Interactions hôte-microbiotes : choyer ses bons

microbes pour garder une santé de fer !

Nicolas Derome, département de Biologie, http://www.deromelab.org

AGI-CRSAD 9/06/2016 nicolas.derome@bio.ulaval.ca

 SOMMAIRE

1) Introduction / importance du microbiote

2) Thématique principale de recherche

3) Facteurs qui contrôlent le microbiote

4) Applications en apiculture

5) Perspectives
1) Microbiote ?
•LeChez l’humain,
microbiote le microbiote
intestinal intestinal
joue un rôle fournit
central pour optimiser
la250 000
santé gènes
et la fonctionnels
performance uniques
énergétique de son hôte :
(noyau: ~ 20 000 genes)

1) synthétise des molécules indispensables :

- vitamines,
Nous… enzymes, métabolites, antimicrobiens…

2) assure des services essentiels :

- stimulation et maturation du système immunitaire,

détoxication, assimilation des nutriments,
actions anti-inflammatoires…
(Gill et al. 2006) Notre microbiote !
• La diversité des fonctions du microbiote dépend
de différents facteurs biotiques et abiotiques :

Stades de
Organes développement

Nutrition Stades de vie

Salinité Polluants

Température Antibiotiques

(Benson et al. PNAS 2010 ; blazer, EMBO 2006) …etc…

• La microflore intestinale est perçue comme un
organe additionnel … mais c’est
beaucoup plus !
Théorie de l’Holobionte

Margulis, 1993
 Théorie de l’Holobionte
• Hôte + microbiote = une unité évolutive

+ =

Genotype Phenotype

Margulis, 1993; Bordenstein & Theis 2015

• Chez l’humain, l’essentiel du microbiote est transmis
verticalement lors de l’accouchement (m. cutané) et
par l’allaitement (m. intestinal) :

Transmission directe
De la communauté bactérienne
pionnière :

Lactobacilli, Bifidobacterium

(Cho & blaser, EMBO 2012)

Le microbiote évolue t’il au cours des stades
de development de l’organisme hôte ?

Ontogenèse
du microbiote ?
 Ontogenèse du microbiote humain
Mère

Meconium
jours

Communauté Communauté
pionnière Succession Mature
microbienne
Adapted from Koenig et al. PNAS (2011)
 Human Intestine Microbiota ontogeny
Mother (mature community)

Communité
Meconium (first fecal community) Vers une
Pionnière communauté
Days mature
Succession
microbienne

Adapted from Koenig et al. PNAS (2011)

 Rela ve abundance Mucus parent
Reproductive parent mucus
reproducteur à S1

Gammaproteobacteria

Eggs Alphaproteobacteria
Rela ve abundance oeufs 2 days after hatching Betaproteobacteria
Control parent mucus
16 months Rela ve abundance alevins S1
[Saprospirae]

Unknown

Other

Betaproteobacteria

Fr
[Saprospirae]
6 days

y
Cytophagia

15 months Alphaproteobacteria

Gammaproteobacteria
Betaproteobacteria

Gammaproteobacteria Rela ve abundance alevins S2

Other Alphaproteobacteria

Unknown

Cytophagia

Other

Rela ve abundance eau stade oeuf Gammaproteobacteria

Bacteroidia

Water
Fusobacteriia

Other

Betaproteobacteria
9 days
Alphaproteobacteria

120 Sphingobacteriia

Bacteroidia

Gammaproteobacteria

days Other

Rela ve abundance eau S3

Rela ve abundance feaces ALL adults ALL mes 13 days

Betaproteobacteria

Alphaproteobacteria

Gammaproteobacteria

Other

96 days

Bacteroidia Reproductive parent

Fusobacteriia mucus
Average adult Gammaproteobacteria

gut microbiota Betaproteobacteria

Clostridia
16 days
Other

Artemia nauplii
89 days

20 days

82 days

50 days
75 days

54 days
69 days Adult mixed diet
66 days
Legend
Betaproteobacteria Other Erysipelotrichi 4C0d-
Saprospirae
Cytophagia
Alphaproteobacteria
Sphingobacteria
Bacteroidia
Unknown
Clostridia
Fusobacteria
Epsilonbacteria
Bacilli
Anaerolineae
TM7
Sylvain et al. in prep
Gammaproteobacteria Thaumarchaeota Flavobacteria Actinobacteria
 2) Thématique de recherche
générale
• Comment la composition du microbiote
et ses fonctions contribuent
à la biologie de l’organime hôte ?

