Biodpollution

Lensemble des procds d'limination de polluants, organiques ou minraux, prsents dans les milieux naturels par l'action de microorganismes. quatre types de procds:
Biodgradation: Dcomposition d'un substrat organique, par action de
microorganismes vivants.

Biorduction: Rduction des composs oxyds (nitrates, oxydes

mtalliques) par voie biologique

Biolixiviation: Extraction des mtaux contenus dans une boue, un sol,

un sdiment ou un minerai par solubilisation provoque par des microorganismes.

Biofixation/Biosorption: "Fixation" de polluants, la plupart du temps,

mtalliques, prsents dans un effluent liquide sur des microorganismes

Les bioprocds de dpollution sont plus intressants que les techniques physico-chimiques: le rapport efficacit/cot est bien suprieure

l'attaque par les bactries permet une LIMINATION complte du contaminant avec une consommation en nergie ngligeable

Seul inconvnient : leur lenteur

Comment nettoye-t-on lair, leau et les sols ?

Contaminants

Mthodes physico-chimiques
Prcipitation avec chlorure ferrique Filtre ou colonne de rinage

Utilisation de bactries
Streptothrix hyalina Pseudomonas

matires organiques dans l'eau des gouts vapeurs toxiques dans l'air essence dans le sol

Membrane d'encapsulation souterraine

Micrococcus

Types de polluants
composs chimiques

mtaux
-

substances organiques
- les hydrocarbures ptroliers
(gasoils, fuels, essences, krosnes) krosnes

essentiels la vie trs faibles doses

(oligolments= Na, K, Mn, Ca), Ca

car ils sont impliqus dans le mtabolisme cellulaire

- dchets de l'exploitation du ptrole

(boues et rsidus d'huiles[goudrons)

- non essentiels la vie, mtaux lourds

(Cd, Hg, Al et Pb) gnralement prsents l'tat de trace dans la biosphre

- rsidus organiques de l'industrie chimique (alcools, acides ) - composs organiques halogns

(herbicides, fongicides, insecticides

Biodpollution de leau
origine principale de la pollution de leau: l'activit humaine (industries, agriculture, dcharges) l'puration biologique des eaux: procd le plus utilis pour restaurer la qualit de l'eau (cultures bactriennes libres (boues actives) ou fixes (lits bactriens et biofilms) Au Canada: mise au point dun modle pilote de racteur en circuit ferm pour l'puration des eaux uses : "REDSTAR" (REacteur Disques STrilisables Amovibles Rotatifs)
(culture de souches slectionnes)

Traitements de leau station dpuration

Traitements prsents dans toutes les stations : 1. un dgrillage : passage des eaux au travers d'une grille retenant les lments les plus grossiers qui seront limins avec les ordures mnagres. 2. un dessablage, dgraissage, dshuilage : limination des sables qui sont dposes et des graisses qui flottent et seront racles en surface. Pour enlever les matires restantes, on utilise diffrents systmes faisant intervenir : des micro-organismes (pour les matires biodgradables), et/ou des composs chimiques.

Les systmes biologiques

Les boues actives (BA) : Dans cette mthode, le traitement des eaux est ralis par des microorganismes, les bactries qui se nourrissent de matires polluantes, mais il faut leur apporter de l'oxygne (par des apports d'air) pour leur permettre d'assimiler les polluants. Suivant ce que l'on veut traiter, on utilise diffrentes bactries soit pour : - traiter le carbone (transformer le carbone en CO2), - transformer lazote en nitrates puis les nitrates en azote gaz, - stocker le phosphore. La sparation de leau traite de la masse des bactries (que lon appelle boues ) se fait dans un bassin spcifique : le "clarificateur". Pour conserver un stock constant et suffisant de bactries dans le bassin de boues actives, une grande partie des boues extraites du clarificateur est ensuite renvoye dans le bassin. La plupart des stations dpuration municipales fonctionnent selon ce principe.

