Revue Bio-Africa - N° 13 - 2014, pp.

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© EDUCI 2014

ETIOLOGIES DES DIARRHEES INFECTIEUSES CHEZ LES ENFANTS DE MOINS DE

CINQ ANS (5 ans) AU CENTRE HOSPITALIER UNIVERSITAIRE SYLVANUS OLYMPIO DE
LOME DE 2005 à 2009

ETIOLOGIES OF INFECTIOUS DIARRHEA IN CHILDREN UNDER FIVE (5 years) AT SYL-

VANUS OLYMPIO UNIVERSITY HOSPITAL OF LOME BETWEEN 2005-2009

S. DOSSIM , A. DAGNRA
1,2* 1,2,
M. SALOU 1,2
, D.K. EKOUEVI 1,2, Y. T. NYASENU , S. TIGOSSOU1 and M.
1,2

PRINCE-DAVID 1,2

RESUME

Les diarrhées constituent une cause de morbi-mortalité dans le
monde. Les enfants en sont une couche vulnérable car, le risque
encouru est la déshydratation. L’objectif de notre étude est de
faire un relevé des étiologies de diarrhées d’origine infectieuse
chez les enfants de moins de cinq ans. Nous avons donc au niveau
des registres archivés de 2005 à 2009 au laboratoire de micro-
biologie du centre hospitalier universitaire Sylvanus Olympio
relevé toutes les coprocultures d’enfants de moins de cinq ans
afin d’en déterminer les paramètres suivants : âge, sexe, motif de
demande et le germe retrouvé. Des 355 coprocultures incluses, le
sex ratio était de 1,23. 66,85% étaient hospitalisés et les motifs
de demande étaient dominés par la diarrhée pour 62,08%. Des
germes entéropathogènes ont été identifiés dans 34% des cas
dont 29% de parasites, 4% de bactéries et 1% de coinfection. Les
parasites sont répartis comme suit : 77% champignons (n=89),
6% Trichomonas intestinalis (n=5), 7% Giardia intestinalis (n=
6), 5% Entamoeba coli (n=4), 1% Blastocystis hominis (n=1).
Deux cas (n=2) de co-infection à 2 parasites ont été observés.
Quant aux bactéries, 47% Shigella flexneri (n=7) ; 27% Esche-
richia coli entéropathogènes (ECEP) (n=4), 20% Salmonella
(n=3), 7% Vibrio cholerae (n=1) ont été isolés. Des résistances
aux pénicillines, phenicolés, au cotrimoxazole et cyclines ont été
notées pour les Salmonella, Shigella et Escherichia coli. Vibrio
cholerae était résistant à la colistine et au cotrimoxazole.
Mots clés : diarrhées, bactéries, parasites, enfants, Lomé.

ABSTRACT
Diarrhea is a cause of morbidity and mortality worldwide.
Children are a vulnerable layer, because that the major risk is
dehydration. The aim of our study is to make a statement of
etiologies of infectious diarrhea in children under five years. So
we at archived from 2005 to 2009 in the microbiology laboratory
of the University Hospital Sylvanus Olympio of Lomé records
statement every stool of children less than five years to determine
the following parameters: age, sex, cause of demand and germ
found. 355 stool included , the sex ratio was 1.23 . 66.85 % were
hospitalized and demand patterns were dominated by diarrhea to
62.08 %. Enteric bacteria were identified in 34% of cases with
29% of parasites, 4% bacteria and 1% coinfection. The parasites
are distributed as follows: 77% fungi (n = 89 ), 6% Trichomonas
intestinalis (n = 5 ), 7% Giardia lamblia (n = 6 ), 5% Entamoeba
coli (n = 4 ), 1% Blastocystis hominis (n = 1). Two (n = 2) 2
coinfection parasites were observed. As for the bacteria, 47%
Shigella flexneri ( n = 7); 27% enteropathogenic Escherichia
coli ( EPEC ) (n = 4 ), 20% Salmonella ( n = 3) , Vibrio cholerae
7% ( n = 1) were isolated. Resistance to penicillins, phenicols,
cotrimoxazole and tetracyclines were observed for Salmonella
, Shigella and Escherichia coli. Vibrio cholerae was resistant to
colistin and cotrimoxazole.
Keywords : diarrhea, bacteria, parasites, children, Lomé.

