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Nos faits marquants 2014

Centre Inra Bordeaux-Aquitaine

Membre fondateur de

Conception, ralisation : Mission communication Inra Bordeaux-Aquitaine


Rdaction : Units de recherche, units exprimentales, services dconcentrs dappui la recherche du centre Inra Bordeaux-Aquitaine et UCPC Inra
Inra / mars 2015

La recherche agronomique est au carrefour denjeux mondiaux et locaux


dans les champs de lalimentation, de lagriculture et de lenvironnement.
Rpondre lexigence dune agriculture durable, productive et de qualit,
anticiper les effets du changement climatique sur les systmes vivants
et accompagner le dveloppement des nouvelles nergies renouvelables
issues de la chimie verte, sont autant de problmatiques qui questionnent le
citoyen, et interpellent lgitimement notre Institut, acteur de la recherche
publique.
lchelle rgionale, nos recherches dployes dans les champs de la
biologie, de lcologie, mais aussi de la nutrition animale et humaine,
tentent de rpondre ces enjeux. Lensemble de notre dispositif de
recherche et dexprimentation est ainsi tourn vers cette ambition et
inscrit son action dans de nombreux projets conduits avec nos partenaires
acadmiques et socio-conomiques.
Ce recueil qui met en lumire la diversit de nos missions, illustre notre
dynamisme scientifique et rend tangible notre investissement au quotidien
pour une science utile et partage, au bnfice de tous.
Hubert de Rochambeau
Prsident de centre Inra Bordeaux-Aquitaine
Dlgu rgional Inra
hubert.de-rochambeau@bordeaux.inra.fr

+ DINFOS
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SOMMAIRE
Produire des connaissances - p5
Les arbres plus efficaces que les buissons pour lutter contre lrosion olienne des sols - p6
Les saumons recolonisent les zones nouvellement reconnectes dans les rivires du bassin de lAdour - p8
Pourquoi le cerveau a-t-il besoin des omga 3 ? - p10
De lintrt dune approche mtabolomique pour comprendre la rgulation de la biosynthse de trichothcnes B chez Fusarium
graminearum - p12
Le phosphore : une ressource limite et un enjeu plantaire pour lagriculture du 21me sicle - p14
Dcryptage des trois tapes de linvasion de la cochenille du pin maritime Matsucoccus feytaudi, responsable du dprissement de son
arbre hte dans le sud-est et en Corse - p17
La programmation nutritionnelle, une approche prometteuse pour amliorer lutilisation des nouveaux aliments chez la truite - p19
Colloque anniversaire des 20 ans du GIS Coop - p21
Le changement climatique affecte la slection sexuelle chez les truites - p23
Un partenariat CIRAD - Inra durable sur la gntique de leucalyptus - p26
Premires preuves exprimentales dun service de rgulation des insectes ravageurs forestiers par les chauves-souris - p28
La prsence de deux nouveaux virus de vigne identifis en France - p 30
Face au rchauffement, cultiver le Champignon de Paris, mme 25C - p32
Jeu minimal de gnes pour raliser la synthse de protines - p34

Concevoir des innovations - p36


Des marqueurs gntiques pour garantir la traabilit des bois de chne de tonnellerie - p37
Simulation de lrosion olienne en prsence de vgtation - p39
Mise en service dune serre de confinement Haute Performance Energtique, projet-pilote en dveloppement durable lInra - p41
Un nouveau modle de culture in vitro pour tudier la maturation et le mtabolisme du raisin - p43
Des outils mis disposition de la communaut scientifique pour laide la dcision - p 45

Construire des partenariats scientifiques et institutionnels - p47

Nutrition et sant du cerveau : Cration dun laboratoire International Associ OptiNutriBrain - p48
LInra et le Conseil rgional dAquitaine signent une convention pluriannuelle de partenariat pour renforcer les capacits de recherche, de
formation et dinnovation - p49
Inauguration de deux infrastructures de recherche et dinnovation au service des filires Fort-bois en Aquitaine - p51

Prix et distinctions - p53


Michel Mench. Phytomanagement de sites contamins : des dterminants molculaires lcologie de la restauration - p54
Lisa Wingate, Laurate du Laurier Jeune Chercheur de lInra 2014 - p56

Participer au dialogue science-socit - p58


Le poisson la loupe. Journe portes ouvertes de lAquaple de Saint-Pe-sur Nivelle - p59
Lappel des bois Des recherches pour une gestion durable des forts. Journes portes ouvertes Campus Fort-Bois de Pierroton - p61

Produire des connaissances

Centre
Bordeaux-Aquitaine

Les arbres plus efficaces que les buissons pour lutter


contre lrosion olienne des sols
Rsum

UMR ISPA

Interactions sol plante


atmosphre

CONTACT

Sylvain Dupont
sylvain.dupont@bordeaux.inra.fr

La revgtalisation des sols est une mthode courante pour limiter lrosion olienne dans
les rgions arides. En renouvelant la manire de modliser lrosion olienne en prsence de
vgtation, des chercheurs de lInra et du CNRS ont montr que les arbres sont plus efficaces que
les buissons pour rduire lrosion olienne des sols. Le modle dvelopp reprsente un outil
prometteur pour quantifier lrosion olienne des rgions semi-arides, lorigine de nombreuses
problmatiques environnementales. Ces travaux ont t publis dans le Journal of Geophysical
Research Earth Surface en fvrier 2014.

Brigitte Cauvin/ Inra

Lrosion olienne des sols correspond lentrainement de grains de sable par le vent
(saltation) et lmission de poussires dans latmosphre par impact de ces grains avec le sol.
La saltation peut endommager les cultures par abrasion, ensevelissement ou dracinement, et
former des dunes de sable en zones dsertiques. Lmission de poussires diminue localement
la fertilit des sols agricoles, et impacte globalement la formation des nuages et le bilan radiatif
terrestre. Ces poussires atmosphriques ont aussi des consquences sanitaires lies leur
inhalation par les tres humains, la propagation dagents potentiellement pathognes et la
dispersion de polluants. La revgtalisation des sols est une mthode courante pour rduire
lrosion olienne de rgions sujettes la dsertification, mais son efficacit suivant le type de
vgtation et leur arrangement nest pas encore bien connu. De plus, les modles actuels de
quantification de lrosion olienne sont peu adapts aux surfaces vgtales parses en raison
de leur reprsentation grossire du vent.

Produire des
connaissances

Un modle numrique renouvelle la modlisation de lrosion


en prsence de vgtation
Des chercheurs de lInra et du CNRS ont dvelopp de manire originale une modlisation
de la saltation dun sol en reproduisant linteraction complte entre le mouvement de
plusieurs millions de grains de sable et le vent instantan, et leurs interactions avec le sol et
la vgtation.
Une premire version de ce modle sans vgtation avait dj t labore par ces mmes
auteurs qui avaient reproduit les banderoles de grains de sable oscillant la surface dune
plage par vent fort.
En incluant la vgtation dans cette deuxime version du modle, ils ont montr qu
superficie gale, les arbres sont plus efficaces que les buissons pour rduire lrosion olienne.
Bien que les buissons pigent les particules en saltation, les arbres induisent une rduction
de vent plus grande chelle que le simple effet protecteur local des buissons. La rduction
de lrosion olienne apparait par ailleurs fortement dpendante de larrangement de la
vgtation par rapport la direction du vent.

Une premire tape pour quantifier lrosion olienne des sols


des rgions semi-arides

Brigitte Cauvin/ Inra

Les rgions semi-arides reprsentent une source importante de poussires pour latmosphre.
Contrairement aux rgions dsertiques, ces rgions sont caractrises par une vgtation
clairseme saisonnire. Ces recherches permettront de mieux quantifier les missions de
poussires issues de ces rgions. Ceci est dautant plus important que la perte en fertilit
des sols agricoles de ces rgions devrait saccentuer dans les annes venir sous leffet
combin du changement climatique et de la modification de lusage des sols lie aux activits
humaines. Ces rgions sont en effet des zones de transition climatique notamment en termes
damplitude et de frquence des prcipitations qui affectent le couvert vgtal des surfaces,
et donc lrosion olienne du sol. Elles sont aussi soumises une croissance importante de
la population conduisant des changements radicaux dans les usages des terres comme
lextension et lintensification des zones cultives.

RFRENCE SCIENTIFIQUE

Produire des
connaissances

S. Dupont, G. Bergametti, and S. Simons, Modeling Aeolian erosion in presence


of vegetation. Journal of Geophysical Research Earth Surface, Vol. 119, pp168-187,
DOI:10.1002/2013JF002875, February 2014.

Centre
Bordeaux-Aquitaine

Les saumons recolonisent les zones nouvellement


reconnectes dans les rivires du bassin de lAdour
Rsum

UMR ECOBIOP

cologie comportementale et
biologie des populations de
poissons

CONTACT

Philippe Gaudin
Philippe Gaudin@st-pee.inra.fr

Des chercheurs de lInra, de lUniversit Laval Qubec, du CIRAD et de lUniversit de Pau et des
Pays de lAdour ont tudi limpact de lamnagement de dispositifs permettant aux saumons de
franchir les barrages hydrolectriques et de recoloniser les zones nouvellement reconnectes dans
le bassin de lAdour. Ils ont montr grce des outils de gntique des populations que les sources
de recolonisation sont trs probablement les secteurs aval des obstacles amnags et que la perte
de diversit gntique est faible lors de la recolonisation des zones nouveau disponibles. Ces
rsultats laissent entrevoir un fort potentiel volutif des populations nouvellement formes.

BEALL Edward / Inra

Restauration de la libre circulation des poissons migrateurs


La restauration et la maintenance de la connectivit des habitats aquatiques sont des
proccupations majeures pour les rivires sur lesquelles ont t installs de nombreux barrages
hydrolectriques. En effet, les espces migratrices comme le saumon atlantique, qui aprs
tre n en rivire, migre en mer pour grandir puis remonte en rivire pour se reproduire, sont
mises en pril notamment par la prsence douvrages qui entravent leur libre circulation.
Plusieurs procds permettent de rtablir cette bonne circulation, comme le dmantlement
des barrages ou lamnagement de passes permettant aux poissons de franchir les ouvrages.
Des installations de ce type ont t mises en place durant les dernires dcennies sur plusieurs
barrages du bassin de lAdour. Elles ont permis la remonte et la reproduction de saumons
sur des zones anciennement colonises et nouvellement reconnectes.

Produire des
connaissances

La gntique pour le suivi de la recolonisation des poissons migrateurs


Les chercheurs ont utilis des marqueurs gntiques pour dterminer lorigine des individus
recolonisant les zones rcemment reconnectes. Ils ont prlev des morceaux de nageoires sur
prs de 1 000 jeunes saumons diffrents points en aval et en amont de barrages rcemment
amnags afin danalyser leur ADN.
Les rsultats ont montr que les saumons de la Nive, de la Nivelle et des Gaves sont
gntiquement diffrencis. Sur la base de ces rsultats, les chercheurs ont pu montrer que les
saumons qui recolonisent de faon spontane les zones rcemment reconnectes du bassin
de lAdour proviennent trs probablement de zones relativement proches, situes laval
immdiat des obstacles.

Prennit des nouvelles populations

THIBAULT Max / Inra

Les auteurs de ce travail ont galement constat que le niveau de diversit gntique des
saumons chantillonns en amont des obstacles ne prsente pas de diminution significative
par rapport aux saumons prlevs en aval. Ces rsultats suggrent que les dispositifs de
franchissement sont non slectifs et suffisamment efficaces pour quil ny ait pas une
rduction artificielle de la diversit gntique des saumons dans les zones situes en amont.
Du point de vue de la prennit de la recolonisation, le maintien dun haut niveau de diversit
gntique est une condition essentielle pour le maintien dun potentiel volutif adquat au
sein de ces nouvelles populations. Des oprations de suivi dmographique sont galement
mises en uvre afin de dterminer la productivit des nouvelles populations et le caractre
prenne ou non de la recolonisation. Les meilleures zones de production de saumon se
trouvant dans les eaux froides et courantes localises en amont des rivires, il y a fort
parier que la recolonisation de ces zones la suite de lamnagement ou de leffacement des
barrages permettra un regain long terme de la productivit des populations de saumon.
Cette tude est donc trs encourageante, car elle atteste de lefficacit de lamnagement
et du dmantlement de certains obstacles hydrauliques pour faciliter ou restaurer la libre
circulation des poissons migrateurs, essentielle leur cycle de vie.

RFRENCE SCIENTIFIQUE

Produire des
connaissances

Perrier, C., Le Gentil, J., Ravign, V., Gaudin, P. & Salvado, J.-C. (2014), Origins and
genetic diversity among Atlantic salmon recolonizing upstream areas of a large South
European river following restoration of connectivity and stocking, Conservation Genetics,
115. doi:10.1007/s10592-014-0602-3

Centre
Bordeaux-Aquitaine

Pourquoi le cerveau a-t-il besoin des omga 3 ?


Rsum

UMR NUTRINEURO

Nutrition et neurobiologie
intgre

CONTACT

Sophie Lay
sophie.laye@bordeaux.inra.fr

Omga 3, omga 6 : comment agissent les acides gras polyinsaturs (AGPI) sur le cerveau ?
Sophie Lay, directrice Inra de lunit Nutrition et Neurobiologie Intgre (Inra, Universit de
Bordeaux) et Richard Bazinet, professeur lUniversit de Toronto font un point sur ltat des
connaissances scientifiques et mdicales du fonctionnement de ces AGPI dans le cerveau normal
et pathologique. Publie dans Nature Reviews Neuroscience le 12 novembre 2014, cette synthse
aborde galement les nouvelles pistes pour comprendre comment ces lipides protgent des troubles
neuropsychiatriques et des maladies neurodgnratives.

Inra

Thon, sardine, maquereau et tous les poissons gras en gnral mais aussi les huiles de noix,
de soja, etc. sont les principales sources domga 3, des acides gras polyinsaturs (AGPI).
Dans le cerveau, les principales formes dAGPI sont lacide docosahxanoque (DHA) pour
la famille omga 3 et lacide arachidonique (AA) pour la famille omga 6. Ces lipides sont
issus de prcurseurs fournis exclusivement par lalimentation qui parviennent au cerveau
par le sang. Si DHA et AA sont peu utiliss comme source dnergie dans le cerveau, ces
lipides et leurs drivs sont impliqus dans un certain nombre de processus comme la
neurotransmission, la survie des cellules, la neuro-inflammation et par consquent agissent
sur lhumeur et la cognition.

Des apports essentiels pendant la priode prinatale


10

Produire des
connaissances

Chez lanimal de laboratoire, une carence en omga 3 pendant le dveloppement embryonnaire


et la priode de lactation altre le systme immunitaire crbral et la plasticit du cerveau.
Cest ce que rvlent pour la premire fois dans une rcente tude des chercheurs de lunit
Nutrition et Neurobiologie Intgre, NutriNeuro (Inra, Universit de Bordeaux). Au cours
du dveloppement, le rle des AGPI est particulirement important du fait de leur agrgation

dans les membranes des cellules du cerveau. Cependant, leur entre dans le cerveau devant
rester constante pour viter les carences, les apports nutritionnels doivent rester appropris
la fois au cours du dveloppement et lge adulte.

