Introduction au diagnostic des infections

bactériennes
«approche syndromique»

Travaux dirigés 4ème année pharmacie – Année universitaire 2018 / 2019

D. MOHAMMEDI – S. MAHRANE – H. TALI MAAMAR
1
Introduction
▪ L'analyse microbiologique (et biologique) d'un prélèvement est un
acte médical, sous la responsabilité d'un professionnel de la santé
médecin ou pharmacien microbiologiste (NORME ISO 15189).

▪ Intérêts:
• Diagnostic ➔ mise en évidence de l'agent causal: diagnostic de
certitude
• Pronostic ➔ quantification de l`agent responsable, suivi des
patients
• Thérapeutique ➔ réalisation de tests de sensibilité,

2
Objectifs:
Etablir le lien entre les étiologies, le(s) site(s) infectieux et les prélèvements
pour faire un diagnostic au laboratoire.

Autrement dit : devant un syndrome infectieux il faut connaitre ….

• Quels sont les prélèvements à réaliser?

• Quels sont les germes à rechercher?

• Quels sont les tests à utiliser?

3
 Plan
I- Les étapes de l'analyse microbiologique:
I.1- Etape pré-analytique
I.2- Etape analytique
I.3- Etape post-analytique
II- Les approches du diagnostic
microbiologique
II.1- Diagnostic direct
a- Culture
b- Mise en évidence de l'ADN
c- Antigènes solubles
II.2- Diagnostic indirect
III- Principaux syndromes infectieux:
1- Méningites
2- Septicémies
3- Infections urinaires
4- Infections respiratoires
5- Infections gastro-entériques
6- Infections génitales
7-Suppurations
4
 Plan
I- Les étapes de l'analyse microbiologique:
I.1- Etape pré-analytique
I.2- Etape analytique
I.3- Etape post-analytique
II- Les approches du diagnostic
microbiologique
II.1- Diagnostic direct
a- Culture
b- Mise en évidence de l'ADN
c- Antigènes solubles
II.2- Diagnostic indirect
III- Principaux syndromes infectieux:
1- Méningites
2- Septicémies
3- Infections urinaires
4- Infections respiratoires
5- Infections gastro-entériques
6- Infections génitales
7-Suppurations
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I- Les étapes de l'analyse microbiologique
I.1- Etape pré-analytique
• Cette étape comporte 5 phases:

1- Prescription
2- Recueil des renseignements cliniques
3- Réalisation du prélèvement
4- Transport et conservation de l'échantillon
5- Enregistrement de l'échantillon

6
 Transport

Conservation

Prescription médicale

Enregistrement au
laboratoire
Réalisation du prélèvement

Fiche de renseignement 7
 I- Les étapes de l'analyse microbiologique:
I.1- Etape pré-analytique
Phase Outil Intervenant Intérêt
1- Prescription Ordonnance Médecin traitant Aspect médico-légal

2- Recueil des Médecin traitant

Fiche de renseignements
renseignements cliniques Microbiologiste
-Conditionnent la qualité
des résultats de
Ecouvillon Médecin traitant
3- Réalisation du l'analyse.
Tube stérile Infirmier
prélèvement
Seringue …. Microbiologiste
-Respect des normes de
4- Transport et soins et d'hygiène
Milieu de transport +/- Infirmier
conservation de
Température Coursier / convoyeur
l'échantillon
5- Enregistrement de Archivage et la traçabilité
Registre Microbiologiste
l'échantillon au laboratoire
8
 I- Les étapes de l'analyse microbiologique:
I.1- Etape pré-analytique

Type de prélèvement Conditions de transport et de conservation Observation

Eviter le froid et la dessication, Pour la PCR la conservation
LCR
37C ou Temp. ambiante peut se faire á +4C
Nécessite une incubation
Hémoculture 37°C
avant repiquage
+4C, acheminement dans les 2heures qui suivent le Possibilité d’utiliser un milieu
Urine
prélèvement de transport

