Département de Licence Professionnelle en Elevage Cours d’Epidémiologie vétérinaire LPE2 2023-2024COURS EPIDEMIOLOGIE VETERINAIRE I. GENERALITES 1. Etymologi Le terme « épidémiologie » est un mot dorigine grecque : «Epi» veut dire « au sujet de » ; « démos » veut dire « population » « peuple », «district» et « logos » veut dire « discours », « étude ». On peut done traduire ce terme comme voulant dire « étude de ce qui touche une population » Lepidémiologie, selon Frost, est la "science des maladies infectieuses en tant que phénoméne de masse (ou de groupe) consacrée a l'étude de leur histoire naturelle, de leur propagation, dans le cadre d'une certaine philosophie ..." (Frost, 1927) Aaujourd’hui 'épidémiologie est définie comme l'étude : ¥ de la répartition des maladies ou des états de santé dans une population donnée ¥ des déterminants qui influent sur l'occurrence d'une maladie ¥ des interventions, ce qui va pouvoir guider les politiques de santé publique L'€pidémiologie est une discipline scientifique qui étudie les facteurs conditionnant Tapparition des problémes de santé dans les populations, leur fréquence, leur distribution dans le temps et dans l’espace, ainsi que les facteurs exergant une influence sur la santé et les maladies de populations. Etude des rapports entre une maladie et divers facteurs (mode de vie, particularités individuelles, etc.) qui peuvent influer sur la fréquence ou 'éyolution de cette maladie Epidémie : Apparition et propagation dune maladie infeetieuse contagieuse qui frappe en méme temps et en un méme endroit un grand nombre de personnes, d'animaux (épizootie) ou de plantes (épiphytie). 2. Les branches d’épidémiologie On distingue principalement trois branches : + Lépidémiologie descriptive dont lobjectif est identifier les problémes de santé. Elle permet de connaitre les caractéristiques dans le temps et dans espace, cest a dire la situation instantanée ou l'évolution de la situation au cours du temps d'une maladie dans une population donnée, + L&pidémiologie explicative (ou analytique ou éticlogique) dont lobjectifest de connaitre leurs causes. Elle permet de comprendre les mécanismes de développement d'une maladie, en étudiant agent transmissible, les matidres virulentes, les hétes et les modes de transmission, dans le cas d'une maladie transmissible+ L&pidémiologie évaluative dont lobjectif est d’évaluer les solutions apportées & ces problémes (actions de santé). Elle étudie les problémes concrets concemant une maladie afin de prendre les décisions de lutte les plus adaptées (Toma et al., 1996). Ces trois étapes résument la globalité du raisonnement épidémiologique. Celui-ci suit une progression logique : * la description des états de santé permet de suspecter des facteurs de risque ; * ceux-ci sont confirmés ou non par I'épidémiologie explicative ; * des actions de santé publique peuvent étre alors menées ; |'épidémiologie Evaluative juge de leffet de ces interventions. En plus de ces trois branches, il existe aujourd'hui I'épidémiologie moléculaire qui Gtudie la variabilité du génome des agents pathogénes en s'appuyant sur des techniques de biologie moléculaire. Cette discipline permet aujourd'hui de répondre a de hombreuses questions qui concernent la plupart des domaines de I’épidémiologie. Dans chacune des trois branches (descriptive, étiologique et évaluative), la récupération des données s'appuie sur une méthodologie rigoureuse, c'est-a-dire sur 'élaboration d'un protocole dlenquéte qui doit respecter des régles strictes. Le principal critére qui permet de classer les différents types d'enquétes est le moment oi sont recueillies les données, On distingue trois types d'enquétes : % Prospective ; % Rétrospective : > Transversale. IL Epidémiologie descriptive : a, Surveillance épidémiologique La surveillance épidémiologique est définie comme étant une "méthode fondée sur des cenregistrements en continu permettant de suivre l'état de santé ou les facteurs de risque une population