Le dcantateur-digesteur : Les matires en suspension tombent par gravit, dcantation. Les microorganismes se dveloppent naturellement. Les filtres sable (FS) : Leau traverse un massif de sable qui la filtre, des bactries puratrices se dveloppent et compltent cette filtration. Les filtres roseaux : Les eaux uses sont traites dans un bassin deux tages de graviers plant de roseaux. Les bactries agissent au niveau des graviers, la prsence des roseaux permet d'arer les eaux .

Les procds biologiques cultures fixes : les biofiltres et les lits bactriens Le principe de ces procds consiste faire percoler leau traiter travers un matriau sur lequel les bactries se dveloppent constituant alors un biofilm sur ce support. - lit bactrien (des galets ou des supports alvolaires) : les eaux uses dcantent sur un lit bactrien poreux L'aration est donne par l'oxygne de l'air. Le biofilm qui se forme se dtache et tombe au fur et mesure de sa formation. - les biofiltres (des argiles cuites, des schistes, du polystyrne, des graviers ou des sables), le dveloppement des bactries se fait sur des disques. Le biofilm obtenu dans ce cas reste accroch aux filtres.

Dfinition dun biofilm

Un biofilm est une communaut de microorganismes (bactries, champignons etc.) adhrant entre eux, fixe une surface ( bactries dites sessiles) , et caractrise par la scrtion d'une matrice adhsive et protectrice. Ils sont naturellement rsistants aux antibiotiques Ils sont lorigine de nombreuses infections chroniques

Les biofilms
Le mode de vie en biofilm est l'une des deux modalits de vie des organismes unicellulaires ce serait le mode de vie naturel de la plupart des microorganismes, notamment en milieu hostile l'autre mode de vie est la flottaison libre de type dit planctoniques dans un milieu liquide. La structure et la physiologie du biofilm donne aux bactries ce que lorganisation tissulaire apporte aux cellules des tres suprieurs.

Dveloppement du phnotype biofilm Il rsulte dune activation rapide de gnes (>103 gnes)

Surfaces biologiques
Exploration Quorum sensing 1 3 4
Activation des gnes d adhsion (adhsine)
Production de la matrice extracellulaire (> 12 minutes) Facteur sigma contrlant la transcription

Protection des bactries dans un biofilm 1. Protection passive

La matrice protge physiquement les bactries contre l'entre des agents antimicrobiens, les dtergents et les antibiotiques.

2. Protection mtabolique.
les bactries entoures de biofilm sont moins actives mtaboliquement, donc moins rceptives aux agents antimicrobiens

Protection des bactries dans un biofilm

3. Protection active
La rsistance de P. aeruginosa aux antibiotiques a t attribue des pompes defflux du biofilm expulsant activement les composants antimicrobiens.

4. Protection gntique
lors de leur implantation dans un biofilm l'expression gntique des bactries peut tre modifie. Lenvironnement du biofilm est propice aux changes de matriel gntique et permet le transfert de caractres de rsistance.

Le cycle de vie dun biofilm

Center for Biofilm engineering, Montana State University www.erc.montana.edu/default.htm

pollution de lair
indicateurs actuels: oxydes de S, O, N, l'ozone et les particules en suspension. Les composs organiques volatils (C.O.V.), sont des molcules carbones ( hydrocarbures aliphatiques et aromatiques) Les C.O.V. sont responsables de nuisances olfactives et parfois sont cancrignes. Les mthodes physico-chimiques (incinration ou oxydation thermique) d'limination des C.O.V., prsentent des limites (apport d'nergie important et dgagement de composs toxiques). Une voie possible pour la dgradation des C.O.V. : avoir recours des micro-organismes capables de les utiliser comme sources dE et/ou de C)

systmes de biodpollution de l'air (1)

La plupart des composs gazeux ne sont pas biodisponibles pour les microorganismes. Ils deviennent accessibles aux microorganismes lorsquils se trouvent en solution. biofiltres construits sur le principe d'une colonne de lavage, associe un bioracteur ( utilisation de cultures spciales).

