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2012
Département de Biochimie
DEVOIR DE MAISON
UE BCH 230
BIOLOGIE MOLECULAIRE DU GENE
Participants
SONGUINE Nam-Pan
Pan 138938 BPA
TOKOU-LABITE
LABITE Adjélevi 162168 BPA
SUJET :
“ Si nos gènes sont tellement semblable, en quoi un
eucaryote diffère-t-il d’un procaryote ou un être humain à
partir d’E. coli ?”
2
SOMMAIRE
I. INTRODUCTION
II. ORGANISATION DU GENOME PROCARYOTE ET EUCARYOTE
Procaryotes
Le nucléoϊde
Les plasmides
Eucaryotes
Le génome nucléaire
Le génome mitochondriale
III. TRANSCRIPTION
Transcription chez les procaryotes
IV. REPLICATION
Réplication chez les procaryotes
Le génome mitochondriale
REFERENCES
3
I/ INTRODUCTION
Le monde vivant est divisé en trois grands domaines : Archaebactéries,
Eubactéries et les Eucaryotes. Les deux premiers dits Procaryotes, se distinguent
des Eucaryotes notamment par l’absence de noyau. Les procaryotes sont les êtres
les plus simples et les plus primitifs de la planète. Leur évolution a conduit à
l’obtention des organismes unicellulaire eucaryotes. Ils ont progressivement formés
des colonies de plus en plus grande et de plus en plus spécialiser jusqu'à l’obtention
d’organisme pluricellulaire. Le lien de parenté qui lie les eucaryotes aux procaryotes,
pourrait nous faire penser qu’ils ne sont pas très différent, du point de vue
génomique, mais ce n’est pas vraiment évident. Dans notre devoir, nous parlerons
des spécificités des génomes eucaryote et procaryote, tout en mettant l’accent sur le
génome humain et celui d’Escherichia coli.
Le nucléoϊde
Le matériel génétique des procaryotes n’est pas protégé dans un noyau comme
chez les eucaryotes. Ceci implique un couplage entre la transcription et la traduction
et élimine une étape potentielle de régulation de l’expression de l’information
génétique. Il est situé dans une zone appelé nucléoϊde et présente des
chromosomes, circulaires et ou linéaires (Ex : un chromosome circulaire et
bicaténaire chez E. Coli et un chromosome linéaire chez certaines espèces
d’Agrobacterium). Associées à l’ADN, des protéines forment une structure qui
ressemble à la chromatine (en particulier chez certaines espèces d’Archaebactéries,
il existe des protéines similaire aux histones qui forment des nucléosomes).
Néanmoins, la structure des chromosomes bactériens n’est en rien, par sa
complexité, comparable aux chromosomes Eucaryotes. En particulier la division
cellulaire possède des modalités simples (fusion binaire). La taille de leurs génomes
varie de 600kb à 10Mb, et ils ne comportent pas d’introns ou de séquences répétées.
Les gènes sont regroupés en opéron (unité d’ADN fonctionnelle regroupant des
gènes sous contrôle d’un signal moléculaire régulateur), ce qui facilite la génération
de messagers polycistroniques.
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Les plasmides
Eucaryotes
Deux types de génome au moins coexistent dans les cellules Eucaryotes. Chez
les animaux on distingue le génome chromosomique, localisé dans le noyau et le
génome mitochondriale, dans les mitochondries. A ces derniers s’ajoute, chez les
végétaux, un génome plastique dans les plastes.
Le génome nucléaire
Le matériel génétique des eucaryotes est entouré par une membrane, le tout
formant le noyau. A l’intérieur de ce dernier, il adopte une structure chromatinienne et
supra-chromatinienne très complexe. Il présente un découplage entre transcription et
traduction, qui se passent respectivement dans le noyau et dans le cytoplasme. Ce
découplage offre la possibilité de réguler plus finement l’expression des gènes. Le
noyau peut subir des modifications de contenue ou de structure. Des pertes ou des
amplifications d’ADN sont observées dans certaines cellules d’organismes
pluricellulaires, qui ne sont plus destinées à servir pour la reproduction (cellules
somatiques), alors que les cellules germinales conservent la totalité du matériel
génétique. Il est possible que la séquestration du génome dans le noyau ai permis
d’accroître fortement sa taille et donc de complexifiés encore plus la cellule
Eucaryotes. En effet la taille du génome des Eucaryotes varie de 2,2Mb, (donc
beaucoup plus petit que certains génomes bactériens, aussi bien en taille qu’en
nombre de gène), à la taille extraordinaire de 140.000Mb. Rappelons que le génome
humain contient environ 3000Mb. Le génome Eucaryotes est souvent non compact
avec la présence de nombreux introns. Les gènes ne sont pas groupés en opérons
et les messagers polycistroniques sont très rares. Cependant les gènes peuvent être
Co-transcrits.
