Université de Lomé(UL)) Année académique 2012-2013

2012

Faculté Des Sciences(FDS)) Semestre 6

Département de Biochimie

DEVOIR DE MAISON

UE BCH 230
BIOLOGIE MOLECULAIRE DU GENE

Participants

JOHNSON B.Nathalie 158935 BPV

MISSINOU Anani Amégan 143636 BPA

SONGUINE Nam-Pan
Pan 138938 BPA

TOKOU-LABITE
LABITE Adjélevi 162168 BPA
 SUJET :
“ Si nos gènes sont tellement semblable, en quoi un
eucaryote diffère-t-il d’un procaryote ou un être humain à
partir d’E. coli ?”

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 SOMMAIRE
I. INTRODUCTION
II. ORGANISATION DU GENOME PROCARYOTE ET EUCARYOTE
Procaryotes

Le nucléoϊde

Les plasmides

Eucaryotes

Le génome nucléaire

Le génome mitochondriale

III. TRANSCRIPTION
Transcription chez les procaryotes

Transcription chez les eucaryotes

Régulation de la transcription chez les procaryotes

Régulation de la transcription chez les eucaryotes

IV. REPLICATION
Réplication chez les procaryotes

Réplication chez les eucaryotes

V. LES PLASMIDES ET LE GENOME MITOCHONDRIALE

Les plasmides

Le génome mitochondriale

VI. REPARATION DU GENOME

VII. CONCLUSION

REFERENCES

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 I/ INTRODUCTION
Le monde vivant est divisé en trois grands domaines : Archaebactéries,
Eubactéries et les Eucaryotes. Les deux premiers dits Procaryotes, se distinguent
des Eucaryotes notamment par l’absence de noyau. Les procaryotes sont les êtres
les plus simples et les plus primitifs de la planète. Leur évolution a conduit à
l’obtention des organismes unicellulaire eucaryotes. Ils ont progressivement formés
des colonies de plus en plus grande et de plus en plus spécialiser jusqu'à l’obtention
d’organisme pluricellulaire. Le lien de parenté qui lie les eucaryotes aux procaryotes,
pourrait nous faire penser qu’ils ne sont pas très différent, du point de vue
génomique, mais ce n’est pas vraiment évident. Dans notre devoir, nous parlerons
des spécificités des génomes eucaryote et procaryote, tout en mettant l’accent sur le
génome humain et celui d’Escherichia coli.

II/ ORGANISATION DU GENOME PROCARYOTE ET EUCARYOTE

(confère annexe 1)
Procaryotes

Deux types de génomes coexistent dans la cellule Procaryotes. Le nucléoϊde et

les plasmides.

Le nucléoϊde

Le matériel génétique des procaryotes n’est pas protégé dans un noyau comme
chez les eucaryotes. Ceci implique un couplage entre la transcription et la traduction
et élimine une étape potentielle de régulation de l’expression de l’information
génétique. Il est situé dans une zone appelé nucléoϊde et présente des
chromosomes, circulaires et ou linéaires (Ex : un chromosome circulaire et
bicaténaire chez E. Coli et un chromosome linéaire chez certaines espèces
d’Agrobacterium). Associées à l’ADN, des protéines forment une structure qui
ressemble à la chromatine (en particulier chez certaines espèces d’Archaebactéries,
il existe des protéines similaire aux histones qui forment des nucléosomes).
Néanmoins, la structure des chromosomes bactériens n’est en rien, par sa
complexité, comparable aux chromosomes Eucaryotes. En particulier la division
cellulaire possède des modalités simples (fusion binaire). La taille de leurs génomes
varie de 600kb à 10Mb, et ils ne comportent pas d’introns ou de séquences répétées.
Les gènes sont regroupés en opéron (unité d’ADN fonctionnelle regroupant des
gènes sous contrôle d’un signal moléculaire régulateur), ce qui facilite la génération
de messagers polycistroniques.

4
 Les plasmides

Un plasmide désigne une molécule d'ADN surnuméraire distincte de l'ADN

chromosomique, capable de réplication autonome et non essentielle à la survie de la
cellule. Les gènes de plasmides sont donc non-nécessaires mais avantageux pour la
bactérie. Ils confèrent à ce dernier, des caractéristiques sélectives telles que des
résistances aux antibiotiques, aux métaux lourds ou des facteurs de virulence. Les
plasmides sont généralement circulaires (E coli). Ils se trouvent quasi-exclusivement
dans les bactéries, à l'exception notable du plasmide 2Mu que l'on trouve hébergé
par un micro-organisme eucaryote (Saccharomyces cerevisiae ou levure du
boulanger). Plusieurs plasmides différents peuvent coexister dans une même cellule
sous condition de leur compatibilité mutuelle. Certains plasmides sont capables de
s'intégrer aux chromosomes ; on les appelle des épisomes.

Eucaryotes

Deux types de génome au moins coexistent dans les cellules Eucaryotes. Chez
les animaux on distingue le génome chromosomique, localisé dans le noyau et le
génome mitochondriale, dans les mitochondries. A ces derniers s’ajoute, chez les
végétaux, un génome plastique dans les plastes.

Le génome nucléaire

Le matériel génétique des eucaryotes est entouré par une membrane, le tout
formant le noyau. A l’intérieur de ce dernier, il adopte une structure chromatinienne et
supra-chromatinienne très complexe. Il présente un découplage entre transcription et
traduction, qui se passent respectivement dans le noyau et dans le cytoplasme. Ce
découplage offre la possibilité de réguler plus finement l’expression des gènes. Le
noyau peut subir des modifications de contenue ou de structure. Des pertes ou des
amplifications d’ADN sont observées dans certaines cellules d’organismes
pluricellulaires, qui ne sont plus destinées à servir pour la reproduction (cellules
somatiques), alors que les cellules germinales conservent la totalité du matériel
génétique. Il est possible que la séquestration du génome dans le noyau ai permis
d’accroître fortement sa taille et donc de complexifiés encore plus la cellule
Eucaryotes. En effet la taille du génome des Eucaryotes varie de 2,2Mb, (donc
beaucoup plus petit que certains génomes bactériens, aussi bien en taille qu’en
nombre de gène), à la taille extraordinaire de 140.000Mb. Rappelons que le génome
humain contient environ 3000Mb. Le génome Eucaryotes est souvent non compact
avec la présence de nombreux introns. Les gènes ne sont pas groupés en opérons
et les messagers polycistroniques sont très rares. Cependant les gènes peuvent être
Co-transcrits.

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 Le génome mitochondriale

La théorie endosymbiotique a permit de démontrer que le génome mitochondrial

dérive du génome bactérien, connu comme étant un double brin circulaire. L’ADN
mitochondrial est localisé à proximité de la membrane interne mitochondriale, du coté
matriciel. Il n’est pas réparti de façon homogène dans la mitochondrie, mais il se
concentre au niveau de structures appelées nucléoïdes. Ces structures apparaissent
avant la phase S de la méiose et possèdent des points d’ancrage au niveau de la
membrane interne mitochondriale. L’ADN mitochondrial existe en plusieurs
exemplaires dans chaque cellule et ce nombre de copies peut varier d’un organisme
à un autre. En effet, l’homme possèderait entre 200 et 1700 copies d’ADN
mitochondrial par cellule tandis que la levure S.cerevisiae quant à elle, en
possèderait entre 50 et 100 copies. Chez l’homme, ce nombre peut varier en cas de
maladies telles que des maladies du foie ou des cancers du sein. En ce qui concerne
la taille du génome mitochondrial, elle varie selon les espèces, 16,6 kb chez
l’homme, 85,8 kb chez la levure S.cerevisiae, 370 kb chez Arabidopsis thaliana.
Chez l’homme, l’ADN mitochondrial contient 37 gènes codant pour 13 protéines, 22
ARN de transfert et deux ARN ribosomaux (RNR1 : RNA ribosomal 1 et RNR2). Les
gènes mitochondriaux sont disposés les uns à la suite des autres, et ne sont séparés
que par de courtes régions non codantes. Les gènes codant des protéines sont
séparés les uns des autres par des gènes codant des ARN de transfert.

