République Algérienne Démocratique et Populaire

Université de Echahid Hamma Lakhdar El-Oued

Faculté des sciences de la nature et la vie
Département de Biologie cellulaire et moléculaire

Niveau : 3eme Licence Modèle: Infectiologie

Spécialité : Toxicologie Groupe : 02

Exposé sur

SARS COV-2 Covid-19

Réalisé par : Dirigé par:

BEN BORDI Manar Ghania
BEY Isra

Année universitaire :2023/2024

Sommaire

Liste de Figure .......................................................................................................................... 2

Introduction ............................................................................................................................................. 3

1-Définition du Covid-19 ...................................................................................................................... 5

2-Structure du virus et organisation génétique ............................................................................. 5

3-Comment le COVID-19 se propage-t-il ........................................................................................ 8

4-Symptômes Covid-19 ......................................................................................................................... 8

5-Prévention............................................................................................................................................. 9

6-Traitement ............................................................................................................................................ 9

7-Affection post-COVID-19 (COVID-19 longue) .......................................................................... 9

8-Immunité et réinfection .................................................................................................................. 10

Conclusion .............................................................................................................................................. 11

Référence ................................................................................................................................................ 12
Liste de Figure
Figure 1: Aspect des particules Infectieuses de coronavirus (CoV) .......................................... 5
Figure 2: Représentation schématique d'un génome de Betacoronavirus de clade A (HCOV-
OC43) Le génome du HCOV-OC43 comporte 31 728 nucleotides (nt). Les extrémités 5
(L= séquence leader rectangle rouge) et 3 (queue polyA, cercle rouge) sont non codantes
Les 2 premiers tiers du génome sont constitués de 2 ORF chevauchantes, ORF 1a et
OFR1b, codant le complexe de réplication/transcription. Les gènes codant les protéines
de structure sont toujours dans le même ordre HE/S/E/M/N. Les ORF codant les
protéines non structurales (en marron clair sur le schéma) sont en nombre et en position
variables selon les espèces de coronavirus. ........................................................................ 7

2
Introduction
Le monde est toujours aux prises avec une pandémie dont l’ampleur et la vitesse de
propagation sont sans précédent dans l’histoire de l’humanité. La crise sociale et économique
précipitée par la COVID-19 a des répercussions sur les familles, les communautés et les pays
du monde entier. Consciente de la gravité de la crise, l’Assemblée mondiale de la Santé a, en
mai 2020, chargé le Directeur général de l’OMS de lancer un examen impartial, indépendant
et complet de la riposte sanitaire internationale face à la COVID-19, ainsi que de l’expérience
acquise et des leçons tirées de cette riposte, et de formuler des recommandations pour
améliorer les capacités en vue des crises futures. Le Directeur général a demandé à M Ellen
Johnson Sirleaf et à M me me Helen Clark d’établir un groupe indépendant à cette fin et de
faire rapport à l’Assemblée mondiale de la Santé en mai 2021. Le Groupe indépendant a
adopté, pour ses travaux, une approche systématique, rigoureuse et exhaustive. Ses membres
avaient pour objectif de consulter un large éventail d’interlocuteurs et de tirer les
enseignements de leur expérience. Depuis la mi-septembre 2020, le Groupe indépendant a
examiné un grand nombre de documents, mené de nouveaux travaux de recherche, consulté
des experts dans le cadre de quinze tables rondes et d’entrevues, recueilli, lors de rencontres-
débats, le témoignage de personnes qui travaillent en première ligne dans le cadre de la
riposte à la pandémie et reçu de nombreuses réponses à l’appel ouvert à contribution qu’il
avait lancé. Le Groupe indépendant a examiné le degré de préparation avant la pandémie de
COVID-19, les circonstances dans lesquelles le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu
sévère (SARS-CoV-2) et la maladie qu’il provoque (maladie à coronavirus 2019 (COVID-
19)) ont été identifiés, ainsi que les ripostes mises en œuvre à l’échelle mondiale, régionale et
nationale, en particulier au cours des premiers mois de la pandémie. Il a également analysé les
effets de natures très diverses de la pandémie et la crise sociale et économique en cours dont
elle a précipité l’apparition.
Les conclusions du Groupe indépendant sur ce qui s’est passé sont exposées dans le
présent rapport, ainsi que les enseignements à en tirer et les recommandations du Groupe
concernant les mesures stratégiques à prendre sans plus tarder pour mettre fin à cette
Pandémie et faire en sorte qu’à l’avenir, aucune flambée de maladie infectieuse ne se
transforme en pandémie catastrophique. Pour compléter ce document, le Groupe indépendant
présente un rapport complémentaire dans lequel sont décrites treize étapes déterminantes qui
ont joué un rôle décisif dans l’évolution de la pandémie. En outre, le Groupe indépendant
publie actuellement une série de documents de base portant sur des travaux de recherche
approfondis, parmi lesquels figure une chronologie des premières phases de la riposte.

