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UNIVERSITE HASSAN II DE CASABLANCA

Faculté des Sciences et Techniques Mohammedia

Master Sciences et Techniques

Spécialité : Master Microbiologie appliquée et génie biologique

Rapport
Sur

La protéine Spike et l'entrée du covide 19

Présenté par :  Encadré par :

- ASMA BOUQAFA Pr .I.NASRI
-KHAWLA HARKATI

Année universitaire 2022-2023

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I.INTRODUCTION :
Depuis le début de la pandémie de Covid-19, une protéine du SARS-CoV-2 a suscité
beaucoup d'intérêt : la protéine Spike (ou protéine S). C’est en effet elle qui permet la
pénétration du nouveau coronavirus dans les cellules humaines. De plus, elle est la cible
d’anticorps produits par l’organisme après l’infection. Grâce au séquençage complet du
génome du virus, il a rapidement été possible de générer cette protéine clé en laboratoire :
le gène correspondant a été intégré dans des cellules en culture, qui l’expriment et
conduisent à la synthèse de la protéine virale [1].

II. SARS-CoV-2 :

Figure 1 : structure schématisée du SARS-COV-2

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III. STRUCTURE DE LA PROTEINE SPIKE

A la surface du virus,  la structure tridimensionnelle de la protéine Spike apparait au
microscope électronique comme des protubérances. Ces trimères de protéine Spike ont été
visualisés en cryomicroscopie électronique, encore appelée cryo-EM. Cette technique qui
permet de déterminer la structure tridimensionnelle de protéines à une résolution proche
de l’échelle atomique. On distingue alors les domaines suivants :

DOMAINES FONCTIONS
S1 Médiation de la reconnaissance des
récepteurs ACE2, et l’attachement viral
pour initier l’entrée dans la cellule hôte

RBD Reconnaissance et la forte liaison au

récepteursACE2

NTD Contribution à la détermination de la

gamme d’hôtes

S2 Intervention dans la fusion membranaire du

virus et la cellule hôte, et cela grâce au sous
unités HR1 et HR2
Domaine du cytoplasme est impliqué dans
CD l’assemblage viral et le transport
intracellulaire

TM Domaine transmembranaire permet

l’ancrage de la protéine virale
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Figure 2:structure de la protéine Spike

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INTERACTION DE LA PROTEINE SPIKE ET LE RECEPTEUR

ACE2
 La liaison de la protéine S a l’ACE2 est principalement assurées
par des liaisons hydrogène et des interactions électrostatiques

 La formation d’interactions hydrophobes cohérentes entre

Leu455, Phe456, Tyr473, Ala 475, Phe486 et Tyr489 du
SARS-CoV-2 avec les résidus N-terminus d’ACE2 tels que
Thr27, Phe28, Leu79, Met82 et Tyr83 contribue à l’affinité de
liaison plus élevée du SARS-CoV-2

FIGURE 3

Structure et organisation du domaine de la protéine de pointe trimérique (S) montrant les

étapes de l’entrée virus-hôte initiée par la reconnaissance S et la liaison au récepteur de
l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (ACE2).

Commentaire du graphique 1
A) Trimère de protéine S de préfusion à l’état conformationnel fermé, avec des monomères
représentés en jaune, vert et rose. Construction de la protéine S utilisée dans cette étude
montrant les segments de la tête, de la tige et de la membrane (TM) , Les sites de clivage
S1/S2 et S2′ sont en rouge. Le traitement protéolytique (furine) de la protéine S génère
des sous-unités S1 et S2.
B) Schéma de l’entrée virale dans la cellule hôte médiée par les interactions S:ACE2 (Shang
et al., 2020) :
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(i) Dynamique intrinsèque du trimère de la protéine S de préfusion décorant le

SARS-CoV-2 et la structure dimérique ACE2 de l’hôte montrant des mouvements
de balayage de la protéine S et de l’ACE2 pour faciliter la reconnaissance de
S:ACE2.
(ii) Dans la conformation ouverte ,le domaine de liaison au récepteur adopte une
orientation « vers le haut » pour reconnaître et lier le récepteur ACE2 lié à la
membrane de l’hôte (Protein Data Bank [PDB] ID: 1R42). La liaison à l’ACE2 induit
des changements conformationnels favorisant la protéolyse de la furine*
(rouge) au site de clivage S1/S2 (flèches rouges), conduisant à la dissociation des
sous-unités S1 et S2.
(iii) La sous-unité S2 résiduelle liée à l’ACE1 devient stable liée à l’ACE2 et les sous-
unités S2 se dissocient.
(iv) Les changements conformationnels dans la sous-unité S2 séparée favorisent la
formation d’un intermédiaire fusogène hélicoïdal étendu (PDB ID: 6M3W) (Fan et
al., 2020) pour la fusion dans la membrane cellulaire hôte, la fusion
membranaire et l’entrée virale dans la cellule hôte (Hoffmann et al., 2020).

CONCLUSION

 La liaison ACE2 aux protéines RBD conduit à la liaison et à la stabilisation. Fait
intéressant, la liaison ACE2 au RBD induit des changements conformationnels globaux
sur l’ensemble du trimère S. pour enfin permettre l’entrée de virus a l’intérieur de la
cellule
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LISTE DE FIGURE 
FIGURE 1 :
Palur V RaghuvamsiNikhil K TulsianFirdaus SamsudinXinlei QianKiren PurushotormanGu YueMary M
KozmaWong Y HwaJulien LescarPeter J BondPaul A MacAryGanesh S Anand (2021) SARS-CoV-2 S
protein:ACE2 interaction révèle de nouvelles cibles allostériques eLife 10:e63646.

Références bibliographiques
(1) INSERM. Covid-19 : mieux décrire la protéine Spike pour améliorer le
diagnostic et les perspectives vaccinales. [En ligne].
https://www.inserm.fr/actualite/covid-19-mieux-decrire-proteine-spike-pour-
ameliorer-diagnostic-et-perspectives-vaccinales/#:~:text=La%20prot
%C3%A9ine%20Spike%20est%20la,caract%C3%A9riser%20aussi
%20finement%20que%20possible. [Page consultée le 18/02/2023].

(2) Zhu C, He G, Yin Q, Zeng L, Ye X, Shi Y, Xu W. Molecular biology of the SARs-

CoV-2 spike protein: A review of current knowledge. J Med Virol. 2021
Oct;93(10):5729-5741.

(3) Lan J, et coll. Structure of the SARS-CoV-2 spike receptor-binding

domain bound to the ACE2 receptor. Nature. 2020; 581:215-220. doi :
10.1038/s41586-020-2180-5

(4) Palur V RaghuvamsiNikhil K TulsianFirdaus SamsudinXinlei QianKiren

PurushotormanGu YueMary M KozmaWong Y HwaJulien LescarPeter J
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BondPaul A MacAryGanesh S Anand (2021) SARS-CoV-2 S protein:ACE2

interaction révèle de nouvelles cibles allostériques eLife 10:e63646.
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