Rapport 2014 Institut Pasteur de Dakar

Rapport 2014, Institut Pasteur de Dakar
Fondation Institut
Pasteur de Dakar
Rapport annuel 2014
36, avenue Pasteur

BP 220
Dakar
Sénégal
www.pasteur.sn
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Réseau International des Instituts Pasteur et Instituts Associés
S O M M A I R E
INTRODUCTION
Préambule 4
Organigramme 9
Les ressources humaines 10
ACTIVITES DE RECHERCHE, D’EXPERTISE ET DE SANTE PUBLIQUE
Unité des Arbovirus et Virus des Fièvres Hémorragiques 13

Unité de Virologie Médicale 23
Unité d’Immunologie 37
Unité d’Immunogénétique 51
Unité d’Epidémiologie 67
Unité d’Entomologie Médicale 77
Unité de Bactériologie Expérimentale 88
Laboratoire d’Analyses Médicales 96
Laboratoire de Sécurité Alimentaire et Hygiène de l’Environnement 102
Centre Médical : service médical, CAR, CVI 108
UNITE DU VACCIN FIEVRE JAUNE 110
SERVICES COMMUNS
Service Informatique 111
Service Qualité 116
Service Métrologie / Plateau Commun Technique 119
ENSEIGNEMENTS ET FORMATIONS 122
PUBLICATIONS ET COMMUNICATIONS 132
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Introduction
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Préambule
L’Institut Pasteur de Dakar

Faisant partie du Réseau international des Instituts Pasteur, l’Institut Pasteur de Dakar (IPD) est,
depuis 2010, une fondation privée de droit sénégalais, à but non lucratif et reconnue d’utilité publique.
Son objectif est de « contribuer à la santé publique, en Afrique et en particulier au Sénégal, en menant
des activités de recherche, d’enseignement, de formation, d’expertises médicales, épidémiologiques et
biologiques et de production de vaccin amaril ».
Les missions de l’IPD s’articulent autour de cinq composantes : recherche, santé publique, services,
production de vaccins et enseignement.
Les principales thématiques des programmes de recherche concernent :

- les arbovirus et les virus des fièvres hémorragiques : développement de tests de diagnostic,
évolution moléculaire du virus, interactions virus vecteurs, modélisations et évaluation des
risques
- le paludisme : étude des déterminants immunologiques et des mécanismes d’acquisition de la
protection contre Plasmodium falciparum, compréhension de la biologie des vecteurs pour une
meilleure application des connaissances en mesures expérimentales de lutte anti vectorielle…
- les infections respiratoires et diarrhéiques : étude de la diversité des virus et épidémiologie des
infections
- les infections bactériennes : étude des mécanismes de résistance aux antibiotiques.
En 2014, les activités de recherche ont été valorisées par les scientifiques de l’IPD par 50 publications
(articles parus dans des revues scientifiques internationales référencées à comité de lecture ou
chapitres de livres) dont 30 en tant que premier ou dernier auteur. Ce nombre est en augmentation
sensible par rapport à 2013 (43 publications dont 18 en premier ou dernier auteur).
Simultanément à leurs activités de recherche, les laboratoires sont engagés dans des activités de santé
publique à travers les centres de référence qu’ils hébergent :
- centres nationaux de référence pour la grippe et les virus respiratoires, la rougeole, la
poliomyélite et les virus entériques, les rotavirus, les entérobactéries, la rage,
- le centre collaborateur OMS pour les arbovirus et les fièvres hémorragiques virales et ;
- le centre inter pays de référence OMS pour la poliomyélite.
L’IPD propose également des activités de services au bénéfice de la population à travers : le

laboratoire d’analyses médicales, le laboratoire de sécurité alimentaire et d’hygiène de
l’environnement qui est le seul laboratoire de ce type au Sénégal accrédité par le Comité français
d’accréditation pour la microbiologie des aliments, le centre de traitement antirabique et le centre de
vaccinations internationales.
L’Institut Pasteur de Dakar participe à différents enseignements de l’Université Cheikh Anta Diop de
Dakar (faculté de médecine et de pharmacie, master en épidémiologie, master en entomologie, master
d'immunologie des maladies infectieuses) et de l’Université Gaston Berger de Saint Louis, ainsi qu’à
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l’Institut Pasteur à Paris. En 2014, l’Institut a accueilli 109 étudiants et stagiaires sénégalais et
étrangers : 19 thésards, 20 étudiants en master et 70 stagiaires en BTS, DTS….
L’Institut a, depuis 1937, une mission originale de production de vaccin antiamaril. Il est le seul des
quatre producteurs de vaccins antiamarils dans le monde pré-qualifiés par l’OMS : Sanofi-Pasteur
(France), Bio Manguinhos (Brésil), l'Institut Chumakov (Russie), à être situé en Afrique.
L’Institut a débuté cette année un projet de construction d’une nouvelle unité de production pour
remplacer l’unité actuelle.
Faits marquants de l’année 2014
De nombreux faits importants ont jalonné la vie de l’IPD.
Epidémie de maladie à virus Ebola en Afrique de l’Ouest.

L’année 2014 a été marquée au Sénégal et en Afrique de l’Ouest par l’émergence de la maladie à virus
Ebola (MVE). L’IPD a largement contribué à la riposte tant au niveau national qu’international.
Ainsi l’Institut a envoyé à Conakry, à la demande des autorités sanitaires de la Guinée et de l’OMS et
avec seulement un préavis de 48 heures, une mission composée de trois virologues. L’IPD Dakar a été
la première équipe internationale à se déployer en Guinée et a, dès son arrivée le 22 mars 2014,
confirmé les premiers cas survenus à Conakry. L’équipe a pu être maintenue en place tout au long de
l’année 2014 réalisant à la fin de l’année plus de 3500 tests et diagnostiquant 890 cas de MVE.
La reconnaissance de son travail a notamment été saluée par la visite le 28 novembre au laboratoire de
l’hôpital de Donka, tenu par l’IPD de Mrs François HOLLANDE, Président de la République
française, Alpha CONDE, Président de la République de Guinée, et de Monsieur le Professeur
Christian BRECHOT, Directeur général de l’Institut Pasteur à Paris.
A Dakar, l’Unité des arbovirus et des virus des fièvres hémorragiques a effectué les tests diagnostic
pour six pays d’Afrique et a confirmé 2 cas de MVE dont l’un au Sénégal (le vendredi 29 août). De
nombreuses personnes de l’IP Dakar se sont mobilisées pour accompagner le Ministère de la santé et
de l’action sociale dans la gestion de cette crise suite au diagnostic du cas de MVE au Sénégal.
L’expertise de l’IP Dakar a été sollicitée nationalement bien au-delà de l’Unité des arbovirus et des
virus des fièvres hémorragiques. L’action de l’Institut a été d’une telle ampleur que Madame le
Professeur Awa-Marie COLL-SECK, Ministre de la santé et de l’action sociale a tenu, à la fin de la
crise, à effectuer une visite le 18 septembre à l’IP de Dakar pour marquer sa satisfaction. Sur le livre
d’or de l’Institut, elle a ainsi écrit « l’Institut Pasteur de Dakar est un honneur pour le Sénégal. Tous
nos remerciements ».
Tout au long de cette crise, les scientifiques de l’IPD ont été sollicités pour leur expertise tant au
niveau national qu’au niveau international (OMS) dans le domaine de la virologie mais également de
l’éthique.
La MVE a été un fléau pour l’Afrique de l’Ouest. L’un des personnels de l’IPD en mission en Sierra
Leone, dans le cadre de l’OMS, a été infecté par le virus. Evacué le 27 août à Hambourg, grâce à une
logistique mise en place par l’OMS, il n’a pu rejoindre Dakar, guéri mais affaibli que le 3 octobre. Cet
épisode douloureux ayant eu un heureux dénouement vient rappeler les risques de notre action visant à
lutter contre les maladies infectieuses.
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Le 2ème Conseil scientifique de l’Institut Pasteur de Dakar s’est tenu du 28 au 30 avril. Ce Conseil,
qui a pour mission de renforcer le développement scientifique de l’Institut Pasteur de Dakar et
d’accompagner l’élaboration et la mise en œuvre de nouvelles stratégies scientifiques, a noté
l’évolution très satisfaisante depuis le dernier Conseil et que même si des efforts restaient à faire la
situation était très encourageante.
Au cours du 2ème semestre de l’année, le Dr Cheikh Loucoubar, à la suite d’un processus très sélectif, a
obtenu le financement d’un Groupe à 4 ans (G4) « Bioinformatique, biostatistiques et
modélisation ». Cette structure, financée pendant 4 ans à plus de 90% par l’IP Paris, permettra de
développer des compétences utiles à l’IPD en relation avec l’’Unité d’épidémiologie dont elle
partagera les murs. L’IPD disposera ainsi d’un hub de compétences dans le domaine des
biostatistiques dont profitera l’ensemble des unités. Ce groupe sera installé au cours du premier
trimestre 2015.
Le laboratoire d’analyses médicales a ouvert, en août 2014 un centre annexe de prélèvement. Cette
annexe, avenue Pasteur, permet de préserver l’attractivité du laboratoire en accueillant un nombre de
patients toujours plus important dans de meilleures conditions de confort et en réduisant les délais
d’attente.
Un incendie s’est déclaré le dimanche 3 février au Laboratoire de salubrité alimentaire d’hygiène

et environnement dans le bâtiment Constant Mathis. Cet incendie n’a entraîné heureusement que des
dégâts matériels qui auraient pu être beaucoup plus importants sans l’alerte donnée immédiatement par
les gardiens et la réactivité de Mr Virey, le Directeur administratif et financier de l’IPD très
rapidement sur place, qui ont permis une intervention des sapeurs pompiers de la ville de Dakar dans
les meilleurs délais.
L’organisation à Dakar de la Réunion régionale des Instituts d’Afrique a rassemblé les 18 et 19

juin les directeurs et des scientifiques de 5 établissements du Réseau International des Instituts Pasteur
situés en Afrique (CERMES au Niger, Centre Pasteur du Cameroun, Institut Pasteur de Bangui,
Institut Pasteur de Côte d’Ivoire, Institut Pasteur de Dakar, Institut Pasteur de Madagascar) ainsi que
des scientifiques de l’Institut Pasteur à Paris. Cette réunion a été suivie le 20 juin par une journée
scientifique ayant pour thème « La recherche sur les maladies infectieuses et les défis majeurs de
la santé publique au 21ème siècle ». Cet évènement a été très apprécié et a rencontré un grand succès.
Unité de vaccin fièvre jaune

Pour l’unité de production de vaccin fièvre jaune l’année a été mitigée. Différents problèmes
techniques ont fait que la production de vaccins a été inférieure à celle qui avait été planifiée mais les
solutions techniques à ces problèmes ont été identifiés et résolus en fin d’année.
Une aide financière par la Fondation Bill et Melinda Gates est même envisagée pour la rénovation de
l’Unité actuelle. L’objectif de la fondation appuyé par GAVI et l’OMS est de sécuriser
l’approvisionnement en vaccin fièvre jaune dont la quantité produite chaque année par les différents
producteurs demeure insuffisante. Le dossier était en cours d’instruction à la fin de l’année et la
décision finale attendue durant le premier trimestre 2015.
L’effort de modernisation de l’unité actuelle de production de vaccin débuté en 2012, se poursuivra
donc en 2015 puisque cette unité est appelé à fonctionner jusqu’en 2018.
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L’année 2014 a vu également de grandes avancées du dossier de la construction de la nouvelle unité de

vaccins fièvre jaune, dont le projet a été baptisé AfricAmaril.
Tout d’abord, son Excellence Monsieur Macky SALL, Président de la République du Sénégal, a
décidé d’attribuer à IPD un terrain de 20.000 m2 sur le pôle urbain de Diamniadio et une subvention
d’un montant d’un milliard de CFA dans le cadre de la réalisation cette nouvelle unité. Ainsi, même si
les montages des dossiers financiers restent à finaliser, le bouclage du montage financier est
théoriquement finalisé avec la participation de l’Agence Française pour le Développement, de la
Banque Islamique pour le Développement et l‘Etat du Sénégal pour respectivement 5, 15 et 1,5 M€.
La sélection d’une entreprise d’Aide à la maîtrise d’ouvrage (AMO) a été stoppée suite au changement
de site (Mbao vers Diamniadio) mais a pu être relancée eu mois d’octobre. La sélection de l’entreprise
d’AMO est prévue au cours du premier trimestre 2015.
Une convention ayant l’objectif de soutenir les activités de santé publique et de recherches menées à
l’IPD et d’en renforcer les capacités a été signée le 5 décembre 2014 avec le Ministère de la santé et de
l’action sociale. Signé pour une durée de 5 ans, le montant annuel de cette subvention est de 50
millions de CFA.
Enfin signalons que sur le plan de la gouvernance de la Fondation Institut Pasteur de Dakar, les
membres du Conseil de Fondation désignés en 2010 ont vu leur premier mandat renouvelé lors de la
réunion du Conseil de Fondation de décembre 2014. A la date du 17 décembre 2014, la composition
du Conseil de Fondation était la suivante :
- membres désignés par l'Etat du Sénégal
o Monsieur Moussa MBAYE, Secrétaire Général du Ministère de la Santé et de l’Action
Sociale
o Madame Aminata SALL-DIALLO, Conseiller technique Ministère de l’Enseignement
supérieur et de la recherche
o Mr Papa Ousmane GAYE, Secrétaire Général, Ministère de l’Economie, des finances
et du Plan.
- membres désignés par l'Institut Pasteur :
o Monsieur Christian BRECHOT, Directeur Général IPP
o Monsieur Marc JOUAN, Directeur International IPP
o Son Excellence, Monsieur Mr Jean FELIX-PAGANON, Ambassadeur de France au
Sénégal
- Personnalités qualifiées désignées conjointement par l'Etat du Sénégal et l'Institut Pasteur :
o Monsieur Mame Thierno SY
o Monsieur Andrew ASSAMOAH
- 2 représentants du personnel IPD
o Madame Aïssatou TOURE, personnel scientifique
o Monsieur Babacar DIOUF ; personnel non scientifique
.
Le Président Andrew ASAMOAH a été reconduit pour un second mandat de quatre ans comme
Président du Conseil de la Fondation Institut pasteur de Dakar.
Dr André SPIEGEL
Professeur agrégé du Val-de-Grâce
Administrateur Général de l’Institut Pasteur de Dakar
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Personnalités et scientifiques ayant visité

l’Institut Pasteur de Dakar en 2014
3 février Pr Didier Guillemot, projet BIRDY-NAFY

11 février Pr Catherine Bréchignac. ambassadeur Délégué à la Science, la Technologie et
l’Innovation. Secrétaire Perpétuel de l’Académie.
12-13 février Michael Clark (GAVI) et Alejandro COSTA (OMS)
21 février Pr Christian Bréchot, Directeur Général de l’Institut Pasteur et M. Marc Jouan
Directeur International Institut Pasteur.
26 mars Mr Emmanuel Lebrun-Damiens, Sous-Directeur santé, sécurité alimentaire,
Ministère affaires étrangères
14 et 15 avril Mission Institut Pasteur Paris, appui à la nouvelle unité : Corinne Fortin,
Claude Joly, Hélène Da Conceicao, Delphine Delonca-Louette
12 mai Pr Amadou Moctar Dieye, Directeur de la Pharmacie et du Médicament, MSAS
12 mai M. Nourou-Dine Imam, Banque Islamique pour le Développement
15 mai M. Wilfrid Deri, Coopération monégasque, Direction de la Coopération
Internationale.
1-7 juillet M. Hugo Naia, Institut Pasteur de Montevideo
7 juillet Délégation UCAD dirigée par Pr Ndiaye, Recteur
29 août Délégation du Cap-Vert menée par Mme Ministre de la Sante: Mme Cristina
Fontes
11 septembre Mme Annick Girardin, Secrétaire d'Etat au Développement et à la
Francophonie auprès du ministre des Affaires étrangères et du Développement
international
19 septembre Pr Awa-Marie COLL-SECK Ministre de la Santé et de l’Action Sociale
10-14 novembre Mission d’évaluation conjointe AFD, BID. AFD : Emmanuelle Riedel-Drouin,
Antoine Lecanu, Julie Baud, Terence Abram. BID : Mamadou Alpha Bah,
Larbi Neffati, Alioune Tourey, Nourou-Dine Imam, Hatem El Bakkali
21 novembre Mme Aminata Sidibé, Administratrice générale de la Fondation Sonatel, Dakar.
21 novembre Mme Frantzen, 1er Conseiller Ambassade des Pays-Bas à Dakar..
28 novembre Conakry (Guinée), Monsieur le Président de la république Française, M.
François Hollande et Monsieur le Président de la république de Guinée, M.
Alpha Condé, Pr Bréchot à notre laboratoire à l’hôpital de Donka
28 novembre Dr Seth Berkley, CEO: GAVI Alliance
2-3 décembre Groupe d’experts PATH/GAVI/BMGF : George Robertson (PATH), Nnamdi
Nwachukwu (PATH), Richard Hjorth (PATH), Vikas Katial (PATH), Michael
Clark (GAVI), Tina Lorenson (Bill and Melinda Gates Foundation)
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Annuaire - organigramme de l’Institut Pasteur de Dakar

ANNUAIRE - ORGANIGRAMME Administrateur Général Assistante de Direction
Camille ABBEY - 202
André SPIEGEL - 33 8399 201 Télécopie : 33 839 92 10
Direction ressources humaines Direction administrative et financière Direction scientifique

Directeur des ressources humaines Directeur administratif et financier Directeur Scientifique
Abdoulaye FALL - 206 Jean Pierre VIREY - 203 Amadou Alpha SALL - 223
Télécopie : 33 839 92 10 Télécopie : 33 839 92 10 Project Manager : Amélie MARTIN - 449 Secrétariat DS : Aïssatou NDIAYE
Secrétariat DRH Secrétariat DAF
Jeanine SECK - 301 300 Unités et laboratoires de recherche
Service médical / Médecine du travail Comptabilité Unité des Arbovirus et V.F.H. Unité d'Immunogénétique
Mamadou K. DIALLO - 312 Khoudia DIOUF, Jeanne Aguida DIAGNE - 204 Amadou Alpha SALL - 223 Alioune DIEYE - 242
Ndèye Anta DICKO - 256 Fama DIENG - 205 Ousmane FAYE - 400 B. MBENGUE-333 R.N. DIALLO, G. DIOP-136
Infirmière Facturation Iumar FAYE, Gamou FALL DRAME - 322 Technicien Alassane THIAM - 333
Fatou Bintou BADJI - 211 El Hadji TRAORE - 205 Techniciens
Caisse Rouguietou SYLLA - 320 / Moussa DIA - 321 Unité de Bactériologie expérimentale
Bibliothèque - 310 Léonildo SANTIAGO - 303 Oumar NDIAYE -322 /, Magueye NDIAYE - 336 Amy GASSAMA SOW - 235
Mame Birame NDIAYE - 302 Aide de labo. - Idrissa BADIANE Technicien
Contrôleur de Gestion Agent de labo. - Ibrahima DIALLO Abdoul Aziz WANE - 328
Service Général Papa Moussa NDIAYE - 109 Manœuvres spécialisés - M. GUEYE, M. NDIAYE Aide de labo.
Gabriel KANE, Alpha Bocar DIALLO Agent Technique de labo. Carlos FORTEZ - 336 Amadou Makhtar GUEYE
Standardiste Service Logistique Unité de Virologie Médicale Unité d'Epidémiologie des maladies infect.
Yancouba BODIAN - 9 Alioune SOW - 207 Chef d'unité - 223 Vincent RICHARD - 247
Approvisionnement - Magasin Mbayame NIANG - 222 Fatoumata DIENE SARR - 246
Vaguemestre Alioune SOW - 207 A. Kader NDIAYE - 244 Awa NDIR - 221
Assane BODIAN - 9 Jean CORREA, Cheikh Abdou Lahat KHOUMA - 208 Ndongo DIA - 225 Djamilatou THIAM -318
Transit Techniciens Techniciens
Ferme de Mbao Alioune SOW - 207 Hamet FALL, Aïcha FALL, Abdour. FAYE - 341 Joseph FAYE - 338 Abdoulaye BADIANE - 251
Hassan SAMATEY - 33 834 01 72 Malick DIAGNE - 209 Déborah GOUDIABY - 320 Aide de labo.
Agents d'élev. Chefs d'équipe Mame Coumba SEYE, Alioune SONKO - 209 Manœuvres spécialisés Gaoussou DIAKHABY
Camara NDIAYE, Ibrahima SOW Lingerie Atab SY, Moussa KEÏTA (Corridor) - 337 Stagiaires - 334-323-339
Agents d'élevage Christine TEXEIRA
Seydou DIALLO Unité d'Immunologie Unité d'Entomologie médicale
Manœuvre spécialisé Service Technique-Infrastructure Aïssatou TOURE - 241 Mawlouth DIALLO - 228
Issa SALL Laurent ROBINEAU - 216 Ronald PERRAUT - 131 Makhtar NIANG - 134 Ibrahima DIA - 248 Yamar BA - 227
Chauffeur - Abdoulaye DIOP Marie Louise DOS REIS - 131 Diawo DIALLO Laboratoire - 349
Mécanicien - Ndiaga MBODJ - 110 Technicien Agent Technique de labo.
Babacar DIOUF - 135 Amadou THIAW
Maintenance scientifique Stagiaires - 329 Agent de labo.
Luc MENDY - 217 Aide de labo. - El Hadji Oumar SAMB Abdou Karim BODIAN
Technicien - Malick MBAYE Manœuvre spécialisé - Malick DIOP Manœuvre spécialisé
Frigoriste - Simon NDIAYE Bureaux - 317-240-243-245 Maodo Malick MANGA
Unités Services Unité Production Services Soutien
Labo. de sécurité alimentaire et Laboratoire d'Analyses Médicales Unité Vaccin Fièvre Jaune Service informatique
hygiène de l'environnement Raymond BERCION - 230 Nathalie ROBINEAU - 218 Haby SARR-NJIWA - 226
Amy GASSAMA SOW - 235 Secrétariat LABM Demba DIOUM - 308
Secrétariat LSAHE Henriette FAYE - 232 Laboratoire de production HelpDesk
Catherine BASSE - 340 Accueil - 233 - 181 Djibril NDIAYE - 215 Mamadou THIAW - 280
Responsable Technique Biologistes Techniciens
Maram MBOW - 234 A. SECK, C. DOUALA DJEMBA, T. A. DIALLO-231 Chef d'équipe - Adama SARR NDIAYE Service qualité
Responsable Qualité Major A. SOUMARE, El H. O. SECK Chef de service - 229
Colette GOMIS MANSALY - 342 Ousmane CISSE - 350 Chérif N. SYLLA, Adama CAMARA, Babacar Gning - 220
Techniciens Chargé Clientèle El H. Abdou Khadir CISSÉ - 335
Mame Fatou DEME, N. Mossane DIEBATÉ El Hadj Malick FALL - 355 ZAC - 314 Service métrologie
N. Adama SARR KA - 342 Secrétaires Agents de labo. Mamadou DIAKITE - 263
Seydou Nourou DEME - 304 Patricia PINA - Delphine MBODJ - Nadia AGNE Ndick DIONE, Demba SENE - 315 Technicien
Chargé Clientèle Astou LY, Awa TALL - 352 Manœuvres spécialisés Michel FAYE
Ibra FALL GAYE - 319 Techniciens Amadou DIA, B. Etienne DIAMÉ, Malick DIAGNE
Agent Technique de labo. A.M. SENGHOR, D. BADIANE, F.B. DIEYE - 306 Labo de haute sécurité P3 : 254
Vincent DASYLVA - 311 Jocelyne SANKARE - 325 Laboratoire de contrôle de qualité
Manœuvre spécialisé F.K. DIAGNE, R. DIALLO, R. DJIGUEUL, Y. THIAM - 326 Antoine DIATTA - 255
Joseph CABO A. BISSILA - 353 Techniciens
A. MBAYE, K. DRAME - 354 Ramata F. DIALLO, Nassansou COULIBALY
Centre antirabique / vaccination Infirmières Khady GADJI, Serge Amdy FAYE - 346
Mamadou Korka DIALLO - 312 M. FALL, M. DIENG, G. SARR, A. COLY, S. NDENE, Ed. FAYE - 324 Aide de labo.
Ndèye Anta DICKO - 256 Aides de labo. Mamadou DIA - 316
Infirmière S. KONATE, D. GNINGUE, M. BOLI - 311
Fatou Bintou BADJI - 211 Manœuvre spécialisé
Chérif DIALLO
Responsable qualité LABM Cellule assurance qualité
Estelle NIATI - 347 Marième DIA - 258
Annexe LABM
Accueil - 182 Projet AfricAmaril
Secrétaires - 105 Cheikh MBAYE (Ingénieur Travaux) - 113
Infirmières - 111
Anatomopathologie
Bureau - Etudiants - 219
36, Avenue Pasteur B.P. 220 Technicien
Dakar - Sénégal Mame Libasse Laye NIANG - 327
Téléphone standard : 33 839 92 00 Manœuvre spécialisé
Mamadou DIENG
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La Direction des Ressources Humaines
Personnel de la DRH
Directeur des Ressources Humaines : Abdoulaye FALL

Assistante Ressources Humaines : Jeanine MOIZAN SECK et Khady GUEYE
Entités rattachées à la DRH :

- Service Médical du Travail
- Ferme de Mbao
- Service Général (vaguemestre, standard, bibliothèque
Le Personnel de l’Institut Pasteur de Dakar

La DRH est organisée autour d’un directeur des ressources humaines et de son assistante qui ont en
charge l’administration et la gestion des ressources humaines : pilotage du recrutement, gestion des
contrats de travail, gestion de la paie, planification et suivi de la formation, des missions, planification
et administration des congés, gestion de la prise en charge médicale et de l’assurance maladie du
personnel et des familles, planification et suivi des visites médicales annuelles et d’embauche, gestion
des stagiaires, suivi du contentieux social, relations avec les partenaires sociaux ...
Au 31 décembre 2014, l’IPD comptait 287 personnes :

- 194 travailleurs permanents :
o 142 agents non cadres dont 114 titulaires et 28 remplaçants ;
o 36 cadres
• 16 personnels scientifiques de recrutement local dont 1 en disponibilité ;
• 14 cadres administratifs et techniques (médecin ou pharmacien biologiste,
informaticien, qualiticien…) ;
• 6 cadres expatriés (4 experts techniques internationaux du ministère des affaires
étrangères et du développement international, 2 de l’Institut Pasteur à Paris et 1 cadre
dépendant de l’IP Dakar).
o 16 salariés sous contrat de projet dont 9 post doctorants.
- 93 personnels non permanents
o 4 scientifiques héberges par l’IPD : 3 universitaires de l’UCAD et un chercher de
l’Institut de Recherche et de Développement ;
o 19 thésards;
o 17 prestataires personnes physiques.
o 53 journaliers
o 17 prestataires personnes physiques.
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La répartition du personnel permanent (194) de l’IPD selon le type d’activité est représentée ci-
dessous.
3 Recherche
13 Lab d'analyses médicales
19 65 Service Support
16 Direction
26 Unité vaccin Aièvre jaune
LSAHE
52
Service médical ‐ CAR ‐ CVI
En 2014, les mouvements de personnels ci-dessous ont été enregistrés :

- Entrées :
o 15 recrues ;
o 01 bi-appartenant (IRD) ;
- Sorties :
o 04 retraités ;
o 01 démission ;
o 01 rupture de contrat à l’amiable ;
o 02 disponibilités.
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Activités de recherche, d’expertise

et de santé publique
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Unité des arbovirus et des virus des fièvres hémorragiques
Personnel de l’unité
Responsable scientifique : Amadou Alpha SALL, Chef de laboratoire, PhD
Adjoint : Ousmane Faye, Chargé de recherche, PhD
Autres personnels scientifiques : Oumar Faye, Assistant de recherche, PhD, Gamou Fall Dramé,
Assistant de recherche, PhD, Abdourahmane Sow, MD, Cheikh Loucoubar, postdoctorant, PhD,
Fanny Balique, Postdoctorant
Collaborations et partenariats
Institut Pasteur de Dakar
- Unité d’entomologie médicale: Dr Mawlouth Diallo, Dr Yamar Ba, Dr Ibrahima Dia
- Unité de virologie médicale : Dr Mbayame Niang, Dr Kader Ndiaye
- Unité d’épidémiologie : Dr Vincent Richard, Dr Adama Tall, Dr Fatoumata Diène – Sarr
- Unité d’immunologie : Dr Aïssatou Touré
- Centre de vaccination anti-rabique : Dr Korka Diallo
Au niveau national
- Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Pr Mbacké Sembène
- Université de Thiès : Pr Cheikh Saadibou Boye
- Institut Sénégalais de Recherches Agricoles : Moustapha Lô
- IRD : Jean Marc Duplantier, Khalilou Ba, Laurent Grangeon
- Ministère de la santé et de la prévention médicale : Dr Mamadou Ndiaye, Dr Oumar Ba, Dr
Youssoupha Ndiaye, Dr Cheikh Saadibouh Senghor, Dr Ndao (Ninefecha), Mr Mansaly, Mr
Faty
- Service de Santé des armées : Mr Tine, Mr Aziz Ndiaye
- Hôpital de Fann Clinique des Maladies Infectieuses : Pr Bernard DIOP, Pr Sylvie Diop, Pr
Moussa Seydi
- Hopital Principal de Dakar : Pr Bakary Diatta, Dr Mansour Fall, Dr Khalifa Wade
- Hopital Aristide le Dantec : Pr Thérèse Moreira
- Ecole Inter états de Science et Médecine Vétérinaire : Pr R. Alambedji, Dr Philippe Koné
- Représentation nationale de l’OMS à Dakar : Dr M Coly
Au niveau international :
- Columbia University of New york: Pr Ian Lipkin, Pr Amit Kapoor
- University of Sidney (Australia) : Dr E. C. Holmes
- Université de Sao Paulo (Brésil) : Dr P. M. de A. Zanotto, CCM Freire
- Centre National d’Hygiène, Nouakchott (Mauritanie) : Dr Hampaté Bâ
- Institut Pasteur Paris: Dr Hervé Bourhy, Dr Laurent Dacheux
- Institut Pasteur de Côte d’Ivoire : Dr Edgar Adjoua
- Institut Pasteur de Bangui : Dr Emmanuel Nakouné
- Université de Gottingen : Dr Manfred Weidmann et Dr Frank Hufert
- Université de Galveston au Texas : Pr Scott Weaver, Dr Nikolas Vasilakis
- Université du nouveau Mexique : Pr Kathy Hanley
- John Hopkins University : Pr Derek Cummings
- Université de Vienne : Tim Skern
- Robert Koch Institute : Matthias Niedrig
- Réseau des laboratoires Fièvre Jaune de l’OMS, Région Africaine : Dr Annick Dosseh
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SOUTIENS FINANCIERS
Projets de recherche :
- Direction des affaires internationales (IPP), Union Européenne, GIZ, Institut Pasteur de Dakar
Activités de santé publique
- OMS AFRO et Genève (GOARN, VPD, TDR)
Activités de formation
- Direction des affaires internationales (IPP), Bourse de la direction des affaires internationales
Introduction
L’unité des arbovirus et virus des fièvres hémorragiques (UAVFH) est un Centre Collaborateur OMS
pour les arbovirus et virus de fièvres hémorragiques, Centre régional de référence pour le réseau OMS
des laboratoires de diagnostic de la fièvre jaune et Centre d’expertise FAO pour la fièvre de la vallée
du Rift. L’unité abrite aussi le centre national de référence sur la rage. En 2014, cette unité compte 23
membres incluant 8 cadres scientifiques nationaux (un chef de laboratoire, un chargé de recherche, 2
assistants de recherche, 1 médecin chargé des activités de terrain, 2 post-doctorants, une responsable
de la qualité), 8 techniciens supérieurs, 4 étudiants en thèse, 2 étudiantes en master, 1 stagiaire dans la
démarche qualité, 5 agents techniques de laboratoire et 1 assistante administrative.
En 2014, les priorités de l’unité ont porté sur i) le développement et le renforcement des missions de
l’unité dans les domaines la recherche et les activités de santé publique – investigations d’épidémies
d’hépatite E et la maladie à virus Ebola- et ii) le renforcement de la démarche qualité au niveau de
l’unité notamment pour les activités de diagnostic, de l’isolement et de l’identification des arbovirus
mais aussi dans certains projets de recherche.
1. Activités de recherche
Les activités de recherche en 2014 peuvent être regroupés en 4 thématiques : développement et
amélioration d’outils de diagnostic, l’évolution moléculaire des arbovirus, les interactions virus-
vecteurs et modélisation et évaluation des risques d’émergence, la découverte de pathogènes
nouveaux.
1.1. Développement et amélioration d’outils de diagnostic
1.1.1. Test au chevet du malade (POC) pour le diagnostic du virus Ebola dans les Centres de
traitement
Ce projet de recherche avait été financé par le Wellcome Trust et Enhancing Learning and Research
for Humanitarian Assistance (ELRHA). Il s’agit d’une collaboration entre l’UAVFH qui assure la
coordination (PI/ Amadou Alpha SALL), 3 laboratoires européens (l’Université de Stirling, le Centre
Primate d’Allemagne (DPZ) de Gottingen, l’Institut Robert Koch de Berlin) et une PME anglaise
(TwistDx) spécialisée dans les tests moléculaires rapides. Au sein de l’UAVFH, le Dr Oumar Faye et
Ousmane Faye sont chargés de la mise œuvre technique.
L’objectif de ce projet est de développer un test moléculaire rapide au chevet du malade pour le VEBO
et de l’évaluer dans le contexte de l’épidémie de Guinée.
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Méthodologie: Des échantillons de patients répondant à la définition de cas suspect de la maladie à

virus Ebola (MVE) ont été envoyés au laboratoire mobile de l’Institut Pasteur de Dakar (IPD) basé à
l’hôpital Donka de Conakry. Des écouvillons ont été aussi réalisés sur les cas de décès suspects. Une
extraction d’ARN viral a été réalisée sur les sérums et les écouvillons à l’aide des kits rapides ou
classiques. Les extraits d’ARN obtenus ont été testés avec 2 méthodes de références en RT-PCR temps
réel (kit Altona RealStar Filovirus Type de RT-PCR et le kit Quantitect RT-PCR probe). La sensibilité
et la spécificité de la méthode RPA ont été évaluées.
Résultats: Au total 141 sérums et 98 écouvillons suspects à la MVE ont été testés par la méthode RPA
et les 2 méthodes de références (Altona et Manfred). L’évaluation des performances des tests avec les
prélèvements d’écouvillons a montré une forte spécificité (100 %) et sensibilité (100 %) de la méthode
RPA en comparaison avec la méthode de référence RT-PCR temps de Manfred. Cependant la
comparaison de la méthode RPA avec la méthode Altona a montré une sensibilité de 80,25 % et une
spécificité de 100 %.
L’analyse des performances du test RPA en utilisant les sérums par la méthode d’extraction QE a
montré une spécificité et sensibilité de 86,21 % et 100 % et 96,49 % et 80,95 % respectivement pour
les méthodes Altona et Quantitect.
Conclusion et perspectives : L’analyse des performances de la méthode RPA comparée aux tests de
références Altona et Manfred a montré une bonne sensibilité et spécificité. La rapidité de la méthode
RPA (15 min) montre que ce test peut être utilisé dans les centres d’isolement Ebola notamment lors
de la phase de triage des patients et l’analyse des prélèvements d’écouvillons pour les décès suspects
de la MVE. Les résultats obtenus sont en cours d’exploitation pour une publication en 2015.
1.1.2. Diagnostic moléculaire du virus Zika

Ce projet qui est financé par la division internationale (ACIP) est une collaboration entre les Unités
d’Arbovirus et d’Entomologie Médicale de l’Institut Pasteur de Dakar, l’Institut Pasteur Paris,
l’Institut Pasteur Nouvelle-Calédonie, l’Institut Pasteur Laos et l’Institut Pasteur du Cambodge.
Objectif : Ces dernières années, des épidémies majeures du virus Zika (VZIK) ont été rapportées en
Micronésie en 2007, en Polynésie Française en 2013 et en Nouvelle-Calédonie en 2014 avec des cas
importés en Europe, en Australie et au Canada. Cependant les méthodes de diagnostic disponibles
pour le VZIK présentent des limites notamment l’absence d’une évaluation sur des sérums de patients
cliniques ou ne couvrent pas toutes les zones de circulation du virus. L’objectif de ce projet est
d’évaluer et standardiser les différents outils de diagnostic moléculaire du VZIK.
Méthodologie: L’évaluation des méthodes de diagnostic du VZIK est effectuée en testant un panel
d’échantillons (sérum et moustiques naturellement infectés dans la nature par le VZIK) dans les
différents laboratoires partenaires du projet. Ainsi les amorces et sondes décrites par Faye et al 2013 et
Lanciotti et al. 2008 seront alignées puis un ARN standard dessiné. Ensuite la limite de détection, la
sensibilité, la répétabilité et la reproductibilité des tests seront évaluées par les différents laboratoires.
Résultats : un ARN standard de 629 bp a été synthétisé au niveau de la polymérase, NS5. Ce standard
couvre les zones d’amplification des amorces et sondes décrites par Faye et al 2013 et Lanciotti et al.
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2008. Des aliquots lyophilisés de 10 copies/µl ont été préparés puis des dilutions de 10 en 10 de ce
standard ont été réalisées. Une limite de détection de 10 copies / µl a été obtenue en utilisant les
amorces et sonde décrite par Faye et al. 2013. Le standard du VZIK sera distribué aux différents
partenaires du projet pour évaluer les performances des tests sur des panels de sérums et moustiques.
Conclusions et perspectives : Les expériences de validation de la stabilité des virus et réactifs, et de
déploiement ont permis d’améliorer le prototype de laboratoire mobile déjà utilisé dans plusieurs
épidémies. Cette mise à niveau pourra être utilisée lors d’un prochain épisode de déploiement en 2014.
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1.2. Séquençage et évolution moléculaire des arbovirus et virus de fièvres hémorragiques

En 2014, cette thématique a concerné le projet d’ACIP portant sur l’évolution moléculaire du virus
Zika.
Objectif : Peu d’études ont été réalisées sur les variations génétiques du virus, qui permettraient de
mieux comprendre les récentes émergences dans la région Pacifique. Ainsi, l’objectif de ce projet est
d’analyser la diversité du VZIK, la micro-évolution et la macro-évolution en Afrique, Asie du Sud-
Est et Pacifique.
Méthodologie: Pour l’analyse de la diversité génétique du VZIK, des souches isolées chez l’homme et
le moustique à différentes périodes et contextes épidémiologiques seront inoculées sur des cellules de
moustiques Aedes (Ae.) pseudoscutellaris clone 61 ou Aedes albopictus C6/36. Les surnageants des
stocks viraux seront purifiés pour un séquençage des génomes complets à partir d’amorces choisies
dans des zones conservées des séquences disponibles dans Genbank. L’ensemble des séquences
obtenues des souches du Sénégal, Cambodge, Nouvelle-Calédonie/ Polynésie Française seront
analysées avec différents logiciels: DNA Strider pour l’assemblage et fusion des séquences, Muscle et
Se-Al pour l’alignement des séquences et PAUP pour la construction d’arbres phylogénétique avec un
maximum de vraisemblance.
Résultats : Concernant l’étude de la diversité génétique, des stocks viraux de 19 souches du VZIK
isolées de moustiques et de l’homme de 1962 à 2011 ont été préparés sur cellules AP61. Le
séquençage des génomes complets des souches du VZIK sélectionnés est en cours.
Conclusions et perspectives : Ce travail d’évolution moléculaire du virus Zika sera valorisé en 2015-
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1.3. Interaction des arbovirus avec leurs vecteurs

En 2014, cette thématique a porté sur 3 projets : les interactions des virus West Nile (VWN) avec ses
vecteurs ou cellules - hôtes.
1.3.1. Projet EuroWestNile

Ce projet s’inscrit dans le cadre du programme FP7 et est mené par un consortium de 13 laboratoires
européens et l’IP Dakar. Il est coordonné par le Dr Amadou Alpha Sall et mené par le Dr Gamou Fall
en collaboration avec l’unité d’entomologie médicale.
Les objectifs sont d’analyser i) la diversité génétique du virus WN ii) l’impact de cette diversité in
vivo sur la compétence vectorielle des moustiques sauvages (Culex neavei) et domestiques (Culex
quinquefasciatus) in vitro dans la réplication cellulaire et iii) le rôle de la glycosylation de la protéine
d’enveloppe.
Méthodologie: Des stocks viraux ont été préparés en infectant des cellules AP61 (Aedes
pseudoscutellaris, clone 61). Des moustiques Culex sauvages et domestiques ont été infectés avec les
stocks viraux pour l’analyse des compétences vectorielles. Pour cela, des dissections de moustiques
ont été effectuées à différents temps après infection, suivis de broyage et PCR pour voir l’infection des
moustiques, la dissémination des virus, et leur transmission dans la salive. En parallèle, des cellules
AP61 vont être infectées avec les surnageants issus des broyages, et la présence de virus va être
confirmée par des tests d’immunofluorescence indirecte. En parallèle, des cellules de moustiques
(AP61) et de mammifères (Vero) ont été infectées avec les différentes lignées du VWN utilisées ppour
les infections de moustiques, afin d’analyser leur cinétique de réplication in vitro.
Principaux résultats:
L’analyse phylogénétique des génomes complets confirme que les souches circulant au Sénégal
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appartiennent aux lignées 1, 2, 8 et Koutango du VWN, et montre une grande diversité génétique,
particulièrement au niveau du site de N-glycosylation de la protéine d’enveloppe et l’extrémité 3’ non
codante. Ces différentes séquences ont permis aussi l’obtention d’amorces consensus et lignée-
spécifique pouvant être utilisés pour le diagnostic du VWN en Afrique par RT-PCR temps réel.
Conclusion et perspectives: L’ensemble des résultats montre donc un impact de la diversité génétique
sur le plan biologique avec un effet type cellulaire ou espèce de moustique dépendant.
L’approfondissement des mécanismes impliqués dans ces processus sera examiné du point de vue de
l’ARNi, l’évolution intra-hôte, le microbiome du moustique pour expliquer ces différences qui ont fait
l’objet d’un projet Clayton Dedonder. Aussi, des infections in vivo chez la souris vont être réalisées
afin d’analyser la pathogénicité de ces différentes lignées. Les résultats de la phylogénie, la croissance
in vitro et le diagnostic moléculaire pourront faire l’objet de publication.
1.3.2. Projet Usutu

Ce projet est mené par un consortium en collaboration avec Max F. Perutz, Laboratoires de l’Ecole de
Médicine de Vienne et la Faculté des Sciences de l’université de Vienne (Autriche). Il est coordonné
par le Dr Amadou Alpha Sall et mené par le Dr Gamou Fall et une étudiante en master en
collaboration avec l’unité d’entomologie médicale.
Problématique et objectifs : Le virus Usutu (VUSU) est un flavivirus (Flaviviridae), présent en
Afrique et en Europe avec une faible diversité génétique à l’exception d’une souche qui est considérée
comme un sous-type du VUSU. Les objectifs de ce travail sont d’analyser i) la réplication in vitro du
sous-type VUSU en comparaison avec les autres souches, ii) la compétence vectorielle des Culex
quinquefasciatus iii) les relations antigéniques entre les VUSU et VWN.
Méthodologie : Des stocks viraux ont été préparés et des infections de cellules et de moustiques ont été
réalisées comme précédemment. Nous avons aussi comparé les séquences des protéines d’enveloppe
des VWN et VUSU, particulièrement au niveau des épitopes d’E16 et E24 qui sont des anticorps
monoclonaux spécifiques de VWN. Des séroneutralisations ont été réalisées par la suite avec les
différentes lignées du VWN et VUSU dont un sous-type, afin de valider l’analyse des séquences.
Résultats obtenus : L’analyse de la cinétique de croissance in vitro a montré que le sous-type VUSU
présente des taux de réplication significativement plus bas dans les cellules de mammifères Vero, et
une taille des plages de lyse plus petite comparée aux autres souches. L’analyse des séquences a
montré plus de différence de résidus d’acides aminés entre les souches VUSU et WNV qu’entre le
sous-type VUSU et WNV au niveau de ces épitopes. Les tests de séro-neutralisation ont confirmé ces
résultats en montrant des réactions croisées uniquement entre le sous-type VUSU et VWN à de fortes
concentrations d’anticorps.
Conclusions et perspectives: Ce projet a montré un impact de la diversité génétique dans la croissance
in vitro du VUSU. Ce travail sera étendu à l’analyse de l’impact in vivo de cette diversité sur la
compétence vectorielle chez le moustique notamment avec les méthodes de génétique inverse.
1.3.3. Projet EMIDA :

