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Biologie médicale
[90-05-0005]
Acinetobacter
Résumé
Les bactéries du genre Acinetobacter sont longtemps resté méconnues en raison de leur faible
pouvoir pathogène et de leur taxonomie changeante. Depuis les années 1980, le développement et
la commercialisation de nombreuses molécules d'antibiotiques ont permis à cette bactérie de
montrer ses capacités d'adaptation. La pression de sélection des antibiotiques associée aux
procédures invasives de la réanimation sont les facteurs principaux d'émergence de ces bactéries
comme agent d'infections nosocomiales chez les patients fragilisés. Leur résistance aux antibiotiques
et leur persistance dans l'environnement en font des responsables incontestés de bouffées
épidémiques hospitalières que seules des mesures strictes d'hygiène permettent de maîtriser.
INTRODUCTION
Les bactéries aérobies strictes du genre Acinetobacter sont considérées comme des bactéries
ubiquistes et fréquemment retrouvées dans l'environnement écologique (fumier, boues, eaux
douces, volailles, etc). Elles font également partie de la flore résidente normale de la peau saine;
c'est à la fois un commensal et un opportuniste. En pratique médicale, elle est restée longtemps
assimilée à un contaminant. Depuis les années 1980, la responsabilité d'une espèce, Acinetobacter
baumannii, dans les infections nosocomiales est devenue une réalité. En milieu hospitalier, la
colonisation de certains territoires cutanés, chez des patients fragilisés, porteurs de matériel invasif,
est un préalable à l'infection. La capacité de cette bactérie à développer des mécanismes de
résistance multiples vis-à-vis de la majorité des antibiotiques explique les difficultés thérapeutiques
rencontrées dans les infections graves. D'autre part, sa persistance dans l'environnement humide ou
sec favorise sa dissémination. Ces éléments en font un agent à haut risque de transmission
épidémique en milieu hospitalier. Les infections à Acinetobacter sont essentiellement présentes en
unités de soins intensifs où elles représentent environ 5 à 10 % des infections nosocomiales. Cette
bactérie est faiblement endémique et agit plutôt par bouffées épidémiques. Certains Acinetobacter
multirésistants sont responsables de véritables épidémies. Seule une bonne connaissance de
l'épidémiologie locale associée à un système d'alerte efficace permettra la mise en place de mesures
préventives et curatives appropriées.
AGENT PATHOGÈNE
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Taxonomie
La classification des diplococcobacilles (coccobacilles groupés par deux) à Gram négatif à réaction
d'oxydase négative a été longtemps controversée. Dans les années 1970, les études génétiques et
phénotypiques ont permis le regroupement de bactéries classées dans différents genres incluant
Bacterium, Neisseria, Mima, Herellea, Moraxella, Neisseria, Alcaligenes dans un genre Acinetobacter (créé
en 1954 par Brisou et Prévot) appartenant à la famille des Neisseriaceae. En 1991, le groupe
Acinetobacter est inclus dans une nouvelle famille, Moraxellaceae, qui comporte également le groupe
Moraxella-Psychrobacter [5].
Les arbres phylogénétiques obtenus par comparaison des séquences d'ARN 16S ne montrent pas
une excellente corrélation avec la classification obtenue par hybridation ADN-ADN.
Caractéristiques du genre
Les Acinetobacter sont des coccobacilles polymorphes à Gram négatif (fig 1A). Ils sont non sporulés
mais parfois capsulés dans les prélèvements pathologiques.
Ils sont aérobies stricts avec des réactions de catalase positive et d'oxydase négative.
Ils ne réduisent pas les nitrates en milieu complexe mais possèdent une nitrate réductase en milieu
minimum.
La très grande majorité des tests biochimiques utilisés pour le diagnostic microbiologique sont
négatifs. Certaines espèces possèdent une gélatinase, une uréase ou une phénylalanine
désaminase.
ÉPIDÉMIOLOGIE ET PHYSIOPATHOLOGIE
Écologie
Acinetobacter est un organisme ubiquitaire largement répandu dans la nature, le sol, les eaux
douces, ainsi que chez l'animal et dans l'alimentation (produits laitiers, viandes...). Cette bactérie est
capable d'utiliser une grande variété de substrats comme source d'énergie, ce qui lui permet d'avoir
un habitat très large et de persister dans un environnement hostile.
