UNIVERSITE MARIEN NGOUABI

Faculté des Sciences et Techniques

Département de Master

Parcours SME

Semestre 1

Année académique 2019 – 2020

Projet de Recherche

STRUCTURE CRISTALLINE DU CORONAVIRUS

(COVID – 19)

Présenté par

Christ Bojardel MALONGA

Année académique 2019 – 2020

 1. Résumé sur la protéine du coronavirus
a. Historique
Les coronavirus (du latin corona et virus, littéralement « virus à couronne »), ou CoV, sont
des virus à ARN monocaténaire de sens positif (groupe IV de la classification Baltimore)
correspondant à la sous-famille Orthocoronavirinae de la taxonomie de l'ICTV1.
Ce sont des virus enveloppés, constitués d'une enveloppe virale entourant une
nucléocapside à symétrie hélicoïdale. La taille du génome de ces virus varie d'environ 26 à
32 kilo bases, valeurs parmi les plus élevées des virus à ARN.
Selon les espèces, ils infectent naturellement les mammifères ou les oiseaux.
Le terme coronavirus provient de l'apparence des virions au microscope électronique,
caractérisée par une frange de grandes protubérances entourant l'enveloppe avec
l'apparence d'une couronne, par analogie avec la couronne solaire. Tous ces virus ont en
commun des protéines désignées par une lettre indiquant leur localisation : S
(protubérances), E (enveloppe), M (membrane) et N (nucléocapside). Certains d'entre eux,
notamment ceux du sous-groupe A du genre Betacoronavirus, ont une protéine HE
(hémagglutinine estérase (en)) caractéristique. Le coronavirus du SRAS présente en outre
sur la protéine S un site de liaison spécifique à l'enzyme de conversion de l'angiotensine 2 2
qui lui sert de point d'entrée dans la cellule hôte

b. Structure de la protéine du Covid -19

Une équipe de chercheurs a pu modéliser en 3D la protéine du nouveau coronavirus grâce à

une technique d'imagerie très sophistiquée. Cette protéine est un élément clé pour préparer le
système immunitaire à empêcher l'infection par le virus.

Alors que le nombre de personnes infectées par Covid-19 semblent se stabiliser autour de 75
000 personnes, ce 20 février 2020, des laboratoires du monde entier s’activent et collaborent
dans le but de développer un vaccin et a minima des antiviraux. Une coopération entre les
biologistes de l’université du Texas et des Instituts américains de la santé a donné lieu à une
avancée prometteuse en la matière. Ils ont publié leur piste ce 19 février 2020 dans Science.

L’Organisation mondiale de la santé (OMS) a récemment déclaré qu’elle projette un délai de 18

mois avant de trouver un vaccin. Le laboratoire français Pasteur, quant à lui, estime qu’il faudrait
20 mois avant d’en établir un. Ces chiffres restent ambitieux. Historiquement, un vaccin prend
des années pour être développé — celui contre le Sars n’a été disponible que bien après le pic
de l’épidémie. Ce délai provient des étapes sine qua non de ce processus, dont voici la version
courte :

 Il faut d’abord être sûr de comprendre toutes les caractéristiques du virus. Pour ce faire,
la souche doit être cultivée en laboratoires sur des cellules, mais aussi in vivo, donc sur
des animaux.
 Le vaccin doit ensuite être élaboré sur cette base. Ses premières versions ne peuvent
évidemment pas être inoculées tout de suite à des humains. Il faut s’assurer que la
substance va cibler les bonnes parties du corps, sans effet secondaire.
 Une fois que l’on est à peu près sûr de cela, on passe au stade des tests précliniques
sur des animaux.

2
  Si ces expériences sont concluantes, l’étape des tests cliniques sur des humains peut
commencer. Mais il n’y a toujours pas, à ce stade, de vaccin réellement reconnu comme
officiellement utilisable.
 À partir du moment où les tests cliniques fonctionnent parfaitement, le vaccin est
considéré comme efficace mais il devra passer dans la machine administrative afin d’être
approuvé par les autorités de régulation.

Carte 3D de la protéine du nouveau coronavirus, à l’échelle atomique (il s’agit donc de sa

structure moléculaire). // Source : Jason McLellan/Univ. of Texas at Austin

Dans le contexte de l’épidémie de la maladie Covid-19, les laboratoires de recherche font tout
pour accélérer le processus. On assiste à un phénomène de partage massif des informations :
chaque avancée est diffusée pour être révisée par les pairs et que les bénéfices accélèrent la
recherche pour tout le monde. C’est pour cela que l’équipe de chercheurs dirigée par le
biochimiste Jason McLellan a dernièrement partagé auprès de nombreux collègues la carte 3D
d’une partie de la structure moléculaire du nouveau coronavirus.

Il faut mettre en relation la protéine avec les bons anticorps

Cette étude se concentre plus spécifiquement sur la protéine en forme de « flèche » de SARS-
CoV-2 (le nouveau nom du coronavirus lui-même, Covid-19 est le nouveau nom de la maladie).
La protéine d’un virus est ce qui lui permet de pénétrer dans les cellules vivantes afin de s’y
répliquer. C’est, en quelques sortes, son arme d’infection. Le rôle d’un vaccin est justement
d’alerter et de préparer le système immunitaire à un agent pathogène, afin que le corps puisse
réagir à temps en contrant l’infection. Mieux on connaît l’arme du coronavirus, mieux on sait
préparer le bouclier nécessaire dont a besoin le système immunitaire en faisant appel aux
anticorps pertinents. L’idée est tout simplement d’empêcher la protéine de se lier aux cellules
humaines pour que l’infection ne puisse pas avoir lieu.

3
À partir du séquençage du génome du coronavirus, disponible depuis janvier, les chercheurs de
l’équipe de Jason McLellan ont identifié les gènes qui codent la protéine de SARS-CoV-2. Ils se
sont ensuite appuyés sur un autre laboratoire pour générer ces gènes, puis ils les ont insérés
dans des cellules de mammifères. À partir de cette reproduction de la protéine, les chercheurs
ont utilisé une technique de très haute technologie (et très chère), appelée cryo-microscopie
électronique, pour en produire une carte 3D à l’échelle de sa structure atomique, c’est-à-dire sa
structure moléculaire [voir l’image plus haut].

2. Donnons le nombre et type de structure de protéine

a. Nombre de protéine

Il y a 7 structure de protéine.
b. Type de structure de protéine
 Alpha helix,
 heli 3_10,
 helix,
 coil,
 bridge beta,
 beta sheet et
 turn.
c. Nombre d’acides aminés
Il y a 309 acides aminés dans cette protéine.
d. Image