Plan de cours H-2009

Titre du cours : No du cours : Bioprocds Industriels 210-1EK-SW Pondration : 2-4-2 Units : 2 2/3

Pralable(s) et prrequis ce cours 210-1EG-SW ET 210-1EH-SW

Pralable ou prrequis pour le(s) cours suivant(s) A ! "

N!"#$%T "N& &U# '(& )#"UP(&-*"U#& % N& +U( &U# '(& (N&( )N%NT(()&
N l,ves #
bre

&ess$

No pro.r210%AA

Pro.ra//e
Tec&ni'ues de l()or(toire /)iotec&nolo-ies0

(nsei.nant(e)
*ouis Tessier

'ocal
201+B

23+$

0001colle.es2a3ini.an-qc-ca ltessier,colle-es&(.ini-(n%'c%c(

*"$P4T(N*((&) "U "56(*T !(&) 7 &4(&)

Interprter des protocoles d1(n(l2se tiliser des cellules d(ns les )ioprocds

*"8(
013T 01EK

8escription du cours : !e cours o77re 8 l1tudi(nt l1opportunit d1(c'urir des notions et des outils pour co6prendre et 6(9triser les )ioprocds 6icro)iolo-i'ues utiliss 8 l1c&elle industrielle: (insi 'ue les (spects tec&ni'ues (ssocis (u; tec&nolo-ies de 7er6ent(tion% <lus spci7i'ue6ent: l( co6ptence du cours =ise 8 7(=oriser le d=eloppe6ent des &()ilets tec&ni'ues pour l( production en )ior(cteur de 6olcules d1intr>t )iotec&nolo-i'ue% *1tudi(nt ser( en 6esure de c(lculer l1e77ic(cit du )ioprocd et d1opti6iser les p(r(6?tres de 7er6ent(tion% !e cours per6et -(le6ent 8 l1tudi(nt d1(c'urir des notions et &()ilets 8 l1-(rd des )iotec&nolo-ies en=ironne6ent(les utilises pour l( re=(loris(tion de l( )io6(sse: le tr(ite6ent des e(u; uses: l( dcont(6in(tion en=ironne6ent(le et l( production de sous-produits 8 &(ute =(leur (@oute%

*"$P"&%NT( 8( !"#$%T "N

Formation gnrale commune : Formation gnrale propre : Formation gnrale complmentaire : Formation spcifique :

8parte/ent : *oordonnatrice : 8ate d9approbation :

Biolo-ie et )iotec&nolo-ies 4ic&elle Bernier 05 dce6)re 2005

-2-

Bioprocds Industriels (210-1EK-SW)

