De l’ADN aux protéines

• Les acides nucléiques

• Structure de l’ADN et de l’ARN
• La réplication de l’ADN
• Principales étapes
• Procaryotes vs eucaryotes
Plan du cours • De l’ARN aux protéines
• Transcription
• Traduction
• Le génie génétique

Bioprocédés: pourquoi parler des protéines?

Substrats Produits Purification

Bioprocédé Molécule(s)

catalyseur

Cellules PROTÉINES
Enzymes
et virus

2
 Les acides nucléiques

Introduction

•  Découverte par Miescher (1869) de la nucleine

⇒  Molécule biologique qui contient beaucoup de P dans le
noyau des erythrocytes => ADN : Acide DesoxyriboNucléique

⇒  Substance très acide d’où leur nom : acide nucléique

•  Hoppe-Seyler découvre une molécule similaire

=> Isolé dans la levure => ARN : Acide RiboNucléique

•  Fin XIXème sicècle, Mendel et Darwin proposent une

théorie de l’évolution MAIS

Tout le monde croit que ce sont les protéines qui

véhiculent l’information
4
 Les acides nucléiques - introduction

•  1920 – 1930 : F. Griffith :

Deux souches de pneumocoques:
- une pathogène ; - une inoffensive (souche mutante)

•  1940, Avery démontre que :

La capacité de transformation
-  n’est pas affectée par les protéases
-  est affectée par des enzymes qui dégradent l’ADN !

Les acides nucléiques - introduction

•  1940, on démontre que :
Dans l’ADN, on a autant de bases A que T
et autant de bases C que G
Il doit y avoir une connexion entre ces bases !
Mais laquelle ?
•  Maurice Wilkins et Rosalind Franklin observent
de l’ADN directement (X-ray) !!!

25 avril 1953: 3 papiers dans Nature décrivent la structure

de l ADN :
-  Watson and Crick
-  Wilkins, Stokes et Wilson,
-  Franklin and Gosling.
6
 Structures de l’ADN et de l’ARN
1- Unités saccharidiques
2- Les bases : purines et pyrimidines
3- Nucléosides et nucléotides
4- Les brins d’ADN et d’ARN
5- La double hélice d’ADN

ADN et ARN – unités saccharidiques

C’est le type de sucre qui constitue la différence

majeure entre l’ADN et l’ARN.
- Pentoses (5 carbones) en conformation furanose
- Carbone anomérique en β
ARN = Ribose ADN = Desoxyribose

8
 ADN et ARN – les bases

Ce sont des dérivés de deux types d’hétérocycles (C et N) :

4
- la familles des pyrimidines 3
5
NH2 O

2 6
H
1

O O O
H H
CH3
Cytosine Uracil H

O
H
Thymine 9

ADN et ARN – les bases

6 7
5
- la famille des purines
1
8

NH2 2
4
9
3

H
Adenine
NH2
Guanine 10
 Monomères de L’ADN et ARN – Résumé

OU + OU => + P =>

Base Nucléoside Nucléotide

Adénine Désoxyadénosine Désoxyadénylate
ADN
Guanine Désoxyguanosine Désoxyguanylate
Purines
Adénine Adénosine Adénylate
ARN
Guanine Guanosine Guanylate
Cytosine Désoxicytidine Désoxycytidilate
ADN
Thymine Désoxythymidine Désoxythymidilate
Pyrimidines
Cytosine Cytidine Cytidilate
ARN
Uracile Uridine Uradinilate
11
ADN: Séquence des nucléotides = CODE GÉNÉTIQUE

La chaîne d’ADN et d’ARN

Squelette : monosaccharides
+ phosphoryl

Squelette chargé négativement

5’
Squelette assez rigide
Pas facile de se replier
sur lui même

3’ 12
 La double hélice d’ADN (hélicoïdale)
5’ 3’
• On a toujours :
- 1 purine + 1 pyrimidine
A
T A T
G C
A-T = 2 liaisons hydrogènes
G C-G = 3 liaisons hydrogènes
C

