Vous êtes sur la page 1sur 39

Lalphabet, la Machine et l'ADN : lincompltude causale de la thorie de la programmation en biologie molculaire1

Giuseppe Longo
Laboratoire d'Informatique CNRS et cole Normale Suprieure, Paris et CREA, cole Polytechnique http://www.di.ens.fr/users/longo

Pierre-Emmanuel Tendero
CREA CNRS et cole Polytechnique, Paris

Introduction La difficult immense danalyse des phnomnes du vivant pousse souvent les scientifiques recourir la mtaphore, avant de proposer (voire la place de) un modle, dans le sens physicomathmatique du terme. Cette attitude, bien rare en physique, se justifie par la moindre mathmatisation des sciences du vivant, o la variabilit est conjugue linvariance, la nonstationnarit ou gnricit des volutions possibles prvaut sur la spcificit des godsiques, ces dernires tant des proprits essentielles aux approches mathmatiques telles quon les connat en physique (voir [Bailly, Longo, 2006]). Or, le modle simplifie, la mtaphore complique [Nouvel, 2002]. Elle ajoute de linformation, elle fait rfrence un (autre) cadre conceptuel prgnant, un univers de mthodes et de connaissances que lon transfre sur celui de dpart. Elle peut tre utile, voire ncessaire, mais il faut essayer de comprendre ses consquences, en particulier les mthodes, les concepts et lhistoire quon transfre ainsi sur lobjet dtude. De plus, lorsquon fait rfrence une mtaphore explicative, celle-ci devient lobjet dune sduction pour la pense. Si on lutilise alors comme suggestion pour la solution dune question philosophique, on parviendra, la faveur de cette confusion, faire apparatre cette mtaphore comme une consquence philosophique de lanalyse scientifique [Nouvel, 2002]. On discutera ici certains aspects de deux mtaphores communes pour le rle et laction du gnome, tout en proposant dabord des cadres historiques et conceptuels propres aux notions utilises mtaphoriquement, lalphabet et lordinateur digital avec ses programmes. On essayera aussi desquisser une analyse critique de certains des acquis empiriques sur la structure de lADN, tout en tant conscients des limites de nos choix, peut-tre arbitraires, dans limmense richesse de la littrature sur le sujet. En particulier, on mettra en vidence les insuffisances conceptuelles dune structuration causale de lontogense, qui serait compltement dcrite dans lalphabet molculaire, en termes de thorie de la programmation, avec ses notions intrinsques de dtermination/dduction. On s'interrogera galement sur la possibilit de proposer une analyse de l'ontogense partir des mthodes usuelles de la physique, dont lanalyse diffrentielle des paramtres et des observables. 1. Lalphabet, en quelques lignes. Dans [Havelock, 1976 ; Herrenschmidt, 1996], on raconte lhistoire fascinante de la naissance de
1

In Evolution des concepts fondateurs de la biologie du XXIe sicle, (Miquel ed.) DeBoeck, Paris, 2008. 1

lcriture, partir des symbolismes magiques et de lidogramme, jusquaux notations syllabiques et lalphabet. Ce dernier, un grand tournant qui va marquer notre culture, est un passage extraordinaire vers labstraction. Le flux du langage, un chant continu, est dcoup dans des fragments sans signification, des lettres, des consonnes en fait, qui ne doivent pas avoir de signification, ni dhistoire. Contrairement au hiroglyphe, lidogramme, la lettre, composante lmentaire (indcomposable) de lalphabet, est trs simple et insignifiante ; par contre, un idogramme, mme lmentaire, peut tre trs complexe, dans sa structure ou dans son rapport lespace de la signification voque. De plus, lalphabet force un dualisme nouveau : on dpartage la pense, organise dans la langue (crite), de lobjet de pense, du monde ; en fait, le sujet connaissant de lobjet connatre. Voil donc une pratique historique des plus anciennes, dabstraction de plus en plus pousse, en tant que parfaitement dtache du monde : des signes qui obligent prendre du recul par rapport la signification, rflchir ce que lon dit en tant qu'on signifie et qui poseront la culture grecque, la premire avec une notation complte pour les voyelles, le problme de la signification (semeion). Que veut dire ce jeu de signes insignifiants ? Le fait que lalpha soit, peut-tre, une tte de taureau penche, na aucune importance : on doit oublier toute origine vocatrice des lettres, pour lire et comprendre. On les juxtapose et un signifi merge. On arrive mme composer une phrase qui dit cette phrase est fausse , paradoxe ahurissant - les chinois nont pas produit ce genre de paradoxes : leurs jeux de mots sont plutt des contrapositions de significations (un mme vendeur qui vend une pe qui perfore nimporte quel bouclier et un bouclier qui rsiste toute pe). Et Aristote, en dveloppant de faon analytique les ides de Platon, dmarrera la smantique moderne : la neige est blanche si la neige est blanche, expliquera Tarski sans beaucoup doriginalit - les signes insignifiants, juxtaposs, font rfrence la vrit, qui est dans le monde. Adequatio intellectus et rei disaient dj, suivant Aristote, ses Commentateurs, car, pour lui, lintellect, la pense, est limpression de lettre de lalphabet sur notre corps, tout comme elles sont imprimes sur une tablette de cire [Cappuccio, 2003], rflexion audacieuse, laube de la philosophie. Il y a donc ici la pense, alphabtique, voire succession de 0 et 1 (disait-on en Intelligence Artificielle), parfaitement dtache de toute signification (une pense formelle, un Turing-calcul programmable disent encore certains logiciens-philosophes), l le monde des choses, bien separs : ladquation de la premire au deuxime constitue le critre de (la) vrit. Cette pense-calcul sans signification aura son analogue dans le paradigme du programme gntique. Mais comment merge-t-elle cette signification partir dun jeu de signes alphabtiques sans signification ? Cest le phonme qui produit le sens : cest--dire, il faut prononcer, chanter, pour quil y ait mergence du sens. Il faut revenir au chant originaire, ce continu de la communication humaine, o la distance mesure entre les mots nest pas plus grande que celle qui est entre les syllabes. Ce chant dcoup, atomis par la construction alphabtique, est l'invention qui a marqu notre civilisation [Ong, 1988 ; Sini, 1994,] : cest partir de lalphabet que lintelligibilit est donne par le dcoupage du monde en atomes individuellement insignifiants (Dmocrite) ; mme le raisonnement est intelligible et certain, seulement si dcoup en anneaux atomiques, lmentaires et simples, sorte dalphabet de la pense (Descartes, mais aussi, leur faon, Frege et Hilbert) ; et lon associra ainsi des lettres aux bases dans lADN. Mais, nous insistons, ces atomes, dont les consonnes sont des pitch linguistiques sans sens, produisent le sens par la voix, le phonme. Un chant que lon doit produire haute voix, ncessairement pour apprendre, comme pratique tout enfant, mais mme pour comprendre. La lecture est faite haute voix, pendant des sicles. SantAmborgio (IVe sicle, en Lombardie), un des rares lecteurs en silence

cit, a frl lhrsie, car il suscitait merveille et inquitude : il faut produire des sons dans le dialogue lu avec Dieu. En fait, la lecture tait presque exclusivement sacre et Rome sinquite. Ambrogio et sa secte de lecteurs silencieux sera mieux matrise, en le sanctifiant (on connat limportance du dialogue intime avec Dieu chez les anti-papistes, quelque sicle plus tard : le Pape de lpoque avait bien compris lenjeu). Mais mme dans le silence de la voix, il faut produire des sons, mentalement au moins, pour lire lalphabet : le phonme est ncessaire la transition vers le sens. Tout alphabet est phontique. Par contre, un idogramme voque une signification sans mdiation sonore : si vous avez besoin des toilettes, dans une gare du monde, et vous voyez lidogramme correspondant, vous agissez, sans aucun besoin de prononcer le mot, dans aucune langue, pour y aller. Nous tous, alphabtiss, nous produisons en lisant le miracle du musicien expriment qui entend la musique dans sa tte, quand il lit une partition - une autre formidable criture alphabtique-phontique, dcoupage atomique du continu musical, aux liens de continuit souvent explicits. On cherchera lanalogue du phonme dans la lecture alphabtique du gnome. 2. La machine La force de lalphabet, ces rails pour la pense, dAristote Descartes et aux systmes arithmtisant des formalismes logiques modernes, nous a donn la plus formidable des sciences au monde : lintelligibilit du complexe par son dcoupage en composantes lmentaires et simples, atomiques, inscables et certaines, dpourvues des ambiguts du sens. Et la Machine de Turing (MdT), lordinateur digital, sera lapothose moderne de la culture alphabtique, synthse ultime de la science de Dmocrite, Galile, Descartes et Laplace. Mais il ne faut pas se tromper : la MdT, lordinateur moderne, est srement alphabtique, par codage du monde dans un alphabet de 0 et de 1, mais elle sest spcifie dune faon bien particulire. Elle a son origine dans une histoire trs riche, qui mlange la culture des horloges mcaniques, la logique boolenne et, surtout, le tournant arithmtique dans les fondements des mathmatiques. Cest le dlire (Frege, 1884) propos par les gomtries non-euclidiennes (la gomtrie riemannienne, en particulier), la catastrophe de leur signification dans lespace sensible, qui pousse les pres de la logique moderne vers un fondement des mathmatiques exclusivement logico-formel, sans rapport lespace et au temps, un rapport si fortement mis mal par la perte de lunit des espaces de lintuition sensible et physique, lespace dEuclide et de Descartes, labsolu de Newton. LArithmtique de Dedekind-Peano, devra tre alors, pour Frege et Hilbert (quoique de faon trs diffrente), la bottom line de toute certitude. Le nombre entier, concept absolu (Frege) ou notion formelle dans le cadre dune thorie dmontrablement non contradictoire par leurs propres moyens (Hilbert), en dehors de lespace et du temps, en dehors du monde, doit garantir les fondements certains, lmentaires et simples, de tout ldifice des mathmatiques, une fois reconstruits ou encods en Arithmtique, le continu de lAnalyse (Cantor-Dedekind, 1880) et toutes les gomtries (Hilbert, 1899). Et la rgle, absolue, arithmtique, logique ou formelle, engendre la consquence logique, reconstruit, voire produit, la pense mathmatique ; rgle, pour Hilbert, formelle, car appliquer dune faon potentiellement mcanisable , un pas lmentaire et simple, atomique, aprs lautre, sans les ambiguts possibles du sens. Et voil la rcursivit la Herbrand-Gdel (1930-31), et plus encore le lambda-calcul de Church (1932) et la Machine de Turing (1935) qui spcifient enfin ces mathmatiques du formel-potentiellement-mcanisable dont rvaient Peano et Hilbert : le calcul, suite finie de suites finies de 0 et 1, procde par sequence-matching et sequence-replacement,

et rien dautre. Et la machine arithmtique dveloppe ses calculs comme des preuves formelles : elles sont en fait identiques (isomorphisme de Curry-Howard). partir des rgles bien formalises, en amont de tout calcul, le processus effectif droule sa puissance expressive dune faon dterministe et (effectivement) prdictible. Puisque voil lenjeu : en passant ct, programmatiquement, de la gomtrisation de la physique, de Riemann-Einstein (Rlativit) et Poincar (Systmes Dynamiques), les fondements arithmtiques des mathmatiques gardent une culture laplacienne, voire aristotelicienne (Tarski), chaque fois quils sont confronts au monde (la dtermination formelle-mathmatique implique la prdictibilit, voire la dcidabilit conjecture par Hilbert, comme par Laplace en physique). Turing le dit trs bien dans son article de 1950, en rptant plusieurs fois que sa machine est laplacienne ( la prdiction est possible dit-il, mme si cela peut-tre difficile en pratique), lui qui depuis 1948 a commenc sintresser aux quations non-linnaires pour une dynamique dterministe de la morphogense, dont limprdictibilit est thorique ([Turing, 1952] ; voir [Longo, 2002], pour une discussion)2. Expliquons nous. Certainement, donc, la MdT est une machine alphabtique, mais son contexte dexpressivit est bien spcifique, riche dune histoire logico-mathmatique quon ne doit pas oublier, surtout quand on y fait rfrence comme mtaphore. Et ce nest srement pas lvocation du son, le phonme, qui en ouvre le parcours vers la signification. Sa smantique (oprationnelle) est donne par lapplication de la rgle de calcul, cet absolu de lcriture hors du monde, sur une base de donnes exacte et absolue, sans espace ni temps. Car la MdT nest pas dans lespace physique : des thormes garantissent que la dimension (cartsienne) de sa structure physique (matrielle) na pas de rle pour lexpressivit du calcul, contrairement tout phnomne physique. Son temps, scrt par lhorloge interne, nest pas un temps, tout comme il ny a pas de distance dans un univers vide, o il ny a quun mtre : un univers tout juste avec un mtre, voire une horloge, isol dans le vide relationnel. Fort justement, Turing dfinit sa Machine une Logical Computing Machine - un homme dans lacte minimal (lmentaire et simple) de la pense alphabtique, des 0 et des 1, manipuls par lapplication ordonne de rgles logico-formelles ; son implantation physique, spatio-temporelle, na aucune importance. Et sa nature prdictible est au coeur du calcul squentiel : elle peut se comprendre par le rle essentiel de litration lidentique, toujours possible ; une symtrie par translation temporelle qui caractrise lapplication des rgles de Frege-Hilbert-Turing (voir [Longo, 2002 ; Bailly, Longo, 2006]). Lenrichissement pratique de linformatique par la distribution des calculs et des machines dans lespace-temps physique, en rseaux, voire les systmes distribus et concurrents, rendent le calcul non-absolu en principe : diffrents parcours spatio-temporels peuvent produire des rsultats diffrents, partir des mmes programmes. Cela nempche que tout soit fait en informatique pour viter cet inconvnient et le succs pratique est remarquable (une approche intressante lanalyse et la gestion gomtrique de ces enjeux se trouve dans [Goubault, 2000], o lon utilise la thorie de lhomotopie une thorie des parcours connexes spatio-temporels ; dans [Aceto et al., 2002] on dveloppe des analyses mathmatiques et lon explique la perte de labsolu - ainsi que la prservation de lexactitude - dans les rseaux de calculs distribus et
2

"In a Discrete State Machine,... it is always possible to predict all future states". "This is reminiscent of Laplace's view ... The prediction which we are considering is, however, rather nearer to practicability than that considered by Laplace" [Turing, 1950; p. 47 and ff.]. Et cette fois la prdiction est praticable, puisque, nous verrons, une structure discrte a un accs exact aux donnes. Pour Shroedinger aussi, si les chromosomes, avec leur structure discrte et finie, contiennent le code dans son entiret, alors la connaissance complte de ce code est possible et elle nous mettrait la place "of the all-penetrating mind, once conceived by Laplace", quant prvision phnotypique [Shroedinger, 1951 ; pp. 22-23]. 4

concurrents, pour lesquels, justement, la MdT ne constitue plus un modle mathmatique adquat). Toutefois, les bases de donnes et les programmes restent exactes : le niveau dobservabilit est donn par la discrtisation et la dynamique est seulement spatio-temporelle, elle nest pas due la structure de dtermination, en tant que dpartage entre dtermination globale et causalit locale, comme dans les dynamiques non-linaires en physique (voir [Bailly, Longo, 2006]). Expliquons nous. La MdT est laplacienne, comme lon disait plus haut, car la symtrie par translation temporelle de la structure causale (litrabilit lidentique) est synonyme de prdictibilit de son cadre dynamique dterministe. Son univers mathmatique exact (digital) garantit cette proprit cruciale, car cest la causalit locale, en dessous de la mesure physique possible (voire de la discrtisation), qui produit limprdictibilit mathmatique des systmes continus (comme les appelle Turing, 1950), cest--dire des dynamiques dterministes non-linaires, dans notre langage (soumis lexponential drift, prcise Turing en 1952 ; sensibles au conditions initiales ou au contour, disons-nous aujourdhui, dont le rle des variations mme inobservables est intgr dans la thorie voil le sens du modle turingien de la morphogense). Cette causalit locale du non observable na mathmatiquement pas de sens dans des structures de donnes topologiquement discrtes, dont le niveau dobservabilit est donn par la structure digitale et rien ne se passe en dessous, par engagement thorique (et pratique ; certains intelligents artificiels classiques nous disent souvent ici que les machines aussi se trompent, par des dfauts du matriel ou des bogues des programmes par exemple ce qui serait synonyme dintelligence, voire de crativit ; mais la faillite logicielle ou matrielle, rarissime, a toute autre mesure de probabilit par rapport la certitude de la non itration propre nimporte quel systme dynamique, quelque peu sensible aux conditions aux contours). En plus, la MdT est surtout une machine logico-arithmtique : elle suit la rgle formelle et rien dautre, une rgle donne en amont, indpendante de tout matriel, dans un langage de type arithmtique - voil aussi pourquoi, dans sa structure discrte, elle agt dans un cadre, artificiel, la Newton-Laplace, o la loi est normative. Dans lunivers de la physique moderne, on ne propose plus des lois formelles qui, en amont, mouleraient le monde, mais on analyse des phnomnes par la construction de cadres mtriques (de mesure), faits de pics et valles, des gomtries adquates o des godsiques (qui minimisent les longueurs dans la mtrique donne), voire des symtries et des invariants, nous donnent une intelligibilit mathmatique possible ([van Frassen, 1994 ; Bailly, Longo, 2006]). Cest dans ce cadre quon peut faire enfin une distinction entre stabilit structurelle globale et causalit locale (une distinction quon pourrait attribuer au dbat R. Thom vs. I. Prigogine) : une perturbation/variation en dessous de lobservable cause/est lorigine de la trajectoire spcifique. Cette distinction na pas de sens dans des structures dont la topologie naturelle est discrte, comme les bases de donns digitales et les systmes informatiques. Voil, trs rapidement donc, la structure causale implicite, de type laplacien, la notion de programme (voir [Bailly, Longo, 2006] ; on y reviendra dans le 4.1). 3. LADN. Passons maintenant des quelques certitudes quon peut avoir au sujet de la thorie de la calculabilit, si bien ancre sur llmentaire et le simple (tout en atteignant le trs compliqu, par composition du simple), une analyse critique du recours la notion de programme gntique en tant que cadre d'interprtation des liens qui unissent cet lmentaire trs complexe qu'est la cellule vivante (lmentaire, du point de vue du vivant, car si on la dcoupe elle meurt, mais complexe, peut-tre infiniment complexe, par rapport toute mesure physique) cette
5

