Biologie moléculaire

Chapitre 5 :
La transcription
 La transcription
Chapitre 5. La transcription
---GCAATTGCATCAGTAGCA---5’

5’---CGUUAACGUAGUCAUCGU---

I. Transcription, ARN polymérase et matrice ADN

II. Mécanisme de la transcription
III. Maturation des ARN chez les eucaryotes
IV. Dégradation des ARN
V. Inhibiteurs de la transcription
Mise en évidence expérimentale
Mise en évidence 3
expérimentale
1. Cellules cultivées en présence d’H d-thymidine et de P -uridine
32

ADN marqué par H3

ARN marqué par P32

2. Extraction et visualisation de l ’ADN et de l ’ARN par centrifugation sur un

gradient de densité

dépôt acides nucléiques

marqués au P32 et H3
radioactivité

ARN

ADN + ARN

densité

association ADN/ARN
I. ADN, ARN polymérase et transcription
I. ARN polymérase et ADN
 Seul l ’ADN des gènes est transcrit grâce à une ARN polymérase ADN
dépendante
 Chez les eucaryotes, la chromatine doit être dans une conformation « active »,
obtenue en particulier grâce à des modifications des histones

 L ’ARN polymérase recopie le brin « + » de l’ADN en ARN

5’ ---CGTTAACGTAGTCATCGT--- brin +
3’ ---GCAATTGCATCAGTAGCA--- brin - brin matrice

5’ ---CGUUAACGUAGUCAUCGU--- ARN = séquence du brin +

 Un seul des 2 brins est transcrit par unité de transcription

brin -
5’ 3’ 5’
5’ 3’ 5’
brin -
 L ’ARN polymérase catalyse la polymérisation du brin d’ARN
 L ’ARN polymérase est un complexe protéique,, foiilm fo
il
ARN polymérase des bactéries ARNm, ARNt, ARNr
liaison à l ’ADN reconnaissance du promoteur

  
 ’ site actif de l ’élongation
5

ARN polymérases des eucaryotes ( 5 à 10 su ) Structure d’une ARN

polymérase procaryote

ARN pol I (nucléole) ARNr

ARN pol II (nucléoplasme) ARNm
ARN pol III (nucléoplasme) ARNt
II. Mécanisme de la transcription
II. Mécanisme
1. Phase d ’initiation de la transcription
 L ’ARN polymérase reconnaît une séquence localisée en 5 ’ du gène : le
promoteur qui contient des motifs particuliers

d’après Pollard and Earnshaw, Cell Biology, 2008

 La fixation du complexe ARN polymérase entraîne l’ouverture de la double hélice

transcription

5’-GG(T/C)CAATCT----TATA(A/T)(A/T)A----
5’-GG(T/C)CAATCT----TATA(A/T)(A/T)A----TCAGTTCGTACTGTAGTCATG-- brin +
3’-CC(A/G)GTTAGA----ATAT(T/A)(T/A)T----
3’-CC(A/G)GTTAGA----ATAT(T/A)(T/A)T----AGTCAAGCATGACATCAGTAC--

TCAGTTCGTACTGTAGTCAG-- brin +
5’-GG(T/C)CAATCT----TATA(A/T)(A/T)A----
3’-CC(A/G)GTTAGA----ATAT(T/A)(T/A)T----
AGTCAAGCATGACATCAGTC--

 La reconnaissance du promoteur implique de nombreux facteurs protéiques

- procaryotes : facteurs 

- eucaryotes : nombreux facteurs de transcription spécifiques des différentes ARN
polymérases : ARNpol II (TFIIA-H), ARN pol I (TAFs), ARN pol III (TFIIIA-C)

 La fixation de l’ARN polymérase est conditionnée par la séquence d’intervention

des facteurs de transcription
 TFII-D
+1
1. reconnaissance de TATA
Mécanisme de la transcription
TATA

TFII-A 2. stabilisation
TFII-H TFII-B

ARN pol II
TFII-E
TFII-F
3. fixation de ARN pol

4. phosphorylation
transcription
P
P ARN
5’
 in vivo, la formation du complexe pré-initiateur nécessite de
Formation du complexe pré-initiateur
nombreux facteurs protéiques et s’accompagne d’une
modification de la structure de la chromatine
2. Phase d’ élongation
 L ’élongation se fait dans le sens 5 ’- 3 ’ par formation de liaisons phosphodiester
2. Phase d’ élongation
 La lecture du brin « - » par l’ARN polymérase s’accompagne de l’ouverture de
la double hélice d ’ADN et est suivi par le ré-appariement des 2 brins d’ADN.
La transcription s’accompagne d’un remodelage des histones et des
nucléosomes.