Ce projet est une collaboration entre 4 laboratoires européens (IP Paris, IZSLT, et ENEA Italie, MRC-
University Glasgow) et l’IP Dakar. Il est financé par l’Union européenne dans le cadre du programme
ERANET. Il est coordonné par le Dr Alain Kohl du MRC-University of Glasgow Centre for Virus
Research en Ecosse et au niveau de l’IPD par le Dr Mawlouth Diallo. Au sein de l’UAVFH unité, il
est mené par le Dr Gamou Fall et une étudiante en thèse, Ndèye Sakha Bob.
Problématique et objectifs: Le virus de la Fièvre de la Vallée du Rift (VFVR) est un Phlebovirus
(Bunyaviridae) maintenu dans la nature entre les moustiques zoophiles, et une variété d'animaux
sauvages. Le VFVR a été isolé à partir d'au moins 30 espèces de moustiques principalement du genre
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Aedes et Culex. La réplication virale des arbovirus au sein des moustiques est contrôlée par des
stratégies antivirales. Des progrès considérables ont été obtenus dans la compréhension de ces
stratégies surtout pour les virus à ARN positif. Toutefois ce mécanisme est mal connu pour les virus à
ARN négatif et aucune donnée n’est disponible pour le VFVR. Les objectifs de ce projet sont
l’analyse de i) la compétence vectorielle des moustiques et ii) l’impact de la diversité génétique et de
la réponse ARNi anti-VFVR sur la compétence vectorielle.
Méthodologie : Des moustiques Aedes vexans et Culex quinquefasciatus ont été infectés avec des
lignées d’Afrique de l’Est/Centrale, et Afrique de l’Ouest de VFVR pour analyser la compétence
vectorielle, puis les génomes complets des souches de VFVR utilisées ont été séquencés.
Résultats : Les études de compétence vectorielle ont montré que seule la lignée Afrique de
l’Est/Centrale est transmise. Les génomes complets ont été obtenus, et les analyses de séquences
montrent l’existence de motifs protéiques différents entre la lignée transmise et les autres, notamment
au niveau des segments S et M du VFVR.
Conclusions et perspectives : Cette étude montre un impact de la diversité génétique du VFVR dans la
transmission par le moustique. Les différences de motifs observées pourraient donc être responsables
des différences de comportement observés chez le moustique. L’utilisation de la génétique reverse
permettrait de mieux caractériser l’impact de ces motifs dans la compétence vectorielle. Dans cette
optique, un stage est prévu en Ecosse, au MRC University, du 5 Mai au 29 Juin 2014, pour acquérir
des compétences en génétique reverse, mais également pour l’analyse de l’ARN interférence.
1.3.4. Rôle des protéines de glandes salivaires de moustique dans la transmission du virus de la
fièvre de la vallée du rift (VFVR) :
Ce projet est réalisé dans le cadre d’une ACIP entre l’IP Dakar, l’IP Montevideo, et l’IP Paris et est
financé par la Division Internationale de l’IP Paris. Il est coordonné par le Dr Valérie CHOUMET (IP
Paris) et mené au sein de l’UAVFH par le Dr Gamou Fall et l’étudiante en thèse, Ndèye Sakha Bob.
Problématique et objectifs : Plusieurs études ont montré que les agents pathogènes présents dans les
glandes salivaires de moustiques étaient capables de moduler la composition des protéines qui jouent
un rôle crucial dans la capacité du vecteur à transmettre efficacement les pathogènes, même si aucune
molécule active n’a été identifiée pour le moment. L’objectif de ce projet est d’analyser le rôle de la
salive des vecteurs anthropophiles, Aedes vexans arabiensis et Culex poicilipes dans la transmission
du VFVR.
Méthodologie : Des glandes salivaires ont été préparées à partir de moustiques Aedes vexans
arabiensis et Culex poicilipes infectés ou non avec le VFVR. Des approches d’immuno-empreinte ont
été utilisées avec ces préparations de glandes salivaires mais également avec des sérums provenant de
patients et de personnes saines (contextes épidémies de VFVR en Mauritanie en 2011 et 2012) pour
comparer le niveau de circulation des protéines de glandes salivaires, et la présence d’anticorps
spécifiques. Les protéines d’intérêt vont ensuite être identifiées par spectrométrie de masse. Afin de
mieux comprendre ce mécanisme, l’effet des protéines d’intérêt sur la transmission du VFVR sera
analysé in vivo.
Résultats : Les résultats obtenus ont montré la circulation d’anticorps spécifiques de protéines de
glandes salivaires de moustiques dans les sérums des patients et personnes saines, avec des profils
comparables. Nous avons également détecté des protéines de glandes salivaires circulant dans les
sérums, avec beaucoup plus de protéines détectées chez des personnes saines versus des personnes
infectées par le VFVR.
Conclusions et perspectives : Les résultats des profils d’anticorps comparables entre les patients et les
personnes saines suggèrent une exposition comparable aux piqûres de moustiques. Nos résultats
suggèrent aussi une sous- expression des protéines de glandes salivaires en présence du VFVR, mais
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doivent être confirmés par une électrophorèse bidimensionnelle à l’IP de Montevideo. Les protéines
circulant chez les malades vont être identifiées par spectrométrie de masse et leur effet sur la
transmission du VFVR sera analysé in vivo.
1.4. Modélisation et évaluation des risques d’émergence des arbovirus et virus de fièvres
hémorragiques
En 2014, cette thématique est abordée au travers de l’analyse des chaines de transmission du virus
Ebola à Conakry.
Objectif : Il s’agit de comprendre et d’améliorer le contrôle de la maladie à virus Ebola (VEBO) à
Conakry à travers 3 objectifs i) décrire les chaines de transmission du VEBO ii) identifier les modes
d’infection des populations par le virus Ebola ii) quel est l’impact des interventions menés sur le
contrôle de l’épidémie du VEBO.
Méthodologie: Les chaines de transmissions du VEBO sont établies à partir des investigations de
terrain et le suivi des contacts des patients infectés. A partir de l’estimation de R0 et un interrogatoire
sur le mode de contamination, les transmissions dans la communauté, à l’hôpital et lors des funérailles
sont quantifiées entre mars et Septembre 2014 et l’impact des différentes interventions
(hospitalisations, enterrements dignes et sécurisés) mesurées.
Résultats: Les résultats indiquent que c’est dans la communauté que la transmission est la plus
importante entre Mars et Septembre 2014 même si la transmission nosocomiale et les funérailles ont
joué un rôle important dans la diffusion de l’épidémie en Mars 2014. Il a été montré le rôle important
de l’hospitalisation dans les centres de traitement dans le contrôle de l’épidémie grâce à une simulation
qui a indiqué qu’une augmentation de 10% de l’hospitalisation aurait permis de réduire de 25% la
transmission.
Conclusions et perspectives: Ces résultats combinés à d’autres ont permis à l’OMS de mieux
comprendre la dynamique de l’épidémie de la maladie à virus Ebola à Conakry et incité aux mesures
d’amélioration de l’hospitalisation des patients infectés par le VEBO ainsi que les funérailles à travers
la stratégie « build and bury ».
1.5. Faisabilité de la mise en place de centres pilotes de traitement pour la rage dans les
régions de Thiès et Kédougou.
Ce projet de recherche a été accepté pour un financement FIRST (fond d’impulsion de la recherche
scientifique et technique) du ministère de l’enseignement supérieur et de la recherche en 2014. C’est
un travail de collaboration entre 3 équipes de l’IPD (l’UAVFH, l’unité d’épidémiologie des maladies
infectieuses, le centre de traitement antirabique) et les districts médicaux des régions de Thiès et de
Kédougou. La coordination est assurée par le Dr Ousmane Faye
Problématique : La rage, souvent considérée comme une maladie du passé reste un problème de santé
animale et de santé publique dans de nombreux pays du monde et particulièrement dans les pays en
voie de développement. La prévention de la rage doit faire l’objet d’un effort communautaire associant
les acteurs du système de santé humaine et animale. Cette prévention passe par une meilleure
surveillance épidémiologique découlant des déclarations effectives des cas et de leur confirmation
biologique en laboratoire spécialisé. Au Sénégal, peu de données sont disponibles au niveau national.
Pour pallier cette insuffisance, une ACIP STOPRAGE (Surveillance, Traitement et Organisation de la
Prévention de la Rage en Afrique Centrale et de l’Ouest) avait été lancée au Sénégal et a permis
d’améliorer la surveillance de cette maladie au Sénégal. En revanche, la prise en charge (PEC) des
patients mordus reste à améliorer et à décentraliser car les 2 centres existants au Sénégal sont à Dakar
(IPD et CHU de Fann).
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Objectifs : L’objectif global du projet consiste à mettre en place un dispositif pilote pour la PEC et la
surveillance de la rage à Kédougou et à Mbour afin d’estimer le poids de la rage dans la zone et
d’étudier les possibilités d’extension dans d’autres localités du pays. Ainsi trois objectifs spécifiques
ont été définis : 1) la mise en place d’un centre pilote de traitement de la rage et estimation du coût du
traitement 2) mise en place d’un système de surveillance intégrée à base communautaire et 3)
évaluation du poids de la rage à Mbour et à Kédougou.
Méthodologie : La démarche qui sera adoptée consiste à former les agents de santé communautaire, les
infirmiers et les médecins sur les aspects théoriques et pratiques de la PEC des patients exposés à la
rage. Devant chaque cas de morsure, une fiche de renseignement est documentée et consignée dans un
registre. Pour la surveillance humaine, tous les cas de morsure feront l’objet d’un suivi médical et les
cas cliniques seront hospitalisés pour un suivi et une ponction cérébrale ou cutanée en post mortem sur
la base d’un consentement préalable signé par les parents. Les vétérinaires locaux seront formés sur la
pratique de MEO des animaux, sur les techniques de prélèvement rapide de cerveaux et la méthode de
conservation et d’acheminement des échantillons destinés à être traités au laboratoire. Des kits de
prélèvement de matériel biologique animal et humain seront mis en place. Les cerveaux seront
analysés en utilisant les techniques de laboratoire (immunofluorescence directe, isolement et RT-
PCR). L’analyse phylogénétique des souches obtenues sera réalisée en utilisant les méthodes de
biologie moléculaire. Pour compléter les données précédemment collectées, la taille de la population
canine sera évaluée. La saisie des données et l’analyse descriptive seront effectuées avec le logiciel
Epi Info et la densité de la population canine sera exprimée. En rapport avec les données de traitement,
de la population canine, de la mise en observation des animaux mordeurs et des résultats de
laboratoire, un modèle mathématique sera développé pour évaluer le poids de la rage à Mbour et à
Kédougou.
Principaux résultats : Tous les contacts ont été pris avec les autorités et médecins des sites retenus et le
démarrage des travaux est prévu en 2015.
2. Activités de santé publique

Les activités de santé publique et services concernent la surveillance, le diagnostic, l’isolement et
l’identification des virus, les investigations d’épidémies et le diagnostic de la rage.
2.1. Surveillance de la fièvre jaune dans le cadre du réseau OMS des laboratoires de
fièvre jaune
Objectifs : Depuis 2003, le bureau régional de l’OMS (AFRO) a mis en place un réseau de laboratoires
FJ dont le but est d’appuyer la surveillance de cette maladie dans plusieurs pays d’Afrique. Dans ce
réseau de 20 laboratoires, l’UAVFH joue le rôle de laboratoire régional de référence.
Méthodologie : La surveillance de la FJ repose sur l’identification de cas suspects de FJ (i.e. ictère
fébrile avec une fièvre évoluant depuis moins de 2 semaines) par les structures de santé des différents
pays appartenant au réseau OMS. Pour chaque cas suspect, un prélèvement de sérum ou plasma est
adressé au laboratoire national de référence OMS pour la recherche par ELISA d’anticorps IgM
dirigés contre le VFJ. Lorsque le résultat est positif ou douteux, le sérum est envoyé à l’UAVFH pour
une confirmation du résultat et des investigations supplémentaires.
Principaux résultats : En 2014, les faits marquants concernant la surveillance de la FJ sont les
suivants :
- 95 cas d’ictères fébriles provenant de l’Angola (1), Guinée (12), Gambie (14), Libéria (2),
Tchad (33), Niger (33) ont été adressés à l’UAVFH pour rechercher la présence d’IgM antiamarils
pour les virus de la fièvre jaune, de la fièvre de la vallée du Rift, du West Nile, du Chikungunya et de
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la fièvre hémorragique de Crimée Congo. Au Sénégal pour la même demande, 460 sérums de patients
provenant des différents districts. Pour l’ensemble de ces prélèvements, aucun cas de fièvre jaune a été
identifié et les performances pour le rendu des résultats en moins de 7 jours est de 98% pendant cette
période.
- 521 sérums de cas présumés positifs de fièvre jaune ont été adressés à l’UAVFH pour
confirmation ; ce qui a été possible pour 52 cas provenant de 11 pays avec un délai de réponse du
laboratoire correspondant à un score de 96%.
Conclusions et perspectives : En 2014, les performances dans le délai des rendus de résultats du
laboratoire ont été améliorées. Aussi en 2015, une attention particulière sera apportée à la démarche
qualité.
2.2. Surveillance des arbovirus dans la faune culicidienne et de vertébrés sauvages

Objectif : Ce programme a pour but i) de mettre en évidence la circulation des arbovirus et virus de
fièvres hémorragiques dans la faune culicidienne et chez les vertébrés sauvages ii) de comprendre les
cycles naturels des principaux virus pathogènes et les mécanismes conduisant à leur émergence et
amplification au Sénégal et dans des pays de la sous-région.
Méthodologie : Au Sénégal, deux zones géographiques sont étudiées en priorité depuis plusieurs
années et font l’objet d’un suivi longitudinal systématique de la population culicidienne mais aussi des
populations de vertébrés divers (rongeurs, petits ruminants, bétail et humains). Les zones ciblées sont
i) la région de Kédougou dans le sud-est du Sénégal, choisie pour ces caractéristiques écologiques
typique de zones de transition entre la forêt et la savane et très favorables à l’émergence des virus de la
fièvre jaune, la dengue, Zika…) la région du Fleuve et le Ferlo qui sont propices à la circulation des
virus de la Fièvre de la Vallée du Rift, West Nile ou Sanaar. Par ailleurs des souches peuvent être
transmises au CRORA pour identifier ou confirmer l’identification de virus isolés.
Principaux résultats : Les investigations virologiques à partir de lots de moustiques et tiques capturés
dans les zones d’étude ont conduit à l’isolement de 56 souches des virus Ndumu, West Nile, Sindbis,
Usutu, Bagaza, dengue, West Nile, Acado, Sanaar, Barkedji, isolées séparément ou en souches mixte
de 2 ou 3 espèces.
Perspectives : Au cours de l’année 2015, l’amélioration de l’identification avec l’introduction des
méthodes moléculaires de détection des virus à partir des moustiques, phlébotomes et rongeurs sera
améliorée.
2.3. Epidémie de maladie à virus Ebola.

Suite à une invitation du gouvernement de Guinée et de l’Organisation Mondiale de la santé (OMS),
l’unité des arbovirus a déployé à Conakry un laboratoire mobile avec une équipe composée des Dr
Amadou A SALL, Ousmane Faye et Oumar qui se sont relayés de mars à décembre 2014 pour assurer
avec le laboratoire des fièvres hémorragiques de Guinée et l’INSP, le diagnostic des cas de maladie à
virus Ebola (MVE) en appui du Centre de traitement de MSF basé à l’hôpital de Donka et les activités
de recherche pour le contrôle de l’épidémie de MVE en Guinée.
Les objectifs de cette mission étaient de : (i) travailler en collaboration avec les cliniciens pour
l’identification des cas suspects de fièvres hémorragiques virales (FHV) et la collecte des échantillons
biologiques, (ii) veiller à la biosécurité du prélèvement aux tests au laboratoire, (iii) tester les
échantillons collectés en utilisant des outils virologiques appropriés, (iv) Analyser et interpréter les
résultats, (v) former le personnel local en matière de diagnostic (virologique et sérologique), (vi)
participer aux rencontres organisés par l’OMS pour faire quotidiennement le point des résultats du
laboratoire, (vii) assurer toute tâche demandée par le représentant de l’OMS ou la coordination de la
riposte.
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Pour le volet diagnostic, 4275 échantillons en provenance de Guinée et du Libéria ont été testés et ont
conduit à l’identification de 1194 cas confirmés de MVE provenant de 17 préfectures en Guinée
(Conakry, Pita, Télimele, Boffa, Dubréka, Macenta, Forécariah, Géckedou, Kindia, Coyah, Mamou,
Kankan, Fria, Boké, Dabola, Dinguiraye, Dubreka et Kouroussa) et les premiers cas du Libéria. Dans
le cadre de l’appui au contrôle de l’épidémie, les chaines de transmission ont été analysées et une
méthode diagnostic moléculaire rapide a été développée (voir activités de recherche ci-dessus).
2.4. Activités du centre national de référence de la rage

Le centre de référence rage, dirigé par le Dr Ousmane Faye, a poursuivi ses activités pour l’année
2014 en matière de diagnostic de la rage chez les populations humaine et animale. Deux cas de rage
humaine confirmés par les tests d’immunofluorescence directe et de RT-PCR ont été notés. Dix-sept
animaux infectés par le virus rabique ont été diagnostiqués. Le centre continue de travailler en étroite
collaboration avec (1) le ministère de la santé pour la sensibilisation et la formation des agents de
santé (2) le centre de vaccination de l’IPD pour l’amélioration de la prise en charge des personnes
mordues par des animaux suspects. Les différentes souches collectées au niveau du centre ont été
séquencées. L’analyse de ces séquences est en cours. De même, les résultats de ces séquences ont
permis de développer une technique de RT-PCR à temps réel pour un diagnostic rapide des animaux et
humains suspects de rage. La validation de cette technique et en cours et devrait permettre à Martin
Faye, étudiant en thèse, de faire un stage de 2 mois à l’unité des Lyssavirus et adaptation à l’hôte de
l’Institut Pasteur en 2015.
3. Autres activités
3.1. Assurance qualité au niveau de l’Unité
L’Unité des Arbovirus et Virus des Fièvres Hémorragiques est engagée dans la démarche qualité
depuis 2007, par le choix du respect des exigences relatives à la norme ISO 9001. Trois processus ont
été mis en place au sein de l’unité : le diagnostic, l’isolement/identification et la recherche. En 2014,
en étroite collaboration avec le service « audit- qualité » de l’IPD et avec l’animation de Mme
Fatoumata Sow Fofana, responsable qualité de l’UAVFH, en collaboration avec Mlle Fatou Sow Diop,
les activités d’audit des différents processus se sont poursuivis et une réflexion a été initiée pour une
certification à la norme ISO 9001 en 2015.
3.2. Activités d’expertise ou de représentation

En 2014, les personnels de l’UAVFH ont été sollicités pour des activités d’expertises ou de
représentation suivantes : pour l’épidémie d’Ebola (groupe d’experts, déploiement ou diagnostic) et la
représentation de l’Institut Pasteur de Dakar au comité de pilotage de l’alliance mondiale pour l’alerte
et la réponse aux épidémies coordonné par l’OMS (GOARN).
22 sur 142
Unité de virologie médicale
Personnel scientifique de l’Unité

Chef d’Unité pi : Dr Amadou A. SALL, chef de laboratoire, PhD
Adjoints :
Responsable de l’Unité : Mbayame Ndiaye NIANG, chargée de recherche, Pharm D, PhD.
Responsable adjoint : Abdou K Ndiaye, Assistant de recherche, MD
Collaborateur scientifique : Ndongo DIA, Assistant de recherche, PhD.
- Unité d’épidémiologie des maladies infectieuses : Dr Adama Tall, Dr Fatoumata Diène Sarr,
Dr Vincent Richard
- Unité des arbovirus et des virus responsables de fièvres hémorragiques : Dr Amadou Sall,
Dr Ousmane Faye
- Laboratoire d’analyses médicales : Dr Abdoulaye Seck, Dr Raymond Berçion
- Laboratoires de bactériologie expérimentale : Dr Amy Gassama Sow
Nationales
- Ministère de la Santé et de l’Action Sociale : Dr Mamadou Ndiaye
- Université Cheikh Anta DIOP (Dakar)
- Université Gaston Berger (St Louis)
- Ecole Inter Etats de Médecine Vétérinaire : Dr Philippe Koné
- Institut Santé et Développement : Pr Anta Tall Dia
- Institut de recherche et développement (IRD) : Dr Aldiouma Diallo
- Représentation Nationale OMS à Dakar : Dr Malang Coly, Dr Ibrahima Oumar Ba
Internationales
- Genève, Organisation Mondiale de la Santé (OMS) : Dr Wenquing
- France, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP) : Dr Victoir Kathleen, Dr Herault JM,
Dr Njoum R, Dr Kadio H.
- USA, Program for Appropriate Technology in Health (PATH), USA : Victor Chris
- Londres, Royaume Uni, CCOMS Grippe : Dr Mc Cauley J, Dr Rod
- France, Caen, Laboratoire de virologie, Dr Asrid Vabret
- France, Dijon, CNR des virus entériques, Pr Pothier P
- Centers for Diseases Control and Prevention (CDC-Atlanta), Marc Alain Widdoson
23 sur 142
Introduction
L’Unité de virologie médicale (UVM) abrite 4 Centres nationaux de Références (CNR) et est organisé
actuellement en 2 pôles d’activités :
- pôle virus respiratoires avec les CNR grippe et CNR rougeole,
- pôle virus entériques avec le CNR/CIPR (Centre inter pays de référence pour la poliomyélite) et
le CNR rotavirus.
Les activités reposent en grande partie sur la mise en œuvre des termes de références inhérents aux
CNR. Il s’agit principalement :
- d’activités diagnostiques chez les cas suspects de maladie
- d’activités d’expertises et de formation du personnel de santé en vue d’un déroulement optimal
des activités de surveillance épidémiologique,
- d’activités de recherche visant à mieux comprendre la maladie et aider ainsi la prise de
décisions dans le domaine de la santé publique.
Le pôle virus respiratoire dispose d’une importante collection de souches virales (grippe et autres virus
respiratoires) et d’une sérothèque d’IgM et d’IgG contre les virus de la rougeole et de la rubéole
obtenue grâce à la surveillance sentinelle menée en collaboration avec le ministère de la santé et de
l’action sociale et l’organisation mondiale de la santé (OMS).
L’axe principal de recherche du pôle est l’étude de l’épidémiologie moléculaire des virus respiratoires.
Différentes thématiques sont développées :
- l’étiologie virale des infections respiratoires
- la caractérisation moléculaire des différents agents pathogènes
- l’écologie des virus respiratoires : persistance et circulation dans l’environnement
- l’interface homme-animal
- l’Etude de l’efficacité des vaccins antiviraux
Les faits marquants en 2014 :

- l’extension du réseau de surveillance sentinelle de la grippe (réseau 4S) s’est poursuivie aux
autres régions du pays en collaboration avec l’Unité d’épidémiologique des maladies
infectieuses et le Ministère de la santé et de l’action sociale
- la finalisation et l’analyse des données des études sur l’efficacité des vaccins grippaux vivants
atténués (LAIV) et vaccin inactivé trivalent chez des enfants au Sénégal menée en collaboration
avec l’IRD et le PATH en zone rurale à Niakhar.
1.1 Évaluation de l'efficacité d'un vaccin antigrippal trivalent saisonnier chez les enfants
sénégalais
L’objectif principal de ce projet mené en collaboration avec le Programme for Appropriate
Technology in Health (PATH) et l’Institut de Recherche et Développement (IRD) depuis 2009 était
d’évaluer l’efficacité totale du vaccin trivalent inactivé (VTI) en termes de réduction du nombre de cas
de grippe confirmés en laboratoire. L’étude s’est déroulée sur 3 saisons grippales.
Les résultats préliminaires montrent une circulation saisonnière des virus grippaux (figure 1) avec un
taux d'attaque moyen de 8 % chez les enfants dans les villages où le VTI a été utilisé, tandis que dans
24 sur 142
les villages où le Vaccin polio injectable (VPI), témoin vaccin, a été utilisé ce taux était de 13 %. La
valorisation de ces résultats est en cours.
Conclusion : Les données de cet essai sur l'efficacité du vaccin grippal trivalent sont parmi les
premiers du genre à être produites sur le continent africain chez les enfants issus de milieux
défavorisés et seront particulièrement utiles pour les autorités en charge de la santé publique au
Sénégal et en Afrique de l’Ouest. Ces données permettront aux responsables du Ministère de la santé
et de l’action sociale du Sénégal et d'autres pays d'établir une stratégie concernant l'utilisation optimale
des vaccins antigrippaux saisonniers et pandémiques dans l'avenir.
Figure 1 : Répartition des virus grippaux qui ont circulés à Niakhar entre 2009 et 2012
1.2. Etude contrôlée par placebo, randomisée, en double insu sur l'efficacité clinique du LAIV
trivalent chez des enfants au Sénégal
Objectifs: L’objectif principal de cette étude est d’estimer l'efficacité du LAIV en termes de réduction
des taux d'infection par le virus de la grippe symptomatique avec une confirmation en laboratoire
(indépendamment de la correspondance des vaccins) chez les enfants ayant reçu le LAIV par rapport
aux enfants recevant un placebo.
Méthodologie : La méthodologie utilisée est un essai individuel randomisé, en double insu. Les
enfants vaccinés sont âgés de 2 à 5 ans, ils sont de la région de Niakhar. Pour chaque enfant répondant
aux critères d'inclusion, un consentement a été obtenu. Le recrutement est stratifié par âge afin de
garantir dans la mesure du possible un équilibre entre les tranches d'âge. La définition de cas
correspond au syndrome grippal (SG), avec les symptômes suivants : apparition soudaine de fièvre
>37,5 °C (axillaire) ou apparition soudaine de fébrilité (fièvre subjective déterminée par l'enfant ou le
soignant) accompagnée de toux ou mal de gorge.
Résultats : 2465 prélèvements ont été reçus et traités au niveau du CNR. Les résultats du typage et
sous typage par RT-PCR montrent 403 virus grippaux détectés dont 244 virus de type B et 159 de
type A.
Les résultats de la sous étude réalisée sur un échantillon de 100 enfants suivi à J0, J2 et J4 pour étudier
la cinétique de réplication du virus ont montré 138 virus grippaux détectés dont 5 à J0, 84 à J2 et 49 à
J4. Le projet a été clôturé et l’analyse des données est en cours.
25 sur 142
1.3. Etude des virus respiratoires non grippaux dans un contexte épidémiologique de vaccination
contre la grippe avec le vaccin LAIV.
Les objectifs de ce projet étaient d’étudier (i) la diversité virale chez les enfants vaccinés et non
vaccinés, (ii) la prévalence des différents virus chez les enfants vaccinés et non vaccinés, (iii) l’impact
de la vaccination contre la grippe sur les autres virus respiratoires.
Les tests ont été réalisés et les résultats sont en cours d’analyse.
1.4. Evaluation du risque d’infection par les virus grippaux dans une population exposée aux
porcs
Les objectifs de cette étude étaient d’améliorer la connaissance sur l’histoire naturelle des virus
grippaux, la transmission entre le porc et l’homme et le risque de diffusion de virus grippaux
émergents et aussi de surveiller l’émergence de nouveaux virus grippaux adaptés à l’homme.
Résultats : Un total 212 sérums humains et 462 sérums de porcs ont été collectés et testés
respectivement contre les anticorps contre les antigènes H1, H3, H5, H7, H9 et B. Ces résultats vont
être analysés et valorisés en 2015. Plusieurs contraintes dans l’exécution du projet ont été rencontrées
liées à l’adhésion des éleveurs au protocole de l’étude et la difficulté d’obtenir des prélèvements
respiratoires pour les porcs.
1.5. Etude de la diffusion des virus grippaux à Dielmo/Ndiop en 2009 et 2010

Objectifs : Cette étude menée en collaboration avec l’Unité d’Epidémiologie des Maladies Infectieuses
(UEMI) se propose de mesurer de façon rétrospective la diffusion de l’infection par les virus grippaux
dans les villages de Dielmo et Ndiop durant la période de 2009 à 2010 et d’analyser l’impact de trois
situations épidémiologiques différentes : un virus saisonnier qui circule régulièrement dans le pays, un
virus pandémique, donc nouveau, sur une population dite naïve, et enfin la circulation de deux virus
concomitamment sur une population dont une partie a déjà été infectée par ces virus.
Méthodologie: Il s’agit d’une étude rétrospective qui s’appuie sur les données cliniques des patients de
Dielmo et Ndiop et sur les prélèvements mensuels (capillaires sanguins de cette cohorte sur les
périodes de 2009 et 2010).
Résultats : Un total de 2419 sérums a été sélectionné dans la sérothèque de Dielmo/Ndiop et testés par
Inhibition de l’Hémagglutination (IHA). Les résultats obtenus ont montré : 379 positifs au virus
influenza B, 137 positifs au virus influenza H1saisonnier, 380 positifs au virus influenza H3 et 341
positifs au virus influenza H1pdm. Une valorisation de ces résultats est prévue en 2015.
26 sur 142
1.6. Sous-typage des souches de papillomavirus associées à des cas de cancer du col au Sénégal
Objectif: Rechercher les génotypes de HPV qui sont associés à des cas de cancers du col avéré chez
des femmes se présentant à l'Institut de cancérologie Joliot-Curie de l'hôpital Aristide Le Dantec afin
de participer aux recommandations par rapport aux vaccins prophylactiques disponibles.
Méthodologie : Les patientes incluses dans l’étude ont chacune fait l’objet d’une biopsie de la tumeur
du col utérin, après consentement et documentation de la fiche de renseignement. L’exploitation de ces
fiches nous a permis de déterminer le profil démographique, socio-économique, sexuel et
comportemental des femmes de l’étude.
Résultats : Au total 48 femmes présentant des cas de tumeurs du col ont été recrutées durant la période
de surveillance (3 mois). Les résultats de sous-typage ont montré que les génotypes 16 et 18
circulaient majoritairement au Sénégal (plus de 86,2%). Ce travail va se poursuivre afin d’avoir des
données exhaustives pour confirmer l’utilité de se servir des vaccins disponibles (contre les génotypes
16 et 18) pour lutter contre ce type de cancer au Sénégal.
1.7. Epidémiologie moléculaire des rhinovirus et entérovirus respiratoires au Sénégal entre 2012
et 2014.
L’objectif de ce travail est d’étudier l’épidémiologie moléculaire des rhinovirus et autres entérovirus
respiratoires au Sénégal.
Méthodologie : Ce travail est une suite de la surveillance sentinelle de la grippe au Sénégal. En effet
depuis 2012, le laboratoire de Virologie Médicale à travers le CNR pour la grippe a élargi ses activités
de surveillance à plusieurs autres virus respiratoires. Ainsi les échantillons collectés sur les sites
sentinelle à travers le pays pour la recherche des virus grippaux vont également servir pour la
recherche des autres virus respiratoires dont les rhinovirus et entérovirus respiratoires. Les techniques
d’isolement sur différentes lignées cellulaires, les techniques de RT-PCR classiques ciblant différentes
régions des génomes, le séquençage, les analyses phylogénétiques ont permis de caractériser différents
rhinovirus et entérovirus respiratoires. L’analyse des différentes données ont également permis de
dresser le profil épidémiologique de ces virus au Sénégal entre 2012 et 2014.
Résultats : Au total 4194 prélèvements ont été reçus et traités entre 2012 et 2014. Le diagnostic avec la
technique RT-PCR en temps réel montre que 1415 (33.7%) patients sont positifs pour une infection à
rhinovirus, et 857 (20.4%) pour une infection par un entérovirus respiratoire.
Le tableau 1 ainsi que les figures 2 et 3 rapportent une partie des résultats générés par ce travail qui est
en cours de valorisation.
27 sur 142
Tableau 1: Caractéristiques démographiques et symptômes identifiés chez des patients ayant présenté
un syndrome grippal.
2012 2013 2014 Total
Caractéristiques
(N=753) (N=1519) (N=1922) (N=4194)
Genre no. (%)
Homme 378 (50,2) 744 (49,0) 932 (48,5) 2054 (49,0)
Femme 371 (49,3) 767 (50,5) 983 (51,1) 2121 (50,6)
NR 4 (0,5) 8 (0,5) 7 (0,4) 19 (0,4)
Age no. (%)
0-5 ans 520 (69,1) 763 (50,2) 935 (48,6) 2218 (52,9)
5-10 ans 78 (10,4) 162 (10,7) 207 (10,8) 447 (10,7)
10-15 ans 44 (5,8) 85 (5,6) 122 (6,3) 251 (6,0)
15-25 ans 40 (5,3) 122 (8,0) 233 (12,1) 395 (9,4)
25-50 ans 30 (4,0) 120 (7,9) 264 (13,7) 414 (9,9)
50+ ans 10 (1,3) 18 (1,2) 85 (4,4) 113 (2,7)
NR 31 (4,1) 249 (16,4) 76 (3,9) 356 (8,5)
Signes cliniques no. (%)
Myalgie 85 (11,3) 342 (22,5) 307 (16,0) 734 (17,5)
Fièvre 709 (94,2) 1362 (89,7) 1856 (96,6) 3927 (93,6)
Toux 561 (74,5) 1174 (77,3) 1663 (86,5) 3398 (81,0)
Vomissement 96 (12,7) 35 (2,3) 87 (4,5) 218 (5,2)
Diarrhée 70 (9,3) 32 (2,1) 44 (2,3) 146 (3,5)
Maux de tête 55 (7,3) 183 (12,0) 264 (13,7) 502 (12,0)
Dyspnée 15 (2,0) 24 (1,6) 85 (4,4) 124 (3,0)
Rhinite 542 (72,0) 1048 (69,0) 1622 (84,4) 3212 (76,6)
Pharyngite 670 (89,0) 812 (53,5) 1619 (84,2) 3101 (73,9)
NR : Non Rapporté
Figure 2 : Cas cumulés de la détection des infections à rhinovirus et entérovirus respiratoires par semaine entre
2012 et 2014.
28 sur 142
Figure 3 : Analyse phylogénétique de souches de HRV isolées entre 2012 et 2014 au Sénégal. La séquence de la
région codante de transition VP4/VP2 a été utilisée en utilisant la méthode neighbor-joining avec le logiciel
MEGA version 5. Les souches du Sénégal sont représentées en couleurs différentes selon les années et les
souches de référence extraites de la base de données Genbank sont en couleur noire. Seules les valeurs de
bootstrap supérieur à 70 sont mentionnées. Les branches appartenant au même groupe génomique (A, B et C)
sont représentées avec la même couleur.
1.8. Etude de la qualité virologique et physico-chimique des eaux usées de la ville de Dakar
Objectifs : (i) adapter un système de surveillance dans l’environnement à partir des eaux usées non
traitées pour détecter une circulation silencieuse du poliovirus sauvage et des virus poliomyélitiques
dérivés du vaccin polio oral, (ii) étudier la diversité phénotypique des entérovirus non polio, (iii)
évaluer la charge polluante (organique et virologique) des eaux usées brutes de la ville de Dakar ainsi
que les rendements d’épuration à la STEP de Cambéréne.
Résultats : 405 échantillons d’eaux usées ont été collectés sur la période d'étude : 294 eaux usées
brutes (EUB), 45 eaux usées décantées (EUD), 41 eaux usées clarifiées (EUC) et 25 eaux usées filtrées
(EUF). Ces eaux sont caractérisées par une forte pollution. La DBO5 pour les EUB à l’entrée de la
STEP varie entre 500 et 1450 mg d’O2 /l avec une moyenne à 1094 mg/L.
Le taux d’abattement des MES = 89%. Le rendement est à la limite des normes de rejet sénégalaises
où le rendement minimum requis est de 90% pour les matières en suspension.
Les rendements épuratoires de la DCO sont de 85% après clarification et 92% après filtration. Ces
valeurs sont acceptables selon les normes sénégalaises.
Le rapport DCO / DBO5 détermine la possibilité de dégradation que l'on peut espérer par un
traitement d'oxydation biologique. Les valeurs sont comprises entre 0,89 et 1,84 avec une moyenne de
1,40. Les effluents possèdent donc une bonne biodégradabilité. Parmi 405, 334 soit 82% des
29 sur 142
échantillons étaient positifs à l’isolement viral sur l’ensemble des échantillons avec 171 entérovirus
non polio (51% des échantillons positifs) et 144 poliovirus (43% des échantillons positifs).
Aucun poliovirus de type sauvage ou dérivé du vaccin n’a été identifié.
Les entérovirus non polio (ENP) caractérisés présentaient une grande diversité avec 13 sérotypes
identifiés appartenant en majorité aux entérovirus du groupe C (42,4%).
La présence des virus entériques à la sortie des stations d’épuration (43 ENP ont été isolés dans les
eaux en fin de cycle de traitement) indique que le traitement des eaux usées est insuffisant sur le plan
virologique.
Conclusion et perspectives
Les résultats observés attestent d’une forte circulation des entérovirus dans l’environnement dakarois.
Les entérovirus non polio isolés présentent une grande diversité et peuvent constituer une source de
contamination communautaire en cas de réutilisation inappropriée d’eaux de rejet insuffisamment
traitées pour des besoins domestiques ou maraichers. La surveillance environnementale des
entérovirus constitue de ce fait un excellent modèle épidémiologique et peut venir en appoint au
système de surveillance basé sur la détection des cas. Ceci revêt une importance programmatique
majeure dans un contexte général de veille microbiologique et d’éradication de la poliomyélite.
Des projets ultérieurs chercheront à étudier la viabilité et l’infectiosité des virus entériques dans
l’environnement et à évaluer le risque microbiologique par des suivis de cohortes au niveau de
populations particulièrement exposées (travailleurs des STEP, maraichers, jardiniers,
consommateurs,…). La connaissance des sérotypes d’ENP circulant revêt une grande importance dans
la période pré éradication.
Une évaluation microbiologique élargie à d’autres virus à transmission orofécale, devrait permettre
d’évaluer la corrélation qui existe entre la présence de virus pathogènes et les indicateurs bactériens de
contamination fécale classique. Les entérovirus pourraient constituer un bon modèle pour la mise en
place d’indicateurs de suivi et d’optimisation de stations d’épuration, et pour la définition
d’indicateurs de contamination virale comme témoins de la présence de virus entériques humains.

Les activités de santé publique liées aux CNR concernent la surveillance, le diagnostic, l’isolement et
l’identification des virus. Les activités de supervision, de formation, de représentation et d’expertise
rentrent également dans ce cadre.
2.1. CNR grippe et autres virus respiratoires
Depuis 2012, le réseau de surveillance de la grippe a été renforcé avec une étroite collaboration avec
l’UEMI et le Ministère de la santé et de l’action sociale. Ce réseau de surveillance initialement dévoué
qu’à une surveillance virologique a été amélioré avec l’intégration d’une surveillance épidémiologique
et aussi par l’extension du réseau, jadis limité au niveau de Dakar, vers l’intérieur du pays. C’est ainsi
que le réseau est passé de 3 sites de surveillance en 2011 à 14 sites en 2014.
La méthode utilisée est une approche intégrée pour récolter des informations aussi bien sur les
syndromes grippaux que sur l’ensemble des syndromes fébriles. Les prélèvements sont réalisés de
façon aléatoire pour la recherche des virus respiratoires grippaux et autres virus respiratoires. Les
données sont transmises de manière journalière des sites vers l’IPD. En 2014, 151.330 consultations
sur l’ensemble de nos 14 sites dont 8.881 syndromes grippaux (figure 4). Les enfants de moins de 5
ans représentaient plus de 50% de ces syndromes grippaux.
30 sur 142
Un total de 1925 prélèvements a été reçu et traité au CNR grippe en 2014. L’analyse de la provenance
des échantillons montre que la majeure partie provenait de la zone rurale Dielmo/Ndiop (26%) et de la
région de Dakar (25%). Peu d’échantillons provenaient des sites hospitaliers (<1%).
Le traitement des échantillons par RT-PCR en temps réel en utilisant le protocole du CDC pour la
détection des virus grippaux a montré 462 cas de syndromes grippaux positifs en grippe (14%). La
répartition de ces positifs a montré 199 H3N2 (43%), 26 H1N1 (7%), 39 de type B (8%). Par
comparaison aux résultats de la saison grippale 2013, nous observons une prédominance du sous-type
A/H3N2.
L’isolement des virus grippaux sur cellules MDCK a été effectué à partir de 95 prélèvements positifs.
54 souches (14 H1N1pdm; 3 type B; 35 H3) ont été isolées. Un nombre important de co-détections a
été trouvé surtout avec les autres virus respiratoires.
La surveillance à Dielmo/Ndiop a montré que les virus grippaux circulent tout au long de l’année et
surtout en avril, août et entre octobre et décembre. Cependant le risque le plus élevé a été noté au mois
d’octobre et ceci chez le groupe d’âge 0 – 4 ans.
Le fait marquant de cette surveillance a été noté avec la caractérisation antigénique et génétique des
isolats H3N2 qui a montré que nos souches appartenaient à l’un des 2 nouveaux sous groupes de
variants H3 apparus en début 2014 à travers le monde : 3C.2a and 3C.3a (tableau 2).
Les résultats des tests antiviraux montrent que les souches étaient toutes sensibles à l’oseltamivir et à
la zanamivir, des inhibiteurs de la neuraminadase.
Tableau 2 : Caractérisation antigénique des H3N2 circulants en 2014
La recherche de virus respiratoires autres que grippaux a été effectuée sur l’ensemble des 1925
prélèvements collectés en 2014 par RT-PCR temps réel en utilisant le kit RV 16 (Seegene). Comme en
2012 et 2013 les adénovirus étaient majoritaires, suivis des rhinovirus et des entérovirus.
31 sur 142
300
VRS
250
PARAINFLUENZA
200
CORONAVIRUS
150
HMPV
100
BOCAVIRUS
50 RHINOVIRUS
0 ENTEROVIRUS
ADENOVIRUS
Figure 4 : Répartition des cas positifs par virus et par mois en 2014
En perspective, le réseau de surveillance sentinelle syndromique du Sénégal continuera son

renforcement et son extension à travers le pays pour atteindre les 14 régions du Sénégal.
Les prochaines étapes seront l’ouverture de sites au niveau de la région de Matam, le renforcement de
la surveillance hospitalière, l’amélioration de la notification quotidienne des données et l’appropriation
du système par le personnel de santé. Cette surveillance hospitalière permettra de collecter des
données complémentaires sur la mortalité et l’incidence de la maladie.
Figure 5 : Données de la surveillance syndromique au Sénégal en 2014.
32 sur 142
2.2. CNR Rougeole
Missions
Le CNR rougeole a été créé en 2000 avec pour mission:
- la confirmation des cas suspects par la détection des IgM par ELISA.
- la confirmation des épidémies de rougeole
- l’envoi des prélèvements au laboratoire de Référence régional.
- le partage hebdomadaire de la base de données avec le ministère et l’OMS.
Résumé des activités de l’année 2014

L’année 2014 (figure 6) a été marquée par (i) une augmentation significative du nombre de cas
suspects (992 cas suspects vs 527 en 2013), et (ii) avec un taux de confirmation sérologique rougeole
très faible (1.4%; 14/992). La recherche des autres étiologies virales a révélé 105 cas positifs en
rubéole sur les 364 testés en PCR temps réel, soit 28.8% de positifs au virus de la varicelle. La même
étude a montré des cas de fièvres éruptives associés à l’EBV (Epstein Barr Virus), au CMV
(Cytomégalovirus), au HHV6 (Human Herpès Virus 6) et au HSV1/2 (Herpès simplex virus de type 1
et 2). Ce travail a fait l’objet d’un mémoire de master II.
2013
200
2014
150
Cas confirmés de
2014
100
50
0
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
Figure 6 : Répartition des cas suspects mensuels rougeole en 2013 et 2014
Un programme de surveillance de la rubéole congénitale a été mis en place en collaboration avec

l’hôpital d’enfants Albert Royer de Fann, le ministère de la santé et le bureau OMS Sénégal. Treize
échantillons ont été reçus et ils sont tous négatifs.
Les perspectives pour le CNR rougeole sont d’élargir le plateau technique aux tests moléculaires
(particulièrement la détection par la RT-PCR en temps réel) et de démarrer la caractérisation
moléculaire des souches de la rubéole. Pour faciliter ce travail il serait important de collecter,
parallèlement aux sérums, des prélèvements respiratoires.
Assurance qualité
Le CNR reçoit des visites d’accréditation de l’OMS tous les deux ans. Il participe aussi aux tests de
contrôle de qualité externe du réseau des laboratoires rougeole et envoie tous les trimestres au
laboratoire régional à Abidjan 10% des sérums testés. Un score de 100% a été obtenu à chaque fois.
Au niveau interne le CNR rougeole comme les autres CNR est dans une démarche qualité. L’analyse
des indicateurs de performance a montré que :
- 99% des résultats rougeole ont été envoyés dans les 7 jours suivant l’arrivée des échantillons
33 sur 142
au laboratoire (cible : au moins 80%)

- 99.2% des prélèvements ont été reçus dans de bonnes conditions. (cible : au moins 80%)
- 50% des échantillons ont été envoyés au labo dans les 3 jours suivant la collecte de
l’échantillon sur le terrain (cible : au moins 80%).
Le CNR participe deux fois par an aux tests de qualité organisés par l’OMS. Un score de 100 a été à
chaque fois obtenu. Cependant l’analyse des critères de performance du CNR concernant le processus
diagnostic a montré que des améliorations devraient être apportées dans l’acheminement des
prélèvements dans les délais requis (3 jours).
2.3. Centre inter pays de référence OMS pour la poliomyélite (CIPR)

Au sein du pôle virus entériques, le CNR/CIP sert de référence pour 7 pays de l’Afrique de l’Ouest :
Sénégal (SEN), Gambie (GAM), Mauritanie (MAU), Guinée (GUI), Guinée Bissau (GUB), Cap-Vert
(CAV) et Niger (NIG).
Les objectifs assignés au CNR sont :
- l’isolement et l’identification des poliovirus et entérovirus non polio sur des échantillons de
selles recueillies chez des patients présentant une paralysie flasque aigue (PFA) ou sur des
échantillons de l’environnement ;
- la différentiation intratypique des souches isolées par RT-PCR en temps réel ;
- le séquençage des souches par envoi à un laboratoire régional de référence.
Résultats en 2014
En 2014 le CNR a reçu 1354 échantillons de selles (vs 1841 en 2013) recueillis chez 687 patients
présentant une paralysie flasque aigue (tableau 3).
Pays SEN GAM MAU GUI GUB CAV NIG TOTAL

Nbre d’échantillons reçus 384 54 112 264 16 6 516 1356
(Nbre d’échantillons attendus*) (133) (16) (29) (110) (17) (4) (159) (468)
Poliovirus isolés 17 7 4 4 2 0 45 79
Poliovirus sauvages 0 0 0 0 0 0 0 0
*: calculé sur la base de 2 cas de paralysies flaques aigues pour 100,000 enfants de moins de 15 ans
SEN: Sénégal; GAM: Gambie; MAU: Mauritanie; GUI: Guinée; GUB: Guinée-Bissau; CAV: Cap-
Vert ; NIG: Niger
Tableau 3 : Distribution des échantillons et des isolats par pays en 2014
Principaux résultats pour 2014 :

- 83,8 % des échantillons ont été reçus dans de bonnes conditions (recueillis en quantité
suffisante dans des flacons adaptés, étanches, identifiés et transférés au laboratoire en
respectant la chaîne de froid avec une fiche d'investigation renseignée). Selon l’indicateur de
performance, au moins 80% des échantillons doivent répondre aux critères d’adéquation à la
réception au laboratoire).
- 1069 échantillons (79%) étaient négatifs à l'isolement par culture cellulaire.
- 82 Poliovirus de type vaccinal (Sabin Like) ont été identifiés et caractérisés dont 15 sous
forme de mélange.
- Aucun poliovirus de type sauvage n'a été isolé en 2014. Cependant, un poliovirus de type 2
dérivé du vaccin (VDPV2) a été identifié sur un échantillon de selle en provenance de la
région de Siguiri en Guinée après différentiation intratypique et séquençage. Ce virus
34 sur 142
présentait une mutation de plus de 0,6 % dans la région VP1 du génome comparativement au
virus Sabin de type 2 de référence. Du point de vue phylogénétique, ce virus ne pouvait être
rattaché à aucune source a été classifié comme VDPV ambigu.
- 238 entérovirus non polio (13,5%) ont été isolés.
Critères de performance du CNR en 2014

Les indicateurs de performance du laboratoire ont été maintenus à de bons niveaux, voire améliorés.
- 100 % des résultats d’isolement ont été transmis au niveau national dans les 14 jours suivant la
réception (Critère de performance requis=80% de résultats au moins rendus dans les 14 jours
après réception),
- 100% des résultats de différentiation intratypique (DIT) ont été rendus dans les 7 jours après
les résultats d’isolement. (Critère de performance requis= au moins 80% de résultats de DIT
rendus dans les 7 jours après réception).
En 2014, le CNR/CIPR a subi 2 tests de capacitation en isolement et en DIT et a obtenu 100% de
réussite aux 2 épreuves.
Le CNR a obtenu un taux de concordance de 100 % aux tests de contrôle de qualité externe effectués
au NICD (Afrique du Sud) ou au CDC (Atlanta). (Critère de performance requis=80% de
concordance).
3. Activités d’expertise
Pôle virus respiratoires
- Réunions du comité national de gestion des épidémies et du comité grippe
- Activités de formations des points focaux de surveillance sur le respect de la définition de cas
pour les maladies ciblées, sur la collecte, le conditionnement et l’acheminement des
échantillons.
- Réunions trimestrielles des points focaux de la surveillance épidémiologique du réseau des
laboratoires.
Pôle virus entériques

- Participation à l’élaboration du document d’introduction du vaccin antipoliomyélitique
inactivé (VPI) dans le PEV de routine au sein du Comité National Consultatif sur la
Vaccination.
4. Missions scientifiques, atelier et congrès

Mbayame Niang
- 3rd WHO Informal Consultation for Improving Influenza Vaccine Virus Selection 1 to 3 April
2014, Geneva, Switzerland.
- Réunion de partage et de discussion des résultats du projet TIV, Sénégal, organisée par PATH
à Seattle du 26 au 28 Août 2014
- Exercice de simulation sur la préparation et la réponse face à la catastrophe, 2-6 Juin 2014,
Dakar, Sénégal
- vaccination au Sénégal (CCVS)
Kader Ndiaye
- 3-6 mars 2014 : réunion des Directeurs du Programme Elargi de Vaccination des pays de
l’Afrique de l’Ouest à Ouagadougou (Burkina Faso).
35 sur 142
- 24 et 25 mars 2014 : membre du comité scientifique et rapporteur général de la conférence

«Religions et vaccinations» - Dakar sous l’égide du Gouvernement de la République du
Sénégal, en collaboration avec la Fédération des Associations islamiques d’Amérique du Nord
(ISNA : Islamic Society for North America), du Corps de la Paix Interreligieux International
(IIPC : International Interfaith Peace Corps) et du Centre mondial pour le renouveau et
l’orientation qui s’est tenue à Dakar,
- 5-13 mai 2014: Organisation à l’Institut Pasteur de Dakar d’un atelier sous régional (6 pays de
l’Afrique de l’Ouest) de formation et de standardisation de méthodes pour le diagnostic de
virus responsables de gastroentérites dans le cadre du Réseau Ouest-Africain pour la
Recherche sur les Maladies Entériques à Potentiel Epidémique (REMENTA). Ce réseau,
financé par le Ministère Français des Affaires Etrangères via l’AIRD est coordonné par
l’Institut Pasteur de Dakar (IPD), avec un comité constitué des trois équipes suivantes :
Bactériologie Expérimentale, Épidémiologie des Maladies Infectieuses, Virologie Médicale.
L’objectif principal du réseau REMENTA est de renforcer les capacités des pays membres en
termes de recherche en épidémiologie et en microbiologie (biologie moléculaire améliorée sur
les isolats bactériens et viraux d’origine clinique, alimentaire et environnementale),
conformément aux priorités nationales.
- 7-13 juillet 2014 : Consultation temporaire (OMS) à la réunion d’orientation des membres des
comités nationaux pour la poliomyélite (Burkina Faso).
- 1-7 Septembre 2014 : Participation au 11ème symposium sur les rotavirus à New Delhi (Inde).
- Participation aux réunions du comité national des experts et de certification de la poliomyélite.
- Participation aux réunions de coordination épidémiologique et de formation des points focaux
de surveillance du Ministère de la santé et de l’action sociale.
5. Conclusion et perspectives
En 2015, les activités de l’Unité de virologie médicale de recherche et de santé publique devront être
encore développées mais au sein d’une nouvelle entité : le « pôle virologie », qui sera créé en janvier
2015 et regroupera toutes les activités de virologie de l’Institut Pasteur de Dakar.
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Unité d’immunologie
Responsable scientifique : Aïssatou TOURE, Chargée de Recherche, Dr Pharm.

