UNIVERSITE CADI AYYAD, FACULTE DES SCIENCES SEMLALIA

DEPARTEMENT DE BIOLOGIE

BIOLOGIE MOLECULAIRE
COURS S4 (DEUXIEME PARTIE)

CONSTANCE ET VARIATION DU DNA

[ MUTATION, RECOMBINAISON ET MOBILITE ]

PROFESSEUR A. A. BENSLIMANE
2006

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 CONSTANCE ET VARIATION DU DNA
[ MUTATION, RECOMBINAISON ET MOBILITE ]

SOMMAIRE

B. VARIATION DU DNA 2
I. LES MUTATIONS PONCTUELLES 2
(revoir cours de génétique SV3)
II. LA RECOMBINAISON 3
1. CHEZ LES PROCARYOTES (E. coli) 3
α- RECOMBINAISON HOMOLOGUE 3
β- RECOMBINAISON SPECIFIQUE DU SITE 6
2. CHEZ LES EUCARYOTES 7
α- RECOMBINAISON HOMOLOGUE 7
β- RECOMBINAISON SPECIFIQUE DU SITE 8
III. ELEMENTS MOBILES : (‘Recombinaison illégitime’) 12
1. TRANSPOSITION 12
2. RETROPOSITION 15

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 CONSTANCE ET VARIATION DU DNA

A.VARIATION DU DNA
Une série de phénomènes (qui ont pour nom : mutation, délétion, insertion, recombinaison,
conversion génique, transposition) font que le contenu en information des cellules est loin
d’être constant. Ces variations peuvent survenir aussi bien dans les cellules somatiques que
dans les cellules germinales. Dans ce dernier cas, les modifications informationnelles seront
héréditairement transmises.

I. LES MUTATIONS PONCTUELLES (revoir cours de génétique SV3)

Si les systèmes de sauvegarde du contenu informatif sont d’une étonnante efficacité, il leur
arrive quand même de faillir ou d’être impuissants comme dans le cas des ‘5-méthyl
cytosines’ désaminées.
Les mutations sont des altérations permanentes et héréditaires touchant la séquence de base
du DNA. Elles résultent soit des erreurs spontanées dans la réplication du DNA ou de la
recombinaison méiotique ou comme conséquence des effets d’altérations des agents
physiques et chimiques sur le DNA.
La plus simple des mutations est la mutation ponctuelle : changement d’une seule base. Ce
phénomène peut être :
- une transition : (purine → purine ou pyrimidine → pyrimidine)
ou
- une transversion : (purine → pyrimidine ou pyrimidine → purine)

Les effets phénotypiques d’une telle mutation peuvent être variés :

mutation silencieuse : si elle a lieu au niveau du DNA non codant, du DNA non
régulateur ou à la troisième position d’un codon qui ne produit souvent aucun effet
sur la nature de l’acide aminé incorporé dans une protéine.

mutation faux-sens : si elle donne naissance à un acide aminé altéré dans le produit
génique. Selon l’acide aminé affecté, la mutation peut produirez des effets variés allant
jusqu’à la létalité.

mutation non-sens : si elle crée de nouveaux codons d’arrêt donnant naissance à des
produits protéiques tronqués.

Les insertions ou les suppressions impliquent l’addition ou la perte d’une ou de plusieurs

nucléotides donnant naissance à des mutations à trame décalée (‘frame-shift’) ou la
séquence d’une protéine traduite est complètement changée du côté C-terminal de la mutation.

Lorsqu’elles n’engendrent pas de pathologie, l’intérêt de ces mutations réside dans le fait
qu’elles créent des polymorphismes génomiques qui sont à la base des diagnostics et des
tests DNA.

Les méthodes modernes de génie génétique permettent de créer des mutations spécifiques sur
des segments de DNA in vitro puis de réintroduire ces molécules dans le génome d’une
cellule appropriée afin d’en étudier les conséquences. C’est ce qui s’appelle : « la
mutagénèse dirigée ».

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 II. LA RECOMBINAISON

1. CHEZ LES PROCARYOTES (E. coli)

α- RECOMBINAISON HOMOLOGUE
Egalement appelée « recombinaison générale », ce processus implique l’échange de régions
homologues entre deux molécules de DNA.