Acinetobacter est un commensal de l'homme et fait partie de la flore cutanée (plis, espaces
interdigitaux).
Différentes espèces peuvent avoir des habitats variés comme l'indique le schéma taxonomique de
Bouvet et Grimont (tableau I) [5]. Acinetobacter baumannii est l'espèce impliquée dans les infections
nosocomiales (90 à 95 % des Acinetobacter isolés des prélèvements pathologiques de patients sont
des « baumannii »). Aucun habitat autre que l'homme n'a pu être mis en évidence pour cette espèce.
Sa présence dans l'environnement hospitalier doit être considérée comme une contamination à partir
d'un patient colonisé ou infecté.
L'écologie de ces différentes espèces met en évidence que toute personne peut être porteuse d'un
Acinetobacter spp. L'isolement d'un Acinetobacter autre que baumannii à partir du sang ou d'un liquide
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Acinetobacter spp. L'isolement d'un Acinetobacter autre que baumannii à partir du sang ou d'un liquide
biologique peut être le résultat d'une contamination et son rôle dans le processus infectieux doit
être discuté au même titre que la présence de staphylocoque à coagulase négative.
Pathogénicité et physiopathologie
Facteurs de virulence
Acinetobacter est réputé comme une bactérie de faible pathogénicité. la DL50 % (injection
intrapéritonéale chez la souris) varie selon les souches de 106 à 108 CFU. Les facteurs de virulence
sont peu connus chez Acinetobacter et les quelques travaux publiés dans la littérature à ce sujet
soulignent le rôle potentiel de quelques éléments dont on retrouve la pertinence en pathologie
expérimentale ou clinique [12].
La production d'endotoxine existe in vivo comme le montre la réaction positive obtenue parfois avec
le limulus test au cours des septicémies.
Acinetobacter calcoaceticus a été associé à l'encéphalopathie spongiforme bovine (BSE) par une
équipe anglaise qui montre que les animaux atteints de BSE ont significativement plus d'anticorps
dirigés contre Acinetobacter que vis-à-vis d'autres bactéries [17].
Modèles expérimentaux
Un modèle d'infection aigu systémique destiné à l'étude des relations entre le slime d'Acinetobacter
et les bacilles à Gram négatif (P. aeruginosa ou entérobactéries) a été décrit en 1986 [12].
Un modèle expérimental de pneumonie aiguë chez la souris C3H/HeN a été décrit en 1997 [9], les
animaux transitoirement immunodéprimés sont inoculés avec 107 CFU par voie endotrachéale. La
maladie se déroule sur 4 jours avec une phase de pneumonie aiguë hémorragique lorsque les
animaux sont encore immunodéprimés. Au cours des 2 jours suivants, alors que les animaux
retrouvent leur système de défense, la pneumonie devient purulente et le décès intervient à ce
stade (fig 2). La quantité de bactéries dans les hémocultures, lorsqu'elles sont positives, est
significativement plus faible que dans le poumon (102 CFU/mL versus 109 CFU/g de poumon). La
mortalité est de 80 %. Ce modèle reproduit une véritable pneumopathie dont l'analyse
anatomopathologique n'est pas sans rappeler la pneumonie communautaire décrite chez l'homme
dans certains pays tropicaux [1].
Épidémiologie hospitalière
Réservoirs hospitaliers
L'importance des réservoirs à Acinetobacter dans l'environnement hospitalier est un fait acquis. Il
convient de distinguer l'espèce A. baumannii des autres espèces. Si les espèces non baumannii sont
facilement retrouvées dans l'environnement, le premier réservoir d'A. baumannii est le patient infecté
et/ou colonisé. Sa présence dans l'environnement est secondaire. Cette caractéristique explique sa
présence dans l'environnement immédiat du patient (lit, barre d'appui, fauteuil, lampes, etc). Il est
également classiquement retrouvé dans l'environnement humide comme les siphons de lavabo, les
robinetteries, le linge humide. Quelques études récentes montrent l'importance de la persistance de
cette bactérie sur les surfaces sèches (paillasse, Formica, filtres, tissu), les transformant en
véritables réservoirs environnementaux où la bactérie peut survivre jusqu'à 8 jours [8]. Ces
données bousculent les idées reçues qui désignaient les sites humides comme les principales
sources de contamination. Sa présence dans l'air n'est que transitoire car les bactéries se fixent
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sources de contamination. Sa présence dans l'air n'est que transitoire car les bactéries se fixent
rapidement sur les poussières et se déposent sur les surfaces planes.
