Vous êtes sur la page 1sur 88

Laboratoire de Microbiologie

et Biologie Molculaire

Facult des Sciences


Rabat

REGULATION GENETIQUE CHEZ


LES BACTERIES:
OPERONS CATABOLIQUES
& ANABOLIQUES

Comprendre la rgulation gntique


chez les bactries et son rle.

Savoir la notion de lopron.

Connatre
le
fonctionnement
catabolique.

principe
du
dun
opron

Connatre
le
fonctionnement
anabolique.

principe
du
dun
opron

1.Introduction
1.1.Pourquoi il y a rgulation de lexpression des
gnes?
1.2.Quest-ce-que la REGULATION GENETIQUE ?
1.3.Niveaux de rgulation

2.Rgulation de la transcription
2.1.Stratgies

de

contrle

transcription
2.2.Contrles positif-ngatif
2.3.Notion dopron
3

de

linitiation

de

la

3.Opron catabolique: Opron Lactose


3.1.Dfinition et structure
3.2.Fonctionnement
3.3.Mutation

4.Opron anabolique: Opron Tryptophane


4.1.Dfinition et structure
4.2.Fonctionnement
4.3.Mutation

1.Introduction
1.1.Pourquoi il y a rgulation de lexpression des gnes?
Pour

rpondre

aux

conditions

changeantes

de

lenvironnement immdiat
La question pose dans ce chapitre est celle du choix des
portions du gnome devant tre exprimes un moment
donn dans un environnement donn.

1.2. Quest-ce-que la REGULATION GENETIQUE ?


=Un moyen pour la cellule de dvelopper des mcanismes
qui lui permettent de rprimer les gnes qui codent pour
des protines inutiles et de les activer au moment o ils
deviennent ncessaires
Deux classes de mcanismes de rgulation :
1- mcanismes opportunistes
2- mcanismes gnraux
Deux modes de rgulation de lexpression dun gne cible
par une molcule rgulatrice :
1-

dune

faon

positive

linteraction

dclenche

la

empche

la

transcription du gne
26

dune

faon

ngative

transcription du gne

linteraction

1.3.Niveaux de rgulation

Sites possibles de Rgulation


des Gnes chez les bactries
Sept

mcanismes

susceptibles

de

modifier la concentration lquilibre


dune protine ;
1- synthse du transcrit primaire
2- maturation post-transcriptionnelle
de lARNm
3- dgradation de lARNm
4- synthse protique
5- modifications post-traductionnelles
6- ciblage et transport des protines
7- dgradation des protines

Quelques constats
1. Un organisme unicellulaire, avec un temps de gnration trs court,
doit pouvoir rpondre rapidement des changements de son
environnement.
2. Les demi-vies de la plupart des ARNm sont courtes (de lordre de
quelques minutes).
3. La transcription et la traduction sont couples et se ralisent dans
le mme compartiment cellulaire.

La rgulation gnique doit prendre effet tt


effectivement

2.Rgulation de la transcription
2.1.Stratgies de contrle de linitiation
de la transcription

2 modes distincts de contrle de linitiation de la


transcription
1- un contrle constitutif qui dpend de la structure du
promoteur
2- un contrle de rgulation qui est sous la dpendance de
protines rgulatrices

10

niveau de base de linitiation de la transcription


dtermin par la structure du promoteur.
variabilit dans la squence consensus du promoteur :
modification de lefficacit du promoteur.

11

Les bactries expriment seulement un sousExpression Constitutive

ensemble de leurs gnes un temps donn

Expression en tout temps de L'expression de tous les gnes constitutivement dans les
bactries serait nergtiquement inefficace.
protines ncessaires la
survie/croissance
Gnralement servant :
synthse de lADN et de lARN

Ce nest pas tous les promoteurs qui sont


constamment accessible lARN polymrase
Les gnes qui sont exprims sont essentiels pour traiter

Synthse des Protines

les conditions environnementales courantes, telles que le

Transport des lectons

type de source disponible de nourriture.

Enzymes du mtabolisme

Quels gnes sont transcrits dpend de quelles


molcules spcifiques sont prsentes dans le milieu (et
dans la cellule)
Lexpression des enzymes spcifiques exiges
pour le mtabolisme des molcules particulires peut tre
induite ou rprime sur demande

12

Principe de base de la rgulation de la transcription :


La liaison dune protine spcifique un site donn de
lADN influence lensemble des vnements composant
lassemblage du complexe dinitiation et\ou linitiation dune
synthse productive dARN par lARN polymrase.

