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Seize GLYCOLYSE Exergonique
Seize GLYCOLYSE Exergonique
Métabolisme énergétique
Plan général du cours
I - Notions de Bioénergétique
Liaisons riches en énergie
Coenzymes
II - Glycolyse
IV - Chaîne respiratoire
Le Métabolisme
1 - Définition
2 - Le Métabolisme est la résultante de 2 grandes voies :
- Anabolisme
- Catabolisme
** Toutes ces réactions se font dans la cellule en milieu aqueux
Renouvellement moléculaire,
Croissance…...
Aliments
Digestion Protéines Lipides
Glucides
Acides gras
Composés simples Acides aminés glucose glycérol
Catabolisme glycolyse ATP I
Glycolyse
Pyruvate
M É
É N Acétyl- CoA
T E
A R Cycle
de II
B G Krebs Krebs
O É
L T
I I Pouvoir réducteur
NADH
S Q III
Phosphorylation
M U oxydative Transport électrons ATP CRM
E E O2
NH3 H2O CO2
Déchets
Les aliments, sources d’énergie
Exemple mécanique
A C
Variation d’énergie libre
Exemple chimique
Réaction coordonnée
Energie libre, G A B C
∆G A→B ∆G A→C ∆G B→C
(positive) (négative) (négative)
Endergonique Exergonique
A B B C
∆G > 0 (positif) ∆G < 0 (négatif)
La réaction a besoin d’énergie La réaction libère de l’énergie,
pour se faire : elle se fait spontanément :
la réaction est endergonique la réaction est exergonique
•∆G dépend :
- de la nature de la réaction
- du pH
- de la température
- des concentrations initiales de A et B
- est additif
• ∆G0 : mesure en chimie à pH = 0
Variation d’énergie libre
dans la cellule
1 - Dans une cellule, soit la réaction : A B
• Caractéristiques de ∆G0’
∆G0’ = variation d’énergie libre
à pH = 7,
à t° = 25°C,
pour une concentration de A et de B = 1M
(différente de ∆G0 mesurée en chimie à un pH = 0)
∆G0’ est indépendant :
des étapes de la réaction
ne donne aucune indication sur la vitesse de la réaction
• ∆G réel
∆G réel = ∆G0’ + RT loge [B] / [A] { T : Température absolue
R : Constante des gaz (8.315 J/mol)
2 - En résumé
si : ∆G < 0, réaction spontanée (exergonique)
∆G = 0, réaction en équilibre énergétique
∆G > 0, réaction ne peut avoir lieu (endergonique), sauf si :
- la réaction A B est couplée à une autre réaction (B C) exergonique
[(∆G (B C) + ∆G (A B)] < 0
- la réaction est couplée à une réaction très exergonique : hydrolyse de l ’ATP
NH2
Adénine
L’ATP
Liaisons Anhydrides phosphoriques N
riches en énergie N
N
OH OH OH N
| | |
5’
HO - P ~O - P ~ O - P - O - CH2 O
|| γ || β ||α Liaison β N hétérosidique
O O O
4’ 1’
3’ 2’
Ribose
HO OH
O-P-OP—R
-
O O ∆G0’ = - 49 kJ/mol
3 - Liaison énol phosphate : Phosphoénol pyruvate (PEP)
COO- O- COO- O-
CO-P–O- C O-P–O-
CH O CH2 O
R
∆G0’ = - 62 kJ/mol
Acyl CoA
CH3 - (CH2)n-2 - CO ∼ S - CoA
∆G0’ = - 31 kJ/mol
Energies libres standard de l’hydrolyse de composés phosphorylés
et de l’acétyl-coenzyme A
∆ G0’
kJ/mol
Phosphoénolpyruvate - 61,9
1,3-Bisphosphoglycérate (→ 3-Phosphoglycérate + Pi) - 49,3
Créatinine phosphate - 43,0
Riche
PPi (→ 2Pi) - 33,4
ATP (→ AMP + PPi) - 32,2
Acétyl-CoA - 31,4
ADP (→ AMP + Pi) - 30,5
ATP (→ ADP + Pi) - 30,5
Glucose-1-phosphate - 20,9
Non Riche
Fructose-6-phosphate - 15,9
