Mme Bedjou Fatiha

Universitéde Bejaia
Facultédes Sciences de la Nature et de la Vie

Immunodéficience acquise : infection par le VIH

Le SIDA a été découvert en 1981 en Californie à la suite d’une épidémie rare d’infection
pulmonaire par Pneumocystis carinii (actuellement Pneumocystis jirovecii) chez des
hommes homosexuels qui semblaient en bonne santé auparavant. En 1983 le virus sera
identifié par les français Luc Montagnier et Françoise Barré-Sinoussi, et nommé LAV
(lymphadenopathy associated virus), tandis que le groupe de Robert Gallo persistera àutiliser
le nom HTLV-III. Un accord franco-américain permettra de s’entendre sur le nom Human
Immunodeficiency Virus (HIV ou VIH en français).
Le VIH infecte préférentiellement les lymphocytes TCD4+ et provoque une chute progressive
du taux de ces derniers ce qui se traduit par une déficience immunitaire et une susceptibilité
aux infections, mêmes les plus banales d’entre elles.
Deux types de VIH peuvent infecter l’être humain : le VIH-1 virus le plus pathogène et le plus
répandu dans le monde et le VIH-2 moins pathogène et plus rare en pathologie humaine.
I) Structure du VIH :
Le virion, ou particule virale, a une forme sphérique, son diamètre est de 90-120 nm. Elle est
composée d’une enveloppe, à l’intérieur de laquelle se trouve la capside. Dans cette dernière
se trouve le matériel génétique (2 ARN) accompagné d’autres molécules indispensables pour
sa protection ou pour le déroulement des premières étapes de l’infection virale.

L’enveloppe de la particule virale ressemble à une membrane cellulaire, elle est constituée
d’une double couche phospholipidique, complétée par 2 glycoprotéines, dont l’une est
extracellulaire, la gp120 et l’autre transmembranaire, la g41, provenant toutes les 2 d’un

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précurseur commun la gp160. La gp120 est responsable du tropisme du virus en interagissant
avec la molécule CD4 présente àla surface des cellules cibles. La gp41 contient le peptide de
fusion permettant la fusion des membranes cellulaire et virale.
La surface interne de l’enveloppe est tapissée par une protéine p17 ou protéine de la matrice
qui participe également au transport nucléaire de l’ADNc viral rétro transcrit et inclus dans le
complexe de pré-intégration (PIC).
La capside est constituée essentiellement d’une protéine de 24Kda, la p24 et renferme l’ARN
viral et d’autres molécules associées (p15, p7 et p6). On y trouve également la protéase,
l’intégrase et la transcriptase inverse. L’intégrase nécessaire à l’intégration de l’ADNc dans
celui de la cellule est àla fois une endonucléase et une ligase. Elle fait partie du complexe de
pré-intégration. La transcriptase inverse est une ADN polymérase.
II) Structure génomique du VIH :
Le patrimoine génétique du VIH est constitué par 9 gènes limités de part et d’autre par 2
séquences LTR (long terminal repeat). Parmi ces 9 gènes, 3 sont des gènes de structure 5gag,
pol et env) et les 6 autres sont des gènes de régulation (tat, rev, nef, vpu, vpr et vif).

