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BACTERIOLOGIE GENERALE
2002/2003
P.C.E.M. 2
proprits tinctoriales
Les bactries ont une taille moyenne de 0.5 2.0 m de large et 2-6 m de long, parfois
beaucoup plus (une hmatie mesure 8m de
diamtre). Les bactries ont des formes
trs varies : coques (diplocoques, amas,
chanettes) ; bacilles (droits, incurvs,
3
des
coques
en
La taille
du chromosome bactrien est
variable, de 600 kb ( Mycoplasma genitaium)
et 8000 kb Streptomyces), en moyenne
3000-4000 kb ( >3000 gnes), parfois
associ des plasmides qui sont des petits
chromosomes circulaires rplication
autonome (10-200 kb). Les plus petits
gnomes sont retrouvs chez les bactries
trs infodes leurs htes, telles que les
mycoplasmes
ou
les
bactries
intracellulaires
strictes
(Chlamydia
,
Rickettsia), les bactries trs adaptes leur
hte ( Helicobacter pylori, Haemophilus
influenzae, ,Mycobacterium leprae). Les
bactries avec un grand gnome sont
souvent saprophytes et ubiquistes( Enterobacteriacae, Bacillus ). Par exemple, la
taille du gnome de E. coli est de 4,7 Mb
5,2 Mb selon les souches.
Gram
positif,
le
peptidoglycane est trs pais et associ
des protines paritales exposes et des
structures
polyosidiques
(acides
lipoteichoques, acides teichoques).
Mycobacterium leprae
L'espace priplasmique
Le lipopolysaccharide
Le
lipopolysaccharide est une macromolcule complexe forme de 3 parties :un
lipide A form dacides gras longues
chanes
(acide
laurique,
myristique,
palmitique.. ),dun core oligosachaidique
avec
N-actyl-glucosamine,
glucose,
galactose, heptose et KDO( 2-cto-3desoxyoctonate), molcule qui assure
lancrage au lipide A, et d une chane
polyosidique latrale confrant la spcificitO
constitue dunits osidiques rptitives. Le
LPS est antignique (antigne O) et toxique,
responsable du choc endotoxinique.
Les porines
Ce sont des protines trimriques incluses
dans lenveloppe externe des bactries
Gram ngatif ( OmpC, OmpD, OmpF,
LamB). Elles permettent le passage des
petites molcules hydrophiles ( <6000 Da )
et donc la permabilit aux nutriments , aux
antibiotiques et certains agents chimiques
Pili de E coli
Flagelles
Ce sont des filaments de plusieurs m
constitus dune seule protine, la flagelline,
permettant le mouvement des bactries ( 1
30 flagelles par bactrie, localisation
polaire ou pritriche).
Spore de Bacillus
Flagelle polaire
Les spores
Les spores nexistent que chez certaines
bactries
Gram
positif
Bacillus,
Clostridium). La sporulation est induite par
10
11
Coques
Gram +
bacilles
paroi
riches
lipides
Coques
bacilles
Gram -
Staphylococcus, Streptococcus
S pneumoniae,
Corynebacterium, Listeria, Bacillus
de Mycobacterium tuberculosis, M
leprae, M bovis, Nocardia
Neisseria, Moraxella
E. coli, Salmonella, Shigella,
Klebsiella, Enterobacter, Serratia,
Yersinia, Pseudomonas, Vibrio,
Campylobacter,
Haemophilus,
Brucella, Helicobacter
bactries
intracellulaires
Bacilles spirales
Bactries sans paroi
Bactries
Flore de Coques et bacilles
anarobies Veillon
Bacilles
Gram
Gram +
12
Bacilles
Le conflit hte-bactries
Le nouveau-n est strile la naissance et,
ds les premires heures de la vie, les
micro-organismes
provenant
de
son
environnement immdiat le contaminent.
Trs vite s'installe une flore commensale sur
la peau et les muqueuses qui variera en
fonction de l'ge, de l'alimentation, du climat,
des thrapeutiques suivies, pour ne citer que
quelques facteurs. Tout au long de la vie,
chaque individu est donc expos une
myriade de micro-organismes (bactries,
virus, parasites, champignons). Pour viter
d'tre envahi, chaque individu possde un
systme complexe de dfense qui a t mis
en place au cours de l'volution lors de la
slection des espces.
Dfinitions
Bactries commensales et saprophytes .
Une bactrie est commensale lorsqu'elle vit
au contact du revtement cutano-muqueux
d'un hte auquel elle est infode sans
entraner de dsordres. Une bactrie est
saprophyte lorsqu'elle vit et se nourrit dans
l'environnement (sol, eaux, surfaces...).
Certaines bactries sont saprophytes et
ventuellement commensales.
Virulence et pathognicit. La virulence est
la capacit dune bactrie de dclencher une
maladie infectieuse chez un hte sain. Elle
est dfinie par la dose infectante : une
bactrie est trs virulente lorsque la dose
infectante est trs faible. La pathognicit est
l'ensemble des mcanismes qui contribuent
au dclenchement d'une infection.
Bactries
virulentes
et
bactries
opportunistes. Il existe deux types de
bactries
pathognes :
les
bactries
virulentes et les bactries opportunistes. Les
bactries virulentes sont capables de
dclencher une infection chez des htes
sains en s'implanter sur le revtement
cutano-muqueux et ventuellement envahir
les tissus ou scrter des toxines. Il existe 2
types de bactries virulentes : (1) certaines
bactries virulentes sont trs spcifiques de
leur hte humain ou animal la suite dune
longue priode dadaptation au cours de
13
Physiopathologie
bactriennes
des
infections
l'abri
des
dfenses
immunitaires
(Salmonella
typhimurium,
Yersinia
pseudotubercu-losis,
Y
enterocolitica,
Shigella sp , E coli entro-invasives). Ces
bactries peuvent mme parfois crotre dans
les macrophages et les cellules dendritiques
et tre vhicules distance par voie
lymphatique et sanguine.
Immunit inne
18
lipopolysaccharides
ou
LPS,
les
peptidoglycanes, les acides lipoteichoques,
les lipoprotines, les lipoara-binomannans ,
les
mannanes et manno-protines , le
zymosan
(levures),
les
heat-shocked
protines. Ces antignes sont appels
Pathogen-associated molecular patterns ou
PAMPs des agents pathognes.
Les rcepteurs de limmunit inne (PatternRecognition
Receptors
PRR)
qui
reconnaissent les antignes bactriens sont
de 3 types de rcepteurs PRR : (1) les
rcepteurs scrts (complment, lectines) ;
(2)
rcepteurs
endocytiques
des
macrophages, soit rcepteurs de surface
(macrophage-mannose
receptor,
macrophage-scavenger receptor (CD-14,
MARCO), soit rcepteurs intra-cellulaires
(PKR , NODs) ; (3) rcepteurs de
signalisation : les Toll-like rcepteurs.
Protines inflammatoires
Les protines inflammatoires sont surtout
reprsentes par le systme du complment.
Cest une cascade enzymatique comportant
plus de 30 protines sriques, soit 15% de
la fraction globuline du srum (3 g / L de
plasma). Ses fonctions physiologiques
sont :(1) la dfense contre les infections par
opsonisation, chimiotactisme, activation des
leucocytes, lyse des bactries et des cellules
(le complexe lytique du complment est
constitu de neuf protines principales C1C9) ; (2)
la fonction scavenger en
limination les cellules apoptotiques et les
immuns complexes ; (3) linterface entre
immunit inne et acquise, augmentant les
19
rponses
anticorps
et
la
mmoire
immunologique.
Le systme du complment peut tre activ
par 3 voies : (1) la voie alterne directement
active par de nombreuses bactries,
parasites, virus, champignons, ou cellules
tumorales ;(2) la voie mannose-bindinglectine active par des microorganismes
ayant des groupes mannose terminaux ;(3)
la voie classique (anticorps-dpendante)
active par des immuns complexes, des
cellules apoptotiques, certains virus et
certaines bactries Gram ngatif, enfin la Cractive protines associe un ligand. Le
rle majeur du complment dans les
dfenses contre les infections bactriennes
est illustr par la sensibilit aux infections
bactriennes (H influenzae, S pneumoniae,
Neisseria meningitidis) des patients avec
certains dficits en composants du
complment.
bactries
21
gnrer une
trs forte diversit par
recombinaison somatiques et slection
clonale
des
lymphocytes
B
et
T
reconnaissant une infinit de structures
antigniques avec une haute affinit et
spcificit (>109 rcepteurs Ig et T, pour les
Ig 1014 , pour les TcR 1018). Cette
immunit nest pas transmise la
descendance. Limmunit acquise peut tre
considre comme la trace de lhistoire
personnelle des individus, non transmise la
descendance, la diffrence de limmunit
inne qui reflte lhistoire des agressions
microbiennes dune ligne. Au contact du
revtement cutano-muqueux, les antignes
bactriens sont pris en charge par le BALT
ou le GALT et les lymphocytes sensibiliss
migrent dans la circulation pour revenir
(homing) dans les muqueuses o la
synthse d'IgA est initie localement.