AMP (→ Adénosine + Pi) - 14,2
Glucose-6-phosphate - 13,8
Glycérol-1-phosphate - 9,2
Les réactions d’oxydo-réduction
Oxydation Réduction
Gain d’oxygène Perte d’oxygène
Perte d’hydrogène Gain d’hydrogène
Perte d’électrons Gain d’électrons
2 - Réaction d’oxydo-réduction
Dans une réaction d’oxydo-réduction il y a un couple d’oxydo-
réduction constitué de 2 demi-réactions qui sont couplées et
réversibles avec:
• un réducteur qui fournit des H+ (et des électrons) et s’oxyde
• un oxydant qui capte des H+ (et des électrons) et se réduit
Le potentiel Rédox (1)
∆E = EB - EA > 0, on aura :
AH2 + B A + BH2
Potentiels de réduction standard des transporteurs d’électrons
impliqués dans la chaîne respiratoire
∆G0’ = - nF∆E0’
F = Constante de Faraday (96 kJ/volt/mole)
n = nombre d’ e- échangés dans la réaction
Exemple :
Nucléotide 1 βD Ribose
NH2
Nucléotide 2 N N
Adénine
AMP N N
¯O P O CH2
βD Ribose
O
Si R = H, (NAD+)
OR Si R = H2PO3, (NADP+)
NAD+
Coenzyme des déshydrogénases
Site
réactif H H H
NAD+ NADH
Forme oxydée Forme réduite
H— C —OH
Ribitol
H— C —OH
Nucléotide 1
H— C —OH
FMN CH2 NH2
N
-
O P O N
Adénine
N N
Nucléotide 2
O
- P CH2
AMP
O βD Ribose
FAD et FMN
Coenzymes des déshydrogénases
H
O O
CH3 N CH3 N
NH 2H +2e
+ - NH
CH3 N N O CH3 N N O
R R H
FAD ou FMN FADH2 ou FMNH2
Forme oxydée Forme réduite
O•
CH3O R Semiquinone
(UQH•, QH•)
CH3O CH3
OH
H+ + e- H+ + e-
OH
CH3O R
Forme réduite Ubiquinol
(UQH2, QH2)
CH3O CH3
OH
CH2 = CH N CH3
N Fe N
H3C N CH2CH2COO-
propionyl
H3C CH2CH2COO -
2 Cyt Fe 3+ + 2 e- 2 Cyt Fe 2+
Forme oxydée Forme réduite
• Produit 2 ATP
1) En aérobiose : mitochondrie
les 2 Pyruvates formés à partir du Glc dans la glycolyse entrent
dans le cycle de Krebs où ils sont dégradés en 4 CO2 + 4 H2O
2) En anaérobiose : cytosol
le Pyruvate est réduit en lactate fermentation lactique
O2 Mito :
4 CO2 + 4 H2O Aérobie
Glucose 2 Pyruvates
2 Lactates Cytosol :
CH3 - CHOH - COO- Anaérobie
Etape 1
Glucose Glucose 6P
6CH2OH 6
CH2O P
ATP ADP
5
1 (H,OH) (H,OH)
Mg ++
CH2O P
P OH2C CH2OH
Mg++
OH OH
Glycéraldéhyde 3 Phosphate
6 1 ou 3 PGA
P OH2C CH2O P CH2O P CHO
| |
5 2
C=O + CHOH
| |
4 3 OH CH2OH CH2O P
CH2OH CHO
| |
C=O CHOH
| |
CH2O P CH2O P
Dihydroxyacétone Phosphate Glycéraldéhyde 3 Phosphate
(96%)
Bilan de la phase préparatoire
O=C—O-
O=C-O~ P ADP ATP
|
CHOH |
| CHOH
Mg++ |
CH2O P
CH2O P
1,3 bis Phospho Glycérate 3 Phospho Glycérate
(acyl~P)
• Réaction très exergonique, mais couplée à l’étape précédente endergonique,
elle devient réversible
O=C—O- O=C—O-
| 2 |
CHOH Mg++ CHO P
3 | |
CH2O P CH2OH
3 Phospho Glycérate 2 Phospho Glycérate
O=C—O- H2 O O=C—O-
| |
H—C—O— P C—O~ P
| ||
HO — CH2 CH2
Phosphoénolpyruvate
2 Phospho Glycérate
(PEP)
O=C—O- O=C—O-
ADP ATP
| |
C—O~ P Mg++, K+ C=O
|| |
CH2 CH3
Phosphoénolpyruvate Pyruvate
(PEP)
• Réaction très exergonique
• Réaction irréversible
• Enzyme très importante dans la régulation du métabolisme
Schéma de la glycolyse (1)
1 - Phase de préparation : activation
2 Phosphorylations = consommation de 2 ATP
ATP ADP
CH2OH CH2OP
CH2OP CH2OH
(H,OH) (H,OH)
OH
Hexokinase Glucose 6 P Isomérase