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1) Les gènes de structure :
Le gène gag code pour la Pr55gag précurseur des protéines de structure telles que la matrice
(MA), la capside (CA), la nucléocapside, la transcriptase inverse (RT), l’intégrase.
Le gène env, sur lequel se trouve une séquence dite RRE, code pour la gp160 qui sera clivée
par une protéase en 2 glycoprotéines, la gp120 et la gp41.
2) Les gènes de régulation :
Le gène tat code pour la protéine Tat (p14), responsable de la transcription des gènes du VIH.
En s’associant avec la cycline-T1, Tat se fixe sur la séquence TAR (se trouvant sur le génome
viral) et fixe, à son tour la CDK9 (cyclin-dependent kinase 9) cellulaire au LTR du virus.
Cette dernière va phosphoryler le domaine C-terminal de l’ARN polymérase II provoquant
ainsi la transition de l’initiation vers l’élongation.
Le gène rev (regulation of expression of virions proteins), code pour la protéine Rev (p12),
qui commande la transition de la latence vers la réplication. A la différence de Tat qui
augmente la synthèse de tous les ARN du VIH-1, la protéine Rev augmente la synthèse des
protéines de structure. Rev se fixerait sur la séquence RRE et masquerait un site accepteur
d’épissage, favorisant ainsi le passage, du noyau vers le cytoplasme, de tous les « grands »
ARNm contenant cette séquence.
Le gène vif code pour la protéine Vif (p23 ou viral infectivity factor), qui augmente le pouvoir
de virulence du VIH. Son rôle connu jusqu’à présent est l’inhibition d’un facteur cellulaire
antiviral.
Le gène vpr code pour la protéine Vpr (p15 ou virion protein R), synthétisée tardivement au
cours du cycle viral et présente majoritairement dans le noyau des cellules infectées. Elle est
impliquée dans le transport du PIC, vers le noyau des cellules en s’associant avec la matrice
(MA), l’intégrase, l’ADNc et la RT.
Le gène vpu code pour la protéine Vpu qui facilite le relargage, des particules virales, vers le
milieu extracellulaire.

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Le gène nef code pour la protéine Nef (p27 ou negative regulatory factor), qui agit en
maintenant l’état de latence virale, et en perturbant des voies métaboliques essentielles au
fonctionnement de la cellule infectée, afin d’optimiser la réplication virale et limiter les
mécanismes de défense de l’hôte.
III) La réplication virale :
Les cellules cibles du VIH sont celles qui expriment, àleur surface le récepteur CD4 et les co-
récepteurs CCR5 (macrophages, cellules dendritiques) ou CXCR4 (lymphocytes). On classe
généralement les isolats de VIH en deux groupes : les « lymphotropes » qui utilisent le co-
récepteur CXCR4 pour entrer dans les lymphocytes CD4+ qu’ils infectent, et les «
monocytotropes » qui se servent de CCR5 pour pénétrer les monocytes et les cellules
dendritiques.

La molécule CD4 est un monomère de 55Kda, comportant une région C-teminale

cytoplasmique, une région transmembranaire et une région N-terminale extra cellulaire. Elle
est composée de 4 domaines, D1, D2, D3 et D4, dont le premier est le site de fixation de la
gp120 du VIH.
Les co-récepteurs CCR5 et CXCR4 sont des récepteurs de chimiokines, petites protéines de 8
à 10 Kda impliquées dans le recrutement des cellules immunitaires sur les sites
inflammatoires. On distingue les α (CXC) et les β (CC) chimiokines, dont les récepteurs,
présents sur les cellules immunitaires, sont des protéines à 7 domaines transmembranaires,
couplés aux protéines G.
Le cycle de réplication du HIV se divise en une phase précoce et une phase tardive.
Lors de la phase précoce le virus, situé dans le milieu extra cellulaire, se fixe sur les
récepteurs CD4 des cellules immunitaires (lymphocytes T, cellules dendritiques,
macrophages), grâce à la gp120. L’interaction entre la gp120 et la CD4 induit un changement
de conformation de la glycoprotéine qui induira une meilleure présentation avec le co-
récepteur. La gp41 va se replier pour former une structure en hélice permettant de rapproche
définitivement les membranes virale et cellulaire facilitant «l’injection » de la capside à
l’intérieur de la cellule hôte.

