Chapitre I : Diversité microbienne et arbre universel du vivant

I.1 -Introduction

Les premiers micro-organismes unicellulaires seraient apparus sur notre planète, il y a environ 4 milliards d'années.
Depuis, ces micro-organismes se sont développés vers diverses formes de vie telles que les bactéries, les
champignons, les algues, les protozoaires et les virus, animaux, végétaux…etc. On trouve des micro-organismes
dans tous les ecosystems (eau, air, sol, aliment…etc.). Certains micro-organismes peuvent s’associer aux plantes ou
aux animaux et entretenir une relation de symbiose, de commensalisme ou de parasitisme.

I.2 -Diversité du monde vivant

Le monde vivant est constitué d’une collection infinie d’organismes unicellulaires et pluricellulaires en perpétuelle
évolution. Pour certains microbiologistes, un organisme vivant est considéré ainsi s’il répondait aux trois
principaux critères : auto-renouvellement, autoconservation, autoreproduction. En effet les organismes vivants sont
capables d’auto renouvellement en faisant des échanges de matières, d’énergies et d’informations avec le milieu,
d’autoconservation par des copies de séquence génétique ADN par la transmission de l’information génétique
qu’elle porte et par le décodage de cette information génétique pour
synthétiser des protéines de fonctionnement (enzymes) ou de structure. Les organismes
vivants sont aussi capables d’autoreproduction ; la reproduction peut-être asexuée ou sexuée.
Il existe aussi une grande diversité du vivant ou biodiversité génétique suite à des mutations
qui se manifestent lors des processus de la reproduction. (1)
L’étude taxonomique des organismes avait commencé par une description
phénotypique (morphologique, anatomique, cytologique, écologique, biochimique,
nutritionnelle ….) en vu de les regrouper en taxo puis les classer. Cette approche a été suivie
par une taxonomie génotypique et phylogénétique. (1)
C’est le botaniste français Joseph Pitton de Tournfort (1656-1708) qui a réuni les
espèces en genre puis le naturaliste suédois Carl Von Linné (1707-1778), fondateur de la
systématique et taxonomie, les a classées en groupes ou taxons de plus en plus larges. Plus
tard Charles Darwin (1809-1882) s’efforça de faire correspondre la classification des êtres
vivants à leur histoire évolutive. Pour Ernest Haeckel (1834-1919) la classification devait
refléter la phylogénie, c'est-à-dire l’histoire de la descendance des êtres vivants. (1)
Les principaux taxons sont : espèce, genre, famille, ordre, classe, embranchement ou
phylums et règne. Un taxon ou clade contient un ancêtre et tous ses descendants.(1)
Les organismes vivants avaient été répartis en deux ensembles biotiques : les
Procaryotes (de pro = primitif et karyon = noyau) et les Eucaryotes (eu = vrai) et cinq Règnes
(Procaryotes, Protistes, Mycètes, Animaux et Plantes). Ensuite un autre groupe Acaryote a été
admis pour regrouper les Virus. Cependant d’autres microbiologistes ne considèrent pas les
virus comme des êtres vivants pour les critères évoqués précédemment. (1)