PAES U1 BIOCHIMIE STRUCTURALE:

DES AA AUX PROTEINES

Marie-Dominique GALIBERT

UMR6061-CNRS
Institut de Génétique et Développement de Rennes

Bat 8 - 1er étage

Pôle Molécules
Service de Génétique Moléculaire et de Génomique Médicale
CHU de Rennes - Hôpital Pontchaillou

1
BIOCHIMIE STRUCTURALE: DES AA AUX PROTEINES

I. LES ACIDES AMINES

II. LES PEPTIDES / PROTEINES - STRUCTURES

III. LES PEPTIDES / PROTEINES - FONCTIONS

2
 CHAPITRE I:
LES AMINO-ACIDES

3
Cation Anion
- -
H
R CH COOH H
R CH COO H CH
R COO
p K1 + p K2
NH3 pK C NH3 pK N NH2

pH acide pH alcalin

pKC: Dissociation de la fonction acide

pH= 2-3

pKN: Dissociation de la fonction ammonium

pH ≈ 10

pHi: Point Isoélèctrique

4
Cation Anion
- -
R CH COOH R CH COO R CH COO
p K1 + p K2
NH3 pK C NH3 pK N NH2

pH acide pH alcalin

pKC: Dissociation de la fonction acide

pH= 2-3

pKN: Dissociation de la fonction ammonium

pH ≈ 10

pKR: Dissociation du groupement R

5
pKC: Dissociation de la fonction acide
pK1= 2.2

pKN: Dissociation de la fonction ammonium

pK2= 9.21

pKR: Dissociation du groupement R

pKR= 10.46

6
7
 STEREO-ISOMERIE: géométrie dans l’espace

En fonction de la position NH2, deux configurations possibles

=> Série L - Série D

L D

8
9
 2 AA => Liaison Amide = Liaison Peptidique

R CH COOH + H2N CH R' R CH CO NH CH R'

NH2 COOH NH2 COOH

10
Acides Aminés INDISPENSABLES

- Valine
- Leucine
- Isoleucine
- Thréonine
- Méthionine
- Lysine
- Tryptophane
- Phénylalanine

11
 Abbréviations

A Ala G Gly P Pro

R Arg H His S Ser
N Asn I Ile T Thr
D Asp L Leu W Trp
C Cys K Lys Y Tyr
Q Gln M Met V Val
E Glu F Phe
12
 ACIDES AMINES ALIPHATIQUES

Glycocolle

AA Ramifiés

13
ACIDES AMINES HYDROXYLES

AA Aromatique
14
ACIDES AMINES SOUFRES

15
 CYSTINE : produit de déshydrogénation de deux cystéines

CYSTEINE2 x HS CH2 CH COOH

NH2

METHIONINE CH3 S CH2 CH2 CH COOH

NH2
COOH CH CH2 S S CH2 CH COOH
NH2 NH2
Pont Disulfure

16
ACIDES AMINES DICARBOXYLIQUES
ET LEURS AMIDES

17
ACIDES AMINES DIBASIQUES

Noyau Imidazole

Groupement Guanidine
18
ACIDES AMINES AROMATIQUES

19
IMINO ACIDES

Noyau Pyrrol

20
 Structures des Amino Acides
aspartic glutamic
methionine (M) isoleucine (I) valine (V) leucine (L) acid (D) acid (E)

phenylalanine (F) tyrosine (Y) tryptophan (W) aspargine (N) glutamine (Q)

serine (S) threonine (T)

lysine (K) arginine (R) histidine (H) glycine (G)

alanine (A) cysteine proline

+
2
+
3

21
N Methyllysine :

H3C NH (CH2 )4 CH COOH

NH2

22
4-HydroxyProline :

OH

Hydroxyproline

Noyau Pyrrol

23
Sélénocystéine :

HSe CH2 CH COOH

NH2

24
 Tyrosine - Mono et Diiodotyrosine - Hormones Thyroïdiennes T3 et T4

Tyrosine
CH2 CH COOH
NH2
I
(Parahydroxyphenylalanine) I
HO Tyrosine
3' 3
HO O CH2 CH COOH
5' 5
NH2
I
COOH COOH
CH NH2 CH NH2 T3 = 33’5 Triiodothyronine
CH2 CH2

I I
3 5 3' 3
HO O CH2 CH COOH
5' 5
I I I NH2
OH OH I I

T4 = 33’55’ tetraiodothyronine
Mono et Diiodotyrosine 25
Tyrosine => Adrénaline Poursuite de la Biosynthèse:
Neurones Adrénergiques
Glandes Surrénales

Neurones Dopaminergiques:
Arrêt au stade Dopamine
26
- Tryptophane :

HO
CH2 CH2 NH2

N
H SEROTONINE

Noyau Indol

27
- Acide Glutamique :

HOOC CH2 CH2 CH2 NH2

GABA

28
- Histidine :

CH2 CH COOH CH2 CH2 NH2

NH2
N NH N NH

Histidine Histamine

Noyau Imidazol

29
 CHAPITRE II:

LA STRUCTURE
DES PEPTIDES ET DES PROTEINES

30
AA N°1 + AA N°2 DIPEPTIDE

Liaison Peptidique
AA1 AA2 AA3 AA4

Extrémité N-ter Libre Extrémité C-ter Libre

=> Orientation des protéines : N-ter >> C-ter

31
 Ex : LEUCYL-GLYCYL-ALANINE

CH3 CH3

CH
CH2 CH3

H2 N C CO NH CH2 CO NH CH COOH
H
Leucyl Glycyl Alanine

Extrémité N-ter Libre Extrémité C-ter Libre

32
 Glutathion : γ glutamyl cysteinyl glycine

HOOC CH CH2 CH2 CO NH CO NH CH2 COOH

NH2
CH
Cas particulier : la liaison se fait
CH2
avec la fonction γ carboxylique.
SH

