)=(1/8)*(yn(199, j-1)+yn(199, j)+yn(199, j+1)+yn(200, j-1)+ yn(200, j+1)+yn(1, j-1)+yn(1, j)+yn(1, j+1) znt(200, j)=(1/8)*(zn(199, j-1)+zn(199, j)+zn(199, j+1)+zn(200, j-1)+ zn(200, j+1)+zn(1, j-1)+zn(1, j)+zn(1, j+1) end

for j=2:(p-1) for i=2:(n-1) end end Filtrage linaire. Convolution par znt(i,j)=(1/8)*(zn(i-1,j-1)+zn(i-1, j)+zn(i-1, j+1)+zn(i, j-1)+ traitement des 8 points voisins zn(i, j+1)+zn(i+1, j-1)+zn(i+1, j)+zn(i+1, j+1)) ynt(i,j)=(1/8)*(yn(i-1,j-1)+yn(i-1, j)+yn(i-1, j+1)+yn(i, j-1)+ yn(i, j+1)+yn(i+1, j-1)+yn(i+1, j)+yn(i+1, j+1));

93

Le principal avantage de cette mthode est quelle est simple mettre en uvre. Cependant, le problme de la bonne reprsentation du volume rl peut se poser. En effet, ce type de traitement est peu visible dans le cas de petites irrgularits. Par contre les fortes variations de gomtrie sont dtruites. Dans ces zones, le rsultat obtenu est fortement diffrent de la gomtrie initiale. Le filtre appliqu est un filtre de moyenne. Le masque correspondant est :

1 1 1

1 x 1

1 1 1

Ce filtre, pondr par un facteur 1/8 gnre un lissage fort. En ralit, on opre une moyenne sur les 8 points voisins.

Il existe une gamme assez vaste de filtres linaires. Un autre genre de lissage moyen peut tre effectu laide du masque :

1 2 1

2 4 2

1 2 1

Cette fois le facteur de normalisation est 1/16 et le coefficient plus lev du pixel central permet dattnuer leffet du lissage.

Pour la reconstruction des fosses nasales, le filtre utilis est le filtre de moyenne basique. Ce choix peut tre discut. Lattnuation de leffet du lissage dans certaines zones laide dun masque plus compliqu serait elle plus judicieuse? Si oui, lequel choisir ?

94

Le domaine est continu et les fortes variations observes dun contour un autre sont principalement le fait derreur lors des processus de seuillage, dextraction et de modification des contours. En rsum, ce lissage corrige des imperfections lies la mthode choisie pour effectuer la reconstruction. Cependant, il serait intressant de tester dautres masques rpondant aux contraintes et de vrifier la validit ou non de la mthode par filtre de moyenne simple.

Figure 3.24 : Visualisation du volume aprs lopration de lissage

95

8.2 Interpolation : cration de coupes intermdiaires Cest la dernire opration effectuer sur la gomtrie. Le fait de rajouter des coupes intermdiaires permet daugmenter le nombre de points dcrivant le domaine et ainsi dobtenir une dfinition gomtrique trs dtaille. En effet, il est possible que le nombre de scanners rcuprs aprs examen soit insuffisant pour obtenir un nuage de points suffisamment dense.

a. Mthode : Il sagit de choisir une des fonctions dinterpolation (cf. 6 lissage 2D des contours) pour recrer des coupes intermdiaires. Chaque point dun contour est dfini par ses coordonnes y et z, x tant constant pour chaque contour. Les proprits des structures matricielles sont utilises pour crer les coupes intermdiaires. La gomtrie est connue entirement laide de trois matrices de mme dimension (nxp) ou n est le nombre de points par coupe et p le nombre de coupes utilises pour la reconstruction. Dans lexemple prsent, la dimension des matrices est (200x33). La reconstruction dmarre au scanner n3 et termine au n35, soit 33 coupes avec 200 points rpartis sur chacune. Chaque matrice correspond aux coordonnes des points dans une direction. Soit une matrice en x, une en y et enfin une en z. Les coordonnes (x,z) et (x,y) des points de mme indice sont traces. Ensuite ils sont relis par les 3 mthodes dinterpolation bidimensionnelle tudies, savoir linaire, spline et cubique. Ci-dessous le graphe des coordonnes (x,y) et le rsultat des interpolations par les mthodes splines et cubiques. On ne sintressera pas la mthode linaire car elle ne permet pas de prendre en compte les courbures de la gomtrie.

96

Dun point de vue global, les deux mthodes semblent donner des rsultats trs comparables. Cependant la mthode dinterpolation cubique semble mieux rpondre au problme, soit sur la figure ci-dessous :
Figure 3.25.a : comparaison des deux mthodes dinterpolation

Figure 3.25.b : comparaison des deux mthodes dinterpolation - zoom

Certaines irrgularits apparaissent avec les splines cubiques, a na pas lair dtre le cas lors dune interpolation par la mthode cubique. Ce choix est totalement arbitraire. Dautres mthodes dinterpolations auraient pu tre envisages. Cependant, la mthode cubique est aise mettre en place et semble rpondre aux contraintes lies la nature du volume reconstruire. Le volume doit apparatre lisse et sans irrgularits flagrantes dun scanner lautre. Ltude des diffrentes mthodes mises disposition dans Matlab tend montrer que linterpolation cubique rpond plutt bien nos attentes. Le rsultat de lopration dinterpolation cubique est un polynme dordre 4. Labscisse x des nouvelles coupes crer est impos. Auparavant, pour le cas trait, chaque contour tait spar dune distance dx gale 8. Une nouvelle matrice X ou dx=1 est cre. Il y avait 33 coupes lorigine, aprs cette opration il y en a 249 coupes comprises entre labscisse x=16 et x=264 avec un pas de 1. Il ne reste plus qu appliquer lquation du polynme calcul ces nouvelles abscisses. Une nouvelle matrice reprsentant les coordonnes y de dimension (200x249) est cre. La mme interpolation est applique pour les coordonnes (x,z) et de la

mme manire, une nouvelle matrice z de dimension (200x249) est cre. La dernire opration consiste doubler le nombre de points par contour. Le volume final est entirement dfini laide de 3 matrices X, Y et Z de dimension (399x249). Cette tape nest pas obligatoire. Dans le cadre de notre partenariat avec lINRIA, il a t dcid de conserver 200 points par coupes. X, Y et Z sont alors de dimension (200x249). Afin de simplifier, une nouvelle matrice A de dimension (49400x3) est cre. Chaque colonne correspond une coordonne. La premire dans la direction x, la seconde en y et la dernire en z. Chaque contour est plac la suite dans la matrice. Il y a 200 points par coupe et 249 contours soit un total de 49400 points. La version finale du volume est alors disponible .La prochaine et dernire tape va tre de mailler la surface ainsi dfinie.

