Fiche technique de PHYLOGENE

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Les icônes d'accès aux activités et aux utilitaires Déplacer les branches de l’arbre états des caractères
(elles ne sont pas toujours toutes visibles)
Cliquer sur le menu Établir des parentés : En mode édition (Choix/éditer)
Au départ, aucun taxon n'est activé.
Activer les taxons progressivement (par
exemple en commençant par le bas) et
utiliser les états de caractères (voir ci-
contre) pour placer le nouveau taxon et
construire l'arbre.
Construire une matrice
Exemple de matrice de caractères Cliquer sur la branche à déplacer
de caractères En cliquant sur un
avec le bouton gauche de la souris. caractère dans la matrice, le
Cliquer sur construire. Sans lâcher ce bouton, déplacer la code couleur affecté au
Sélectionner les espèces souris de façon à venir faire le caractère apparaît.
en cliquant sur chacune branchement là où on le souhaite. Si le
d’elles. Un nouveau clic branchement est possible, une croix ou un Vérification de l'arbre
sur la figure enlève doigt pointé apparaît. En mode exploration.
l’espèce de la sélection. Il est aussi possible de changer la Lorsque l'on clique sur un
Choisir les caractères dans disposition des branches sans modifier les nœud représentant un
le menu déroulant. relations de parentés ancêtre, la liste de ses états
Si le groupe étudié est référencé, le menu Rechercher aide à choisir les espèces. de caractères apparaît (telle
Annule la dernière opération. qu'elle peut être déduite de
Remplir le tableau en cliquant dans chacune des cases et en utilisant les
informations qui apparaissent en bas, à droite de l’écran. Vérifier votre l'arbre dessiné).
Permutation des branches autour
tableau. Corriger si nécessaire. d’un nœud. Cliquer sur cette icône puis se
Polariser et coder les placer au niveau d’un nœud et cliquer à
Exemple de matrice codée nouveau.
états des caractères
Après avoir construit et Relie toutes les branches à un même
validé une matrice de noeud. ► Si le groupe des
caractères, cliquer sur Donne accès à un menu qui descendants partage un état
l'icône Polariser. dérivé commun exclusif, les
permet de choisir le mode de
Choisir un taxon
représentation de l'arbre (avec ou sans les branches sont mises en vert.
extragroupe pour trouver jaune : états dérivés communs
les états primitifs. Les fossiles sont en rouge, l'extragroupe en bleu boîtes) et le mode de travail (édition ou
exploration de l'arbre) non exclusifs
Colorer les états primitifs comme ceux de l'extragroupe, puis colorer les états ► Sinon, une mise en garde
dérivés. Faire vérifier à la fin. En cas de problème, utiliser le bouton Aide. permet de est affichée.
Les lignes et les colonnes peuvent être déplacées pour regrouper au conserver un l'arbre affiché dans une Les dates sont celles du
maximum les états de même niveau. fenêtre de comparaison premier fossile ayant cet état.