• Comment affectent-ils la valeur adaptative

(fitness) et la santé de l’hôte ?
 3) Trois exemples de facteurs
controllant le microbiote

3-1) Stress physiologique

3-2) Transmission Verticale

= Héritabilité

3-3) Transmission Horizontale

= environnement, nutrition
3-1 Le stress physiologique affecte t’il
la composition du microbiote ?
 DYSBIOSE
HÔTE EN SANTÉ HOMÉOSTASIE DU MICROBIOME INTESTINAL

RICHE EN NUTRIMENTS,
ÉCOSYSTÈME STABLE

opportunistIc = LE MICROBIOTE PRODUIT :

Enzymes,
Vitamines,
Hormones,
Molécules antimicrobiennes …

= LE MICROBIOTE FAVORISE :

Activation du système Immunitaire,

Contrôle des agents pathogènes
Conversion énergétique
Kamada et al. Nat. Immunol. 2013
 HÔTE EN SANTÉ STRESS AIGU
= DYSBIOSE

Opportunistic
opportuniste
strains

Opportunistic
strains

Kamada et al. Nat. Immunol. 2013

L’hypoxie déclenche la dysbiose
du microbiote cutané

+ Pathogènes

Probiontes -
Boutin et al. PLoS ONE 2013.
 Le Tambaqui migre des eaux neutres à acides

L’eau acide déclenche une dysbiose des microbiotes cutané et intestinal

T2_Water_6
T0_Mucus_8 T2_Water_2
T0_Mucus_9
T0_Mucus_1

Before T0_Mucus_16
T0_Mucus_2 T2_Water_1
T0_Mucus_15
T2_Water_5 T2_Water_3
T1_Water_4
peau
Acidic T0_Mucus_10
T0_Mucus_11
T0_Mucus_14
T0_Mucus_3 Food
T2_Water_4

exposure T0_Mucus_4 T0_Mucus_5

T0_Mucus_13
T1_Water_1
T0_Mucus_12 T0_Mucus_6
T0_Mucus_7
T0_Mucus_17 T1_Water_3
T1_Water_2
T0_Mucus_18

T0_Feces_2
T1_Feces_4

T1_Feces_1
T1_Mucus_12 T1_Feces_3 T2_Feces_3

T0_Feces_3 Intestin
T1_Mucus_18 T1_Mucus_4
T1_Mucus_11 T2_Feces_6
T1_Mucus_14
T1_Mucus_9
T1_Mucus_3 T1_Feces_2
T2_Feces_1
T1_Mucus_6
T1_Mucus_5 T2_Feces_2
T1_Mucus_10 T1_Feces_6
T1_Mucus_1
T1_Mucus_8 T0_Feces_6
T2_Feces_4
T1_Mucus_7
T1_Mucus_13 T0_Feces_5
T2_Mucus_10
T2_Mucus_18 T1_Feces_5
T2_Mucus_12 T1_Mucus_16
T1_Mucus_15
T2_Mucus_17 T2_Mucus_5
T2_Feces_5 T1_Mucus_2

T2_Mucus_6 T2_Mucus_11
After
T2_Mucus_8
T2_Mucus_9 T2_Mucus_13
T0_Feces_4
T2_Mucus_16

T2_Mucus_2 Acidic T2_Mucus_7

T2_Mucus_4
T2_Mucus_1

T2_Mucus_14 exposure T2_Mucus_15

T2_Mucus_3

Sylvain et al. accepté, Nature Report

 3-2 Le microbiote est-il transmis
verticalement ?