9. Le Maillage Surfacique
9.1 Triangulation de Delaunay : Principe Pour comprendre le principe dune triangulation de Delaunay, il est indispensable de connatre le principe dun diagramme de Vorono. En mathmatiques, un diagramme de Vorono (aussi appel dcomposition de Vorono ou partition de Vorono du nom du mathmaticien russe Georgi Fedoseevich Vorono (1868 - 1908)) est une dcomposition particulire dun espace mtrique dtermine par les distances un ensemble discret dobjets de lespace, en gnral un ensemble discret de points.

a. Dfinition : Soit S un ensemble de n points (appels aussi sites ou germes) de l'espace euclidien en dimension d. Pour chaque site p de S, la cellule de Vorono V(p) de p est l'ensemble des points

98

de l'espace qui sont plus proches de p que de tous les autres sites de S. Le diagramme de Vorono de V(S) est la dcomposition de l'espace forme par les cellules de Vorono des sites.

Figure 3.26 : Diagramme de Vorono

Une dfinition plus formelle peut scrire de la manire suivante : b. Dfinition mathmatique : Soit un espace euclidien E et S un ensemble fini de n points de E ; les lments de S sont appels centres, sites ou encore germes. On appelle rgion de Vorono ou cellule de Vorono associe un lment p de S lensemble des points qui sont plus proches de p que de tout autre point de S.

Pour deux points a et b de S, lensemble (a,b) des points quidistant de a et b est un hyperplan affine (sous-espace affine de co-dimension 1). Cet hyperplan est la frontire entre lensemble des points plus proche de a que de b, et lensemble des points plus proches de b que de a. 99

On note H(a,b) le demi-espace dlimit par cet hyperplan contenant a, il contient alors tous les points plus proches de a que de b. La rgion de Vorono associe a est alors lintersection des H(a,b) ou b parcourt S\{a}.

et

Les rgions de Vorono sont des polygones convexes en tant quintersection de demi-espaces. Lensemble de tels polygones partitionne E, et est la partition de Vorono correspondant lensemble S. En dimension 2, il est facile de tracer ces partitions, on les appelle diagrammes de Vorono. La triangulation de Delaunay est dfinie partir du diagramme de Vorono. Deux points p et q crent une arte dans le graphe de Delaunay si et seulement si les rgions de Vorono associes p et q sont adjacentes :

La triangulation de Delaunay est le dual du diagramme de Vorono. Elle possde des applications similaires. Deux points de S sont relis par une arte dans la triangulation de Delaunay si et seulement si leurs cellules sont adjacentes dans le diagramme de Vorono de S.

100

Figure 3.27 : Triangulation de Delaunay

La triangulation de Delaunay dun ensemble de n points est lunique triangulation telle quun cercle passant par les trois points dun triangle ne contienne aucun autre point. Cette notion peut tre gnralise nimporte quelle dimension : en 3D, par exemple, on utilisera des ttradres et des sphres.

(a) triangle non-Delaunay

(b) triangle Delaunay

Figure 3.28 : proprit dun triangle de Delaunay

Cette proprit est essentielle, et elle peut tre utilise pour caractriser la triangulation de Delaunay sans avoir recourir la dualit avec le diagramme de Vorono. Elle peut aussi tre utilise comme critre de choix des triangles construire, lors de lexcution dune triangulation.

9.2 Triangulation de Delaunay : Matlab Lalgorithme de triangulation de Delaunay est implant dans le logiciel Matlab. La fonction qui sy rapporte est tout simplement nomm Delaunay et sutilise de la faon suivante : Soit un nuage de points bidimensionnel dfinis par deux vecteurs (matrices-colonne) x et y de dimension p. Alors, la commande Matlab 101

TRI=Delaunay(x,y) renvoie une matrice de dimension (px3) contenant les indices des points du nuage. Chaque ligne de la matrice TRI correspond des indices i, j, k se rapportant 3 points du nuage. Ces 3 points sont les extrmits dun triangle de Delaunay. Le nuage de points que nous dsirons mailler est tridimensionnel. La commande Delaunay nest pas applicable directement notre matrice 3D. Pour contourner ce problme, une surface plane est maille et il sera appliqu ensuite la surface tridimensionnelle. En fait, cela revient coller un papier peint sur la gomtrie 3D. La premire tape est de crer un nuage de points bidimensionnel sur lequel la commande Delaunay va tre applique. Pour cela la cration dune matrice de dimension (nx2), ou n est le nombre total de points utile la cration du volume, est ncessaire. Dans la premire colonne X sont mise les coordonnes selon la direction x de tous les points et dans la seconde I lindice du point correspondant. La commande Delaunay est ensuite applique cette matrice : TRI=Delaunay(X,I). La triangulation de Delaunay dune grille de nxm points est alors obtenue.

a. Application au cas trait : A ce stade, le volume liss est dfini par 249 coupes constitues de 399 points chacune. La matrice crer sera de dimension (99351x2) ou 99351=249x399. Sa structure est la suivante :

X
16 . . . . 16 17 . . . .

I
1 . . . . 399 1 . . . .

1re coupe x=16

indice des points de la 1re coupe

2me coupe x=17

indice des points de la 2me coupe

102

2me coupe x=17 17 . . . . . . . . . 264 . . . . 264 399 . . . . . . . . . 1 . . . . 399

indice des points de la 2me coupe

dernire coupe x=264

indice des points de la dernire coupe

103

Figure 3.29 : triangulation de delaunay applique une surface bidimensionnelle

Ci-dessus, le rsultat du maillage par triangulation de Delaunay applique une surface bidimensionnelle. Le maillage est trop dense pour pouvoir le visualiser en entier. La structure de la triangulation apparat plus clairement sur le zoom joint. Pour obtenir cette figure, il faut utiliser la commande trisurf : trisurf (TRI, X, I, Z) Ici Z est un vecteur nulle de la mme dimension que X et I. Maintenant que la matrice de triangulation est cre, il suffit de lappliquer notre nuage de points tridimensionnel. Dautant plus que la triangulation est faite partir dune matrice de mme longueur que ce nuage de points.

