2ECE4 - Biodiversité du vivant et ses modifications au cours du temps.

Mise en situation
L’'extraordinaire diversité des organismes a conduit les biologistes à répartir dans des groupes les espèces actuelles et/ou fossiles.
Nous cherchons dans cet ECE à identifier quels sont les critères qui permettent d'établir des liens de parentés entre les lignées d’êtres vivants.
Partie I : Biodiversité chez Eucaryotes, pluricellulaire du règne des animaux.
Créer par binôme une seule fiche réponse (que vous enregistrerez dans vos documents avec un titre NOM-NOM-CLASSE). Ce travail se déroule sur 2 séquences de TP.
A la fin, toute votre production sera à déposer dans le fichier retour disponible dans MOODLE.

Etudiez les Documents ci-dessous, puis répondez sur votre fiche réponse aux questions suivantes :

1. En regardant l’image de la truite, on peut définir trois axes de construction de l’animal. (En rouge l’axe
antéro-postérieur, en Vert l’axe dorso-ventral et en Bleu l’axe bilatéral). Dans ces axes, où situez-vous la
« tête », la nageoire dorsale, le tube digestif, les nageoires pectorales ?
2. Ces trois axes peuvent-ils être définis pour toutes les formes de vie animale ? Justifiez votre réponse en
prenant des exemples d’animaux du tableau ci-dessous.
3. Parmi ces animaux, certains forment le groupe des vertébrés, d’autres des invertébrés, expliquer
quelles caractéristiques phénotypiques les caractérisent ?
4. Sachant que le groupe des crustacés ont 2 paires d’antennes et 10 pattes, que le groupe des insectes ont 1 paire d’antennes et 6 pattes, donnez des exemples de ces
deux groupes parmi les individus du tableau ci-dessous.

Lombric T-Rex araignée

Etoile de mer Tigre Autruche
Tortue (reconstitution)

Homard Fourmis Mille-pattes

Méduse Amonite (fossile) Boa Salamandre
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Partie 2 : Biodiversité et liens de parentés chez les vertébrés
Les ressemblances entre les Vertébrés montrent qu’ils sont apparentés : ils ont hérité leur plan d’organisation d’un ancêtre commun exclusif c'est-à-dire
qu’ils ne partagent pas avec les animaux non vertébrés. Mais au sein des Vertébrés, on trouve des animaux bien différents ! On cherche donc à classer les
espèces. Pour établir des parentés entre des espèces on compare des caractères homologues (morphologiques, anatomiques, moléculaires...). On établit une
matrice des caractères (tableau à double entrée résumant les observations réalisées chez les groupes étudiés), et on construit un arbre phylogénétique qui
traduit les relations de parenté. Chaque nouvelle branche doit être justifiée par l’apparition d’une nouveauté évolutive. Un nœud correspond à la
population des derniers ancêtres communs à partir de laquelle ont émergé 2 groupes différant par leurs caractéristiques. Veuillez réaliser le travail détaillé ci-dessous.
Consignes. Aide à l’utilisation du logiciel.
Vous avez ouvert votre session sur votre ordinateur.

Sur le bureau de votre ordinateur :

Ouvrer le dossier « SVT », puis ouvrez le dossier « Sciences de la Vie », puis ouvrez le
logiciel « Phylogène 2012 » ( Ou sa version la plus récente). Dans le menu en bas de
l’écran, choisissez la collection « vertébrés-lycées » puis cliquer sur la case « ok ».

Dans la nouvelle page qui s’est affichée :

Le menu du haut vous propose plusieurs onglets de raccourcis. Cliquer sur celui
représentant une « Matrice des caractères » afin de construire un tableau de présence
ou non de caractères homologues à étudier.

DONNER SUR VOTRE FICHE REPONSE LA DEFINITION D’UN CARACTERE HOMOLOGUE.

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Dans la nouvelle page affichée :
En bas de la page, sélectionnez dans le premier tableau les caractères à étudier suivants (ils vont
alors s’afficher dans une matrice dans la partie haute de votre page) : squelette, squelette
osseux, amnios (une annexe embryonnaire), appendice paire (membres locomoteurs pairs),
fenêtre mandibulaire (un trou dans la mâchoire), placenta (une annexe embryonnaire), plumes,
poils, ongles plats.
Sélectionnez ensuite les espèces suivantes : aigle, archéoptéryx, crapaud, crocodile, gorille,
homme, lamproie, mégazostrodon, otarie, sardine.

Cliquer ensuite sur l’onglet « Montrer les états ».

