Année universitaire 2018-2019 5 février 2019

Professeur Michel SIMONET

ARBOVIROSES
(arthropod-borne virus)
 Famille des Flaviviridae
ARN sb (9-12 kb), linéaire, à polarité positive
capside à symétrie hélicoïdale
enveloppé

Une famille comprenant 3 genres infectant :

l’Homme : Flavirus, Hepacivirus et Pegivirus

Les animaux : Pestivirus et Pegivirus

 Genre Flavivirus
Près de 70 virus dont de nombreux sont transmis par des
arthropodes hématophages (arbovirus pour arthropod-borne
virus) et à l’origine de zoonoses
Flavivirus
vecteur = tique
YFV

DENV vecteur ?
vecteur = moustique ZIKV

WNV
JEV

Pestivirus
Hepacivirus

International Committee
on Taxonomy of Viruses Pegivirus
 Organisation du
génome d’un Flavivirus

un ARN monocaténaire (10,5 kb), de polarité positive, avec un seul cadre ouvert de lecture

Polyprotéine génomique
enveloppe E protéine M
(dimère)
Protéines de structure Protéines non-structurales
capside C

signal peptidase protéase Golgi protéase NS3

génome

Protéine NS3= protéase virale et hélicase à ARN

Protéine NS5= ARN polymérase ARN dépendante
virus de la fièvre jaune (YFV) ou virus amaril
le réservoir naturel du virus = les singes

les vecteurs (et réservoirs) = moustiques d’activité diurne

Aedes Haemagogus
(Afrique)
(Amérique)


des diptères de la famille des Culicidae
La fièvre jaune, une maladie à déclaration obligatoire
sévissant dans les zones tropicales et subtropicales
d’Afrique noire et d’Amérique intertropicale
 La fièvre jaune, une hépatonéphrite hémorragique
mortelle dans 20 à 30% des cas
q  une incubation silencieuse (3-5 jours) après la piqûre du moustique infecté

q  un début brutal avec fièvre à 40°C, céphalées, lombalgies puis

q  une phase rouge (2-4 jours) avec fièvre (39-41°C), un visage rouge
et vultueux, des yeux injectés de sang, des céphalées, rachialgies, une soif
vive, des épigastralgies, des vomissements, une oligurie,
q  une rémission au 3-4e jour : chute de la fièvre, cédation des douleurs
à ce stade, guérison dans quatre cinquième des cas
mais dans un cinquième des cas….
q  une phase jaune avec remontée de la température, ictère (cytolyse hépatique)
hémorragies digestives (vomito negro), oligurie, protéinurie

q  La mort peut survenir au cours de la rémission ou entre le 5 et 7e jour par

hémorragies, myocardite, urémie
q  nombreuses formes cliniques : formes inapparentes, frustres, fulminantes,
suraiguës, à prédominance hépatique, rénale, cardiaque, neurologique.
 Le virus de la dengue (DENV-1 à -4)
une arbovirose en pleine expansion (incidence X 30 en 50 ans selon l’OMS),
à déclaration obligatoire,
responsable de fréquentes épidémies

Zones où la dengue
a été rapportée

le réservoir naturel du virus = l’Homme

les vecteurs du virus: Aedes aegypti et Aedes albopictus
 Plusieurs formes cliniques, de gravité variable,
causées indifféremment par les virus DEN-1 à - 4
Ø  La dengue asymptomatique
Ø  La dengue classique = un syndrome pseudo-grippal
q  une incubation de 7 jours (1-14 jours) après la piqûre du moustique infecté
q  un début brutal avec fièvre > 38,5°C, frissons, céphalées, myalgies (muscles
oculo-moteurs +++), arthralgies, nausées, vomissements, éruption cutanée
maculo-papuleuse
q  une rémission avec chute de la fièvre
q  une reprise de la symptomatologie, la durée totale de la maladie étant
environ d’une semaine
q  une convalescence longue avec une asthénie marquée; pas de séquelles
Ø  La dengue hémorragique (taux de mortalité = 1 à 5%)
q  un début brutal avec fièvre élevée, et sans rémission, durant 5 à 7 jours
q  des hémorragies (entre le 3e et 5e jour) cutanées et muqueuses (pétéchies, purpura,
épistaxis, gingivorragies) ainsi que digestives (hématémèse et/ou méléna)
q  une hépatomégalie avec cytolyse (++) et une thrombopénie dans les
formes graves
Ø  La dengue avec syndrome de choc (taux de mortalité = 20%)
 Le virus de l’encéphalite japonaise (JEV)
q  les réservoirs naturels du virus
oiseaux aquatiques sauvages, hôtes de base
porcs domestiques, relais entre les oiseaux et l’Homme
q  les vecteurs
moustiques du genre Culex (C. tritaeniorhynchus)