III/ TRANSCRIPTION (confère annexe 2 et 5)

La transcription est la lecture d’un gène par une ARN polymérase, qui synthétise
une séquence d’ARN dont la structure primaire est identique à celle du brin non
matriciel de ce gène. D’une façon générale l’ARN polymérase, qui est l’enzyme de la
transcription, se fixe sur une séquence de l’ADN appelé site promoteur, à partir
duquel débute la transcription. Elle fait la copie d’un seul brin de la matrice d’ADN dit
brin transcrit ou encore anti-sens, dans le sens 3’→ 5’. L’élongation du brin d’ARN,
par l’addition successive d’unités nucléotidiques à son extrémités 3’-hydroxyle, se fait
dans le sens 5’→3’. L’ARN transcrit a donc la même séquence que le brin non
transcrit ou encore brin sens, mais avec des résidus Uracile à la place des résidus
Thymine et des riboses à la place des désoxyriboses. Pour un gène particulier, le
brin codant peu être situé sur l’un ou l’autre des brins d’un chromosome donné. Par
convention les séquences régulatrices qui contrôlent la transcription appartiennent
au brin codant.

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 Figure 1 : MECANISME GENERAL DE LA TRANSCRIPTION

Transcription chez les procaryotes

Les Procaryotes ne possèdent qu’une seule ARN polymérase. Celle d’E. coli est
un complexe de 400kDa environ, constitué de 5 sous-unités (α2ββ’σ). La sous-unités
σ contribue à la découverte d’un site promoteur ou commence la transcription.
Ensuite elle participe à l’initiation de la synthèse du RNA, puis se dissocie du reste
de l’enzyme. Ce dernier (α2ββ´) constitue le noyau central de l’enzyme et contient un
site catalytique où se situe une bulle de l’ADN fondu, dite bulle de transcription. E.
coli contient plus d’un type de sous-unité σ. Le type qui reconnait la séquence
consensus est le σ70. La sous-unité β fixe les ribonucléotide-5´-triphosphate,
précurseurs des unités nucléotidiques de l’ARN à savoir l’ATP, le GTP, l’UTP et le
CTP. La sous-unité β’ fixe la matrice de ‘ADN double brin (brin transcrit).

Chez E. coli, la fixation de l’ARN polymérase s’effectue dans une région

s’étendant de 70 paires de bases environ avant le site de début de transcription, à 30
paires de bases environ après ce site. La région promotrice doit donc de situer entre
-70 et +30. La sous-unité σ est susceptible d’entrer en interaction avec deux
séquences consensus. La séquence -10 pb en amont, (5') TATAAT (3')
correspondant à la boîte Pribnow et la séquence -35 pb en amont, (5') TTGACA (3').
Entre -40 et -60, il apparaît fréquemment dans les promoteurs de certains gènes très
exprimés, un troisième élément de reconnaissance riche en AT dénommé élément
UP. L’initiation de la transcription se déroule en deux étapes : d’ abord il y a fixation

7
de l’ARN polymérase sur le promoteur avec la fixation d’un complexe fermé où l’ADN
est intact, puis d’un complexe ouvert ou il est partiellement déroulé. Au cours de
l’initiation de la transcription proprement dite il y a élimination de la sous-unité σ, puis
déplacement de la polymérase, permettant l’élongation de l’ARN. La terminaison de
la transcription est également contrôlée de façon précise. Le signal d’arrêt le plus
simple est une région palindromique riche en GC, suivie d’une région riche en AT.
L’ARN transcrit de cet ADN palindromique est autocomplémentaire, et ses bases
s’apparient pour constituer une structure en épingle à cheveux, elle-même suivie
d’une séquence de quatre résidus d’Uracile essentielle pour la terminaison. La
formation des liaisons phosphodiesters cesse et l’hybride ARN-ADN se dissocie. La
région fondue de l’ADN s’enroule et l’ARN polymérase quitte l’ADN. La terminaison
peut aussi se dérouler autrement. L’ARN naissant peut présenter des séquences
riche en Cytosine et pauvre en Guanine qui fixent spécifiquement une protéiné
hexamèrique dite protéine rhô (ρ). Cette dernière possède une activité ATPase RNA-
dépendante et se déplace sur l’ARN dans le sens 5'→3'. Lorsqu’elle atteint l’ARN
polymérase au niveau de la bulle de transcription, elle rompe hélice hybride ARN-
ADN. D’autres protéines bactériennes telles que la protéine nusA, Modulent la
transcription de certains gène.

Après leurs synthèses les ARN messagers (ARNm ou mRNA) des procaryotes ne
subissent pas de modification. Ils sont d’ailleurs traduits en même temps qu’ils sont
transcrits (couplage entre transcription et traduction). Cependant, les ARN
ribosomaux (ARNr) et les ARN de transfert (ARNt) descendent de précurseurs plus
long avec élimination de nucléotides aux extrémités 5' et 3'. Ainsi les ARNr 23S, 16S
et 5S dérivent d’un précurseur commun de 30S.

Transcription chez les Eucaryotes

Le RNA des Eucaryotes est synthétisé par trois types de polymérases, localisés
dans des régions différentes du noyau :

La RNA polymérase I, localisée dans le nucléole synthétisent les ARN

ribosomaux (ARNr) 18S, 5,8S et 28S ;

La RNA polymérase II, localisée dans le nucléoplasme, synthétise les ARN
messagers (ARNm) et snRNA ;

La RNA polymérase III, localisée dans le nucléoplasme, synthétise les
petits RNA comme les ARN de transfert (ARNt), ARNr 5S, 7SL-RNA.