INTRODUCTION
Les diarrhées constituent une des causes de morbidité et de bactéries et des virus.
mortalité dans le monde. Selon l’Organisation Mondiale de la Chez les enfants de moins de cinq ans, le risque principal
Santé (OMS) et l’UNICEF, la diarrhée touche environ deux encouru lors de la diarrhée est la déshydratation. Ainsi, les en-
milliards de personnes à travers le monde chaque année (1). fants constituent la couche de la population la plus vulnérable.
Divers pathogènes ont été identifiés. Il s’agit des parasites, des

1- Laboratoire de Microbiologie CHU Sylvanus Olympio Lomé-TOGO

2- Département des Sciences Fondamentales et de Santé publique, Faculté des Sciences de la Santé,
Université de Lomé BP 1515, Lomé-Togo
Correspondant :Sika DOSSIM
Contact: +228 91287759
Mail : sikorlaure@gmail.com

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En effet, selon l’OMS et l’UNICEF, 1,9 millions d’enfants de
moins de cinq ans en meurent et pour la plupart dans les pays
à ressources limitées. Parmi ces décès, 78% proviennent de
l’Afrique et du Sud-Est de l’Asie (1). Dans ces pays, la diar-
rhée est d’autant plus fréquente du fait du manque d’accès à
l’eau potable, à des latrines adéquates ainsi qu’aux mauvaises
conditions d’hygiène.
La diarrhée a des impacts socio-économiques graves du fait de
l’absentéisme à l’école, au travail, du coût lié à l’hospitalisa-
tion et de l’inconfort que ressent la personne atteinte (2). Mal-
gré ce fort taux de prévalence dans les pays en développement,
MATERIEL ET METHODES
C’est une étude descriptive analytique effectuée de Janvier
2005 à Décembre 2009 sur une période de 5 ans et basée sur les
archives de coprocultures réalisées au Laboratoire de Micro-
biologie du Centre Hospitalier Universitaire Sylvanus Olympio
(CHUSO) de Lomé. Les patients inclus dans cette étude étaient
ceux dont l’âge avait été précisé sur la demande d’analyse. Les
paramètres suivants ont été analysés : âge, sexe, diagnostic, ser-
vice de provenance et résultats de la coproculture.
Les prélèvements ont été réalisés dans des pots stériles prévus
à ces effets. Pour les nourrissons, les selles présentes dans les
couches hygiéniques ont été prélevées à l’aide d’écouvillons
coton puis transférés dans des pots stériles. L’analyse au labo-
ratoire s’est faite selon les procédures standardisées sur le plan
RESULTATS
Données épidémiologiques : Au cours de la période d’étude
un total de 1155 coprocultures ont été enregistrés dont 356 enfants
ayant un âge inférieur ou égal à 5 ans soit 30,82%. L’âge a été
précisé pour tous avec des extrêmes allant de 21 jours à 5ans.
Nous avons eu 192 enfants de sexe masculin contre 155 de sexe
féminin, le sexe ratio étant de 1,23. Pour neuf (09) enfants le sexe
n’avait pas été précisé.
Motifs de demandes de coprocultures : 66,85% (n=238) de
nos patients étaient hospitalisés, 30,62% (n=109) provenaient de
structures externes à l’hôpital. Pour 2,53% (n=9) la provenance
n’était pas précisée. Les motifs de demande étaient divers. Ils
étaient dominés par la diarrhée 62,08% (n=221) puis le syndrome
infectieux ; 15,45% (n=55). Les autres motifs étaient : Salmonel-
loses-Shigelloses 7,02% (n=25), Bilan 5,62% (n=20), douleurs
abdominales 3,37 (n=12), suspicion de choléra 0,84(n=3). Dans
5,62% des cas (n=20), le motif n’était pas précisé. (Tableau I et II).
Germes entéropathogènes isolés : Des germes entéropa-
thogènes ont été isolés dans 34% des cas. Parmi ces germes,
des parasites ont été retrouvés dans 29% des cas (n=104), des
bactéries dans 4% des cas (n=13). Dans 1% de cas une infection
mixte c’est-à-dire une bactérie et un parasite ont été retrouvés à
la fois (n=2). (Figure 1).
Les parasites identifiés sont pour la plupart des champignons
77% (n=89) et des protozoaires. Ces derniers sont répartis comme
suit : 6% Trichomonas intestinalis (n=5), 7% Giardia intestinalis
(n= 6), 5% Entamoeba coli (n=4), 1% Blastocystis hominis (n=1).
Deux cas (n=2) de co-infection à 2 parasites ont été observés.
Il s’agissait de kystes d’E. hystolitica associés à des levures et
des kystes et formes végétatives de G. intestinalis associés à des
levures bourgeonnantes. Les champignons sont représentés pour
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peu de personnes ont accès à une prise en charge adéquate et
ce par manque de moyens et parfois de l’absence d’étiologies
qui permettrait une prise en charge spécifique.
Au Togo, des cas d’épidémies de diarrhée à germes pathogènes