composante discrte si importante des systmes biologiques : lADN. Dans la suite de ce paragraphe, on s'intressera plus particulirement la question du rle physiologique des gnes et on s'interrogera, dans un premier temps, sur les dfinitions successives qui en ont t proposes, ainsi que sur la compatibilit de ces dfinition entre elles (3.1). En vue d'expliciter ce qui, notre sens, fait ici problme, on essaiera (3.2) de mettre en vidence le fait que, malgr les assertions historiques ritres de la gntique, l'existence d'un lien de causalit direct entre gnes et caractres ne peut tre solidement tablie sur la seule base des donnes exprimentales dans la mesure o ces dernires se prsentent a priori comme le rsultat d'expriences diffrentielles, en un sens qu'on essaiera dexpliciter grce des rfrences empruntes la physique et linformatique. La question principale qui nous occupera alors sera celle de savoir s'il existe un cadre thorique adquat permettant de concilier les assertions de la gntique (classique mais aussi molculaire) et les faits exprimentaux. On soulignera, en particulier que, de ce point de vue, la thorie de la programmation est incapable par principe de fournir un tel cadre (3.2.2). On se demandera ensuite (3.2.3 3.5) si, passant outre cette premire restriction (qui reste nanmoins dirimante pour la thorie du programme gntique) et en admettant, malgr tout, l'existence d'un lien de causalit direct entre gnotype et phnotype, au moins dans le cas de la biologie molculaire le recours la mtaphore des machines de Turing et certaines notions apparentes de la thorie de l'information permet de construire un cadre conceptuel robuste capable d'unifier sous le concept de gne les proprits structurelles et fonctionnelles de l'ADN. 3.1 Le concept de gne du point de vue de l'histoire de la gntique moderne. Du point de vue de l'histoire de la gntique moderne, il nous semble qu'on peut reprer trois grandes caractrisations successives de la notion de gne qui se sont superposes les unes aux autres pour finalement aboutir une dfinition opratoire, certes, trs prcise, mais qui est devenue problmatique dans le cas des eucaryotes suprieurs. En effet, le gne a dabord t dfini comme une hypothtique unit fonctionnelle de recombinaison (cest--dire dassortiment et sgrgation), objectivable dans le cadre dexpriences d'hybridation par le fait qu'elle permettait de formuler des prdictions, en probabilit, relativement la frquence des caractres dans la descendance d'une gnration parentale dont le gnotype tait suppos connu [Mendel, 1907]. Par la suite, cette dfinition a t complte, partir des travaux de Morgan et de son collaborateur Hermann J. Muller [Morgan, 1926], par l'hypothse supplmentaire selon laquelle le gne tait le lieu d'une modification structurelle au niveau des chromosomes, modification qui tait cense intervenir dans la transmission diffrentielle des caractres. En d'autres termes, le gne est alors devenu une unit structurelle de mutation, unit qui, du reste, tait encore seulement hypothtique puisque la localisation des gnes au niveau des chromosomes ne reposait que sur une simple analogie formelle entre le constat empirique de la recombinaison des caractres dans la descendance des individus et certains comportements remarquables des chromosomes au moment de la miose (c'est--dire les crossing over, "mcanismes" par lesquels les chromosomes apparis, se sparant pour former des cellules haplodes, changent "au hasard" certaines portions homologues de chromatine). Enfin, avec la dcouverte de la structure tridimensionnelle de l'ADN [Watson et Crick, 1953, Crick, 1957], le concept de gne a reu, pour la premire fois, une caractrisation la fois structurelle et fonctionnelle travers la formulation, dans les termes de la biologie molculaire, de l'hypothse - ou plutt du "dogme central" - de l'existence d'une relation entre gnes et protines que la dcouverte du code gntique devait bientt confirmer. Or, ce qui, notre avis, pose trs clairement problme aujourd'hui de ce point de vue, c'est qu'il semble de plus en plus difficile de remonter le fil de cette histoire, tel point, d'ailleurs, qu'il parait mme envisageable que ces trois dterminations
6

successives de la notion de gne ne se rapportent pas des entits et/ou processus identiques. La question quon peut se poser, du reste, face ce problme, est videmment celle de lapport que reprsente, en termes dexplication thorique, lintroduction des mtaphores gntiques du programme et du langage/alphabet. 3.2 Structure et fonction dans la dfinition du concept de gne. Dun point de vue trs gnral, on peut distinguer, dans ces caractrisations successives de la notion de gne, deux aspects remarquables, indfectiblement attachs l'un l'autre bien que leur conciliation se rvle nettement problmatique. Le premier de ces aspects, mme s'il n'est apparu que secondairement d'un point de vue historique, est celui de la caractrisation structurelle des gnes, tandis que le second concerne leur dfinition fonctionnelle. 3.2.1 Quelques prcisions quant l'orientation des remarques suivantes. Il est, certes, clair que les travaux de cartographie morganiens suggraient assez nettement lexistence d'une caractrisation structurelle des gnes. Nanmoins, il nous semble fondamentalement problmatique d'affirmer de manire premptoire que cette caractrisation structurelle est absolument superposable celle que propose la biologie molculaire aujourd'hui. En premier lieu, en effet, les loci repers par le biais des protocoles dhybridation morganiens ntaient associs des caractres que sur la base d'une interprtation causale, trs peu argumente sur le plan physiologique3, d'un ensemble de corrlations empiriques tablies entre, d'une part, la distribution observable des recombinaisons de paires de caractres au sein de la descendance d'une gnration parentale donne et, d'autre part, la frquence des crossing over au niveau des cellules germinales des individus. Or, ce type de mthodologie statistique laisse fondamentalement ouvertes les trois questions suivantes, qui sont cruciales, aujourd'hui, ds lors que se pose la question de la rinterprtation des noncs de la gntique classique dans le vocabulaire de la biologie molculaire. 1) Sur la base de quel principe physico-chimique a priori et/ou d'vidence empirique indiscutable peut-on affirmer que les localisations en question concernaient la seule molcule d'ADN ? 2) Si les corrlations observes doivent tre interprtes dans un vocabulaire causal - ce qui ne va pas aussi clairement de soi qu'on pourrait le croire (cf, par exemple, . 3.2.2 et 5.2) -, la relation causale ainsi mise en vidence est-elle ncessairement une relation de type bottom/up telle qu'elle existe dans les mcanismes de transcription et de traduction de l'information gntique4 ? 3) Quel rle causal peut-on attribuer, sur la base de ces analyses, la structure tridimensionnelle de la chromatine, laquelle a indubitablement une influence non-ngligeable sur la cinmatique des ractions chimiques dont le noyau des cellules est le sige ?

3 4

Et il ne saurait en tre autrement tant donns les moyens d'investigation molculaire disponibles l'poque.

Lesquels sont d'ailleurs, cet gard, les seuls pour lesquels la biologie molculaire dispose d'une explication thorique systmatique au sens le plus strict du terme.

En second lieu, on peut galement remarquer que, depuis les annes 60, avec la dfinition structurelle des gnes en rapport avec la synthse de protines, la question de la relation entre gnotype et phnotype ne se pose plus, dsormais, au niveau des caractres observables en tant que tels mais celui du mtabolisme cellulaire, ce qui indique, de la part de la biologie molculaire, un trs net recul, en termes de domaine de validit explicative, par rapport la gntique classique. On verra dailleurs plus loin que, strictement parler, on narrive mme pas au mtabolisme cellulaire proprement dit mais, encore que d'une manire problmatique (cf. 3.4.2), au rle enzymatique potentiel des protines dans les cycles biochimiques spcifiques du vivant5. Toutefois, il existe encore aujourdhui, en marge de la biologie molculaire au sens strict du terme, des travaux trs importants qui mettent en vidence le rle de certaines modifications de la structure du gnome des espces dans la modification d'un certain nombre d'lments phnotypiques associs. Par exemple, on sait trs bien que des modifications dans la disposition de gnes homotiques induisent des effets tratognes sur le dveloppement des embryons de drosophile. Mais il y a l, prcisment, quelque chose de problmatique nos yeux de logiciens et dinformaticiens : cet aspect tratologique, ou simplement diffrentiel, propre la mthodologie de la gntique ne semble pas se prter aussi simplement qu'il y parat une analyse rtrospective en termes causaux, voire dductifs comme en programmation. Discutons de cet enjeu, pour nous fondamental. 3.2.2 Mthodes diffrentielles et structure causale. La mthode empirique dominante en gntique molculaire consiste dans linduction de modifications gnotypiques et lobservation dventuelles variations phnotypiques. De quelle manire est-il possible dinterprter des corrlations empiriques de ce type dans un vocabulaire causal et comment une telle thorisation se rapporterait-elle aux pratiques habituelles de la physique, pour laquelle les mthodes diffrentielles constituent un protocole exprimental courant, ou de l'informatique, o la notion de programme a une origine logico-dductive et ses applications pratiques ? En physique, on appelle "mthode diffrentielle", la pratique exprimentale qui consiste driver certaines relations causales en fixant tous les paramtres d'un systme, sauf un que l'on fait varier dans un certain domaine restreint de valeurs. Et cela peut conduire proposer une rlation entre paramtres et observables (en fait, une quation) et, ainsi, mettre en vidence des rlations causales en tant que brisures formelles de symtrie. Considrons, par exemple le cas de lquation du gaz parfait lquilibre, pV = KT ; une fois cette quation asserte, une brisure de sa symtrie formelle, correspondant la brisure dun quilibre, s'interprtera comme lexpression dune relation causale possible entre les diffrents paramtres (par exemple, une variation de p, gauche, cause une variation de T droite). Par application de la mthode diffrentielle en physique, une telle quation peut donc tre reconstruite empiriquement en faisant varier la pression p seulement, par exemple, dans une certaine fentre de valeurs. Mais, comme cela a prcisment t le cas pour l'quation des gaz parfaits 50 ans aprs sa formulation historique, une relation de ce type peut aussi (et l'on serait tent de dire "doit", en physique) tre dduite mathmatiquement et de manire a priori dans un
5

Ces cycles, d'ailleurs, ne se limitent pas de simples ractions chimiques entre protines mais font intervenir, parfois de manire cruciale, diverses espces chimiques, molculaires ou non, au sujet desquelles il est bien difficile (pensons au cas des ions... ) d'affirmer que leurs proprits physico-chimiques sont places sous la dpendance de gnes. 8

cadre thorique plus gnral, celui de la physique statistique au moins pour la question qui nous occupe. Ce qui nous semble important, de ce point de vue, c'est qu'alors la causalit mise en vidence dans les deux cas n'est pas la mme, puisque, dans le second, on l'aura drive dune quation diffrentielle, qui propose un cadre de dtermination thorique systmatique et qui justifie (de manire a priori dun point de vue dductif, mme si elle lui succde gnralement dun point de vue historique) lanalyse diffrentielle empirique. Et cette quation est base sur des principes trs gnraux, les principes godsiques (ou de moindre action) qui rgissent lanalyse des trajectoires dun gaz, transfre ensuite la limite thermodynamique (une limite infinie, une intgrale). Or, tant que ce cadre manque, une quation du type pV = KT est seulement une dtermination formelle possible dune corrlation empirique et ne se prte pas, en tant que telle, une analyse proprement physique en termes de causalit objective, [Bailly, Longo, 2006]. En particulier, il y a toujours une infinit de lois - dquations - de ce genre (c'est--dire, polynomiales) permettant de raliser une interpolation entre les mmes donnes empiriques, dans la fentre des valeurs admissibles des paramtres ; tandis que la drivation formelle dans le cadre dune thorie bien explicite ne produit quune seule solution et le recours lexprience se limite alors la dtermination de la constante K - ou lventuelle falsification de toute la thorie, sans permettre lastuce de changer juste lquation. Pour en revenir au problme particulier qui nous proccupe dans ce paragraphe, c'est--dire, celui de l'existence d'un lien de causalit ventuel entre gnotype et phnotype, il nous faut donc souligner le fait que, bien que la mthode diffrentielle en gntique prtende atteindre la rigueur dmonstrative des thories physiques, l'absence d'un cadre thorique plus gnral ne permet pas de donner valeur de preuve scientifique aux seules expriences de tratognie actuellement disponibles. Ce qui rend causalement incomplet le discours de la gntique de ce point de vue consiste simplement dans le fait que cette dernire ne se trouve pas en position d'tablir l'existence formelle d'un lien de causation direct entre gnotype et phnotype. On peut en fait souponner ici la persistance implicite d'une certaine croyance causale pr-thorique (voire prscientifique), un peu comme si les gnticiens partaient du principe qu'ils pouvaient, en droit, produire une dtermination thorique systmatique par l'vocation de la mtaphore du programme informatique, sans ncessairement ressentir le besoin de lexpliciter dans un cadre thorique trs prcis (physique, informatique, ou mieux : proprement biologique). Ce que l'on veut dire, et que l'on exprimera encore d'une autre faon par la suite (. 4.3 et 5.2), c'est que d'une tude simplement diffrentielle du lien entre gnotype et phnotype, on ne saurait driver immdiatement une thorie causale, voire dductive comme en programmation (car un programme est une dduction), au sein de laquelle un gnotype donn produirait un phnotype spcifique, voire une gamme de phnotypes en fonction de certains paramtres de dveloppement (c'est--dire, ce que les biologistes molculaires appellent "norme de raction")6.
6

On peut illustrer le caractre problmatique de tels liens causaux de deux manires (en physique et en informatique). En premier lieu, en effet, les thoriciens de la mcanique quantique savent trs bien, tant donne la place centrale qu'a occup le dbat autour de ce cas ds les premires formulations de la thorie, que, dans le cas d'un tat intriqu, une mesure sur une particule du systme - mesure qui est une modification de l'tat de cette particule induit instantanment une modification identique de l'tat de la particule associe. Or, cela ne dmontre pas quil y a une relation de causalit entre les deux vnements ; et dailleurs il ne saurait tre question de relation de causalit dans ce cas, du fait de la finitude de la vitesse de la lumire. En second lieu, et de manire symtrique, en informatique, une modification de l'ordre des instructions d'un programme ne modifie pas ncessairement le rsultat d'un calcul alors qu'il existe des raisons fortes, notamment dans le cadre paradigmatique des machines de Turing, de parler d'une relation de causalit (laplacienne) propos du lien entre programmes et calculs (voir ci-dessus, 2). Et, par suite d'ailleurs, il est clair qu'en logique et en informatique, lanalyse de la smantique de la dduction ne saurait se contenter d'une simple mthode diffrentielle, voire perturbative, pour tablir un lien de causalit entre 9