• Les cycles purine et

pyrimidine sont à l’intérieur
T A (Hydrophobe)
• Les deux brins sont
antiparallèles, les deux
G
C chaînes sont
3’ 5’ complémentaires 13

La double hélice d’ADN

• ADN B : la plus commune

• Hélice droite

• Deux sillons de tailles différentes

- Le sillon majeur
- Le sillon mineur

10,4 bases par tour

La taille d’une molécule
d’ADN s’exprime en
nombre de paires de
bases (bp et kbp)
14
 L’ADN dans les cellules et les virus
Adénovirus : Cellules procaryotes Cellules eucaryotes
(Bactéries) (p. ex: cell. humaines)

Super structures :

Chromosomes
Chromatine
Protéines (Histones)
E. coli
ADN double brin
Linéaire (30-38 kbp)

ADN double brin

Circulaire (4639 kbp)
Pas de noyau Homme : 3.3 x 106 kbp
15

ADN procaryote
ADN circulaire
Dans une bactérie: 1 seule molécule d'ADN

5 millions de ~ 5000 paires de bases

paires de base.
Longueur totale
~ 1,5 mm

Bactérie E. coli "éclatée".

L'ADN s'est répandu autour
16
de la bactérie.
 ADN eucaryote

17

La chaîne d’ARN

U au lieu de T

OH au lieu de H
18
 La réplication de l’ADN

19

Résumé des connaisances

ADN : - contient l’information

- permet sa transmission d’une cellule ADN
à une autre : ADN
REPLICATION ADN

ARN : - Intermédiaire entre ADN et Protéines Transcription

ARN

Traduction
PROTÉINES : - ouvriers de la cellule
- rôle structural PROTÉINES
- participent à la réplication
- participent à la traduction
20
 La réplication de l’ADN

But :
-  Transferer une copie du génome d’une cellule mère à deux
cellules filles
-  La copie doit être exacte

Comment ?
- Procédé semi-conservatif

- Chacun des brins de la cellule mère

sert de modèle pour synthétiser
de l’ADN de novo

Contrôle de la qualité :
La copie doit être exacte donc il doit y avoir une étape
de vérification et de réparation 21

Réplication de l ADN
(Section du livre à lire: 11.3)

Réplication

ADN

Figure 11.10
 La réplication de l ADN bactérien

Réplication à partir d’un

seul point d origine

Réplication dans des

directions opposées

Deux brins nouvellement

synthétisés
Figure 11.11

INITIATION de la réplication – E. coli

1- Origine (OriC chez E.coli) ; AT riche : se sépare facilement

(énergie)
2- La primase synthétise 11bp d’ARN

Primase

SSB protein
(single strand binding protein)

Fragment ARN

3- L’ADN est recouvert par des SSB pour éviter son

appariement (spontané) 24
 ELONGATION

Fourche de réplication
4- Recrutement du réplisome
•  Primase + hélicase
•  DNA polymerase III
complexe enzymatique :
- 10 sous unités
-  Pince pour maintenir le complexe
-  Recrute les sous-unités qui
⇒  ajoutent une base en 3’
⇒  substrat dNTP (triphosphate)
⇒  l’ARN sert de ‘primer’

25

Les yeux de réplication de l ADN

TERMINAISON

DNA pol I:
- complète les fragments (5’-> 3’)
- Digère l’ARN

DNA ligase fait les

liens entre les
fragments

27

La réplication: schéma récapitulatif

Figures 11.15 et 11.16

 De l’ARN aux protéines

29

Résumé des connaisances

ADN : - contient l’information - permet sa transmission d’une cellule à une autre : REPLI
ADN
ADN
ADN