Transmission
Le manuportage est la voie de transmission la plus fréquente. La transmission croisée par
contamination des mains du personnel a été largement démontrée dans de nombreuses études
réalisées au cours d'épidémies à Acinetobacter. Expérimentalement, Acinetobacter est capable de
survivre plus longtemps sur les doigts que d'autres bacilles à Gram négatif, y compris P. aeruginosa.
Le taux de manuportage étudié parmi le personnel en période épidémique varie de 9 à 32 % [13,
16]. L'existence d'un matériel contaminé responsable de la transmission a souvent été démontrée
dans les épidémies à Acinetobacter : matériel de ventilation, matelas chez les brûlés, flacons de
perfusion, eau des couveuses, etc [3, 11, 15]. Ce type de contamination a largement diminué avec
les normes de fabrication permettant une meilleure décontamination du matériel réutilisable, mais
surtout avec l'utilisation plus large de matériel à usage unique.
La maîtrise d'une épidémie à Acinetobacter passe par le strict respect des mesures préconisées par
les CLIN (comités de lutte contre l'infection nosocomiale). En cas d'échec et de persistance de la
souche, il faut savoir poser la question d'une source de contamination commune interne au service
ou située à l'extérieur du service. Ainsi, dans une épidémie à Acinetobacter, un bloc opératoire a été
mis en cause; ce bloc a du être entièrement reconstruit car il ne répondait pas aux normes d'hygiène
[20]
. Dans un autre cas, ce sont les matelas d'une unité de soins intensifs qui étaient contaminés
car les housses de protection étaient devenues perméables [14]. Le service peut être amené à
fermer des lits, voire fermer l'unité.
Infections communautaires
Acinetobacter est un opportuniste responsable d'infections aiguës chez l'homme sur un terrain
généralement débilité. Les infections communautaires sont souvent pulmonaires, fréquemment
observées chez l'homme de plus de 40 ans, en relation avec des facteurs de risque du type
tabagisme, alcoolisme, bronchite chronique, cancer ou des antécédents de pneumonie. Elles sont
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tabagisme, alcoolisme, bronchite chronique, cancer ou des antécédents de pneumonie. Elles sont
graves, de durée brève avec une mortalité élevée si un traitement efficace n'est pas mis en route
dès le début des signes pulmonaires. Quelques publications rapportent des cas d'infections
communautaires observés dans des situations particulières liées au climat (zones tropicales) ou à
une exposition anormale au micro-organisme (zone fermée contaminée) [1].
Infections hospitalières
Acinetobacter représente 2 à 5 % de l'ensemble des bactéries isolées dans un laboratoire de
microbiologie hospitalière. La véritable prévalence des Acinetobacter en milieu hospitalier est difficile
à préciser en raison de la frontière mal définie entre colonisation et infection. Les enquêtes
américaines réalisées dans les années 1970 montraient que cette bactérie était responsable de 1,4
% de l'ensemble des infections nosocomiales. Les enquêtes réalisées en France entre 1991 et 1995
montrent que cette bactérie est responsable de 9 % des infections nosocomiales. Dans les enquêtes
de prévalence plus récentes, Acinetobacter représente environ 10 % des infections nosocomiales en
unités de soins intensifs [3, 6, 16].
Les infections à Acinetobacter sont variées mais il existe des sites préférentiels en relation avec les
procédures invasives utilisées en milieu hospitalier. Dans les années 1980, les infections les plus
courantes à Acinetobacter étaient postopératoires et urinaires. Le développement des techniques de
réanimation et les procédures invasives ont modifié les profils des infections à Acinetobacter. Les
pneumonies chez les patients ventilés et les infections du site opératoire sont les infections à A.
baumannii les plus fréquentes en unités de soins intensifs (entre 5 et 12 % des pneumonies sous
ventilation). Les infections urinaires ont largement diminué mais restent encore fréquentes dans les
services de médecine. Les bactériémies secondaires représentent 10 % des infections à
Acinetobacter et sont souvent reliées à un cathéter en place [6, 20].