Neuro-inflammation, neurognse, neuroprotection


que font les omga 3 ?
Larticle de Sophie Lay et Richard Bazinet fait le point sur ltat des connaissances actuelles
sur limplication des AGPI dans les fonctions cellulaires physiologiques du cerveau. En
particulier, des travaux, dont les leurs, ont dmontr que DHA et AA rgulent lactivit
synaptique au travers de la synthse et de laction des endocannabinodes (des drivs
lipidiques qui contrlent les synapses excitatrices et inhibitrices par la libration vsiculaire
des neurotransmetteurs). Les auteurs rappellent le rle de ces lipides dans la neurognse et
la neuroprotection. Ils participent lentre du glucose dans le cerveau, la source nergtique
principale de cet organe et ils sont de puissants modulateurs de la neuro-inflammation. Par
ailleurs, si la nature et les activits des mtabolites de lAA (prostaglandines, leucotrines, etc.)
sont bien connues en situation inflammatoire, celles des drivs du DHA (neuroprotectine,
rsolvine, etc.) ncessitent des investigations complmentaires, notamment au regard de leur
rle dans la rsolution de la neuro-inflammation.

Booster la mmoire avec les omga 3

JC Delpech / NutriNeuro / Inra

En 2012, les chercheurs de lInra et de lUniversit de Bordeaux ont montr chez des souris
ges quun rgime enrichi en DHA dans le cerveau rduit la neuro-inflammation et la
survenue de troubles cognitifs (comme la perte de mmoire). Plus rcemment, les chercheurs
de lunit NutriNeuro ont confort ces observations laide dun modle de souris
transgniques prsentant des taux endognes dAGPI omga 3 plus levs dans le cerveau. En
provoquant une neuro-inflammation, ils ont montr que les souris transgniques prsentaient
des performances cognitives normales ainsi quune plasticit neuronale prserve, linverse
des souris tmoins.

Se protger de la dpression
Quels sont le rle et limplication des AGPI dans les pathologies neuropsychiatriques et
neurodgnratives ? De nombreuses donnes chez lhomme associent une diminution des
taux sanguins et crbraux des AGPI omga 3 la dpression, la schizophrnie ou la maladie
dAlzheimer. Des travaux rcents mens par les chercheurs de lunit NutriNeuro dcryptent
chez la souris comment des apports alimentaires dsquilibrs perturbent leur comportement
motionnel. Les scientifiques y dmontrent quune carence en AGPI omga 3 conduit un tat
de stress chronique et au dveloppement de comportement de type anxieux via la modulation
de la morphologie du cortex prfrontal. Leurs rsultats montrent galement le rle dun
rgime riche en omga 3 pour prvenir lapparition de la dpression (5). Ces observations
sont concordantes avec des essais cliniques mens avec des supplmentations alimentaires en
omga 3 qui rvlent une amlioration de lefficacit de certains traitements mdicamenteux,
ouvrant ainsi de nouvelles perspectives thrapeutiques. Lensemble de ces recherches vise
dterminer lapport nutritionnel en AGPI omga 3 adapt au fonctionnement optimum du
cerveau et sa protection, notamment face des vnements neuropathologiques.

11

Produire des
connaissances

RFRENCE SCIENTIFIQUE
Polyunsaturated fatty acids and their metabolites in brain function and disease
Richard P. Bazinet and Sophie Lay. Nature Reviews Neuroscience, en ligne le 12
novembre 2014. DOI: 10.1038/nrn3820

Centre
Bordeaux-Aquitaine

De lintrt dune approche mtabolomique


pour comprendre la rgulation de la biosynthse
de trichothcnes B chez Fusarium graminearum
Rsum

UR MYCSA

Mycologie et scurit
des aliments

CONTACT

Florence Forget
florence.forget@bordeaux.inra.fr

La lutte contre la contamination des crales par des mycotoxines produites par les champignons
du genre Fusarium est un dfi majeur pour diminuer les pertes et contribuer la scurit
alimentaire mondiale. Des tudes globales de mtabolomique rvlent les rseaux de rgulation
mtabolique conduisant la synthse des toxines et ouvrent des perspectives didentification de
cibles fongiques pour la matrise du risque mycotoxique dans les grains.

Inra

Contexte et enjeux

12

Produire des
connaissances

Lespce fongique Fusarium graminearum est lun des agents principaux de la fusariose de
lpi, maladie des crales lorigine de pertes significatives de rendement. Mais surtout
F.graminearum produit plusieurs familles de mycotoxines, dont celle des trichothcnes de
type B. Ce sont des contaminants frquents des rcoltes cralires. Le doxynivalenol (DON)
accompagn de ses drivs actyls est le contaminant le plus frquemment observ dans les
rcoltes cralires en Europe. Si la voie de biosynthse des trichothcnes est lucide et les
paramtres environnementaux la contrlant en voie dtre bien dfinis, les mcanismes qui
sous-tendent sa rgulation sont encore trs mal compris. Les dernires avances scientifiques
mettent en vidence le rle de rgulateurs cellulaires centraux (homostasie redox, pH,
dveloppement, etc.) capables dinduire ou rprimer la voie de toxinognse et soulignent
la ncessit de dvelopper des tudes globales, intgrant aussi bien le mtabolisme fongique
primaire que le mtabolisme secondaire.

Rsultats
Grce une collaboration avec la plateforme mtabolome du CGFB, le mtabolome de
F.graminearum a t analys dans des conditions de culture induisant la toxinognse ou la
limitant (supplmentation par un antioxydant, lacide cafique). Le couplage des techniques
LC-MS et H-RMN a permis de suivre prs de 60 mtabolites au cours de cintiques de
croissance. Ces mtabolites comprenaient des mtabolites primaires (acides amins, sucres),
des mtabolites secondaires dont le DON et ses prcurseurs, diffrents alcalodes indoliques
et drivs polyactates. La comparaison du mtabolome de F. graminearum diffrents temps
de culture en prsence ou absence dacide cafique a permis didentifier des corrlations
entre voies mtaboliques et de proposer, pour la premire fois, une carte mtabolomique de
F. graminearum. Cette carte illustre limbrication trs troite du mtabolisme secondaire de
production de mycotoxines au sein du mtabolisme primaire et met en vidence des noeuds
de communication prpondrants dans ces rseaux.

Perspectives
Cette premire carte mtabolomique et les avances permises par cette approche originale
ouvrent des perspectives trs intressantes pour progresser dans la connaissance des
mcanismes de rgulation de la production de mycotoxines et en consquence, dans
lidentification de stratgies efficaces de matrise du risque de contamination des crales.
Cette tude sera largie un panel plus large de conditions inductrices ou inhibitrices de la
toxinognse mais aussi un set de diffrentes souches de F. graminearum prsentant des
niveaux contrasts de production de toxines

Valorisation
MycSA / Inra

Lapproche mtabolomique permettra lidentification de nouvelles cibles fongiques pour une


meilleure matrise du risque DON.

RFRENCE SCIENTIFIQUE
13

Produire des
connaissances

Ces travaux ont t prsents aux journes Mycotoxines en 2014 et sont en cours
de publication.

Centre
Bordeaux-Aquitaine

Le phosphore : une ressource limite et un enjeu


plantaire pour lagriculture du 21me sicle
Rsum

UMR ISPA

Interactions sol plante atmosphre

UMR ECO&SOL

(Montpellier)
cologie fonctionnelle et
biogochimie des sols

Le phosphore (P) est au carrefour des enjeux de scurit alimentaire et dattnuation du


changement climatique. Deux articles rcents de chercheurs Inra apportent un clairage sur ces
questions, au niveau national et au niveau plantaire. Ces enjeux globaux ont t discuts lors de
la Phosphorus Week 2014, qui a rassembl Montpellier deux colloques internationaux du 26 aot
au 3 septembre 2014 : le colloque scientifique Phosphorus in Soils and Plants du 26 au 29 aot,
et le 4e Sommet mondial sur le phosphore durable du 1er au 3 septembre.

CONTACTS

Bruno Ringeval
bruno.ringeval@bordeaux.inra.fr
Philippe Hinsinger
philippe.hinsinger@supagro.inra.fr
Thomas Nesme
thomas.nesme@agro-bordeaux.fr
Sylvain Pellerin
sylvain.pellerin@bordeaux.inra.fr

Christophe Montagnier / Inra

Contexte et enjeux

14

Produire des
connaissances

Laccroissement continu de la demande en biomasse agricole pour des usages alimentaires et


non alimentaires, et la rarfaction des ressources ncessaires la production des engrais (gaz
naturel et nergie pour N, roches phosphates pour P) posent la question de la dpendance
de la production agricole aux engrais de synthse. Pour lazote, cette dpendance est
gnralement estime par des ratios calculs annuellement tels que le rapport entre azote
apport sous forme dengrais de synthse et azote contenu dans les produits rcolts.
lchelle globale, il a ainsi t montr que 40% de la production de protines dpendait
des engrais azots de synthse. De tels chiffres nexistent pas pour P, alors que la rarfaction
de la ressource en roches phosphates issues de gisements gologiques et ncessaires la
fabrication des engrais P menace la scurit alimentaire mondiale moyen terme. Le calcul
de la dpendance de la production agricole aux engrais P de synthse est plus complexe car,
contrairement N, le P saccumule dans les sols ce qui fait quun calcul ralis sur une base
annuelle conduit une estimation errone.

Concernant les cosystmes peu anthropiss, leur rponse aux changements globaux lis
laugmentation de la teneur en CO2 de latmosphre et des retombes de N via les dpts
atmosphriques, est contrainte par les dsquilibres stchiomtriques induits vis--vis
dautres nutriments, et particulirement P. Ainsi les capacits de squestration de C et de
mitigation du changement climatique seraient infrieures ce que prdisent les modles
plantaires ne prenant pas en compte la contrainte de la faible disponibilit de P des sols de
nombreux cosystmes. La quantification de cet effet est un enjeu majeur pour la prdiction
du climat futur et llaboration de scnarios dattnuation.
Une approche par modlisation a t mise en uvre pour apporter des rponses ces deux
questions, aux chelles globales et nationales.

Rsultats
Les travaux de modlisation conduits lchelle plantaire ont montr quel point, quels
que soient les modles de changements climatiques pris en compte, la disponibilit de P
dterminait la production primaire et ainsi le stockage de C dans les cosystmes en rponse
ces changements. Ils ont rvl, contre toute attente, que cette contrainte par le P tait
moins forte dans les cosystmes tropicaux que dans le reste du monde.

SLAGMULDER Christian/ Inra

Concernant la dpendance de la fertilit P des sols agricoles aux engrais P de synthse, le


modle propos a permis de reconstituer lhistorique de lvolution de la fertilit P des sols
franais depuis laprs-guerre. Les stocks de phosphore intervenant dans la nutrition de la
plante, dcomposs en deux compartiments P labile et P stable, ont fortement augment
depuis 1948. Ils tendent se stabiliser depuis les annes 70, en lien avec la baisse constate des
apports dengrais. Le modle montre quactuellement, du fait de lhistorique de fertilisation,
environ 82% (de 68 91%) du P contenu dans les sols est dorigine anthropique, cest--dire
quil provient directement (apport dengrais de synthse) ou indirectement (apport dengrais
organiques contenant du P provenant initialement dengrais de synthse) des gisements
gologiques utiliss pour la fabrication dengrais P. De mme, la part du phosphore contenu
dans les produits agricoles qui est dorigine anthropique est denviron 84%. Calculs sur une
base annuelle comme pour lazote, ces ratios seraient seulement de 51 et 60%, ce qui montre
lintrt du modle pour une estimation plus juste de la dpendance de la fertilit P et de
la production agricole aux engrais P de synthse. Ces rsultats montrent que malgr une
baisse importante des apports dengrais de synthse en phosphore depuis les annes 70 grce
aux progrs de la fertilisation raisonne, la production agricole franaise reste fortement
dpendante dune fertilit P hrite qui a t constitue durant des dcennies partir de
phosphore extrait de gisements gologiques.
Ces travaux ont t prsents lors du 5me PSP Phosphorus in Soils and Plants du 26
au 29 aot 2014 Montpellier et qui a eu lieu pour la premire fois en Europe, avec pour
thmatique centrale Facing Phosphorus Scarcity (276 participants dune quarantaine
de pays). Le 4th Sustainable Phosphorus Summit (SPS 2014) lui a fait suite du 1er au 3
septembre 2014 (208 participants de quarante pays diffrents) organis sous lgide de la
GPRI (Global Phosphorus Research Inititiative), qui a su veiller la communaut scientifique
mondiale et nos socits aux enjeux globaux sur le phosphore. Entre les deux, un Sminaire
Jeunes Chercheurs, organis le 31 aot 2014 avec le soutien du LabEx AGRO, rassemblant 42
scientifiques de pays du Nord et du Sud, a prpar un expos qui a t prsent lors de SPS
2014 sur les principaux enjeux et verrous de recherche.

15

Produire des
connaissances

Cet ensemble dvnements a constitu la Phosphorus Week 2014, organise par lInra et le
CIRAD, et qui a stimul les rencontres entre scientifiques de disciplines varies, des sciences
agronomiques, de lenvironnement, des procds et des sciences sociales et politiques,

couvrant lensemble du cycle et des usages du phosphore, au-del du seul secteur agricole.
Ils ont galement fait intervenir des porteurs denjeux, des secteurs politique et conomique,
dans les domaines de lagrofourniture, des biotechnologies, de lpuration des eaux, etc.

Perspectives
Le modle sur les flux de P lis lhistorique de fertilisation est actuellement utilis dans
le cadre dun projet de recherche dont lobjectif est didentifier les dterminants de la
teneur en phosphore des sols agricoles lchelle mondiale. Il sera appliqu quelques
pays contrasts afin dvaluer la dpendance de la fertilit P des sols et de la production
agricole actuelle au P dorigine anthropique en fonction de lhistorique agricole (anciennet
du recours la fertilisation de synthse notamment). Lobjectif est davoir une vision de la
dpendance de la fertilit P des sols aux apports dengrais de synthse lchelle globale.
Par ailleurs, ltude du rle de la disponibilit de P dans la modulation de la rponse des
cosystmes aux changements globaux est poursuivie dans un projet de recherche visant
affiner les prdictions dans diffrentes rgions du monde et pour diffrents types de biomes.
Lestimation de la disponibilit de P dans les sols ces chelles globales constitue ds lors un
vritable challenge pour ces modles plantaires.
Les spcialistes de P saccordent dire quil convient de faire merger une gouvernance
mondiale des ressources en phosphore, ncessitant au pralable un effort majeur de
communication et dducation de nos concitoyens, en vue dveiller la conscience collective
et la responsabilit des individus face cette problmatique globale. Ceci commence prendre
forme en Europe, au travers des activits de lEuropean Sustainable Phosphorus Platform.
Le prochain sommet mondial SPS5 aura lieu en Chine en 2016, avec le souci dy associer la
GPNM, Global Partnership for Nutrient Management, tandis que le prochain symposium
international PSP6 sera organis en 2018 en Belgique, avec le mme souci qu Montpellier
dimpliquer les chercheurs et porteurs denjeux des pays du Sud.
Inra

RFRENCES SCIENTIFIQUES
Penuelas, J., Poulter, B., Sardans, J., Ciais, P., van der Velde, M., Bopp, L., Boucher, O.,
Godderis, Y., Hinsinger, P., Llusia, J., Nardin, E., Vicca, S., Obersteiner, M., Janssens, I.
A. (2013), Human-induced nitrogen-phosphorus imbalances alter natural and managed
ecosystems across the globe. Nature Communications, 4. DOI: 10.1038/ncomms3934

16

Produire des
connaissances

Ringeval, B., B. Nowak, T. Nesme, M. Delmas, and S. Pellerin (2014), Contribution of


anthropogenic phosphorus to agricultural soil fertility and food production. Global
Biogeochem. Cycles, 28, DOI:10.1002/2014GB004842.