bien identifiés sont rapportées (3,4). Nous avons donc voulu
connaitre la place des microorganismes dans les diarrhées
d’origine infectieuses chez les enfants en réalisant cette étude.
Le but étant de faire un relevé des pathogènes retrouvées lors
d’examens de selles par coproculture chez les enfants âgés de
moins de 5 ans à Lomé en vue d’une meilleure prise en charge
des diarrhées de l’enfant de moins de cinq ans.
national (5). La présence de levures à l’examen direct à l’état frais
entrainait un ensemencement sur le milieu Sabouraud en plus des
milieux habituels utilisés : Hecktoen, bouillon Mueller Kauffman.
Pour tous les patients nous avons recherché Escherichia coli par
ensemencement sur le milieu EMB (Eosine Methylène Blue) et
le caractère entéropathogène a été précisé par agglutination. Il
faut noter que la recherche des virus n’a pas été faite.
L’antibiogramme réalisé sur les souches isolées a été faite sur
la base de procédures nationales établies à partir des recomman-
dations du Comité d’Antibiogramme de la Société Française de
Microbiologie (6).
Les bactéries ont été identifiées selon les techniques classiques
de bactériologie.
la plupart par Candida spp. (Figure 2).
Les bactéries retrouvées étaient réparties comme suit : 47%
Shigella (n=7) ; 27% Escherichia coli entéropathogènes (ECEP)
(n=4), 20% Salmonella (n=3), 7% Vibrio cholerae (n=1). Parmi
les espèces du genre Shigella, tous les isolats appartenaient à
l’espèce S flexneri, Quant aux Salmonelles, il s’agissait de Sal-
monella Enteritidis 33, 33%, de Salmonella groupe B 33,33%,
et de Salmonella spp 33,34%. La souche de Vibrio cholerae était
du type El Tor serogroupe 01 serotype Ogawa. Les sérotypes
d’ECEP trouvés sont O11 (50% ; n=2), O26 (25% ; n=1), O126
(25% ; n=1).
Sensibilité aux antibiotiques
Un antibiogramme a pu être réalisé pour chaque souche bac-
térienne sauf pour une souche de Shigella qui était contaminée au
moment de la réalisation de l’antibiogramme. Ainsi Salmonella
et Shigella étaient sensibles aux cephalosporines de 2ème et 3ème
génération, à l’imipénème, aux aminosides et aux quinolones
et résistants aux pénicillines, aux phenicolés, au cotrimoxazole
et cyclines. Vibrio cholerae était résistant à la colistine et au
cotrimoxazole. Une souche d’Escherichia coli était sensible aux
penicillines, cephalosporines, à l’imipénème ainsi qu’aux ami-
nosides mais résistante aux phenicolés, cyclines, cotrimoxazole
ainsi qu’aux quinolones. Pour les autres, la sensibilité est la même
que celle décrite pour les Salmonelles et Shigelles.
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DISCUSSION
La majorité des patients de la présente étude soit 66,28%
étaient hospitalisés et le motif prédominant était la diarrhée
66, 08% des cas, ceci montre que la diarrhée chez l’enfant de
moins de 5 ans est un des motifs de consultation et d’hospital-
isation au Togo. Des résultats similaires ont été trouvés chez
Sanou et coll. au Burkina Faso avec 82,6% d’hospitalisés et
par Djibril M.A. et coll. au Togo qui a retrouvé 34, 18% des
patients hospitalisés au service d’hépato gastroentérologie du
CHU Campus de Lomé en 2010, pour motif de gastro-en-
térites aiguës (7,8).
Des parasites ont été retrouvés dans 29% et les bactéries dans
4% des cas au cours de cette étude. Selon Fletcher et coll en
2012, les parasites entériques sont retrouvés entre 1% et 65%
des personnes atteintes de diarrhées(9), Sanou et coll ont
retrouvé 10,4% de bactéries et 7% de parasites. En Albanie
Sejdini et coll ont trouvé 19% de parasites. Au Danemark,
une étude réalisée chez les enfants de moins de 4 ans a trouvé
4% de parasites et 17% de bactéries en 2013(10,11). Ces taux
supérieurs de parasites ont été retrouvé selon un protocole bien
établie à la recherche de parasites or la coproculture n’a pas
pour but premier, la recherche de parasites. Pour les bac-
téries, généralement ces études recherchent d’autres types de
bactéries entéropathogènes comme : Yersinia, Campylobacter
ainsi que d’autres pathovars d’Escherichia coli. Chez deux per-
sonnes une bactérie a été retrouvée associée à un un parasite.
Ceci dénote qu’une co-infection peut exister.
Les parasitoses intestinales sont liées aux mains sales et aux
notions d’hygiène précaires. Elles ont été plus retrouvées que
les bactéries dans notre étude puisque les enfants de cette
tranche d’âge ont le plus souvent un niveau limite d’hygiène.
Les parasites retrouvés étaient représentés par les protozoaires
(Trichomonas intestinalis, Giardia intestinalis, Entamoeba
