La Modélisation Moléculaire

est la construction, la visualisation, la

manipulation et la prédiction de structures
moléculaires réalistiques et de ses propriétés
physico-chimiques.
 Modélisation Moléculaire
Mécanique Moléculaire est une méthode
d'analyse conformationnelle basée sur
l'utilisation de champ de forces empiriques et
la minimisation d'énergie.
Dynamique Moléculaire applique les
équations de la mécanique classique pour
représenter le mouvement des atomes et des
molécules.
La Mécanique Moléculaire et la Dynamique
Moléculaire utilisent un modèle classique
des molécules:
masses ponctuelles reliées par des ressorts.

H kb

O 

r
H
 La minimisation d'énergie
La fonction énergie totale a de nombreux minima et maxima. Il n'existe
pas de méthode mathématique générale qui permette de trouver le
minimum global (c.a.d. le plus bas) de cette fonction. On emploie des
méthodes d'analyse numérique qui permettent de trouver des minima
locaux.

Energie

A
B

B0 C C
A0 '

C0
XN
 Champ des Forces

L'énergie potentielle d'interaction du système (E tot) est la somme des termes

décrivant les déformations de longueur de liaisons, d'angles, de dièdres, ainsi
que les interactions de van der Waals et électrostatiques.

Etot = Est + Ebd + Etors + Enb

Etot dépend de 3N variables (N - nombre d'atomes de la molécule).
Etot (XN)= Etot (x1, y1, z1, x2, y2, z2, ..., xN, yN, zN).
 AMBER
(Assisted Molecular Building and Energy Refinment)


Etot = liaisons (r-req)2 +  angles K -eq)2

+ dièdres Vn(1+cos n)

+ i<j (ij(Rij*/Rij)12 - 2ij(Rij*/Rij)6 + qiqj/Rij)

 Champ de Forces

Energies de déformation des liaisons (Est)

H
Est =  liaisons kb(r-r 0)2
kb
Exemple:
O 
Liaison de longueur "standard":
r
H r0 = 1.53 Å (Csp3 - Csp3)
1.09 Å (C - H)
Exemple:
l’énergie de déformation
des liaisons de l’éthane

=
2
E k (r-r )
st liaisons b 0
Toutes les longueurs
de liaison sont "standard":
rC-C= 1.53 Å
rC-H = 1.09 Å
Est = 0
 Champ de Forces

Energies de déformation angulaires ( E bd )

Ebd = angles k a(- 0) 2

H kb
Exemple:
O 
Angles "standard":
r
H 0 = 109.5° (pour Csp3 )
120° (pour Csp2 )
180° (pour Csp )
Exemple: l’énergie de déformation des angles
de l’éthane

Ebd = angles k a(- 0) 2

Tous les angles = 109.5°
Ebd = 0
 Champ de Forces
Energies de torsion (E tors)

Etors = torsions V n/2[(cos n)]

V - la barrière de rotation
n - la périodicité de rotation

D
D L'angle de torsion (dièdre)
A-B-C-D () est l'angle
A
B C
A B (C) entre les plans (ABC) et
(BCD)
Exemple: énergie de torsion de l’éthane
Etors = torsions V n/2[(cos n)]
l'angle torsion (dièdre) n=3; =0

V

 Energie

V
0
0 60 120 180 240 300 360
l'angle torsion

décalée éclipsée Etors = 0 à 60° (+gauche)

180° (anti)
300° = -60° (-gauche)
 Analyse des composantes énergétiques

Estr > 0  il y a des longueurs de liaison  r0.

Ebn > 0  il y a des angles 0.
Etors > 0  il y a des angles de torsion différents
de leurs valeurs "optimales".
Non-bonded interactions
 Champ de Forces
Energies d' interactions entre atomes non- liés (Enb)

répulsion attraction
Enb = E vdw + E es
énergie

Ees = i j<i qiqj/rij

R*
distance

 E vdw = ij<i [A ij/rij12 - B ij/rij6 ]

= i j<i ij[(Rij*/Rij)12 - 2(R ij*/Rij)12]

Courbe typique Evdw en fonction

de la distance interatomique
 Champ de Forces

• AMBER
• CHARMM
• MM2, MM3
• MMFF
• SYBYL
• …..
Problèmes de la Mécanique Moléculaire

Les structures résultantes du calcul (A0, B0 et C0)

dépendent de la structure de départ (A, B, C, ...)

Energie

A
B

B0 C C
A0 '

C0
XN
 Dynamique Moléculaire

La Dynamique Moléculaire applique les

équations de la mécanique classique pour
observer le mouvement des atomes et des
molécules.
Equations de base
de la Dynamique Moléculaire
Pour rechercher nouvelles positions atomiques
ri (t+t) = ri (t) + vt
Pour rechercher la vitesse atomique
vi (t) = vi (t-t) + t
Pour rechercher l’acceleration
= Fi /mi
Pour rechercher la force s'appliquant sur l’atome
Fi = - grad Ei
L’énergie est calculée en utilisant le champ de forces
 Pas d'intégration
en Dynamique Moléculaire

t = 1 fs = 10-15 s
Il correspond à  1/10 de la durée d’une
vibration des liaisons impliquant des
hydrogènes
 Les possibilités
de la Mécanique Moléculaire
Elle permet Elle ne permet pas
(i) de décrire l’énergie en (i) de décrire l’énergie en
fonction de coordonnées fonction du temps et de la
atomiques (enthalpie) température (entropie,
énergie libre)

(ii) de chercher des minima (ii) de franchir des barrières

de l’énergie correspondant énergétiques
à des conformères stables