Centre
Bordeaux-Aquitaine

Dcryptage des trois tapes de linvasion


de la cochenille du pin maritime Matsucoccus
feytaudi, responsable du dprissement de son
arbre hte dans le Sud-Est et en Corse
Rsum

UMR CBGP

(Montpellier)
Centre de biologie pour la gestion
des populations

URFM

(Avignon)
cologie des forts
mditerranennes

Des approches de gntique des populations couples des comparaisons de scnarios par des
approches Baysiennes ont permis de dcrypter les 3 tapes cls de la colonisation de M. feytaudi:
introduction accidentelle aprs guerre via le transport de bois en provenance de la fort des
Landes; diffusion naturelle de linsecte vers lEst dans les forts fragmentes de pin maritime;
transport accidentel longue distance par le vent dun petit nombre dindividus colonisateurs du Sud
Est vers la Corse.

UMR BIOGECO

Biodiversit, gnes et
communauts

CONTACTS

Carole Kerdelhu
Carole.Kerdelhue@supagro.inra.fr
Thomas Boivin
thomas.boivin@avignon.inra.fr
Christian Burban
Christian.Burban@pierroton.inra.fr

Bastien Castagneyrol / Inra

Contexte et enjeux

17

Produire des
connaissances

La cochenille du pin maritime, Matsucoccus feytaudi, est originaire des pindes du


Maroc, de la pninsule Ibrique et du Sud-Ouest de la France. Dans sa zone dorigine,
elle ne commet aucun dgt notable sur son arbre hte (Harfouche et al., 1995). Importe
accidentellement dans le sud-est de la France, elle a t dans les annes 60 et 70 lorigine
de dprissements majeurs sur les pins maritimes locaux, qui se sont rvls trs sensibles
ce ravageur (Riom, 1994). Elle a ensuite progress vers lEst, jusquen Italie (Fabre, 1980;
Binazzi, 2005). Plus rcemment, au milieu des annes 90, elle a t dcouverte en Corse,
o elle est galement responsable du dprissement du pin maritime (Jactel et al., 1998).
Les objectifs de notre travail taient dutiliser les outils de gntique des populations et des
mthodes puissantes danalyse des donnes (ABC, ou Approximate Bayesian Computation)
(Estoup & Guillemaud, 2010; Guillemaud et al., 2010) sur un chantillonnage de populations
prleves dans la zone dorigine et dans les principales rgions envahies, afin de dterminer le
scnario le plus probable correspondant aux diffrentes tapes de linvasion. Pour cela, nous
avons construit une collaboration impliquant des scientifiques de 3 units dentomologie du
dpartement EFPA (CBGP, Montpellier; BIOGECO, Bordeaux et URFM, Avignon).

Rsultats
Lchantillonnage consquent, lutilisation de marqueurs microsatellites polymorphes
(Kerdelhu & Decroocq, 2006), et lanalyse comparative des scnarios possibles ont
clairement dmontr que la colonisation de la rgion sud-est et de la Corse par la cochenille
du pin maritime a eu lieu en trois tapes, impliquant des modes de dispersion et des
dynamiques diffrentes. La cochenille est arrive dans le Sud Est de la France depuis la
fort des Landes, probablement juste aprs la Deuxime Guerre mondiale. Nous navons pas
mis en vidence deffet fondateur marqu, ce qui suggre quun grand nombre de larves ou
dadultes ont t imports de manire rcurrente avec des grumes en provenance des Landes,
probablement lors de la reconstruction daprs-guerre. Cette hypothse est cohrente avec
le fait que les pins des Landes sont naturellement rsistants la cochenille, qui na donc pas
pu tre dtecte prventivement. La progression de linsecte vers lItalie sest faite par une
expansion diffusive, par dispersion naturelle de linsecte (vol actif des mles et transport
des larves par le vent) entre patchs de pins maritimes, dont la distribution est fragmente
dans cette partie de son aire. Enfin, nos analyses montrent que la colonisation de la Corse
na impliqu quun faible nombre dinsectes colonisateurs, en provenance du sud-est de la
France et de Ligurie. Ce rsultat, coupl au fait que le premier foyer ait t dcouvert loin des
infrastructures portuaires et routires, suggre une arrive accidentelle en Corse de quelques
larves emportes par le Mistral, vent dominant qui souffle du nord vers le sud dans cette
rgion au printemps. Ces rsultats ont t publis en 2014 (Kerdelhu et al., 2014).

Perspectives

Arte / Inra

Ces rsultats montrent toute la complexit des scnarios invasifs. Lactivit humaine peut tre
lorigine de colonisations dvastatrices, en particulier lorsque les plantes htes de la zone
dorigine sont rsistantes au ravageur et donc asymptomatiques. Dans le cas de M. feytaudi,
la premire rgion historiquement envahie a servi de tte de pont (Lombaert et al., 2010),
et de point de dpart la colonisation de la Corse. Les pins maritimes de Tunisie et dAlgrie,
galement sensibles, pourraient dsormais tre menacs.

RFRENCE SCIENTIFIQUE
18

Produire des
connaissances

Kerdelhu C, Boivin T, Burban C (2014). Contrasted invasion processes imprint the genetic
structure of an invasive scale insect across southern Europe. Heredity 113(5): 390-400.

Centre
Bordeaux-Aquitaine

La programmation nutritionnelle, une approche


prometteuse pour amliorer lutilisation
des nouveaux aliments chez la truite
Rsum

UR NUMEA

Nutrition, mtabolisme,
aquaculture

CONTACTS

Stphane Panserat
stephane.panserat@st-pee.inra.fr
Inge Geurden
Inge.Geurden@st-pee.inra.fr

Les nouveaux aliments base de plantes (riches en glucides et de faible apptence) rduisent la
croissance des poissons dlevage. Lexposition prcoce ds le premier repas un stimulus court
avec glucides alimentaires a entran des changements persistants dans lutilisation mtabolique
du glucose au stade juvnile. De la mme faon, lalimentation prcoce avec un aliment base de
plantes pendant 3 semaines a permis la truite adulte de mieux accepter les nouveaux aliments
(meilleures prise alimentaire et efficacit alimentaire). Dautres fentres dexposition des
stimuli prcoces, par exemple la priode de dveloppement embryonnaire, semblent galement
prometteuses, comme lindiquent nos premires expriences dinjections de glucose dans les ufs
de poisson-zbre. Le concept de programmation nutritionnelle chez les poissons est donc valid et
ouvre de nouvelles perspectives en nutrition des poissons.

Alain Girard / Inra

Contexte et enjeux
Laquaculture connat un essor remarquable depuis une vingtaine dannes, fournissant en
2010 prs de 50% des produits aquacoles pour la consommation humaine. Afin dinscrire
la production de poissons dans une optique de durabilit, il devient ncessaire de proposer
de nouvelles stratgies alimentaires pour saffranchir des ingrdients dorigine marine
dans laliment aquacole. Chez les mammifres, il est dsormais largement admis que des
vnements nutritionnels prcoces peuvent modifier de faon permanente la physiologie
et le mtabolisme de lorganisme (Lucas, 1998). Bases sur ce concept, deux approches de
programmation nutritionnelle cibles sur un nutriment spcifique (glucose) ou sur un
aliment (aliment vgtal) ont t mises en place dans lunit de recherche Inra NUMEA
(Saint-Pee-sur-Nivelle).

19

Produire des
connaissances

Rsultats

Alain Girard / Inra

La programmation nutritionnelle avec les glucides peut modifier le mtabolisme du glucose


et le microbiote intestinal de la truite. Il est important de dfinir de nouvelles stratgies
nutritionnelles permettant damliorer lutilisation des glucides, macronutriment peu
onreux mais peu utiliss par les poissons carnivores comme la truite (Polakof et al., 2012).
Faisant suite une tude pilote (Geurden et al. 2007) et dans le cadre de projets financs par
lEurope (programme ARRAINA) et lInra (crdits incitatifs PHASE), des alevins de truites
ont t nourris avec un aliment hyperglucidique ds leur premier repas pendant une trs
courte dure (5 jours) durant une phase de grande plasticit mtabolique (Mennigen et al.,
2013). Trois mois et demi aprs, les poissons juvniles issus de cette exprience ont prsent
une modification de lhomostasie glucidique, du mtabolisme musculaire du glucose et
du microbiote intestinal en rponse une alimentation riche en glucides dmontrant ainsi
lexistence dun effet un long terme du stimulus prcoce (Geurden et al., 2014).
Dans le cadre dune collaboration avec lUniversit de Faro (Portugal) (programme FCT)
et afin de tester une nouvelle fentre dapplication du stimulus prcoce, nous avons modifi
lutilisation mtabolique du glucose en imposant un stimulus hyperglucidique pendant
lembryognse chez le poisson-zbre par le biais dinjection de glucose dans luf (Rocha
et al. 2014). La programmation nutritionnelle peut amliorer la prise alimentaire dune
truite nourrie avec un aliment vgtal. Sur le mme principe, nous avons nourri des alevins
de truite pendant 3 semaines ds le premier repas avec un aliment strictement vgtal
(ingrdients base de plantes) ou un aliment marin, base dhuile et de farine de poisson.
Aprs une priode dlevage commune de 7 mois pendant laquelle lensemble des poissons
a t nourri avec laliment marin, les deux groupes exprimentaux ont t soumis une
alimentation strictement vgtale pendant 25 jours, afin de tester lexistence ou non dune
mmoire nutritionnelle prcoce. Les rsultats (Geurden et al., 2013) ont montr un effet
positif du pass nutritionnel vgtal par rapport au marin , sur la croissance (+42%), la
prise alimentaire (+30%) et lefficacit dutilisation de laliment vgtal (+18%). Cette rponse
positive est associe des modifications persistantes de lexpression de gnes dans le cerveau
et le foie (Balasubramanian, donnes en cours de valorisation).
Au final, lensemble de ces rsultats suggre quun stress nutritionnel appliqu au dbut de la
vie peut tre considr comme une stratgie utile pour la programmation nutritionnelle des
poissons dlevage.

Perspectives
La programmation nutritionnelle est maintenant un concept applicable chez la truite mais
aussi chez dautres espces de poissons comme lindiquent des donnes rcentes obtenues
chez le bar europen et la daurade royale. Afin de dvelopper et piloter cette approche de
programmation nutritionnelle comme nouvelle stratgie alimentaire chez les poissons
dlevage, il est toutefois fondamental de comprendre les mcanismes lorigine de cette
programmation parmi lesquels lpigntique est probablement lun des acteurs majeurs.

RFRENCES SCIENTIFIQUES

Geurden I, Aramendi M, Zambonino-Infante J, Panserat S (2007) Early feeding of


carnivorous rainbow trout with a hyperglucidic diet during a short period: effect on dietary
glucose utilisation in juveniles. Am J Physiol Regul Integr Comp Physiol 292:R2275-R2283.

20

Produire des
connaissances

Geurden I, Mennigen J, Plagnes-Juan E, Veron V, Cerezo T., Mazurais D, ZamboninoInfante J, Gatesoupe J, Skiba-Cassy S, Panserat S (2014) High or low dietary carbohydrate:
protein ratios during first-feeding affect glucose metabolism and intestinal microbiota in
juvenile rainbow trout. J exp Biol 217 : 3396-3406
Lucas A (1998) Programming by early nutrition: an experimental approach. J Nutr. 128(2
Suppl): 401S-406S.
 olakof S, Panserat S, Soengas J, Moon TW (2012) Glucose metabolism in fish : a review. J
P
Comp Physiol B 182:10151045.

Centre
Bordeaux-Aquitaine

Colloque anniversaire des 20 ans du GIS Coop


Rsum

UMR LERFOB

(Nancy)
Laboratoire dtude des
ressources fort-bois

Lobjectif du colloque tait, dune part, de faire connatre le GIS Coop un large public (dcideurs
politiques, directeurs dorganismes forestiers et chercheurs) et, dautre part, didentifier les enjeux
et perspectives pour le GIS Coop dans le contexte actuel des changements environnementaux et
des nouvelles demandes socitales. Le colloque sest droul sur 2 journes : les 2 et 3 octobre 2014.

UMR BIOGECO

Biodiversit, gnes et
communauts

UE Fort Pierroton
CONTACTS

Ingrid Seynave
seynave@nancy.Inra.fr
Cline Meredieu
Celine.Meredieu@pierroton.inra.fr
Patrick Pastuszka
Patrick.Pastuszka@pierroton.inra.fr

BIOGECO / Inra

Contexte et enjeux
Le Groupement dIntrt Scientifique (GIS) Cooprative de donnes sur la croissance des
peuplements forestiers a ft ses 20 ans. Sous lgide du Ministre charg de lagriculture et
de la fort, sept organismes mutualisent leurs moyens et leurs comptences pour installer
et grer des dispositifs exprimentaux, recueillir et mettre en commun des donnes sur la
croissance des peuplements forestiers. Ils contribuent ainsi llaboration de modles de
dynamique forestire intgrs dans la plateforme de simulation CAPSIS. Par ailleurs, ses
rseaux servent de rfrences techniques pour les prescripteurs en sylviculture. Aprs 20 ans
de fonctionnement et face un contexte climatique changeant, le GIS Coop a prsent ses
principales valorisations scientifiques et techniques ainsi que les potentialits de ses rseaux
dexprimentations sylvicoles.

Rsultats
21

Produire des
connaissances

Ces deux journes ont permis de toucher un public trs vari : plus de 80 personnes, issues
des Ministres en charge de la fort et de lenvironnement, dorganismes de recherche,
denseignement, de dveloppement et de gestion forestire pour les forts prives et publiques,
ont particip ce colloque.

Perspectives
Suite ce colloque et pour continuer mieux faire connatre les rseaux du GIS Coop,
plusieurs actions sont prvues :
ralisation dun site internet propre
diffusion, par courrier et via les sites internet du GIS et de ses membres, de la
plaquette de prsentation du GIS Coop
rdaction dun article de prsentation des rseaux dans une revue scientifique
faisant suite la publication de vulgarisation technique (Bdeneau et al. 2001) et
sappuyant sur les travaux scientifiques publis de valorisation (Meredieu et al. 2003
ou Trouv et al. 2014)

RFRENCES SCIENTIFIQUES
Trouve R., Bontemps J.D., Collet C., Seynave I., Lebourgeois F. 2014. Growth partitioning
in forest stands is affected by stand density and summer drought in sessile oak and Douglasfir. Forest Ecology and Management, 334, 358-368.
BIOGECO / Inra

Balandier P. 2014. Impact de lintensit des prlvements forestiers sur la biodiversit.