Figure 3.30.a : Maillage surfacique final obtenu avec Matlab

104

Figure 3.30.b : Maillage surfacique final obtenu avec Matlab

105

Chapitre 4 Collaboration avec lINRIA

La Simulation Numrique

106

1.Adaptation du maillage aux logiciels INRIA

Le maillage surfacique obtenu laide de Matlab se prsente sous forme de deux matrices sauves en format .xyz. La premire matrice (nx3) reprsente les coordonnes dans les trois directions, n tant le nombre total de points utiles la reconstruction. Pour une narine, il faut compter environ 50000 points. La seconde (mx3) reprsente les indices des points de la premire matrice utiliser pour crer les triangles du maillage surfacique. Chaque ligne reprsente les trois extrmits dun triangle. Lobjectif est deffectuer une simulation numrique des coulements au sein des fosses nasales humaines laide de logiciels utiliss lINRIA. Nous avons besoin den utiliser quatre. Le premier, MEDIT, sert la visualisation des maillages, le second, YAMS, lamlioration automatique des maillages surfaciques, le troisime, GHS3D, est un logiciel automatique de cration de maillages volumiques partir dun maillage surfacique. Enfin le dernier, LIFEV, est un solveur lments finis. Pour pouvoir utiliser ces logiciels, il faut, en premier lieu, modifier nos fichiers afin de les rendre compatible aux formats supports par ceux-ci. YAMS et GHS3D fonctionnent quasi-automatiquement. Leur bon fonctionnement et surtout la qualit de leurs rsultats sont uniquement fonction de la bonne qualit des maillages surfaciques fournis. Pour cela, certaines modifications, autant dans la structure des fichiers que dans la manire doprer la triangulation, doivent tre apportes au maillage issu du logiciel RQle.

.1 Le format .mesh Cest le format de maillage compatible avec les logiciels cits ci-dessus. Sa structure est la suivante : en-tte nombre total de points (ou nuds) 107

4 colonnes de chiffres. Les 3 premires reprsentent les coordonnes x, y, z de chaque point. La 4me sert rfrencer les points par zone nombre total de triangles 4 colonnes de chiffres. Les 3 premires reprsentent les indices des nuds aux extrmits de chaque triangle. La 4me sert rfrencer les surfaces (entre, sortie, parois)

108

MeshVersionFormatted 1 Dimension 3 # Mesh generated by jul Vertices 51402 En-tte

Nombre de noeuds

8 2.692582e+002 3.345514e+002 5 8 2.693455e+002 3.344865e+002 5 8 2.693891e+002 3.344541e+002 5 [...] 264 2.792571e+002 3.444840e+002 5 264 2.853846e+002 3.416583e+002 5 264 2.728226e+002 3.133918e+002 5 8 2.644977e+002 3.279737e+002 5 Triangles 102800 51402 1 2 6 51402 2 3 6 51402 3 4 6 [...] 49001 49200 49201 6 49400 49401 49600 6 49401 49600 49601 6 [...] 49600 49601 49800 2 49601 49800 49801 2 49800 49801 50000 2 [...] 50400 50401 50600 6 50601 50800 50801 6 50800 50801 51000 6 [...] 49801 50000 50001 2 50000 50001 50200 2 50201 50400 50401 2 [...] 50801 51000 51001 6 51001 51200 51201 6 51200 51201 51400 6 [...] 51401 51201 51202 3 51401 51202 51203 3 51401 51203 51204 3 51401 51204 51205 3

Coordonnes des points + rf.

Nombre de triangles

Indice des ext. des triangles + rf.

Figure 4.1 : Structure dun fichier au format .mesh

La fonction Matlab fichiermesh.m a t programme au laboratoire pour crer des fichiers au format dextension .mesh partir des matrices de points et dindices reprsentant le maillage surfacique des fosses nasales issus du logiciel RQle, cf. annexes.

109

Lensemble des points a t rfrenc 5. Ce choix est arbitraire. Cela entrane que tous les nuds reprsentent une seule zone. On aurait pu dcider de diffrencier les points selon quils soient sur une paroi ou au niveau dune surface dchange. A contrario, les triangles sont rfrencs diffremment selon la zone quils reprsentent. 6 reprsente une paroi, 2 une entre et 3 une sortie. Encore une fois ce choix est arbitraire. Au niveau de la visualisation, cela se traduit par une couleur diffrente selon la valeur rfrence. 6 pour le violet, 2 pour le vert et 3 pour le jaune.

paroi

entre

Figure 4.2 : Visualisation du maillage avec Medit

110

paroi

sortie

Figure 4.3 : Visualisation du maillage avec Mdit

Nanmoins, le maillage issu de RQle nest pas directement exploitable avec les mailleurs et solveur de lINRIA. Avant de transformer les matrices .xyz en fichier .mesh exploitable, certaines modifications pralable doivent tre opres. En premier lieu, il est necessaire de rajouter des points sur les surfaces chaque extrmit et de les mailler. Pour linstant, on ne rajoute quun point vers le centre de chaque extrmits, puis un maillage est cr entre chaque point du contour et ce centre de gravit. Ce maillage est ensuite optimis laide du logiciel YAMS ; la fonction associe se nomme centregravite.m, cf. annexe. Bien que cette solution fonctionne, des modifications y sont apportes actuellement afin doptimiser la reprsentation du volume et la qualit du maillage. Le fichier de points lisse.xyz est modifi, les deux nouveaux points y sont rajouts. La seconde tape est dappliquer le programme supppointsdb.m, cf. annexe. Son rle est de scanner lensemble de la matrice de points lisse.xyz, de reprer les points doubles, c'est--dire les points ayant les mmes coordonnes, et de les modifier afin de les rpartir uniformment sur le domaine. Le nombre total de points est conserv. 111

Une fois ces deux traitements effectus sur les matrices de points, on applique la fonction fichiermesh.m cite plus haut afin dobtenir un maillage surfacique. A ce stade, les logiciels YAMS et GHS3D sont utiliss pour gnrer le maillage volumique. Ces procds sont totalement automatiss. Le fichier de sortie est aussi au format .mesh. A la suite des nuds et des triangles, sont rfrencs les ttradres formant le maillage volumique. Un descriptif de ces logiciels est consultable dans le rapport dactivit du projet GAMMA ladresse suivante http://www.inria.fr/rapportsactivite/RA2002/gamma/gamma.pdf. Le projet GAMMA est un projet de recherche de lINRIA traitant la gnration automatique de maillage et mthodes dadaptation . Des publications ont t faites sur ces logiciels. Elles sont rfrences dans la bibliographie : [14] Medit, [30] Yams, [31] Life V et [32] Tetmesh-Ghs3D.

