Université Sultan moulay Slimane

Faculté des sciences et Techniques

Beni Mellal
Département Sciences de la vie

Projet de Fin d’Étude

Filière : Licence Sciences et Techniques
Protection de L’Environnement

Sous le thème :

CONTAMINATION DES EAUX USEES PAR LE COVID-19

Présenté par : CHARROU Mohamed Amine

Soutenu le 15/07/2020 devant la commission d’examen :

Présidente : Pr. Naima ZAKI FST

Examinatrice : Pr. Sanae BATOUI FST
Encadrante : Pr. Zehor AIT YACINE FST

Année universitaire 2019-2020

 Dédicace

Je dédie ce travail:

 A mes très chers parents

Aucun hommage ne pourrait être à la hauteur de vos sacrifices, de
l'amour et de l'affection dont vous n'avez jamais cessé de m'entourer
toutes au long de ces années d’études. J’espère que vous trouvez dans
ce travail un vrai témoignage de mon profond amour et éternelle
reconnaissance !

 A mon cher frère et mes adorables sœurs !

 A mes professeurs !
 A mes amis(es)
Pour tous les instants inoubliables que j’ai passés avec vous, à tous nos
éclats de rire, à tous nos souvenirs !

 A toutes les personnes qui ont participé de près ou de loin au bon déroulement de mon
Projet de Fin d'Etude !

 A tous ceux qui m’aiment !

 A tous ceux que j’aime !
 Remerciement

Avant de commencer la rédaction de notre rapport, la fidélité nous oblige à présenter

nos vifs remerciements et nos profondes gratitudes à ceux qui ont contribué de près ou de loin
à la réussite de ce travail.

Nous profitons aussi de l’occasion pour remercier tout d’abord notre professeur Mme
Zehor Yacine qui n’a pas cessé de nous encourager pendant la durée du projet, ainsi pour ses
générosités en matière de formation et d’encadrement. Nous la remercions également pour
l’aide et les conseils, qu’elle nous a apportés lors des différents suivis, et la confiance qu’elle
nous a témoignée.

Aussi, nous tenons à remercier à tout l’ensemble des enseignants de la formation

Protection de L’Environnement à l’université de Sultan Molay Soliman qui nous ont offert la
chance de développer d’avantage nos connaissances en environnement ainsi nos inculqués les
connaissances et les bases nécessaires pour notre projet.

Je remercie également tous les membres du jury d’avoir accepté d’assister à la

présentation de ce travail.
 Résumé

Les chercheurs du Centre de contrôle des maladies infectieuses ont annoncé avoir
décelé des traces du SARS-CoV-2 dans des eaux usées d’Amsterdam début Avril 2020. Le 19
du même mois, la mairie de Paris annonça aussi avoir détecté des « traces infimes » du virus
en plusieurs points de prélèvement de son réseau d’eau non potable. Réseau qu’elle utilise
notamment pour arroser certains parcs et jardins ou nettoyer les rues.

Toute la question, alors, est de connaître la persistance dans l’eau de ce coronavirus. On

connaît mieux ce point sur certains virus de gastro-entérite, qu’on qualifie de très résistants
dans l’eau, Avec certains virus de gastro-entérite dans une eau stérile et à une température de
20°C, vous perdrez 80 % de la population initiale de ce virus tous les dix à quinze jours. Cet
ordre de grandeur est à prendre avec des pincettes, puisque dans l’environnement naturel, le
virus trouve normalement des conditions bien plus dégradées. »

La résistance dans l’eau serait bien plus faible pour les coronavirus. Ils ont pour
particularité d’avoir une enveloppe en plus qui, contrairement à ce que l’on pourrait penser,
les rendent plus fragiles et donc moins résistants. Mais nous n’avons pas aujourd’hui les
données scientifiques qui nous permettraient de dire au bout de combien de temps
précisément. Pour lever cette zone d’ombre, il faudrait aller au-delà de la détection ponctuelle
de génomes dans les eaux usées et cultiver des virus dans l’eau, pour déterminer s’ils sont
infectieux ou non, ce que peu de laboratoires sont aujourd’hui capables de le faire. Et pour
l'instant, les laboratoires qui ont recherché du SARS-CoV2 infectieux dans les eaux usées n'en
ont pas retrouvés.
 La liste des abréviations

OMS L’organisation mondiale de la santé

AFD L’agence française de développement
SRAS Syndrome respiratoire aigu sévère
MERS le coronavirus de syndrome respiratoire de Moyen-Orient
ANSS L’agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation de l’environnement et de
travail
PCR Le test technique d'amplification génétique
Covid 19 Le corona virus 2019
FP2E La fédération des entreprises de l’eau
EPFL L’école polytechnique fédérale de Lausanne
Eawag L’Institut Fédéral Suisse des Sciences et Technologies de l'Eau

Liste des illustrations

Figure 1 : Illustration de la morphologie des coronavirus ......................................................... 2

Figure 2 : Les démarches des eaux usées ................................................................................... 6
Figure 3: Le test des eaux usées ............................................................................................... 10
Figure 4: L’annonce de ministre de l’intérieur du Maroc ........................................................ 15
Figure 5: Procédures de gestion des eaux usées médicales ...................................................... 16
Figure 6: Station de traitement des eaux usées ........................................................................ 17
 SOMMAIRE

I. Introduction Générale 1

II. Généralité sur Covid-19 2

1. Définition de Covid-19 ................................................................................................................ 2
2. Découverte................................................................................................................................... 3
3. La classification des coronavirus................................................................................................. 3
4. Infection à coronavirus ................................................................................................................ 3
5. Les symptômes à coronavirus ..................................................................................................... 4
6. Traitement ................................................................................................................................... 4
7. Les gestes de protection .............................................................................................................. 5