3
 Les recommandations sont ambitieuses et cruciales. Le Groupe indépendant estime que
le système international doit faire l’objet d’une mutation profonde afin de prévenir de futures
pandémies. Il appelle les décideurs politiques, à tous les niveaux, à promouvoir des
changements de grande ampleur et à mettre à disposition les ressources nécessaires pour les
réaliser. Ce qui est demandé est considérable et pose de multiples problèmes, mais les
bénéfices qui en découleront n’en seront que plus importants et plus utiles. Compte tenu du
nombre de vies en jeu, le moment est venu de faire preuve de détermination.

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1-Définition du Covid-19
La maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) est la
maladie causée par le coronavirus 2 du syndrome
respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2), un coronavirus
récemment découvert. Les coronavirus sont
génétiquement différents des virus responsables de la
grippe : ce sont des virus à ARN simple brin entourés de
spicules qui forment une couronne, d’où le nom « corona ». D’autres virus de cette famille qui
ont été associés à des épidémies mortelles au cours des 20 dernières années sont le SARS-
CoV-1 et le MERS-CoV, respectivement responsables du SRAS et du syndrome respiratoire
du Moyen-Orient.
(Srmo). Comme pour le SRAS-CoV-2, on pense que l’hôte principal de ces virus est la
chauve-souris, mais ils pourraient avoir migré vers les mammifères avant d’infecter les
humains.
2-Structure du virus et organisation génétique
Les CoV sont des virus enveloppés grossièrement sphériques, avec un diamètre allant
de 80 à 200 nm. Leur enveloppe porte à sa surface de hautes projections formées de la
protéine de surface S (spike) et disposées en couronne, d'où le préfixe << corona >>>

Figure 1: Aspect des particules Infectieuses de coronavirus (CoV)

A Représentation schématique d'un Betacoronavirus de clade A Les protéines 5 forment une

large couronne à la surface du virus. Les protéine HE, exclusive des Betacoronavirus de clade
A, forment une 2 couronne plus petite Les protéines Met E constituent la matrice et
5
 l'enveloppe. Les protéines N constituent la nucléocapside et sont étroitement liées à l'ARN
génomique (Nathalie Kin) B. Micrographies de particules virales de MERS COV en
microscopie électronique à transmission (Meriadeg Ar Gouilh).

La protéine S est une protéine de fusion de type I organisée en trimères. La partie

globulaire, ou 51, permet la flatson du virus à son récepteur cellulaire, porte les épitopes
neutralisants et présente une grande diversité génétique, la partle « tige », ou 52, assure la
fusion des membranes virales et cellulaires lors de l'entrée du virus dans la cellule. Dans le
modèle classique, la nucléocapside (protéine N) a une structure tubulaire à symétrie
hélicoidale, fait exceptionnel chez les virus à ARN de polarité positive. Un 2 modèle est
proposé, comportant une capside Interne tubulaire à symétrie hélicoidale et une capside
externe Icosaedrique à symétrie cubique constituée essentiellement de la protéine M de
matrice (ou de membrane). Parmi les protéines structurales, la protéine E (anciennement
appelée protéine SM pour small membrane) a été découverte plus tardivement, elle joue un
rôle Important dans la phase d'assemblage de la particule virale et porterait des facteurs de
virulence. Ainsi, il a été montré que l'Infection expérimentale de la souris par des SARS-CoV
délétés du gène codant la protéine E est atténuée. Enfin, les Betacoronavirus de clade A (dont
HCOV-OC43 et HCOV-HKU1) portent une 2 protéine de surface qui est une hémagglutinine-
estérase (HE). Cette protéine présente une homologie de 30% avec la protéine HEF
(hemagglutinin-esterase fusion) du virus Influenza C Elle aurait été acquise par l'ancêtre
commun des Coronavirinae et des Torovirinae Elle n'est pas nécessaire à l'entrée du virus
dans la cellule, et sa persistance chez les Betacoronavirus de clade A serait llée à un avantage
sélectif de l'infection in vivo par ces virus qui utilisent des acides sialiques modifiés comme
récepteurs Ainsi, son activité acétylestérase améliore le relargage des particules virales à
partir des cellules Infectées, favorisant ainsi la diffusion de l'infection.
Le génome des CoV est une molécule d'ARN monocaténalre linéaire non segmentée de
polarité positive Sa taille d'environ 30 kb en fait le plus grand des génomes des virus à ARN
infectant l'humain. Si le nombre de séquences partielles et/ou complètes des HCOV a
augmenté de façon drastique depuis la pandémie de SARS-CoV en 2003, la très grande
majorité de la diversité des séquences disponibles dans les banques de données Internationales
concernent les Cov animaux, notamment les CoV Infectant les olseaux, les mammifères
d'élevage et de compagnie et les chiroptères L'organisation générale du génome comprend 2
réglons non codantes en 5' (séquence leader) et en 3' (queue polyA) et une partie codante
divisée en 6 à 7 ORF selon les espèces. Les 1 ORF, ORF1a et OFR1b, sont chevauchantes et
correspondent aux 2/3 du génome, solt environ 20 kb. Elles codent 2 polyprotéines appelées
ppia et pplab qui sont rapidement clivées en 16 protéines non structurales (nsp1 à nsp16, nsp