Rapport final du projet IMPEBIO, programme Biodiversit, Gestion Forestire et Politiques
Publiques du MEDDE / MAAF. 146p.
Balandier P. 2014. Impact de lintensit des prlvements forestiers sur la biodiversit.
Rapport final du projet IMPREBIO, programme Biodiversit, Gestion Forestire et
Politiques Publiques du MEDDE / MAAF. 146p.
Cordonnier T., Dreyfus P., Trouv R. 2012. Quelles dimensions et quels indices
dhtrognit privilgier pour lexprimentation dans les peuplements forestiers mlangs
ou irrguliers ? Revue Forestire Franaise, 64, 773-788.
Sardin T. 2009. Forts littorales atlantiques dunaires. ONF ; Lavoisier Coll. Guide des
sylvicultures. 175 p.
Meredieu C., Perret S., Dreyfus P. 2003. Modeling dominant height growth: effects of stand
density. In: Modeling forest systems (Amaro A., Reed D., Soaeres P., eds). CABI Publishing,
Wallingford, UK, p. 111-121.

22

Produire des
connaissances

Bdeneau M., Sindou C., Ruchaud F., Bailly A., Crmire L. 2001. Un partenariat scientifique
original : la cooprative de donnes sur la croissance des arbres et peuplements forestiers.
Revue Forestire Franaise, 53, 177-171.

Centre
Bordeaux-Aquitaine

Le changement climatique affecte la slection


sexuelle chez les truites
Rsum

UMR ECOBIOP

cologie comportementale et
biologie des populations de
poissons

CONTACTS

Dans le cadre du changement climatique, des chercheurs de lInra ont tudi leffet de
laugmentation de la variabilit des dbits en rivire sur la reproduction et la slection sexuelle
chez la truite commune. Il apparat que ce changement environnemental affecte linvestissement
dans la reproduction, les phnotypes qui auront le plus de succs, ainsi que la probabilit que des
individus dorigines diffrentes se reproduisent ensemble.

Jacques Labonne
jacques.labonne@st-pee.inra.fr

ECOBIOP / Inra

Contexte et enjeux
Le changement climatique implique une augmentation des vnements extrmes en zone
tempre. Dans le cas des rivires, cela se traduit par une hydrologie plus alatoire, avec
davantage dvnements extrmes comme les crues ou les tiages. La biodiversit abrite par
les rivires est dj une des plus menaces, de par la concentration des perturbations lies aux
activits anthropiques : prlvement, eutrophisation, pollution, et fragmentation.
Les salmonids comme la truite sont extrmement dpendants de lhydrologie pour leur
reproduction, et dveloppent en rponse des stratgies adaptes permettant de maximiser
leur succs reproducteur. Lingalit de succs reproducteur entre des individus prsentant
des phnotypes et donc des gnotypes diffrents va modifier la composition gntique des
populations pour la gnration suivante, et donc leur potentiel adaptatif : cest la slection
sexuelle. Le succs reproducteur est dtermin par linvestissement reproducteur, le succs
dappariement, et la survie des descendants, mais aussi par la disponibilit et les diffrents
phnotypes des partenaires sexuels.

23

Produire des
connaissances

Enfin, la truite utilise le substrat de la rivire pour y creuser un nid afin de dposer ses ufs
labri des prdateurs jusqu un stade plus autonome. Lenvironnement hydrologique peut

donc potentiellement affecter les dpenses dnergie des adultes pendant la reproduction,
mais aussi la survie des descendants en raison de risques dtiage et darasement.
Afin dinvestiguer ces questions, nous avons mis en place une exprience en milieu semicontrl, le chenal exprimental du Laptixuri, situ au Pays Basque. Deux environnements
ont t crs : un environnement prdictible avec un dbit constant, et un environnement
variable avec un dbit trs fluctuant, passant de conditions de crues des conditions dtiage
rapidement et alatoirement. Nous avons introduit dans chacun de ces environnements des
adultes issus de deux populations gntiquement distinctes, lune provenant dun milieu
hydrologiquement plus stable et prdictible que lautre. Nous avons suivi leur comportement
de reproduction (activit, comptition, appariement) laide de camras sub-aquatiques. Leur
investissement reproducteur a t mesur par les variations de poids au cours de la priode
de reproduction, ainsi que les variations de concentrations de mtabolites nergtiques dans
le plasma sanguin. Enfin, le succs reproducteur a t estim en attendant que les alevins
issus de la reproduction mergent du substrat environ deux mois aprs la reproduction.
Ils ont t assigns leurs parents respectifs laide de mthodes de biologie molculaire.
Enfin, des modles ont t spcifiquement dvelopps pour cette exprience, permettant de
prendre en compte linvestissement reproducteur, le succs dappariement et le nombre de
descendants, ainsi que leffet des phnotypes des partenaires sexuels sur ces composantes de
la slection sexuelle.

Rsultats
Nos rsultats indiquent tout dabord que les traits phnotypiques des truites comme la
taille corporelle - influencent effectivement leur succs reproducteur, impliquant une
slection sexuelle assez forte : certains phnotypes produisent davantage de descendants
la gnration suivante que dautres. En revanche, des diffrences importantes peuvent tre
observes en fonction de lenvironnement (constant ou alatoire) et de lorigine des individus:

Christophe MAITRE / Inra

24

Produire des
connaissances

1 - En environnement prdictible, la relation entre linvestissement reproducteur et le succs


reproducteur ne changeait pas selon lorigine des poissons. Dans ce mme environnement,
une forte slection positive a t estime pour la taille chez les mles, permettant de
maximiser les rencontres, les appariements et le nombre des descendants. En revanche chez
les femelles, la taille corporelle ntait que trs peu sous slection, avec un effet lgrement
ngatif sur le nombre de descendants. Enfin, les individus issus des deux populations se sont
reproduits avec la mme efficacit, et sans considrer lorigine de leurs partenaires sexuels : il
ny avait pas disolement reproducteur.
2 - En environnement variable, tous les individus ont montr un investissement reproducteur
comparable lenvironnement prdictible, lexception des femelles issues de la population
naturellement soumise la variabilit hydrologique : elles ont diminu leur investissement,
en utilisant notamment beaucoup moins les mtabolites nergtiques sanguins disponibles.
La slection sur la taille corporelle est aussi modifie : elle devient beaucoup moins forte
chez les mles, et saccentue en revanche chez les femelles. Enfin, on observe dans cet
environnement variable un fort isolement reproducteur entre les populations dorigines
diffrentes, les individus ne sappariant plus alatoirement.
Cette exprience originale montre donc que la variabilit de lhydrologie affecte plusieurs
composantes qui participent de la slection sexuelle et de ses consquences, mais que cela
nest pas vrai pour toutes les populations. Le changement climatique va donc exercer des
pressions diffrentes sur des populations pourtant issues dune mme espce, et conditionner
les flux de gnes entre ces populations.

Perspectives
Ces rsultats originaux devraient permettre de mieux clairer le rle de la slection sexuelle
dans lvolution de la biodiversit sous leffet du changement climatique. Dans le cadre de la
gestion de la biodiversit, nous souhaitons continuer explorer la sensibilit diffrentielle des
populations face ce changement, afin de comprendre en quoi des adaptations divergentes
peuvent mener des rponses variables, lintrieur dune mme espce. Enfin, ces
conclusions devraient influencer les politiques de gestion et dadaptation au changement
climatique, qui se situent lheure actuelle lchelle de chaque espce, avec des mesures
appliques uniformment toutes les populations.

Nicolas Bertrand / Inra

RFRENCE SCIENTIFIQUE
25

Produire des
connaissances

Gauthey, Z. 2014. Effect of environment on sexual selection in Brown trout (Salmo


truttaL.). Thse. Universit de Pau et des Pays de lAdour Universidad del Pais Vasco.
165p + annexes.

Centre
Bordeaux-Aquitaine

Un partenariat CIRAD - Inra durable sur la gntique


de leucalyptus
Rsum

UMR BIOGECO

Biodiversit, gnes
et communauts

CONTACTS

Jean-Marc Gion
gion@pierroton.inra.fr

Le CIRAD et lInra collaborent depuis 6 ans, via les UMR AGAP et BIOGECO, sur la gntique
de leucalyptus. Les travaux les plus rcents ont permis de construire des cartes gntiques
contenant des milliers de gnes agencs de manire extrmement prcise les uns par rapport aux
autres, ce qui a permis damliorer lassemblage du gnome dEucalyptus grandit qui vient juste
dtre publi. Cette seconde version du gnome a t utilise pour identifier des gnes candidats
impliqus dans lefficience dutilisation de leau.

Inra

Contexte et enjeux
Les dveloppements des technologies de squenage et de gnotypage haut dbit sont en
train de rvolutionner les approches de gntique et dcologie chez les espces darbres
forestiers. Laccs des gnomes de rfrence apporte notamment des perspectives nouvelles
dtude de larchitecture gntique de caractres complexes, pour ces espces prennes long
cycle de rvolution. En effet, cette information gntique associe des outils de phnotypage
en plein essor eux aussi, permet dtudier plus prcisment les dterminants gntiques et
environnementaux de caractres comme la qualit du bois, la dynamique de croissance,
ou encore lefficience dutilisation de leau... Avec un gnome de rfrence dune qualit
exceptionnelle, une communaut scientifique importante et fdre au niveau international,
leucalyptus a acquis aujourdhui le rang despce modle.

Rsultats
26

Produire des
connaissances

Bartholom et al. (2014a) rapportent pour la premire fois, chez un arbre forestier, des cartes
gntiques dites haute rsolution, i.e. o la distance gntique entre deux marqueurs a pu
tre estime trs prcisment grce au gnotypage de 1000 plein-frres. Disposant dune
squence de rfrence du gnome dEucalyptus grandis depuis 2012, nous avons identifi

des millions de polymorphismes de type SNP en resquenant les deux gniteurs de cette
famille, puis slectionn un lot de 6000 marqueurs rpartis sur lensemble du gnome. Une
biopuce ADN a alors t fabrique pour gnotyper leurs descendants. Si cette tude rvle
une trs bonne correspondance entre lassemblage du gnome (en 11 pseudo-molcules
correspondant aux 11 chromosomes de lespce) et les deux cartes gntiques, elle a permis
aussi damliorer significativement la premire version du gnome de rfrence. Cette
seconde version, maintenant disponible auprs de la communaut scientifique, a t utilise
pour identifier des QTL communs entre espces (Gion et al. 2014) et des gnes candidats
positionnels pour lefficience dutilisation de leau (Bartholom et al. 2014b). Ces tudes
ont bnfici de collaborations avec le CRDPI en Rpublique du Congo, la plate-forme de
bioinformatique de lInra de Toulouse (Genotoul), le Joint Genome Institute du DOE aux
tats-Unis et lUMR EEF de lInra de Nancy.

Perspectives
Ces travaux ouvrent de nombreuses pistes de recherche pour les annes venir. Il sagira
dans un premier temps danalyser la recombinaison gntique le long des chromosomes
de leucalyptus afin de localiser les points chauds de recombinaison, ce qui prsente un
intrt majeur en amlioration gntique. Ces nouvelles investigations sur la structure du
gnome sont au cur dune collaboration dj engage avec des chercheurs de lUniversit
de Tasmanie en Australie. Par ailleurs, lalignement du gnome aux cartes gntiques sur
lesquels de nombreux QTL majeurs ont t positionns, ouvre la voie des approches dites
de clonage positionnel, qui permettront didentifier les gnes sous-jacents. Ces donnes
viendront galement appuyer les approches de slection gnomique susceptibles damliorer
lefficacit des programmes damlioration. Enfin, nous poursuivons nos recherches sur
larchitecture gntique de la dynamique de croissance radiale (mesure un pas de temps
sub-horaire) et de sa rponse aux contraintes environnementales, qui ouvre un nouveau
champ de recherche sur la gntique comportementale des arbres forestiers.

Inra

RFRENCES SCIENTIFIQUES
Bartholom J, Mandrou E, Mabiala A, Jenkins J, Nabihoudine I, Klopp C, Schmutz J,
Plomion C, Gion JM (2014a). High-resolution genetic maps of Eucalyptus improve
Eucalyptus grandis genome assembly. New Phytologist. (doi: 10.1111/nph.13150)
Bartholom J, Mabiala A, Savelli B, Bert D, Brendel O, Plomion C, Gion JM (2014b). Genetic
architecture of carbon isotope composition and growth in Eucalyptus. New Phytol (in press)

27

Produire des
connaissances

Gion JM, Chaumeil Ph, Plomion C (2014). EucaMaps : Linking genetic maps and associated
QTLs to the Eucalyptus grandis genome. Tree Genetics and Genomes (in press).

Centre
Bordeaux-Aquitaine

Premires preuves exprimentales dun service


de rgulation des insectes ravageurs forestiers
par les chauves-souris
Rsum

UMR BIOGECO

Biodiversit, gnes
et communauts

CONTACTS

Yohan Charbonnier
yohan.charbonnier@pierroton.inra.fr
Luc Barbaro
luc.barbaro@pierroton.inra.fr
Herv Jactel
Herve.Jactel@pierroton.inra.fr

Une exprience de manipulation de la densit de processionnaire du pin et denregistrement


acoustique des chauves-souris a permis de dmontrer que ces dernires augmentent leur activit
de prospection sur les lisires de pin les plus infestes et accroissent leurs captures de proies dans
les agrgats de papillons. Il rsulte de cette prdation une diminution significative des infestations
de la processionnaire lanne suivante.

Brigitte Cauvin / Inra

Contexte et enjeux

28

Produire des
connaissances

Il est attendu que la frquence et lamplitude des pullulations dinsectes ravageurs


forestiers augmentent avec le changement climatique. Les chiroptres insectivores sont de
plus en plus considrs comme agents potentiels de contrle biologique des populations
dinsectes ravageurs. Cependant, aucune tude en Europe navait jusqu prsent valu
quantitativement cette fonction de rgulation en fort.
Dans le cadre du projet europen FunDivEurope, notre quipe a confirm que les forts
constituent un habitat cl pour les chauves-souris et que la diversit des essences forestires,
lchelle du peuplement et du paysage, influe positivement sur leur richesse spcifique et
leur abondance. Nous avons alors tudi de plus prs le rle fonctionnel de ces chauvessouris dans la plus grande fort de plantation dEurope, le massif des Landes de Gascogne.
L pullule rgulirement la processionnaire du pin (Thaumetopoea pityocampa), principal
dfoliateur des forts de conifres en France et qui tend son aire de rpartition en rponse
au rchauffement climatique.
Pour cela, nous avons appliqu une approche exprimentale innovante en manipulant
la densit de proies, les papillons de processionnaire, laide de leurres phromonaux. Le
long de lisires de plantations de pin maritime infestes par la processionnaire nous avons
cr artificiellement des agrgats de papillons et enregistr au mme endroit les ultrasons

mis par les chauves-souris afin didentifier les espces de chiroptres et de quantifier leur
activit de chasse. Nous avons galement utilis des piges phromone pour estimer les
densits de processionnaires et mesurer les niveaux dinfestation sur les arbres des lisires
chantillonnes.

Rsultats
Il existe une troite concidence temporelle entre lactivit des chiroptres et celle de la
processionnaire du pin, lactivit de chasse des chauves-souris tant maximale au dbut de
lt et en dbut de nuit, priode o mergent les papillons et o les chauves-souris doivent
nourrir leurs petits.
Les chauves-souris montrent une rponse numrique la densit de proies puisque leur
abondance augmente avec celles de papillons de processionnaire. Certaines espces de
chiroptres, notamment la Srotine commune et la Pipistrelle de Kuhl, manifestent galement
une rponse fonctionnelle en intensifiant leur prdation au niveau des agrgats de papillons
induits par les leurres artificiels.
Ce renforcement de lactivit de prdation par les chauves-souris se traduit par une rduction
du potentiel de reproduction des populations de processionnaire du pin qui conduit
une diminution significative des infestations lanne suivante. On dmontre ainsi pour la
premire fois en fort tempre que les chiroptres assurent un service cosystmique de
rgulation des insectes ravageurs.