Zones à risques
(2012)
 l’irrigation, un facteur ayant contribué à
l’émergence du virus de l’encéphalite japonaise
 Le virus de l’encéphalite japonaise
Le premier agent responsable d’encéphalite en Asie

q L’infection est habituellement asymptomatique ou bien elle se

manifeste 1 à 2 semaines après la piqûre d’un moustique infecté
par un un syndrome pseudo-grippal, sans caractère de gravité

q Dans 1 cas sur 250 survient une méningite ou une encéphalite

(avec ou sans atteinte méningée)

létalité = jusqu’à 30% dans les formes gravissimes

20-30% des sujets guéris conservent des séquelles

(problèmes intellectuels,comportementaux ou neurologiques permanents
comme paralysie, convulsions récurrentes,… )
Le virus West Nile (WNV)
q  les réservoirs naturels du virus = oiseaux
q  les vecteurs = moustiques du genre Culex

Distribution géographique du Culex, vecteur du virus West Nile

1937
 Hôtes
accidentels

Culex pipiens,
l’un des vecteurs du virus West Nile

L’émergence du virus West Nile aux USA

1999

Centers for Disease Control and Prevention 2007

 La fièvre du Nil occidental

q L’infection est habituellement asymptomatique (80% des cas)

q Dans 20% des cas, l’infection est symptomatique et se traduit,

après une période d’incubation de quelques jours à deux
semaines par un tableau pseudo-grippal et, parfois, par une
éruption cutanée (tronc)

q Dans < 1% des cas, le sujet infecté développe une maladie

neuro-invasive (méningite, encéphalite ou paralysie de type
polyomyélite), principalement les sujets > 50 ans et les patients
immunodéprimés
 Le virus Zika (ZIKV)
La propagation du virus de la forêt de Zika (Ouganda)
jusqu’au continent américain

1947 2007

2013 2014

PLoS Neglected Tropical Diseases, 2016

 2014, le virus Zika arrive au Brésil

?
12 juin-17 juillet 2014

Championnat du monde de va’a

12 - 17 août 2014, Rio de Janeiro

À partir de mai 2015, l’épidémie fait rage

(1,5 millions de cas)… puis recule en 2016 ?
q une transmission du virus Zika essentiellement
par piqûre de moustique (genre Aedes) infecté à
partir d’un réservoir constitué de primates (humains
et non-humains)

q une transmission materno-fœtale objectivée par

la microcéphalie (ou d’autres atteintes cérébrales)
des nouveau-nés de mères ayant développé une
maladie avérée pendant leur grossesse

q une transmission inter-humaine par voie sexuelle

(persistance du virus dans le sperme pendant plusieurs mois)
 Les manifestations cliniques
de l’infection par le virus Zika
q Une infection habituellement asymptomatique chez trois
quarts des sujets piqués par un moustique infecté

q Un quart des sujets infectés vont manifester un syndrome

pseudogrippal ou ressemblant à la dengue (fièvre peu élevée,
céphalées, myalgies, arthralgies, conjonctivite, douleurs rétro-orbitaires, éruption cutanée
maculo-papuleuse, œdème des mains/pieds)

q Deux complications :
o  Un syndrome de Guillain-Barré (2-3 cas pour 10.000), un risque de
survenue X 20, dont l’évolution est assez rapidement favorable

o  Des malformations fœtales quand le virus frappe la mère

microcéphalie : risque X 50 au cours du premier trimestre de grossesse,
mais aussi calcifications cérébrales, malformations des plexus choroïdiens,
des citernes ou du cervelet, …
Et d’autres Flavivirus d’importance médicale…
Virus Espèces affectées Transmission Expression clinique Distribution
(réservoir) chez l’Homme
MVEV Homme Moustiques Encéphalite Australie
(oiseaux) Culex Nouvelle-Guinée
SLEV Homme Moustiques Encéphalite Continent
(oiseaux) Culex américain
TBEVss Homme Tiques Encéphalite Russie orientale
(rongeurs,oiseaux) Ixodes Europe de l’Est
TBEVes Homme Tiques Encéphalite Europe
(rongeurs,oiseaux) Ixodes Scandinavie à Grèce