Synthtises
et
scrtes
par
les
plasmocytes de la lamina propria, les IgA
scrtoires, immunoglobulines associes
une pice scrtoire qui les protge des
enzymes protolytiques, traversent par
pinocytose
les
cellules
pithliales
(bronchiques cilies ou entrocytes) et sont
excrtes par l'apex de ces cellules. Il s'agit
surtout d'IgA2 plus rsistantes que les IgG
aux enzymes intra-luminales. Les IgA
neutralisent les toxines et opsonisent les
bactries, prvenant ainsi leur adhsion.
Certains patients atteints de dficit en IgA
scrtoires prsentent des infections
rptition,
mais
des
phnomnes
compensateurs (scrtion d'IgM et d'IgG)
semblent exister chez dautres qui ne
prsentent aucune infection.
Les infections par les bactries
multiplication extracellulaire induisent une
immunit de type humorale. A l'oppos, les
bactries multiplication intracellulaire
mettent en oeuvre des macrophages
recruts et activs par les lymphocytes T
(immunit cellulaire T).
Immunit humorale contre les bactriries
. L'importance du rle des anticorps dans la
rsistance aux infections est mise en
exergue par la frquence accrue des
infections bactriennes chez les enfants
agammaglobulinmiques
(maladie
de
Bruton). Le mcanisme d'action des
anticorps est :
(1) la neutralisation des exotoxines et
enzymes bactriennes
(staphylocoques,
streptocoques
A,
Clostridium
tetani,
Corynebacterium
diphtheriae,
Bacillus
anthracis, Pseudomonas aeruginosa...) ; la
production d'anticorps neutralisants qui
inhibent la fixation de ces molcules sur
leurs rcepteurs cellulaires est la base de la
vaccination contre les bactries toxinognes
(anatoxines diphtrique et ttanique).
(2) Lopsonisation par les anticorps qui
facilitent la phagocytose des bactries
multiplication extracellulaire qui rsistent la
phagocytose par leur structure de paroi
(capsule, pili). Les anticorps opsonisants
recouvrent les bactries et l'attachement aux
macrophages se fait par les rcepteurs du Fc
des immunoglobulines. Lopsonisation par
les anticorps est importante notamment lors
des infections pneumocoques (polyoside
de capsule), streptocoque A (protine M),
staphylocoques
(protine
A,
acides
tchoques...), certaines bactries Gram
ngatif (hmophiles, E. coli, Klebsiella...).
(3) la lyse bactrienne par des anti-corps
IgM et IgG se fixant sur la paroi des
bactries et initiant une lyse en prsence de
complment
par
la
voie
classique
d'activation.
Immunit
cellulaire
T
contre
les
bactries. Les anticorps ne jouent qu'un
rle mineur ou nul dans les infections dues
des bactries multiplication intracellulaire,
car ces bactries sont inaccessibles aux
anticorps
(mycobac-tries,
Listeria
monocytogenes,
Salm-onella,
Brucella,
Rickettsia, Legionella, Chlamydia...). Le
systme immunitaire ragit en induisant une
prolifration clonale des lymphocytes T
spcifiques
des
antignes
bactriens
exprims la surface des macrophages et
des cellules infectes. Ces lymphocytes T
ont dune part une activit cytotoxiques
lysant les cellules infectes et exposant les
bactries aux macrophages et aux
polynuclaires, et dautre part une activit de
recrutement
et
d'activation
des
macrophages. Il existe deux classes de
23
trponmes).
(2) la cytolyse entranant la lyse de
certaines cellules de l'hte infect qui
prsentent leur surface des structures
antigniques analogues celles de la
bactrie (exemples : lsions cardiaques ou
neurologiques des infections streptocoque
A, hmolyse des infections pulmonaires
Mycoplasma pneumoniae).
(3) les immuns complexes forms lors
d'une
infection
bactrienne
entrane
l'activation du complment et lexacerbation
de la rponse inflammatoire, avec dpt sur
les membranes basales des vaisseaux
cutans, des glomrules rnaux ou des
sreuses
des
articulations
entrane
glomrulonphrites, rashs, ou arthrites
(Streptococcus
pyogenes...),
voire
coagulation
intravasculaire
dissmine.
L'accumulation
d'immuns
complexes
extravasculaires
dans
les
foyers
inflammatoires amplifie et exacerbe la
raction inflammatoire (alvolite, rysiple,
rashs). Enfin, la persistance chronique des
germes dans les granulomes infectieux,
malgr le dveloppement d'une immunit
cellulaire T, peut avoir des consquences
la
destruction
intracellulaire : certaines bactries sont
ingres sans difficult, survivent et se
multiplient dans les phagocytes. Plusieurs
mcanismes sont connus : survie dans le
phagosome par inhibition de la fusion
phagolysosomale ;
survie
dans
la
phagolysosome avec rsistance au burst
oxydatif et aux enzymes lysosomales ; survie
dans le cytoplasme aprs chappement du
phagosome.
Le devenir des
l'organisme infect
bactries
dans
25
Colonies -hmoly-tiques de
pyogenes scrtant la SLO.
Streptococcus
26
27
Toxines
transfrase
activit
ADP-ribosyl
fausses
membranes
Physiopathologie du cholra
ADPR-EF2 + Nicotinamide + H+
La toxine du cholra
Le cholra est une maladie diarrhique
grave voluant par pidmies et due un
bacille Gram ngatif en virgule Vibrio
cholerae. Le syndrome diarrhique est li
la scrtion de la toxine cholrique. Les
bactries adhrent aux entrocytes et
scrtent localement la toxine cholrique.
Ses gnes sont ports par le phage ctx .
Elle est constitue de 2 sous-units A et B
codes par deux gnes distincts (ctxA et
ctxB). La toxine cholrique est compose
d'une sous-unit A de 27 kDa qui s'associe
un pentamre de sous-units B de 11,7
kDa
29
La toxine de la coqueluche
La toxine pertussique appartient la famille
des toxines AB5 . Cest une ADP ribosylase
ayant pour cible la sous-unit
de la
protine Gi . L'ADP ribosylation de la
Cys352 bloque l'interaction de Gi avec son
rcepteur.
Autres toxines ADP ribosylantes
Deux toxines, C2 et C3, produites par
Clostridium botulinum sont des ADP ribosyl
transfrases diriges respectivement contre
l'actine (ADP ribosylation des isoformes non
30
l'origine
des
colites
pseudomembraneuses, produisent deux toxines,
constitues
chacune
d'une
chane
peptidique, de 308 et 270 kDa. Elles
induisent la dsagrgation du rseau de
microfilaments
d'actine
des
cellules
pithliales. Dans l'entrocyte, un anneau
de filaments d'actine prsent au ple apical
contrle l'ouverture et, donc, la permabilit
des jonctions serres (les tight junctions) qui
existent entre les cellules pithliales
intestinales. Les toxines A et B de C. difficile
sont l'origine d'un tat d'hyperpermabilit
paracellulaire. Ces toxines inactivent les
petites protines G de la famille de Rho
(Rho, Rac et Cdc42) par glucosylation.
Dans l'intestin, l'inactivation de Rho produit
l'ouverture de la voie paracellulaire , ce qui
est lorigine de la diarrhe de C. difficile et
de l'exsudat inflammatoire l'origine des
membranes.
Mtalloprotases Zn2+
Le ttanos et le botulisme sont des
pathologies paralysantes causes par des
neurotoxines produites par des bactries
anarobies du genre Clostridium. La
symptomatologie
est
due
des
neurotoxines qui protolydsent les protines
fusognes des vsicules synaptiques
portant les neurotransmitteurs.
La toxine du ttanos
Toxine ttanique
31
La toxine du botulisme
Le botulisme est d une inhibition du
fonctionnement des fibres nerveuses
priphriques cholinergiques innervant les
muscles squelettiques. Il en rsulte un
tableau de paralysie flasque. L'entre de la
toxine se fait par voie digestive aprs
absorption de conserves alimentaires. Les
toxines botuliques produites par divers
srotypes A, B, C, D, F et G de C botulinum
possdent un mode d'action voisin de celui
de la toxine ttanique. Les toxines se fixent
sur les gangliosides GD1b des neurones
moteurs des muscles stris, des neurones
sympathiques et parasympathiques. Ces
Conclusion
La variation antignique
Les bactries virulentes cherche chapper
aux dfenses de lhte soit pour les
bactries croissance intracellulaire en
atteignant
des
sites
inaccessibles
(sanctuaire) au systme immunitaire, soit
pour
les
bactries
croissance
extracellulaire par production de toxines qui
dtruisent les cellules immunes et les
protines
de
linflammation
et
les
immunoglobulines.
Dfinition et prrequis
Certains agents pathognes multiplication
extracellulaire (bactries, parasites) sont
capables de se mtamorphoser au cours
du processus infectieux chez un individu
donn. Les virus galement peuvent
varier au cours de linfection par drive
gntique (drift) du fait de l accumulation de
mutations modifiant les cibles, comme cest
le cas par exemple du VIH qui rapidement
se diversifie chez un patient donn.
Ce
mcanisme original de survie de certaines
bactries
extracellulaires
est
appel
variation antignique qui est la capacit
dune bactrie de modifier de faon itrative
certains antignes majeurs exposs leur
surface au cours du processus infectieux.
