UE 2.

1 Biologie fondamentale

Notions de biochimie

Pr Marianne Zeller
INSERM U866, UFR Sciences de santé, Université Bourgogne-Franche Comté
Marianne.zeller@u-bourgogne.fr
 Bibliographie
• Biologie humaine, principes d’anatomie et
physiologie, E. Marieb; Ed Pearson, 8ème
ed.

• Cahier Sciences infirmières, UE 2.1 et 2.2; G.

Perlemuter, L. Pitard, J. Quevauvilliers; Ed: Elsevier
Masson, 2010
• Cycles de la vie et grandes fonctions, UE 2, Réussir en
IFSI, C. Favro; Ed De Boeck Estem, 2014
 Plan

1. La matière
2. Combinaisons de la matière : Les liaisons
chimiques
3. Réactions chimiques
4. Composition chimique de la matière vivante
 Plan

1. La matière
2. Combinaisons de la matière : Les liaisons
chimiques
3. Réactions chimiques
4. Composition chimique de la matière vivante
 La matière
Définition = la substance qui forme l’univers.
• Constituée d’atomes
• Chimie = étude de la nature de la matière, comment
ses composants interagissent entre eux
• Biochimie = chimie du vivant
• La matière peut être sous la forme solide, liquide ou
gazeuse
• Dans l’organisme humain : solide (os, dents), liquide
(sang, lymphe, liquide interstitiel), gaz (oxygène, gaz
carbonique…)
 Composition de la matière
• Atomes = constituants les plus simples de la
matière, ne peuvent être dégradés en
substances plus simples (au moyen de
méthodes chimiques ordinaires)
• 4 atomes: oxygène, carbone, hydrogène,
azote = 96 % de notre masse corporelle
• Le reste (4%) = calcium, phosphore, soufre,
sodium, chlore, magnésium, iode,
fer…+oligoéléments (Cobalt, Cu, Fl..)
• Chaque atome est désigné par son symbole
chimique.
– C = carbone
– O = oxygène
– N = azote
– H = hydrogène
– P = phosphore
– Fe = fer
– K = Potassium…
 Les atomes
• Atomes très petits : 0,1 – 0,5 nm (1 nm =10-9 m)
• Composés de particules (protons, neutrons,
électrons), dont le nombre et la proportion varient
dans les différents atomes.
• Ces particules diffèrent par
– Masse
– Position qu’elles occupent dans l’atome
– Charge électrique

• Charge électrique = capacité d’une particule à attirer

ou repousser les autres particules chargées
– Particules de même charge se repoussent
– Particules de charges opposées s’attirent
 Masse et charge des particules
• Protons
– Charge + (p+) Même masse =
• Neutrons unité de masse atomique
– Charge neutre (n°)
• Protons + Neutrons = Noyau
– Masse lourde (99,9 % de la masse de l’atome)
• Electron
– Charge – (e-) qui est égale (en valeur absolue) à
charge du proton p+
– Masse très faible (négligeable)
 Les atomes

• Les atomes sont électriquement neutres : nombre

d’électrons = nombre de protons.
– H = 1 proton + 1 électron
– Fe = 26 protons + 26 électrons

• Peuvent perdre ou gagner des électrons → ions , qui ont

donc 1 charge électrique (≠ neutres)
• Anions (-): Cl-
• Cations (+): Na+, K+
Représentation schématique des atomes

Schéma avec électrons sur orbites = simplifié car en réalité: nuage électronique
 L’identification des atomes

• Numéro atomique

• Nombre de masse
 Numéro (ou nombre) atomique

• = nombre de protons
• = nombre d’électrons
• Indiqué en indice à gauche du symbole chimique

1H

2 He
 Nombre de masse

• = Nombre d’unités de masse atomique

• = Nombre protons + nombre neutrons
– Ex: H = 1 proton (0 neutrons)
• numéro atomique = 1
• nombre de masse = 1 + 0 = 1