5
Le génome mitochondriale
6
Figure 1 : MECANISME GENERAL DE LA TRANSCRIPTION
Les Procaryotes ne possèdent qu’une seule ARN polymérase. Celle d’E. coli est
un complexe de 400kDa environ, constitué de 5 sous-unités (α2ββ’σ). La sous-unités
σ contribue à la découverte d’un site promoteur ou commence la transcription.
Ensuite elle participe à l’initiation de la synthèse du RNA, puis se dissocie du reste
de l’enzyme. Ce dernier (α2ββ´) constitue le noyau central de l’enzyme et contient un
site catalytique où se situe une bulle de l’ADN fondu, dite bulle de transcription. E.
coli contient plus d’un type de sous-unité σ. Le type qui reconnait la séquence
consensus est le σ70. La sous-unité β fixe les ribonucléotide-5´-triphosphate,
précurseurs des unités nucléotidiques de l’ARN à savoir l’ATP, le GTP, l’UTP et le
CTP. La sous-unité β’ fixe la matrice de ‘ADN double brin (brin transcrit).
7
de l’ARN polymérase sur le promoteur avec la fixation d’un complexe fermé où l’ADN
est intact, puis d’un complexe ouvert ou il est partiellement déroulé. Au cours de
l’initiation de la transcription proprement dite il y a élimination de la sous-unité σ, puis
déplacement de la polymérase, permettant l’élongation de l’ARN. La terminaison de
la transcription est également contrôlée de façon précise. Le signal d’arrêt le plus
simple est une région palindromique riche en GC, suivie d’une région riche en AT.
L’ARN transcrit de cet ADN palindromique est autocomplémentaire, et ses bases
s’apparient pour constituer une structure en épingle à cheveux, elle-même suivie
d’une séquence de quatre résidus d’Uracile essentielle pour la terminaison. La
formation des liaisons phosphodiesters cesse et l’hybride ARN-ADN se dissocie. La
région fondue de l’ADN s’enroule et l’ARN polymérase quitte l’ADN. La terminaison
peut aussi se dérouler autrement. L’ARN naissant peut présenter des séquences
riche en Cytosine et pauvre en Guanine qui fixent spécifiquement une protéiné
hexamèrique dite protéine rhô (ρ). Cette dernière possède une activité ATPase RNA-
dépendante et se déplace sur l’ARN dans le sens 5'→3'. Lorsqu’elle atteint l’ARN
polymérase au niveau de la bulle de transcription, elle rompe hélice hybride ARN-
ADN. D’autres protéines bactériennes telles que la protéine nusA, Modulent la
transcription de certains gène.
Après leurs synthèses les ARN messagers (ARNm ou mRNA) des procaryotes ne
subissent pas de modification. Ils sont d’ailleurs traduits en même temps qu’ils sont
transcrits (couplage entre transcription et traduction). Cependant, les ARN
ribosomaux (ARNr) et les ARN de transfert (ARNt) descendent de précurseurs plus
long avec élimination de nucléotides aux extrémités 5' et 3'. Ainsi les ARNr 23S, 16S
et 5S dérivent d’un précurseur commun de 30S.
Le RNA des Eucaryotes est synthétisé par trois types de polymérases, localisés
dans des régions différentes du noyau :
Toute ces ARN polymérases sont de grandes protéines d’une masse supérieure
à 500 kDa.