Scientifiques :
Ronald PERRAUT, Dr Pharm, PhD
Makhtar NIANG, PhD
Marie Louise Varela DosReis, PhD (post-doctorant)
Annick Mansourou, PhD (vacataire)
Etudiants : Fodé Diop (doctorant), Oumy Niass (doctorant)
- Unité d’Epidémiologie : Dr Adama TALL, Dr Fatoumata DIENE SARR, Dr Emmanuelle
ESPIE, Dr Vincent RICHARD
- Unité d’Entomologie : Dr Mawlouth DIALLO, Dr Ibrahima DIA
- Unité d’Immunogénétique : Pr Alioune DIEYE, Dr Babacar MBENGUE, Dr Gora DIOP
- Unité d’Arbovirologie : Dr Amadou Alpha SALL, Dr Cheikh LOUCOUBAR, Dr
Abdourahmane SOW
Au niveau national
- IRD : Dr Jean-François TRAPE, Dr Cheikh SOKHNA
- Laboratoire Bactériovirologie, HALD : Pr Souleymane MBOUP (Coordonnateur projet
Network of Excellence du réseau WANETAM)
- Laboratoire de Parasitologie : Dr Daouda NDIAYE, Dr Amy BEI
- Hôpital Principal : Pr Bakary DIATTA, Dr KB FALL
Au niveau international
- Institut Pasteur Paris : Dr Odile PUIJALON, Pr Artur SCHERF, Dr S MECHERI
- Institut Pasteur Madagascar : Dr Ronan JAMBOU, Dr Ines VIGAN WOMAS
- Institut Pasteur Côte-d’Ivoire : Dr André OFFIANAN
- Malaria Research and Training Center (MRTC), Mali : Pr Ogobara DOUMBO, Dr Mahamadou
THERA, Pr Abdoulaye DJIMDE
- Centre National de Recherche et de Formation sur le Paludisme, Ouagadougou, Burkina :
Dr Sodiomon SIRIMA Dr Issa Nebié OUEDRAOGO
- European Vaccine Initiative : Dr Odile LEROY
- Harvard Scholl of Public Health : Pr Dyann WIRTH, Sarah VOLKMAN,
- KEMRI, Kenya : Dr Faith OSIER, Dr Kevin MARSH
37 sur 142
Introduction
L’année 2014 a été marquée :
- Par la finalisation de certains travaux et leur valorisation en particulier :
o Etude de marqueurs d’exposition à travers l’évaluation des réponses immunes au
cours du temps à Dielmo et à Ndiop : deux articles publiés,
o Optimisation du test fonctionnel ADRB (Programme EDCTP Senior Fellowship)
et utilisation pour l’évaluation de candidats vaccins : un article publié, un article
soumis,
o Etudes des données paludométriques, immunologiques, entomologiques dans la
zone située autour des villages de Dielmo et Ndiop. (Programme européen
EDCTP (European and Developing Countries Clinical Trials Partnership) par le
biais du réseau WANETAM (West African Network for TB, AIDS and Malaria
: un article publié, un article soumis.
- Par la poursuite de l’exploration de la dynamique des réponses immunes à Dielmo et
Ndiop et l’identification et la validation d’éventuels biomarqueurs
- L’initiation des études de caractérisation moléculaire des souches plasmodiales dans la
région de Kédougou
- La mise en place du diagnostic moléculaire du paludisme à Dielmo
- La poursuite de la collaboration entre l’unité d’immunologie et celle d’arbovirologie,
l’étude de la circulation de certaines arboviroses et leurs implications dans les épisodes
fébriles à Dielmo ainsi que l’étude des coïnfections paludisme-arboviroses dans la région
de Kédougou.
1.1. Préparation d’un site d’essai clinique : évaluation des données paludométriques, biologiques
et immunologiques des enfants de moins de dix ans dans l’arrondissement de Toubacouta
Coordonnateur : Aïssatou Touré
Investigateurs : Adama Tall, Fatoumata Diène Sarr, Emmanuel Espié, Vincent Richard (Unité
d’épidémiologie), Ibrahima Dia, El Hadj Amadou Niang, Mawlouth Diallo (Unité d’entomologie),
Fodé Diop, (Unité d’Immunologie)
Objectifs : Réaliser des études préliminaires sur les données paludométriques, immunologiques,
entomologiques dans la zone autour des villages de Dielmo et Ndiop, en vue de disposer des données
minimales nécessaires pour éventuellement envisager un essai vaccinal.
Les objectifs spécifiques du projet sont :
- Déterminer l’incidence de la morbidité du paludisme chez les enfants âgés de moins de 10
ans de la zone d’étude ;
- Déterminer le niveau de transmission ainsi que les vecteurs responsables de la
transmission ;
- Déterminer les caractéristiques et le niveau de réponses immunes vis-à-vis de certains
antigènes considérés comme marqueurs d’exposition ou associés à la protection ;
- Déterminer les caractéristiques de certains paramètres biologiques chez les enfants de
moins de 10 ans de la zone d’étude ;
- Caractériser les souches plasmodiales en circulation dans la zone d’étude.
38 sur 142
Méthodologie :
Une cohorte de 1367 enfants a été constituée, pour lesquels, ont été déterminés au cours d’une
enquête transversale : différentes données paludométriques, les intervalles de référence pour certains
paramètres biologiques, les réponses immunes vis-à-vis d’antigènes palustres.
Un suivi et recueil des épisodes pathologiques survenus sur près de 2 ans a été mis en place avec la
collaboration des deux postes de santé de la zone aux fins de déterminer l’incidence du paludisme. Des
études entomologiques ont été réalisées afin de déterminer les niveaux de transmission ainsi que les
types de vecteurs présents. Des études des souches parasitaires circulantes sont en cours afin de
compléter ces différentes données.
Résultats :
Les résultats ont été présentés dans le rapport précédent. L’année 2014 a vu la finalisation du projet
(arrêt du suivi de cohorte) et a été consacrée à la valorisation des résultats par la rédaction de deux
articles (l’un sur les résultats épidémiologiques et l’autre sur les résultats immunologiques).
En cours : nous avons démarré l’étude du polymorphisme des souches circulantes concernant certains
antigènes candidats-vaccins et leur distribution géographique.
1.2. Des tests fonctionnels comme outils d’évaluation du niveau d’immunité anti-palustre :
optimisation, standardisation et validation du test de chimioluminescence dépendante
d’anticorps
Projet : Coordonnateur : Aïssatou Touré
Investigateurs : Annick Mansourou, Babacar Diouf, Makhar Niang, Marie-Louise Varela, Ronald
Perraut
Objectifs :
Ce projet a pour objectif l’optimisation et la standardisation du test ADRB avec comme perspective la
comparaison du test d’ADRB avec d’autres tests fonctionnels (les tests d’ADCI et d’inhibition de
cultures du parasite). Il s’agit de comparer la faisabilité et la reproductibilité des différents tests et
d’étudier leur corrélation avec la protection, en analysant les réponses de sujets de Dielmo et de
Ndiop.
Méthodes :
Le test ADRB consiste à mettre en présence des mérozoïtes de Plasmodium falciparum, du sérum ou
des anticorps purifiés provenant de personnes exposées ou non au paludisme et des cellules effectrices
(monocytes/macrophages ou polynucléaires) et à mesurer la lumière émise (activité ADRB ou
Antibody Dependant Respiratory Burst).
Les essais d’optimisation ont consisté à étudier les conditions de production, conservation et la
préparation de mérozoïtes de meilleure qualité ainsi que des méthodes permettant leur quantification,
les ratios optimaux mérozoïtes/cellules effectrices à utiliser, le pH optimal de la réaction, à comparer
différentes méthodes d’analyse des courbes de chimioluminescence.
Résultats : les résultats ont été présentés dans le rapport précédent et ont fait l’objet d’un article
soumis.
En cours : Le test optimisé est utilisé comme outil d’investigation de l’impact changements
épidémiologiques survenus entre 2000 et 2010 sur les réponses immunes et en particulier sur la
protection. Des études sont également menées pour évaluer la possibilité d’utiliser des « mérozoïtes
artificiels » sur lesquels seraient coatés des antigènes d’intérêt.
39 sur 142
Développement de test ADRB utilisant des mérozoïtes artificiels

L’ADRB (Antibody Dependent Respiratory Burst) est un test fonctionnel mis au point à l’IPD. Il
représente un des rares corrélats fonctionnels significativement associé à la protection clinique (Joos et
al., PlosOne 2010). Ce test a fait l’objet d’implémentations techniques avancées, cependant il
nécessite des mérozoïtes de culture in vitro comme cibles qui ne sont pas aisés à produire en grande
quantité. Donc l’utilisation de cibles artificielles élaborées avec des antigènes définis représente une
approche complémentaire de cette technique, à la fois pour les analyses des corrélats en immuno-
épidémiologie et surtout dans le cadre du développement vaccinal.
Le test ADRB a ainsi été évalué en utilisant des mérozoïtes artificiels avec : (i) des billes de
polystyrène de 1µm et 2µm de diamètre sur lesquelles ont été couplés des Ag soit par interaction
hydrophobe, soit par couplage au carbodiimide sur ce même type de billes carboxylées ; (ii) en
utilisant les billes magnétiques Luminex (6 µm de diamètre) sur lesquelles les Ag ont été fixé par
liaison covalente.
Un ensemble de résultats préliminaires a permis de valider cette approche :
- les quantités de polynucléaires / concentration des cibles / dilution des sérums ont été
optimisées.
- les billes de polystyrène carboxylées ont donné de meilleurs résultats que celles où l’Ag
est adsorbé (fort bruit de fond).
- les billes de 1µm et 2µm de diamètre donnent des résultats analogues.
- les billes Luminex sont également utilisables dans cette approche « ADRB vs cibles
artificielles ».
De l’ensemble des mises au point, il en ressort que les IgG seules donnent de meilleurs résultats que
les sérums, ceci ayant également été vérifié en technique d’ADRB classique.
Une illustration de ces résultats est montré sur la Figure 1 : cette technique utilisant des cibles
artificielles est actuellement opérationnelle, elle est très prometteuse car permettant d’explorer
spécifiquement des cibles vaccinales. Cette approche doit être complétée par la mise au point de la
technique ADRB directe sur plaque (ADRBs[solid-phase]) afin d’élargir encore le panel de test
fonctionnels dérivés de l’ADRB.
Dans une optique de prospective, outre la validation de ces approches en analyses immuno-
épidémiologiques, une étape supplémentaire de standardisation avec l’utilisation de lignées cellulaires
pour remplacer les polynucléaires neutrophiles est à développer (lignées THP-1, PLB985…).
40 sur 142
Mix1‐4Ag+IgMH
35000 Mix1‐4Ag/SAB
mix2‐4Ag/IgMH
30000 mix2‐4Ag/SAB
Bead6+glurp/IgMH
25000 Bead6+glurp/SAB
20000
15000
10000
5000
0
0
174
522
870
1044
1392
1740
1914
2262
2610
2784
3132
3480
3654
4002
1218
1566
2088
2436
2958
3306
3828
348
696
Temps en secondes
Figure 1 : Cinétiques d’ADRB (mesurée en rlu) en fonction des bille utilisées .

- Le Mix1-4 Ag correspond à un mélange de billes de polystyrène de 1 µm avec 4 antigènes différents MSP1-19, MSP4-p20,
MSP4-p40, AMA1 en présence d’Immunoglobulines hyper immunes IgMH, par apport à un témoin naïf SAB en pointillé.
- Le Mix2-4 Ag correspond à la même chose avec des billes de 2 µm. Dans les 2 cas on mesure un fort rapport signal/bruit au
bout de 12 minutes avec des niveaux de luminescence élevés.
- Bead6+GLURP correspond aux billes Luminex Magpix (6 µm) sur lesquelles est conjugué le peptide GLURP. Les
luminescences observées sont moins forte mais présentant également un bon rapport signal bruit dans les mêmes délais
1.3. Détermination de marqueurs d’exposition, de transmission et/ou de corrélats de protection

Responsable scientifique : Ronald Perraut
Coordinateur : Aïssatou Touré
Investigateurs: Fodé Diop, Oumy Niass, Makhtar Niang, Adama Tall, Vincent Richard.
Objectifs : Il s’agit grâce à la sérothèque constituée dans le cadre du projet Dielmo / Ndiop et en
s’appuyant sur les données entomologiqes, parasitaires et cliniques de la base de donnée, d’analyser
les réponses immunologiques qui ont accompagnées les changements épidémiologiques ainsi que les
changements de traitement au cours des dix dernières années.
Méthodologie :
Une première étude a porté sur la caractérisation des réponses immunes par une évaluation des
réponses anticorps de type IgG (Immunoglobulines de type G), vis-à-vis d’antigènes de formes
asexuées de Plasmodium falciparum (P. falciparum) ceci à dix ans d’intervalle (en 2000 et en 2010) et
sur deux populations vivant en zone d’endémie différente : à Dielmo et à Ndiop.
Pour cela nous avons utilisé des extraits bruts de schizontes et mérozoïtes de souches sauvages
adaptées à la culture au laboratoire (de F15, F16 et 0703) et une souche de référence Palo Alto (PA).
Nous avons analysé les réponses immunes observées en tenant compte des données épidémiologiques
comme l’âge, le village.
Résultats : les résultats présentés dans le rapport précédent ont fait l’objet d’une valorisation par le
biais de deux articles (l’un publié et l’autre soumis)
En cours: Des études plus approfondies sont en cours portant sur une analyse plus fine, chez des
enfants suivis sur une période de dix ans, de la mise en place de la réponse immune à différents
antigènes ainsi qu’à l’extrait brut, ceci à différentes périodes d’endémicité palustre différentes.
Par ailleurs ce travail d’analyse de l’évolution dans le temps des réponses immunologiques va
permettre d’étudier des modèles prédictifs.
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1.4. Mise en place d’une plate-forme d’analyse des biomarqueurs de l’infection palustre
Coordonnateur : Ronald Perraut, Co-investigateur : Ines Vigan Tomas (IP Madagascar)
Investigateurs : Dr A Touré, Dr ML Varela (Unité d’Immunologie), Pr A Dièye, Dr B Mbengue
(Unité d’Immunogénétique), Drs A Tall, V Richard (Unité d’Epidémiologie)
Collaborations : Hôpital Principal, Service de Réanimation : Pr B Diatta– Service Pathologie
Infectieuse MC KB Fall, Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes
[URMITE] IRD, Dakar : Drs JF Trape, C Sokhna. Institut Pasteur, Paris: Unité de Biologie des
Interactions Hôte-Parasite (Pr A Sherf, Dr S Mecheri), Institut Pasteur de Madagascar (IPM): Dr R
Jambou, I Vigan-Womas, Institut Pasteur de Côte d’Ivoire (IPCI): Dr A Offianan,
Objectif et méthodologie
L’objectif est d’étudier la dynamique des réponses anticorps au cours du temps et analyser/optimiser
l’utilisation de biomarqueurs signant une réduction de l’immunité anti-plasmodium par rapport au
risque accru d'accès grave. D’une manière générale, le but est de pouvoir évaluer un statut immun sur
la base des réponses anticorps contre Plasmodium et son évolution par rapport à une situation
épidémio-clinique bien définie. Ce projet s’appuie sur les études longitudinales dans le cadre du suivi
des villages de Ndiop et Dielmo, mais également sur des analyses transversales de populations à risque
soit symptomatiques (accès grave hospitalier- sites sentinelles), soit asymptomatiques. L'identification
et la validation de ces biomarqueurs est essentielle pour suivre les conséquences immunologiques des
mesures de contrôle et proposer des moyens de protection mieux adaptés aux changements de
l'épidémiologie du paludisme au Sénégal ou dans d’autres pays à forte endémicité palustre.
Un nouveau système d’analyse ELISA Multiplex sur microsphères magnétiques basé sur la
technologie Xmap system® de Millipore a été mis en place (cf rapports précédents). Les antigènes
cible regroupent une batterie d'antigènes parasitaires des différents stades de plasmodium étudiés par
les équipes de l'IP Paris et par les collaborateurs internationaux, y compris des candidats vaccins et un
antigène du moustique vecteur. Les antigènes testés sont montrés sur le Tableau 1, ils comprennent
des peptides synthétiques et des protéines recombinantes. L’objectif est de définir une combinaison
optimale de biomarqueurs à la fois d’exposition et de susceptibilité, si possible multi-espèces de
plasmodium, utilisables de manière optimale sur de larges cohortes d’individus à un coût raisonnable.
Tableau 1 : Récapitulatif des antigènes utilisés pour les analyses Multiplex

Protéine
Antigène
peptides Localisation Stade d'expression1 Sequence and/or Reference
BSA control
PfPF13 Protein P. falciparum mature blood stages DBL1 domain of 3D7-PF13_0003 var gene
PfMSP1-p19 Protein P. falciparum merozoite Bonnet et al, Vaccine 2006
PfMSP4-p20 Protein P. falciparum merozoite
PfMSP5 Protein P. falciparum merozoite
PfCSP Peptide P. falciparum sporozoite/hepatique NANPNANPNANPNANPNANPNANPNANPNANPNANPNVDPNVDPC
PfLSA141 Peptide P. falciparum intra-hepatocyte LAKEKLQEQQSDLEQERLAKEKLQEQQSDLEQERLAKEKEKLQC
PfLSA3 Peptide P. falciparum blood stages VLEESQVNDDIFNSLVKSVQQEQQHNVC
PfSalsa Peptide P. falciparum merozoite SAEKKDEKEASEQGEESHKKENSQESAC
PfGLURP Peptide P. falciparum merozoite/schizont EDKNEKGQHEIVEVEEILC
PfAMA1 Peptide P. falciparum sporozoite/merozoite YKDEIKKEIERESKRIKLNDNDDEGNKKIIAPRIFISDDKDSLKC
PmCSP Peptide P. malariae sporozoite NAAGNAAGNAAGNAAGNAAGNAAGNAAGNAAGNAAGNAAGNDAGC
PvMSP1-p19 Protein P. vivax merozoite
Saliv-1 Peptide A. gambiae Salivary gland EKVWVDRDNVYCGHLDCTRVATFC
1
localisation pre‐erythroc.et/ou erythroc. des Ag testés (from www.plasmodb.org)
Résultats
Les mises au point et la standardisation des techniques ont été les premières étapes.
42 sur 142
Les réponses anticorps contre les diverses combinaisons d’Ag ont ensuite été mesurées puis analysées
en fonction des données clinico-parasitologiques de cohortes bien définies.
- Les mises au point de la technique ont débuté fin 2012 (IP Paris –ACIP 2012), elles ont
permis la validation et la standardisation de la procédure technique ainsi appliquée à
plusieurs milliers de déterminations.
- Une autre série d’analyses et de validations a comparé l’ELISA vs Multiplex en utilisant
un mix de 2 Ag recombinants (MSP1p19 et PF13) sur les prélèvements transversaux de
217 villageois de Ndiop (2002). Cette analyse a été publiée en 2014 montrant que les 2
techniques donnent des résultats corrélés (>80%) aussi bien en terme de niveau des
réponses Ac (et leur distribution en fonction de l’âge) que de prévalence de répondeurs,
mais également de relation avec la morbidité (publication 2).
- Un mix décaplex a ensuite été préparé puis évalué chez 800 villageois de Dielmo et Ndiop
(200/village prélevés en juillet 2002 vs juillet 2013) sachant que les actions du programme
national de lutte ont fait chuter considérablement la morbidité dans ces 2 villages depuis
2008. Grâce à cette approche, nous avons pu mesurer précisément la baisse des niveaux
d’immunité, comme résumé sur la Figure 2 montrant les réponses contre un biomarqueur
majeur, MSP1p19, qui donne une image générale des divers profils de réponses.
- Les chutes de prévalence sont globalement limitées : en moyenne 30% contre l’Ag total
(AgT= extrait de schizonte) et 40% contre les biomarqueurs dans les 2 villages.
- En ce qui concerne les niveaux de réponse Ac (Figure 2), la chute est significativement
plus importante à Dielmo qu’à Ndiop 40% vs 30% pout l’AgT, ce qui n’est pas le cas des
biomarqueurs qui chutent dans les 2 villages de 60% en moyenne. Les analyses de ces
10000 données sont en cours. Il est important de noter que les populations les plus jeunes
sont devenues pratiquement non immunes en termes de niveau et de prévalence de
réponses Ac, avec cependant certains biomarqueurs positifs, notamment LSA3 ou gSG6.
Figure 2 : Boxplot des réponses IgG contre l’Ag total (ODratio) et MSP1-p19 MFI ratio par groupe d’âge à
Dielmo etNdiop en 2002 comparé à 2013
Les valeurs en OD (a) et OD et MFI (b) des IgG contre l’Ag Total et MSP1-p19 sont représentés en fonction de 4 groupes
d’âge (<8, 8-14, 15-29 and >30 y – incolore, gris pâle, gris moyen et gris foncé, respectivement). Les profils de réponse
deviennent ainsi comparables dans les 2 villages au bout de 5 ans après la mise en place des moustiquaires imprégnées,
indépendamment de la différence d’endémicité passée.
Conclusion et Perspectives
Nous avons centré nos analyses sur un panel d’une quinzaine d’Ag des divers stades parasitaires
(Tableau 1), d’autres Ag cibles comme ceux des stades sexués ou ceux de toutes les espèces de
plasmodium humain (P.vivax, P.ovale) doivent être envisagés pour mieux définir une signature de
portage asymptomatique.
43 sur 142
Les derniers travaux montrent que l’utilisation de protéines recombinantes est la meilleure alternative
pour le choix des Ag, comme cela a pu être constaté avec PfMSP1p19, PfMSP4p20, PvMSP1, PF13 et
LSA3 très fortement reconnus et dont la conjugaison aux microsphères est très reproductible. Cette
même tendance est à vérifier avec l’Ag AMA1. Les peptides restent une alternative très utile, il est
donc important de conjuguer et de synchroniser les efforts de l’ensemble du groupe paludisme RIIP
pour une optimisation maximale de cette approche notamment en produisant les Ag d’intérêt et leurs
réactifs de contrôle (sérum positifs humains et immuns chez la souris).
Dans le moyen terme, une analyse longitudinale des individus de Dielmo sur les 5 dernières années
est prévue pour préciser les profils des chutes respectives des Ac contre les diverses cibles. La
poursuite de l’analyse des résultats dans le paludisme symptomatique des cohortes de Côte d’Ivoire est
également en cours.
Plus généralement, les perspectives de développement et d’application de l’approche multiplex sont
très étendues, comme cela a été précédemment rappelé (cf rapport précédent).
1.5. Validation immuno-fonctionnelles des Antigènes candidats vaccins dirigés contre le

mérozoïte MSP1p19, MSP4p20, MSP5 produit sur baculovirus
Chercheurs IP Dakar : Dr R Perraut, Dr ML Varela, Dr A Touré Baldé (Unité d’Immunologie), Pr A
Dièye, Dr B Mbengue (Unité d’Immunogénétique), Drs A Tall, V Richard (Unité d’Epidémiologie)
Collaborateurs : Dr S Longacre VAXIMAX, Genopole Campus 3- 4, rue Pierre Fontaine - 91058
Evry– France. Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes [URMITE]
IRD, Dakar, Dr JF Trape, C. Sokhna.
Objectif et méthodologie
L’objectif est de poursuivre l’évaluation des réponses Ac contre les candidats vaccins exprimés dans le
vecteur baculovirus et leur association avec la protection clinique en analyses transversales
prospectives ainsi qu’avec de nouvelles méthodes fonctionnelles. Les développements de ces
techniques fonctionnelles sont basés sur l’utilisation de la réactivité des polynucléaires neutrophiles
comme effecteurs (burst oxydatif) en présence d’Ac et de cibles artificielles de P. falciparum
élaborées avec ces antigènes (test ADRB). Ce projet concerne notamment les antigènes MSP en cours
de process GMP. Ils sont fabriqués par Vaximax sur baculovirus, vecteur d’expression qui a la
particularité de reproduire la conformation tridimensionnelle des protéines.
Résultats
Validation de l’antigène MSP5 comme candidat vaccin associé à la protection clinique
Cet antigène a été validé par l’analyse de 3 cohortes distinctes : Ndiop en 2000 et 2002 et Dielmo en
2002. Une analyse transversale prospective des individus asymptomatiques prélevés avant la saison
des pluies a été menée. Comme montré sur le Tableau 2, MSP5 est une cible fortement reconnue par
les villageois de Dielmo et Ndiop.
44 sur 142
Tableau 2 : Résultats des prévalences et des niveaux de réponses en Ac contre MSP5

réponses anticorps IgG contre Pf MSP5
Dielmo année 2002 Ndiop année 2002 Ndiop année 2000
Moyenne OD/médiane‐[range] 0.41/0.32 [0.01‐1.7] 0.27/0.16 [0.01‐1.46] 0.38/0.21 [0.01‐2.63]
Moyenne ODratio/médiane‐[range] 4.3/3.3 [1‐17.1] 4.3/2.7 [1‐22.8] 3.9/2.4 [1‐23.2]
Prévalence de répondeurs* 74% 65% 60%
Prévalence chez les jeunes** 79% (n=19) 58% (n=85) 49% (n=80)
Prévalence chez les jeunes** 74% (n=167) 70% (n=136) 70% (n=124)
* Individus avec une réponse positive IgG= ODratio>2 ie > OD of naive control + 2SD
** Jeune : à Dielmo ie <7 ans; à Ndiop ie <15 ans
Les analyses en régression de Poisson par rapport au nombre d’accès palustres confirmés sur les 5
mois suivants ont montré une association significative (P<0.01) des réponses Ac avec une baisse des
accès palustres dans les 3 cohortes. Du point de vue fonctionnel, nous avons également montré que les
fortes réponses contre MSP5 étaient associées à un niveau d’ADRB significativement élevé dans le
cas des 3 cohortes. Les résultats ont fait l’objet de la publication 3, l’ensemble de ces données permet
de confirmer la validité de cet Ag comme candidat vaccin qui pourrait être inclus dans un vaccin
multi-cible associant plusieurs déterminants clés du parasite.
1.6. Immunobiologie du parasite et phénotypes épidémiologiques

Les études sur la biologie du parasite initiées dans le courant de l’année 2013 par la mise en place des
protocoles de recherche ont été largement renforcées au cours de l’année 2014 par une validation des
approches méthodologiques et leur application à différentes études dont 3 principales:
- Caractérisation moléculaire des souches plasmodiales circulant dans la région de
Kédougou
- Diversité génétique de Plasmodium falciparum dans les co-infections paludisme-
arboviroses à Kédougou
- Diagnostique moléculaire par PCR et PCR temps réel (qPCR) des infections palustres à
Dielmo et Ndiop
Caractérisation moléculaire des souches plasmodiales circulant dans la région de Kédougou

Coordonnateurs : Aïssatou TOURE (Unité Immunologie), Amadou Alpha SALL (Unité
Arbovirologie),
Investigateurs : Makhtar NIANG (Immunologie), Cheikh LOUCOUBAR, Abdourahmane SOW
(Unité Arbovirologie)
Problématique de la recherche et objectifs : Tandis que dans certaines régions du Sénégal, l’importante
réduction de l’incidence du paludisme à P. falciparum a réactivé les politiques d’élimination de la
maladie, la région de Kédougou (sud-est Sénégal) demeure encore un foyer de forte prévalence de
l’infection palustre. La contribution relative des autres espèces plasmodiales au fardeau global du
paludisme est très peu documentée du fait de la sensibilité limitée des outils de diagnostic de routine.
Une meilleure documentation de la présence et de la prévalence des espèces plasmodiales circulant
dans une zone donnée par des outils plus sensibles (PCR par exemple) permettrait une meilleure
adaptation des stratégies de lutte et une meilleure prise en charge des cas.
Les objectifs fixés dans cette présente étude étaient de :
- déterminer par une approche moléculaire la présence et la prévalence des espèces
plasmodiales à Kédougou,
- déterminer les niveaux de co-infections entre espèces plasmodiales.
45 sur 142
Méthodes :
Type d’étude : Etude rétrospective avec des sérums de patients recrutés pour une maladie fébrile aigue
dans le cadre de la surveillance des arboviroses à Kédougou.
Caractérisation des espèces : PCR nichée ciblant le gène de la sous unité 18S de l’ARN ribosomale de
Plasmodium [2, 3] avec comme matrice de l’ADN extrait à partir des sérums [4]. Des approches
bioinformatiques ont permis de valider certains résultats.
Résultats : Nous avons d’abord : i) validé l’approche PCR pour le diagnostic des différentes espèces
plasmodiales (Figure 3) et montré que l’ADN de différentes espèces plasmodiales était isolable à partir
de sérums et amplifiable par PCR ; puis montré que ii) P. falciparum est l’espèce prédominante dans
les infections palustres à Kédougou, soit en infections simples (53.61%) ou mixtes avec P. ovale
(7.22%) ou P. vivax (0.76%), iii) P. malariae était absente parmi les échantillons examinés dans cette
étude, iv) toutes les infections à P.ovale (7.22%) étaient mixtes avec P. falciparum et v) P. vivax était
présente dans 1.52% des échantillons, ce qui constitue une première découverte au Sénégal (Figure 4)
Figure 3 : Image illustrant l’amplification positive des 4 espèces plasmodiales investiguées
Figure 2 : Alignement des séquences d’AND des 4 isolats de P. vivax de Kédougou avec la séquence d’ADN de
P. vivax de la souche de référence Sal1.
Perspectives : L’étude se poursuit avec un échantillonnage plus exhaustif afin de mieux documenter la
prévalence de P. vivax à Kédougou. Des études sont en cours pour investiguer le statut Duffy des
individus infectés par P. vivax pour une meilleure compréhension du mécanisme moléculaire de la
présence de P. vivax à Kédougou. Ce travail a fait l’objet d’un mémoire de Master II (Spécialité
46 sur 142
Génétique des populations) soutenu le 18 Février 2015 à la Faculté des Sciences et Techniques de
l’Université Cheikh Anta Diop de Dakar. Il a aussi été soumis pour publication.
Diversité génétique des souches de Plasmodium falciparum dans les co-infections paludisme-
arbovirose
Coordonnateurs : Amadou Alpha SALL (Unité Arbovirologie), Aïssatou TOURE (Unité
Immunologie)
Investigateurs : Makhtar NIANG (Immunologie), Cheikh LOUCOUBAR, Abdourahmane SOW
(Arbovirologie)
Contexte : Les co-infections paludisme et arboviroses sont fréquentes et représentent un problème
important de santé publique à cause de la similarité de leurs tableaux cliniques et les difficultés de
diagnostic dans les régions où les deux maladies sont endémiques. A ce jour, peu d’informations sont
disponibles concernant la nature précise des interactions lors des co-infections paludisme-arboviroses
et l’influence potentielle d’une des infections sur l’autre. La présente étude est la première à analyser
la diversité génétique et la complexité de l’infection à P. falciparum dans les co-infections paludisme-
arboviroses à Kédougou, sud-est du Sénégal.
L’objectif principal de cette étude était de comparer la diversité génétique des isolats de P. falciparum
et la complexité des infections plasmodiales dans les infections uniques à P. falciparum et les co-
infections paludisme-arbovirose.
Méthodes : L’ADN parasitaire a été extrait de sérums de patients recrutés dans le cadre de la
surveillance des arboviroses à Kédougou et présentant soit une infection simple à P. falciparum ou une
co-infection paludisme-arboviroses.
Le génotypage des gènes msp-1 et msp-2 ainsi que leurs familles alléliques K1, MAD20 et RO33 de
msp-1 et IC/3D7 et FC27 de msp-2 a été utilisé [9].
Résultats : Plusieurs observations sont ressorties de cette étude : i) le nombre moyen de génotype par
famille allélique était comparable entre les deux groupes, ii) K1 et IC/3D7 étaient les familles
alléliques respectivement de msp-1 et de msp-2 les plus prévalentes dans les groupes paludisme
(94,91% et 94,91%) et arbovirus-paludisme (92,59% et 96,29) (Figure 5), iii) les proportions d‘isolats
de P. falciparum arborant les trois types alléliques de msp-1 (67,44%) où les deux types alléliques de
msp-2 (76,47%) étaient significativement plus élevées dans le groupe paludisme que paludisme-
arbovirus (test exact binomial, P <0,05) (Figure 6), iv) la complexité des infections était faible et
comparable entre les 2 groupes.
Figures 5 et 6 : Prévalences comparées des familles alléliques de msp-1 et msp-2 individuelles (3) ou combinées
(4) entre les groupes paludisme et arbovirus-paludisme.
47 sur 142
Perspectives : Cette étude va se poursuivre sur un échantillonnage plus exhaustif afin de valider les
premières observations. Il est aussi envisagé de mener d’autres études qui examineraient la structure
des populations de P. falciparum et qui prendraient en compte la nature des réponses immunes
antipalustres pour mieux documenter l’influence potentielle des infections arbovirales sur la diversité
génétique et la complexité de l’infection palustre.
Ce travail a fait l’objet d’un manuscrit soumis pour publication.
Diagnostic moléculaire des infections palustres à Dielmo et Ndiop

Coordonnateurs : Vincent RICHARD (Unité Epidémiologie), Aïssatou TOURE (Unité
Immunologie)
Investigateur : Makhtar Niang (Unité Immunologie),
Collaboration Nationale : Cheikh Sokhna, Institut de Recherche pour le Développement de Dakar
Contexte : Le profil épidémiologique du paludisme a considérablement évolué ces dernières années du
fait de stratégies coordonnées de lutte contre la maladie entrainant une baisse de la transmission dans
plusieurs pays endémiques et une réduction significative des infections palustres [10]. A Dielmo et
Ndiop, deux villages du centre du Sénégal, les prévalences palustres sont passées de plus de 80% en
1990 à moins de 1% en 2012 [11]. Cette situation est associée à de faibles niveaux de portage
parasitaire difficilement détectables par les diagnostiques de routine (TDR, GE), d’où l’intérêt de
mettre en place des outils plus sensibles pour l’identification des réservoirs de parasites et
l’accompagnement des politiques d’élimination.
Les objectifs de cette étude étaient de : 1) mettre en place et valider des approches moléculaires de
diagnostic du paludisme, 2) d’identifier les réservoirs de parasites en période de pré-transmission du
paludisme et 3) de réévaluer le diagnostic palustre au niveau des stations de Ndiop et Dielmo.
Méthodes : L’identification des réservoirs de parasite avant la saison de transmission a été réalisée par
PCR temps réel (qPCR) ciblant le gène cytochrome B de Plasmodium [12] sur des prélèvements
systématiques de Dielmo et Ndiop de 2013. La réévaluation du diagnostic palustre a été réalisée par
qPCR sur des prélèvements de sang de patients consultant pour une pathologie fébrile dans les stations
de Dielmo et Ndiop entre Août 2014 et Janvier 2015.
Résultats préliminaires :
- La méthode qPCR pour le diagnostic de l’infection palustre a été validée en utilisant des
contrôles positifs et négatifs bien documentés.
- L’analyse des prélèvements systématiques a mis en évidence un portage de Plasmodium
de 2,89% à Ndiop et 4,65% à Dielmo avant la période de transmission.
- La réévaluation par qPCR du diagnostic palustre des stations de Dielmo et Ndiop a révélé
un portage parasitaire de 53,69% contre 22,14% et 20,80% respectivement par TDR et GE
(Figure 7).
48 sur 142
100
Portage de Plasmodium selon les 3 méthodes
Prévalence (%)
80
TDR GE qPCR
60
40
20
0
Dielmo Sites Ndiop
Figure 7 : Portage de Plasmodium selon les 3 méthodes
Perspectives : Les résultats de la systématique de 2013 sont en cours d’analyse en relation avec les
épisodes cliniques survenus pendant la transmission de 2013 pour étudier une relation potentielle entre
le portage de Plasmodium en période pré-transmission et la distribution des cas cliniques pendant la
transmission.
Le diagnostic d’espèces par nested PCR classique est en cours pour déterminer les espèces
plasmodiales en cause.
La méthode PCR temps réel utilisé étant qualitatif, des développements sont en cours pour permettre
parallèlement le diagnostic d’espèces en une seule étape et la quantification de la parasitémie.
Conclusions et perspectives
Les activités ci-dessus décrites s’inscrivent dans la continuité d’une nouvelle dynamique de mise en
place d’études sur la biologie du parasite initiées au cours de l’année 2013. Des résultats très
encourageants ont été obtenus et leur valorisation est en cours.
2. Missions scientifiques, ateliers et congrès

Au niveau national
Mme Aïssatou TOURE
- Membre du comité National d’Ethique pour la recherche en Santé : Evaluation des protocoles de
recherche soumis au CNERS lors de réunions mensuelles. Dakar, 05-08 Février :
Participation à l’atelier de formation sur la planification, le suivi et l’évaluation d’activités
de recherche en santé.
- Mbour, 15-17 Octobre 2014 : Participation à l’atelier de formation sur l’utilisation d’un logiciel
pour la soumission et l’analyse des protocoles de recherche et Session du CNERS
Au niveau international
Mme Aïssatou TOURE
- Comité scientifique EVI (European Vaccine Initiative). En tant que membre, Aïssatou Touré
participe aux réunions du comité scientifique d’EVI pour la mise en place des plans
stratégiques d’EVI ainsi que l’évaluation des projets soumis à EVI pour financement.
Réunion comité scientifique : 07 Octobre 2014, participation au Forum Scientifique EVI :
Paris (Institut Pasteur) 02-04 Décembre 2014
49 sur 142
- Groupe de travail du CIOMS pour la révision des Lignes directrices internationales d’éthique
pour la recherche biomédicale impliquant des sujets humains. En tant que membre,
Aissatou Touré participe aux réunions du groupe de travail mis en place par le Conseil des
Organisations Internationales des Sciences Médicales qui, en collaboration avec l’OMS, a
élaboré un document contenant des principes directeurs éthiques internationaux
concernant les recherches biomédicales sur des sujets humains. Ces lignes font l’objet
d’une révision pilotée par le groupe de travail. Réunions : Utrecht, 26-28 Février 2014,
Genève 21-23 Mai 2014, Utrecht 12-14 Novembre 2014
- Meeting OMS « Consultation sur les éventuelles thérapies et vaccins contre le virus Ebola », 4-
5 Septembre 2014 : Participation Aissatou Touré
- Meeting OMS « Ethical review and regulations, Entebbe 5-8 Aout 2014 : Participation
Aïssatou Touré, en tant que membre du Comité National d’Ethique pour la Recherche en
Santé
- TDR call Review committee meeting, Genève, 22-24 septembre 2014 : Participation Aïssatou
Touré en tant que membre du comité de sélection de l’appel d’offres TDR : «Regional
Training Center in the WHO-AFRO region»
Thèses et mémoires
Ronald PERRAUT
- Membre du Jury de thèse : « Analyse des réponses anticorps IgG anti-MSP1-19 et anti-AMA-1
dans le paludisme de recrutement hospitalier » pour obtenir le grade de Docteur en
Pharmacie (Diplôme d’Etat) présentée et soutenue publiquement le samedi 18 janvier
2014 par Mme Aissata Basse Ndiaye. Grade obtenu avec mention très honorable et les
félicitations du jury.
Aïssatou TOURE
- Membre du jury de mémoire de master de Parasitologie de Mr Mahamadou Maktar Diop.
Sujet : Analyse de la dynamique des réponses anticorps contre les antigènes de
Plasmodium falciparum chez des enfants de Dielmo à différentes périodes d’endémicité
(Direction scientifique : A Touré, Encadrement : M.Niang)
3. Perspectives
- Poursuivre l’étude des déterminants immunologiques associés à l’épidémiologie du paludisme
et en particulier évaluer l’outil sérologique comme outil d’évaluation de la transmission,
- Développement des tests fonctionnels comme outil d’évaluation du niveau d’immunité et de
l’impact d’interventions,
- Développement de la plate-forme Multiplex pour l’exploration des réponses immunes,
- Développement des études sur la biologie du parasite : polymorphisme des souches circulantes,
complexité des infections en relation avec l’épidémiologie,
- Développement d’une thématique liée au contexte de pré-élimination : étude de marqueurs liés
au portage de gamétocytes, évolution des anticorps anti-gamétocytes en relation avec
l’épidémiologie.
50 sur 142
Unité d’immunogénétique
Responsable scientifique : Alioune DIEYE, Chef de Laboratoire, PhD, DSc, Professeur Titulaire de
classe exceptionnelle en Immunologie
Scientifiques :
Babacar MBENGUE, Maître-Assistant en Immunologie, PharmD, PhD, FMPO, UCAD
Gora DIOP, Maître-Assistant Génétique, Biologie moléculaire, PhD, FST, UCAD
RN DIALLO, Maître de Conférences agrégé Génétique Humaine, PharmD, PhD, FMPO, UCAD
Personnel technique : M. Alassane THIAM, Technicien supérieur