Par défaut, le logiciel vous montre pour la première case de votre tableau quel est le caractère
étudié « Présence ou absence d’un Amnios ». En cliquant sur cette première case afin d’indiquer
la présence ou non d’un amnios chez l’aigle, le logiciel vous montre alors une étude des annexes
embryonnaires présents chez l’aigle. Vous devez choisir la bonne réponse « présent, absent,
ou ? ». Faites de même pour toutes les cases de ce premier animal, puis de même pour les
animaux suivants.

Une fois que vous avez rempli tout le tableau, appeler le professeur afin qu’il valide ou
non vos choix.

A L’AIDE DE LA TOUCHE « Impr ecran » de votre clavier COPIER VOTRE ECRAN, PUIS
COLLER-ROGNER votre matrice DANS VOTRE FICHE REPONSE (penser à donner un titre
à cette matrice de présence de caractères homologies.

Dans le menu des onglets en haut de votre page :

Cliquer sur l’onglet « Etablir des liens de parentés ».
Une nouvelle page s’ouvre. En bas de l’écran vous retrouvez votre tableau. A droite en
haut de votre écran, une page vierge dans laquelle nous allons construire tout à l’heure un
arbre phylogénique. En haut à gauche on vous donne des consignes utiles à la suite du
travail.

Comparons ces espèces. Répondez (Sur votre fiche réponse) aux questions suivantes :
5- Dites si la donnée « squelette » (sans autre précision) est intéressante ou non ici pour classer les espèces. (Expliquer)
6- Si on prend en compte l’ordre d’apparition (dans le temps) d’un caractère dans un groupe (ici les Vertébrés), on peut définir pour ce caractère deux états : un état
primitif (ou ancestral) et un état évolué (dit dérivé) qui constitue une nouveauté évolutive. Pour le caractère « appendices pairs » il y a 2 états : « avec rayons » et « avec
doigts » ; quel est l’état primitif et quel est l’état dérivé ? Justifiez.
7- Précisez les caractéristiques de la lignée du Crapaud.
8- Citez les espèces qui ont un placenta.
9- Déterminez les deux espèces qui ont le plus fort lien de parenté. Justifiez.
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Création d’un arbre phylogénique montrant les lignées évolutives à partir d’une
racine ancestrale commune.
Dans la matrice du bas de votre écran, cliquer sur toutes les espèces étudiées. Elles
apparaissent alors dans la fenêtre de l’arbre « comme des branches évolutives »
indépendantes.
Cliquer sur le caractère « squelette ». Toutes les branches apparaissent alors en violet, ce
qui veut dire d’après la légende (à gauche de l’écran) que tous ces animaux ont un ancêtre
commun (un nœud que l’on vient donc d’identifier comme logique) qui a inventé un
squelette « dérivé » fait d’os à partir d’un squelette primitif (qui apparaît en bleu)
Réunissez toutes les branches pour qu’elles proviennent d’une « racine commune » en
procédant comme suit :
Clic gauche maintenu sur une branche, déplacement de la branche vers une autre branche
aussi évoluée. Relâcher le clic : Les branches fusionnent, un nœud ancestral apparaît en
blanc (par défaut). Renouveler autant de fois le travail que nécessaire. Si vous avez bien
fait votre travail, le « nœud » devient coloré. Le changement de couleur sur le tronc
principal vous indique qu’à partir de là, l’innovation « squelette » est apparue ! Bravo !
(Si vous vous tromper, cliquer sur la « flèche verte « de retour).

Sélectionnez ensuite « squelette osseux ». Vous voyez que la lamproie est « différente »
des autres lignées. Sa lignée s’est donc dégagée « avant » l’innovation « os ». Vous devez
lui créer une origine différente précédent l’innovation « os ».

Changez de caractère étudié.

La nouveauté sélectionnée vous permet d’affiner votre travail. Vous devez garder à l’esprit
la notion d’évolution et d’acquisition progressive de caractères selon les lignées. SI des
nœuds restent blancs, cela veut dire que vous avez créé un nœud en trop…

Remarque 1 : Une innovation ne peut apparaître qu’une seule fois.

10- : Vous verrez que les lignées de l’archéoptéryx et du mégazostrodon montrent parfois
des teintes grises car on ne sait pas trop avec les fossiles s’ils ont tous les caractères
étudiés. D’après la comparaison avec les lignées connues, faites des choix et propositions
logiques et signalez sur la fiche réponse quelles « innovations » devraient-ils logiquement
possédées et que nous n’avions pas proposé dans la matrice des caractères.

APPELER LE PROFESSEUR POUR VERIFICATION

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A l’aide de la touche « Imprim ecran » de votre clavier, copier votre arbre puis
coller le dans votre fiche réponse.
A l’aide des outils de Word, améliorer votre publication avec les axes, les légendes,
les annotations, le titre, ajouter les innovations apparues etc…

PS : l’arbre ci-contre est totalement faux, il ne sert que d’illustration pour le rajout
des axes que vous devez positionner dans votre réponse…

APPELER LE PROFESSEUR POUR VERIFICATION APRES AMELIORATION et

IMPRESSION.