Glucose Glucose 6 Phosphate Fructose 6 Phosphate
ATP
Phosphofructo Kinase (PFK)
ADP
CHO
3 Phospho Glycéraldéhyde
|
(PGA)
CHOH
| CH2OP CH2OP
Triose Phosphate Isomérase CH2OP
Aldolase
CH2OP OH
|
Fructose 1,6 bis Phosphate
Phospho Dihydroxy Acétone C=O
(PDHA) |
CH2OH
Schéma de la glycolyse (2)
2 - Phase de restitution : récupération d’énergie
1 Oxydation phosphorylante + Gain de 4 ATP
O
CHO || 2 ADP 2 ATP COO-
2 NAD+ 2 NADH, H
+
| 2 Pi C O˜P |
|
CHOH | CHOH
| CHOH |
CH2OP | CH2OP
3 PGA Déshydrogénase CH2OP Phospho Glycérate Kinase
3-PGA
n=2 1,3 bis Phospho Glycérate 3 Phospho Glycérate
n=2 n=2
2 ATP 2 ADP
COO- H2O COO-
| |
C O P CHOP
˜
|
CH3 - CO - COO- || |
Pyruvate kinase Enolase
2 Pyruvates CH2 CH2OH
• Bilan en aérobiose :
• Les 2 NADH, H+ formés par mole de Glc donnent dans
la chaîne respiratoire
3 ATP x 2 = 6 ATP
NADH, H+ NAD+
CH3 - CO - COO - CH3 - CHOH - COO -
Pyruvate Lactate déshydrogénase Lactate
Glucose
Glycolyse
NAD+ NADH, H+
+ CoA-SH + CO2
CH3 - CO - COO- CH3 - CO ~ S - CoA
Pyruvate (E1-TPP, E2-lipoïque, E3-FAD) Acétyl-CoA
TPP FAD
E1 E2 E3
1ère Etape
La sous-unité E1-TPP fixe le pyruvate et le décarboxyle
• Obtention « aldéhyde actif »
OH S CH3 - CO ~ S
| |
S HS
CH3 - C - H
|
TPP FAD TPP FAD
E1 E2 E3 E1 E2 E3
3ème Etape
Le CoEnzyme A agit sur l’acétyl-lipoate pour donner :
AcétylCoA + Acide lipoïque réduit
Groupement thiol réactif
Acide dihydrolipoïque
CH3 - CO ~ S HS
HS HS
HS S
|
HS S
S NAD+ NADH, H+
| S
|
S S
Pyruvate Acétyl-CoA
CH3 - CO - COO- CH3 - CO ~ S - CoA
+ CoA-SH + NAD+ + CO2 + NADH, H+
CH2 - COO- CH
H2O | 2 - COO -
H2O CH2 - COO-
| |
HO - C - COO- C - COO- H - C - COO-
| || |
CH2 - COO- CH - COO- HO - CH - COO-
Citrate = Cis-aconitate Isocitrate =
Ac. tricarboxylique Ac. tricarboxylique
Etape 3
β décarboxylation oxydative de l’isocitrate en α cétoglutarate
| |
CH2 + CoA-SH + CO2 CH2
| |
O = C - COO- O = C ~ S-CoA
α cétoglutarate Succinyl-CoA
riche en énergie (thioester)
• Formation - d’une liaison thioester riche en énergie
- d’un NADH, H+
• Réaction fortement exergonique : irréversible
• L’enzyme est régulée
Etape 5
Conversion du succinyl-CoA en succinate
Phosphorylation du GDP : Succinyl-CoA synthase ou Succinyl thiokinase
COO-
• Réaction réversible |
• Réaction inhibée par le malonate, analogue du substrat CH2
|
COO-
Fumarate L-malate
• Réaction - réversible
- stéréospécifique
Etape 8
Déshydrogénation du L-malate en oxaloacétate
Réaction d’oxydation : L-malate déshydrogénase (NAD+)
L-malate Oxaloacétate
• Réaction réversible
• Formation d’un NADH, H+ 3 ATP dans la chaîne respiratoire
Oxaloacétate Citrate
2
2 H+ 8 8 étapes : Isocitrate
- 1 condensation de l’acétate 3
L-Malate avec l’oxaloacétate
7 CO2 2 H+
Fumarate - 2 décarboxylations
α cétoglutarate
- 4 oxydations
- 1 phosphorylation de GDP
2 H+ 6
CO2 2 H+
CoASH 4
Succinate Succinyl CoA
5
GTP GDP + Pi
Une molécule d’Acétyl-CoA dégradée dans le cycle de Krebs couplé
à la chaîne respiratoire produit 12 ATP
Acétyl-CoA + 3 NAD+ 2 CO2 + CoA-SH + 3 NADH, H+
+ 1 FAD + 1 GDP + 1 Pi + 3 H2O + 1 FADH2 + 1 GTP + H2O