Les promoteurs des gènes Eucaryotes sont encore appelés éléments cis. Ils
permettent l’initiation de la transcription. Les trois types d’ARN polymérases
transcrivent à partir de promoteurs spécifiques. De plus, les gènes des Eucaryotes
contiennent d’autre éléments cis, dénommés aussi séquences activatrices ou
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séquences enhancers qui sont susceptibles d’augmenter considérablement
l’efficacité des promoteurs. Les séquences inhibitrices ou séquences silencers jouent
exactement le rôle contraire. Les séquences des éléments cis du DNA sont des sites
de liaisons pour des protéines appelées facteurs trans. Leurs liaisons permettent au
RNA polymérase de localiser le site d’initiation correct. Le fonctionnement des RNA
polymérases I, II, et III est pareil. Si nous considérerons la RNA polymérase II, ses
promoteurs sont localisés sur le coté (5') du site d’initiation de la transcription. Le
plus important est la boîte TATA (homologue de la boîte Pribnow des Procaryotes)
situé chez l’Homme, à environ 30 nucléotides en amont de l’exon 1 en direction de
l’extrémité (5') du brin sens (-30pb). On compte aussi parmi les promoteurs, la boîte
CAT, situé chez l’Homme à environ -80pb. Contrairement aux séquences -10 et -35
des promoteurs Procaryotes qui fixent directement la RNA polymérase et son facteur
de liaison σ, la boîte TATA et la boîte CAT ainsi que les autres facteurs cis sont tous
d’abord reconnu par des protéines autres que la RNA polymérase II : les facteurs de
transcription. Ces derniers initient l’assemblage d’un complexe de transcription actif.
Ils sont connus sous le nom collectif de TFII et sont individuellement dénommés
TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIF, TFIIH et TFIIJ. L’événement primordial est la
fixation de TFIID par l’association de sa sous unité reconnaissant le DNA (TBP) avec
la boîte TATA. L’adjonction successive de TFIIB et de RAP30, petite sous-unité de
TFIIF, sont ensuite nécessaire pour la fixation de l’ARN polymérase II et détermine à
la fois le brin transcrit et le sens de la transcription. Ensuite, s’ajoute à ce complexe
successivement, la grande sous-unité de TFIIF (RAP74), TFIIE, TFIIH et La
transcription peu commencé. Au cours de l’élongation le transcrit primaire reste
hybridé sur quelques nucléotides avec le brin antisens, puis s’en détache pour
permettre à la double hélice de se reformer après le passage de la polymérase.
L’extrémité (5') du transcrit primaire libéré se condense en divers structures
secondaire. Vers la fin du gène, les facteurs liés à la RNA polymérase reconnaissent
sur le brin anti-sens, une séquence 3’-TTATTT-5’ qui libère la RNA polymérase. La
transcription s’arrête en effet peu après le premier signal et la fin du transcrit s’écrit
5’P-AAUAAAUGCUGAAUGAAUCC-3’OH.
Après leur transcription, les RNA des Eucaryotes appelés transcrit primaire,
subissent une maturation. Les ARNr 28S, 18S, 5,8S dérivent d’un précurseur
commun de 45S. Les ARNt eux aussi dérivent d’un précurseur plus long et sont
formés après élimination de nucléotides et excision des introns. Contrairement à
l’ARN Eucaryotes, les ARN des Procaryotes ne possèdent pas d’intron. Ce sont les
ARNm qui subissent la maturation la plus importante. Bien avant d’être terminé, le
transcrit primaire constitué de 20 à 30 nucléotides est modifié à son extrémité (5’).
Une enzyme ajoute un nucléotide à Guanine sur le phosphate du carbone (5’) du
premier nucléotide du transcrit et transfert des radicaux méthyles sur les premiers
nucléotides : C’est la Coiffe. A la fin de la transcription, une autre enzyme coupe le
transcrit environ 10 à 20 nucléotides au delà de la séquence AAUAAA et synthétise
sur le carbone 3’ libre du dernier nucléotide du transcrit restant, une longue chaine
de 500 à 2000 nucléotides à Adénine polycondensé : C’est la queue poly A. Des
9
enzymes peuvent intervenir pour modifier certaines bases (par exemple Cytosine en
Uracile) : C’est l’édition .Enfin les introns sont excisés et les exons épissés pour
donner la forme définitive de l’ARNm.