Les biofiltres
Permettent dliminer la pollution carbone et/ou azote par Nitrification - Dnitrification Les biofiltres mettent en jeu 3 phases: 1. Une phase solide constitue dun matriau granulaire qui assure la rtention des matires en suspension par filtration mais aussi la fixation dune biomasse puratoire 2. Une phase liquide renouvele par lapport deau purer 3. Une phase gazeuse gnre par linsufflation de bulles dair dans la masse filtrante La transformation de la matire organique et/ou loxydation des composs azots contenus dans leau use est effectue par des microorganismes adhrent au support granulaire et colonisant le matriau. Le milieu doit rester en arobiose (sauf pour la dnitrification) pour satisfaire le besoin en oxygnes des microorganismes.

systmes de biodpollution de l'air (2)

En 1997, Lausanne on a mis en service une unit de biofiltration pour l'puration des missions industrielles gazeuses contenant des solvants (brevet BioVent) Technique: Immobilisation de bactries slectionnes sur des biofiltres Rsultat: rduction de la teneur en solvants toxiques jusqu 90%

Exemple de biofiltre pour effluents gazeux (modle Bioton)

Biofiltres naturels: Les plantes !

Les plantes absorbent 44 % de l'mission atmosphriques des hydrocarbures aromatiques polycycliques mis dans l'atmosphre

Phytormdiation
La phytoremdiation inclut toute technologie utilisant des plantes vasculaires, des algues (phycoremdiation) ou des champignons (mycoremdiation) pour liminer ou contrler des contaminations ou encore pour acclrer la dgradation de composs par l'activit microbienne

Principe de phytoremdiation
La phytoremdiation repose essentiellement sur les interactions plantes-solmicroorganismes. Le sol est une matrice complexe servant de support au dveloppement des plantes et micro-organismes qui se nourrissent des composs organiques ou inorganiques le composant. Lorsque certains de ces composs sont en excs, le sol est qualifi de contamin. Le(s) compos(s) en excs peut alors tre utilis comme source d'nergie par les plantes et micro-organismes. Dans le systme plante-sol-microorganismes, la biodgradation bactrienne est souvent en amont de l'absorption racinaire. Plantes et micro-organismes ont co-volu pour disposer dune stratgie bnfices mutuels pour grer la phytotoxicit o les micro-organismes profitent des exsudats racinaires alors que la plante bnficie des capacits de dgradation des microorganismes rhizosphriques pour rduire le stress de phytotoxicit

Biodpollution des sols

le processus le plus naturel de dpollution d'un sol fait intervenir les micro-organismes telluriques: bioremdiation (utilisation des polluants comme source de C et/ou dE) Le dveloppement de nouveaux procds biotechnologiques pour purer les sols de toxiques vise le plus souvent augmenter les proprits dpolluantes de microorganismes existants: biostimulation 1. vrifier si la flore bactrienne "autochtone", est capable

d'assainir le site 2. Prlever des chantillons sur le site contamin et voir lesquels des microorganismes prsents, survivent une forte concentration du toxique 3. amliorer de faon cible les conditions de l'environnement sur place (par l'apport de nutriments par ex.)

Biodpollution des sols (2)

Bioaugmentation: apport artificiel de souches bactriennes
slectionnes et cultives en laboratoire La russite d'une bioremdiation dpend de la forme sous laquelle se prsente la substance liminer (biodisponibilit) : - substances hydrosolubles (comme les pesticides) se retrouvent dans
la nappe phratique (donc traitement de leau) - toxique "reste accroch" dans la structure complexe du sol (donc problme)

dgradation des hydrocarbures aromatiques polycycliques (HAP)

Un exemple en France

- Les bactries classiques sont efficaces pour la dgradation des molcules composes de 1 3 noyaux benzniques (solubilit) dcouverte de souches de champignons (pourriture blanche) qui dgradent les HAP plusieurs noyaux . Ces organismes ont la particularit d'attaquer les polluants par des enzymes extracellulaires procd permettant de produire industriellement des champignons filamenteux capables de dgrader ces HAP complexes par inactivation d'une enzyme (la catchol dioxygnase) qui bloque l'ouverture du noyau benznique et empche ainsi la biodgradation.