• Le génotype de l’hôte compte t’il ?

• Si oui, quelle est l’architecture génétique qui contrôle
le recrutement des bactéries bénéfiques ?

Transmission maternelle ?
S. Gorshkov
 Le génotype de l’Hôte compte :
• Des régions génétiques de l’hôte (QTLs) contrôlent
l’abondance de souches bactériennes spécifiques.

Methylobacterium : 30 à 99% du microbiote

Cutané de l’Omble de
fontaine.

Synthétise des molécules

antimicrobiennes.

F2 progeny,
86 offspring
PVE = 20 to 40%

Boutin et al. PLoS One 2014

 3-3 Le microbiote est-il transmis
horizontalement ?
• Un accès rapide à de nouvelles souches …

est une
opportunité

… pour recruter
de nouvelles
FONCTIONS !
 4) Applications en apiculture

– Comme la succession microbienne est …

1) Héritable = sélection génétique

2) Transmissible horizontalement = nutrition

4-1 Actions de candidats probiotiques ?
Contexte :
• (1) La nosémose est corrélée à une dysbiose
du microbiote intestinal,
• (2) Cette dysbiose implique une diminution importante
de bactéries acidolactiques.

Des candidats probiotiques améliorent-ils significativement

la survie des abeilles en atténuant la dysbiose ?

Li et al. 2012
4-1 Actions de candidats probiotiques ?

• Objectif : isoler des symbiotes intestinaux de l’abeille

pour tester leur propriétés bénéfiques sur la santé de
l’hôte.

• Modèle expérimental : groupes d’abeilles en cagettes,

nourries au sirop.

• Prédiction : Les candidats probiotiques améliorent

significativement la survie des abeilles en cagettes.
4-1 Actions de candidats probiotiques ?
Projet Agri-Innovation

28 jours
Quelle est l’ontogenèse
du microbiote intestinal
de l’abeille ?

Kwong & Moran Nat Rev 2016

4-1 Actions de candidats probiotiques ?
• Protocole expérimental :

Candidat Acetobacter Bacillus Bactocel® Levucel® Contrôle

Probiotique :
Sans Nosema 20x 20x 20x 20x 20x
Avec Nosema 20x 20x 20x 20x 20x

- Abeilles de 6 jours ; période de suivi : 28 jours (J1-J28)

- 10 groupes, 20 cagettes / groupe ; 20 abeilles / cagette
- Probiotiques ajoutés au sirop, 10+3 Cell/mL, J1 et J14
- Échantillonnages : J0, J7, J14, J24, J28
- 5 répliques / groupe / temps
Rousseau, El Khoury,, Mercier, Derome, Giovenazzo, in prep
4-1 Actions de candidats probiotiques ?
• Les candidats probiotiques améliorent significativement
la survie des abeilles en cagettes !
25

Nosema Prophylaxie : 2,5x

20 Curatif : x4 !
Témoin neutre
Témoin nosémose
15 Probiotiques Témoin Bactocell 10^3
Nosema + Bacto 10^3
Probiotiques + pathogène
survie

Témoin Acetobacter 10^3

10
Nosema + Aceto 10^3
Témoin Bacillus 10^3
Contrôle Nosema + Bacillus 10^3
5 Témoin Levucell 10^3
Pathogène Nosema + Levucell 10^3

0
0 5 10 15 20 25 30

-5 Rousseau, El Khoury,, Mercier, Derome, Giovenazzo, in prep

4-2 Activité fonctionnelle du microbiote intestinal

Microbiote

Nosema

Abeille
?
Probiotiques
 4-2 Activité fonctionnelle du microbiote intestinal
Séquençage du métatranscriptome

1) Dissection de l’intestin (postérieur au jabot)