La singularit physique du vivant est telle de ce point de vue quune thorie physicaliste de sa dtermination mriterait une analyse aussi fine quen physique quantique ou en relativit, o les espaces de Minkowski nous ont donn un autre aperu original des relations causales. Une analyse, toutefois, tout fait diffrente de celles propres aux thories physiques modernes (qui sont loin dtre unifies et diffrent fondamentalement des cadres classiques), par suite, certainement trs lointaine de la prdictibilit laplacienne que Turing lui-mme attribue ses machines tats discrets, [Turing, 1950]. Une des raisons fortes en faveur de cette singularit tient lenchevtrement et au bouclage entre les niveaux dorganisation propres au vivant. Lintgration et la rgulation, concepts qui sexpriment assez mal dans les thories physiques courantes, - et qui sont, en particulier, bien diffrents des feed-back de la cyberntique - sont une des composantes de cet enchevtrement et bouclage causal7. A cela, il faut encore ajouter que, ces aspects singuliers ayant t intgrs, il faudra encore rendre compte d'un point de vue strictement physicaliste de cette caractristique remarquable des systmes biologiques qu'est lunit dun organisme, que lon essaye danalyser ailleurs comme un systme de type critique aux longueurs de corrlations, entre paramtres, de la taille de lobjet lui-mme (voir Conclusion). Il est clair que ces diffrents lments, en particulier la complexit des corrlations, ne manqueront pas de rendre d'autant plus difficile l'application rigoureuse de la mthode diffrentielle consistant fixer tous les paramtres (et les observables) sauf un, faire varier ce dernier et en observer seulement les consquences directes. Mais peut-tre pourra-t-on le faire grce une thorie variationnelle (d'un type sans doute indit en physique) des phnomnes loin de lquilibre et prs de (voire dans (!)) la criticalit, o les longueurs des corrlations physiques divergent (on y reviendra). On ajoutera, d'ailleurs, que, dans un cas tel que celui de la phnocopie, connu depuis [Goldschmidt, 1938], les biologistes du dveloppement sont capables de crer des "clones phnotypiques", simplement en modifiant, de diverses manires, les conditions exprimentales du dveloppement (voir [Stewart, 2004] pour des rfrences rcentes). Dun point de vue
programmes et fonctions calcules. Il existe nanmoins un type danalyse, en thorie de la programmation, qui peut ressembler une mthode diffrentielle : la technique du bhm-out [Barendregt, 1984]. Le thorme qui en est lorigine permet de dmontrer quune diffrence entre deux programmes, en tant que termes du lambda-calcul (dans leurs arbres de Bhm, un niveau fini) induit une diffrence dans leur smantique, tant donns une smantique oprationnelle bien prcise ou certains domaines mathmatiques dinterprtation, [Barendregt, Longo, 1980]. Mais ce rsultat, qui peut tre considr de type diffrentiel, ne donne point la smantique dun programme (voire dun lambda-terme), son phnotype pour ainsi dire ! Il caractrise syntaxiquement les termes avec la mme smantique, dans une structure smantique dj donne (ou, au moins et plus techniquement, il dmontre que deux termes en forme normale syntaxtiquement diffrents ne calculent pas la mme fonction). Encore plus quen physique, donc, on donne dabord un cadre conceptuel interprtatif cohrent sound, en anglais (avec sa mtrique ou topologie, son interprtation mathmatique parfaitement claire sorte de cadre de la signification-dtermination comparable celui de la physique statistique, pour continuer lanalogie), ensuite on affine lanalyse de lgalit entre termes par une mthode diffrentielle. Encore une fois, lanalyse des variations contribue mieux expliciter des significations, voire les processus/functions/phnotype engendrs, une fois donne une interprtation directe et cohrente, bref ce que signifie/calcule un programme tout fait en gnral. Pour cette raison la notion de programme gntique ne permet pas de rendre compte du lien entre gnes et caractres seulement partir d'une analyse diffrentielle, car il lui manque (une proposition thorique autonome et scientifiquement solide de) une dtermination de ce lien dans le sens direct.
7

Un exemple trs simple mais qui suffit souligner les difficults dune analyse causale directe est le suivant : une modification de la concentration en certaines catgories ioniques dans le sang, par exemple, peut causer une baisse de la pression, contrairement leffet physique attendu, suite des mcanismes de rgulation qui over-react dans le sens inverse (effets ago-antagonistes, [Bernard-Weil, 2002]). 10

diffrentiel, donc, la pression, la composition chimique du milieu ou l'intensit locale du champ lectromagntique, en tant que paramtres de lcosystme, et, plus gnralement, tout le contexte extragnomique, sont causes du dveloppement de l'embryon tout autant que le gnome, si on reste un niveau purement empirique. On peut, par exemple, induire des effets tratogniques similaires ceux induits par le dplacement dun gne homotique (voir 3.2.1), simplement en modifiant la pression un certain moment de lembryogense. Et ds lors, l'assignation de causalit, ou plutt, de primaut causale au gnome dans la production d'un phnotype donn ne parat pas jouir dune assise empirique indiscutable et manque dun encadrement thorique rigoureux. Pour revenir l'exemple qu'on vient de citer, on ne voit pas de raison de principe pour exclure d'emble la possibilit que certaines modifications de la disposition des gnes homotiques causent en fait un changement de la ractivit de lembryon la pression.... Pour nous rsumer, on vient d'essayer de mettre en vidence, en l'illustrant de diverses manires, le fait que lexistence de corrlations empiriques entre les modifications de deux structures physiques ou simplement logiques ne dmontre pas lexistence dune relation causale directe entre elles ; et que, rciproquement, linexistence de telles corrlations ne dmontre pas l'absence d'un tel lien de causalit. Dans le cas de la gntique dveloppementale, on reste donc simplement, notre avis, et malgr une remarquable richesse exprimentale, au niveau de la constatation de l'existence de corrlations empiriques entre les modifications du gnotype et du phnotype. A propos de la question du rle du contexte dans la mthode diffrentielle et de son interprtation dans le cadre de la mtaphore du programme gntique, il y a encore deux remarques faire. Premirement, sil est vrai que le fonctionnement rel dun programme dordinateur suppose galement un contexte (un systme dexploitation, du matriel dun certain type), la thorie de la programmation est cependant ne in abstracto, hors du monde, en tant que thorie de la calculabilit, partir des Machines mathmatiques de Turing (qui nont pas besoin dun contexte physique, comme on le rappelait plus haut cest lhomme dans lacte de pense minimal) ; et cette indpendance en droit l'gard du monde physique demeure essentielle aux dveloppements pratiques de linformatique - mme de la concurrence et des rseaux - en tant que science du logiciel portable, cest dire du logiciel qui, dans des contextes oprationnels et physique adquats, sitre lidentique (si jamais on fait appel aux aspects physiques des ordinateurs, ce nest prcisment que pour en expliquer le dysfonctionnement et non le fonctionnement rput "normal" ; en un certain sens, mme les problmes poss par la concurrence dans les rseaux distribus sont justement des problmes auxquels on cherche remdier par une bonne thorie). Par suite, il semble douteux que l'ventuelle information code dans lADN puisse tre interprte dans des termes emprunts la thorie de la programmation en tant que telle : le contexte d'espression des gnomes, n'est, en effet, certainement pas un lieu passif d'itration l'identique, mais se laisse, bien plutt, dcrire comme un espace actif de la coconstitution ontogntique (cf. 3.5), dont la variabilit est aussi importante que la stabilit, ce qui, strictement parler, n'a pas son quivalent en informatique. Deuximement, la mthode diffrentielle telle qu'elle est applique en physique suppose, nous lavons vu, de faibles - voire une absence de corrlations (finement analyses) entre les paramtres contextuels et les variables dont on tudie le comportement en fonction de certains paramtres jugs a priori plus pertinents, hypothse qu'il ne semble pas licite de proposer dans lanalyse des contextes extragnomiques ou pigntiques de lontogense. Car l'aspect des systmes biologiques qui,

11

notre avis, constitue le plus grand dfi pour les thories physiques courantes consiste donc dans l'existence de ce "champ" particulier, propre la cellule vivante, o (presque) tout est corrl tout et o les effets de rsonance paraissent infiniment (et lon utilise ce mot dans un sens mathmatique que lon espre mieux prciser ailleurs) plus complexes que dans nimporte quelle dynamique physique, mme non-linaire. Plus modestement, cet article se propose en dernire analyse de montrer quune ventuelle primaut du gnome, mme si elle tait avre par del mme ces mthodes diffrentielles, naurait absolument rien de comparable la structure de dtermination logique propre la notion formelle de programme8. Quoi qu'il en soit, pour l'instant de la rponse ces questions, il nous semble, pour revenir au problme de la succession historique des trois paradigmes de la thorie gntique d'o nous tions partis, que le discours de la thorie de lhrdit en biologie molculaire (lois de Mendel y compris) sest aujourdhui dplac pour n'tre plus restreint qu' lexplication des mcanismes molculaires de rplication et dexpression de l'information gntique dans les massifs cellulaires [Pentris et al., 1983]. Cette remarque et celles qui la prcdent n'ont, en ce sens, pas d'autre prtention que de vouloir indiquer lexistence d'un ventuel biais dinterprtation qui pourrait tre introduit dans une relecture a posteriori des propositions de la gntique classique avant l'avnement du paradigme molculaire et, en particulier, de la mtaphore du programme gntique. La question que l'on se propose de traiter par la suite est, en fait, celle de la pertinence de cette dernire mtaphore et des notions qui lui sont connexes, du point de vue de la comprhension de la manire dont les aspects structurels et fonctionnels caractristiques des gnes peuvent tre synthtiss, avec les seuls outils conceptuels de la biologie molculaire, en un tout cohrent capable de donner une explication plausible de la manire dont ces derniers participent la mise en forme du vivant. 3.2.3 Un gne - des protines vs. une protine - aucun gne. Il nous semble, d'aprs la lecture d'un ensemble slectif - qu'on imagine bien volontiers trop restreint face la densit des donnes empiriques - de travaux de biologistes molculaires contemporains sur quelques dizaines d'annes, que les gnes de structure sont aujourd'hui assimils des portions d'ADN potentiellement associes, via le code gntique, des protines dont les acides amins successifs sont dtermins par la srie des triplets de nuclotides qui les constituent. Nanmoins, on remarque dj que cette dfinition nest pas, strictement parler, une caractrisation purement structurelle des gnes puisquelle est fondamentalement indissociable de leur dfinition fonctionnelle, qui est celle de servir de matrice la synthse d'"une" protine, du moins dans le cas des organismes les plus simples. En effet, dans le cas des eucaryotes suprieurs, la chose semble nettement plus complexe, dans la mesure o il apparat que, chez ces derniers, les gnes ne peuvent plus tre simplement conus comme des segments ininterrompus d'ADN en correspondance linaire avec des protines spcifiques. cet gard, on ne peut s'empcher de remarquer ici que le terme de "dtritus" gnralement employ propos des
8

Cette restriction n'exclut pas, bien videmment, qu'il existe des cas trs locaux (comme ceux, par exemple, de certaines maladies gntiques rares) pour lesquels le lien entre gnotype et phnotype relve prcisment de ce type de causalit. Toutefois, dune part il sagit encore une fois de diffrences qui induisent des diffrences, de lautre il ne va pas de soi que ces cas particuliers soient, en fait, le modle gnral sur la base duquel tous les cas possibles pourront tre analyss. Il se pourrait mme qu'il s'agisse de l'exact oppos : ainsi, en physique, on peut se souvenir que lvidence aristotlicien selon laquelle tout mobile particulier s'arrte ds qu'on cesse de le pousser s'oppose prcisment au principe d'inertie gallilen, qui seul est thoriquement pertinent.

12

portions non-codantes des gnes morcels au sein des gnomes des espces eucaryotes, semble des plus inappropris : il est clair, en effet, comme tendent le montrer nombre de publications, que la prsence de ces portions non-associes des protines n'est pas indiffrente la capacit d'adaptation des cellules leur environnement dans la mesure o, en aval de la transcription des gnes, le phnomne d'pissage alternatif9 procure ces dernires une plasticit certaine du point de vue de la rgulation de leurs activits mtaboliques, en rapport avec leur fonction organique10. Or, c'est prcisment l que surgit une difficult fondamentale pour la dfinition des gnes en termes structurels ds lors que l'on voudra l'interprter dans un vocabulaire fonctionnel puisque, dans un trs grand nombre de cas, il n'existe plus de relation linaire entre gnes et produits de l'expression de l'information qu'ils contiennent. Du reste, cette relation dgnre (voir 4.2.1) est parfois porte son acm par l'existence de mcanismes de modification extragnomique de la squence des transcrits primaires qui deviennent alors susceptibles de conduire la synthse de protines n'ayant aucun antcdent l'intrieur du gnome de la cellule elle-mme. On pourrait galement ajouter cela que la distinction entre intron et exon n'est mme plus pertinente pour la dfinition du rle physiologique des gnes aujourd'hui dans la mesure o il est apparu que la synthse de certaines protines faisait prcisment intervenir des portions d'ADN intronique. Il existe, nanmoins, une solution face ce problme de "dgnrescence empirique" de la notion de gne, solution qui consiste rapporter la dfinition des gnes, non plus certaines portions d'ADN, mais leurs quivalents en termes d'ARN. Pourtant, cette dernire alternative ne saurait tre satisfaisante dans la mesure o elle remet srieusement en question l'interprtation traditionnelle du rle des gnes dans la transmission des caractres, en particulier du fait qu'il faudrait alors intgrer l'ide problmatique que ces derniers puissent avoir, l'image des segments d'ARN conduisant la synthse de protines, une existence discontinue dans l'espace et dans le temps, ce qui invaliderait, de ce fait-mme, la primaut absolue accorde lADN dans le processus de dveloppement. 3.3 La notion d'information dans la dfinition du concept de gne. Il nous semble que le recours au vocabulaire des thories de l'information au sein de la biologie molculaire reste gnralement trs informel. Ainsi, la notion d'"information" gntique ellemme, utilise en rfrence l'existence d'un code - du reste, dgnr ou plutt, strictement parler, redondant (voir ci-dessous) - reliant certaines sries de nuclotides des acides amins, semble aujourd'hui incapable de rendre compte du lien entre gnes et protines, du fait, notamment, qu'elle perptue, moyennant un jeu de mot aristotlicien11, le dogme central de la
9

c'est--dire l'ensemble des "mcanismes" de rgulation post-transcriptionnels destins amener le transcrit primaire maturation en en excisant les segments d'ARN messager associs aux squences introniques du gne puis en rarrangeant les portions codantes de diverses manires.
10

Le nombre des variants protiques qui peuvent tre synthtiss partir d'un mme gne peut ainsi atteindre plusieurs centaines, comme c'est, par exemple, le cas du gne cSlo des cellules cilies de l'oreille interne du poulet pour lequel ce nombre atteint les 576 (voir [Black, 1998]). Les protines en question, du reste, ont cette proprit remarquable qu'elles interviennent dans la cellule de sorte modifier ses diffrentes frquences de rsonance, ce qui semble bien aller dans le sens d'un gain de plasticit et, donc, d'adaptabilit des cellules de l'oreille interne du poulet.
11

Le jeu de mot en question est aristotlicien, au sens o il renvoie l'ide que les gnes "informeraient" les protines, c'est--dire, les "mettraient en forme", de la mme faon que, pour le Philosophe, le devenir, chez les tres de nature, se traduit par l'imposition d'une forme sensible <> - dont le modle idal renvoie une forme intelligible <> - travers la mise en place d'une certaine organisation <> qui les dtermine en tant quactualisation d'une certaine fonction <> au sens le plus large du terme. 13

biologie molculaire d'aprs lequel la fonction d'un gne pourrait tre dduite de la seule squence de ses nuclotides, ce qui, tant donn l'existence des pissages alternatifs, est, dsormais, largement sujet caution d'un point de vue strictement physiologique. De ce point de vue, l'un des meilleurs exemples qu'on peut donner du caractre trs informel du recours ce vocabulaire est certainement celui de l'interprtation des expriences d'inactivation de certains gnes <knockouts>. Il a, en effet, t constat de multiples reprises que ce type d'expriences ne conduisait pas ncessairement la suppression pure et simple de la fonction laquelle les gnes tudis avaient t traditionnellement attachs, avec parfois cette consquence pour le moins inattendue que cette dernire s'en trouvait mme amliore. Et ce fait est prcisment interprt comme mettant en vidence la grande redondance des voies mtaboliques dans le vivant [Tautz, 1992 ; Thomas, 1993]. Or, si l'on prend au srieux l'ide d'introduire la rigueur scientifique des thories de l'information en gntique, alors on doit bien convenir que le terme-mme de redondance est ici inadquat dans la mesure o il ne permet absolument pas de rendre compte de l'originalit de ce phnomne biologique par rapport aux systmes cyberntiques. Le concept de redondance s'est, en effet, impos, en cyberntique, d'un point de vue strictement pragmatique, en vue de rguler l'introduction d'erreurs dans le traitement automatique des messages. La redondance ainsi dfinie est donc, au premier chef, une proprit structurelle de l'information qui n'affecte aucunement sa fonction/signification. Or, dans le cas des gnomes, le qualificatif de redondant n'est pas seulement appliqu aux gnes dont la structure est rpte, avec quelques variantes dpourvues de rle fonctionnel, en vue de la traduction conforme d'au moins l'un d'entre eux, mais aussi ceux dont la ou les protine(s) associe(s) ont une fonction suffisamment proche pour se substituer l'une l'autre. Il serait donc plus conforme l'usage consacr du terme de redondance de parler leur sujet de redondance fonctionnelle ou plutt, pour reprendre un terme qui semble trs prgnant dans les analyses de Gerald Edelman [Edelman et Gally, 2001], de dgnrescence, un concept dont on parlera et qui, par nombre de ses aspects, semble renvoyer au concept de multiralisabilit en philosophie de l'esprit12. Mais alors, tout en remarquant lnorme importance dune analyse de cet apparent surplus informationnel dans le gnome, on doit galement souligner que l'analogie cyberntique est ici des plus lches et ne permet pas d'introduire toute la rigueur du concept de redondance en thorie de l'information13.
12

On pense qu'il est important de souligner, cet gard, le fait qu'il n'existe, notre connaissance, aucun argument probant en faveur de l'existence d'une ventuelle relation gnrique originelle entre structure et fonction, perdue au cours de l'volution, comme paraissent le sous-entendre certains biologistes molculaires, et ce la diffrence explicite d'Edelman.
13