- Unité d’Immunologie : Perraut R, Touré A
- Unité d’Epidémiologie : Tall A, V Richard, E Espié
Collaborations nationales
- Hôpital Principal de Dakar :
o Service de Réanimation : Pr Diatta B, Dr Niang B
o Service Pathologie Infectieuse : Drs Fall Ba K et BA PS
o Service Biologie Clinique : Dr Fall B
- Hôpital Aristide le Dantec
o Service de Cancérologie
o Laboratoire de Biologie de la reproduction et cytogénétique
- Université Cheikh Anta DIOP de Dakar :
o Laboratoire de Parasitologie et de Mycologie (HALD) : Pr Daouda Ndiaye ;
o Unité d’Immunologie, Lab. de Bactériologie et Virologie (HALD) : Pr Dièye TN.
o Laboratoire de Bactériologie et Virologie (HALD) : Dr Aouidi A
- Centre National Hospitalier de Fann:
o Centre de diagnostic : Pr PM Guèye
Collaborations internationales :
- Institut Pasteur Paris :
o Unité d'Immunologie Moléculaire du Parasite : Dr Vigan-Womas I, Puijalon O
o Unité de Biologie des Interactions Hôte-Parasite : Pr Sherf A, Dr Mecheri S
- CNRS URA 2581 : Laboratoire de Vaccinologie Parasitaire : Dr Longacre S
- Centre National de Génotypage (CNG, Génopole Evry) : Dr Zelenika D
- Institut Pasteur de Lille : Pr Philippe Froguel, Directeur de l'Equipex LIGAN-Médecine
personnalisée, Institut Pasteur de Lille.
51 sur 142
Introduction
L’Unité d’Immunogénétique a pour mission de :
- développer des activités de recherche dans le domaine du paludisme et de ses formes graves,
des cancers viro-induits (HPV, Cavité buccale) et cancer du sein,
- mener des activités enseignement et formation dans le cadre de partenariats avec des
institutions de recherche et d’enseignement, notamment avec l’Université Cheikh Anta Diop
de Dakar et les autres universités du Sénégal. L’Unité accueille des étudiants en thèse
d’exercice et PhD, en master Immunologie et infection, en Parasitologie et en Génétique. Ces
derniers sont encadrés par le personnel enseignants-chercheurs de l’UCAD,
- mener des activités de santé publique et d’expertises dans le cadre des programmes nationaux
de recherche pour la santé établis par le Ministère de la santé et de l’action sociale.
1.1. Influence des réponses IgG anti-SALSA et anti-LSA1-41 dans la gravité et l’issue du
paludisme clinique
Principal Investigateur (PI) : Dr Babacar Mbengue PharmD, PhD, Maître-assistant en Immunologie,
FMPOS UCAD / Unité d’Immunogénétique (IPD).
Collaboration : Pr Alioune Dièye (IPD, Dr Ronald Perraut (IPD), Dr Salah Mecheri, co-investigateur
Nord du projet, Unité de Biologie des Interactions Hôte-Parasite, Institut Pasteur, Paris, Pr Bacary
Diatta (HPD,Dr Fall (HPD), Dr Birahim Niang (HPD), Dr Khady Ba FALL (HPD) ; Dr Pape Samba
BA (HPD), Dr Bécaye Fall (HPD)
Contexte et justification
La prévention et la prise en charge de l’infection palustre passe par l’utilisation de vaccins efficaces et
de moyens rapides de détection des cas. En vaccinologie, plusieurs essais cliniques sont en cours et
concernent des antigènes parasitaires de stades hépatiques et/ou sanguins.
L’objectif de notre étude a été d’évaluer la réponse IgG dirigée contre les protéines SALSA et LSA1-41
du stade hépatique de P. falciparum dans le paludisme de recrutement hospitalier afin de mettre en
évidence des facteurs immunologiques en relation avec la gravité et l’issue des accès palustres.
Approche méthodologique et expérimentale
Patients
195 patients ont été sélectionnés pour l’étude. Il s’agit de 53 individus atteints de formes palustres
simples et de 142 patients hospitalisés pour des formes graves de paludisme dans le service de
réanimation de l’hôpital Principal de Dakar. La sélection a reposé sur la nature des antécédents
retrouvés chez les patients ainsi que sur l’historique de la maladie. Les infections telles que les
septicémies, les méningites et toute pathologie infectieuse associée au paludisme de même qu’un
déplacement hors de la zone d’étude lors des trois mois précédant le recrutement ont conduit à
l’exclusion du patient concerné.
Antigènes étudiés
Deux antigènes ont été testés, il s’agit des protéines SALSA et LSA1-41. Elles ont été élaborées par
génie génétique et purifiées par chromatographie.
52 sur 142
L’antigène SALSA est une protéine de petite taille, 70 kDa, exprimée au niveau de la membrane du
sporozoïte hépatique. LSA1-41 est un Ag exprimé par les schizontes hépatiques. Il s’agit d’une molécule
de 200 kDa synthétisée après la pénétration du sporozoïte dans l’hépatocyte.
La technique ELISA a permis de déterminer les taux sériques d’IgG exprimés en ratio de DO.
Résultats
Caractéristiques épidémiologiques et clinico-biologiques de la population d’étude
Le tableau 1 regroupe les données générales de la population d’étude composée de 53 patients atteints
de formes palustres simples et 142 malades hospitalisés pour des formes graves de paludisme.
Tableau 1 : Données générales de la population d’étude
FORMES GRAVES ACCES

CARACTERISTIQUES SIMPLES
Survivants Décédés Global
Effectifs (N) 105 37 142 53
Sexe M/F 69/36 20/17 80/53 30/23
Age moyen 29,1 ( -75) 33,5(1 - 80) 30,2( - 80) 28,3( - 77)
Délai d’admission (J) 4 -12) 6 - 21) 5 -21) 3 -10)
Traitement antérieur 71 60 68 49

La sex-ratio est en faveur des hommes dans les différents groupes de patients. La moyenne d’âge est
comprise entre 28 et 34 ans.
A l’admission, les délais entre l’apparition des signes cliniques et la période de recrutement ont été de
5 jours et demeurent plus courts chez les patients ayant un accès simple (3 jours). Dans le paludisme
de réanimation, une moyenne de 5 jours a été observée et elle est légèrement plus longue chez les
décédés avec 6 jours.
La prise d’un traitement antipaludique antérieur au recrutement, a été observée chez 49% des patients
atteints d’accès non aggravé contre 68% chez les malades souffrant d’accès sévères (p = 0,031).
Les données clinico-biologiques ont été regroupées dans le tableau 2.
53 sur 142
Tableau 2 : Caractéristiques biologiques de la population d’étude

ACCES SEVERES ACCES
CARACTERISTIQUES
Survivants P* Décédés Global P* SIMPLES
Effectifs (N) 105 - 37 142 - 53
Densité parasitaire (%) 2,5 (0,01 -16) <0,02 4,2 (0,01 - 11) 2,9 (0,01 - 16) <0,002 1,9 (0,01 - 16)
Plaquettes (G/µL) 137,9 (11 - 980) NS 107,8 (3,1 - 467) 139,9 (3,1 - 980) <0,001 199,3 (4,1 - 16,3)
Hémoglobine (g/dl) 10,75 (2,1 - 36,6) <0,01 9,54 (5,7 - 13,4) 10,42 (2,1 - 36,6) NS 11,3 (4,10 - 16,3)
6
Hématies (10 / µL) 3,95 (0,65 - 6,54) NS 4,39 (2,2 - 37,4) 4,07 (0,65 - 37,4) NS 4,6 (2,3 - 7,7)
3
Leucocytes (10 / µL) 9,80 (3 - 32,9) <0,01 15,46 (2,4 - 87) 11,23 (2,39 - 87) NS 10,3 (4,5 - 31)
Hématocrite (%) 31,9 (10,5 - 46,1) NS 28,5 (16,6 - 40) 31,1 (10,5 - 46,1) <0,001 35,9 (23,9 - 49)
Glycémie (g/l) 1,35 (0,36 - 3,26) NS 1,08 (0,1 - 3,79) 1,28 (0,1 - 3,79) <0,001 1,03 (0,45 - 2,5)
pH sanguin 7,38 (7,01 - 7,53) <0,01 7,23 (6,7 - 7,54) 7,35 (6,7 - 7,54) - -
Bicarbonate (%) 22,16 (4,8 - 92,2) <0,01 16,56 (3,3 - 29,6) 20,6 (3,3 - 92,2) - -
Bilirubine totale (mg/L) 36,45 (2 - 145) <0,01 55,03 (5 - 240) 41,26 (2 - 240) - -

Des variations significatives ont été observées suivant la gravité du paludisme pour les paramètres
suivants : les plaquettes, l’hémoglobine et l’hématocrite qui sont plus élevés dans l’accès simple que
dans les formes graves.
Les densités parasitaires et les taux de leucocytes sont plus élevés (p <0,01) dans les formes graves.
Suivant l’issue de la maladie, ces paramètres sont plus élevés chez les personnes décédées.
Analyse des réponses anticorps

Les niveaux de réponse en IgG totales dirigées contre les protéines SALSA et LSA1-41 ont été
exprimées en ratio de DO. Les prévalences des répondeurs ont été analysées suivant la gravité des
accès palustres et l’issue des formes graves de paludisme.
Les prévalences de répondeurs (un rtDO ≥ 2) sont regroupées dans le tableau 3.
Tableau 3 : Prévalences de répondeurs dans les différents groupes

ACCES SEVERES
ACCES SIMPLES (53)
ANTIGENES
Survivants (105) Décédés (37) Global (142) N (%)
P* P*
N (%) N (%) N (%)
SALSA 42 (40) NS 10 (27) 52 (37) < 0,01 36 (74)
LSA1-41 83 (73) NS 27 (73) 110 (77) < 0,01 22 (41)
P ** < 0,01 < 0,01 < 0,01 < 0,01

*Test de chi 2 pour comparer les prévalences entre les accès ; ** Test de chi 2 pour comparer les prévalences entre les deux antigènes; NS =
non significative.
Des prévalences supérieures à 25% ont été retrouvées dans les différents groupes de malades. Elles
sont significativement plus élevées chez les formes graves de paludisme que chez les accès simples
pour l’Ag LSA1-41 (77% versus 41% ; P < 0,01), tandis que pour la protéine SALSA, le contraire est
observé (37% versus 74% ; P < 0,01).
Suivant la gravité des accès palustres, les amplitudes des réponses IgG dirigées contre les Ag testés
ont été étudiées puis représentées à la figure 1.
54 sur 142
Figure 1: Comparaison des réponses IgG suivant la gravité des accès palustres
Le niveau des réponses IgG anti-LSA1-41 est plus élevé chez les patients souffrant de paludisme grave
que chez ceux atteints d’accès simples, mais la différence n’est pas significative. Seule la différence
observée entre les amplitudes de réponses en IgG anti-SALSA entre les deux groupes est significative
(P < 0,001), avec des niveaux plus élevés chez les accès simples.
L’analyse des niveaux de réponses en fonction de la parasitémie (figure 2) montre une différence
significative pour l’antigène LSA 1-41 chez les patients qui vont décéder entre ceux qui présentent un
pourcentage supérieur ou inférieur à 4% (P=0,008).
Figure 2: Evolution des réponses IgG suivant la parasitémie

(2a) : Survivants (2b) : Décédés
Conclusions et perspectives
Nos résultats confirment une prédominance des réponses Ac dirigées contre les stades
préérythrocytaires lors de l’apparition des accès cliniques du paludisme. Toutefois, l’antigène Pf13-
DBL1 récemment identifié à la surface des hématies infectées, semble bien reconnu et serait
probablement impliqué dans la pathogenèse. Des études sur la fonctionnalité des Ac permettraient de
compléter ce type de travail relatif à la recherche de biomarqueurs immunologiques.
55 sur 142
1.2. Étude de la distribution des allèles EBA-175 de P. falciparum dans deux zones
d'endémicité différente du Sénégal et association avec les formes cliniques du
paludisme
Investigateurs principaux : Dr Gora Diop, Dr Babacar Mbengue et Pr Alioune Dièye : Institut
Pasteur de Dakar et Université CA Diop de Dakar
Collaborations : Dr R. Perraut (IPD), Pr B Diatta, Service de Réanimation (HPD), MC KB Fall,
Service Pathologie Infectieuse (HPD), Dr Oumar KA, Laboratoire de biologie, Hôpital régional de
Tambacounda.
Parmi les différentes protéines cibles candidates de vaccins contre le paludisme, figure l’antigène
EBA-175 de P. falciparum. Il joue un rôle crucial dans l’invasion des hématies, et aurait une
implication dans les manifestations cliniques de l’infection, d’où l’intérêt accordé à l’étude du gène.
Ce dernier est localisé sur le 7q11.23 du parasite et contient 4 exons. Il est formé de 7 domaines
nommés régions de I à VII. La région III est composée d’un segment dimorphique caractérisé par une
insertion de 423pb (F-fragment pour la souche FCR3) ou de 342pb (C-fragment pour la souche
CAMP). Le rôle de ce dimorphisme dans les inter-actions hôte-parasite, dans l’efficacité de l’invasion
des globules rouges par le parasite et dans la sévérité des accès palustres, n’est pas encore bien élucidé.
Les objectifs de ce travail consistent à étudier la distribution allèlique du gène EBA-175 dans deux
localités de situations épidémiologiques différentes du Sénégal.

Patients
Le recrutement s’est effectué dans deux centres hospitaliers : l’Hôpital Principal de Dakar et l’hôpital
régional de Tambacounda. L’étude a porté sur 142 prélèvements dont 71 provenant d’accès palustres
simples et 71 de formes graves de paludisme.
Typage génétique par PCR-niché d’EBA-175
L’ADN parasitaire est extrait selon le protocole Qiagen.
La stratégie de génotypage utilisée est basée sur une amplification primaire réalisée en utilisant des
amorces du gène EBA-175, avec une amorce sens EBA-175-1PF et antisens EBA-175-1PR, suivie
d’une amplification secondaire spécifique des familles alléliques, en utilisant le produit de la PCR
primaire comme matrice avec une deuxième paire d’amorces EBA-175.
Les régions géniques ainsi amplifiées sont séparées par électrophorèse sur gel d’agarose et visualisées
sous UV.
Résultats
Répartition de la population d’étude
Le tableau 4 regroupe les données générales de la population d’étude.
Tableau 4 : Distribution des profils cliniques de paludisme et du sexe des patients

Localité n (%) Formes cliniques de paludisme Sexe (%)
Accès simples Formes graves Féminin Masculin
Dakar 84 (59) 43 (30) 41 (29) 24 (17) 60 (42)
Tambacounda 58 (41) 28 (20) 30 (21) 27 (19) 31 (22)
Total 142 (100) 71 (50) 71 (50) 51 (36) 91(64)
Amplification du gène EBA-175 de Plasmodium falciparum et familles allèliques

Les profils obtenus sont présentés sur la figure 3. Le gène EBA-175 P. falciparum a été amplifié par
PCR. Les allèles F et C ainsi que leurs associations ont été identifiés en réalisant une PCR-nichée. Les
56 sur 142
segments observés sont à 714pb pour l’allèle C et à 795pb pour l’allèle F. D’autres amplifications
géniques situés à 360pb et 400pb ont été observés.
800pb
600pb
400pb
200pb
Figure 3 : Amplification allèlique et électrophorèse des produits PCR-nichée du gène EBA-175. Le gel
utilisé est un gel Agarose 1.5%. Le ladder utilisé est le 200pb HyperladderTMBIOLINE (Numéro Ref
Cat.No.BIO-33025).
Distribution des allèles EBA-175

Le tableau 5I regroupe les allèles EBA-175 et leurs fréquences.
Tableau 5: Distribution des allèles d’EBA-175
Allèles observés n(%) Total
Allèle F Allèle C 400 pb 360 pb
Dakar 46 (26) 33 (19) 10 (4) 26 (9) 115 (61)
Tambacounda 34 (24) 29 (16) 4 (1) 2 (1) 69 (39)
Total 80 (50) 62 (35) 14 (5) 28 (10) 184 (100)
L’analyse de la distribution globale des allèles EBA-175 a montré que les fragments F et C sont les
plus répandus respectivement 50% et 35%. Les allèles EBA-175-400pb et EBA-175-360pb sont
respectivement de 5% et 10%. EBA-175-400pb est le moins répandu de tous les allèles (p˂0,001).
L’analyse de la distribution a montré une prédominance des allèles F et C dans les deux localités.
Distribution des génotypes d’EBA-175

La distribution des génotypes a été calculée sans tenir compte des allèles 360pb et 400pb et en se
basant uniquement sur les « allèles-boucles » majeurs F et C. Des analyses ont été effectuées suivant
l’échantillonnage global, la localité, la gravité, la nature de l’infection simple ou multiple.
Les résultats obtenus sur l’ensemble de l’échantillon (tableau III) montrent que les infections à
génotype unique sont plus fréquentes que les infections à génotype mixte avec : 43% pour le génotype
F, 32% pour le génotype C et 25% pour le génotype mixte (F et C). Le génotype F prédomine dans
l’échantillon d’étude et la différence est significative entre les distributions du génotype F et du
génotype F-C (p<0,05).) (tableau 6 et figure 8a).
Tableau 6 : Fréquences des génotypes allèliques
Profils cliniques n (%)
Paludisme simple Paludisme grave Total
Allèle F Allèle C AllèlesF Allèle F Allèle C Allèles
et C F et C
Dakar 3(2) 14 (10) 26 (18) 30 (21) 7 (5) 4 (3) 84 (59)
Tambacounda 14 (10) 11 (8) 3 (2) 15 (11) 13 (9) 2(1) 58 (41)
Total 17(12) 25 (18) 29 (20) 45 (32) 20 (14) 6 (4) 142 (100)
57 sur 142
Les résultats obtenus selon la localité montrent que la différence de la distribution du génotype F et du
génotype C n’est pas significative. Par contre à Tambacounda, les génotypes mono-allèliques (F ou C)
sont plus fréquents que les génotypes mixtes (F-C) avec une différence significative (p<0,001).
Les résultats obtenus selon le profil clinique (Accès palustres ou formes graves) montrent qu’il n’y a
pas de différence statistiquement significative entre les génotypes.
Distribution des infections

Le tableau IV présente la répartition des patients selon le type d’infections (simple versus co-
infections). Les infections simples représentent 76% et les co-infections ou infections mixtes, 24%.
La comparaison de la répartition montre que Dakar (20%) présente plus de co-infections que
Tambacounda (4%) et la différence est statistiquement significative (p ˂ 0,01).
Tableau 7 : Répartition de la population d’étude en fonction du type d’infections

Infections simples Co-infections Total
N (%) N (%)
Dakar 54(38) 30 (21) 84 (58)
Tambacounda 53 (37) 5 (24) 58 (42)
Total 107 (75) 35 (25) 142 (100)
Conclusion et perspectives :
Les analyses d’association ont montré que la forme prédominante, la forme FCR3, se trouve associée
aux formes graves.
Ces données seront nécessaires pour soutenir le développement d'un vaccin basé sur l'antigène EBA-
175. Cependant, il serait souhaitable d’étendre l’étude dans tout le Sénégal, en prenant en compte des
paramètres comme la parasitémie, le groupe sanguin, facteur rhésus et l’hémoglobinopathie, l’issue de
la maladie et les formes asymptomatiques du paludisme.
1.3. Immunologie et génétique des cancers
1.3.1. Mutations des gènes BRCA1 et BRCA2 dans le cancer du sein familial au Sénégal
Investigateurs principaux : Pr Rokhaya Ndiaye Diallo, Dr Jean Pascal Demba Diop, Pr Alioune
Dièye, Institut Pasteur de Dakar et Université CA Diop de Dakar
Collaborations nationales et internationale : Pr Ahmadou DEM : Service de Cancérologie, Hôpital
Aristide Le Dantec, Pr Oumar Faye : Service de Cytologie et biologie de la reproduction, Hôpital
Aristide Le Dantec.
Contexte
Le cancer du sein est le cancer le plus fréquent de la femme dans les pays industrialisés et dans
certains pays d’Afrique du Nord. Au Sénégal comme dans la plupart des pays d’Afrique
subsaharienne, il constitue le second cancer le plus répandu après le cancer du col utérin.
La plupart des cancers du sein sont sporadiques (90 à 95%), c’est-à dire qu’ils surviennent
spontanément et ne semble pas être liés à un risque héréditaire.
Plusieurs facteurs génétiques sont impliqués dans la survenue du cancer du sein héréditaire avec deux
gènes majeurs de prédisposition qui sont BRCA1 et BRCA2. Les protéines brca1 et brca2 sont
impliquées dans la réparation des altérations de l’ADN. La protéine brca1 a un rôle probable de
détecteur d’altérations de l’ADN, qu’il s’agisse d’altérations nucléotidiques ponctuelles ou de cassure.
58 sur 142
Les altérations génomiques des gènes BRCA dans le cancer du sein sont à l’origine de 65 % des cas
familiaux. Il existe un grand nombre de mutations connues des gènes BRCA1 et BRCA2 mais ne
paraissent pas impliquées dans la progression tumorale des cancers du sein sporadiques. Elles ont été
caractérisées chez les populations occidentales mais très peu chez les populations africaines. D’où le
besoin d'entreprendre une étude qui permettrait d'évaluer les caractéristiques épidémiologiques,
cliniques et pronostiques des sous-types moléculaires du cancer du sein dans une population
sénégalaise mais surtout d’identifier les mutations des gènes BRCA1 et BRCA2 impliqués dans les
formes familiales.
Les objectifs :
- De déterminer les caractéristiques épidémiologiques et cliniques du cancer du sein au Sénégal.
- D’identifier les mutations des gènes BRCA1, BRCA2 impliquées dans la prédisposition aux
formes familiales du cancer du sein au Sénégal.
- D’étudier la relation entre la variabilité des gènes BRCA et le pronostic du cancer du sein.
Population
Les patientes sont recrutées à l'Institut Joliot Curie de l'Université Cheikh Anta Diop de Dakar situé à
l’hôpital Aristide Le Dantec. Les patientes reçues dans ce département sont référées par des centres de
santé communautaires, des hôpitaux des arrondissements, des hôpitaux centraux et des cliniques
privées du Sénégal, mais aussi des pays voisins. Les cas de cancer du sein diagnostiqués par
l'évaluation clinique, la mammographie, l’échographie et confirmés par l’examen anatomo-
pathologique d’une biopsie, sont identifiés pour le projet et après approbation par un clinicien. Après
l’obtention du consentement éclairé, les patientes subissent une interview afin de recueillir des
informations relatives aux caractéristiques démographiques et aux antécédents médicaux et familiaux.
Un formulaire normalisé a été utilisé pour recueillir ces informations. Nous avons actuellement recruté
10 cas index ayant chacune des antécédents familiaux de cancer du sein. Pour celles-ci les arbres
généalogiques ont été réalisés et les membres de leur familles convoqués pour être inclus dans l’étude.
Chez chacune des patientes, recrutées un prélèvement de sang sur tube EDTA a été effectué.

Recherche de mutations dans les gènes BRCA
Cette recherche de mutation sera réalisée par PCR- séquençage de l’ensemble des gènes en
collaboration avec l'Institut Paoli Calmette de Marseille en 2 temps :
Dans un premier temps on recherchera une mutation des gènes BRCA1 et BRCA2 chez chaque cas
index recruté. Si une mutation est retrouvée, on procèdera dans un deuxième temps à sa recherche
chez les autres apparentées de la famille.
Les mutations retrouvées chez les différentes familles seront également recherchées chez des témoins
indemnes de tout cancer et chez des patientes atteintes de cancer du sein sporadique afin de confirmer
leur implication dans la prédisposition au cancer du sein au Sénégal.
Résultats préliminaires
Deux mutations ont été identifiées chez les 3 premières familles étudiées. Pour le gène BRCA1 il
s’agit d’une insertion de 10 nucléotides allant de 934 à 943 située dans l'exon 11. Cette mutation se
traduit sur la protéine par le remplacement d'une Thréonine par une Alanine à la position 276 et
conduisant à l'apparition d'un codon stop. Cette mutation est répertoriée dans les banques de mutation.
Pour le gène BRCA2 une nouvelle mutation a été identifiée dans l’exon11 à la position 5447 où une
thymine est remplacée par une Guanine. Cette substitution se traduit par l'apparition d'un codon stop et
n'est pas répertoriée dans les banques de mutations disponibles sur le gène BRCA2.
59 sur 142
Ces deux mutations identifiées chez les cas index ont été recherchées chez leurs apparentées saines
après consentement éclairé.
Pour la famille AB : La duplication du gène BRCA1 identifiée chez le cas index n'a pas été retrouvée
chez sa propre fille. Par contre elle a été retrouvée chez 3 nièces. Il s'agit de la fille de sa sœur et de 2
filles de son frère. Ce qui prouve que son frère a hérité de la mutation et l’a transmis à deux de ses
filles.
Pour la famille FY: la même duplication est identifiée chez le cas index, chez sa mère et chez une de
ses sœurs. Ce qui montre que c'est la mère qui l'aurait transmise à ces deux filles.
S'agissant de la famille AS la substitution sur le gène BRCA2 a été identifiée chez le cas index, chez 2
de ses sœurs, chez une de ses filles, et chez une de ses nièces. Ce qui serait en faveur de la
transmission de la mutation par la mère du cas index.
La ségrégation des mutations identifiées dans les 3 familles étudiées est en faveur de leur implication
dans la prédisposition génétique au cancer du sein. Nous sommes en train de génotyper ces mutations
chez 50 témoins indemnes de tout cancer et chez 100 patientes atteintes de cancer du sein sporadique.
Une fréquence faible ou nulle des mutations dans ces populations nous permettra de prouver leur
implication dans la prédisposition au cancer du sein familial au Sénégal.
L’identification des mutations des gènes BRCA va permettre aux patientes de bénéficier d’un
traitement adapté et d’un suivi médical afin de prévenir l'apparition d'un cancer bilatéral et ou de
l'ovaire. Pour les apparentées saines qui sont mutées, un suivi médical est assuré pour la prévention.
Cette prévention sera effective à travers la mise en place d’une consultation d’oncogénétique qui
proposera soit une chimio-prévention, soit une chirurgie préventive par la mastectomie. A défaut de
ses 2 possibilités, un suivi médical régulier par mammographie.
L’identification des mutations des gènes BRCA dans la population sénégalaise pourrait contribuer à
améliorer les stratégies de prévention et de prise en charge thérapeutique du cancer du sein. Ceci
permettrait de réduire les taux de morbidité et de mortalité liés à ce cancer qui est maintenant
considéré par le Ministère de la Santé comme un problème majeur de santé publique au Sénégal.
1.3.2. Impact de la chimiothérapie anticancéreuse sur l’activation des lymphocytes T dans le

cancer du sein
Investigateurs principaux : Dr Babacar Mbengue, Pr Alioune Dièye : Institut Pasteur de Dakar et
Université CA Diop de Dakar
Collaborations : Pr Ahmadou DEM, Service de Cancérologie, Hôpital Aristide Le Dantec : Pr
Ahmadou DEM
Contexte
Le cancer du sein reste le 2ème cancer dans le monde en termes de fréquence. Il constitue l’une des
principales causes de décès par cancer dans les pays les moins développés.
Au Sénégal, il est au 2ème rang des cancers gynécologiques et mammaires. Le rôle de la réponse
immunitaire dans le cancer du sein n’est pas entièrement connu mais certaines observations suggèrent
une influence de la chimiothérapie sur l’immunité. De nouvelles stratégies thérapeutiques combinant
la chimiothérapie et l’immunothérapie sont actuellement en cours d’étude (chimiothérapie vectorisée),
elles nécessitent cependant une meilleure connaissance des effets des anti-tumoraux sur le système
immunitaire.
Cette étude a eu pour but d’évaluer le profil d’activation lymphocytaire T chez les patientes atteintes
de cancer du sein et traitées avec l’association 5-Fluorouracil et Doxorubicine- Endoxane.
60 sur 142

L’étude a concerné 34 patientes d’âge moyen de 47 ans (24-78 ans) et 42 femmes témoins, indemnes
de toute tumeur, appariées sur l’âge. Un consentement libre et éclairé a été obtenu chez les patientes
ou leur famille ainsi que chez les femmes témoins avant toute inclusion.
Un prélèvement de sang fait sur tube EDTA avant les trois cures de chimiothérapie a servi à
l’isolement et le marquage des cellules mononuclées du sang par les Ac anti-CD3-PE, anti-CD4-APC,
anti-CD8-PerCP, anti-HLA-DR PerCP et anti-CD69-FITC pour évaluer par la cytométrie de flux, les
taux de LT activés.
Le cytométre en flux ayant permis l'acquisition de nos cellules étudiées est le FACS Calibur®. Il est
géré par le logiciel Cell Quest Pro®. Nous avons fixé le nombre d’évènements à 20 000 dans la zone
des lymphocytes sur le Dot Plot FSC/SSC. Les données ont été analysées par le logiciel FlowJo®
Version 10.0.6. Ce logiciel a permis d’abord la détermination des proportions des lymphocytes T et B
exprimant les marqueurs membranaires CD69, HLA-DR et Apo2.7.
Les analyses statistiques ont été faites avec le logiciel Statview5.1®: Significative si p<0,05.
Principaux résultats
Analyse de l’activation des lymphocytes T CD3+ : Comparaison des niveaux d’expression de CD69 et
de HLA-DR
L’analyse comparative des niveaux d’activation des cellules TCD3+ montre une augmentation
significative de l’expression des marqueurs CD69 et HLA-DR (p <0,001) chez les patientes par
rapport aux témoins (Figure 4).
Au cours du traitement, une hausse significative de l’expression du marqueur CD69 a été observée à la
surface des lymphocytes T des patientes après la première cure de chimiothérapie (p = 0,019); aucune
variation significative n’est par contre apparue à la suite de la seconde cure de chimiothérapie bien que
les résultats aient montré une tendance vers l’élévation des taux de cellules CD3+CD69+ (p = 0,068)
(Figure 4a).
Concernant le marqueur HLA-DR, son expression à la surface des cellules CD3+ diminue après la
première et la deuxième cure de chimiothérapie, cependant cette baisse n’est pas significative du point
de vue statistique.
p = 0,068
19 p = 0,019 19
p = 0,346
p = 0,322
16,5 16,5
14 14
CD3+HLA‐DR+ (%)
CD3+CD69+ (%)
p < 0,001 p < 0,0001

11,5 11,5
9 9
6,5 6,5
4 4
1,5 1,5
0 0
Témoins P1 P2 P3 Témoins P1 P2 P3
Patientes avec cancer du sein Patientes avec cancer du sein
Figure 4: Variations des niveaux d’activation des lymphocytes TCD3+CD69+ (a) et TCD3+HLA-
DR+ (b) chez les patientes et les témoins
61 sur 142
Comparaison des niveaux d’expression de CD69 par TCD4+ et TCD8+

Il s’agit d’une analyse comparative du niveau d’expression du marqueur membranaire CD69 des
lymphocytes T CD3+CD4+ et CD3+CD4+ (Figure 5).
Après la première cure, on note une augmentation significative de l’expression du marqueur CD69 à la
surface des lymphocytes T CD3+CD4+ (p =0,021) et la deuxième cure de chimiothérapie laisse
cependant apparaitre un plateau (Figure 5 a).
Pour les lymphocytes T CD3+CD8+, nos résultats montrent une forte expression de CD69 chez les
patientes avant le traitement par rapport aux témoins (p <0,001) et une augmentation significative
après la première cure de chimiothérapie (p = 0,023). Aucune variation statistiquement significative
n’a été décelée après la deuxième séance de traitement (Figure 5b).
(a) (b)
5 8
p = 0,947
p=0,947 p=0,910
p = 0,910
7 p=0,023
4 p=0,021 p = 0,023
(%)
p = 0,021
(%)(%)
6
(%)
p<0,001
+ +
p=0,179 p < 0,001
+ +
CD69
p = 0,179
+CD69
CD4++CD69
3 5
CD8+CD69
CD3++CD4
4
CD3++CD8
2
CD3
3
CD3
1 2
1
0
0
Témoins P1 P2 P3 P1 P2 P3
Témoins Témoins
Témoins
Patientes atteintes de cancer
Patientes atteintes de Patientes atteintes de cancer
Patientes atteintes de
cancer du sein
du sein cancer du sein
du sein
Figure 5 : Variations des niveaux d’activation des sous-populations lymphocytaires TCD4+ (a) et
TCD8+CD69+ (b)
Corrélations entre les niveaux d’expressions de CD69 par les lymphocytes T et leurs deux sous
populations
En utilisant le test de corrélation des rangs de Spearman, nous avons recherché l’existence de
probables relations entre l’expression de la molécule CD69 par les lymphocytes TCD3+ et celles de
deux principales sous populations lymphocytaires T : CD4+ et CD8+. L’objectif de cette analyse a été
de déterminer parmi les deux sous-populations, celle qui participait plus à l’activation des cellules T
CD3+ considérées de manière globale. L’analyse ayant porté sur échantillons de cellules obtenus chez
les femmes témoins ainsi que ceux provenant des patientes avant et au cours du traitement. Elle nous
montre des corrélations positives entre les populations de cellules T CD3+CD4+CD69+ et de
lymphocytes TCD3+CD8+CD69+ chez les femmes saines (p < 0,001 ; r = 0,54) et chez les patientes
seulement après la première cure de chimiothérapie entre les pourcentages de cellules T CD8+CD69+
et de lymphocytes TCD3+CD69+ (p = 0,017; r = 0,53). Aucune corrélation n’a été notée chez les
patientes présentant le cancer avant le traitement et après la deuxième cure de chimiothérapie (Tableau
I).
62 sur 142
Tableau 8 : Corrélations entre les niveaux d’expression de CD69+ par les sous classes de cellules T
Femmes témoins P1 ‐ Patientes avant traitement

CD3CD69 CD3CD4CD69 CD3CD69 CD3CD4CD69
r = 0,09 r = ‐0,16
CD3CD4CD69 CD3CD4CD69
p = 0,541 p = 0,343
r = ‐0,5 r = 0,54 r = 0,15 r = 0,44
p = 0,708 p = 0,0005 p = 0,387 p = 0,103
P2 ‐ Patientes après premier cycle P3 ‐ Patientes après deuxième cycle

CD3CD69 CD3CD4CD69 CD3CD69 CD3CD4CD69
r = 0,10 r = 0,38
p = 0,657 p = 0,152
r = 0,27 r = 0,53 r = 0,44 r = 0,2
p = 0,231 p = 0,017 p = 0,072 p = 0,446
Test des rangs de Spearman avec r = coefficient de corrélation / p = probabilité

Conclusion et perspectives :
Nos résultats montrent une augmentation de l’activation lymphocytaire avec le traitement. Toutefois, il
convient d’évaluer le niveau apoptotique et la production cytokinique des lymphocytes.
1.3.3. Evaluation de l’activation et de l’apoptose des lymphocytes T et B sanguins dans le cancer

du col utérin : impact de la chimiothérapie anticancéreuse
Investigateurs principaux : Dr Babacar Mbengue, Pr Alioune Dièye : Institut Pasteur de Dakar et
Université CA Diop de Dakar
Collaborations : Pr Ahmadou DEM Service de Cancérologie, Hôpital Aristide Le Dantec
Le cancer du col de l'utérus est une prolifération maligne des cellules épithéliales cervicales chez la
femme. C'est un véritable problème de santé publique en Afrique subsaharienne et sa prise en charge y
demeure encore difficile. La chimiothérapie est un des moyens thérapeutiques et ses effets sur la
réponse immunitaire ont été rarement rapportés. Une maîtrise de ces effets s’avère nécessaire face à
l’essor de stratégies comme la chimiothérapie vectorisée.
Objectif : le but de ce travail était d’évaluer l’impact de la chimiothérapie Cisplatine-5-Fluor-Uracile
sur le phénotype lymphocytaire de patientes suivies à l’Institut Curie.
L'étude a concerné 35 patientes et 42 femmes saines. Les niveaux d'activation précoce (CD69+) ou
tardive (HLA-DR+) et d’apoptose (Apo 2.7+) ont été évalués par cytométrie en flux, pour les cellules T
et B sanguins, avant et au cours de trois séances de chimiothérapie. Les données ont été analysées avec
Flow jo® et Statview®.
Principaux résultats
Activation des lymphocytes T et des sous populations T
Les niveaux d’activation sont significativement plus élevés pour l’expression des molécules HLA-DR
chez les patientes avant le traitement (figure 6b).
63 sur 142
Activation précoce Activation tardive

(a) p = 0,451 (b) p = 0,593
11 11
p = 0,206
p = 0,010
p = 0,275 p < 0,001

9 9
CD3+CD69+ (%)
CD3+HLA‐DR+ (%)
7 7
5 5
3 3
1 1
0 0
Témoins P1 P2 P3 Témoins P1 P2 P3
Patientes avec cancer du col Patientes avec cancer du col
Figure 6 : Variation des niveaux d’activation des lymphocytes T chez les témoins et chez les patientes
Les LTCD4 et TCD8 varient significativement entre les témoins et les patients avant le traitement
(p<0,001) (figure 7).
Figure 7 : Variation des niveaux d’activation des lymphocytes TCD4 (2a) et TCD8 (2b) chez les
témoins et chez les patientes
Activation des lymphocytes B

Les taux de lymphocytes B sont plus élevés chez les patientes et augmentent après la première cure
(figure 8).
64 sur 142
Figure 8 : Variation des niveaux d’activation des lymphocytes B chez les témoins et chez les patientes
Apoptose des LT et des LB

Une hausse des taux de lymphocytes T et B apoptotiques a été observée pendant le traitement avec un
changement plus marqué juste après la première cure (p<0,05). Les proportions de cellules
apoptotiques étaient positivement corrélées avec l’expression de CD69 au cours du traitement.
Contrairement à l’activation précoce, l’activation tardive des lymphocytes T CD3+ diminuait pendant
le traitement.
Figure 9: Niveaux d’apoptose des lymphocytes T (a) et B (b).
Conclusion et perspectives
Ce travail a montré l’existence d’effets indirects de la chimiothérapie anticancéreuse sur le phénotype
des cellules T et B sanguins, 21 jours après la prise du médicament. Nos résultats confirment
l'interrelation entre l’hyper-activation et l’apoptose lymphocytaires dans le cancer du col utérin et
consolident la nécessité d’une amélioration des médicaments anticancéreux disponibles avant leur
utilisation en chimiothérapie vectorisée.
65 sur 142
3. Missions scientifiques, atelier et congrès
Participation à des réunions scientifiques :

Alioune DIEYE
- Conférence sur la qualité de l’enseignement supérieur dans l’espace francophone, Bruxelles,
Belgique
- Symposium sur la méthodologie de la recherche et gouvernance & défis d’EDCTP,
Brazzaville, République du Congo, les 22-23 Octobre 2014 (Organisation et conférence)
- Lancement du programme EDTCP, Cape Town, Afrique du Sud, 2 décembre 2014.
- Réunion de l’Assemblée Générale du programme EDTCP, Cape Town, Afrique du Sud, du
1er décembre 2014.
- Représentant l’Administrateur Général de l’IPD dans le cadre de l’épidémie EBOLA,
Ministère de la santé et l’action sociale, Matam, août 2014
- Assemblée Générale de EDCTP, La Haye, Pays Bas, les 10 et 11 mai 2014,
4. Financements obtenus
- Budget : 45 050 USD Financement : Grant Clayton Dedonder
- Début Projet : Octobre 2014 ; durée : 2 ans
5. Perspectives
L’année 2014 a vu les activités de l’Unité d’Immunogénétique se développer en se diversifiant grâce
l’exécution de projets de recherche financés par des fonds extérieurs.
Les concours de personnel enseignants-chercheurs de l’UCAD, les étudiants en thèse d’exercice ou en
masters et les collaborations établies ont été décisifs dans le déroulement de ses activités.
66 sur 142
Unité d’épidémiologie des maladies infectieuses
Responsable scientifique : Vincent Richard, MD, MPH, HDR

Collaborateur scientifique : Emmanuelle Espié, Med. Vet., MPH, PhD (fin de contrat février 2014)
Collaborateurs techniques statutaires :
Fatoumata Diene Sarr, Cadre Administratif et Technique, MD, MPH
Joseph Faye, Technicien supérieur
Abdoulaye Badiane, Infirmier
Gaoussou Diakhaby, Aide laboratoire
Collaborateurs techniques contractuels :
Marie-Louise Senghor, infirmière, monitrice d'étude clinique
Alpha Oumar Diallo, biostatisticien, agent de recherche clinique (fin de contrat février 2014)
Diamilatou Thiam, médecin, monitrice d'étude clinique

Virologie médicale (Niang B, Dia N, Ndaye K), Arbovirologie (Sall A, Faye O), Immunologie (Touré
A, Perraut R), Centre medical (Diallo K), LAM (Bercion R), Entomologie (Dia I), Bactériologie
expérimentale (Gassama A)
Nationale
Ministère de la santé et de l'action sociale (Ba Ibrahim Omar), Bureau OMS Pays (Dr Malang Coly)
Internationale
Institut Pasteur de Madagascar (Heraud JM, Randremanana R), Institut Pasteur de Bangui (Nakouné
E), Centre Pasteur du Cameroun (Njouom R), RIIP (Victoir K).
67 sur 142
Autre I.Pasteur
Immuno genet.
Virologie Méd.
I.Pasteur Paris
Financements
C. med, CTA
Bacterio Exp
Entomologie
Arbov, Rgae
Immuno
LAM
ACF
IRD
Paludisme
Dielmo et Ndiop X X X X IPD, IRD
Rage
Observance X X IPD
Inf Resp

Virales
Réseau 4S X X DHHS
Diagnostic des fièvres
à Dielmo /Ndiop
X DHHS
Mal.

entériques
Portage BLSE Porcs X IPD
Infection des
Jeunes
enfants
BIRDY/NAFY X X X X TOTAL
Malnutrition
Malinea X X X X X MAEE
Introduction
L'unité d'épidémiologie de l'Institut Pasteur de Dakar se caractérise par la grande diversité des
programmes qu'elle développe soit en qualité d'unité leader soit en qualité de collaborateur d'autres
unités. Elle offre à travers les programmes qu'elle mène aujourd'hui des plateformes (Dielmo et Ndiop,
Réseau 4S, Programme BIRDY/NAFY) sur lesquelles les autres unités ont la possibilité de se
positionner pour réaliser des activités de recherche.
La transversalité qui a été développée ces
dernières années place l'unité au cœur du
dispositif de recherche de l'Institut Pasteur
de Dakar. Elle doit cependant poursuivre
son évolution afin d'offrir des services de
qualité qui permettront d'ouvrir des
perspectives de financement dans le
domaine des essais cliniques.
68 sur 142
1.1. Surveillance syndromique au Sénégal : le réseau 4S
Investigateur principal : Richard Vincent
Collaborateurs : Fatoumata Diene Sarr, Mbayame Niang, Ndongo Dia, Ibrahim Omar Ba (Ministère
de la santé et de l'action sociale), Malang Coly (OMS pays).
Financement: Ministère de la Santé des USA (DHHS)
Le renforcement des activités de surveillance de
la grippe au Sénégal a conduit l'IPD à
2014
développer en partenariat avec le Ministère de la
santé depuis mars 2012, un réseau de
surveillance basé sur le principe de la
surveillance sentinelle visant non seulement les
syndromes grippaux mais également élargi à
d'autres syndromes en relation avec de possibles
pathologies à potentiel épidémique. La
caractéristique originale de ce système de
surveillance repose sur l'envoi quotidien
d'information par SMS, données qui sont entrées
et analysées également chaque jour par les
personnels de l'unité d'épidémiologie. Cette activité de surveillance se fait au bénéfice du Ministère de
la santé, mais permet aussi de montrer la nécessité dans les pays où les capacités diagnostiques sont
limitées de mettre en œuvre à moindre frais un système de surveillance pouvant s'approcher au mieux
de la surveillance en temps réel, et pouvant améliorer la réactivité vis-à-vis des risques épidémiques
liés aux maladies transmissibles. Appuyé par un financement du Ministère de la santé américain
(DHHS), ce réseau s’est appuyé sur la dynamique mise en place dans le cadre de la surveillance de la
grippe depuis 1996.
La surveillance sentinelle s’appuie sur des centres de santé de base, des définitions de cas bien
codifiées, reprenant les recommandations de l'OMS en matière de surveillance.
Les cas de morsures ont été inclus dans les pathologies surveillées pour essayer de documenter à
l'échelon national le risqué lié aux morsures d'animaux ; en 2014, 7 sites sentinelles ont rapporté des
morsures de chien (n=11).
Le réseau 4S ne cherche pas à se substituer au système de surveillance de routine déjà en place, mais
se présente comme un outil supplémentaire dont s’est doté le ministère pour identifier plus
précocement le risque épidémique et y apporter une réponse plus rapide.
Ce programme apporte aussi une information sur la part du paludisme dans la consultation fébrile. Le
programme national de lutte contre le paludisme a apporté son soutien avec la dotation pour 2014 d'un
69 sur 142
stock de test de diagnostic rapide afin de permettre la réalisation de tests systématiques pour chaque
cas de fièvre, mais seules 30% des cas fébriles ont bénéficié d'un test rapide paludisme (n=10163) et
1913 cas de paludisme ont été confirmés contre 4164 en 2013.
Ce réseau est opérationnel dans le cadre du réseau de surveillance de la grippe et des virus
respiratoires, avec possibilité d’effectuer des prélèvements à la demande en cas d'apparition de cas
graves dans les régions du pays couvertes par le réseau. Il a permis en 2014 de mettre en exergue le
rôle des virus grippaux dans la symptomatologie respiratoire au Sénégal notamment en Août.
1.2. Paludisme
Plateformes de Dielmo et Ndiop
Investigateur principal : Richard Vincent
Collaborations : Aïssatou Touré, Ronald Perraut, Jean-François Trape (IRD), Cheikh Sokhna (IRD)
Financement : Institut Pasteur de Dakar, IRD, Rotary
Les plateformes de Dielmo et Ndiop qui ont été mises en place respectivement en 1990 et 1993 ont
pour objectif d'étudier l'histoire naturelle du paludisme.
L'étude de cohorte dynamique menée sur ces deux villages, ayant à l'origine un niveau d'endémicité
palustre différent, est basée sur un suivi quotidien des habitants et des événements pathologiques
survenant chez ces populations, un suivi systématique d'indicateurs palustres (parasitologique,
immunologique, entomologique).
Durant toute l’année 2014, les cas de paludisme ont connu une nette diminution à Ndiop comparée aux
données de l'année précédente : 62 cas à Dielmo (19% des syndromes fébriles) vs 57 cas (20% des
syndromes fébriles) et 39 cas à Ndiop (24% des syndromes fébriles) vs 85 cas en 2013 (29% des
syndromes fébriles) et cependant, l'incidence est loin de connaître les pics historiques du début du
programme (près de 1200 cas annuels).
La conséquence de l’utilisation massive de moyens de lutte contre le vecteur et du traitement
systématique et précoce des accès palustres est une baisse générale de l'incidence de la maladie du
niveau de l’immunité acquise dans ces 2 villages.
Figure 1 : Taux d'incidence des syndromes fébriles et des cas de paludisme à Dielmo en 2012 et 2013
en fonction des tranches d'âge.
70 sur 142
Figure 2 : Taux d'incidence des syndromes fébriles et des cas de paludisme à Ndiop en 2012 et 2013
en fonction des tranches d'âge.
Les données immunologiques récentes et en cours d'exploitation montrent que le profil

épidémiologique de Dielmo semble aujourd'hui se rapprocher de celui de Ndiop avec des réponses
sérologiques identiques dans chacun des villages et dans chacune des classes d'âge considérées.
Dans un contexte de pré-élimination, la plateforme de Dielmo et Ndiop devrait permettre de
comprendre les raisons de la persistance d'accès palustre dans une partie de la population alors que les
mesures de prévention et de prise en charge sont identiques chez tous les habitants de ces deux
villages.
Les sites de Dielmo et Ndiop participent également au réseau de surveillance sentinelle 4S et dans ce
cadre bénéficient d'un renforcement de la surveillance avec des données journalières sur le paludisme
mais aussi des syndromes en rapport avec des syndromes fébriles et/ ou diarrhéiques.
71 sur 142
1.3 Les infections respiratoires