Chez les bactéries, les gènes dits de structure qui codent pour des protéines
particulières à un même processus biologique, sont regroupés sur un segment du
chromosome. Ils sont associés à un gène régulateur et à une séquence de DNA
régulatrice appelée site opérateur, formant un opéron. Le gène régulateur code pour
une protéine répresseur qui se fixe sur le site opérateur ce qui empêche la
transcription du gène de structure. Un opéron peut contenir jusqu'à vingt où même
d’avantage de gène. Ainsi chez les Procaryotes, nombreux sont les ARNm
polygéniques ou polycistroniques (codent pour plusieurs protéines différentes).
10
contre, permet la biosynthèse du Tryptophane lorsque ce dernier est en déficit. Il est
donc pleinement fonctionnel lorsque le Tryptophane est en très faible concentration
dans la cellule. Lorsqu’il est en excès, l’opéron est réprimé. Si nous considérons
l’opéron lactose, outre le promoteur p de l’opéron, il possède un deuxième promoteur
devant le gène de régulation i, pour activer la synthèse du régulateur. La régulation
de l’opéron lactose par la protéine répresseur lac se fait comme suit : En présence
de glucose, la molécule signal (α-1,6-allolactose) n’est pas produite. Le répresseur
lac dont la synthèse est codé par le gène régulateur, se fixe avec une très forte
affinité sur l’operateur, la constante de dissociation du complexe répresseur-
opérateur entant très faible (0,1 pM), le répresseur lac empêche alors la RNA
polymérase de déroulé l’hélice d’ADN et les bases qui devrais servir de matrice pour
la synthèse des RNA ne sont pas exposés. L’expression de l’opéron lactose est
déclenchée par un inducteur (α-1,6-allolactose) dans la cellule bactérienne. Lorsqu’il
se fixe sur le répresseur, il diminue l’affinité de ce dernier pour l’operateur. La
production de l’inducteur est favorisée par un faible taux de glucose par rapport au
taux de lactose dans le milieu de culture.
Ainsi en résumé, pour l’opéron lactose la fixation du répresseur lac sur l’opérateur
empêche la transcription des gènes de structure par l’ARN polymérase ; l’inducteur
(α-1,6-allolactose) lorsqu’il est produit, se fixe sur le répresseur et empêche la
fixation de ce dernier sur l’opérateur. La répression de l’opéron est donc levée.
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spécifique de l’ARN polymérase II. Associée à ce complexe, l’ARN polymérase II
peut se fixer sur le site d’initiation où elle assurera la séparation des brins à transcrire
puis la formation de la première liaison phosphodiester entre les deux premiers
nucléotides de L’ARNm. Le promoteur proximal, qui s’étend sur une longueur
d’environ 100 à 200 paires de bases, est situé au voisinage du site d’initiation de la
transcription. Enfin, les activateurs et les inhibiteurs distaux sont des régions de
L’ADN, souvent situé très en amont ou en aval du site d’initiation, qui présentent de
courtes séquences reconnues par des facteurs de transcription spécifiques.
Ainsi, chez les Eucaryotes, l’expression des gènes est contrôlées par une suite de
séquences de l’ADN, dites facteurs cis, reconnu spécifiquement par des protéines
capables de se lier à elle, dites facteurs trans. Ces protéines sont nombreuses et la
transcription est toujours contrôlée par une combinaison de plusieurs facteurs. Par
conséquent, l’expression des gènes ne peut avoir lieu que lorsque tous ces facteurs
sont présents dans la cellule.