Cette mtamorphose
entrane une
persistance de linfection car le systme
immunitaire doit pour chaque nouvel
antigne induire une nouvelle rponse
spcifique. Cette stratgie est aussi utilise
par certains parasites (Trypanosoma
gambiense).
La variation antignique ncessite un
certain nombre de prrequis. Le parasite
doit possder de nombreux gnes codant
pour
des
antignes
exposs
(immunodominants)
sans
relation
antigniques croiss (multiples gnes non
allliques)
pour
permettre
les
rarrangements de ces gnes au moment
opportun. La cintique du remplacement
doit tre programme en sorte que le
remplacement de la population des
bactries responsables de linfection doit
apparatre dans une sous-population
33
Neisseiria
gonorrhoeae
meningitidis,
34
et
N.
35
du
parasitisme
croissance
intracellulaires,
retrouvs
dans
lenvironnement comme saprophytes, ont
labors des mcanismes molculaires leur
permettant de lutter contre leurs prdateurs
naturels
dans
lenvironnement.
Leur
parasitisme intracellulaire chez lhte infect
apparat donc comme un accident plutt que
Mcanismes
intracellulaire
du
parasitisme
Lentre
Lentre
dans
les
cellules
dun
microorganisme pathogne implique une
premire
tape
trs
spcifique
o
interagissent une molcule rceptrice de la
membrane cytoplasmique de la cellule hte
(glycolipides, glycoprotines) et une
structure molculaire exprime la surface
du parasite. Dans certains cas, cette
interaction est indirecte, impliquant une
opsonisation pralable des germes par des
molcules libres dans les tissus (C3,
fibronectine, anticorps). Ces opsonines
recopnnaissent leurs propres rcepteurs la
surface des cellules ( CR3 pour le C3, RFc
pour les Ig). Ces interactions ligands
37
Sites de
rplication
Macrophages
Bactries
Erythrocytes
Bartonella
Granulocytes
MacrophagesM
onocytes
Ehrlichia
Mycobacteria,
Legionnella,
Salmonella
Rickettsia,
Coxiella, Brucella,
Baronella,
Rochalimea,
Listeria.
Cellules
endothliales
Cellules
parenchymateuses
Cellules
pithliales
Listeria
monocytogenes
Hpatocytes
Listeria
Entrocytes
Shigella,Listeria
cellules
conjonctivales et
gnitales
C
trachomatis)
cellules
respiratoires
C psittaci
C pneumoniae
38
La survie intracellulaire
Ds que les bactries sont phagocytes,
elles
sont
squestres
dans
des
phagosomes o sont dclenchs des
mcanismes microbicides puissants lis
des enzymes de la membrane de ces
vacuoles
(production
de
mtabolites
toxiques, O2, NO2) et fusion
phagolysosomale qui dversent dans les
phagosomes des enzymes lysosomiaux.
Schmatiquement, on peut opposer les
microorganismes qui survivent dans le
phagosome ceux qui survivent dans le
cytoplasme.
Survie dans le phagosome
Certains pathognes peuvent rsister dans
le phagolysosome, donc aprs fusion entre
les lysosomes et le phagosome, survivant
dans un environnement fortement acide
(Coxiella).
Chlamydia
pithliale
Croissance
de
macrophages
39
mycobactries
dans
des
trachomatis
dans
une
cellule
Comte dactine
40
Multiplication intracellulaire
Quelque soit le mcanisme de survie dans
les phagosomes ou le cytoplasme, les
bactries font se multiplier et ventuellement
dissminer dune cellule lautre avant de
dtruire la cellule qui les a hbergs. La
plupart
des
parasites
intracellulaires
obligatoires (except les virus) ne dpendent
habituellement pas de la cellule-hte pour la
synthse de leurs macromolcules mais en
dpendent pour la gnration dnergie
(ATP) et, dans certains cas, pour la synthse
de certains prcurseurs (aminoacides,
sucres, nuclotides, vitamines). Au contraire,
les bactries intracellulaires facultatives ne
dpendent pas de la cellule-hte pour la
synthse des macromolcules ou de leurs
prcurseurs, ni pour la gnration dnergie.
La multiplication intracellulaire est plus ou
moins importante suivant la cellule
considre et le microorganisme considr.
A titre dexemple, Certaines bactries
atteignent des titres intracellulaires trs
levs de 100 1000 bactries par cellule:
les Rickettsia multiplication cytoplasmique,
les Coxiella ou les Chlamydia multiplication
intraphagosomale. Dautres atteignent des
titres plus faibles de 5 tout au plus
quelques dizaines bactries par cellule
(Listeria mono-cyrogenes, M tuberculosis).
La consquence de cette rplication
intracellulaire est variable. Dans certains cas
la parasitisme intracellulaire nentrane que
peu de consquences pour la cellule qui
continue survivre et mme se diviser
(Chlamydia). Certaines cellules infectes
peuvent vhiculer les bactries pathognes
contribuant la dissmination des bactries
dans les tissus. Dans dautres cas,
apparaissent
des
dysfonctionnements
cellulaires par modification des membranes
phagosomales et cytoplasmiques avec
expression dantignes microbiens. Enfin
souvent, la multiplication rapide des
bactries lintrieur des cellules entrane la
lyse des cellules et donc la dissmination
des micro-organismes.
Certains
pathognes
multiplication
cytoplasmique ( Listeria, Shigella, Rickettsia)
sont capables de dissminer de cellules
cellules linstar des virus, en utilisant leur
capacit de polymriser lactine et de se
mouvoir lintrieur de la cellule-hte. Ces
bactries sont propulses
au sein
dvaginations et passent de cellules
cellules sans tre exposes
au milieu
extracellulaire. Dans les cellules adjacentes
ainsi infectes, les bactries sont encloses
dans une double membrane do elles
sortiront nouveau pour recommencer leur
cycle de multiplication. Dautres bactries
vont diffuser de cellules cellules du fait de
la multiplication cellulaire infectes ellemme. Ainsi les Chlamydia ou les Coxiellae
qui se multiplient dans plusieurs vacuoles
diffrentes dans une mme cellule vont au
cours de la division cellulaire parasiter les
cellules-filles
et
ainsi
contribuer
la
prnisation de linfection. Enfin la plupart
des microorganismes vont tre librs dans
lespace extracellulaire par clatement de la
cellule ou par libration partir des cellules
en apparence intactes.
les
dpendante).
Ainsi
les
bactries
intracellulaires vont-elles induire une rponse
immunitaire avec expansion clonale des
lymphocytes B et T, notamment les
lymphocytes CD4+,
et production des
cytokines, (IL-1, IL-2 , TNF..). Ce mcanisme
inducteur est lorigine dun recrutement
cellulaire et dune activation de macrophages
lis la production des lymphokines, et
dautre part la production lymphocytes
CD8+ cytotoxiques qui ont dtruisent les
cellules exprimant leur surface des
antignes microbiens. Ceci arrte pour un
temps la croissance intracellulaire des
bactries qui sont ainsi exposs notamment
aux anticorps et aux polynuclaires du
systme
immunitaire.
La
production
danticorps au cours des infections par des
microorganismes croissance intracellulaire
peut contribuer pour une part llimination
des tissus de ces bactries en particulier par
leur rle opsonisant qui cible les bactries
vers les macrophages et les polynuclaires
o ils seront dtruit.
Mutations bactriennes
Mutations bactriennes
La fidlit de la rplication de l'ADN, repose
sur le fait que chaque brin d'ADN sert de
matrice pour la synthse d'un nouveau brin
d'ADN complmentaire. Chez les bactries,
la rplication procde par un mode semiconservatif, c'est--dire que pour chaque
molcule fille d'ADN, un des deux brins
provient de la molcule-mre. Au cours de la
rplication, le taux d'erreur par nuclotide
incorpor est trs faible (de l'ordre de 10-9
soit 1 sur 1 milliard). Une aussi grande
fidlit de rplication est non seulement due
la fidlit des appariements des bases AT
et CG, mais aussi la proprit de corriger
les erreurs. Les modifications du matriel
gntique, survenant spontanment ou
induites, sont l'origine de mutations.
Dfinitions
Mutation et mutant
Elles
se
dfinissent
comme
des
modifications de la squence nuclotidique
d'un ADN (chromosomique, plasmidique ou
phagique). Le gnome d'une bactrie ayant
subit une mutation est donc diffrent de la
bactrie dont elle est issue, dite parentale. Et
cette modification du gnotype, transmise
hrditairement, n'est pas toujours associe
une modification observable du phnotype.
En pratique, on parle de "bactrie mutante"
lorsque la mutation a une expression
phnotypique caractrise (exemple :
rsistance un antibiotique), c'est--dire
qu'elle s'accompagne de modification(s)
dtectable(s) du comportement de la
bactrie.
Par opposition une bactrie mutante, une
bactrie est dite de type sauvage (wild type)
lorsque ses proprits sont celles qui sont
retrouves naturellement dans l'espce
considre (exemple : mutant de E. coli
rsistant la streptomycine, alors que les
souches sauvages de E. coli sont sensibles
cet antibiotique)
42
Agents biologiques
(Voir chapitre correspondant sur
lments gntiques transposables)
les
43
Le phnomne de rversion
Un mutant bactrien peut retrouver son
phnotype sauvage grce un phnomne
rversion. Nanmoins c'est un phnomne
rare qui ne survient que lorsqu'il s'agit d'une
mutation ponctuelle, ou de l'insertion de
certains transposons capable de s'exciser
spontanment.
