Structure et Analyse des Génomes

Cours : 8 h – O. Lecompte
TD : 6 h – A. Friedrich

O. Lecompte
Laboratoire de Bioinformatique et Génomique Intégratives – IGBMC

Génomique

Plan
1. Introduction
„ Génomes complets

2. Structure des génomes

„ Procaryotes et eucaryotes
„ Organelles - Endosymbiose

3. Annotation des génomes

„ Annotation structurale
„ Annotation fonctionnelle
„ Intégration

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 Définitions

„ Génome :
l’ensemble du contenu en ADN d’une cellule (haploïde)
=> l’ensemble des gènes et des régions intergéniques

„ Génomique :
étude multidisciplinaire de la structure et de la fonction des génomes
- Cartographie et séquençage des génomes
- Localisation des éléments génétiques
- Caractérisation fonctionnelle
- Comparaison des génomes
- Modélisation des systèmes biologiques

Le séquençage des génomes

1995 Haemophilus influenzae

1996 Saccharomyces cerevisiae
1998 Caenorhabditis elegans
2001 Version préliminaire du génome humain
2009 ~ 935 génomes procaryotes et eucaryotes disponibles…
~ 1600 virus
http://www.ebi.ac.uk/genomes/virus.html
~ 460 phages
http://www.ebi.ac.uk/genomes/phage.html
~ 1500 organelles
http://www.ebi.ac.uk/genomes/organelle.html

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Les projets génomes
Genome Projects according to phylogenetic group

M=Métagénomes http://www.genomesonline.org/Gold_statistics.html

Les génomes bactériens

Les bactéries pathogènes
- de mammifères : Mycobacterium, Mycoplasma, Salmonella…
- de plantes : Ralstonia, Xanthomonas…

Bactéries utilisées en biotechnologie et/ou industrie:

- enzymes et d’antibiotiques : Bacillus subtilis, Streptomyces coelicolor
- acides aminés : Corynebacterium glutamicum
- solvants : Clostridium acetobutylicum
- produits laitiers : Lactococcus lactis
- création de plantes transgéniques : Agrobacterium tumefasciens
- traitement des eaux usées : Caulobacter crescentus

Espèces présentant un intérêt évolutif :

- bactéries photosynthétiques : Synechocystis
- bactéries endosymbiotiques : Buchnera aphidicola
- espèces situées à la base de la lignée bactérienne : Aquifex aeolicus

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 Séquençage de multiples souches
exemple : Staphylococcus aureus

„ N315 (MRSA) 2 813 Kb 2 594 ORFs 2001

„ Mu50 (VRSA) 2 878 Kb 2 697 ORFs 2001
„ aureus MW2 2 820 Kb 2 632 ORFs 2002
„ MRSA252 2 902 Kb 2 634 ORFs 2004
„ MSSA476 2 820 Kb 2 597 ORFs 2004
„ aureus COL 2 809 Kb 2 618 ORFs 2005
„ RF122 bovine 2 515 Kb 2 665 ORFs 2005
„ aureus USA300 2 872 Kb 2 560 ORFs 2006 14 souches
„ NCTC 8325 2 969 Kb 2 892 ORFs 2006
„ aureus Newman 2 878 Kb 2 615 ORFs 2007
„ JHI VISA 2 906 Kb 2 747 ORFs 2007
„ JH9 VISA 2 906 Kb 2 697 ORFs 2007
„ aureus Mu3 2 880 Kb 2 698 ORFs 2007
„ aureus MRSA USA300_TCH1516 2 872 Kb 2 657 ORFs 2007

Les génomes procaryotes

Funding relevance of Bacterial Genome Projects

http://www.genomesonline.org/Gold_statistics.html

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 Les génomes d’archées
A la découverte du domaine inconnu !
Le domaine des Archées
- découvertes récemment (milieux extrêmes)
- longtemps considérées comme des bactéries atypiques
- proposition des 3 domaines en 1990 (Woese)

Particularités physiologiques
- hyperthermophiles : Pyrococcus
- halophiles : Halobacterium
- acidophiles : Sulfolobus