2) Extraction de l’ARN total

3) Synthèse d’ADN complémentaire double brin

4) Préparation de la librairie

5) Séquençage (MiSeq, 2 x 300 pb)

6) Analyses bioinformatiques et statistiques

100 000 000 de séquences à traiter !
 4-2 Activité fonctionnelle du microbiote intestinal

% gènes
exprimés

Abeilles émergentes : 5 -7 jours

109 Nb bactéries

106

103

J0 J4 Rep #1 Rep #2
Bouslama, El Khoury, Rousseau, Mercier, Giovenazzo, Derome in prep
4-2 Activité fonctionnelle du microbiote intestinal

Symbiontes majeurs déjà documentés :

= fermentation des sucres

= dégradation de la pectine (pollen)
fermentation des sucres
résistance contre parasites
= fermentation des sucres

= cycle de Krebs (ATP, aérobie)

à partir de sucres fermentés

Activité : forte modérée

Bouslama, El Khoury, Rousseau, Mercier, Giovenazzo, Derome in prep
4-2 Activité fonctionnelle du microbiote intestinal
Agents pathogènes opportunistes majeurs déjà documentés :

Activité : forte modérée

Bouslama, El Khoury, Rousseau, Mercier, Giovenazzo, Derome in prep
 4-2 Activité fonctionnelle du microbiote intestinal

Acetobacter Contrôle Acetobacter + Nosema Contrôle Nosema

J14 J14 J24 J14 J14 J24 J14 J14 J24 J14 J14 J24

% ACTIVITÉ
 4-2 Activité fonctionnelle du microbiote intestinal

Bacillus Contrôle Bacillus + Nosema Contrôle Nosema

J14 J14 J24 J14 J14 J24 J14 J14 J24 J14 J14 J24

% ACTIVITÉ
4-3 interactions Nosema-microbiote

Bouslama, El Khoury, Rousseau, Mercier, Giovenazzo, Derome in prep

5) Perspectives
 Où en sommes nous ?
• La composition du microbiote cutané est contrôlée
par le génotype de l’hôte.

• Le microbiote évolue au cours des stades de

développement de l’organisme hôte.

• Le microbiote s’adapte aux différentes conditions

écologiques. Quelles sont les functions microbiennes
impliquées ?
 Où en sommes nous ?
• Les communautés d’agents pathogènes et de souches
bénéfiques forment des réseaux d’interactions
complexes.

• Le développement de probiotiques sur mesure est

possible, en isolant des candidats à partir du
microbiote de l’organisme hôte.

• Le traitement de la nosémose avec des probiotiques

endogènes est très prometteur.
 Perspectives
- Améliorer la résistance aux maladies en modulant le
microbiote
( = transplants de microbiotes sains et contrôle de son ontogenèse).

- Intégrer les gènes de l’abeille qui contrôlent

l’abondance de souches bactériennes bénéfiques dans
les programmes de sélection génétique
(Projet Génome Canada).

- Remplacer les antibiotiques avec des probiotiques

endogènes ( = innocuité et durabilité).
Étudiants:
Sébastien Boutin
Martin Llewellyn
Jeff Gauthier
Remerciements…
Bachar Cheaib
Hamza Seghouani
François-Étienne Sylvain
Andrée Rousseau
Sarah El Khoury
Justine Létouneau
Sidki Bouslama
Camille Lavoie
Pierre-Luc Mercier

Collaborateurs:
Céline Audet
Louis Bernatchez
Mathieu Castex
Steve Charette
Mélanie Dionne
Pierre Giovenazzo
Serge Higgins
Frédéric Levesque
Steve Leadbeater
Christopher Sauvage
Adalberto Val
 Le génotype de l’Hôte compte :
• Structure taxonomique et diversité du microbiote cutané
est basée
Exclusion Mutuelle ***
génétiquement
in salmonids.
Agent pathogène

Brook charr,
F2 progeny, n = 86
Probionte
PCoA analysis (NMDS)

Boutin et al. PLoS One 2014