Rmarkdown

Rmarkdown
• Permet de générer des documents de manière dynamique.
• Les documents générés peuvent être au format HTML, PDF, Word.
Rmarkdown
• Langage à balises
• Avantages:
• Document reproductible
• Facilement mis à jour
• Inconvénients
• les objets dans l’environnement actuel de la session ne sont pas disponibles.
• Il faut importer dans le fichier Rmarkdown les données, et librairies
Création d’un rapport
 Structure d’un document RMarkdown

En-tête

Texte
 En-tête
Contient les métadonnées du document
 • Les titres sont définis avec #
Texte et syntaxe • Possibilité d’insérer des liens ou images
• [Exemple de lien](https://example.com)
 Blocs de code R
• Un blocs est nommé chunks
• Délimité par : ```
 Exécuter le bloc

Blocs R
• Quand votre curseur se trouve dans un bloc, vous pouvez
saisir le code R que vous souhaitez, l’exécuter, exactement
comme si vous vous trouviez dans un script R.
Blocs R
• Les blocs sont exécutés l’un
après l’autre.
• Ils sont liés entre eux
• les données importées ou
calculées dans un bloc sont
accessibles aux blocs suivants
Blocs R
• Afficher le code d’un bloc
 Option Valeurs Description

Options blocs R echo TRUE/FALSE Afficher ou non le code R dans le document

eval TRUE/FALSE Exécuter ou non le code R à la compilation

include TRUE/FALSE Inclure ou non le code R et ses résultats dans le

document

results “hide”/“asis”/“markup Type de résultats renvoyés par le bloc de code

”/“hold”

warning TRUE/FALSE Afficher ou non les avertissements générés par

le bloc

message TRUE/FALSE Afficher ou non les messages générés par le

bloc
Compiler un
document
• Permet de générer le document
• Cliquer sur Knit

• Un onglet R Markdown s’ouvre dans la

même zone que l’onglet Console et
indique la progression de la compilation,
ainsi que les messages d’erreur éventuels.
Faire un rapport à partir d’un script
Rmarkdown à partir d’un script R

https://rmarkdown.rstudio.com/articles_report_from_r_script.html
Exercice application
• Créer ou transformer votre script sur l’étude du ronflement en
rapport rMarkdown