Facult des Sciences - Rabat

Laboratoire de Microbiologie et Biologie Molculaire -------------------------------------Universit Mohamed V - Agdal Facult des Sciences B.P. 1014 - Rabat - MAROC

Filire SVI - S6 Module de Biochimie et Biologie Molculaire Elment 2: Biologie Molculaire Pr. Bouchra BELKADI

Partie 2: Expression gntique Traduction

Anne Universitaire 2011-2012 belkadibouchra@yahoo.fr

C- Traduction
Introduction: Un langage nuclotidique transform en protines I- Lappareil de traduction et son fonctionnement - Les ribosomes: Structure et fonction - Les ARNt: Structure et rle - Les ARNt Synthtases II- Le mcanisme de la traduction - Initiation: la squence Shine dAlgarno et le codon initiateur - longation - Terminaison: vnements au niveau des codons STOP III- Les alas de la traduction et leur importance - Effet Wobble, ARNt suppresseurs - Suppresseurs non sens de la traduction IV- Les antibiotiques inhibiteurs de la traduction

Introduction
Cest le mcanisme par lequel le flux dinformation va passer de la forme acide nuclique ARN (alphabet 4 lettres) la forme protine (alphabet 20 lettres) selon un code universel.

Pour synthtiser la protine, il faut:

ARNm = porte linformation Ribosome = machine assembler les acides amins en protines Acides amins = pices de construction ARNt = molcules qui transportent les acides amins au ribosome.

La synthse de la protine est centralise au niveau des ribosomes

Les ribosomes se dplacent dans le sens 5' vers 3' sur l'ARNm et synthtisent le polypeptide correspondant de l'extrmit NH2 terminale vers l'extrmit COOH terminale.

La squence de l'ARNm est dcode par groupe de trois nuclotides (codon) qui correspondent un acide amin particulier ou aux signaux d'initiation et de terminaison Comment correspondre les quatre nuclotides de l'information gntique aux vingt acides amins des protines?

Code gntique
correspondance entre matrice nuclotidique <--> acides amins

Chez les eucaryotes

Chez les procaryote: >>> Le codon AUG code pour la formyl-mthionine

Chaque triplet de nuclotides sur l'ADN correspond un codon de l'ARNm: 64 codons possibles (43) Chaque codon de l'ARNm correspond un anti-codon spcifique de l'ARNt. Chaque anti-codon correspond un acide amin spcifique.

DONC: chaque triplet de nuclotides sur l'ADN correspond un acide amin.

Principales caractristiques du code gntique

Le codon AUG (code pour formyl-MET ou MET) = codon d'initiation. - Tous les gnes commencent par ce codon. - f-MET et MET sont souvent enleves en fin de synthse / protase. Le premier nuclotide du premier codon dtermine le cadre de lecture ouvert (ORF : Open Reading Frame) Il y a 64 possibilits de combiner les nuclotides en codons (43). Comme il y a 20 acides amins, il y a donc 44 codons supplmentaires. - 3 correspondent des codons stop ou non-sens: UAA, UAG et UGA - les autres sont des synonymes qui codent pour diffrents acides amins

Dgnrescence du code gntique

Code UNIVERSEL: c'est le mme pour tous les tres vivants sauf quelques rares exceptions: - Certains protistes : un seul codon STOP (UGA); les autres codent pour un acide amin. - Les mitochondries ont leur propre ADN et leurs propres ribosomes qui sont plus petits (ressemblent ceux des procaryotes).

Cette caractristique permet le transfert de gnes d'une espce l'autre = gnie gntique Introduction de gnes dans une bactrie Introduction de gnes dans un organisme pluricellulaire

1- Lappareil de traduction et son fonctionnement: Reconnatre les triplets codants sur lARNm Positionner les 2 acides amins conscutifs tablir une liaison covalente entre les 2 AA Les ribosomes Les ARNt Les ARNt Synthtases

Les ribosomes Plus petites structures cellulaires : visibles au microscope lectronique seulement et existent en plusieurs milliers dans une cellule
Forms de deux sous-units: une petite et une grande - 30 S et 50 S chez procaryotes - 40 S et 60 S chez eucaryotes

Chaque unit est forme d'un mlange de 60% ARNr et de 40% protines

Unit 50S: Les protines sont en jaune

Unit 50 S: 2 ARNr (5S et 23S) et de 34 protines Unit 30 S: 1 ARNr (16S) et de 21 protines

34

ARNm est associ la sous unit 30S 2 sites de liaison lARNt (sites P et A)/ sous unit 50S

30S

50 S

ARNr en brun; protines en bleu ARNr est synthtis partir de gnes spciaux (ADN). Ces gnes existent en des centaines de copies dans le gnome.