On voudrait ds maintenant souligner la spcificit du concept de dgnrescence en biologie : elle signifie, contrairement ce que pourrait laisser entendre le paragraphe prcdent en premire lecture, beaucoup plus quun simple surplus ou dficit informationnel. Ainsi, comme on l'a vu, les expriences de knock-out montrent que parfois la suppression de pans entiers dADN peut n'avoir absolument aucune "consquence" observable sur le dveloppement des individus, du moins, dans certaines limites raisonnables. Par contraste, il existe aussi certains cas o la modification d'un seul nuclotide "conduit" des changements phnotypiques importants. Et, n'en pas douter, il doit exister des cas o ces deux phnomnes sont observables pour une mme portion d'ADN. Ce qui nous semble fondamental ici, c'est que, prcisment, la possibilit de co-occurence de ces deux phnomnes (possibilit que rien ne permet en principe d'carter) suggre qu'on ne peut pas a priori privilgier l'explication d'un seul de ces aspects remarquables du rle physiologique des gnes au dtriment de l'autre, en remettant plus tard l'explication, par composition du connu, de ce qui reste encore inconnu. Il nous semble, cet gard, qu'une distinction conceptuelle rigoureuse, non seulement entre redondance et dgnrescence, mais encore, l'intrieur de cette dernire notion, entre dgnrescence structurelle et dgnrescence fonctionnelle, pourrait nous faire saisir plus clairement ce qui 14

3.4 La question du statut du concept de gnes dans la mtaphore du programme gntique. Il nous semble galement que la notion de programme gntique pose de srieux problmes thoriques d'interprtation dans la mesure o, en pratique, elle semble n'tre employe que de manire trs locale, de sorte qu'elle ne permet pas de rendre intelligible le rle physiologique des gnes dans sa toute sa globalit. Il y a sans doute plusieurs raisons cela, dont les suivantes. On se souvient dj qu' l'origine, la notion de programme gntique a t dveloppe dans l'horizon des travaux de Monod, Lwoff et Jacob concernant la rgulation de l'expression de l'opron lactose chez Escherichia Coli [Jacob et Monod, 1959]. Nanmoins, il est clair que cette dernire notion tait plus ou moins implicitement prsente ds les annes 30 dans certaines rflexions de [Morgan, 1934] et [Goldschmidt, 1938], par exemple, propos du rle des gnes dans le processus de dveloppement embryonnaire, cette diffrence prs, toutefois, que ces derniers pensaient prcisment que ce rle n'tait pas prpondrant, mais dpendait troitement de rgulations cytoplasmiques. Ce que l'on veut dire en prcisant cela, c'est que les travaux de Monod, Lwoff et Jacob ont contribu la formulation de la notion de programme gntique en biologie molculaire, au sens, par exemple, o ils lui auraient fourni l'assise exprimentale qui lui avait fait dfaut auparavant. Ainsi, on peut se souvenir qu' la mme poque, Ernst Mayr avait galement introduit cette notion de manire totalement indpendante, l'occasion d'un discours thorique consacr au problme de la causalit en biologie [Mayr, 1959]. Nanmoins, quelle que soit la nature des fondements thoriques et/ou exprimentaux du concept en tant que tel, il se trouve que ces mcanismes de rgulation, isols dans le cas d'un gnome bactrien, sont en fait galement lgion dans celui des eucaryotes, ce qui laisse penser que les processus mtaboliques au sein des cellules sont soumis des contrles du mme type tout au long de la vie des individus. Le rle central de ces mcanismes dans le mtabolisme cellulaire est, de fait, absolument indniable, mais on peut se demander si le recours la mtaphore du programme gntique elle-mme tait bien ncessaire pour rendre intelligibles ces phnomnes propres au vivant. En fait, on peut faire le constat du fait que, par certains de ses aspects, la notion de programme introduit un biais thorique important dans la lecture des donnes exprimentales. En voici quelques exemples. 3.4.1 Gnes de structure vs. gnes de rgulation. Tout d'abord, le modle initial de l'opron lactose introduit une distinction trs ambivalente entre les notions de gnes de structure, lesquels sont supposs n'avoir pour fonction que de permettre la synthse de molcules ncessaires la poursuite du mtabolisme cellulaire, et de gnes rgulateurs, qui peuvent, quant eux, tre de diffrents types selon leur mode d'intervention sur la rgulation de l'expression des gnes de structure. Or, c'est prcisment de ce point de vue qu'ils se prtent assez mal une interprtation en termes d'information gntique dans la mesure o les portions d'ADN auxquelles ils correspondent ne sont parfois associes la synthse d'aucune protine en particulier et ne servent fondamentalement qu' favoriser la liaison de complexes molculaires induisant des modifications pigntiques de la structure du gnome permettant l'ouverture ou la fermeture de certains cadres de lecture adjacents. Le cas des gnes de rgulation fait donc intervenir une nouvelle difficult dans la dfinition gnrale des gnes en rapport avec une activit enzymatique des protines puisqu'il existe
distingue ces deux aspects remarquables chez les organismes eucaryotes au sein desquels un dficit fonctionnel quantifiable (cf., par exemple, les estimations successives donnes au cours du squenage du gnome humain) est conjugu un apparent surplus structurel (les gnes sont morcels, rpts, peuvent se substituer l'un l'autre... ). 15

visiblement des liens entre ces deux entits qui ne font aucunement intervenir la mdiation d'un code. Ce problme n'est d'ailleurs pas exclusivement un problme thorique relatif la seule dfinition des gnes en termes molculaires puisqu'il conduit galement formuler des questions trs prcises sur le plan pratique ds lors qu'il s'agit de comptabiliser les portions d'ADN susceptibles de se comporter comme des gnes dans le gnome des espces "dcryptes" [Bernot, 2001; Boffelli, Nobrega et Rubin, 2004]. En outre, le fait qu'une partie des mcanismes de rgulation de l'expression des gnomes ne repose pas, strictement parler, sur des relations analysables en termes de code, au sens formel de la thorie de linformation, mais plutt sur des interactions physico-chimiques dynamiques, telles que celles tudies par la chimie statistique, laisse ouverte la possibilit d'interprtations alternatives du rle physiologique des gne partir du mme corpus de faits exprimentaux. En premier lieu, en effet, rien ne permet a priori d'exclure que l'ADN puisse n'tre, vis--vis du cytoplasme, qu'une simple "banque de donnes analogique" soumise un tri par un programme situ en aval de la traduction, savoir dans les organites qui participent au mtabolisme cellulaire, du moins si l'on tient conserver la mtaphore informatique [Atlan et Koppel, 1990]. De fait, on peut galement contester, en un second temps, l'aspect dterministe, que nous avons dit tre de type laplacien, que la notion de programme impose a priori aux relations entre gnes et protines (qu'il s'agisse de relations de traduction ou de rgulation), et ce du fait que ce type de dterminisme est fondamentalement incompatible avec le caractre probabiliste des prdictions de la chimie statistique14 [Creager et Gaudillire, 1996 ; Kupiec, 1996]. Et on ne voit pas de raison physiquement recevable au nom de laquelle on pourrait supposer que les molcules intervenant dans les ractions propres aux phnomnes vitaux chappent ce type de restriction de l'analyse chimique. 3.4.2 La notion de strospcificit. Il a t longtemps question de lexistence de molcules spcifiques capables de rguler la synthse des protines ncessaires au mtabolisme cellulaire. Il semble toutefois que la trs grande majorit des facteurs molculaires isols ce jour n'est jamais, proprement parler, spcifique mais, bien plutt, ubiquitaire et totipotente de sorte qu'il est frquent qu'il soit fait appel certains cofacteurs encore non-isols pour expliquer l'absence constate de spcificit des protines tudies. De fait, le concept de strospcificit est-il hautement problmatique dans l'interprtation des phnomnes physicochimiques propres au vivant puisqu'il signifie que les molcules qui interviennent dans la rgulation de l'expression gntique jouissent d'une proprit de liaison spcifique sur des substrats particuliers, l'exclusion de tous les autres. Or, la plasticit des macromolcules est un phnomne bien connu de la cintique chimique puisqu'il n'est pas rare que ces dernires possdent plusieurs isomres enthalpiques entre lesquels elles oscillent en permanence sous l'effet de l'agitation thermique tant qu'aucune contrainte ne leur est applique. Qui plus est, lorsque les contraintes en question consistent en la ralisation de liaisons noncovalentes avec certains substrats, la stabilit du complexe tridimensionnel qui rsulte de cette interaction n'est que temporaire dans une raction enzymatique. C'est l, du reste, un fait bien connu de la cintique chimique puisque la plupart des ractions de ce type sont partiellement rversibles de sorte que les quations diffrentielles qui les caractrisent ne concernent que l'volution des concentrations et non le comportement des molcules individuelles elles-mmes
14

Ces prdictions sont, en effet, probabilistes dans la mesure o elles concernent le comportement global de populations de molcules et non le comportement individuel de chacune de ces molcules, lequel reste soumis l'influence perturbatrice de l'agitation thermique.

16

(voir la note prcdente). Il n'y a donc, a priori, aucune raison fondamentale justifiant le fait que la non-spcificit apparente des protines du vivant soit un sujet d'tonnement et donne lieu d'interminables enqutes empiriques et/ou thoriques puisque l'hypothse de la strospcificit n'est pas une condition sine qua non de la validit des analyses de la chimie statistique. 3.4.3 La question du rle dveloppemental des gnes et le clonage. On ne saurait, finalement, donner une meilleure illustration du caractre hautement problmatique de la notion de programme gntique qu' travers l'exemple du clonage, auquel il est pourtant bien souvent fait appel pour attester de la matrise technique du gnome des espces par la biologie molculaire. Il est bien clair que, d'une manire tout fait gnrale, le problme du dveloppement embryonnaire est sans doute celui qui a tenu le plus longtemps en chec toutes les thories de l'hrdit successives. De fait, l'aspect du dveloppement qui pose les plus nettes difficults la thorie du programme gntique est-il ce fait fondamental que les cellules en division sont capables de se diffrencier slectivement avant de se rpliquer (plus ou moins) l'identique. Si l'on tient privilgier le rle physiologique des gnes par rapport aux activits mtaboliques de l'ooplaste au cours du dveloppement, ce processus peut aussi tre prsent comme celui de l'activation diffrentielle des gnes, dans la formation de tissus et organes. Le problme que cela pose n'est cependant pas insurmontable a priori, ne serait-ce que parce qu'il n'y a pas de raison de principe pour exclure l'existence de certains gnes promoteurs du processus de diffrentiation luimme15. Toutefois, on doit reconnatre aujourd'hui que de tels gnes n'ont toujours pas t mis en vidence, sauf de manire trs locale, dans le cas de la morphogense de certains organes [Goodwin, 1985]. Mais mme si de tels gnes avaient un rle plus gnral, la question de leur primaut dans le processus de dveloppement en tant que tel n'en demeurerait pas moins problmatique puisqu'elle ne permettrait pas d'expliquer que le processus de diffrenciation soit irrversible, indiquant, par l, la possibilit de l'existence de modifications pigntiques du matriel gntique lui-mme, lesquelles se rvleraient "somatiquement hrditaires", si une telle notion a bien un sens. Mais c'est fondamentalement le fait que le clonage ncessite le transfert du noyau d'une cellule diffrencie dans un ooplaste adquat qui suggre le plus nettement que le droulement du fameux programme gntique n'est pas indpendant des conditions extragnomiques et, en particulier, de certaines contraintes cytoplasmiques. La premire chose qui semble ncessaire, en pratique, pour "reprogrammer" le noyau d'une cellule diffrencie en vue de son implantation dans un ooplaste est, en effet, d'induire une restructuration complte de sa chromatine. Ainsi, le succs du clonage de Dolly par Ian Wilmut n'apparat-il pas vritablement comme la consquence d'un enrichissement notable des connaissances en matire de rle dveloppemental des gnes. Et cela puisqu'en dernire analyse, on ne fait que dcouvrir aujourd'hui la trs grande complexit des relations entre la rceptivit du matriel gntique certaines contraintes cytoplasmiques et les modifications pigntiques de l'expression des gnes - et on pourrait presque dire que le clonage ne se justifie que pour lucider
15

La difficult est, en fait, ici que de ce seul point de vue, c'est--dire si l'on se contente de postuler, sans vidence empirique et cadre thorique pertinent, que chaque tape du processus de diffrenciation est place sous la dpendance de certaines combinaisons de gnes, la thorie du programme reste infalsifiable, au sens o les explications de la diffrenciation cellulaire seront au mieux circulaires, et, dans le pire des cas, indfiniment rgressives (des gnes rgulateurs qui rglent lexpression des gnes rgulateurs...). 17

prcisment ces aspects. La naissance de Dolly fut, d'ailleurs, une surprise pour tout le monde, Wilmut et son quipe y compris, qui lancrent, l'poque, l'hypothse que leur succs reposait sur une mthode particulire de culture des cellules donneuses en l'absence d'albumine, ce qui tait cens les avoir places dans un tat de latence favorable de telles modifications [Wilmut et al., 1997, Lewontin, 1997, Ahouse et Keller, 1997]. Mais, comme l'on sait, il est apparu par la suite que ce rgime n'avait strictement rien voir avec ce succs puisque des rsultats similaires ont t obtenus sans le recours la privation d'albumine. 4. La machine et lADN. Mais alors, peut-on encore croire que lADN est un programme dans le sens de linformatique ? Est-il alphabtique ? Nous reviendrons dabord sur la notion de programme gntique. Comme le dit fort justement Danchin, il sagit ici dune mtaphore, saisir comme suggestion pour lintelligibilit, car lADN nest pas une construction humaine, pratique ou conceptuelle, comme lalphabet ou la Machine de Turing (MdT). Mais quand on projette en arrire, sur les phnomnes naturels, une construction humaine (lalphabet, les horloges, les machines), il faut bien rflchir, comme nous avons essay de le proposer, lhistoire constitutive de ces constructions, trs riches en pratiques humaines, voire en logiques internes, qui en marquent le sens et le rle possible pour lintelligibilit. 4.1 La rgle, le calcul et leur contexte. Dans les deux premires sections, on a mis en vidence les liens de continuit et les diffrences entre alphabet et MdT. Machine alphabtique, cette dernire est aussi cartsienne et laplacienne : revenons-y brivement. Elle est cartsienne aussi cause du dualisme froce qui la caractrise : la grande ide de Turing, en fait, consiste (par rapport aux autres formalismes mathmatiques pour la calculabilit) dans le dpartage mathmatique trs net entre logiciel et matriel. Cest l ce qui dmarre la notion moderne de programme et la thorie logico-mathmatique de la programmation. Ce dpartage, purement conceptuel en 35, a produit linformatique moderne, o la portabilit du logiciel est au cur de toute application possible, tout comme sa parfaite itrabilit thorique (mais aussi pratique). Lenjeu central dune comparaison, voire dune intelligibilit par mtaphores, consiste dans lanalyse des diffrents contextes dexpression, de lalphabet, de la machine tats discrets (la MdT), du gnome. Car au fond, avant toute expression, il y a un terrain, trs important, commun ces trois structures de lintellect et du monde : la nature essentiellement discrte du support notationnel, conceptuel ou chimique. Discrte, on y revient, dans le sens mathmatique suivant : la topologie discrte organise naturellement ces structures (dans le sens informel mais rigoureux de la gomtrie, voire de la Thorie des Catgories). Mais cest le contexte opratoire, qui engendre le sens, voire le calcul, voire encore les structures du vivant (le phnotype), suivant les trois cas que lon compare ici. On a dj rsum brivement la thse au cur des analyses comparatives, entre physique et calculabilit, dans [Longo, 2002 ; Bailly, Longo, 2006] : la calculabilit est une thorie de litration, partir de la recursion primitive (Herbrand, Gdel), jusqu la portabilit du logiciel (forme des plus remarquables ditrabilit). Mme dans les rseaux concurrents, dont les mathmatiques (difficiles) sont en train de se faire, tout est fait pour forcer la certitude de litration. Lespace et le temps physiques, mme de type relativiste ([Matherat, Jaekel, 2003]), posent des problmes difficiles la synchronisation de processus concurrents asynchrones, mais