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pour non structural protein) entrant dans le complexe de réplication/transcription. Dans ce
complexe, nsp12 correspond à l'ARN polymerase ARN- dépendante chargée de la réplication
du génome. Elle est étroitement liée à nsp7 et à nsp8. La très grande taille du génome et son
maintien dans la nature sont rendus possibles notamment par la protéine nsp14 qui a une
activité 3' et 5' exonucléase (ExoN) et qui permet de réduire le nombre d'erreurs introduites à
chaque copie du génome, évitant ainsi l'accumulation de mutations délétères (notion de <<
seuil catastrophe ») Les Cov sont les seuls virus à ARN pour lesquels ce système de
correction des erreurs (proofreading) a été décrit. Ainsi, le taux de mutations introduites lors
de la réplication du génome des CoV est estimé à 10-10 substitution/base/cycle contre 10' 10'
pour les virus à génome ARN de plus petite taille Le tiers restant du génome, situé en 3
comporte les gènes codant les protéines de structure HE/S/E/M/N dans un ordre constant, et
des ORF putatives codant des protéines non structurales en nombre et en position variables
selon les espèces de CoV. Ces ORF sont localisées le plus souvent dans les régions situées
entre les gènes S et E d'une part, et entre les gènes M et N d'autre part; certaines chevauchent
les gènes codant les protéines de structure. La fonction d'un grand nombre de protéines non
structurales est encore mal connue. Les différents gènes du génome des CoV sont précédés
d'une séquence Intergénique appelée TRS (trancription regulatory sequence) homologue d'une
partie de la séquence leader située en 5'. Ces TRS Jouent un rôle central dans la transcription.

Figure 2: Représentation schématique d'un génome de Betacoronavirus de clade A (HCOV-

OC43) Le génome du HCOV-OC43 comporte 31 728 nucleotides (nt). Les extrémités 5 (L=
séquence leader rectangle rouge) et 3 (queue polyA, cercle rouge) sont non codantes Les 2
premiers tiers du génome sont constitués de 2 ORF chevauchantes, ORF 1a et OFR1b, codant
le complexe de réplication/transcription. Les gènes codant les protéines de structure sont
toujours dans le même ordre HE/S/E/M/N. Les ORF codant les protéines non structurales (en
marron clair sur le schéma) sont en nombre et en position variables selon les espèces de
coronavirus.