+4C, acheminement dans les 2heures qui suivent le

Selles (coproculture)
prélèvement

Suppurations Conditions variables selon le type de suppuration (pus superficiel ou profond)

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I- Les étapes de l'analyse microbiologique
I.2- Etape analytique
• C'est l'analyse proprement dite de l'échantillon, qui comprend plusieurs
étapes, dont certaines sont communes a tous les prélèvements. C'est une:
Etude cytobactériologique de l'échantillon
Par exemple:
• ECBU
• ECB crachat
• ECB de Liquide céphalo-rachidien ….

Etude bactériologique de l'échantillon

Par exemple:
• Coproculture
• Prélèvement de gorge ….

10
I- Les étapes de l'analyse microbiologique
I.3- Etape post-analytique
• Interprétation des résultats de l'analyse. Ceci correspond a la lecture
des différents tests (identification des bactéries, lecture des
numérations, antibiogrammes, …)

• Validation et transmission des résultats au prescripteur. Le

microbiologiste doit valider les résultats en les signant et en y
apposant sa griffe. Par la suite les transmettre au demandeur en cas
d'urgence.

• Archivage du résultat. Les doubles des résultats d`analyses, sont

classés et archivés dans des classeurs ou boites à archives.
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 Analyse microbiologique
Prescription médicale

Réalisation du prélèvement

La qualité des prélèvements!!

Fiche de renseignement 12
Compte rendu de résultat
 Plan
I- Les étapes de l'analyse microbiologique:
I.1- Etape pré-analytique
I.2- Etape analytique
I.3- Etape post-analytique
II- Les approches du diagnostic
microbiologique
II.1- Diagnostic direct
a- Culture
b- Mise en évidence de l'ADN
c- Antigènes solubles
II.2- Diagnostic indirect
III- Principaux syndromes infectieux:
1- Méningites
2- Septicémies
3- Infections urinaires
4- Infections respiratoires
5- Infections gastro-entériques
6- Infections génitales
7-Suppurations
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 II- Les approches du diagnostic microbiologique
II.1- Diagnostic direct

• But: mise en évidence du germe vivant, de ses constituants ou bien de son

génome (ADN)

➢Examens microscopiques à partir des prélèvements:

- Etat frais. Il se fait entre lame et lamelle ou bien sur hématimètre. Il permet de faire
une numération des bactéries et des cellules.
- Après coloration. Coloration de Gram (affinité morpho-tinctoriale des bactéries),
coloration au bleu de méthylène (type de cellules).
- Cas particulier de la coloration de Ziehl Neelsen pour le diagnostic BAAR (tuberculose).
- Autre: immunofluorescence direct (Chlamydia trachomatis)

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 II- Les approches du diagnostic microbiologique
II.1- Diagnostic direct

➢Culture
- Les milieux et les conditions d'incubation doivent être adaptés aux
exigences du germe recherché.
- Permet de faire des tests de sensibilité aux antibiotiques

➢Antigènes solubles
- pallier aux délais d'incubation, en donnant un résultat rapide.
- Permettre le diagnostic des infections décapitées

➢Génome
- Permet de pallier aux délais d'incubation, en donnant un résultat rapide.
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Méthodes du diagnostic direct Avantages Limites
Rapide Subjectif
Examen microscopique Facile Faible valeur prédictive(positive
Examen d’orientation de diagnostic ou négative)
-Lenteur du diagnostic
Identification de l’espèce
-Germes à croissances lentes ou
Réalisation des tests de sensibilité
Culture difficiles
aux antibiotiques
-Germes non cultivables
Génotypage des souches
-Faux négatifs (infections
décapitées)
-Tests rapides
-Problèmes de sensibilité et
-Diagnostic des infections décapitées
Antigènes solubles spécificité
-Peuvent être effectués au lit du
-Ne permettent pas de faire les
malade
tests de sensibilité
-Technicité basique

-Techniques relativement rapides -Locaux et équipements

Le génome -Recherche plusieurs cibles à la fois spécifiques
(PCR multiplex) -Personnel qualifié
-Diagnostic des infections décapitées -Techniques onéreuses 16
 II- Les approches du diagnostic microbiologique
II.2- Diagnostic indirect

• But: mise en évidence des anticorps antimicrobiens dans le sang.