Dans le cas d'une mutation ponctuelle le
phnomne de rversion ncessite une
nouvelle mutation dite suppressive. On parle
alors de vraie rversion lorsque la squence
d'ADN redevient normale ou de pseudorversion lorsque le phnotype se normalise
mais que le gnotype reste modifi par
rapport la souche sauvage. Le phnomne
de rversion ne peut pas survenir lorsque le
mcanisme de la mutation rsulte d'une
dltion.
Principales
mutations:
caractristiques
des
et
indpendance
des
Spcificit
Une mutation est habituellement spcifique
d'un caractre donn. Un mutant rsistant
la streptomycine ne rsiste pas l'amikacine
(autre aminoside) et encore moins aux lactamines (type pnicilline). Cependant, la
mutation d'une porine provoque une
impermabilit
aux
antibiotiques
qui
empruntent
cette
porine
(exemple :
aminoside, -lactamines). On dit que la
mutation a un effet plotrope.
Indpendance
Un mutant rsistant la streptomycine peut
devenir rsistant, par une deuxime mutation
45
Conclusion
Au cours de la rplication, l'instabilit
chimique et les lsions de l'ADN sont des
vnements distincts, qui, malgr les
mcanismes de correction et de rparation
de l'ADN, maintiennent un certain taux de
mutations qui introduisent donc une
variabilit de l'information gntique. Ainsi la
permanence d'un certain taux de mutations
joue certainement un rle important dans le
maintien de la diversit biologique au cours
de l'volution.
46
47
48
49
localisation
extrachromosomique, rplication autonome. Ils
sont transmis de faon stable au cours des
divisions cellulaires et ne sont pas
indispensables la bactrie-hte. Ils
confrent la bactrie-hte une grande
souplesse gntique et augmentent son
patrimoine gntique. Ils sont prsents chez
la plupart des espces bactriennes et sont
trs diffrents les uns des autres, avec des
tailles habituellement entre 3 400 kb.
Proprits des plasmides
Les plasmides sont des associations
modulaires de gnes regroups en units
fonctionnelles.
50
51
Les transposons
Les transposons sont des squences d'ADN
capables de promouvoir leur translocation
d'un rplicon sur un autre (transposition
intermolculaire) ou sur le mme rplicon
(transposition intramolculaire).
Caractristiques
gnrales
de
la
transposition
Cest un vnement rare (10-5 10-6)
survenant en labsence d'homologie entre les
ADN interagissant et indpendamment des
fonctions de recombinaison de la bactriehte (protine RecA). Les transposons
peuvent thoriquement s'intgrer n'importe
o. Cependant certaines rgions riches en
AT, entranant une certaine conformation de
l'ADN-cible, constituent des points chauds
d'insertion.
Classification
Il existe 3 types de transposons :
(1) Les squences d'insertion (IS) : lments
transposables les plus simples, trs
rpandus chez les bactries Gram ngatif
(entrobactries). Plusieurs copies intgres
dans le chromosome ou dans un plasmide.
Ils sont constitus de 2 IR (inverted repeats)
encadrant un gne tnp codant pour une
transposase.
52
53
Transfert de l'information
gntique
Transfert de l'information gntique
chez les bactries
Le patrimoine gntique des bactries est
plastique et varie au cours du temps. A ct
des mutations spontanes, qui permettent
aux bactries de s'adapter sous la pression
de slection de leur environnement, il existe
des mcanismes d'adaptation beaucoup plus
efficaces fonds sur l'acquisition de matriel
tranger: ce sont les transferts gntiques.
Les principaux transferts gntiques utilisent
soit des fragments d'ADN libres, soit des
lments gntiques spcialiss (plasmides,
transposons) et les bactriophages. Ces
vecteurs naturels d'information gntiques
ont t modifis et sont des outils prcieux
utiliss en biologie molculaire.Il existe 3
principaux
types
de
transferts :
transformation, conjugaison, transduction.
Transformation
Dcouvertes.
Le phnomne de transformation a t dcouvert en 1928 par
Griffith chez les pneumocoques. Les
pneumocoques possdent une capsule
polyosidique,
dont
les
proprits
antigniques varient selon les souches : il
existe une centaine de srotypes capsulaires
(srotypes 1,2,3).Les souches capsules
54
La transformation naturelle.
Seules certaines espces bactriennes sont
aptes acqurir naturellement de l'ADN
exogne:
pneumocoques
et
certains
streptocoques, Neisseria, Bacillus subtilis et
Haemophilus influenzae.
Le processus de transformation
Consquences de la transformation
Le rsultat de la transformation est le
transfert durable de matriel gntique
entranant : (1) des mutations inactivant
certains gnes par insertion [cration de
gnes mosaques contenant des fragments
de gnes introduits dans les gnes du
receveurs, par exemple le gnes des PBPs
de S pneumoniae et N gonorrhoeae], ou par
dltion ; (2) un apport de nouveaux gnes
par
remplacement(capsule
de
pneumocoques) ou
une
variation
antignique
chez
le
gonocoque
(recombinaisons partir de pseudognes).
Diffrentes
techniques
sont
utilises,
reposant sur une dsorganisation de la paroi
qui permet le passage de l'ADN : choc
thermique
(changement
brutal
de
temprature de 0C >42C), choc
lectrique (lectroporation).
Conjugaison
Dfinition. La conjugaison est un processus
de transfert unidirectionnel dADN dune
bactrie donatrice une bactrie rceptrice,
par un mcanisme requrant un contact
spcifique. Le matriel gntique peut tre
transmis d'une bactrie lautre sans
apparatre dans le milieu extrieur (transfert
possible mme en prsence de DNAse dans
le milieu).
Plasmides et transposons. Il existe deux
classes de vhicules du matriel gntique :
les plasmides et les trans-posons.
(1) Les plasmides sont des lments
gntiques capables de autorplication et
exprimant des fonctions de transfert
(plasmides
autotransfrables).
Certains
plasmides dits "mobilisables" sont capables
de transfert conjugatif dans la bactrie
donatrice : dpourvus de gnes tra mais ils
possdent la squence oriT, et utilisent
dautres plasmides qui leur permettent de
transfrer leur matriel gntique.
Transformation artificielle.
La transformation est utilise pour manipuler
gntiquement les bactries par introduction
d'ADN dans E.coli, par exemple. La
transformation artificielle est diffrente de la
transformation naturelle. On utilise souvent
des espces bactriennes qui ne sont pas
naturellement transformables (E.coli). On
peut introduire de l'ADN bicatnaire intact,
notamment des plasmides entiers dont
l'ADN peut se rpliquer et s'exprimer de
faon stable dans les bactries rceptrices
(intrt pour les manipulations gntiques).
56
57
58
Consquences de la conjugaison
Les consquences de la conjugaison sont la
dissmination horizontale de l'information
gntique qui sapparente un processus
infectieux. Le transfert est trs efficace entre
bactries de la mme espce, mais peut
aussi survenir avec une efficacit moindre
entre bactries d'espces diffrentes, voire
de
genre
diffrents
permettant
la
dissmination de plasmides au sein de
diffrentes espces de la flore fcale, par
exemple.
Transduction
La transduction est un transfert d'ADN
bactrien entre bactries par l'intermdiaire
60
Evolution, dissmination et
origine de la rsistance
bactrienne aux antibiotiques
Evolution, dissmination et origine de
la
rsistance
bactrienne
aux
antibiotiques
On a initialement appel antibiotique toute
substance chimique produite par un microorganisme,
champignon
(Penicillium,
Cephalosporium) ou bactrie (Bacillus et
surtout Streptomyces), pouvant inhiber la
croissance (activit bactriostatique) ou
dtruire d'autres micro-organismes (activit
bactricide). Cette dfinition est maintenant
abandonne car de nombreuses molcules
obtenues par synthse ou par modification
chimique
d'une
molcule
naturelle
(hmisynthse) peuvent possder ces
proprits. Un antibiotique est donc
actuellement dfini comme une substance,
d'origine
biologique
ou
synthtique,
interagissant avec les bactries (agents
antibactriens) ou les champignons (agents
antifongiques) par lintermdiaire de cibles
qui sont spcifiques soit d'un antibiotique,
soit d'une famille d'antibiotique. L'interaction
de l'antibiotique avec sa cible a pour effet de
perturber la formation ou la structure des
enveloppes cellulaires (paroi, membrane
cytoplasmique) ou encore d'inhiber certains
processus mtaboliques (synthse des
acides nucliques, synthse des protines).
Le mode d'action des antibiotiques est donc
diffrent de celui des antiseptiques qui
agissent globalement sur les diffrentes
structures cellulaires par un effet physicochimique non spcifique. Les agents
antibactriens, antibiotiques qui seront seuls
envisags ici, peuvent tre classs selon
leur structure chimique ou leur mode d'action
sur les bactries. La liste des principaux
agents antibactriens utiliss en mdecine
humaine et leur cible molculaire spcifique
sont indiqus dans le tableau 1.