Les études cas-témoins identifient classiquement comme facteurs de risque les procédures invasives
et leur durée, un traitement antibio tique préalable, une intervention chirurgicale [10, 20]. Les
infections nosocomiales en milieu pédiatrique sont moins fréquentes, cependant lorsqu'elles
surviennent, elles sont généralement observées en unités de soins intensifs et les facteurs de
risque ne diffèrent pas de ceux identifiés chez les adultes [11].
PRÉLÈVEMENTS MICROBIOLOGIQUES
Acinetobacter est surtout isolé de sé crétions bronchopulmonaires, pus, cathéters, divers dispositifs
médicaux implantés et hémocultures. Le caractère adaptatif d'Acinetobacter lui permet de survivre
dans un environnement hostile. Cette qualité lui permet de subsister dans tout prélèvement destiné
à la microbiologie, hors prélèvement en anaérobiose, sans nécessité d'utiliser un milieu de transport.
Les souches peuvent être conservées quelques semaines en piqûre dans un milieu gélosé classique.
DIAGNOSTIC MICROBIOLOGIQUE
Examen direct
L'examen microscopique des échantillons biologiques peut orienter le diagnostic : les Acinetobacter
se présentent sous forme de coccobacilles à Gram négatif (immobiles dans les hémocultures).
La coloration de Gram montre parfois un aspect bigarré de la coloration (formes Gram positif et Gram
négatif) (fig 1A, B, C). Les bactéries sont en diplobacilles ou cocci souvent polymorphes. Attention,
un aspect douteux au Gram avec des éléments coccoïdes peut les faire prendre pour des cocci à
Gram positif en amas et la confusion avec un Staphylococcus au cours d'un examen direct dans un
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Gram positif en amas et la confusion avec un Staphylococcus au cours d'un examen direct dans un
prélèvement pathologique a été régulièrement faite (fig 1B). Dans les produits pathologiques,
certaines formes sont capsulées (fig 1 D, E).
Les bactéries se groupent en gros amas à la façon des Neisseriaceae (famille à laquelle ils ont
appartenu).
Caractères culturaux
La culture des Acinetobacter est aisée.
La gélose trypticase soja est le milieu le plus simple et le meilleur pour cultiver ces bactéries. Les
colonies sont « rough » (Acinetobacter spp) ou « muqueuses » (plus souvent l'espèce baumannii,
dans les prélèvements pathologiques de patient). La production de slime existe chez environ 35 %
des souches d'A. baumannii (fig 3).
La gélose Mac Conkey ou une gélose à l'éosine-bleu de méthylène peut être utile si l'on veut
différencier rapidement les colonies d'Acinetobacter.
Sur milieu de Drigalski, les colonies d'Acinetobacter sont lactose-négatif, mais irisées.
Identification
La première étape consiste à identifier le genre Acinetobacter :
l'aspect au Gram et l'immobilité du germe entre lame et lamelle sera déjà une excellente
orientation;
le test à l'oxydase négatif permet d'exclure les Psychrobacter et Moraxella.
La deuxième étape consiste à différencier l'espèce baumannii (et 13 TU) prévalente en milieu
hospitalier des autres espèces plus souvent considérées comme contaminantes. Les hybridations
ADN-ADN représentent la technique de référence mais sont réservées aux laboratoires spécialisés.
Les galeries d'identification, largement utilisées, permettent d'identifier facilement toutes les
®
souches d'Acinetobacter au rang du genre mais pas au rang d'espèce (API 20NE ), même pour des
®
galeries plus complètes (95 caractères : Biolog ).
Les techniques moléculaires basées sur l'amplification génique sont prometteuses pour arriver à
l'identification au rang de l'espèce : l'amplification sélective du gène de l'ARN 16S et l'amplification du
gène recA ont permis la distinction des 17 espèces.
