Après avoir connu grandeur et décadence à l’époque romaine, Lyon
s’émancipe au Moyen Age. L’émergence de l’Eglise donne d’importantes responsabilités à la ville, qui accroît alors son rayonnement et son territoire. L’évolution de la ville est intimement liée à celle de l’Eglise. Sorti de la clandestinité au 4ème siècle, le clergé est l’un des trois ordres qui gouvernent la société. Au XIème siècle, Lyon devient le siège du Primat des Gaules (qui signifie la première église de France), titre honorifique toujours actuel de l’évêque de Lyon. Ce nouveau statut octroie les pouvoirs juridique, militaire et administratif à l’archevêque de Lyon.
Pour asseoir la puissance de la ville, on lance des constructions
d’envergure. Le pont du Change, consacré par l’évêque de l’époque, aujourd’hui démoli, permet à la population du quartier Saint-Jean de traverser la Saône pour s‘installer sur la Presqu’île. On édifie l’abbaye Saint Martin d’Ainay et la Manécanterie (ou mur du cloître), fleurons de l’art roman à Lyon. On embellit la primatiale Saint Jean-Baptiste, dont la construction du roman au gothique, s’achève au XVème siècle, et l’église Saint Nizier, gothique.
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L’activité commerciale se développe et l’artisanat se diversifie. Les ateliers se multiplient à Saint Jean, Saint Georges et Saint Paul (actuel Vieux Lyon). Pour faciliter la circulation des hommes et des marchandises, on creuse les premières traboules, passages insolites entre deux rues.
Ce régime apporte un renouveau à Lyon, mais les bourgeois, artisans,
banquiers et marchands lyonnais, soumis à l’emprise religieuse, luttent pour plus d’autonomie. L’église reste sourde à leurs revendications et ils font finalement appel au Roi. Ce dernier profite de l’occasion pour annexer la ville au Royaume de France. En 1240, Lyon est la première municipalité placée sous la protection du roi, gouvernée par douze consuls. L’archevêque conserve uniquement le titre de Primat des Gaules.
Entre les XIVème et XVème siècles, pendant la guerre de 100 ans et
l’épidémie de peste noire qui sévit en Europe, Lyon connaît une nouvelle crise. Il faut attendre la Renaissance, au milieu du XVème siècle, pour que Lyon retrouve son dynamisme.