Toute ces ARN polymérases sont de grandes protéines d’une masse supérieure
à 500 kDa.
Les promoteurs des gènes Eucaryotes sont encore appelés éléments cis. Ils
permettent l’initiation de la transcription. Les trois types d’ARN polymérases
transcrivent à partir de promoteurs spécifiques. De plus, les gènes des Eucaryotes
contiennent d’autre éléments cis, dénommés aussi séquences activatrices ou

8
séquences enhancers qui sont susceptibles d’augmenter considérablement
l’efficacité des promoteurs. Les séquences inhibitrices ou séquences silencers jouent
exactement le rôle contraire. Les séquences des éléments cis du DNA sont des sites
de liaisons pour des protéines appelées facteurs trans. Leurs liaisons permettent au
RNA polymérase de localiser le site d’initiation correct. Le fonctionnement des RNA
polymérases I, II, et III est pareil. Si nous considérerons la RNA polymérase II, ses
promoteurs sont localisés sur le coté (5') du site d’initiation de la transcription. Le
plus important est la boîte TATA (homologue de la boîte Pribnow des Procaryotes)
situé chez l’Homme, à environ 30 nucléotides en amont de l’exon 1 en direction de
l’extrémité (5') du brin sens (-30pb). On compte aussi parmi les promoteurs, la boîte
CAT, situé chez l’Homme à environ -80pb. Contrairement aux séquences -10 et -35
des promoteurs Procaryotes qui fixent directement la RNA polymérase et son facteur
de liaison σ, la boîte TATA et la boîte CAT ainsi que les autres facteurs cis sont tous
d’abord reconnu par des protéines autres que la RNA polymérase II : les facteurs de
transcription. Ces derniers initient l’assemblage d’un complexe de transcription actif.
Ils sont connus sous le nom collectif de TFII et sont individuellement dénommés
TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIF, TFIIH et TFIIJ. L’événement primordial est la
fixation de TFIID par l’association de sa sous unité reconnaissant le DNA (TBP) avec
la boîte TATA. L’adjonction successive de TFIIB et de RAP30, petite sous-unité de
TFIIF, sont ensuite nécessaire pour la fixation de l’ARN polymérase II et détermine à
la fois le brin transcrit et le sens de la transcription. Ensuite, s’ajoute à ce complexe
successivement, la grande sous-unité de TFIIF (RAP74), TFIIE, TFIIH et La
transcription peu commencé. Au cours de l’élongation le transcrit primaire reste
hybridé sur quelques nucléotides avec le brin antisens, puis s’en détache pour
permettre à la double hélice de se reformer après le passage de la polymérase.
L’extrémité (5') du transcrit primaire libéré se condense en divers structures
secondaire. Vers la fin du gène, les facteurs liés à la RNA polymérase reconnaissent
sur le brin anti-sens, une séquence 3’-TTATTT-5’ qui libère la RNA polymérase. La
transcription s’arrête en effet peu après le premier signal et la fin du transcrit s’écrit
5’P-AAUAAAUGCUGAAUGAAUCC-3’OH.

Après leur transcription, les RNA des Eucaryotes appelés transcrit primaire,
subissent une maturation. Les ARNr 28S, 18S, 5,8S dérivent d’un précurseur
commun de 45S. Les ARNt eux aussi dérivent d’un précurseur plus long et sont
formés après élimination de nucléotides et excision des introns. Contrairement à
l’ARN Eucaryotes, les ARN des Procaryotes ne possèdent pas d’intron. Ce sont les
ARNm qui subissent la maturation la plus importante. Bien avant d’être terminé, le
transcrit primaire constitué de 20 à 30 nucléotides est modifié à son extrémité (5’).
Une enzyme ajoute un nucléotide à Guanine sur le phosphate du carbone (5’) du
premier nucléotide du transcrit et transfert des radicaux méthyles sur les premiers
nucléotides : C’est la Coiffe. A la fin de la transcription, une autre enzyme coupe le
transcrit environ 10 à 20 nucléotides au delà de la séquence AAUAAA et synthétise
sur le carbone 3’ libre du dernier nucléotide du transcrit restant, une longue chaine
de 500 à 2000 nucléotides à Adénine polycondensé : C’est la queue poly A. Des

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enzymes peuvent intervenir pour modifier certaines bases (par exemple Cytosine en
Uracile) : C’est l’édition .Enfin les introns sont excisés et les exons épissés pour
donner la forme définitive de l’ARNm.

Figure 2 : TRANSCRIPTION ET MATURATION CHEZ LES EUCARYOTES

Régulation de la transcription chez les Procaryotes

Chez les bactéries, les gènes dits de structure qui codent pour des protéines
particulières à un même processus biologique, sont regroupés sur un segment du
chromosome. Ils sont associés à un gène régulateur et à une séquence de DNA
régulatrice appelée site opérateur, formant un opéron. Le gène régulateur code pour
une protéine répresseur qui se fixe sur le site opérateur ce qui empêche la
transcription du gène de structure. Un opéron peut contenir jusqu'à vingt où même
d’avantage de gène. Ainsi chez les Procaryotes, nombreux sont les ARNm
polygéniques ou polycistroniques (codent pour plusieurs protéines différentes).

Chez E. coli, l’opéron Lactose permet l’utilisation du lactose comme source de

carbone et d’énergie, lorsque le glucose se fait rare. L’opéron Tryptophane lui par

10
contre, permet la biosynthèse du Tryptophane lorsque ce dernier est en déficit. Il est
donc pleinement fonctionnel lorsque le Tryptophane est en très faible concentration
dans la cellule. Lorsqu’il est en excès, l’opéron est réprimé. Si nous considérons
l’opéron lactose, outre le promoteur p de l’opéron, il possède un deuxième promoteur
devant le gène de régulation i, pour activer la synthèse du régulateur. La régulation
de l’opéron lactose par la protéine répresseur lac se fait comme suit : En présence
de glucose, la molécule signal (α-1,6-allolactose) n’est pas produite. Le répresseur
lac dont la synthèse est codé par le gène régulateur, se fixe avec une très forte
affinité sur l’operateur, la constante de dissociation du complexe répresseur-
opérateur entant très faible (0,1 pM), le répresseur lac empêche alors la RNA
polymérase de déroulé l’hélice d’ADN et les bases qui devrais servir de matrice pour
la synthèse des RNA ne sont pas exposés. L’expression de l’opéron lactose est
déclenchée par un inducteur (α-1,6-allolactose) dans la cellule bactérienne. Lorsqu’il
se fixe sur le répresseur, il diminue l’affinité de ce dernier pour l’operateur. La
production de l’inducteur est favorisée par un faible taux de glucose par rapport au
taux de lactose dans le milieu de culture.

Ainsi en résumé, pour l’opéron lactose la fixation du répresseur lac sur l’opérateur
empêche la transcription des gènes de structure par l’ARN polymérase ; l’inducteur
(α-1,6-allolactose) lorsqu’il est produit, se fixe sur le répresseur et empêche la
fixation de ce dernier sur l’opérateur. La répression de l’opéron est donc levée.

Régulation de la transcription chez les Eucaryotes

Chez les Eucaryotes, les mécanismes de régulation de transcription sont

beaucoup plus complexes que chez les Procaryotes. En effet, non seulement le
génome à réguler est beaucoup plus grand et n’est pas organiser en opérons, mais
les gènes qui codent pour des protéines intervenant dans un même processus
biologique, sont souvent largement dispersés dans le génome. De plus la
transcription et la traduction n’étant pas couplées, il existe des mécanismes de
régulation après la synthèse du transcrit primaire et avant la traduction chez les
Eucaryotes. Ces derniers ont trois ARN polymérase : I, II et III et seul l’ARN
polymérase II transcrit les gènes qui codent pour l’expression des protéines, en
unissant les nucléotides qui constitueront un ARNm. Elle ne se fixe pas directement
sur l’ADN et son activité est contrôlée par un ensemble de facteurs protéiques
dénommés facteurs de transcription, qui reconnaissent des séquences spécifiques
de L’ADN. L’ensemble constitué par ses séquences spécifiques, auxquelles se lient
des facteurs spécifiques de transcription, forme un module de contrôle dénommé
complexe d’initiation. L’ADN d’un module présente trois régions principales : Le
promoteur basal, le promoteur proximal et les activateurs ou inhibiteurs distaux
(respectivement enhancers ou silencers). Le promoteur basal le mieux caractérisé
est la boîte TATA reconnu par la TBP du facteur TFIID, qui sert de plateforme pour
l’assemblage d’autres facteurs de transcription, avec lesquels elle forme le complexe

11
spécifique de l’ARN polymérase II. Associée à ce complexe, l’ARN polymérase II
peut se fixer sur le site d’initiation où elle assurera la séparation des brins à transcrire
puis la formation de la première liaison phosphodiester entre les deux premiers
nucléotides de L’ARNm. Le promoteur proximal, qui s’étend sur une longueur
d’environ 100 à 200 paires de bases, est situé au voisinage du site d’initiation de la
transcription. Enfin, les activateurs et les inhibiteurs distaux sont des régions de
L’ADN, souvent situé très en amont ou en aval du site d’initiation, qui présentent de
courtes séquences reconnues par des facteurs de transcription spécifiques.