hystolytica, Blastocystis hominis) et Candida spp. Aucun
helminthe n’a été retrouvé au cours de notre étude. Ceci a été
le cas également de l’étude faite par Sanou et coll. au Burkina
Faso. Des études réalisés en Albanie eux ont trouvé en plus
des protozoaires, des helminthes. L’étude réalisée au Togo par
Djibril a noté une prédominance des parasites pour 87% par
rapport aux helminthes pour 13%. Ceci montre que les infec-
tions aux protozoaires sont plus fréquentes au sein de notre
population.(7, 8, 10)
Des cas de biparasitisme ont été notés ; il s’agissait de l’asso-
ciation de kystes de G. intestinalis à Candida spp et de kystes
d’E. hystolitica associés à Candida spp.
Des bactéries entéropathogènes, les Shigelles ont été les plus
fréquentes à 40% et représentées exclusivement par Shigella
flexneri. En effet selon Thapar N., chez les enfants de moins de
5 ans, les shigelles sont les bactéries responsables de diarrhées
CONCLUSION
La maladie diarrhéique est grave surtout chez l’enfant de
moins de 5 ans et l’origine parasitaire est plus fréquente que
l’origine bactérienne. L’émergence de souches multirésistantes
entraine un problème de prise en charge thérapeutique adéquat.
Ainsi, des moyens doivent être mise en œuvre pour surveiller
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sanguinolentes liées à une forte mortalité retrouvée dans 15%
des cas (12). La plupart des études réalisés en pays développé
au sein de cette tranche d’âge n’a pu isoler des cas de Shigelles
; seul quelques cas ont été rapportés dans les pays du sud avec
notion d’épidémies(11,13). Les shigelloses chez l’enfant rest-
ent fréquetes dans les pays à ressources limitées.
Salmonella est le genre de bactérie entéropathogène respons-
able de gastroentérites et de septicémie. Au cours de notre
étude 27% des cas se sont révélés positives à cette bactérie.
Nos résultats ne sont pas éloignés de ceux de Sanou et coll. qui
ont retrouvé 27% de salmonelles au cours de leur étude. Nos
souches étaient représentées par des salmonelles non typh-
iques. Les salmonelloses majeures étant d’urgence, générale-
ment les cliniciens, en cas de suspicion, traitent le patient par
antibiothérapie probabiliste et ceci avant même la coprocul-
ture.
Escherichia coli enteropathogène est responsable dans les
pays en développement des gastroentérites chez les enfants
de moins de 5 ans. Nous en avons trouvé dans 7% des cas. Ce
taux reste faible puisque des études ont rapporté des prévalenc-
es plus élevées. Il s’agit des études faites au Nigeria, au Burki-
na Faso qui ont rapporté respectivement 49,02% ; 32%(7,14).
En Italie le taux de 6,3% reste proche du nôtre(15). La
faiblesse de notre taux peut également être expliquée par le fait
que seul les ECEP ont été recherchés.
Le seul cas de Vibrio cholerae rapporté dans notre étude, l’a
été en 2005 ; l’épidémie de choléra décrite était de 2003-2004.
Le sérotypage a confirmé le fait que les souches qui circulent
dans notre pays sont Ogawa. Nous n’avons donc pas eu de
cas chez les enfants au cours de cette période mais juste après
l’année de l’épidémie(4).
En Mozambique, Les souches de Salmonelles, Shigella sont
résistantes à l’ampicilline, cotrimoxazole, tetracyclines et
chloramphenicol. C’est cette même résistance qui a été décrite
au cours de notre étude. En Iran, un fort taux de résistance
a été retrouvé par Jafari et coll. en 2008 ; il s’agissait pour
Shigella, de résistance au cotrimoxazole et à la tétracycline. Ici
l’espèce la plus représentée était S. sonnei alors que dans notre
étude, il s’agissait de S. flexneri.(16,17)
Nos souches d’E. coli était pour la plupart résistantes aux
bêta-lactamines, aux phenicolés, tetracyclines, cotrimoxazole.
Jafari et coll. en Iran ont trouvé une résistance à l’amoxicilline
et au tetracycline ; certaines de leurs souches étant multiré-
sistantes. Cette étude concernait E. coli productrices de Shiga
toxine(17). Ceci cause un problème de prise en charge de la
diarrhée car les antibiotiques les plus prescrits dans notre con-
texte sont les bêta-lactamines et le cotrimoxazole.
l’évolution de cette résistance pour pouvoir adapter la thérapeu-
tique. Un accent doit être mis sur l’information - éducation des
mères à propos des mesures d’hygiène.
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REMERCIEMENTS
Nous tenons à remercier Mme Doubora Gnalema pour son apport lors de la saisie des données ainsi qu’à toute l’équipe du Labo-
ratoire de Microbiologie du CHU Sylvanus Olympio.