III. Contamination des eaux usées par le Covid-19 6

1. La performance d’un traitement multi-barrières ......................................................................... 6
2. L’inconnu de la durée de vie du virus suivant les milieux .......................................................... 7
3. Un manque de connaissances ...................................................................................................... 7
4. Appliquer le principe de précaution dans l’assainissement ......................................................... 8
5. Un manque de masques ............................................................................................................... 8
6. Le nouveau test permettrait de détecter le SRAS-CoV-2 dans les eaux usées ............................ 9
7. Risques microbiologiques et travail dans les stations d'épuration des eaux usées .................... 11
8. Covid-19: l'évolution de la pandémie visible dans les eaux usées ............................................ 11
9. Un suivi de l'évolution de la pandémie mais pas du nombre exact de cas ................................ 12
10. Covid-19: Faites attention à l'utilisation des eaux usées ........................................................... 13
11. Covid-19. L'Intérieur alerte sur le risque des eaux usées non traitées ....................................... 14
12. Procédures de gestion des eaux usées médicales....................................................................... 16
13. On peut suivre l'épidémie de Covid-19 avec l’eau des égouts .................................................. 17
14. Surveiller la pandémie grâce aux eaux usées ............................................................................ 17
15. Les boues des Stations d’épuration ........................................................................................... 19

IV. Conclusion 21

Bibliographie 22
I. Introduction Générale

L’irruption du Covid 19 et la situation de pandémie à l’échelle mondiale créent une

situation sanitaire inédite mais aussi un environnement très largement perturbé et contraint
non seulement par la maladie mais aussi par les mesures de gestion de crise prises par un
grand nombre de gouvernements, et touchant une partie importante de la population mondiale.

Le secteur des services de l’eau et de l’assainissement est impacté comme tous les
autres par des retombées directes et indirectes de cette situation.

En cette période, les services de l’eau et de l’assainissement constituent un maillon clé

de la lutte contre la pandémie, assurant des services essentiels, en particulier dans les
situations de confinement et permettant aux usagers une hygiène qui est le premier rempart
contre la maladie.

Les conditions nécessaires au fonctionnement des services doivent être sauvegardées :

les opérateurs de services doivent disposer et organiser leurs moyens humains (en assurant
leur protection) et matériels (réactifs, pièces détachées, etc.) ce qui suppose de continuer à
avoir accès à des ressources financières (tarif, taxes, transferts).

Il paraît utile de diffuser largement les recommandations de l’OMS sur les impacts du
Covid-19 sur le secteur, et de promouvoir auprès des usagers la connaissance des symptômes
de la maladie, les pratiques d’hygiène à même de les protéger ainsi que leur entourage,
notamment le lavage des mains.

Dans ce cadre, la présente fiche d’information vise à partager les ressources susceptibles
d’intéresser les professionnels du secteur Eau et Assainissement, et en premier lieu les
partenaires de l’AFD, confrontés à la crise en cours liée au Coronavirus Covid-19. Elle sera
mise à jour au fil de l’eau. De nombreux pays et de nombreux opérateurs mettent en place des
mesures pour la gestion de la crise qui peuvent concerner ou impacter le secteur.

1
II. Généralité sur Covid-19

1. Définition de Covid-19

Les coronavirus (CoV) sont des virus qui constituent la sous-famille

Orthocoronavirinae de la famille Coronaviridae. Le nom "coronavirus", du latin signifiant
« virus à couronne », est dû à l'apparence des virions sous un microscope électronique, avec
une frange de grandes projections bulbeuses qui ressemblent à la couronne solaire.

Les chauves-souris et les oiseaux, en tant que vertébrés volants à sang chaud, sont des
hôtes idéaux pour les coronavirus assurant l'évolution et la dissémination du coronavirus
comme hôte, mammifères ou oiseaux selon leur espèce ; mais ces virus peuvent parfois
changer d'hôte à la suite d'une mutation. Leur transmission interhumaine se produit
principalement par contacts étroits via des gouttelettes respiratoires générées par les
éternuements et la toux. Plus de 500 types de coronavirus ont été isolées chez la chauve-souris
et il existerait plus de 5 000 types de coronavirus.

Figure 1 : Illustration de la morphologie des coronavirus

Quatre coronavirus en circulation sont considérés comme sans gravité : 229E, NL63,
OC43 et HKU1. Ils seraient la cause de 15 à 30 % des rhumes courants.

Plus récemment ont été identifiés trois types de coronavirus responsables de graves
pneumopathies :

 Le SARS-CoV, agent pathogène du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) en

2002-2004
 Le MERS-CoV, celui du syndrome respiratoire du Moyen-Orient à partir de 2012
 Le SARS-CoV-2, celui de la maladie à coronavirus 2019 (Covid-19) apparue en Chine
en 2019 et responsable d'une sévère pandémie en 2020. (Wikipedia)

2
 2. Découverte

Les coronavirus existent probablement depuis au moins des centaines de millions

d'années, mais du point de vue de l'épidémiologie et de l'histoire médicale et en tant que
zoonose c'est au XXIE siècle qu'ils ont pris de l'importance : cinq des sept coronavirus
humains ont été isolés au cours de ce siècle. Et malheureusement, les trois derniers sont entrés
dans notre vie avec les craintes liées à une épidémie, une pandémie ou à la mort.

Le dernier coronavirus humain (ou récemment humanisé, très probablement à partir

d'une ou plusieurs souches portées par des chauves-souris) semble avoir émergé à Wuhan en
Chine en 2019: le SARS-CoV-2. (Wikipedia)

3. La classification des coronavirus

Les coronavirus sont subdivisés en 4 genres Alpha-, Beta-, Delta et Gamma coronavirus
(alpha, beta et gamma correspondant anciennement aux groupes 1, 2 et 3). Les coronavirus
aviaires des oiseaux domestiques appartiennent au genre gamma, tandis que les coronavirus
humains appartiennent aux genres alpha et beta. Le virus du SRAS et du nouveau coronavirus
sont classés dans le genre béta.

D’autres coronavirus, pathogènes respiratoires plus ou moins sévères de l’homme, sont

connus depuis plusieurs années, ils appartiennent aux genres alpha- (souches NL63 et 229E)
ou beta (souches HKU1 et OC43). (Wikipedia)

4. Infection à coronavirus

La transmission interhumaine des coronavirus se fait principalement par les gouttelettes

ou des aérosols respiratoires expectorées par une personne infectée (via la toux, les
éternuements, des postillons, ou parfois par le simple fait de parler fort ou en criant) quand les
particules virales sont inhalées par une personne qui se trouve à proximité. La transmission et
la contagiosité varient aussi selon le coronavirus, et peut-être selon sa souche au sein d'une
épidémie.