Ainsi, chez les Eucaryotes, l’expression des gènes est contrôlées par une suite de
séquences de l’ADN, dites facteurs cis, reconnu spécifiquement par des protéines
capables de se lier à elle, dites facteurs trans. Ces protéines sont nombreuses et la
transcription est toujours contrôlée par une combinaison de plusieurs facteurs. Par
conséquent, l’expression des gènes ne peut avoir lieu que lorsque tous ces facteurs
sont présents dans la cellule.

Tableau 1 : COMPARAISON DE LA TRANSCRIPTION DES GENES PROCARYOTES ET EUCARYOTES

Procaryotes
Promoteur  Boîte pribnow (région
-10) : 5’-TATAAT-3’
 Région -35 : 5’-
TTGACA-3’
Séquences régulatrices • Sites opérateurs
• Gènes régulateurs
Enzymes Une seul ARN polymérase
constitué de plusieurs sous-
unités : α2 ββ’σ
Initiation Rôle des séquences
promoteurs et de
l'enzyme
Terminaison  Terminaison ρ
dépendante
 Signal de fin de
transcription :
séquence
palindromique riche
en GC suivit d’une
séquence riche en AT
Maturation de l’ARNm Synthèse protéique couplé à
la transcription (pas de
transcrit primaire et de
maturation)
Eucaryotes
 Boîte TATA : région -
30
 Boîte CAT : région -80
• Séquences "Enhancers" =
séquences
stimulatrices
• Séquences "Silencers" =
séquences
inhibitrices
3 classes d'enzymes
• RNA polymérase I
• RNA polymérase II
• RNA polymérase III
Rôles des promoteurs mais
aussi de facteurs
Protéiques de transcription
 Signal de fin de
transcription :
séquence 3’-TTATTT-
5’
Existence de transcrits
primaires et de maturation

12
 Figure 3 : REPRESENTATION SCEMATIQUE DES DIFFERENTES SEQUENCES IMPLIQUEES
DANS LA REGULATION DE LA TRANSCRIPTION CHEZ LES EUCARYOTES

IV/ REPLICATION (confère annexe 2 et 5)

La réplication est la synthèse de l’ADN qui reproduit exactement le génome d’une
cellule au cours du cycle cellulaire. Elle s’effectue de manière séquentielle et
bidirectionnelle à partir d’une origine de réplication et est catalyser par des enzymes
appelée ADN-polymérase. A ces derniers s’ajoutent d’autres enzymes chargée
notamment de séparer les brins l’un de l’autre, les rendant accessibles aux enzymes.
Le nouveau brin d’ADN est synthétisé à partir des quatre types de
désoxyribonucléotide triphosphates dATP, dGTP, dCTP, TTP, en présence d’ion
Mg2+. Le filament préexistant sert de model grâce à l’appariement de bases. Les
ADN polymérases ont besoins d’un fragment d’ARN ou d’ADN, très court qui leur
servent de point de départ. Ces fragments d’ADN ou d’ARN sont appelée filament
inducteurs ou amorce. Ils sont associés au filament modèle par appariement de
base. L’ADN polymérase fixe la base d’un désoxyribonucléoside triphosphate sur la
base libre du filament modèle la plus proche de l’extrémité 3’ du filament amorce.
Ensuite, deux des groupements phosphate du désoxyribonucléotide sont hydrolysés,
ce qui fourni une partie de l’énergie nécessaire à la fixation du troisième résidu de
phosphate par liaison ester sur l’hydroxyde libre en 3’ du ribose ou désoxyribose de
l'extrémité du filament amorce. Le pyrophosphate séparé du désoxyribonucléotide
triphosphate est ensuite clivé en deux résidus d’orthophosphate ce qui libère une

13
énergie suffisante pour la formation du pont phosphodiester entre le phosphate
restant du désoxyribonucléotide et le 3’-OH du filament inducteur. Le même
processus se répète à chaque addition d’un nouveau désoxyribonucléotide. Les
désoxyribonucléoside triphosphate apportent leur phosphate fixé à l’extrémité 5’ du
désoxyribose. Par conséquent, le nouveau nucléotide se fixe sur le –OH situé en (3’)
du désoxyribose du filament inducteur. L’allongement du filament se fait donc dans le
sens 5’→3’. Les deux brins constitutifs d’une molécule d’ADN étant toujours
antiparallèles, si l’élongation se fait dans le sens 5’→3’, c’est que l’ADN polymérase
parcourt le filament model dans le sens 3’→5’. Donc l’ADN polymérase poursuit la
synthèse jusqu'à la fin sur un brin. Sur l’autre brin, elle poursuit la synthèse jusqu’à
ce qu’elle rencontre une séquence d’ARN fixée au brin d’ADN. Cette séquence a
servi d’inducteur à une autre molécule d’enzyme d’ADN polymérase. Parmi les
filaments synthétisés, il existe donc, outre le filament complémentaire continu, un
filament complémentaire discontinu d’ADN uni par appariement des bases au
filament modèle et entrecoupé par des segments d’ARN. Ces brins mixtes sont
appelé “fragment d’Okazaki” de l’auteur Japonais Okazaki qui les à découvert.

Figure 4 : MECANISME GENERALE DE LA REPLICATION

14
 Réplication chez les procaryotes

On distingue chez E. Coli cinq types de DNA polymérases : les DNA polymérases
I, II, III, IV et V. La DNA polymérase III est l’enzyme essentiel pour la synthèse des
chaines polynucléotidiques. La DNA polymérase I joue un rôle dans la synthèse du
brin retardé et les DNA polymérases II, IV et V interviennent dans la réparation du
DNA.
La réplication, prélude à la divisons, intervient lorsque la cellule a reçu assez de
substances nutritives et atteint une taille suffisante. Chez E. Coli, l’origine de
réplication est un site unique du DNA de 245 paires de bases dénommé locus Ori C.
Il contient quatres unités répétitives de 9 paires de bases et un réseau de séquences
de 13 paires de bases en tandems riche en AT. L’événement initial fondamental est
la fixation d’un complexe de plusieurs molécules d’une protéine dénommée protéine
Dna A sur les quatre unités répétitives de neufs paires de bases dites boîtes R. Il
initie une suite d’étapes intriquées conduisant au déroulement de la matrice de DNA
et à la synthèse d’une amorce de RNA par la primase (Dna G). Les protéines Dna A
reconnaissent et dénaturent le DNA dans la région des unités répétitives de 13
paires de bases ; ce processus nécessite de l’ATP. Puis un hexamère d’une protéine
dénommée Dna B entoure, avec l’aide d’une protéine Dna C chaque brin de DNA et
se comporte alors en hélicase qui déroule le DNA et crée la fourche de réplication.
Ensuite, des protéines SSB se fixent sur les brins séparés de DNA et empêchent
toute renaturation. De plus, une topoisomérase la DNA-gyrase, élimine les super
tours formée par le déroulement du DNA. Ce dernier est alors prêt à être répliquer
grâce à l’action des DNA polymérases.