⇒ compréhension des mécanismes biologiques

⇒ applications biotechnologiques et industrielles

Cliché IFREMER

Les génomes eucaryotes

Des organismes modèles :
Arabidopsis thaliana

Drosophila melanogaster

Le génome humain...
Caenorhabditis elegans

S. cerevisiae
Rattus norvegicus
Tetraodon nigroviridis Mus musculus

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 Les génomes eucaryotes
Importance agro-alimentaire Evolution au sein d’un groupe
groupe des hémiascomycètes (génome compact)
Oryza sativa

Kluyveromyces lactis

Candida glabrata

Espèces pathogènes :
E. cuniculi, P. falciparum, P. yoelii, A. gambiae (vecteur),
Leishmania, Giardia, Trypanosoma, Entamoeba…

Anopheles gambiae
Magnaporthe grisea (maladie du riz)

Homo sapiens

Génomes Mus musculus

Rattus norvegicus

eucaryotes Gallus gallus

Xenopus laevis
Chordata
Xenopus tropicalis

Tetraodon nigroviridis
Ciona intestinalis
Danio rerio
Metazoa Fugu (Takifugu) rubripes

Ciona intestinalis
Echinodermata Strongylocentrotus purpuratus

Drosophila melanogaster
Arthropoda
Anopheles gambiae
Xenopus tropicalis
Caenorhabditis elegans

Nematoda Caenorhabditis briggsae

Brugia malayi
Cnidaria Nematostella vectensis
Choano-
Monosiga brevicollis
Strongylocentrotus purpuratus flagellates

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 Fungi Ascomycetes Schizosaccharomyces pombe
Pichia stipitis
Pichia guilliermondii
Aspergillus clavatus

Fungi Aspergillus oryzae

Aspergillus fumigatus
Aspergillus terreus
Coccidioides immitis
Phaeosphaeria nodorum
Chaetomium globosum
Magnaporthe grisea
Sclerotinia sclerotiorum
Neosartorya fischeri
Botryotinia fuckeliana
Saccharomyces cerevisiae
Lodderomyces elongisporus
Vanderwaltozyma polyspora
Candida glabrata
Kluyveromyces lactis
Ashbya gossypii
Debaryomyces hansenii
Yarrowia lipolytica
Neurospora crassa
Basidiomycetes Cryptococcus neoformans
Ustilago maydis
Microsporidies Encephalitozoon cuniculi

Viridiplantae Tracheophyte Arabidopsis thaliana

Génomes Oryza sativa

Vitis vinifera

eucaryotes Bryophyte
Chlorophyte
Physcomitrella patens
Chlamydomonas reinhardtii
Ostreococcus lucimarinus
Ostreococcus tauri
Rhodophytes Cyanidioschyzon merolae
Cryptosporidium parvum
Stramenopiles Thalassiosira pseudonana
Mycetozoa Dictyostelium discoideum
Entamoebidae Entamoeba histolytica
Parabasalidea Trichomonas vaginalis
Euglenozoa Trypanosoma brucei
Trypanosoma cruzi
Leishmania major
Entamoeba histolytica
Alveolata Tetrahymena thermophila
Plasmodium falciparum
Plasmodium yoelii
Theileria parva
Theileria annulata
Trypanosoma cruzi Cryptosporidium parvum
Cryptosporidium hominis
Diplomonades Giardia lamblia

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 Génomes eucaryotes : vraiment complets ?

Publication des génomes :

• des “drafts” (séquences préliminaires)...

Ex: Oryza sativa, Plasmodium yoelli,…

• des séquences “presque complètes”

(régions centromériques et télomériques partielles et gaps)

• des génomes complets

Ex: Saccharomyces cerevisiae !

Métagénomes

métagénomique :
analyse génomique d’une population

extraction directe d’ADN et clonage

=> accès aux espèces non cultivables
ƒ symbiose
ƒ espèces pathogènes
ƒ prélèvements environnementaux
ƒ ADN ancien

Tringe et Rubin, Nature review genetics, 2005

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 Métagénomes

Analyses réalisées :
„ recherche de marqueur phylogénétique (16S rRNA, gène RecA,…)
=> caractériser les espèces présentes
„ recherche de gène d’intérêt : séquençage aléatoire, recherche de

gènes cibles puis ancrage phylogénétique (recherche de marqueurs

phylogénétiques à proximité)
„ assemblage de génomes (pour des milieux pauvres)

„ …