définie, en particulier de déceler apparition de processus pathologiques et d'en étudier le développement dans le temps et dans espace, en vue de ladoption de mesures appropriges de lutte”. Elle a pour objectif de fournir un reflet fidele de la situation d'une maladie et comprend deux aspects % L’épidémiosurveillance qui représente la surveillance de maladies présentes sur le territoire od est exereée cette surveillance et © Lgpidémiovigilance qui correspond aux actions de veille destinées a détecter apparition d'une maladie nouvelle ou d'une maladie exotique introduite 4 partir un autre pays (Dufour, 1997).La constitution d'un réseau de surveillance épidémiologique représente done une premiere étape qui fournit l'information nécessaire aux connaissances sur la répartition et lévolution de la maladie dans un territoire donné, La surveillance sanitaire est en effet indispensable pour prouver qu'un pays ou une zone est indemne d'une maladie ou d'une infection. En Afrique, les réseaux d’épidémiosurveillance sont plus ow moins développés selon les pays a travers des programmes/projets dont le but prineipal est de renforcer par l'intermédiaire de l'appui aux services vétérinaires. La surveillance épidémiologique présente trois aspects : 1, Une surveillance continue, permanente, effectuée par des acteurs de terrain et fondée sur des suspicions cliniques dans les élevages, des rumeurs concernant des foyers, des visites réguligres dans les élevages et des communications permanentes avec les éleveurs. Le but est de donner une alerte précoce en cas dapparition de la maladie ou de connaitre précisément la répartition des foyers. 2 Une surveillance orientée sur des points stratégiques, tels que les abattoirs, les marchés et les frontiéres. Cet aspect participe aussi a l'alerte précoce et permet la protection du territoire aux frontiéres ainsi que la détection en abatt identifigs par ailleurs. 3. Une surveillance sur_un échantillon_aléatoire par des examens cliniques et sérologiques. La taille des échantillons retenus annuellement doit étre telle que l'on atteigne une probabilité de 95% de détection des signes de la maladie lorsque sa prévalence 4 I'échelle des troupeaux ou de toute autre unité d’échantillonnage est de 1%. Ces opérations permettent de prouver l'absence de la maladie, Ce qui a souvent pénalisé les pays est l'absence d'un systéme dialerte précoce d'intrusion de Ia maladie, si bien que les points 1 et 2 sont actuellement privilégier. de foyers non b. Bases des enquétes épidémiologiques Une enquéte est une "recherche méthodique informations reposant notamment sur des mesures, des questions et des témoignages" Les enquétes épidémiologiques ne constituent que la mise en application des principes de base de la quantification d'un phénomane de santé dans une population. [I ¢ indispensable d’en bien comprendre les étapes clés pour pouvoir ensuite aborder avec profit l'étude des enquétes proprement dites. Les indicateurs, outils de 1a quantification en épidémiologie Pour quantifier un phénoméne de santé dans une population, la méthode con effectuer des dénombrements, en vue d'établir une fréquence, en effectuant le choix de Vineidence ou de la prévalence, et en les utilisant sous la forme d'indicat-soaneotjdxo sopnig $2] suep teUTLHEIgp ajou un anofdIIq “enbyoozeue no anbrooztEd ‘anbnoozida ‘anbnoozua : sarpefeur sap sanbiBojoruapidp souuoy sej sendunsip ap tsure yeuned sdwioy np sino ne eouapioul,, ap woneLeA ep gadap oT “eLpeleut 2un,p onbifoorwgpid9 auto} P| Jastupioexea ap 1ouLs0d nb ajj9 489,9)“@puUOP aporiad aun iueinp (enbsia y no) saiqndaasns snpratpur sap zeyo arpeyeu oun,p uoniredde,| sesnseut ap youned aij “,apuuop apowed eun,p sinos ne ‘spurua1p uole|ndod aun suEp ‘ompejeur oun,p xnvaanou sxoXoq ap NO Sv9 Op a1qUIOU a}, 18a AdUaPIOUT,| “VONTULFP 1d aouaprouy (ginwey 10) “spo so9 ans sfuoA1aqUL mod arAn@ UO AUTO |anyLUOA ama y suegour sap anejdumey ans quanbgsuos xed 19 ‘uonvjndod vj ans v ayjanb jovdumt ans gques ap