18

nous savons tous que si lon ouvre mille fois une page web lointaine, on obtient, sauf dans des exceptions rares, toujours la mme page, lidentique, indpendamment de laccs spatiotemporel (et lon devient furieux sil nen ait pas ainsi : lexactitude et lindpendance de la physique, matrielle et spatio-temporelle, restent lobjectif de cette extraordinaire construction mathmatique qu'est linformatique). La programmation, squentielle ou concurrente est faite pour cela : la rgle doit dominer, sans exceptions. Et sil y en a, si linteraction dans lespace et le temps dun rseau, imprvue par Turing, peut, bien rarement, gner, une science des processus concurrents est mise en place pour lviter, la contenir. Et on y arrive, avec la force mathmatique des rgles (les instructions dun programme), qui sempilent sur les rgles. Exactitude et itration : la rgle dirige le calcul. Lordinateur nengendre aucun calcul sans rgle, le programme lui-mme est un ensemble de rgles (Regulae ad directionem calculi). Lalatoire nexiste pas en calculabilit : les gnrateurs pseudo-alatoires sont de petits programmes qui engendrent des suites de 0 et 1, parfaitement itrables dans les mmes conditions initiales, mais qui donnent des bonnes distributions de probabilit dans les espaces de suites (elles semblent alatoires, elles "imitent" l'alatoire). Tout comme pour Laplace, grand mathmaticien aussi des probabilits, le hasard est parfaitement tranger la dtermination par la rgle. Or, depuis Poincar, ou, mieux encore, depuis Kolmogorov, on a compris quun processus dterministe (classique) est alatoire quand, itr dans les mmes conditions aux contours, il ne suit pas la mme volution. Cela nexiste pas en thorie de la programmation squentielle (de la calculabilit) ; dans les systmes concurrents, il est rare, il est d au contexte physique (ou humain) et on lvite tout prix (et lon y arrive). En fait, la pratique de la programmation concurrente nous donne essentiellement le mme type dvolution que les processus squentiels du point de vue de la dtermination et de la prdictibilit (non pas le mme ensemble de processus !), voire tout est fait (smaphores, interleaving, voir [Aceto et al., 2003]) pour quil en soit ainsi, malgr le manque dun cadre thorique (unique et) convaincant. Le but, largement atteint en pratique, est dimplmenter le processus imagin, de faon essentiellement insensible aux variations aux contours, y compris celles qui prsentent un problme thorique dans la conception du logiciel, savoir celles qui sont dues la concurrence-synchronisation de processus distribus dans lespace et le temps physique. Bref, les rgles sont en amont de tout processus digital : voil la conception classique, newtonienne (voire frgenne) de loi physique (ou logique), absolu de la nature (voire de la pense) enfin ralis dans la machine car elle dicte son parcours. Et lexactitude de lunivers digital garantit la prdictibilit, au moins en termes ditration : la prvision laplacienne est possible dans la machine tats discrets, en rappelant encore [Turing, 1950]. Et cela puisque les dynamiques sensibles aux variations en dessous de lobservable sont exclues par principe dans une structure o il ny a que du discret, bien observable. Lancez deux fois le programme qui engendre le plus trange des attracteurs de Lorentz et vous obtiendrez exactement la mme image digitale, ce qui est absolument impossible pour une turbulence physique - le fait est que la structure causale a chang en passant limplantation sur la machine [Bailly, Longo, 2006] (et si une fois sur un million il nen est pas ainsi, mesurez la probabilit de ces exceptions par rapport la non-itrabilit des turbulences naturelles ! lajout dun gnrateur alatoire dans le contexte de cette discussion, o lon vise lintelligibilit, frle moins lanalyse scientifique que larnaque, au vu des considration faites ci-dessus). Quen est-il de cette insensibilit programme au contexte propre la machine digitale, dans le cas du gnome ? On retrouve sans doute des lments dune structure discrte dans les squences des nuclotides, ces lettres qui font penser lalphabet, dont on parlera. Mais le rle

19

que tient le contexte dexpression dans lanalyse des donnes et lvolution des processus change radicalment. Tout dabord, sagissant dune phnomnalit naturelle, il faudrait laisser tomber, on le disait ci-dessus, la conception classique de lois de la Nature : conception normative, derive, depuis Aristote jusqu Newton, de pratiques sociales et religieuses (la lois civile et pnale, la loi divine). Cest bien cette normativit qui fait la force de la programmation ; mais ce nest pas ainsi que procde la physique lorsqu'elle cherche aujourd'hui rendre intelligibles les phnomnes qui nous entourent. La co-constitution du sens et lintelligibilit scientifique sont le rsultat dune pratique de la connaissance qui essaye de proposer des espaces conceptuels (des espaces de phases, des mtriques adquates), qui intgrent le sujet connaissant, dans une polarit active sujet-objet. La relativit et la mcanique quantique ont propos ce type de regard, comme lon disait plus haut, et leurs approches rvolutionnaires ont chang la dmarche scientifique : la trajectoire dune plante nest pas un parcours qui obit aux lois/quations de Newton, mais une godsique dans une varit riemanienne adquate ; lvolution dun systme quantique se comprend en terme d'hamiltonien et de symtries. Que la programmation de la machine digitale suive de vieux paradigmes, cest dune part intrinsque sa nature essentiellement artificielle (nous sommes Dieu pour la machine, nous dictons la loi - avec quelque difficult se faire obir quand on les distribue dans lespace-temps physique) ; de lautre, ceci est d lexclusion historique des nouveaux paradigmes scientifiques dans les analyses post-fregennes des fondements des mathmatiques, ces fondements logico-formels dont linvention de la machine est largement drive depuis les annes 30. Peut-on, malgr tout cela, transfrer ce paradigme scientifique laplacien (la determination quationelle-formelle implique la prdictibilit de lvolution) dans le cadre du vivant, de la gnomique en particulier ? Encore une fois, le charme du discret est fortement justifi et on y reviendra, mais le programme (squentiel, concurrent) est bien plus quune criture alphabtique : il drive, on espre lavoir assez dit, et contient/impose une organisation du monde et une logique fortes, qui sexpriment dans un contexte de rgles formelles, dont la certitude itrative, voire la portabilit, indpendamment du contexte, est la proprit principale. Et ce discret gntique, qui est sans doute l, dans la structure de lADN, dans quel contexte sexprime-t-il ? 4.2 LADN et son contexte. Au niveau nanomtrique, le niveau de son expression primaire, lADN est soumis un tourbillon violent et rapide (avec des variations dactivit, dans les limites de lintervalle thermodynamique de viabilit) : des milliers de particules bombardent ses nuclotides. De temps en temps, il arrive quun nuclotide heurte une base ou une polimrase compatibles, aprs des milliers de frottements qui nont pas aboutis. Mais cette compatibilit, voire complmentarit, nest pas un oui/non net : il existe des degrs de strocomplmentarit et des correspondances gomtriques grossires peuvent parfois permettre, par adaptation induite, un couplage entre biomres dont la compatibilit peut dpendre de la moindre variation du contexte, par exemple une oscillation thermique. Dj ce niveau, la rgle est floue, adaptive, fortement contextuelle, base sur un processus dont la totalit de lvolution importe autant que la rencontre locale. Il nexiste pas de programmation informatique, mme concurrente, qui dmarre de cette faon tourbillonnante (fort heureusement, en vue des buts pour lesquels nous avons invent les ordinateurs : la programmation est tlologiquement oriente et, par exemple, mme la notion physique d'attracteur d'un programme n'aurait pas de sens).

20

Continuons. Parfois, le systme de duplication associe, par exemple, une G une C ; toutefois, il se peut aussi que lon ait le couplage GT. Ce duplex moins frquent peut tre gard, mais il peut aussi tre mut. Il n'est pas convainquant dencadrer ces phnomnes en disant quil y a des rgles universelles avec des exceptions, mme frquentes, car une petite mutation de ce gendre, ou une autre jamais vue dans les laboratoires, peut tre lorigine dun arbre phylogntique comme celui auquel nous appartenons. Il vaut mieux dire qu certaines situations correspond un ventail de possibilits, un peu la manire des gnticiens qui utilisent le concept de "norme de raction" (un gnotype peut donner naissance une gamme de phnotypes en fonction du contexte) mais tout en prcisant, de notre point de vue, que la liste des phnotypes possibles associs une norme de raction, nest pas donne (programme) a priori, ds le dbut de lvolution des espces (!). Ils seraient plutt des possibles dans un cadre nonstationnaire, dirait-on en physique, presque tous, mais pas tous, quivalents : la slection, locale ( lintrieur de la cellule), globale (ontogntique, voire phylogntique) fera le tri des ceux qui sont viables un moment prcis de lontogense ou de la phylogense (quelle catastrophe si lon programmait ainsi !). Et si lon inventait un jour, en informatique, une mthode de slection darwinienne des programmes dans un cadre concurrent, il faudrait simuler la variabilit du vivant, qui prcde la slection, avec tout son cadre dindividuation et dgnrescence, dont on parlera. Car la variabilit, dans les phnomnes du vivant, nest pas un dfaut ; au contraire, ce qui est trs important, chez le vivant, sa singularit physique, cest que jamais une cellule n'est identique la cellule mre. Et cette variabilit est la condition de possibilit mme de la slection somatique aussi bien que phylogntique et, donc, du dveloppement des individus au mme titre que de lvolution des espces. Bref, mme en physique classique, la rgle, la loi, est un instrument de lintelligibilit, elle nest pas inscrite dans le monde ni dans un logiciel pre-tabli (sauf si on est encore galileonewtonien ou on fait de la programmation) : elle est de nature pistmique. En tout cas, en physique, une loi avec des exceptions est fausse et doit donc tre abandonne16. Il serait absurde de se donner, comme instrument dintelligibilit, en biologie, une notion de rgle qui ne permet pas de comprendre une grande partie de ce qui compte. En fait, en biologie, il ny a presque jamais de rgle parfaitement rigide, la Newton-Frege-Turing, avec des exceptions, mais il y a plutt des possibles dans un cadre globalement (relativement) stable, mais pas trop. Les marges mobiles dun attracteur, dont les composantes suivraient des trajectoires viables lintrieur de lattracteur, donnent peut-tre une meilleure image des processus ontogntiques et phylogntiques, tout comme les marges dune criticit tendue dont on parlera. Mais il faut aussi ajouter ces mtaphores physiques, la non-stationnarit de lespace des phases, qui se forment au cours du processus volutif lui-mme - et cela en contraste avec toutes les thories physiques courantes (voir [Bailly, Longo, 2006]). Plus encore : en informatique, un rsultat diffrent de la dtermination prdictible par rapport la rgle programme, est tout simplement une erreur. Pour cette raison, par exemple, on ne fait pas confiance aux ordinateurs pour quils voluent tous seuls et lon prfre payer pour acheter du nouveau logiciel17.
16

Quant aux exceptions en informatique, il sagt dune notion prsente en programmation, qui fait rfrence des bifurcations dterministes, mais sans criticalit physique (avec ses fluctuations associes), donc encore de type laplacien des lois avec des alternatives prvues.
17

Les fantaisies de lintelligence artificielle classique cet gard ont t un des plus grands gaspillages dargent de lhistoire de la science : on pourrait citer de nombreux projets, partir de 1956 aux USA jusqu la cinquime gnration japonaise ; la biologie molculaire serait-elle sur la mme voie, encore une fois ancre sur le mythe de la 21

Comment rendre intelligible ce mlange singulier de stabilit globale (lindividu vivant en formation ou form) et instabilit locale, couple parfois leur dual : une extrme rigidit locale (certaines complmentarits striques sont trs rigides) et une plasticit globale (celle dun organe comme le cerveau, mme au cours de la vie adulte), ainsi quune stabilit dynamique globale et des variations locales en cascade ? Mme la physique des plus dynamiques des systmes parat insuffisante : linvariance mathmatique en est toujours le cur et la variation, si bien saisie dans son importance (les coefficients de Lyapounov de certains systmes dcrivent trs bien le rle de la perturbation/variation minime, dans le temps), est bien diffrente de la variabilit biologique. Celle-ci se base sur lindividuation, notion trangre la physique, tout comme la notion de pathologie. Pour conclure : individuation, variabilit, cadre de stabilit changeante, instabilit maintenue dans des limites plastiques (le pathologique, le dviant peut devenir une nouveau parcours volutif), non-stationnarit de lespace des volutions possibles et ce partir de laction du gnome, suite discrte immerge dans une cellule. Tout cela reste donc saisir, peut-tre avec un jeu complexe et inventer de discret et de continu mathmatiques, avec des invariances propres et des stabilits o le fonctionnement utilise le dysfonctionnement, bien loin dune thorie pure du discret arithmtique comme la calculabilit. 4.2.1. La dgnrescence et le programme. Mais mme ce discret, si important dans le phnomne du vivant, a une proprit bien singulire, pour la calculabilit, voire pour la physique : la dgnrescence. Cette notion a t introduit par Edelman et Tononi, reprise par dautres auteurs [Edelman, Tononi, 2000 ; Edelman, Gally, 2001] relativement au fonctionnement crbral ; elle a son origine dans les travaux d'Edelman au sujet du systme immunitaire. Bref, une structure est dgnrescente, si des sous-structures non isomorphes peuvent donner lieu une mme fonctionnalit et une structure donne peut sexprimer dans plusieurs fonctionnalits. Ce concept reprend et gnralise celui de redondance, bien connu en thorie de linformation, qui est une thorie de la communication [Shannon, Waever, 1975], et en informatique, mais il en diffre trs nettement. Dans cette perspective, on peut distinguer entre dgnrescence "fonctionnelle" (des systmes non isomorphes participant une seule et mme fonction) et dgnrescence "systmique" (un mme systme participant des fonctions distinctes), voir [Bailly, Longo, 2006]. Dans [Edelman, Gally, 2001], on observe que la dgnrescence est ubiquitaire dans les systmes du vivant, partir du gnome. Mme donc sur une structure discrte, elle nous propose une causalit bien particulire. Il faut considrer, en plus, que, en biologie, quand on dit mme (fonction, par exemple), cela ne veut absolument pas dire parfaitement identique , comme on peut le prtendre pour un objet mathmatique, une fonction calcule par un programme, un programme, une suite de nombres Pour la dgnrescence biologique, des sous-structures non isomorphes (bien qu'"analogues", dans un sens sans doute prciser selon les contextes) ou une structure donne engendrent presque la mme fonction, dans un contexte similaire. Une petite fluctuation dans le contexte, mme dorigine physique, peut alors engendrer dans le temps une expression, une fonction par exemple, trs diffrente. Cette analyse causale de la variabilit du vivant est compatible, mais enrichit nettement celle base sur la notion de mutation (les deux nont pas de sens en thorie de la programmation et elles sont trs peu utilise en pratique, que lon sache fort heureusement). En conclusion, loin donc d'apporter une vision claire du vivant, la notion de programme
rgle, du programme, du calcul laplacien qui tout engendre ? 22

gntique, en s'appuyant sur l'hypothse selon laquelle il existerait des molcules spcifiques (plutt que dgnres) capables de rguler la synthse des protines ncessaires au mtabolisme cellulaire, n'a pas manqu de se heurter, en pratique, de nombreuses difficults, dont quelques unes ont t rappelles ici et dans le 3. En particulier, d'un point de vue qu'on qualifierait volontiers de nominaliste, il nest pas trs convaincant, au sein d'une discipline scientifique, d'avoir toujours recours des explications qui tiennent gnralement de la simple description de phnomnes et sont interprtes (voire thorises) en des termes emprunts, de manire problmatique, d'autres disciplines sans en avoir import, en mme temps, la rigueur mthodologique. Car ces explications prsentent alors le dfaut majeur de multiplier le nombre des cofacteurs cachs (des variables caches ?) ds que l'exprience ne semble plus se prter docilement aux prescriptions du modle. On a, en ce sens, dj eu l'occasion de souligner que, compte tenu de ces lments, la notion de programme gntique, bien loin d'avoir renforc le rle des gnes dans les processus biologiques, a srieusement rode la possibilit-mme d'en donner une dfinition univoque en termes d'information gntique, ne serait-ce que parce que, non seulement, les gnes ne peuvent plus tre sans ambigut associs une succession de nuclotides codant une protine, mais encore, parce que mme si tel tait le cas, la succession des acides amins au sein de la protine en question ne permettrait pas de dterminer la fonction qui lui est associe, moins de faire rfrence aux contraintes qui seront appliques au niveau du cytoplasme. Et, de fait, il semble bien aujourd'hui qu'il soit impossible de faire l'conomie d'une rfrence aux contextes pigntique et extragnomique dans lesquels s'exprime le genome, avec toute leur immense complexit biologique, pour en donner une interprtation minimalement cohrente [Allis et Junuwein, 2001, Hieter et Boguski, 1997, Turner, 2002]. 4.2.2. Un dernier point de mthode propos de la notion de programme : la question du finalisme contingent. Dans la critique que nous avons esquisse de la mthode diffrentielle en biologie molculaire ( 3.2.2), il a t question dune incompltude thorique du point de vue de linfrence de lois causales. En particulier, nous avons mis en vidence le fait important, nos yeux, d'un point de vue purement logique que de simples corrlations empiriques entre certaines modifications de lADN et des diffrences observables dans le phnotype des individus ne donnent pas de faon immdiate et/ou vidente une loi qui corrle causalement les diverses structures de l'ADN leurs consquences rputes normales. Il faut souligner, ici encore, la spcificit de la mthode diffrentielle en physique, ds lors qu'il est question d'tablir formellement une dpendance causale quelconque entre variables. En effet, outre les analyses de corrlation/dcorrlation de variables dont nous avons dj parl, les physiciens ont gnralement besoin de se doter d'un cadre d'interprtation thorique essentiel la construction de lobjectivit scientifique. En premier lieu, le nombre fini dexpriences et, par suite, le caractre discret des donnes ne permet de proposer une unique quation que moyennant un certain critre d'"optimalit conceptuelle" : autrement dit, on cherche lquation (le polynme, la courbe, ) ayant la forme mathmatique "la plus simple". Il est vident que la validit de ce critre nest pas un absolu, mais son explicitation est au cur de la force mthodologique de la physique, depuis Copernic et Kepler. En second lieu, la mthode diffrentielle en physique trouve, dans une large mesure, sa justification mathmatique dans les mthodes variationnelles du calcul diffrentiel : de petites perturbations (infinitsimales) permettent de reconstruire des godsiques. Dans les deux cas, on le voit, lanalyse mathmatique prsuppose un cadre continu - des surfacesspatio-temporelles (voire conceptuelles) lisses (smooths) - o ces critres doptimalit ont un sens et une cohrence
23