13

Rgulation mtabolique
De faon gnrale, plus il y a de la nourriture, plus les gnes sont transcrits.
Beaucoup de nourriture donne beaucoup dATP.
Beaucoup denzymes utilisent lATP comme source dnergie
LATP est le nuclotide initiateur
Laffinit pour un ATP initiateur est moins grande que pour un ATP
dlongation

14

Quelques dfinitions
Facteur

de

transcription:

protine

de

rgulation

transcriptionnelle.
Activateur:

protine

qui

stimule

linitiation

de

la

transcription favorise lexpression dun gne.


Rpresseur : protine qui inhibe la transcription et
empche lexpression dun gne.
Oprateur : site cible de la protine rpresseur
(souvent proche du site dinitiation de la transcription)

15

16

Quelques dfinitions
Gne de structure : code une protine structurale, une
enzyme ou une protine rgulatrice.
Gne de rgulation : code une protine implique dans
la rgulation dexpression dautre gne.

17

2.2.Contrles positif-ngatif
LORSQUE LE CONTRLE DE LA TRANSCRIPTION EST NEGATIF:
INDUCTION

En vert : gne rgulateur


En bleu : gne structural

Cas du rpresseur
lac avec lIPTG p.e.

Lorsque la protine rpresseur se fixe loprateur, lARN polymrase ne peut plus


18 la transcription ce qui empche lexpression du gne.
initier

LORSQUE LE CONTRLE DE LA TRANSCRIPTION EST NEGATIF:


REPRESSION

Lorsque le co-rpresseur se fixe la protine rpresseur cette drniere sactive et


se fixe loprateur , lARN polymrase ne peut plus initier la transcription ce qui
19

empche lexpression du gne.

LORSQUE LE CONTRLE DE LA TRANSCRIPTION EST POSITIF:


INDUCTION

Cas de la CRP associe lAMPc

20

Un facteur de transcription doit assister lARN polymrase pour linitiation au


niveau du promoteur.

LORSQUE LE CONTRLE DE LA TRANSCRIPTION EST POSITIF:


REPRESSION

21

Un corpresseur va inactiver lactivateur  pas de fixation de lARN polymrase


au niveau du promoteur pas de transcription.

En rsum
Contrle ngatif : le rpresseur inactive la transcription
Contrle positif : l'activateur active la transcription

Opron inductible:

Opron rpressible:

avec inducteur:

avec corpresseur:

activation de la transcription

inhibition de la transcription

22

2.3.Notion dopron
gnralement trouvs chez les procaryotes, avec quelques exemples
maintenant connus chez les eucaryotes (Nmathelmintes , Plathelminthes).
chez les bactries, quand un promoteur sert une srie de gnes
groups, lensemble de gnes s'appelle un opron.

23

Oprateur : contrle de la transcription


Promoteur : fixation de lARN polymrase
+1 : dbut de la transcription
RBS (ribosome binding site) : fixation du ribosome
CDS (coding sequence): squence codant pour une protine
Terminateur : fin de la transcription

tous ces gnes sont transcrits en un ARNm simple


chaque section de ces ARNm (appels ARNm polycistroniques) peut
alors tre traduite indpendamment
les gnes dun opron donn codent souvent pour plusieurs enzymes
actives dans une mme voie mtabolique

24

L'occurrence des gnes dans les oprons permet l'expression des


gnes d'tre commande de faon coordonne
Une situation trs conomique (bien que les taux de traduction des
diffrents gnes (cistrons) dans l'opron peuvent changer
L'expression (production dARNm) des oprons peut tre induite ou

rprime par des molcules effectrices spcifiques (par exemple,


produits

chimiques,

aliments,

etc...)

un

extrmement important chez les bactries


25

commutateur

gntique

Les oprons produisent des ARNm qui codent


pour des protines fonctionnellement relis.
Exemple de lopron Lac
Lac::

26

Lopron lactose* (chez E. coli)


un exemple dopron catabolique inductible
ngativement & positivement rgul

* lactose : disaccharide pouvant tre utilis comme source de


carbone unique pour la croissance dE. coli.

27

3.1.OPERON LAC: Dfinition et structure

1961 : Jacob et Monod dcrivent comment des gnes adjacents


impliqus dans le mtabolisme du lactose sont rguls de faon
coordonne par un lment gntique localis proximit des gnes. Il
y a des squences dADN codant pour des produits agissant en trans ou
en28 cis. (prix Nobel de mdecine et de physiologie en 1965)
1965)

Quelques dfinitions
Trans : les produits sont libres de diffuser pour trouver
une cible (activateur, rpresseur)
Cis : pour toute squence dADN non transforme en une
autre molcule, elle agit in situ et touche lADN auquel elle
est lie (promoteur et oprateur)
Opron : ensemble de gnes structuraux et dlments
contrlant leur expression : promoteur, oprateur et un
gne rgulateur.
29