N"T(& P#4' $ N% #(&

*e cours A Bioprocds Industriels B est ensei-n 8 l( $e session (u; tudi(nts de 3e (nne en tec&ni'ues de l()or(toire: =olet )iotec&nolo-ies% Il s1(-it d1un des r(res cours d1int-r(tion 'ui est o77ert (u; tudi(nts% Il per6et de 7(ire l( s2nt&?se et d1(ppli'uer: 8 l1c&elle industrielle: les notions =ues en 6icro)iolo-ie: en )ioc&i6ie et en culture cellul(ire% 3epuis les derni?res (nnes: les )iotec&nolo-ies (ssocies (u; tec&nolo-ies de 7er6ent(tion se sont d=eloppes de 7(Con 7ul-ur(nte d(ns des do6(ines (ussi di=ersi7is 'ue lD(-ro(li6ent(ire: l( p&(r6(ceuti'ue: l( 6icro)iolo-ie: les procds de tr(ns7or6(tion: le -nie )ioc&i6i'ue: les produits c&i6i'ues industriels et l( 6decine% Elles sont de=enues pr(ti'ue6ent incontourn()les% Eue lDon pense 8 l( production industrielle dD(lcools: de =it(6ines: dD(nti)ioti'ues: dD(li6ents: de produits l(itiers: dDenF26es: de protines: ou )ien 8 l( =(loris(tion de produits 8 &(ute =(leur (@oute tels 'ue les (cides or-(ni'ues: les )iopesticides: les sol=(nts et les )io-(F: on sD(perCoit 'ue les tec&nolo-ies de 7er6ent(tion se 7(u7ilent d(ns pr(ti'ue6ent tous les do6(ines )iotec&nolo-i'ues% !e cours o77re 8 lDtudi(nt lDopportunit dD(c'urir des notions et des outils suppl6ent(ires pour co6prendre et 6(9triser les )ioprocds 7er6ent(ires et 6icro)iolo-i'ues utiliss 8 lDc&elle industrielle: (insi 'ue les (spects tec&ni'ues (ssocis 8 lDutilis(tion de 7er6enteurs: de )ior(cteurs /)ioin-nierie0: de s2st?6es de 7er6ent(tion en 6ode discontinu ou continu: de cellules i66o)ilises: etc% Il ser( en 6esure d1(ppli'uer des procds =is(nt 8 produire des )io6(sses 6icro)iennes /)(ctries: le=ures: 6oisissures0 et cellul(ires /(ni6(les et =-t(les0: (insi 'ue des 6t()olites d1intr>t co66erci(l /(lcool: (cide or-(ni'ue: (nti)ioti'ues: enF26es0% *1tudi(nt 6ettr( en pr(ti'ue des tec&ni'ues de rcupr(tion et de puri7ic(tion des 6t()olites produits p(r 7er6ent(tion et (ppli'uer( des 6t&odes de c(lculs pour =ri7ier l1e77ic(cit du )ioprocd% Il =(luer( -(le6ent l1i6p(ct des 7(cteurs p&2sico-c&i6i'ues tels 'ue l( te6pr(ture: le pH: l1o;2-n(tion: l1(-it(tion et l( concentr(tion en su)str(t sur l( 7er6ent(tion en -nr(l% *e cours per6ettr( 8 l1tudi(nt de p(sser en re=ue c&('ue t(pe i6port(nte 8 l1-(rd du 6ont(-e: de l( c(li)r(tion et de l( strilis(tion d1un )ior(cteur% *e cours =eut -(le6ent per6ettre 8 l1tudi(nt dD(c'urir des notions (ppro7ondies sur les )iotec&nolo-ies en=ironne6ent(les utilises pour l( )iodcont(6in(tion /di-estion: )io7iltr(tion: co6post(-e: )ioli;i=i(tion: etc%0 et pour l( re=(loris(tion de di=erses )io6(sses% *es di77rentes (pplic(tions seront prsentes (7in de 6ettre en =idence l1tendue des (pplic(tions )iotec&nolo-i'ues d(ns des su@ets (ussi =(ris 'ue l( protection de lDen=ironne6ent: l( production de sous-produits 8 &(ute =(leur (@oute: le rec2cl(-e des dc&ets: l( production dDner-ie et de nou=elles ressources: le d=eloppe6ent dur()le: etc% G l( 7in du cours: lDtudi(nt ser( en 6esure dD(ppli'uer les conn(iss(nces (c'uises sur lDense6)le des t(pes dDun )ioprocd et dD(=oir une =ue dDense6)le sur les perspecti=es dD(=enir d(ns le do6(ine de l( 6icro)iolo-ie industrielle: p(rticuli?re6ent (u ni=e(u des tec&nolo-ies de 7er6ent(tion et des )ioprocds en=ironne6ent(u;%