Perspectives

Inra

La processionnaire du pin prsente une dynamique des populations cyclique, avec des
pullulations tous les 6 8 ans. Il sera donc intressant de suivre en parallle la dynamique
temporelle des chiroptres et dvaluer leur effet long terme sur la dmographie de la proie.
Des tudes rcentes ont rvl la complexit des comportements de rponse aux signaux
acoustiques mis par les chauves-souris avec des phnomnes de cris sociaux et
mme lmission dultrasons par les papillons pris en chasse. Nous envisageons donc
denregistrer plus finement les changes dinformation acoustique entre les chiroptres et
la processionnaire du pin pour analyser leurs rponses comportementales et ainsi mieux
dcrypter les interactions proies prdateurs et prdateurs - prdateurs.

Valorisation
Cette tude sintgre dans le cadre de lagro-cologie et montre que la lutte par conservation
de la biodiversit, ici des essences forestires, offre des perspectives intressantes pour la
rgulation des insectes ravageurs forestiers par leurs prdateurs naturels.
Elle confirme galement le rle majeur des habitats forestiers pour la conservation de la
biodiversit des chiroptres, alors que ce groupe vient dtre valu par lUICN comme le
plus menac parmi les mammifres en Europe (10 espces sur la Liste Rouge)

29

Produire des
connaissances

Centre
Bordeaux-Aquitaine

La prsence de deux nouveaux virus de vigne


identifis en France
Rsum

UMR SVQV

(Colmar)
Sant de la vigne et qualit
du vin

UMR BFP

On connat prs de soixante-dix virus et virodes capables dinfecter la vigne et de nouveaux virus
sont rgulirement dcouverts. Parmi ces nouveaux agents, le Grapevine Pinot gris virus (GPGV),
qui semble associ une pathologie particulire et le Grapevine Red globe virus (GRGV), dont
le pouvoir pathogne nest pas avr sur vigne, ont t identifis pour la premire fois dans les
vignobles franais par une collaboration entre deux quipes du dpartement SPE de lInra.

Biologie du fruit et pathologie

CONTACTS

Olivier Lemaire
olivier.lemaire@colmar.inra.fr
Thierry Candresse
thierry.candresse@bordeaux.inra.fr

J.M Bossenec / Inra

Contexte et enjeux

30

Produire des
connaissances

Parmi les 70 virus et virodes infectant la vigne, de trs nombreux dentre eux sont capables
de causer des symptmes, parfois graves. Ils sont le plus souvent prsents en association,
ce qui rend dlicate lanalyse de ltiologie de ces viroses. De nouveaux virus de vigne sont
rgulirement dcouverts, en particulier ces dernires annes avec la monte en puissance
des approches de diagnostic non cibles par squenage haut dbit. Dans le mme temps, de
nombreuses pathologies dorigine encore inconnue mais vraisemblablement virale, dont des
syndromes de dprissement qui affectent la longvit des vignobles, existent chez la vigne.
Parmi les agents rcemment dcrits, le Grapevine Pinot gris virus (GPGV) et le Grapevine
Red globe virus (GRGV) pourraient tre associs des pathologies particulires (de type
court-nou pour le GPGV) et leur dcouverte en France par les quipes SPE va ncessiter
une valuation plus prcise du potentiel pathognique de ces virus et de leur(s) mode(s) de
dissmination, soit par diffusion de matriel infect, soit par transmission par des vecteurs
ariens. Le GPGV est un Trichovirus apparent au Grapevine berry inner necrosis virus,
transmis par lacarien ryophide Colomerus vitis. Il sera ainsi trs important de rechercher si
lun ou lautre des 2 acariens trs communs sur vigne, Colomerus vitis et Calepitrimerus vitis
sont en mesure de transmettre le GPGV. Ces rsultats pourraient avoir des consquences
cruciales sur lpidmiologie de cette virose et sur les mesures mettre en place pour limiter
la diffusion de ce virus potentiellement inquitant pour la viticulture franaise.

Rsultats
Lutilisation dapproches de diagnostic bases sur lutilisation du squenage haut dbit puis
sur lanalyse bioinformatique des squences obtenues a permis de mettre en vidence le
GPGV sur des plants de Merlot greffs sur le porte-greffe Gravesac provenant de la rgion
de Bordeaux ainsi que sur des plants de Carignan, montrant des symptmes foliaires svres
de dformation, fasciation et chlorose faisant penser des symptmes de court-nou.
Lensemble des tests srologiques et molculaires raliss navaient pas permis de mettre en
vidence un ventuel Nepovirus, agent du court-nou. Le GRGV a lui t identifi sur des
plants de Cabernet Franc greffs sur Gravesac et provenant galement de la rgion bordelaise.
Sur la base des squences obtenues, des tests de dtection par RT-PCR laide damorces
spcifiques de ces deux virus, ont t mis au point. Ces outils de dtection vont permettre de
mener des tudes de prvalence de ces deux virus, afin de connatre dune part leur aire de
rpartition en France et les cpages affects, et dautre part la diversit molculaire en France
de ces agents.

Perspectives
La prsence de ces virus en France et, en particulier, du GPGV, pose de faon plus aige
la question de la pathognicit de ces agents et de leur pidmiologie. Un projet europen
(ArimNet2) impliquant un consortium international et agrgeant, outre les deux quipes
Inra, des chercheurs Italiens, Espagnols, Slovnes et Slovaques, est en cours de montage pour
conduire des efforts internationaux afin de parvenir une meilleure comprhension de la
contribution du GPGV des pathologies de la vigne et de disposer de moyens de dtection
et de lutte efficace en Europe.

J.M Bossenec / Inra

RFRENCES SCIENTIFIQUES
Glasa, M., Predajna, L., Komnek, P., Nagyova, A., Candresse, T., Olmos, A. (2014), Molecular
characterization of divergent grapevine Pinot gris virus isolates and their detection in
Slovak and Czech grapevines. Arch Virol DOI 10.1007/s00705-014-2031-5

31

Produire des
connaissances

Beuve, M., Candresse, T., Tannires, M. & Lemaire, O. (2014) First Report of Grapevine
Pinot gris virus (GPGV) in grapevine in France. Plant Disease, sous presse.

Centre
Bordeaux-Aquitaine

Face au rchauffement, cultiver le Champignon


de Paris, mme 25C
Rsum

UR MYCSA

Mycologie et scurit
des aliments

CONTACTS

Jean-Michel Savoie
jean-michel.savoie@bordeaux.inra.fr

La thermo-tolrance du Champignon de Paris est un caractre qui mrite dtre slectionn pour
favoriser sa culture dans les rgions chaudes du globe ou pour diminuer les cots de production en
priode estivale sous nos latitudes. Lexploitation de la grande variabilit gntique contenue dans
la Collection du Germoplasme des Agarics Bordeaux (CGAB) a permis aux chercheurs de lUnit
de Recherche MycSA de reprer des individus (appels souches) isols de la nature, capables de
fructifier 25C.

WEBER Jean Jacques / Inra

Contexte et enjeux
La thermo-tolrance du Champignon de Paris est un caractre qui mrite dtre slectionn
pour favoriser sa culture dans les rgions chaudes du globe ou pour diminuer les cots de
production en priode estivale sous nos latitudes.
En effet, Agaricus bisporus, (nom scientifique du Champignon de Paris), est une espce
des rgions tempres dont les varits utilises actuellement ncessitent des tempratures
comprises entre 16 et 19C pour un rendement optimal. Autrefois, ces conditions taient
obtenues dans des carrires souterraines. Depuis quelques annes, la production se fait dans
de grandes salles climatises qui permettent laugmentation ainsi que la stabilisation de la
quantit et de la qualit des rcoltes. Si les champignonnistes pouvaient disposer de varits
produisant 25C, ils diminueraient leurs dpenses nergtiques en priodes chaudes. Ces
varits pourraient aussi favoriser le dveloppement de la culture dans de nouvelles zones
climatiques.

32

Produire des
connaissances

Rsultats
Lexploitation de la grande variabilit gntique contenue dans la Collection du Germoplasme
des Agarics Bordeaux (CGAB) a permis aux chercheurs de lUnit de Recherche MycSA
de reprer des individus (appels souches) isols de la nature, capables de fructifier 25C
(Largeteau et al. 2011). Parmi ces souches, un petit nombre possde un potentiel de
rendement intressant cette temprature, quivalant celui quelles expriment 17C
(Navarro & Savoie 2014). Pour approfondir leur connaissance de la biologie dAgaricus
bisporus et dvelopper des outils danalyse facilitant le travail de slection varitale, les
chercheurs de lInra se sont intresss aux fondements gntiques de cette thermo-tolrance.
Ltude dune descendance issue dun parent thermo-tolrant et dun parent incapable de
produire des champignons 25C a rvl la complexit de lhritabilit gntique de ce
caractre. Deux zones du gnome (appeles QTLs) sont impliques dans lhritabilit de la
thermo-tolrance (Foulongne et al 2014). Elles contiennent des gnes pouvant intervenir
dans laptitude produire des champignons plus haute temprature. Paralllement, un
nouveau gne dAgaricus bisporus a t caractris. Aap1 code pour une protine qui joue un
rle de facteur de transcription impliqu dans une rsistance gnrale aux stress subis par le
Champignon de Paris (Navarroet al. 2014).

Perspectives
Lutilisation dans des programmes de slection varitale de ces ressources gntiques
naturelles et des connaissances sur les fondements gntiques devrait permettre de proposer
prochainement des varits de Champignon de Paris thermo-tolrantes prsentant par
ailleurs toutes les qualits requises attendues par les producteurs et les consommateurs.

GUINBERTEAU Jacques / Inra

RFRENCES SCIENTIFIQUES
Largeteau M.L., Callac P., Navarro-Rodriguez A.M., Savoie J.M. (2011). Diversity in the
ability of Agaricus bisporus wild isolates to fruit at high temperature (25C). Fungal Biology.
115: 1186-1195.
Foulongne-Oriol M., Navarro P., Spataro C., Ferrer N. Savoie J.M. (2014) Deciphering the
ability of Agaricus bisporus var. burnettii to produce mushrooms at high temperature
(25C). Fungal Genetics and Biology. 73: 1-11
Navarro P., Savoie J.M. (2014). Selected wild strains of Agaricus bisporus produce high yields
of mushrooms at 25C. Revista Iberoamericana de Micologa. 32: 54-58

33

Produire des
connaissances

Navarro P., Billette C., Ferrer N., Savoie J.M. (2014). Characterization of the aap1 gene of
Agaricus bisporus, a homolog of the yeast YAP1. Comptes Rendus Biologie 337: 29-43.

Centre
Bordeaux-Aquitaine

Jeu minimal de gnes pour raliser la synthse


de protines
Rsum

UMR BFP

Biologie du fruit et pathologie

CONTACTS

Alain Blanchard
alain.blanchard@bordeaux.inra.fr

Dans toutes les cellules vivantes, le message gntique ports par les ARN messagers est traduit
en protines par une machinerie complexe impliquant notamment le ribosome. Ce processus
appel traduction est extrmement conserv des bactries aux mammifres et aux plantes.
Par gnomique compare, nous avons identifi un jeu minimal de gnes requis pour la traduction
chez les cellules les plus simples. Ce travail a des implications notamment en biologie de synthse
dans la perspective de construction dune cellule minimale.

E. Jacobs / University of Dresden

Contexte et enjeux
Le contexte est celui dun des objectifs de la biologie de synthse qui est de construire de
nouveaux chssis cellulaires, si possible en simplifiant au maximum le fonctionnement de
cellules vivantes. La construction dune cellule minimale ncessite un ensemble doutils
dingnierie gnomique mais galement des prdictions fiables sur les gnes ncessaires au
fonctionnement dune telle cellule. Cest dans ce cadre que ce travail sinsre.

Rsultats
Nous avons identifi un ensemble de protines impliques dans la traduction qui sont
communes aux 39 bactries de la classe Mollicutes slectionnes. Ces protines sont
ncessaires la traduction mais ne sont pas suffisantes. En effet, malgr leur parent
phylogntique, ces organismes ont dvelopp au cours de leur volution des solutions
distinctes de minimisation de leur gnome pour assurer cette fonction essentielle de la

34

Produire des
connaissances

traduction. Nous avons mis en vidence des phnomnes de compensation en fonction des
pertes subies et avons propos un scnario de pertes et/ou de gains des gnes impliqus dans
la synthse de protines au cours lvolution de ces bactries. Ce travail sappuyant sur les
comptences complmentaires des auteurs de la publication a conduit lidentification dun
jeu minimal de gnes ncessaires la synthse de protines dans des cellules minimales.

Perspectives
Ce travail doit alimenter les rflexions autour de la construction dune cellule minimale.
Lanalyse ralise ouvre galement des tudes fonctionnelles plus cibles comme cest le cas
pour des enzymes de modification des ARN qui interviennent pour assurer la fiabilit de la
traduction. De rcents travaux dirigs par Carole Lartigue dans notre quipe concernent la
caractrisation dune telle enzyme par des approches de biologie de synthse (Nucleic Acids
Res. 2014;42:8073-82).

TILLOY Valentin / Inra

RFRENCE SCIENTIFIQUE

35

Produire des
connaissances

Grosjean H, Breton M, Sirand-Pugnet P, Tardy F, Thiaucourt F, Citti C, Barr A, Yoshizawa S,


Fourmy D, de Crcy-Lagard V, Blanchard A. Predicting the minimal translation apparatus:
lessons from the reductive evolution of mollicutes. PLoS Genet. 2014 May 8;10(5):e1004363.
doi: 10.1371/journal.pgen.1004363.

Concevoir des innovations

Centre
Bordeaux-Aquitaine

Des marqueurs gntiques pour garantir


la traabilit des bois de chne de tonnellerie
Rsum

UMR BIOGECO

Biodiversit, gnes et
communauts

CONTACTS

Rmy Petit
remy.petit@pierroton.inra.fr
Erwan Guichoux
erwan.guichoux@ pierroton.inra.fr

Des chercheurs de lInra Bordeaux-Aquitaine ont identifi de nouveaux marqueurs gntiques


et dvelopp une technologie de gnotypage adapte pour identifier lespce et tester la
conformit dun lot de bois de chne par rapport une origine annonce.
Cette technologie qui combine flexibilit, rapidit, prcision et matrise des cots va faire lobjet
dun transfert FCBA Institut Technologique pour tre mise disposition des acteurs de la filire
bois-vin (gestionnaires forestiers, mrandiers, tonneliers et viticulteurs).

Erwan Guichoux / Inra

Dans le cadre de lquipement dExcellence Xyloforest (Programme Investissement davenir),


un test gntique nouvelle gnration, plus puissant et infalsifiable, a t mis au point par
les chercheurs de lInra Bordeaux-Aquitaine. Il permet de contrler lorigine et lespce des
bois de chne utiliss dans la filire tonnellerie. Ces outils permettront de lutter efficacement
contre les fraudes potentielles tout en valorisant les efforts de traabilit des acteurs de la
filire bois.