ARN polymérase

5’

D’après Pollard and Earnshaw, Cell Biology, 2008

3. Phase de terminaison
3. Phase de terminaison
 L’arrêt de la transcription chez les procaryotes fait intervenir des séquences
« terminateur » et des facteurs de terminaison (facteur rho)

D’après Pollard and Earnshaw, Cell Biology, 2008

 Chez les eucaryotes, la terminaison de l’activité pol III impliquerait des séquences
riches en résidus U, celle de Pol I un facteur protéique qui bloquerait la
transcription. En ce qui concerne Pol II, la terminaison est couplée à la maturation
des ARNm
4. Transcription des procaryotes vs eucaryotes
 Chez les procaryotes, la transcription est couplée à la traduction alors que chez
les eucaryotes les ARNm seront exportés hors du noyau avant d’être traduits.

ADN ARN pol

ADN
ARNm
ARNm
protéine

traduction

eucaryote procaryote

 Chez les procaryotes, plusieurs gènes peuvent être transcrits à partir d’un
promoteur unique
promoteur
commun gène A gène B gène C

5’ ARN poly cistronique

protéines
III. Maturation des ARN eucaryotes
III. Maturation
1. Maturation des ARNm des ARN eucaryotes
gène
région flanquante 5’ région flanquante 3’
5’ 3’

traduction région 3’ UTR

région 5’ UTR fin de traduction
transcription
fin de transcription
 L’extrémité 5 ’ decoiffée
l ’ARN
1.1. l ’extrémité 5 ’ de l ’ARN est « hn est
» (capping) +
phosphate

« coiffée » +
pyrophosphate

OH

+ OH

méthylation

GTP

OH

m7G-PPP- ARN

 migration des ARNm vers le cytoplasme

 favorise l’initiation de la traduction
 stabilise l‘extrémité 5’ des ARNm
1.2. l ’extrémité 3 ’ de l ’ARN hn est modifiée
L ’extrémité 3 ’ de l ’ARN hn est
modifiée
reconnaissance d’un motif de polyadénylation
par CstF et CPSF

-AAUAAA-
-AAUAAA-

arrêt de l ’ARN pol II, clivage de l’ARN par

une endonucléase spécifique

intervention de la poly A polymérase qui

qui ajoute des motifs adényliques en présence
d’ ATP, stabilisation de l’extrémité 3’

le motif polyA est terminé, l’ARNm est prêt

à sortir du noyau
1.3. les ARN sont épissés

1.3. les ARNgène

hn sont épissés
exons

ARN m7G AAAAAAAA

5’ --AG GUA/GAGU------A-----PyPyPyPyAG GC --- 3’

intron

excision des introns et épissage des exons

ARNm m7G AAAAAAAA

 L ’épissage est réalisé par le spliceosome constitué de protéines associées à des
snRNA : les snRNP (U1, U2, U4, U5, U6)
Epissage
1 snRNP = 1 snRNA + 10-20 polypeptides

site de branchement
exon exon
5’ GU-----------------A---------AG

bornes de l ’intron

o Reconnaissance des bornes donneur et accepteur

snRNP U1
A snRNP U2

5’ GU AG
 o Fixation des snRNP U1 et U2 sur les bornes
Epissage
A

5’ GU AG

snRNP U1 snRNP U2

o 1ère réaction de trans-estérification

5’ GU AG
 o Recrutement du spliceosome
Epissage snRNP U4/6, U5, ….

