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Apparition de mutation
Tous les individus d’une espèce A peuvent, par
Ecologie ■ 
définition de l’espèce, avoir potentiellement des
Biogéographie 2 descendants ensemble.
■  Une mutation apparût chez un membre de cette espèce
La phylobiogéographie A peut donc être potentiellement transmise à tous
descendant de la population.
–  Notez qu’une mutation n’est pas forcément délétère.

Marc Girondot, Université Paris Sud

Exemple de séquences toutes Changement de fréquence des

fonctionnelles mais mutées allèles sans sélection…
Apparition d’une mutation
Début de l’exon 6 du gène de l’amélogénine
Pourcentage de la forme initiale
100

Acides
99
nucléiques

98

97
Acides
Perte d’une mutation
aminés 96

0 100 200 300 400 500

Sur le temps long… remplacement Sur le temps très long…

Pourcentage de la forme initiale
100 ■  Accumulation de mutations qui G
90 Apparition d’une mutation
80
modifient graduellement la
70 structure des gènes au sein d’une
60
espèce.
50
C
40

30
Perte de la forme initiale G
20

10
0 T
0 5000 10000 15000 20000
A

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Retour aux processus de spéciation… Après la spéciation…

■  La spéciation correspond au moment où il y a ■  Les deux espèces sont maintenant isolées. Toute
arrêt d’échange génétique définitif et mutation apparût chez l’une ne pourra être transmise à
irréversible entre deux populations. l’autre car il y a une barrière de reproduction.
■  La seule solution pour que la même mutation soit fixée
Temps Espèce B Espèce C
à la fois chez l’espèce B et C est qu’elle apparaisse
deux fois indépendamment… fait hautement
Pop A Pop B
improbable que nous ne traiterons pas ici.
Espèce A

Espèce A

Lorsque des spéciations successives sont

Conséquences génétiques observées… l’histoire de ces spéciations est
A
visualisée sur un arbre phylogénétique
C
Espèce D Espèce E Espèce F Espèce G
A A C
C
C Notez que pour la
base prise en compte Notez aussi qu’il est
A
ici, la seconde C
tout à fait possible
GC
Espèce B Espèce
spéciation ne A d’imaginer une
s’accompagne pas spéciation sans
G
Pop A
T
Pop B Espèce A d’une modification. différence génétique,
Par contre il est A simplement par
T probable que d’autres T modification d’un
Espèce A
A bases dans le génome comportement acquis
aient changées. T socialement.
A

Ce qui est connu Ce qui est déduit

Espèce D Espèce E Espèce F Espèce G Espèce D Espèce E Espèce F Espèce G

A A C A A C
C C
Espèce D Espèce E Espèce F Espèce G Espèce D Espèce E Espèce F Espèce G

Pop A Pop B Espèce B Pop A Pop B Espèce B Pop A Pop B Espèce B Pop A Pop B Espèce B

C C
A A
Espèce B Espèce C Espèce B Espèce C

G G

A
Espèce B Espèce C A
Espèce B Espèce C

T T
Pop A Pop B Espèce A Pop A Pop B Espèce A

T T
Espèce A Espèce A
A A

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Aire de répartition actuelle

La phylogéographie peut aider à retrouver
les mécanismes de dispersion

■  Exemple d’Emys orbicularis, la cistude

d’Europe

Limite de l’englacement au
Le climat quaternaire en Europe
maximum de la glaciation 23000 BP
Alternance de périodes
chaudes et d’autres très
froides: des périodes de
glaciation

Calendrier julien
■  En 46 av. J.C., Jules César, conseillé par
l'astronome égyptien Sosigènes (qui avait calculé
que l'année effective était de 365 jours et 6 heures)
réforma le calendrier pour en arriver à une année
de 365 jours sauf une année de 366 jours tous les 4
ans.
■  Ce jour supplémentaire fut attribué au mois de février, qui était
COMPTER LE TEMPS LONG le dernier de l'année chez les romains, car néfaste. Mais les
Romains comptaient à rebours et appelaient ce 24 février sexto
ante calendas martii (sixième jour avant le 1er mars). Le jour
supplémentaire s'appela donc logiquement bis sexto ante
calendas martii (le deuxième sixième jour) d'où le nom d'année
bissextile.

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L’année de naissance du Christ Compter le temps long

■  En 524, Denys-Le-Petit, Dionysius ■  Dans le calendrier chrétien, avant l’année 1 il y
Exiguus, (environ 470 - environ 540) a donc l’année -1.
décide que le Christ serait né le 25
■  En français, on définit donc des années « av. J.
décembre de l’année -1.
C. » et « apr. J. C. ». En anglais, on se réfère
■  À noter que Denys le Petit utilise pour
alors à des années BC pour before Christ et AD
ses calculs un calendrier sans année pour Anno Domini (Anno Domini, ou année du
zéro, car ce dernier ne sera connu de seigneur qui correspond à l’année 1).
l'Occident Chrétien que par sa
découverte en Espagne par Gerbert
d'Aurillac.