Le réseau 4S
Avec près de 17 millions de victimes par an sur un total de 57 millions en rapport avec des maladies
infectieuses, l’Afrique est de loin le continent qui paie le prix le plus important.
Les infections respiratoires aigues sont l’une dse deux principales causes de mortalité parmi les
enfants de moins de 5 ans. Sur cette thématique, les champs de recherche ont souvent concerné la
tuberculose. Mais depuis ces dernières années, les virus respiratoires sont pris en compte avec le
développement de programmes de surveillance et de recherche notamment avec la récente pandémie
liée au virus A(H1N1).
Si l’épidémiologie des virus grippaux est bien documentée dans les pays industrialisés, la grippe a
longtemps été laissée pour compte dans les pays en voie de développement où toute fièvre était alors
considérée comme paludisme. Le fardeau mondial de la grippe influenza A et B sur la morbidité, la
mortalité et l’économie est considérable, avec une estimation de près de 1 million de décès annuels
dans le monde entier survenant essentiellement aux âges extrêmes. La grippe influenza A classée en
deux sous type AH3N2 et AH1N1 est généralement plus répandue et conduit à une plus grande
mortalité chez les humains, alors que la grippe influenza B est source d’une morbidité plus importante.
Le risque pandémique du virus aviaire H5N1 et plus récemment du virus H1N1 pandémique ont fait
resurgir le spectre de la grippe, souvent considérée par les populations comme une maladie courante.
Le réseau 4S décrit précédemment prend en compte la dimension surveillance des infections par les
virus grippaux, mais il ne permet pas aujourd'hui de répondre à l'ensemble des questions qui se posent
pour l'établissement de recommandations vis-à-vis de la vaccination.
Etudes des infections respiratoires d'origine virale à Dielmo et Ndiop

Investigateur Principal : Richard Vincent
Collaborateurs: Mbayame Niang, Ndongo Dia
Financement: DHHS
La surveillance clinique menée depuis des années dans les villages de Dielmo et Ndiop a été renforcée
par une surveillance virologique systématique ciblant tous les cas de syndromes fébriles.
Depuis 2012, deux écouvillons naso-pharyngés et des échantillons de sang ont été prélevés chez
chaque patient fébrile (température > = 38 ° C). Un cas de syndrome grippal (SG) a été défini par un
patient fébrile avec toux ou maux de gorge. Les écouvillons ont été testés pour la détection de 16 virus
respiratoires en temps réel RT –PCR.
Du 1er janvier 2012 au 31 Décembre 2013, un total de 7068 consultations médicales ont été effectuées
et 1129 cas de syndrome avec fièvre (16%) ont été déclarés : 586 (52%) à Dielmo, 543 (48%) à Ndiop.
Le taux d'incidence des fièvres était de 78 pour 100 personnes*années. Les syndromes grippaux
représentaient 58% de la part des syndromes fébriles à Dielmo (n=341) et 47% à Ndiop (n=257).
72 sur 142
Figure 3 : Taux d'incidence des syndromes fébriles, des syndromes grippaux et des infections
grippales à Dielmo et Ndiop en 2012 et 2013.
Un total de 949 échantillons de prélèvements (84%) a été recueilli parmi tous les patients fébriles.
Parmi ces échantillons, 310 (63,8 %) étaient positifs. Le taux d'incidence annuelle global des
infections grippales était de 19 pour 100 personnes*année.
Au total, 1154 virus ont été identifiés : 268 rhinovirus (23%), 238 entérovirus (20%), 217 adénovirus
(19%), 158 virus influenza A (14%), 87 virus influenza B (7%) , 49 virus respiratoires syncytiaux
(4%), 39 bocavirus (3%), 27 coronavirus (2%), 26 métapneumovirus (2% ).
Parmi les 531 patients fébriles et qui ne présentaient pas de syndrome grippal, il a été retrouvé 481
virus respiratoires. Ainsi, en ne prélevant que les patients présentant des syndromes grippaux, on
aurait ignoré 35% des infections symptomatiques à virus influenza A, 20% des infections à virus
influenza B et près de 50% des infections liées à un rhinovirus, un entérovirus ou un adénovirus.
La circulation des virus respiratoires est bien documentée au travers de cette étude. Toutefois, pour
mesurer l’impact de ces virus, il faudrait étendre l'identification parmi les habitants sains par une étude
sérologique. À cet égard, la cohorte est un outil intéressant pour documenter l'épidémiologie des
infections virales respiratoires.
1.4 La Rage : étude des facteurs de non observance de la prophylaxie post exposition au
centre de traitement antirabique de l'IPD
Investigateur principal: Emmanuelle Espié, relayée par Vincent Richard en février 2014
Collaborateurs : Ousmane Faye, M. Korka Diallo
Financement: Institut Pasteur de Dakar
Contexte : Au Sénégal, la prophylaxie antirabique post-exposition administrée au Centre de traitement
antirabique de l’Institut Pasteur de Dakar correspond à un protocole de 4 doses au total : deux doses à
J0, une dose à J7 et une dose à J21. Or en 2011, le Centre de traitement antirabique de l’Institut
Pasteur de Dakar a reçu 875 cas humains d’exposition à la rage, mais n'a seulement administré que
2803 doses sur les 3500 attendus, si le protocole complet avait été respecté. Ces chiffres laissent donc
supposer qu’un certain nombre de patients n’a pas reçu le traitement complet et donc une prise en
charge correcte et efficace.
73 sur 142
L’objectif principal de l’étude est d'étudier les facteurs en lien avec la non-observance de la
prophylaxie post-exposition suite à une morsure au centre de traitement antirabique de l'IPD en
décrivant les conditions de mise en œuvre et de suivi d’une prophylaxie antirabique post-exposition
chez les personnes qui ont été mordues et de ce fait potentiellement exposées au virus de la rage.
Résultat
Cette étude s'est déroulée au Centre antirabique de l’Institut Pasteur de Dakar et a permis de décrire les
conditions de mise en œuvre et de suivi d’une prophylaxie antirabique post-exposition chez des
personnes qui ont été mordues par un animal potentiellement infecté.
De mars 2013 à avril 2014, parmi les patients vus en consultation suite à une morsure, 959 ont été
inclus dans l'étude. Concernant la prophylaxie post exposition, 54% des patients ont suivi un schéma
complet, 39% un schéma incomplet et 7% aucune prophylaxie post exposition.
Parmi les animaux incriminés, les chiens représentaient la part la plus importante, 88% et 36% d'entre
eux étaient des chiens errants.
Les facteurs économiques sont ressortis comme des facteurs limitant l'accès à la prophylaxie post
exposition.
Cette étude vient en appui aux activités de surveillance épidémiologique de la rage chez l’homme au
Sénégal et ses résultats devraient permettre d'appuyer le plaidoyer pour une prise en charge des cas,
car l'accessibilité financière semble être le principal frein à une bonne observance de la prophylaxie
post exposition.
1.5. Infections des nouveau-nés et nourrissons : projet BIRDY/NAFY

Investigateur principal: Pr Didier Guillemet (IPP)
Collaborateurs : Dr Vincent Richard (IPD), Mme Awa NDIR (IPD).
Financement : Fondation Total
Contexte : Alors que la résistance aux antibiotiques augmente le risque de mortalité associée à de
nombreuses infections bactériennes, et se présente de ce fait comme un déterminant majeur pour la
prise en charge des infections, le nombre d'études portant sur les profils de résistance des bactéries à
l’origine d’infections chez les jeunes enfants dans les pays en développement reste limité et ne permet
pas d'orienter les politiques de santé sur ce domaine de santé prioritaire.
Les objectifs du projet BIRDY/NAFY sont (i) d'estimer l’incidence des infections bactériennes
résistantes aux antibiotiques : infection néonatale (<28 jours de vie), infections du nourrisson et de
l’enfant (28 jours à <2ans) (ii) de décrire les profils de résistance des pathogènes responsables de ces
infections, (iii) d'identifier les facteurs de risque d'acquisition des bactéries multirésistantes chez les
nouveau-nés et les jeunes enfants.
Méthodes
Il s’agit d’une étude de cohorte dynamique, incluant des nouveau-nés à la naissance avec un suivi
jusqu’à l’âge de 12 mois. L'étude sera menée sur deux sites, l'un urbain et l'autre rural, et dans chacun
des sites le protocole prévoit d'inclure 300 naissances vivantes. L'identification des naissances se fait
en amont de l’accouchement lors du suivi de grossesse des femmes enceintes, phase de pré-inclusion
pour cette étude.
Résultats préliminaires
En 2014, les activités de démarrage du projet ont concerné le site urbain de Guédiawaye dans la
banlieue de Dakar.
Formation des sages femmes
En termes de formation, 60 sages femmes travaillant dans les structures de santé de Guédiawaye
participants à l’étude ont été formés aux techniques de prélèvements biologiques à réaliser dans le
74 sur 142
cadre de l’étude. La formation a comporté un volet théorique et un stage pratique au laboratoire

d’analyse biomédicale de l’Institut Pasteur de Dakar.
Identification des femmes enceintes

L'identification des femmes enceintes résidant sur le site de l’étude a été réalisée par le réseau
communautaire des Badjenu Gox (marraines) et à partir du registre des consultations prénatales des
structures de santé du département de Guédiawaye. Deux sessions de recensement des femmes
enceintes résidant dans le quartier retenu pour l'étude ont été réalisées en juillet et octobre 2014 (porte
à porte). Les femmes enceintes ont été par la suite pré-incluses dans l’étude à partir du 3ième trimestre
de la grossesse. Des réunions de présentation du projet ont été réalisées et suivies d’un rendez vous à
domicile pour recueillir leur consentement éclairé.
Suivi des femmes enceintes jusqu’à l’accouchement

Dans le cadre du projet, un prélèvement vaginal est réalisé entre la 34i et la 38i SA pour rechercher un
éventuel portage de Streptocoque B chez la femme enceinte, portage potentiellement source
d’infection chez le nouveau-né à la naissance. Il est également prévu pour les femmes pré-incluses
dans le projet d’effectuer le rattrapage lors de la pré-inclusion des examens du bilan standard
recommandé par le Ministère de la santé. En 2014, 10 femmes ont été reçues au laboratoire d’analyses
biologiques de l’IPD pour effectuer le prélèvement vaginal et les examens complémentaires.
Inclusion et suivi des enfants

Nombre d’enfants inclus en 2014 : 18.
Seuls deux épisodes de maladies ont été reportés en 2014 (sans suspicion d’infection).
1.6 - Thématique portant sur la Malnutrition

Investigateur Principal: Richard Vincent
Collaborateurs : Raymond Bercion, Amy Gassama, Pr Sarr (IPS), Dr Diallo (IPS), Yann Dutertre
(ACF), Ronan Jambou (IPP), Muriel Vray (IPP)
Financement : MAEE (Fonds de Solidarité Prioritaire) - 300.000€ sur deux ans
Pour mieux comprendre les facteurs d'évolution de la malnutrition aiguë modérée, ce projet à pour
objectif, grâce à la multidisciplinarité des partenaires réunis, de poser des questions claires sur les liens
avec l’écologie microbienne du tube digestif et la malnutrition. Il proposera au travers d'un essai
clinique, d’améliorer la prise en charge en validant de nouvelles stratégies incluant la modification de
la flore intestinale, par l'ajout de probiotiques à la prise en charge habituelle.
L’intérêt de ce projet est de créer une plateforme de recherche-action incluant des institutions très
différentes comme ACF, le GRET, le réseau des Instituts Pasteur et les acteurs de santé nationaux,
pour formaliser un groupe de travail qui poursuivra ses travaux au-delà de ce projet en s'appuyant sur
les résultats obtenus pour rechercher des financements auprès d’autres bailleurs de fonds. A moyen
terme, la plateforme du Sénégal conduira à développer des questions sur l’impact neuropsychologique
de l’alimentation, qui intéresse aussi les pays industrialisés, et qui va permettre d’établir des ponts
entre les équipes du nord et du sud et développer des interactions pour poser des questions communes,
dépassant largement les seuls projets sur la malnutrition au Sud.
Le financement a été obtenu en juin 2014 et a donné lieu à une première réunion de cadrage inter-pays
et inter-institution en septembre 2014. Le protocole de l'étude multicentrique a été discuté au cours des
derniers mois de l'année 2014 et du premier trimestre 2015.
75 sur 142
2. Financements obtenus
Formation à l'utilisation du logiciel R, RIIP, Année 2014
- Organisateur : Vincent Richard
Réseau de surveillance des infections respiratoires, DHHS, Années 2011-2014
- Principal investigateur : Vincent Richard
Projet BIRDY/NAFY : infections des jeunes enfants, Fondation TOTAL, Années 2014-2015.
- Principal investigateur : Vincent Richard
Projet MALINEA – Malnutrition
- Financement: MAEE (Fonds de Solidarité Prioritaire), 2015 -2016.
3. Perspectives
Parmi les perspectives de l’UEM, il faut noter le départ en août 2015 du Dr Vincent RICHARD actuel
responsable de l’Unité et la réponse à l’appel d’offres EDTCP sur les essais cliniques en juin 2015.
76 sur 142
Unité d’entomologie médicale
Responsable : Dr Mawlouth Diallo, Chef de laboratoire, PhD

Scientifiques : Dr Yamar Ba, Chargé de recherche, PhD
Dr Ibrahima Dia, Chargé de recherche, PhD
Dr Diawo Diallo, Assistant de recherche, PhD
Personnels techniques de l’Unité
Agent Technique : Mr Amadou Thiaw
Agent de laboratoire 1ère Classe : Mr Abdou Karim Bodian
Agent de laboratoire Adjoint et manœuvre spécialisé : Mr Maodo Malick Manga

- Unité des arbovirus et virus de fièvres hémorragiques : Dr Sall AA, Dr Faye O, Dr Faye O,
Dr Drame GF.
- Unité d’Immunologie : Dr Touré A, Dr Niang M
Nationales
- Laboratoire d’Écologie Vectorielle et Parasitaire, Département de Biologie Animale.
Université de Cheikh Anta Diop de Dakar (LEVP-UCAD) : Dr Konaté L, Pr Faye O.
- Centre de Suivi Ecologique (CSE) : Dr Ndione JA, Dr Faye A, Mr Ba T.
- Laboratoire Physique de l’Atmosphère et de l’Océan – Siméon Fongang (LPAO-SF-UCAD) :
Pr Gaye T, Dr Dème A, Dr Kébé CMF
- UFR Sciences Appliquées et Technologie, Université Gaston Berger de Saint Louis (UGB) :
Pr Diop A.
- Centre de Gestion et de Biologie des Populations (CBGP), Institut de Recherche pour le
Développement (IRD) : Dr Granjon L, Mr Ba K
- Service de Lutte Anti Parasitaire (SLAP) : Dr Sy N.
- Progamme National de Lutte contre le Paludisme (PNLP) :Dr Ba M, Dr Cisse M, Dr Ba-Fall F
- Ministère de l’élevage, Direction des Services Vétérinaires (DSV) : Dr Sall B, Dr Ndiaye Y.
Internationales
France
- Institut Pasteur à Paris : Dr Failloux AB, Dr Choumet V, Dr Vernick et Dr Eiglmeier
- Centre de Gestion et de Biologie des Populations (CBGP), Institut de Recherche pour le
Développement (IRD), Montpellier France : Dr Duplantier JM,
- IRD- Université Strasbourg : Dr Handschumacher P
- Centre National d’Etudes Spatiales (CNES), Service Applications et Valorisation: Dr Lafaye
M, Dr Vignolles C
- Association Reflets : Mme Gauthier H
- Météo-France : Dr Tourre Y
77 sur 142
USA
- Institute for Human Infections and Immunity, Center for Biodefense and Emerging Infectious
Diseases, and Department of Pathology, University of Texas, Medical Branch of Galveston
(UTMB): Pr Weaver SC, Dr Chen R, Dr Guerbois M
- University of Texas, El Paso, Texas : Dr Watts D
- USA New Mexico State University, Las Cruces, New Mexico : Dr Hanley K, Dr Buenemann
M, Benefit B
- Department of Epidemiology, Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health, Baltimore :
Dr Althouse B, Dr Cummings D
- CDC, Fort Collins : Dr Stepler E
- CDC Atlanta : Dotson E
Grande Bretagne
- Imperial College, Londres : Pr Andrea Crisanti
- University of Liverpool : Dr Andy Morse
- Université de Glasgow : Dr Alain Kohl
OMS, Suisse, Genève

- Dr Sergio Y, Dr Perea W.
Uruguay
- Institut Pasteur de Montevideo : Batthyany C, Duran R
Italie
- Institut Supérieur de la santé de Rome : Dr Roberto Romi
- Institut Pasteur-Fondation Cenci-Bolognetti : Dr Scagnolari Carolina
Introduction
L’unité d’entomologie médicale (UEM) partage ses activités entre recherche, activités d’expertise,
activités d’enseignement et d’appui technique. Les deux «pôles» qui la composent développent des
activités :
- de recherche sur les vecteurs des maladies d’intérêt médical et vétérinaire au Sénégal et en
Afrique notamment sur la transmission vectorielle du paludisme et l’écologie des vecteurs
d’arbovirus principalement les virus de la fièvre jaune, de la dengue 2, de la fièvre de la vallée
du Rift et autres arbovirus ayant un intérêt médico-vétérinaire réel ou potentiel.
- de service et de Santé publique en appuyant les autorités Sanitaires du Sénégal et des pays de
la sous-région, en partenariat avec les organismes internationaux, dans l’investigation et le
contrôle des épidémies,
- iii) et de formation par l’organisation ou la participation à des enseignements, l’accueil
d’étudiants ou de stagiaires.
En 2014, le personnel de l’unité était composé de : 4 scientifiques, un agent technique de laboratoire,

2 manœuvres en charge respectivement de l’animalerie et de l’entretien des locaux et 6 doctorants.
78 sur 142
1.1. « SANTé, INEgalités, viLLES : une approche comparative des constructions socio
territoriales des inégalités de santé dans des villes secondaires d’Afrique de
l’Ouest, Bobo Dioulasso (Burkina Faso) et Saint-Louis du Sénégal) ».
Investigateur Principal : Florence Fournet (IRD)
Collaboration : Diallo M, Ba Y, Dia I, Diallo D, (UEM-IPD), Salem G (Institut de Recherche pour le
Développement (MIVEGEC)), Sall AA (UAVFH-IPD)
Il s’agit d’un projet pluridisciplinaire qui a pour objectif global de donner un triple éclairage sur les
inégalités de santé dans deux villes moyennes, Bobo-Dioulasso (Burkina Faso) et Saint-Louis du
Sénégal (inégalités d’exposition, inégalités socio-spatiales d’états de santé et inégalités de satisfaction
des besoins de soins). La confrontation de ces éclairages sur les deux sites permettra de mieux évaluer
les liens entre risques, vulnérabilités et inégalités et de comprendre les constructions socio-territoriales
de la santé. Dans le domaine des maladies infectieuses, ce projet a pour objectif d’étudier le rôle de
l’environnement urbain et des disparités socio-spatiales de santé par rapport à deux maladies, à savoir
le paludisme et la dengue.
L’UEM a eu la tâche de répertorier les vecteurs du paludisme et des arbovirus, d’estimer leur densité,
d’étudier leur distribution spatiale, d’estimer les taux d’infection plasmodiale, d’anthropophilie et
d’inoculation entomologique, d’estimer les indices de risque épidémique de dengue et d’identifier les
arbovirus circulant dans la zone.
Les collectes de vecteurs ont été réalisées dans 4 quartiers de la ville de Saint Louis (Guet Ndar,
Ndiolofène, Léona et Pikine) ; chaque quartier ayant été divisé en 3 zones. Au total 863 concessions
ont été visitées sur un total de 1000 concessions prévues. Les concessions retenues pour les
échantillonnages entomologiques ont été les mêmes que celles dans lesquelles des enquêtes
épidémiologiques et des prélèvements humains ont été réalisées.
Les prospections ont permis de collecter 10217 moustiques appartenant à 9 espèces et trois genres.
Globalement, Cx. quinquefasciatus a été l’espèce dominante quel que soit le quartier considéré. Aedes
aegypti, le vecteur domestique de la dengue a été collecté dans chacun des 4 quartiers alors que An.
gambiae le vecteur du paludisme était présent partout sauf à Guet Ndar.
Pour les vecteurs potentiels du paludisme, 93 spécimens représentés par trois espèces anophéliennes
ont été globalement collectés. An. gambiae a dominé chez les anophèles suivis d’An. pharoensis et
d’An. domicola. L’identification par PCR des espèces du complexe An. gambiae a montré la présence
exclusive d’An. gambiae à Léona et à Ndiolofène. An. arabiensis n’a été collecté qu’à Pikine et a
représenté 24% (6/25).
Les densités les plus élevées ont été observées dans le quartier de Pikine. A Léona et Ndiolofène les
densités respectives ont été estimées à 0,06 femelle par chambre. Les trois espèces n’ont été collectées
que dans le quartier de Pikine avec des densités comparables (0,038 femelle/piège). Les densités
observées dans les quartiers de Guet Ndar et Léona ont été estimées à 0,1 femelle/piège). L’analyse
des repas de sang pris par les femelles d’An. gambiae s.l. a montré que sur 21 repas testés, 17
provenant des quartiers de Léona, Pikine et Ndiolofène ont été pris sur homme. L’origine des autres
n’a pu être déterminée.
Concernant la dengue, au total, 4097 unités d’habitations (UH), correspondant à 863 parcelles, ont été
visitées et 2967 gîtes potentiels domestiques inspectés. Sur l’ensemble des parcelles visitées, 25,8% ne
présentaient aucun gîte potentiel. Les indices stégomyiens ont été très variables et ont été partout au
dessus du seuil de risque à l’exception du quartier de Guet Ndar et de la Zone 1 de Pikine. L’analyse
de la distribution spatiale à l’échelle des parcelles de la répartition des récipients en eau positifs en
79 sur 142
larves d’Ae. aegypti montrent une répartition plus ou moins homogène dans les quartiers de
Ndiolofène et Léona alors qu’à Pikine, la distribution semble moins homogène ; les récipients les plus
infestés étant localisés dans les zones 2 et 3. Dans le quartier de Guet Ndar, un seul gîte positif a été
observé dans une parcelle localisée dans la zone 1.
1.2. Research Capacity for the Implementation of genetic control of mosquitoes

Investigateur principal : Dr Ibrahima DIA
Collaborations : Crisanti A. (Imperial College, Londres), Diallo M, Niang E (UEM-IPD)
Ce projet débuté depuis 2010 s’est terminé en février 2014. Les objectifs au Sénégal étaient de mettre
en place une souche d’An. gambiae de référence et d’analyser la structuration génétique des
populations d’An. gambiae pour le renforcement de la compréhension de la biologie des vecteurs et
une meilleure application des connaissances en mesures de lutte anti-vectorielle.
La poursuite des activités d’analyse et de valorisation a permis ainsi de mettre globalement en
évidence un isolement reproductif au sein des populations d’An. gambiae (respectivement An. coluzzii
et An. gambiae) à l’intérieur du Sénégal, contrairement à ce qui était observé dans les zones côtières.
Elle a par ailleurs mis en évidence l’implication de ces espèces dans la transmission. Le statut de ces
espèces vis-à-vis des insecticides d’utilisation courante montre une sensibilité/résistance comparable
ainsi que des fréquences du gène kdr similaires. Les perspectives immédiates imposent ainsi
l’utilisation d’outils moléculaires plus fins permettant de scanner le génome en entier afin de voir si
cet isolement est restreint ou non à la région centromérique de l’ADNr. Ils permettraient également
d’avoir des informations plus détaillées par rapport à une éventuelle différentiation des formes côtières
par rapport aux formes de «l’inland». Etant donné leur rôle vectoriel réel, le contrôle avec des
insecticides auxquels les populations sont encore sensibles exige la recherche des gènes comme l’Ace-
1 qui confère une résistance croisée aux organophosphorés et aux carbamates avant une utilisation
future pour la gestion de la résistance aux organochlorés et aux pyréthrinoïdes.
1.3. CHANgements environnementaux, CIrculation de biens et de personnes : de

l’invasion de réservoirs à l’apparition d’anthropozoonoses. Le cas du RAt noir
dans l’espace sénégalo-malien (CHANCIRA).
Investigateur Principal : Dr Mawlouth DIALLO
Collaborations : Faye O, Faye O, Sall AA (UAVFH-IPD), Ba Y, Gaye A (UEM-IPD),
Handschumacher P, UMR 912 SESSTIM INSERM - IRD - U2, Faculté de géographie UdS,
Duplantier JM, Granjon L, CBGP, UMR SE4S, (IRD, CNRS, INRA, Université Strasbourg) ;
PRODIG (Unité mixte CNRS, IRD)
L’objectif global de ce projet vise à comprendre comment les modifications qui affectent les pays de la
bande soudano-sahélienne interagissent pour créer des conditions propices à la diffusion du rat noir
(Rattus rattus), réservoir redouté d’anthropozoonoses car proche de l’homme, et au passage des
pathogènes à l’homme dans des conditions spécifiques de transmission. Notre objectif spécifique est
de rechercher dans les zones anciennement colonisées ainsi que celles d’extension récentes du rat noir,
les vecteurs potentiels des arbovirus et leur implication dans la transmission d’arbovirus entre rat noir
et homme et les conditions permettant ce passage afin d’identifier les espaces partagés. Le travail de
collecte de vecteurs (moustiques et phlébotomes, Ceratopogonides) a déjà été réalisé entre 2012 et
2013 dans 9 villages de la région de Tamba et 2 villages de la région de Kédougou en plus des 6
quartiers de la ville de Kédougou, de 3 villages sur l’axe Tamba-Kédougou (zone jouxtant le parc), et
de 4 villages sur l’axe Tamba-Kolda.
L’année 2014 a été mise à profit pour l’analyse des échantillons collectés et particulièrement l’analyse
moléculaire des repas de sang pris par les moustiques et les phlébotomes afin d’estimer leur
80 sur 142
interaction potentielle avec les rongeurs, le rat noir en particulier. Cette analyse a révélé l’association
de moustiques Cx. quinquefasciatus, Ae. minutus, et An. rufipes avec plusieurs hôtes dont l’homme, le
rat, le poulet et le boeuf ainsi qu’une forte interaction entre les phlébotomes, l’homme et le Gecko.
1.4. Compétence vectorielle des moustiques européens et africains vis à vis du virus la
fièvre de la vallée du Rift « RiftVectors»
Investigateur Principal : Dr Mawlouth DIALLO
Collaborations : Ba Y, Ndiaye E, Diallo D (UEM-IPD) ; Sall AA, Faye O, Drame GF (UAVFH-
IPD) ; Failloux AB, Laboratoire Arbovirus et Insectes Vecteurs, Institut Pasteur à Paris, Kohl A,
Edinburgh, Scotland UK, Department of Zoology University of Oxford, UK.
L’objectif global de ce projet est de réaliser une étude comparative de la compétence vectorielle de
moustiques cosmopolites comme Ae. vexans et Cx. pipiens d’origine africaine et européenne vis-à-vis
du virus de la fièvre de la vallée du Rift (VFVR) et les facteurs (réponse immune (RNAi) et bactéries
symbiotiques modulant la réplication du virus FVR chez les moustiques) qui influencent la capacité
des vecteurs à s’infecter et transmettre. Notre tâche consiste à tester la capacité des moustiques ouest
Africains (Ae. vexans, Cx. quinquefasciatus, Cx. poicilipes entre autres) à transmettre horizontalement
et verticalement des variants du VFVR mais également l’impact de l’infection sur la longévité des
vecteurs. Entre 2012 et 2013, nous avions testé la compétence vectorielle de 420 Ae. vexans, 563 Cx.
quinquefasciatus et de 380 Cx. poicilipes à 3 souches du virus FVR après des temps d’incubation de 5,
10, 15 et 20 jours. Les résultats ont révélé que ces espèces s’infectent et disséminent toutes les souches
de virus mais que seules la lignée d’Afrique de l’Est est transmise.
En 2014, nous avons particulièrement étudié le rôle des moustiques dans le processus de maintien du
virus. Cette tâche a été abordée expérimentalement par l’évaluation de la capacité d’Ae. vexans à
transmettre verticalement et par l’étude de l’impact de l’infection et de l’exposition au virus RVF sur
la longévité des espèces du genre Culex (Cx. quinquefasciatus et Cx. poicilipes). En résumé, des lots
de moustiques ont été suivis individuellement pour estimer leur longévité après exposition à un repas
de sang infectieux. Les taux de survie ont été comparés (test de Wilcoxon) pour chaque espèce entre
un groupe de contrôle non exposé au virus et les moustiques exposés, infectés ou non infectés. Bien
que des variations aient été observées, les différences n’ont pas été statistiquement significatives entre
les différents groupes aussi bien chez Ae. vexans (χ2= 0,6 ; p= 0,753), Cx. quinquefasciatus (χ2= 2,6 ;
p= 0,279), que chez Cx. poicilipes (χ2 q= 1,6 ; p= 0,449).
La capacité de transmettre verticalement le virus de FVR a également été étudiée chez des populations
d’Ae. vexans. La progéniture (530 moustiques dont 170 mâles et 360 femelles) de femelles exposées
au virus et ayant réalisé 3 cycles trophogoniques, a été testée par RT-PCR pour la présence de virus
après différentes périodes d’incubation après leur émergence [J0 ; J5 ; J10 ; J15]. Le taux d’infection
des parents femelles a été de 77,27 % (34/44). La transmission verticale n’a cependant pas été mise en
évidence chez ces populations puisque aucun virus n’a été détecté dans la descendance des femelles
infectées, quels que soient le cycle et la durée d’incubation post-émergence.
Pour les besoins de l’étude des mécanismes immuns RNAi impactant la compétence vectorielle, des
infections expérimentales ont été réalisées avec la souche vaccinale MP12 de FVR utilisée par
l’équipe de Glasgow pour des soucis de comparaison. Au total 114 individus ont reçu un repas
infectieux contenant la souche MP12 et 106 (92,98%) parmi eux ont été testés positifs par RT-PCR à
temps réel après des temps d’incubation de 3, 7 et 15 jours. Les analyses complémentaires sont en
cours.
81 sur 142
1.5. Titre du projet : Étude pilote sur rôle de la salive de moustique dans la transmission
du virus de la Fièvre de la Vallée du Rift (ACIP-Salive)
Investigateur Principal : Dr Amadou A SALL
Collaborations : Diallo M, Ba Y, Ndiaye E, (UEM-IPD) ; Faye O, Drame FG, Faye O (UAVFH-
IPD); Valerie Choumet, Unité Interactions moléculaires Flavivirus-Hôtes, Institut Pasteur à Paris,
Batthyany C, Duran R, Institut Pasteur de Montevideo, Uruguay.
L’objectif global de ce projet est d’analyser le rôle de la salive des moustiques vecteurs connus du
virus de la FVR au Sénégal dans la modulation de la transmission aux vertébrés.
Cet objectif s’appuie sur les résultats obtenus indiquant des propriétés immunomodulateurs de la
salive d’Ae. aegypti et d’Ae. vexans. Notre tâche spécifique est de fournir les extraits de glandes
salivaires de moustiques infectés et non infectés pour l’estimation de la modulation des protéines
salivaires des moustiques en présence du virus FVR.
Entre 2012 et 2013 des extraits de 400 glandes salivaires d’Ae. vexans, 300 de Cx. poicilipes et 100
d’An. gambiae (témoin) non infectés ont été collectés et fournis aux équipes de l’IPP, IPD et de l’IP
Montvidéo. De même, des extraits de glandes salivaires infectées d’Ae. vexans (100) et de Cx.
poicilipes (128) ont été préparés et remis à l’équipe de l’UAVFH de l’IPD et à l’IP Montvidéo. Cette
activité a été poursuivie en 2014 avec la réalisation d’infection expérimentale pour le compte de
l’IPMVD et de l’UAVFH-IPD. Au total, 292 glandes salivaires ont été disséquées dont 142 de
spécimens d’Ae. vexans (dont 80 de non-infectées et 62 d’infectées) et 150 de spécimens non-
infectées de Cx. picilipes.
1.6. Titre du projet : Epidémiologie des virus USUTU et WN : aspects moléculaires et

caractérisation des systèmes immunitaires
Principal Investigateur : Dr Diawo Diallo (UEM)
Partenaire à l’IPD : Diallo D, Diallo M, Dia I, Ba Y (UEM) et Sall AA (UAVFH)
Collaborations : Scagnolari C, Caputo B (Institut Pasteur- Fondation Cenci-Bolognetti) et Ceianu C.
(Institut Cantacuzène)
L’objectif principal de ce projet est d’étudier la transmission vectorielle des Virus USUTU et West
Nile avec différentes méthodes de collecte des vecteurs, mais également de collecter des moustiques à
jeûn et gorgés pour des tentatives d’isolement virologique et d’indentification des réservoirs
potentiels.
Les études ont été menées à Kédougou, Barkedji, Djoudj, situés respectivement au sud-est, au centre
et au nord-ouest du Sénégal de septembre à décembre 2013. Les collectes ont été effectuées à l'aide de
pièges lumineux de type CDC+CO2, de 2 pièges à appât poulet et 2 pièges à appât pigeon. Pour
chaque nuit de collecte, 2 pièges CDC + CO2, 1 piège à appât poulet et 1 piège à appât pigeon ont été
placés au bord de mares temporaires simultanément dans la canopée et au niveau du sol. Des
spécimens de moustiques gorgés ont été collectés par les pièges décrits ci-dessus, et par un aspirateur
électrique de type back au niveau des lieux de repos naturel à l'intérieur et à l'extérieur des habitations.
En 2014, un total de 3361 moustiques (335 lots) a été collecté, comprenant 43 espèces appartenant à 6
genres à Kédougou, 6276 moustiques (629 lots) à Barkédji. Les analyses virologiques sont en cours
sur ces échantillons. Le site du Djoudji n’a pas fait l’objet d’échantillonnage cette année. En revanche
les tests réalisés sur une portion des collectes de 2013 font état de 33 souches isolées dont 29 à partir
de Culex neavei, et 4 souches à partir de Cx. antennatus et Ma. uniformis. Les virus isolés sont les
virus West Nile (7 souches de Cx. neavei), BARKEDJI (8 souches de Cx. neavei), USUTU (2 souches
de Cx. neavei), Sindbis (4 souches de Cx. neavei), Acado et Sanar toujours en associations (4 souches
de Cx. neavei, Ma. uniformis et Cx. antennatus).
82 sur 142
Sur les 300 moustiques gorgés collectés, l’origine du repas de sang a pu être identifiée sur 174 après
amplification et séquençage d’une portion du cytochrome b de l'ADN mitochondrial. L’analyse des
résultats a permis d’identifier une large gamme d’hôte des vecteurs répertoriés dans la zone avec en
majorité les oiseaux dont le Merle africain (Turdus pelios) et 7 espèces de migrateurs [Accipiter nisus
(L'Épervier d'Europe), Acrocephalus schoenobaenus (Le Phragmite), Ardea cinerea (Le Héron
cendré), Ardea purpurea (Le héron pourpré), Egretta garzetta (l’aigrette), Lanius collurio (La Pie
grièche écorcheur), Nycticorax nycticorax (Héron bihoreau)], les bovins et l’homme.
1.7. Autres activités de recherche

Une étude pilote de description des viromes naturelles chez les Anophèles a également été initiée en
collaboration avec Drs Ken Vernick et Karin Eiglmeier de l’Unité de Génétique et Génomique des
Insectes Vecteurs à l’IPP. En effet, pour rompre avec l’idée que les Anopheles ne transmettent qu'un
seul arbovirus, le virus O’Nyong nyong, antigéniquement proche de chikungunya, cette équipe a
conçu et testé un procédé de séquençage à haut débit et d’analyse bioinformatique pour la découverte
de nouveaux virus à ARN associés aux Anopheles. Ce procédé leur a déjà permis d’identifier deux
nouveaux virus à ARN chez une colonie d’An. gambiae. Pour son application à des populations
sauvages, nous avons été approchés pour travailler sur cette thématique au Sénégal dans la région de
Kédougou. Ainsi nous avons mis à profit les missions faites dans le cadre des différents projets
susmentionnés pour la collecte d’Anopheles. Au total 216 Anopheles appartenant à 7 espèces (An.
gambiae, An. funestus, An. squamosus, An. pharoensis, An. nili, An. rufipes et An. coustani) ont été
collectés et conditionnés dans du RNA-later et envoyé à Paris pour séquençage.

2.1. Évaluation entomologique des aspersions intradomiciliaires dans les districts
sanitaires du Sénégal : résultats de laboratoire
Collaborations : Pr Faye O., Dr Konaté L. (UCAD), Dr Ba M. (PNLP), Dr Dotson E. (CDC Atlanta)
Comme au cours des années précédentes, l’UEM a été impliquée dans le «President’s Malaria
Initiative» dont bénéficie le Sénégal à l’image d’autres pays africains pour introduire les aspersions
intradomiciliaires d’insecticides (AID) dans la gamme des outils de lutte contre le paludisme. L’Unité
d’entomologie médicale de l’Institut Pasteur de Dakar intervient dans ce programme par la production
en masse d’une souche d’An. gambiae sensible aux insecticides pour le suivi de l’efficacité des
aspersions sur le terrain, mais également les études de laboratoire. Au cours de l’année 2014, ces
activités ont concerné l’identification de l’origine de repas sanguins, l’identification moléculaire des
espèces du complexe An. gambiae et la recherche du gène kdr chez des moustiques collectés dans les
districts de Ndoffane (Koutal et Keur Socé) et Kédougou (Bandafassi et Tomboronkoto).
Les résultats obtenus ont montré une prédominance d’An. gambiae aussi bien à Bandafassi qu’à
Tomboronkoto (79 identifiés sur 100 femelles) suivi d’An. arabiensis (18 spécimens). An. coluzzii a
été rare (3 spécimens). Dans le district de Kaolack, par contre, An. arabiensis a été prédominant et a
constitué 93% des moustiques identifiés. An. coluzzii a représenté 6% et An. gambiae seulement 1%.
La recherche du gène kdr chez les moustiques issus des tests de sensibilité réalisés à Ndoffane, ont
montré la présence du gène kdr. Sur 129 spécimens génotypés, le gène a été retrouvé chez 49
spécimens (20 homozygotes résistants et 29 hétérozygotes) appartenant à l’espèce An. arabiensis.
L’étude des préférences trophiques et des taux d’anthropophilie a montré une prédominance des repas
pris sur animaux (48/55 repas identifiés) à Ndoffane alors qu’à Kédougou tous les repas identifiés
étaient pris sur homme (9 repas).
83 sur 142
L’infection plasmodiale n’a été mise en évidence que dans le district de Kédougou avec un taux de
0,8% (250 spécimens identifiés) alors qu’aucune femelle infectée n’a été trouvée parmi les 181
spécimens provenant de Ndoffane.
Ces résultats montrent ainsi à l’image de ce qui a été observé dans le cadre des aspersions
intradomicilaires dans les zones sud que la transmission du paludisme reste encore actuelle dans la
zone sud. C’est ainsi que des études intensives sont en cours dans cette zone afin de rechercher les
causes des échecs des interventions dans ces zones.
2.2. Reprofilage du paludisme au Sénégal

Collaborations : Pr Faye O., Dr Konaté L. (UCAD), Dr Ba M. (PNLP)
Ce programme a été initié depuis 2013 dans le cadre de l’étude de l’efficacité résiduelle des
moustiquaires imprégnées à longue durée d’action (MILDA) dans plusieurs sites sentinelles du PNLP.
L’UEM a la charge des districts situés dans le nord du Sénégal (Matam, Bakel, Podor,
Linguère, Ranérou). Le but est de re-caractériser le profil entomologique afin d’aider à évaluer les
activités de lutte en mettant à disposition des données entomologiques actualisées pour faciliter la
planification, le suivi et l’évaluation des interventions mises en œuvre.
Les résultats de terrain obtenus en 2013 avaient mis en évidence une prédominance d’An. gambiae
alors que An. pharoensis était localisé dans les districts longeant le fleuve Sénégal. Les densités
agressives les plus élevées étaient observées dans les districts situés dans l’extrême ouest (Bakel et
Kanel) et les plus faibles dans les districts du centre (Linguère et Ranérou). Au cours de l’année 2014,
l’identification moléculaire au laboratoire a montré la présence exclusive d’An. arabiensis. Les
préférences alimentaires ont été très variables avec une prédominance des repas pris sur cheval alors
que les taux d’anthropophilie ont été relativement faibles. La transmission n’a pas été perceptible dans
l’ensemble des sites étudiés.
Comme pour 2013, les résultats de terrain de 2014 ont mis en évidence des tendances similaires à
2013 avec une prédominance d’An. gambiae mais également des densités vectorielles comparables à
celles de 2013. L’échantillonnage de saison sèche est en cours.
Ces résultats permettent ainsi de constater que la transmission du paludisme serait faible voire nulle
dans ces sites. Ceci serait le fait de la faiblesse de la taille des échantillons testés (enquêtes
transversales en saison des pluies et en saison sèche), du comportement zoophage des vecteurs ou
pourrait être liée à l’utilisation des mesures de protection comme les moustiquaires imprégnées.
2.3. Sensibilité des vecteurs aux insecticides

Collaborations : Pr Faye O., Dr Konaté L. (UCAD), Dr Ba M. (PNLP)
Compte tenu de l’utilisation des insecticides (moustiquaires imprégnées ou aspersions intra-
domiciliaires), le suivi de la sensibilité des vecteurs aux insecticides a été entamé dans les mêmes
districts au cours de l’année 2014. Il s’agissait d’abord de tester en priorité le DDT et les
pyréthrinoïdes (insecticide de choix pour les moustiquaires) et autant que possible un carbamate pour
la gestion de la résistance en cas de résistance observée aux pyréthrinoïdes.
Les résultats obtenus montrent dans l’ensemble une résistance au DDT et aux pyréthrinoïdes
(deltaméthrine) notamment pour les populations de Bakel, Linguère et Ranérou. Cependant les
populations de Linguère restent encore sensibles à la perméthrine et au bendiocarb.
84 sur 142
Ces résultats permettent ainsi de confirmer l’étendue de la résistance des vecteurs au DDT et aux
pyréthrinoïdes d’une manière générale. Une telle observation pourrait mettre en péril les interventions
basées sur l’utilisation de matériaux imprégnés avec les pyréthrinoïdes. Cependant, compte tenu du
caractère ponctuel des enquêtes, il est indispensable de mettre en place un programme de suivi régulier
prenant en compte plusieurs sites par zone et à différentes périodes afin de mieux cerner et circonscrire
la résistance dans le temps et dans l’espace.
2.4. Investigation d’une épidémie de Dengue au Sénégal dans les régions de Dakar, Thies
et Diourbel.
A la suite de la confirmation de plusieurs cas de dengue en octobre 2014 dans différentes localités de
Dakar, Mbour et Touba, nous avons mené une investigation entomo-épidémiologique du 26 novembre
2014 au 21 janvier 2015 dans ces localités.
L’objectif général de cette investigation était d’évaluer la situation de la dengue dans ces trois villes et
d’estimer le risque de propagation de la maladie afin de formuler des recommandations pour le suivi et
le contrôle. Les objectifs spécifiques étaient de confirmer la circulation du virus de la dengue, de
décrire l’épidémie humaine dans les zones où les cas confirmés ont séjourné durant leur maladie, de
rechercher la présence d’espèces de moustiques connues comme étant des vecteurs du virus de la
dengue dans les localités où ont été signalés des cas confirmés ou suspects, d’identifier les gîtes des
stades pré imaginaux des vecteurs et d’estimer les indices de risques épidémiques.
Les résultats ont confirmé la circulation de la dengue 2 dans ces localités. Sur les 792 concessions
visitées 24,2% ne présentaient aucun gîte potentiel. Au total 20512 moustiques (8 espèces et 3 genres)
ont été collectés, dans 12 quartiers de Dakar, 3 de Pikine, 8 de Touba, 3 de Mbour, à Golf Sud et
Diamniadio. Cx. quinquefasciatus a été l’espèce dominante (96 %). Le seul vecteur de dengue
identifié, Aedes aegypti a été collecté dans la quasi totalité des quartiers, mais n’a représenté que 3%
de la faune totale. Les proportions d’Aedes aegypti dans les localités prospectées ont varié entre 0,1 et
38 % de la faune au repos.
Au total, 2776 unités d’habitations (UH) ont été visitées et 1334 gîtes potentiels domestiques relevés.
Les bidons (52,6%) ont constitué la majorité des gîtes potentiels identifiés. Au total, 11 des 15 types
de gîtes ont été trouvés positifs avec des indices récipients (IR) variant de 89,8% pour les bassins à
0,7% pour les bidons. Plusieurs localités avaient des IR dépassant le seuil de risque épidémique.
L’analyse des données obtenues ainsi que les tests de laboratoire est en cours.
2.5. Surveillance des arbovirus selvatiques à Kédougou

La surveillance des arbovirus selvatiques a été poursuivie en août, septembre et novembre 2014 dans
50 sites composés de 5 types d’occupation du sol (forêt, sol nu, savane, agriculture et village). Au
85 sur 142
total, 3361 moustiques (335 lots) ont été collectés, comprenant 43 espèces appartenant à 6
genres. Parmi les femelles vectrices d’arbovirus selvatiques, les espèces les plus abondantes étaient
Aedes furcifer (33,1%), Ae. luteocephalus (10,4%), Ae. Dalzieli.