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"56(*T !& 89%PP#(NT &&%)(: *"NT(NU& (&&(NT ('& (T '(U# "#)%N &%T "N
7U( 89(N&($5'( 8( '% P#")#(&& "N 8(& %PP#(NT &&%)(& (T 8(& *"NT(NU& (&&(NT ('& &quence et dure &quence = ntroduction au> bioprocds industriels (= se/aine) &quence 2 4l/ents de p2?siolo.ie cellulaire (= se/aine) "b;ecti<s d9apprentissa.e 3crire les (pplic(tions )iotec&nolo-i'ues des )ioprocds 8 l1c&elle industrielle E;pli'uer: d1un point de =ue )ioc&i6i'ue: les processus de 7er6ent(tion Identi7ier les 6icroor-(nis6es utiliss d(ns les )ioprocds Identi7ier les )esoins nutriti7s des 6icroor-(nis6es et les p(r(6?tres suscepti)les d1(77ecter leur (cti=it 6t()oli'ue 3crire les 6ilieu; de culture (d'u(ts d(ns les procds de 7er6ent(tion !onn(9tre les 7onde6ents de l( cinti'ue de croiss(nce 6icro)ienne *ontenus essentiels 4ise en conte;te Histori'ue des )ioprocds Hin(lits des )ioprocds industriels It(pes d1un )ioprocd industriel !ellules proc(r2otes et euc(r2otes 4t()olis6e 6icro)ien Jespir(tion cellul(ire et 7er6ent(tion 3i=ersit des =oies de 7er6ent(tion Koies c(t()oli'ues et (n()oli'ues 4icroor-(nis6es utiliss d(ns les )ioprocds Besoins nutriti7s des 6icroor-(nis6es Sources de c(r)one: d1(Fote: de 6inr(u;: de 6(cro- et oli-ol6ents: etc% *es prcurseurs: in&i)iteurs et inducteurs *es 7(cteurs p&2sicoc&i6i'ues in7lu(nt sur l( croiss(nce *( 7or6ul(tion des 6ilieu; de culture industriels 4ilieu; co6ple;es et s2nt&ti'ues 4t&odes de 6esure de l( )io6(sse !inti'ue de croiss(nce 6icro)ienne 4od?le cinti'ue et cour)e croiss(nce tilis(tion du su)str(t Hor6(tion de produits Jende6ents et producti=its E;e6ples et (pplic(tions

&quence @ !er/entations : /ilieu> de culture industriels (= se/aine)

&quence A *intique /icrobienne et calculs de l9e<<icacit d9une <er/entation (2 se/aines) (>a/en so//ati< (20 B) &quence C 'es para/,tres de <er/entation (2 se/aines)

!&oisir et c(lculer @udicieuse6ent les p(r(6?tres de production d1une 7er6ent(tion !onn(9tre et e;pli'uer l1i6p(ct des p(r(6?tres p&2sicoc&i6i'ues sur le )on droule6ent d1une 7er6ent(tion

Te6pr(ture pH !oncentr(tion en su)str(t L;2-n(tion et tr(ns7ert d1o;2-?ne T(u; respir(toire et de6(nde en o;2-?ne 4t&odes de 6esure du tr(ns7ert d1o;2-?ne A-it(tion !ontrMle (nti6ousse Strilis(tion !onception p&2si'ue d1un r(cteur Il6ents d1un )ior(cteur et leurs 7onctions S2st?6es de contrMle S2st?6es de r-ul(tion S2st?6es de strilis(tion *es 6odes de 7er6ent(tion /discontinu: discontinu (li6ent: continu0 *( tec&nolo-ie des cellules i66o)ilises
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&quence D 'a tec2nolo.ie des <er/entations (2 se/aines)

E;pli'uer les di77rents 6odes de 7er6ent(tion utiliss d(ns les )ioprocds industriels Identi7ier les co6pos(ntes et les 6odes de 7onctionne6ent d1un )ior(cteur

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Bioprocds Industriels (210-1EK-SW)

7U( 89(N&($5'( 8( '% P#")#(&& "N 8(& %PP#(NT &&%)(& (T 8(& *"NT(NU& (&&(NT ('& &quence et dure &quence E 'es tec2nolo.ies de sparation et de puri<ication des /tabolites (= se/aine) (>a/en so//ati< (20 B) &quence F $t2odes de conservation et de contrGle /icrobiolo.ique (= se/aine) &quence 9 5ioprocds environne/entau> (A se/aines) 4preuve ter/inale (20 B) !onn(9tre et e;pli'uer les 6t&odes utilises pour isoler: conser=er et contrMler les souc&es 6icro)iennes utilises d(ns un )ioprocd !onn(9tre et e;pli'uer les )iotec&nolo-ies utilises pour l( dcont(6in(tion des di77rentes 6(trices en=ironne6ent(les et l( =(loris(tion des dc&ets Isole6ent et slection des souc&es !onser=(tion des souc&es !ontrMle des souc&es A6lior(tion des souc&es "b;ecti<s d9apprentissa.e Identi7ier et e;pli'uer les tec&ni'ues utilises pour sp(rer l( )io6(sse: (insi 'ue pour rcuprer et puri7ier les 6t()olites produits lors d1une 7er6ent(tion *ontenus essentiels Tec&ni'ues de sp(r(tion de l( )io6(sse Tec&ni'ues de rcupr(tion des produits Tec&ni'ues de puri7ic(tion des produits It(pes 7in(les du procd E;e6ples et (pplic(tions