Deux DNA bicaténaires Deux DNA recombinés

homologues Par enjambement

Bien que ne possédant qu’un seul chromosome et donc peu prédisposée à offrir les
homologies de séquences nécessaires, la bactérie possède un système de recombinaison très
efficace dont le modèle est vraisemblablement proche de celui de l’homme.

Les deux DNA bicaténaires homologues s’alignent l’un à côté de l’autre. Les protéines RecB
et RecC (gènes recB et recC du système SOS) forment un complexe. Ce complexe se fixe sur
le DNA (1). Il se déplace sur la double hélice en la déroulant, puis avec un certain retard en
l’enroulant de nouveau. Comme le débobinage est plus rapide que le rembobinage, une large
portion de DNA se trouve constamment sous forme simple brin (2).

Le complexe se déplace ainsi sur le DNA jusqu’à ce qu’il reconnaisse la « séquence chi »
(5’GCTGGTGG3’), une séquence presque symétrique, très fréquente chez E. coli (chaque 4
Kb environ). La reconnaissance de cette séquence (3) induit l’activité endonucléasique du
complexe RecBC, la coupure s’effectuant sur le brin possédant la séquence chi quelques bases
plus loin du côté 3’ (4).

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L’extrémité 3’ du DNA coupé est passée sous forme simple brin. Celui-ci s’associe à des
molécules de protéine RecA à raison d’une molécule de RecA par 5 bases (4). La
recombinaison est alors amorcée (5+6).

La formation du complexe « RecA-DNA simple brin » favorise la reconnaissance de la

séquence homologue (5) ainsi que sa déstabilisation : « invasion » (6). Ceci permet la
formation d’une structure combinée entre les deux séquences homologues. La protéine RecA
est libérée.

RecA chez E. coli

Rad51p chez S. cerivisiae
Rad51 chez H. sapiens

Une nouvelle coupure et deux soudures aboutissent à la formation d’une structure croisée
entre un brin de chaque DNA (7). Le croisement se déplace en créant derrière lui deux
segments hétéroduplex (8).

6 7 8

10 9

11 12

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Une première rotation de 180° produit une structure appelée « jonction de Holliday » (9).
Après une nouvelle rotation de 90° (10), les brins se désenlacent par coupure-ligation
(11+12). Suivant les brins où s’effectuent les coupures-ligations, deux résultats seront
possibles :

pas de recombinaison mais une structure de type hétéroduplex sur toute la zone
de migration (11). [probabilité p = 0,5].

Une recombinaison entre les deux séquences homologues (12). [p = 0,5].

Hétéroduplexe de jonction

La recombinaison est un processus qui peut avoir lieu soit entre deux molécules différentes de
DNA (recombinaison intermoléculaire) soit entre deux régions d’une même molécule de
DNA (recombinaison intramoléculaire). Les produit recombinés obtenus dépendront du
nombre d’enjambement et de l’orientation des séquences homologues.

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β- RECOMBINAISON SPECIFIQUE DU SITE
Ce type de recombinaison requiert l’échange spécifique de segments non homologues de
DNA. Elle a lieu par l’intermédiaire de protéines qui reconnaissent les séquences de DNA
spécifiques. Elle ne nécessite pas de produits Rec ou de DNA simple brin.

Par exemple, l’insertion d’un génome phagique dans un chromosome bactérien peut se faire
par crossing-over (enjambement). C’est le cas du couple (phage λ – E.coli) dans le cas d’un
cycle lysogénique.

CYCLE LYSOGENIQUE CYCLE LYTIQUE

Le DNA du bactériophage λ, après circularisation, est capable de s’insérer dans un site

spécifique sur le chromosome d’E.coli. Le site d’attachement sur le DNA du phage partage la
même séquence (15 pb) du site d’attachement sur le DNA bactérien.

L’ « intégrase » encodée par le phage produit des coupures au niveau de ces séquences avec
des surplombs de 7 nucléotides. En combinaison avec un facteur d’intégration bactérien
favorise la recombinaison entre ces sites et par conséquent l’insertion du DNA phagique.
Cette forme intégrée est appelée : « prophage » lequel est hérité de façon stable à chaque

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division cellulaire jusqu’à l’activation de « l’excisionase » et induction du cycle lytique. En
fait, le DNA phagique n’est que rarement intégré.