– Ex: He = 2 protons + 2 neutrons

• numéro atomique = 2
• nombre de masse = 2 + 2 = 4
• Indiqué en exposant à gauche du symbole chimique
1H

4 He
 Les isotopes
• La plupart des atomes existent sous plusieurs
formes appelés isotopes
• 2 isotopes d’un même atome possèdent le
même nombre de protons (et d’électrons),
mais pas le même nombre de neutrons
• → Les isotopes d’un atome ont le même
numéro atomique, mais des nombres de
masse différents
• Puisque les isotopes d’un atome ont le même
nombre d’électrons (et protons) → mêmes
propriétés chimiques
 Isotopes de l’hydrogène

Numéro atomique = 1 Numéro atomique = 1

Nombre de masse = 1 Nombre de masse = 2

Isotope plus lourd

que l’Hydrogène

Numéro atomique = 1
Nombre de masse = 3

Nombre atomique = nombre protons Nombre de masse = nombre protons + neutrons

 Les isotopes
• Dans la nature: atome = mélange d’isotopes
• Un des isotopes est généralement beaucoup plus
abondant que les autres
• → la masse atomique d’un atome ≈ nombre de
masse de son isotope le plus abondant
– Ex: La masse atomique de l’Hydrogène = 1,0079 
l’isotope le plus léger 1H est le plus répandu
• Les isotopes les plus lourds sont les plus instables et
se décomposent spontanément = les radio-
isotopes.
• Cette désintégration atomique spontanée =
radioactivité, qui libère de l’énergie
 Les radio-isotopes
• Energie libérée sous forme de rayons (alpha,
bêta, gamma)
• Effets biologiques des rayons → radicaux libres
(molécules, cellules, tissus...)
• Utilisation médicale des radio-isotopes
– Tomographie par Emissions de Positons : imagerie
diagnostique (étude du métabolisme)
– Radiothérapie: destruction cellules cancéreuses
– Marqueurs diagnostics
• Ex: Iode : Iode 131 pour détecter des tumeurs thyroïde
 Plan

1. La matière
2. Combinaisons de la matière : Les liaisons
chimiques
3. Réactions chimiques
4. Composition chimique de la matière vivante
 Les molécules
• Molécule = ensemble de plusieurs atomes unis
par des liaisons chimiques.
• Combinaison de deux atomes du même
élément  une molécule de cet élément :
H + H  H2 gazeux
• Équation chimique = représentation de la
réaction chimique :
4H + C  CH4 (composé = méthane)
 Les liaisons chimiques et les
réactions chimiques
• Une réaction chimique a lieu chaque fois que
des atomes s’associent avec d’autres atomes
ou s’en dissocient.
• Lorsque les atomes s’associent, il y a formation
d’une liaison chimique (= liaison entre 2
atomes)
 Formation d’une liaison chimique
• Les électrons occupent des régions de l’espace
appelées couches électroniques, qui correspondent
également à des niveaux d’énergie
• Chaque atome peut posséder jusqu’à 7 couches
électroniques (Numérotées de 1 à 7 en partant du
noyau)
• Force d’attraction entre le noyau (+) et les électrons (-)
est plus grande vers le noyau et plus faible lorsqu’on
s’en éloigne
• → Les électrons les plus éloignés du noyau sont ceux
qui vont plus facilement interagir avec d’autres atomes
 Rôle des électrons
• Chaque couche électronique peut recevoir un nombre max d’électron
– 2 sur la 1ère couche
– 8 sur la 2ème couche
– 18 sur la 3ème couche
• Un atome dont les couches externes ne sont pas complètes a tendance à
gagner ou perdre des électrons afin d’atteindre un état stable
• La couche externe est appelée couche de valence
• Elle contient les électrons qui participent aux liaisons (électrons réactifs)
• Lorsque la couche de valence est complète, l’atome atteint l’état stable,
devient chimiquement inerte (non réactif)
– Ex: hélium, néon
 Réactivité chimique
• Fonction de la règle des 8 électrons
• Sauf la couche 1 qui est complète avec 2
électrons
• Pour toutes les autres couches:
• Les atomes interagissent entre eux pour
que leurs couche de valence contienne 8
électrons
• Interaction = rapprochement ou mise en
commun de leur couche de valence
 Types de liaisons chimiques