Fait partie du diagnostic sérologique.
• Indications:
• lorsque l'agent causal n'est pas cultivable, le prélèvement inaccessible ou trop
invasif, ou bien encore pour un diagnostic rétrospectif.
• Evaluation du statut vaccinal (sujet sain).
• Inconvénients:
• n'est réalisable qu'à partir de 8 à 10 jours après le début de l'infection, en raison
de la réaction immunitaire.
• Interprétation difficile parfois, en raison des réactions croisées.
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Sérologies utiles au Sérologies discutées selon le Sérologies ayant peu
diagnostic contexte clinique d'intérêt ou inutiles pour le
diagnostic

Brucella Chlamydia trachomatis Bordetella pertussis

Francisella Corynebacterium diphteriae Haemophilus spp.

Helicobacter pylori (enfant) Helicobacter pylori (adulte) Klebsiella spp.

Leptospira Mycoplasma pneumoniae Listeria spp.

Treponema pallidum Salmonella Mycoplasmes génitaux

Bartonella Yersinia Streptocoques

Coxiella burnetii Neisseria gonorrhoeae

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 Plan
I- Les étapes de l'analyse microbiologique:
I.1- Etape pré-analytique
I.2- Etape analytique
I.3- Etape post-analytique
II- Les approches du diagnostic
microbiologique
II.1- Diagnostic direct
a- Culture
b- Mise en évidence de l'ADN
c- Antigènes solubles
II.2- Diagnostic indirect
III- Principaux syndromes infectieux:
1- Méningites
2- Septicémies
3- Infections urinaires
4- Infections respiratoires
5- Infections gastro-entériques
6- Infections génitales
7-Suppurations
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 III- Principaux syndromes infectieux
1- Méningites

• Définition: La méningite infectieuse est une atteinte des méninges,

membranes recouvrant le cerveau et la moelle épinière.

• Rappel clinico-épidémiologique:
• maux de tête, fièvre, raideur de la nuque, photophobie, nausées, vomissements,
somnolence et confusion.
• facteurs de risque: déficits immunitaires, asplénique, …
• touche les enfants, les adolescents et les jeunes adultes.
• caractère épidémique de certaines espèces.

20
 III- Principaux syndromes infectieux
1- Méningites

Etiologies bactériennes
Méningites communautaires
Adultes et enfants Nouveau né
Streptococcus pneumoniae Streptococcus agalactiae (B)
Neisseria meningitidis E. coli K1
Haemophilus influenzae b Listeria monocytogenes

Méningites nosocomiales
Entérobactéries, Pseudomonas, Acinetobacter, Staphylocoques, Entérocoques……….

• Etiologies virales: Enterovirus, Herpesvirus, virus des oreillons, virus varicelle-zona, …..
• Etiologies fongiques: Cryptococcus neoformans…. 21
 III- Principaux syndromes infectieux
1- Méningites

• Diagnostic bactériologique:

• Prélèvement ➔ Liquide céphalo-

rachidien (ponction lombaire)

• Analyse ➔ ECB de LCR

22
III- Principaux syndromes infectieux
1- Méningites
Démarche d’un ECB de LCR

23
 III- Principaux syndromes infectieux
2- Septicémies

• Définition: c'est le passage de la bactérie dans la circulation sanguine

avec syndrome infectieux.