37

Produire
des
Concevoir
des innovations
connaissances

Les travaux du projet OAKTRACK soutenu par lAgence Nationale de la Recherche (ANR)
dans le cadre de son programme Emergence ont permis de valider des outils molculaires
de contrle de lorigine des bois de chne utiliss en tonnellerie et de les rendre accessibles
la filire. Deux aspects ont t abords, lespce botanique et la provenance gographique.
Ainsi, les acteurs de la filire fort-bois ont dsormais leur disposition des moyens de
contrle de leur production ou de leurs approvisionnements. En amont, les gestionnaires
pourront garantir la conformit de lespce et/ou de lorigine gographique des grumes
commercialises, en utilisant un test ADN infalsifiable. Et, en aval, les nologues pourront
optimiser la maturation des vins et des alcools, avec un meilleur contrle du potentiel
aromatique des bois utiliss, par lidentification de lespce de bois de chne utilise.

Afin de caractriser les marqueurs gntiques les plus performants pour identifier lespce
et estimer lorigine gographique des chnes, de nombreuses squences dADN ont t
analyses, obtenues sur plusieurs chantillons reprsentatifs de la diversit gntique de ces
espces. Une fois les meilleurs marqueurs reprs, les efforts ont port sur la mise au point
dune technologie de gnotypage (identification gntique) base sur la spectromtrie de
masse, technique qui combine diffrents avantages : flexibilit, rapidit, prcision et cot
matris. Deux kits de marqueurs gntiques ont t dvelopps et optimiss pour tre
utiliss indpendamment ou en combinaison. Ils permettent didentifier lespce de manire
certaine comme de contrler lorigine gographique dun bois de chne (test de conformit
par rapport une origine annonce).
Ces outils devraient rpondre aux attentes de la filire, qui souhaite mieux valoriser les lots
de bois mais galement optimiser le contrle des approvisionnements.

Rpondre aux dfis de la filire tonnellerie


Le secteur de la tonnellerie franaise reprsente environ 65 tonnelleries, dont
une majorit localise en Poitou-Charentes et en Aquitaine, plaant le pays au
1er rang mondial (75% du march), avec un excdent commercial de 300 M en
2012. Grce un savoir-faire reconnu, le secteur est en croissance car il bnficie
d'investissements dans les nouveaux pays du vin et de la croissance des vins
de qualit, plus de 10 la bouteille. Les tonneliers doivent toutefois relever
d'importants dfis lis la stabilisation du march europen, la concurrence
des copeaux (boisages nologiques), la ncessit de monter en gamme et de
se diversifier, et, enfin, au durcissement des conditions d'approvisionnement.
En effet, les prix du bois de chne de qualit ne cessent de crotre, sachant que
le cot de la matire premire constitue environ 50% du prix d'une barrique
traditionnelle (500 700). Lors des ventes aux enchres de bois rputs issus
de massifs forestiers de haute-futaie du centre de la France, certaines coupes
des arbres de 200 300 ans au tronc de diamtre important et rgulier, au
grain de bois d'une finesse exceptionnelle focalisent lintrt des tonneliers.
Cette tension sur le march gnre donc un risque de drives qui interrogent
directement lorigine des bois : francisation des bois trangers, doutes sur
lorigine pour les massifs les plus rputs, manque de suivi de lespce de chne
faute de caractres distinctifs des bois.

Erwan Guichoux / Inra

RFRENCE
Guichoux E, Petit RJ (2014) Dclaration dinvention (n DI-RV-13-00566) auprs de lINPI:
Mthode de traabilit gographique des bois de chne.

38

Concevoir des innovations

+ DINFOS
>> Commnuniqu de presse
>> Vido

Centre
Bordeaux-Aquitaine

Simulation de lrosion olienne en prsence


de vgtation
Rsum

UMR ISPA

Interactions sol plante


atmosphre

CONTACT

Sylvain Dupont
sylvain.dupont@bordeaux.inra.fr

La revgtalisation des sols est une mthode courante pour limiter lrosion olienne.
En renouvelant la manire de modliser lrosion olienne en prsence de vgtation, nous avons
montr que les arbres sont plus efficaces que les buissons pour rduire lrosion des sols. Le modle
dvelopp reprsente un outil prometteur pour quantifier lrosion olienne des rgions semiarides, lorigine de nombreuses problmatiques environnementales.

CHASSANY Jean-Paul/ Inra

Contexte et enjeux

39

Produire
des
Concevoir
des innovations
connaissances

Lrosion olienne des sols correspond lentrainement de grains de sable par le vent, aussi
appel saltation, et lmission de poussires dans latmosphre par impact de ces grains
avec le sol. La saltation peut endommager les cultures par abrasion, ensevelissement ou
dracinement, et former des dunes de sable en zones dsertiques. Lmission de poussires
diminue localement la fertilit des sols agricoles, et impacte globalement la pollution de lair,
la formation des nuages et le bilan radiatif terrestre. Ces poussires atmosphriques ont aussi
des consquences sanitaires lies leur inhalation par les tres humains, et la propagation
de polluants ou dagents potentiellement pathognes, fixs sur les grains de poussire.
La revgtalisation des sols est une mthode courante pour rduire lrosion olienne de
rgions sujettes la dsertification, mais son efficacit suivant lorganisation spatiale des
couverts vgtaux et le type de vgtation nest pas encore bien connue. De plus, les modles
actuels de quantification de lrosion olienne sont peu adapts aux surfaces avec des couverts
vgtaux pars en raison de leur reprsentation grossire du vent.

Rsultats
Nous avons dvelopp une modlisation originale de la saltation dun sol en reproduisant
linteraction complte entre le mouvement de plusieurs millions de grains de sable et le vent
instantan, et leurs interactions avec le sol et la vgtation dans un champ tridimensionnel.
Une premire version de ce modle sans vgtation nous a permis de reproduire les banderoles
de grains de sable oscillant la surface dune plage par vent fort. Ces premiers travaux ont
permis de confirmer de prcdentes hypothses sur lorigine de ces banderoles en lien avec
les caractristiques de la turbulence du vent prs de la surface. En incluant la vgtation
dans une deuxime version du modle, nous avons montr qu superficie gale, les arbres
sont plus efficaces que les buissons pour rduire lrosion olienne. Bien que les buissons
pigent les particules en saltation, les arbres induisent une rduction de vent plus grande
chelle que le simple effet protecteur local des buissons. La rduction de lrosion olienne
apparait par ailleurs fortement dpendante de larrangement de la vgtation par rapport
la direction du vent.

Perspectives
Les rgions semi-arides reprsentent une source importante de poussires pour latmosphre.
Contrairement aux rgions dsertiques, ces rgions sont caractrises par une vgtation
clairseme saisonnire. Lextension de ce modle de saltation aux poussires nous permettra
de mieux quantifier les missions de poussires issues de ces rgions. Ceci est dautant plus
important que la perte en fertilit des sols agricoles de ces rgions devrait saccentuer dans
les annes venir sous leffet combin du changement climatique et de la modification de
lusage des sols lie aux activits humaines. Ces rgions sont en effet des zones de transition
climatique notamment en termes damplitude et de frquence des prcipitations qui affectent
la couverture vgtale des surfaces, et donc lrosion olienne du sol. Ce sont aussi des rgions
o la croissance dmographique est importante, conduisant des changements radicaux
dans les usages des terres comme lextension et lintensification des zones cultives.
SLAGMULDER Christian / Inra

RFRENCES SCIENTIFIQUES
40

Concevoir des innovations

Dupont S., G. Bergametti, S. Simons (2014), Modeling soil erosion in presence of vegetation
J. Geophys. Res. Earth Surf., 119, 168-187, DOI: 10.1002/2013JF002875.
Dupont S. (2014), Modelling wind erosion intermittency, ICAR VIII Eighth International
Conference on Aeolian Research, Lanzhou, CHINA, July 21-25, 2014.

Centre
Bordeaux-Aquitaine

Mise en service dune serre de confinement


Haute Performance Energtique,
projet-pilote en dveloppement durable lInra
Rsum

UMR BFP

Biologie du fruit et pathologie

UMR EGFV

Ecophysiologie et Gnomique
Fonctionnelle de la Vigne

Les UMR BFP et EGFV se sont associes dans un projet de construction dune nouvelle serre de
confinement qui vient dtre mise en service en septembre 2014. Ce projet sest inscrit dans
une action pilote Dveloppement durable de lInra : la nouvelle serre prsente de hautes
performances nergtiques faisant appel des solutions techniques dutilisation dnergie
renouvelable et alternative aux nergies fossiles, ainsi quun clairage par lampes LED.

CONTACTS

Thierry Candresse
thierry.candresse@bordeaux.inra.fr
Serge Delrot
serge.delrot@bordeaux.inra.fr
Daniel Just
daniel.just@bordeaux.inra.fr
Frdric Laigret
frederic.laigret@bordeaux.inra.fr

Alain Girard / Inra

Contexte et enjeux
Les recherches conduites par les UMR1332 BFP et -1287 EGFV (dpendant du
dpartement BAP) ncessitent un dispositif exprimental important de serres de
confinement. Un tel outil lourd est rendu ncessaire par la rglementation actuelle, tant en
ce qui concerne les OGM (considrs ici en tant quoutils dtude) quen ce qui concerne
les agents phytopathognes quils soient de quarantaine ou non. La monte en puissance
des thmatiques ncessitant de lexprimentation en conditions confines nous a conduits
dposer en 2008, un projet de construction dune serre de confinement S2 de 740 m
(constitue de 6 compartiments) et dun local technique de 290 m. Le financement de ce
projet (pour un montant total de 2 212k) a t acquis auprs de plusieurs partenaires : le
Conseil Rgional dAquitaine, les fonds europens FEDER, lInra, lUniversit de Bordeaux,
le Centre Interprofessionnel des Vins de Bordeaux (CIVB) et le Crdit Agricole.

41

Produire
des
Concevoir
des innovations
connaissances

La construction de cette nouvelle serre sest inscrite dans une dmarche novatrice sur le centre
Bordeaux-Aquitaine et lInra. En effet son implantation au contact de serres existantes
a permis de rduire les cots dinstallation, mais ce projet a eu surtout pour ambition de

dlivrer une serre la plus respectueuse de lenvironnement possible en faisant appel des
quipements associs lutilisation dune nergie alternative aux nergies fossiles (pompe
chaleur) et dune source dnergie renouvelable (panneaux solaires photovoltaques), la
rcupration deau, et au traitement des effluents. Il sagit dun projet pilote pour lInra qui
a obtenu des financements complmentaires de la part de lInra dans le cadre de lappel
projets Dveloppement Durable/Actions Pilotes, hauteur de 398 k. Malgr cet effort de
lInra au travers de la dlgation au Dveloppement Durable, et pour rpondre au surcout
engendr par la construction par rapport lestimation originelle du projet, un financement
complmentaire a t obtenu provenant de la SFR Biologie Intgrative et Ecologie pour
quiper cette serre HPE avec un clairage dappoint faisant appel des lampes LED. Ainsi
lclairage de la serre est rest dans la mme cohrence dveloppement durable du projet, en
vitant linstallation un clairage lampes sodium moins couteuses en investissement mais
extrmement nergivores en fonctionnement.

Rsultats
Loriginalit de ce projet de construction dune serre HPE est quil sinscrit dans une
dmarche de dveloppement durable avec un axe cologique trs fort visant une rduction
trs importante de la consommation dnergie grce : (i) une isolation renforce par
utilisation de doubles vitrages (verres faible missivit avec lame dargon), et diverses
solutions techniques qui en font une serre dont lisolation est 2 fois plus performante que
les serres les plus rcentes; (ii) un chauffage 100 % nergie renouvelable avec linstallation
dune pompe chaleur air/eau qui ne ncessite pas dappoint par une chaudire gaz, et
de panneaux photovoltaques dont la production sera consomme sur le centre Inra et
compensera entirement sur 1 an llectricit consomme par la pompe chaleur ; (iii) la
prsence dquipements remarquables : un logiciel dintgration des tempratures, un
systme de rcupration deau de pluie et de recyclage des solutions nutritives, linstallation
dun clairage lampes LED.

Sbastien Barthlmy / Inra

Perspectives
Les travaux de construction se sont achevs courant 2014, et la serre HPE a t mise en
fonctionnement dbut septembre 2014. Les attendus de cette installation exprimentale
concernent non seulement une augmentation de nos surfaces de culture de plantes en
conditions confines, mais galement la viabilit du fonctionnement de cette serre grce aux
conomies ralises sur la consommation en fluides : le chauffage tant entirement apport
par des nergies renouvelables, il sera gratuit ; linstallation de lampes LED contribuera
fortement des conomies dnergie et un fonctionnement conome. Cette serre aura un
faible impact sur lenvironnement par une consommation dnergie trs faible (bilan carbone
extrmement favorable), et sera conomique en fonctionnement.

42

Concevoir des innovations

Centre
Bordeaux-Aquitaine

Un nouveau modle de culture in vitro pour tudier


la maturation et le mtabolisme du raisin
Rsum

UMR EGFV

cophysiologie et gnomique
fonctionnelle de la vigne

CONTACT

Zhanwu Dai
zhanwu.dai@bordeaux.inra.fr

Les tudes fluxomique et mtabolique dans les baies recueillies sur la vigne ou mme de plants
issus dun environnement semi-contrl (par exemple serres) sont techniquement difficiles et
les rsultats obtenus peuvent souvent tre influencs par de multiples facteurs : fluctuations de
lenvironnement, des stress biotiques, variations naturelles des plant, etc. Pour pallier ces difficults
dans ltude des rponses mtaboliques des stimuli spcifiques, calibres dans un environnement
totalement contrl, un modle in vitro de culture de baies a t dvelopp dans le cadre dun
projet Inra financ par le programme projets innovants du Dpartement Environnement et
agronomie (EA).

A. Destrac Irvine / Inra

Contexte et enjeux
La composition et la maturation des raisins la rcolte dpendent fortement des nutriments
et des hormones imports par la baie tout au long de son dveloppement. Or, la conduite du
vignoble comprend souvent un effeuillage partiel et la manipulation du ratio puits / source.
Cependant, il est difficile de contrler prcisment les transferts entre la plante et la baie sur
les plantes intactes. La conception dun systme o la concentration des sucres, des acides
amins, des hormones ... qui alimentent la baie est bien contrle et permet la maturation est
un progrs exprimental important.

Rsultats
43

Produire
des
Concevoir
des innovations
connaissances

Le systme conu permet de contrler les conditions de croissance des baies partir de baies
strilises en pr-vraison, de les garder jusqu 60 jours et dinduire la vraison normale

et les phases de maturation du dveloppement du fruit pour diffrentes concentrations en


sucres des milieux de culture. Lun des premiers rsultats surprenants tait de montrer que
la synthse danthocyane, pigment naturel des raisins, peut tre induite en labsence dacide
abscissique (ABA). Ce systme exprimental sera particulirement utile pour les futures
tudes de la rgulation du mtabolisme des baies en rponse diffrents flux trophiques ou
facteurs abiotiques.

Perspectives
Ce systme sera trs utile pour analyser les effets de divers composs nutritifs et hormonaux
du milieu sur la composition des raisins, comme les transferts travers le xylme et le
phlome, constituants des tissus vgtaux.