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3-Comment le COVID-19 se propage-t-il
Le COVID-19 est transmis par des gouttelettes respiratoires qui passent d'une personne
malade à une autre en :
✓ Éternuements et toux
✓ Toucher physique tel que des salutations comme se serrer la main
✓ Toucher des surfaces / objets contaminés par les germes puis toucher vos yeux, votre nez
ou votre bouche avant de vous laver les mains.
• Les mains touchent de nombreuses surfaces et peuvent rentrer en contact avec le virus.
Une fois contaminée, les mains peuvent transmettre le virus aux yeux, au nez ou à la
bouche. De là, le virus peut pénétrer dans le corps et vous rendre malade. Il est préférable
d'éviter tout contact physique avec des personnes ou des surfaces susceptibles d'avoir le
virus.
• Le Covid-19 peut se propager dans n'importe quelle région, quelle que soit la météo.
4-Symptômes Covid-19
✓ Le COVID-19 peut provoquer de la toux, de la fièvre, des difficultés respiratoires, de la
fatigue, des maux de gorge, des douleurs musculaires, des frissons et des maux de tête, et
cela peut survenir chez certaines personnes.
✓ Les cas évoluent vers une pneumonie mortelle.
✓ Certaines personnes souffrent également d’une perte de l’odorat ou du goût, de nausées,
de vomissements ou de diarrhée.
✓ Symptômes abdominaux et Des changements cutanés ou des éruptions cutanées sont
signalés plus souvent chez les enfants.
✓ La gravité de la maladie varie d'une personne à l'autre.
✓ Certaines personnes atteintes de la COVID-19 ne présentent aucun symptôme et, dans de
nombreux autres cas, les symptômes sont légers.
✓ Environ 15 % des cas symptomatiques nécessitent une hospitalisation, et environ un tiers
d’entre eux sont en soins intensifs.
✓ Les personnes âgées, les personnes obèses, les fumeurs, les personnes dont le système
immunitaire est affaibli et les personnes ayant des problèmes de santé tels que le diabète,
les maladies cardiaques ou le cancer.
✓ Ils sont plus susceptibles d’être hospitalisés ou de mourir du COVID-19.
✓ Le taux de mortalité des cas de COVID-19 varie à l’échelle mondiale et nationale ; Cela
est dû en partie à la détection des cas et à l’épidémiologie locale.
✓ Au 12 juillet 2020, le taux de mortalité au Canada était de 8,2 %, les taux les plus élevés
étant enregistrés au Québec (10 %), en Ontario (7,5 %), en Colombie-Britannique (6,2 %)
8
 et en Nouvelle-Écosse (5,9 %). Aucun décès n'a été signalé à l'Île-du-Prince-Édouard ou
dans les territoires.
✓ Le coronavirus (COVID-19) est moins fréquent chez les enfants, qui...
✓ Dans environ 1 à 10 % des cas, leurs symptômes sont moins sévères que chez l’adulte.
✓ Les enfants de moins d’un an ou ceux souffrant de problèmes de santé sous-jacents
peuvent être plus malades que les autres, mais le taux de mortalité est beaucoup plus élevé
chez les enfants.
✓ Les adultes Certains enfants suspectés ou confirmés de COVID-19 présenteraient des
symptômes similaires à ceux de la maladie de Kawasaki, mais ces symptômes sont rares et
généralement non mortels.
5-Prévention
• Protégez-vous et protégez les autres en étant informé des éléments essentiels et en prenant
les précautions adaptées.
• Se laver souvent les mains. Utiliser du savon et de l’eau, ou une solution hydroalcoolique.
• Rester à distance de toute personne qui tousse ou éternue.
• Ne pas toucher ses yeux, son nez ou sa bouche.
• En cas de toux ou d’éternuement, couvrez-vous la bouche et le nez avec le pli du coude ou
avec un mouchoir.
• Restez chez vous si vous ne vous sentez pas bien.
• Consultez un médecin si vous avez de la fièvre, que vous toussez et que vous avez des
difficultés à respirer
6-Traitement
À ce jour, il n’existe pas de vaccins ou de médicaments spécifiques à la COVID-19.
Des traitements comme le traitement à base de Chloroquine font l’objet d’études et
seront testés dans le cadre d’essais cliniques.
7-Affection post-COVID-19 (COVID-19 longue)
L’Institut national d'excellence en santé et services sociaux (INESSS) définit les
affections post-COVID-19 (COVID-19 longue) par la présence de signes et symptômes qui
persistent plus de quatre semaines suivant l’infection initiale, mais qui ne peuvent être
expliqués par une autre condition et qui étaient absents avant l’infection (96). Ces signes et
symptômes peuvent être présents pendant la phase aiguë de la maladie ou apparaître après une
phase de rémission. Ils peuvent également se manifester chez des personnes dont l’infection
initiale était asymptomatique. Selon les études répertoriées par l’INESSS, les affections post-
COVID-19 seraient rapportées chez 13 à 41 % des personnes non hospitalisées et chez 25 à
89 % des celles présentant une forme plus sévère (hospitalisées ou admises aux soins
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intensifs). Il n’y a pas actuellement de critères diagnostiques ni de traitements reconnus. Des
études se poursuivent pour mieux définir la fréquence des symptômes persistants, leur nature,
les facteurs de risque associés et d’en comprendre les mécanismes biologiques sous-jacents