• Rappel clinico-épidémiologique:
• fièvre persistante d'origine indéterminée, frissons, pouvant donner un choc
septique (choc endotoxinique).
• Secondaires à une infection (notion porte d'entrée)

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 III- Principaux syndromes infectieux
2- Septicémies

• Etiologies:

Bactéries pathogènes
spécifiques
Neisseria meningitidis
Streptococcus pneumoniae
Salmonelle Typhi , Paratyphi
Streptococques des groupes A et B
Haemophilus infleunzae
Brucella spp.
Listeria monocytogenes
Bactéries opportunistes Bactéries commensales
Staphylococcus aureus Staphylocoque à coagulase négative
Escherichia coli Bacillus spp.
Pseudomonas aeruginosa Corynebactrium spp.
Acinetobacter baumannii Propionibacterium spp.
Campylobacter sp Micrococcus spp.

25
III- Principaux syndromes infectieux
2- Septicémies

• Diagnostic bactériologique:

• Prélèvement ➔ Sang
• Analyse ➔ Hémoculture

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III- Principaux syndromes infectieux
2- Septicémies
Diagnostic bactériologique

Technique classique
Sur automate Incubation des flacons à
l’étuve à 35°C
Incubation des flacons
dans l’automate
Surveillance quotidienne des flacons à la
recherche de signes de positivité : hémolyse,
Dés le signalement de trouble, pains de mie
positivité (bip sonore)
Ou présence de culture au niveau de la gélose

Repiquage des flacons

Examen microscopique Mise en culture

(Gram)

Incubation
Identification+antibiogramme

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III- Principaux syndromes infectieux
3- Infections urinaires

• Définition: c'est la colonisation et l'infection des voies urinaires

par un micro-organisme.
• Rappel clinico-épidémiologique:
• Polyurie, pollakiurie, dysurie, brulures mictionnelles, parfois fièvre.
• Infection fréquente, touchant tous les âges, à prédominance féminine.
• Facteurs favorisants: malformations, sondage urinaire, diabète,
immunodépression, …
• Etiologies:
• Entérobactéries E. coli dans plus de 85% des cas.
• Autres
28
III- Principaux syndromes infectieux
3- Infections urinaires

• Diagnostic bactériologique Sachet collecteur stérile

• Prélèvement ➔ Urine
• Analyse ➔ ECBU

Pot d'urine stérile

29
III- Principaux syndromes infectieux
3- Infections urinaires

Sachet collecteur stérile

Pot d'urine stérile

30
III- Principaux syndromes infectieux
4- Infections respiratoires

• Définition: Les infections respiratoires, sont de deux types. Les

infections broncho-pulmonaires touchant les voies respiratoires basses, et
les infections oto-rhino-laryngologique touchant les voies respiratoires
supérieures.

• Rappel clinico-épidémiologique:
• Infections broncho-pulmonaires: Bronchites, bronchiolites, pneumonies. Peuvent se
compliquer par une septicémie. Fièvre, frissons, douleur thoracique, toux productive.

• Infections ORL: otites, sinusites, angines, laryngites.

31
 III- Principaux syndromes infectieux
4- Infections respiratoires

• Etiologies:

• Bactériennes, virales ou fongiques. Certaines spécifiques ( M. tuberculosis

agent de la tuberculose, B. pertussis agent de la coqueluche, C. diphteriae
agent de la diphtérie, M. influenzae agent de la grippe)

• D'autres non spécifiques (S. pneumoniae, H. influenzae)

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 III- Principaux syndromes infectieux
4- Infections respiratoires

• Diagnostic bactériologique:

Prélèvements Analyses
• Prélèvement de gorge
ECB de prélèvement
• Ecouvillonnage nasal
ORL
• Prélèvement d'oreille
• Secrétions bronchiques
ECB de prélèvement
(expectorations, PDP, LBA,
respiratoire
liquide pleural,

33
 III- Principaux syndromes infectieux
5- Infections gastro-entériques

• Définition: Une gastro-entérite est une infection du tube digestif,

muqueuse de l’estomac et des intestins.