• Il existe ainsi plusieurs types de liaisons

– Liaisons ioniques
– Liaisons covalentes
• Non polaire
• Polaire
– Liaisons hydrogène
 La liaison ionique
• Est créée lorsque des électrons passent
complètement (transfert) d’un atome à l’autre
• Liaison = faible
• Quand les atomes gagnent ou perdent des
électrons au cours d’une liaison, l’équilibre
entre charges positives (protons) et charges
négatives (électrons) est rompu (perte
neutralité)
• → On obtient des particules chargées appelées
ions
 Exemple de liaison ionique:
Formation du chlorure de sodium

Pour atteindre l’état de les 2 ions Na+ et Cl- ont

Transfert d’e- atteints un état stable et
stabilité, le sodium doit
perdre 1 électron, et le s’attirent donc restent
chlore en gagner 1 voisins
 Les types d’ions

• L’atome qui gagne un électron acquiert une

charge nette négative (plus d’électrons que de
protons) est un anion (-)
– Ex: Cl-

• L’atome qui perd un électron acquiert une

charge nette positive (moins d’électrons que de
protons) est un cation (+)
– Ex: Na+
 La liaison covalente

• Quand chaque atome complète sa couche de valence

en partageant des électrons (mise en commun) avec
d’autres atomes, la liaison qui unit les atomes
s’appelle une liaison covalente
• Dans ce cas, il n’y a pas de transfert d’électrons,
mais partage d’électrons
• Les électrons mis en commun gravitent autour de la
molécule et stabilisent les atomes constituant cette
molécule

• Liaison = forte
 Exemple de liaison covalente:
Formation de l’hydrogène H2

Chaque atome d’hydrogène Chaque électron de la

Partage d’ 1 électron couche externe est mis en
n’a qu’1 électron sur sa
couche externe commun de manière à
compléter la couche de
valence → état de stabilité
 Exemple de liaison covalente:
Formation de l’oxygène O2

Chaque atome d’oxygène a Chaque atome a 8

Partage de 2 électrons électrons sur sa couche
6 électrons sur sa couche
de valence externe → état de stabilité
 Exemple de liaison covalente:
Formation du méthane CH4

Chaque atome de carbone Chacun des 5 atomes a

Partage d’électrons complété les électrons sur
a 4 électrons sur sa couche
de valence et chaque sa couche externe → état
atome d’hydrogène a 1 de stabilité
atome
 Les symboles chimiques

• Une paire d’électrons mis en commun forme

une liaison covalente simple (H-H).

• Deux paires d’électrons mis en commun forme

une liaison covalente double (O = O).
 Liaisons covalentes non polaires

• Lorsque les électrons de valence sont mis en

commun de manière équilibrée entre les
atomes, la molécule formée est dite non
polaire
• Cela signifie que l’attraction (électronégativité)
entre chacun des atomes est équilibrée
 Exemple de liaison covalente non polaire
• Le gaz carbonique CO2 :
• L’atome de carbone partage 4 paires d’électrons avec 2 atomes
d’oxygène
• L’oxygène est très avide d’électrons → il attire les électrons de
valence plus fortement que le carbone
• Cependant, la molécule a une structure linéaire (O=C=O) et
l’attraction exercée par un atome O est contrebalancée par
l’autre atome O
• Le CO2 est une molécule non polaire
 Exemple de liaison covalente polaire
• La molécule d’eau (H2O) : elle se forme par liaison covalente entre 2 H et
1 O.
• Chaque atome d’hydrogène partage 2 électrons avec l’atome d’oxygène.
• Mais O a la plus grande force d’attraction (O très avide d’électrons)
•  la répartition des paires d’électrons n’est pas équilibrée, car ceux-ci
passent plus de temps au voisinage de l’atome d’oxygène
• L’extrémité vers O est chargée négativement (-) et l’extrémité où se
trouve l’hydrogène est chargée positivement (+)
• La molécule a deux pôles chargés (= dipôle) : elle est polaire
•  orientation particulière des molécules polaires (H2O) par rapport aux
autres
 Les liaisons hydrogène