L’apparition du 0 Calendrier Grégorien

■  Gerbert d'Aurillac (né entre 945 et ■  Le calendrier grégorien est un
950 en Auvergne – mort le 12 mai calendrier solaire conçu à la fin du
1003 à Rome), pape sous le nom de XVIe siècle pour corriger la dérive
Sylvestre II de 999 à 1003, est un séculaire du calendrier julien alors en
philosophe et mathématicien. Il usage. Il porte le nom de son
instigateur, le pape Grégoire XIII
favorise l'introduction et l'essor des
(1502-1585).
chiffres décimaux, dits arabes en
■  Adopté à partir de 1582 dans les états catholiques, puis
Occident.
dans les pays protestants, son usage s'est
progressivement étendu au début du XXe siècle ; il est
utilisé aujourd'hui dans la majeure partie du monde.

Le calendrier astronomique Calendrier révolutionnaire

■  L'année zéro est utilisée dans le comptage ■  À noter que le calendrier révolutionnaire
astronomique des années, et est équivalent à l'an
-1 dans les calendriers Grégorien et Julien. Ainsi français, bien après l'invention du zéro,
-1 correspond à l'an -2. Sa première utilisation commence lui aussi directement à l'année 1.
est traditionnellement attribuée à Jacques Philippe de La Hire est Cela vient du fait que les calendriers sont
Cassini dans Tables astronomiques (1740 ou un mathématicien,
1770 ?) où il explique les raisons de cette physicien et astronome considérés comme un système de comptage, qui
français, né le 18 mars
utilisation. Toutefois, Philippe de La Hire 1640 à Paris et mort le commence donc à 1, au lieu d'un système de
l'utilisa dès 1702 dans son Tabulæ Astronomicæ 21 avril 1718 dans
mesure, qui commencerait à 0.
cette même ville.
sous la forme Christum o.
■  Mais cette notation reste encore très liée à une
culture car la référence au Christ est toujours
présente.

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Zones-refuges supposées d’Emys

Le présent
orbicularis
■  Dans l’activité scientifique, on utilisera plutôt la
notion de bp pour before present. Par
convention le présent est l’année 1950
(premières utilisations du 14C).
■  On peut lire aussi cal. bp ce qui signifie
calibrated before present.
■  Les résultats bruts des datations par la méthode du carbone 14 sont exprimés en
années BP. Ces résultats ne tiennent pas compte des fluctuations du taux de
radiocarbone dans l'atmosphère au cours du temps. La prise en considération des
résultats obtenus par d'autres méthodes telles que la dendrochronologie a permis
d'établir des courbes de calibration permettant de corriger les résultats bruts et de les
transformer en dates calendaires, exprimées alors généralement en nombre d'années
avant J.-C. (cal BC), plus rarement en « années BP calibrées » (cal BP).

Haplotypes mitochondriaux étudiés

L’ADN mitochondrial chez 313 individus: 19 haplotypes
Les mitochondries classés en 7 groupes de ressemblance
proviennent d’un
événement de
symbiose avec une
protéobactérie alpha

Haplotypes mitochondriaux étudiés

chez 313 individus: 19 haplotypes
classés en 7 groupes de ressemblance

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Hypothèse de recolonisation après la

Autre exemple: La caulerpe
dernière glaciation…
Caulerpa taxifolia

Algue ayant des populations natives dans les

régions tropicales et subtropicales d’Australie

Plante ornementale utilisée dans les

aquariums et trouvée récemment en
Méditerranée
Progression très importante en remplaçant les herbiers de Méditerranée
notamment de posidonies

Gabon, mai 2008

Quelques chiffres
1984 : Premiers mètres carrés colonisés en Mer Méditerranénne
■  Cap Esterias
1998  : 6000 ha des fonds méditerranéens colonisés (en 14 ans)

2000 : Plus de 13000 ha de fonds colonisés dans 6 pays (ce

qui représente plus de 100km de côte)

2001 : Première observation sur les Côtes

Californiennes. Même origine que les
formes Méditerranéennes.

En 2000, 3 nouvelles colonies de Caulerpa taxifolia ont été

découvertes sur les Côtes Australiennes.

Careel Bay (clone a, c, d, e)

Careel Bay (clone a), Gladstone, Port Hacking

Identifier si les 3 nouvelles colonies sont similaires aux formes Lake Conjola, Moreton Bay, aquarium de
introduites en Méditerranéenne et Californie. Monaco, Californie

Formes des aquariums et formes introduites

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Conclusions
Les colonies de Lake Conjola, Careel Bay et Port Hacking
forment des groupes distincts, il y a donc eu des introductions
multiples.
Les colonies de Port Hacking et Careel Bay ne correspondent pas à
la forme de Méditerranéenne ou de Californie. Phylogéographie linguistique
La source de la colonie de Lake
Conjola ne peut pas être déterminée
avec certitude
La caulerpe est principalement
disséminée par les activités humaines
( bateaux, filets…) ce qui produit des
profils de dispersion extrêmement
complexe.