dna C
(catal
yseur)

A B

C D

Figure 5 : FORMATION DU COMPLEXE DNA-PROTEINE (DnaA, DnaB, DnaC) LORS DE

L’INITIATION DE LA REPLICATION CHEZ LES PROCARYOTES
15
 L’ADN polymérase III est l’enzyme qui permet la synthèse des brins d’ADN
complémentaire. Mais pour ce faire, elle à besoin d’un filament amorce comme
préciser plus haut. L’ARN polymérase spécifique de l’induction de la synthèse d’ADN
appelée primase est l’enzyme qui synthétise ce filament amorce. L’ADN polymérase
III utilise l’hydroxyle en 3’ du ribose du dernier nucléotide à l’extrémité 3’ de cet ARN
pour fixer le premier désoxyribonucléotide et poursuivre la synthèse. Lorsque l’ADN
polymérase III a cessé de fonctionner, l’ADN polymérase I intervient d’abord pour
hydrolyser les ponts phosphodiesters unissant les ribonucléotides puis pour fixer des
désoxyribonucléotide à partir de l’extrémité 3’ du filament d’ADN qui a été formé par
l’ADN polymérase III. Elle aussi se déplace dans le sens 3’→5’. Enfin, l’ADN ligase
vient rattacher les fragments discontinus formé par l’ADN polymérase I avec ceux
formé au préalable par l’ADN polymérase III. En principe, l’ensemble du chromosome
bactérien se réplique en même temps avant la division cellulaire, mais les plasmides
sont capables de se répliquer entre deux divisions.

Réplication chez les eucaryotes

Il existe une dizaine d’isoenzymes de DNA polymérases chez les eucaryotes. La

DNA polymérase α associée à la primase est responsable de la synthèse des
amorces. La DNA polymérase δ est la principale enzyme de la réplication,
synthétisant sur le brin direct aussi bien que sur le brin retardé. Les autres DNA
polymérases interviennent dans la synthèse du DNA mitochondrial ou dans les
processus de réparations du DNA génomique.

La totalité des chromosomes nucléaires d’une cellule eucaryote se réplique

pendant une certaine durée avant la division cellulaire. Tous les gènes ne sont pas
répliqués en même temps. Il y a des différences de vitesse donc des réplicons
différents. Il y a certainement un réplicon par chromosome s’il est petit et il y en a
plusieurs dans les chromosomes de grande taille. Ceci explique que la réplication
chez les procaryotes soit beaucoup plus rapide que la réplication chez les
eucaryotes. Dans les organismes pluricellulaires tel que l’organisme humain, chaque
cellule se divise seulement si elle reçoit des signaux permissifs ou inductifs de la part
d’autres cellules du tissus conjonctif. La réplication commencerait au niveau du site
réplicateur par fixation d’une série de protéines qui constitueraient une particule
appelée primosome. L’hélicase permet la séparation des deux brins du DNA et
chacun des deux brins est stabilisé par des protéines SSB, rendant les matrices du
DNA accessible aux DNA polymérases. La primase qui est une RNA polymérase
particulière commence sur environ 10 nucléotides, la synthèse d’un RNA hybridé
avec le DNA model. Le premier ribonucléotides de cette amorce garde ses trois
phosphates. Au bout de dix nucléotides, une DNA polymérase α prend le relais et
poursuit la condensation de 20 désoxyribonucléotides. L’amorce est donc constituée
d’un brin mixte comprenant RNA puis DNA sur 30 nucléotides environ. Le dernier
désoxyribonucléotide de l’amorce, liée avec le brin de DNA qui sert de modèle, sert

16
de point d’initiation à l’activité de la DNA polymérase δ. Sur le brin direct, en
remontant de 3’→5’, la DNA polymérase δ synthétise un brin complémentaire en
ajoutant des désoxyribonucléoside triphosphates à l’extrémité 3’OH libre. Une
nouvelle hélice se forme entre le brin modèle direct et le nouveau brin synthétisé. Sur
le brin retardé, une DNA polymérase δ progresse de 5’→3’. Pour pouvoir synthétiser
un brin complémentaire, il faut que la primase et la DNA polymérase α fabriquent des
amorces assez rapprochée à quelques centaines de nucléotides de distances sur le
brin modèle au fur et à mesure que celui-ci est détaché du brin direct. A partir de
l’extrémité 3’OH d’une amorce, la DNA polymérase δ synthétise un fragment
d’Okazaki jusqu’à ce qu’elle rencontre l’extrémité 5’-triphosphate de l’amorce
précédente. Cette dernière est hydrolyser par une nucléase, ce qui permet à la DNA
polymérase δ d’achever la synthèse du fragment d’Okazaki que la ligase va lier
définitivement avec le DNA du fragment précédent. Une nouvelle double hélice se
forme entre le brin modèle direct et le nouveau brin synthétisé.
La synthèse du brin retardée du DNA ne peut se faire lorsque la DNA polymérase
atteint l’extrémité 3’ du brin modèle, faute de place pour une amorce
complémentaire. S’il n’y avait pas de mécanisme particulier, à chaque réplication le
DNA du chromosome serait raccourci. Le télomère (séquence du DNA à l’extrémité
des chromosomes humains) est une séquence 5’-TTAGGG-3’ répétée quelque
centaines de fois avant le 3’OH final. La télomérase est une DNA polymérase qui
peut continuer la synthèse d’un ADN simple brin. Cette enzyme comprend un RNA
de 450 nucléotides dont l’extrémité (5’) terminale est 5’-CUAACCCUAAC… cette
extrémité sert de modèle pour l’enzyme en vue de la synthèse de quelques unités de
la répétition TTAGGG. Après cette synthèse, l’enzyme glisse le long du brin de DNA
et recommence de nouvelles unités. L’extrémité 3’ du brin modèle ainsi allongée peut
servir à la pose d’une amorce nouvelle : l’extrémité 3’-OH de cette amorce sert alors
de point de départ pour la DNA polymérase δ pour synthétiser l’autre brin. Notons
aussi que la chromatine des eucaryotes est fortement condensée. Il s’agit donc avant
la réplication que soient détendues non seulement les hélices, mais aussi les
boucles entourant les nucléosomes. On a constaté que les nucléosomes sont
absents de la zone qui correspond aux fourches de réplication.