=> ISOPEPTIDIQUE/ PSEUDOPEPTIDIQUE

33
Liaison Peptidique (fonction amide) => Rigide et plane

34
Rotations possibles : degré de liberté autour des Carbones α

35
 Structure I: Chaîne Principale

C-ter Libre
N-ter Libre Chaîne Latérale : R

Ca C N O

36
 NH2 NH2

CYS CYS

TYR TYR
S
S ILE PHE
Pont Disulfure
GLN GLN S
S
ASN ASN

CYS CYS

PRO PRO

LEU ARG

GLY GLY

CO NH2 CO NH2
AA Cter: glycinamide
NH2-CH2-CO-NH2
OCYTOCINE VASOPRESSINE
37
Hélice Alpha

Liaison H: CO---NH

Ca

C
=> 3,6 AA par tour de spire
N

H
38
Visualisation des AA d’une Hélice α : “Helical Wheel”

39
Hélices alpha Amphipathiques

Hydrophobes

Hydrophyles

Tête polaire hydrophile

Chaine carbonée aliphatique Bicouche
lipidique
40
 Le feuillet plissé β

Liaison H

Anti-Parallèle Liaison peptidique

Cα

R : chaînes latérales se dressent Parallèle

presque à angle droit: vers le haut - vers le bas

41
C R N O H
Représentations des Hélices Alpha et Feuillets Béta

N
O
Hélice α C

parallèle anti-parallèle ‘twisted’

+42
Coude β
Coude β

43
Les protéines PRIONS

PrPc PrPsc

43% de feuillet β

44
Structure en Doigt de Zinc
25 AA stabilisés
par un ion Zn2+:
- 2Cys + 2His
- 4Cys

Eléments Répétitifs:
2-3 Doigts de Zn
=> Liaison ADN

45
 Famille des Récepteurs Stéroïdiens : Motif commun de Liaison à l’ADN
Estrogènes - Glucocorticoïdes - H. Thyroïdes - Progestérone - Vit D.- Ac. Rétinoïques

2 Doigts de Zn
=> Motif de Liaison à l’ADN

46
Acquisition d’une structure III et IV: conformation native

Protéine :
Polypeptide Structures II Domaines:
conformation native
Structure III
« folded protein »

47
 Les Protéines Chaperon et Chaperonin

hsp70
(chaperon) Protéolyse

hsp60
(chaperonin)
Ribosome Protéine repliée Protéine repliée

48
Myohemerythrine Immunoglobuline
(Domaine V)

Pyruvate Kinase
Pré-Albumine 49
(Domaine 1)
Myoglobine (hélice α)
Tétramère: Hémoglobine

50
51
Enroulements super hélicoïdaux : le Collagène

3 Hélices α
52
53
L’électrophorèse en gel de polyacrylamide, en présence de SDS

54
55
56
Spectres d’absorption des AA Aromatiques dans l’UV

57
 CHAPITRE III:

STRUCTURE FONCTION
DES PEPTIDES ET PROTEINES

58
Protéolyse de la PréProInsuline

NH2 A NH2 N
Peptide signal
A
S SS
A S SS S

COOH S

C B B

COO

PréProInsuline ProInsuline 59
 21AA 30AA

H2 A NH2 NH2 NH2

Peptide signal
A B
S SS
S SS S
SS
S
SS
B B
C
COOH
COOH
60
ProInsuline Insuline
Structure Tertiaire de l’Insuline: Chaîne A + Chaîne B

Chaîne A

Chaîne B

61
Analyse des protéines du sérum par électrophorèse

- serum-albumine
- α1 globuline
- α2 globuline
- β globuline
- γ globuline

62
 Les Immunoglobulines

Sites d’anticorps

Papaïne

Fab Fc

63
 Structure IgM
Structure IgG

Structure IgA
64
 CH 2
Hème => GP de l’hémoglobine
CH3 CH

N
H3C CH3
++
N Fe N
HOOC H2C H2C CH CH2
N

R1 = R3 = R5 = R8 =  CH3
CH2 CH3
R2 = R4 =  CH = CH2
CH2
R6 = R7 =  CH2 - CH2  COOH
COOH

65
 Hème
CH 2

CH3 CH

N
H3C CH3
++
N Fe N
HOOC H2C H2C CH CH2
N

CH2 CH3

CH2

COOH

Monomère: Globine (hélice a) + Hème

4 chaînes polypeptidiques
66
Tétramère: Hémoglobine identiques deux à deux
Structure secondaire et tertiaire des chaînes α et β de l’Hémoglobine:

=> Structure en Hélice α sur 70% de leur longueur

- Les chaînes β : 8 Régions hélicoïdales => désignée de A à H

- La chaîne α : 7 Régions hélicoïdales => absence d’Hélice D

67
Configuration spatiale de la chaîne β de l’Hémoglobine

NH2

COOH
A
G
F

C
B
E

Poche de l’Hème:
D Entre E et F

68
LIAISON DE L’HEME A LA GLOBINE

F
92β ou 87α
His F8

E
Hème

63β ou 58α
His E7

69
STRUCTURE QUATERNAIRE de l’HEMOGLOBINE

β1 α1
Fe Fe

Fe Fe

α2 β2

Cavité centrale

70
 cavité centrale
2.3 DPG

T - tendue /Réduite -Désoxy R - relax /Oxygénée

71