Introduction Les langues d’Europe

■  La possibilité d’une origine commune de langues très
diverses a été proposée pour la première fois par Sir
William Jones en 1786. Des similitudes avaient été
notées en effet entre les plus anciennes langues
connues à cette époque, le Latin, le Grec ancien, le
Sanscrit et le Perse.
■  Des analyses systématiques conduites depuis lors ont
montré que ces langues font partie d’un vaste ensemble
nommé “les langues indoeuropéennes”.
■  Ces 443 langues constituent la majorité des langues
parlées en Europe et en Asie de l’Ouest.
■  Leslangues Celtiques (Irlandais, Breton, Gaélique),
Germaniques (Allemand, Anglais, Suédois, Danois), Romanes
(Latin et ses dérivés dont le français), Anatoliennes, Baltes, par
exemple, font partie des langues indo-européennes.
■  On notera aussi la présence du Turc, langue d’un autre groupe
linguistique, le Turkique (l’origine du Turkique ne sera pas
discutée dans la suite).
Il existe cependant d’autres langues en Europe qui ne font pas
partie de cet ensemble.
Il s’agit des langues Uraliques (Finlandais, Hongrois, Estoniens),
des langues Caucasiennes et de l’Euskara (Basque).

Informations diverses Les autres langues européennes

■ Lesdialectes Assyriens et Babyloniens vers -500 BC ■  Il
s’agit des langues Uraliques
proviennent d’une langue appelée l’Acadien. L’Acadien est (Finlandais, Hongrois, Estoniens), des
langues Caucasiennes et de l’Euskara
apparenté à l’Arabe qui avec l’Araméen et l’Hébreu forment les (Basque).

langues Sémitiques. Les plus anciennes traces remontent à 

-2000 BC. Bien que présentant de nombreuses

••
différences, ces langues peuvent être
rapprochées par les caractéristiques
suivantes :

$Utilisation extensive de suffixes à

• •
■ Le Sanscrit est la langue de l’Inde dont on a une trace depuis
-2000 BC. La grammaire de la forme littéraire du Sanscrit a été
la fin des noms,
Très grand nombre de cas •
figée vers -500 BC par le grammérien Panini et n’a quasiment grammaticaux (12 en euskara)
plus évoluée depuis. Elle constitue la langue de l’élite Indienne. Harmonie dans les voyelles
Absence de genre$
Par contre les Pracrits sont les formes vernaculaires qui ont
continué à évoluer. Il est donc faux de dire que le Sanscrit est
l’ancêtre des langues indo-européennes. Le Sanscrit, comme Ces langues correspondraient au vieux fond linguistique européen,
les Pracrits, sont des langues indo-européenne.
avant l’invasion par l’indo-européen.

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Hypothèses
■  L’origine de ces langues est assez discutée parmi les
linguistes et plusieurs hypothèses ont été formulées
pour expliquer la répartition actuelle des langues en
Europe:
■  Hypothèse 1: L’apparition de l’Indo-Européen est liée
à une invasion de l’Europe par des populations
originaires d’Inde.
■  Hypothèse 2: Les langues indo-européennes ont été
acquises par des populations préexistantes sans
mouvement de population.
Hypothèse 1
■  Hypothèse 1: L’apparition de l’Indo-Européen est liée
à une invasion de l’Europe par des populations
originaires d’Inde.
■  Dans cette hypothèse, les locuteurs indo-européens
doivent être plus apparantés entre eux qu’avec les
locuteurs des autres langues non-indo-européennes.

Indo-européen
L’apport des Basque

Hypothèse 2 Turkique

phylogénies
Caucasien
Uralique
Varié
■  Hypothèse 2: Les langues indo-européennes ont
été acquises par des populations préexistantes
sans mouvement de population.

■  Dans cette hypothèse, les locuteurs doivent être

positionnés sur une phylogénie indépendamment de
leur langue mais dépendant de leur origine
géographique.

Conclusions
■ On observe un regroupement génétique des populations
correspondant à des proximités géographiques (exemple Catalans
avec Basques).
■ Les populations ne sont pas regroupées en fonction des langues
qui sont parlées par les groupes.
■ L’acquisition d’une nouvelle langue dans une région ne semble
pas être liée à un déplacement des populations mais à l’acquisition
d’une nouvelle langue dans un groupe existant.
■ Lorsque ce genre de situation a été observé par les éthnologues,
cela se passe en général via l’adoption de la langue par la classe
dirigeante et ensuite transmission à la population.