17
Tableau 2 : COMPARAISON DE LA REPLICATION DES GENES PROCARYOTES ET EUCARYOTES
Procaryotes Eucaryotes
Origine Site unique, locus Ori C Sites réplicateurs

Amorce ARN, synthétisé par une ARN-ADN, synthétisé par une

primase (Dna G) ; l’ADN
polymérase I la dégrade et
bouche le trou
Enzymes  DNA polymérase I
 DNA polymérase III
Initiation Complexe ADN protéines
(Dna A, Dna B, Dna C)
permettant la fusion du DNA
primase et l’ADN polymérase
હ ; elle est dégradé par une
nucléase et le trou est
bouché par l’ADN polymérase
઼
 DNA polymérase α
 DNA polymérase δ
 DNA polymérase γ
(mitochondriale)
Fusion du DNA grâce à
l’hélicase

V/ LES PLASMIDES ET LE GENOME MITOCHONDRIALE (confère

annexe 2)

Les plasmides

En dépit de leur réplication autonome, les plasmides utilisent largement la

machinerie de réplication de l'hôte, notamment les ADN et ARN polymérases. On
distingue trois mécanismes généraux de réplication des plasmides circulaires : le
type thêta (θ), le déplacement de brin, et le cercle roulant (RC). Comme dit plus haut,
l’incapacité des ADN polymérases à initier la réplication, rend nécessaire la
génération indépendante d'une amorce. Dans les plasmides, la réplication débute
avec

l'ouverture ou fusion des brins suivie de la synthèse de l'ARN d'amorçage
par l’ARN polymérase (thêta et réplication de déplacement brin) ou ;

le clivage de l'un des brins d'ADN pour générer une extrémité 3'-OH
(réplication en cercle roulant).
L’allongement de la réplication du plasmide est effectué essentiellement par l'ADN
polymérase III (et l’ADN polymérase I sur le brin en retard) avec la participation
d'autres protéines de l'hôte qui forment le réplisome.
La réplication de l'ADN à travers le mécanisme thêta implique la fusion des brins
parentaux, la synthèse d'une amorce d'ARN (ARNp), et l'initiation de la synthèse
d'ADN par extension covalente de l’ARNp. La synthèse de l'ADN Thêta-type peut
commencer à partir d'un ou de plusieurs origines et la réplication peut être
unidirectionnelle ou bidirectionnelle. En microscopie électronique, les intermédiaires
de réplication sont considérés comme des molécules typiques θ (thêta).

18
 La réplication par déplacement de brins nécessite trois protéines codées par
d’autres plasmides pour l'initiation de la réplication de l'ADN. Ces protéines favorisent
l'initiation à une région d'origine complexe, et la réplication procède ensuite dans les
deux sens par un mécanisme de déplacement de brin.
Les origines de réplication des plasmides en cercle roulant, sont constituées de
module interchangeable.

Quand un plasmide colonise un nouvel hôte, la concentration de ces régulateurs

négatifs est négligeable. Cela est souhaitable puisqu’une réplication sans entrave du
plasmide, permet d’atteindre le nombre de copies normal dans un laps de temps.
Cependant, une fois le nombre de copies caractéristique atteint, maintenir ce nombre
moyen nécessite des ajustements aux variations de cette valeur dans la cellule. Les
systèmes de contrôle assurent cela soit en augmentant ou en diminuant le taux de
réplication par copie de plasmide et par cycle cellulaire.
Le contrôle de la réplication est effectué grâce à des inhibiteurs, ce qui indique
une connaissance de la concentration des copies de plasmides dans la cellule. Ces
inhibiteurs permettent de réduire la fréquence d'initiation après chaque événement
d'initiation et augmenterait ou diminuerait le taux d'initiation de la réplication lorsque
le nombre de copies serait respectivement inférieur ou supérieur à la moyenne
requise. Lorsque la fréquence d'ouverture du plasmide est déterminée par le niveau
d'une protéine initiatrice, un mécanisme de régulation de la réplication du plasmide
serait d'inactiver la protéine initiatrice après chaque événement de réplication.
Plusieurs types d'inhibiteurs ont été détectés:

un ARN antisens (ColE1, R1, et pT181) ;

à la fois un ARN antisens et une protéine (pMV158 et pIP501) ;

des sites d'ADN codant pour les protéines initiatrices de liaison
Notons aussi que deux plasmides avec réplicons identiques ne peuvent pas
coexister de manière stable au sein d'une cellule donnée, en l'absence de pression
sélective. On parle d’incompatibilité plasmidique.

Le génome mitochondriale

Toutes les protéines connues, impliqué dans la réplication de l’ADN

mitochondriale des mammifères, sont codé dans le noyau. L’ADN polymérase γ est
la seule ADN polymérase mitochondriale connue chez l’homme.

Chez les animaux la réplication du génome mitochondrial a deux origines de

réplication : l’origine de réplication du brin lourd (OH) qui est localisée dans la boucle-
D, et l’origine de réplication du brin léger (OL) qui est localisée à proximité d’un
groupe de 5 gènes d’ARNt au deux tiers du génome à partir de l’origine de
réplication du brin lourd. Ces séquences particulières permettent le recrutement des
protéines qui dénaturent l’ADN à ce niveau. Bien qu’aucune séquence consensus
n’ait été trouvée, ces séquences permettent néanmoins de former des structures
tertiaires très complexes en feuille de trèfle. Ces structures particulières de type
19
ARNt serait reconnue par la sous-unité accessoire de l'ADN polymérase γ qui
présente des homologies de séquences avec les aminoacyl ARNt synthétase.

Figure 6 : Structure potentielle des origines de réplication du brin lourd (OH) et du brin
léger (OL) chez l'homme.

En plus de l’origine OH, la boucle-D contient les origines de transcription des deux
brins d’ADN (HSP : Heavy Strand Promotor, LSP : Light Strand Promotor). On note
aussi la présence d’une région CSBs (Conserved Sequence Blocks) constituée de
trois blocks de séquence conservée chez tous les mammifères (CSBI, CSBII et
CSBIII).
Si l’initiation de la réplication pour l’ADN nucléaire est réalisée par une activité
primase, dans la mitochondrie cela nécessite l’action de l’ARNase H permettant la
libération de l’extrémité 5’ de l’origine de réplication du brin lourd. L’initiation de la
réplication diffère en fonction des deux types de brins. Ainsi l’initiation de la
réplication dans la mitochondrie de cellule humaine serait pour le brin lourd initiée à
partir d’un transcrit produit directement par l’ARN polymérase à partir du promoteur
LSP. Cette initiation spécifique est permise par le facteur de transcription mtTF1
associé à l’ARN polymérase mitochondriale (RPO41). L’ARN synthétisé peut être
utilisé pour la transcription ou la réplication. Cependant, pour qu’il serve d’amorce à
une ADN polymérase, l’ARN doit être processé au niveau d’un site spécifique du
CSBs par une RNase MRP (Mitochondrial RNA Processing). L’extrémité 3’OH libre
résultant de la coupure est utilisée par l’ADN polymérase, et la synthèse du brin lourd
H peut commencer. Cette synthèse est unidirectionnelle. Au deux tiers du génome
mitochondrial, l’origine de réplication du brin léger L est alors exposée, ce qui permet
le début de la synthèse de ce brin L dans la direction opposée à celle de la
réplication du brin H. Cette exposition permet la formation de boucles qui seraient
reconnues par une sous unité de l’ADN polymérase possédant des homologies avec
le site actif des aminoacyl ARNt synthétase de classe II. L’origine de réplication OL
n’est pas précédée par un promoteur de transcription, cela suggère que les amorces
permettant d’initier la polymérisation du brin léger ne sont pas synthétisées par une
ARN polymérase. La synthèse du brin léger étant initiée plus tardivement que celle
20
du brin lourd, cette réplication est donc asymétrique. La synthèse s’arrête
momentanément lorsque les deux fourches de réplication se rencontrent. Les deux
molécules filles se séparent et la synthèse est achevée afin d’obtenir la formation de
deux molécules filles contenant chacune l’un des deux brins d’ADN parental. L’ARN
polymérase mitochondriale ainsi que les facteurs de transcription étant codé par le
noyau, toute initiation au niveau du génome mitochondriale nécessite la participation
du noyau indépendamment du fait que l’ARN polymérase soit utilisé pour la
transcription ou la réplication.