L'ARN de transfert (ARNt) Structure : en feuille de trfle

ARNt = simple brin d'ARN qui se replie sur lui-mme pour former une structure en 3D

Rapprochement des boucles et interactions entre elles avec possibilit dappariement entre leurs bases

Certaines bases et structures secondaires sont constantes et dautres paires sont variables.

Deux zones importantes sur l'ARNt :

Extrmit 3 non apparie (se termine par CCA3) : peut se lier un acide amin, bras accepteur
N.B. certains nuclotides sont

exotiques, bases modifies chimiquement (diffrents des 4

habituels). Exemple = I "inosine un driv de l'adnine peut s'apparier avec U, C ou A.

Anticodon = zone forme de trois nuclotides qui reconnat le codon de l'ARNm

Prsente des bases modifies inhabituelles

Chaque ARNt est caractris par son anticodon >>> Un ARNt ne transporte pas n'importe quel acide amin: a dpend de l'anticodon.
Il existe 60 ARNt diffrents dans une bactrie et 100 110 chez les mammifres Ex. ARNt AAA transporte toujours l'acide amin PHE ARNt GAU transporte toujours l'acide amin LEU

>>> L'acide amin est attach au bon ARNt par l'enzyme aminoacyl-ARNt synthtase qui catalyse la raction spcifique entre la.a. et lARNt

Liaison acide amin - ARNt

Lacide amin est li de faon covalente avec un lien ester au ribose de lAdnine terminale

ARNt
Responsables de la lecture du code gntique et assurent donc la fidlit de la traduction

>>> Chaque ARNt est synthtis comme lARNr partir de gnes spciaux de l'ADN
(encore des gnes qui ne codent pas pour des protines)

N.B. Un gne peut coder pour la synthse d'une protine Un gne peut coder pour la synthse d'un ARNr ou ARNt

Donc Gne = brin d'ADN qui est copi en ARN

Aminoacyl-ARNt synthtase
Il existe 20 aminoacyl-ARNt synthtase

Lenzyme unit lacide amin lARNt adquat Site actif de lenzyme reconnat: - un acide amin particulier Et - un particulier AA + anticodon ATP aminoacyl-AMP + P-P
AA-AMP + tRNA Ac. Amin-tRNA + AMP

acides amins activ et ARNt charg

II- Mcanisme de la traduction: 3 phases a) Initiation:

Le brin d'ARNm li laminoacyl-ARNt initiateur s'attache dabord la petite unit du ribosome suivi de la grosse unit.

Donc, les deux units ne sassemblent que lorsque lARNm se fixe la petite unit

Deux ARNt peuvent se fixer par leur anticodon sur lARNm au niveau du ribosome (un sur le site P et lautre sur le site A).

Liaison codon-anticodon de deux ARNt.

Chaque ARNt se fixe par son anticodon sur trois nuclotides de lARNm : le codon adquat.

Aprs fixation des 2 ARNt, les acides amins quils transportent sont relis entre eux (le catalyseur est constitu dune partie de lARN du ribosome).

Identification du codon initiateur chez les procaryotes

Fixation de la SU 30S/ARNm (extrmit 3 du 16S implique dans la reconnaissance de la squence SD)

Fixation de lARNt initiateur au codon initiateur AUG

La squence Shine-Dalgarno 5AGGA3' ncessaire linitiation est localise environ 8 10 nt en amont du codon AUG. Elle est prsente plusieurs fois sur un ARN polycistronique, en amont de chaque squence codante.