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Après la pénétration, dans la cellule, il y aura la dégradation de la capside par les enzymes
cellulaires et la libération de son contenu dans le cytoplasme. L’ARN viral est alors rétro
transcrit, en ADN double brin, grâce à la transcriptase inverse. L’ADNc est alors adressé vers
le noyau sous forme d’un complexe de pré-intégration (qui comporte : la transcriptase inverse,
l’intégrase, la protéine de la matrice, Vpr). Cet ADNc sera inséré dans le génome de la cellule
grâce à l’intégrase, et prend le nom de «provirus ».
La phase tardive du cycle correspond aux étapes permettant d’obtenir des virions complets,
capables de bourgeonner et de faire leur maturation, après leur libération dans le milieu extra
cellulaire. Cette phase commence par la transcription du provirus. Des ARN courts et
doublement épissés codant pour les protéines Tat, Rev et Nef (protéines précoces) sont
exprimés. Une partie de l’ARNm non épissé de 9kb servira de génome viral pour les
nouveaux virions, Nef est une protéine accessoire, Tat est un activateur transcriptionnel, qui
se fixe sur l’ARN en cours de synthèse, au niveau de la région TAR (activating response
element) permettant ainsi de recruter différentes protéines cellulaires, favorisant l’élongation
de la transcription. L’ARNm de 2kb sera traduit en protéine Rev, qui repassera vers le noyau
pour permettre l’export des ARNm, non complètement épissés, via sa fixation sur le RRE
(Rev response element), se trouvant sur les transcrits primaires, et le recrutement de
l’exportine-1 et facteur Ran-GTP. Des ARN non épissés ou simplement épissés correspondant
aux gènes gag, gag-pol (protéines de structure interne), env (enveloppe),vif et vpr sont ensuite
produits pour donner des protéines dites tardives. Une fois traduits, les différents composants
viraux sont assemblés à proximité de la membrane cellulaire où le bourgeonnement a lieu.
L’assemblage requiert de l’ATP et une protéine cellulaire, la HP68. Les virions finissent leur
maturation, dans le milieu extra cellulaire, grâce àla protéase.

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IV) Stratégies d’échappement du VIH au système immunitaire :
La plupart des contaminations ayant lieu par voie sexuelle le VIH infecte tout d’abord des
cellules dendritiques des muqueuses, puis une forte réplication du virus a lieu, permettant sa
dissémination rapide dans les organes lymphoïdes. Elle est suivie après quelques semaines
d’une réponse immunitaire humorale et cellulaire provoquant une chute de la virémie d’un
facteur 100 à1 000. Cependant, le VIH réussit invariablement àéchapper àcette réponse et
entraîne une infection chronique et asymptomatique qui dure en moyenne dix ans. La charge
virale reste stable et faible pendant la phase asymptomatique malgréune intense réplication
du virus. Les cellules infectées sont rapidement détruites et renouvelées, indiquant que le
système immunitaire est capable pendant une longue période de contenir la réplication du
virus. Alors que l’infection progresse, le nombre de lymphocytes CD4+ diminue de 1 % par
jour. Le SIDA apparaît au moment où l’on observe un effondrement à la fois du nombre de
lymphocytes CD4+ et de la réponse CTL.
Plusieurs mécanismes contribuent à réduire l’efficacité du système immunitaire dans sa lutte
contre l’infection par le VIH.

1) Rôle des cellules dendritiques :

Dans l’infection par le VIH, les cellules dendritiques s’avèrent essentielles à la pénétration du
virus dans l’organisme, à sa production et àsa dissémination. Lors d’un contact du VIH au
niveau des muqueuses, une faible quantité de virus est nécessaire à l’infection des cellules
dendritiques qui seraient les premières cellules infectées et représentent donc la porte d’entrée
du virus dans l’organisme.
Plusieurs équipes ont démontré in vitro que de faibles quantités de cellules dendritiques
infectées étaient capables de produire d’importantes quantités de virions lorsqu’on leur
ajoutait des lymphocytes T CD4+ activés ou de type mémoire. La présence conjointe de ces
deux types cellulaires est observée in vivo dans la peau et les muqueuses, lieux de pénétration
présumés du virus. L’interaction entre cellules dendritiques et lymphocytes T conduit à la
formation de syncytiums qui deviennent le site d’une forte réplication virale. La stimulation
de la réplication résulterait d’un effet synergique entre facteurs d’activation provenant des

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cellules dendritiques et des lymphocytes T. Dans cette transmission sont impliquées les
molécules CD40 et CD80 exprimées par les cellules dendritiques et leurs ligands respectifs,
CD40L et CD28, sur les lymphocytes T. Des analyses de biopsies de ganglions lymphatiques,
prélevées chez des patients au cours de l’infection par le VIH, montrent que les cellules
dendritiques folliculaires représentent le réservoir principal du VIH-1 pendant la phase
asymptomatique alors que ces cellules ne produisent pas de virus in vivo.