Procaryotes Eucaryotes
Promoteur Boîte pribnow (région Boîte TATA : région -
-10) : 5’-TATAAT-3’ 30
Région -35 : 5’- Boîte CAT : région -80
TTGACA-3’
Séquences régulatrices • Sites opérateurs • Séquences "Enhancers" =
• Gènes régulateurs séquences
stimulatrices
• Séquences "Silencers" =
séquences
inhibitrices
Enzymes Une seul ARN polymérase 3 classes d'enzymes
constitué de plusieurs sous- • RNA polymérase I
unités : α2 ββ’σ • RNA polymérase II
• RNA polymérase III
Initiation Rôle des séquences Rôles des promoteurs mais
promoteurs et de aussi de facteurs
l'enzyme Protéiques de transcription
Terminaison Terminaison ρ Signal de fin de
dépendante transcription :
Signal de fin de séquence 3’-TTATTT-
transcription : 5’
séquence
palindromique riche
en GC suivit d’une
séquence riche en AT
Maturation de l’ARNm Synthèse protéique couplé à Existence de transcrits
la transcription (pas de primaires et de maturation
transcrit primaire et de
maturation)
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Figure 3 : REPRESENTATION SCEMATIQUE DES DIFFERENTES SEQUENCES IMPLIQUEES
DANS LA REGULATION DE LA TRANSCRIPTION CHEZ LES EUCARYOTES
13
énergie suffisante pour la formation du pont phosphodiester entre le phosphate
restant du désoxyribonucléotide et le 3’-OH du filament inducteur. Le même
processus se répète à chaque addition d’un nouveau désoxyribonucléotide. Les
désoxyribonucléoside triphosphate apportent leur phosphate fixé à l’extrémité 5’ du
désoxyribose. Par conséquent, le nouveau nucléotide se fixe sur le –OH situé en (3’)
du désoxyribose du filament inducteur. L’allongement du filament se fait donc dans le
sens 5’→3’. Les deux brins constitutifs d’une molécule d’ADN étant toujours
antiparallèles, si l’élongation se fait dans le sens 5’→3’, c’est que l’ADN polymérase
parcourt le filament model dans le sens 3’→5’. Donc l’ADN polymérase poursuit la
synthèse jusqu'à la fin sur un brin. Sur l’autre brin, elle poursuit la synthèse jusqu’à
ce qu’elle rencontre une séquence d’ARN fixée au brin d’ADN. Cette séquence a
servi d’inducteur à une autre molécule d’enzyme d’ADN polymérase. Parmi les
filaments synthétisés, il existe donc, outre le filament complémentaire continu, un
filament complémentaire discontinu d’ADN uni par appariement des bases au
filament modèle et entrecoupé par des segments d’ARN. Ces brins mixtes sont
appelé “fragment d’Okazaki” de l’auteur Japonais Okazaki qui les à découvert.
14
Réplication chez les procaryotes
On distingue chez E. Coli cinq types de DNA polymérases : les DNA polymérases
I, II, III, IV et V. La DNA polymérase III est l’enzyme essentiel pour la synthèse des
chaines polynucléotidiques. La DNA polymérase I joue un rôle dans la synthèse du
brin retardé et les DNA polymérases II, IV et V interviennent dans la réparation du
DNA.
La réplication, prélude à la divisons, intervient lorsque la cellule a reçu assez de
substances nutritives et atteint une taille suffisante. Chez E. Coli, l’origine de
réplication est un site unique du DNA de 245 paires de bases dénommé locus Ori C.
Il contient quatres unités répétitives de 9 paires de bases et un réseau de séquences
de 13 paires de bases en tandems riche en AT. L’événement initial fondamental est
la fixation d’un complexe de plusieurs molécules d’une protéine dénommée protéine
Dna A sur les quatre unités répétitives de neufs paires de bases dites boîtes R. Il
initie une suite d’étapes intriquées conduisant au déroulement de la matrice de DNA
et à la synthèse d’une amorce de RNA par la primase (Dna G). Les protéines Dna A
reconnaissent et dénaturent le DNA dans la région des unités répétitives de 13
paires de bases ; ce processus nécessite de l’ATP. Puis un hexamère d’une protéine
dénommée Dna B entoure, avec l’aide d’une protéine Dna C chaque brin de DNA et
se comporte alors en hélicase qui déroule le DNA et crée la fourche de réplication.