Les activateurs ou inhibiteurs de la transcription (facteurs transrgulateurs) sont des protines produites par d'autres gnes qui
interviennent pour activer ou pour inhiber la RNA polymrase et par
suite induire ou rprimer l'expression du gne transcrire.
Ces facteurs trans-rgulateurs se lient lADN dans la rgion du gne
situe en amont de la partie transcrite. Les sites de fixation de ces
facteurs trans-rgulateurs sur le DNA sont des squences spcifiques
appeles lments cis-rgulateurs.
30

3 gnes structuraux: z, y & a


codant pour les enzymes impliques dans le mtabolisme du
lactose
sont exprims continuellement faible taux
sont induits environ 1000 fois quand le lactose est prsent
sont moduls par le taux de glucose du milieu
31

Le gne lacZ encode l'enzyme -galactosidase, qui dcompose le

lactose (en galactose et glucose)


Le gne lacY encode la galactosidase permase, une protine de

transport pour le lactose.


Le gne lacA encode la thiogalactoside actyltransfrase.
Le gne lacI (gne adjacent nappartenant pas lopron) encode un

rpresseur qui bloque la transcription de lopron lactose.

Les enzymes du mtabolisme du lactose sont inductibles


32

Lactose, (substrate de lopron), converti en son isomre (par


transglycosylation), lallolactose.
Allolactose, inducteur naturel (ou inducteur physiologique, isomre du
lactose).
Inducteur gratuit : induit lopron mais pas mtabolis.
Par exemple : isopropylthiogalactoside (IPTG)

Lactose

33

Allolactose

IPTG ou isopropylthiogalactoside

Equation de la raction catalyse par la -galactosidase:

Cintique dinduction de lactivit -galactosidase chez E. coli :

L'augmentation de la synthse de -galactosidase se produit seulement en


34
l'absence
des sources prfres de carbone/nergie telles que le glucose

3.1.OPERON LAC: Fonctionnement


Glucose/ Pas de Lactose

35

36

37

Opron
teint

REPRESSION

38

Pas de Glucose/ Lactose

39

40

Suppression
de la
rpression

Rgulation
Ngative

41

& sil y a les 2

Glucose/ Lactose

?!

En gnral:
glucose disponible comme source d'nergie

utilisation prfrentielle/autres sucres

Empchement de l'expression de plusieurs oprons


( lactose, galactose et arabinose)

=Rpression des catabolites

La rpression des catabolites fait intervenir une


42
rgulation
positive au niveau du promoteur.

COMMENT?
Le glucose entrane une rpression des catabolites en
diminuant la concentration de lAMPc.

Peu de glucose => beaucoup d'


d'AMPc
AMPc => AMPc
AMPc-CAP active =>
liaison l'ADN => transcription
transcription:: utilisation des autres sucres
beaucoup de glucose => peu d'
d'AMPc
AMPc => CAP inactive => pas de
transcription => utilisation du glucose
43

En effet:

44

CAP?

CAP = protine activatrice des catabolites = facteur de


contrle positif
CAP interrompt les voies mtaboliques alternatives
lorsqu'elles sont rendues superflues par un apport de
glucose.
45

CAP : ce quil faut retenir


1- active la transcription de plus de 100 promoteurs (=facteur de
transcription global).
2- protine denviron 45 kDa qui se fixe lADN sous la forme dun
dimre (2 sous-units identiques).
3- le 1er des activateurs transcriptionnels a avoir t isol (1970) et le
1er pour lequel la structure 3D a t dtermine.
4- en prsence dAMPc, forme un complexe (CRP-AMPc) qui se fixe
une squence cible de 22pb, situe prs ou au sein du promoteur quil
contrle
5- active la transcription du fait de contacts protine-protine avec
lARN polymrase

46

RECAPITULATIF

1- Pas de lactose prsent


Lopron est teint  pas dARNm synthtis
2- Lactose prsent; glucose prsent galement
La prsence du lactose inactive le rpresseur  il y a Transcription
(Parce que le Glucose est prsent  cAMP est faible  CRP ne peut
aider la transcription
3- Lactose prsent; pas de glucose
la prsence de lactose inactive le rpresseur  il y a Transcription
(Il ny a pas de Glucose  [cAMP] est leve  cAMP se fixe la CRP
(activation)  CRP se fixe & aide la transcription : Niveau lev de
transcription
47

48

3.1.OPERON LAC: Mutations

Analyse gntique de lopron


Quels sont les lments essentiels du systme de rgulation ?

La gntique a jou un rle dcisif dans la


comprhension du fonctionnement de lopron lac.