I. La rsistance
antibiotiques.
bactrienne
aux
62
dveloppement de la majorit des autres
souches de la mme espce (Rapport
Technique n 210 de l'Organisation Mondiale
pour la Sant, 1961); 2- une souche est dite
"rsistante"
lorsque
la
concentration
d'antibiotique qu'elle est capable de
supporter est notablement plus leve que la
concentration que lon peut atteindre in vivo.
L'antibiogramme ralis avec plusieurs
antibiotiques permet de dterminer trs
rapidement le phnotype de rsistance de la
souche (Fig. 1). Seules des tudes
biochimiques et gntiques, non ralises en
pratique courante dans les laboratoires de
microbiologie
mdicale,
permettent
d'lucider les mcanismes de la rsistance
aux antibiotiques.
I.1. Rsistance naturelle.
Les rsistances bactriennes aux
antibiotiques peuvent tre naturelles ou
acquises. La rsistance naturelle est un
caractre prsent chez toutes les souches
appartenant la mme espce. Ce type de
rsistance est dtect ds les premires
tudes ralises afin de dterminer l'activit
d'un antibiotique et contribue dfinir son
spectre antibactrien. Elle peut tre due
linaccessibilit de la cible pour lantibiotique
qui est une consquence des diffrences
existant entre les structures paritales
bactriennes (Fig. 2), une faible affinit de
la cible pour lantibiotique, ou encore
labsence de la cible. On peut citer, titre
d'exemple, les rsistances naturelles des
entrobactries et de Pseudomonas aux
macrolides, des bactries Gram ngatif
la vancomycine, des bactries Gram positif
la colimycine et lacide nalixique, des
streptocoques aux aminosides, et des
mycoplasmes aux -lactamines.
I.2. Rsistance acquise.
La rsistance bactrienne acquise
napparat que chez quelques souches d'une
espce donne normalement sensible. Elle
est due l'emploi en thrapeutique des
antibiotiques et rsulte soit d'une mutation
affectant un gne rgulateur ou un gne de
63
Ces mutations affectent la structure de
protines
dnommes
porines
qui
permettent le passage transparital des
antibiotiques.
Elles
entranent
une
impermabilit de la cellule bactrienne
avec, pour consquence, une co-rsistance
aux
antibiotiques
prcits.
Chez
Pseudomonas
aeruginosa,
espce
naturellement peu permable, ce type de
rsistance joue un rle prpondrant.
L'mergence de tels mutants, d'emble
insensibles
plusieurs
familles
d'antibiotiques, peut poser de rels
problmes thrapeutiques. Il est galement
important de mentionner certaines mutations
chez Citrobacter, Enterobacter, Serratia, et
Pseudomonas dont la consquence est une
hyperproduction
de
cphalosporinase,
enzyme dont le gne est naturellement
prsent dans le chromosome de ces
diffrentes espces. La production accrue de
cette enzyme capable d'hydrolyser certaines
cphalosporines se traduit par une lvation
considrable du niveau de la rsistance
naturelle de ces bactries ces
antibiotiques. La slection, lors dun
traitement, de souches portant de telles
mutations est une cause frquente dchec
thrapeutique. Enfin, certaines mutations
dans des gnes rgulateurs de bactries
Gram ngatif entranent une activation de
pompes efflux capables dexpulser hors de
la bactrie des antibiotiques appartenant
des familles diffrentes (chloramphnicol,
quinolones, ttracyclines). Il en rsulte une
sensibilit moindre ces composs.
La
rsistance
bactrienne
par
acquisition d'information gntique exogne
(gne de rsistance) reprsente la majorit
des cas isols en clinique et sobserve aussi
bien chez les bactries Gram positif qu
Gram ngatif. Dans ce cas, le ou les gnes
nouvellement acquis codent pour des
protines capables:
de
diminuer
la
concentration
intracellulaire de l'antibiotique. Il sagit
dans ce cas de gnes dont le produit est
une protine membranaire qui refoule
activement l'antibiotique hors de la
bactrie en utilisant comme source
64
respectivement des inhibiteurs des
dihydroptroates synthtases et des
dihydrofolates rductases bactriennes,
enzymes impliques dans la biosynthse
d'un acide nuclique, la thymine.
Lopron van, responsable de la
rsistance la vancomycine chez les
entrocoques, code pour une lgante
alternative qui consiste, en plus de la
synthse dune nouvelle cible insensible
lantibiotique, supprimer la synthse
de la cible sauvage [6].
La rsistance par acquisition de gnes
concerne la quasi-totalit des antibiotiques et
les rares molcules pour lesquelles aucune
rsistance par acquisition d'information
gntique n'a t dtecte sont lacide
fusidique, les furanes et les polypeptides
(bacitracine, colistine, polymixine B).
de
65
gnes de rsistance entre bactries (Voir
cours lments gntiques mobiles). Les
gnes de rsistance aux antibiotiques sont
frquemment situs sur des plasmides ce
qui rend compte de la facilit avec laquelle
les rsistances acquises, par opposition aux
mutations chromosomiques, peuvent tre
dissmines dans le rgne bactrien et
poser
de
trs
difficiles
problmes
thrapeutiques. Les bactries peuvent
hberger plusieurs plasmides de rsistance
et il nest pas rare quun mme plasmide
vhicule plusieurs gnes de rsistance.
Dans un tel cas, ils peuvent dterminer chez
un mme hte la rsistance jusqu' parfois
cinq ou six familles d'antibiotiques.
Lacquisition par une bactrie sensible dun
plasmide hbergeant plusieurs gnes de
rsistance
lui
permet
de
devenir
multirsistante en une seule tape. Cet
vnement est gnralement obtenu avec
des frquences trs suprieures celles qui
permettent dobtenir une rsistance un seul
antibiotique par mutation. Les plasmides de
rsistance ont t trouvs dans toutes les
espces o ils ont t recherchs
l'exception de Streptococcus pneumoniae,
espce
bactrienne
pour
laquelle
l'mergence de souches multirsistantes est
due l'acquisition de transposons qui se
sont intgrs dans le chromosome.
De
nombreuses
tudes
pidmiologiques ont montr que les
plasmides de rsistance des bactries
Gram ngatif et Gram positif taient
susceptibles dvoluer in vivo par acquisition
ou pertes successives de dterminants de la
rsistance. Cette volution, qui rend
partiellement compte de l'mergence de
souches
multirsistantes,
est
une
consquence du caractre transposable de
nombreux gnes de rsistance (voir cours
les lments gntiques mobiles). Tout gne
peut tre situ sur un transposon pourvu que
s'exercent des pressions de slection
suffisantes et, de fait, de trs nombreux
gnes de rsistance sont situs sur des
lments
transposables.
Certains
transposons possdent la particularit de
pouvoir faire voluer rapidement le rpertoire
66
gntique dans les conditions naturelles ont
t repousses par la dmonstration de
transferts horizontaux de gnes de
rsistance des bactries Gram positif vers
celles Gram ngatif, cest dire entre deux
branches volutives qui se sont spares il y
a environ un million dannes.
67
synthtises par diffrentes espces de
Penicillium, organismes eucaryotes qui, ne
possdant pas la cible de lantibiotique quils
produisent, nont donc pas dvelopp de
mcanismes de rsistance pour leur survie.
Dans ce cas encore, lanalyse de la
squence des gnes incrimins indique une
forte divergence volutive incompatible avec
une gense rcente des bta-lactamases. La
possibilit pour certains microorganismes
(bactries, champignons) de produire des
substances toxiques auxquelles ils sont
insensibles leur confre un avantage slectif
considrable. L'acquisition, par les bactries
sensibles avoisinantes, de mcanismes leur
permettant de rsister ces substances a
permis cet cosystme d'atteindre un tat
d'quilibre. Cette longue adaptation a pu se
faire par lacquisition de gnes prexistants
(transfert
de
gnes
partir
des
microorganismes producteurs) ou par le
dveloppement
de
mcanismes
de
rsistance originaux par duplication de
gnes. Les bactries du sol non-productrices
dantibiotiques ont pu ainsi constituer un
rservoir
de
gnes
de
rsistance
plasmidiques ou transposables qui, partir
des annes 1950, ont commenc leur
dissmination aux bactries pathognes
encore sensibles. La dtermination de
lorigine des gnes de rsistance, qui est
vraisemblablement multiple, fait toujours
lobjet dintenses spculations et de
nombreux travaux.
IV.
Conclusions
Aucune
nouvelle
famille
dantibiotiques na t mise sur le march
depuis 20 ans alors que de nouveaux
mcanismes
de
rsistance,
souvent
sophistiqus, sont rgulirement dcrits
dans la littrature. Cette volution traduit
bien le fait que, dans ce domaine,
limagination nest pas du ct de Homo
sapiens. Lavenir dune antibiothrapie
toujours efficace repose en partie sur la
capacit de lindustrie pharmaceutique
dvelopper de nouvelles molcules plus
rsistantes mais surtout, peut-tre,
caractriser
de
nouvelles
cibles
bactriennes. Les connaissances issues des
programmes de squenage systmatique
des gnomes bactriens seront sans doute
dcisives pour cette dernire approche. Il est
galement urgent que nos habitudes
concernant lutilisation des antibiotiques
voluent. Ainsi, avec un choix plus judicieux
des molcules utilises en agronomie et en
mdecine vtrinaire, on devrait viter la
slection de germes rsistants des
antibiotiques utiliss en mdecine humaine.