Ncessite un complexe dinitiation = facteurs dinitiation SU 30S, ARNt-fMET, pr dinitiation (IF-1, 2, 3)

Les facteurs dinitiation la traduction IF sont ncessaires la fixation de lARNt-fMET au complexe 30S-ARNm

1- fixation de lIF-1 sur la SU 30S grce lIF-3, le complexe se fixe ensuite sur lARNm 2- fixation de lARNt initiateur identifi par lIF-2 sur le 30S, grce la dgradation du GTP 3- libration des IF 1, 2 et 3 4- fixation de la grande SU 50S Linitiation ncessite 1 GTP A la fin de la traduction, le ribosome se spare de nouveau en 2 SU

2 Complexe dinitiation

Cas des eucaryotes: tape dinitiation de la traduction

CBP

Absence de la squence Shine-Dalgarno Une protine de liaison CBP (CAP binding protein ) se fixe la Coiffe lextrmit 5 de lARNm Un complexe dinitiation est form avec CBP, les facteurs dinitiation et la sousunit 40S. Le complexe analyse lARNm la recherche du premier AUG le plus proche de lextrmit 5 de lARNm eIF-2 analogue de IF-2, transfert lARNt initiateur au site P et hydrolyse du GTP

Le ribosome avance de trois units

b) Elongation: synthse du peptide avec la fixation des ARNt

chargs daa au site accepteur (A) et du peptidyl au site (P)
1- Positionnement dun autre aminoacyl-ARNt au site A Dplacement et attachement de lARNt au site A sont facilits par des Facteurs protiques EF-Ta et 1 GTP

Le premier ARNt est retir

2- Formation de liaison peptidique entre le peptidyl-ARNt au site P et laminoacyl-ARNt au site A par une enzyme peptidyltransfrase Participation de facteurs dlongation EF-Tu et EFTs 3- Dplacement de lARNm dun codon par rapport au ribosome: Translocation du peptidyl-ARNt du site A vers P >>> libration de lARNt du site P Participation de facteurs spcifiques EF-G et une GTP

Vitesse de la synthse: Chez E. coli ~ 5 aa / s >>> 350 aa/min Chez eucaryotes ~ 16 aa / s

Lexpression de linformation est un phnomne rapide

c) Terminaison
Tous les ARNm se terminent par le codon UAA, UAG ou UGA = codons STOP. Une fois le ribosome atteint un codon STOP (il n'existe aucun ARNt capable de reconnatre ce codon), une enzyme s'y fixe et dtache l'ARNm du ribosome et la chane peptidique.

le ribosome se spare en deux. Les deux units se runiront nouveau si un ARNm se fixe la petite unit.

La terminaison se fait grce 3 facteurs de terminaison : RF1, RF2 et RF3 Protines appeles Facteurs de Terminaison RF (Release Factor) reconnaissent le codon stop (UGA, UAG, ou UAA) au site A RF-3 fixe le GTP et stimule les activits de RF-1 et RF 2. La fixation des RF au codon non sens au site A transforme la peptidyl transfrase en une hydrolase, qui coupe la chane peptidique de lARNt auquel elle est fixe Hydrolyse de GTP est ncessaire pour la dissociation des facteurs RFs, des sous-units ribosomales et du nouveau peptide RF1 reconnait les codons stop UAA et UAG RF2 reconnait les codons stop UAA et UGA
Structure 3D proche d'un tRNA (mimtisme structural)

L'nergie consomme au cours du mcanisme de traduction : - 1 GTP pour linitiation et fixation ARNt sur 30S - 1 GTP pour lincorporation de chaque tRNAaminoacyl dans le site A - 1GTP pour la translocation de chaque codon - 1 GTP pour la terminaison

Bilan nergtique de synthse dune protine de 100 aa = 202 GTP et 100 ATP 1 ATP / aa charg sur lARNt adquat

Chez les eucaryotes

La protine synthtise pntre dans le rticulum endoplasmique o elle prendra sa forme finale puis achemine vers lappareil de Golgi avant dtre secrte.

Polypeptide

ARNm

Ribosome

III- Les alas de la traduction et leur importance Effet Wobble

Thorie de Wobble: concept du flottement

A.A. Serine

Les ARNt forment des appariements standards avec les deux premires bases du codon
Appariement danticodon s me3 C G G

Appariement de bases pour la 3

G C U

Position du flottement 5 ARNm

base du codon est plus flexible que pour les deux autres (appariement entre G et U la place de G et C)

Codon

IV- Les antibiotiques inhibiteurs de la traduction

Inhibiteur de linitiation/ interaction avec le ribosome Streptomycine Pas de fixation du f-MET lARNt

Inhibiteur de llongation Tetracyclines Chloramphnicol Puromycine Erythromycine

Pas de fixation d aa-ARNt Pas de liaison peptidique/ peptidyl-transferase Analogue dARNt qui provoque le largage prmatur de la chane peptidique Translocation du ribosome sur lARNm