La prophylaxie passe par une prévention primaire visant à limiter la transmission du

virus : éviter les contacts (surfaces potentiellement contaminées, poignées de main,
embrassades), se laver les mains fréquemment, éviter de se toucher les yeux, le nez ou la
bouche, par où le virus peut s'introduire dans l'organisme. En cas de symptômes de type toux
ou rhume, se maintenir à au moins 1 mètre de toute personne et éviter d'émettre des particules
contaminées. (Organisation Mondiale de la Santé OMS)

3
 D'autres recommandations comprennent :

 ne pas entrer en contact avec des animaux manifestement malades, ne pas consommer
de viandes provenant d'animaux malades ;

 ne pas consommer de produits animaux (viande...) mal cuits, ni de légumes crus s'ils
n'ont pas été lavés avec de l'eau non contaminée. (Wikipedia)

5. Les symptômes à coronavirus

La COVID-19 n’a pas les mêmes effets en fonction des personnes. La majorité des
individus ne ressentiront que des symptômes bénins ou modérés.

Les symptômes les plus communs sont:

 de la fièvre,

 une sensation de fatigue,

 une toux sèche. Certaines personnes peuvent également éprouver:

 des courbatures et des douleurs,

 une congestion nasale,

 un écoulement nasal,

 des maux de gorge,

 des diarrhées.

 En moyenne, les symptômes apparaissent 5 ou 6 jours après qu’une personne a

été infectée par le virus, mais cela peut aller jusqu’à 14 jours.

Les personnes qui présentent des symptômes bénins et n’ont pas d’autres problèmes de
santé doivent s’isoler. (Organisation Mondiale de la Santé OMS)

6. Traitement

Dans le cas du SRAS, des médicaments ont été utilisés pour tenter d'enrayer l'épidémie :
la Ribavirine, un analogue de nucléotides, des anti-inflammatoires stéroïdiens et, après
identification formelle de l'agent pathogène et des criblages de sensibilité, l'interféron-alpha et
des inhibiteurs de protéases. Leur efficacité est encore sujette à caution.

Aucun n'a fait l'objet d'une étude clinique adéquate : beaucoup d'études disponibles ne
permettent pas de conclusions scientifiques claires car elles ont été réalisées sur de petits

4
nombres de sujets ou alors sans protocole ou dose fixe. Certaines indiquent même que ces
traitements pourraient avoir nui à l'éradication du virus.

L'éradication rapide de l'épidémie de SRAS précédente n'a pas laissé place à beaucoup
d'essais cliniques. Des vaccins à base de virus inactivé, et d'autres fondés sur les protéines S et
N, sont à l'étude depuis plusieurs années. (Wikipedia)

7. Les gestes de protection

Quel que soit votre santé :

 Réduisez vos activités collectives à l’indispensable

 Gardez vos distances les uns vis-à-vis des autres

 Ne vous serez pas la main

 Ne vous embrassez pas souvent possible

 Toussez ou éternuez dans un mouchoir jetable

 Laves vous les mains le plus souvent possible ( au savon cela

suffit, 20 seconde minimum de frottement

 Aérez régulièrement votre domicile

Accès au médecin :

 Venez seul en priorité, ou avec un seul accompagnant si nécessaire

 Si vous avez des symptômes : Fièvres, toux, signalez-vous à l’entrée

du cabinet pour obtenir un masque de protection (Organisation
Mondiale de la Santé OMS)

5
III. Contamination des eaux usées par le Covid-19

1. La performance d’un traitement multi-barrières

Figure 2 : Les démarches des eaux usées

De fait, l’un des objectifs premiers du traitement de l’eau est d’éliminer tous les virus et
bactéries, en utilisant pour cela une stratégie multi-barrières. C’est ce qu’explique la régie Eau
de Paris pour rassurer les consommateurs : « Lors du traitement de l’eau, trois étapes
s’attaquent en particulier aux virus, dont le coronavirus : l’ozonation (injection d’ozone dans
l’eau), la désinfection par ultra-violets et la chloration. Le chlore préserve en plus la qualité de
l’eau durant son transport. Les travaux de recherche du laboratoire d’Eau de Paris démontrent
l’efficacité de ces traitements sur les virus ». La régie va même plus loin en expliquant que
« face au risque de propagation du coronavirus, l’eau potable est notre alliée : sans elle, pas de
lavage de mains au savon efficace ». (GARRIGUES, 2020)

6
 2. L’inconnu de la durée de vie du virus suivant les milieux

Pour autant, il faut reconnaître qu’on ne sait pas encore comment se comporte ce virus
dans l’eau, et si on le retrouve dans le milieu naturel. Le docteur Philippe Beaulieu, médecin
conseil au nous signale que c’est en Corée du Nord que ce point précis a été investigué, ce
pays étant en train « d’examiner les sources d’eau potable, telles que les rivières et les lacs,
pour s’assurer que le nouveau coronavirus ne se propage dans le pays ». Pas de résultats
publiés encore, néanmoins. Par contre, explique-t-il, « il n’y pas de raison que le virus ne se
retrouve pas dans nos eaux usées à partir du moment où l’épidémie sera installée », et
particulièrement dans les rejets des hôpitaux. Toutes les stations d’épuration ne disposent pas
forcément d’un traitement de désinfection des eaux usées épurées avant rejet, mais le facteur
de dilution de ce rejet dans le milieu naturel diluera ce risque.