2.La mthode des lments finis

Dans la majorit des problmes prsents dans la nature, un modle satisfaisant peut tre bti en utilisant un nombre fini de constituants bien dfinis, cest dire approcher le problme rel en subdivisant le systme en ses composants lmentaires, ou lments, dont le comportement peut tre facilement compris. De tels problmes sont appels discret. Le systme original peut tre tudi en le reconstruisant partir de ses constituants. Dans dautres cas, la subdivision continue indfiniment et seul lemploi de la notion dinfiniment petit permet de caractriser le problme. Cela conduit des quations diffrentielles, ce qui signifie quil y a un nombre infini dlments. De tels systmes sont appels continus. Afin de traiter les problmes continus, diverses mthodes de discrtisation ont t proposs. Ces mthodes dapproximation des quations de la physique peuvent tre classes en trois familles ; les diffrences finies, les volumes finis et les lments finis. Chaque mthode correspond une formulation des quations rgissant les phnomnes physiques : Equilibre des forces en chaque point pour les diffrences finies Loi de conservation et calcul des flux pour les volumes finis Minimisation de lnergie ou principe des travaux virtuels pour les lments finis. Le solveur, Life V, dvelopp lINRIA est un code lments finis, cest pourquoi, dans la suite de ce paragraphe, nous nous intresserons la mthode des lments finis. 112

.1 Principe Le principe consiste crer une analogie entre de vrais lments discret et des parties finies dun domaine continu. Le but est dapprocher, dans un sous espace de dimension finie, un problme crit sous forme variationnelle (en gnral comme minimisation de lnergie) dans un espace de dimension infinie. La solution approche est dans ce cas une fonction dtermine par un nombre fini de paramtres comme, par exemple, ses valeurs en certains points, les nuds du maillage. Par exemple, pour des problmes danalyse de structure, des relations forces-dplacements sont tablit pour chaque lment de la structure, puis lassemblage du tout est ffectu en suivant une procdure ou lquilibre local est crit entre chaque nud ou point de connexion de la structure. De la mme manire, dans le cas dun problme de canalisations hydrauliques, une relation doit tre tablit entre les coulements et les potentiels pour chaque lment pris individuellement puis le systme est assembl en crivant la continuit des coulements. Un avantage majeur de cette mthode est le traitement possible de gomtries complexes, ce qui est le cas pour un grand nombre de problmes lis aux coulements rhologiques. A contrario, sa complexit de mise en uvre et son cot en temps de calcul et en mmoire constituent des inconvnients majeurs.

113

Conclusion

Conclusion

114

En 2006, le laboratoire darodynamique du CNAM a dcid de dvelopper un outil informatique, baptis RQle, capable, partir de scanners tomodensitomtriques, de reconstruire le volume des fosses nasales, puis de le modifier afin de simuler un geste chirurgical. Lobjectif, terme, est dimplanter cet outil en milieu hospitalier, et ainsi de proposer aux mdecins une aide au diagnostic. Lobtention dune dfinition numrique raliste des cavits nasales humaines offre la possibilit dtudier les coulements ariens dans les fosses nasales, soit exprimentalement par la cration dune maquette, soit numriquement par lobtention dun maillage. La collaboration rcente mise en place entre le laboratoire darodynamique du CNAM, le service ORL du Nouvel Hpital Paris Sud et les membres du projet REO de lINRIA a conduit dans un premier temps privilgier lapproche numrique Il apparat clairement que la matrise globale du processus de reconstruction et lobtention dun maillage surfacique de qualit est la premire tape indispensable pour la comprhension des phnomnes arodynamiques au sein de gomtries complexes telles que les fosses nasales. Ainsi, la premire partie de ce travail a consist mettre en place lhpital une procdure assurant la rcupration des donnes indispensable lobtention dun volume dfini dans son ensemble et sassurer que tous les examens, radiologiques et fonctionnels, ncessaires la modlisation aient t effectus. Une fois cette tape termine, le volume est reconstruit au laboratoire darodynamique du CNAM laide de loutil RQle. Une amlioration des fonctionnalits de ce logiciel a alors t ncessaire afin dobtenir une dfinition numrique raliste de la totalit des cavits nasales, c'est--dire dcrivant lensemble du domaine, de la narine jusquau carrefour aro-digestif. Ensuite, le maillage surfacique obtenu est modifi afin de sadapter aux contraintes induites par lutilisation de logiciels (mailleurs volumiques,

solveurs) dvelopps lINRIA et nacceptant que certains types de formats de fichiers. A ce stade, nous matrisons toutes les tapes allant de lexamen clinique obtenu lhpital jusquau calcul numrique effectu lINRIA. Ctait lobjectif de ce projet.

115

Une autre approche consiste utiliser la dfinition gomtrique des cavits nasales obtenues avec RQle afin de crer une maquette, par strolithographie par exemple, et dtudier exprimentalement les phnomnes arodynamiques soit par simple visualisation soit par le biais de techniques de mesures telles que la PIV. Cette approche pourrait faire lobjet dun prochain sujet de recherche. La comparaison des rsultats numriques, exprimentaux et cliniques deviendrait alors possible. Actuellement, deux projets exprimentaux sont en cours au sein du laboratoire darodynamique. Leur objectif est de fournir aux mdecins, mais aussi aux numriciens de nouveaux rsultats utiles la comprhension des phnomnes prsents au sein des fosses nasales. Lun des projets propose de quantifier linfluence du mucus dans lcoulement, et ainsi de permettre aux numriciens dadapter les conditions imposes aux parois en fonction des rsultats exprimentaux obtenus. Lautre projet cherche calculer les champs de pression statiques le long des fosses nasales. Or les mdecins nont encore jamais eu accs ce type dinformations. Les numriciens, eux, pourront sen servir pour valider leurs calculs.

116

Bibliographie

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123

Annexes

Annexe 1 : Scanner General Electrics modle GE lightspeed pro 16

Caractristiques techniques
INFORMATIONS GENERALES Dsignation commerciale du matriel Lieu de fabrication Date de la premire commercialisation (monde) Classe (1,2 ou 3) Nombre de canaux de dtection (nombre de coupes/ rotation)

LIGHTSPEED RT 16 PRO
USA/France/JAPON/CHINE Dcembre 2005 3 16

124

ENVIRONNEMENT ET CONTRAINTES Voies d'accs (hall, couloirs, etc.) Longueur Largeur Hauteur 2,50 m 1,20 m 2,03 m

Dimensions des locaux (minimum requis en considrant l'accueil de patients alits dans des lits hospitaliers) Salle d'examens Rsistance au sol Salle d'examens Masse et emprise Salle d'examens 1960kg 1873x630MM 1660KG/M2 6X4X2,70 m

Exigences lectriques (Tension). Prciser la tension, les tolrances et le rgime de neutre Salle d'examens 380V/415V +- 5%

Exigences lectriques (Puissance). Prciser la puissance minimale demande et la puissance moyenne utilise Salle d'examens 150KVA

Environnement (Temprature). Prciser les plages de temprature acceptables ainsi que les gradients de temprature tolrables (en fonctionnement normal) Salle d'examens 15-26C 3C/H

Environnement (Hygromtrie). Prciser les plages d'hygromtrie acceptables (en fonctionnement normal) Salle d'examens Refroidissement du scanner Type de refroidissement Dissipation dans l'air ambiant 30-60%