ARN : - Intermédiaire entre ADN et Protéines Transcription

ARN

Traduction
PROTÉINES : - ouvriers de la cellule
- rôle structural PROTÉINES
- participent à la réplication
- participent à la traduction
30
Comparaison de l ARN procaryote versus
eucaryote

Figure 12.1
 La traduction

33

Résumé des connaisances

ADN : - contient l’information - permet sa transmission d’une cellule à une autre : REPLIC
ADN
ADN
ADN

ARN : - Intermédiaire entre ADN et Protéines Transcription

ARN

Traduction
PROTÉINES : - ouvriers de la cellule
- rôle structural PROTÉINES
- participent à la réplication
- participent à la traduction
34
 Figure AI.15 acides aminés

• Chaque codon code un et un seul acide aminé

• Le code est le même pour tous les organismes
• Positions 1+2 définissent souvent le type d’a.a.
•  Début et fin des protéines sont inclus dans le code
36
Et le début ???
 Les ARN de transport

Figures 12.7 et 12.8

La traduction : les acteurs

ARNt

Acide aminé

Bases ARN

38
Anticodon
 La traduction : les acteurs
Grande sous-unité

Site A (2eme)

Site P (1er)

Ribosome = ARNr + protéines Petite sous-unité

39

Séquence des événements

n  Initiation
n  Ajout d un acide aminé « spécial »

n  Élongation
n  Addition des acides aminés

n  Terminaison

n  Arrêt de l addition des acides aminés

 Initiation

Au cours de la première
étape, une molécule
d'aminoacyl-ARNt se lie à un
site A libre du ribosome
(adjacent à un site P occupé)
en s'appariant aux trois
nucléotides de l'ARNm
(codon) exposés au site A

Élongation

• 2ième étape, l'extrémité carboxylée de la chaîne polypeptidique est

séparée de la molécule d'ARNt du site P et ajoutée par une liaison
peptidique à l'acide aminé fixé à la molécule d'ARNt du site A.
 Élongation

• 3ième étape, le nouveau peptidyl-ARNt est « transloqué » du

site A au site P pendant que le ribosome avance exactement de
trois nucléotides le long de la chaîne d'ARNm

Terminaison

•  Des protéines cytoplasmiques,

appelées facteurs de libération, se lient
directement à tout codon stop qui atteint
le site A sur le ribosome

•  Cette liaison modifie l'activité de la

peptidyl transférase, l'amenant à
catalyser l'addition au peptidyl-ARNt
d'une molécule d'eau à la place d'un
acide aminé
Figure 12.17
 Polysome

Figure 8.1

Code génétique
TAB. 11.1

Le génie génétique

48
Méthode de l’ADN recombinant
(Sections du livre à lire: 14.1, 14.3, 14,4, 14.5 et 14,8)

Principe de la méthode Information génétique

Figure 14.4

CHOIX
Vecteur d’expression:
plasmide, bactériophage, autres virus
Cellule hôte

Production rapide et à
grande échelle 49

50
 Plasmide et enzymes de restriction

(By Ayacop (+ Yikrazuul) - Own work, Public Domain, https://

commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=11840365)

51

Clivage spécifique de l’ADN

Endonucléases : Plusieurs centaines disponibles dans le
commerce (R&D Systems, New England Biolabs, Invitrogen …)

52
 Élaboration d’une carte de restriction

53

Méthode de
l’ADN
recombinant

Figure 14.11
construction de
plasmides recombinants

54
 Production d’un vaccin contre la
fièvre aphteuse par E. coli

55
FIG. 42.2 Production d’un vaccin recombinant

56
Biosenseur pour suivi environnemental

57

Figure 14.1 E. Coli contenant des gènes de lucifèrase

58
 Production de biomatériel

•  Étude de l ’araignée
•  Synthèse du gène

Soie

•  Insertion dans les levures et bactérie

Cie Dupont, glucose en nylon, polyester par génétique

http://www.floridanature.org/articles/fiber_engineers.asp

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