Dans le domaine de la sant publique, il est
important de continuer dvelopper les
activits dhygine hospitalire pour que ces
sites, qui hbergent sans aucun doute la
plus grande varit de germes pathognes
et de gnes de rsistance, ne contribuent
pas leur dissmination.
V.
Rfrences bibliographiques
J.
Duval,
Classification
et
mcanismes
d'action
des
agents
antibactriens , in L. LeMinor et M. Vron
(ds), Bactriologie Mdicale, Flammarion,
1989.
J. Sirot,
Evaluation de l'activit
antibactrienne des antibiotiques in vitro , in
L. LeMinor et M. Vron (ds), Bactriologie
Mdicale, Flammarion, 1989.
P. Courvalin et A. Philippon,
Mcanismes biochimiques de la rsistance
bactrienne aux antibiotiques , in L.
LeMinor et M. Vron (ds), Bactriologie
Mdicale, Flammarion, 1989.
Antibiotiques
,
Mdecine
Thrapeutique, hors srie n1, 1997.
H. Leclerc, J.-L. Gaillard et M.
Simonet, Microbiologie gnrale: la
bactrie et le monde bactrien , Doin
Editeurs, 1995.
"Dossier antibiotiques" La recherche,
314, 1998.
Antibiotiques
Efflux de lantibiotique
Inactivation de lantibiotique
Modification de la cible
Substitution de la cible
Figure 1
Fig. 1. Etude in vitro de la sensibilit aux antibiotiques de deux souches de Klebsiella
pneumoniaepar la technique de lantibiogramme en milieu glos. La mthode consiste
dposer la surface de la glose nutritive ensemence en bactries des disques de papier
buvard contenant une quantit dfinie des antibiotiques tudier. Les molcules diffusent
radialement dans la glose pour constituer un gradient de concentration qui permet de
dterminer leffet bactriostatique de chaque antibiotique. La sensibilit dune souche se traduit
par une forte inhibition de sa croissance autour dun disque (prsence dun halo de grand
diamtre). A linverse, lorsquune souche est rsistante, elle se dveloppe au contact ou
proximit du disque (absence ou prsence dun faible halo). L'antibiogramme (A) est celui d'une
souche ayant un phnotype sauvage, cette espce est naturellement rsistante l'amoxicilline
(AMX), la ticarcilline (TIC) par production d'une pnicillinase naturelle chromosomique
dnomme SHV-1. Cette enzyme est ihnibe par l'acide clavulanique, un inhibiteur de
pnicillinase, qui est prsent dans les disques d'augmentin (association d'amoxicilline+ acide
clavulanique) (AMC) et de claventin (association ticarcilline + acide clavulanique) (TCC),
entranant la restauration de la sensibilit de la souche ces deux antibiotiques.
L'antibiogramme (B) est celui d'une souche ayant acquis des rsistances, elle est rsistante e
nombreux antibiotiques de la famille des bta-lactamines, pnicilline A (AMX), carboxypnicilline (TIC), urido-pnicilline (PIP), cphalosporines de premire gnration (CF), et
cphalosporines de troisime gnration (CTX, CAZ). Cette rsistance acquise est lie
l'acquisition d'un gne plasmidique codant pour une -lctamase spectre tendu. Cette souche
a galement acquis des gnes de rsistance aux aminosides (AN, TM, NET).
Fig. 1
AMX
TIC
PIP
CF
AMX
TIC
PIP
CF
AMC
TCC
CTX
FOX AMC
TCC
CTX
FOX
CAZ
ATM
IMP
MOX
CAZ
ATM
IMP
MOX
GM
TM
NET
AN
GM
TM
NET
AN
Figure 2
Fig. 2. Reprsentation schmatique des principales structures paritales bactriennes. Le
constituant commun est la membrane cytoplasmique (MC) et le peptidoglycane (PG), structure
poreuse rigide qui dtermine la forme des bactries. Les bactries Gram ngatif et les
mycobactries possdent une structure externe supplmentaire trs filtrante, la membrane
externe (ME) qui est spar du peptidoglycane par l'espace priplasmique (EP). Les
composants essentiels de la ME des Gram ngatifs sont les lipopolysaccharides (LPS) et les
phospholipides (PL), ceux des mycobactries sont les acides mycoliques et l'arabinogalactane
(AG). Des protines spcialises de la membrane externe sassocient en trimres pour former
des porines (P) qui permettent de nombreuses molcules, dont les antibiotiques, de franchir
cette barrire. La rsistance naturelle des Gram ngatifs et des mycobactries aux
glycopeptides et aux macrolides est due l'incapacit de ces molcules de franchir la
membrane externe. Les mycoplasmes sont des bactries pathognes phylogniquement
apparents aux Gram positifs qui sont dpourvus de peptidoglycane.
Antibiotique
Gram ngatif
Mycobactries
Antibiotique
Antibiotique
Antibiotique
Acides
mycoliques
ME
Gram positif
P P
LPS
P
PL
AG
EP
PG
EP
PG
MC
PG
{
Cytoplasme
Cytoplasme
Fig. 2
Cytoplasme
Figure 3
Fig. 3. Mobilit intra- et intercellulaire d'un transposon de rsistance aux antibiotiques.
L'lment transposable prsent dans la bactrie donatrice A peut transposer en un autre point
du chromosome (chr), sur le plasmide non-conjugatif P1, ou sur le plasmide conjugatif P2. Son
insertion sur le plasmide P2 lui permet d'tre transfr passivement par conjugaison une
bactrie rceptrice B. Si le plasmide P2 ne peut se rpliquer dans la bactrie B, la survie du
transposon dpendra de sa capacit s'intgrer dans le chromosome de l'hte, cible la plus
probable en raison de sa taille. Il pourra ds lors coloniser des plasmides plus adapts au
genre bactrien B pour poursuivre sa dissmination.
Bactrie donatrice A
Bactrie rceptrice B
Tn
Tn
Chr
Tn
Chr
Tn
Tn
Tn
Tn
P2
P3
P1
P2
Fig. 3
72
Dterminisme
gntique
de
la
rsistance acquise aux antibiotiques
Les mutations chromosomiques
Dfinitions
Les antibiotiques sont des substances qui
inhibent la croissance bactrienne. L'action
d'un antibiotique sur une bactrie est
caractrise par 2 paramtres: (1) la
concentration minimale inhibitrice (CMI) est
la plus faible concentration d'antibiotique
inhibant la croissance des bactries 37C
en 18-24 h ; (2) la concentration minimale
bactricide(CMB)
est
la
plus
faible
concentration d'antibiotique dtruisant 99,9%
de la population bactrienne aprs 18-24 h
dincubation. Un antibiotique est dit
bactricide quand le rapport CMB/CMI est
gal 1 ou 2, bactriostatique quand le
rapport CMB/CMI est suprieur ou gal 4.
Une souche bactrienne est dite rsistante
un antibiotique quand elle est capable de se
dvelopper en prsence d'une concentration
leve d'antibiotique. La rsistance prend
en compte
la pharmacocintique de
l'antibiotique chez les patients. Une souche
est dite rsistante un antibiotique si sa
CMI est suprieure la concentration
sanguine maximale d'anti-biotique (non
toxique) obtenue lors du traitement
On distingue :
(1) la rsistance naturelle ou "inne" des
espces bactriennes dont les souches
sauvages
rsistent
naturellement
Mcanismes biochimiques de la
rsistance acquise aux antibiotiques
Les principaux mcanismes de rsistance
aux
antibiotiques
sont
donc :
limpermabilit,
linactivation
de
72
73
l'antibiotique, laltration de la cible cellulaire
de l'antibiotique, le reflux actif (efflux) de
l'antibiotique.
74
aminosides-actyltransfrases (AAC) qui
actylent un groupement NH2. Ces enzymes
largement rpandues chez les bactries
Gram positif et ngatif sont trs nombreuses
et peuvent coexister dans une mme
bactrie.
74
de
mutations
chromosomiques des gnes gyrA et gyrB et
de modifications de la topoisomrase IV. La
rsistance est plus rarement due une
impermabilit (rsistance croise avec
d'autres antibiotiques) ou un mcanisme
defflux.
75
Rsistance aux ttracyclines
Les ttracyclines sont bactriostatiques et
agissent sur des protines ribosomiques en
inhibant la synthse protique par interaction
avec la sous-unit 30S des ribosomes. La
rsistance acquise est lie lexcrtion
active de l'antibiotique par des protines de
membrane Tet cods par les gnes tetA
tetG pour les bactries Gram positif et tetL
and tetK pour les bactries Gram ngatif.
76
Rsistance la rifampicine
76
77
77
78
la
gnomique
Dtermination
de
la
squence
nuclotidique.
La stratgie habituellement utilise consiste
raliser une banque gnomique de la
souche squencer. Le chromosome de
cette souche est cisaill de faon alatoire
de manire obtenir des fragments de 1 kb.