Ensuite, des protéines SSB se fixent sur les brins séparés de DNA et empêchent
toute renaturation. De plus, une topoisomérase la DNA-gyrase, élimine les super
tours formée par le déroulement du DNA. Ce dernier est alors prêt à être répliquer
grâce à l’action des DNA polymérases.
dna C
(catal
yseur)
A B
C D
16
de point d’initiation à l’activité de la DNA polymérase δ. Sur le brin direct, en
remontant de 3’→5’, la DNA polymérase δ synthétise un brin complémentaire en
ajoutant des désoxyribonucléoside triphosphates à l’extrémité 3’OH libre. Une
nouvelle hélice se forme entre le brin modèle direct et le nouveau brin synthétisé. Sur
le brin retardé, une DNA polymérase δ progresse de 5’→3’. Pour pouvoir synthétiser
un brin complémentaire, il faut que la primase et la DNA polymérase α fabriquent des
amorces assez rapprochée à quelques centaines de nucléotides de distances sur le
brin modèle au fur et à mesure que celui-ci est détaché du brin direct. A partir de
l’extrémité 3’OH d’une amorce, la DNA polymérase δ synthétise un fragment
d’Okazaki jusqu’à ce qu’elle rencontre l’extrémité 5’-triphosphate de l’amorce
précédente. Cette dernière est hydrolyser par une nucléase, ce qui permet à la DNA
polymérase δ d’achever la synthèse du fragment d’Okazaki que la ligase va lier
définitivement avec le DNA du fragment précédent. Une nouvelle double hélice se
forme entre le brin modèle direct et le nouveau brin synthétisé.
La synthèse du brin retardée du DNA ne peut se faire lorsque la DNA polymérase
atteint l’extrémité 3’ du brin modèle, faute de place pour une amorce
complémentaire. S’il n’y avait pas de mécanisme particulier, à chaque réplication le
DNA du chromosome serait raccourci. Le télomère (séquence du DNA à l’extrémité
des chromosomes humains) est une séquence 5’-TTAGGG-3’ répétée quelque
centaines de fois avant le 3’OH final. La télomérase est une DNA polymérase qui
peut continuer la synthèse d’un ADN simple brin. Cette enzyme comprend un RNA
de 450 nucléotides dont l’extrémité (5’) terminale est 5’-CUAACCCUAAC… cette
extrémité sert de modèle pour l’enzyme en vue de la synthèse de quelques unités de
la répétition TTAGGG. Après cette synthèse, l’enzyme glisse le long du brin de DNA
et recommence de nouvelles unités. L’extrémité 3’ du brin modèle ainsi allongée peut
servir à la pose d’une amorce nouvelle : l’extrémité 3’-OH de cette amorce sert alors
de point de départ pour la DNA polymérase δ pour synthétiser l’autre brin. Notons
aussi que la chromatine des eucaryotes est fortement condensée. Il s’agit donc avant
la réplication que soient détendues non seulement les hélices, mais aussi les
boucles entourant les nucléosomes. On a constaté que les nucléosomes sont
absents de la zone qui correspond aux fourches de réplication.
17
Tableau 2 : COMPARAISON DE LA REPLICATION DES GENES PROCARYOTES ET EUCARYOTES
Procaryotes Eucaryotes
Origine Site unique, locus Ori C Sites réplicateurs
Les plasmides
18
La réplication par déplacement de brins nécessite trois protéines codées par
d’autres plasmides pour l'initiation de la réplication de l'ADN. Ces protéines favorisent
l'initiation à une région d'origine complexe, et la réplication procède ensuite dans les
deux sens par un mécanisme de déplacement de brin.
Les origines de réplication des plasmides en cercle roulant, sont constituées de
module interchangeable.
Le génome mitochondriale
Figure 6 : Structure potentielle des origines de réplication du brin lourd (OH) et du brin
léger (OL) chez l'homme.
En plus de l’origine OH, la boucle-D contient les origines de transcription des deux
brins d’ADN (HSP : Heavy Strand Promotor, LSP : Light Strand Promotor). On note
aussi la présence d’une région CSBs (Conserved Sequence Blocks) constituée de
trois blocks de séquence conservée chez tous les mammifères (CSBI, CSBII et
CSBIII).