Il faut bien réaliser que la découverte du Covid-19 est toute récente et que l’on manque
encore cruellement de données conclusives sur ce virus. Des études sont menées dans le
monde entier, et publiées au fur et à mesure, mais de nombreuses questions restent sans
réponse. « La grande inconnue, c’est sa durée de vie suivant les milieux », explique Philippe
Beaulieu, par exemple sur une surface en plastique, carton métal, mais aussi dans l’air ou
l’eau. (GARRIGUES, 2020)

3. Un manque de connaissances

Philippe Beaulieu surveille d’ailleurs toutes les publications scientifiques qui sortent sur
le sujet : « suivant les études, on parle d’une durée de vie qui va de quelques heures à
quelques jours. Dans l’air, elle serait de trois heures. Sur certains métaux, elle serait de 4 à 5h,
tandis que sur du carton, du plastique ou de l’acier, on parle de durées de vie de 2 à 3 jours,
voire de 9 jours sur métal, verre, ou du plastique. Le vrai résultat, on le connaitra qu’après la
crise », explique-t-il à regret.

Pour estimer cette durée de vie, expliquait récemment le magazine Sciences et Avenir,
on s’appuie sur des comparaisons avec les coronavirus connus, « soit le SRAS et le MERS,
dont la persistance a été évaluée sur différentes surfaces à température ambiante, le nouveau
coronavirus survivrait donc, comme ses proches cousins, en moyenne entre 4 et 5 jours. À des
températures dépassant 30 °C, la résistance diminue considérablement, ne pouvant dépasser
quelques heures. En revanche, des températures plus basses, en dessous de 20°C, favorisent la
persistance des coronavirus humains qui survivent jusqu’à neuf jours ». (GARRIGUES, 2020)

7
 4. Appliquer le principe de précaution dans l’assainissement

Difficile de définir aussi sa durée de vie dans les eaux de surface et les eaux usées.
« S’il n’y a aucun risque avec l’eau potable, le sujet est plus délicat dans l’assainissement, et
dans la mesure où on n’en est pas sûr, on applique le principe de précaution », explique
Tristan Matthieu, délégué général de la Fédération des entreprises de l’eau (FP2E). En
d’autres termes, il faut protéger les agents qui interviennent dans les stations d’épuration (et à
l’occasion dans les réseaux d’assainissement). « Le risque se concentre dans les aérosols
(mises en suspension dans l’air de particules liquides ou sèches, NDLR) », ajoute-t-il.

Selon un récent rapport de l’INRS, ces aérosols « peuvent être mis en suspension dans
l’air par les systèmes d’aération (dans les bassins biologiques, par utilisation d’air comprimé,
soufflettes), ou par déplacement de matières (convoyage, pelletage des boues) ou encore lors
de chutes d’eau et d’utilisation d’eau (filtres à bande, filtre-presse, rétro-lavage des grilles et
toiles des procédés de traitement des boues, tables d’égouttage, ..).

Pour estimer le risque pour les agents des services assainissement, Philippe Beaulieu
évoque les expériences épidémiques H1N1 en 2009 : « L’avis de l’ANSES, alors mobilisée
pour évaluer les risques pour les travailleurs liés à la présence du virus Influenza pandémique
dans les eaux usées, avait estimé comme peu probable, voire négligeable, le risque de
transmission du [H1N1] aux travailleurs de l’assainissement, par le biais d’eaux usées, en
comparaison au risque de contamination interhumaine classique (toux, éternuements, etc…).
Ceci confirmait d’ailleurs l’expertise de 2006 concernant H5N1 », analyse-t-il.
(GARRIGUES, 2020)

5. Un manque de masques

Il faut donc protéger les agents potentiellement exposés avec des équipements de
protection (masque FFP2, lunettes et gants…). Et c’est là que le bât blesse, en raison du
manque actuel de masques. La FP2E est en train de discuter avec Bercy pour obtenir ces
équipements (il en faudrait pour ce secteur 500 000 par semaine), sachant que même si ces
services publics ne figurent pas parmi les premiers équipés, ils sont considérés comme
importants. « Mais toutes les professions sont en train de faire remonter leurs attentes au
ministère de l’Economie, et pour l’instant, ce n’est pas encore décidé … », regrette Tristan
Matthieu. Le risque, c’est que les salariés – tout comme les agents des régies d’ailleurs –
fassent jouer leur droit de retrait en raison d’un manque de protection face à ce risque. Mais

8
pour l’heure, il n’y a pas de levée de boucliers des syndicats, assure le représentant de la
FP2E.

Enfin, comme nous l’évoquions dans cet article du 13 mars 2020, les services d’eau et
d’assainissement disposaient de plans de continuité d’activité qu’ils ont activés dès lors que la
crise s’est déclenchée. Les entreprises ont sur ce point un petit avantage sur les régies, dans la
mesure où elles mutualisent leurs salariés au niveau régional voire national, et peuvent donc
faire intervenir des salariés d’un autre territoire. Un dernier risque réside dans l’infection en
grand nombre des agents d’un service, tout en sachant néanmoins que « les missions
opérationnelles essentielles peuvent être assurées même avec des effectifs inférieurs à 40 % »,
estime Suez. (GARRIGUES, 2020)

6. Le nouveau test permettrait de détecter le SRAS-CoV-2 dans les eaux

usées

Dans le cadre du suivi de la pandémie du Covid-19, des études menées dans plusieurs
pays ont démontré une possible présence de traces du génome de coronavirus dans les eaux
usées issues des selles des personnes atteintes.

«Toute utilisation des eaux usées est fixée par les dispositions législatives et
réglementaires en vigueur, notamment la loi sur l’eau, le décret relatif à l’utilisation des eaux
usées et l’arrêté fixant les normes de qualité des eaux destinées à l’irrigation», souligne le
ministère de l’intérieur dans sa note, signée par le wali directeur général des collectivités
locales, Khalid Safir.

De ce fait, aucune eau usée ne peut être utilisée si elle n’a pas été préalablement
reconnue épurée et conforme à la norme, insiste ladite note.

Ainsi, pour éviter toute éventuelle propagation du coronavirus via ce canal, les walis et
les gouverneurs sont invités à prendre les dispositions nécessaires pour interdire toute
utilisation non réglementaire des eaux usées.