Ces fragments sont ensuite clons dans un
vecteur classique. Le squenage de
plusieurs milliers de ces clones pris au
hasard est ensuite ralis. Les squences
sont
assembles
grce
aux
outils
informatiques gnrant ainsi des fragments
appels "contig". La squence est termine
lorsquil existe un seul contig si lespce
tudie na quun seul chromosome ou
plusieurs sil existe plusieurs rplicons.
dterminer
lorganisation du gnome et identifier au
sein de la squence lensemble des phases
de lecture. Une annotation de bonne qualit
est en gnral ralise manuellement afin de
vrifier la ralit de chaque phase de lecture
base sur lexistence dhomologies et /ou
dun usage de codons. En moyenne dans un
gnome, 50 60 % des phases ont des
homologies connues avec dautres phases
de lecture identifies dans les banques de
donnes et dans les 40 50 % restantes, la
moiti est spcifique de lespce considre.
Dautre part, il est important de souligner
quhomologie ne signifie pas identit
fonctionnelle et que la fonction de deux
protines homologues nest pas forcment
identique.
Exploitation de la squence
gnome des bactries
du
79
concordance avec la physiologie connue de
la bactrie. Mais la seule analyse de la
squence nuclotidique napporte que des
informations limites et les seules donnes
de squence sont loin de rsoudre toutes les
questions concernant la biologie dun
microorganisme. Diffrentes possibilits
souvrent alors aux microbiologistes pour
pousser les investigations.
Comparaison de gnomes
La comparaison est une faon simple de
Mycobacterium faire parler les gnomes.
Dans lidal, on dispose de la squence
nuclotidique
de
plusieurs
souches
appartenant la mme espce ou des
espces proches, il est alors possible de
comparer leur squence et de rattacher les
diffrences des phnotypes spcifiques
dune souche, tel que le pouvoir pathogne
par exemple. Ainsi la squence nuclotique
dune souche dEscherichia coli K-12,
souche de laboratoire non virulente, a t
compare la squence dune souche
dEscherichia coli O157/H7 responsable
dentrites
hmorragiques.
Cette
comparaison a rvl quil existe un
squelette commun de 4100 kb ces deux
souches et que les gnes de ce squelette
sont trs proches voire identiques (98%
didentit). En revanche, un nombre
important de squences sont spcifiques
chacune des deux souches. Ainsi la souche
virulente possde 1340 Kb dADN rpartis en
177 lots sur le chromosome ; dont certains
taient connus (gnes codant pour le
systme de scrtion de type III permettant
ladhsion intime et la disparition des
microvillosits) mais dautres inconnus
jusque l et qui pourraient contribuer au
pouvoir pathogne. De faon surprenante,
530 kb dADN sont spcifiques de
Escherichia coli K-12 et ne sont pas
retrouvs dans la souche pathogne. Des
comparaisons
similaires
entre
Mycobacterium tuberculosis et leprae ont
apport une explication limpossibilit de
M.leprae de se diviser en dehors de
lhomme. En effet alors que le gnome de
M.tuberculosis a une taille de 4,4 Mb celui de
M.leprae nest que de 3,3 Mb. A cette perte
80
de 1000 kb sajoute le fait que la squence
codante de ces 3,3 Mb est trs faible ceci en
raison
du
nombre
important
de
pseudognes. On estime ainsi que M.leprae
a la capacit de produire 2000 protines de
moins que M.tuberculosis. Cette rduction de
gnome explique quun nombre important de
voies mtaboliques manquent chez ce
pathogne et empchent sa croissance in
vitro.
Dans
certaines
circonstances,
la
comparaison de gnome napporte que des
informations limites, notamment lorsquil
existe de frquents transferts horizontaux.
Dans ce cas, les diffrences observes
peuvent tre spcifiques de la souche dont
la squence est connue et ne pas reflter
une diffrence phnotypique propre au
groupe bactrien tudi. Ceci est le cas de
Neisseria meningitidis, pathogne pour
lequel il est intressant de connatre les
diffrences avec Neisseria gonorrhoeae
compte tenu des diffrences videntes de
pouvoir pathogne. A ce jour, la squence
gnomique de 2 souches de N.meningitidis a
t ralise, une souche de srogroupe A
(Z2491) et une souche de srogroupe B
(MC58), ainsi que la squence dun isolat de
N.gonorrhoeae (FA1090). Des comparaisons de gnomes montrent que 17% des
phases de lecture de Z2491 ne sont pas
dans la souche de gonocoque, mais 8% du
gnome de Z2491 nest pas non plus dans
lautre souche de mningococque (MC58),
cette importante variabilit de gnome entre
les souches de Neisseria interdit de porter
des conclusions quant lintrt des 17% de
squences de Z2491 absentes chez le
gonocoque quant leur rle dans la
spcificit du pouvoir pathogne de
N.meningitidis. Le seul moyen de pallier
ceci est de comparer plusieurs isolats de
N.meningitidis avec plusieurs souches de
N.gonorrhoeae pour ne garder que les
squences
communes
tous
les
mningocoques
et
absentes
des
gonocoques. Le moyen le plus efficace pour
ceci est lemploi d arrays (Figure 3).
Application de la gnomique
Trois ordres dapplication vont directement
dcouler de la gnomique :
Application au diagnostic
Des puces
ADN comportant des
amplicons porteurs de facteurs de virulence,
des gnes de rsistance aux antibiotiques, et
des squences spcifiques despce vont
apparatre.
L'introduction
de
cette
technologie dans les laboratoires de routine
devrait permettre d'amliorer et d'acclrer le
diagnostic microbiologique ainsi que la
dtermination des rsistances. Fait important
l'adjonction au sein de ces puces de gnes
correspondant des facteurs de virulence
permettra d'identifier des pathotypes et donc
d'adapter la dcision thrapeutique au risque
infectieux rel.
81
Application la recherche dantignes
vaccinaux (Figure 4).
82
Prions
Les prions sont des agents infectieux de
nature
protique
responsables
dencphalopathies
spongiformes
Plaques amylodes
82
Btonnets de
protine
(microscope lectronique).
prion
polymrise
Historique
Ds 1732, on observe la tremblante du
mouton (scrapie) en Angleterre et France. En
1920-1921,
Hans Creutzfeldt et Alfons
Jakob dcrivent la maladie qui porte leur
nom. En 1936, Jean Cuill et Paul-Louis
Chelle montrent que la scrapie du mouton
est transmissible par des extraits de cerveau
danimal animal, suggrant la nature
infectieuse de la maladie. En 1957, Carleton
Gajdusek et Vincent Zigas montrent que le
kuru, maladie des tribus papoues proche de
la maladie de Creutzfeldt-Jakob, est
transmissible par anthropophagie. En 1960,
I. Patisson montre lexistence dune barrire
despce pour la scrapie. En 1966-1967, T.
Alper montre que lagent infectieux rsiste
aux radiations et quil ny a pas dacides
nucliques dans le matriel infectieux. En
1982, Stanley Prusiner montre que lagent
infectieux est une protine sans acides
nucliques. Par squenage N-terminal de la
protine (1984-1985), il dmontre que la
protine humaine est code par un gne
identifi comme le gne prn-p prsent sur le
chromosome 21 des sujets normaux et de
fonction inconnue. En 1986, dbute
lpidmie de maladie des vaches folles en
Angleterre. En 1989, on dcouvre que la
sensibilit au prion dpend du taux didentit
peptidique du prion avec celui de la protine
de lespce animale considre par des
expriences avec des souris transgniques.
En 1993, une preuve dcisive du rle de la
83
protine prion est apporte par Prusiner
montrant que les souris knock-out pour le
gne sont viables et rsistent linfection
exprimentale par les prions. En 1996, on
identifie un nouveau variant de la maladie de
Creutzfeldt-Jakob identique au prion de la
maladie des vaches folles et transmis
lhomme par cette protine bovine.
Les encphalopathies
spongiformes humaines
La maladie de Creutzfeldt-Jakob.
La maladie de Creutzfeldt-Jakob (MCJ) est
une encphalopathie spongiforme humaine
la plus frquente. Il existe plusieurs formes.
Une forme sporadique
atteignant des
patients de >65 ans prsentant une
dmence entranant la mort en 6 mois. On
dnombre 50 cas / an en France depuis
plusieurs dcennies (1 cas /106 h). Il existe
aussi une forme familiale (5 cas / an en
France) atteignant des patients de plus
jeunes (40 ans) et prsentant des altrations
du gne prnp (insertions, mutations). Il existe
aussi des formes iatrognes secondaires
des
interventions
neurochirurgicales,
ophtalmologiques et ORL (> 31 cas [duremre, lectrodes, greffes de corne et de
tympan]), aprs traitement par lhormone de
croissance hypophysaire (76 cas France sur
968 patients exposs en 1985-1986, 15 cas
aux USA, 16 cas en Grande-Bretagne), et
aprs traitement par gonadotrophines
hypophysaires (4 cas en Australie et
Nouvelle-Zlande).
La
possibilit
de
transmission par transfusion est une crainte
mais nest pas pour le moment document
chez lhomme. Enfin, la nouvelle forme de
MCJ du jeune entre 20-40 ans ( le plus jeune
patient avait 13 ans) survient aprs une
incubation inconnue (3-30 ans ?) et volue
en 14 mois avec un syndrome psychiatrique
(hallucinations, schizophrnie), puis des
troubles neurologiques (ataxie, troubles
visuels, dmence). On compte 113 cas en
83
Syndrome
de
Gerstmann-StrasslerScheinker et insomnie fatale familiale.