• Liaisons très faibles

• Se forment quand un atome d’hydrogène déjà
lié à un atome électronégatif (N ou O) est attiré
par un autre atome électronégatif, créant ainsi
une sorte de pont entre eux
• Contribuent à la conformation spatiale des
grosses molécules (protéines, ADN)
• Liaisons hydrogène entre les molécules d’eau
 tension superficielle
 Liaisons hydrogène de l’eau
et tension superficielle

Les pôles légèrement positifs des Une araignée d’eau peut se

molécules d’eau s’alignent en direction déplacer à la surface de l’eau en
des pôles légèrement négatifs des raison de la tension superficielle qui
autres molécules d’eau → tension augmente la cohésion des
superficielle de l’eau molécules d’eau entre elles
 Plan

1. La matière
2. Combinaisons de la matière : Les liaisons
chimiques
3. Réactions chimiques
4. Composition chimique de la matière vivante
 Les modes de réactions chimiques

• Réaction chimique = association ou

dissociation d’atomes (rupture ou formation de
liaisons)
Le nombre total d’atomes reste le même,
seule leur organisation change
• Les 3 types de réaction
– Réactions de synthèse (anabolisme)
– Réactions de dégradation (catabolisme)
– Réactions d’échange
Réactions de synthèse : anabolisme
A + B  AB
Formation d’une liaison chimique
Utilise de l’énergie
Réactions de dégradation: catabolisme
AB  A + B
Dissociation en 2 molécules
Produit de l’énergie
Réactions d’échange
AB + C  AC + B ou AB + CD  AD + CB
Echange de parties de molécules
 Plan

1. La matière
2. Combinaisons de la matière : Les liaisons
chimiques
3. Réactions chimiques
4. Composition chimique de la matière vivante
 La composition chimique de la
matière vivante
• 2 grandes classes de molécules (composés):
• Composés inorganiques: petites molécules
• eau, sels, acides, bases
– Composés organiques: avec carbone, grosses
molécules
• Glucides, lipides, protéines, acides nucléiques…

Aussi vitaux les uns que les autres !

 Plan

1. La matière
2. Combinaisons de la matière : Les liaisons chimiques
3. Réactions chimiques
4. Composition chimique de la matière vivante
1. Composés inorganiques
2. Composés organiques
 L’eau

• L’eau = 60 % du poids du corps = le + abondant de

la matière vivante
• Liquide vital, nombreux rôles:
– Thermorégulateur: forte capacité thermique: distribue
(via sang) et absorbe chaleur (ex: temp extérieure
élevée, exercice physique)
– Favorise réactions chimiques (ex: hydrolyse)
– Protecteur: fonction d’amortisseur (ex: LCR autour du
SNC, ou liquide amniotique autour fœtus)
– Lubrifiant (en association avec autres molécules) →
mucus : salive, synovie, tube digestif…
– Solvant universel (molécule polaire): l’eau dissout les
substances avec facilité  permet réactions entre
molécules, transport, diffusion…
 Les sels
• Contiennent liaisons ioniques (transfert d’e-)
• Association de divers minéraux
– En cristaux (solide)
• Sels de calcium (os) et phosphore (dent)
– En solution, sous forme d’ions (dissociés) dans
les liquides de l’organisme:
• NaCl  Na+ + Cl-
• Ions = particules chargées  = électrolytes
(conduisent l’électricité)
• Maintien des quantités constantes d’ions dans
l’organisme = essentiel à la vie  importance de
l’équilibre électrolytique
 Les acides et les bases
• Acide = substance qui libère des ions hydrogène
• H+ (= protons = noyau d’un atome d’hydrogène) en
solution dans l’eau