strictement physico-mathmatiques. Or, ce cadre fait prcisment dfaut dans les analyses diffrentielles en biologie, sans doute cause de limmense difficult dmler, du fait de leur singularit physique, les relations causales "intriques" caractristiques du vivant, qui nous paraissent sortir mme des plus dynamiques des cadres thoriques de la physique. Et, en aucune faon le modle (la mtaphore) du programme ne fournit un tel cadre du fait de ses racines computationnelles, cuasalement laplaciennes. On a dj rappel, en fait, que ces dernires trouvent leur source dans une thorie de la calculabilit (squentielle ou, pour le peu qui existe, de la concurrence) dont les consquences au niveau des rgmes de causalit ont t analyses ailleurs [Bailly, Longo, 2006] et sont trs loignes de la smoothness des thories physico-mathmatiques auxquelles on fait implicitement rfrence en biologie, en proposant une analyse diffrentielle (dans une note on mentionnait que la smantique diffrentielle, en informatique, nexiste pas et pour des bonnes raisons). En somme, le dfaut en matire d'explication qu'on a relev en gntique ne tient pas lanalyse diffrentielle elle-mme, une technique qui nous a donn, au cours du XXe sicle des informations et rsultats dun immense intrt, mais il doit, notre avis, tre imput aux tentatives de lencadrer dans des notions plus ou moins naves de programmation gntique. Mais alors, on peut se demander ce qui pousse tant de biologistes, du plus haut niveau scientifique, vers ce mythe du programme gntique. Il est clair que la structure discrte de lADN, si bien dcrite par des suites de lettres qui ne manquent pas d'voquer l'encodage d'un langage formel, suggre une telle analogie par le jeu mtaphorique dune reprsentation commode. Toutefois cela ne suffit pas justifier en soi la rfrence la notion de programme en tant que telle. Sans doute le besoin, si fort en biologie, de trouver une justification (voire une explication prtendument rductionniste) au finalisme des processus du vivant transparat-il ici bien plus nettement. Par le biais d'un jeu de langage autour de la notion formelle de programme, on glisse subrepticement, en effet, vers une conception du vivant plus ou moins explicitement imprgne de finalisme (cette fameuse matresse que lon ne montre pas, mais dont on ne peut se passer... ). Et voil, salvatrice, la notion de programme, notion laque qui, sans besoin de Dieu, contient une fin dans ses lignes de code si bien matrialises dans nos machines modernes. Le programme informatique est fait pour , il a un but, mais il est, ou peut tre, encod matriellement. Toutefois, nous ne connaissons pas de programme informatique fonctionnant qui nait t auparavant tap sur un clavier : est-ce alors Dieu qui tape sur le clavier molculaire ? Certes non : cest lEvolution nous dira-t-on... Deus ex-machina, lvolution vient ici combler les lacunes explicatives de la mtaphore du programme elle-mme, en rendant apparemment intelligible l'inscription dans la matire d'un projet pour le futur... Du moins si l'on exclut la question hautement problmatique d'un point de vue strictement physique de l'origine du matriel gntique en tant qu'il constitue la condition de possibilit de cette inscription elle-mme. On nous dira que nous sommes peut-tre en train de finasser, car il sagissait ici seulement dune question de langage. Le problme, nanmoins, est que ce langage tend s'imposer comme le paradigme dominant dans la communaut scientifique, y compris pour ce qui est de la formulation de projets de recherche qui, semble-t-il, devraient pourtant rester raisonnablement ouverts la possibilit d'une faillite des paradigmes (on se demande, en effet, comment la science pourrait bien progresser s'il en tait autrement... ) : on cherche, par exemple, majoritairement et depuis trs longtemps, la cause des cancers dans des mutations d'un ADN soudainement mal programm et c'est seulement depuis quelques annes que lattention de certains audacieux s'est dplace aussi vers le contexte d'expression des gnomes. Mais revenons-en au problme de la finalit, en essayant de l'aborder d'un point de vue physicaliste possible. Considrons un rocher qui forme une pente avec des irrgularits donnes
24

et sur lequel la pluie, par l'action rpte au cours du temps de frottements et de petites turbulences, produit graduellement un creux. Il est clair alors que, si les conditions auxquelles le rocher est expos sont suffisamment constantes au cours du temps, ce premier creux va, son tour, engendrer une nouvelle turbulence qui, sans doute, fera elle aussi apparatre un deuxime creux, en quelque sorte fils du premier. Mais alors y aurait-il vraiment du sens dire que la premire encoche est un programme, crit par lvolution physique, pour engendrer la deuxime ? Ou encore, qu'elle contient de linformation sur la forme, des encoches futures avec leur apparente spcificit structurelle ? Sur cet exemple on voit bien qu'on peut toujours, d'un point de vue simplement descriptif, "fabriquer" une finalit apparente en jouant le jeu rhtorique de la programmation ou en utilisant la notion, si charge dans la culture aristotlicienne, dinformation ; mais cela rend-il les phnomne ainsi dcrits physiquement intelligibles ? Il n'est pas question ici de soulever la question hautement problmatique du rle ventuel de la finalit dans les sciences, mais l'exemple de l'attitude historique de la physique face cette question pourra peut-tre nous montrer qu'il existe des alternatives, mme physicalistes, la notion de programme pour rendre compte d'une apparent finalit dans les systmes tudis par la biologie. Jusqu la premire moiti du XIXe sicle, en effet, nombres d'auteurs voyaient dans le critre d'optimalit des trajectoires physiques une forme de finalit en acte au sein des sciences de la Nature : le grave ou la lumire tait ainsi rput choisir la trajectoire optimale pour aller vers. C'est seulement avec l'avnement des mthodes variationnelles que ce type de raisonnement a finalement t abandonn au profit d'explications au sein desquelles les godsiques taient induites (causes) par la structure de lespace elle-mme (espace physique ou, plus gnralement, espace des phases) . Exit, ds lors, le finalisme en physique... Toutefois, entendons-nous bien : il ne s'agit ici que de discrditer un certain type de discours sur le vivant qui prtend rpondre la question du finalisme en l'intgrant, par un simple jeu de langage, la description de ses objets, tout en se prtendant physicaliste, d'une faon, pour nous, bien paradoxale. Mais la question de la finalit ventuelle propre au vivant va, notre avis, certainement bien au del de celle d'une relation possible entre gnes et caractres, mme simplement au niveau molculaire. Il ne nous parat pas extravagant, de ce point de vue, de se demander si une tude des proprits des systmes biologiques partir des mthodes de la physique ne doit pas accepter, malgr qu'on en ait, une certaine forme minimale de finalit. Toutefois, il sera sans doute plus sage de rserver cette invitable et toujours renouvele rfrence au finalisme en biologie au passage peut-tre le moins accessible la connaissance, savoir celui de la formation originaire du vivant ; et cela prcisment, pour employer une expression chre aux informaticiens, par dfaut de connaissance18. Mais pour le reste, il faudrait abandonner, surtout si lon prtend garder une perspective authentiquement physicaliste, cette rfrence obsessionnelle la finalit implicitement associe au terme de programme et, par suite, celui de gne, identifi ces
18

Dans le cadre de limmense dbat sur le finalisme en biologie, et dans cette recherche de minimalit, nous osons faire rfrence ici celle dont on parle dans [Bailly, Longo, 2006]. Nous pensons une finalit "contingente" car matrielle, non programme et qui pourrait tre autre qu'elle n'est, voire ne pas tre ; une finalit qui constitue, en outre, le fondement implicite de tout discours sur le vivant, savoir : la survie (de lindividu, de lespce). Ds la constitution de la premire structure vivante, en effet, passage volutif sans doute le moins connu, ce qui a compt dans cette formation physique indite et singulire et l'a dfinitivement diffrencie en tant que telle du reste de la matire inerte - mme si, par ailleurs, cela n'tait pas ncessairement prvu l'origine ou inscrit dans un projet - n'est pas autre chose que sa capacit survivre. Sinon, cette matire ne saurait prcisment pas tre considre comme vivante, ou elle ne serait plus l. Bien videmment, il sagit maintenant de cerner cette finalit contingente dans un cadre plus prcis, par exemple celui de la criticit tendue auquel on travaille (voir [Bailly, Longo, 2006]). 25

encoches de lADN, sa structure chimique ! Le systme vasculaire est, de ce point ce vue, tout aussi finalis que la canalisation qui se forme peu peu par accumulation d'encoches sur un rocher, ceci prs, toutefois, que, la diffrence du canal godsique creus par leau dans une structure physique (un espace des phases) qui lui a pr-exist, le systme vasculaire se forme en mme temps que le reste du corps... Et c'est l, sans doute, que vient se greffer cette mmoire matrielle qu'est lADN avec son contexte cellulaire, mmoire qui semble constituer, par le jeu de frictions rptes tout au long de la phylogense et de l'ontogense, une caractristique spcifique aux processus biologiques, tout fait trangre aux dynamiques physiques usuelles. En conclusion, remplaons la pente physique du rocher (voire la cause de cette pente, parfaitement inconnue en biologie), par cette finalit contingente, une seule, la survie, et essayons de construire des espaces conceptuels, autant que possible de type physico-mathmatiques, voire proprement biologique, pour une intelligibilit qui vite dinsrer une fin, de type informatique, dans lADN. Comprendre cette spcificit est sans doute l'un des plus grands enjeux venir de la biologie et amnera trs certainement l'mergence de thories en marge des thories physiques existantes, comme nous le suggrerons dans la conclusion. 5. Lalphabet et lADN Quel sens donner, maintenant, la mtaphore lADN, structure alphabtique du vivant ? Certainement cette mtaphore engage-t-elle moins que celle de Machine logico-formelle, dans le sens d'Aristote-Descartes-Newton-Laplace-Turing (!) ; un sens trop fort, trop riche dhistoire et de dterminations le plus souvent incompatibles entre elles. Ainsi, dans une certaine mesure, on peut dfendre l'ide selon laquelle les lettres sont bien l, dans lADN, que leur structure discrte et sans signification est bien visible, et qu'en un certain sens elles composent mme des mots (les gnes ?). Mais que et comment signifient ces mots ? Lalphabet, on l'a dit, sexprime par le phonme : la parole, le chant fait le lien avec un contexte de signification. Et il y a, en ce sens, des efforts remarquables des grammairiens pour nous donner des rgles pour passer des suites de lettres au phonme - et de l au sens - et rciproquement. Mais ces rgles, dans leur modeste gnralit, sont des co-constitues, des godsiques de lhistoire : elles ne prexistent pas la langue. Lcriture alphabtique a fig la parole, le flux continu de la communication, tant que faire se peut avec les langues vivantes. Dans la fixation pratique, longue construction historique, qui est passe par le symbole magique, communicatif, signifiant, lidogramme, la syllabe et, enfin, le pitch vocal isol par la consonne crite, on a extrait les invariants, les rgles, un a posteriori dune pratique de la communaut humaine communicante. Des rgles plus au moins stables, srement pas parfaitement stables et forcment incompltes. Les rgles de lecture capturent un fragment des sons possibles dans une langue : le fragment qui deviendra la langue savante ou standard. Un dialecte est souvent impossible crire : lusage phontique dominant exclut les autres, qui nont pas de rgles dcriture ou qui violent, pour sexprimer, les rgles. On y verrait presque lventail des possibles de lexpressivit gnomique. En fait, les langues vivantes sont vivantes, tout comme la cellule. Un flux dynamique similaire, globalement (relativement) stable, mais capable, dans le temps, de changements radicaux ; localement intgr des exceptions, qui ne sont pas ncessairement des monstres, car elles pourront engendrer une expressivit nouvelle qui peut devenir la nouvelles rgle, voire une nouvelle langue. Voil ce paysage de trajectoires possibles, voire de parcours gnriques : tous les possibles sont peut-tre explors, dans lhistoire de lexpression phontique-signifiante dune langue crite. Les rgles, les lois, seraient donc des co-constitues de la friction de structures, la fois rigides et plastiques,

26

le rsultat de pratiques historiques. Mais alors, oui, gardons pour le moment la mtaphore lADN est un alphabet, dont les rgles, trs peu stables, ont t constitues partir de certaines exceptions essentielles la dynamique globale, o la diffrence entre rgles et ventails dexceptions possibles serait essentiellement statistique, selon des distributions changeantes au cours de lvolution. Si les langues naturelles ont des ressemblances avec ces volutions historiques, rien de comparable n'est dcrit en physique ; mme des cascades de phnomnes critique, qui dpendent dune histoire, ne permettent pas de rendre compte de notions aussi fondamentales pour la biologie que celles de fonction ou de pathologie, au coeur des volutions possibles. Un alphabet donc immerg par linteraction de "biomres" dans un contexte volutif, dans le sens riche que lon vient de dcrire, la cellule, lorganisme vivant - tout comme le phonme immerge lalphabet dans des formes de vie, avec leur historicit. Tout comme lalphabet, lADN est incomplet : il est loin de contenir toute linformation ncessaire lembryogense. En fait, avec lalphabet phontique, on ne capture pas, disait-on plus haut, les variantes dialectales dune langue, parfois essentielles lexpressivit dun discours ; de mme, une lecture mcanique, selon des rgles strictes, ne transmet pas les motions, les sensations, bref tout ce qui compte le plus dans la communication humaine - et aux intonations, aux nuances des accents, nous ajoutons toujours le sourire (quon saisit mme la radio), le geste qui peut radicalement changer la signification dun discours. Parfois, la lecture mcanique devient incomprhensible, bien avant mme quincomplte. Lalphabet est donc essentiellement incomplet par rapport linteraction signifiante, le but de toute langue, tout comme les formalismes logiques sont dmontrablement incomplets par rapport la preuve (et au sens structurel en) mathmatique. Dans les deux cas, de lADN et de lalphabet, linformation pertinente se trouve aussi (voire surtout) dans le contexte: la cellule, voire lorganisme avec ses cascades de rgulation (hormonales, nerveuses), dans le premier cas, les formes de vie de la communaut linguistique dans le second, tout cela tant situ en de et au del des rgles de la structuration discrte. En fait, linformation se constitue dans la friction entre ces alphabets et leurs contextes trs dynamiques. Et lalphabet aussi, sa faon, est dgnrescent : une mme phrase crite dans des contextes dexpression, crits, oraux, diffrents, peut avoir des significations diffrentes. Un mme sens peut tre convoy par des phrases diffrentes. La mtaphore alphabtique peut donc tre suggestive pour lADN : sa structure discrte est bien saisie par lanalogie, pourvue que lon dveloppe une thorie non-nave des langues, avec leur richesse, leur historicit, leur polysmie, leurs branchements dans des espaces de signification trs vastes. Une gomtrie du sens, que certains linguistes envisagent aujourdhui, peut en donner une ide. Mais, ds que lon propose une thorie la flagrance frgenne des langues ( la Chomsky, par exemple) et du gnome, la rgle aristotlo-cartsienne de la Machine, en amont de tout processus, avec sa rigidit prdictible, laplacienne, empche le regard scientifique moderne sur deux dynamiques des plus riches au monde ; jusqu trouver le gne de linfidlit conjugale (Young et al., Nature, 400, 766-788, 1999) mlange ordinaire de plaquage informatique et de prdestination protestante au Bien ou au Mal... 5.1 ptqqpdr, wtpss, zwtsss Toutefois, toutefois, il y a un petit problme avec cette analogie, mme en la poussant dans le sens d'une plus grande attention la richesse et lhistoricit naturelle des langues et de leur criture, vers une smiotique des gestes qui intgre toute lexpressivit de linteraction humaine. Nous ninsrons jamais (presque jamais ?) des ppqqprr, wtwss, zwzsss au beau milieu dune

27

phrase crite, et trs rarement dans un mot. Par contre, d'aprs ltat des connaissances en gnomique, dans prs d'un tiers des "mots" du gnome des eucariotes ( moins que par "mots" on entende les seules parties codantes des gnes, mais alors on perdrait tout espoir de pouvoir en donner une dfinition strictement structurelle... ), un pourcentage important de lcriture - parfois jusqu' 95% (!) des squences - parat tre strictement non-codant. De plus, contrairement aux inscriptions sur le marbre des anciens (illisibles pour le profane), nous laissons, dans nos langues, des espaces bien marqus entre les mots. Et lon utilise des points bien clairs, des virgules et maints autres signes perceptibles, pour marquer le dbut et la fin dune phrase signifiante ( notre poque ; a na pas t toujours ainsi). Quoique le sens soit toujours reprer dans le contexte richissime dont on parlait, un marquage des limites des mots et des phrases caractrise toute expression crite moderne. Malgr maintes tentatives, il nous semble que les biologistes molculaires rencontrent des difficults autant pratiques que thoriques pour reprer le dbut et la fin dun gne en tant qu'unit expressive autonome. En pratique, ces deux difficults deviennent d'ailleurs colossales dans le cas du patrimoine gntique des plantes : il apparat, semble-t-il, que les redondances, le mlange des parties codantes et noncodantes, les formes tendues de dgnrescence, servent ici compenser, par le biais d'une grande richesse gnomique, la modeste mobilit des plantes, incapables sadapter par la fuite un environnement changeant. On ne connat pas dalphabet historique qui ait remdi dune faon similaire au sdentarisme de son peuple crateur (laissons tomber la programmation, car vraiement personne ncrit ptqqpdr, wtpss, zwtsss au beau milieu dun programme, quoique Microsoft ait parfois utilis cette ruse pour compliquer les interfaces et gner la concurrence). Si lon exclut donc d'improbables astuces de Dieu, pour empcher les martiens de copier ou d'interfrer avec notre gnome, on voit mal comment on pourrait rendre compte, dans les termes dune construction humaine en partie artificielle telle que lalphabet, de nombreux aspects de lADN, remarquables de par leur singularit physique. Et tel est bien le nud du problme : la structure de nos langues, qui est au fondement de notre culture, est un constitu historique, continuellement rvis, en tant que tel, par linvention de lalphabet, entre autres, mais aussi par laction consciente des acadmiciens et des grammariens, qui effacent en partie cette histoire et peuvent conduire croire que lalphabet et la grammaire, mme simplifis, ont prcd la langue, comme leur dtermination formelle. Il sagit bien videmment d'une illusion rtrospective : la mise en place d'un alphabet et dune grammaire, repond un aspect particulier, propre aux structures (partiellement) artificielles de nos langues, qui se base sur et propose un paradigme culturel de simplicit (voire de minimalit) au niveau de ses composantes lmentaires. Toutefois, ce n'est pas au niveau de ces briques lmentaires du langage que l'on va pouvoir situer, que ce soit d'un point de vue simplement logique ou d'un point de vue dynamique au sens physique du terme, le niveau phnomnal pertinent pour une analyse de la faon dont les mots vhiculent un ou plusieurs sens, mais, bien plutt, dans lpaisseur historique des langues. Celleci interdit d'emble tout nettoyage simplifiant et parfait, un debugging formel dirait un programmeur (pensez labsurdit apparente de la grammaire et de lorthographe franais, riches dhistoire, de redondances, dambiguts et dinutilits, de dtritus - que les collgues franais attribuent plutt langlais). Comme disent les computationnalistes : les langues sont des langages logico-formels mal ficels (quel incomptent ce Bon Dieu !). Lvolution biologique, tout comme celle des langues, se nourrit de son histoire et, en mme temps, efface son origine : voil une des raisons pour lesquelles la biologie ne peut pas tre simplement une physique avec une histoire. Et cela laisse entrevoir quelques lments d'une analogie mtaphorique possible entre langue et gnome.