Ce sont deux maladies familiales trs rares
et transmissibles exprimentalement.
Les encphalopathies
spongiformes animales
Il existe chez lanimal des encphalopathies
donnant des lsions du tissu crbral trs
proches de la MCJ : la tremblante du mouton
et lencphalopathie spongiforme bovine
(maladie des vaches folles), plus rarement
des
encphalopathies
sporadiques
transmissibles du vison, du chat et la
maladie de dprissement chronique des
ruminants sauvages (caribou, lan).
La tremblante du mouton (scrapie) est une
maladie connue en Angleterre et France
depuis 1732. Atteignant les ovins et les
caprins ge 3-4 ans, elle a une incubation
longue. Les signes
cliniques sont des
troubles du comportement, du prurit, une
incoordination motrice, des tremblements, et
la mort en 6 semaines-6 mois. Il existe des
formes ataxiques, des formes prurigineuses
et des formes paralytiques. Cette maladie est
frquente et peut atteindre jusqu 10 30%
des troupeaux (> 100 btes). Il nexiste
aucun argument pour incriminer une
84
transmission humaine de cette maladie.
Cependant, on suspecte que la souche de
prion bovin ait pu contaminer des moutons,
ce qui pourraient exposer de faon
inquitante la population la maladie.
La maladie des vaches folles tait inconnue
avant 1985. La maladie clinique survient
aprs une incubation de 36 mois en
moyenne
et
donne
des
troubles
neurologiques proches de la scrapie.
Caractristiques des prions
La protine prion
Le prion PrPres ou PrPsc est une protine
de 27-30 kDa (253 aa) avec plus de 85 %
dhomologie avec autres PrP des animaux.
Cest une protine hydrophobe et rsistante
la protinase K, sans acides nucliques
dtectables, capable de se polymriser en
fibrilles, code par le gne prn-p du
chromosome 20 chez lhomme.
Cette protine provient dun changement
conformationnel de la protine normale PrP
ou PrPc (cellulaire).
La protine PrPc prsente deux isoformes,
la protine normale PrPc (cellulaire) de 3335 kDa , sensible la protinase K et la
protine prion PrPres ou PrPsc (rsistante
la protinase K) de 27-30 kDa rsistante la
protinase K. La structure tridimensionnelle
de lisoforme normale comporte 3 hlices
et lisoforme pathologique
seulement 2
hlices et 4 feuillets .
La protine PrPc est abondante dans le
systme nerveux central, le tissu lymphode
et le tube digestif. Cest une glycoprotine
transmembranaire ancre la surface des
cellules et endocyte. Sa
fonction est
inconnue. Elle aurait un rle protecteur
contre lapoptose cellulaire, interviendrait
dans la croissance axonale, et dans le
transporteur de cuivre Cu2+ (internalisation
du Cu2+ et protection contre le stress
oxydatif).
84
Les
encphalopathies
spongiformes
familiales (la forme familiale de MCJ,
syndrome
de
Gerstmann-StrasslerScheinker et linsomnie fatale familiale) sont
associes des anomalies de la squence
peptidique de la protine PrP ( mutations,
insertions, dltions).
85
Physiopathologie de la maladie de
Creutzfeldt-Jakob
85
86
importantes de prions saccumulent dans les
neurones.
Cette
PrPsc
provient
presquexclusivement de la PrP normale des
patients. La transconformation est le rsultat
dune interaction protine-protine qui
entrane le changement de conformation. Il
existe 2 thories de la transconformation, un
modle catalytique (A) et un modle par
nuclation (B).
E
volution de lpidmie de la maladie des la vache
folle (1985-2000)
Epidmiologie de la scrapie et de
lencphalopathie
spongiforme
bovine (ESB)
La scrapie est une maladie des ovins et des
caprins trs frquente, qui peut atteindre
jusqu 10 30% des troupeaux (>100
btes) de moutons dans certaines rgions. Il
nexiste aucun argument pour incriminer une
transmission humaine de cette maladie.
Cependant, on
suspecte que des
moutons exposs aux farines animales aient
pu tre contamins par le prion bovin qui,
elle, est transmissible lhomme.
86
87
certains leveurs. Depuis 1993, lpidmie a
progressivement dclin pour atteindre
aujourdhui moins de mille cas annuels en
Angleterre. En France et dans le reste de
lEurope, le nombre de cas atteignant les
bovins est rest limit quelques dizaines
entre 1990 et 1998.
Au cours de la maladie des vaches folles, le
tissu lymphode est infectieux pendant
lincubation : ds le 6me mois, lilon, puis le
thymus, la rate et la moelle osseuse. Les
tissus nerveux
(moelle, tronc crbral,
cerveau) sont contamins partir du 30me 32me mois.
L'origine de cette pidmie est lie
lalimentation par les farines animales
fabriques partir des carcasses animales.
A partir des annes 80, un changement des
modes de fabrication de ces farines a permis
la contamination par les prions danimaux
malades, peut-tre dovins atteints de
scrapie ou de bovins atteints dune forme
sporadique jamais dcrite. Il est possible
quune souche particulire de scrapie puisse
tre lorigine de lpidmie des vaches
folles du fait de sa capacit de franchir
facilement la barrire des espces.
Epidmiologie de la maladie de
Creutzfedt-Jakob
Sensibilit gntique
On a montr quil existe une sensibilit
gntique particulire la maladie de
87
Creutzfeldt-Jakob
en
fonction
du
polymorphisme du gne prn-p. Il existe un
polymorphisme de la protine PrPc (253 aa)
dans la population, notamment au codon
129 qui code soit une mthionine (Met) , soit
une valine (Val) : on dnombre 40% d
homozygotes Met/Met, 10% dhomozygotes
Val/Val, et 50% dhtrozygotes Val/Met. Les
homozygotes Met/ Met sont plus sensibles
la maladie. En effet, les patients atteints de
MCJ sporadique sont homozygotes Met/Met
70%, homozygotes Val/Val 15%, et
htrozygotes Val/Met 15% . Lors de la
MCJ iatrogne, 95 % des patients sont
homozygotes et seulement
5 % sont
htrozygotes. Pour la MCJ due au nouveau
variant, on dnombre 100% de gnotype
Met/Met chez les patients.
Transmission horizontale
La maladie nest pas contagieuse par contact
direct (interhumain, sexuel). La maladie
est transmise par ingestion de tissus infects
de bovins : tissu lymphode, moelle osseuse,
cerveau.
On
ne
peut
dmontrer
exprimentalement une infectiosit pour les
muscles et le lait
(mais attention aux
animaux prsentant des signes de la maladie
qui ont des prions dans le sang). Les ovins
infects par le nouveau variant sont
dangereux pour lhomme, alors que la
scrapie est considre comme non
transmissible lhomme. Il pourrait exister un
risque transfusionnel, non document chez
lhomme,
mais
mis
en
vidence
exprimentalement chez des moutons
infect par le nouveau variant avec du sang
provenant de la phase dincubation de la
maladie. Il faut donc tre trs vigilant sur les
donneurs de sang et chez les patients
polytransfuss et hmophiles.
La transmission verticale
On na jamais pu dmontr que le lait soit
infectieux. Dans lexprience du kuru, il a t
rapport que, parmi les 600 femmes allaitant
88
en incubation ou prodromes de la maladie ,
aucune na transmis la maladie.
En
revanche, le colostrum chez les bovins peut
tre infectieux chez les animaux malades
qui mettent bas. Le placenta nest pas
infectieux (sauf chez les animaux malades).
Il faut rappeler la faible placentophagie des
bovins.
Diagnostic biologique de la maladie de
Creutzfeldt-Jakob
Le diagnostic biologique de la MCJ est
essentiellement anatomo-pathologique. Par
biopsie crbrale ou par prlvement de
cerveau
lautopsie,
les
signes
anatomopathologiques caractristiques sont
mis au jour : aspect spongieux du tissu
crbral,
perte
neuronale,
plaques
amylodes, gliose hyperastrocytaire, sans
raction inflammatoire
Il existe un test diagnostique (Western-blot et
ELISA) permettant de dtecter la protine
prion dans les tissus crbraux suspects. On
montre quun anticorps monoclonal contre la
protine reconnat la protine prion dans les
extraits de cerveau aprs traitement par la
protinase K qui dtruit la protine normale.
La ponction lombaire peut monter la
prsence dans le LCR dun marqueur non
spcifique de destruction du tissu crbral,
la
protine 14-3-3. Dautres tests
diagnostiques sont ltude pour dtecter
PrPsc dans le sang et lurine.
Les prions : une rvolution et une
nigme
Une rvolution conceptuelle
On a longtemps pens quun gne codait
pour une seule protine ayant des proprits
bien dfinies. La dcouverte des prions nous
apprend quun mme gne peut coder pour
plusieurs formes de protines selon leur
conformation tridimentionnelle. De plus, cette
dcouverte montre quune maladie peut tre
lie un changement de conformation dune
protine. Ceci pourrait ne pas tre un
88
89
ont-ils un facteur de risque particulier,
comme par exemple une consommation
particulire
de
certaines
nourritures
contenant des hauts titres de l'agent infectieux ? Lavenir reste incertain.
Bilan de MCJ ( nouveau variant)
89