2. CHEZ LES EUCARYOTES

α- RECOMBINAISON HOMOLOGUE
Chez les eucaryotes, ce phénomène a lieu fréquemment durant la méiose où les chromosomes
homologues dupliqués s’alignent en parallèle à la « métaphase I » en formant des
« synapses ». Il est vraisemblable que les échanges entre séquences homologues qui
s’effectuent au niveau du « complexe synaptonémal » utilisent un mécanisme proche de
celui décrit chez E. coli.
Avant recombinaison Après recombinaison
Les recombinaisons sont
indispensables au bon déroulement
de la méiose. Il s’en produit une
soixantaine par méiose chez
l’homme. Il en résulte un large
brassage de l’information
génétique, puisque des portions de
plusieurs millions de paires de
bases sont échangées entre les
chromosomes homologues.
Le point de départ de la recombinaison est l’appariement de deux séquences homologues. Or,
le génome des eucaryotes est constellé de séquences répétitives donc homologues. Deux
copies en de ces séquences en deux points différents du génome peuvent donc s’associer et

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initier une recombinaison. Suivant les points de recombinaison choisis, il peut en résulter des
délétions, des insertions, des conversions géniques ou des remaniements
chromosomiques. De telles modifications peuvent, très souvent, se traduire par des
pathologies

Mécanisme de la conversion génique

par correction d’hétéroduplex

Des recombinaisons inégales au sein des séquences

homologues répétées en tandem entraînent l’expansion ou
la contraction du nombre de leurs copies

β- RECOMBINAISON SPECIFIQUE DU SITE

Chez l’homme et l’ensemble des vertébrés, La recombinaison spécifique du site est
responsable de la très grande diversité des anticorps du système immunitaire.

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Les « immunoglobulines » sont constituées de deux chaînes lourdes glycosylées identiques
(chaînes H) et de deux chaînes légères identiques (chaînes L) reliées par des ponts disulfures
et liaisons hydrogènes.

Les deux types de chaînes contiennent une partie constante (C) et une partie variable (V).

Les régions variables de ces régions sont codées par trois gènes

En fait, les gènes codant pour les protéines du système immunitaire appartiennent tous à une
même famille de gènes : « la superfamille des gènes de l’immunité ». Tous les gènes
dérivent d’un même motif ancestral dupliqué de nombreuses fois.

Le nombre élevé des duplications (quelques centaines) n’explique pas à lui seul l’extrême
diversité des molécules impliquées dans les réactions immunitaires, humorales et cellulaires
(quelques millions).

Pendant longtemps, cette diversité est restée un mystère. La vérité fut entrevue par W. Dryer
et C. Bennet [1965]. Ces derniers ont postulé que le génome possède une série de gènes
codant pour les parties variables et un gène pour chaque partie constante. Indémontrable à
l’époque, cette théorie a été vérifiée dès l’introduction des techniques de la génétique
moléculaire.

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La première preuve de sa validité fut apportée en [1976] par l’équipe de Tonegawa qui a
montré que les séquences de DNA codant pour les parties variables et celles codant pour les
parties constantes étaient plus éloignées les unes des autres dans les « cellules germinales »
que dans les cellules productrices d’anticorps. (En immunologie, ‘cellules geminales’ veut
dire cellules indifférenciées n’exprimant pas les gènes de l’immunité et non pas gamètes).

Le rapprochement entre les séquences en question a lieu nécessairement avant le stade de

production d’anticorps. Le processus fait intervenir respectivement une ou deux
recombinaisons spécifiques du site pour les chaînes variables ou les chaînes lourdes.

En exemple
Maturation du DNA correspondant à une chaîne courte d’un anticorps :

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Malgré la présence du système héptamère-nonamère, la précision de la recombinaison
V-J n’est pas parfaite. L’imprécision porte sur trois bases ce qui permet d’obtenir
jusqu’à 4 chaînes différentes à partir de deux gènes V et J identiques.