Installation (sur la base d'un scanner + console d'acquisition + console post-traitements) Dure moyenne de mise en service (de l'arrive sur le site la premire image) sur un site conforme aux contraintes d'installation Possibilit d'installation le week-end, jours fris Avantages du candidat Le candidat dcrira de la manire la plus prcise et la plus exhaustive possible (le cas chant par un renvoi explicite vers un document annexe) les avantages de ses choix technologiques en terme de contraintes et d'impacts sur l'environnement LIT D'EXAMEN Caractristiques techniques poids du lit dimensions hors tout largeur du plateau longueur du plateau poids maximum admissible du patient couverture patient maximale sous X (axial) couverture patient maximale sous X (hlicoidal) 335 kg. 2230*1007*1887 mm 42 cm Plus de 2 mtres avec le prolongateur de table 300 kg 170 cm 160 cm Le systme propos, comme tous les scanners de la gamme GEHC, ne ncessite ni local technique (pour une grande facilit d'implantation) ni systme de refroidissement d'eau. En effet, ces systmes trs sensibles au calcaire se retrouve trs souvent en fonctionnement en eau perdue aprs quelques annes d'exploitation, cela gnre des cots supplmentaires importants et une perte inutile d'eau 4 journes de 8 heures (cela inclut les consoles, le raccordement au rseau et au reprographe, l'installation de la tlmaintenance et les tests de rception) Possibilit de terminer les installations le week-end en cas de difficult de montage

hauteur mini et maxi du lit hors examen hauteur mini et maxi du lit pendant l'examen longueur disponible entre embase du lit et embase du statif

51 et 99,1 cm 88 et 99,1 cm 40 cm

125

I.2. Accessoires de contention et centrage ttire axiale ttire coronale rallonge de table berceaux pour enfants support tte et bras matelas Assortiment de cales appui genoux jeu de sangles de positionnement matelas de positionnement patient de surface plane pour simulation virtuelle lasers de centrage housse de protection du lit porte accessoires pied de perfusion STATIF Caractristiques techniques Vitesse(s) de rotation disponibles de base dimensions distance foyer - dtecteurs distance foyer - isocentre diamtre minimum du cylindre central longueur du tunnel angulation commande d'inclinaison la console type d'entrainement nombre et position des tableaux de commande des mouvements du statif champs de mesure nombre et type de centreurs lumineux interphone bidirectionnel aide visuelle l'apne aide sonore l'apne autoclimatisation TUBE A RAYONS X Caractristiques techniques type de tube matriau constitutif diamtre de l'anode vitesse de rotation (prciser d'ventuelles restrictions suivant les modes) nombre et dimensions des foyers rapport entre le plus petit foyer et la dimension d'un lment de dtection (exemple : foyer 0,6 et dtecteur 0,6 alors rapport = 1) Performix Pro tungstne graphite 240 mm 8000 tr/min sans limitation 2 foyers 0,6*0,7 et 0,9*0,9 IEC 336/93 0,6/0,625 est trs proche de 1 pour obtenir une rsolution optique quasi parfaite 0,5/0,6/0,7/0,8/1/2/3 2230*1007*1887 mm 95 cm gomtrie courte 54 cm 80 cm 1 mtre 30 des 2 cts OUI avec scurit d'impact des 2 cts Moteur linaire et courroie 4 panneaux 2 devant et 2 derrire 50 cm 6 lasers Oui Oui Oui Systme autoventill effet venturi sur l'ensemble du dtecteur Base Base Base option Base Base Base Base Base option Base Base Base Base

126

puissance applicable chacun des foyers dissipation thermique tube et gaine pic de disponiblit de mA (mA maximum) type de refroidissement de la gaine type de filtration GENERATEUR Caractristiques techniques localisation du gnrateur type d'alimentation si embarqu puissance maximum utilisable tension d'alimentation et tolrance courant nominal et de pointe plage de rglage de la HT plage de rglage de l'intensit pas de rglage tension maximale intensit maximale DETECTION Caractristiques techniques Gomtrie dimensions couverture maximale par rotation taille de la ou des matrices d'acquisition paisseur des coupes mode de transfert des mesures vers le calculateur vitesse de transfert des mesures vers le calculateur RECONSTRUCTION Processeur et priphriques Vitesses de reconstruction ( illustrer par des exemples en prcisant la matrice) Nombre d'images 512 x 512 reconstruites par seconde avec ou sans correction d'effet de cne Rythme d'affichage des images en plein cran aprs une acquisition de 50 images 512 x 512 Taille des matrices de reconstruction Temps de reconstruction d'une image 512 x 512 Reconstruction pendant l'acquisition ? Transfert pendant l'acquisition ? Acquisition d'un nouveau patient pendant la reconstruction ? Capacit en nombre d'images 512 x 512 Capacit en Mo Temps d'accs une image

pf : 48 kW et gf : 100 kW suprieure 2100 KHU/Min 800 mA Echangeur air huile eq 6,3 mm Al

Embarqu Basse tension (700 Volts) 100 kW De 380 440 V 3 % 800 max 750 mA en routine (consommation lectrique de 150A max sur le gnrateur) 80 / 100 / 120 / 140 kV. De 10 800 mA 10 mA sur toute la plage 140 kV. 800 mA.

Dtecteur asymtrique 912 *24 (Voir annexe dtection) 20 mm dans l'axe Z (16*0,625 et 8*1,25) et 912 ranges 20 mm 512*512 0,625/1,25/2,5/3,75/5/7,5/10 Fibres optiques 2 voies de 4 GBps

1 processeur Dark qui relie directement chaque raw data avec son algorithme de reconstruction 3D pour un calcul plus rapide Vitesse de reconstruction en matrice 512*512 : 6,5 images par seconde avec application de TOUS les algorithmes de reconstruction dans l'paisseur de coupe native demande (ce n'est pas une visualisation) entre 6 et 8,5 im/sec reconstruites TOUT algorithme de reconstruction appliqu entre 6 et 8,5 im/sec 512 0,15 sec Oui Oui Oui 300000 254 GB : 72 pour les donnes brutes, 146 pour les images et 36 pour l'OS Temps rel une fois l'examen slectionn

127

Annexe 2 : Architecture du logiciel RQle

fdefdoss.m : Affichage dune fentre nomme rpertoire de travail avec deux champs de saisie. Lun pour le rpertoire de travail, lautre pour le numro du nez trait. 128

Un dossier nezX (ou X est le numro saisie dans le second champ) est alors cr au niveau du rpertoire de travail.

defdoss.m : Cration de plusieurs rpertoires dans nezX.

coordonnescoro :