Figure 7 : Modèle de réplication unidirectionnel utilisé par les mitochondries des

vertébrés.

Sur le brin lourd (H-brin), la transcription commence au promoteur H-brin (HSP).

Les premiers gènes rencontrés codent pour des ARN ribosomaux. On y distingue
ensuite d’autre gènes dont 12 ARN messagers qui code pour les protéines de
phosphorylation oxydante, et 14 ARN de transfert. Sur le Brin léger (L-brin) la
transcription commence au Promoteur L-brin (LSP) et se poursuit dans le sens
opposer a celui du brin lourd, en commençant avec des amorces d'ARN pour la
réplication et, au-delà la boucle D, codant pour 8 ARN de transfert et 1 ARN
messager. De Longues chaînes polycistroniques d’ARN sont formées et sont ensuite
clivé précisément en espèces d'ARN distincts.

21
 VI/ INHIBITEURS DE LA REPLICATION ET DE LA TRANSCRIPTION (confère
annexe 4)

Il existe plusieurs inhibiteurs de la réplication et de la transcription :

Procaryotes

Les quinolones entraînent une inhibition rapide de la synthèse de l’ADN par

action sur des topo-isomérases bactériennes. En revanche, les quinolones sont
inactives sur les topo-isomérases des cellules eucaryotes. Ils traversent la paroi des
bactéries à Gram négatif grâce aux porines (chez les bactéries à Gram positif, la
paroi n’est pas un obstacle), et pénètrent dans le cytoplasme par diffusion passive
avant d’aller agir sur l’ADN gyrase (ou topo-isomérase II) et sur la topo-isomérase IV.
L’ADN gyrase fait partie du groupe des topo-isomérases, enzymes qui modifient la
topologie de l’ADN. Au cours de la réplication de l’ADN la séparation des brins, créée
des forces de tension qui bloquent la progression de la fourche de réplication. La
gyrase réduit ces forces de tensions après coupure, déroulement et soudure de
l’ADN. Les quinolones se fixent sur le complexe formé par la gyrase et l’ADN au
moment de la coupure, formant un complexe ADN-gyrase-quinolone. La soudure des
brins est spécifiquement inhibée par les quinolones et l’ADN bactérien se trouve sous
forme de fragments. Cette inhibition de la réplication déclenche le système de
réparation SOS.
Les quinolones inhibent aussi la réplication des plasmides à des concentrations
parfois non bactéricides et à forte dose, l’action des quinolones inhibe également la
transcription.

La novobiocine inhibe la réplication de l’ADN en empêchant la fixation d’ATP sur

la sous-unité β de l’ADN-gyrase.

Les imidazolés se fixent sur l’ADN, notamment au niveau des régions riches en
adénine et thymine, et provoquent une oxydation suivie d’une coupure des brins et
d’un déroulement de l’ADN. Ces lésions de l’ADN sont suivies de la mort de la
bactérie.

Les rifamycines se fixent sur la sous-unité β de l’ARN polymérase et empêchent

l’initiation de la synthèse des ARNm. Elles ne se fixent pas sur l’ARN polymérase
déjà liée à l’ADN et n’ont donc pas d’action sur la phase d’élongation de la
transcription. L'absence d'activité des rifamycines sur les ARN polymérases des
cellules eucaryotes explique sa toxicité sélective pour les bactéries.
Les rifamycines sont douées d’une action bactéricide s’exerçant même sur les
bactéries au repos. Cet effet serait lié à l’oxydation in vivo du site quinone de la
molécule ce qui formerait des ions superoxydes et secondairement des radicaux
libres toxiques pour l’ADN bactérien.

22
 Eucaryotes

L’α-amanitine est une substance inhibitrice des ARN polymérases I et II. Elle est
un peptide cyclique isolé du champignon Amanita et responsable de leur extrême
toxicité. Elle se fixe avec une haute spécificité et une forte affinité (Ki = 3-4 nM) à
proximité du site actif catalytique de l’ARN polymérase II. Le polypeptide organique
transporteur d’anion OATP3, a été identifié comme le transporteur d'absorption
amanitin dans les cellules hépatiques humaines. Amanitine est un inhibiteur
irréversible car elle déclenche la dégradation de RPB1, la plus grande sous-unité de
l’ARN polymérase II.

Actinomycine D est probablement l'inhibiteur le plus populaire de la transcription.

Il comprend deux peptides cycliques reliés entre eux par un dérivé phénoxazine. Il
est isolé des bactéries Streptomyces. Actinomycine D est également l'un des
médicaments de chimiothérapie, couramment utilisés pour traiter le cancer
gestationnel trophoblastiques, le cancer des testicules, la tumeur de Wilm, et le
sarcome d'Ewing.
Les inhibiteurs classiques de la transcription ont des avantages et des
inconvénients. Amanitine est très sélective pour l’ARN polymérase II et l’ARN
polymérase III mais elle est lente. Actinomycine D est rapide mais sa sélectivité est
pauvre. De nos jours, il existe de nouveaux inhibiteurs tels que la triptolide qui sont
rapides, sélectifs et arrêtent complètement la transcription et déclenchent la
dégradation rapide de l’ARN polymérase II.

VI/ REPARATION DU GENOME (confère annexe 5)

La réparation de l’ADN comprend un ensemble de processeurs mis en œuvre par

une cellule pour identifier et corriger les dommages de l’ADN génomique. Les
mécanismes de réparation ont été hautement conservés au cours de l’évolution : le
mécanisme de réparation eucaryote a des analogies avec E-Coli. Au cours de la
réplication, des mésappariement peuvent survenir au moment de l’insertion des
nucléotides. Il en résulte que les nucléotides sur les deux brins ne sont plus
complémentaires. Aussi, l’ADN génomique est continuellement soumis à des
modifications métaboliques normales telles que la tautomérisation et la dépurination.
Des instabilités génomiques peuvent aussi être induites par des facteurs exogènes
tels que l’alimentation, le style de vie, des stress environnementaux, ainsi que des
radiations solaires et des produits chimiques. Mais les instabilités génomiques
peuvent aussi être dues aux processus métaboliques produisant par exemple les
espèces activées de l’oxygène qui peuvent endommager l’ADN mitochondrial. On
estime entre mille et plus d’un millions, le nombre de lésions par cellule et par jour.
Plusieurs types de réparations peuvent intervenir sur le DNA. En général, le fragment