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III. ELEMENTS MOBILES : (‘Recombinaison illégitime’)
1. TRANSPOSITION
Les transposons sont des segments de DNA doués de la capacité de se déplacer d’un endroit à
un autre à l’intérieur du génome cellulaire. Les transposons peuvent atteindre toute position
du génome de la cellule. Chez les bactéries, un transposon peut sauter d’un locus
chromosomique à l’autre ; d’un plasmide au chromosome ou vice-versa ; ou d’un plasmide au
chromosome.

En fait, les transposons ont été retrouvés aussi bien chez les bactéries que chez les végétaux
ou les animaux. La première preuve de l’existence de tels DNA errants a été apportée grâce
aux expériences de croisements du Maïs effectués par la généticienne McClintock B [1947].
Des variations de la couleur des grains Maïs ont été détectées et ne pouvaient s’expliquer que
si on supposait la présence d’éléments génétiques mobiles capables d’atteindre d’autres
endroits du génome. (Prix Nobel 1983).

Dans la transposition, tout se passe sans que jamais la séquence à transposer

n’apparaisse sous forme libre et individualisée dans la cellule. Les mécanismes sont
multiples et le résultat final dépend du moyen de transposition qui a été employé. Le
phénomène de transposition reste un événement rare. Certaines transpositions sont stables
alors que d’autres ne le sont pas et disparaissent assez rapidement.

Le transposon possède dans sa structure les gènes codant pour les protéines nécessaires à son
insertion (transposase, résolvase,…). Cependant, dans certains cas, l’insertion nécessitera des
protéines cellulaires. C’est le cas, le plus souvent, quand l’insertion doit être effectuée de
manière régulée en un point précis du génome (voir l’encadré dans le cas du « mating type »
chez la levure : changement du type sexuel)

En plus des gènes codant pour les protéines nécessaires à leur insertion, les séries de
transposon peuvent porter d’autres gènes (gènes conférant la résistance à des antibiotiques par
exemple).

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Le gène dans lequel le transposon est inséré est généralement inactivé ; les gènes entre deux
copies de transposon peuvent être supprimés par recombinaison homologue entre eux ; des
inversions et d’autres réarrangements des séquences de DNA de l’hôte peuvent également se
produire.

Lorsque le DNA cible est coupé, des bouts cohésifs sont crées entre lesquels le transposon est
positionné. Cette première étape est réalisée grâce à l’action de la « transposase ». Il s’offre
alors deux possibilités:

- Transposition non réplicative (ou conservative): le transposon ne subit pas de

réplication avant son déplacement. Il est transféré dans le DNA cible. Le site donneur
en est donc délété.

- Transposition réplicative : le transposon positionné est répliqué. La nouvelle copie

est donnée au DNA cible. L’ancienne restant en place

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De très nombreux transposons sont maintenant connus chez de multiples organismes. Leur
structure et leur mécanisme de fonctionnement sont variés et complexes. Les plus simples
sont les éléments « IS » (séquences d’insertion) d’E. coli dont il peut exister une dizaine par
génome. Le tableau suivant donne quelques autres exemples parmi les transposons les plus
étudiés.

cours

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 2. RETROPOSITION

Certaines séquences de DNA eucaryotes, homme compris, possèdent des caractéristiques

proches de celles des transposons. Ces séquences possèdent aussi des caractéristiques qui les
rapprochent de certains virus : les « rétrovirus ». Ces séquences ont une structure qui permet
de penser qu’elles résultent d’une « rétrotranscription » d’un RNA. Ces données suggèrent
l’existence d’une autre catégorie d’éléments mobiles : les « rétroposons » ou
« rétrotransposons ».

Le mécanisme de transposition de ces éléments suppose que le rétroposon est d’abord

transcrit en un RNA dont la structure est analogue à celle d’un rétrovirus, puis ce RNA est
rétrotranscrit en cDNA par la transcriptase inverse. La copie cDNA s’intègre ensuite dans le
génome comme le ferait un rétrovirus.

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L’analyse de séquence de certains de ces rétroposons montre qu’ils pourraient posséder des
séquences codant pour la transcriptase inverse, indispensable à la rétroposition

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