A
5’ AG

spliceosome

o 2ème trans-estérification

A
lariat
5’

5’

+ Les mutations affectant les sites d’épissage modifient la nature du transcrit et sont
généralement la cause de maladies.
Les ARNm matures sont exportés dans le cytosol

Epissage

transport sur diffusion aléatoire dégradation associée

le cytosquelette et piégeage à une protection
localisé

début de la transcription fin de transcription

AUG = début de la traduction stop de traduction

M7G AAAAAAAAAAA

5’ UTR (untranslated region) 3’ UTR

2. Maturation des ARNr
 les ARNr sont le produit de gènes multi-copies (28+18+5,8s et 5s)
2. Maturation des ARNr
 les ARNr eucaryotes 5,8s, 18s et 28s sont transcrits par l ’ARN pol I
l’ARNr 5s est transcrit par l’ARN pol III
 les ARNr 5,8, 18 et 28s sont produits et maturés au niveau du nucléole
 présence d’un 5’ NTP, absence de polyadénylation : protection des extrémités
par la formation de structures II et une association avec des protéines
 absence d’épissage

- méthylations
ARN pol I - pseudouridylation (snoRNAs)
- association avec des protéines ribosomales
45s

18s 5,8s 28s

petite sous-unité du ribosome grande sous-unité du ribosome

 Après formation de pré-ribosomes, ceux ci sont exportés dans le cytosol et
subissent une maturation en ribosomes 40s et 60s
Maturation des ARNr
protéines

ARN

sous-unité 40s du ribosome sous-unité 60s du ribosome

-ARN 18S (1874 nt) -ARN 28S (4718 nt) + 5,8s (160 nt) +
- 33 protéines 5s (120 nt)
- 50 protéines
3. Maturation des ARNt
ARNt

intron
3. Maturation des ARNt
ARNt

ADN

transcription par ARN polIII exonucléase

endonucléase
5’ P-
RNAse P
5’ P-

addition d’un motif

CCA en 3’ par une
nucléotidyltransférase

modification des bases

élimination de l’intron
4. Maturation des snRNAs et snoRNAs

D’après Pollard and Earnshaw, Cell Biology, 2008

4. La transcription des ARN mitochondriaux
4. La transcription des ARN
mitochondriaux
Les 2 brins de l ’ADNmt sont transcrits :
- 2 gènes ARNr
- 22 gènes ARNt
- 13 ARNm

transcription d ’un ARN

primaire polycistronique

ARNtF ARNtV ARNtL ARNtI ARNtM

5’
ARN 12s ARN 16s ND1 ND2
IV. La dégradation des ARN
IV. La dégradation des ARN
élimination de la coiffe en 5’ par l’enzyme Dcp1p activé par la
désadénylation de l’extrémité 3’, puis attaque par des exonucléases

dégradation des ARNm non-sens par NMD (nonsense mediated decay):

assure la dégradation des ARNm ayant une codon stop prématuré
avant le dernier exon

dégradation des ARN double brins exogènes par interférence d’ARN

V. Inhibiteurs de la transcription
V. Inhibiteurs
ARN pol de la transcription
niveau d’action

rifampicine procaryote initiation-élongation

streptolydigine procaryote élongation

actinomycine D eucaryote :ARN pol I, II, III élongation

-amanitine eucaryote: ARN pol II, III élongation

La rifampicine se fixe à une poche de l’ARN polymérase normalement occupée par l’hybride ADN-ARN

VI. ARN catalytiques : les ribozymes

Quefaut
Que il retenir a
fautil retenir :
- savoir définir le brin + de l’ADN lors de la transcription, la polarité 5’-3’ de synthèse du
brin d’ARN

- savoir décrire les 3 étapes de la transcription (reconnaissance du promoteur-initiation,

élongation du brin transcrit, terminaison
- connaître le rôle du promoteur, savoir ce que représente la notion de facteur de
transcription (il n’est pas demandé de mémoriser le nom de tous les facteurs…)

- connaître les phases de maturation des ARNm eucaryotes :

- protection en 5’ (nature et positionnement du nucléotide servant de coiffe)
- protection en 3’ (nature du motif de protection)
- mécanisme d’excision épissage (le nom des snRNPs n’est pas demandé)

- connaître les phases de maturation des ARNr et des ARNt

- connaître les mécanismes de dégradation des ARN ( le nom des facteurs impliqués
n’est pas demandé)

- savoir expliquer pourquoi la transcription est une cible potentielle pour les antibiotiques

a : les exemples numériques et de pathologies sont destinés à illustrer le cours et à permettre une
meilleure intégration des connaissances