8-Immunité et réinfection
Plusieurs organismes de référence en santé publique rapportent que les personnes
infectées par le SRAS-CoV-2 développent une réponse immunitaire humorale et cellulaire
dans les premières semaines suivant l’infection (97–103). La durée et le niveau de protection
conférée par cette immunité restent à préciser et pourraient varier selon certains facteurs, tels
que l’âge et la sévérité des symptômes initiaux. Les données publiées en date de juin 2021
indiquent que la majorité des personnes infectées développe une immunité robuste et
protectrice pour au moins six à huit mois après l’infection (100–102,104). La protection
contre la réinfection serait de l’ordre de 80 à 90 % jusqu’à sept mois (98). Des études récentes
ont montré la persistance des anticorps et de l’immunité cellulaire jusqu’à 12 mois après
l’infection (105,106).
En mai 2021, l’OMS considérait que l’infection au SRAS-CoV-2 confère un niveau de
protection contre la forme symptomatique comparable à celui obtenu par la vaccination (104).
Les connaissances actuelles permettent d’affirmer que des réinfections sont possibles
(98,107,108), mais demeurent rares (57,108). Depuis le mois d’août 2020, des cas de
réinfection confirmés par analyse phylogénétique ont été documentés (98,107–109). L’OMS
et les CDC considèrent qu’il est possible d’observer des réinfections dès 45 jours suite à une
guérison et proposent d’investiguer ces cas en présence de symptômes compatibles avec la
COVID-19 (98,99). Une réinfection reste néanmoins peu probable à l’intérieur d’un délai de
trois mois, mais peut toutefois survenir (109,110).
En date du 1er juin 2021, selon le Groupe des sciences émergentes de l’ASPC, il n’y
avait pas de preuves que le taux de réinfection pour le variant Alpha ait changé
comparativement à la souche initiale et aucune donnée n’était disponible pour le variant Bêta,
alors que deux études suggéraient la présence d’un nombre non négligeable de cas de
réinfection attribués au variant Gamma (111). Au Royaume-Uni, une étude de cohorte
prospective menée sur plusieurs mois a mis en évidence une légère hausse du taux de
réinfection alors que circulait majoritairement le variant Delta

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Conclusion
La mort et l'infection de nombreux médecins par le virus Corona ont créé de l'anxiété et
de la peur parmi la population. Les médecins sont notre première ligne de défense et ils
constituent notre système de santé sûr sur lequel nous comptons pour faire face à la maladie.
Les médecins sont restés éveillés toute la nuit et ont passé De longues journées dans une
grande anxiété, peur et terreur face au Corona, et ils ont fait tout ce qui était en leur pouvoir
pour y parvenir : ils s'efforcent de réduire les cas, d'empêcher la propagation de la maladie et
de la limiter autant que possible. Nous devons apprécier les efforts de ces cadres et nous tenir
fermement à leurs côtés pour faire face au virus à travers notre engagement à respecter les
instructions émises par le ministère de la Santé, et effectuer immédiatement une quarantaine à
domicile lorsque nous ressentons des symptômes de la maladie, et informer le autorités
compétentes si vous soupçonnez que l'un d'eux est porteur du virus et est en contact avec
d'autres, car notre imprudence et notre manquement à le faire peuvent conduire à... Notre
respect des consignes a conduit à l'effondrement de notre système de santé et de notre
première ligne de défense. Les médecins sont notre soutien dans la lutte contre la maladie,
alors gardons-la à l'écart d'eux par notre engagement.

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Référence
1. WHO coronavirus (COVID-19) dashboard. Dans : Organisation mondiale de la Santé [site
Web]. Genève : Organisation mondiale de la Santé ; 2021 (https://covid19.who.int/,
consulté le 29 avril 2021).
2. Amnesty International. COVID-19. Au moins 17 000 morts parmi les professionnelles de
santé. Dans : Amnesty International [site Web]. London: Amnesty International ;
2021(https://www.amnesty.org/fr/latest/news/2021/03/covid19-health-worker-death-
toll-rises-to-at-least-17000as-organizations-call-for-rapid-vaccine-rollout/,consulté le 26
avril 2021).
3. Gopinath G. Une ascension longue, inégale et incertaine. Dans : IMFblog [blog].
Washington (DC) : Fonds monétaire international ; 2020
(Https://www.imf.org/fr/News/Articles/2020/10/13/blog-a-long-uneven-and-uncertain-
ascent, consulté le 29 avril 2021).

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