1) Citrate synthase
α cétoglutarate
FADH2
NADH, succinyl-CoA
Succinate 3) α cétoglutarate
déshydrogénase
déshydrogénase
GTP ATP
Aspartate
Acides aminés Stérols
Pyrimidines
NADH
NADH
Glutamate
Acides aminés
Purines
NADH
FADH2 Hème
GTP
(ATP)
Bilan énergétique total de la dégradation du glucose
en CO2 + H2O = 38 ATP
ATP ou
Réaction Coenzymes réduits formés ATP
Glucose Glucose 6P - 1 ATP -1
3 - Objectifs du Cpl. I
• Réoxyde NADH, H+ en NAD+
• Transfère 2 H+ + 2 e- sur Coenzyme Q
NADH, H+ + UQ NAD+ + UQH2
ubiquinol
4 - UQH2 formé
• très mobile dans la membrane
• migre vers le complexe III
2H+
Matrice
NADH, H+ NAD+
Espace intermembranaire
I III
Membrane
interne UQH2
Matrice
NAD+
xH +
6 - Pas de pompe à H+ car variation d’énergie libre faible (pas de saut d’énergie)
Schéma du Complexe II : Succinate-Coenzyme Q réductase
Espace intermembranaire
III
Membrane
interne II UQ
2H+
Matrice
FADH2 FAD
Fumarate Succinate
Espace intermembranaire
III
Membrane
interne II UQH2
Matrice
FAD
Variantes du Complexe II :
Les 2 autres sources de FADH2
Deux autres enzymes à FAD constituent des variantes du Cpl. II :
• la Glycérol-3-P-déshydrogénase : côté espace intermembranaire
• l’AcylcoA-déshydrogénase (β oxydation des AG) : côté matrice
FAD
II
Membrane
FAD UQ
interne
Succinate
déshydrogénase FAD
Succinate
Acyl-CoA
Matrice mitochondriale déshydrogénase
Acyl CoA
Complexe III
Cytochrome c réductase
1 - Réoxyde UQH2 en UQ
Espace intermembranaire
Cyt c
Fe3+
Membrane III
interne UQH2
Matrice
Espace intermembranaire
Cyt c
III Fe2+
Membrane
interne UQ
Matrice
xH+
Espace
intermembranaire
2 Cyt c IV
Fe2+
Membrane
interne 2 Cyt a Fe3+
Matrice
Espace
intermembranaire
2 Cyt c
Fe3+ IV
Membrane
interne 2 Cyt a Fe2+
xH+ H2O
Pompe à protons car saut d’énergie suffisant
Bilan énergétique de la Chaîne Respiratoire Mitochondriale
NADH + H+ + 1/2 O2 H2O + NAD+ ∆G° ’ = - 220 KJ/ mol
ADP + Pi + H+ ATP + H2O ∆G° ’ = + 30,5 KJ/ mol
• La synthèse d ’ATP est proportionnelle au gradient de protons
• Production d ’ATP possible lorsque ∆ E°’ est > 0,18 V (donc ∆G°’ > 30,5 KJ/ mol)
• 3 sites de production car variation d’énergie suffisante : Cpl. I, III, IV
0
Succinate Q
Complexe II 0,23V
0,2 Fumarate Complexe III
Cyt c 100
0,4
Complexe IV
0,6 0,59V
1
/2 O2 + 2H+
0,8 H2O 0
• Rendement théorique :
3 ATP par paire d’e- du NADH, H+
2 ATP par paire d’e- du FADH2
Complexe V
ATP-Synthase
ADP ADP
ATP ATP
Espace Matrice
intermembranaire
Pi Pi
H+ H+
Membrane interne
Régulation de la chaîne respiratoire
Roténone
Amytal CN-, CO
Complexe V
Atractyloside
Antimycine A ATP
translocase
Oligomycine
2 - Agents découplants :
• Dinitrophénol
• Arséniate
• Hormones thyroïdiennes
Navette glycérophosphate
(muscle, cerveau) 2 ATP
NADH, H+ FADH2
Cytosol Mitochondrie
Navette malate aspartate
(foie, rein, cœur)
NADH, H+ NADH, H+
3 ATP
Représentation schématique de la chaîne respiratoire
+++++++++++++++++
Cplx III Cyt c Cplx IV Fo
Q
Cplx I Cplx V
- - - - - - - - - - Cplx
- - - II- - - - - - - -
F1 ATP
NADH,H+ NAD 1/2 O2 + 2H+
E-FADH2 E-FAD H2O H+ Pi
ADP + Pi ATP