Un test sur les eaux usées pourrait fournir une alerte précoce de propagation de COVID-
19, suggère cette équipe de l’Université de Cranfield qui décrit ici, dans la revue
environnementale Science & Technologie, un nouveau test en papier, qui filtre les acides
nucléiques des agents pathogènes dans des échantillons d'eaux usées, puis détecte si celui de
l'infection par le SRAS-CoV-2 est présent. ( Santélog, 2020)

9
 Le test donne de plus des résultats visibles à l'œil nu : un cercle vert indiquant que le
test est positif et un cercle bleu si l’échantillon est négatif. Ce développement est basé sur de
précédentes analyses ayant identifié de l'ARN viral dans des échantillons de selles de patients
infectés par le SRAS-CoV-2 et ont confirmé que le virus se répand bien dans les selles.

Figure 3: Le test des eaux usées

Le nouveau test permettrait de détecter le SRAS-CoV-2 dans les eaux usées des
communautés infectées par le virus, ouvrant ainsi une nouvelle approche épidémiologique
permettant de prédire la propagation possible de COVID-19.

Des kits de test rapide utilisant des dispositifs à base de papier pourraient être utilisés
sur place dans les usines de traitement des eaux usées pour retracer les sources et déterminer
s'il existe des sources locales de « COVID-19 ». L’auteur principal, le Dr Zhugen Yang,
maître de conférences en technologie des capteurs au Cranfield Water Science Institute,
explique : « le test serait très utile en cas d’infections asymptomatiques dans la communauté
ou lorsque les gens ne savent pas s’ils sont infectés ou non. La détection en temps réel du
virus, à partir des eaux usées permettrait de déterminer s'il y a des porteurs de COVID-19
dans une zone très ciblée et de les dépister, le cas échéant, puis de les isoler et de les traiter ».
La détection via ce test rapide sur les eaux usées pourrait permettre une détection à stade
précoce et donc une intervention rapide et efficace pour confiner un groupe de population
locale.

Le dispositif en papier est conçu, par l’intermédiaire de pliages, pour filtrer les acides
nucléiques des agents pathogènes des échantillons d'eaux usées, puis pour déclencher une
réaction biochimique via des réactifs pré-chargés en cas de détection de l'acide nucléique
associé à l'infection par le SRAS-CoV-2. Le test coûterait moins d’1 € à produire et pourrait
même, avec quelques aménagements, être utilisé par le public. Enfin, les tests en papier sont

10
faciles à empiler, à stocker et à transporter car ils sont fins et légers, et ils peuvent également
être incinérés après utilisation, ce qui réduit le risque de contamination supplémentaire.

L’approche épidémiologique par analyse des eaux usées est déjà reconnue comme
efficace à retracer l’usage de drogues illicites mais aussi pour obtenir des informations en
santé publique, sur la propagation de maladies infectieuses et d’agents pathogènes. ( Santélog,
2020)

7. Risques microbiologiques et travail dans les stations d'épuration des

eaux usées

Les risques infectieux en rapport avec le travail dans les stations d'épuration (traitement
biologique) font l'objet de nombreuses interrogations. Si le risque théorique peut sembler
inquiétant, le risque réel peut être nuancé comme le montre cette synthèse bibliographique,
complétée par le recueil des observations rapportées par un groupe de médecins du travail.
(ALTMEYER, ABADIA, SCHMITT, & LEPRINCE, 1990)

8. Covid-19: l'évolution de la pandémie visible dans les eaux usées

Il est aujourd'hui possible de détecter les traces du nouveau coronavirus dans les eaux
usées. Même les concentrations très faibles, comme celles présentes dans les échantillons
prélevés dans les premières phases de la pandémie, sont mesurables. Une équipe de recherche
de l'EPFL et de l'Eawag travaille maintenant à l'optimisation de la méthode pour développer
un système qui permette de détecter une éventuelle remontée des cas d'infection avant les tests
réalisés sur les personnes symptomatiques.

«Détection et quantification du SARS-CoV2 dans les eaux usées» – habituellement, les

projets de recherche de cette envergure s'étendent sur plusieurs années. Par un véritable tour
de force, une équipe dirigée par la Pr Tamar Kohn (Laboratoire de Chimie environnementale
de l'EPFL), le Dr Christoph Ort (département de Gestion des eaux urbaines de l'EAWAG) et
le Dr Tim Julian (département de Microbiologie de l'environnement de l'EAWAG) ont
maintenant montré qu'une idée pouvait devenir réalité en l'espace de quelques semaines. Les
scientifiques ont analysé des échantillons d'eaux usées provenant de Lausanne, de Lugano et
de Zurich. Dans ces deux dernières villes, un prélèvement avait déjà été effectué fin février
2020, alors que les premiers cas d'infection étaient enregistrés en Suisse. Les scientifiques
sont parvenus à mettre en évidence les traces du nouveau coronavirus dans la totalité des

11
échantillons. Si, dans les plus récents, les concentrations élevées laissent supposer une
quantification plutôt aisée, ce n'est pas le cas des échantillons de février : «Nous ne pensions
pas que nous serions capables de détecter un signal dans les eaux usées alors qu'un seul cas
avait été identifié à Lugano et seulement six à Zurich», commente l'environnementaliste
Tamar Kohn. (Eawag: L'Institut de Recherche de l'Eau du Domaine des EPF)

9. Un suivi de l'évolution de la pandémie mais pas du nombre exact de

cas

Grâce à la détection des concentrations infimes de virus dès le début de la pandémie, il

devrait être possible de retracer rétrospectivement la courbe d'évolution du Covid-19. Il
faudra cependant encore des semaines pour que les 300 échantillons actuellement stockés
dans les congélateurs de l'Eawag et de l'EPFL soient tous analysés. Et il ne sera pas vraiment
possible de suivre le nombre exact de cas. En effet, le nombre de virus excrétés par une
personne infectée varie trop d'un individu à l'autre. Mais l'essentiel est de suivre l'évolution de
la situation. Ces derniers jours, les scientifiques ont ainsi pu retracer grossièrement, à partir de
leurs échantillons, l'augmentation des concentrations de SARS-CoV2 dans les eaux usées
lausannoises entre mars et avril : Tamar Kohn estime qu'elles auraient augmenté d'un facteur
de dix à cent. (Eawag: L'Institut de Recherche de l'Eau du Domaine des EPF)