MÉTHODES DE TYPAGE
Les méthodes de typage sont indispensables pour l'analyse d'une épidémie et l'identification de la
source présumée de cette épidémie.
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Fig. 1 :
Fig. 1 :
Acinetobacter baumannii.
Fig. 2 :
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Fig. 2 :
Aspect anatomopathologique des poumons au cours d'une pneumopathie chez la souris C 3H/HeN.
Fig. 3 :
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Fig. 3 :
A. C olonies muqueuses M culture de 24 heures à 37 °C sur TSA (gélose trypticase soy agar).
B. C olonies « rough »R culture de 24 heures à 37 °C sur TSA (gélose trypticase soy agar).
Fig. 4 :
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Fig. 4 :
Tableaux
Tableau I
Tableau I - Habitat et écologie des espèces dÃÂ�ÂÂ}Acinetobacter.
A. 1
calcoaceticus sol
infection humaine
2
A. baumannii homme : réservoir primaire ;
C omplexe
(13 T&U) 80% des isolats cliniques
ÃÂ�« A. calcoaceticus - A. baumannii
secondairement environnement
ÃÂ�»
A. sp3 3
sol
isolats cliniques (< 1 % en France)
1 épidémie décrite
A. 4 boues actives
haemolyticus
A. sp6 6
A. junii 5
environnement
isolats cliniques (4-11 %)
A. johnsonii 7
habitat : peau humaine-isolats cliniques
(3%)
carcasses volailles
boues actives, élimination des
phosphates
A. lwoffii 8,9
animaux et produits dérivés, sol,
boues actives
A. 12
radioresistens coton, sol, volailles irradiées
isolats cliniques et hospitalier (matériel)
A. sp 13 à 17 13 à 17 mal définis
Tableau II
Tableau II
1 2 3 13T&U 4 5 6 7 8 10 11 12 13 14 15 16 17
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1 2 3 13T&U 4 5 6 7 8 10 11 12 13 14 15 16 17
C roissance à 44 ÃÂ�°C - + - D - - - - - - - - - - - - -
41 ÃÂ�°C [-] + d + - [+] - - - - - - - - - - -
37 ÃÂ�°C + + + + + + d - + + d + (+) + + + d
Acidification du glucose + [+] + + d - d - (-) + - [-] + + - - -
Hydrolyse de la gélatine - - - - [+] - + - - - - - + + + + +
Aspartate + + + + d d d d - + + [-]
Azélate + [+] [+] + - - - d + d d [+] - + - - -
Bêta-alanine + [+] [+] + - - - - - + + - - + d +
C itrate + + + + [+] [+] + [+] - + + d
D-Malate [+] + + + [+] + d d d + + [-]
DL-4-aminobutyrate + [+] + + + [+] - d d + d + [-] + - d +
DL-lactate + + + + - + - + + + + +
Glutarate + + [+] + - - - - - + + [+] - + - - +
Histamine - - - - - - - - - d [+] - [-] - - - -
L-histidine + [+] [+] + + + + - - + + -
L-phénylalanine + [+] d + - - - - - - - +
Malonate + [+] [+] d - - - [-] - - - [+] [-] + - d d
Phénylacétate + [+] d + - - - - [+] d d +
Trans-aconitate + [+] [+] d - - - - - d [-] - [-] d - - d
2,3 Butanediol + + + + - - - d - + + +
Ethanol + + + + + + + + [+] + + + d - - - -
Asparagine + - - [-]
Glycérate [+] - d [-]
DL-2 Aminobenzoate - + + + +
Gentisate + - + + d
L-Leucine - + - - -
Protocatéchuate [+] + + d +
Putrescine - + - - +
Quinate [+] + - - -
d : 21 à 79 % positives
[-] : 20 % positives
- : 100 % négatives
Tableau III
Tableau III - Biotypes d'Acinetobacter baumannii
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19
Levulinate + + + + - - - - - - - - - + - + + - +
C itraconate - - - - + + + - - - - - + - - + - - +
L-phénylanine
et phénylacétate + + + - + + + + + + - - - - + + - - +
4-hydroxybenzoate + + - - + + - + + - + - + + - + - + +
L-tartrate + - - - + - - + - - - - - - + + + + -
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