• Un acide est un donneur de protons

HCl  H+ + Cl-
Acide chlorhydrique  Proton + Anion (chlore)
• Lorsqu’il se dissout dans l’eau, un acide libère des
ions hydrogène et des anions

• HCl sécrété par la paroi de l’estomac (digestion)

 Les bases
• Base = accepteur de protons
• Les bases libèrent des ions hydroxyles (OH-) et
des cations lorsqu’elles se dissocient dans l’eau
• Ex: La soude (NaOH) se dissocie totalement
(base forte) en ion sodium (Cation = Na+) et en ion
hydroxyle
NaOH  Na+ + OH-
• Ex: autres bases (bases faibles) :
– Ammoniac (NH3): déchet issu dégradation protéines
NH3+ + H+ → NH4+ (ion ammonium)
– Bicarbonate (HCO3-): abondant dans le sang
HCO3- + H+  H2CO3 (acide carbonique)
 pH: concentration acide - base
• Le pH traduit la concentration relative des ions H+ (et OH-)
dans les liquides de l’organisme
• pH = potentiel d’Hydrogène: échelle de 0 à 14
• Eau pure = très faiblement dissociée (pH=7): solution neutre)
→ autant de H+ que de OH-
– Si on ajoute un acide dans l’eau (Ex: HCl), il se dissocie et la solution
contient beaucoup plus de H+ que de OH- → solution acide (pH<7)
– Si on ajoute une base dans l’eau (Ex: NaOH), les OH- sont libérés 
solution basique (alcaline) (pH>7)
• Importance de la régulation du pH dans notre organisme
(équilibre acido-basique)
– pH sang = 7,4 (7,35 à 7,45)
 Plan

1. La matière
2. Combinaisons de la matière : Les liaisons chimiques
3. Réactions chimiques
4. Composition chimique de la matière vivante
1. Composés inorganiques
2. Composés organiques
 Les glucides
• Carbone (C) + hydrogène (H) + oxygène (O)
[(CH2O)n]
• Sucres et amidon
• Unité de base = monosaccharide = sucre
simple • Glucose : 6 atomes de carbone
• Abondant dans le sang (glycémie)
• source d’énergie pour les cellules
• Fructose : 6 atomes de carbone
• origine = alimentaire (fruits) et édulcorant
• Galactose : 6 atomes de carbone
• Origine = lait
• Ribose: 5 atomes de carbone
• Constituant de l’ADN, ARN
• Formé par réaction de synthèse (réversible) avec libération d’eau
• Origine = alimentaire
• Hydrolysé pour former sucres simples (glucose) au cours digestion
• Sucrose = Glucose + Fructose
• Sucre de canne ou bettrave
• Lactose = Glucose + Galactose
• Lait
• Maltose = Glucose + Glucose
• Bière
• Longue chaîne ramifiée de glucose
• Insolubles
• Aliments : amidon (céréales, pain, pommes de terre, légumes secs…)

• Glycogène = forme stockage d’énergie pour les cellules (foie)

• Glucose en excès stocké aussi en lipides

• Glucose utilisé selon besoins:

• Oxydation (O2) du glucose → CO2 + H2O + énergie (ATP)
 Les lipides
• Graisses
• Contiennent C, H, O
• Insolubles dans l’eau, solubles dans les solvants
(éther, chloroforme)
• Présents dans aliments (viande, lait, huiles, jaune
d’œuf…)
• Stockage dans tissu adipeux
• Source d’énergie (> glucides)
• 3 grandes catégories :
– Triglycérides
– Phospholipides
– Stéroïdes
Triglycérides = Acides Gras (AG) + glycérol
• Trois AG sur une molécule de glycérol
• Différents types d’AG :
• AG saturés (liaison simple entre chaque atome de C)  graisses
solides (origine animale)
• AG insaturés (liaison double ou triple entre chaque atome de C) 
huiles végétales (origine végétale)
• Stockage (adipocytes): peau, viscères
• Isolant thermique
• Source d’ATP
Les phospholipides :
• Ressemblent aux TG : glycérol + AG (2 AG)
• Groupement phosphate remplace un AG
• Tête polaire attire l’eau (hydrophile) et queue non polaire (hydrophobe)
• Constituant des membranes cellulaires
Les stéroïdes:
• 4 anneaux hydrocarbonés juxtaposés
• Principal représentant = cholestérol
• Apporté par les aliments et aussi synthétisé par le foie
• Précurseur des hormones stéroïdes (sexuelles et cortisol), de la
vitamine D et des sels biliaires.
 Les protéines
• 50 % de la matière organique du corps humain
• aa liés entre eux pour formés un polypeptide
• Protéine = longue chaîne polypeptidique avec
conformation spatiale spécifique
• Plusieurs milliers de protéines différentes
• Structure déterminée par les gènes
• Rôles
– Structural (fibreuses) = maintien, cohésion tissus
(organites et membranes cellulaires, liquide
interstitiel…) Ex: collagène, kératine
• Fonctionnel (globulaires) (hormones, Ac, Hb,
enzymes…) Ex: rénine
Structure des protéines:
Acides aminés et polypeptides

Unité de base = acides aminés (aa)

20 acides aminés
Groupe amine NH2 + groupe
acide COOH + H sur le même
carbone, et variantes sur le
radical R selon l’aa
• Les enzymes = protéines fonctionnelles
• Catalyseurs biologiques = accélèrent la vitesse d’une réaction
chimique (millions de réactions/min)
• Non consommés ou transformés par la réaction
• Nécessitent co-facteurs (Mg++, Fe++, Cu++, Mn++…).
• Se lient aux substrats, les maintient dans une conformation
idéale pour que la réaction ait lieu.
• Réutilisable → la cellule n’a besoin que de petites quantités de
chaque enzyme.
• Spécifique : ne peut agir que sur une réaction enzymatique
donnée
• On nomme les enzymes d’après le type de réactions qu’elles
catalysent ajouté au suffixe -ase:
– Hydrolases (ajoutent une molécule d’eau)
– Oxydases (causent une oxydation)
– Transférase (transfert une fonction chimique)
– Synthétase (formation d’une liaison covalente)
 Les acides nucléiques
• Les plus grandes molécules de l’organisme
• Unités de base = les nucléotides.
• Un nucléotide = une base azotée + un sucre (pentose) + un
groupement phosphate
• Principaux types de bases azotées : adénine (A), guanine
(G), cytosine (C), thymine (T) et uracile (U).
• Acides nucléiques = ADN (Acide Désoxy-riboNucléique) +
ARN (Acide Ribonucléique)
 La double hélice d’ADN
• Double hélice (2 chaînes de nucléotides) -
« échelle » - chaînes retenues par des
liaisons hydrogènes reliant les bases ; les
« montants » sont constitués par l’alternance
des unités désoxyriboses et des unités
phosphates et les « barreaux » sont formés
de bases reliées entre elles.
• Bases : A, G, T et C.
• Liaisons entre les bases sont spécifiques
• bases complémentaires:
• [A-T]
• [G-C]
 L’ARN
• Constitué d’un brin simple de nucléotides
• Bases azotées de l’ARN : A, G, C et U (au lieu de T).
• Sucre = ribose.
• Trois grandes variétés
– ARN de transfert : transporte les aa aux ribosomes
– ARN messager : achemine les gènes jusqu’aux ribosomes
– ARN ribosomique : s’intègre aux ribosomes, et supervise la
traduction du message et la liaison entre les aa qui forment
les protéines
 L’adénosine triphosphate (ATP)
• ATP = nucléotide modifié formé d’une base
d’adénine, de ribose et de trois groupements
phosphates.
• Les groupements phosphates sont reliés par des
liaisons chimiques appelées « liaisons phosphates
riches en énergie ».
• ATP synthétisé à partir du glucose