ewuumeafoud un,p aqusuodsax a] autoyur ajjo stew “aypeyeu el 2p anbrunusp vf ans sed audtasuos at a|fq -ajjanuue eauopeagad e] oydutaxo sed “apuruar9p aporiad oun quepuad arpejeu vl ep a[eqo[s aouanbgay aum ayuosgadax ajay “epoued a1giuiep ay}90 ywepued sniedde seo sa] soar sasifiqeiduios yuos aaigpisuoo epolisd | Suep seo ap 1eI9,1 ¥ SmMofinor os nb 18 sayuapgo9ad seporrod so] NO v] suEp snaedde seo so] anbsind ‘otpeyeui ¥| ap aaanp v| 19 ‘sto xnveanou ap uontedde, stoy P| ¥ a1QIUT alla *,9uuop yUeISUT UA ye No aauUOP apoLiad auN,p sinod ne ‘guTUAIp uoNe|ndod aun suep ‘appeyew oun,p siogoy ep no sko ap [e101 aiquIOU a}, 19 eoUD|eAgud ey aouateagad *(eouapiour) aguppisuoo apoued e] juepuad ye19,p sjuewaSuEYD se] 12 (eouayeagad) apuuop apouiad aun juepuad no guuop jwawoUL un ¥ syeI9 Sa} : sWAWAUDAS,P sad&y xnap sonunsip v UNpuoD sjuatuaIquIOUaP seq suEP sdwa, Np UORUAArIUt/T sjuawasquougp sa ans sdway np 3ayJ9,1 2p UOHLUTMADEG (9 “(sajqussod saotianmnos0,p equiou 9] sed agsiaip amuapgoaid oouanbgiy) eanejas souanboay e] 19 (scluioy ap ajjeasequt sed syuatiauoas,p axquiott) anjosqe eouanbaxy Bj JanBunsip Wop UO. aouanbgay aun sourmzayaq (q punsou auguoudyd np uoNealytuENb Bf ns sajfonuesse suotssnosedga sap 8 110d 92 30] ‘Jajdayo ‘JewrUe : onbusHeys gun, xp uoNUYSd s UONPULIOJUT aaINe : (TeyNSEI UOS Ja) [eJUaUTIAdxe ysa1 ‘ anbrutjo seo. : Jazquiouap ynaa uO] anb 20 ap asioaid aanenenb uonruYysp : ,seo,, np UOMIUyed » : wonest[eer ang] B sajqusuedsipul sjoadse xnap saj snos sIuygp ang WaAtop s}uawiorquIoUap $2. squawraiquiouap $97] anbrZojorapidg najeorput un,p uonesoqul,t & sa{qujeaad sodeyg (te‘incidence est donc un indicateur de I'évolution dans le temps d'une maladie et de sa dynamique (Voir formule) D’un point de vue pratique, incidence et la prévalence ne sont pas déterminées dans les mémes conditions. Pour estimer la prévalence, on a besoin d'une seule détermination par animal, alors que pour l'incidence, il faut au moins deux mesures, une au début de la période dobservation (pour déterminer les animaux a risque) et d'autres pendant la méme période, L'incidence présente linconvénient d'étre fortement influencée par les mouvements de sortie de la population (soustraction au risque), et par le fait que les animaux sont exposés au risque pendant des périodes de temps variables (addition d'animaux a risque). Ces difficultés conduisent & introduire une dimension temporelle a lincidence et A utiliser la notion d'animaux-temps (ou personne-temps en épidémiologie humaine). Les indicateurs des rapports Définition ; Un indicateur (de santé) est une "variable reflétant I'un des aspeets de l'état de santé d'une population”. Les étapes préeédemment définies ne sont qu'un préliminaire a l'élaboration d'un indicateur. En effet, il faut éliminer les répercussions de différences deffectifs de populations. Pour cela, les dénombrements sont traités sous forme de rapports qui constituent finalement les indicateurs. Le dénominateur détermine la nature de ce rapport (proportion, taux, ratio), et par conséquent autant de types dl'indicateurs différents. Il n'est pas exagéré de dire que tout le secret d'un indicateur réside dans le choix du bon dénominateur. f Indicateur _Les tapes d'élaboration d'un Indicateur _| Différents Indicateurs 1. Définition du cas a dénombrer Proportion : n+/ n+ n-(poureentage) | 2. Choix de lunité statistique Taux : n¥/ susceptibles soumis au risque et | 3. Choix de ’intervalle de temps —_| par unité de temps | 4, Incidence ou prévalence Ratio= a/b |__. Choix du dénominateur Les étapes de I’élaboration d'un indicateur épidémiologique, et les différents types dindicateurs épidémiologiques. nt, no: individus présentant ou non (respectivement) le caractére étudié a, b : effectifs appartenant a des ensembles distinets,Proportion Une proportion est un" est inclus dans le dénominateur" Tapport (ou quotient) entre deux grandeurs, dont le numérateur ee 0 Par exemple, la proportion de males dans une population. Une proportion