Un exemple au Canada

Pile de sol contamin

Tuyau daration

Cas des mtaux lourds

Filtres souills par les cendres sont traits par biolixiviation (immersion dans des solutions contenant des thiobactries, des champignons Aspergillus niger-): - cendres peuvent servir de charges pour matriaux de construction - mtaux extraits rutiliss.

Plantes Mtallophages

A lchelle mondiale, on a dcrit plus de 400 espces de plantes "mtallophages", capables d'absorber 0.1 1% de mtal dans leurs bourgeons (moutarde dite de
Bombay, le tabac et certaines varits de saules).

Aprs la rcolte, les plantes gorges de mtaux lourds doivent tre incinres.

Biolixiviation
Colmer et Hinkle 1947 identication du rle des microorganismes dans la biolixiviation isolent dans des eaux de drainage acide de mines A. ferrooxidans....

Etude de la pollution lacide sulfurique de la rivire Ohio

d loxydation de la pirite (FeS2) contenu dans le charbon bitumeux mais les taux doxydation trouvs taient suprieurs ceux attendus par une oxydation chimique, des bactries oxydant le souffre frent identis

Une fois limplication de bactries dans la rduction de sulfure mtallique dmontre le dveloppement de la biolixiviation commenait
Source: Thse de Patrice Bruscella (2004 ) Universit de la Mditerranne, Aix-Marseille II

Biolixiviation

Capacit de certaines bactries dextraire des minerais les lments mtalliques en les faisant passer en solution.

Dans les pays en voies de dveloppement augmentation constante de la part produite par lixiviation.

dont 25% produit par lixiviation

Deux types de lixiviation bactriennes pour lextraction du cuivre: minerai en tas ou en place arros par une solution de lixiviation acidie, oxygne ou enrichie en nutriments pour favoriser laction des microorganismes. Les solutions de lixiviation contenant du sulfate de cuivre sont recueillies dans des bacs (A) puis amenes sur des copeaux de fer (B), le cuivre est alors spar par traitement lectrique (C). Les solutions de lixiviation sont recycles (D).

Phylognie ARNr 16S de procaryotes isols dans: eaux drainage acide de mines et de sites de biolixiviation

Gras: lixiviation Bleu: non cultivable Rouge: utilise le fer et non le soufre comme substrat nergtique

lignes contenant arobes strictes

Baker et Baneld 2003

*lignes contenant anarobes facultaives

Biolixiviation
Biodiversit et cologie microbienne
Modle 1: bas sur la disponibilit en O2

Modle gomicrobiologique (rivire Rio Tinto Espagne): rle(s) des diffrents microorganismes identis dans les cycles du fer et du soufre. BSR: Bactries Sulfato-Rductrices. Noms des bactries: taille de la police proportionnelle la densit cellulaire respective . (Gonzalez-Toril et al 2003)

Modle 2: bas sur la temprature de croissance de tous les microorganismes recenss des les eaux acide de mines

Cycle du fer, du soufre et du carbone bass sur les proprits mtaboliques des microorganismes se dveloppant dans les eaux de drainages acides des mines Baker et Baneld 2003

Apports de la gntique molculaire cette problmatique et au dveloppement de ces modles

ltude de lexpression des gnes pourrait:

indiquer la contribution de chaque espce au niveau molculaire dcrire et quantier les ux de matire ou dnergie identier les stratgies de symbiose ou de comptition entre les microorganismes

Source: Thse de Patrice Bruscella (2004 ) Universit de la Mditerranne, Aix-Marseille II

Conclusion
o L'importance des problmes d'environnement o La biodpollution prend de plus en plus de place face aux techniques chimiques o La biodpollution exploite la fois la diversit gntique et la versatilit mtabolique des micro-organismes pour transformer les polluants en sous-produits moins toxiques qui seront intgrs dans les cycles biogochimiques o Ltude dune pollution dbouchant sur un procd industriel dextraction de minerais (la biolixiviation) o Les micro-organismes permettent l'limination d'un nombre important de composs xnobiotiques