EGFV / Inra

RFRENCE SCIENTIFIQUE
44

Concevoir des innovations

Dai ZW, Meddar M, Renaud C, Merlin I, Hilbert G, Delrot S, Goms E (2014), Long-term
in vitro culture of grape berries and its application to assess the effects of sugar supply on
anthocyanin accumulation. Journal of Experimental Botany 65, 4665-4677. DOI: 10.1093/
jxb/ert489

Centre
Bordeaux-Aquitaine

Des outils mis disposition de la communaut


scientifique pour laide la dcision
Rsum

UMR ECOBIOP

cologie comportementale et
biologie des populations de
poissons

CONTACTS

Le progrs technologique entrane lacquisition de nouvelles donnes qui chappent parfois


aux outils statistiques classiques. En 2014, Ecobiop a mis la disposition de la communaut
scientifique deux packages R cibls sur laide la dcision : le premier est li aux nouvelles
techniques de squenage, tandis que le second est li au traitement de donnes microchimiques
obtenues par spectromtrie de masse couple un plasma inductif.

Olivier Lepais
Olivier.Lepais@st-pee.inra.fr
Matthias Vignon
Matthias.Vignon@st-pee.inra.fr

Valrie Labas / Inra

Contexte et enjeux
Lacquisition de nouvelles donnes dans le domaine de la Biologie connat un essor important
en lien avec les progrs technologiques. Bien souvent, la typologie des donnes, ou bien sa
quantit ou encore son cot dacquisition ncessitent des mthodes danalyse sophistiques
non disponibles parmi les outils classiques de la statistique scientifique. En 2014, lUMR
Ecobiop a mis disposition de la communaut scientifique deux packages R cibls sur
laide la dcision : le premier est li aux nouvelles techniques de squenage, tandis que
le second est li au traitement de donnes microchimiques obtenues par spectromtrie de
masse couple un plasma inductif (ICP-MS).

45

Produire
des
Concevoir
des innovations
connaissances

1 - Les nouvelles technologies de squenages haut dbit originellement dveloppes pour


des applications dans le domaine biomdical sont en train de rvolutionner des pans entiers
de la biologie. Il devient ainsi possible dtudier en dtail linformation contenue dans le
gnome de nimporte quelle espce, au-del des quelques espces modles qui peuplent
traditionnellement les laboratoires. Ainsi, de nombreuses applications de ces nouvelles
techniques de squenage ont t dveloppes ces dernires annes afin dtudier les
nombreuses espces qui intressent agronomes, cologues et biologistes volutifs. Une
de ces nouvelles mthodes, nomme gnotypage par squenage, consiste squencer de

nombreux fragments dADN (marqueurs gntiques) obtenus aprs digestion enzymatique


du gnome entier par une ou plusieurs enzymes de restriction. De nombreux protocoles ont
t dvelopps afin doptimiser le nombre de marqueurs gntiques cibls en fonction des
caractristiques du gnome des espces tudies (taille, composition, etc.) et de la technologie
de squenage applique. Cependant, choisir le type danalyse adapt son espce dtude et
ses questionnements scientifiques est difficile en labsence doutils daide la dcision.
2 - Lamlioration des techniques analytiques en modlisation permet de mieux prendre
en compte limportance des comportements individuels dans le fonctionnement dune
population naturelle. Les modles biodmographiques ainsi affins servent doutils daide la
dcision pour la conservation et la gestion des peuplements. Dans ce contexte, les cologistes
ont dvelopp au cours des dernires dcennies toutes sortes de mthodes pour retracer les
traits dhistoire de vie danimaux en milieu naturel. Chez les poissons par exemple ltude
des pices calcifies de loreille interne (les otolithes) permet de retracer finement lhistoire
dun individu. En effet, lotolithe crot radialement partir dun point central de nuclation
et la composition chimique de chaque nouvelle couche varie en fonction de la composition
de leau dans laquelle le poisson volue. Chaque strie de croissance emprisonne donc une
empreinte environnementale indlbile. La coupe dun otolithe produit ainsi une image
similaire celle des stries de croissance dune coupe darbre et lanalyse micro-chimique de
chaque strie permet de retracer a posteriori tout le parcours (succession dhabitats) effectu
par un individu depuis sa naissance jusqu sa mort. Les dveloppements analytiques rcents
en spectromtrie de masse couple un plasma inductif (ICP-MS) permettent la dtection
simultane dun trs grand nombre dlments chimiques avec une rsolution temporelle fine.
Cette acquisition massive dinformation est cependant confronte labsence dapproche
statistique formelle permettant de relier de manire fiable un signal microchimique un
habitat ctoy au cours de la vie dun individu.

Rsultats
Nicolas Bertrand / Inra

Nous avons dvelopp SimRAD (Simulation of Restriction site Associated DNA markers), un
package R permettant de simuler in silico les diffrents protocoles danalyses de gnotypage
par squenage partir des informations de base sur les caractristiques du gnome de son
espce dtude ou bien de la squence elle-mme si elle est disponible. SimRAD permet ainsi
de comparer le nombre de marqueurs gntiques cibls par chaque protocole permettant
ainsi de choisir lapproche de gnotypage par squenage la plus adapte. 2/ Le package
TAMPO (Tools for the Analysis of Microchemical Profiles from Otoliths) a t dvelopp
pour permettre lanalyse simultane de grandes sries temporelles multivaries afin de
dterminer lhabitat utilis par un poisson au cours de sa vie. En plus de la retranscription
en langage R des bauches de mthodes prexistantes, le package propose une nouvelle
mthode entirement paramtrable permettant lextraction dun signal rpondant aux
critres dintelligibilit de lutilisateur. Ces critres dpendent dune part des proprits
biochimiques du systme tudi, mais galement du matriel utilis pour lanalyse ICP-MS.

Perspectives
SimRAD devrait participer faciliter ladoption des nouvelles technologies de squenages
dans des domaines varis de la biologie.

46

Concevoir des innovations

TAMPO devrait faciliter lexploitation en biologie de donnes toujours plus complexes et


nombreuses issues de la chimie analytique.

RFRENCE SCIENTIFIQUE
Lepais O, Weir JT. 2014. SimRAD: an R package for simulation-based prediction of the
number of loci expected in RADseq and similar genotyping by sequencing approaches.
Molecular Ecology Resources, Early View, DOI: 10.1111/1755-0998.12273.

Construire des partenariats


scientifiques et institutionnels

Centre
Bordeaux-Aquitaine

Nutrition et sant du cerveau


Cration dun laboratoire International Associ
OptiNutriBrain
Rsum

UMR NUTRINEURO

Nutrition et neurobiologie
intgre

CONTACT

Sophie Lay
sophie.laye@bordeaux.inra.fr

NutriNeuro et lINAF (institut sur la nutrition et les aliments fonctionnels) de lUniversit Laval ont
cr un laboratoire international associ (LIA) Optinutribrain. Il sera co-dirig par Sophie Lay
de lInra et Frdric Calon de lINAF. Laccord a t sign par lInra, lUniversit Laval et lUniversit
de Bordeaux le 3 Novembre 2014 Laval en prsence de Franois Houllier, PDG de lInra, et Denis
Brire, Recteur de lUniversit Laval.

Ministre des Relations internationales et de la Francophonie (MRIF) du Gouvernement du Qubec

Le principal objectif de ce LIA sera de constituer un ple dexcellence international en recherche


et en formation dans les domaines de la nutrition et de la sant du cerveau. Le programme du LIA
sappuie sur lhypothse quil existe une alimentation optimale pour le fonctionnement du cerveau
diffrents ges et pour la prvention des pathologies neuropsychiatriques ou neurodgnratives.
OptiNutriBrain vise tre une rfrence mondiale dans le domaine de la nutrition et de la sant
du cerveau, grce la qualit et la pertinence de ses travaux de recherche et dinnovation, de
formation et ses activits de transfert. Il a pour mission de dvelopper des connaissances et des
technologies dans le domaine de la nutrition et de la sant du cerveau, et de favoriser leur transfert
vers les utilisateurs.

48

Construire des
partenariats
scientifiques
Partenariats scientifiques et
institutionnels
et institutionnels

Son programme de recherche et dinnovation permettra aux chercheurs et tudiants impliqus


de travailler dans un contexte unique incluant lencadrement dtudiants aux cycles suprieurs
en co-tutelles, la tenue de formations par la recherche tous les cycles, le dplacement et laccueil
de professeurs. Il apportera galement une valeur ajoute la formation du personnel hautement
qualifi dans les domaines de recherche et dinnovation cibls. Les activits proposes incluront la
participation des sminaires de haut niveau et des formations spcialises dans des domaines de
pointe associs lexpertise des chercheurs du LIA et des besoins du march du travail.

Centre
Bordeaux-Aquitaine

LInra et le Conseil rgional dAquitaine signent


une convention pluriannuelle de partenariat pour
renforcer les capacits de recherche, de formation
et dinnovation
Rsum

CONTACT

Hubert de Rochambeau
hubert.de-rochambeau@bordeaux.inra.fr

Le 11 juillet 2014, Franois Houllier, Prsident-Directeur gnral de lInstitut national de la


Recherche Agronomique (Inra), et Alain Rousset, prsident du Conseil rgional dAquitaine, ont
sign une convention-cadre pour renforcer leur partenariat en matire de recherche, de formation
et dinnovation.

Alain Girard / Inra

Les secteurs agricoles, sylvicoles ainsi que les activits marines et aquacoles jouent un rle
majeur dans lconomie de lAquitaine en matire de cration de valeur ajoute, dexportation,
demplois ainsi que de prservation et de mise en valeur du territoire rgional.
La Rgion sest dote dun Schma rgional de lEnseignement suprieur, de la Recherche et de
lInnovation (SRESRI) qui se veut surtout une feuille de route pour la dcennie. Quatre dfis
sont relever : structurer la recherche, consolider le dveloppement industriel en favorisant
le rapprochement entre les entreprises et les laboratoires de recherche o sinventent les relais
de croissance futurs, russir un dveloppement quilibr des territoires et favoriser la russite
et lpanouissement de chacun.

49

Construire des
partenariats
scientifiques
Partenariats scientifiques et
institutionnels
et institutionnels

LInra dveloppe des recherches innovantes et finalises dans les domaines de lalimentation,
de lagriculture et environnement. Au travers de ses implantations en Aquitaine, il dcline ses
missions de production de connaissances scientifiques, dclairage de la dcision publique et
daccompagnement de linnovation, pour rpondre aux enjeux de lconomie de demain.

Afin de coordonner leurs actions sur le territoire aquitain, la Rgion Aquitaine et lInra
mettent en place une convention de partenariat, dont lobjectif est de soutenir et renforcer
les capacits de recherche, de formation et dinnovation en rponse aux grands enjeux des
filires rgionales, dont celui de renforcer une agriculture organise autour de filires de
qualit, respectueuses de lenvironnement.
Par cette convention, la Rgion Aquitaine et lInra vont consolider leur collaboration
afin de :
soutenir les travaux de recherche et dinnovation,

conforter les implantations et les infrastructures de recherche ainsi que les
dispositifs dexprimentation,
contribuer au dialogue sciences-socit,
accrotre la visibilit et lattractivit de la recherche agronomique,
dployer ou exprimenter sur le territoire aquitain des outils et savoir-faire matriss
par lInra.

Alain Girard / Inra

50

Construire des
partenariats scientifiques
et institutionnels

+ DINFOS

>> Communiqu de presse

Centre
Bordeaux-Aquitaine

Inauguration de deux infrastructures de recherche


et dinnovation au service des filires Fort-bois
en Aquitaine
Rsum

CONTACT

Hubert de Rochambeau
hubert.de-rochambeau@bordeaux.inra.fr

Le 11 juillet 2014 Talence ont t inaugures deux infrastructures de recherche et dinnovation,


la Halle technologique Bois-Ingnierie-Structure de lInstitut de mcanique et dingnierie (I2M)
et lquipement dExcellence Xyloforest.

Alain Girard / Inra

Michel Delpuech, Prfet de la rgion Aquitaine et Prfet de la Gironde, Olivier Dugrip,


Recteur de lAcadmie de Bordeaux et Chancelier des universits dAquitaine, Alain Rousset,
Dput de la Gironde et Prsident du Conseil rgional dAquitaine, Manuel Tunon de Lara,
Prsident de luniversit de Bordeaux, Franois Houllier, Prsident-Directeur gnral de
lInra, Christophe Giraud, Dlgu rgional du CNRS pour lAquitaine, Franois Cansell,
Directeur gnral de lInstitut polytechnique de Bordeaux, Philippe Viot, Directeur de
lcole Nationale suprieure des Arts et Mtiers, centre de Bordeaux Talence ont inaugur le
11 juillet 2014 la Halle technologique Bois Ingnierie Structure, de lInstitut de mcanique
et dingnierie (I2M) et lquipement dExcellence (EquipEx) Xyloforest.

51

Construire des
partenariats
scientifiques
Partenariats scientifiques et
institutionnels
et institutionnels

LInstitut de Mcanique et dIngnierie - Bordeaux (I2M) a t cr le 1er janvier 2011 sur


le campus bordelais. Cette cration vise amliorer la visibilit dune discipline importante
mais jusqualors gographiquement disperse. Lobjectif est galement de dvelopper des
synergies entre des approches lchelle de la matire et celle des systmes, mais aussi entre
des mthodes exprimentales et de simulation. Ce nouvel ensemble regroupe 330 personnes
de luniversit de Bordeaux, de lInstitut Polytechnique de Bordeaux, de lcole Nationale
suprieure des Arts et Mtiers ainsi que du CNRS et de lInra.

Le dpartement Gnie civil et environnemental (GCE) runit les chercheurs, ingnieurs et


techniciens spcialiss dans le domaine du bois. Ils interviennent dans la production et la
formalisation de connaissances sur le comportement mcanique des matriaux naturels
(bois et roche) utiliss dans la construction ; ces recherches nourrissent un axe transversal
autour de lingnierie du matriau bois.
Le dpartement GCE est implant dans le btiment A11bis spcifiquement amnag avec
le concours des partenaires. La conception et la ralisation du btiment ont t cofinances
par le Conseil Rgional dAquitaine (1 650 000) et lUnion europenne (Fonds europen
de dveloppement rgional 1 060 000). Ralis en ossature et charpente bois valorisant
le bois de Pin des Landes, le btiment A11bis sinscrit galement dans une dmarche
environnementale modle et bnficie dune isolation ralise avec des produits cologiques.
Il accueille des installations technologiques de pointe au service des chercheurs et des acteurs
professionnels, tels que deux plateaux techniques de lEquipEx Xyloforest Xylomat (produits
composites base de bois) et Xyloplate (ingnierie avance du bois).
Lquipement dExcellence (EquipEx) Xyloforest, initi en 2011, constitue une plateforme
mutualise de recherche, dinnovation, de services en sciences et technologies de
lenvironnement et des matriaux. Il vise doter les laboratoires de recherche dquipements
de technologie de pointe pour renforcer les connaissances scientifiques sur les systmes fortbois et dvelopper des solutions innovantes et durables cratrices de comptitivit pour les
filires fort-bois en rgion Aquitaine - premire rgion forestire de France - et lchelle
nationale. Le champ dapplication de Xyloforest couvre ladaptation des ressources forestires
aux changements climatiques, lingnierie du bois-construction ainsi que la valorisation
nergtique et chimique des fibres et de la biomasse forestire. Il se structure en six plateaux
technologiques, dont trois sont ddis la production forestire et trois la valorisation
industrielle.