OBJECTIF:
 valuer les changements qui se produisent dans
la spcificit de lun ou lautre des intervenants du
systme en ralisant des MUTATIONS.
49

50

Analyse des mutants et diplodes partiels

51

52

53

54

55

56

57

58

59

60

61

62

63

64

65

66

67

RECAPITULATIF
mutations Oc
Les mutations de loprateur sont constitutives, car le promoteur est
incapable de fixer la protine rpresseur;
Ceci permet lARN polymrase davoir libre accs au promoteur.
Les mutations Oc agissent en cis, car elles ne touchent que les gnes

structuraux qui leur sont contigus.

mutations du type lac I


Les mutations qui inactivent le gne lac I entranent:

OU BIEN lexpression constitutive de lopron, car la protine du rpresseur


mutant ne peut plus se fixer sur loprateur.

OU BIEN la rpression de lopron car la protine du rpresseur mutant ne


peut plus tre dsactive par le lactose.
68

-complmentation
Utilisation de souches bactriennes mutantes dans le gne lac Z :
synthtisent

une

-galactosidase

incomplte

(dpourvue

d'une

squence appele peptide ) et inactive.


La squence codant le peptide peut tre apporte en trans par un

plasmide ;
seul, le peptide n'a aucune activit enzymatique, mais associ avec la
protine code par lac Z' il restaure l'activit -galactosidase de la

protine mutante.

69

70

lactivit de la -galactosidase en utilisant le X


X-Gal

71

Utilit de lopron lactose pour le clonage

72

Lopron Tryptophane* (chez E. coli)


un exemple dopron anabolique rpressible
*Tryptophane : acide amin

73

4.1. OPERON trp: Dfinition et structure

Lopron trp code pour les enzymes requises pour la synthse du

tryptophane (trpAE)
La synthse de lARNm de lopron est contrle par un rpresseur

qui

bloque la transcription lorsquil est li par le tryptophane (co-

rpresseur)

74

75

76

77

4.2. OPERON trp: fonctionnement


Lorsque le tryptophane est absent, la transcription se
produit

Lorsque le tryptophane est prsent, la transcription est


bloque.

78

 Rgulation Ngative

Rgulation de lopron tryptophane chez E. coli


Mcanisme n1
La fixation du tryptophane au rpresseur trp altre sa structure
Un

dplacement

de

0,8nm

des

hlices

impliques

reconnaissance permet au rpresseur dinteragir avec lADN.

79

dans

la

Cependant, en l'absence du rpresseur, la synthse de


lARNm de lopron trp est encore partiellement
rprime par la prsence de tryptophane

80

Mcanisme n2
La transcription est galement contrle par attnuation, processus
qui aboutit la traduction dun petit polypeptide.
Quand les cellules sont prives de tryptophane, les gnes de lopron
sont exprims au taux le plus fort;
Quand la privation en tryptophane est moins svre, les gnes de
lopron sexpriment un niveau plus faible que le maximum.
Lattnuation rgule le niveau de transcription par un facteur de 8
10 et combin avec le mcanisme 1 (interaction rpresseur-oprateur)
il y a diminution de la transcription dun facteur 560 700.
81

Une petite squence codante en avant de lopron trp contient deux


codons pour le tryptophane de suite
Lorsque la quantit de tryptophane dans la cellule est limite, le ribosome

arrte ces codons trp


La capacit du ribosome de lire ces codons rgule un choix de tige et
82
boucle
(terminateur ou anti-terminateur)

83

La position du ribosome joue un rle important dans le


phnomne dattnuation

Attnuation: mcanisme qui contrle la capacit de


lARN polymrase de lire un attnuateur, qui est un
terminateur plac au dbut de la transcription
84

Situation 1:

Phnomne dattnuation pour des cellules prives de trp

le tryptophane est absent (ou en quantit insuffisante):


1- les trp-ARNt sont indisponibles, le ribosome sarrte aux codons trp ce qui couvre la rgion
1.
2- la rgion 1 ne peut sapparier avec la rgion 2, la place la rgion 2 sapparie la rgion 3.
3- la rgion 3 ne peut donc sapparier la rgion 4.
4- lARN polymrase continue transcrire lensemble de la squence codante ce qui permet la
85
synthse
complte de lARNm.

Situation 2:

Phnomne dattnuation pour des cellules


non-prives de trp

le tryptophane est abondant:


1- le ribosome ne sarrte pas au niveau des codons trp; il continue traduire la
squence leader, sarrtant au niveau de la rgion 2
2- la rgion 2 ne peut sapparier avec la rgion 3; cette dernire sapparie alors
avec la rgion 4.
3- cet appariement 3-4 constitue la squence attnuateur et fonctionne
comme signal de terminaison
4- la transcription sachve avant que lARN polymrase atteigne les gnes
86
permettant
la synthse du tryptophane

RECAPITULATIF

87

promotions6.2010@gmail.com
Password: tdbiomol2010

88