<ro)l6(ti'ue de l( pollution (u Eu)ec 4esures de l( pollution des e(u; 3i-estion (ro)ie 3i-estion (n(ro)ie Bio7iltr(tion et )io7iltres Tec&nolo-ie du co6post(-e Tr(ite6ent des sols cont(6ins Bioli;i=i(tion du 6iner(i

'aboratoires (A 2eures par se/aine)H

&e/aine 1 2 3 (>prience Itude d1un 7er6enteur et de ses co6pos(ntes% H()ric(tion d1une denre (li6ent(ire /2o-ourt0 et d1une )oisson (lcoolise /=in0% <roduction d1une )io6(sse N sui=i de l( cinti'ue 6icro)ienne d1une souc&e reco6)in(nte dDEscherichia coli% 4esure et (n(l2se des rsult(ts du l()or(toire de l( se6(ine no 2% <roduction d1(cide l(cti'ue p(r Lactobacillus casei: e;tr(ction et puri7ic(tion 8 l1(ide de rsines c&(n-euses d1ions% 4esure et (n(l2se des rsult(ts de l( se6(ine no 3% <roduction de le=ures et d1t&(nol p(r Saccharomyces cerevisiae% <roduction de pnicilline p(r l( 6oisissure Penicillium chrysogenum% 4esure et (n(l2se des rsult(ts de l( se6(ine no #% 3i-estion (ro)ie et (n(ro)ie de purin (-ricole% 4esure et (n(l2se des rsult(ts de l( se6(ine no $% tilis(tion d1un )io7iltre 8 )(se de tour)e pour l( dcont(6in(tion d1e(u; uses% 4esure et (n(l2se des rsult(ts de l( se6(ine no 5% 4esure et (n(l2se des rsult(ts de l( se6(ine no 5%

4 # $ O 5 + 10 11
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&e/aine de relIc2e

Bioprocds Industriels (210-1EK-SW) 12 13 4esure et (n(l2se des rsult(ts de l( se6(ine no +%

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4preuve ter/inale t2orique de laboratoire de 20 B

'a plupart des laboratoires seront tals sur une ou plusieurs se/aines- 'Jtudiant devra donc revenir priodique/ent au cours de la se/aine pour co/piler certains rsultats ou co/plter certaines /anipulations sur une courte priode de te/ps8e plus: certains para/,tres de <er/entation seront anal?ss dans le cadre du cours K *2ro/ato.rap2ie instru/entale L (2=0-%8M-&N) dispens au cours de cette session- 'es anal?ses seront ralises durant une priode de laboratoire alloue cet .ard-

N8 *%T "N& $4TH"8"'") +U(& !e cours ser( dispens de 7(Con 8 7(=oriser une 7or6(tion l( plus (d'u(te possi)le% <our ce 7(ire: di77rentes (pproc&es seront utilises N des cours 6(-istr(u; 8 l1(ide du li=re de r7rence et d1(ct(tes <o.er <ointP des prsent(tions de 6(triel (udio=isuel 'ui 7(ciliteront l( co6pr&ensionP des priodes de discussion et de 'uestions inter(cti=es sur l( 6(ti?re ensei-neP des priodes d1e;ercices 7or6(ti7s t&ori'ues pour 7(ire l( s2nt&?se de l( 6(ti?re e;pli'ue lors des cours 6(-istr(u;P des priodes de tr(=(u; pr(ti'ues en l()or(toire% *es tudi(nts pourront consulter le site We) du pro7esseur oQ ils retrou=eront les di(por(6(s <o.er <oint du cours: (insi 'ue des donnes et des (dresses Internet 8 consulter pour l( rd(ction de leur r(pport de l()or(toire%
4tant donn que la session sera a/pute de plusieurs se/aines pour per/ettre la ralisation des sta.es: les e>a/ens seront tenus au niveau des 2eures libres pour le cours K &ta.e d9int.ration L (2=0-0=(-&N)-