Alain Girard / Inra

Dot de 10,2 M pour la priode 2011-2020, au titre du Programme Investissements dAvenir,


Xyloforest mobilise une centaine de chercheurs et ingnieurs de 14 laboratoires partenaires
rpartis dans six rgions franaises (Aquitaine, Bourgogne, Centre, Languedoc- Roussillon,
Lorraine et Pays de la Loire).
Faisant partie de lInitiative dExcellence Idex Bordeaux, qui vise promouvoir Bordeaux
comme site universitaire international, Xyloforest est coordonn par lInra BordeauxAquitaine. Co-construit avec les partenaires du ple de comptitivit Xylofutur qui a labellis
le projet, Xyloforest associe, outre lInra, sept partenaires institutionnels et financiers :
luniversit de Bordeaux, lUniversit de Pau et des Pays de lAdour, le CNRS, lInstitut
Polytechnique de Bordeaux, Arts et Mtiers Paris Tech, lInstitut Technologique Fort
Cellulose Bois-construction Ameublement (FCBA) et lcole Suprieure du Bois (Groupe
ESB).
Tous ces acteurs contribuent activement raisonner les forts de demain et faire merger de
nouveaux usages du bois matriaux, au bnfice de filires dimportance majeure lchelle
rgionale.

+ DINFOS
52

Construire des
partenariats scientifiques
et institutionnels

>> Dossier de presse


>> Communiqu de presse
>> Interview de Jean-Michel Carnus, Coordinateur de lEquipex Xyloforest

Prix et distinctions

Centre
Bordeaux-Aquitaine

Phytomanagement de sites contamins :


des dterminants molculaires lcologie
de la restauration
Rsum

UMR BIOGECO

Biodiversit, gnes et
communauts

CONTACT

Michel Mench
Michel.Mench@bordeaux.inra.fr

Les travaux mens sur le phytomanagement des sites et sols contamins, des dterminants
molculaires de la rsistance de vgtaux exposs en excs dlments traces la restauration
des services cosystmiques, ont t prims par la remise au Dr. Michel Mench du Milton Gordon
Award, plus haute distinction internationale dans le domaine des Phytotechnologies,
la Confrence annuelle de lInternational Phytotechnology Society (IPS, Hraklion, octobre 2014).

Michel Mench / Inra

Contexte et enjeux
Le phytomanagement de sites contamins, qui inclut la restauration des services
dapprovisionnement et cologiques en sus de lassainissement des voies dexposition
aux contaminants, est une demande socitale forte, tant en local qu linternational. Les
mcanismes lchelle de la plante et des communauts vgtales sont explorer pour
innover des modes de gestion durables, favorisant la production et lutilisation des biomasses,
la biodiversit et les services cosystmiques.

Rsultats
54

Prix et distinctions

Un ensemble de travaux mens BIOGECO a rvl :


une variabilit intra-spcifique pour la tolrance au Cu chez des macrophytes.

les dterminants molculaires (dans le protome soluble et le transcriptome) de


cette variabilit intra-spcifique en rponse au Cu, sur un modle original (Agrostis
capillaris L.) utilis dans la gestion par phytostabilisation.
Lefficacit et la durabilit de modes de gestion mettant en uvre des plantes tolrantes aux
mtaux, plusieurs chelles de lassemblage plante/microorganismes (bactries endophytes,
mycorhizes) la parcelle et au site, avec des donnes sur les trajectoires des communauts
vgtales et interactions biotiques associes, la production de biomasse, les flux dlments et
lassainissement des voies dexposition.

Perspectives
Les travaux, conduits dans le projet europen FP7 Greenland, se poursuivent dans lANR
CD2i Phytochem. Des partenariats en France et en Europe sont mens pour transformer des
biomasses issues du phytomanagement.

Alain Girard / Inra

Michel Mench / Inra

RFRENCES SCIENTIFIQUES
Hego E, Bes C, Bedon F, Palagi PM, Chaumeil P, Barr A, Claverol S, Dupuy JW, Bonneu M,
Lalanne C, Plomion C, Mench M 2014 Differential accumulation of soluble proteins in roots
of metallicolous and non-metallicolous populations of Agrostis capillaris L. exposed to Cu.
Proteomics, 14, 17461758. Doi: 10.1002/pmic.201300168.
Kolbas A., Mench M., Marchand L., Herzig R., Nehnevajova E. 2014. Phenotypic seedling
responses of a metal-tolerant mutant line of sunflower growing on a Cu-contaminated soil
series. Plant and Soil 376, 377-397. DOI: 10.1007/s11104-013-1974-8.

55

Prix et distinctions

Marchand L., Nsangawimana F, Lamy J.B., Quintela-Sabaris C., Gonnelli C., Colzi I., Fletcher
T., Oustrire N., Kolbas A., Kidd P., Bordas F., Newell P., Alvarenga P., Deletic A., Mench
M. 2014. Root biomass production in populations of six rooted macrophytes in response
to Cu exposure: Intra-specific variability versus constitutive-like tolerance. Environmental
Pollution 193, 205-215. Doi 10.1016/j.envpol.2014.07.001.

Centre
Bordeaux-Aquitaine

Lisa Wingate
Laurate du Laurier jeune chercheur Inra 2014
Rsum

UMR ISPA

Interactions sol plante


atmosphre

CONTACT

Lisa Wingate, charge de recherche lunit mixte de recherche Interactions sol-planteatmosphre (ISPA) de lInra de Bordeaux, est laurate du Laurier jeune chercheur 2014.
Elle a aliment ses quinze premires annes de recherches dune curiosit et dune crativit
insatiable.

Lisa Wingate
lisa.wingate@bordeaux.inra.fr

Christophe Matre / Inra

Passionne par la gographie et les questions environnementales pendant ses tudes


secondaires dimbourg (cosse), Lisa Wingate, aprs une premire exprience
professionnelle, sest dcide reprendre des tudes de chimie et de biologie en cours du soir
pour mieux comprendre le monde dans lequel [elle vivait] . Cet vnement dclencheur la
motive pour entamer un cursus universitaire en sciences de lenvironnement lUniversit
ddimbourg, quelle a men jusqu lobtention dune thse de doctorat (PhD) sur la
dynamique des flux de photosynthse et de respiration dans des plantations dpicas. Lors
dun premier post-doctorat entre 2003 et 2005, elle sest intresse limpact des scheresses
sur le fonctionnement biologique dun cosystme mditerranen particulier, les plantations
de chnes-liges au sud du Portugal. L, elle a caractris les flux de gaz carbonique du sol et
tudi les ractions enzymatiques associes.

56

Prix et distinctions

La composition des cernes des arbres, un systme de datation


plus performant
En 2007, elle rejoint lunit Ephyse de lInra Bordeaux, avec laquelle son quipe cossaise
entretenait dj de nombreux changes scientifiques, pour travailler dans le cadre du projet

MIST (Modelling Isotopic Signals in Trees) sur la composition isotopique en carbone et


oxygne de la cellulose des cernes darbres, ces cercles concentriques qui se forment
chaque pousse annuelle de croissance. Comme avec les carottes de glaces utilises pour
reconstruire le climat pass, Lisa et son quipe daccueil ont exploit les signaux enregistrs
dans le bois pour reconstruire le fonctionnement biologique de larbre face des vnements
climatiques particuliers. En 2008 et 2009, elle a obtenu un Projet innovant de lInra et une
bourse de recherche europenne Marie Curie , lui permettant de poursuivre paralllement
ses travaux entams au Portugal sur les flux de CO2 du sol. En 2011, elle sinstalle
lUniversit de Cambridge en Angleterre aprs avoir dcroch une bourse de cinq ans du
Natural Environment Research Council (NERC), avant de revenir un an plus tard en France
suite lobtention en 2012 dun poste permanent lInra grce au systme de recrutement sur
projet Inra blanc . Depuis, Lisa Wingate tudie principalement les variations chimiques
des cernes des arbres en fonction de stress climatiques (pluies, scheresses). Avec le
rchauffement, la dure des priodes de croissance des arbres change : celle-ci commence
plus tt au printemps et se termine plus tard en automne. laide de mes observations de
densit et de composition isotopique des cernes du bois, je peux dfinir 10 ou 12 jours prs
le moment o le bois sest form et quel tait alors le climat. Non seulement ces travaux
amliorent la comprhension de ladaptation des arbres aux stress climatiques, mais ils
donnent aussi plus de fiabilit aux modles et prvisions.

Une enzyme acclre les changes gazeux dans les sols

Christophe Matre / Inra

Le projet qui a permis Lisa Wingate dobtenir la bourse ERC prolonge ses prcdents
travaux sur lactivit enzymatique des sols et ses micro-organismes : Lenzyme cible,
lanhydrase carbonique, est lune des plus anciennes, essentielle la vie et prsente dans tous
les micro-organismes du sol. Son rle, essentiel dans tous les processus de photosynthse
et de respiration, est de catalyser trs efficacement linter-conversion du CO2 dissous en
bicarbonate. Mon projet est dexplorer et de comprendre les mcanismes de rgulation de
cette enzyme dans diffrents cosystmes et conditions exprimentales, et damliorer ainsi
notre comprhension du cycle du carbone lchelle plantaire . Lisa Wingate se dit ravie
davoir obtenu ce financement, une opportunit formidable pour un jeune chercheur
davoir sa propre quipe tout en ayant conscience quelle devra travailler trs dur pendant
les cinq prochaines annes .

+ DINFOS
57

Prix et distinctions

>> Portrait de Lisa wingate

Participer au dialogue
science-socit

Centre
Bordeaux-Aquitaine

Le poisson la loupe
Journe portes ouvertes de lAquaple de Saint-Pesur-Nivelle
Rsum

UMR ECOBIOP

cologie comportementale et
biologie des populations de
poissons

Au travers dateliers thmatiques et par la dcouverte du dispositif dexprimentation, 600 visiteurs


sont venus dcouvrir les recherches sur les poissons conduites par les deux laboratoires
de lAquaple Inra de Saint-Pe-sur-Nivelle (64).

UR NUMEA

Nutrition, mtabolisme,
aquaculture

UAR Aquaple
CONTACT

communication@bordeaux.inra.fr

Alain Girard / Inra

Dimanche 18 mai 2014, lAquaple INRA Saint-Pe-sur-Nivelle ouvrait ses portes au


public afin de lui permettre de dcouvrir les activits menes par les units de recherche en
nutrition des poissons dlevage et en cologie et biologie comportementale des populations
de poissons sauvages.
Prs de 600 personnes ont t accueillies tout au long de cette journe rythme par des
animations organises par lensemble des quipes. Il sagissait dune part de faire comprendre
les raisons pour lesquelles les scientifiques tudient les poissons sauvages, et dautre part,
faire dcouvrir lensemble des recherches menes sur la nutrition des poissons dlevage.

59

Participer au dialogue
science-socit

Enfants et adultes ont ainsi pu comprendre comment et par quels moyens les scientifiques
et personnels techniques sy prennent pour capturer, marquer les poissons, comment ceuxci prlvent lADN des espces, pourquoi ils utilisent un fluvarium (unique en Europe),
quelles fins ils ont cr un chenal de fraie, etc. pour mieux connatre le comportement et
ladaptation des espces de poissons migrateurs tels que la truite, le saumon ou encore la
civelle (anguille).

Par ailleurs, autour dateliers pdagogiques, le public a pu dcouvrir les recherches menes sur
la nutrition des poissons dlevage, ou comment lInra dveloppe des formules alimentaires
sans ressource halieutique base daliments vgtaux.
La journe sest organise autour de 11 ateliers thmatiques et ludiques
Laboratoire de recherche cologie comportementale et Biologie des Populations de Poissons
(ECOBIOP, Unit mixte de recherche INRA-UPPA)





Capture et marquage, pour quoi faire ?


tudier les poissons sauvages, pourquoi ?
Mais quel ge a ce poisson ?
LADN : la dcouverte de la biodiversit
Suivi comportemental des civelles
la dcouverte des poissons migrateurs

Laboratoire de recherche Nutrition, Mtabolisme, Aquaculture (NuMA, unit Inra)



Que mange le poisson que je mange ?
Quelle est la qualit nutritionnelle du poisson que je mange ?
Comment grandissent les poissons ?
Nutrition et phnotype de la truite : voyage au cur du gnome
Dcouvrir le dispositif piscicole exprimental
Et lAquaple dhier aujourdhui
Histoire et volution du site de recherche

Alain Girard / Inra

+ DINFOS
60

Participer au dialogue
science-socit

>> Programme de la journe porte ouverte

Centre
Bordeaux-Aquitaine

Lappel des boisDes recherches pour une


gestion durable des forts
Journes portes ouvertes du Campus Fort-Bois
de Pierroton
Rsum

UMR BIOGECO

Biodiversit, gnes et
communauts

UMR ISPA

Interactions sol plante


atmosphre

Dans le cadre de la Fte de la Science 2014, lInra Bordeaux-Aquitaine a organis deux


Journes Portes Ouvertes sur son Campus Fort-Bois de Cestas-Pierroton les 17 (scolaires) et 18
octobre (grand public). Rythmes autour dateliers pdagogiques, de visites des installations
exprimentales et de confrence, ces journes ont permis au public de dcouvrir les diffrentes
facettes de la recherche forestire et leurs applications concrtes, mais galement les mtiers de la
science.

UE FORT PIERROTON
CONTACT

communication@bordeaux.inra.fr

Alain Girard / Inra

Dans la premire rgion de fort cultive de France, lInra Bordeaux-Aquitaine conduit


depuis 50 ans des recherches sur les forts et le bois. Au croisement de la gntique, de la
biologie, de lcologie et de la gestion forestire, les quipes de recherche tentent au quotidien
de comprendre le fonctionnement des forts, dvaluer leur biodiversit et dadapter les
arbres aux usages de demain.
Car les enjeux sont considrables, les forts constituent une ressource biologique qui contribue
au bon fonctionnement cologique et au dveloppement durable des territoires. Les forts
sont galement une ressource conomique qui gnre des services varis, des produits et des
emplois nombreux. Mais les forts reprsentent une ressource fragile qui doit tre prserve
et gre, afin de garantir sa durabilit, dans un contexte de changement climatique.
Ces deux journes ouvertes tous les publics ont propos, autour de six ateliers thmatiques
et pdagogiques, de dcouvrir ces recherches, leurs enjeux actuels et leurs perspectives :

61

Participer au dialogue
science-socit

Enjeux de 50 ans de recherches forestires ;


Naissance et reproduction des arbres ;
Biodiversit de la fort, diversit gntique des arbres et des espces associes ;

50 ans de progrs gntique et sylvicole du Pin maritime ;


Xylosylve : le fonctionnement des forts ;
Un arbre comment a pousse ? Des racines la formation du bois.
Une confrence a galement t propose le samedi 18 octobre : Regards croiss : forts
dhier et de demain avec:
Mme Amlie Castro (Ingnieur CRPF Aquitaine),
M. Pierre Ducout, (Maire de Cestas),
M. Antoine Kremer (Directeur de recherche lInra)
M. Jean-Yves Puyo (Historien et gographe forestier lUniversit de Pau et des
Pays de lAdour).

Alain Girard / Inra

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science-socit

>> Livret Lappel des bois...

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