OHFV Homme Tiques Fièvre hémorragique Russie centrale

(rat musqué) Dermacentor Gastro-entérite Europe de l’Est
KFDV Homme Tiques Encéphalite Inde
(singes, rongeurs) Haemaphysalis Fièvre hémorragique

MVEV, virus de l’encéphalite de la vallée Murray; SLEV, virus de l’encéphalite de Saint-

Louis; TBEVss, virus de l’encéphalite russe printemps-été; TBEVes, virus de l’encéphalite
Europe centrale; OHFV, fièvre hémorragique d’Omsk; KFDV; virus de la maladie de la
forêt de Kyasanur
Diagnostic virologique d’une infection par Flavivirus

IgG

fièvre IgM

virémie

J-7 J-2/-1 J0 J4J5 J7-J10 J40

Ø  Détection du virus (culture), d’antigènes viraux (ELISA), ou

du génome viral par (RT-PCR) dans le sérum (ou LCS) au
tout début de l’infection (phase virémique)

Ø  Détection des IgM spécifiques (ELISA) dans le sérum (ou

LCS) : attention aux réactions croisées entre Flavivirus
 Prévention des infections humaines
(aucun anti-viral spécifique)

q  Une protection individuelle (moustiquaire imprégnée de répulsifs/insecticides,…) et collective

(suppression des gîtes larvaires = suppression d’eau stagnante) contre les moustiques vecteurs

q  Une protection contre certains Flavivirus par vaccination

Ø  Vaccin contre la fièvre jaune = souche YFV17D atténuée (vaccin vivant)
o  une seule dose (IM ou SC) confère une immunité protectrice durable, à vie
o  une vaccination à partir d’un an, seulement
o  un rappel au bout de 10 ans est toujours recommandé pour les séropositifs pour
le VIH, les sujets immunodéprimés, les femmes vaccinées pendant leur grossesse

Ø  Vaccins contre l’encéphalite japonaise= vaccins inactivés préparés sur

cellules Vero, vaccin atténué vivant SA14-14-2, vaccin vivant recombinant

Ø  Vaccin contre le virus TBEV(encéphalite à tiques) = virus entier inactivé

Ø  Vaccins contre les virus DENV et WNV en développement

 Famille des Togaviridae
ARN sb (10-12 kb), linéaire, à polarité positive
capside à symétrie icosaédrique, enveloppé
Alphavirus

Virus d’importance médicale

Arbre phylogénétique établi
à partir de la séquence
d’une des protéines de l’enveloppe virale

Ø  Leur spectre d’hôte est large, variable selon les espèces virales en cause:
oiseaux, équidés, rongeurs, marsupiaux, primates (humains ou non), reptiles,…
Ø  Ils sont tous transmis par des arthropodes (arbovirus), surtout
des moustiques (Aedes, Culex, Anopheles, Culiseta,…), mais aussi des tiques
q Maladies humaines induites par les Alphavirus
Ø  Infections à virus de l’encéphalite équine de l’Est (EEEV),
de l’Ouest (WEEV), et vénézuélienne (VEEV)
EEEV & WEEV complexe VEEV

hôtes accidentels

des infections sévissant sur le continent américain,

responsables d’encéphalite mortelle dans 10 à 70% des cas selon le virus

Ø  Infections à autres virus (ONNV, CHIKV, RRV, MAYV)

des infections humaines observées en zones tropicales et subtropicales,
occasionnant une arthrite fébrile et un rash cutané
Le Chikungunya (CHIK virus) dans le monde

Aedes albopictus

Aedes aegypti

Aedes aegypti
Aedes albopictus
A. aegypti + A. albopictus

New England Journal of Medicine

2015
 Le Chikungunya
q  Fièvre élevée (>39°C)

q  Douleurs articulaires et musculaires

chikungunya = devenir tordu, courbé (en langue bantoue)

q  Céphalées, fatigue nausées

q  Décès chez des sujets fragiles ou âgés

Fièvres Hémorragiques
Fièvres Hémorragiques

Ø  Fièvre jaune

Ø  Dengue
 Famille des Filoviridae
ARN sb (19 kb), linéaire, à polarité négative
capside à symétrie hélicoïdale
enveloppé