28

Toutefois, disait-on, on sera encore bien loin dobtenir, dans le mme temps, un apport explicatif vritablement oprationnel, ne serait-ce que sur le plan mathmatique : les ambuiguts structurelles/fonctionnelles, la polysmie, la pliotropie, la redondance, la dgnrescence du gnome et, bien sr, l'efficacit volutive qui leur est associe sont certes quantitativement et qualitativement bien diffrentes de celles des langues. Elles rclament, de la mme faon, bien plus que l'importation de paradigmes mathmatiques ayant dj constitu par ailleurs leur domaine de validit, l'invention d'un cadre thorique d'analyse et d'un vocabulaire autonomes, en rupture avec, mais sans ncessairement l'invalider, tout ce qui a dj t fait dans d'autres disciplines scientifiques. Qui niera, par exemple, que tel a t le cas des thories de l'information dans les annes 50 ? 5.2 Les mutations. Nous avons discut plus haut (3.2.2) de certains problmes soulevs par l'interprtation en termes causaux des expriences de gntique dveloppementale qui permettent de modifier le phnotype des individus partir de certaines permutations effectues dans l'organisation de leur gnome. Dans des cas de ce type, donc, on dplace ou on rend silencieuses des portions plus ou moins vastes d'ADN et l'on observe des modifications associes de certains caractres observables sans pouvoir vritablement rendre compte, dans un vocabulaire strictement physicaliste, des liens de causalit permettant de passer du gnotype au phnotype. Si l'on tient forcer, ici encore, la mtaphore linguistique, on pourra donc dire qu'on russit modifier la signification d'un discours par le simple jeu d'une permutation de mots ou de phrases entires. Mais qu'en est-il, pour revenir la question des mthodes diffrentielles un niveau plus lmentaire, de la pertinence de la mtaphore alphabtique elle-mme du point de vue des corrlations observes entre gnes, en tant que "mots" de l'ADN, et caractres ? On s'intressera en fait ici aux problmes d'interprtation soulevs par la notion de mutation, entendue, au sens strict de la biologie molculaire, comme le changement ou la dltion d'une base, dans les contextes respectifs de l'ontogense et de la phylogense. On sait que, d'un point de vue historique, l'une des questions les plus dlicates laisses ouvertes par Darwin a sans doute t celle de l'origine des variations spontanes dans les caractres des individus. Il va sans dire qu'il en allait de la compltude de sa propre thorie de l'volution puisque c'taient prcisment ces variations qui taient censes permettre la slection naturelle d'oprer comme un facteur de pression dans la lutte pour l'existence l'intrieur des populations. Grosso modo, ce n'est vritablement qu'avec les travaux de Morgan, Sturtevant, Muller et Bridges sur la drosophile, dans la premire partie du XXme sicle, que va commencer de s'laborer une premire bauche de rponse cette question sur la base d'une rinterprtation "matrialiste" de l'hrdit sur la base de la thorie des mutations issue des travaux de de Vries. Or, la notion centrale de mutation dans la gntique classique se prte de nombreuses objections critiques qui ne sont pas trangres celles que Morgan lui-mme avait prcisment adresses la mthodologie de Mendel. Il lui reprochait essentiellement, en effet, d'avoir fait du dcoupage en caractres une simple affaire de langage, en particulier en s'autorisant dcomposer en sous-caractres inobservs tout caractre qui ne se distribuait pas selon les fameuses lois qu'il avait dictes dans le cas des expriences d'hybridation. En fait, ce que Morgan dnonait dans cette "astuce" de la mthode d'analyse mendlienne, c'tait prcisment son caractre de clef universelle pour rpondre tous les problmes de la thorie de l'hrdit. Avec cette dernire remarque, il est clair que Morgan remettait en question la

29

scientificit-mme de la thorie de Mendel, avec une critique trs fine sur le plan pistmologique puisqu'en un certain sens, elle revient souligner l'inadquation du seul critre de validation exprimentale des thories. Pourtant, la solution que lui-mme a propos ne semble pas satisfaisante, et ce pour une raison qui rejoint la critique que nous avons dj propose des mthodes diffrentielles en gntique. Il existe, en effet, un certain flou dans l'usage que fait Morgan de la notion de mutation, devenue indissociable de celle de gne depuis [de Vries, 1909]. Un premier aspect problmatique de cette notion est ainsi qu'elle lui sert, tour tour, dsigner tout changement observable dans le phnotype d'un individu, puis, l o la thorie des mutations issue des travaux de de Vries avait pourtant introduit le concept intermdiaire de prmutation, une modification associe, de nature inconnue, sur une portion de chromosome. Et cette ambigut sur le plan du vocabulaire n'a, cet gard, servi qu' dplacer la mthode mendlienne de dcomposition en sous-caractres pour la rintroduire, au niveau des mutations elles-mmes, en postulant, notamment, que toute variation continue ou par degrs d'un caractre, comme la couleur de certaines fleurs, peut a priori tre ramene une combinaison de mutations discrtes. Mais, ce qui pose le plus nettement problme nos yeux, c'est, encore une fois, que la mthodologie "morgano-mendlienne" repose exclusivement sur une tude des corrlations empiriques observables entre la frquence des crossing over dans la ligne germinale et celle des recombinaison de mutations phnotypiques au sein de la descendance d'un individu donn. Morgan souligne d'ailleurs plusieurs reprises que la question du lien physiologique entre gnes et caractres concerne l'embryologie seule et non la gntique. Or, on peut fondamentalement contester ce type d'hypothse thorique qu'elle puisse mettre la gntique en position de se prononcer sur la nature dun ventuel lien de causalit entre gnes et caractres. En particulier, la gntique classique n'a jamais montr que ses facteurs-units engendraient les caractres auxquels ils taient associs (ainsi que le suggre le terme de gne lui-mme). Et ce, pour deux raisons : d'une part, une simple analyse emprique de corrlations ne permet pas de conclure l'existence d'un lien de causalit effective entre les diffrents niveaux d'organisation observs ; et, d'autre part, nul ne saurait infrer l'existence ncessaire d'un gne du type sauvage sur la seule base de l'existence probable d'un gne mut : encore une fois, en reprenant notre discussion du 3.2.2, une analyse diffrentielle ne donne pas immdiatement une loi gnrale explicative du cas rput sauvage (et l'on peut se demander si la notion de gne sauvage a vritablement un sens en dehors d'expriences d'hybridation strictement dlimites tant donn le rle que sont censes jouer les mutations dans la thorie no-darwinienne de l'volution, comme on en discutera ciaprs). Pour conclure la rflexion sur cet aspect, observons que, une fois dcod le gnome, on saperoit que la notion de gne , qui a domin le XXme sicle, est un concept aussi flou que celui de phlogistique en vigueur au XIXme, car dpourvu de toute dfinition structurelle, physico-chimique, voire de toute dlimitation spatio-temporelle. En gnral, un gne est ce qui engendre : des protines ou des enzymes, parfois plusieurs, disions-nous on ne parle presque plus de caractres. Et, qui plus est et sauf des cas particuliers qui ne donnent pas une loi dans le sens de la physique, il est situ dans un espace et un moment indtermins qui vont de lADN aux activits cytoplasmiques de lARN : comme nous observions dans 3.2.3 pour les eucaryotes, mme la structure primaire des protines engendres peut dpendre du contexte cytoplasmique de transfert de lARN Un second aspect de la mthodologie diffrentielle ne manque dailleurs pas de mettre en doute la simple possibilit d'une rinterprtation des travaux de cartographie gntique la lumire des donnes empiriques que la biologie molculaire ne cesse de confirmer aujourd'hui.

30

Dans The Mechanism of mendelian heredity (pp. 172 et passim.), Morgan est, en effet, le premier relever systmatiquement les lments factuels qui interdisent toute tentative d'associer biunivoquement un gne un caractre. Ces observations sont d'ailleurs devenues, depuis quelques annes, des arguments importants dans le discours d'une partie de la littrature en biologie thorique cherchant placer le concept de "dgnrescence" au cur des discussions contemporaines, notamment afin de montrer que le rductionnisme physicaliste n'est pas une approche pertinente en biologie. Parmi ces lments, on peut, par exemple, citer le fait qu'une mme mutation gnotypique affecte toujours plusieurs caractres observables en mme temps, parfois sans rapport direct les uns avec les autres19, et que, rciproquement, un mme caractre peut tre modifi sous l'effet de diverses mutations situes en des loci bien distincts20. Il semble, de ce point de vue, qu'il faudrait vraiment forcer la mtaphore alphabtique pour quelle nous aide comprendre des faits aussi remarquables. Sans doute une bonne notion de tri sur une certaine base de donnes nous clairerait-elle beaucoup plus, du moins si on cherche la comprend dans le cadre de contextes dexpression diffrents, chose qui est encore inhabituelle en informatique aujourdhui. Les remarques prcdentes ne concernaient que la question du lien entre gnes et caractres au sein d'un individu, modulo une certaine ontogense, inanalyse dans le cas de la gntique classique. On a dj mis en doute plus haut ( 3.2.2) le fait que ce lien pouvait tre analys d'un point de vue causal partir des seules expriences tratognes de la gntique dveloppementale. Mais un autre aspect de la notion de mutation nous semble problmatique, du point de vue de la thorie de l'volution elle-mme cette fois. Les theories no-darwiniennes de l'volution ont, en effet, fait de la mutation l'un des concepts centraux des analyses, autant thoriques que pratiques, de la phylogense. L'une des hypothses avances est que le changement dun seul nucleotide, induit, au besoin, par un rayon cosmique ou un effet quantique, peut dmarrer une chaine causale qui aboutit une modification volutive importante. Mais, comment saisir cela dans les termes d'un changement de signification d'un discours au cours de l'histoire, partir du simple changement/dplacement dune lettre ou d'un mot dans une phrase, voire d'une phrase dans un discours, sans tomber dans les apories du fameux singe dactylographe de Thomas Huxley ? Si la reference lalphabet/base de donnes peut rendre partiellement compte du caractre discret de la structure de l'ADN en tant que mmoire gntique, il reste, encore et toujours, que la plus grande difficult propre ces analyses par analogie est qu'elles ne permettent pas de saisir de manire intelligible le passage de l'alphabet lui-mme au sens du discours. Et cette difficult s'accrot d'autant plus que l'histoire des systmes biologiques tend prcisment accumuler et compliquer les systmes lmentaires en les consitutant en organismes, avec tous les raffinements de causalit intrique (au sens large) que suggre ce terme, causalit que des mthodes simplement diffrentielles laisseront toujours inanalyse dans la mesure o, par dfinition elles sont systmatiquement insensibles tout ce qui demeure invariant. Il est clair, de ce point de vue, que, d'une manire trs gnrale, si l'on retire des explications volutionnaires les arguments de la transmission directe des caractres acquis et de la traduction
19

Ainsi, chez la drosophile, la mutation "yeux blancs" semble empiriquement tre associe la dure de vie des individus sans qu'il soit possible d'tablir un lien physiologique clair entre ces deux caractres.
20

Pour reprendre l'exemple prcdent, Morgan a ainsi recens plus de vingt-cinq mutations susceptibles de modifier le caractre "couleur de l'oeil" chez la drosophile.

31

univoque des gnotypes individuels en termes de portions d'ADN, le problme de l'adaptation vidente des organismes leur environnement devient trs vite d'une difficult telle que le recours une simple thorie des mutations n'est gure clairant, voire devient tout bonnement douteux. On a ainsi montr qu'avec un taux de mutations de l'ordre de 1 nuclotide pour 100 000 au cours d'une rplication, ce qui correspond peu prs aux frquences moyennes observes chez les organismes non-bactriens, et si l'on suppose que l'occurrence d'une mutation double la probabilit d'apparition d'une nouvelle mutation, il faudrait encore attendre 274 milliards d'annes pour qu'une mutation simultane de 5 nuclotides touche l'ensemble d'une population de 100 millions d'phmres. En soi, un tel argument n'a absolument rien de dirimant pour la thorie de l'volution entendue comme une thorie descriptive. D'ailleurs, le zoologue George G. Simpson [Simpson, 1953] notait dj combien l'ide-mme d'une volution des espces fonde sur la simple succession de mutations ponctuelles est absurde eu gard aux donnes de la palontologie, puisque les diffrentes tapes de l'orthognie animale montrent comment de brusques ruptures sont introduites rgulirement dans la succession des individus21. Le problme de l'adaptation des espces leur environnement pose donc de srieux problmes la thorie de l'volution si l'on se contente d'analyser l'ADN et les modifications qui l'affectent au cours de l'histoire des individus dans le seul cadre paradigmatique d'une mtaphore alphabtique. Car, quoique cette mtaphore engage, apparemment, trs peu et ouvre la voie vers lunivers richissime des analyses des langues vivantes, le problme de lexpression de cet alphabet, et particulirement la question de ce qui pourrait jouer, en gntique, le rle du phonme et des formes de vie historiques de la communaut langagire, de son rle et son histoire donc, par rapport la signification, reste entirement ouvert. On pourrait mme dire que ce problme pose avec une grande nettet la question de la possible incompltude des thories physiques dans le cas de l'explication de l'origine et de l'volution des formes vivantes, c'est-dire des systmes biologiques en tant qu'ils ont une histoire, et une histoire qui, de surcrot disiosn-nous, efface une partie de son origine. Conclusion La complexit des composantes lmentaires des phnomnes naturels reste aujourdhui le grand dfi scientifique. En mcanique quantique tout d'abord, avec la non-localit et la non-sparabilit des particules lmentaires, avec les cordes et les thories dix dimensions, dont six compactifies, pour saisir llmentaire, mais galement en biologie, o la complexit de la cellule, contexte ncessaire lexpression de l'ADN, est probablement mathmatiquement infinie par rapport toute mesure physique. Les passages historiques par une thorie mcaniciste, qui essaie de saisir le complexe par la rduction llmentaire et simple, ont fait leur temps. Tous nos engins mcaniques, toutes nos constructions artificielles, tant conus bottom up, sont donns par composition de llmentaire simple (les horloges, les ordinateurs, les langages de programmation les programmes). Il nen est vraisemblablement pas ainsi pour des structures dont lhistoire naturelle est riche en aller-retours, back-tracks, interactions entre diffrents niveaux dorganisation, o llmentaire est un co-constitu dynamique, le rsultat dunits globales trs complexes, donc, en principe, lui-mme trs complexe. Lembryogense,
21

Dans le cas du cheval, dont il est l'un des grands spcialistes, Simpson a estim que l'volution orthognique a pris seulement 65 millions d'annes, le cheval moderne ou equus tant le rsultat de la succession, entre l'ocne et le quaternaire, d'une quinzaine de genres.