Tableau I: Motifs de demande de coproculture

Motif Nombre Pourcentage

Bilan 20 5,62
Diarrhée 221 62,08
Suspicion choléra 3 0,84
syndrome infectieux 55 15,45
Salmonellose-Shigellose 25 7,02
Douleurs abdominales 12 3,37
Non précisé 20 5,62
Total 356 100,00

Tableau II: Provenance des patients

Service Nombre Pourcentage

Externes 109 30,62
Non précisés 9 2,53
Hospitalisés 238 66,85
Total 356 100

Tableau III: Différents micro-organismes retrouvés lors de la coproculture

Type de micro-organismes Nombre Pourcentage

Parasites 104 29
Bactéries 13 4,00
Mixtes 2 1,00
Negatif 237 66,57
Total 356 100,00

Tableau IV: Bactéries isolées

Bactéries Nombre Pourcentage

Escherichia coli 4 27%
Salmonella 3 20%
Shigella 7 47%
Vibrio cholerae 1 7%
Total 15 100%

S. DOSSIM et al
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Tableau V: Les parasites identifiés

Parasites Nombre Pourcentage

Levures 89 77%
Trichomonas intestinalis 7 6%
Entamoeba 6 5%
Giardia 8 7%
Blastocystis hominis 1 1%
2 parasites 4 3%
Total 115 100%

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