3-Topologie « cristalline »

Deux clés grecques

 Comparaison des tonneaux 

Up-and-down jelly-roll -crystallin-like

Exemple de protéine: Aequorea victoria
Green Fluorescent Protein
(GFP)

tonneau à 11 brins anti//

Prix Nobel de Chimie 2008 : Tsien, Chimomura, Chalfie

"for the discovery and development of the green fluorescent protein, GFP"
 Les acides aminés 65-66-67 traverse le tonneau.

Cyclisation

Absorption et réémission de lumière par fluorescence

Cellule Hela : marquage mitochondrial avec roGFP1
 GFP BFP mutation Y66H
YFP mutation S65T…

GFP sauvage Mutant S65T

 Autre tonneau: Les tonneaux 

Tonneaux  :
Tonneau TIM (TIM barrel) example: tpi (Triose phosphate isomerase)
 Tonneaux : les brins 

Brins 
Résidus hydrophobes à
l’intérieur du tonneau (brins )

Positions
Brin Résidus 1 2 3 4 5
1 6-10 F V G G N
2 37-41 E V V C G
3 59-63 G V A A Q
4 89-93 W V I L G
5 121-125 G V I A C
6 158-162 K V V L A
7 204-208 R I I Y G
8 227-231 G F L V G
Pyruvate kinase

E.Coli PRAI-IGPS
Autres domaines 

Turbine (propeller)
constituée de plusieurs pales

Une pale (ex : sialidase)

un feuillet  à 4 brins anti// vrillés
 Une turbine est constituée de plusieurs pales

Turbine (propeller)
Ex : Sialidase (6 pales)

La turbine formée de 6, 7 ou 8 pales, contenant chacune 4 brins  antiparallèles.

Galactose oxydase (7) Méthanol déshydrogénase (8)

Collagénase (4 )

1 pale
Virus de la grippe
Feuillet (pale)

Neuraminidase

Arrangement de 6 éléments de 4 brins aller retour chacun en en turbine d'ordre 6

(qu'on pourrait aussi appeler super-tonneau)
La protéine de l'enveloppe virale se fixe puis coupe les résidus acides neuramiques des dérivés
glycosylés cellulaires.
 Neuraminidase: 6 motifs de 4 brins chacun

N
6 5 4 3 2 1
Exemple du virus de la grippe :

La membrane virale contient deux protéines :

-l’hemagglutinine (HA) et la neuraminidase (NA)

H1N1, H2N2, H3N2…., H5N1 (grippe aviaire)

N1 neuraminidase

Grippe aviaire H1N1

- résistance au tamiflu

Homotétramère,
chaque monomère
est une turbine.
 Oseltamivir
(tamiflu)

N1
cavité

N9
TREFLE ou PRISME

Vitelline (prisme; brins // à l’axe 3)

lectine (snow-drop) (brins perp. axe 3) Trèfle (ou prisme)
 Hélices 

Hélices  à 2 feuillets Hélices  à 3 feuillets

 Hélices 

Serratia métalloprotéase (droite)

Adhésine
Fermeture incomplète

pectine lyase
(droite)

protéine bactério chlorophyle

anhydrase carbonique A

Hélices 

UDP N-acétylglucosamine
Serratia métalloprotéase (droite) acyltransférase (gauche)
Canavaline (double hélice)
Chapitre 7 :Relation structure-fonction dans les domaines 

Exemple : importance de la taille d’un tonneau

fonction catalytique transport canal

ou structurale
Fonction de transport
Exemple: RBP (Retinol Binding Protein)

Rétinol
(vitamine A)

tonneau  de 8 huits brins

1AQB.pdb
rétinol

cavité

résidus hydrophobes
 2 types de RBP
2 positionnements du rétinol

- plasmatique - cytosolique ou cellulaire

- tonneau 10 brins 
- deux hélices 
 RBP cytosolique

avec rétinol sans rétinol

glutamine

rétinol
Acides aminés hydrophobes
Fonction de canal
exemple : les porines

Tonneau à 17 (18) brins grand tonneau créant un espace (canal)

plus ou moins large
Omp32 (porine sélectionnant les anions)
en complexe avec un peptide

espace périplasmique des bactéries Gram -

Structure quaternaire: trimérique

Zeth et al., Structure, 2000, 8:981-992

 Omp32

Brins trans-membranaires et boucles

extra-membranaires
Modèle structural d’une sous-unité de OmpX
(membrane externe d’E.coli)

aliphatique (non cycliques)

aromatique
Comparaison des structures (surfaces moléculaires) de trois porines

OmpF (E.coli)

-différences dans la taille du canal

et les résidus tapissant le canal

Omp32 Omp32
(C. acidovorans) (R. capsulatus)
Structures Omp32 et autres (potentiel électrostatique de surface)

 Omp32 sélectionne
les anions.

 Intérieur du canal
chargé +

Rouge = négatif
Bleu = positif
Blanc = neutre
 Omp32 en présence de SO42-

Arg38

Rôle important des résidus Arg dans le canal