32

typiquement, est un processus top-down : tout commence par une cellule, unit organique complexe, qui se difrencie (et d'ailleurs, en un certain sens, cette complexit de l'lmentaire biologique est la condition de possibilit du processus de diffrenciation lui-mme). Mais mme le plus dterministe des systmes physiques, notre systme plantaire, nest pas une grande horloge, comme on la trs longtemps cru (malgr les doutes de Newton et Laplace, qui taient des grands). Sa nature essentiellement chaotique ([Laskar, 1992 ; 1994]) dmontre que la dtermination quationnelle globale, qui correspond aux godsiques de lespace-temps, ne suffit pas en saisir lvolution en termes causaux ; il est en fait causalement sensible des variations/perturbations en dessous de toute mesure thoriquement possible. Cest donc llmentaire des phnomnes locaux - qui peuvent tre trs complexes - qui interfre avec lvolution globale. Et dans ce cas prcisment, une thorie de godsiques perturbes permet de comprendre quelque chose ; tandis qu'une vision en termes de lois ou de programmes, si elle peut donner lieu de bonnes imitations computationnelles, avec leur propre apport dintelligibilit, doit, nanmoins, tre fondamentalement distingue dune modlisation mathmatique explicative et/ou prdictive au sens le plus strict du terme (voir [Longo, 2002] pour la distinction entre imitation informatique et modlisation mathmatique, dailleurs implicite chez [Turing, 1950 ; 1952]). Les biologistes doivent avoir laudace de hurler la spcificit de leur besoin thorique. La science procde tout dabord par diffrenciation des champs phnomnaux. Darwin na pas pris des ides des thories physiques de lpoque, encore moins de la mcanique si pousse de son temps, mais il a propos (suivant aussi dautres : les ides ont toujours une histoire) une thorie absolument originale - tout au plus, avec des contaminations sociologiques, diront certains. Ce qui importe ici, cest que, par son travail de rflexion thorique, il a distingu la thorie du vivant de toute thorie physique. On voit l une analogie avec un autre grand moment thorique, lintrieur de la physique mme, qui a bris lunit prtendue de la microphysique et de lastrophysique la fin du XIX sicle, soutenue par la proposition d'un modle plantaire de latome : linvention de la physique quantique. Certains physiciens eurent laudace de dire : non, la structure de la dtermination que nous proposons est radicalement, voire irrductiblement, diffrente. Et des pivots centraux de lintelligibilit physique ont, par l-mme, t renverss : pas de localit, pas de sparabilit, pas de trajectoires (!), le champ est linaire. Les biologistes devraient en faire autant, un peu comme Darwin du reste (et on en voit des signes, ici et l). Une sparation conceptuelle nette aide saisir une phnomnalit trs difficile ; ensuite, on visera lunification, aux ponts de langage et la drivation logique des thories, mais on ne se laissera pas sduire, entre temps, par des analogies mtaphoriques trompeuses, riches dune histoire forte et d'une structure logique autonome. En physique, la sparation thorique n'empche pas que, prs de cent ans aprs, on entrevoit certains lments dune unification possible entre champs quantique et relativiste ( vrai dire deux unifications possibles, apparemment incompatibles... ) ; mais, dans l'intervalle, la physique quantique, avec une intelligibilit toute particulire et de nombreuses interprtations, n'aura pas manqu de changer le monde par son efficacit et la culture scientifique par ses mthodes et son autonomie explicative. La comprhension de la structure spatiale-discrte de lADN est une des grandes avances scientifiques du XXe sicle, mais son activit dans un contexte fort complexe et dynamique reste comprendre. Notre impression premire persiste : en l'absence dune thorie forte et autonome de la cellule vivante en tant quorganisme, avec tous ses niveaux dorganisation, une spcificit thorique qui doit tre pense comme la fois dynamique et physiquement singulire, inconnue aux theories physiques actuelles, il sera difficile de se donner un cadre dintelligibilit comparable ceux de la physique. Encore une fois, nous ne doutons pas quil ny ait que du
33

matriel physique l, dans le monde, mais nous pensons que les theories physiques courantes, avec leurs structures de la dtermination, (en particulier la thorie causalement laplacienne de la programmation), ne sont pas adquates pour rendre intelligible la matire organise qui intresse la biologie, tout comme les dynamiques classiques et relativistes nous disent trs peu sur la microphysique. Sans un changement de point de vue radical, on aura toujours des difficults insurmontables pour saisir la place occupe, que ce soit au niveau du mtabolisme cellulaire, du dveloppement individuel ou de l'volution des espces, par cette trace discrtise de lhistoire des tres vivants (et d'aucun autre des systmes traits par les thories physiques) qu'est lADN avec son contexte d'expression. Au sujet de la determination et de la causalit, deux pistes parmi maintes autres possibles nous paraissent pertinentes, voire nous fascinent. Lenjeu de la longueur de corrlation entre variables (et leurs interactions avec les phnomnes), qui dans un organisme vivant parat atteindre les dimensions de lorganisme lui-mme, pourrait peut-tre analys la limite des phnomnes proprement physiques, comme on essaie de faire dans [Bailly, Longo, 2006]. Il sagirait danalyser la dynamique du vivant comme situation critique tendue. En fait, la criticalit physique permet de saisir le passage du local au global, par exemple dans les transitions de phases. On y dcrit le changement par des passages ponctuels, instantans si le paramtre temps est en jeu, o des corrlations stablissent entre toutes les composantes du phnomne et produisent une nouvelle unit ; celle-ci, par rapport lchelle prcdente, donne lieu des mesures mathmatiquement infinie. En physique, alors, on dit que certaines valeurs divergent, comme dans une singularit mathmatique, voire quelles sortent de lobservable physique. Ces divergences physiques, peuvent acqurir un sens biologique, si elles nous aident saisir la formation dune unit critique, mais tendue, dans le temps et lespace, loin de lquilibre, stable et instable, voire prserve dans des rails de stabilit par cette unit de correlation (dauto-organisation) physiquement implausible, car mathmatiquement infinie. Une des difficults techniques residerait dans linvention de bonnes techniques de renormalisation, plusieurs (une infinit de?) paramtres, bien au del des thorisations physiques courantes. Lavantage immediat, par rapport ce dont on a discut, consisterait dans une intelligibilit possible du rle des moindres variations de cette composante discrte de lhrdit, lADN, dans linduction dnormes changements au niveau phnotypique : les effets de resonnance et d'intrication propres aux longueurs de correlation de la criticit tendue justifieraient ces changements dchelle causale, sans donner un rle de cause, dans le sens de la dtermination laplacienne, voire directe et entire lADN, en tant que programme22. On pourrait peut-tre aussi mieux comprendre en ces termes les notions gntiques de mutations, de pliotropie, de polygenie ou d'epistasis : cest lactivit de lorganisme (cellule, mtazoaire) dans son unit, son action-raction organise, qui leur donnerait du sens. Une autre piste pourrait tre probablement base sur une logique de linteraction, qui sache aussi utiliser les mathmatiques du continu, grce auxquelles on comprend mieux les dynamiques physiques dont nul ne doute de la prsence chez le vivant. Par ce biais, on devrait viser un changement intrinsque du cadre logique tout comme dans certaines propositions rcentes pour la logique du quantique -, qui pourrait tre mieux adapt rendre compte de lintrication des niveaux dorganisation et des interactions propres aux phnomnes du vivant.
22

Et cela nous rconforterait au sujet de ce 1% seulement de diffrence, difficilement interprtable dans les paradigmes dominants en gntique, qui parat exister entre lADN de certains grands singes et celui du lecteur de cette note. En fait, nous faisons plutt confiance la sensibilit-au-contexte/stabilit propre la criticit tendue de notre lecteur, ainsi qu sa richesse extragnomique et son exprience pigntique.

34

Remerciements Des discussions trs enrichissantes avec Antoine Danchin ont motiv cet article. F. Bailly, J.-J. Kupiec, M. Mossio, B. Saulnier et J. Stewart ont t des interlocuteurs critiques essentiels son criture.

Rfrences (Des versions prliminaires ou revues des articles de Longo sont "http://www.di.ens.fr/users/longo" ou Google: search : Giuseppe Longo). "downloadable" de

Aceto L., Longo G., Victor B. (eds.) The difference between Sequential and Concurrent Computations. Special issue, Mathematical Structures in Computer Science, Cambridge U. Press, n. 4-5, 2003. Ahouse J. C. et Keller E. F., "Writing and Reading about 'Dolly'", BioEssays, Tome 19, 741-742, 1997. Allis C. et Jenuwein T., "Translating the Histone Code", Science, Tome 293, 1074-1080, 2001. Apter M. J., Cybernetics and Development, Pergamon, 1966. Aristote, Physique. Aristote, Trait de l'me. Atlan H., L'Organisation biologique et la thorie de l'information, Hermann, 1972. Atlan H. et Koppel M., "The Cellular Computer DNA ; program or data", Bulletin of Mathematical Biology, Tome 52, 335-348, 1990. Bailly F., Longo G. Mathmatiques et sciences de la nature. La singularit physique du vivant. Hermann, Paris, 2006. Barendregt H. The lambda-calculus: its syntax, its semantics, North-Holland, rev. edit., 1984. Barendregt H., Longo G. "Equality of lambda terms in the model T ," in To H.B. Curry: Essays in Combinatory Logic, Lambda-calculus and Formalism, (Seldin, Hindley eds.) Academic Press, London, pp. 303-337, 1980. Bartel D., "MicroRNAs : Genomics, Biogenesis, Mechanism and Function", Cell, Tome 116, 281-297, 2004. Beadle G. W. et E. L. Tatum E. L., "Genetic Control of Developmental Reactions", American Nautralist, Tome 75, 107-116, 1941. Bernard-Weil E. Ago-Antagonistic systmes In Quantum Mechanics, Mathematics, Cognition and Action. (M. Mugur-Schachter ed.), Kluwer, pp. 433-463, 2002. Bernot A., Analyse de gnomes, transcriptomes et protines, Dunod, Paris, 2001.

35

Beurton P.-J. et al, The Concept of the Gene in Develoment and evolution : Historical and Epistemological Perspectives, Cambridge University Press, 2000. Bjedov I., Denamu E., Gerard B., Matic I., Tenaillon O., Rardman M., Souza V. et Taddei F., "Stressinduced Mutagenesis in bacteria", Science, Tome 300, 1404-1409, 2003. Black D. L., "Splicing in the Inner Ear : a familiar tune, but what are the instruments ?", Neuron, Tome 20, 165-168, 1998. Boffelli D., Nobrega M. et Rubin E., "Comparative genomics at the vertebrates extremes", Nature Reviews Genetics, Tome 5, 456-465, 2004. Boguski M. et Hieter P., "Functional Genomics : it's all about how you read it", Science, Tome 278, 601602, 1997. Bonner J., The Molecular biology of development, Oxford University Press, 1965. Brenner S., Dove W., Herskowitz I. et Thomas R., "Genes and Development : molecular and logical themes", Genetics, Tome 126, 479-486, 1990. Burnet F. M., Le Programme et l'Erreur (1978), Albin Michel, 1982. Campbell K. H. S., Kind A. J., Schnieke A. E., McWhir J. et Wilmut I., "Viable Offspring Derived from Fetal and Adult Mammalian Cells", Nature, Tome 385, 810-813, 1997. Cappuccio M.. Traces of computational mind : From wax tablets to Turing machine, Gomtrie et cognition, (Longo ed.), Editions rue dUlm, Tome 124, s.5, 43- 60, 2003. Chapouthier G. et Matras J.-J., "La Nguentropie : un artefact ?", Fundamenta Scienti, Tome 2, 141151, 1984. Collectif, Biologie molculaire de la cellule, Flammarion, 1995. Collectif, Le Concept d'information dans la science contemporaine, Cahiers de Royaumont, Minuit-Gauthier-Villars, 1965. Creager A. N. et Gaudillire J.-P., "Meanings in Search of Experiments and Vice-versa : the invention of allosteric regulation in Paris and Berkeley, 1889-1968", Historical Studies in the Phisical and Biological Sciences, Tome 27, 1-89, 1996. Crick F. H. C., "On Protein Synthesis", Symposia of the Society for Experimental Biology, Tome 12, 138-163, 1957. Crick F. H. C. et Watson J. D., "Molecular Structure of Nucleic Acids", Nature, Tome 171, 737-738, 1953. Crick F. H. C. et Watson J. D., "Genetical Implications of the Structure of Deoxyribonucleic Acid", Nature, Tome 171, 964, 1953. Eddy S., "Non-coding RNA Genes and the Modern RNA World", Nature Reviews Genetics, Tome 2, 919-929, 2001.
36

Edelman G. M. et Gally J. A., "Degeneracy and Complexity in biological systems", Proceedings of the National Academy of Science, Tome 24, 13763-13768, 2001. Edelman G., Tononi G. A Universe of Consciousness. How Matter Becomes Immagination, Basic Books, 2000. Enard W. et al., "Intra- and Inter-specific Varaition in Primate Gene Expression Patterns", Science, Tome 296, 340-343, 2002. Feingold J. et Serre J.-L., Gntique humaine, De la transmission des caractres l'analyse de l'ADN, INSERM-Nathan, 1993. van Frassen B. Lois et symetries, Vrin, Paris, 1994. Gilbert W., "Why Genes in Pieces ?", Nature, Tome 271, 501, 1978. Godell B., Gouyon P. H., Maynard-Smith J., Radman M., Taddei F. et Toupance B., "Role of mutator alleles in adaptative evolution", Nature, Tome 387, 700-702, 1997. Goldschmidt R., Physiological Genetics, McGraw-Hill, 1938. Goodwin B., "What are the Causes of Morphogenesis ?", BioEssays, Tome 3, 32-36, 1985. Goubault E. (ed.) Geometry in Concurrency, Special issue, Mathematical Structures in Computer Science, Cambridge U.P., vol.10, n.4, 2000. Gros F., Les Secrets du gne, O. Jacob/Points-Seuil, 1991. Havelock, E. A. Origins of Western Literacy. Toronto: Ontario Institute for Studies in Education, 1976. Herrenschmidt C. et al. (eds), LOrient et nous, Albin-Michel, 1996. Jablonka E. et Lamb M., Epigenetic Inheritance and Evolution, Oxford University Press, 1995. Jacob F. et Monod J., "Gnes de structure et gnes de rgulation dans la biosynthse des protines", Comptes rendus de l'Acadmie des Sciences de Paris, Tome 349, 1282-1284, 1959. Kupiec J.-J., "A Chance-Selection Model for Cellular Differentiation", Cells, Death & Differentiation, Tome 3, 385-390, 1996. Kupiec J.-J. et Sonigo P., Ni Dieu, ni gne, Seuil, 2000. Laskar J., La stabilit du systme solaire in Chaos et dterminisme (Dahan et al. eds), Seuil, 1992. Laskar J., Large scale chaos in the Solar System, Astron. Astrophysics, 287, L9 L12, 1994. Lewontine R., "The Confusion over Cloning", New York Review of Book, octobre 1997. Longo G. Laplace, Turing et la gomtrie impossible du "jeu de l'imitation" : alas, dterminisme et programmes dans le test de Turing, Intellectica, 35, 2002/2 (version anglaise 2007, tlchargable).
37

Mayr E., "Cause and Effect in Biology", Science, Tome 24, 1-14, 1959. Matherat P., Jaekel M.-T. Concurrent computing machines and physical space-time, special issue, Mathematical Structures in Computer Science, Cambridge U.P., vol.13, n. 5, 2003. Mendel J., "Recherches sur des hybrides vgtaux", traduction de A. Chappellier, Bulletin scientifique de la France et de la Belgique, Tome 41, 371-419, 1907. Morange M., Histoire de la biologie molculaire, La Dcouverte, 1994. Morange M., La Part des gnes, Odile Jacon, 1998. Morgan T. H., The Theory of the Gene (1926), Yale University Press, 1928. Morgan T. H., Embryologie et Gntique (1934), traduction de J. Rostand, Gallimard, 1936. Nijhout F., "The Nature of Robustness in Development", BioEssays, Tome 24, 553-563, 2002. Nouvel P. Modles et mtaphores dans Enqute sur le concept de modle, Nouvel P. (ed.), Presses Univ. de France, 2002. Ong W. J. Orality and Literacy: The Technologizing of the Word. New Accents. Ed. Terence Hawkes. New York: Methuen, 1988. Pentris S., Tooze J., Hunt T. (eds.) DNA makes RNAmakes Protein, Elsevier, 1983. Pichot A. Histoire de la notion de gne, Flammarion, 1999 . Portin P., "The Concept of the Gene : short history and present status", Quarterly Review of Biology, Tome 68, 173-223, 1993. Shannon C. E. et Weaver W., Thorie mathmatique de la communication, traduction de J. Cosnier, G. Dahan et S. Economids, Retz-C. E. P. L., 1975.
Shroedinger E., What is life? , 1951.

Simpson G. G., The Major features of Evolution, Harvard University Press, 1953. Stewart J. La vie existe-t-elle ? Vuibert, Paris, 2004. Sturtevant A. H., A History of Genetics, McGrawn-Hill, 1965. Tautz D., "Redundancies, Development and the Flow of Information", BioEssays, Tome 14, 263-266, 1992. Thomas J. H., "Thinking about Genetic Redundancy", Trends in Genetics, Tome 9, 395-399, 1993. Turing A. "Computing Machines and Intelligence", Mind, LIX, 1950 (page references to its reprinted version in M. Boden ed., Oxford Univ. Press, 1990; traduction franaise et introduction dans A. Turing, J.-Y. Girard, La machine de Turing, Seuil, 1991).
38

Turing A. M. "The Chemical Basis of Morphogenesis" Philo. Trans. Royal Soc., B237, 37-72, 1952. Turner B., "Cellular Memory and the Histone Code", Cell, Tome 111, 285-291, 2002. de Vries H., Espces et varits, leur naissance par mutations, traduction de L. Blaringhem, Alcan, 1909.

39