nia pas de dimension, et ses valeurs sont comprises entre 0 et 1. Elle est souvent exprimée en pourcentage (c'est-A-dire multipliée par cent). La Proportion, le pourcentage sont done des fiéquences relatives. Taux Au sens large, il s'agit du "nombre d'événements observés par unité de temps, rapporté 4 la population soumise au risque. Par exemple : le taux de prévalence annuelle ; le taux de prévalence instantanée au 31 décembre de l'année. Quelle que soit la conception d'usage, il existe différents taux. ‘Taux brut : C'est le taux le plus simple de la fréquence d'un événement au sein d'une population pendant une période donnée. Il exprime une mesure globale, qui ne tient pas compte des facteurs de variation dans la population. On donne les exemples suivants © Taux de mortalité = nombre de morts / population soumise au risque (toujours incidence, car les morts sont obligatoirement des cas nouveaux) ; © Taux de morbidité = nombre de malades / population soumise au risque (incidence ou prévalence) ; co Taux de létalité = nombre de morts / nombre de malades (incidence). ‘Taux spécifique. Clest le méme, mais dans des sous-populations données ; par exemple par classe de, par sexe, par race, etc. Un taux spécifique permet d'une part de ne considérer que la population effectivement susceptible. Par exemple le taux d'avortements rapporté aux seules femelles (et non a ensemble de la population comportant aussi bien les males que les femelles). II permet d'autre part une mesure plus fine du phénoméne, en distinguant des populations qui peuvent avoir un degré de susceptibilité different, par exemple le taux de mammite selon le nombre de lactations. De nombreux autres taux dérivent des précédents, selon l'usage que l'on veut en faire ; par exemple le taux de fécondité, de gestation, ete. Ratio Cest le rapport entre les valeurs de deux variables, du type a/b. Dans un premier sens, il vise A comparer un phénoméne dans deux groupes différents. I! est constitué du rapport des fréquences de deux classes d'une méme variable ; par exemple le sexe ratio &concernant la Variable sexe du nombre de males au nom qui comporte lbte de femelles, Dans un deuxiéme sen; ime S, il permet de ra . 'pporter un effectif a differente, Par exemple ; nombre de Vike au metre oe ol et Pat an, Ce type d'indicateur est précieux dans les Nimpossibilité d'estimer la transhuma Population qui devrait fi igurer au dénominateur (populations Sumantes) : on rapporte alors les cas a des unités de surface, TH EPIDEMIOLOGIE ANALYTIQUE (Cas de la PCB) 1, Agent pathogene Vagent de Ia PPCB est un mycoplasme appartenant a ce qu'on appelle le "groupe Mycoides”. Ce groupe contient 6 espéces et sous-espéces de mycoplasmes pathogene : Mycoplasma mycoides. Aujourd’hui, des différences de virulence existent entre des souches provenant d'un méme pays, donc ces différences existent a fortiori entre des souches provenant de deux continents différents, 2. Transmission 24, Matériel virulent Liagent de Ia PPCB se rencontre en grandes quantités dans la lymphe péripneumonique, dans le contenu des alvéoles et des bronches. Le jetage contient agent de la maladie. mais de fagon intermittente. La principale source de dissémination du pathogéne est Jaérosol de la respiration et de la toux d'un animal au stade aigu de la maladie. Les ganglions au voisinage des Iésions sont aussi porteurs du germe. A un stade précoce, of les animaux sont fébriles, l'agent semble se disséminer par la voie sanguine dans tout Vorganisme 2.2, Evolution de I’infection, porteurs chroniques et sites de persistance du germe L*agent colonise l'organisme et ne reste pas cantonné dans la Iésion locale. Il peut done se disséminer dans tout lorganisme. Lors d'une infection naturelle, certains animaux développent des Iésions chroniques. Ces animaux sont pour la plupart cliniquement sains, malgré existence de lésions encapsulées que I'on appelle séquestres, Dans les zones d'enzootie, on observe en majorité des formes moins sévéres