2) Perturbation de la présentation de l’antigène :

Les cellules dendritiques sont les premières cellules à capter le HIV, cependant elles ne
présenteront pas cet ag aux lymphocytes T. Cette absence de présentation de l’ag résulte du
fait que ce virus interfère avec la synthèse et le trafic intracellulaire des molécules de classe I
responsable de la présentation de l’ag aux CTL.
La protéine Nef, exprimée précocement et abondamment au cours du cycle viral, est
responsable de la réduction des molécules de CMH I. Alors qu’en conditions normales les
molécules de classe I sont exprimées à la surface de façon stable, l’expression de Nef induit
leur internalisation, leur rétention dans les endosomes et leur dégradation dans les lysosomes.
Nef n’agirait pas seulement en stimulant l’endocytose des molécules de classe I, mais aussi en
déroutant les molécules de classe I néosynthétisées et de classe II, du réseau transgolgien vers
les endosomes. Nef semble connecter un motif porté par le domaine cytoplasmique des
molécules de classe I et de classe II avec les protéines impliquées dans le transport
intracellulaire. Par ailleurs, l’expression de Nef est nécessaire au maintien d’une forte charge
virale et au développement du SIDA. Ces deux propriétés pourraient provenir de la capacité
de Nef d’induire la réduction de l’expression des molécules de classe I de surface. Nef induit
une réduction de l’expression de surface des molécules de classe I, HLA-A et HLA-B, sans
affecter celle des molécules HLA-C qui sont dépourvues du motif d’internalisation. Ces
dernières constituent des ligands pour des récepteurs KIR présents sur les cellules NK et
inhibent leur activitélytique. Ainsi, la modulation différentielle des isotypes de classe I par
Nef pourrait protéger les cellules infectées de la lyse par les CTL sans toutefois les exposer à
la lyse par les cellules NK. Enfin, lors d’une phase plus tardive du cycle viral, la protéine Vpu
du VIH-1 induit une dégradation des molécules de classe I néosynthétisées. Ce mécanisme est
limité aux cellules infectées par le VIH-1 car les génomes des virus VIH-2 et SIV ne
contiennent pas de gène vpu. Nef est également responsable de l’internalisation et de la
dégradation des molécules CD4, CD8, CD28. Les 2 premières jouent le rôle de co-récepteurs
des molécules de CMHII et CMHI respectivement, CD28 stabilise les ARNm de l’IL2. Nef
stabilise, au contraire, l’expression de la molécule DC-SIGN à la surface des cellules
dendritiques, ce qui augmente l’interaction avec les lymphocytes T favorisant la formation de
syncitiums..