23
de DNA endommagé est détecté puis enlevé grâce à des enzymes de contrôle. Il est
ensuite synthétiser grâce à la matrice de DNA complémentaire ou grâce à un autre
segment de DNA au cas ou le dommage a atteint les deux brins du DNA.
L’ADN polymérase assure non seulement l’assemblage des désoxyribonucléotide
mais aussi la vérification de la fidélité de la réplication par rapport au filament
modèle. On compte en moyenne une erreur chaque 1010 paires de bases copiées.
La vérification se fait à deux niveaux pendant la biosynthèse. Au moment de
l’insertion d’un nouveau nucléotide seul la base complémentaire à celle qui est
présente sur le filament modèle peut être mise en place parce que l’énergie libre
nécessaire pour l’établissement des liaisons hydrogènes avec un autre type de base
serait trop élevée. Malgré tout, une base peut parfois être attachée selon un
appariement incorrect. Lorsque le complexe protéique de l’ADN polymérase se
déplace sur le désoxyribonucléotide suivant, la nature de la base qui vient d’être
insérée est vérifiée. Si les liaisons hydrogènes ne sont pas correctement disposer,
l’une des protéines du complexe les reconnait et déclenche une activité 3’-exo
nucléase qui détache le nucléotide fixé à tort.
Les systèmes de réparation les plus importants sont le système de réparation par
excision de base (BER), le système de réparation par excision de nucléotide (NER),
la réparation des coupures double brin, le système de réparation des mauvais
appariements (MMR). Le BER permet de remplacer des bases altérées, de réparer
des sites abasiques et des coupures simple brin. Le NER quant à lui permet de
corriger les lésions étendues ou qui déforment de manière importante l’ADN, par
exemple des pontages avec des molécules exogènes. Le MMR permet de réparer
les mauvais appariements, c'est-à-dire de réparer la présence en vis-à-vis de deux
bases non complémentaires dans la double hélice de l’ADN. De tous les systèmes
de réparation, il semble que seul le BER soit retrouvé dans la mitochondrie, il permet
de réparer des mutations de l’ADN nucléaire mais aussi de l’ADN mitochondrial.
Considérons le système BER : Il existe deux voies du BER possible : le short-patch
BER et le long-patch BER. Durant le short-patch BER (SP-BER), seul un nouveau
nucléotide est incorporé à la place d’une base endommagée ; tandis que dans le
long-patch BER (LP-BER), de deux à dix nouveaux nucléotides sont incorporés.
L’étape initiale du BER nécessite des ADN glycosylases. Les ADN glycosylases
reconnaissent et enlèvent la base modifié. Cela produit un site AP (APurique ou
APyrimidique) sur l’ADN. Elle se fait par une ADN glycosylase spécifique de la base
mutée (ex : uracile ADN glycosylase, hypoxanthine…). Le site AP est reconnu par
une AP endonucléase (ex : APE1 pour SP-BER ; FEN1 pour LP-BER) qui coupe le
squelette sucre-phosphate sur le brin portant la lésion. Le résidu 5’ désoxyribose-
phosphate est éliminé. Une DNA polymérase remplace le(s) nucléotide(s) excisé(s),
puis une ligase ligature les fragments d’ADN obtenu (ligase I pour LP-BER et ligase
III pour SP-BER).

24
 Ligation

Short patch (1 Long patch (2-10

nucléotide) nucléotides)

Figure 8 : REPARATION BER

Dans certains cas, le dommage porte sur deux nucléotides successifs. Par
exemple, les rayons ultra-violets provoquent des réactions entre résidus de
pyrimidine adjacents sur un même brin. Comme il s’agit d’un cycle de caractère
aromatique, ils peuvent échanger deux liaisons covalentes en saturant leurs cycles.
C’est surtout le cas des “dimères de thymine”. Ces derniers sont rigides. Ils
provoquent donc une déformation de la double hélice qui empêche la réplication.
Dans ce cas, il est possible de résoudre le problème par excision des bases grâce à
des endonucléase spécifique, mais chez les procaryotes, il existe un autre système
dit, système enzyme de photoréactivation, capable de réduire les dimères de
thymidine et de reconstituer directement les deux résidus de thymine. Ce système
existe aussi chez certain eucaryotes, mais pas chez l’Homme.
Un autre type de réparation est mis en œuvre chez les bactéries quand les
dommages causés à l’ADN sont très importants : il s’agit du système SOS. C’est un
système de survie d’urgence. Il est qualifié de mutagène car il permet des mutations
imparfaites. Lorsque les lésions sont graves et nombreuses, la synthèse de l’ADN est

25
stoppée, ce qui provoque l’apparition de zones monocaténaires. Ces zones sont
reconnues par l’enzyme de réparation et recombinaison RecA qui agit d’une part en
assurant les événements de recombinaison, d’autre part en hydrolysant par une
activité protéolytique la protéine LexA, qui est un répresseur des gènes SOS. Cette
enzyme induit donc l’expression d’une vingtaine de gènes impliquée dans la
réparation de l’ADN. Quand le système de réplication aborde une zone non réparée,
il est stoppé et redémarre plus loin. Une portion d’ADN simple brin se forme, ce qui
recrute la protéine RecA, qui se dispose en hélice autour de la portion simple brin. Le
répresseur LexA s’attache au complexe RecA-ADN simple brin, et est clivé. Le
clivage entraine son inactivation et crée un signal SOS, permettant l’expression
d’une vingtaine de gènes. On observe entre autre :

l’activation du gène UvrA, impliqué dans les mécanismes de réparation

par excision

la synthèse en grande quantité de RecA (induit sa propre expression)

la synthèse des gènes UmuD et UmuC qui jouent un rôle important
dans la mutagénèse SOS.

Le déclanchement du système SOS permet la reprise de la réplication. Dans ces

conditions d’urgence, le complexe de réplication ignore la lésion qui se trouve sur le
brin parental, et synthétise un brin fils en face de la lésion. Comme la matrice est
aberrante, il y a des mutations qui ne sont pas corrigées, la réplication perd alors de
sa fidélité qui la caractérise. Ainsi, la réplication fidèle est temporairement suspendue
au profit de la viabilité, même si cela doit créer une modification ou une altération de
l’information génétique. On parle donc de réplication fautive.

VII/ CONCLUSION

En définitive, les génomes procaryotes et eucaryotes diffèrent en bien des points.

On retrouve chez E. coli et chez l’homme, deux types de génomes différents les uns
des autres : le nucléoϊde et les plasmides chez E coli ; les génomes nucléaire et
mitochondriale chez l’homme. Ils sont organisés de façon différente ; utilise des
enzymes différents pour la transcription et la réplication où surtout l’initiation se
déroule de manière différente dans chacun de ces génomes. Les génomes
secondaires que sont les plasmides et le génome mitochondriale, sont de façon
différente dépendant de leurs principaux génomes respectifs, que sont le nucléoϊde
et le génome nucléaire. Les plasmides, bien qu’ils se répliquent de manière
autonome, ont besoins de la machinerie de réplication du nucléoϊde. Le génome
mitochondriale, quant à lui, attend le signal du génome nucléaire pour se répliquer.

26
REFERENCES

Toute la biochimie, par Serge Weinman, Pierre Méhul

Biochimie dynamique,

Biologie moléculaire, Pr C. Housset, Pr A. Raisonnier

THÈSE pour le DOCTORAT DE L’UNIVERSITÉ BORDEAUX 2, Thème :
REPLICATION DE L’ADN MITOCHONDRIAL Identification d’une seconde
activité ADN polymérase dans la mitochondrie de S.cerevisiae et
Contribution à l’étude du réplisome mitochondrial, par Christophe
VELOURS

Thèse de Doctorat De l’Université Louis Pasteur STRASBOURG I, Thème :
Mesure cellule par cellule du nombre de copies de plasmide chez
Escherichia coli, par Christian RICK

http://books.google.tg/

http://cgdc3.igmors.u-psud.fr/microbiologie/partie1/Chap1_1_diff.htm

http://fr.wikipedia.org/wiki/Plasmide

27