Genre Marburgvirus (1 espèce)

MARV
Genre Ebolavirus (5 espèces)
SUDV, EBOV, TAFV, RESTV, BDBV
ARN

Genre Cuevavirus (1 espèce) Génome de Ebolavirus

LLOV
Génome de Marburgvirus

Journal of Clinical Virology, 2015

 Ebolavirus et Marburgvirus,
des virus responsables de flambées épidémiques

Nigéria
Côte d’Ivoire Soudan
Guinée

Sierra Léone Ouganda

Libéria
Gabon
Kenya

République du Congo

Angola

Afrique du Sud République Démocratique du Congo

Epidémies de Ebolavirus
Epidémies de Marburgvirus 7

Epidémies de Ebolavirus & Marburgvirus

Journal of Clinical Virology, 2015

L’épidémie d’Ebola en Afrique de l’Ouest
Un bilan supérieur à toutes les épidémies cumulées depuis 1976
Officiellement, de décembre 2013 au 30 mars 2016
28646 cas recensés, 11323 morts (39%)

8/6+

3811
2543+

10675 20/8+
4809+
14124
3956+

OMS, 30 mars 2016

 La maladie à virus Ebola/Marburg
une fièvre hémorragique à taux élevé de mortalité
q  Une incubation d’environ 4-9 jours (extrêmes: 2-21 jours).

q  Une maladie débutant brutalement par une fièvre élevée et des symptômes
non spécifiques (mal de gorge, céphalées, nausées, myalgies, rash maculo-papuleux) auxquels
succèdent dans les cas mortels des troubles digestifs (douleurs gastriques, anorexie,
vomissements, diarrhée), respiratoires (essoufflement, toux) et neurologiques (prostration,
confusion, délire, convulsions) .

q  La gravité et localisation des manifestations hémorragiques (inconstantes)

diffèrent selon les cas : saignements de nez, des gencives, aux points de
piqûre, méléna, hématémèse.

q  La mort survient (jusqu’à 90% des cas selon les virus en cause) dans un
contexte de tachypnée, convulsions, coma, troubles métaboliques sévères et
état de choc.

q  Dans les cas non mortels, la fièvre dure de 5 à 10 jours et l’amélioration
clinique coïncide avec l’apparition d’anticorps qui éliminent le virus du sang.
La période de convalescence (asthénie prolongée) est longue et le virus persiste
longtemps chez les malades guéris dans certains sites (sperme).
Hypothèses sur la transmission de Ebolavirus
1- Le réservoir du virus:
Les chauves souris frugivores

Le virus se maintient dans les populations de

souris frugivores. Les chauves-souris assurent
la propagation du virus durant leurs migrations

2- Épizootie chez les primates 3- Infection primaire humaine 4- Transmission secondaire

Les chauves-souris infectées entrent en
contact direct ou indirect avec d’autres animaux
qu’elles contaminent, provoquant parfois des
épidémies de grande ampleur chez les gorilles,
chimpanzés et autres singes, ainsi que d’autres
mammifères (par ex., les antilopes des forêts)
L’homme se contamine par contact direct soit
avec les chauves-souris infectées (rarement),
soit lors de la manipulation d’animaux infectés
trouvés morts ou malades dans la forêt (plus
fréquemment)
La transmission interhumaine se fait par
contact direct avec le sang, les sécrétions, les
organes ou des liquides biologiques des sujets
infectés. Le risque est élevé au cours des
soins au malade ou lors des funérailles du
défunt
Hypothèses sur la transmission de Marburgvirus

1- Le réservoir du virus:
Les chauves souris frugivores

Le virus se maintient dans les populations de

roussettes qui dorment pendant la journée dans
des grottes ou des mines Les chauves-souris
assurent la propagation du virus durant leurs
migrations.