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a) b)
a) Schéma simplifiéde la biosynthèse des molécules de classe II du CMH. Les molécules de classe II sont constituées d’une chaîne
α et d’une chaîne β qui s’associent dès le réticulum endoplasmique (RE) avec une troisième chaî ne, appelée chaîne invariante (Ii).
Cette association inhibe la liaison d’éventuels peptides antigéniques. La chaîne Ii possède aussi un rôle de chaperonne dans
l’assemblage des trois chaînes en complexes (αβ Ii)3, qui peuvent ainsi sortir du réticulum endoplasmique et gagner l’appareil de
Golgi. Au niveau du réseau transgolgien (TGN), ces complexes sont en majorité dirigés vers la voie d’endocytose, grâce à des
signaux portés par la queue cytoplasmique de Ii. La chaîne Ii est alors dégradée de façon séquentielle. Le plus petit fragment de
Ii trouvé encore associé aux hétérodimères αβ s’appelle CLIP. Il est alors échangé contre des peptides antigéniques grâce à
l’action des molécules HLA-DM présentes dans ces compartiments de la voie d’endocytose. Cela permet le chargement de
peptides provenant de la dégradation d’antigènes ayant accès à la voie d’endocytose, puis le transport à la surface cellulaire des
complexes αβ-peptides ainsi formés.
b) Modèle hypothétique du mode d’action de la protéine Nef sur le trafic intracellulaire des molécules de classe I du CMH. A. Le
transport de protéines àpartir de la membrane plasmique ou du réseau transgolgien (TGN) vers les endosomes se fait dans des
vésicules recouvertes de clathrine et de complexes adaptateurs (AP) qui relient le récepteur àtransporter avec la clathrine. Les
vésicules bourgeonnant àla membrane plasmique sont recouvertes de complexes AP-2 alors que les vésicules formées au niveau
du TGN sont recouvertes de complexes AP-1. Nef provoque une internalisation rapide des molécules de classe I de surface, leur
rétention dans les endosomes et leur dégradation dans les lysosomes. Nef induit aussi un déroutage des molécules de classe I du
TGN vers les endosomes dans des vésicules recouvertes de clathrine et de complexes AP-1. B. Le ciblage des molécules vers les
endosomes repose sur l’interaction entre un motif cytoplasmique de type tyrosine (YXXZ, où X représente n’importe quel résidu et
Z un acide aminéhydrophobe) ou de type dileucine (LL ou LI) et la sous-unitéμ des complexes AP (pour revue, voir [46]). En
l’absence de Nef, les molécules de classe I sont exprimées àla membrane plasmique de façon stable ; elles ne sont pas reconnues
par la machinerie du trafic cellulaire. L’action de Nef repose sur un motif tyrosine non consensus YXXA localisédans le domaine
cytoplasmique des molécules HLA-A et -B. Nef pourrait, en reconnaissant ce motif, connecter les molécules HLA-A et -B aux
complexes AP et entraînerait leur rétention dans des vésicules de clathrine.

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 c)
Schéma simplifiéde la biosynthèse des molécules de classe I du CMH. Après sa translocation dans le réticulum endoplasmique (RE), la
chaîne lourde (CL) des molécules de classe I s’associe avec une protéine chaperonne appelée calnexine, puis avec la β2-microglobuline.
Elle forme ensuite de façon transitoire un complexe multimoléculaire contenant les protéines TAP 1 et TAP2. Les TAP transportent des
peptides issus de la dégradation d’antigène (Ag) par le protéasome, du cytosol vers la lumière du réticulum endoplasmique. Ces peptides
antigéniques peuvent alors être apprêtés par les molécules de classe I. La liaison du peptide stabilise ces dernières et provoque un
changement de conformation leur permettant d’être libérées du réticulum endoplasmique. Les molécules de classe I sont alors dirigées vers
l’appareil de Golgi puis à la surface cellulaire par transport vésiculaire. TGN : réseau transgolgien.

3) Echappement du HIV àla réponse CTL :

L’infection par le VIH provoque une forte réponse CTL qui s’avère efficace pour le contrôle
de la virémie pendant la phase asymptomatique. Néanmoins, cette réponse ne permet pas
d’enrayer l’infection. Le VIH échappe à l’action des CTL par au moins deux voies :

(1) il réduit le nombre de CTL actifs par induction d’apoptose et par stimulation trop
prolongée entraînant un «épuisement »de ces cellules ;
La réplication persistante des CTL est associée à l’hyper expression par ces cellules de
récepteurs PD-1 (programmed death) et Tim-3 inhibant la fonction des CTL (restaurée par des
AC anti-PD1) et àla prédominance de CTL, CD57+ (sénescents) prêts àmourir par apoptose.