Mawlouth Diallo
- réunion annuelle du projet RiftVectors du 25 au 27 Mars 2014 à Hambourg, Allemagne.
- réunion du COMEPSRL du 2-6 Juillet 2014 à Yaoundé, Cameroun
- réunion Régionale MATI du RIIP du 24 au 26 Novembre 2014 à Casablanca, Maroc
Ibrahima Dia
- atelier de standardisation des SOPs pour le suivi entomologique des aspersions
intradomiciliaires d’insecticides organisé par le PNLP au Département de Biologie Animale
de l’UCAD du 03 au 05 juin 2014.
- cours national de paludologie du Niger organisé par le CERMES du 25 au 26 novembre 2014.
Diawo Diallo
- cours avancé sur EXCEL à l’Université Cheikh Anta Diop de Dakar, du 10 au 13 juin 2014.
- symposium du RIIP à Paris, du 10 au 13 septembre 2014
Yamar Ba
- atelier de formation sur la « Qualité en Enseignement Supérieur et en Recherche » : Dakar,
juin 2014.
4. Financements des projets conduits en 2014

Genetic analysis of wild and reared mosquito population
Financement : UE- FP7.
Collaboration : Imperial College de Londres dans le cadre du consortium INFRAVEC (2010 –
Février 2014).
CHANgements environnementaux, CIrculation de biens et de personnes : de l’invasion de réservoirs à

l’apparition d’anthropozoonoses. Le cas du RAt noir dans l’espace sénégalo-malien (CHANCIRA)
Financement : ANR (2011 – Octobre 2015)
Collaboration : unités mixtes CBGP, UMR SE4S, (IRD, CNRS, INRA, Université Strasbourg) de
l’IRD ; PRODIG (Unité mixte CNRS, IRD) et l’UAVHF-IPD.
Vector competence of European mosquitoes to Rift Valley fever virus (RiftVectors)

Financement : UE - Emida-EraNet (1/05/2012 – 30/06/2016).
Collaboration : Université Edinburgh, Scotland UK, Department of Zoology University of Oxford,
UK Istituto Zooprofilattico Sperimentale delle Regioni Lazio e Toscana (IZSRLT), Roma, Italian
National Agency for New Technologies, Energy and Sustainable Economic Development (ENEA)
Italy, IP Paris.
SANTé, INEgalités, viLLES : une approche comparative des constructions socio-territoriales des
inégalités de santé dans des villes secondaires au sud du Sahara, Bobo-Dioulasso (Burkina Faso) et
Saint-Louis-du-Sénégal (SANTINELLE).
Financement : ANR (1/05/2014 - 30/11/2015)
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Collaboration : IRD Unité Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et

contrôle. MIVEGEC (UM1-UM2-CNRS 5290-IRD 224), et l’UAVHF-IPD ; Unité des Arbovirus
et Virus de Fièvres Hémorragiques, IPD (UAVFH).
Exploring the role of mosquito’s saliva in the transmission of Rift Valley fever (ACIP-Salive)
Financement : ACIP (1/07/2012- 30/06/2015) ; UEM&UAVFH
Collaboration : Institut Pasteur de Paris, IMFH, Institut Pasteur de Montevideo, Institut Pasteur de
Dakar (UEM-UAVFH).
Epidémiologie des virus USUTU et WN : aspects moléculaires et caractérisation des systèmes

immunitaires.
Financement : ACIP (2013- Juin 2014)
Collaboration : Institut Pasteur-Fondation Cenci-Bolognetti ; Institut Cantacuzène.
Suivi entomologique des aspersions intra domiciliaires d’insecticides de trois district du Sénégal ;
President’s Malaria Initiative
Financement : USAID/OMS. (2010- Indéfinie).
Collaboration : PNLP, Direction de l’Hygiène Publique (DHP), SLAP-Thies, UCAD, IRD, CDC
d’Atlanta.
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Unité de bactériologie expérimentale
Personnel scientifique de l’unité

Responsable scientifique : Amy GASSAMA SOW, Chargée de recherche, PharmD, PhD, MCA
Technicien : Abdoul Aziz Wane
Aide de Laboratoire : Amadou Moctar Guèye
- Unité d’Epidémiologie : Dr Vincent Richard
- Laboratoire d’Analyses et de Biologie Médicale (LABM) : Dr Raymond Bercion, Dr A Seck
- Laboratoire de Sécurité Alimentaire et d’Hygiène de l’Environnement
Niveau national
- Centre de Santé Baye Talla Diop de Pikine : Dr Marème Dia Ndiaye
- Centres de Santé Sicap Mbao, Gaspard Camara, Roi Baudoin, Dispensaire St Martin
Niveau international
- Corée du Sud, Institut International du Vaccin (IVI), Dr F. Marks
- Suisse, Organisation Mondiale de la Santé (OMS), Dr A. Aidara Kane
- France, Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses Tropicales Emergentes (URMITE),
Pr D. Raoult
- France, unité de recherche“Biologie cellulaire et moléculaire des micro-organismes”
(EA3175), Pr Marie Cécile Ploy
- France, Agence Inter-établissements de Recherche pour le Développement (AIRD), Mme
Sandrine Fagoni, Mme Penda Bary
- Afrique du Sud, National Institut for Communicable Diseases, NICD, Dr Anthony Smith
Introduction
Les activités de l’Unité de Bactériologie Expérimentale se sont poursuivies autour d’axes de recherche
centrés sur la lutte contre les maladies transmissibles par les aliments et infections entériques. Le
projet AGISAR (WHO Advisory Group on Integrated Surveillance of Antimicrobial Resistance
(WHO/AGISAR), axé sur la surveillance intégrée et l’antibiorésistance des salmonelles d’origine
humaine, animal et alimentaire démarrée en 2012 a été finalisé en 2014.
L’étude des porteurs chroniques de Salmonelles en Afrique : Carriers of Invasive Salmonella in Africa
Survey (EPCSA/CISAS) dans le district de Pikine financé par l’Institut International du Vaccin (IVI)
démarré en Janvier 2013 s’est achevé en Mars 2014. L’EPCSA sont conjointement menés avec
l’équipe d’Epidémiologie des maladies Infectieuses de l’Institut Pasteur de Dakar.
L’équipe que je dirige est constituée d’un chercheur, d’un technicien de laboratoire ainsi que d’un aide
de laboratoire. Grâce aux financements obtenus, nous avons pu recruter un Microbiologiste pour
l’EPCSA. L’équipe est renforcée par deux étudiants en thèse et quatre Master II.
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Les activités du REMENTA, financé par le Programme PARRAF du Ministère Français des Affaires
étrangères se sont poursuivies en 2014 par l’organisation de trois ateliers complémentaires en
bactériologie, virologie et épidémiologie dont l’objectif était de renforcer les capacités techniques des
pays membres du réseau pour le diagnostic au laboratoire des agents microbiologiques (virus et
bactéries) responsables de gastroentérites.
En Septembre 2014, le Dr Guillaume de Magny, Chargé de Recherches, 2e classe à l’Unité mixte

MIGEVEC de l’Institut pour la Recherche et le Développement a rejoint l’équipe dans le cadre d’un
accueil à l’Unité de Bactériologie Expérimentale pour une période de trois ans. Mr De Magny travaille
sur la dynamique épidémiologique du choléra et de l’écologie de Vibrio cholerae.
Nous sommes par ailleurs membre du Comité National du Codex Alimentarius et participons
activement à l’élaboration de document de position Africaine sur l’Hygiène Alimentaire, mais aussi à
la présentation de la position du Sénégal et à l’évaluation des documents du Codex à l’occasion des
sessions annuelles de la Commission du Codex sur l’Hygiène Alimentaire (CCFH) qui s’est déroulé en
2014 à Lima, Pérou.
Nous participons à la formation à la recherche par l’accueil d’étudiants de l’Université Cheikh Anta
Diop de Dakar dans le cadre de la préparation de différents diplômes universitaires (Master, Doctorat).
L’Unité de Bactériologie Expérimentale est également impliquée dans les enseignements
universitaires, en particulier dans la formation, le renforcement des capacités et spécialisation en
microbiologie de médecins, pharmaciens biologistes, ingénieurs technologues et techniciens de
laboratoire.
L’unité de Bactériologie Expérimentale participe à EQAS (External Quality Assurance System), un

programme d'assurance qualité externe lancé par le programme OMS Global Salm-Surv pour aider à
renforcer les capacités des laboratoires participants au sérotypage et à l'étude de la résistance aux
antibiotiques. L’unité est également certifiée par le NICD (National Institut for Communicable
Diseases, Afrique du Sud) pour l’Electrophorèse en Champ Pulsé des salmonelles et reçoit tous les ans
des tests de contrôle qualité.
Par ailleurs, les activités de service du Pr Amy Gassama Sow au sein du Laboratoire de Sécurité
Alimentaire et d’Hygiène de l’Environnement, accentué par un effectif insuffisant au niveau de l’unité,
réduisent considérablement le temps alloué aux activités de recherche.
1.1. CISAS/ EPCSA : Etude des porteurs chroniques de salmonelles en Afrique

Cette étude vise à identifier les porteurs de salmonelles en examinant les selles d’adultes
asymptomatiques ainsi que les patients ayant précédemment eu des antécédents de fièvre typhoïde et
leurs proches parents, afin de comparer et d'évaluer les facteurs de transmission importants pour la
persistance des espèces de Salmonella dans deux pays africains (Guinée Bissau et Sénégal).
Des prélèvements de selles ont été effectués chez 1077 sujets en GB et 1359 au Sénégal.
Résultats
La prévalence de salmonelles non typhiques dans les échantillons de selles était de 24,1 pour 1000 (IC
95% : 16,5 - 35,1) en Guinée-Bissau et de 10,3 pour 1000 (IC 95% : 6,1 - 17,2) au Sénégal. Les
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échantillons de selles positives à Salmonella sur 30 jours de suivi ont été trouvées chez six individus
en Guinée-Bissau (23,1%). 1 souche sur 21 (4,8%) de salmonelle était résistante au chloramphénicol
et à l'acide nalidixique en Guinée-Bissau et 4 sur 14 (28,6%) souches de salmonelles étaient
résistantes à la ciprofloxacine et à l'acide nalidixique.
1.2. AGISAR/GFN : Surveillance intégrée et antibiorésistance des souches de salmonelles

isolées des aliments, animaux et humains.
Les objectifs principaux de cette étude sont de :
- développer et pré-tester un système de surveillance intégré et efficace pour les pathogènes
d'origine alimentaire à Dakar,
- recueillir dans une période déterminée des souches de salmonelles d’origine humaine,
alimentaire et animale,
- étudier la sensibilité aux antibiotiques des souches de salmonelles isolées des trois secteurs,
- créer une banque d'isolats pour la caractérisation moléculaire et l’étude des mécanismes
moléculaires de la résistance aux antibiotiques.
Résultats de la caractérisation des souches isolées des trois secteurs

Au total 392 souches ont été isolées des secteurs humain, animal et alimentaire.
Les CMI ont été déterminées par la méthode E-Test. Pour les souches résistantes aux quinolones,
l’acide nalidixique et la ciprofloxacine ont été testés. Les résultats des CMI pour la ciprofloxacine et
l’acide nalidixique étaient de CIP >32µg/ml et NA >256µg/ml sur toutes les souches qui présentaient
une résistance aux quinolones sauf 3 souches animales et deux souches alimentaires. Ce résultat
prouvait un niveau de résistance très élevé des souches surtout celles d’origine alimentaire.
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Tableau I : Détermination des CMI de salmonelles NAR et CIPR

Origine / Sérovars Phénotypes de CMI (µg/ml)
résistance (mm)
NA CIP NA CIP
Humain
435 Enteritidis 6 27 >256 >32
B 17 Enteritidis 6 30 >256 = 32
Animal
V20 Brancaster 14 27
V35 Sandiego 14 27 >256 = 0,38
V39 Sandiego 12 28 >256 >32
V40 Chester 12 28
V44 Urbana 0 30 = 192 = 0,19
V45 Kentucky 0 8 >256 >32
V54 Kentucky 0 8 >256 >32
V71 Sandiego 13 26 = 48 >32
V75 Kentucky 0 9 >256 >32
V82 Urbana 0 22 >256 = 0,125
Alimentaire
L1 Kentucky 0 10 >256 >32
L2 Ruzizi 0 11 >256 >32
L8 Hadar 12 24 >256 >32
L20 Kentucky 0 10 >256 >32
L22 Kentucky 0 8 >256 >32
L24 Senftenberg 0 12 >256 >32
L26 Kentucky 0 8 >256 >32
L28 Kentucky 0 0 >256 >32
L30 Benfica 0 24 >256 >32
L32 Abony 0 20 >256 >32
L33 Kentucky 0 0 >256 >32
L39 Kentucky 0 25 = 48 = 0,125
L51 Brancaster 14 27 >256 >32
L55 Brancaster 14 25 >256 >32
L58 Brancaster 19 19 >256 >32
L70 Kentucky 14 8 >256 >32
L74 Farsta 18 26 >256 =1,5
L83 Istanbul 13 24 >256 >32
L115 Sandiego 13 26 >256 >32
L138 Hadar 17 28 >256 >32
L141 Gera 16 20 >256 >32
L204 Kentucky 0 9 >256 >32
L261 Istanbul 10 25 >256 =1
L271 Istanbul 8 25 >256 >32
L275 Istanbul 12 22 >256 >32
100 souches ont été sélectionnées pour la caractérisation moléculaire :

- identification des déterminants génétiques de la virulence
- identification des déterminants génétiques de la résistance
- typage moléculaire ((PFGE, MLST)
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Tableau II : Répartition des déterminants génétiques de la virulence des salmonelles isolées des
secteurs humain, animal et alimentaire.
Déterminants
Origine Phénotypes de résistance génétique de la Sérovars
virulence
Humaine/ selles invA,
de patients Souches sauvages n=3 spvR,orfL,pipD, Schwarzengrund, Nyborg,
sopB, misL Enteritidis
invA, orfL, pipD,
SXT n=2
sopB, misL Senftenberg, Corvallis
invA, orfL, pipD,
CF-TE n=1 sopB, misL Chester
invA, orfL, pipD,
GM-SXT-TE= 1
sopB, misL Kentucky
invA,
GM-NOR-CIP-NA=1 spvR,orfL,pipD,
invA,
NOR-CIP-NA-SXT-TE n=1 spvR,orfL,pipD,
invA, orfL, pipD, Brancaster, Somone,
SXT-TE n=4
sopB, misL Baildon
AMX-CTX-GM-TIC-AMC-CF-CAZ- invA, orfL, pipD,
SXT-C n=1 sopB, misL Poona,
Animale/ Fientes invA, spiC, orfL, Chester,Muenster, Offa,
de poulets Souches sauvages n=5 pipD, sopB,misL Virchow, nitra
invA, spiC, orfL,
TE n=7 pipD, sopB,misL Brancaster,Kentucky
invA, spiC, orfL,
SXT n=2 pipD, sopB,misL Brancaster, Chester
invA, spiC, orfL,
SXT-TE n=2 pipD, sopB,misL Brancaster
invA, spiC, orfL,
SXT-TE-C n=1 pipD, sopB,misL Kentucky
invA, spiC, orfL,
Kaapstad
AM-TIC-TE-SXT=1 pipD, sopB,misL
invA, spiC, orfL, Sandiego,Urbana,
NA-TE-NOR-CIP-SXT n=8 pipD, sopB,misL Brancaster, Chester
invA, spiC, orfL,
NOR-CIP-NA n=2 pipD, sopB,misL Urbana, Offa
invA, spiC, orfL,
AM-FOX-NA-NOR-CIP-C n=1 pipD, sopB Offa
AM-TIC-CF-FOX-CTX-AMC-CAZ- invA, spiC, orfL,
NA-TE-NOR-CIP n=1 pipD, sopB,misL Kentucky
GM-NA-TE-NOR-CIP-SXT n=1 pipD, sopB,misL Kentucky
GM-NA-TE-NOR-CIP n=1 pipD, sopB,misL Kentucky
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Tableau II : Répartition des déterminants génétiques de la virulence des salmonelles isolées des
secteurs humain, animal et alimentaire (suite).
Déterminants
Origine Phénotypes de résistance génétique de la Sérovars
virulence
Alimentaire / invA, orfL, pipD,
Carcasses de Souches sauvages n=2 sopB, misL Ouakam, Hadar
poulets invA, orfL, pipD,
TE n=1 sopB, misL Hadar
invA, orfL, pipD,
SXT-TE n=1 sopB, misL Kentucky
invA, orfL, pipD,
NOR-CIP-Na n=1 sopB, misL Kentucky
Istanbul, Ruzizi,
Yeerongpilly,Kentucky,
invA, spiC, orfL, Abony, Benfica, Sandiego,
NOR-CIP-NA-SXT-TE n=15 pipD, sopB,misL Hadar,
invA, orfL, spic,
NOR-CIP-NA-TE n=1 pipD,sopB, misL Farsta
invA, orfL, pipD,
NOR-CIP-NA-TE n=5 sopB, misL Kentucky, Brancaster
invA, orfL, pipD, Senftenberg, Kentucky,
AMX-GM-NOR-TIC-CIP-NA-TE n=4 sopB, misL Brancaster
AMX-NOR-AMC-CIP-NA-FOX-TE
n=1 invA, orfL, pipD Gera
invA, spiC, orfL,
AMX-GM-NOR-TIC-CIP-NA-TE n=1 pipD, sopB, misL Kentucky
AMX-NOR-CIP-CF-SXT-FOX-TE n=1 invA, orfL, pipD Ouakam

NOR-TIC-AMC-CIP-CF-NA-SXT-TE- invA, orfL, pipD,
C n=1 sopB, misL Senftenberg
1.3. PARRAF/REMENTA: Programme d’Appui à la Recherche en Réseau en Afrique /

Réseau Ouest Africain pour la Recherche sur les maladies entériques à potentiel
épidémique
Les objectifs spécifiques du REMENTA sont les suivants :
- développer un réseau de haute qualité basé sur la mise en œuvre et l’harmonisation de
protocoles, en s’appuyant sur les méthodes, procédures et outils pour le diagnostic des
maladies entériques existant déjà dans les équipes partenaires ;
- mettre en place des sites sentinelles de surveillance des maladies entériques en milieu urbain
pour estimer la charge de morbidité de la maladie dans les différents pays ;
- renforcer durablement les capacités et le transfert de connaissances dans les domaines
suivants : bactériologie, virologie et épidémiologie des maladies entériques ;
- apporter une expertise collective dans l’apparition de nouvelles souches, en particulier les
souches bactériennes multirésistantes ;
- développer une plateforme de communications, permettant les échanges entre équipes
partenaires, la diffusion d’informations et de publications sur les maladies entériques, etc.
Activités réalisées
- Création d’un site web : www.rementa.org
- Réunion de lancement (8-9 octobre 2013) voir le site (www.rementa.org).
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En 2014, nous avons organisé un atelier de renforcement des capacités techniques.

Objectifs généraux : Renforcer les capacités techniques des pays membres du réseau pour le diagnostic
au laboratoire des agents microbiologiques (Virus et bactéries) responsables de gastroentérites.
Objectifs spécifiques
- Former les participants à l’atelier de virologie au diagnostic moléculaire par PCR en point
final des rotavirus, des norovirus et des virus Aichi.
- Former les participants à l’atelier de bactériologie au diagnostic moléculaire des souches
d’E. coli entéropathogènes et à la recherche par PCR des supports génétiques de la résistance
aux antibiotiques des bactéries entéropathogènes.
- Renforcer les compétences de tous les participants en matière d'analyse descriptive des
données en fonction de leur type (Statistiques descriptives, description de valeurs
quantitatives et qualitatives, comparaison de données qualitatives, quantitatives).
Format de l'atelier
- Deux sessions parallèles de 6 jours en bactériologie et virologie du 5 au 10 mai 2014
(Alternance présentations théoriques, sessions pratiques au laboratoire).
- Une session en épidémiologie du 12 au 13 mai 2014.
Participants
2 participants par pays : 1 en virologie et 1 en bactériologie.
Pays : Burkina Faso, Guinée, Mali, Mauritanie, Niger, Sénégal
Facilitateurs de l'atelier
Session de Virologie : Unité de Virologie Médicale de l'Institut Pasteur de Dakar (Dr Kader Ndiaye) et
Laboratoire de Virologie du CHU de Dijon (Mr Maxime Bidalot)
Session de Bactériologie : Unité de Bactériologie Expérimentale de l'IPD (Pr Amy Gassama Sow) et
Unité des Bactéries Pathogènes Entériques de l'Institut Pasteur de Paris (Dr François-Xavier Weill)
Session d'Epidémiologie : Unité d'Epidémiologie des Maladies Infectieuses de l'IPD (Dr Vincent
Richard).
Résultats de l’évaluation des apprenants
Virologie
Intérêt 6
General Acquisitio
4 4 n
3 2
2
Acquisitio 1 Conseils à Animation
0
0
n autres
Epidémiolog Bactériologi
ie Pédagogie
e
Choix des
sujets
Il a été noté un très grand niveau d'intérêt pour l'atelier, qui serait très certainement conseillé à d'autres
personnes en lien avec des sujets jugés comme judicieux et un niveau d'acquisition jugé comme
excellent.
Si l'ensemble des différents cours a été jugé comme excellent en termes d'animation et de pédagogie,
les acquis en termes d'épidémiologie ont été jugés comme moins importants que pour les autres
domaines de l'atelier avec notamment un reproche sur la durée consacrée à cette partie du programme
(2 jours).
Activités programmées en 2015

Mobilité des jeunes chercheurs, Sud-sud (4 personnes) et Sud-Nord (2 personnes)
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Réunion scientifique de fin de projet (Novembre 2015).
1.4. Enquête sur la vente des antibiotiques dans la région de Dakar

L’objectif de ce travail est de donner des arguments scientifiques pertinents en faveur d’une meilleure
sensibilisation des pouvoirs publics et des populations sur le danger lié à l’utilisation irrationnelle des
antibiotiques.
Une fiche d’enquête regroupant tous les paramètres à étudier a été élaborée. Les informations
suivantes étaient recueillies :
- Les structures de ventes d’antibiotiques : officine, pharmacie hospitalière, structure informelle.
- La localisation de ces structures dans la région de Dakar : Dakar, Rufisque, Pikine,
Guédiawaye.
- Les caractéristiques des patients porteurs d’ordonnances : âge, sexe, pathologie ou motif de
consultation.
- Les différentes modes de délivrance des antibiotiques : antibiotiques vendus sur ordonnance
ou sans ordonnance.
- Les différentes familles des antibiotiques prescrites.
Les enquêtes ont débuté au mois d’Août 2013 et se sont terminées au mois de Novembre 2013.
La méthode a consisté à identifier les différentes structures de ventes d’antibiotiques dans la région et
à distribuer les fiches d’enquêtes à raison de 100 fiches par officine, soit :
- Département de Guédiawaye 700 fiches réparties dans 7 pharmacies privées.
- Département de Pikine 900 fiches réparties dans 9 pharmacies privées.
- Département de Rufisque 600 fiches réparties 6 pharmacies privées.
- Département de Dakar 2036 fiches dont :
- 1636 fiches dans 16 pharmacies privées.
- 250 fiches à l’hôpital de Fann
- 150 fiches au Centre de santé Phillipe Senghor
- 250 fiches dans les marchés parallèles (Keur Serigne Bi, les marchés hebdomadaires,
marchants ambulants et les boutiques).
L’analyse des résultats est en cours de finalisation.
2. Missions scientifiques, atelier, congrès

Pr Amy GASSAMA-SOW :
- Technical meeting of African Codex Experts on Food Hygiene, Nairobi, 28-30 October 2013.
- 46th session CCFH, Lima, Pérou, 17-21 November 2014.
3. Conclusions et perspectives
La résistance aux antibiotiques est devenue un réel problème de santé publique au Sénégal. Il est donc
nécessaire de mettre en place un outil de surveillance de cette résistance ; un projet a été déposé dans
ce sens (Appel d’offres du Fonds d’Impulsion pour la Recherche Scientifique et Technique).
L’étude du microbiote digestif en rapport avec certaines pathologies notamment la malnutrition sera
développée dans les années à venir.
Le niveau de production scientifique de l’unité doit être plus important. L’’arrivée de Guillaume de
Magny en accueil pour trois ans au sein de l’unité et le recrutement des chercheurs en post-doc devrait
permettre d’améliorer l’activité scientifique de l’unité.
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Laboratoire d’analyses médicales
Personnel
Responsable : Raymond Bercion (Médecin Biologiste)

Adjoints : Abdoulaye Seck (Pharmacien Biologiste), Chantal Mahou épouse Djemba-Douala
(Pharmacienne Biologiste), Thierno Abdoulaye DIALLO (Pharmacien Biologiste)
Responsable qualité : Estelle Niati
Major Technique : Ousmane Cissé
Chargé de clientèle : Malick Fall
Chef d’équipe secrétariat : Patricia Pina
Chef d’équipe infirmières : Marième Fall
Collaborations
- Unité d’épidémiologie des maladies infectieuses
- Unité de Bactériologie Expérimentale
Nationales
- Hôpital Le Dantec
- Hôpital d’Enfants Albert Royer
- Hôpital Principal de Dakar
- Centre Hospitalier de l’Ordre de Malte
- Université Cheikh Anta Diop
Internationales
- Institut Pasteur à Paris
- Instituts du RIIP
- Centre National de Référence des Staphylocoques, Lyon
- Université de Limoges
Introduction
Laboratoire polyvalent, le LABM de l’IPD accueille entre 300 et 350 patients par jour. Sa mission
première est de satisfaire aux demandes d’analyses de biologie médicale prescrites par des cliniciens
des secteurs privés et publics. Pour remplir cette mission, le laboratoire dispose d’une équipe de 42
personnes dont 4 biologistes, 9 secrétaires, 8 infirmières, 13 techniciens supérieurs, 5 agents de
laboratoires auxquels s’ajoutent un chargé de clientèle, une référente qualité et un major technique. Le
LABM est doté d’un parc d’automates récents et performants en biochimie et sérologie, ainsi qu’en
hématologie. A cela, s’ajoute son expertise dans le diagnostic et la surveillance de nombreuses
pathologies, notamment infectieuses.
Le LABM développe depuis plusieurs années une importante démarche de qualité dans l’objectif
d’obtenir une accréditation COFRAC selon la norme ISO 15 189 fin 2016.
Par ailleurs, le laboratoire a développé une activité de recherche et de santé publique axée sur les
infections bactériennes et virales et notamment sur la résistance aux antibiotiques.
96 sur 142
En 2014 nous avons clôturé l’étude du portage digestif des Entérobactéries productrices de
bétalactamase à spectre étendu (EBLSE) en milieu communautaire, dans la filière d’élevage de
porcs à Dakar. Ce travail financé sur fonds propres de l’IPD a permis l’inclusion de plus de 100
éleveurs et de 100 porcs au niveau de la ferme de Bignona dans la banlieue de Dakar à partir d’octobre
2013. Les inclusions, le recueil des données et la partie technique au laboratoire ont été réalisés en
collaboration entre l’unité d’épidémiologie, l’Unité de Bactériologie Expérimentale et le LABM. Ce
travail constitue le sujet de mémoire de DESC en pathologie infectieuse et tropicale d’une stagiaire de
l’université de Strasbourg qui a obtenu une bourse de la fondation Ledoux pour réaliser ce projet.
Les résultats de cette étude montrent un taux de portage d’EBLSE de 9,4% (10/106) chez les éleveurs
et de 31.4% (32/102) chez les animaux. La caractérisation moléculaire des BLSE est actuellement
terminée et un article est en cours de rédaction.
Les premiers résultats de ce travail ont fait l’objet d’une communication aux 15èmes Journées de
l’Hôpital Principal en mai 2014. Cette communication orale a reçu le prix des communications hors
thème de ce congrès (Dr Chantal Mahou).
D’autres projets ont été débutés en 2014 : BIRDY et KPHV.
Projet BIRDY, NAFY (au Sénégal) en début 2015 financé par la Fondation Total. Ce projet
multicentrique coordonné par le Dr Didier Guillemot de l’IPP a pour objectif (i) de déterminer
l’incidence des infections bactériennes résistantes aux antibiotiques chez l’enfant de moins de deux
ans (ii) de décrire les profils de résistance des pathogènes responsables (iii) d’identifier des facteurs de
risque d’acquisition de ces BMR chez les petits enfants.
Il s’agit d’une étude de cohorte comportant 300 enfants nés consécutivement dans la zone d’étude en
milieu urbain (région de Guédiawaye, banlieue de Dakar) et 300 enfants en milieu rural zone de
Sokone dans le Sine-Saloum.
Les inclusions ont débuté au cours du deuxième semestre 2014 et se poursuivront jusqu’en fin 2015.
Collaboration avec l’UEMI (Vincent Richard, Awa Ndir).
Projet KPHV : Rôle du portage intestinal dans l’émergence de clones hyper-virulents et/ou hyper-
résistants aux antibiotiques de Klebsiella pneumoniae. Cette étude est un projet connexe du précédent
qui sera mené chez les mères incluses dans le projet BIRDY. Les inclusions ont également commencé
fin 2014 et se poursuivront en 2015 pendant toute la durée des inclusions du projet BIRDY. Il s’agit
d’un projet ACIP multicentrique coordonné par le Dr Sylvain Brisse (Evolutionary Microbial
Genomics, IPP). Collaboration avec UEMI (Vincent Richard) et Unité de Bactériologie Expérimentale
(Amy Gassama-Sow).

Le laboratoire apporte son expertise dans le domaine de l'identification des entérobactéries,
particulièrement le sérotypage et la détermination de la sensibilité aux antibiotiques des souches de
Salmonelles, de Shigelles, et d’E. coli entéropathogènes qui lui sont adressées par les différents
laboratoires de microbiologie du territoire national et de la sous-région.
En 2014 nous avons ainsi caractérisé 82 souches de Salmonella et seulement deux souches de Shigella.
Le LABM participe également à la surveillance de la résistance aux antibiotiques dans le cadre du
Réseau National des Laboratoires (RNL). Dans ce domaine des collaborations existent avec le RNL,
l’Université (UCAD), et les hôpitaux de Dakar.
97 sur 142
Une reprise des relations avec le programme national de lutte contre la tuberculose reste cependant
hautement souhaitable. En 2014, nous avons isolé et identifié 67 souches du complexe Mycobacterium
tuberculosis. Les antibiogrammes ne sont pas systématiquement réalisés (Cf 3.3.4.).
Cet important travail de surveillance de la résistance aux antibiotiques justifiait la nécessaire
modernisation de nos équipements dans ce domaine. Nous avons pu remplacer le système de lecture
interprétation de l’antibiogramme OSIRIS par le système ADAGIO (BioRad) qui permet la lecture et
l’interprétation des antibiogrammes par la méthode de diffusion. Cet automate permet en outre des
analyses épidémiologiques de la résistance aux antibiotiques à partir de son importante base de
données.
3. Activités de service
3.1. L’activité en quelques chiffres

En 2014, l’activité d’analyses médicales évaluée en nombre de dossiers clients était de 80 295(+3.4%)
par rapport en 2013 (figure 1). L’activité en lettre clé B était de 13.1 millions (+ 6.4%).
Cette importante progression de l’activité en 2014 est en grande partie due à l’extension de nos
capacités d’accueil et de prélèvements des patients réalisée en 2014. Nous avons ouvert deux
nouveaux box d’enregistrements et deux box de prélèvements dans un bâtiment proche du laboratoire,
ce qui nous a permis d’accueillir plus de clients dans de meilleures conditions, de raccourcir très
sensiblement les délais d’attente (données objectives obtenues à partir du système de gestion de la file
d’attente). L’effet a été très rapidement sensible et mesurable en termes de fréquentation et de
satisfaction de la clientèle.
Par ailleurs, les limites de capacités techniques d’analyses du laboratoire ne sont pas atteintes et un
projet d’ouverture d’un centre de prélèvements dans une zone dépourvue de laboratoire en banlieue
dakaroise est en projet pour 2015.
D’autres éléments ont favorisé cet accroissement de l’activité :
- l’amélioration des activités en spermiologie (1708 spermogrammes et 400 spermocultures en
2014). L’équipement du secteur a été complété par un analyseur de sperme humain en 2014.
- la charge virale dans le cadre de l’infection à virus de l’hépatite B. Jusque là sous-traitée, cette
activité a été relocalisée en fin 2013. Nous avons développé une collaboration avec la société
All-Diag de Strasbourg pour la mise en œuvre de la mesure de cette charge virale par RT-
PCR. L’activité a été de 2350 déterminations en 2014.
- la relocalisation des analyses les plus fréquemment demandées. Cette démarche est à
poursuivre dans les années à venir.
- l’accroissement de l’activité prélèvements à domicile : modernisation des équipements, mise
aux normes et extension des horaires de prélèvements.
3.2. La démarche qualité

Cette importante activité ne peut se concevoir en dehors de la mise en œuvre concomitante d’une
démarche de qualité au laboratoire. Ainsi, le LABM s’est fixé comme objectif majeur l’obtention de
l’accréditation COFRAC selon la norme ISO 15189 en 2016 avec comme portée d’accréditation le
secteur de la biochimie. Depuis 2011, le LABM a mené des actions permettant de clôturer certains
écarts constatés lors de l’audit à blanc du TUNAC (Tunisian Accreditation Council) dans le cadre de
la politique d’accompagnement des laboratoires de la sous-région à l’accréditation de l’UEMOA. Le
laboratoire participe aussi aux audits et évaluations menées par le réseau national des laboratoires du
Sénégal.
98 sur 142
Ainsi plusieurs audits et évaluation ont été menés en 2014 : 2 audits internes (gestion de stock,
matériels et réactifs), un audit externe (réseau des laboratoires du Sénégal), un audit de suivi TUNAC,
et le bilan a été présenté au cours d’une revue de direction.
L’ensemble du processus gestion des stocks a également été évalué. Le processus évaluation externe
de la qualité a également été optimisé. Nous avons participé à plus d’une centaine de contrôles
externes de la qualité en 2014 (PROBIOQUAL, CTCB, ANSM, Biologie Prospective). Le taux de
réponse est de 92% en amélioration par rapport à 2013. De même 100 % des paramètres de la portée
d’accréditation testés ont obtenu des scores ≥7.5/10.
3.3. Profil de résistance aux antibiotiques des pathogènes bactériens
3.3.1. Entérobactéries
Les taux de résistances aux antibiotiques des souches d’Entérobactéries d’origine humaine isolées au
LABM en 2014 sont présentés dans le tableau 1.
Tableau 1 : Pourcentage de résistances (R+I) des entérobactéries isolées en 2014 au LABM

Souches n AMX AMC TIC CF FOX CTX CAZ IMP NA CIP SXT GE FOS
E. coli 457 85,6 74 83,2 49 10,3 33,7 33,5 1,3 64,1 57,3 83,6 31,7 2,8
K. pneumoniae 126 - 77 - 59,5 38,1 53,2 56,3 4 69 67,5 85,7 47,6 14,3
E. cloacae 40 - - 77,5 - - 57,5 55 15 72,5 65 72,5 55 7,5
M. morgannii 20 - - 60 - 90 25 30 40 75 75 80 45 80
Salmonella sp* 44 11,4 11,4 9,1 2,3 2,3 0 0 0 6,8 6,8 43,2 9,1 2,3
AMX : amoxicilline, AMC : amoxicilline + acide clavulanique, TIC : ticarcilline, CF : céfalotine, FOX : céfoxitine, CTX : céfotaxime, CAZ :
ceftazidime, IMP: imipénème, NA : acide nalidixique, NOR : norfloxacine, CIP : ciprofloxacine, SXT : cotrimoxazole, GE : gentamicine,
FOS : fosfomycine.
* : souches d’origine humaine
Durant l’année 2014, le Centre National Sénégalais des entérobactéries (CNSE) a identifié 82
salmonelles dont 44 d’origine humaine, 36 d’origine alimentaire et une souche d’origine animale
(Tableau 2).
Tableau 2 : Distribution des sérotypes de Salmonelles isolés en 2014 selon leur origine.
Origine Sérotypes
Humaine (n=44) Kentucky (n=5), Chartres (n=3), Give (n=2),
- Selles (n=43) Johannesburg (n=2), Nima (n=2), Santiago (n=2), Schawarzengrund
- Urines (n=1) (n=2), Urbana (n=2)
N=1 : Babelsberg, Blukwa, Brancaster, Chester, Corvallis, Cubana,
Ekotedo, Enteritidis, Fresno, Gatuni, Havana, Ipeko, Marouna,
Mornington, Ngaparou, Oakey, Ouakam, Paratyphi A (urines),
Poona, Tafo, Telelkebir, Typhimurium, Vinohrady, Waycross,
Wernigerode.
Alimentaire (n=35) Istanbul (n=13), Brancaster (n=11), Senftenberg (4), Sandiego
(n=3), Vejle (n=3), Jangwani (n=1), Tymhimurium (n=1).
Animale (n=1) Vejle
Seules deux souches de Shigella sonnei et Shigella boydii ont été isolées en 2014, toutes deux
résistantes aux sulfamides et au cotrimoxazole.
99 sur 142
De plus, Shigella sonnei était résistante aux fluoroquinolones et aux cyclines alors que Shigella boydii
était résistante aux amino et ureidopéncillines.
Pour l’année 2014, 180 souches d’entérobactéries uropathogènes productrices de BLSE ont été isolées
réparties comme suit : E. coli (n=107), K. pneumoniae (n=51), E. cloacae (n=12), M. morganii (n=3),
P. mirabilis (n=3), C. freundii (n=3) et E. sakazakii (n=1).
3.3.2. Bacilles à Gram négatif non fermentaires

Les taux de résistance aux antibiotiques de Pseudomonas aeruginosa, d’Acinetobacter baumannii et
de Burkholderia cepacia isolés en 2014 au LABM sont présentés dans le tableau 3.
Tableau 3 : Pourcentage de résistance (R+I) des souches de P. aeruginosa, d’A. baumanii et de B.

cepacia isolées en 2014 au LABM.
Souche n PIP TZP TIC TCC AZT CAZ FEP IMP RA CIP AN GE
Ps. aeruginosa 93 22,3 21,5 57 47,3 55,9 17,2 23,7 12,9 82,8 43 16,1 46,2
A.baumanniii 18 61,1 86 55,6 50 88,9 94,4 66,7 83,3 11,1 61,1 11,1 61,1
B.cepacia 3 S S R R R S S R R R R R
PIP : pipéracilline, TZP : pipéracilline + tazobactam, TIC : ticarcilline, TCC : ticarcilline + ac. clavulanique, AZT : aztréonam,
CAZ : ceftazidime, FEP : céfépime, IMP: imipénème, RA : rifampicine, PEF : pefloxacine, CIP : ciprofloxacine, AN : amikacine, GE :
gentamicine.
R: Résistante, S: Sensible
3.3.3. Staphylococcus aureus

Les taux de résistances aux antibiotiques de S. aureus observés en 2014 sont rapportés dans le
tableau 4. Les souches résistantes à la méthicilline (SARM) représentaient 14,1 % des isolats.
Tableau 5 : Pourcentage de résistances aux antibiotiques (R+I) des souches de S. aureus isolées en
2014 au LABM.
Souche n P FOX CIP GE PST CLI LIN LZL FOS VAN TET
S. aureus 78 85,9 14,1 5,1 3,8 0 1,3 2,6 0 2,6 0 37,2
P : pénicilline, FOX : cefoxitine, CIP : ciprofloxacine, GE : gentamycine, ERY : érythromycine, PST : pristinamycine, CLI : clindamycine,
LIN : lincomycine, LZL: linézolide, FOS : fosfomycine, FUC : fucidine, RIF : rifamycine, VAN : vancomycine, TET : tétracycline.
3.3.4. Mycobactéries
Durant l’année 2014, 748 prélèvements ont été examinés provenant de 473 patients.
Quatre-vingt-treize % étaient d’origine pulmonaire (n=699) dont 693 expectorations.
70 Souches de Mycobactéries ont été isolées :
- M. tuberculosis (n=59)
- M. africanum (n=8)
- Mycobactéries atypiques (n=4)
Seules trois souches ont fait l’objet d’un antibiogramme réalisé par la méthode des proportions, et qui
présentaient une sensibilité aux quatre antituberculeux de première ligne.
100 sur 142

4. Perspectives
Le LABM a accru de façon significative son activité en 2014. Plusieurs éléments ont permis cet
accroissement de l’activité : le déploiement de nouvelles analyses sur site comme les charges virales
du VHB, la réhabilitation des locaux et l’automatisation de l’activité spermogramme, le renforcement
de l’activité prélèvements à domicile, l’accroissement des prestations concernant les visites médicales
d’entreprises. Cependant, c’est l’extension de nos capacités d’accueil et de prélèvements dans un autre
bâtiment du site en août 2014 qui nous a permis d’optimiser nos capacités d’accueil de patients. Cette
extension nous a permis d’accueillir dans d’excellentes conditions une clientèle qui jusqu’à présent
hésitait à recourir à nos services compte tenu des délais d’attente estimés. L’effet positif de cette
extension s’est immédiatement traduit par une augmentation franche de notre activité en termes de B,
de nombre de patients, et bien sûr en chiffre d’affaires.
Nous avons sollicité une autorisation du Ministère de la santé et de l’action sociale pour ouvrir un
centre de prélèvements dans une zone de Dakar ou de ses environs dépourvue de laboratoire. Cette
ouverture prévue en 2015 devrait nous permettre d’augmenter la visibilité de l’Institut Pasteur dans
Dakar, et de faciliter l’accès à des analyses biologiques de qualité à une clientèle éloignée.
L’année 2014 nous a permis de proposer notre participation à plusieurs projets de recherche dont les
projets BIRDY (NAFY), KPHV, MALINEA. Ces projets qui intéressent essentiellement la
bactériologie et la résistance aux antibiotiques justifient l’acquisition en 2014 de l’automate de lecture
et d’interprétation des antibiogrammes ADAGIO.
L’accréditation du LABM demeure un objectif prioritaire même si les disponibilités actuelles du

COFRAC ne nous permettrons pas d’espérer une finalisation avant le deuxième semestre 2016.
L’augmentation de l’activité et l’extension du LABM, de même que notre participation à des projets
de recherche et de santé publique ne pourront être correctement assurés que si les efforts déjà
consentis pour le renouvellement d’équipements, mais aussi sur l’environnement technique et les
personnels sont poursuivis de façon régulière et programmée.
101 sur 142

Laboratoire de sécurité alimentaire et

hygiène de l’environnement
Personnel
Responsable du laboratoire (RL) : Pr Amy Gassama Sow

Secrétariat : Catherine Basse
Chargé Clientèle (CC) : Ibra Fall Gaye
Responsable Technique (RT) : Maram Sarre Mbow
Responsable Qualité (RQ) : Colette Gomis-Mansaly
Techniciens de laboratoire : Mame Fatou Dème, Saidou Nourou Dème, Ndèye Mossane Diébaté,
Adama Sarr Ka
Aides laboratoire : Vincent Dasylva, (préleveur et préparateur de milieux de culture), Amadou
Makhtar Guèye (Suppléant préparateur de milieux de culture)
Manœuvre spécialisé: Joseph Cabo
Collaborations
- Unité de production du vaccin contre la fièvre jaune
- Laboratoire d’analyses médicales
- Unité de Bactériologie Expérimentale
Nationales
- Ministère du Commerce, Laboratoire du Commerce Intérieur
- Direction de l’Elevage, Dr Coumba Kébé Guèye
- Direction des Industries de Transformation des produits de la Pêche (DITP), Mr Diène Faye
- Association Sénégalaise de Normalisation, Mme Mame Sine Mbodj-Ndiaye
- Ecole InterEtats des Sciences et Médecines Vétérinaires, Laboratoire de Microbiologie,
Immunologie et Pathologie Infectieuse, Pr Rianatou Alambédji
Agréments
- Laboratoire officiel des autorités compétentes du Sénégal pour les analyses microbiologiques
des produits de la pêche destinés à l’exportation (Ministère en charge de la Pêche)
- Ministère en charge du Commerce
International
- Codex Alimentarius : Commission du Codex en Hygiène Alimentaire
- Global Foodborne Network (GFN / WHO)
- Programme EDES/UE (formations au système de sécurité alimentaire dans les pays ACP)
- Pan African Quality Infrastructure (PAQI)
- Programme d’Appui au Commerce et Intégration Régionale (PACIR)
102 sur 142

Introduction
Le 2 Février 2014, un incendie s’est déclaré à la salle des pathogènes entraînant un arrêt des
prestations pendant un mois, un réaménagement de l’unité de microbiologie et une délocalisation de
l’unité de chimie. L’activité a enregistré une légère baisse : 6480 dossiers traités en 2013 contre 6441
en 2014. La microbiologie reste l’activité dominante du LSAHE (81%) ; elle connaît une légère baisse
par rapport à l’année précédente (88%).
En ce qui concerne l’amélioration continue, seize non conformités ont été rapportées en 2014 dont
cinq réclamations. Deux (02) audits internes (un suivi et un complet). Plus de 80% des essais
interlaboratoires ont donné un résultat satisfaisant.
Dans le cadre du programme PACIR, le LSAHE a organisé un circuit d’essais interlaboratoires
incluant 3 laboratoires d’essais du Sénégal et 8 autres laboratoires répartis à travers l’Afrique de
l’Ouest (Togo (1), Mali (1), Bénin (1), Côte d’Ivoire (5)) et un laboratoire référent en France. Par
ailleurs, le LSAHE intervient dans la formation des étudiants inscrits à l’Université Cheikh Anta Diop
de Dakar : (DUT Industrie alimentaire à l’Ecole Supérieure Polytechnique, Master II de contrôle de
Aliments et des médicaments de la Faculté de Médecine Pharmacie et d’Odontologie), ainsi que les
étudiants inscrits en Industries Agro-alimentaires de l’Institution Sainte Jeanne D’Arc Post Bac en
Licence Professionnelle Qualité, Sécurité Environnementale et Alimentaire.
Le volet alimentaire du projet WHO/AGISAR/GFN sur la surveillance intégrée et l’antibiorésistance
des salmonelles d’origine humaine, animal et alimentaire s’est achevé en 2014.
1.1. Analyses
L’évolution de l’activité en nombre de dossiers de 2007 à 2014 est présentée à la figure 1 et leur
répartition sectorielle en 2014 à la figure 2.
L’activité microbiologique de l’eau reste l’activité dominante du LSAHE. Cette activité devrait être
accréditée afin de rentabiliser les coûts liés à la qualité et d’améliorer nos performances dans ce
domaine.
8000
7000 6801
6480 6441
6000 5890 5894
5593 5721
5257
5000
4000
3000
2000
1000
0
2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014
Figure 1 : Evolution du nombre de dossiers traités au LSAHE de 2007 à 2014.