• Rappels clinico-épidémiologiques:
• Diarrhée avec nausées, vomissements, et douleurs abdominales
• Fièvre inconstante
• Contamination à tous les âges, par ingestion d'eau et d'aliments contaminés
• Complication: déshydratation aiguë qui survient le plus souvent aux âges extrêmes
• Caractère épidémique dans les collectivités

34
 III- Principaux syndromes infectieux
5- Infections gastro-entériques
• Bactériennes, virales ou fongiques
• Exemples: Salmonella spp., Shigella spp., V. cholerae, E. coli GEI, Rotavirus,
Norovirus, Giardia, …

Bactéries virus Levures/parasites

Salmonella sp Rotavirus Cryptosporidium
Shigella sp Adenovirus Giardia intestinalis
Vibrio cholerae Astrovirus
Escherichia coli Norovirus
entéropathogènes (chez Sapovirus
les moins de 2 ans)
Yersinia enterocolitica
Campylobacter sp 35
III- Principaux syndromes infectieux:
5- Infections gastro-entériques

• Diagnostic bactériologique

• Prélèvement ➔ Selles
• Analyse ➔ Coproculture
Boite propre, opaque

36
 III- Principaux syndromes infectieux:
5- Infections gastro-entériques
Démarche diagnostic bactériologique

1er jour

Isolement I Selle Enrichissement I

2éme jour Repiquage des colonies Enrichissement (II) Isolement II

suspectes

3éme jour Identification Isolement III Repiquage des colonies

suspectes

Repiquage des colonies

4éme jour suspectes
Identification 37
 III- Principaux syndromes infectieux:
5- Infections gastro-entériques
Démarche diagnostic bactériologique

1er jour

Isolement I Selle Enrichissement I

2éme jour Repiquage des colonies Enrichissement (II) Isolement II

suspectes
Recherche de germes cibles!!
E. coli (< 18 mois), Salmonella,
3éme jour Shigella, vibrion cholérique
Identification Isolement III Repiquage des colonies
suspectes

Repiquage des colonies

4éme jour suspectes
Identification 38
 Recherche de germes cibles!!
III- Principaux syndromes infectieux:
E. coli (< 18 mois), Salmonella,
5- Infections gastro-entériques Shigella, vibrion cholérique
Démarche diagnostic bactériologique

1er jour

Isolement I Selle Enrichissement I

2éme jour Repiquage des colonies Enrichissement (II) Isolement II

suspectes

3éme jour Identification Isolement III Repiquage des colonies

suspectes

Repiquage des colonies

4éme jour suspectes
Identification 39
 Recherche de germes cibles!!
III- Principaux syndromes infectieux:
E. coli (< 18 mois), Salmonella,
5- Infections gastro-entériques Shigella, vibrion cholérique
Démarche diagnostic bactériologique

1er jour

Isolement I Selle Enrichissement I

2éme jour Repiquage des colonies Enrichissement (II) Isolement II

suspectes

3éme jour Identification Isolement III Repiquage des colonies

suspectes

Repiquage des colonies

4éme jour suspectes
Identification 40
 III- Principaux syndromes infectieux
6- Infections génitales

• Définition: infection touchant les organes de l'appareil génital féminin

(vagin, utérus, trompes et ovaires), ou masculin (urètre , épididyme,
prostate)
• Rappel clinico-épidémiologique:
• Transmission par voie sexuelle (IST), infection uro-génitale (non IST)
• Ecoulement génital, ulcération, végétations
• Toutes les IST ne donnent pas obligatoirement une infection génitale (VIH, VHB)
• Etiologies:
• Bactériennes, virales ou fongiques
• Exemples: N. gonorrohoeae, C. trachomatis, T. pallidum, M. genitalium, HPV, C.
albicans, …
41
 III- Principaux syndromes infectieux
6- Infections génitales

• Etiologies: bactériennes, virales ou fongiques (liste non exhaustive)

