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Les micro-organismes pathogènes véhiculés par l’eau étant pour la plupart d’habitat
fécal, il a donc été suggéré de retenir comme principe de contrôle « la recherche de
certaines espèces ou groupe de bactéries, comme témoins indicateurs de
contamination ou pollution fécale ». Ces germes tests sont des bactéries
commensales qui sont naturellement présentes dans les intestins des hommes et des
animaux à sang chaud, et excrétées régulièrement en abondance dans les matières
fécales.
Les normes de potabilité d’une eau posent donc comme hypothèse que les lois
d’élimination des germes pathogènes et des germes tests sont comparables et qu’à un
abattement important de germes tests correspond une élimination poussée des germes
pathogènes. La présence des indicateurs constitue donc un signal d’alarme et laisse
présager la possibilité d’une présence de pathogènes. De même, leur absence suppose
l’absence de pathogènes.
Le dénombrement des germes totaux s’effectue par incorporation d’un faible volume
d’échantillon en milieu solide nutritif.
Pour les germes indicateurs, les méthodes les plus usitées sont les méthodes par
filtration sur membrane puis dépôt de celle-ci sur un milieu de culture gélosé
spécifique ou adapté à la bactérie recherchée. Le milieu est incubé selon des
conditions optimales de croissance, en termes de température et de temps.
Après incubation, chaque bactérie présente dans l’échantillon donnera naissance à une
colonie visible à l’œil nu. Des tests de confirmation souvent basés sur des caractères
biochimiques sont effectués sur les colonies présumées caractéristiques de l’espèce
recherchée.
Dans le cas d’un examen plus complet, le laboratoire peut être amené à rechercher des
bactéries pathogènes pour l’homme comme Salmonella, Shigella, Legionella,
Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa…
E. coli: L’espèce la plus fréquemment associée aux coliformes fécaux est E. coli représente
toutefois 80 à 90% des coliformes thermo-tolérants détectés. L'OMS (2004), n’énonce que la
.présence d’E.coli, apporte la preuve incontestable d’une pollution fécale récente