103 sur 142

0,43% 0,57%
Microbiobiologie Eaux
18,00%
Microbiologie Aliments
Microbiologie Environnement 5,00%
Chimie Eaux
Chimie Aliments
24,00%
Divers 52,00%

Figure 2 : Répartition sectorielle des 6441 dossiers au LSAHE en 2014.
1.2. Essais interlaboratoires

Une des exigences de l’accréditation (§5.9 de la norme ISO/CEI 17025) est que le laboratoire qui a
cette reconnaissance doit être à même de pouvoir apporter la preuve de la qualité des prestations
analytiques réalisées et ceci par sa participation à des essais d’aptitude organisés par des organismes
de comparaison inter-laboratoires (OCIL).
Le LSAHE est abonné à 03 contrôles qualité, pour la microbiologie : RAEMA, LGC (aliments),
AGLAE (eaux).
La figure 3 ci-dessous montre un dépassement de l’indicateur de performance pour la quasi totalité des
paramètres. La baisse de performance pour la flore aérobie mésophile totale doit être étudiée.
120
100
CT Entéro CTh E coli Staph B cereus LM R.List
80
D.List Salm
60 FAMT
40
ASR
20
0
0 2 4 6 8 10 12 14
Figure 3 : Résultats et indicateur de performances des essais interlaboratoires pour la microbiologie
des aliments.
104 sur 142

2. Activités commerciales
En 2014, le nombre de contrats a augmenté (38 contrats en janvier 2014 et 44 contrats en janvier
2015).
Dans une perspective de croissance, le LSAHE a ciblé les points suivants :
- Elargir nos parts de marché au niveau des appels d’offres comme la SONES par la mise en
place d’une politique de prix plus compétitif.
- Investir sur la chimie pour attaquer le marché des métaux lourds, hydrocarbures, vitamines,
histamine.
3. Point qualité
Les actions réalisées dans le plan d’amélioration continue défini par le laboratoire sont les suivantes :
- 16 non conformités ont été relevées en routine pour l’année 2014 dont 5 réclamations clients.
- 1 revue de direction réalisée : 02 audits internes ont été réalisés au niveau du laboratoire : un
audit complet et un audit de suivi.
3. Activités de recherche et d’expertise

3.2. Activités de recherche
En 2014, nous avons finalisé la recherche Salmonella chez les poulets (Projet WHO/AGISAR),
vendus en étalage dans huit marchés polyvalents de Dakar (Castors, Tilène, Parcelles Assainies,
Colobane, Fass, Grand Yoff, Grand Dakar, Sandaga).
Les résultats de l’étude ont montré que 53% des poulets vendus dans les marchés de Dakar étaient
contaminés par les salmonelles (160/300). Sur les 305 souches de salmonelles isolées 275 ont été
sérotypées et soumises au test de sensibilité vis-à-vis de différents antibiotiques. La figure 3 ci-dessous
montre la répartition des différents sérotypes. Les sérotypes Brancaster et Kentucky sont devancés par
Istambul. Les principaux résultats sont les suivants :
- Les variations mensuelles montrent deux pics en Décembre 2012 et juin 2013 (fig. 4).
- 81% des souches alimentaires résistaient à au moins un antibiotique. Les résistances vis-à-vis
des tétracyclines et du cotrimoxazole sont quasi constantes (fig.5). 21% des souches résistaient
au quinolones et aux fluoroquinolones. Certaines souches des sérotypes Hadar, Kentucky,
Senftenberg, Yeerongpilly sont particulièrement résistantes (jusquà 10 antibiotiques).
- Régression des séroypes classiques (Hadar, Kentucky, Senftenberg) au profit de l’émergence
de nouveaux sérotypes (Istambul, Brancaster).
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Figure 3 : Variation des sérovars de Salmonelle d’origine alimentaire
Figure 4 et 5 : Variations mensuelles des salmonelles isolées des carcasses de poulets

Pourcentage de résistance aux antibiotiques des salmonelles d’origine alimentaire
3.2. Expertise
Le LSAHE a également entrepris en 2014-2015 l’organisation pratique d’un circuit de préparation et
d’envoi d’échantillons dans 11 laboratoires de l’Afrique de l’Ouest dans le cadre du programme
PACIR (Programme d’Appui au Commerce et intégration Régionale).
CODINORM (Organisme national de normalisation de Côte d’Ivoire) a édité un ensemble de projets
de normes de spécifications techniques en appui au développement de filières non conventionnelles de
certaines productions agricoles dans le cadre du Programme d’Appui au Commerce et intégration
Régionale (PACIR) financé par l’Union européenne. Une des exigences de cette norme internationale
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est que les laboratoires puissent être en mesure de surveiller la validité et la qualité des résultats de
leurs essais en participant à des programmes de comparaisons interlaboratoires (essais d’aptitude). Or
il n’existe pas actuellement de circuits organisés spécifiquement sur ces produits qui font
essentiellement l’objet d’échange au niveau de l’Afrique de l’Ouest. Un des volets de ce programme
est donc l’organisation d’essais interlaboratoires sur ces produits sur les principaux critères de qualité
définis dans les normes CODINORM. Ce volet a été confié au LSAHE pour l’expertise qu’il a acquise
en la matière. Les matériaux de référence étaient la semoule de mil et attiéké déshydratés.
Le LSAHE a procédé au contrôle qualité de la semoule de mil non dopé. Nous avons ensuite dopé des
échantillons avec une souche d’E. coli référencée et procédé à des contrôles réguliers (contrôle
homogénéité et stabilité). Nous avons ensuite procédé au conditionnement et à l’expédition des
échantillons. L’organisation de ce premier circuit a été un succès et les résultats obtenus par les
différents laboratoires ont montré une performance acceptable de l’ensemble des laboratoires
participants pour la recherche d’E. coli sur l’échantillon de farine de mil dopé.
Une performance acceptable de l’ensemble des laboratoires participants pour le dénombrement de la
flore aérobie mésophile totale (FAMT) et Bacillus cereus sur l’échantillon de farine de mil. A noter
que l’analyse statistique des résultats des autres germes (E. coli, coliformes, staphylocoques, levures..)
n’a pu être réalisée du fait de la grande dispersion des résultats obtenus.
Une performance acceptable de l’ensemble des laboratoires participants pour les paramètres de la flore
aérobie mésophile totale (FAMT), des moisissures, des bactéries sulfito-réductrices et de Bacillus
cereus sur l’échantillon d’Attiéké déshydraté.
Conclusion
Le maintien de l’équilibre financier du LSAHE passe par (i) la mise en place d’une politique de prix
plus compétitif, (ii) un investissement en matériel pour la chimie (SAA, HPLC), (iii) une meilleure
gestion des stocks de réactifs et milieux de culture.
L’accréditation de la microbiologie de l’eau s’avère nécessaire compte tenu de la demande et du
volume d’activités dédié.
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Service médical et centre de vaccinations
Personnel du service
Responsable : Dr Mamadou Korka Diallo
Collaboration technique : Dr Ndèye Anta Dicko Thiam
Infirmière : Mme Fatou Bintou Badji
Introduction
Le centre médical regroupe différents activités :
- le service médical chargé de la prise en charge médicale du personnel de l’Institut Pasteur de
Dakar et de leurs familles
- la médecine du travail
- le centre antirabique
- le centre de vaccinations internationales
1. Activités du service médical

Le service médical fonctionne tous les jours ouvrables du lundi au vendredi conformément aux
horaires en vigueur à l’Institut Pasteur de Dakar. Le suivi médical du personnel et des ayants droit se
déroule selon une procédure rédigée par le service médical et validée par la Direction de l’Institut qui
définit la politique de prise en charge médicale du personnel de l’Institut (tableau 1).
En 2014, l’activité médecine générale s’est traduite par 2064 consultations, dont 1105 au profit du
personnel de l’Institut et 959 pour les ayants droit.
Jan Fev Mars Avr Mai Juin Juil Aout Sept Oct Nov Dec Total
Consultations
médicales du 65 84 86 95 84 89 93 99 112 94 89 115 1 105
personnel
Consultations
famille de 70 95 84 98 97 84 75 57 74 85 65 75 959
personnel
Consultations
de médecine du 8 4 25 30 39 35 68 15 14 28 11 12 289
travail
Tableau 1 : Bilan des activités de médecine générale et de médecine du travail en 2014
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2. Activités de médecine du travail

Ces activités intègrent un cadre réglementaire régi par le Décret n° 2006-1258 du 15 novembre 2006
fixant les missions et les règles d’organisation et de fonctionnement des services de Médecine du Travail.
Durant l’année 2014, le service médical a effectuée 264 activités dont 15 enquêtes suite à des
accidents de travail. Tous ces accidents ont été entièrement pris en charge par l’Institut Pasteur de
Dakar.
3. Activités du Centre Antirabique

Il fonctionne tous les jours ouvrables du lundi au samedi conformément aux horaires en vigueur à
l’Institut Pasteur.
En 2014, 1290 patients (1197 en 2013) ont été reçus en consultation, 1055 en post exposition et 235 en
préexposition, soit une moyenne 107 consultants environ par mois.
L’évolution du nombre de personnes prise en charge de 2011 à 2014 est présentée au tableau 2.
2011 2012 2013 2014

Nb de consultants 875 1099 1197 1290
Tableau 2 : Nombre de personnes prises en charge au CAR de 2011 à 2014
4. Activités du centre de vaccinations internationales

Il fonctionne tous les jours ouvrables du lundi au jeudi de 14H à 16H, vendredi de 15H à 17H et
samedi de 09H à 11H.
Les vaccinations pratiquées sont : le BCG, la fièvre jaune, l’hépatite B, la méningite et la typhoïde. Par
ailleurs des tests d’intradermo-réaction à la tuberculine y sont effectués tous les mercredis en même
temps que le BCG (tableau 3).
Vaccins Janv Fev Mars Avr Mai Juin Juil Aout sept Oct Nov déc Total
Fièvre jaune 328 323 377 415 380 490 600 770 473 470 349 317 5 292
Hépatite B 109 132 132 142 90 118 108 106 124 137 100 123 1 421
BCG 77 94 83 120 106 110 120 170 83 0 0 0 963
Fièvre typhoïde 36 36 62 82 33 50 42 75 61 56 41 47 621
Méningite 50 50 53 109 67 86 85 156 120 62 74 66 978
IDR 264 302 343 463 309 260 160 0 0 80 201 193 2 575
Tableau 3 : bilan des activités de vaccinations et d’IDR en 2014
109 sur 142

Unité du vaccin fièvre jaune

Laboratoire de production (LP)
Laboratoire de contrôle qualité (LCQ)
Cellule Assurance qualité
Personnel de l’Unité
Direction et Pharmacien Responsable : Dr Nathalie Robineau
Responsable Production : Djibril Ndiaye
- Chef d’équipe : Adama Sarr Ndiaye
- Techniciens supérieurs : Assane Soumaré, El Hadji Oumar Seck, Adama Camara, Kader
Cissé, Cherif Sylla
- Agents de laboratoire : Lamine Sambou, Ndick Dione, Demba Sene
- Manœuvre : Amadou Dia
Responsable LCQ : Dr Antoine Marie Diatta
- Techniciens supérieurs : Ramata Fall Diallo, Nassanssou Faye Coulibaly, Khadidiatou
Coundoul Gadji, Serge Isaac Amdy Faye
- Manœuvre : Mamadou Dia
Responsable AQ-UVFJ : Mme Marième Dia
Responsable projet : Lamine Sene (de janvier à mai) – Cheikh Mbaye (de août à novembre)
L’Institut a, depuis 1937, une mission originale de production de vaccin amaril. Il est le seul des
quatre producteurs de vaccins antiamarils dans le monde pré-qualifiés par l’OMS : Sanofi-Pasteur
(France), Bio Manguinhos (Brésil), l'Institut Chumakov (Russie), à être situé en Afrique.
L’année 2014 a été marquée par :

- la reprise de la production de pulpe vaccinale (le principe actif du vaccin) après rénovation
complète en 2013 de la zone d’inoculation/récolte
- la survenue de différents problèmes de production de vaccin ayant entrainé l’élimination d’un
pourcentage de lots important. Les causes de ces problèmes ont pu être identifiées et
différentes actions ont été mises en œuvre pour les résoudre.
Le projet de construction d’une nouvelle unité de production pour remplacer l’unité actuelle, mise en
service depuis près de 30 ans, a été baptisé projet AfricAmaril. Deux faits important ont bousculé les
prévisions faites fin 2013.
Au mois de février, au cours d’une entrevue avec une délégation du Conseil de Fondation, le Président
de la République, Monsieur Macky SALL, a, au titre de l’appui du Sénégal à ce projet, attribué un
terrain de 1,7 Ha sur le site du Pôle urbain de Diamniadio et du Lac Rose et une subvention de
1milliard de CFA.
Cet appui a entraîné le changement de site du projet (prévu sur le site de Mbao), l’interruption du
processus de sélection de l’Assistance à Maitrise d’Ouvrage (AMO), la mise à jour du dossier d’appel
d’offres et la relance de cet appel d’offres en octobre 2014.
Les activités de l’unité du vaccin fièvre jaune font l’ojet d’un rapport spécifique.
110 sur 142
Service informatique
Personnel
Responsable : Mme Haby Sarr Njiwa
Adjoint (Administrateur systèmes et réseaux) : M. Demba Dioum
Technicien Helpdesk : M. Mamadou Moustapha Thiaw
Introduction
La mission principale du Service informatique est d'assurer la disponibilité, la sécurité et l’évolution
du système d’information et des moyens de télécommunications pour l’ensemble des unités et services
de l’Institut Pasteur de Dakar.
Le Service s'occupe plus particulièrement des activités suivantes:
- l'étude, la conduite et la réalisation de projets liés à l'informatique ;
- l'acquisition des biens et services informatiques ;
- l'exploitation des infrastructures qui comprend :
o la définition et la maintenance des configurations hardware et software ;
o la disponibilité et la sécurité du réseau et des installations ;
o la sauvegarde, la restauration et l'archivage des données ;
o la gestion des équipements ;
- la formation et l'assistance aux utilisateurs.
Pour assurer ces tâches, le Service Informatique compte 3 personnes : le chef du service, un
administrateur systèmes et réseaux (adjoint au chef de service) et un technicien helpdesk.
L'année 2014 a été assez dense pour le Service Informatique. Nous avons participé à des projets
présentant un enjeu important pour l’Institut (remise en service du LSAHE après un incendie,
réorganisation de l’armoire informatique du LABM, mise en place du centre de prélèvements annexe
du LABM, réunion régionale des IP d’Afrique…).
1. Activités principales
L’administration des systèmes et réseaux, la gestion du parc informatique, le développement de
logiciels et d’applications spécifiques, le support aux utilisateurs et la mise sous assurance qualité des
services offerts aux clients constituent les activités principales du service informatique.
1.1. Administration des systèmes

Les activités d’administration des systèmes ont essentiellement été :
- Gestion et mises à jour automatiques des services nécessaires au fonctionnement du réseau
(contrôleurs de domaine, DNS, Serveur Antivirus, Serveur d’impression, Serveur de mise à
jour des clients Windows, Serveurs de fichiers et partage de données communes) sous
Windows 2008 Server.
- Gestion et mises à jour automatiques du serveur d’antivirus réseau avec Kaspersky pour les
serveurs sous Windows 2008 Server et pour toutes les machines de l’Institut pour une
meilleure détection des virus informatiques et leur élimination.
111 sur 142

- Gestion et mises et à jour du serveur sous Linux CentOS 5 et des services nécessaires au
fonctionnement de la messagerie électronique, du service web, du filtre anti-spam, du serveur
DNS et du filtre des connexions internet.
- Gestion et mise à jour de VMware Virtual Center pour l’administration de l’infrastructure des
machines virtuelles.
- Gestion et mises et à jour du serveur sous Linux CentOS 6 et des services nécessaires au
fonctionnement d’un serveur d’applications, du serveur WEB intranet et d’outils
d’administration réseaux.
- Migration des platines du SYSLAM vers la mise en place des clients légers pour le LABM.
- Mise en place d’alertes SMS pour le rendu des résultats, paiement par carte bancaire et test
pour la carte O de la mutuelle santé de la Sonatel pour le LABM.
En 2014, nous avons également rédigé le cahier des clauses techniques particulières pour la mise en
place d'un centre de données (Datacenter) et la virtualisation des ressources (serveurs, stockage et
machines clientes).
1.2. Administration du réseau :
Les principales activités d’administration du réseau local ont été :

- La gestion et le suivi des commutateurs CISCO du réseau local et des interconnexions inter-
bâtiments et du paramétrage pour les VLAN.
- La gestion et le suivi de la ligne LS dédiée au trafic des serveurs et de la ligne ADSL 2 Mo
dédiÉE au trafic Internet sur le routeur CISCO
- La gestion et suivi du matériel CISCO ASA 5550 pour la DMZ et pour la sécurité des serveurs
et du réseau.
- La gestion des tunnels VPN entre CODAT et l’IPD pour la télémaintenance du LABM par
CODAT, entre IRD et l’IPD pour l’unification des bases de données de DIELMO.
- La réorganisation de l’armoire informatique se trouvant dans le bureau des biologistes et qui
connecte tous les utilisateurs du bâtiment principal.
- Le re-câblage du Laboratoire de Sécurité Alimentaire et d’Hygiène de l’Environnement
(LSAHE) après l’incendie qui y a eu lieu en début 2014.
- Le câblage des locaux devant abriter le centre de prélèvement annexe du Laboratoire
d’Analyses de Biologie Médicale (LABM).
1.3. Gestion du parc informatique
Dans l’optique de la rationalisation des impressions et de la réduction des coûts induits par ces
dernières et sur la demande de la DAF nous avons proposé la suppression des imprimantes
individuelles et leur remplacement par des imprimantes de grande capacité pouvant fonctionner en
réseau. C’est ainsi que du 12 au 17 février 2014, 7 nouveaux copieurs/imprimantes en réseau ont été
installés. Un copieur supplémentaire a été par la suite installé au bâtiment Anapath.
Les licences de produits Microsoft utilisés dans le campus ont été régularisées avec l’acquisition
d’office 365 et la mise à jour des licences OS manquantes.
112 sur 142

1.4. Développement de logiciels et mise en place d’applications spécifiques

Documentation sur Java/JSF 2/Netbeans 7 et début de mise à jour de l’application de Gestion du
Service Médical pour l’enregistrement des vaccinations.
1.5. Soutien logistique à la réunion régionale des Instituts Pasteur d’Afrique et Instituts
associés et à la première journée scientifique de l’Institut Pasteur de Dakar
Du 18 au 20 juin 2014, se sont tenues la réunion régionale des Instituts Pasteur d’Afrique et la
première journée scientifique de l’Institut pasteur de Dakar.
Le service informatique a apporté un soutien logistique et une assistance technique au cours de ces
trois journées intenses.
Ce soutien s’est traduit par :
- la mise en ligne sur le site internet de l’Institut du programme de ces journées ainsi que la
biographie des différents intervenants ;
- la mise en place de toute la logistique informatique (ordinateurs portables, vidéoprojecteurs,
appareil de visioconférence) ;
- l’organisation d’une visioconférence sur le site de la réunion (hôtel) ;
- le support technique aux intervenants tout au long trois journées ;
- la récupération des présentations des différents intervenants pour en créer un support
numérique ;
- la mise en ligne des différentes présentations sur le site Internet.
1.6. Mise en place du centre de prélèvement annexe du LABM

Pour réduire le temps d’attente des patients au LABM, il a été décidé par la Direction, l’ouverture d’un
centre de prélèvement annexe dans le « bâtiment vaccins ».
La mise en place de ce centre revêtait un enjeu majeur pour l’Institut et impliquait le service
informatique.
La participation du SI à ce projet a été très active avec notamment :
- le câblage des nouveaux locaux pour leur raccordement à l’informatique central,
- en collaboration avec CODATEC, l’identification du matériel informatique nécessaire au
fonctionnement de ce nouveau centre, leur configuration et leur installation.
Les travaux informatiques (Câblage, installation, configuration et tests des machines) ont été livrés au
LABM le 11 août 2014 et le centre a pu démarrer ses activités le 13 août.
1.7. Réalisation d’une enquête sur les besoins des utilisateurs

Du 11 août au 28 octobre 2014, nous avons réalisé une enquête auprès des utilisateurs pour évaluer le
système informatique actuel et recueillir les besoins des utilisateurs en termes d’amélioration du
système.
Il est ressorti des résultats de l’enquête que les utilisateurs sont globalement satisfaits du système
actuel mais souhaiteraient des améliorations notamment :
- la mise en place d’outils de collaboration et de mobilité (agenda partagé, partage de
documents, accès à distance aux données, etc.),
- une messagerie accessible hors du campus et offrant un plus grand espace de stockage,
- une sauvegarde automatique et centralisée des données,
- des outils de gestion intégrés (ERP, …),
- Mise en place d’une Gestion Electronique des Documents (GED),
113 sur 142
- Mise en place de plateformes bioinformatiques,

- Mise en place de bio-banques,
- Le renforcement de la sécurité informatique,
- L’amélioration de la vitesse d’accès à Internet,
- Formation (Excel, Powerpoint, Statistiques, Gestion de Base de données,…).
1.8. Réalisation d’une enquête de satisfaction des utilisateurs du SI

Parallèlement à l’enquête sur les besoins des utilisateurs, nous avons aussi réalisé une enquête de
satisfaction auprès des utilisateurs du SI.
Nous avons recueilli l’avis de 25 participants sur une cible de 102 utilisateurs soit un taux de 24,5%.
Les résultats de cette enquête sont :
- Assistance aux utilisateurs – Gestion des incidents et demandes : 6,8/10.
- Equipements bureautiques et services associés (poste de travail, outils bureautiques,
imprimantes maintenance) : 5,6/10
- Sécurité du poste de travail : 7/10
- Fourniture d’outils de partage et de travail collaboratif : 6/10
- Fourniture d’outils de communication (accès internet, messagerie, webmail, visioconférence) :
7,2/10
- Expertise - Conseil - formation : 6,7/10.
1.9. Amélioration de la rapidité de la connexion à l’Internet

Nous avions constaté ces derniers mois une chute importante du débit de la ligne ADSL (Internet).
Nous avons donc mis en place de nouveaux filtres pour bloquer l’accès aux sites qui n’étaient pas
d’utilité professionnelle, notamment l’accès aux réseaux sociaux (facebook), aux sites de
téléchargement de contenus audio ou vidéo.
Une faible amélioration a été notée depuis l’installation de ces filtres. Cependant, nous envisageons
un abonnement à d’autres lignes ADSL et leur mutualisation par un boitier de répartition de charges
ainsi que la mise en place d’un système de filtrage des accès internet plus efficace (remplacement du
firewall ASA 5510) pour améliorer la gestion de la bande passante.

1.10. Support aux utilisateurs
Le support aux utilisateurs reste une part d'activité importante au niveau du Service Informatique.
301 demandes d'interventions ont été enregistrées via la procédure normale de gestion du helpdesk,
mais les interventions sont beaucoup plus importantes que ce chiffre du fait du non respect de la
procédure par les utilisateurs.
1.11. Poursuite de la mise sous assurance qualité du Service Informatique

Les deux écarts révélés par l'audit 2013: "absence de processus d'intégration, d'habilitation et
d'évaluation du personnel nouveau" et "défaut d'application de la procédure de gestion des
fournisseurs et sous traitants" ont été clôturés.
2. Missions
Mme Haby SARR
- 6 au 13 septembre 2014 : Formations « Office 365 Administrateur » et « Office 365
Utilisateur » à Paris.
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3. Conclusion et Perspectives
L'année 2014 a été assez riche pour le Service Informatique. Nous avons participé à des projets
présentant un enjeu important pour l’Institut.
Les perspectives dégagées pour l’année 2015 sont :
- mise en place d’un centre de données avec le renouvellement du parc de serveurs et la
mise en place d’une baie de stockage,
- mise en place d’un Plan de Reprise d’Activités (PRA),
- amélioration de la vitesse d’accès à l’Internet,
- mise en place de serveurs de calcul pour le pôle bioinformatique-biostatistique,
- mise à jour du site web,
- déploiement d’office 365 et des outils de travail collaboratif qu’il inclut (intranet, sites
d’équipes, agenda partagé, messagerie unifiée, GED, etc.),
- étude de la mise en place d’une sauvegarde automatique des données,
- amélioration de la bande passante réseau avec le renouvellement des switchs d’accès des
bâtiments et modernisation éventuelle du câblage informatique à l’intérieur des bâtiments
afin de mieux tirer profit de l’installation de la fibre optique et déployer des projets futurs.
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Service Qualité
Responsable : Mme Maïmouna Diop (jusqu’au 31 mars 2014)

Responsable Adjoint : M. Babacar Gning (puis responsable p.i. à partir du 1er avril 2014)
Introduction
Les activités du Service Qualité en 2014 se sont réalisées dans un contexte général marqué par une
forte présence au niveau du laboratoire d’analyses de biologie médicale dans sa démarche
d’accréditation et de l’unité du vaccin fièvre jaune avec l’accompagnement de la nouvelle responsable
qualité. Il s’est agi également d’accompagner les unités de recherche qui venaient de s’engager
formellement dans la démarche qualité suite aux revues de direction 2013 tenues en début 2014.
Au niveau général, le service qualité :
- pilote et coordonne le système qualité;
- participe aux activités de coordination (réunions, séance de travail ou de sensibilisation à la
qualité) ;
- vérifie l’ensemble de la documentation qualité des différents services avec environ 1620
documents au total dont 255 revus en 2014 ;
- assure la veille normative en collaboration avec les services et laboratoires ;
- planifie et coordonne le programme d’audits internes dont 23 audits réalisés en 2014 sur 25
programmés ;
- réalise des audits en tant qu’auditeur interne ;
- planifie et coordonne les revues de Direction dont 14 réalisées sur 14 programmées ;
- coordonne et s’assure du suivi fiches de non-conformité impliquant plusieurs services
(14 dossiers traités en 2014) ;
- participe aux activités du Comité Hygiène et Sécurité (CHS).
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Audits internes
Revues de direction
25 Non-conformité inter-services 23
22
20 20
20
14 14
15
11
9
10
5
4 4
5 3
0
2011 2012 2013 2014
Figure 1 : Evolution des processus qualité entre 2011 et 2014
Au niveau des laboratoires et des unités, le service qualité :

- participe aux réunions de coordination hebdomadaires du laboratoire d’analyses de biologie
médicale ;
- accompagne la cellule assurance qualité de l’unité du vaccin fièvre jaune et assure la
suppléance de la responsable qualité ;
- met à jour les documents réglementaires applicables à l’UVFJ ;
- participe aux audits et inspections et suit les plans d’actions de l’UVFJ.

M. Babacar GNING :
- assemblée générale constitutive de l’Association Sénégalaise de Métrologie (ASMET) à la
Chambre de Commerce d’Industrie et d’Agriculture de Dakar le 08 février 2014 ;
- rencontre sur la Responsabilité Sociétale des Entreprises et le Développement Durable de
l’Institut Africain de Management (IAM), le 15 mai 2014 ;
- présentation de la démarche qualité en recherche de l’IPD au Séminaire international sur le
thème « Qualité en Enseignement Supérieur et en Recherche » organisé par l’IRD et
l’UCAD en collaboration avec l’IPD ; du 10 au 11 juin 2014 à l’UCAD ;
- atelier de réactualisation du plan stratégique du Programme National Qualité du Ministère de
la Santé et de l’Action Sociale ; du 02 au 03 septembre 2014 à Mbour ;
- cérémonie d’OSCAR national de la qualité présidé par le Président de la République au
Théâtre national Daniel Sorano de Dakar, le 16 octobre 2014 ;
- formation des membres des comités techniques de l’ASN (Association Sénégalaise de
Normalisation) au Savana, le 16 décembre 2014.
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3. Perspectives
L’année 2014 a été marquée par un important travail d’accompagnement des unités de recherche, du
laboratoire d’analyses de biologie médicale dans sa démarche d’accréditation et de l’unité du vaccin
fièvre jaune.
Pour l’année 2015, il s’agira d’une part de faire progresser la qualité à tous les niveaux et d’autre part
de poser les bases pour étendre la qualité à la prise en compte des problématiques santé, sécurité et
environnement à travers un projet de service qualité, hygiène, sécurité et environnement en
collaboration avec toutes les parties intéressées.
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Service de métrologie / plateau technique commun
Responsable : M. Mamadou DIAKITE
Technicien supérieur : M. Michel Matar FAYE
Introduction
En 2014, l’organisation du service de métrologie s’est appuyée sur deux personnes : le responsable du
service et un technicien supérieur recruté en septembre 2013.
L’année 2014 a été marquée par une forte demande d’interventions métrologiques des différentes
unités et laboratoires notamment:
- l’Unité de production du Vaccin Fièvre Jaune (UVFJ) ;
- la requalification de tout l’appareillage critique détruit lors de l’incendie survenu au
LSAHE afin de permettre la reprise rapide de ses activités dans les conditions optimales ;
- la formation et l’habilitation du nouveau technicien supérieur sur les différentes grandeurs
utilisées au SM.
L’objectif principal du service qui était de mettre sous contrôle métrologique 75% du parc des
appareils de l’IPD a pu être atteint en 2014 grâce au nouveau technicien supérieur et la coopération et
l’implication des correspondants métrologie des différents services.
Les activités principales du Service de Métrologie sont la qualification, la vérification et l’étalonnage
des équipements critiques et moyens de mesure et d’essai (ECME) concernant les grandeurs
suivantes :
- masse : étalonnage de poids, vérification de balance et calibration de pipettes ;
- température et humidité : étalonnage de thermomètre, vérification d’enceintes climatiques et
qualification de four et d’autoclaves ;
- particules : qualification et classification périodique de salles propres et vérification de
hottes et PSM ;
- pression : vérification de manomètre à colonne d’eau ;
- vitesse : vérification de centrifugeuse et homogénéiseur ;
- gaz : vérification du taux de CO2 dans les incubateurs.
L’année 2014 est marquée par une forte demande d’interventions (734 en 2014 vs 274 en 2011 soit
une augmentation de 166%) qui s’explique par :
- les écarts critiques relevés lors des d’audits,
- l’incendie au LSAHE,
- une plus grande implication des responsables de laboratoire,
- les changements intervenus sur la périodicité de vérification de certains appareils.
119 sur 142

800 734
600
407
400 326
276
200
0
2011 2012 2013 2014
Figure 1 : Evolution du nombre de prestations de 2011 à 2014
La répartition des différentes prestations selon les entités est présentée à la figure 2. On peut noter :
- l’Unité de vaccin fièvre jaune (production et contrôle du vaccin antiamaril stabilisé) reste le
« principal client » du Service de métrologie (251 prestations) ;
- l’expertise métrologique est sollicitée par des établissements extérieurs à l’IPD comme le
laboratoire de bactériologie-virologie de l’Hôpital Aristide LE DANTEC.
Par ailleurs, en tant que laboratoire d’étalonnage, la norme ISO 17025 version 2005 qui nous régit
exige de mettre en place un système de management de la qualité efficace avec un système
documentaire bien maîtrisé afin de garantir la qualité de nos interventions qui passe par une bonne
traçabilité.
C’est ainsi qu’on a entrepris avec le technicien de procéder à la refonte du système documentaire du
service pour être en adéquation avec la norme et ceci par une nouvelle version du manuel qualité du
service et la création de nouvelles procédures.
160 148
140 128 123
120 104
100 79
80 64
60
40 20 18 18 16 12
20 4
0
Figure 2 : Distribution des 734 prestations du service de métrologie selon l’entité (2014)
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2. Assurance qualité
Le nombre important d’écarts relatifs à la documentation constatés à la suite des audits internes, a
donné l’opportunité au service de métrologie de procéder à la refonte du système documentaire afin
d’être en conformité avec les exigences relatives au management qualité de la norme ISO 17025.
C’est ainsi qu’à la suite des deux audits internes, nous avons poursuivi la mise à jour documentaire qui
passait par la clôture de la plupart des écarts qui en sont issus avec 17 nouvelles procédures rédigées et
7 autres qui restent assujetties à la finalisation du manuel qualité.
Dans le cadre de l’amélioration continue, le service a participé à des rencontres inter-services (pôle
virologie et Unité de vaccin fièvre jaune) dans le but d’harmoniser les positions par rapport au respect
de la périodicité du calendrier de vérification, afin de lever les écarts liés à la métrologie.
Plusieurs demandes formulées dans le sens de réaménager le local du SM sont restées insatisfaites.
L’audit BPF de Roland Guinet a souligné comme axe d’amélioration une réhabilitation du local du
SM pour une meilleure prise en charge des appareillages lors des interventions.
3. Participation à des ateliers

M. Mamadou DIAKITE a animé un atelier sur « la métrologie dans les laboratoires » lors d’un
séminaire international sur le thème "Qualité en enseignement supérieur et en recherche" qui a eu lieu
à l’UCAD II du 10 au 11 juin 2014. Il a ainsi pu partager avec les universitaires, les qualiticiens, les
industriels et les étudiants l’expérience et l’organisation de la métrologie à l’IPD ainsi que son
importance dans le domaine biomédical.
4. Perspectives et conclusion
Le développement du Service de Métrologie passe par (i) le réaménagement des locaux du Service
selon les exigences de la norme ISO 17025, et l’acquisition d’un nouveau bain d’étalonnage pour
basse température, et d’un appareil « KAYE multi usage » pour qualifier autoclaves, fours et chambres
froides.
Enfin, l’activité du Plateau technique commun au cours de l’année 2014 se résume à l’utilisation du
thermocycleur pour la RT-PCR.
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Enseignements et formations
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Enseignements
En 2014, les activités d’enseignement ont consisté à i) faciliter un atelier sur la surveillance, le
diagnostic et la prise en charge des cas de MVE en Guinée (Dr Ousmane Faye) ii) former 1 personnel
de laboratoire en Guinée à la collecte de prélèvement et au diagnostic moléculaire et sérologie de la
MVE (Dr Ousmane Faye et Dr Oumar Faye).
Accueil d’étudiants et de stagiaires

Mr Moussa Moise Diagne, étudiant en thèse à l’université Cheikh Anta Diop dans le cadre du projet
Chancira.
Mlle Fatim Ba, étudiante en thèse à l’université Cheikh Anta Diop sur le sujet « Epidémiologie des
arbovirus chez les populations de Dielmo/ Ndiop : cas de la dengue».
Mr Martin Faye, étudiant en thèse à l’université Cheikh Anta Diop sur le sujet « les encéphalites au
Sénégal ».
Mme Ndèye Sakha Bob Niang, étudiante en thèse à l’université Cheikh Anta Diop sur le sujet
« Diversité du virus de la fièvre de la vallée du Rift et rôle de la salive dans la transmission du
moustique».
Mlle Fatou Sow Diop (Etudiante en Master qualité, sécurité, environnement à l’Ecole Supérieure
Polytechnique de l’Université Cheikh Anta Diop) qui a soutenu le 18 Décembre 2014 sur le
sujet « Mise en place de la démarche qualité en recherche » depuis Juillet 2013.
Mlle Marie Henriette Diokh (Etudiante en Master de biologie animale à l’Université Cheikh Anta
Diop) sur le sujet : « Cinétique de réplication du virus Usutu »
Formation continue du personnel de l’unité

Dr Gamou Fall
- stage de formation du 02 juin au 31 Juillet 2014 au MRC- University of Glasgow-CVR sur
l’Analyse de l’ARN interférence in vitro et fabrication de clones infectieux par génétique
reverse.
- stage de formation du 15 au 17 Décembre 2014 à Wolmar, Ile Maurice  sur “Risk
communication training related to public health emergency”.

Enseignements
M. Kader Ndiaye
- Participation à l’enseignement du module de maladies infectieuses (Ecole de
Médecine St Christopher/Dakar).

Mr Pape Amadou Mbathio DIOP Doctorant (Université Cheikh Anta Diop de Dakar-Ecole Doctorale :
Sciences de l’environnement) : Etude de la qualité virologique et physico-chimique des eaux
usées de la ville de Dakar : application à la surveillance environnementale des entérovirus
humains ». Autorisation de soutenance pour le 30 janvier 2015.
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Enseignements
Mme Aïssatou Touré
- Cours sur l'immunologie du paludisme (Institut Santé et Développement) : 8H
- Cours sur l'éthique médicale et l’éthique de la recherche (Institut Santé et
Développement) : 20H
- Cours sur l’éthique de la recherche : Institut Pasteur : 20 H.

Mme Oumy Niass, doctorante, Université Gaston Berger Saint Louis, Sénégal, Doctorat de
Mathématiques Appliquées en co-tutelle. Sujet : Modélisation mathématique de l’acquisition de
l’immunité et de l’impact des interventions dans le contexte du projet Dielmo-Ndiop
Mr Fodé Diop, doctorant, Université Cheikh Anta Diop, Dakar, Doctorat de Parasitologie. Sujet :
Caractéristiques du paludisme dans des zones de transmission différentes du Sénégal : profil
immunologique, parasitaire et clinique (thèse soutenue en Février 2015).
Mr Laty Gaye Thiam, Master II (Option Génétique des populations), Juillet 2014-Janvier 2015. Sujet :
Caractérisation moléculaire des souches plasmodiales circulant dans la région de Kédougou
(Sud-est Sénégal).
Mr Oumar Ndao : Master II (Option Parasitologie), Juillet 2014-Janvier 2015. Sujet: Etude de la
dynamique d’acquisition et d’évolution des réponses immunes d’enfants de Dielmo vis-à-vis de
peptides ou protéines d’intérêt selon des périodes d’intensité de transmission différente.
Mr Ndiaga Nguirane : Master II (Option Parasitologie), Juillet 2014-Janvier 2015. Sujet: Mise en
place et validation d’ELISA-maison basés sur des anticorps anti-HRPII et anti-LDH pour
l’évaluation de la croissance parasitaire.
Mlle Awa Sidibé : Master II (Option Parasitologie), Juillet 2014-Janvier 2015. Sujet: Evaluation par
ELISA de l’impact de l’introduction des moustiquaires sur l’évolution des réponses immunes
chez les adultes de Dielmo.
Formation continue du personnel de l’Unité

Cours EXCEL (Fonctions avancées) :10-12 Juin 2014, Université de Dakar. Financement EDCTP/
WANETAM
Cours ACESS (Gestion de bases de données) : 24-26- Novembre 2014, Université de Dakar,
Financement EDCTP
Cours Statistiques avec le Logiciel R : 1-5 Décembre 2014, Institut Pasteur de Dakar, Financement
EDCTP/WANETAM
Enseignements
M. Alioune Dieye
- Immunologie fondamentale, 3ème Année Pharmacie (10 heures par an)
- Immunologie appliquée, 4ème Année Pharmacie Option : Biologie (5 heures par an)
- Immunologie appliquée, 5ème Année Pharmacie Option : Biologie (5 heures par an)
- UE Bioéthique et Ethique, DES Chirurgie (4 h par an)
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- Module transversal «Ethique» (5 h par an) : Ecole doctorale “Sciences de la vie, de la santé et
de l’environnement”, Université CA Diop de Dakar :
- UE Bioéthique et Ethique du Master d’Immunologie et Infection (20 h par an)
- UE Interactions Immunologie-Environnement, Master d’Immunologie et Infection (20 h/an).
- UE Immunologie anti-infectieuse, Master d’Immunologie et Infection (10h par an).
- UE Immunologie fondamentale, Master d’Immunologie et Infection (10 h par an).
- DES de Dermatologie (Immunologie)
M. Gora Diop
- Cours de Génétique du développement : Licence L2 Sciences de la Vie et de la Terre : SVT-
L2BCGS, Faculté des Sciences et Techniques, Université Cheikh Anta DIOP de Dakar. 80h
par an.
- Cours de Génétique cellulaire et moléculaire : Licence L3 Sciences de la Vie et de la Terre :
SVT-L2BCGS, Faculté des Sciences et Techniques, Université Cheikh Anta DIOP de Dakar.
80h par an.
Cours de Parasitologie moléculaire : Master 2 Biologie animale Option : Parasitologie. 80h/
an.
M. Babacar Mbengue
- Cour d’Immunologie 5e année de pharmacie option Biologie FMPO/UCAD
- Immunité anti cancéreuse (4h), Bases Immunologiques de la Vaccination (4h), Nutrition et
Immunité (4h), Déficits Immunitaires primitifs (4h)
- Cour d’Immunologie antiparasitaire Master Immunologie et Infection FMPO/UCAD (20h)
- Maturation des lymphocytes (6h) Master d’Hématologie FMPO/UCAD
Ndiaye Diallo R
- Enseignement de Génétique en PCEM1 et PCEP1 (10H)
- Enseignement de Biologie moléculaire en PCEM2 (12H)
- Enseignement de Génie Génétique en PCEP4 (option Industrie) (10H)

M. Seydi Abdoul Ba : Préparation de thèse d’exercice de Doctorat en pharmacie, Faculté de Médecine,
de Pharmacie et d’Odontologie, Université Cheikh Anta DIOP de Dakar.Thème : Immunologie
et Génétique des Cancers. Titre : Etude du polymorphisme du codon 72 du gène P53 comme
facteur de risque dans les cancers de la cavité buccale au Sénégal. Date de début : du 05
Novembre 2012, date de Fin: 16 août 2014. Directeur de thèse : Prof. Alioune DIEYE ; Co-
directeur : Dr Rokhaya Ndiaye DIALLO
Mlle Kantome Ndiaye : Préparation de thèse d’exercice de Doctorat en pharmacie, Faculté de
Médecine, de Pharmacie et d’Odontologie, Université Cheikh Anta DIOP de Dakar. Thème :
Immunologie et immunopathogenèse du Paludisme. Titre : Evaluation de la réponse anticorps
IgG anti-GLURP et anti-CSP suivant la gravité et l’issue du paludisme clinique en milieu
urbain. Date de début : du 05 Novembre 2012, date de fin : Décembre 2014. Directeur de
thèse : Prof. Alioune DIEYE ; Co-directeur : Dr Babacar MBENGUE
Mlle Mariane Aïdara, Stage de Master de Biologie animale Option : Parasitologie. Département de
Biologie animale, Faculté des Sciences et Techniques, Université Cheikh Anta DIOP de Dakar.
Thématique : Influence des réponses anticorps IgG anti-SALSA et anti-LSA1-41 dans la gravité
et dans l’issue du paludisme clinique en milieu urbain. Date de début : 14 Janvier 2013, date de
fin : décembre 2014. Directeur de mémoire : Pr A. DIEYE, Co-directeur : Dr Babacar
MBENGUE
125 sur 142

Mlle Emarole Madingou Bissombolo, Stage de Master de Biologie animale Option : Parasitologie.
Département de Biologie animale, Faculté des Sciences et Techniques, Université Cheikh Anta
DIOP de Dakar. Thématique : Étude de la distribution des allèles EBA-175 dans deux zones
d'endemicité différente du Sénégal et association avec les formes cliniques du paludisme. Date
de début : 14 Janvier 2014, date de Fin : décembre 2015. Directeur de mémoire: Pr A. Dieye,
Co-directeur : Dr Gora DIOP
Mlle Maimouna Diop, Stage de Master de Biologie animale Option : Génétique des populations,
Département de Biologie animale, Faculté des Sciences et Techniques, Université Cheikh Anta
DIOP de Dakar. Thématique : Evaluation de l’activation et de l’apoptose des lymphocytes T et
B sanguins dans le cancer du col utérin : impact de la chimiothérapie anticancéreuse. Date de
début : 14 Janvier 2014, date de Fin : décembre 2014. Directeur de mémoire: Pr A. Dieye, Co-
directeur : Dr Babacar Mbengue
M. Paulin Kpodji, Préparation du Master d’Immunologie et Infection, Faculté de Médecine, de
Pharmacie et d’Odontologie, Université Cheikh Anta DIOP de Dakar. Thème : Immunologie et
Immunopathogenèse du Paludisme. Titre : Evaluation de la réponse anticorps IgG dirigée contre
les candidats vaccins GLURP et LSA3 dans le paludisme simple en milieu urbain à Dakar
(Sénégal), Date de début : Juin 2014, date de fin : décembre 2014. Directeur de thèse : Prof.
Alioune DIEYE ; Co-directeur : Dr Babacar MBENGUE
Dr Tatiana Sandrine Y.Y. Hountohotegbe : Préparation du Master d’Immunologie et Infection, Faculté
de Médecine, de Pharmacie et d’Odontologie, Université Cheikh Anta DIOP de Dakar. Thème :
Immunologie et Immunopathogenèse du Paludisme. Titre : Evaluation des réponses en sous-
classes d’IgG anti-AMA1 et anti-MSP1p19 dans le paludisme de recrutement hospitalier à
Dakar (Sénégal). Date de début : Mars 2014, date de fin : décembre 2014. Directeur de thèse :
Prof. Alioune DIEYE ; Co-directeur : Dr Babacar MBENGUE.
Mlle Awa Ly : Préparation du Master d’Immunologie et Infection, Faculté de Médecine, de Pharmacie
et d’Odontologie, Université Cheikh Anta DIOP de Dakar Thème : Immunologie des cancers.
Titre : Etude de la relation entre l’activation et l’apoptose lymphocytaire dans le cancer du sein :
influence de la chimiothérapie anticancéreuse. Date de début : Mars 2014, date de fin :
Décembre 2014. Directeur de thèse : Prof. Alioune DIEYE ; Co-directeur : Dr Babacar
MBENGUE
Mlle Ramatoulaye Ndiaye : Préparation du Master d’Immunologie et Infection, Faculté de Médecine,
de Pharmacie et d’Odontologie, Université Cheikh Anta DIOP de Dakar. Thème : Immunologie
des cancers. Titre : Evaluation des niveaux d’activation précoce et tardive des lymphocytes du
sang périphérique dans le cancer du sein : influence de la chimiothérapie anticancéreuse.
Prtésenté le 9 janvier 2015. Directeur de thèse : Prof. Alioune DIEYE ; Co-directeur : Dr
Babacar MBENGUE

Enseignements
M. Vincent Richard
- Master 1 de bactériologie de l'Université Cheikh Anta Diop Dakar (Epidémiologie des
maladies transmissibles, 10 heures de cours)
- Des ateliers de formation ont été mené en Novembre 2014 (à Dakar) et Décembre 2014 (à
Madagascar) pour les scientifiques du réseau des Instituts Pasteur sur un financement de la
Division Internationale des Instituts Pasteur et ont porté sur les analyses multivariées avec le
126 sur 142
logiciel R. Ces ateliers se sont focalisés sur l’utilisation des modéles multivariés à partir d’un
logiciel libre, le logiciel R qui est un logiciel gratuit utilisable et accessible donc à tous,
répondant ainsi aux besoins et aux ressources financières des pays en développement. Il
conduit à l’apprentissage d'un langage de programmation.
Accueil d'étudiants et stagiaires

Fall Aïssatou – Université Gaston Berger-Master 2 de statistiques appliquées – 1° septembre 2013 au
28 février 2014 - Facteurs de risque du paludisme à Dielmo et Ndiop sur la période 2008-2012.
Mémoire soutenu le 13 mars 2014. Stage encadré par Vincent Richard
Ndoye Mamadou – Université Gaston Berger-Master 2 de statistiques appliquées – 1° septembre 2013
au 28 février 2014 - Facteurs de non observance de la prophylaxie post exposition suite à une
morsure au centre de traitement antirabique de Dakar. Mémoire soutenu le 13 mars 2014. Stage
encadré par Emmanuelle Espié puis Vincent Richard
Carlos Arséne Akakpovi – Ecole nationale de la statistique et de l'analyse économique- 1° juin à 31
novembre 2014 – Analyse spatio-temporelle des risques de paludisme à Dielmo et Ndiop.
Marc Gaultier – Université de Bordeaux –ISPED – Master 1 – Avril 2014 à Juin 2014 - Biomarqueurs
de la gamétocytogénèse de Plasmodium falciparum, étude bibliographique.
2.3 - Formation continue des personnels de l'IPD

Participation à la formation scientifique des personnels et des stagiaires de
l'Institut Pasteur avec notamment deux séances de formation à l'analyse des
données avec le logiciel R en utilisant le programme de cours validé en 2012.
Ce dernier a donné lieu à l'élaboration d'un document pédagogique utilise et
distribué au cours des différents ateliers

Enseignement
Dr Mawlouth a participé aux enseignements du Master II d’entomologie agricole, vétérinaire et
Médicale de l’école doctorale «Sciences de la vie et de la Santé de l’UCAD»
Dr Ibrahima Dia :
- Master II d’entomologie agricole, vétérinaire et Médicale de l’école doctorale «Sciences de la
vie et de la Santé de l’UCAD»
- Enseignements en entomologie médicale des agents sanitaires de l'Ecole Nationale de
Développement Sanitaire et Social (ENDSS) les 22 mai, 05 et 06 juin 2014.
- Cours National de Paludologie pour les cadres intermédiaires (2ème et 3ème session)s organisé
par l’lnstitut de Santé Et Développement (ISED) et le Programme National de Lutte contre le
Paludisme (PNLP) sur «l’identification des vecteurs du paludisme» les 27 août et 16 décembre
2014.
127 sur 142

- Cours National de Paludologie au Niger organisé par le CERMES sur les thèmes : «la
sensibilité des vecteurs aux insecticides au Sénégal» et «la lutte contre les vecteurs du
paludisme au Sénégal : l’exemple des AID» les 25 et 26 novembre 2014.
Accueil d’étudiants et stagiaires

Mlle Faty Amadou Sy étudiante en Master II d’entomologie médicale à l’UCAD sur le sujet
«Evaluation spatiale de la transmission du paludisme dans une future zone d’essais cliniques »
Encadrement : Dr Ibrahima DIA. Ce master a été soutenu le 12 avril 2014 avec la mention Très-
Bien.
Mr Libasse Sall étudiant en Master II de génétique des Populations à l’UCAD sur le sujet : Évaluation
du rôle de Sergentomyia dubia et Sergentomyia schwetzi dans la transmission à l’homme des
pathogènes liés au rat noir dans les zones de Kédougou, Tambacounda et Kolda (Sénégal).
Encadrement : Dr Yamar BA. Ce Master a été soutenu le 6 novembre 2014 avec la mention
Très-Bien
Mlle Marième GUEYE, étudiante en Master II d’entomologie médicale sur le sujet : Biologie des
vecteurs et transmission du paludisme dans des sites sentinelles du PNLP après introduction de
mesures de contrôle anti-vectoriel au Sénégal. Ce master a été soutenu le 13 mars 2015 avec la
mention Bien.
Mr Niang El Hadji Amadou, Doctorant école doctorale «Science de la vie et de la Santé de l’UCAD» :
"Variabilité génétique des populations d’An. gambiae s.l. au Sénégal : implications dans le
contrôle du paludisme". Encadrement : Dr Ibrahima DIA. Cette thèse a été soutenue le 7 juin
2014 avec la mention très honorable et les félicitations du jury
Mr Diagne Cheikh Tidiane, Doctorant école doctorale «Science de la vie et de la Santé de l’UCAD»
option Entomologie Médicale (UCAD). Mécanismes d’émergence du virus de la Chikungunya
et Zika à Kédougou. Encadrement : Dr Mawlouth Diallo
Mr Gaye Alioune, Doctorant école doctorale «Sciences de la vie et de la Santé de l’UCAD» option
Entomologie Médicale. Les vecteurs potentiels de la dengue et des arbovirus associés au rat
noir. Encadrement : Dr Mawlouth Diallo.
Mr Ndiaye El hadji, Doctorant école doctorale «Science de la vie et de la Santé de l’UCAD» option
Entomologie Médicale. Thème : « Mécanismes de maintien et d’émergence du virus de la fièvre
de la vallée du Rift », (UCAD). Encadrement : Dr Mawlouth Diallo.
Mr Ngom El Hadji Malick, Doctorant école doctorale «Science de la vie et de la Santé de l’UCAD».
Thème : «Etude des déterminants climatiques et environnementaux sur la bio-écologie d’An.
arabiensis et leur implication dans la transmission et le contrôle du paludisme en zone
sahélienne du Sénégal». Encadrement : Dr Ibrahima DIA.
Mr Talla Cheikh, doctorant en statistiques appliquées au vivant, Université Gaston Berger, Saint Louis
sur le thème «Analyse statistique et modélisation de la dynamique spatio-temporelle des
moustiques du Sénégal». Encadrement : Dr Mawlouth Diallo.