Si l’initiation de la réplication pour l’ADN nucléaire est réalisée par une activité
primase, dans la mitochondrie cela nécessite l’action de l’ARNase H permettant la
libération de l’extrémité 5’ de l’origine de réplication du brin lourd. L’initiation de la
réplication diffère en fonction des deux types de brins. Ainsi l’initiation de la
réplication dans la mitochondrie de cellule humaine serait pour le brin lourd initiée à
partir d’un transcrit produit directement par l’ARN polymérase à partir du promoteur
LSP. Cette initiation spécifique est permise par le facteur de transcription mtTF1
associé à l’ARN polymérase mitochondriale (RPO41). L’ARN synthétisé peut être
utilisé pour la transcription ou la réplication. Cependant, pour qu’il serve d’amorce à
une ADN polymérase, l’ARN doit être processé au niveau d’un site spécifique du
CSBs par une RNase MRP (Mitochondrial RNA Processing). L’extrémité 3’OH libre
résultant de la coupure est utilisée par l’ADN polymérase, et la synthèse du brin lourd
H peut commencer. Cette synthèse est unidirectionnelle. Au deux tiers du génome
mitochondrial, l’origine de réplication du brin léger L est alors exposée, ce qui permet
le début de la synthèse de ce brin L dans la direction opposée à celle de la
réplication du brin H. Cette exposition permet la formation de boucles qui seraient
reconnues par une sous unité de l’ADN polymérase possédant des homologies avec
le site actif des aminoacyl ARNt synthétase de classe II. L’origine de réplication OL
n’est pas précédée par un promoteur de transcription, cela suggère que les amorces
permettant d’initier la polymérisation du brin léger ne sont pas synthétisées par une
ARN polymérase. La synthèse du brin léger étant initiée plus tardivement que celle
20
du brin lourd, cette réplication est donc asymétrique. La synthèse s’arrête
momentanément lorsque les deux fourches de réplication se rencontrent. Les deux
molécules filles se séparent et la synthèse est achevée afin d’obtenir la formation de
deux molécules filles contenant chacune l’un des deux brins d’ADN parental. L’ARN
polymérase mitochondriale ainsi que les facteurs de transcription étant codé par le
noyau, toute initiation au niveau du génome mitochondriale nécessite la participation
du noyau indépendamment du fait que l’ARN polymérase soit utilisé pour la
transcription ou la réplication.
21
VI/ INHIBITEURS DE LA REPLICATION ET DE LA TRANSCRIPTION (confère
annexe 4)
Procaryotes
Les imidazolés se fixent sur l’ADN, notamment au niveau des régions riches en
adénine et thymine, et provoquent une oxydation suivie d’une coupure des brins et
d’un déroulement de l’ADN. Ces lésions de l’ADN sont suivies de la mort de la
bactérie.
22
Eucaryotes
L’α-amanitine est une substance inhibitrice des ARN polymérases I et II. Elle est
un peptide cyclique isolé du champignon Amanita et responsable de leur extrême
toxicité. Elle se fixe avec une haute spécificité et une forte affinité (Ki = 3-4 nM) à
proximité du site actif catalytique de l’ARN polymérase II. Le polypeptide organique
transporteur d’anion OATP3, a été identifié comme le transporteur d'absorption
amanitin dans les cellules hépatiques humaines. Amanitine est un inhibiteur
irréversible car elle déclenche la dégradation de RPB1, la plus grande sous-unité de
l’ARN polymérase II.
23
de DNA endommagé est détecté puis enlevé grâce à des enzymes de contrôle. Il est
ensuite synthétiser grâce à la matrice de DNA complémentaire ou grâce à un autre
segment de DNA au cas ou le dommage a atteint les deux brins du DNA.
L’ADN polymérase assure non seulement l’assemblage des désoxyribonucléotide
mais aussi la vérification de la fidélité de la réplication par rapport au filament
modèle. On compte en moyenne une erreur chaque 1010 paires de bases copiées.
La vérification se fait à deux niveaux pendant la biosynthèse. Au moment de
l’insertion d’un nouveau nucléotide seul la base complémentaire à celle qui est
présente sur le filament modèle peut être mise en place parce que l’énergie libre
nécessaire pour l’établissement des liaisons hydrogènes avec un autre type de base
serait trop élevée. Malgré tout, une base peut parfois être attachée selon un
appariement incorrect. Lorsque le complexe protéique de l’ADN polymérase se
déplace sur le désoxyribonucléotide suivant, la nature de la base qui vient d’être
insérée est vérifiée. Si les liaisons hydrogènes ne sont pas correctement disposer,
l’une des protéines du complexe les reconnait et déclenche une activité 3’-exo
nucléase qui détache le nucléotide fixé à tort.