Bactéries Virus Parasites

Neisseria gonorrhoeae Virus Herpes simplex 1 et 2 Trichomonas vaginalis

Chlamydia trachomatis
Treponema pallidum
Haemophilus ducreyi
Mycoplasma genitallium
Gardnerella vaginales (non IST)
Virus de l’immunodéficience Candida albicans (non IST)
humaine (VIH-1 et 2)
Virus de l’hépatite B (VHB)
Papillomavirus humains (HPV)

42
III- Principaux syndromes infectieux:
6- Infections génitales

• Diagnostic bactériologique Ecouvillon stérile

• Prélèvement ➔ Vulvaire, vaginal,

urétral, ulcération génitale

• Analyse ➔ ECB des

prélèvements génitaux
Cytobrosse
43
 III- Principaux syndromes infectieux
7-Suppurations
• Définition: Les suppurations ont diverses présentations,
profondes (cavités stériles), profondes ouvertes (cavité
stérile communiquant avec une autre possédant une flore
commensale) ou bien superficielles (pus de surface ou de
cavité ouverte ayant une flore bactérienne commensale).
• Rappel clinico-épidémiologique:
• Suppurations primitives, secondaires (infections de plaies
opératoires), fistulisation (complication des suppuration profonde
fermée).
• Etiologies:
• Bactériennes, virales ou fongiques
44
III- Principaux syndromes infectieux
7-Suppurations

• Diagnostic bactériologique

• Prélèvement ➔ Ecouvillonnage,
ponction, grattage des lésions
• Analyse ➔ ECB de pus

45
Qu’avons-nous retenu?

46
Objectifs:
Etablir le lien entre les étiologies, le(s) site(s) infectieux et les prélèvements
pour faire un diagnostic au laboratoire.

Autrement dit : devant un syndrome infectieux il faut connaitre ….

• Quels sont les prélèvements à réaliser?

• Quels sont les germes à rechercher?

• Quels sont les tests à utiliser?

47
 Syndrome Quels prélèvements? Quels germes? Quel tests?
Bactériennes, virales ou fongiques Exemples:
Liquide céphalo-rachidien (ponction
1- Méningites N. meningitidis, S. pneumoniae, H. ECB de LCR
lombaire)
influenzae, Enterovirus, C. neoformans
Bactéries à pouvoir pathogène spécifique (S.
2- Septicémies Sang pneumoniae, N. meningitidis). Bactéries Hémoculture
opportunistes ( P. aeruginosa, A. baumannii)
3- Infections Entérobactéries E. coli dans plus de 85% des
Urine ECBU
urinaires cas. Autres
4- Infections Secrétions bronchiques (expectorations, PDP, Bactériennes, virales ou fongiques. Certaines ECB de prélèvement
respiratoires LBA, liquide pleural, … spécifiques ( M. tuberculosis agent de la respiratoire
Basses tuberculose, B. pertussis agent de la
coqueluche, C. diphteriae agent de la
• Prélèvement de gorge diphtérie, M. influenzae agent de la grippe). ECB de prélèvement
Hautes • Ecouvillonnage nasal D'autres non spécifiques (S. pneumoniae, H. ORL
• Prélèvement d'oreille influenzae)
Bactériennes, virales ou fongiques Exemples:
5- Infections
Selles Salmonella spp., Shigella spp., V. cholerae, E. Coproculture
gastro-entériques
coli GEI, Rotavirus, Norovirus, Giardia, …
Bactériennes, virales ou fongiques Exemples:
6- Infections ECB des prélèvements
Vulvaire, vaginal, urétral, ulcération génitale N. gonorrohoeae, C. trachomatis, T. pallidum,
génitales génitaux
M. genitalium, HPV, C. albicans, …
Ecouvillonnage, ponction, grattage des
7-Suppurations Bactériennes, virales ou fongiques ECB de pus 48
lésions