 L'objectif : un système d'alerte précoce

Depuis que les premiers cas de Covid-19 ont été signalés en Suisse, des échantillons ont
été prélevés dans douze stations d'épuration, dont neuf dans le Tessin, ce qui constitue de
précieuses archives. Le but principal du projet n'est cependant pas de retracer l'évolution
passée mais de mettre au point un système d'alerte précoce. «À partir des échantillons de 20
grandes stations d'épuration réparties sur le territoire national, nous pourrions surveiller les
eaux usées de près de 2,5 millions de personnes», confie l'ingénieur Christoph Ort. En les
analysant rapidement, il serait ainsi possible de détecter une éventuelle recrudescence des
infections pendant le dé-confinement bien avant, peut-être une semaine avant qu'elle ne soit
visible dans les tests sur les personnes symptomatiques. Le chercheur de l'Eawag s'intéresse
depuis longtemps à l'épidémiologie des eaux usées. Jusqu'à présent, ses recherches étaient
centrées sur l'étude de la consommation de stupéfiants en Europe. Car, comme il le souligne,
«les eaux usées ne mentent pas et révèlent en quelques heures ce que les excrétions de la

12
population contiennent». Dans le nouveau contexte, les scientifiques ont pu profiter des
contacts préexistants avec les cantons et les stations d'épuration.

 Une méthodologie complexe

Malgré les premiers résultats encourageants, la méthode doit encore être optimisée.
Ainsi, on ne sait pas encore exactement quelle proportion de virus est appréhendée lors de
l'extraction qui, par une suite de filtrations et de centrifugations, consiste à forcer l'enveloppe
qui entoure le patrimoine génétique (ARN) révélateur de son identité. De même, la
multiplication consécutive de la séquence génétique recherchée s'accompagne encore de
fortes incertitudes. Il ne sera possible d'obtenir des conclusions reproductibles et comparables
sur la concentration de virus de l'échantillon original que lorsque ces incertitudes seront plus
réduites.

 Une propagation très improbable par l'eau potable ou les eaux usées

Même si les scientifiques peuvent détecter le nouveau coronavirus, ou du moins son

matériel génétique, dans les eaux usées, rien ne permet de penser, en l'état actuel des
connaissances, qu'il puisse se propager par l'eau ou les effluents. L'eau potable distribuée en
Suisse est d'une qualité microbiologique irréprochable et elle peut être bue sans inquiétude
même pendant la pandémie par exemple. (Eawag: L'Institut de Recherche de l'Eau du
Domaine des EPF)

10.Covid-19: Faites attention à l'utilisation des eaux usées

Dans le cadre du suivi de la pandémie du virus Covid-19, des études menées dans
plusieurs pays ont démontré la possibilité de présence de traces du génome de coronavirus
dans les eaux usées issues des selles des personnes atteintes.

Le ministère marocain de l’Intérieur rappelle, à ce titre, que «toute utilisation des eaux
usées est fixée par les dispositions législatives et réglementaires en vigueur fixant les normes
de qualité des eaux destinées à l’irrigation».

«De ce fait, aucune eau usée ne peut être utilisée si elle n’a pas été préalablement
reconnue épurée et conforme à la norme», insiste le ministère.

13
 Dans une note adressée aux walis des régions et aux gouverneurs, l’Intérieur les invite à
prendre toutes les dispositions nécessaires pour interdire toute utilisation non réglementaire
des eaux usées, et ce dans le cadre de la lutte contre la propagation du Covid-19. (FNANCES
News Hebdo)

11.Covid-19. L'Intérieur alerte sur le risque des eaux usées non traitées

Dans une note adressée aux walis, gouverneurs, préfectures et provinces, le ministère de
l'Intérieur alerte sur une possible présence du coronavirus dans les eaux usées, et rappelle
l'interdiction de leur utilisation avant traitement.

Dans le cadre du suivi de la pandémie liée au virus Covid-19, des études menées dans
plusieurs pays ont démontré la possibilité de présence de traces du génome de coronavirus
dans les eaux usées issues des selles des personnes atteintes", lit-on sur le document.

"ll est à rappeler à ce sujet, que toute utilisation des eaux usées est fixée par les
dispositions législatives et réglementaires en vigueur notamment la loi 36-15 sur l'eau, le
décret n° 2-97-875 du 6 Chaoual 1418 (4 février 1998) relatif à l'utilisation des eaux usées et
l'arrêté n° 1276-01 du 10 Chaâbane 1423 (17 octobre 2002) fixant les normes de qualité des
eaux destinées à l'irrigation".

"De ce fait, aucune eau usée ne peut être utilisée si elle n'a pas été préalablement
reconnue épurée et conforme à la norme".

"Aussi, et en s'inscrivant dans le cadre des efforts déployés par notre pays pour lutter
contre la propagation de la pandémie Covid-19, vous êtes invités à prendre toutes les
dispositions nécessaires pour interdire toute utilisation non réglementaire des eaux usées",
conclut la note : (Medias24, 2020)

14
Figure 4: L’annonce de ministre de l’intérieur du Maroc

15
 12.Procédures de gestion des eaux usées médicales

Pour les établissements médicaux qui effectuent le diagnostic et le traitement des patients atteints de
COVID-19 tant suspectés que confirmés, les eaux usées générées au cours de l'épidémie sont
réglementées de la même manière que les hôpitaux pour maladies infectieuses, et la stérilisation et la
désinfection sont renforcées pour garantir que les indicateurs tels que le nombre de coliformes fécaux
des effluents d'eaux usées respectent les exigences des "Normes d'évacuation des établissements
médicaux pour les polluants dans l'eau usée".

Renforcer le contrôle et la gestion des eaux usées des stations d'épuration et des rejets de boues pour
empêcher la transmission d'agents pathogènes dans différents milieux → L'installation de gestion des
eaux usées située à l'intérieur doivent être équipée d'une ventilation forcée → Équiper les travailleurs
d'équipements de protection tels que vêtements de travail, gants, lunettes → Renforcer le suivi et
l'évaluation de la qualité de l'eau aux points de rejet des installations de traitement et aux points de rejet
des eaux usées des établissements médicaux.