Rpertoire destin stocker des matrices de coordonnes (format .xyz). Il contient les fichiers suivants : brut.xyz, brut2.xyz, lisse.xyz, lisse2.xyz, tribrut.xyz, trilisse.xyz (utiliss pour les maillages surfaciques brut et lisss des fosses nasales), faceavant.xyz, trifaceavant.xyz, facearriere.xyz, trifacearriere.xyz, extremite.xyz et nom.xyz(utiliss pour les maillages surfaciques des extrmits des fosses nasales : permet de fermer le maillage) Toutes ces matrices de points permettent la cration de maillages laide de la mthode de triangulation de Delaunay. On y stocke galement des fichiers au format .mesh (format compatible avec le logiciel de maillage de lINRIA) ; Lun correspondant au maillage brut, lautre au maillage liss. Leur nom est dfini par lutilisateur (cf. fonctions defnarines.m et defnarines2.m)

chomtypocoro :

Rpertoire destin stocker des fichiers au format .mat tris par n de scanner et type de coordonnes (dans la direction x, y ou z). Par exemple le fichier xcoro107.mat est une matrice (nx1) contenant les coordonnes en x de la 7me coupe (ou n est le nombre de pixel du contour). Les fichiers ipo10X.mat sont des matrices (1x9) contenant le n des points types (cf fonction placehuiptscoro.m).

xpo10X.mat (respectivement ypo10X.mat et zpo10X.mat) sont des matrices (8x1) qui contiennent les coordonnes en x, y, z respectivement des points types reprs dans ipo10X.mat. kpo10X.mat est un scalaire, il sert de compteur. d.mat contient la distance entre deux scanners conscutifs, cest un scalaire. 129

testpt.mat, matrice (1xm) ou m est le nombre de scanners coronales, une cellule prend la valeur 0 si le scanner nest pas slectionn, 1 sinon.

coro-CT, coro-mod, coro-seuil :

Les scanners mdicaux au format DICOM fournit par lhpital St Michel sont copis dans le rpertoire coro-CT. Leur noms sont ensuite modifis automatiquement dans coro-mod. Lintrt de cette manipulation est de permettre de classer les scanners conscutifs dans lordre alphabtique. Le rpertoire coro-seuil est utilis pour classer les images obtenus aprs seuillage des scanners dorigine (cf. fonction seuilauto.m).

prog-princ1.m : Cration de la fentre principale nomme Reconstruction Fosses Nasales avec 3 menus. Chaque menu permet daccder diffrents sous-menus. Chacun deux fait appel une fonction matlab :

(i)

menu1 traitement des scanners : i. sous-menu1.1 seuillage : transformation des scanners dorigine

en images noir et blanc autour dun seuil dfinit automatiquement. cf. seuilauto.m ii. sous-menu1.2 choix du fichier: slection des scanners traiter.

cf. uilistfiles.m iii. cf. retour.m sous-menu1.3 retour : effectue un reset du programme.

(ii) menu2 Diaporama :

130

i.

sous-menu 2.1 afficher coupe ou contour : cration dune fentre

choix de visualisation. On peux alors choisir de visualiser le scanner ou le contour dsir. cf. affich.m ii. sous-menu2.2 dfilement scanners : visualisation de lensemble

des scanners. cf. defilement6.m iii. sous-menu2.3 dfilement contours : cration dune fentre

contour. Visualisation simultane dun scanner choisi et du contour correspondant avec possibilit de slectionner les 8 points types, indispensable pour lobtention dun maillage surfacique structur (cf. placehuiptscoro.m), pour chaque contour. cf. dfilement3.m iv. sous-menu2.4 dfilement coupes seuilles : cration dune

fentre contour. Visualisation de lensemble des coupes aprs lopration de seuillage N/B. cf. dfilement4.m

(iii) menu3 Etude 3D : i. sous-menu3.1 cration volume : Affichage dune fentre choix

narines, lutilisateur dfinit la 1re et la dernire coupe traiter, le dbut et la fin de la narine et le nom du fichier de maillage cre (format .mesh). Ensuite affichage dune barre de progression pendant que le programme cre les matrices utilises pour afficher les volumes (brut et liss). cf. vol2.m ii. sous-menu3.2 visualisation 3D : Permet dafficher le volume de

diffrentes manires. cf. visualisation.m iii. sous-menu3.3 simulation opration : Possibilit de modifier un

ou plusieurs contours successifs et de visualiser le volume ainsi modifi. cf. foper.m iv. sous-menu3.4 maillage : calcul dun maillage brut et liss.

Utilisation de la mthode de triangulation de Delaunay. cf. maille.m v. sous-menu3.5 visualisation maillages : Cration dune fentre

maillage. Lutilisateur choisit de visualiser un maillage brut ou liss. cf. visumaille.m

131

Remarque : Dans le cas ou lon traite des scanners pour la 1re fois (nouveau patient), il est impratif de dfinir la distance entre deux scanners conscutifs, afin de sassurer dobtenir un volume raliste. Cette opration est effectue dans la fonction prog_princ1.m.

Menu1 traitement des scanners

seuilauto.m : menu seuillage Traite tous les scanners prsent dans le rpertoire coro-CT. Les scanners au format DICOM sont des images 512x512 codes sur 12 bits. Chaque valeur de pixel p correspond un niveau de gris, 0 se rapporte au noir et 4095 au blanc (212 = 4096). On dfinit une valeur seuil s (ici s=819 soit 20% de 4095). Lalgorithme est le suivant ; Si 0p<s, alors p=0 (soit un pixel noir), si sp4095, alors p=4095 (soit un pixel blanc). A la fin de cette opration, chaque pixel des diffrentes images ne peut prendre que la valeur blanc ou noir. Le Blanc correspond lair, le Noir a de la matire (cartilage, os). Cet algorithme est cod dans Matlab :

scan_mod=dicomread(name);%lecture du scanner au format DICOM x=size(scan_mod,1); y=size(scan_mod,2); seuil=4095*(20/100); for L = 1 : y for C = 1 : x int=scan_mod(L,C) ; if int > seuil scan_mod(L,C)=4095;%coloration des pixels en blanc else scan_mod(L,C)=0;% coloration des pixels en noir end end

132

end

scanner dorigine

image seuille

uilistfiles.m : menu choix du fichier Affiche une boite de dialogue permettant de slectionner une liste de fichiers dans plusieurs rpertoires. Cette fonction a t tlcharge sur matlab central (matlab central est un site dchanges de fichiers pour les utilisateurs des logiciels de la socit Mathworks (ref.)) et a t crite par M. F.Pabois de luniversit de Newcastle. Une fois le(s) fichier(s) slectionn(s), la fonction selecontourr.m est appele.

selecontourr.m :

Ajout de boutons dans la fentre principale Reconstruction Fosses Nasales:

1.+/- : choix

de la coupe dsire parmi les coupes slectionnes dans

uilistfiles.m. cf. plus2.m & moins2.m

2.outil dessin : Limage obtenue aprs

seuillage ne permet pas toujours de

slectionner un contour valable (obligation dun contour convexe). Dou cration dun outil permettant de forcer la valeur de certains pixels (0 ou 4095), afin dagrandir la partie arienne ou contrario daugmenter la taille des cartilages. cf. modif-repar2.m
3.selec contour :Une fois

la zone arienne dfinie, on peut slectionner le

contour utilis pour reconstruire les fosses nasales. cf. contourcoro2.m

133

4.ok & annuler :Validation

du contour slectionn sil convient, cf.

valicontcoro.m, sinon annulation de la slection, cf. annuler2.m. Dans ce cas, on recommence les diffrentes tapes cites ci-dessus. Appel de la fonction selecontour.m

selecontour.m :

Affichage dans la fentre principale dune image seuille correspondant la slection faite dans uilistfiles.m et selecontourr.m (cf. fig.1).

modif-repar2.m :

Le rsultat de lopration de seuillage nest pas toujours raliste ; contour non convexe de la fosse, apparition de conduit reliant les fosses nasales entre elles ou aux diffrents sinus. Cest pourquoi, on a recours un outil permettant de modifier limage seuille obtenue automatiquement dans seuilauto.m. Le principe est de dlimiter une zone laide dun outil de cration de splines, puis de dfinir la couleur que lon veut appliquer dans cette zone ; Blanc pour rajouter de la matire, noir pour augmenter la partie arienne.

Fig.2

contourcoro2.m: 134

fonction de dtection de contour. Ici, on dfinit un contour comme le passage dune zone de pixels noirs une zone de pixels blancs. Principe :
1. 2. 3.

Lutilisateur clique lintrieur dun contour (zone noire). Dfinition dun dplacement vers la droite jusqu rencontrer un pixel blanc. Utilisation dune fonction de traitement dimage disponible dans matlab ; bwtraceboundary, permettant de dtecter les contours dune image binaire.

4.

Remplissage de 3 matrices corox, coroy, coroz de dimensions (nx1) avec les coordonnes du contour respectivement en x, y et z. n correspond au nombre de pixels detect sur le contour trait.

validcontcoro.m:

Applique un algorithme de lissage du contour. Le contour obtenu dans contourcoro2.m est reprsent par une suite de pixels. Transformation, laide de la fonction matlab ncs2dapprox, du contour en une spline. Sauve le contour ainsi modifi dans le rpertoire chomtypocoro, sous la forme de 3 matrices correspondant aux coordonnes en x, y et z de dimension (nx1) avec n le nombre de pixel du contour dtect dans contourcoro2.m. Nomenclature des fichiers : xcoro1XX.mat, ycoro1XX.mat et zcoro1XX.mat ou XX correspond au numro de la coupe traite.

annuler2.m :

Efface les matrices corox, coroy et coroz. Lutilisateur peut alors recommencer les tapes de modification et de dtection du contour.

plus2.m/moins2.m :

Passage au contour suivant/ prcdent respectivement.

retour.m : menu retour reset du programme. Appel de la fonction prog_princ1.m 135

Menu2 Diaporama
affich.m : menu afficher coupe ou contour Cration dune fentre nomme choix de visualisation avec deux boites de dialogues :
1.

Possibilit de visualisation du scanner dsir. Lutilisateur choisit le numro de la coupe. Appel de la fonction zoomscan.m.

2.

Possibilit de visualisation du contour dsir. Lutilisateur choisit le numro de la coupe. Appel de la fonction zoomcontour.m.

zoomscan.m :

Visualisation dans une nouvelle fentre, laide des fonctions matlab dicomread et imshow, du scanner dorigine au format DICOM.

zoomcontour.m :

Visualisation dans une nouvelle fentre du contour choisit dfinit laide de la fonction contourcoro2.m, avec affichage des points types sils ont dj t dfinis.

affich2.m : menu dfilement scanners Cration dune fentre nomme dfilement des scanners. Lutilisateur choisit de visualiser la totalit des scanners dans la direction souhait ; axiale, sagittale ou coronale. Appel de la fonction defilement.m

defilement.m : 136

Visualisation dans une nouvelle fentre du premier scanner de la srie choisit dans affich2.m. Prsence dune barre de dfilement sur le ct droit de la fentre permettant dafficher la coupe de son choix.

defilement3.m : menu dfilement contours Cration dune fentre nomme contour. Prsence dune barre dfilement (idem ci-dessus) et dun bouton Placer 8 points ; ce bouton renvoie la fonction placehuiptscoro.m. Appel de la fonction zoomcontourcoro.m.

zoomcontourcoro.m:

Affichage sur la fentre contour ; gauche, du contour, avec les 8 points types sils ont dj t dfinit, et droite du scanner dorigine.

placehuiptscoro.m/choixxcoro.m/bonpointcoro.m:

Ces 3 fonctions sont interdpendantes. placehuiptscoro.m affiche sur une fentre nomme contour coupeXX (ou XX reprsente le numro de la coupe) le contour slectionn dans selecontourr.m. Initialisation dun compteur (kposauv) li au nombre de points type. Ensuite appel de la fonction choixxcoro.m. choixxcoro.m permet lutilisateur de slectionner les points type sur le contour en double cliquant laide de la souris. Puis appel de la fonction bonpointcoro.m. bonpointcoro.m sassure en premier lieu que le point cliqu par lutilisateur se trouve exactement sur le contour, sinon il dtermine le point situ sur le contour le plus proche du point cliqu. 2me tape ; renumrotation des points du contour partir du 1er point type slectionn. 3me tape ; remplissage dune matrice, iposauv, avec le numro de chaque point type sur le contour. La 1re valeur est toujours 1 (du la 2me tape). 4me tape ; rappel de la fonction placehuiptscoro.m.

137

Itration jusqu ce que le compteur kposauv prenne la valeur 9, puis appel de la fonction sauvpointcoro.m.

sauvpointcoro.m:

Une fois les 8 points type slectionns, sauvegarde dans les matrices ypoXX.mat et zpoXX.mat des coordonnes, en y et z respectivement, des points correspondant au pixel points dans la matrice iposauv et sauvegarde de cette matrice dans ipoXX.mat et du compteur dans kpoXX.mat pour chaque coupe (ou XX reprsente le numro de la coupe). Tous ces fichiers au format .mat sont stocks dans le rpertoire chomtypocoro.

defilement4.m : menu dfilement coupes seuilles Cration dune fentre nomme contour. Lutilisateur choisit de visualiser la totalit des images seuilles. cf. zoomcontour4.m

Menu 3 Etude 3D
vol2.m : menu cration volume Effectue un test : Si lutilisateur na encore trait aucun scanner, affiche un message derreur
'Aucun contour trait!!'