8 &P"N 5 ' T4 *es priodes de disponi)ilit du pro7esseur seront co66uni'ues (u d)ut de l( session% Elles seront (77ic&es sur le )()ill(rd dp(rte6ent(l% 3es (cti=its d1enc(dre6ent et de rcupr(tion pourront >tre dispenses: pour les tudi(nts 'ui le dsirent: en pren(nt rendeF-=ous (=ec le pro7esseur% $"8%' T4 8( P%#T * P%T "N %U0 *"U#& *( prsence (u; cours et (u; l()or(toires est o)li-(toire% ne ()sence in@usti7ie 8 un e;(6en ou 8 un l()or(toire entr(9ne l( note Fro% *e pro7esseur se rser=e le droit d1e;clure du cours un l?=e 'ui ( plus de 10R d1()sence% *( ponctu(lit est de 6ise% 47%'U%T "N 8( '9%PP#(NT &&%)( &o//ative Partie t2orique (D0 B de la note <inale) n e;(6en sur les s'uences 1 8 4 N 20 B /7in 7=rier0P
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n e;(6en sur les s'uences # 8 O N 20 B /7in 6(rs0 ne preu=e ter6in(le inclu(nt les s'uences 5 et + N 20 B /7in (=ril0% E;(6en t2pi'ue N 'uestions 8 court et lon- d=eloppe6ent: 6ises en situ(tion: c&oi; de rponses%

En ce 'ui concerne l1preu=e ter6in(le: elle est r(lise con@ointe6ent (=ec une preu=e ter6in(le t&ori'ue de l()or(toire% Elle porter( uni'ue6ent sur les deu; derni?res s'uences de l( session: puis'ue l1preu=e ter6in(le de l()or(toire r=iser( l1ense6)le des l6ents de l( co6ptence du cours% *e t2pe d1preu=e ser( si6il(ire 8 un e;(6en t&ori'ue cl(ssi'ue% 3(ns toutes les =(lu(tions: l1tudi(nt perd 1 R p(r 7(ute de 7r(nC(is /6(;i6u6 10 R0% *es tudi(nts sont (=ertis (u 6oins deu; se6(ines (=(nt l( tenue d1un e;(6en% Ad=en(nt un c&ec 8 l1preu=e ter6in(le: celle-ci ne pourr( >tre reprise% Partie laboratoire (A0 B de la note <inale) *Dtudi(nt de=r( re6ettre un r(pport de l()or(toire pour cert(ines e;priences r(lises (u l()or(toire% !e r(pport de=r( contenir une introduction: une prsent(tion et une discussion des rsult(ts et une conclusion% *1tudi(nt (ur( une priode de deu; se6(ines pour rdi-er son r(pport et le re6ettre (u pro7esseur% 3e plus: une preu=e ter6in(le t&ori'ue de l()or(toire ser( dispense 8 l( 7in de l( session% !ette preu=e consiste en une r=ision des tec&ni'ues utilises (u l()or(toire (insi 'ue des rsult(ts o)tenus d(ns c&('ue e;prience r(lise% B(s sur les 6>6es crit?res d1=(lu(tion 'u1un e;(6en t&ori'ue: l1tudi(nt de=r( prsenter: e;pli'uer et s2nt&tiser les tec&ni'ues de 7er6ent(tion utilises (u cours de l( session (insi 'ue les concepts pr(ti'ues 'ui 2 sont lis% *( pondr(tion pour les r(pports de l()or(toire est de 20 B de l( note 7in(le% *( pondr(tion 7in(le pour lDpreu=e ter6in(le t&ori'ue de l()or(toire est de 20 B /7in (=ril0 de l( note 7in(le%

3(ns toutes les =(lu(tions: l1tudi(nt perd 1 R p(r 7(ute de 7r(nC(is /6(;i6u6 10 R0% Ad=en(nt un c&ec 8 l1preu=e ter6in(le de l()or(toire: celle-ci ne pourr( >tre reprise%

Note : 'es valuations ter/inales ne co/portent aucun seuil de russite: cependant: un seuil /ini/al de D0 B pour l9ense/ble des valuations doit Otre atteint a<in de russir le cours-

!or/ative *1tudi(nt pourr( =(luer r-uli?re6ent l( co6pr&ension des (pprentiss(-es 8 l1(ide d1e;ercices 7or6(ti7s 'ui sont prsents 8 l( 7in de c&('ue c&(pitre /li=re de r7rence0% *es rponses (u; e;ercices sont prsentes 8 l( 7in du li=re de r7rence% 8($%N8( 8( #47 & "N 8( N"T(& Tout tudi(nt 'ui dsire une r=ision de notes doit le 7(ire s(=oir i66di(te6ent (pr?s l( re6ise des docu6ents corri-s% #(&&"U#*(& $%T4# (''(& *1tudi(nt/e0 doit se procurer N