Enseignement
Pr Amy GASSAMA-SOW
- Enseignement en Bactériologie-Virologie dispensé aux DUT AB, Département Génie
- Chimique et Biologie Appliquée, ESP, UCAD : 2- 6h/semaine
128 sur 142

- Enseignement dispensé à la Faculté de Médecine, Pharmacie et Odontologie, UCAD :

Master de Microbiologie Fondamentale et Appliquée : Pathogénie microbienne (20h/ an)
DU Analyses des Risques et Management de la Qualité Sanitaire et Phytosanitaire :
Risques microbiologiques (4h/ an)

Khote Fall Niang : Sujet : Surveillance intégrée des maladies transmises par les aliments et
l’antibiorésistance des bactéries zoonotiques à Dakar», soutenance prévue en juillet 2015. Thèse
de Doctorat. ED-SEV: Option : Biologie et Pathologies Humaines
Mr Lassina Gadi Timbiné : Sujet : Marqueurs moléculaires de la résistance aux antibiotiques des
bactéries entériques isolées en Afrique de l’Ouest », soutenance le 12 Juillet 2014. Thèse de
Doctorat. ED-SEV: Option : Biologie et Pathologies Humaines
Ignace Coly : Sujet : « Recherche des souches pathogènes du genre Vibrio dans les produits de la
pêche et dans l’environnement au Sénégal », soutenance le 6 Décembre 2014. Thèse de
Doctorat. ED-SEV : Option : Productions et Biotechnologies animales.
Sitraka Arilalaina Andrianony : Sujet : Caractérisation moléculaire de souches de Salmonella isolées
dans les fermes de poulets de chair de la zone péri-urbaine de Dakar, mémoire soutenu le 30
juillet 2014, EISMV, UCAD. Master II : Qualité des Aliments de l’Homme
Mbaye Guèye : Sujet : Sources d’erreurs à l’origine des incertitudes de mesure au laboratoire de
Chimie du LSAHE. Mémoire soutenu le 21 Août 2014 pour l’obtention de la Licence
Professionnelle Hygiène, Qualité, Sécurité Environnement, Université Cheikh Anta Diop de
Dakar.
Colette Gomis Mansaly : Sujet : Analyse des risques pour les méthodes d’essais qualitatives et
quantitatives au Laboratoire de Sécurité Alimentaire et d’Hygiène de l’Environnement,
présenté en Avril 2014 dans le cadre du DU Analyse des Risques et Management de la Qualité
Sanitaire et Phytosanitaire FMPO, Université Cheikh Anta Diop de Dakar.
Formations continues des personnels de l’IPD

Pr Amy Gassama-Sow. Formation sur « Organisation et méthodologie de l’Evaluation du risque
sanitaire », Dakar, Sénégal, 4-8 Août, Programme EDES (UE).

Enseignement
Dr A. Seck
- Bactériologie- virologie 2ème, 3ème et 4ème année de Pharmacie (40 heures)
- Master de Microbiologie Fondamentale et Appliquée (60 heures)
- Travaux Pratiques de 3ème année de Pharmacie (48 heures).
129 sur 142


Etudiants :
- Thèse 3ème cycle : 1 (co-tutelle)
- DES de Biologie Clinique : 8
- 4e et 5e année Pharmacie : 7
- Master et licence biologie : 6
Techniciens supérieurs : 13
Infirmières : 5 + 65 (projet BIRDY / NAFY)
Secrétaires : 5
Élèves (stage d’imprégnation) : 7
Laboratoire salubrité alimentaire, hygiène et environnement.

Enseignement
Formations suivies par le personnel
Mme Colette Gomis Mansaly
Atelier régional Assurance Qualité, accréditation des laboratoires : 5ème Assemblée Générale de
“African Accreditation Cooperation”
Service assurance-qualité
Séances de formation et sensibilisation à l’Institut Pasteur de Dakar
- sensibilisation sur les indicateurs de performance pour le Service Médical & Centre de
Vaccination International, le 18 mars 2014 ;
- sensibilisation des nouveaux recrus de l’IPD sur le système qualité et le système documentaire
de l’IPD, le 15 mai 2014 ;
- sensibilisation des agents et personnels techniques du LABM sur les Bonnes Pratiques de
Nettoyage, le 11 septembre 2014 ;
- sensibilisation des étudiants en recherche sur les Bonnes Pratiques de Laboratoire lors de la
journée d’intégration 2014, le 19 septembre 2014 ;
- sensibilisation sur le système qualité et le système documentaire de l’IPD pour le chef de
projet et le stagiaire de l’UVFJ, le 08 octobre 2014 ;
- formation des étudiants en recherche de l’IPD sur le thème « Qualité en recherche » organisée
par la Direction Scientifique, les 14 et 21 novembre 2014.
Enseignement et formation à l’externe

- formation des superviseurs de la Direction des Laboratoires pour l’accompagnement à la mise
en place de la démarche qualité dans les laboratoires des structures de santé ; le 16 avril 2014
à Thiès ;
- formation sur la maîtrise d’un système documentaire et le suivi des plans d’actions des audits
SLIPTA (Stepwise Laboratory Improvement Process Towards Accreditation) pour les chefs
de laboratoire, les responsables qualité des laboratoires et les évaluateurs ; du 07 au 09 Août
2014 à Thiès ;
130 sur 142

- formation sur le module Assurance qualité du Réseau Ouest Africain des Laboratoires
(RESAOLAB) pour dix-sept (17) personnes des laboratoires des Centre d’Information, de
Prospectives et de Conseils (CIPEC) du Bénin ; du 11 au 15 Août 2014 à Cotonou au Bénin.
Encadrements réalisés par le service qualité

- de 05 nouveaux auditeurs internes dans leur processus d’habilitation ;
- des nouveaux référents qualité des unités de recherche ;
- de 02 stagiaires en qualité au service de maintenance scientifique et au service qualité.
Formations suivie par le personnel du service qualité

- formation sur la validation de process et stabilités accélérées en vue de changement de
conditionnement (variations type I et II) et Maitrise des interventions sur les locaux et le
matériel selon les BPF par RGmp (Roland Guinet), les 11 et 14 mars 2014 ;
- formation sur le système de traitement et à la distribution de l’air en salle propre ainsi que les
différents systèmes et matériels associés par l’ASPEC (Société Françaises des Sciences et
Techniques Pharmaceutiques), du 08 au 10 avril 2014 ;
- formation sur les Bonnes Pratiques de Fabrication par l’IFIS (Institut de Formation des Instituts
de Santé), du 22 au 25 octobre 2014 ;
- formation en E-learning de l’INRS (Institut National de Recherche et de Sécurité) sur les
maladies professionnelles et les accidents de travail, les bases en prévention des risques
professionnels, l’initiation à l’évaluation des risques professionnels, la méthode d’analyse d’un
accident de travail et l’analyse d’une situation de travail, du 16 septembre au 06 décembre 2014.
Service informatique
M. Mouhamédou Moustapha Diop du 03 mars au 06 juin 2014, étudiant en master Réseaux et
Systèmes Informatiques sur le sujet suivant : développement d’un outil de gestion des demandes
de travaux adressées au Service Technique et infrastructure et au Service de Maintenance
Scientifique.
Melle Halima Sadya Sèye, du 18 août au 30 septembre 2014, étudiante en 3ème année de génie
informatique à l’université de Thiès.
131 sur 142

Publications et Communications
Les noms des auteurs appartenant à l’Institut Pasteur de Dakar sont soulignés.
Les publications et communications sont regroupées par laboratoires.
Quand les auteurs d’une même publication appartiennent à différents laboratoires de l’IPD, celle-ci a
été répertoriée (i) dans le laboratoire d’appartenance du premier auteur, (ii) si le premier auteur
n’appartenait pas à l’IPD, dans le laboratoire d’appartenance du dernier auteur, (iii), si ni le premier ni
le deernier auteur n’appartenaient à l’IPD, dans le laboratoire d’appartenance de l’auteur ayant le
meilleur rang.
132 sur 142


Publications
A Case of Severe Ebola Virus Infection Complicated by Gram-Negative Septicemia.
Kreuels B, Wichmann D, Emmerich P, Schmidt-Chanasit J, de Heer G, Kluge S, Sow A, Renné T,
Günther S, Lohse AW, Addo MM, Schmiedel S.
N Engl J Med. 2014 Oct 22. [Epub ahead of print].
Clinical Presentation of Patients with Ebola Virus Disease in Conakry, Guinea.

Bah EI, Lamah MC, Fletcher T, Jacob ST, Brett-Major DM, Sall AA, Shindo N, Fischer WA,
Lamontagne F, Saliou SM, Bausch DG, Moumié B, Jagatic T, Sprecher A, Lawler JV, Mayet T,
Jacquerioz FA, Baggi MF, Vallenas C, Clement C, Mardel S, Faye O, Faye O, Soropogui B,
Magassouba N, Koivogui L, Pinto R, Fowler RA
N Engl J Med. 2014 Nov 5. [Epub ahead of print]
Development of a Usutu virus specific real-time reverse transcription PCR assay based on
sequenced strains from Africa and Europe.
Nikolay B, Weidmann M, Dupressoir A, Faye O, Boye CS, Diallo M, Sall AA.
J Virol Methods. 2014 Mar;197:51-4. doi: 10.1016/j.jviromet.2013.08.039. Epub 2013 Sep 13.
Dengue expansion in Africa-not recognized or not happening?

Jaenisch T, Junghanss T, Wills B, Brady OJ, Eckerle I, Farlow A, Hay SI, McCall PJ, Messina JP,
Ofula V, Sall AA, Sakuntabhai A, Velayudhan R, Wint GR, Zeller H, Margolis HS, Sankoh O;
Dengue in Africa Study Group.
Emerg Infect Dis. 2014 Oct;20(10). doi: 10.3201/eid2010.140487.
Molecular evolution of Zika virus during its emergence in the 20th century.
Faye O, Freire CCM, Iamarino A, Faye O, de Oliveira JV, Diallo M, Zanotto PM, Sall AA.
PLoS Negl Trop Dis. 2014 Jan 9;8(1):e2636. doi: 10.1371/journal.pntd.0002636.
Rapid molecular assays for the detection of yellow fever virus in low-resource settings.
Escadafal C, Faye O, Sall AA, Faye O, Weidmann M, Strohmeier O, von Stetten F, Drexler J,
Eberhard M, Niedrig M, Patel P.
PLoS Negl Trop Dis. 2014 Mar 6;8(3):e2730. doi: 10.1371/journal.pntd.0002730. eCollection 2014
Mar.
Reemergence of Rift Valley Fever, Mauritania, 2010.

Faye O, Ba H, Ba Y, Freire CCM, Faye O, Ndiaye O, Elgady IO, Zanotto PMA, Diallo M,
Sall AA.
Emerg Infect Dis. 2014 Feb;20(2):300-3. doi: 10.3201/eid2002.130996.
Rift Valley Fever in Kedougou, Senegal in 2012.

Sow A, Faye O, Diallo D, Faye O, Weaver SC, Diallo M, Sall AA.
Emerg Infect Dis. 2014 Mar;20(3):504-6. doi: 10.3201/eid2003.131174. No abstract available.
Rift Valley Fever Outbreak in Southern Mauritania in 2012.

Sow A, Faye O, Ba Y, Diallo D, Faye O, Ba H, Boushab M, Barry V, Diallo M, Sall AA.
Emerg Infect Dis. 2014 Feb;20(2):296-9. doi: 10.3201/eid2002.131000.
Urban epidemic of dengue virus serotype 3 infection, Senegal, 2009.

Faye O, Ba Y, Faye O, Talla C, Diallo D, Chen R, Mondo M, Ba R, Macondo E, Siby T, Weaver
SC, Diallo M, Sall AA.
Emerg Infect Dis. 2014 Mar;20(3):456-9. doi: 10.3201/eid2003.121885
133 sur 142

Validation of a structural comparison of the antigenic characteristics of Usutu virus and West
Nile virus envelope proteins.
Nikolay B, Fall G, Boye CS, Sall AA, Skern T.
Virus Res. 2014 Aug 30;189:87-91. doi: 10.1016/j.virusres.2014.05.018. Epub 2014 May 26.
Vector Competence of Culex neavei and Culex quinquefasciatus (Diptera: Culicidae) from
Senegal for Lineages 1, 2, Koutango and a Putative New Lineage of West Nile virus.
Fall G, Diallo M, Loucoubar C, Faye O, Sall AA.
Am J Trop Med Hyg. 2014 Apr;90(4):747-54
Yellow fever risk assessment in the Central African Republic.

Staples JE, Diallo M, Janusz KB, Manengu C, Lewis RF, Perea W, Yactayo S, Sall AA; RCA Risk
Assessment Team.
Trans R Soc Trop Med Hyg. 2014 Oct;108(10):608-15. doi: 10.1093/trstmh/tru086. Epub 2014 Jun
19.
Zika virus, French Polynesia, South pacific, 2013.

Cao-Lormeau VM, Roche C, Teissier A, Robin E, Berry AL, Mallet HP, Sall AA, Musso D.
Emerg Infect Dis. 2014 Jun;20(6):1085-6. doi: 10.3201/eid2006.140138. No abstract available.
Communications orales
Molecular evolution of Zika virus during its emergence in the 20th century
Faye O, Caio CMF, Faye O, Oliveira JV, Zanotto PMA, Diallo M, Sall AA.
2 – 5 Avril 2014 16th ICID Conférence in Cape Town.
Human genetics and flaviviruses infection in Africa.

Loucoubar C, Faye O, Ba F, Telle O, Sow A, Fall G, Paul R, Faye O, Sakuntabhai A, Sall AA.
27 Juilet 2014, International Union of Microbiological Societies, Montréal Canada.
Genotypic and phenotypic characterization of West Nile virus 1, 2, Koutango and putative new
lineages in Africa.
Fall G, Diallo M, Faye M, Loucoubar C, Jimenez Clavero MA, Dia M, Dupressoir A, Faye O,
Sall AA.
Scientific Symposium of the Institut Pasteur International Network. Institut Pasteur 10 au13
Septembre 2014, Paris-France
Frontline experience for Ebola epidemic in Guinea.

Sall AA.
African Society of Laboratory Medicine. December 2014, Cape Town (South Africa)

Publications
Influenza-like illnesses in Senegal: not only focus on influenza viruses.
Dia N, Diene Sarr F, Thiam D, Faye Sarr T, Espié E, OmarBa I, Coly M, Niang M, Richard V; 4S
Network Group.
PLoS One. 2014 Mar 27;9(3):e93227. doi: 10.1371/journal.pone.0093227. eCollection 2014.
Influenza seasonality disturbed by the 2009 pandemic episode in Senegal.

Dia N, Diop OM, Niang M.
African Journal of Microbiology Research. Vol. 8(2), pp. 217-221, 8 January, 2014.
134 sur 142

Environmental surveillance of poliovirus and non-polio enterovirus in urban sewage in Dakar,

Senegal (2007-2013)
Ndiaye AK, Diop PA, Diop OM
Pan Afr Med J. 2014 Nov 4;19:243. doi:10.11604/pamj.2014.19.243.3538.
PMID:25848458 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25848458
Respiratory viruses associated with patients older than 50 years presenting with ILI in Senegal,
2009 to 2011
Dia N, Richard V, Kiori DE, Cisse AK, Sarr FD, Faye A, Goudiaby DG, Diop OM, Niang MN
BMC Infectious Diseases 2014; 14(1):189.
Genetic characterization of rhinovirus and enterovirus associated with ILI in Senegal: 2012-
2013.
Fall A, Dia N; Ndiaye K; Kiori DE; Kébé O; Khadir Cissé EKA; Diouf Fall A; Mbathio Diop PA;
Fall A; Diene Sarr F; Goudiaby D, Richard V; Ndiaye Niang M
ASLM 2014 Cape Town, South Africa 30 Nov – 5 December, 2014
Role of the laboratory in a cluster-randomized trial: Effectiveness of seasonal influenza

vaccination of children in Africa (Senegal).
Niang M, Diallo A, Sugimoto J, Lewis K, Diarra B, LaFond K, Diop O, Widdowson MA,
Neuzil K, Victor J.
ASLM 2014 Cape Town, South Africa 30 Nov – 5 December, 2014
Surveillance of non-influenza respiratory viruses associated with influenza like ilnesses in

Senegal.
Niang, M, Dia N, Diene Sarr F, Kiori D, Thiam D, Goudiab D, Faye Sarrr T, Ba IO,Richard V.
ANISE 2014, Cape Town, South Africa 4 – 5 December, 2014.
Publications
Association of antibody responses to the conserved Plasmodium falciparum merozoite surface
protein 5 with protection against clinical malaria.
Perraut R, Joos C, Sokhna C, Polson H.E. J., Trape J-F, Tall A, Marrama L, Mercereau-Puijalon O,
Richard V, Longacre S
PlosOne 2014 9 (7): e101737. doi:10.1371/journal.pone.0101737.
Comparative analysis of IgG responses to Plasmodium falciparum MSP1p19 and PF13-DBL1α1

using ELISA and a magnetic bead-based duplex assay (MAGPIX®-Luminex) in a Senegalese
meso-endemic community.
Perraut R, Richard V, Varela ML, Trape JF, Guillotte M, Tall A, Toure A, Sokhna C, Vigan-
Womas I, Mercereau-Puijalon O.
Malar J 2014, 13:410 (17 October 2014).
Cytometric measurement of in vitro inhibition of Plasmodium falciparum field isolates by drugs:

a new approach for re-invasion inhibition study.
Varela M, Razakandrainibe R, Aldebert D, Barale J, Jambou R
Malar J 2014, 13:110 (21 March 2014).
135 sur 142

Dramatic declines in seropositivity as determined with crude extracts of Plasmodium falciparum

schizonts between 2000 and 2010 in Dielmo and Ndiop, Senegal.
Diop F, Richard V, Diouf B, Sokhna C, Diagne N, Trape JF, Faye MM, Tall A, Diop G, Balde AT.
Malar J. 2014 Mar 6;13(1):83. doi: 10.1186/1475-2875-13-83.
Randomised controlled trials for Ebola: practical and ethical issues.

Adebamowo C, Bah-Sow O, Binka F, Bruzzone R, Caplan A, Delfraissy JF, Heymann D, Horby P,
Kaleebu P, Tamfum JJ, Olliaro P, Piot P, Tejan-Cole A, Tomori O, Toure A, Torreele E,
Whitehead J.
Lancet. 2014 Oct 18;384(9952):1423-4. doi: 10.1016/S0140-6736(14)61734-7. Epub 2014 Oct 13.
The variant STEVOR protein of Plasmodium falciparum is a red cell binding protein
important for merozoite invasion and rosetting.
Niang M, Bei AK, Madnani KG, Pelly S, Dankwa S, Kanjee U, Gunalan K, Amaladoss A, Yeo
KP, Bob NS, Malleret M, Duraisingh MT, Preiser PR. 2014.
Cell Host and Microbes. 16(1):81-93.
Analyse des réponses immunes humorales (multiplex Magpix/ELISA) de patients paludéens sur
3 sites sentinelles du paludisme en Cote d’Ivoire.
Koffi D, Touré OA, Varela ML, Vigan-Womas I, Beourou S, Djaman JA, PerrautR.
7ème Congrès de la Société Africaine de Parasitologie (SOAP) – 3, 4, 5 décembre 2014, Abidjan,
Côte d’Ivoire
Publications
Evolution of autoantibodies profile in systemic lupus erythematosus according to age and
clinical manifestations
Diallo MS, Mbengue B, Seck A, Ndao AC, Niang MS, Cissoko Y, Thiam A, Diop G, Diallo RN,
Diallo M, Ndongo S, Dièye TN, Cissé M, Kane A, Dièye A.
Ann Biol Clin (Paris). 2014 Jun 1;72(3):351-358.
Implication of clinicopathological parameters on diversity and genetic evolution of breast cancer

in Senegalese women population.
Mbaye F, Dem A, Fall M, Mbaye S, Diop G, Doupa D, Ba D, Ndiaye R, Sylla Niang M, Dieye A,
Sembene M.
British Journal of Medicine and Medical Research 2014, 4(14): 2627-2638.
Mutation N308T of Protein Tyrosine Phosphate SHP-2 in two Senegalese patients with Noonan
syndrome.
Ndiaye R, Ndiaye C, Leye M, Mbengue B, Sy Diallo M, Diop JPD, Faye O, Diop IB, Signaté Sy
H. Journal of Medical Genetics and Genomics 2014; 6(1):6-10.
Profil des réponses auto-anticorps suivant l’âge et la symptomatologie clinique chez des patients
atteints de Lupus Erythémateux.
Diallo M S., Mbengue B, Seck A., Ndao Ac., Sylla Niang M., Cissoko Y, Thiam A., Diop G.,
Ndiaye Diallo R., Diallo M., Ndongo S., Ndiaye Dieye T., Cisse M, Kane A., Dieye A.
Annales de Biologie Clinique. 2014. 72(3):351-8. doi: 10.1684/abc.2014.0963.
136 sur 142

Genetic Diversity of Breast Cancer in Senegalese Women: New Insight from Somatic Mutations
Mbaye F, Dem A, Fall M, Diop G, Mbengue B, Diallo RN, Niang MS, Kane M, Ka S, Dieye A,
Sembene M.
Journal of Health Science 2014, 4(2): 25-33
Etude du codon 72 du gène p53 dans la prédisposition au cancer du col de l’utérus au Sénégal.
Ndiaye R, Dem A, Mbaye PM, Guèye PM, Diop G, Diop PA, Diop M, Faye O, Afoutou JM.
Bulletin du Cancer 2014,101 (9):789-94
Le polymorphisme rs1044925 du gène ACAT1 dans la variabilité des paramètres lipidiques chez
les donneurs de sang au Sénégal.
Ndiaye R, Gueye Tall F., Gueye PM., Diop JPD., Mbengue B., Diop G., Thiam A., Faye O.,
Lopez-Sall P., Dieye A., Cisse A., Diop PA.
7èmes Assises de Génétique Humaine et Médicale, 29 -31 Janvier 2014, Bordeaux, France
Thèses de Doctorat d’Etat en Pharmacie
Analyse de la réponse anticorps anti-mérozoïtes dans le paludisme de recrutement hospitalier à
Tambacounda (Sénégal)
Oumar KA.
Présentée par Oumar Ka le 8 mars 2014.
Etude du polymorphisme du codon 72 du gène P53 comme facteur de risque dans les cancers de
la cavité buccale su Sénégal
Seydi Abdoul Ba
Présentée le 16 août 2014.
Evaluation de la réponse anticorps IgG anti-GLURP et anti-CSP suivant la gravité et l’issue du

paludisme clinique en milieu urbain présenté
Mlle Kantome Ndiaye
Mémoires de Master d’Immunologie et Infection, Faculté de Médecine, de Pharmacie

et d’Odontologie:
M. Paulin Kpodji.
Evaluation de la réponse anticorps IgG dirigée contre les candidats vaccins GLURP et LSA3 dans
le paludisme simple en milieu urbain à Dakar (Sénégal)
Présenté le 13 août 2014
Evaluation des réponses en sous-classes d’IgG anti-AMA1 et anti-MSP1p19 dans le paludisme

de recrutement hospitalier à Dakar (Sénégal)
Dr Tatiana Sandrine Y.Y. Hountohotegbe.
Présenté le 21 août 2014.
Mémoires de Diplôme Inter-universitaire International de Vaccinologie (DIUI)

Evaluation de la réponse anticorps IgG dirigée contre les candidats vaccins GLURP et LSA3
dans le paludisme simple en milieu urbain à Dakar (Sénégal)
M. Paulin Kpodji
137 sur 142
Présenté le 21 août 2014.
Ethique et vaccination des enfants en Afrique

Dr Awa Ly Sakho
Présenté le 28 novembre 2014
Vaccin antipneumococique dans le PEV : Cas du district centre de Dakar.

Dr Kantôme Ly Gaye
Présenté le 28 novembre 2014

Publications
A 20-year longitudinal study of Plasmodium ovale and Plasmodium malariae prevalence and
morbidity in a West African population.
Roucher C, Rogier C, Sokhna C, Tall A, Trape JF.
PLoS One. 2014 Feb 10;9(2):e87169. doi: 10.1371/journal.pone.0087169. eCollection 2014.
Antimicrobial resistance of bacterial enteropathogens isolated from stools in Madagascar

Randrianirina F, Ratsima Hariniana E, Ramparany L, Randremanana R, Hanitra Clara Rakotonirina
HC, Andriamanantena T, Rakotomanana F, Rajatonirina S, Richard V, Talarmin A.
BMC Infectious Diseases 2014 14:104 doi:10.1186/1471-2334-14-104.
Campylobacter infection in a cohort of rural children in Moramanga, Madagascar

Randremanana RV, Randrianirina F, Sabatier P, Rakotonirina HC, Arthur Randriamanantena A,
Razanajatovo IM, Ratovoson R, Richard V
BMC Infectious Diseases 2014 14(1):372.
Coxiella burnetii-positive PCR in febrile patients in rural and urban Africa.

Angelakis E, Mediannikov O, Socolovschi C, Mouffok N, Bassene H, Tall A, Niangaly H,
Doumbo O, Znazen A, Sarih M, Sokhna C, Raoult D.
Int J Infect Dis. 2014 Nov;28:107-10. doi: 10.1016/j.ijid.2014.05.029. Epub 2014 Sep 19.
Early-warning health and process indicators for sentinel surveillance in Madagascar 2007-2011
Rajatonirina S, Rakotomanana F, Randrianasolo L, Razanajatovo NH, Andriamandimby SF,
Ravolomanana L,, Randrianarivo-Solofoniaina AE, Reynes JM, Piola P , Finlay-Vickers A, Heraud
JM, Richard V
Online J Public Health Inform. 2014 Dec 15;6(3):e197.
Effects of the kdr resistance mutation on the susceptibility of wild Anopheles gambiae
populations to Plasmodium falciparum: a hindrance for vector control
Ndiath MO , Cailleau A Diedhiou SM, Gaye A, Boudin C, Richard V, Trape J-F, Malar J 2014
13:340 doi:10.1186/1475-2875-13-340.
Increase in the Number of Tuberculosis Cases Treated following Tuberculin Skin Testing in
First-Year Schoolchildren in Madagascar.
Ratovoson R, Raharimanga V, Ratsitorahina M, Ramarokoto H, Rajatonorina S, Rasolofo V,
Richard V
Plos One 2014 Apr 17;9(4):e95494. doi: 10.1371/journal.pone.0095494.
138 sur 142

Influenza sentinel surveillance network improvement in Senegal and results.

Thiam D, Niang M, Dia N, Sarr FD, Goudiab D, Senghor ML, Kiori D, Faye T, Espié E, Ba IO,
Richard V.
Bull Soc Pathol Exot. 2015 Feb;108(1):21-4. doi: 10.1007/s13149-014-0390-5. Epub 2014 Sep 26.
French
The rise and fall of malaria in a west African rural community, Dielmo, Senegal, from 1990 to
2012: a 22 year longitudinal study.
Trape JF, Tall A, Sokhna C, Ly AB, Diagne N, Ndiath O, Mazenot C, Richard V, Badiane A,
Dieye-Ba F, Faye J, Ndiaye G, Diene Sarr F, Roucher C, Bouganali C, Bassène H, Touré-Baldé A,
Roussilhon C, Perraut R, Spiegel A, Sarthou JL, da Silva LP, Mercereau-Puijalon O, Druilhe P,
Rogier C.
Lancet Infect Dis. 2014 May 6. pii: S1473-3099(14)70712-1. doi: 10.1016/S1473-3099(14)70712
Facteurs de risque du paludisme à Dielmo et Ndiop sur la période 2008-2012.
Fall A
Mémoire de Master 2 de statistiques appliquées, Université Gaston Berger, Saint-Louis, Sénégal.
Facteurs liés à la non-observance de la prophylaxie post exposition suite à une morsure au

centre de traitement antirabique de Dakar entre avril et septembre 2013.
Ndoye M
Mémoire de Master 2 de statistiques appliquées – Université Gaston Berger, Saint-Louis, Sénégal.

Publications
Anopheles arabiensis seasonal densities and infection rates in relation to landscape classes and
climatic parameters in a Sahelian area of Senegal.
Ngom EMN, Faye ND, Talla C, Ndiaye E, Ndione JA, Faye O, Ba Y, Diallo M, Dia I
BMC Infect Dis. 2014 Dec 20;14(1):711. [Epub ahead of print]
First report of Culex tritaeniorhynchus Giles, 1901 (Diptera : Culicidae) in the Cape Verde
Islands.
Alves J, de Pina A, Diallo M, Dia I.
Zoologia Caboverdiana. 2014, 5 (1): 14-19.
Oral susceptibility of Aedes aegypti (Diptera: Culicidae) from Senegal for dengue serotypes 1
and 3 viruses.
Gaye A, Faye O, Diagne CT, Faye O, Diallo D, Weaver SC, Sall AA, Diallo M.
Trop Med Int Health. 2014 Nov;19(11):1355-9.
Patterns of a sylvatic yellow Fever virus amplification in southeastern senegal, 2010

Diallo D, Sall AA, Diagne CT, Faye O, Hanley KA, Buenemann M, Ba Y, Faye O, Weaver SC,
Diallo M.
Am J Trop Med Hyg. 2014 Jun 4;90(6):1003-13. doi: 10.4269/ajtmh.13-0404. Epub 2014 Mar 10.
139 sur 142

Population genetics of two key mosquito vectors of rift valley Fever virus reveals new insights
into the changing disease outbreak patterns in Kenya
Tchouassi DP, Bastos ADS, Sole CL, Diallo M, Lutomiah J, Mutisya J, Mulwa F Borgemeister C,
Sang R, Torto B
PLoS Negl Trop Dis. 2014 Dec 4;8(12):e3364. doi: 10.1371/journal.pntd.0003364. eCollection
2014 Dec.
Prominent intraspecific genetic divergence within Anopheles gambiae sibling species triggered
by habitat discontinuities across a riverine landscape.
Caputo B, Nwakanma D, Caputo FP, Jawara M, Oriero EC, Hamid-Adiamoh M, Dia I, Konate L,
Petrarca V, Pinto J, Conway DJ, Della Torre A.
Mol Ecol. 2014 Sep;23(18):4574-89. doi: 10.1111/mec.12866. Epub 2014 Aug 18.
Reproductive isolation among sympatric molecularforms of An. gambiae from inland areas of
south-eastern Senegal.
Niang HA, Konaté L, Diallo M, Faye O, Dia I.
PLoS One. 2014 Aug 6;9(8):e104622. doi: 10.1371/journal.pone.0104622. eCollection 2014.
Rift Valley Fever outbreaks in Mauritania and related environmental conditions.

Caminade C, Ndione JA, Diallo M, MacLeod DA, Faye O, Ba Y, Dia I, Morse AP.
Int J Environ Res Public Health. 2014 Jan 9;11(1)
Statistical modeling of the abundance 1 of vectors of West African Rift Valley fever in Barkédji,
Senegal
Talla C, Diallo D, Dia I, Ba Y, Ndione J A, Sall AA, Morse A, Diop A, Diallo M
PLoS One. 2014 Dec 01. DOI10.1371/journal.pone.0114047.
Vector Competence of Aedes aegypti and Aedes vittatus (Diptera: Culicidae) from Senegal and
Cape Verde Archipelago for West African Lineages of Chikungunya Virus.
Diagne C, Faye O, Guerbois Mathilde, Knight Rachel, Diallo D, Faye O, Ba Y, DIA I, Faye O,
Weaver Scott, Sall AA, Diallo M.
Am J Trop Med Hyg. 2014 Jul 7. pii: 13-0627. [Epub ahead of print]
Zika virus emergence in mosquitoes in southeastern Senegal, 2011.

Diallo D, Sall AA, Diagne CT, Faye O, Faye O, Ba Y, Hanley KA, Buenemann M, Weaver SC,
Diallo M.
PLoS One. 2014 Oct 13;9(10):e109442.
Communications affichées
Bionomical characteristics of sympatric populations of Anopheles coluzzii and Anopheles
gambiae from Southeastern Senegal.
Niang EA, Konaté L, Faye O, Diallo M, Dia I.
Symposium scientifique du Réseau International des Instituts Pasteur, Paris, France, 10-13
septembre 2014.
Characterization of antiviral innate immune response during mosquito-borne USUTU virus

infection.
Cacciotti G, Caputo B, Diallo D, Ceianu C, Nowotny N, Antonelli G, Scagnolari C.
septembre 2014.
140 sur 142

Investigating the mechanisms of DDT and Dieldrin resistance in field population of An. funestus
in Senegal.
Samb B, Wondji CS, Dia I, Konaté L, Faye O.
ASTMH 63rd annual meeting, New Orleans, November 2-6, 2014.
Re-emergence of Yellow Fever in Kedougou, Southeastern Senegal in 2010 – 2011.

Sow A, Ba Y, Diallo D, Faye O, Chen R, Hanley KA, Weaver SC, Diallo M, Sall AA.
ASLM 2014 International conference, Cape Town, Afrique du Sud, 30 novembre – 4 décembre
2014.
Spatio-temporal dynamics of Zika virus emergence in mosquitoes in southeastern Senegal, 2011.

Diallo D, Sall AA, Diagne CT, Faye O, Faye O, Ba Y, Hanley KA, Buenemann M, Weaver SC,
Diallo M.
Statistical modelling of Rift Valley fever vectors abundance in a Sahelian area (Barkédji,
Senegal).
Talla C, Diallo D, Dia I, Ba Y, Ndione JA, Sall AA, Morse A, Diop A, Diallo M.
septembre 2014.
Unexpected strong reduction of gene-flow within Anopheles gambiae in an area of hybridization

with An. coluzzii in the «far-west» of their range.
Caputo B, Nwakanma D, Caputo FP, Jawara M, Oriero CE, Adiamoh MH, Dia I, Konaté L,
Petrarca V, Pinto J, Conway D,della Torre A
ASTMH 63rd annual meeting, New Orleans, November 2-6, 2014.

Publications
MALDI-TOF identification of the human Gut microbiome in people with and without diarrhea
in Senegal.
Samb-Ba B, Mazenot C, Gassama-Sow A, Dubourg G, Richet H, Hugon P, Lagier JC, Raoult D,
Fenollar F.
PLoS One. 2014 May 1;9(5):e87419. doi: 10.1371/journal.pone.0087419. eCollection 2014.

Publications
Évaluation du taux de portage digestif d'entérobactéries productrices de β-lactamase à spectre
élargi d'origine communautaire chez les travailleurs et les porcs de la ferme de Bignona.
Michaud C, Seck A, Senghor ML, Richard V, Bercion R.
Med Mal Infect 2014;44(6 Suppl):79-80. doi: 10.1016/S0399-077X(14)70285-9.
Identifying an appropriate PCV for use in Senegal, recents insights concerning Streptococcus
pneumoniae NP carriage and IPD in Dakar
F Ba, A Seck, M Bâ, A Thiongane, MF Cissé, Kh Cissé, M Ndour, P Boisier, B Garin.
BMC Infectious Diseases 2014, 14:627.
141 sur 142

Prevalence and characterization of extended-spectrum β-lactamase-producing clinical

Salmonella enteric isolates in Dakar, Senegal, from 1999 to 2009
Harrois D, Breurec S, Seck A, Delauné A, Le Hello S, Pardos de la Gándara M, Sontag L, Perrier-
Gros-Claude JD, Sire JM, Garin B, Weill FX
Clin Microbiol Infect 2014, 20 (2):O109-16. doi: 10.1111/1469-0691.12339.
Population genetic structure and isolation by distance of Helicobacter pylori in Senegal and
Madagascar.
Linz B, Vololonantenainab CR, Seck A, Carod JF, Dia D, Garin B, Ramanampamonjy RM,
Thiberge JM, Raymond J, Breurec S.
PLoS One. 2014 Jan 30;9(1):e87355. doi: 10.1371/journal.pone.0087355. eCollection 2014.
Prevalence and characterization of extended-spectrum β-lactamase-producing clinical

Salmonella enterica isolates in Dakar, Senegal, from 1999 to 2009.
Harrois D, Breurec S, Seck A, Delauné A, Le Hello S, Pardos de la Gándara M, Sontag L, Perrier-
Gros-Claude JD, Sire JM, Garin B, Weill FX.
Clin Microbiol Infect. 2014 Feb;20(2):O109-16. doi: 10.1111/1469-0691.12339. Epub 2013 Aug
30.
Role of Pfmdr1 in vitro Plasmodium falciparum susceptibility to chloroquine, quinine,

monodesethylamodiaquine, mefloquine, lumefantrine, and dihydroartemisinin.
Wurtz N, Fall B, Pascual A, Fall M, Baret E, Camara C, Nakoulima A, Diatta B, Fall KB, Mbaye
PS, Diémé Y, Bercion R, Wade B, Pradines B.
Antimicrob Agents Chemother. 2014 Dec;58(12):7032-40. doi: 10.1128/AAC.03494-14.
Staphylococcus aureus nasal and pharyngeal carriage in Senegal.

Fall C, Richard V, Dufougeray A, Biron A, Seck A, Laurent F, Breurec S.
Clin Microbiol Infect. 2014 Apr;20(4):O239-41. doi: 10.1111/1469-0691.12385. Epub 2013 Oct
30.
Communication Orale
Evaluation du taux de portage digestif d’entérobactéries productrices de bêta-lactamase à
spectre élargi d’origine communautaire chez les travailleurs et les porcs de la ferme de Bignona.
Mahou C, Michaud C, Diallo TA, Seck A, Senghor ML, Richard V, Bercion R.
XVèmes Journées Médicales de l’Hôpital Principal de Dakar, 15 au 17 Mai 2014, Dakar, Sénégal.
Emergence des souches d’entérobactéries productrices de carbapénémases à Dakar.

A Seck, R Bercion et A Gassama-Sow
Journée Scientifique, Réunion Régionale RIIP / IPD, 17 au 18 Juin 2014, Dakar, Sénégal
142 sur 142


Rapport 2014 Institut Pasteur de Dakar

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Rapport 2014, Institut Pasteur de Dakar

Rapport annuel 2014

36, avenue Pasteur

ACTIVITES DE RECHERCHE, D’EXPERTISE ET DE SANTE PUBLIQUE

Unité des Arbovirus et Virus des Fièvres Hémorragiques 13

UNITE DU VACCIN FIEVRE JAUNE 110

ENSEIGNEMENTS ET FORMATIONS 122

PUBLICATIONS ET COMMUNICATIONS 132

L’Institut Pasteur de Dakar

Les principales thématiques des programmes de recherche concernent :

L’IPD propose également des activités de services au bénéfice de la population à travers : le

Faits marquants de l’année 2014

De nombreux faits importants ont jalonné la vie de l’IPD.

Epidémie de maladie à virus Ebola en Afrique de l’Ouest.

Un incendie s’est déclaré le dimanche 3 février au Laboratoire de salubrité alimentaire d’hygiène

L’organisation à Dakar de la Réunion régionale des Instituts d’Afrique a rassemblé les 18 et 19

Unité de vaccin fièvre jaune

L’année 2014 a vu également de grandes avancées du dossier de la construction de la nouvelle unité de

Personnalités et scientifiques ayant visité

3 février Pr Didier Guillemot, projet BIRDY-NAFY

Annuaire - organigramme de l’Institut Pasteur de Dakar

Direction ressources humaines Direction administrative et financière Direction scientifique

Unités Services Unité Production Services Soutien

La Direction des Ressources Humaines

Directeur des Ressources Humaines : Abdoulaye FALL

Entités rattachées à la DRH :

Le Personnel de l’Institut Pasteur de Dakar

Au 31 décembre 2014, l’IPD comptait 287 personnes :

En 2014, les mouvements de personnels ci-dessous ont été enregistrés :

Activités de recherche, d’expertise

Unité des arbovirus et des virus des fièvres hémorragiques

1.1. Développement et amélioration d’outils de diagnostic

Méthodologie: Des échantillons de patients répondant à la définition de cas suspect de la maladie à

1.1.2. Diagnostic moléculaire du virus Zika

1.2. Séquençage et évolution moléculaire des arbovirus et virus de fièvres hémorragiques

1.3. Interaction des arbovirus avec leurs vecteurs

1.3.1. Projet EuroWestNile

1.3.2. Projet Usutu

1.3.3. Projet EMIDA :

2. Activités de santé publique

2.2. Surveillance des arbovirus dans la faune culicidienne et de vertébrés sauvages

2.3. Epidémie de maladie à virus Ebola.

2.4. Activités du centre national de référence de la rage

3.2. Activités d’expertise ou de représentation

Unité de virologie médicale

Personnel scientifique de l’Unité

Les faits marquants en 2014 :

1.5. Etude de la diffusion des virus grippaux à Dielmo/Ndiop en 2009 et 2010

2. Activités de santé publique

2.1. CNR grippe et autres virus respiratoires

Tableau 2 : Caractérisation antigénique des H3N2 circulants en 2014

En perspective, le réseau de surveillance sentinelle syndromique du Sénégal continuera son

Figure 5 : Données de la surveillance syndromique au Sénégal en 2014.

2.2. CNR Rougeole

Résumé des activités de l’année 2014

Figure 6 : Répartition des cas suspects mensuels rougeole en 2013 et 2014

Un programme de surveillance de la rubéole congénitale a été mis en place en collaboration avec

au laboratoire (cible : au moins 80%)

2.3. Centre inter pays de référence OMS pour la poliomyélite (CIPR)

Pays SEN GAM MAU GUI GUB CAV NIG TOTAL

Principaux résultats pour 2014 :

Critères de performance du CNR en 2014

Pôle virus entériques