Sinon appel la fonction defnarines.m/ defnarines2.m

defnarines.m/ defnarines2.m:

Cration dune fentre choix narines ou lutilisateur indique le numro des coupes dfinissant les extrmits du volume raliser, les coupes correspondants au dbut et la fin de la narine et le nom du fichier cr. Ensuite appel de la fonction volumcoro.m

volumcoro.m/ testcoro.m/ interpolatecoro.m:

Distribue 200 points par contour slectionn, avec une rpartition gale entre chacun des 8 points particuliers dfinit laide de placehuiptscoro.m. Puis appel de la fonction testcoro.m testcoro.m effectue un premier lissage tridimensionnel des points dfinit dans volumcoro.m Chaque point est dfinit comme une moyenne des 8 points les plus proches. 138

Retour dans volumcoro.m et cration des matrices de points brut.xyz et brut2.xyz : brut.xyz est une matrices (nx3) contenant les coordonnes de tous les points du volume brut. Si on traite un nombre de coupes m avec un nombre de points p par coupe, alors n= mxp. La 1re colonne contient les coordonnes dans la direction x, la 2nde dans la direction y et la 3me dans la direction z. brut2.xyz est une matrice (nx2). n est dfinit de la mme manire que pour le fichier brut.xyz. La 1re colonne correspond aux coordonnes dans la direction x, la 2nde numrote les points de chaque coupe de 1 p. x(1,1) . . . x(p,1) x(1,2) . . . x(p,2) . . . . . . . . . . . x(1,m) . . . x(p,m) 1 . . . p 1 . . . p . . . . . . . . . . . 1 . . . p

Cest cette matrice qui sera utilise pour crer la triangulation de Delaunay. 139

Puis appel de la fonction interpolatecoro.m interpolatecoro.m: Effectue des oprations de lissage. tout dabord une interpolation dans la direction x, soit la cration de coupes intermdiaires puis une interpolation dans les directions y et z afin daugmenter le nombre de points par coupes. Puis remplissage des matrices lisse.xyz et lisse2.xyz sur le mme principe sue prcdemment. A partir de l, possibilit de visualiser les volumes obtenus dans le menu visualisation 3D ; appel de la fonction visualisation.m

: visualisation.m: menu visualisation 3D ouverture dune fentre visu3d avec 4 boutons permettant diffrentes visualisations : le volume brut, le volume lisse, tous les contours simultanment... Pour ces diffrentes options appel des fonctions guivisu.m, visubrut.m, visucont.m, texture.m, visulisse.m, explore3d.m, camera.m et rl.m (ainsi que plusieurs sous fonctions permettant des jeux de camra : caminit.m, camupdate.m, camgen.m, camplay.m, camsave.m). On ne dveloppera pas ici ces fonctions, tant donn quelles ne seront pas utilise dans le cadre de ce rapport.

foper.m: menu simulation opration Ce menu permet de simuler le geste chirurgical. On choisit tout dabord quelle(s) coupes on souhaite modifier. Puis sur chaque contour choisit on dfinit deux points. A partir de ceux-ci, on peut dfinir un trac qui correspondra la trace dun scalpel virtuel. Le volume est alors reconstruit avec les nouveaux contours ainsi dfinis. Cette fonction fait appel plusieurs sous-fonctions : visuoper.m, visu.m, camera.m, reeloper.m, contouroper.m, affichcontour2.m, operation.m, annulopera.m, validopera.m, guioperation.m, opera.m, operationauto.m. pour les mmes raisons que prcedemment, on ne dveloppera pas plus les algorithmes permettant de crer ces oprations virtuelles.

maille.m: menu maillage

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cration et sauvegarde dans le rpertoire coordonnescoro des matrices tribrut.xyz et trilisse.xyz de dimension (nx3), ou n est diffrent selon les cas. Ces deux matrices sont cres en appliquant une triangulation de Delaunay aux matrices brut2.xyz et lisse2.xyz respectivement. Chaque ligne de tribrut.xyz ( respectivement trilisse.xyz ) correspond aux indices des points de brut2.xyz ( respectivement lisse2.xyz ) formant les extrmits dun triangle. Chaque triangle ainsi cr est constitutif du maillage surfacique triangulaire reprsentant les fosses nasales dans leur ensemble. Il est alors possible de visualiser ces rsultats en appelant la fonction visumaille.m

visumaille.m : menu visualisation maillages Cration dune fentre maillage avec deux boutons. Selon que lon souhaite afficher le maillage brut ou lisse, on pourra appeler les fonctions mailleb.m et maillel.m laide des boutons maillage brut et maillage lisse respectivement.

mailleb.m/maillel.m : affiche laide de la commande trisurf la triangulation de

Delaunay cre prcdemment applique la matrice de points brut.xyz ou lisse.xyz selon le cas considr.

Fonctions indpendantes du logiciel RQle

Ces fonctions Matlab devront tre insrs au sein du logiciel RQle.

supppointsdb.m : Cette fonction charge la matrice de points lisse.xyz, cest dire les coordonnes des points du maillage surfacique, la scanne entirement, repre les points doubles et les rpartis rgulirement afin dobtenir un maillage exploitable pour les logiciels YAMS et GHS3D.

centregravite.m

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Lutilisateur clique au centre des deux coupes reprsentant les extrmits du domaine. Un maillage surfacique autour de ce point est gnr. Le maillage sera ensuite optimis laide de YAMS.

fichiermesh.m : Ce programme permet de visualiser le maillage cr partir du logiciel RQle dans le logiciel MEDIT, logiciel de visualisation de maillage dvelopp par lINRIA. Le format demand a une extension .mesh , sa structure est assez simple : 1. entte ou apparaissent certaines informations telles que la dimension du maillage visualiser. 2. Vertices suivis du nombre de points totaux p constituant le nuage utilis pour crer le maillage. 3. Matrice V=(px4) reprsentant les coordonnes des p points. La 1re colonne pour les coordonnes dans la direction x, la 2nde dans la direction y , la 3me dans la direction z et la dernire est une rfrence du point. Par dfaut ils seront tous rfrencs 0. 4. Triangles suivis du nombre de triangles t utile pour crer le maillage surfacique.

5. Matrice T=(tx4) ou les 3 premires colonnes de chaque ligne reprsente les indices des points rfrencs dans la matrice V correspondant aux extrmits des triangles formant le maillage surfacique souhait. La dernire colonne est une rfrence permettant de distinguer diffrentes surfaces. Ici, la rfrence 6 reprsente un wall, 2 une surface dentre et 3 une surface de sortie.

On peut alors lire le fichier ainsi cr laide du logiciel MEDIT.

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