-11- D’après votre étude et cet arbre phylogénique, comment pouvez-vous

expliquer la biodiversité observable dans le passé et à l’actuel au sein des êtres
vivants comme les animaux ?
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Partie 3 : Une Biodiversité à l’échelle génétique
La phylogénie cladistique, basée sur le partage de caractères innovants, conduit à
la mise en évidence de lignées évolutive à l’origine d’espèces éteintes ou actuelles.
Nous allons chercher à mettre en évidence la proximité génétique de nombreuses
espèces actuelles, tout en soulignant l’origine possible de ces espèces différentes.
Nous prendrons dans cet exemple des espèces appartenant au groupe des félins,
du genre panthera (les tigres, les lions et les panthères actuelles).

Télécharger (sans les ouvrir) les fichiers CYTB_panthera.edi et CTYB_tigres.edi

depuis Moodle.

Sur le bureau de votre ordinateur :

Ouvrer le dossier « SVT », puis ouvrez le dossier « Sciences de la Vie », puis ouvrez
le logiciel « Anagène2 » (Ou sa version la plus récente). Pour accéder ensuite au
logiciel, appuyer sur la « pancarte publicitaire » d’anagène.

Par la commande « Fichier » (puis ouvrir …) aller chercher puis ouvrir le fichier
CYTB_panthera.edi
Il s’affiche alors les gènes de la cytochrome oxydase b d'un lion, d'un tigre et d'une
panthèse. ( C’est une protéine ouvrière, enzyme, nécessaire à la respiration
cellulaire des cellules).

-11- A quoi correspondent précisément les lignes affichées pour chaque gène ?

-12- En déplaçant le cursus situé sous ces lignes, quelles différences pouvez-vous
identifier rapidement ?

Nous allons comparer 2 à deux les séquences observées afin de mettre en

évidence qu’elle espèce est plus proche d’une autre.

A l’aide du « clic gauche » de votre souris, sélectionner les lignes du lion et du tigre
en prenant léo en référence (vous pouvez faire monter ou descendre l’espèce de
référence), puis l’onglet « traiter » et « comparer les séquences » avec alignement
avec discontinuité.
Faites de même avec le couple lion et panthère, puis tigre et panthère.
Vous obtenez alors une fenêtre de comparaison 2 à 2 des gènes.
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-13- Réaliser sur la fiche réponse, un tableau titré « matrice de comparaison (en
%) » afin de présenter les ressemblances en % des gènes issus de ces 3 espèces.
Pourcentage Gène léo Gène tigris Gène pardus
Gène léo 100%
Gène tigris 100%
Gène pardus 100%
Si vous comparez deux gènes identiques, la ressemblance est de 100%. Vous devez
trouver les ressemblances à apparaître dans les autres cases.
Pour comparer en % deux gènes, cliquer dans la fenêtre de comparaison sur une
des lignes de traitement, puis sur l’onglet « I » (information) en haut de page. Lisez
les données affichées dans la fenêtre qui apparaît afin de comprendre les
affichages puis de trouver les pourcentages de comparaison.
Pour passer à une autre comparaison, décliquer votre choix précédent et prenez
un second traitement. Remplissez votre tableau.

APPELER LE PROFESSEUR POUR VERIFICATION

-14- D’après vos résultats, proposer une explication sur le mécanisme évolutif de
biodiversité ayant conduit à la mise en place de ces trois espèces, puis vous
réaliserez un arbre évolutif de votre invention pour proposer l’histoire relative de
l’apparition de ces trois espèces de félins au sein du groupe des pantheras ?

Fermer vos fenêtres de travail (sans enregistrement) sur cette série de gène inter
espèce puis ouvrez sous anagène le fichier CTYB_tigres.edi. Il s’agit cette fois de
comparer 3 tigres de la même espèce pour la même enzyme nécessaire à la
respiration : 1 seul gène mais 3 allèles !

-15- En utilisant comme précédemment le logiciel, mettez en évidence la proximité

génétique des 3 individus. Puisqu’il s’agit d’un seul gène, comment dénoncer dans
ce cas la biodiversité au sein d’une espèce ? Comment apparaît cette biodiversité ?

CONCLUSION
En guise de conclusion, en vous appuyant sur les résultats de votre travail, montrez que l’un des aspects de la biodiversité repose sur la diversification des
innovations acquises, elles-mêmes dépendantes des diversifications génétiques liées la variabilité de la molécule d’ADN.