POUR LA MICROSCOPE OPTIQUE 

 La fixation a pour but la conservation des structures et le durcissement des pièces. Elle doit se faire immédiatement après le prélèvement, par immersion du
matériel dans un grand volume de liquide fixateur. Les liquides fixateurs les plus utilisés sont le formol ou le liquide de Bouin (mélange de formol et d'acide
picrique). La durée de la fixation varie selon le volume des prélèvements (de quelques heures pour un petit fragment biopsique à plusieurs semaines pour un cerveau
humain entier).
 L'inclusion a pour but de permettre la réalisation de coupes fines et régulières. Le milieu d'inclusion le plus utilisé est la paraffine. Comme la paraffine est
hydrophobe, le prélèvement doit d'abord subir une déshydratation (par immersion dans des bains d'alcool de degré croissant puis dans des bains de toluène) avant
d'être coulé dans un moule contenant de la paraffine fondue par chauffage et devenue liquide, qui infiltre alors toute la pièce. Après refroidissement, on se trouve en
présence d'un bloc de paraffine, dur, à l'intérieur duquel la pièce prélevée est incluse. Dans certains cas, on utilise d'autres milieux d'inclusion (celloïdine, résines
plastiques, etc.).
 Les colorations : comme les colorants sont en solution aqueuse, les coupes doivent d'abord subir une réhydratation. Celle-ci est effectuée après déparaffinage des
coupes (par la chaleur et des bains de toluène) en immergeant les lames dans des bains d'alcool de degré décroissant puis dans l'eau distillée. Les colorations les plus
fréquemment utilisées associent deux ou trois colorants différents : l'Hématéine-Eosine (H.E.) associe l'hématéine qui colore les noyaux en violet et l'éosine les
cytoplasmes en rose ; les colorations trichromiques usuelles sont l'Hématéine-Eosine-Safran (H.E.S.) par ajout de safran colorant en jaune les fibres de collagène, et
le trichrome de Masson qui associe un colorant nucléaire (hématoxyline), un colorant cytoplasmique et un colorant bleu ou vert colorant les fibres de collagène. De
nombreuses colorations spéciales (dites signalétiques) permettent de visualiser différentes structures ou composants des tissus (par exemple, les fibres de réticuline
par des colorations argentiques ou les fibres élastiques par l'orcéine).

POUR LA M. ELECTRONIQUE  
La technique dite « standard » de ME est analogue dans ses principes à celle de MO, mais les modalités précises diffèrent.
– La fixation se fait habituellement dans de la glutaraldéhyde tamponnée et est suivie d'une post-fixation à l'acide osmique.
– L'inclusion se fait dans une résine synthétique type Epon ou Araldite, après que les fragments ont été déshydratés dans les alcools et dans l'oxyde de propylène.
– Le contraste des coupes s'effectue habituellement avec de l'acétate d'uranyle (contrastant les nucléoprotéines  : noyau, nucléole, ribosomes) et des sels de plomb
comme le citrate de plomb (contrastant les membranes).

L'histochimie
Les techniques histochimiques sont basées sur des réactions biochimiques qui permettent de mettre en évidence in situ, dans les cellules ou dans les tissus, différents
constituants (lipides, glucides, protéines, acides nucléiques, métaux, etc).
Par exemple, l'identification du glycogène, des protéoglycanes et des mucines dans la réaction de Schiff (PAS) correspond à l'oxydation de certains polysaccharides
par l'acide périodique, révélée par une coloration rouge.

Les principales macromolécules de la MEC sont des polysaccharides (glycosaminoglycanes et protéoglycanes) et des protéines fibreuses, de structure (collagènes et
élastine) ou d'adhérence (fibronectine et laminine).
- Les principaux glycosaminoglycanes présents dans la MEC sont l'acide hyaluronique, le chondroïtine-sulfate, le dermatane-sulfate, l'héparane-sulfate, l'héparine,
le kératane-sulfate
- Les protéoglycanes sont formés par un noyau protéique sur lequel se lient des glycosaminoglycanes.
- Les fibres de collagène sont formées, dans l'espace extra-cellulaire, par l'assemblage de molécules de tropocollagène synthétisées et excrétées essentiellement par
les fibroblastes. Le safran les colore en jaune, les trichrome de Masson en vert ou en bleu, le rouge Sirius en rouge.
- Le collagène I : se trouve dans le tissu conjonctif banal, dans le tissu conjonctif dense, dans le tissu osseux. En ME, les microfibrilles de collagène présentent une
striation transversale due à l'alternance de bandes sombres et claires selon une périodicité. Ces fibrilles élémentaires, jamais anastomosées, ont une longueur
indéterminée et se groupent pour former des fibres qui elles-même s'assemblent en faisceaux
- Le collagène II : est surtout présent dans le cartilage. Il se présente sous forme de fines fibrilles qui ne se regroupent pas en fibre de plus fort calibre.
- La collagène III : est celui de fibre de réticuline
- Le collagène IV : entre dans la composition des membranes basales
- Le collagène de type X : est propres aux chondrocytes hypertrophiques (cartilage de croissance)
- Les fibres élastiques formées par l’élastine (substance amorphe) et la fibrilline (glycoprotéine) ne sont visibles qu'après colorations spéciales (orcéine, fuchsine-
résorcine) qui les font apparaître sous forme d'un réseau de fines fibres allongées et anastomosées
- La fibronectine est une molécule de l’adhérence des cellules à la MEC. Elle joue un rôle fondamental dans l’embryogenèse, la cicatrisation, l’hémostase…. Elle
présente de nombreux sites de liaisons pour les protéines de MEC, des récepteurs membranaires (intégrines) ; des protéines du sang (fibrine)….

La Membrane Basale (MB)

Visible en MO sous la forme d'un trait rouge (après coloration par le PAS) ou noir (après imprégnation argentique) surlignant le pôle basal des cellules épithéliales.
Elle est constituée de 3 couches superposées de la membrane plasmique vers la MEC, successivement  : la lamina rara, transparente aux électrons, la lamina densa
et la lamina reticulata
La famille des collagènes IV est caractéristique des MB où ils forment un réseau stable de polymères. La laminine et la fibuline participent aux MB Des constituants
extrinsèques, comme la fibronectine, participent à la constitution des MB.
Une MB se trouve à l'interface entre la face basale des cellules épithéliales et la MEC sous-jacente, mais également autour des adipocytes, des cellules musculaires,
des cellules de Schwann, de certaines régions des astrocytes, etc.