de la maladie et il semble que la virulence de la souche diminue et que les animaux acquiérent une certaine résistance a la maladie.2a, Temps d'incubation La longue période d'incubation ost un faeteur im maladio, I est difficile dobserver le la mesure od Ton ne pout pas déterr dans les conditions naturelles, quand portant de ta dissemination de la Ala exact entre Hinfection et les symptémes dans ininer avec précision, au cours d'une transmission infection a tieu chez Manimal. C'est seulement en probabilité de contact d'une courte durée que l'on ps d'incubation réel, Toutefbis, une transmission indirecte de | favorables, par exemple, se plagant dans des conditions de forte Pout estimer assez précisément le tomy la maladie semble possible ; lors de conditions ‘est-d-dire un taux élevé dhumidité et Vabsence de turbulence, \Isemble que la péri pneumonie ait 6 iransmise par voie aérogéne d une trentaine, voire lune cinquantaine de metres, Des chercheurs ont expérimentalement réussi transmettre {a PPCB par ingestion en affourrageant des bovins avec du foin infecté, Des essais ont confitmé ta transmission transplacentaire de Mycoplasmes dans des cas d'infection aiguts 3. Réceptivité de héte 3.1, Espdces Les seules espdces spontanément réceptives sont celles appartenant au genre Bos : Bos taurus, le taurin et Bos indicus, le zébu, La maladie a exceptionnellement été rencontrée chez le bison, Bison honasus, et le yack, Pophagus gruniens, Le buffle domestique est réceptif, comme le montrent les épizooties de PPCB en Asie, contrairement au buffle sauvage d'Afrique. Les petits ruminants sont par contre insensibles a la maladie naturelle ou. inhalation d'aérosols. 3.2, Races En Afrique de 'Ovest, le taurin N'Dama semble plus sensible que le zébu car il réagit plus violemment a la vaccination et présente des signes cliniques de Vinfection plus graves, Ainsi, le N'Dama de Guinée est plus sensible que le zébu. 3.3. Ages Il semble que les veaux non sevrés soient trés peu sensibles a la PPCB. Ils développent des Ilésions mineurs aux tendons et aux articulations plutdt que des formes pulmonaires typiques. Du sevrage jusqu'a 12-18 mois, la sensibilité reste modérée, mais augmente graduellement, A partir de 2 ans d'ge, les animaux atteignent leur sensibilité maximale (Provost et al,, 1987). Toutefois, différentes observations ont contredit ce schéma. 3.4, Facteurs individuelsLors d'une infection naturelle ou expérimentale, are résistant a la maladie. : Un certain pourcentage d'animaux peut 3.5. Facteurs favorisants De nos jours, idite mo He . la rapidité des moyens de transport, l'augmentation du commerce ely a plus Brande susceptibilité aux maladies des animaux de grande Pi 'vité, V'intensification des productions animales, augmentation de la taille des exploitations et les importations dans les pays indemnes de certaines maladies, favorisent la pérennité des épizooties, » Le pastoralisme (la transhumance et le nomadisme) est la cause majeure de expansion de la PPCB, comme observé chez les Masai et Barbaigi de Tanzanie. expansion de la PPCB est toujours attribuable au mouvement d'animaux infectés, comme en Afrique de ‘Quest, par exemple, oii la majorité des éleveurs sont nomades, ce qui rend la maladie encore plus répandue dans cette partie du continent (figure 18). De méme en Afrique de I'Est, les zones de persistance de la PPCB sont essentiellement peuplées de nomades. > Le commerce du bétail joue un rdle majeur dans la diffusion de la maladie, comme le montrent les nombreux foyers observés le long des routes commerciales en Afrique. > Les problémes socio-culturels, économiques et politiques, la situation commerciale peut changer rapidement et favoriser les mouyements d'animaux, les exportations de bétail. La crise économique a généré des mouvements d’animaux avec une répercussion épizootiologie importante. > Les problémes ligs au développement ; Les programmes de développement incluent une augmentation de la productivité qui sobtient