Phylogène dans une démarche d'ensemble collège-lycée (programmes actuels)

Les grandes lignes :

Une démarche différente au collège et au lycée :
Au collège, il y a une nette distinction entre ce qui est fait en classe de 6e, 5e et 4e où l’on établit une classification sous forme de groupes emboîtés (exercice
méthodologique), en y plaçant des organismes actuels et fossiles, et ce qui est fait en classe de 3e où l’on va découvrir la signification évolutive de la
classification (et donc découvrir ce qu’est réellement la classification phylogénétique).
Au lycée, la notion d'évolution est un point de départ, elle est explicitée pour ses très grandes lignes en 2de (dernière année ?) puis en première L et ES et Tale
S dans le cadre de l'hominisation et en Tale S dans le cadre des Vertébrés. En Tale S on distingue explicitement les états des caractères (état primitif et état
dérivé) et on justifie (ou construit) les arbres à partir des seuls états dérivés. On aborde aussi les cas problématiques écartés au collège (analogie...).
Au collège niveau 6e (5e et 4e) : (→ nouveauté dans le logiciel)
Activités Dans Phylogène
Observer les espèces Activités Observer → possibilité d'ajouter des documents (il suffit de les mettre dans le dossier de la collection portant le nom de l'espèce)

Classer les données et Activité Comparer : elle permet de faire la transition avec la construction du tableau
construire un tableau Activité Construire : construction du tableau → possibilité d'avoir l'illustration des deux états pour un choix raisonné (si ces
illustrations ont été codées dans les collections, un bouton apparaît)
Activité Classer → les caractères « présents » sont en couleurs
→ on peut déplacer les colonnes pour mettre à gauche les caractères les plus partagés ...
→ on peut déplacer les lignes pour rendre le tableau plus lisible en rassemblant les espèces qui se ressemblent.
Représenter les groupes par Activité Classer → on peut faire apparaître les boîtes une par une (clic droit sur la colonne correspondante) et observer les
des boîtes correspondant espèces qu'elle contient par rapport aux données du tableau.
aux caractères possédés.
Classer hiérarchiquement Activité Classer → Le déplacement d'une boîte au-dessus d' une autre les fait fusionner si leur contenu est identique ou les
les boîtes emboîte. Si c'est impossible un message l'indique)
Nommer les groupes Activité Classer → Un clic droit sur une boîte permet d'accéder à la dénomination de la boîte (si les noms ont été répertoriés
dans la collection)
Tester avec de nouvelles Activité Classer → Après vérification (bouton Vérifier), si la collection comporte des taxons à classer, leur liste apparaît
espèces ou de nouveaux Lorsque l'on clique sur un nom, une étiquette apparaît qui peut être déplacée dans une boîte.
caractères Il reste si tous les caractères de la sous-collection n'ont pas été utilisés, il est possible d'en ajouter (à partir
d'un clic droit sur le nom d'un caractère).
Collections utilisables en 6e : Faune jardin-étang, Arthropodes, Vertébrés collège (sous-collection Vertébrés 6e) et Unité du vivant (sous-collection 6e)
L'utilisation de plusieurs collections (ou de plusieurs extraits de collection) permet de montrer que l'on aboutit à des classifications très proches même pour
des milieux différents on montre aussi que la classification par groupements emboîtés peut s'opérer à différentes échelles. (→ le logiciel permet maintenant
de configurer des sous-collections dont on choisit les taxons , les caractères et les activités autorisées ou lancées automatiquement au départ).

Au collège niveau 3e :
Activités Dans Phylogène
Représenter les groupes par Activité Établir des parentés : Ouvrir le tableau de référence et passer directement à l'activité Établir des parentés
des boîtes correspondant → les illustrations des espèces et des caractères sont accessibles à partir d'un clic droit sur la matrice ou en
aux caractères possédés. activant l'icône “tête de cheval”.
Organiser les lignes et les colonnes.
Lorque l'icône correspondante est activée, en cliquant sur les caractères on fait apparaître les boîtes
correspondantes qui sont d'emblée emboîtées.
Tracer un arbre pour Activité Établir des parentés :→ Lorsque l'affichage de l'arbre est activé (par défaut), il se trace au fur et à mesure de
comprendre la signification l'affichage des boîtes.
évolutive du classement. Les noeuds représentant les ancêtres sont apparents et un clic de souris fait apparaître leur portrait
robot. Le groupe qu'ils forment avec l'ensemble de leurs descendants est mis en évidence et peut être
nommé, si on le souhaite. Si des fossiles datés figurent dans la collection, ils permettent de dater
approximativement l'apparition des innovations.
En explorant l'arbre, le concept de descendance avec modification (évolution) se met en place.
Collections utilisables en 3 : Vertébrés collège, Fossiles-collège, origine des Tétrapodes-collège, Primates-collège et Unité du vivant.
e

Au lycée en Tale S
Activités
Choisir des taxons et des caractères Fonction de Recherche :→ on peut établir une liste de taxons possédant ou non tel ou tel état de caractère. Ce peut être
pour répondre à une question
Polariser et coder les caractères
Établir des parentés par la
Construction d'un arbre
Annoter l'arbre en situant les
innovations
Confronter les données
moléculaires et anatomiques
Dans Phylogène
un moyen pour choisir un taxon extragroupe qui permettra de polariser les caractères...
Activité Polariser-Coder :→ Après avoir chargé un tableau de référence ou rempli une matrice de caractères, passer à
l'activité Polariser.
Choisir un taxon extragroupe. Marquer comme primitifs les états de caractères correspondant à
ceux de l'extragroupe. Colorer les autres cases pour marquer les états dérivés. Une couleur par état
différent (choisir de colorer de la même manière les états identiques). Faire vérifier avant de passer
à la construction de l'arbre. Classer les colonnes et les lignes.
Activité Établir des parentés : Construire progressivement l'arbre en rassemblant les taxons partageant les mêmes
caractères dérivés, en partant de la droite du tableau. (possibilité d'affichage de la longueur de l'arbre).
Activité Établir des parentés : → En cliquant sur les noeuds représentant les ancêtres on fait afficher, comme en 3e le
portrait-robot de l'ancêtre concerné. Si l'arbre n'est pas logique avec les données (« ancêtre » ne
correspondant pas à une innovation) le logiciel le signale, ce qui permet ensuite de corriger
l'arbre. Les annotations peuvent être faites à la main sur une impression de l'arbre.
Activité molécules : Les arbres obtenus avec les données moléculaires confirment en général ceux que l'on obtient par
la méthode cladistique à partir des données anatomiques.