Installation de gestion des eaux usées Aucune installation de gestion des eaux
disponible usées

Renforcer le contrôle des Respecter les «Lignes directrices pour la technologie de

processus et la gestion des traitement des eaux usées des hôpitaux» et les «Spécifications
opérations pour garantir la techniques pour l'ingénierie du traitement des eaux usées des
conformité aux normes hôpitaux», etc., et installer des réservoirs temporaires de gestion
des eaux usées (boîtes) en fonction des conditions locales

Désinfection au chlore liquide, au dioxyde de chlore, au chlorate de Désinfection à l'ozone

sodium ou à l'eau de Javel (javellisation)

Temps de contact Temps de contact Temps de contact La concentration de matières

≥1,5h =1h <1h en suspension dans les eaux
usées doit être inférieure à
20 mg / L, le temps de
Le dosage de La dose de chloreRespecter les «Lignes
La dose efficacedirectrices
de pour la technologie de
contact doit être supérieur à
chlore disponible et le chlore chlore est de 80 mg / 0,5 heure, la dose doit être
est de 50 mg / L, le traitement
L, des
la eaux uséesde des hôpitaux»
résiduel doivent quantité supérieureet àles50 mg / L, le
chlore résiduel libre être augmentés de «Spécifications
chlore résiduel libre taux d'élimination
est supérieur à 6,5 manière est supérieure à 10 d'Escherichia coli ne doit pas
mg / L, le nombre appropriée est mg / pour
techniques L et l'ingénierie
le nombre du traitement desàeaux usées
être inférieur 99,99%, et le
de coliformes inférieur à 100 /Ldes hôpitaux»,
de coliformes
etc., etfécaux
installer des réservoirs temporaires
nombre de coliformes fécaux
fécaux est inférieur est <100/ L
de gestion <100 / L
à 100 /L
des eaux usées (boîtes) en fonction des conditions locales
Les boues d'hôpitaux doivent être éliminées de manière centralisée par des unités qualifiées pour le
traitement et l’élimination des déchets dangereux conformément aux exigences de traitement et
l’élimination des déchets dangereux

Figure 5: Procédures de gestion des eaux usées médicales

16
 13.On peut suivre l'épidémie de Covid-19 avec l’eau des égouts

Figure 6: Station de traitement des eaux usées

Plusieurs équipes scientifiques à travers le monde traquent la présence du nouveau

coronavirus dans les eaux usées. Un outil de mesure inattendu qui pourrait s’avérer décisif au
moment de la sortie du confinement.

Et si la maitrise de la pandémie de Covid-19 se jouait dans nos égouts ? La question

peut paraître insensée. Pourtant, pléthore de laboratoires dans le monde, que ce soit aux Pays-
Bas, en Suisse, aux Etats-Unis, en Nouvelle-Zélande, en Angleterre ou en Suède, traquent en
ce moment la présence du coronavirus dans les eaux usées. Objectifs ? Evaluer le taux de la
population infectée et donc possiblement immunisée, mais aussi pouvoir détecter les signes
avant-coureurs d’une reprise de l’épidémie. (NOUYRIGAT, 2020)

14.Surveiller la pandémie grâce aux eaux usées

Plusieurs équipes de chercheurs ont mis en évidence la présence du SARS-CoV-2 dans

les eaux usées. Cette détection pourrait être utile pour suivre l’évolution de la pandémie.

Le SARS-CoV-2 se retrouve dans les eaux usées, car les malades du Covid-19 excrètent
le virus dans leurs selles. En Suisse, en France, aux Pays-Bas et aux Etats-Unis… au total,
plus d’une douzaine d’équipes de chercheurs en ont fait l’observation et cherchent maintenant
à savoir s’il serait possible de suivre l’évolution de la pandémie par des prélèvements dans les

17
stations d’épuration. Cette surveillance pourrait servir à anticiper l’évolution de la maladie,
puisque le virus peut se retrouver dans les selles avant que les personnes malades ne soient
diagnostiquées.

En Suisse, des chercheurs du Laboratoire de chimie environnementale (LCE) de

l’EPFL, en collaboration avec l’Eawag (Institut fédéral suisse des sciences et technologies de
l’eau), ont procédé à des prélèvements d’eaux usées dès la fin du mois de février 2020 dans
neuf stations d’épuration au Tessin, deux à Zurich et une à Lausanne. Les traces du génome
du SARS-CoV-2 ont été identifiées par des tests PCR (technique d’amplification génique, qui
permet de dupliquer une séquence d’ADN à partir d’une faible quantité d’acides nucléiques),
après différentes opérations de filtration puis de centrifugation pour concentrer les particules
du virus.

La méthode a permis de détecter le virus très tôt dans deux échantillons prélevés à
Lugano et à Zurich dans le développement de l’épidémie, alors que la Suisse ne comptait que
quelques cas confirmés. « Nous avons utilisé deux tests PCR différents, qui ont permis tous
deux de détecter le virus », précise Tamar Kohn, directrice du LCE. Certaines incertitudes
demeurent et ces résultats n’ont donc pas encore été publiés dans une revue scientifique.

Une étude similaire, prépubliée sur le site medRxiv, a été menée en France par des
chercheurs d’Eau de Paris en Mars 2020, la régie chargée de la gestion de
l’approvisionnement en eau de la capitale française, et de Sorbonne Université. Ils ont réalisé
des prélèvements dans trois stations d’épuration. « Nous avons pu observer le pic de
l’épidémie et les effets du confinement, avec une baisse de la charge virale dans les eaux
usées, mais nos observations montrent que le virus circule toujours », détaille Sébastien
Wurtzer, virologue pour Eau de Paris.

Selon une étude parue en 2018, la surveillance des eaux usées a permis de détecter une
épidémie de poliomyélite en Israël, avant que les premiers cas ne soient signalés. Dans la
pandémie actuelle, la mise en place d’un outil fiable de surveillance via les égouts pourrait
s’avérer utile pour adapter les mesures de dé-confinement en fonction de la propagation du
virus. La méthode ne permet toutefois pas d’identifier le nombre de personnes malades,
puisque la quantité de virus excrétée peut varier d’un individu à l’autre.