(2) il introduit des mutations dans les séquences virales qui constituent les épitopes reconnus
par les CTL.
Chez les individus infectés, la très forte production virale, combinée à un important taux
d’erreurs effectuées par la transcriptase inverse, engendre de nombreux virus porteurs de
mutations. Certaines mutations ne diminuent pas l’infectivité du virus mais affectent, soit la
présentation des épitopes par les molécules de classe I, soit leur reconnaissance par les CTL.
Certaines mutations portant atteinte à l’intégrité des épitopes présentés ont été recensés chez
les patients. D’autres mutations dans les protéines virales engendrent la disparition des sites
de clivage par le protéasome ce qui empêche également la présentation des ag du virus.

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L’apparition de virus mutants, échappant à la réponse CTL, a été révélée chez plusieurs
patients lors de la phase aiguë de l’infection. En quelques semaines, le virus original est alors
remplacépar le virus mutant. La reconnaissance des cellules infectées par les CTL peut être
inhibée par mutations des résidus interagissant avec le TCR des CTL.

4) Echappement àla lyse par les enzymes lysosomales :

Certains chercheurs de l’INSERM et de l’institut Pasteur ont montré que le HIV s’accumule
dans certains compartiments des macrophages (les endolysosomes qui, normalement ont un
pH acide favorisant l’activité des enzymes lysosomales). Les mesures de pH dans ces
compartiments ont révélé un défaut d’acidification. Le virus parvient à modifier ce milieu
hostile et àcréer un environnement favorable pour sa survie et son stockage.

V) Les inhibiteurs naturels du HIV :

Au cours de leur évolution les mammifères ont développé des facteurs cellulaires capables
d’interférer avec la réplication rétrovirale. Ces inhibiteurs naturels, appelés facteurs de
restriction, représentent un nouvel espoir dans la recherche d’outils thérapeutiques contre
l’infection par le HIV.

1) La protéine APOBEC3G :

La découverte de son pouvoir antiviral est due àun chercheur américain Michael Malim qui
fait des recherches concernant la protéine viral Vif.
En l’absence de Vif APOBEC3G est incorporée dans les particules virales. Quand le virus
commence à synthétiser son ADNc dans une nouvelle cellule cible, l’enzyme entre alors en
jeu, d’une part elle semble empêcher, en paie la synthèse de l’ADN viral, d’autre part elle
transforme certaines cytosines de cet ADN nouvellement synthétiséen uraciles. Une partie de
l’ADN, muté, est dégradée avant l’intégration au génome de la cellule.
Malheureusement le VIH, àtravers la protéine Vif, a développéune parade pour contrecarrer
l’activité antivirale de Vif. En présence de Vif APOBEC3G est exclue du virus, en effet Vif
sert de protéine adaptatrice liant APOBEC3G à un complexe protéique qui va diriger cette
enzyme vers le protéasome oùaura lieu sa dégradation.
Le recherches se poursuivent sur l’APOBEC3G, et on sait que cette enzyme est le membre
d’une famille d’enzymes dont plusieurs sont dotées d‘une activité antirétrovirale, c’est le cas
notamment d’APOBE3B, APOBEC3C, APOBEC3F. Mieux encore APBEC3 n’est pas
inhibée par Vif, malheureusement son niveau d’expression, dans les cellules infectées par le
HIV, est très faible.

2) La protéine TRIM5α :

Cette protéine appartient àla famille TRIM. Toutes ont la même structure et ne diffèrent que
par la nature de leur domaine terminal. Celui de TRIM5α s’avère particulièrement intéressant.
En comparant les séquences TRIM5α chez l’homme et chez le singe il a été constaté qu’elles
sont identiques à 80%. La plus grande différence réside dans le domaine terminal qui
reconnait le virus comme cible et confère au singe sa capacitéàinhiber le virus.
En changeant un seul acide aminé du domaine terminal de la protéine humaine, celle-ci
devient capable d’inhiber le VIH, en sa présence le risque d’infection est divisé par 100.
A priori à l’entrée du VIH dans la cellule cible TRIM5α se fixerait au virus et provoquerait
son désassemblage. C’est une étape que doit franchir le virus pour assurer son cycle de

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réplication mais, dans ce cas précis cette déstructuration serait soit trop précoce soit trop
anarchique pour donner lieu àune infection productive.

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