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*e li=re de r7rence /o)li-(toire0 N 'ouis Tessier (200E)- Tec2nolo.ies des bioprocds industriels4dition **8$8: $ontral: @=D pa.es /en =ente 8 l( li)r(irie *1Essentiel0P S(rr(u et lunettes de scuritP !r(2on/s0 insolu)le/s0 8 l1e(u pour crire sur les conten(nts dDc&(ntillonn(-e%

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Bioprocds Industriels (210-1EK-SW)

5 5' ")#%PH ( Tessier: *% /200O0% Tec2nolo.ies des bioprocds industriels% Idition !!343: 4ontr(l: 31$ p(-es% <rescott: H(rle2 et Klein /20030% $icrobiolo.ie% 3eBoecS ni=ersit: Bru;elle: 113O p(-es% Jitt6(nn: B%E% et <%*% 4c!(rt2 /20000% (nviron/ental biotec2nolo.?: principles and applications% 4cGr(.-Hill: O$5 p(-es% Brouillette: * et !% *on-% /1+++0% 'es biotec2nolo.ies pour tous et pour tout % !!343: 4ontr(l: 1O0 p(-es% Scri)(n: J% /1+++0% 5iotec2nolo.ie- Ce dition% TE! T 3L!: <(ris: 1042 p(-es% *(ndr2 B% /1++O0% )nie et environne/ent% *e Gri77on d1(r-ile: #40 p(-es% <ol% 3% /1++$0% Travau> pratiques de biolo.ie des levures% Ellipses: <(ris: 1#5 p(-es% *( H(r-e: B% /1++#0% 'e bio.aP- Procds de <er/entation /t2anique% 4(sson: <(ris: 23O p(-es% S(u=est2: A% et 4% T()i% /1++#0% 'e co/posta.e au +ubec% !onsortiu6 sur le d=eloppe6ent du co6post(-e (u Eu)ec: O$ p(-es% St(n)ur2: <%K%: A% W&it(Ser et S%U% H(ll% /1++#0% Principles o< <er/entation tec2nolo.?% 2e editions% Butter.ort& Heine6(nn: L;7ord: 3O$ p(-es% *inden: G% et 3% *orient% /1++40% 5ioc2i/ie a.ro-ali/entaire- 7alorisation ali/entaire de la production a.ricole% 4(sson: <(ris: 3$O p(-es% *(rpent-Gour-(ud: 4% et U%U% S(n-lier% /1++20% 'es biotec2nolo.ies : principes et /t2odes% 3oin: <(ris: $$5 p(-es% 3eneu=ille: H% /1++10% )nie <er/entaire : travau> pratiques% 3oin: <(ris: 30O p(-es% *(rpent: U%<% /1++10% 5iotec2nolo.ie des levures% !ollection Biotec&nolo-ies% 4(sson: <(ris: 42$ p(-es% Botton: B: A% Breton: 4% He=re: S% G(ut&ier: <&% Gu2: U%<% *(rpent: <% Je26ond: U%U% S(n-lier: V% K(2ssier et <% Ke(u% /1++00% $oisissures utiles et nuisibles- /portance industrielle % !ollection Biotec&nolo-ies% 4(sson: <(ris: #12 p(-es% *(rpent: U%<% et 4% *(rpent-Gour-(ud /1++00% $/ento tec2nique de /icrobiolo.ie% TecT3oc: <(ris: 41O p(-es% *(rpent: U%<% et U%U% S(n-lier /1+5+0% 5iotec2nolo.ies des antibiotiques% !ollection Biotec&nolo-ies% 4(sson: <(ris: 451 p(-es%

3D(utres docu6ents intress(nts sont disponi)les (u )ure(u du pro7esseur% Bonne session W

'ouis Tessier: P2-8To;icolo-ie et Biotec&nolo-ie *oc(l 201+B /dp(rte6ent de )iolo-ie et de )iotec&nolo-ies0 *tessier,colle-es&(.ini-(n%'c%c( 51+-#3+-$401 poste 23+$ /)o9te =oc(le $0#$0
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