Pour Sébastien Wurtzer, cette approche pourrait compléter les campagnes de tests
individuels. «Nous avons pu observer ce qui se passe à l’échelle d’une région. Mais nous

18
avons aussi des données qui nous montrent que cette méthode est applicable à l’échelle d’une
agglomération ou d’un bâtiment, affirme-t-il. Plutôt que de tester l’ensemble de la population
d’un EHPAD (équivalent français des EMS) par exemple, on pourrait réaliser un contrôle
dans les eaux usées pour déterminer la présence du virus. Puis procéder à des tests individuels
si le résultat est positif.»

Cette méthode pourrait aussi constituer une alternative moins coûteuse pour pallier le
manque de tests. «Pour cela, il faut que la population soit correctement connectée au système
d’eaux usées», nuance Tamar Kohn.

Une autre question mobilise les chercheurs: le virus retrouvé dans les stations
d’épuration est-il toujours capable d’infecter des personnes? «Une étude très critiquée par les
experts a conclu que le virus était toujours actif dans les selles, mais d’autres résultats ont
infirmé cette hypothèse. Si le virus n’est plus infectieux dans les selles, cela signifie qu’il ne
l’est plus dans les eaux usées», souligne Tamar Kohn.

Les chercheurs de l’étude française ont également réalisé des prélèvements après
traitement des eaux usées, mettant en évidence une charge virale 100 fois moindre. «Si le
virus était toujours infectieux dans les eaux usées, il pourrait présenter un risque pour les
personnes travaillant dans les stations d’épuration, précise Sébastien Wurtzer. En France, les
boues générées par le traitement des eaux usées peuvent normalement être utilisées pour
fertiliser les champs. Cet usage est aujourd’hui interdit, puisqu’il n’est pas possible d’épandre
des boues qui contiennent des micro-organismes qui n’ont pas été inactivés.» ( Etienne , 2020 )

15.Les boues des Stations d’épuration

L’avis de l’ANSES du 27 mars 2020 précise en effet que, le temps de la crise sanitaire,
on ne peut épandre que les boues hygiénistes. Cette mesure apporte donc toute sécurité aux
collectivités locales et aux opérateurs qui ont fait le choix d’une montée en gamme de la
gestion de leurs boues d’épuration.

Pour les autres, il faudra trouver des alternatives, qui peuvent être complexes à mettre
en œuvre et qui sont de deux ordres :

Soit leurs boues sont acheminées vers d’autres stations d’épuration équipées pour
l’hygiénisation. Cela nécessite des accords locaux entre collectivités, sous l’égide des préfets,
pour transporter et faire admettre les boues dans les stations concernées.

19
 Soit investir rapidement dans des équipements permettant de mettre au niveau requis
leur traitement des boues. À ce titre, les acteurs attendent des Agences de l’eau qu’elles aident
à ces investissements.

Par ailleurs, le compost répond à un processus d’hygiénisation, mais cela nécessite en

amont que le gisement de déchets verts soit conséquent pour pouvoir en assurer la production.

Les boues hygiénisées et le compost représentent plus de 40% de la filière boue, mais
cela reste très variable et nombre de petites usines d’épuration produisent encore des boues
liquides. ( Etienne , 2020 )

20
IV. Conclusion

De toute évidence, la crise du Covid-19 montre l’importance des services d’eau et

d’assainissement et des professionnels de la filière qui les opèrent. Elle reflète aussi
l’inévitable mise à niveau des petites usines d’épuration et le renforcement nécessaire des
collaborations public-privé.

Ce dont nous sommes certains, c’est que l’eau potable est parfaitement sûre et ne
présente aucun risque de contamination au covid-19. On ne peut donc qu’encourager à la
consommer, pour la boisson, pour l’hygiène corporelle et pour se laver les mains, geste
barrière contre le virus.

En ce qui concerne les eaux usées, par référence à d’autres virus, on ne peut pas exclure
la présence du covid-19 dans les aérosols des bassins d’épuration, ni dans certaines boues.
C’est donc un point de vigilance essentiel pour la santé et la sécurité du personnel qui travail
dans les stations de traitement des eaux usées.

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 Bibliographie

1. Etienne , M.-V. (2020 , Avril 30). le temps. Récupéré sur

https://www.letemps.ch/sciences/surveiller-pandemie-grace-aux-eaux-usees

2. Santélog. (2020, Avril 1). Récupéré sur https://www.santelog.com/actualites/covid-19-

detecter-sa-propagation-dans-les-eaux-usees?fbclid=IwAR370X6KJUHCCa-
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3. ALTMEYER, N., ABADIA, G., SCHMITT, S., & LEPRINCE, A. (1990, Janvier).
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4. Eawag: L'Institut de Recherche de l'Eau du Domaine des EPF. (s.d.). admin. Récupéré
sur https://www.admin.ch/gov/fr/accueil/documentation/communiques.msg-id-
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5. FNANCES News Hebdo. (s.d.). Récupéré sur https://fnh.ma/article/actualites-

marocaines/covid-19-faites-attention-a-l-utilisation-des-eaux-usees

6. GARRIGUES, A. (2020, Mars 13). la gazette des communes. Récupéré sur

https://www.lagazettedescommunes.com/669161/covid-19-quels-risques-pour-les-
agents-et-les-usagers-de-leau/

7. Medias24. (2020, Mai 05). medias24. Récupéré sur https://www.medias24.com/covid-

19-l-interieur-alerte-sur-le-risque-des-eaux-usees-non-traitees-
10026.html?fbclid=IwAR1lABk8GrCx0Fho2IYi1Ss95GrOiAqRX_ZDSYa8Alv3c4ziang
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8. NOUYRIGAT, V. ( 2020, Avril 08 ). science et vie. Récupéré sur

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10. Wikipedia. (s.d.). Wikipedia. Récupéré sur https://fr.wikipedia.org/wiki/Coronavirus

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