2- Épizootie chez les primates 3- Infection primaire humaine 4- Transmission secondaire

Les chauves-souris quittent les grottes la nuit
pour se nourrir de fruits dans la forêt tropicale.
La transmission du virus à d’autres animaux
sauvages, notamment les singes, est possible
mais rare. L’homme peut s’infecter au contact
de singes ou d’animaux contaminés.
Chez l’homme, la majorité des premiers cas
s’est infectée après un séjour prolongé dans
des grottes ou des mines habitées par des
colonies de chauves-souris. La transmission
virale est probable par contact direct ou
indirect, ou par aérosol.
La transmission interhumaine se fait par
contact direct avec le sang, les sécrétions, les
organes ou des liquides biologiques des sujets
infectés. Le risque est élevé au cours des
soins au malade ou lors des funérailles du
défunt.

d‘après l’OMS, 2014

 La lutte contre une flambée épidémique
q  Une prise en charge des malades (et des cas suspects) en prévenant au
maximum la transmission interhumaine du virus à partir du sang et autres
liquides biologiques (urine, selles, vomissures) ainsi que des surfaces et
des matériaux (vêtements, linge de lit) contaminés,

q  Un laboratoire assurant de manière fiable et sécurisée le diagnostic de

l’infection,
q  Une identification des sujets susceptibles d’avoir été en contact avec un
malade et un suivi de leur état de santé pendant 21 jours,
q  Une inhumation rapide et sans risque des défunts (sécurisation des rites funéraires),
q  Une sensibilisation de la population aux facteurs de risque de l’infection
et aux moyens possibles de prévention (incluant la vaccination).
 Le vaccin anti-Ebola

rVSV-ZEBOV
une souche du virus de la stomatite vésiculeuse atténuée
exprimant la glycoprotéine GP du virus Ebola (EBOV) Zaïre,
assurant une protection efficace contre la maladie Ebola
Lancet 2017

Un vaccin contre l’espèce SUDV est en développement

 La fièvre de Lassa
Une infection causée par le virus Lassa (LASV)
un un virus à ARN sb (-) de la famille des Arenaviridae
§  asymptomatique dans 80% des cas
§  débutant progressivement (quand elle est symptomatique)
fièvre, altération de l’état général, fatigue
céphalées, myalgies, nausées, vomissements, diarrhées
Une infection endémique
en Afrique de l’Ouest douleurs abdominales, toux
§  dans les cas graves: une hémorragie (buccale,
nasale, vaginale ou digestive) ± hypotension artérielle
§  à un stade tardif, des troubles neurologiques (convulsions, tremblements,
désorientation, coma) et état de choc

§  dans les cas mortels (15%), le décès survient dans les 14 jours
qui suivent l’apparition des symptômes
Ø  la ribavirine est efficace si elle administrée
au début de l’évolution clinique
 Une zoonose transmissible à l’Homme

L’homme est habituellement contaminé par exposition

à l’urine ou aux excréments de rats (Mastomys) infectés
(l’infection ne rend pas les rats malades)

Le virus peut être transmis d’homme à homme par contact direct avec le sang,
l’urine, les excréments ou autres sécrétions d’un sujet contaminé.

Un risque de transmission élevé lors des soins médicaux

ou des rites funéraires
La fièvre hémorragique de Crimée-Congo
Une infection causée par un Nairovirus,
un virus à ARN sb (-) de la famille des Bunyaviridae

Un début brutal des symptômes (après 1-6 jours d’incubation)

Fièvre, myalgies, céphalées, photophobie

(parfois au début, nausées, vomissements, diarrhées, douleurs abdominales)

Agitation (sautes d’humeur, confusion) puis somnolence, dépression

Une éruption pétéchiale (bouche, gorge, peau), les pétéchies

pouvant aboutir à la formation d’ecchymoses

Une insuffisance hépato-rénale, pulmonaire dès le 5e jour

de la maladie dans les formes sévères
La mort survient dans 30% des cas, lors de la deuxième semaine
(CIVD, choc hémorragique, défaillance multiviscérale)

L’administration de ribavirine (per os, iv) est recommandée par l’OMS

Une zoonose transmissible à l’Homme

Les hôtes du virus comprennent un grand nombre

Hyalomma d’animaux sauvages et domestiques (bovins, moutons,
chèvres). La contamination des animaux survient après
piqûres par des tiques infectées.

Le virus est transmis à l’Homme par piqûres de tiques,

par contact avec du sang ou des tissus d’animaux
infectés pendant ou immédiatement après l’abattage

La transmission interhumaine peut survenir après un

contact avec du sang, des sécrétions ou des liquides
biologiques de sujets infectés.

Des infections nosocomiales peuvent se produire.

Diagnostic virologique de l’infection
Par un laboratoire de référence

À partir du sang

q  Détection d’antigènes viraux

(immunochromatographie pour Ebola)

q  détection du génome viral

par RT-PCR

q  Isolement du virus (culture cellulaire)