en partie par introduction de bétail "exotique" a fort potentiel génétique mais aussi plus sensible aux maladies locales. > Le Climat et la saison. Certains auteurs ont observé que la PPCB était plus rare dans les régions plus arides. En effet, ceci pourrait s'expliquer par la faible résistance de Mycoplasmes dans le milieu extérieur. Par exemple en Australie, oii les précipitations sont de 150 & 250 mm par an, la maladie semble plus rare. ‘On peut supposer que de plus grandes quantités d'agent pathogéne sont tués dans le milieu extérieur, ce qui freine sa dissémination et nécessite un contact encore plus étroit pour réaliser sa transmission. Certains auteurs ont montré que la propagation et la sévérité de la maladie sont augmentées dans des conditions de température modérée et de forte humidité ce qui correspond au elimat des régions qui ont été les plus touchées par la PPCB.;, EPIDEMIOLOGIE MOLECULAIRE | Définition = done pu étre étudiée que récemment grace a des techniques plus performantes. 2. Applications Lépidémiologie moléculaire comporte de nombreuses applications dans difftrents domaines : diagnostic, phylogénie, taxonomie, pathogénicité, épidémiologie... Le diagnostic de la maladie nécessite lidentification de la sous-espdce des mycoplasmes. Or la différenciation des espéces et sous-espaces entre elles est aujourd'hui acquise. Les efforts portent actuellement plutét sur la diversité génomique des souches de mycoplasmes qui cireulent dans le monde. L'identification de la souche qui circule dans un foyer de PPCB procurerait en effet des informations épidémiologiques précieuses = le rOle des porteurs chroniques comme réservoir de la maladie ou comme acteur dans la transmission est encore mal défini, Si une méme souche est identifiée a un méme endroit pendant une longue période, c'est qu'elle persiste chez des porteurs inapparents. Lors dune épizootie de PPCB, l'identification de la souche donnerait les origines possibles de la maladie. A une plus grande échelle, il serait possible de retracer un historique de la maladie dans un pays en fonction des souches isolées. V. _ EPIDEMIOLOGIE OPERATIONNELLE Quelle que soit la maladie étudiée et la population concernée, l'épidémiologie comprend une démarche visant & lutter contre les maladies, elle fournit les informations utiles & la lutte, Ainsi, les campagnes de prophylaxies sanitaire et médicale sont organisées en fonction de l'épidémiologie de la maladie, La prophylaxie correspond & Tensemble des mesures médicales et hygigniques visant & prévenir l'appatition d'une maladie, a en limiter le développement et & en assurer la disparition. Le but ultime d'une prophylaxie est I'éradication de la maladie, Ainsi, pour qu'un pays soit déclaré indemne de PPCB, plusieurs étapes sont nécessaires (1997) : } Déclaration d'intention d'éradiquer la PPCB ;% Déclaration, par le pays lui-méme, d'absence provisoire de la maladie: S Déclaration d'absence de PPCB clinique, aprés contréle sous !'auspice de FOIE > Déclaration d'absence de PPCB en fonction de critéres encore plus rigoureux en matiére de surveillance et de contréle. Selon que le pays pratique ou non la vaccination, OIE distingue 2 processus différents «'éradication de la PPCB (1997). ee ee ee Déciarations possibles | | Pays Eerie lite feneraee|| proviesiernent de PPCB & PPCB, clinique (OIE) 4 Surveillance: lance et enquéte ‘Atsence de maladie at de vaccination a : 2 Tipe es) Be eee Es Processus d'éradication de la PPCB dans un pays pratiquant la vaccinationDeclarations possibies i Intention ' @éradiquer la ' Pays enaored Pays indore hii ! de la maladie (OIE) ' ‘Surveillance et enquétes; contrdle intensif; mesures de surveillance \ épidémioiogique eke 7 7 1 aaa I ' ‘Absence de vaccination. Traitement officiellement interdit. 1 f i i i ' aan : |__ Absence de maladie ‘Absence de maladie | ' I {Abattage du demier troupeau infecté \ ‘ou contaming Temps (années) Processus d’éradication de la PPCB dans un pays pratiquant la vaccination