Les systèmes de réparation les plus importants sont le système de réparation par
excision de base (BER), le système de réparation par excision de nucléotide (NER),
la réparation des coupures double brin, le système de réparation des mauvais
appariements (MMR). Le BER permet de remplacer des bases altérées, de réparer
des sites abasiques et des coupures simple brin. Le NER quant à lui permet de
corriger les lésions étendues ou qui déforment de manière importante l’ADN, par
exemple des pontages avec des molécules exogènes. Le MMR permet de réparer
les mauvais appariements, c'est-à-dire de réparer la présence en vis-à-vis de deux
bases non complémentaires dans la double hélice de l’ADN. De tous les systèmes
de réparation, il semble que seul le BER soit retrouvé dans la mitochondrie, il permet
de réparer des mutations de l’ADN nucléaire mais aussi de l’ADN mitochondrial.
Considérons le système BER : Il existe deux voies du BER possible : le short-patch
BER et le long-patch BER. Durant le short-patch BER (SP-BER), seul un nouveau
nucléotide est incorporé à la place d’une base endommagée ; tandis que dans le
long-patch BER (LP-BER), de deux à dix nouveaux nucléotides sont incorporés.
L’étape initiale du BER nécessite des ADN glycosylases. Les ADN glycosylases
reconnaissent et enlèvent la base modifié. Cela produit un site AP (APurique ou
APyrimidique) sur l’ADN. Elle se fait par une ADN glycosylase spécifique de la base
mutée (ex : uracile ADN glycosylase, hypoxanthine…). Le site AP est reconnu par
une AP endonucléase (ex : APE1 pour SP-BER ; FEN1 pour LP-BER) qui coupe le
squelette sucre-phosphate sur le brin portant la lésion. Le résidu 5’ désoxyribose-
phosphate est éliminé. Une DNA polymérase remplace le(s) nucléotide(s) excisé(s),
puis une ligase ligature les fragments d’ADN obtenu (ligase I pour LP-BER et ligase
III pour SP-BER).
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Ligation
Dans certains cas, le dommage porte sur deux nucléotides successifs. Par
exemple, les rayons ultra-violets provoquent des réactions entre résidus de
pyrimidine adjacents sur un même brin. Comme il s’agit d’un cycle de caractère
aromatique, ils peuvent échanger deux liaisons covalentes en saturant leurs cycles.
C’est surtout le cas des “dimères de thymine”. Ces derniers sont rigides. Ils
provoquent donc une déformation de la double hélice qui empêche la réplication.
Dans ce cas, il est possible de résoudre le problème par excision des bases grâce à
des endonucléase spécifique, mais chez les procaryotes, il existe un autre système
dit, système enzyme de photoréactivation, capable de réduire les dimères de
thymidine et de reconstituer directement les deux résidus de thymine. Ce système
existe aussi chez certain eucaryotes, mais pas chez l’Homme.
Un autre type de réparation est mis en œuvre chez les bactéries quand les
dommages causés à l’ADN sont très importants : il s’agit du système SOS. C’est un
système de survie d’urgence. Il est qualifié de mutagène car il permet des mutations
imparfaites. Lorsque les lésions sont graves et nombreuses, la synthèse de l’ADN est
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stoppée, ce qui provoque l’apparition de zones monocaténaires. Ces zones sont
reconnues par l’enzyme de réparation et recombinaison RecA qui agit d’une part en
assurant les événements de recombinaison, d’autre part en hydrolysant par une
activité protéolytique la protéine LexA, qui est un répresseur des gènes SOS. Cette
enzyme induit donc l’expression d’une vingtaine de gènes impliquée dans la
réparation de l’ADN. Quand le système de réplication aborde une zone non réparée,
il est stoppé et redémarre plus loin. Une portion d’ADN simple brin se forme, ce qui
recrute la protéine RecA, qui se dispose en hélice autour de la portion simple brin. Le
répresseur LexA s’attache au complexe RecA-ADN simple brin, et est clivé. Le
clivage entraine son inactivation et crée un signal SOS, permettant l’expression
d’une vingtaine de gènes. On observe entre autre :
VII/ CONCLUSION
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REFERENCES
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